Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Moleculaire Herkenning

2025-06-22T09:21:11Z

R0948496: /* 17 juni 2025 (VM) */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

Verplicht vak voor chemie. Moleculaire herkenning wordt gedoceerd door 2 proffen. Mario smet en Wim "sandalen" Dehaen. 50% van de punten staan op het examen, de andere 50% staan op een paper. Op het examen worden mondelinge vragen gesteld over de paper. Bij prof. Smet zijn dit normaal enkel de vragen die hij geeft bij de feedback op de paper,
prof. Dehaen stelt vaak ook extra vragen.

==Examenvragen==

===20 juni 2025 ===
#Deel Wim
##Koppelvraag: Koppel elke gastmolecule aan een geschikte gastheer en oplosmiddel. Niet elke gastheer of elk oplosmiddel moet gebruikt worden; hergebruik is toegestaan.
##*Gasten: Li+, Ag+, K+, Eu3+ en tweevoudig alifatische quaternair ammmoniumzout verbonden met een ring
##*Gastheren: diaza18C6, DCH18C6, B18C6, 12C4, 16C4, molecule op p 71, molecule op p 81 met 4 carbonzuren
##*solventen: methanol, water (pH 7 of 10), chloroform
##synthetiseer de molecule: molecule op p. 80 (alleen is de acylgroep vervangen door NO2 groep en is het kroonether een azakroonether). Hoe kan je de synthese optimaliseren? (hoge verdunning)
#Deel Mario
##leg uit hoe cyclovoltametrie kan helpen bij het karakteriseren bij het catenaan dat uitvoerig is besproken in zijn slides over rotaxanen en catenanen
##Leg de Hammett equation uit en geef het teken van rho bij de complexatie van een complex amide met het chloride anion. Leg ook uit hoe je de benzeenring op de gastheer kan modificeren om zo Cl- nog beter te complexeren
##leg de fysische werking uit van transitietoestandanaloga

===17 juni 2025 (VM)===
#Deel Wim
##Koppelvraag: Koppel elke gastmolecule aan een geschikte gastheer en oplosmiddel. Niet elke gastheer of elk oplosmiddel moet gebruikt worden; hergebruik is toegestaan.
##*Gasten: hexadecyltrimethylammoniumchloride (focus op het hexadecyltrimethylammonium-kation), tetraethylammoniumnitraat (focus op nitraat), 1-naftaleensulfonzuur, 4-aminobutaanzuur.
##*Gastheren: [2.2.2]-cryptand, resorcinareen, α-cyclodextrine, β-cyclodextrine, lariatkroonether met amine-/amidegroepen in de staart, azakroonether-achtige macrocyclus met meerdere amines en twee benzeenringen als ‘caps’.
##*Solventen: dichloormethaan (DCM), methanol, water (pH 2, 7 of 10).
##**Tip: 4-aminobutaanzuur komt voor als zwitter-ion (combinatie met lariatether (zuur = h-brug acceptor dus met de NH staart, amine = h-brug donor dus met kroonether), 1-naftaleensulfonzuur met beta-cyclodextrine, nitraat met het azakroonether, hexadecyltrimethylammoniumchloride was volgens mij met het resorcinareen.)
##Wat is het effect van rigide groepen op de effectieve molariteit (EM)?
##Stel een synthesetraject op voor het thia-analoog van de [2.2.2]-cryptand, vertrekkende van triethanolamine. Hoe maximaliseren we de synthese?
##*Tip: OH vervangen door betere leaving-group (bv tosyl), dat laten reageren met een thiol (bv ethane-1,2-dithiol). Maximaliseren met hoge verdunning en base (cesiumeffect).
#Deel Mario
##Welk proces heeft de kleinste entropieverandering?
###Een cyclisatie waarbij een alkyn (R–C≡CH) met een triazene reageert tot een triazoolring
###Vorming van een waterstofbrug tussen amidegroepen
##Wat is het teken van ρ in de Hammetvergelijking bij complexatie van K⁺ met een kroonether die een benzeenring bevat, waarbij R een substituent is op die aromatische ring? Geldt dezelfde redenering ook voor een kroonether waarbij R via een CH₂-keten aan de kroonether is gekoppeld (dus kroonether–CH₂–R i.p.v. kroonether–C₆H₄–R)?
##*Tip: zelfde redenering geldt niet want er wordt geen rekening gehouden tussen inductieve en mesomere effecten bij rho (dus mesomeer gevend kan inductief zuigend zijn).
##

===11 juni 2025 (VM)===
#Deel Wim
#*Synthetiseer een [2.1.1]cryptand
#*Belang resorcinol molecule in de supramoleculaire chemie bespreken, had te maken met boot-/stoel-conformatie dus resorcinarenen. En dan toepassingen van resorcinarenen geven ( complexatie met quaternaire amoniumzouten en vooral cavitanden en carceplexen)
#*standaard combinatievraag

#Deel Mario
#* Exact hetzelfde als 30 augustus 2021
#* Bij vraag 2: Let op de basisiciteit van de stikstofatomen -> alternatieve molecule zal een zuur-base reactie hebben met de stikstof van de macroring, waardoor je geen pseudo-rotaxaan kan krijgen

===12 juni 2024 (VM)===
#Deel Wim
#*Synthetiseer 4de molecule p78, waarvan 2 van de 4 moleculen: R = propyl en de andere 2 hadden geen tert-buthyl maar een monoazakroonether. Gegeven waren startproducten formaldehyde (mag je 2 keer gebruiken), monoazakroonether en tertbuthylfenol. Zoek een juiste volgorde van synthesestrategie. (Bijvraag: wat en hoe reageert formaldehyde en waar op de ring)
#*Wat is het verschil tussen een vaste-toestand-inclusiecomplex en een clathraat? (Bijvraag: iets van voorbeeld gegeven)
#*Wat is het verschil tussen sephulcraat, sidefoor of sacrofagine? En hoe worden deze bereid uit formaldehyde en ethyleendiamine?
#*Klassieke vraag van 4 gastheren, 4 gasten en 5 solventen. Geef ook welke niet-covalente interacties er aanwezig zullen zijn.
##*Gasten (structuren gegeven): 1,4-benzendicarboxylic acid / Paraquat / isocyanuurzuur / ureum
##*Gastheren (structuren gegeven): Glycoluril (6 keer in een cirkel) / en nog 3 anderen die ik niet ken)
##*Solventen Water pH 3 / 7 / 10 / MeOH en DCM (Let op met de interacties)

#Deel Mario
#*2 reacties gegeven (1 met 2 moleculen waarbij covalente binding gevormd wordt, 2 azijnzuren die H-bruggen vormen) welke heeft de grootste entropieverandering?
#*Molecule gegeven met pi-pi-stapeling. Wat is het teken van de Hammett-parameter rho? Leg uit als er pH-afhankelijkheid is voor het teken? (Ja!)
#*Molecule gegeven met 5 H-bruggen, we willen de bindingsconstante van H-brug met * bepalen. Hoe doen we dit? Er zullen problemen opduiken. Geef een oplossing voor deze problemen.

===11 Juni 2024 (VM)===
#Deel van Dehaen
#*Volgende moleculen werden getest op gast-gastheer complexvorming met chloride-anion. Bij hetzelfde solvent ging de complexvorming het best op met gastheer 1, dan 2 en dan 3 die beduidend veel slechter complexeerde. Nochtans heeft 3 een extra H op de aromatische N in vergelijking met 1. De onderzoekers linkten de slechte complexvorming bij 3 met een verschil in preorganisatie. Leg uit. (Het kwam erop neer dat je de groepen juist moest uittekenen en dan de juiste interacties moest vinden.) [[File:Vraag1Wim.png|caption]]
#*Rangschik volgende moleculen van slechtst naar best voor complexvorming met een Li-kation. [[File:Vraag2Wim.png|caption]]
#*Geef een voorstel van de synthese van hexathia-18-kroon-6 waarbij je bèta-halogeensulfiden vermijdt.

#Deel van Mario
#*Wat is de ceiling temperature en floor temperature? Wat is hun fysische betekenis? Geef een voorbeeld van supramoleculaire polymeren bij elke soort temperatuur. Leg uit wat het belang is van de ceiling temperature bij duurzame afvalverwerking van de polymeren.
#*Rotaxaanvormingsreactie gegeven. Bepaal het teken van de Hammet-parameter rho met betrekking tot substituent R voor de ligging van het ev. Zou deze rotaxaanvorming ook opgaan met een difenylamine? (exact zelfde vraag als augustus 2021)
#*Waarom worden cyclodextrines gebruikt in geneesmiddelen? Leg uit aan de hand van de Lipinski regels voor orale beschikbaarheid.

===14 Juni 2023===
#Deel van Dehaen
#*Hoe maak je 1,4,10,13-tetraäza-18-kroon-6 uitgaande van 1,2-diaminoëthaan en eventueel andere reagentia? Welke techniek zou je gebruiken om een maximale opbrengst te bekomen?
#*Wat is het verschil tussen een vaste-toestand-inclusiecomplex en een clathraat?
#*Wat zijn sepulchraat- en sarcofaginecomplexen en hoe kan je ze bereiden met ethyleendiamine en Co(III)?
#*Combinatievraag: Combineer telkens een gast, gastheer en een solvent. Er zijn 4 gastheren, 4 gasten en 5 solventen gegeven. Bij elke gastheer hoort 1 gast en vice versa. Er zijn meer solventen gegeven dan gasten en gastheren, dus hier kan je er al zeker 1 niet gebruiken. Geef een korte verklaring bij elke combinatie die je maakt.
#**Gastheren: 1. een cyclofaan met 2 ringen en 3 NH's tussen de ringen aan elke kant (tussen elke NH zat een CH2). 2. Cucurbit[6]uril. 3.Een klein cyclisch molecule met 2 aromatische ringen met een N naar binnen gewezen. Boven deze ring zijn 2 of 3 NH's, eronder 2 N-CH3's. 4. Een groot cyclisch molecule met aromatische ringen met een N (naar binnen wijzend) en tussen de aromatische ringen een koolstofketen met NH's (ook 2 random C=O bindingen die naar buiten wijzen, links- en rechtsboven).
#**Gasten: 1. Koolstofketen met aan elke uiteinde een aromatische ring. Op de verbinding tussen de keten en elke ring zit een positief geladen N. 2. ureum. 3. Cyclohexaan met afwisselend een O (C=O, met C de C van de ring en O het substituent) en een NH2 als substituent (in totaal volledig gesubstitueerd). 4. Een aromatische ring met 2 COOH substituenten in para.
#**Solventen: Water (pH 3,7 of 10), methanol of dichloormethaan

#Deel van Mario
#*Er is een afbeelding gegeven van het complex dat KI coöperatief kan binden adhv Zn (staat ook in de slides bij coöperativiteit). Dan staan er bindingsconstantes gegeven van KI, KClO4, NaI en NaClO4 met KI duidelijk de hoogste bindingsconstante.
#**a) Verklaar de waargenomen resultaten.
#**b) Welke binding gaat volgens jou gepaard met de grootste entropieverandering? Verklaar.
#*18-kroon-6 is gegeven met een aromatische ring erop en aan de aromatische ring hangt een R. Wat is het teken van rho indien de complexeren van K+ met deze structuur bekijken en wat is de verhouding met R? Geef in je antwoord zeker de volledige Hammett-vergelijking. Dan staat er een tweede afbeelding gegeven, ook 18-kroon-6, maar hier is het substituent -CH2-R. Geldt dit ook voor de tweede structuur?
#*Wat zijn de voor- en nadelen van supramoleculaire polymeren?

=== 15 Juni 2022 ===
#Dehean
#*Combinatievraag
#**Solvent: CH2Cl2, MeOH, H2O pH (2,7,12)
#**Guests: trimethylhexadecylammonium *Cl-*, *tetrabutylammonium* nitraat, naftaleen-1-sulfonzuur, 4-aminobutaanzuur
#**Hosts: zeven, enkel molecule gegeven dus kan ze niet opnoemen ([2,2,2]-cryptand met enkel zuurstof, ...)
#*Verband EM & rigide groepen
#*Synthese hexathia-analoog van [2,2,2] cryptand, uitgaande van triëthanolamine
#**Hoe maximaliseren we de synthese?
#Smet
#*Bespreek compensatiegedrag entropie en enthalpie
#*Welke technieken om verschil tussen een catenaan en zijn 2 aparte ringen te meten (vermeld eventuele eigenschappen die nodig zijn op de macroringen)
#*Azidothymidine: structuur gegeven, voorspel werking en bio-beschikbaarheid

=== 30 Augustus 2021===
[https://i.imgur.com/eDCNSJR.jpg Dehaen] 
[https://i.imgur.com/JolZOyK.jpg Smet]

=== 18 juni 2021===
#Dehaen
#*Combinatievraag.
#**Gasten: naftaleenderivaat, nitraat, aminobutaanzuur,...
#**Gastheren: alpha-cyclodextrine derivaat met een quaternair amoniumzout aan gebonden, beta-cyclodextrine derivaat, kroonether met thioureumfuncties, een lariatether, [2.2.2] cryptand met zuurstof als donoratomen en N als bruggenhoofden.
#**Solvent: water pH 2, 7, 10, methanol, CH2Cl2
#*Verband EM & rigide groepen
#*Synthese van het thia-analoog van de [2.2.2]-cryptand startende van een triethanolamine.
#Smet
#*Leg uit waarom de meeste polymerisatiereacties slechts opgaan onder een bepaalde temperatuur. Geef de naam van deze temperatuur.
#*Leg uit waarom sommige polymerisatiereacties enkel opgaan boven een bepaalde temperatuur. Geef de naam van deze temperatuur. Geef een voorbeeld van een monomeer dat dergelijk gedrag vertoond.
#*Vraag over een complexatiereactie met een R-substituent en wat het teken van rho zou zijn in de Hammett-vergelijking.

=== 26 juni 2019 VM===
# Dehaen
#* Uitleggen waarom verzeping plaatsvindt van een gegeven molecule met KOH in tolueen enkel als een kroonether aanwezig (18-kroon-6 analoog)
#* Uitleggen waarom cyclodextrines geschikt zijn voor "drug delivery" en een geschikt cyclodextrinekiezen (alfa, beta, gamma) voor naproxen (naftaleenderivaat)
#* Waarom base gebruiken voor kroonethersynthese van catechol en oligoethyleenglycoltosylaten? (deproteneren / templaateffect van kation)
#** Verschillende kroonethers gegeven met variërende lengte en aantal zuurstoffen. Hij vraagt om voor elke kroonether de juiste base te kiezen
#** Keuze uit 5 basen: LiAcO, KAcO, NH4AcO, CsAcO en moleculair kation en AcO-
#* Resorcinaren worden gevormd in zuur milieu maar na een tijdje zal het thermydynamischer stabieler zijn (stoel versus boot)
#** Geef interacties van beide isomeren in basisch milieu met een tetraalkylammonium-kation
# Smet
#* 2 associaties gegeven, welke van de 2 associaties heeft de kleinste entropieverandering? (A = H-brugacceptor & D = H-brugdonor)
#** Associatie 1: ADA DAD (letters staan eigelijk onder elkaar)
#** Associatie 2: AAA DDD (letters staan eigelijk onder elkaar)
#* Molecule gegeven met R-groep dat interacties aangaat met een chloride-anion
#** Welke interacties zijn er voornamelijk?
#** Wat voor groep moet R zijn? Hoe verhoudt zicht dat tot de parameter rho?
#* Bespreek biobeschikbaarheid van morfine (structuur gegeven)
#** Heroïne heeft een sterker effect op het centraal zenuwstelsel, verklaar? (gegeven dat morfine reageert met overmaat azijnzuuranhydride en heroïne vormt).

=== 21 juni 2018 NM===
# Dehaen
#* Combineer:
#** Gasten: trimethylhexadecylammoniumion, nitraation, 4-aminoboterzuur, naftaleensulfonzuur.
#** Gastheren: resorcinareen, benzokroonether met één N en op die N zat een keten (keten = CH2 C6H4 CH2 ... NH C=NH NH ... azole ring), twee speciale cyclodextrines (eentje was een ring van zes monomeren met een ammoniumfuntie op, de andere was een ring van zeven monomeren met een thia-amine keten op), een ring met drie benzenen en tussen elke benzeen de groep CH2 CH2 NH C=S NH CH2 CH2), nog eentje die ik me niet herinner
#** Solventen: de gewoonlijke
#* Effect rigide groepen op EM
#* Synthese thia analoog [2.2.2]cyrptand, hoe synthese verbeteren?
#*Pillarenen uitleggen, verband andere calixarenen
# Smet
#* Welke reactie geeft de grootste entropie veranderingen? eentje is het azijnzuur dimeer, de andere is de cyclisatie van twee ringen (eentje is maleïnezuuranhydride en de ander cyclohexa-1,3-dieen) (volgens chemdraw heet het gevormde molecule (4R,7aS)-3a,4,7,7a-tetrahydro-4,7-ethanoisobenzofuran-1,3-dione). Bijvraag: iets met de deeltermen van de entropie, bij welke is welke het grootst?
#* Geef teken rho (Hammett) van de complexatie van K+ met een benzokroonether met aan die benzeenring een substituent R. Geldt deze redenering voor rho ook voor een tweede kroonether die aan een ethyleen eenheid een CH2R groep heeft hangen?
#* Bespreek relenza en tamiflu, over hun biobeschikbaarheid en mechanisme

=== 15 juni 2018 NM===
# Dehaen
#* Combineren van gast, gastheer en solvent met als gasten: lanthaan, paraquat en nog een dicarbonzuur, als gastheren verschillende calixarenen in water ph 2,7,10, methanol of chloroform
#* Vraag welke het beste zou zijn voor ionentransport over een organisch membraan: diglyme of 2,2,2 kryptand
#* Een synthese van een 2,2,2 thiakryptand derivaat
# Smet
#* Ceiling & floortemperatuur + voorbeeld
#* Met de hammetvgl werken en teken van rho bepalen bij een complexvorming van pseudorotaxaan
#* Invloed van ... (cyclodextrine?) op transport van medicijnen en da linken aan de lipinskiregels
=== 15 juni 2018 VM ===
# Dehaen
#* Stel een synthese voor voor het volgende molecule: vanuit p-tBu-fenol en p-Me-fenol een calix[4]areen met aan de 1,3-alcoholen het trimeer van p-Me-fenol (via ether). Deze 1,3benzeenringen hebben geen buty meer, en alle overgebleven vrije hydroxylgroepen zijn gemethyleerd.
#* Nonactine & valinomycine
#* Gast, gastheer, solvent:
#** H2O (pH = 3,7, 10), DCM, MeOH
#** Na+, ammoniumzout*, diamide*, benzoezuur (* = structuur gegeven)
#** Calix[4]areen*, resorcinol uit acetaldehyde en 24u reflux, benzokroonether*, alfa-cyclodextrine, diamine* (* = structuur gegeven)
# Smet
#* Welk proces geeft de grootste entropieverandering met zich mee?
#** Furaan + H2C=COOR --> furaanring waarvan de twee dubbele bindingen weg zijn en er eentje bij is gekomen waar er eerst de enkele binding was, en de twee koolstoffen naast de zuurstof zijn nu verbonden met de koolstoffen van de dubbele binding van het ester
#** twee carbonzuren die een dimeer vormen
#* Bepaal teken rho, heeft pH invloed (R-C6H5 pi-pi stapeling met C6H5-NH2)
#* Relenza en tamiflu (orale beschikbaarheid en mechanisme)

=== 22 juni 2017 ===
#Dehaen:
#* Stel de synthese op voor het Lehn's sferand (structuur gegeven) vanuit (derivaten van) diëthyleenglycolen.
#* Wat zijn pseudo-hoge-verdunningsvoorwaarden en hoe werkt dit?
#* Combineer. Gastheren: cyclisch guanidine, cucurbit[8]uril, 30-kroon-10. Gasten: arginine, N-acetyltryptofaan, 1,4-bis(aminoimidazoline)butaan. Solventen: Chloroform, methanol, water pH 2, 7 en 10. (structuren gegeven)
#Smet:
#* Gegeven: een pyrrool gesubstitueerd met een alkeen met twee R-substituenten (willekeurig). Dit molecule interageert met een onbekende receptor. Welke interactie veronderstel je? Bepaal het teken van rho. Wat gebeurt er met de absolute waarde van rho wanneer je een R-substituent vervangt door een H-atoom.
#* Wat is transfectie en hoe kan supramoleculaire chemie hierbij helpen?
#* Twee verbindingen gegeven, elk met 3 waterstofbindingen (structuren uit slides deel supramoleculaire polymeren). Welke verbinding heeft de grootse associatieconstante en waarom?

=== 16 juni 2017 ===
#Dehaen:
#* welke factoren beinvloeden de effectieve molariteit
#* synthese van hexathia18-kroon-6 vanuit ethyleenglycol en bis(2hydroxyethyl)sulfide op een veilige manier en wat doen we om de opbrengst zo hoog mogelijk te houden
#* wat zijn ansa-verbindingen en hoe kunnen ze meer inzicht geven over de ruimtevulling van de groepen
#* een structuur gegeven met 2 NH2 groepen een kroonether en een R (fenyl). 4-aminobutaanzuur is beter oplosbaar dan glycine (2-aminoazijnzuur) en 6-aminohexaanzuur. Hoe komt dit, welke interacties. De oplosbaarheid stijgt wanneer we R vervangen door (4-NO2-fenyl). Verklaar.
#* er zijn twee isomeren bij de synthese van resorcinarenen. Welke zijn dit?

#SMET:
#* gegeven een amide: RR'C=CH-CO-N(CH3)2 met onbekende receptor gaat interageren:
Welke interactie verwachten we, teken van reactieparameter, plus redeneer. Wat gebeurt er met de absolite waarde van de reactieparameter als we een van de R groepen vervangen door een H.
#* lipskin regel geven en wat is het belang tegenwoordig in farmaceutische industrie
#* Bij synthese van rotaxanen volgens iemand (Stoddart ofzo)(tetrakationisch complex) zal threading een hogere opbrengst geven dan clipping waarom?
Waarom dan niet altijd threading?

=== 19 juni 2015 ===
#Dehaen:
#* Stel een synthese voor voor het volgende molecule: vanuit p-tBu-fenol en p-Me-fenol een calix[4]areen met aan de 1,3-alcoholen het trimeer van p-Me-fenol (via ether). Deze twee benzeenringen zijn ook gedebutyleerd en alle overgebleven vrije hydroxylgroepen zijn gemethyleerd.
#* Bespreek aan de hand van hun structuurelementen de functie van nonactine en valinomycine (structuur gegeven).
#* Verbind de juiste gastheren met de juiste gasten en solventen. Gasten: Natriumion, p-diaminobenzeen, p-diaminobenzeen met beide stikstoffen tetragebutyleerd, benzoÃ«zuur. Gastheren: calix[4]areen, een groot dibenzokroonether, een resorcinareen verkregen na 24 uur reflux, alfa-cyclodextrine en een aromatisch diamide. Solventen: water (pH 3, 7, 10), MeOH & DCM.
#Smet:
#* 4-R-pyridine. Deze gast bindt enkel aan de gastheer indien de stikstof geprotoneerd is. Bepaal het teken van de Hammett-parameter rho. Op welke interactie zou de complexatie kunnen berusten?
#* Geef de twee methoden die gebruikt kunnen worden om de associatieconstante te schrijven in functie van deelassociatieconstanten. Beschrijf de fysische basis van het probleem dat hierbij optreedt.
#* Bespreek de moleculaire basis van plaquevorming zoals die optreedt bij bijvoorbeeld de ziekte van Alzheimer. Wat zijn de therapeutische mogelijkheden om dit tegen te gaan? Bijvraag: op welke secundaire structuren en soorten interacties berust de associatie?

===18 juni 2014 (voormiddag) ===
#Dehaen:
#* Geef een voorstel voor de synthese van een gegeven [2.2.2]cryptand uitgaande van chlooracetamide. Het cryptand heeft stikstoffen als bruggenhoofden, 2 ketens met telkens 2 zuurstoffen en 1 keten met 2 zwavelatomen. En hoe kan je de macroyclisatie bevorderen?
#* Transport van donor naar acceptorlaag via een organisch membraan? hoe gaat dit het beste met pentaglyme of met een [2.2.2]cryptand. Verklaar.
#* Verbind de juiste gast met de gegeven gastheren en solventen. Er zijn meer gastheren en solventen dan er gasten zijn.
#Smet:
#* Je hebt een gesubstitueerd chinoline (onbekende substituent). Dit chinoline complexeert enkel met een gastheer als de N niet geprotoneerd is. wat is het teken van de hammet-parameter Rho? welke interactie zal er zijn tussen de gast en de gastheer?
#* Geef de 4 belangrijkste entropieveranderingen bij complexatie en bespreek. Welke is verantwoordelijk voor preorganisatie? Leg uit.
#* Invloed ketenlengte benzokroonether op rendement van een catenaan met een tetrakationisch cyclofaan.

=== 19 juni 2014 (namiddag) ===
#Dehaen:
#* Geef een voorstel voor de synthese van een gegeven calix[4]hemisferand uitgaande van 2 gegeven fenolen. De receprot bestond uit een calix[4]areen met een hemisferand aangehecht op de 1- en 3-posities.
#* Gegeven de structuur van valinomycine en nonactine: bespreek de functie en hoe de verschillende structuurelementen hiertoe bijdragen.
#* Verbind de juiste gast met de gegeven gastheren en solventen. Er zijn meer gastheren en solventen dan er gasten zijn.
#**solventen: zuur, neutraal of basisch water, methanol, dicchloormethaan
#**gastheren: cyclodextrine, een grote benzokroonether, een calyxareen, stoel resorcinareen en een heteroaromatische receptor met amidefuncties.
#**gasten: natriumion, aromatisch diamine, aromatisch diammoniumzout, benzoÃ«zuur
#Smet:
#* Op welke 2 manieren kunnen we de totale associatieconstante beschouwen als een product van deelassociatieconstanten? Wat is bij elk het grootste fysisch probleem? Welk van deze 2 methoden is, op praktische gronden, te verkiezen en waarom?
#* Gegeven een amide met een para-gesubstitueerde fenylgroep op de N en de carbonyl. Dit molecule gaat waterstofbindingen aan met zowel de zuurstof als de NH. Wat is het teken van de Hammett-parameter rho voor het substituent op elke benzeenring?
#* Gegeven de structuur van een receptor bestaande uit een porfyrinering, gekoppeld aan een calixareen met ketens die veel heteroatomen bevatten. De bindingsconstanten van KI is hoog, die voor NaI en NaClO4 tussenin (en ongeveer gelijk), die van KClO4 laag. Verklaar waarom. (Deze structuur staat in de cursus ter hoogte van het deel over coÃ¶perativiteit).

=== 15 juni 2012 (namiddag) ===
#Dehaen:
#* Wat zijn pseudo-hoge verdunningsvoorwaarden en geef 2 voorbeelden hoe men dit in de praktijk bewerkstelligt.
#* Onderzoekers onderzochten de complexatieconstante van verbindingen A, B en C met het chloride-anion. Ondanks extra H-atoom beschikbaar, had C toch de laagste complexatieconstante. Volgorde was KA > KB >> KC. Volgens de onderzoekers had dit te maken met een verschillende preorganisatie. Verklaar. [[Bestand:MolHerExamenDehaen.jpg]]
#* Rangschik volgens toenemende affiniteit voor het kaliumkation en motiveer: 18-kroon-6, 1,10-dithia-18-kroon-6, benzo-18-kroon-6, [2.2.2]cryptand, 15-kroon-5, 21-kroon-7.
#Smet:
#* Voor een bepaald hydrofoob (gedeelte van een) gastmolecule werd aangetoond dat het de hydrofobe holte van de gastheer maar voor 55% vult in stabielste toestand. Verklaar thermodynamisch waarom het kan dat deze gedeeltelijk gevulde toestand meer bevoordeeld wordt dan de volledig gevulde holte.
#*
#** Welke interacties zijn van belang bij het catenaan gevormd uit '''1''', '''2''' en '''3'''?
#** Wat zou het effect zijn op de bindingsconstante moest het catenaan gevormd worden rond '''4''' i.p.v. '''1''' en waarom?
#** Beredeneer het teken van de Hammett parameter Ï van de catenatiereactie van '''5''' met het monogealkyleerd derivaat van '''3''' (hiermee wordt bedoeld, de open-ketenvorm van '''2''' enkelvoudig gebonden aan '''3'''). Sterische effecten van R mogen verwaarloosd worden [[Bestand:CatenaanSmet.png]]
#* Onderzoekers synthetiseerden bovenste verbinding als receptor voor de onderste (tekening is ''ongeveer'' juist). Belangrijke interacties hierbij zijn H-bruggen, maar ook de Ï€-Ï€-interacties tussen de eindstandige benzeenringen spelen een beduidende rol. Om aard en sterkte van deze Ï€-Ï€-interacties te onderzoeken synthetiseerde men een aantal derivaten van beide, en mat men het verschil in bindingssterkte voor verschillende substituenten op de benzeenringen. [[Bestand:receptorSmet.png]]
#** Welke complicatie valt te verwachten bij deze metingen, vanwege de verschillende substituenten op de derivaten?
#** Verklaar de waargenomen tendensen in de gemeten energiebijdragen, weergegeven in de tabel (deze waarden zijn gecorrigeerd voor de complicaties waarnaar gevraagd in eerste subvraag dus zijn ''juist'').
[[Bestand:tabelSmet.png]]

=== 17 juni 2011 (voormiddag) ===
#Dehaen:
#* Onderzoekers onderzochten de complexatieconstante van verbindingen A, B en C met het chloride-anion. Ondanks extra H-atoom beschikbaar, had C toch de laagste complexatieconstante. Volgorde was KA > KB >> KC. Volgens de onderzoekers had dit te maken met een verschillende preorganisatie. Verklaar. [[Bestand:MolHerExamenDehaen.jpg]]
#* Klassieke vraag. Verbind de juiste gast met gastheer en solvent. Licht toe en zeg welke interacties plaatsvinden.
#* Wat is de CAC? Waarom is het belangrijk dat deze gemeten wordt en hoe wordt deze gemeten?
#Smet:
#* Gegeven: [[Bestand:MolHerExamenMario.jpg]] Bepaal het teken van &rho;X, voor groep X en &rho;R, voor groep R. Waarom gaat bij zÃ©Ã©r elektronenzuigende groepen, bv. X=F-, de meting van de complexatieconstante met nucleofiele deeltjes niet meer correct verlopen?
#* Mag men de &Delta;G van interacties met de aromatische ring en de &Delta;G van interacties met de gedeprotoneerde carbonzuurfunctie zomaar optellen? Verklaar. [[Bestand:MolHerExamenMario2.jpg]]
#* De synthese van rotaxanen op vaste drager kan handig zijn. Onwaar/waar en verklaar.

=== 11 juni 2010 (namiddag) ===

#Dehaen:
#* geef de structuur van cyclotriveratryleen en de synthese vanuit veratrol. Waarom zijn asymmetrisch gesubstitueerde CTV's chiraal?
#* hoe kunnen we eigenschappen van een gegeven cyclofaan gebruiken om de grootte van de substituent op de ring te bepalen
#* geef de synthese van de macroring 15 kroon 5 maar ipv met zuurstoffen met (NH , O , NH, S, S) vanuit HSCH2CH2SH en H2NCH2CH2OCH2CH2NH2
#* welke gast past in welk solvent bij welke gastheer? gasten: (Fe3+, Yb3+, tetramethylammonium, benzoaat) solventen: (methanol, DCM, water met pH=3,7,10) gastheren:(een resorcinareen, een [4]-calixareen met een -O-CH2COOH op elke ring, een [6]-calixareen met op de ring aan de ene kant een SO3H aan de andere kant een staart met een hydroxyamide rest aan, een [6]-calixareen met daaraan een staart met aan het uiteinde een fenylureum staart
#Smet:
#* gegeven: een receptor met daarop 2 groepen die waterstofbruggen vormen met een HO- en een -CHO op drie verschillende liganden. Welke complex zal het stabielste zijn, en verklaar dit energetisch en entropisch (ligand 1 is een bifenyl, ligand 2 is een bifenyl met een huge (triethylmethyl-)substituent op een van de ringen en ligand 3 is gewoon een alifatische keten met die oh en cho aan de uiteinden)
#* wat is de dubbele mutantcyclus een geef een voorbeeld dat de voordelen duidelijk maakt

=== 11 juni 2010 (ochtend) ===

#Dehaen:
#* Bespreek de synthese van volgend cavitand, vertrekkende van resorcinareen. (afbeelding volgt nog)
#* Wat is [2,2]paracyclofaan? Geef de syntheses en eigenschappen (UV-spectrum).
#* Bespreek het kinetisch en thermodynamisch templaateffect.
#* 5 Macroringen gegeven; rangschik naar toenemende effectieve molariteit. (afbeelding volgt nog)
#Smet:
#* Gegeven 1-amino-5-R-naftaleen (met R een onbepaalde substituent). In een complex vormt deze aminogroep een waterstofbrug. Onderzoek wijst uit dat de "reactie"-parameter sterk positief is. Welke soort R-substituenten bevoordeligen de reactie? (leg uit met Hammett-vergelijking en de substituent-parameter) Bekleedt de aminogroep een donor- of acceptorfunctie bij het vormen van deze waterstofbrug?
#* Waarom is het entropieverlies van complexvorming in oplossing doorgaans kleiner dan in gasfase?

=== 19 juni 2009 ===

#Dehaen:
#* Verklaar waarom de effectieve molariteit stijgt bij een macrocysliche 10-ring, wanneer
#** a) rigide groepen worden gebruikt
#** b) heteroatomen worden gebruikt.
#* Wat is het verschil tussen een clathraat en een vaste stof-inclusie complex.
#* Schrijf de synthese op van dit cavitand (structuur is gegeven) vertrekkende van rescoriol. De cavitand is gelijkend op die in de cursus staat, maar op de 2' plaats heeft deze een COOH groep.
#* VÃ¶gth synthetiseerde vele cryptanden met substituenten X (structuur is gegeven). Hoe kon hij daarmee de grootte van de caviteit bepalen?
# Smet:
#* Je krijgt een complexatie van een gast en gastheer die via pi-pi interacties complexeert en net naast deze aromatische ringen een waterstofbrug vormt met een amide op de gast.
#** Men wil d.m.v. substituenteffecten op de aromatische ringen ph1 (= op gast) en ph2 (= op gastheer) de bijdrage voor deze pi-pi interactie meten. Welke complicatie verwacht je echter met deze methode, bij dit specifieke complex?
#** Verklaar in de tabel (tabel met horizontaal de para-ph1 substituenten en vertikaal de para-ph 2 substituenten) de verlopen van de incrementen. (De incrementen zijn aangepast aan de complicatie die je in het eerste puntje moet geven en zijn dus correct)
#** Bepaal ook het teken van de Hammett rho parameters.
#* Trage complexen.
#** Hoe kan je in een NMR spectrum zien of je te maken hebt met een traag complex
#** Wat is het voordeel van een extreem traag complex? Geef een relevant voorbeeld van hoe we er gebruik van kunnen maken.

=== 16 juni 2009 ===

# Dehaen:
#* match de gasten en de gastheren met de juiste solventen. Gast: 1,4-benzochinon, naftaleen-1,5-dicarbonzuur en 4-butylfenol ("voor mensen die niet goed zijn in naamgeving, zal ik de moleculen even op bord tekenen"). Solvent: water (ph= 2, 6, 10), MeOH, CCl4. Gasten: alpha-cyclodextrine, diazo-18-kroon-6, 18-kroon-6, [2,2]cyclofaan en 2 grote cyclofanen die getekend staan. Geef ook alle niet-covalente reacties en licht uw keuze toe
#* Wat is CAC, waarom belangrijk en hoe gemeten
#* reactie van een [2,2,1]cryptand opgebouwd uit bi en triÃ«thyleenglycolderivaten
#* Membraantransport van kationen met kroonethers en de voorwaarden waaraan dat kroonether moet voldoen
# Smet:
#* Het teken van rho (Hammet) bepalen uit een tabel met stabiliteitsconstanten met verschillende gevers en zuigers. De link vinden met het reactiemechanisme. Bijkomende vraag: wat gebeurt er met een sterke base en een sterke elektronzuiger. (ja wat onduidelijk als je het molecule niet ziet natuurlijk...)
#* Stelling: voor het gegeven molecule mag ik zomaar de deltaG optellen om de totale deltaG te berekenen.
#* Waarom kan het voordelig zijn om synthese van rotaxanen uit te voeren op een vaste fase

=== 9 juni 2008 ===

# Dehaen:
#* welke ionen passen in welke macroringen? (K+, Ag+, Eu3+, Li+ en nog een vieze grote molecule) De macrocyclische verbindingen zijn ook gegeven. Welk solvent pak je best? (H2O, H2O pH 10, MeOH of chloroform) Vermeld welke interacties plaatsvinden
#* bespreek de synthese van: -een calix[4]areen met twee nitraten, twee n-propyloxy's en een azakroonetheroverbrugging-
#* Wat is zijn zelfassemblage en zelforganisatie en illustreer met een voorbeeld
# MS:
#* Tabel horende bij compensatie-effect gegeven. Welke interacties? Bespreek de tendens in de tabel en ook het verschil in \Delta S tussen gasfase en oplossing.
#* tekening van een catenaan met een cyclofaan met nogal wat N in rond een benzokroonether gegeven. Deze verbinding toont met H-NMR slechts twee signalen (3,45 en 6,26 ppm of zo) voor de hydrochinon-waterstoffen. Reden? Bespreek ook de multipliciteit van de signalen.

=== 13 juni 2008 ===
# Dehaen:
#* Waarom is ethyleendioxy zo'n populaire eenheid in kroonetherchemie
#* Welke 2 groepen zijn belangrijk bij de complexatie van Fe bij de sideroforen
#* 3 gasten (Lithium, azide, tetramethylammonium), 5 solventen (MeOH, H2O( pH 2,6,10), CCl4), gastheren ([2.2.2]-cryptand, all-cis resorcinareen, cram's sferand, 18-kroon-6,...)
# M.S.:
#* Synthese van tetrakationisch cyclofaan
#* Vraagje over receptor die interageert met gast, welk teken heeft de hammett parameter rho.

Moleculaire Herkenning

2025-06-21T13:39:21Z

R0948496: /* 17 juni 2025 (VM) */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

Verplicht vak voor chemie. Moleculaire herkenning wordt gedoceerd door 2 proffen. Mario smet en Wim "sandalen" Dehaen. 50% van de punten staan op het examen, de andere 50% staan op een paper. Op het examen worden mondelinge vragen gesteld over de paper. Bij prof. Smet zijn dit normaal enkel de vragen die hij geeft bij de feedback op de paper,
prof. Dehaen stelt vaak ook extra vragen.

==Examenvragen==

===17 juni 2025 (VM)===
#Deel Wim
##Koppelvraag: Koppel elke gastmolecule aan een geschikte gastheer en oplosmiddel. Niet elke gastheer of elk oplosmiddel moet gebruikt worden; hergebruik is toegestaan.
##*Gasten: Li+, Ag+, K+, Eu3+ en tweevoudig alifatische quaternair ammmoniumzout verbonden met een ring
##*Gastheren: diaza18C6, DCH18C6, B18C6, 12C4, 16C4, molecule op p 71, molecule op p 81 met 4 carbonzuren
##*solventen: methanol, water (pH 7 of 10), chloroform
##synthetiseer de molecule: molecule op p. 80 (alleen is de acylgroep vervangen door NO2 groep en is het kroonether een azakroonether). Hoe kan je de synthese optimaliseren? (hoge verdunning)
#Deel Mario
##leg uit hoe cyclovoltametrie kan helpen bij het karakteriseren bij het catenaan dat uitvoerig is besproken in zijn slides over rotaxanen en catenanen
##Leg de Hammett equation uit en geef het teken van rho bij de complexatie van een complex amide met het chloride anion. Leg ook uit hoe je de benzeenring op de gastheer kan modificeren om zo Cl- nog beter te complexeren
##leg de fysische werking uit van transitietoestandanaloga

===17 juni 2025 (VM)===
#Deel Wim
##Koppelvraag: Koppel elke gastmolecule aan een geschikte gastheer en oplosmiddel. Niet elke gastheer of elk oplosmiddel moet gebruikt worden; hergebruik is toegestaan.
##*Gasten: hexadecyltrimethylammoniumchloride (focus op het hexadecyltrimethylammonium-kation), tetraethylammoniumnitraat (focus op nitraat), 1-naftaleensulfonzuur, 4-aminobutaanzuur.
##*Gastheren: [2.2.2]-cryptand, resorcinareen, α-cyclodextrine, β-cyclodextrine, lariatkroonether met amine-/amidegroepen in de staart, azakroonether-achtige macrocyclus met meerdere amines en twee benzeenringen als ‘caps’.
##*Solventen: dichloormethaan (DCM), methanol, water (pH 2, 7 of 10).
##**Tip: 4-aminobutaanzuur komt voor als zwitter-ion (combinatie met lariatether (zuur = h-brug acceptor dus met de NH staart, amine = h-brug donor dus met kroonether), 1-naftaleensulfonzuur met beta-cyclodextrine, nitraat met het azakroonether, hexadecyltrimethylammoniumchloride was volgens mij met het resorcinareen.)
##Wat is het effect van rigide groepen op de effectieve molariteit (EM)?
##Stel een synthesetraject op voor het thia-analoog van de [2.2.2]-cryptand, vertrekkende van triethanolamine. Hoe maximaliseren we de synthese?
##*Tip: OH vervangen door betere leaving-group (bv tosyl), dat laten reageren met een thiol (bv ethane-1,2-dithiol). Maximaliseren met hoge verdunning en base (cesiumeffect).
#Deel Mario
##Welk proces heeft de kleinste entropieverandering?
###Een cyclisatie waarbij een alkyn (R–C≡CH) met een triazene reageert tot een triazoolring
###Vorming van een waterstofbrug tussen amidegroepen
##Wat is het teken van ρ in de Hammetvergelijking bij complexatie van K⁺ met een kroonether die een benzeenring bevat, waarbij R een substituent is op die aromatische ring? Geldt dezelfde redenering ook voor een kroonether waarbij R via een CH₂-keten aan de kroonether is gekoppeld (dus kroonether–CH₂–R i.p.v. kroonether–C₆H₄–R)?
##*Tip: zelfde redenering geldt niet want er wordt geen rekening gehouden tussen inductieve en mesomere effecten bij rho (dus mesomeer gevend kan inductief zuigend zijn).
##

===11 juni 2025 (VM)===
#Deel Wim
#*Synthetiseer een [2.1.1]cryptand
#*Belang resorcinol molecule in de supramoleculaire chemie bespreken, had te maken met boot-/stoel-conformatie dus resorcinarenen. En dan toepassingen van resorcinarenen geven ( complexatie met quaternaire amoniumzouten en vooral cavitanden en carceplexen)
#*standaard combinatievraag

#Deel Mario
#* Exact hetzelfde als 30 augustus 2021
#* Bij vraag 2: Let op de basisiciteit van de stikstofatomen -> alternatieve molecule zal een zuur-base reactie hebben met de stikstof van de macroring, waardoor je geen pseudo-rotaxaan kan krijgen

===12 juni 2024 (VM)===
#Deel Wim
#*Synthetiseer 4de molecule p78, waarvan 2 van de 4 moleculen: R = propyl en de andere 2 hadden geen tert-buthyl maar een monoazakroonether. Gegeven waren startproducten formaldehyde (mag je 2 keer gebruiken), monoazakroonether en tertbuthylfenol. Zoek een juiste volgorde van synthesestrategie. (Bijvraag: wat en hoe reageert formaldehyde en waar op de ring)
#*Wat is het verschil tussen een vaste-toestand-inclusiecomplex en een clathraat? (Bijvraag: iets van voorbeeld gegeven)
#*Wat is het verschil tussen sephulcraat, sidefoor of sacrofagine? En hoe worden deze bereid uit formaldehyde en ethyleendiamine?
#*Klassieke vraag van 4 gastheren, 4 gasten en 5 solventen. Geef ook welke niet-covalente interacties er aanwezig zullen zijn.
##*Gasten (structuren gegeven): 1,4-benzendicarboxylic acid / Paraquat / isocyanuurzuur / ureum
##*Gastheren (structuren gegeven): Glycoluril (6 keer in een cirkel) / en nog 3 anderen die ik niet ken)
##*Solventen Water pH 3 / 7 / 10 / MeOH en DCM (Let op met de interacties)

#Deel Mario
#*2 reacties gegeven (1 met 2 moleculen waarbij covalente binding gevormd wordt, 2 azijnzuren die H-bruggen vormen) welke heeft de grootste entropieverandering?
#*Molecule gegeven met pi-pi-stapeling. Wat is het teken van de Hammett-parameter rho? Leg uit als er pH-afhankelijkheid is voor het teken? (Ja!)
#*Molecule gegeven met 5 H-bruggen, we willen de bindingsconstante van H-brug met * bepalen. Hoe doen we dit? Er zullen problemen opduiken. Geef een oplossing voor deze problemen.

===11 Juni 2024 (VM)===
#Deel van Dehaen
#*Volgende moleculen werden getest op gast-gastheer complexvorming met chloride-anion. Bij hetzelfde solvent ging de complexvorming het best op met gastheer 1, dan 2 en dan 3 die beduidend veel slechter complexeerde. Nochtans heeft 3 een extra H op de aromatische N in vergelijking met 1. De onderzoekers linkten de slechte complexvorming bij 3 met een verschil in preorganisatie. Leg uit. (Het kwam erop neer dat je de groepen juist moest uittekenen en dan de juiste interacties moest vinden.) [[File:Vraag1Wim.png|caption]]
#*Rangschik volgende moleculen van slechtst naar best voor complexvorming met een Li-kation. [[File:Vraag2Wim.png|caption]]
#*Geef een voorstel van de synthese van hexathia-18-kroon-6 waarbij je bèta-halogeensulfiden vermijdt.

#Deel van Mario
#*Wat is de ceiling temperature en floor temperature? Wat is hun fysische betekenis? Geef een voorbeeld van supramoleculaire polymeren bij elke soort temperatuur. Leg uit wat het belang is van de ceiling temperature bij duurzame afvalverwerking van de polymeren.
#*Rotaxaanvormingsreactie gegeven. Bepaal het teken van de Hammet-parameter rho met betrekking tot substituent R voor de ligging van het ev. Zou deze rotaxaanvorming ook opgaan met een difenylamine? (exact zelfde vraag als augustus 2021)
#*Waarom worden cyclodextrines gebruikt in geneesmiddelen? Leg uit aan de hand van de Lipinski regels voor orale beschikbaarheid.

===14 Juni 2023===
#Deel van Dehaen
#*Hoe maak je 1,4,10,13-tetraäza-18-kroon-6 uitgaande van 1,2-diaminoëthaan en eventueel andere reagentia? Welke techniek zou je gebruiken om een maximale opbrengst te bekomen?
#*Wat is het verschil tussen een vaste-toestand-inclusiecomplex en een clathraat?
#*Wat zijn sepulchraat- en sarcofaginecomplexen en hoe kan je ze bereiden met ethyleendiamine en Co(III)?
#*Combinatievraag: Combineer telkens een gast, gastheer en een solvent. Er zijn 4 gastheren, 4 gasten en 5 solventen gegeven. Bij elke gastheer hoort 1 gast en vice versa. Er zijn meer solventen gegeven dan gasten en gastheren, dus hier kan je er al zeker 1 niet gebruiken. Geef een korte verklaring bij elke combinatie die je maakt.
#**Gastheren: 1. een cyclofaan met 2 ringen en 3 NH's tussen de ringen aan elke kant (tussen elke NH zat een CH2). 2. Cucurbit[6]uril. 3.Een klein cyclisch molecule met 2 aromatische ringen met een N naar binnen gewezen. Boven deze ring zijn 2 of 3 NH's, eronder 2 N-CH3's. 4. Een groot cyclisch molecule met aromatische ringen met een N (naar binnen wijzend) en tussen de aromatische ringen een koolstofketen met NH's (ook 2 random C=O bindingen die naar buiten wijzen, links- en rechtsboven).
#**Gasten: 1. Koolstofketen met aan elke uiteinde een aromatische ring. Op de verbinding tussen de keten en elke ring zit een positief geladen N. 2. ureum. 3. Cyclohexaan met afwisselend een O (C=O, met C de C van de ring en O het substituent) en een NH2 als substituent (in totaal volledig gesubstitueerd). 4. Een aromatische ring met 2 COOH substituenten in para.
#**Solventen: Water (pH 3,7 of 10), methanol of dichloormethaan

#Deel van Mario
#*Er is een afbeelding gegeven van het complex dat KI coöperatief kan binden adhv Zn (staat ook in de slides bij coöperativiteit). Dan staan er bindingsconstantes gegeven van KI, KClO4, NaI en NaClO4 met KI duidelijk de hoogste bindingsconstante.
#**a) Verklaar de waargenomen resultaten.
#**b) Welke binding gaat volgens jou gepaard met de grootste entropieverandering? Verklaar.
#*18-kroon-6 is gegeven met een aromatische ring erop en aan de aromatische ring hangt een R. Wat is het teken van rho indien de complexeren van K+ met deze structuur bekijken en wat is de verhouding met R? Geef in je antwoord zeker de volledige Hammett-vergelijking. Dan staat er een tweede afbeelding gegeven, ook 18-kroon-6, maar hier is het substituent -CH2-R. Geldt dit ook voor de tweede structuur?
#*Wat zijn de voor- en nadelen van supramoleculaire polymeren?

=== 15 Juni 2022 ===
#Dehean
#*Combinatievraag
#**Solvent: CH2Cl2, MeOH, H2O pH (2,7,12)
#**Guests: trimethylhexadecylammonium *Cl-*, *tetrabutylammonium* nitraat, naftaleen-1-sulfonzuur, 4-aminobutaanzuur
#**Hosts: zeven, enkel molecule gegeven dus kan ze niet opnoemen ([2,2,2]-cryptand met enkel zuurstof, ...)
#*Verband EM & rigide groepen
#*Synthese hexathia-analoog van [2,2,2] cryptand, uitgaande van triëthanolamine
#**Hoe maximaliseren we de synthese?
#Smet
#*Bespreek compensatiegedrag entropie en enthalpie
#*Welke technieken om verschil tussen een catenaan en zijn 2 aparte ringen te meten (vermeld eventuele eigenschappen die nodig zijn op de macroringen)
#*Azidothymidine: structuur gegeven, voorspel werking en bio-beschikbaarheid

=== 30 Augustus 2021===
[https://i.imgur.com/eDCNSJR.jpg Dehaen] 
[https://i.imgur.com/JolZOyK.jpg Smet]

=== 18 juni 2021===
#Dehaen
#*Combinatievraag.
#**Gasten: naftaleenderivaat, nitraat, aminobutaanzuur,...
#**Gastheren: alpha-cyclodextrine derivaat met een quaternair amoniumzout aan gebonden, beta-cyclodextrine derivaat, kroonether met thioureumfuncties, een lariatether, [2.2.2] cryptand met zuurstof als donoratomen en N als bruggenhoofden.
#**Solvent: water pH 2, 7, 10, methanol, CH2Cl2
#*Verband EM & rigide groepen
#*Synthese van het thia-analoog van de [2.2.2]-cryptand startende van een triethanolamine.
#Smet
#*Leg uit waarom de meeste polymerisatiereacties slechts opgaan onder een bepaalde temperatuur. Geef de naam van deze temperatuur.
#*Leg uit waarom sommige polymerisatiereacties enkel opgaan boven een bepaalde temperatuur. Geef de naam van deze temperatuur. Geef een voorbeeld van een monomeer dat dergelijk gedrag vertoond.
#*Vraag over een complexatiereactie met een R-substituent en wat het teken van rho zou zijn in de Hammett-vergelijking.

=== 26 juni 2019 VM===
# Dehaen
#* Uitleggen waarom verzeping plaatsvindt van een gegeven molecule met KOH in tolueen enkel als een kroonether aanwezig (18-kroon-6 analoog)
#* Uitleggen waarom cyclodextrines geschikt zijn voor "drug delivery" en een geschikt cyclodextrinekiezen (alfa, beta, gamma) voor naproxen (naftaleenderivaat)
#* Waarom base gebruiken voor kroonethersynthese van catechol en oligoethyleenglycoltosylaten? (deproteneren / templaateffect van kation)
#** Verschillende kroonethers gegeven met variërende lengte en aantal zuurstoffen. Hij vraagt om voor elke kroonether de juiste base te kiezen
#** Keuze uit 5 basen: LiAcO, KAcO, NH4AcO, CsAcO en moleculair kation en AcO-
#* Resorcinaren worden gevormd in zuur milieu maar na een tijdje zal het thermydynamischer stabieler zijn (stoel versus boot)
#** Geef interacties van beide isomeren in basisch milieu met een tetraalkylammonium-kation
# Smet
#* 2 associaties gegeven, welke van de 2 associaties heeft de kleinste entropieverandering? (A = H-brugacceptor & D = H-brugdonor)
#** Associatie 1: ADA DAD (letters staan eigelijk onder elkaar)
#** Associatie 2: AAA DDD (letters staan eigelijk onder elkaar)
#* Molecule gegeven met R-groep dat interacties aangaat met een chloride-anion
#** Welke interacties zijn er voornamelijk?
#** Wat voor groep moet R zijn? Hoe verhoudt zicht dat tot de parameter rho?
#* Bespreek biobeschikbaarheid van morfine (structuur gegeven)
#** Heroïne heeft een sterker effect op het centraal zenuwstelsel, verklaar? (gegeven dat morfine reageert met overmaat azijnzuuranhydride en heroïne vormt).

=== 21 juni 2018 NM===
# Dehaen
#* Combineer:
#** Gasten: trimethylhexadecylammoniumion, nitraation, 4-aminoboterzuur, naftaleensulfonzuur.
#** Gastheren: resorcinareen, benzokroonether met één N en op die N zat een keten (keten = CH2 C6H4 CH2 ... NH C=NH NH ... azole ring), twee speciale cyclodextrines (eentje was een ring van zes monomeren met een ammoniumfuntie op, de andere was een ring van zeven monomeren met een thia-amine keten op), een ring met drie benzenen en tussen elke benzeen de groep CH2 CH2 NH C=S NH CH2 CH2), nog eentje die ik me niet herinner
#** Solventen: de gewoonlijke
#* Effect rigide groepen op EM
#* Synthese thia analoog [2.2.2]cyrptand, hoe synthese verbeteren?
#*Pillarenen uitleggen, verband andere calixarenen
# Smet
#* Welke reactie geeft de grootste entropie veranderingen? eentje is het azijnzuur dimeer, de andere is de cyclisatie van twee ringen (eentje is maleïnezuuranhydride en de ander cyclohexa-1,3-dieen) (volgens chemdraw heet het gevormde molecule (4R,7aS)-3a,4,7,7a-tetrahydro-4,7-ethanoisobenzofuran-1,3-dione). Bijvraag: iets met de deeltermen van de entropie, bij welke is welke het grootst?
#* Geef teken rho (Hammett) van de complexatie van K+ met een benzokroonether met aan die benzeenring een substituent R. Geldt deze redenering voor rho ook voor een tweede kroonether die aan een ethyleen eenheid een CH2R groep heeft hangen?
#* Bespreek relenza en tamiflu, over hun biobeschikbaarheid en mechanisme

=== 15 juni 2018 NM===
# Dehaen
#* Combineren van gast, gastheer en solvent met als gasten: lanthaan, paraquat en nog een dicarbonzuur, als gastheren verschillende calixarenen in water ph 2,7,10, methanol of chloroform
#* Vraag welke het beste zou zijn voor ionentransport over een organisch membraan: diglyme of 2,2,2 kryptand
#* Een synthese van een 2,2,2 thiakryptand derivaat
# Smet
#* Ceiling & floortemperatuur + voorbeeld
#* Met de hammetvgl werken en teken van rho bepalen bij een complexvorming van pseudorotaxaan
#* Invloed van ... (cyclodextrine?) op transport van medicijnen en da linken aan de lipinskiregels
=== 15 juni 2018 VM ===
# Dehaen
#* Stel een synthese voor voor het volgende molecule: vanuit p-tBu-fenol en p-Me-fenol een calix[4]areen met aan de 1,3-alcoholen het trimeer van p-Me-fenol (via ether). Deze 1,3benzeenringen hebben geen buty meer, en alle overgebleven vrije hydroxylgroepen zijn gemethyleerd.
#* Nonactine & valinomycine
#* Gast, gastheer, solvent:
#** H2O (pH = 3,7, 10), DCM, MeOH
#** Na+, ammoniumzout*, diamide*, benzoezuur (* = structuur gegeven)
#** Calix[4]areen*, resorcinol uit acetaldehyde en 24u reflux, benzokroonether*, alfa-cyclodextrine, diamine* (* = structuur gegeven)
# Smet
#* Welk proces geeft de grootste entropieverandering met zich mee?
#** Furaan + H2C=COOR --> furaanring waarvan de twee dubbele bindingen weg zijn en er eentje bij is gekomen waar er eerst de enkele binding was, en de twee koolstoffen naast de zuurstof zijn nu verbonden met de koolstoffen van de dubbele binding van het ester
#** twee carbonzuren die een dimeer vormen
#* Bepaal teken rho, heeft pH invloed (R-C6H5 pi-pi stapeling met C6H5-NH2)
#* Relenza en tamiflu (orale beschikbaarheid en mechanisme)

=== 22 juni 2017 ===
#Dehaen:
#* Stel de synthese op voor het Lehn's sferand (structuur gegeven) vanuit (derivaten van) diëthyleenglycolen.
#* Wat zijn pseudo-hoge-verdunningsvoorwaarden en hoe werkt dit?
#* Combineer. Gastheren: cyclisch guanidine, cucurbit[8]uril, 30-kroon-10. Gasten: arginine, N-acetyltryptofaan, 1,4-bis(aminoimidazoline)butaan. Solventen: Chloroform, methanol, water pH 2, 7 en 10. (structuren gegeven)
#Smet:
#* Gegeven: een pyrrool gesubstitueerd met een alkeen met twee R-substituenten (willekeurig). Dit molecule interageert met een onbekende receptor. Welke interactie veronderstel je? Bepaal het teken van rho. Wat gebeurt er met de absolute waarde van rho wanneer je een R-substituent vervangt door een H-atoom.
#* Wat is transfectie en hoe kan supramoleculaire chemie hierbij helpen?
#* Twee verbindingen gegeven, elk met 3 waterstofbindingen (structuren uit slides deel supramoleculaire polymeren). Welke verbinding heeft de grootse associatieconstante en waarom?

=== 16 juni 2017 ===
#Dehaen:
#* welke factoren beinvloeden de effectieve molariteit
#* synthese van hexathia18-kroon-6 vanuit ethyleenglycol en bis(2hydroxyethyl)sulfide op een veilige manier en wat doen we om de opbrengst zo hoog mogelijk te houden
#* wat zijn ansa-verbindingen en hoe kunnen ze meer inzicht geven over de ruimtevulling van de groepen
#* een structuur gegeven met 2 NH2 groepen een kroonether en een R (fenyl). 4-aminobutaanzuur is beter oplosbaar dan glycine (2-aminoazijnzuur) en 6-aminohexaanzuur. Hoe komt dit, welke interacties. De oplosbaarheid stijgt wanneer we R vervangen door (4-NO2-fenyl). Verklaar.
#* er zijn twee isomeren bij de synthese van resorcinarenen. Welke zijn dit?

#SMET:
#* gegeven een amide: RR'C=CH-CO-N(CH3)2 met onbekende receptor gaat interageren:
Welke interactie verwachten we, teken van reactieparameter, plus redeneer. Wat gebeurt er met de absolite waarde van de reactieparameter als we een van de R groepen vervangen door een H.
#* lipskin regel geven en wat is het belang tegenwoordig in farmaceutische industrie
#* Bij synthese van rotaxanen volgens iemand (Stoddart ofzo)(tetrakationisch complex) zal threading een hogere opbrengst geven dan clipping waarom?
Waarom dan niet altijd threading?

=== 19 juni 2015 ===
#Dehaen:
#* Stel een synthese voor voor het volgende molecule: vanuit p-tBu-fenol en p-Me-fenol een calix[4]areen met aan de 1,3-alcoholen het trimeer van p-Me-fenol (via ether). Deze twee benzeenringen zijn ook gedebutyleerd en alle overgebleven vrije hydroxylgroepen zijn gemethyleerd.
#* Bespreek aan de hand van hun structuurelementen de functie van nonactine en valinomycine (structuur gegeven).
#* Verbind de juiste gastheren met de juiste gasten en solventen. Gasten: Natriumion, p-diaminobenzeen, p-diaminobenzeen met beide stikstoffen tetragebutyleerd, benzoÃ«zuur. Gastheren: calix[4]areen, een groot dibenzokroonether, een resorcinareen verkregen na 24 uur reflux, alfa-cyclodextrine en een aromatisch diamide. Solventen: water (pH 3, 7, 10), MeOH & DCM.
#Smet:
#* 4-R-pyridine. Deze gast bindt enkel aan de gastheer indien de stikstof geprotoneerd is. Bepaal het teken van de Hammett-parameter rho. Op welke interactie zou de complexatie kunnen berusten?
#* Geef de twee methoden die gebruikt kunnen worden om de associatieconstante te schrijven in functie van deelassociatieconstanten. Beschrijf de fysische basis van het probleem dat hierbij optreedt.
#* Bespreek de moleculaire basis van plaquevorming zoals die optreedt bij bijvoorbeeld de ziekte van Alzheimer. Wat zijn de therapeutische mogelijkheden om dit tegen te gaan? Bijvraag: op welke secundaire structuren en soorten interacties berust de associatie?

===18 juni 2014 (voormiddag) ===
#Dehaen:
#* Geef een voorstel voor de synthese van een gegeven [2.2.2]cryptand uitgaande van chlooracetamide. Het cryptand heeft stikstoffen als bruggenhoofden, 2 ketens met telkens 2 zuurstoffen en 1 keten met 2 zwavelatomen. En hoe kan je de macroyclisatie bevorderen?
#* Transport van donor naar acceptorlaag via een organisch membraan? hoe gaat dit het beste met pentaglyme of met een [2.2.2]cryptand. Verklaar.
#* Verbind de juiste gast met de gegeven gastheren en solventen. Er zijn meer gastheren en solventen dan er gasten zijn.
#Smet:
#* Je hebt een gesubstitueerd chinoline (onbekende substituent). Dit chinoline complexeert enkel met een gastheer als de N niet geprotoneerd is. wat is het teken van de hammet-parameter Rho? welke interactie zal er zijn tussen de gast en de gastheer?
#* Geef de 4 belangrijkste entropieveranderingen bij complexatie en bespreek. Welke is verantwoordelijk voor preorganisatie? Leg uit.
#* Invloed ketenlengte benzokroonether op rendement van een catenaan met een tetrakationisch cyclofaan.

=== 19 juni 2014 (namiddag) ===
#Dehaen:
#* Geef een voorstel voor de synthese van een gegeven calix[4]hemisferand uitgaande van 2 gegeven fenolen. De receprot bestond uit een calix[4]areen met een hemisferand aangehecht op de 1- en 3-posities.
#* Gegeven de structuur van valinomycine en nonactine: bespreek de functie en hoe de verschillende structuurelementen hiertoe bijdragen.
#* Verbind de juiste gast met de gegeven gastheren en solventen. Er zijn meer gastheren en solventen dan er gasten zijn.
#**solventen: zuur, neutraal of basisch water, methanol, dicchloormethaan
#**gastheren: cyclodextrine, een grote benzokroonether, een calyxareen, stoel resorcinareen en een heteroaromatische receptor met amidefuncties.
#**gasten: natriumion, aromatisch diamine, aromatisch diammoniumzout, benzoÃ«zuur
#Smet:
#* Op welke 2 manieren kunnen we de totale associatieconstante beschouwen als een product van deelassociatieconstanten? Wat is bij elk het grootste fysisch probleem? Welk van deze 2 methoden is, op praktische gronden, te verkiezen en waarom?
#* Gegeven een amide met een para-gesubstitueerde fenylgroep op de N en de carbonyl. Dit molecule gaat waterstofbindingen aan met zowel de zuurstof als de NH. Wat is het teken van de Hammett-parameter rho voor het substituent op elke benzeenring?
#* Gegeven de structuur van een receptor bestaande uit een porfyrinering, gekoppeld aan een calixareen met ketens die veel heteroatomen bevatten. De bindingsconstanten van KI is hoog, die voor NaI en NaClO4 tussenin (en ongeveer gelijk), die van KClO4 laag. Verklaar waarom. (Deze structuur staat in de cursus ter hoogte van het deel over coÃ¶perativiteit).

=== 15 juni 2012 (namiddag) ===
#Dehaen:
#* Wat zijn pseudo-hoge verdunningsvoorwaarden en geef 2 voorbeelden hoe men dit in de praktijk bewerkstelligt.
#* Onderzoekers onderzochten de complexatieconstante van verbindingen A, B en C met het chloride-anion. Ondanks extra H-atoom beschikbaar, had C toch de laagste complexatieconstante. Volgorde was KA > KB >> KC. Volgens de onderzoekers had dit te maken met een verschillende preorganisatie. Verklaar. [[Bestand:MolHerExamenDehaen.jpg]]
#* Rangschik volgens toenemende affiniteit voor het kaliumkation en motiveer: 18-kroon-6, 1,10-dithia-18-kroon-6, benzo-18-kroon-6, [2.2.2]cryptand, 15-kroon-5, 21-kroon-7.
#Smet:
#* Voor een bepaald hydrofoob (gedeelte van een) gastmolecule werd aangetoond dat het de hydrofobe holte van de gastheer maar voor 55% vult in stabielste toestand. Verklaar thermodynamisch waarom het kan dat deze gedeeltelijk gevulde toestand meer bevoordeeld wordt dan de volledig gevulde holte.
#*
#** Welke interacties zijn van belang bij het catenaan gevormd uit '''1''', '''2''' en '''3'''?
#** Wat zou het effect zijn op de bindingsconstante moest het catenaan gevormd worden rond '''4''' i.p.v. '''1''' en waarom?
#** Beredeneer het teken van de Hammett parameter Ï van de catenatiereactie van '''5''' met het monogealkyleerd derivaat van '''3''' (hiermee wordt bedoeld, de open-ketenvorm van '''2''' enkelvoudig gebonden aan '''3'''). Sterische effecten van R mogen verwaarloosd worden [[Bestand:CatenaanSmet.png]]
#* Onderzoekers synthetiseerden bovenste verbinding als receptor voor de onderste (tekening is ''ongeveer'' juist). Belangrijke interacties hierbij zijn H-bruggen, maar ook de Ï€-Ï€-interacties tussen de eindstandige benzeenringen spelen een beduidende rol. Om aard en sterkte van deze Ï€-Ï€-interacties te onderzoeken synthetiseerde men een aantal derivaten van beide, en mat men het verschil in bindingssterkte voor verschillende substituenten op de benzeenringen. [[Bestand:receptorSmet.png]]
#** Welke complicatie valt te verwachten bij deze metingen, vanwege de verschillende substituenten op de derivaten?
#** Verklaar de waargenomen tendensen in de gemeten energiebijdragen, weergegeven in de tabel (deze waarden zijn gecorrigeerd voor de complicaties waarnaar gevraagd in eerste subvraag dus zijn ''juist'').
[[Bestand:tabelSmet.png]]

=== 17 juni 2011 (voormiddag) ===
#Dehaen:
#* Onderzoekers onderzochten de complexatieconstante van verbindingen A, B en C met het chloride-anion. Ondanks extra H-atoom beschikbaar, had C toch de laagste complexatieconstante. Volgorde was KA > KB >> KC. Volgens de onderzoekers had dit te maken met een verschillende preorganisatie. Verklaar. [[Bestand:MolHerExamenDehaen.jpg]]
#* Klassieke vraag. Verbind de juiste gast met gastheer en solvent. Licht toe en zeg welke interacties plaatsvinden.
#* Wat is de CAC? Waarom is het belangrijk dat deze gemeten wordt en hoe wordt deze gemeten?
#Smet:
#* Gegeven: [[Bestand:MolHerExamenMario.jpg]] Bepaal het teken van &rho;X, voor groep X en &rho;R, voor groep R. Waarom gaat bij zÃ©Ã©r elektronenzuigende groepen, bv. X=F-, de meting van de complexatieconstante met nucleofiele deeltjes niet meer correct verlopen?
#* Mag men de &Delta;G van interacties met de aromatische ring en de &Delta;G van interacties met de gedeprotoneerde carbonzuurfunctie zomaar optellen? Verklaar. [[Bestand:MolHerExamenMario2.jpg]]
#* De synthese van rotaxanen op vaste drager kan handig zijn. Onwaar/waar en verklaar.

=== 11 juni 2010 (namiddag) ===

#Dehaen:
#* geef de structuur van cyclotriveratryleen en de synthese vanuit veratrol. Waarom zijn asymmetrisch gesubstitueerde CTV's chiraal?
#* hoe kunnen we eigenschappen van een gegeven cyclofaan gebruiken om de grootte van de substituent op de ring te bepalen
#* geef de synthese van de macroring 15 kroon 5 maar ipv met zuurstoffen met (NH , O , NH, S, S) vanuit HSCH2CH2SH en H2NCH2CH2OCH2CH2NH2
#* welke gast past in welk solvent bij welke gastheer? gasten: (Fe3+, Yb3+, tetramethylammonium, benzoaat) solventen: (methanol, DCM, water met pH=3,7,10) gastheren:(een resorcinareen, een [4]-calixareen met een -O-CH2COOH op elke ring, een [6]-calixareen met op de ring aan de ene kant een SO3H aan de andere kant een staart met een hydroxyamide rest aan, een [6]-calixareen met daaraan een staart met aan het uiteinde een fenylureum staart
#Smet:
#* gegeven: een receptor met daarop 2 groepen die waterstofbruggen vormen met een HO- en een -CHO op drie verschillende liganden. Welke complex zal het stabielste zijn, en verklaar dit energetisch en entropisch (ligand 1 is een bifenyl, ligand 2 is een bifenyl met een huge (triethylmethyl-)substituent op een van de ringen en ligand 3 is gewoon een alifatische keten met die oh en cho aan de uiteinden)
#* wat is de dubbele mutantcyclus een geef een voorbeeld dat de voordelen duidelijk maakt

=== 11 juni 2010 (ochtend) ===

#Dehaen:
#* Bespreek de synthese van volgend cavitand, vertrekkende van resorcinareen. (afbeelding volgt nog)
#* Wat is [2,2]paracyclofaan? Geef de syntheses en eigenschappen (UV-spectrum).
#* Bespreek het kinetisch en thermodynamisch templaateffect.
#* 5 Macroringen gegeven; rangschik naar toenemende effectieve molariteit. (afbeelding volgt nog)
#Smet:
#* Gegeven 1-amino-5-R-naftaleen (met R een onbepaalde substituent). In een complex vormt deze aminogroep een waterstofbrug. Onderzoek wijst uit dat de "reactie"-parameter sterk positief is. Welke soort R-substituenten bevoordeligen de reactie? (leg uit met Hammett-vergelijking en de substituent-parameter) Bekleedt de aminogroep een donor- of acceptorfunctie bij het vormen van deze waterstofbrug?
#* Waarom is het entropieverlies van complexvorming in oplossing doorgaans kleiner dan in gasfase?

=== 19 juni 2009 ===

#Dehaen:
#* Verklaar waarom de effectieve molariteit stijgt bij een macrocysliche 10-ring, wanneer
#** a) rigide groepen worden gebruikt
#** b) heteroatomen worden gebruikt.
#* Wat is het verschil tussen een clathraat en een vaste stof-inclusie complex.
#* Schrijf de synthese op van dit cavitand (structuur is gegeven) vertrekkende van rescoriol. De cavitand is gelijkend op die in de cursus staat, maar op de 2' plaats heeft deze een COOH groep.
#* VÃ¶gth synthetiseerde vele cryptanden met substituenten X (structuur is gegeven). Hoe kon hij daarmee de grootte van de caviteit bepalen?
# Smet:
#* Je krijgt een complexatie van een gast en gastheer die via pi-pi interacties complexeert en net naast deze aromatische ringen een waterstofbrug vormt met een amide op de gast.
#** Men wil d.m.v. substituenteffecten op de aromatische ringen ph1 (= op gast) en ph2 (= op gastheer) de bijdrage voor deze pi-pi interactie meten. Welke complicatie verwacht je echter met deze methode, bij dit specifieke complex?
#** Verklaar in de tabel (tabel met horizontaal de para-ph1 substituenten en vertikaal de para-ph 2 substituenten) de verlopen van de incrementen. (De incrementen zijn aangepast aan de complicatie die je in het eerste puntje moet geven en zijn dus correct)
#** Bepaal ook het teken van de Hammett rho parameters.
#* Trage complexen.
#** Hoe kan je in een NMR spectrum zien of je te maken hebt met een traag complex
#** Wat is het voordeel van een extreem traag complex? Geef een relevant voorbeeld van hoe we er gebruik van kunnen maken.

=== 16 juni 2009 ===

# Dehaen:
#* match de gasten en de gastheren met de juiste solventen. Gast: 1,4-benzochinon, naftaleen-1,5-dicarbonzuur en 4-butylfenol ("voor mensen die niet goed zijn in naamgeving, zal ik de moleculen even op bord tekenen"). Solvent: water (ph= 2, 6, 10), MeOH, CCl4. Gasten: alpha-cyclodextrine, diazo-18-kroon-6, 18-kroon-6, [2,2]cyclofaan en 2 grote cyclofanen die getekend staan. Geef ook alle niet-covalente reacties en licht uw keuze toe
#* Wat is CAC, waarom belangrijk en hoe gemeten
#* reactie van een [2,2,1]cryptand opgebouwd uit bi en triÃ«thyleenglycolderivaten
#* Membraantransport van kationen met kroonethers en de voorwaarden waaraan dat kroonether moet voldoen
# Smet:
#* Het teken van rho (Hammet) bepalen uit een tabel met stabiliteitsconstanten met verschillende gevers en zuigers. De link vinden met het reactiemechanisme. Bijkomende vraag: wat gebeurt er met een sterke base en een sterke elektronzuiger. (ja wat onduidelijk als je het molecule niet ziet natuurlijk...)
#* Stelling: voor het gegeven molecule mag ik zomaar de deltaG optellen om de totale deltaG te berekenen.
#* Waarom kan het voordelig zijn om synthese van rotaxanen uit te voeren op een vaste fase

=== 9 juni 2008 ===

# Dehaen:
#* welke ionen passen in welke macroringen? (K+, Ag+, Eu3+, Li+ en nog een vieze grote molecule) De macrocyclische verbindingen zijn ook gegeven. Welk solvent pak je best? (H2O, H2O pH 10, MeOH of chloroform) Vermeld welke interacties plaatsvinden
#* bespreek de synthese van: -een calix[4]areen met twee nitraten, twee n-propyloxy's en een azakroonetheroverbrugging-
#* Wat is zijn zelfassemblage en zelforganisatie en illustreer met een voorbeeld
# MS:
#* Tabel horende bij compensatie-effect gegeven. Welke interacties? Bespreek de tendens in de tabel en ook het verschil in \Delta S tussen gasfase en oplossing.
#* tekening van een catenaan met een cyclofaan met nogal wat N in rond een benzokroonether gegeven. Deze verbinding toont met H-NMR slechts twee signalen (3,45 en 6,26 ppm of zo) voor de hydrochinon-waterstoffen. Reden? Bespreek ook de multipliciteit van de signalen.

=== 13 juni 2008 ===
# Dehaen:
#* Waarom is ethyleendioxy zo'n populaire eenheid in kroonetherchemie
#* Welke 2 groepen zijn belangrijk bij de complexatie van Fe bij de sideroforen
#* 3 gasten (Lithium, azide, tetramethylammonium), 5 solventen (MeOH, H2O( pH 2,6,10), CCl4), gastheren ([2.2.2]-cryptand, all-cis resorcinareen, cram's sferand, 18-kroon-6,...)
# M.S.:
#* Synthese van tetrakationisch cyclofaan
#* Vraagje over receptor die interageert met gast, welk teken heeft de hammett parameter rho.

Moleculaire Herkenning

2025-06-21T13:37:10Z

R0948496: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

Verplicht vak voor chemie. Moleculaire herkenning wordt gedoceerd door 2 proffen. Mario smet en Wim "sandalen" Dehaen. 50% van de punten staan op het examen, de andere 50% staan op een paper. Op het examen worden mondelinge vragen gesteld over de paper. Bij prof. Smet zijn dit normaal enkel de vragen die hij geeft bij de feedback op de paper,
prof. Dehaen stelt vaak ook extra vragen.

==Examenvragen==

===17 juni 2025 (VM)===
#Deel Wim
##Koppelvraag: Koppel elke gastmolecule aan een geschikte gastheer en oplosmiddel. Niet elke gastheer of elk oplosmiddel moet gebruikt worden; hergebruik is toegestaan.
##*Gasten: Li+, Ag+, K+, Eu3+ en tweevoudig alifatische quaternair ammmoniumzout verbonden met een ring
##*Gastheren: diaza18C6, DCH18C6, B18C6, 12C4, 16C4, molecule op p 71, molecule op p 81 met 4 carbonzuren
##*solventen: methanol, water (pH 7 of 10), chloroform
#Deel Mario
##leg uit hoe cyclovoltametrie kan helpen bij het karakteriseren bij het catenaan dat uitvoerig is besproken in zijn slides over rotaxanen en catenanen
##Leg de Hammett equation uit en geef het teken van rho bij de complexatie van een complex amide met het chloride anion. Leg ook uit hoe je de benzeenring op de gastheer kan modificeren om zo Cl- nog beter te complexeren
##leg de fysische werking uit van transitietoestandanaloga

===17 juni 2025 (VM)===
#Deel Wim
##Koppelvraag: Koppel elke gastmolecule aan een geschikte gastheer en oplosmiddel. Niet elke gastheer of elk oplosmiddel moet gebruikt worden; hergebruik is toegestaan.
##*Gasten: hexadecyltrimethylammoniumchloride (focus op het hexadecyltrimethylammonium-kation), tetraethylammoniumnitraat (focus op nitraat), 1-naftaleensulfonzuur, 4-aminobutaanzuur.
##*Gastheren: [2.2.2]-cryptand, resorcinareen, α-cyclodextrine, β-cyclodextrine, lariatkroonether met amine-/amidegroepen in de staart, azakroonether-achtige macrocyclus met meerdere amines en twee benzeenringen als ‘caps’.
##*Solventen: dichloormethaan (DCM), methanol, water (pH 2, 7 of 10).
##**Tip: 4-aminobutaanzuur komt voor als zwitter-ion (combinatie met lariatether (zuur = h-brug acceptor dus met de NH staart, amine = h-brug donor dus met kroonether), 1-naftaleensulfonzuur met beta-cyclodextrine, nitraat met het azakroonether, hexadecyltrimethylammoniumchloride was volgens mij met het resorcinareen.)
##Wat is het effect van rigide groepen op de effectieve molariteit (EM)?
##Stel een synthesetraject op voor het thia-analoog van de [2.2.2]-cryptand, vertrekkende van triethanolamine. Hoe maximaliseren we de synthese?
##*Tip: OH vervangen door betere leaving-group (bv tosyl), dat laten reageren met een thiol (bv ethane-1,2-dithiol). Maximaliseren met hoge verdunning en base (cesiumeffect).
#Deel Mario
##Welk proces heeft de kleinste entropieverandering?
###Een cyclisatie waarbij een alkyn (R–C≡CH) met een triazene reageert tot een triazoolring
###Vorming van een waterstofbrug tussen amidegroepen
##Wat is het teken van ρ in de Hammetvergelijking bij complexatie van K⁺ met een kroonether die een benzeenring bevat, waarbij R een substituent is op die aromatische ring? Geldt dezelfde redenering ook voor een kroonether waarbij R via een CH₂-keten aan de kroonether is gekoppeld (dus kroonether–CH₂–R i.p.v. kroonether–C₆H₄–R)?
##*Tip: zelfde redenering geldt niet want er wordt geen rekening gehouden tussen inductieve en mesomere effecten bij rho (dus mesomeer gevend kan inductief zuigend zijn).
##

===11 juni 2025 (VM)===
#Deel Wim
#*Synthetiseer een [2.1.1]cryptand
#*Belang resorcinol molecule in de supramoleculaire chemie bespreken, had te maken met boot-/stoel-conformatie dus resorcinarenen. En dan toepassingen van resorcinarenen geven ( complexatie met quaternaire amoniumzouten en vooral cavitanden en carceplexen)
#*standaard combinatievraag

#Deel Mario
#* Exact hetzelfde als 30 augustus 2021
#* Bij vraag 2: Let op de basisiciteit van de stikstofatomen -> alternatieve molecule zal een zuur-base reactie hebben met de stikstof van de macroring, waardoor je geen pseudo-rotaxaan kan krijgen

===12 juni 2024 (VM)===
#Deel Wim
#*Synthetiseer 4de molecule p78, waarvan 2 van de 4 moleculen: R = propyl en de andere 2 hadden geen tert-buthyl maar een monoazakroonether. Gegeven waren startproducten formaldehyde (mag je 2 keer gebruiken), monoazakroonether en tertbuthylfenol. Zoek een juiste volgorde van synthesestrategie. (Bijvraag: wat en hoe reageert formaldehyde en waar op de ring)
#*Wat is het verschil tussen een vaste-toestand-inclusiecomplex en een clathraat? (Bijvraag: iets van voorbeeld gegeven)
#*Wat is het verschil tussen sephulcraat, sidefoor of sacrofagine? En hoe worden deze bereid uit formaldehyde en ethyleendiamine?
#*Klassieke vraag van 4 gastheren, 4 gasten en 5 solventen. Geef ook welke niet-covalente interacties er aanwezig zullen zijn.
##*Gasten (structuren gegeven): 1,4-benzendicarboxylic acid / Paraquat / isocyanuurzuur / ureum
##*Gastheren (structuren gegeven): Glycoluril (6 keer in een cirkel) / en nog 3 anderen die ik niet ken)
##*Solventen Water pH 3 / 7 / 10 / MeOH en DCM (Let op met de interacties)

#Deel Mario
#*2 reacties gegeven (1 met 2 moleculen waarbij covalente binding gevormd wordt, 2 azijnzuren die H-bruggen vormen) welke heeft de grootste entropieverandering?
#*Molecule gegeven met pi-pi-stapeling. Wat is het teken van de Hammett-parameter rho? Leg uit als er pH-afhankelijkheid is voor het teken? (Ja!)
#*Molecule gegeven met 5 H-bruggen, we willen de bindingsconstante van H-brug met * bepalen. Hoe doen we dit? Er zullen problemen opduiken. Geef een oplossing voor deze problemen.

===11 Juni 2024 (VM)===
#Deel van Dehaen
#*Volgende moleculen werden getest op gast-gastheer complexvorming met chloride-anion. Bij hetzelfde solvent ging de complexvorming het best op met gastheer 1, dan 2 en dan 3 die beduidend veel slechter complexeerde. Nochtans heeft 3 een extra H op de aromatische N in vergelijking met 1. De onderzoekers linkten de slechte complexvorming bij 3 met een verschil in preorganisatie. Leg uit. (Het kwam erop neer dat je de groepen juist moest uittekenen en dan de juiste interacties moest vinden.) [[File:Vraag1Wim.png|caption]]
#*Rangschik volgende moleculen van slechtst naar best voor complexvorming met een Li-kation. [[File:Vraag2Wim.png|caption]]
#*Geef een voorstel van de synthese van hexathia-18-kroon-6 waarbij je bèta-halogeensulfiden vermijdt.

#Deel van Mario
#*Wat is de ceiling temperature en floor temperature? Wat is hun fysische betekenis? Geef een voorbeeld van supramoleculaire polymeren bij elke soort temperatuur. Leg uit wat het belang is van de ceiling temperature bij duurzame afvalverwerking van de polymeren.
#*Rotaxaanvormingsreactie gegeven. Bepaal het teken van de Hammet-parameter rho met betrekking tot substituent R voor de ligging van het ev. Zou deze rotaxaanvorming ook opgaan met een difenylamine? (exact zelfde vraag als augustus 2021)
#*Waarom worden cyclodextrines gebruikt in geneesmiddelen? Leg uit aan de hand van de Lipinski regels voor orale beschikbaarheid.

===14 Juni 2023===
#Deel van Dehaen
#*Hoe maak je 1,4,10,13-tetraäza-18-kroon-6 uitgaande van 1,2-diaminoëthaan en eventueel andere reagentia? Welke techniek zou je gebruiken om een maximale opbrengst te bekomen?
#*Wat is het verschil tussen een vaste-toestand-inclusiecomplex en een clathraat?
#*Wat zijn sepulchraat- en sarcofaginecomplexen en hoe kan je ze bereiden met ethyleendiamine en Co(III)?
#*Combinatievraag: Combineer telkens een gast, gastheer en een solvent. Er zijn 4 gastheren, 4 gasten en 5 solventen gegeven. Bij elke gastheer hoort 1 gast en vice versa. Er zijn meer solventen gegeven dan gasten en gastheren, dus hier kan je er al zeker 1 niet gebruiken. Geef een korte verklaring bij elke combinatie die je maakt.
#**Gastheren: 1. een cyclofaan met 2 ringen en 3 NH's tussen de ringen aan elke kant (tussen elke NH zat een CH2). 2. Cucurbit[6]uril. 3.Een klein cyclisch molecule met 2 aromatische ringen met een N naar binnen gewezen. Boven deze ring zijn 2 of 3 NH's, eronder 2 N-CH3's. 4. Een groot cyclisch molecule met aromatische ringen met een N (naar binnen wijzend) en tussen de aromatische ringen een koolstofketen met NH's (ook 2 random C=O bindingen die naar buiten wijzen, links- en rechtsboven).
#**Gasten: 1. Koolstofketen met aan elke uiteinde een aromatische ring. Op de verbinding tussen de keten en elke ring zit een positief geladen N. 2. ureum. 3. Cyclohexaan met afwisselend een O (C=O, met C de C van de ring en O het substituent) en een NH2 als substituent (in totaal volledig gesubstitueerd). 4. Een aromatische ring met 2 COOH substituenten in para.
#**Solventen: Water (pH 3,7 of 10), methanol of dichloormethaan

#Deel van Mario
#*Er is een afbeelding gegeven van het complex dat KI coöperatief kan binden adhv Zn (staat ook in de slides bij coöperativiteit). Dan staan er bindingsconstantes gegeven van KI, KClO4, NaI en NaClO4 met KI duidelijk de hoogste bindingsconstante.
#**a) Verklaar de waargenomen resultaten.
#**b) Welke binding gaat volgens jou gepaard met de grootste entropieverandering? Verklaar.
#*18-kroon-6 is gegeven met een aromatische ring erop en aan de aromatische ring hangt een R. Wat is het teken van rho indien de complexeren van K+ met deze structuur bekijken en wat is de verhouding met R? Geef in je antwoord zeker de volledige Hammett-vergelijking. Dan staat er een tweede afbeelding gegeven, ook 18-kroon-6, maar hier is het substituent -CH2-R. Geldt dit ook voor de tweede structuur?
#*Wat zijn de voor- en nadelen van supramoleculaire polymeren?

=== 15 Juni 2022 ===
#Dehean
#*Combinatievraag
#**Solvent: CH2Cl2, MeOH, H2O pH (2,7,12)
#**Guests: trimethylhexadecylammonium *Cl-*, *tetrabutylammonium* nitraat, naftaleen-1-sulfonzuur, 4-aminobutaanzuur
#**Hosts: zeven, enkel molecule gegeven dus kan ze niet opnoemen ([2,2,2]-cryptand met enkel zuurstof, ...)
#*Verband EM & rigide groepen
#*Synthese hexathia-analoog van [2,2,2] cryptand, uitgaande van triëthanolamine
#**Hoe maximaliseren we de synthese?
#Smet
#*Bespreek compensatiegedrag entropie en enthalpie
#*Welke technieken om verschil tussen een catenaan en zijn 2 aparte ringen te meten (vermeld eventuele eigenschappen die nodig zijn op de macroringen)
#*Azidothymidine: structuur gegeven, voorspel werking en bio-beschikbaarheid

=== 30 Augustus 2021===
[https://i.imgur.com/eDCNSJR.jpg Dehaen] 
[https://i.imgur.com/JolZOyK.jpg Smet]

=== 18 juni 2021===
#Dehaen
#*Combinatievraag.
#**Gasten: naftaleenderivaat, nitraat, aminobutaanzuur,...
#**Gastheren: alpha-cyclodextrine derivaat met een quaternair amoniumzout aan gebonden, beta-cyclodextrine derivaat, kroonether met thioureumfuncties, een lariatether, [2.2.2] cryptand met zuurstof als donoratomen en N als bruggenhoofden.
#**Solvent: water pH 2, 7, 10, methanol, CH2Cl2
#*Verband EM & rigide groepen
#*Synthese van het thia-analoog van de [2.2.2]-cryptand startende van een triethanolamine.
#Smet
#*Leg uit waarom de meeste polymerisatiereacties slechts opgaan onder een bepaalde temperatuur. Geef de naam van deze temperatuur.
#*Leg uit waarom sommige polymerisatiereacties enkel opgaan boven een bepaalde temperatuur. Geef de naam van deze temperatuur. Geef een voorbeeld van een monomeer dat dergelijk gedrag vertoond.
#*Vraag over een complexatiereactie met een R-substituent en wat het teken van rho zou zijn in de Hammett-vergelijking.

=== 26 juni 2019 VM===
# Dehaen
#* Uitleggen waarom verzeping plaatsvindt van een gegeven molecule met KOH in tolueen enkel als een kroonether aanwezig (18-kroon-6 analoog)
#* Uitleggen waarom cyclodextrines geschikt zijn voor "drug delivery" en een geschikt cyclodextrinekiezen (alfa, beta, gamma) voor naproxen (naftaleenderivaat)
#* Waarom base gebruiken voor kroonethersynthese van catechol en oligoethyleenglycoltosylaten? (deproteneren / templaateffect van kation)
#** Verschillende kroonethers gegeven met variërende lengte en aantal zuurstoffen. Hij vraagt om voor elke kroonether de juiste base te kiezen
#** Keuze uit 5 basen: LiAcO, KAcO, NH4AcO, CsAcO en moleculair kation en AcO-
#* Resorcinaren worden gevormd in zuur milieu maar na een tijdje zal het thermydynamischer stabieler zijn (stoel versus boot)
#** Geef interacties van beide isomeren in basisch milieu met een tetraalkylammonium-kation
# Smet
#* 2 associaties gegeven, welke van de 2 associaties heeft de kleinste entropieverandering? (A = H-brugacceptor & D = H-brugdonor)
#** Associatie 1: ADA DAD (letters staan eigelijk onder elkaar)
#** Associatie 2: AAA DDD (letters staan eigelijk onder elkaar)
#* Molecule gegeven met R-groep dat interacties aangaat met een chloride-anion
#** Welke interacties zijn er voornamelijk?
#** Wat voor groep moet R zijn? Hoe verhoudt zicht dat tot de parameter rho?
#* Bespreek biobeschikbaarheid van morfine (structuur gegeven)
#** Heroïne heeft een sterker effect op het centraal zenuwstelsel, verklaar? (gegeven dat morfine reageert met overmaat azijnzuuranhydride en heroïne vormt).

=== 21 juni 2018 NM===
# Dehaen
#* Combineer:
#** Gasten: trimethylhexadecylammoniumion, nitraation, 4-aminoboterzuur, naftaleensulfonzuur.
#** Gastheren: resorcinareen, benzokroonether met één N en op die N zat een keten (keten = CH2 C6H4 CH2 ... NH C=NH NH ... azole ring), twee speciale cyclodextrines (eentje was een ring van zes monomeren met een ammoniumfuntie op, de andere was een ring van zeven monomeren met een thia-amine keten op), een ring met drie benzenen en tussen elke benzeen de groep CH2 CH2 NH C=S NH CH2 CH2), nog eentje die ik me niet herinner
#** Solventen: de gewoonlijke
#* Effect rigide groepen op EM
#* Synthese thia analoog [2.2.2]cyrptand, hoe synthese verbeteren?
#*Pillarenen uitleggen, verband andere calixarenen
# Smet
#* Welke reactie geeft de grootste entropie veranderingen? eentje is het azijnzuur dimeer, de andere is de cyclisatie van twee ringen (eentje is maleïnezuuranhydride en de ander cyclohexa-1,3-dieen) (volgens chemdraw heet het gevormde molecule (4R,7aS)-3a,4,7,7a-tetrahydro-4,7-ethanoisobenzofuran-1,3-dione). Bijvraag: iets met de deeltermen van de entropie, bij welke is welke het grootst?
#* Geef teken rho (Hammett) van de complexatie van K+ met een benzokroonether met aan die benzeenring een substituent R. Geldt deze redenering voor rho ook voor een tweede kroonether die aan een ethyleen eenheid een CH2R groep heeft hangen?
#* Bespreek relenza en tamiflu, over hun biobeschikbaarheid en mechanisme

=== 15 juni 2018 NM===
# Dehaen
#* Combineren van gast, gastheer en solvent met als gasten: lanthaan, paraquat en nog een dicarbonzuur, als gastheren verschillende calixarenen in water ph 2,7,10, methanol of chloroform
#* Vraag welke het beste zou zijn voor ionentransport over een organisch membraan: diglyme of 2,2,2 kryptand
#* Een synthese van een 2,2,2 thiakryptand derivaat
# Smet
#* Ceiling & floortemperatuur + voorbeeld
#* Met de hammetvgl werken en teken van rho bepalen bij een complexvorming van pseudorotaxaan
#* Invloed van ... (cyclodextrine?) op transport van medicijnen en da linken aan de lipinskiregels
=== 15 juni 2018 VM ===
# Dehaen
#* Stel een synthese voor voor het volgende molecule: vanuit p-tBu-fenol en p-Me-fenol een calix[4]areen met aan de 1,3-alcoholen het trimeer van p-Me-fenol (via ether). Deze 1,3benzeenringen hebben geen buty meer, en alle overgebleven vrije hydroxylgroepen zijn gemethyleerd.
#* Nonactine & valinomycine
#* Gast, gastheer, solvent:
#** H2O (pH = 3,7, 10), DCM, MeOH
#** Na+, ammoniumzout*, diamide*, benzoezuur (* = structuur gegeven)
#** Calix[4]areen*, resorcinol uit acetaldehyde en 24u reflux, benzokroonether*, alfa-cyclodextrine, diamine* (* = structuur gegeven)
# Smet
#* Welk proces geeft de grootste entropieverandering met zich mee?
#** Furaan + H2C=COOR --> furaanring waarvan de twee dubbele bindingen weg zijn en er eentje bij is gekomen waar er eerst de enkele binding was, en de twee koolstoffen naast de zuurstof zijn nu verbonden met de koolstoffen van de dubbele binding van het ester
#** twee carbonzuren die een dimeer vormen
#* Bepaal teken rho, heeft pH invloed (R-C6H5 pi-pi stapeling met C6H5-NH2)
#* Relenza en tamiflu (orale beschikbaarheid en mechanisme)

=== 22 juni 2017 ===
#Dehaen:
#* Stel de synthese op voor het Lehn's sferand (structuur gegeven) vanuit (derivaten van) diëthyleenglycolen.
#* Wat zijn pseudo-hoge-verdunningsvoorwaarden en hoe werkt dit?
#* Combineer. Gastheren: cyclisch guanidine, cucurbit[8]uril, 30-kroon-10. Gasten: arginine, N-acetyltryptofaan, 1,4-bis(aminoimidazoline)butaan. Solventen: Chloroform, methanol, water pH 2, 7 en 10. (structuren gegeven)
#Smet:
#* Gegeven: een pyrrool gesubstitueerd met een alkeen met twee R-substituenten (willekeurig). Dit molecule interageert met een onbekende receptor. Welke interactie veronderstel je? Bepaal het teken van rho. Wat gebeurt er met de absolute waarde van rho wanneer je een R-substituent vervangt door een H-atoom.
#* Wat is transfectie en hoe kan supramoleculaire chemie hierbij helpen?
#* Twee verbindingen gegeven, elk met 3 waterstofbindingen (structuren uit slides deel supramoleculaire polymeren). Welke verbinding heeft de grootse associatieconstante en waarom?

=== 16 juni 2017 ===
#Dehaen:
#* welke factoren beinvloeden de effectieve molariteit
#* synthese van hexathia18-kroon-6 vanuit ethyleenglycol en bis(2hydroxyethyl)sulfide op een veilige manier en wat doen we om de opbrengst zo hoog mogelijk te houden
#* wat zijn ansa-verbindingen en hoe kunnen ze meer inzicht geven over de ruimtevulling van de groepen
#* een structuur gegeven met 2 NH2 groepen een kroonether en een R (fenyl). 4-aminobutaanzuur is beter oplosbaar dan glycine (2-aminoazijnzuur) en 6-aminohexaanzuur. Hoe komt dit, welke interacties. De oplosbaarheid stijgt wanneer we R vervangen door (4-NO2-fenyl). Verklaar.
#* er zijn twee isomeren bij de synthese van resorcinarenen. Welke zijn dit?

#SMET:
#* gegeven een amide: RR'C=CH-CO-N(CH3)2 met onbekende receptor gaat interageren:
Welke interactie verwachten we, teken van reactieparameter, plus redeneer. Wat gebeurt er met de absolite waarde van de reactieparameter als we een van de R groepen vervangen door een H.
#* lipskin regel geven en wat is het belang tegenwoordig in farmaceutische industrie
#* Bij synthese van rotaxanen volgens iemand (Stoddart ofzo)(tetrakationisch complex) zal threading een hogere opbrengst geven dan clipping waarom?
Waarom dan niet altijd threading?

=== 19 juni 2015 ===
#Dehaen:
#* Stel een synthese voor voor het volgende molecule: vanuit p-tBu-fenol en p-Me-fenol een calix[4]areen met aan de 1,3-alcoholen het trimeer van p-Me-fenol (via ether). Deze twee benzeenringen zijn ook gedebutyleerd en alle overgebleven vrije hydroxylgroepen zijn gemethyleerd.
#* Bespreek aan de hand van hun structuurelementen de functie van nonactine en valinomycine (structuur gegeven).
#* Verbind de juiste gastheren met de juiste gasten en solventen. Gasten: Natriumion, p-diaminobenzeen, p-diaminobenzeen met beide stikstoffen tetragebutyleerd, benzoÃ«zuur. Gastheren: calix[4]areen, een groot dibenzokroonether, een resorcinareen verkregen na 24 uur reflux, alfa-cyclodextrine en een aromatisch diamide. Solventen: water (pH 3, 7, 10), MeOH & DCM.
#Smet:
#* 4-R-pyridine. Deze gast bindt enkel aan de gastheer indien de stikstof geprotoneerd is. Bepaal het teken van de Hammett-parameter rho. Op welke interactie zou de complexatie kunnen berusten?
#* Geef de twee methoden die gebruikt kunnen worden om de associatieconstante te schrijven in functie van deelassociatieconstanten. Beschrijf de fysische basis van het probleem dat hierbij optreedt.
#* Bespreek de moleculaire basis van plaquevorming zoals die optreedt bij bijvoorbeeld de ziekte van Alzheimer. Wat zijn de therapeutische mogelijkheden om dit tegen te gaan? Bijvraag: op welke secundaire structuren en soorten interacties berust de associatie?

===18 juni 2014 (voormiddag) ===
#Dehaen:
#* Geef een voorstel voor de synthese van een gegeven [2.2.2]cryptand uitgaande van chlooracetamide. Het cryptand heeft stikstoffen als bruggenhoofden, 2 ketens met telkens 2 zuurstoffen en 1 keten met 2 zwavelatomen. En hoe kan je de macroyclisatie bevorderen?
#* Transport van donor naar acceptorlaag via een organisch membraan? hoe gaat dit het beste met pentaglyme of met een [2.2.2]cryptand. Verklaar.
#* Verbind de juiste gast met de gegeven gastheren en solventen. Er zijn meer gastheren en solventen dan er gasten zijn.
#Smet:
#* Je hebt een gesubstitueerd chinoline (onbekende substituent). Dit chinoline complexeert enkel met een gastheer als de N niet geprotoneerd is. wat is het teken van de hammet-parameter Rho? welke interactie zal er zijn tussen de gast en de gastheer?
#* Geef de 4 belangrijkste entropieveranderingen bij complexatie en bespreek. Welke is verantwoordelijk voor preorganisatie? Leg uit.
#* Invloed ketenlengte benzokroonether op rendement van een catenaan met een tetrakationisch cyclofaan.

=== 19 juni 2014 (namiddag) ===
#Dehaen:
#* Geef een voorstel voor de synthese van een gegeven calix[4]hemisferand uitgaande van 2 gegeven fenolen. De receprot bestond uit een calix[4]areen met een hemisferand aangehecht op de 1- en 3-posities.
#* Gegeven de structuur van valinomycine en nonactine: bespreek de functie en hoe de verschillende structuurelementen hiertoe bijdragen.
#* Verbind de juiste gast met de gegeven gastheren en solventen. Er zijn meer gastheren en solventen dan er gasten zijn.
#**solventen: zuur, neutraal of basisch water, methanol, dicchloormethaan
#**gastheren: cyclodextrine, een grote benzokroonether, een calyxareen, stoel resorcinareen en een heteroaromatische receptor met amidefuncties.
#**gasten: natriumion, aromatisch diamine, aromatisch diammoniumzout, benzoÃ«zuur
#Smet:
#* Op welke 2 manieren kunnen we de totale associatieconstante beschouwen als een product van deelassociatieconstanten? Wat is bij elk het grootste fysisch probleem? Welk van deze 2 methoden is, op praktische gronden, te verkiezen en waarom?
#* Gegeven een amide met een para-gesubstitueerde fenylgroep op de N en de carbonyl. Dit molecule gaat waterstofbindingen aan met zowel de zuurstof als de NH. Wat is het teken van de Hammett-parameter rho voor het substituent op elke benzeenring?
#* Gegeven de structuur van een receptor bestaande uit een porfyrinering, gekoppeld aan een calixareen met ketens die veel heteroatomen bevatten. De bindingsconstanten van KI is hoog, die voor NaI en NaClO4 tussenin (en ongeveer gelijk), die van KClO4 laag. Verklaar waarom. (Deze structuur staat in de cursus ter hoogte van het deel over coÃ¶perativiteit).

=== 15 juni 2012 (namiddag) ===
#Dehaen:
#* Wat zijn pseudo-hoge verdunningsvoorwaarden en geef 2 voorbeelden hoe men dit in de praktijk bewerkstelligt.
#* Onderzoekers onderzochten de complexatieconstante van verbindingen A, B en C met het chloride-anion. Ondanks extra H-atoom beschikbaar, had C toch de laagste complexatieconstante. Volgorde was KA > KB >> KC. Volgens de onderzoekers had dit te maken met een verschillende preorganisatie. Verklaar. [[Bestand:MolHerExamenDehaen.jpg]]
#* Rangschik volgens toenemende affiniteit voor het kaliumkation en motiveer: 18-kroon-6, 1,10-dithia-18-kroon-6, benzo-18-kroon-6, [2.2.2]cryptand, 15-kroon-5, 21-kroon-7.
#Smet:
#* Voor een bepaald hydrofoob (gedeelte van een) gastmolecule werd aangetoond dat het de hydrofobe holte van de gastheer maar voor 55% vult in stabielste toestand. Verklaar thermodynamisch waarom het kan dat deze gedeeltelijk gevulde toestand meer bevoordeeld wordt dan de volledig gevulde holte.
#*
#** Welke interacties zijn van belang bij het catenaan gevormd uit '''1''', '''2''' en '''3'''?
#** Wat zou het effect zijn op de bindingsconstante moest het catenaan gevormd worden rond '''4''' i.p.v. '''1''' en waarom?
#** Beredeneer het teken van de Hammett parameter Ï van de catenatiereactie van '''5''' met het monogealkyleerd derivaat van '''3''' (hiermee wordt bedoeld, de open-ketenvorm van '''2''' enkelvoudig gebonden aan '''3'''). Sterische effecten van R mogen verwaarloosd worden [[Bestand:CatenaanSmet.png]]
#* Onderzoekers synthetiseerden bovenste verbinding als receptor voor de onderste (tekening is ''ongeveer'' juist). Belangrijke interacties hierbij zijn H-bruggen, maar ook de Ï€-Ï€-interacties tussen de eindstandige benzeenringen spelen een beduidende rol. Om aard en sterkte van deze Ï€-Ï€-interacties te onderzoeken synthetiseerde men een aantal derivaten van beide, en mat men het verschil in bindingssterkte voor verschillende substituenten op de benzeenringen. [[Bestand:receptorSmet.png]]
#** Welke complicatie valt te verwachten bij deze metingen, vanwege de verschillende substituenten op de derivaten?
#** Verklaar de waargenomen tendensen in de gemeten energiebijdragen, weergegeven in de tabel (deze waarden zijn gecorrigeerd voor de complicaties waarnaar gevraagd in eerste subvraag dus zijn ''juist'').
[[Bestand:tabelSmet.png]]

=== 17 juni 2011 (voormiddag) ===
#Dehaen:
#* Onderzoekers onderzochten de complexatieconstante van verbindingen A, B en C met het chloride-anion. Ondanks extra H-atoom beschikbaar, had C toch de laagste complexatieconstante. Volgorde was KA > KB >> KC. Volgens de onderzoekers had dit te maken met een verschillende preorganisatie. Verklaar. [[Bestand:MolHerExamenDehaen.jpg]]
#* Klassieke vraag. Verbind de juiste gast met gastheer en solvent. Licht toe en zeg welke interacties plaatsvinden.
#* Wat is de CAC? Waarom is het belangrijk dat deze gemeten wordt en hoe wordt deze gemeten?
#Smet:
#* Gegeven: [[Bestand:MolHerExamenMario.jpg]] Bepaal het teken van &rho;X, voor groep X en &rho;R, voor groep R. Waarom gaat bij zÃ©Ã©r elektronenzuigende groepen, bv. X=F-, de meting van de complexatieconstante met nucleofiele deeltjes niet meer correct verlopen?
#* Mag men de &Delta;G van interacties met de aromatische ring en de &Delta;G van interacties met de gedeprotoneerde carbonzuurfunctie zomaar optellen? Verklaar. [[Bestand:MolHerExamenMario2.jpg]]
#* De synthese van rotaxanen op vaste drager kan handig zijn. Onwaar/waar en verklaar.

=== 11 juni 2010 (namiddag) ===

#Dehaen:
#* geef de structuur van cyclotriveratryleen en de synthese vanuit veratrol. Waarom zijn asymmetrisch gesubstitueerde CTV's chiraal?
#* hoe kunnen we eigenschappen van een gegeven cyclofaan gebruiken om de grootte van de substituent op de ring te bepalen
#* geef de synthese van de macroring 15 kroon 5 maar ipv met zuurstoffen met (NH , O , NH, S, S) vanuit HSCH2CH2SH en H2NCH2CH2OCH2CH2NH2
#* welke gast past in welk solvent bij welke gastheer? gasten: (Fe3+, Yb3+, tetramethylammonium, benzoaat) solventen: (methanol, DCM, water met pH=3,7,10) gastheren:(een resorcinareen, een [4]-calixareen met een -O-CH2COOH op elke ring, een [6]-calixareen met op de ring aan de ene kant een SO3H aan de andere kant een staart met een hydroxyamide rest aan, een [6]-calixareen met daaraan een staart met aan het uiteinde een fenylureum staart
#Smet:
#* gegeven: een receptor met daarop 2 groepen die waterstofbruggen vormen met een HO- en een -CHO op drie verschillende liganden. Welke complex zal het stabielste zijn, en verklaar dit energetisch en entropisch (ligand 1 is een bifenyl, ligand 2 is een bifenyl met een huge (triethylmethyl-)substituent op een van de ringen en ligand 3 is gewoon een alifatische keten met die oh en cho aan de uiteinden)
#* wat is de dubbele mutantcyclus een geef een voorbeeld dat de voordelen duidelijk maakt

=== 11 juni 2010 (ochtend) ===

#Dehaen:
#* Bespreek de synthese van volgend cavitand, vertrekkende van resorcinareen. (afbeelding volgt nog)
#* Wat is [2,2]paracyclofaan? Geef de syntheses en eigenschappen (UV-spectrum).
#* Bespreek het kinetisch en thermodynamisch templaateffect.
#* 5 Macroringen gegeven; rangschik naar toenemende effectieve molariteit. (afbeelding volgt nog)
#Smet:
#* Gegeven 1-amino-5-R-naftaleen (met R een onbepaalde substituent). In een complex vormt deze aminogroep een waterstofbrug. Onderzoek wijst uit dat de "reactie"-parameter sterk positief is. Welke soort R-substituenten bevoordeligen de reactie? (leg uit met Hammett-vergelijking en de substituent-parameter) Bekleedt de aminogroep een donor- of acceptorfunctie bij het vormen van deze waterstofbrug?
#* Waarom is het entropieverlies van complexvorming in oplossing doorgaans kleiner dan in gasfase?

=== 19 juni 2009 ===

#Dehaen:
#* Verklaar waarom de effectieve molariteit stijgt bij een macrocysliche 10-ring, wanneer
#** a) rigide groepen worden gebruikt
#** b) heteroatomen worden gebruikt.
#* Wat is het verschil tussen een clathraat en een vaste stof-inclusie complex.
#* Schrijf de synthese op van dit cavitand (structuur is gegeven) vertrekkende van rescoriol. De cavitand is gelijkend op die in de cursus staat, maar op de 2' plaats heeft deze een COOH groep.
#* VÃ¶gth synthetiseerde vele cryptanden met substituenten X (structuur is gegeven). Hoe kon hij daarmee de grootte van de caviteit bepalen?
# Smet:
#* Je krijgt een complexatie van een gast en gastheer die via pi-pi interacties complexeert en net naast deze aromatische ringen een waterstofbrug vormt met een amide op de gast.
#** Men wil d.m.v. substituenteffecten op de aromatische ringen ph1 (= op gast) en ph2 (= op gastheer) de bijdrage voor deze pi-pi interactie meten. Welke complicatie verwacht je echter met deze methode, bij dit specifieke complex?
#** Verklaar in de tabel (tabel met horizontaal de para-ph1 substituenten en vertikaal de para-ph 2 substituenten) de verlopen van de incrementen. (De incrementen zijn aangepast aan de complicatie die je in het eerste puntje moet geven en zijn dus correct)
#** Bepaal ook het teken van de Hammett rho parameters.
#* Trage complexen.
#** Hoe kan je in een NMR spectrum zien of je te maken hebt met een traag complex
#** Wat is het voordeel van een extreem traag complex? Geef een relevant voorbeeld van hoe we er gebruik van kunnen maken.

=== 16 juni 2009 ===

# Dehaen:
#* match de gasten en de gastheren met de juiste solventen. Gast: 1,4-benzochinon, naftaleen-1,5-dicarbonzuur en 4-butylfenol ("voor mensen die niet goed zijn in naamgeving, zal ik de moleculen even op bord tekenen"). Solvent: water (ph= 2, 6, 10), MeOH, CCl4. Gasten: alpha-cyclodextrine, diazo-18-kroon-6, 18-kroon-6, [2,2]cyclofaan en 2 grote cyclofanen die getekend staan. Geef ook alle niet-covalente reacties en licht uw keuze toe
#* Wat is CAC, waarom belangrijk en hoe gemeten
#* reactie van een [2,2,1]cryptand opgebouwd uit bi en triÃ«thyleenglycolderivaten
#* Membraantransport van kationen met kroonethers en de voorwaarden waaraan dat kroonether moet voldoen
# Smet:
#* Het teken van rho (Hammet) bepalen uit een tabel met stabiliteitsconstanten met verschillende gevers en zuigers. De link vinden met het reactiemechanisme. Bijkomende vraag: wat gebeurt er met een sterke base en een sterke elektronzuiger. (ja wat onduidelijk als je het molecule niet ziet natuurlijk...)
#* Stelling: voor het gegeven molecule mag ik zomaar de deltaG optellen om de totale deltaG te berekenen.
#* Waarom kan het voordelig zijn om synthese van rotaxanen uit te voeren op een vaste fase

=== 9 juni 2008 ===

# Dehaen:
#* welke ionen passen in welke macroringen? (K+, Ag+, Eu3+, Li+ en nog een vieze grote molecule) De macrocyclische verbindingen zijn ook gegeven. Welk solvent pak je best? (H2O, H2O pH 10, MeOH of chloroform) Vermeld welke interacties plaatsvinden
#* bespreek de synthese van: -een calix[4]areen met twee nitraten, twee n-propyloxy's en een azakroonetheroverbrugging-
#* Wat is zijn zelfassemblage en zelforganisatie en illustreer met een voorbeeld
# MS:
#* Tabel horende bij compensatie-effect gegeven. Welke interacties? Bespreek de tendens in de tabel en ook het verschil in \Delta S tussen gasfase en oplossing.
#* tekening van een catenaan met een cyclofaan met nogal wat N in rond een benzokroonether gegeven. Deze verbinding toont met H-NMR slechts twee signalen (3,45 en 6,26 ppm of zo) voor de hydrochinon-waterstoffen. Reden? Bespreek ook de multipliciteit van de signalen.

=== 13 juni 2008 ===
# Dehaen:
#* Waarom is ethyleendioxy zo'n populaire eenheid in kroonetherchemie
#* Welke 2 groepen zijn belangrijk bij de complexatie van Fe bij de sideroforen
#* 3 gasten (Lithium, azide, tetramethylammonium), 5 solventen (MeOH, H2O( pH 2,6,10), CCl4), gastheren ([2.2.2]-cryptand, all-cis resorcinareen, cram's sferand, 18-kroon-6,...)
# M.S.:
#* Synthese van tetrakationisch cyclofaan
#* Vraagje over receptor die interageert met gast, welk teken heeft de hammett parameter rho.

Polymer Materials

2025-06-15T19:08:44Z

R0948496: /* 21 januari 2025 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Het vak werd vroeger gegeven door Prof. Erik Nies, maar wordt vanaf 2023-2024 gegeven door Bart Goderis en Guy Koeckelberghs. Het examen van Koeckelberghs is mondeling en het examen van Goderis is deels schriftelijk, deels mondeling. De cursus is ook veranderd in 2023-2024 waardoor sommige examenvragen van daarvoor mogelijks niet meer relevant zijn. De lessen van Prof. Koeckelberghs worden niet opgenomen. In 2024-2025 is de leerstof van Goderis weer deels veranderd.

==Examenvragen==

===21 januari 2025===

big questions Goderis (mondeling)

# hoe werken de twee mechanismen van plastische vervorming en hoe meet je ze experimenteel. ook vragen over PS, HIPS, salami stuctuur.
# wat zijn compatibalisers, waarom gebruik je ze en hoe breng je ze in een polymeer

small questions Goderis (schriftelijk)

# shish kebab structuur tekenen en uitleggen
# waarom gebruik je nylon niet als screws?
# true vs engineering stress en strain
# elastic inversion wat is het
# ldpe blow film
# wat is het percentage petroleum van alle fossiele brandstoffen die we gebruiken
# waarom neem viscositeti toe met Mw tot de macht 3.4
# couette cell tekenen en wat uitleg geven

questions koeckelbergs

# step chain en chain growth uitleggen
# verschillende polymeren waaronder isobutylenen en methacrylaten hoe polymeriseren en waarom
# hoe maak je de verschillende tacticiteiten van polymeren en waarom werkt dat

===14 januari 2025===
big questions goderis (mondeling)

# give the different types of polyethylene and how do you make them? there was also a graph given and u needed to point for each polyethylene a graph (graph is in the cursus)
# how can you predict necking? what happens after mechanical rejuvenation and a deep notch?

questions koeckelberghs (mondeling)
# give the relation between MM and step-growth polymerization + formules
# explain cationic polymerization, how can you make it a living polymerization?
# exercises like in the cursus

===25 Januari 2024 (NM)===
big questions Goderis (mondeling)

# Explain the gel spinning process for Dyneema fibers. Why are they so strong? (How to determine the strength? -> graph)
# Does atactic polystyrene crystallize? Why (not)? How will the Tg change when: MM is increased, adding crosslinks, adding plasticizer. When butadiene is copolymerized with styrene, will the Tg change? (Give the formula of the Tg of a miscible mixture.)

small questions Goderis (schriftelijk)

# Properties vs performance.
# Microplastics?
# Flash?
# Draw a Couette cell.
# Co-extrusion?
# Maxwell element vs Kelvin-Voigt element: which one is used for stress relaxation experiments? Why?
# Ionomers?
# Conformation of crystalline PE.
# Why does η0 change with MM^3,4?
# Draw the microstructure of LDPE.

questions Koeckelberghs (mondeling)

# Compare chain growth polymerization with step growth polymerization. How does the molar mass change during these reactions?
# Give the formula to calculate the dispersity of a living polymer with the MM. Draw a graph of the polymerization reaction for living polymers.
# Vinyl acetate and ethacrylic acid -> radical/anionic/cationic? Why?

===16 Januari 2024===
big questions Goderis (mondeling)

# states of aggregation and effect of molecular weight
# 3 ways of making thermoplastic elastomers (non-permanent crosslinks)

small questions Goderis (schriftelijk)

# plastic vs polymer
# naphta
# is LDPE of LLDPE copolymer
# spinneret
# blown film process
# hoe is de conformatie van kristallijn polyethyleen
# Poiseuille flow
# iets over viscositeit

questions Koeckelberghs (mondeling)

#twee vinyl hoe te polymeriseren
#wat is steoregulariteit heef twee types en heeft elke type een soort van polermerisatie da je die stereo krijgt
#chain and step en MM

===12 Januari 2024===
big question Goderis (mondeling)

# polymer melt index(viscosity depends on what? (mm, temperature, shear rate(newton’s law: are polymers newtonian liquid, shear thinning behaviour? -> also look at H7 slide 73
# crystallization graph of 4 polymers (with Tg and Tm) and graph with specific volume something (H7 slide 43!!)-> looks like amorphous polymer graph but it isnt!! -> talk about PE conformations (HDPE LDPE LLDPE). (temperature dependance of free volume is also related to one of these questions (H6))

small question Goderis

# macromolecule vs polymer
# thermo elastic inversion effect for rubbers(H7 slide 71)
# True of false: shrinking foil is high polydispersity needed?
# steam cracking?
# why not use nylon screw? (we did it in the exercise) (strain reduces faster)
# die swelling
# which process for plastic bottles(extrusion blow molding and injection blow molding)
# zero shear rate viscosity increases with mw^3.4 why (H7)
# how to find toughness with tensile experiment (H6)
# dont remember

Guy (mondeling)
# Mw and Mn -> how to measure
# anionic living polymerization (counterion, stability, solvent) -> under which conditions: ex no O2/C02 -> peroxide forming…
# dibuteen and 4-Vinylphenol how to polymerize, stabilisatie en compatibele zijgroepen.

===24 Januari 2023===
#Welke polymerisatie ondergaat wel/niet onderstaande molecule (10 punten)?
#Begrippen (10 punten)
#*Mz adhv molecular weight + welke eenheid heeft eindresultaat definitie
#*Hoe ziet operating point van een injection er uit? Maak een schets/tekening.
#*Staudinger Hypothese
#UHMWPE (Tabel met gegevens gegeven; 10 punten)
#*Wat is UHMWPE en wat is er speciaal aan?
#*Is deze in coiled vorm? Ja/neen + leg uit waarom.
#*Welke waarden in tabel hebben invloed/zeggen iets over volume van coiled vorm?
#*Leid een formule af voor afhankelijkheid van Mw bij weight density van coiled vorm.
#*Reken uit
#Rubberen bal (ideaal rubber bij Rubbery plateau; 10 punten):
#* Schets storage modulus en loss modulus tussen -50°C - 50°C met Tg = -19°C
#*Leg de schets uit
#*Bal wordt om de zoveel tijd losgelaten vanaf 1m hoog. Schets grafiek (h/T) en waarom heb je die zo geschetst?
#*Hebben "*" 2 en 3 iets met elkaar te maken? Zo ja/neen? Waarom?

===29 Augustus 2022===
#Polystyrene
#FJC-model
#Begrippen
#*Staudinger Hypothese
#*Mz
#*Performance VS Property
#Rectangular rubber loaded with mass. T lowers from 50°C to -50°C
#* (zie vraag jan '22)
===25 januari 2022===
#In which ways can Methyl vinyl ether be polymerised?
#What is the freely jointed chain model + make a drawing indicating the relevant parameters. Give a basic expression for R, give a precise expression for the contour length L. Derive an expression for <R.R> and discuss for each step what you did.
#
#* - What is Newtonian viscosity and how can it be determined from the shear rate dependent viscosity? - Illustrate the dependence of the Newtonian viscosity on the molar mass, what are the molecular reasons for this?
#*- What is a thermoplastic elastomer? - How is it made out of block copolymers?
#* Give the Staudinger hypothesis.
# Rectangular rubber loaded with mass. T lowers from 50°C to -50°C (tabel gegeven met veel gegevens) (oefening analoog aan set 5 over rubbers, oefening 2)
#* What is an ideal rubber?
#* Calculate length of the rubber at 50 °C (gewoon extension ratio berekenen, alle gegevens voor de formule zijn gegeven)
#* Make a plot L(T) from - 50 °C to 50 °C and indicate length from previous exercise (dezelfde vgl oplossen maar dan voor andere temperaturen en je bekomt een dalende rechte vanaf glastransitietemperatuur want vanaf daar is de formule geldig)
#* Explain this behaviour (elasticiteit en entropie)

===9 januari 2021===
#In which ways can acrylonitrile be polymerized?
#What is the freely jointed chain model + make a drawing indicating the relevant parameters. Give a basic expression for R, give a precise expression for the contour length L. Derive an expression for <R.R> and discuss for each step what you did.
#
#* Give the definition for Mz, starting from the molecular moments. Discuss each variable and give the units.
#* What is the operating in injection moulding + make a drawing.
#* PE is made by free radical polymerization (Mw = 50 kg/mole, D = Mw/Mn = 3.2), can we make super strong PE fibers from this? Explain
#* State the Staudinger hypothesis.
#A cylindrical nylon fiber is used to suspend a 10 kg rotor in a centrifuge experiment. At T = 60°C, L0 = 20 cm and after 50 minutes, L = 20.0045 cm.
#* What mechanical analogue would you use to describe the centrifuge experiment?
#* Calculate stress and strain at T = 60°C and after 50 minutes.
#* Determine Rs, the radius of the nylon fiber.
#* Determine the elongation of the fiber at T = -10°C and after 24 hours.

===22 januari 2020===

#Vraag 1: Pagina 1 van voorbeeld examenvragen
#Vraag 2 (mondeling): Rechthoekig rubber wordt beladen met een massa. T daalt van +50°C tot -50°c met 1°C/min en er is nog een tabel met een heel aantal gegevens beschikbaar.
#* Bereken de lengte van het rubber bij 50°C (gewoon extension ratio berekenen, alle gegevens voor de formule zijn gegeven)
#* Maak een plot van lengte ifv temperatuur en neem je bekomen lengte uit bovenstaande vraag mee (dezelfde vgl oplossen maar dan voor andere temperaturen en je bekomt een dalende rechte vanaf glastransitietemperatuur want vanaf daar is de formule geldig)
#* Verklaar je observatie (elasticiteit is door entropie bepaald, geef analogie met veerconstante)
#Gesloten boek: Pagina 2 van voorbeeld examenvragen

===13 januari 2020===
#Vraag 1 van voorbeeldexamen (open boek)
#Vraag met grafiek Young's modulus van voorbeeldexamen (open boek, mondeling)
#Verschil copolymerisatie Ziegler-Natta vs metalloceen van voorbeeldexamen (gesloten boek)
#Formule kracht elasticiteit, entropieveer van pagina 4 voorbeeldexamen (gesloten boek)
#Tabel met info UHMWPE. Waarvoor staat UHMWPE? Wat is er typisch aan deze graad? Afleiden densiteit van coiled coil, welke assumpties maak je bij deze afleiding? Uitrekenen densiteit. Is (een specifieke naam van polymeer) PE in de coiled coil conformatie?

===14 januari 2019===

#vraag 1: pagina 1 van voorbeeld examenvragen
#vraag 2 (mondeling): Rechthoekig rubber wordt beladen met een massa. T daalt van +50°C tot -50°c met 1°C/min en er is nog een tabel met een heel aantal gegevens beschikbaar.
#* Bereken de lengte van het rubber bij 50°C (gewoon extension ratio berekenen, alle gegevens voor de formule zijn gegeven)
#* Maak een plot van lengte ifv temperatuur en neem je bekomen lengte uit bovenstaande vraag mee (dezelfde vgl oplossen maar dan voor andere temperaturen en je bekomt een dalende rechte vanaf glastransitietemperatuur want vanaf daar is de formule geldig)
#* Verklaar je observatie (elasticiteit is door entropie bepaald, geef analogie met veerconstante)
#Gesloten boek: pagina 2 van voorbeeld examenvragen

===16 januari 2018===
#Hoe polymeriseert methylvinylether? (open boek)
#Oefening elongatie nylon 66 vezel in centrifuge experiment (open boek, mondeling)
#*welke verband tussen stress en strain
#*Bereken stress en strain
#*Bereken diameter draad
#*Uitrekken bij andere T (onder Tg)
#Vanalles over newtioniaanse viscositeit (def., te zien in shear thinning, verband met molaire massa)
#Wat zijn thermoplastische elastomeren
#Experiment met stelling (van voorbeeld examen blijkbaar)
#*Klopt stelling
#*Bewijs je redenering
#*Geef alle variabelen en hun eenheden gebruikt in bewijs

===15 januari 2018===
#Polymerisatie van acrylonitril (radicaal, kationisch, anionisch) (open boek)
#Oefening van rubber (analoog aan laatste (set 5, ex 2) oefeningen, rubber wordt uitgerokken door een kracht, dit wordt gevolg bij temperaturen van 50 °C tot -50 °C, bespreek plot) (open boek, mondeling)
#Leg het verschil uit tussen
#*Performance & property
#*Entanglements & cross-links
#Extruder
#*Geef vergelijk volumetrische flow
#*Leg alle symbolen uit en geef de eenheden
#*Een mould wordt aan een extruder gezet voor een rod-shaped object te maken,teken dit, geef werkings punt (Qextr=Qdie)

Polymer Materials

2025-06-15T18:56:39Z

R0948496: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Het vak werd vroeger gegeven door Prof. Erik Nies, maar wordt vanaf 2023-2024 gegeven door Bart Goderis en Guy Koeckelberghs. Het examen van Koeckelberghs is mondeling en het examen van Goderis is deels schriftelijk, deels mondeling. De cursus is ook veranderd in 2023-2024 waardoor sommige examenvragen van daarvoor mogelijks niet meer relevant zijn. De lessen van Prof. Koeckelberghs worden niet opgenomen. In 2024-2025 is de leerstof van Goderis weer deels veranderd.

==Examenvragen==

===21 januari 2025===

big questions Goderis (mondeling)

# hoe werken de twee mechanismen van plastische vervorming en hoe meet je ze experimenteel. ook vragen over PS, HIPS, salami stuctuur.
# wat zijn compatibalisers, waarom gebruik je ze en hoe breng je ze in een polymeer

small questions Goderis (schriftelijk)

# shish kebab structuur tekenen en uitleggen
# waarom gebruik je nylon niet als screws?
# true vs engineering stress en strain
#

===14 januari 2025===
big questions goderis (mondeling)

# give the different types of polyethylene and how do you make them? there was also a graph given and u needed to point for each polyethylene a graph (graph is in the cursus)
# how can you predict necking? what happens after mechanical rejuvenation and a deep notch?

questions koeckelberghs (mondeling)
# give the relation between MM and step-growth polymerization + formules
# explain cationic polymerization, how can you make it a living polymerization?
# exercises like in the cursus

===25 Januari 2024 (NM)===
big questions Goderis (mondeling)

# Explain the gel spinning process for Dyneema fibers. Why are they so strong? (How to determine the strength? -> graph)
# Does atactic polystyrene crystallize? Why (not)? How will the Tg change when: MM is increased, adding crosslinks, adding plasticizer. When butadiene is copolymerized with styrene, will the Tg change? (Give the formula of the Tg of a miscible mixture.)

small questions Goderis (schriftelijk)

# Properties vs performance.
# Microplastics?
# Flash?
# Draw a Couette cell.
# Co-extrusion?
# Maxwell element vs Kelvin-Voigt element: which one is used for stress relaxation experiments? Why?
# Ionomers?
# Conformation of crystalline PE.
# Why does η0 change with MM^3,4?
# Draw the microstructure of LDPE.

questions Koeckelberghs (mondeling)

# Compare chain growth polymerization with step growth polymerization. How does the molar mass change during these reactions?
# Give the formula to calculate the dispersity of a living polymer with the MM. Draw a graph of the polymerization reaction for living polymers.
# Vinyl acetate and ethacrylic acid -> radical/anionic/cationic? Why?

===16 Januari 2024===
big questions Goderis (mondeling)

# states of aggregation and effect of molecular weight
# 3 ways of making thermoplastic elastomers (non-permanent crosslinks)

small questions Goderis (schriftelijk)

# plastic vs polymer
# naphta
# is LDPE of LLDPE copolymer
# spinneret
# blown film process
# hoe is de conformatie van kristallijn polyethyleen
# Poiseuille flow
# iets over viscositeit

questions Koeckelberghs (mondeling)

#twee vinyl hoe te polymeriseren
#wat is steoregulariteit heef twee types en heeft elke type een soort van polermerisatie da je die stereo krijgt
#chain and step en MM

===12 Januari 2024===
big question Goderis (mondeling)

# polymer melt index(viscosity depends on what? (mm, temperature, shear rate(newton’s law: are polymers newtonian liquid, shear thinning behaviour? -> also look at H7 slide 73
# crystallization graph of 4 polymers (with Tg and Tm) and graph with specific volume something (H7 slide 43!!)-> looks like amorphous polymer graph but it isnt!! -> talk about PE conformations (HDPE LDPE LLDPE). (temperature dependance of free volume is also related to one of these questions (H6))

small question Goderis

# macromolecule vs polymer
# thermo elastic inversion effect for rubbers(H7 slide 71)
# True of false: shrinking foil is high polydispersity needed?
# steam cracking?
# why not use nylon screw? (we did it in the exercise) (strain reduces faster)
# die swelling
# which process for plastic bottles(extrusion blow molding and injection blow molding)
# zero shear rate viscosity increases with mw^3.4 why (H7)
# how to find toughness with tensile experiment (H6)
# dont remember

Guy (mondeling)
# Mw and Mn -> how to measure
# anionic living polymerization (counterion, stability, solvent) -> under which conditions: ex no O2/C02 -> peroxide forming…
# dibuteen and 4-Vinylphenol how to polymerize, stabilisatie en compatibele zijgroepen.

===24 Januari 2023===
#Welke polymerisatie ondergaat wel/niet onderstaande molecule (10 punten)?
#Begrippen (10 punten)
#*Mz adhv molecular weight + welke eenheid heeft eindresultaat definitie
#*Hoe ziet operating point van een injection er uit? Maak een schets/tekening.
#*Staudinger Hypothese
#UHMWPE (Tabel met gegevens gegeven; 10 punten)
#*Wat is UHMWPE en wat is er speciaal aan?
#*Is deze in coiled vorm? Ja/neen + leg uit waarom.
#*Welke waarden in tabel hebben invloed/zeggen iets over volume van coiled vorm?
#*Leid een formule af voor afhankelijkheid van Mw bij weight density van coiled vorm.
#*Reken uit
#Rubberen bal (ideaal rubber bij Rubbery plateau; 10 punten):
#* Schets storage modulus en loss modulus tussen -50°C - 50°C met Tg = -19°C
#*Leg de schets uit
#*Bal wordt om de zoveel tijd losgelaten vanaf 1m hoog. Schets grafiek (h/T) en waarom heb je die zo geschetst?
#*Hebben "*" 2 en 3 iets met elkaar te maken? Zo ja/neen? Waarom?

===29 Augustus 2022===
#Polystyrene
#FJC-model
#Begrippen
#*Staudinger Hypothese
#*Mz
#*Performance VS Property
#Rectangular rubber loaded with mass. T lowers from 50°C to -50°C
#* (zie vraag jan '22)
===25 januari 2022===
#In which ways can Methyl vinyl ether be polymerised?
#What is the freely jointed chain model + make a drawing indicating the relevant parameters. Give a basic expression for R, give a precise expression for the contour length L. Derive an expression for <R.R> and discuss for each step what you did.
#
#* - What is Newtonian viscosity and how can it be determined from the shear rate dependent viscosity? - Illustrate the dependence of the Newtonian viscosity on the molar mass, what are the molecular reasons for this?
#*- What is a thermoplastic elastomer? - How is it made out of block copolymers?
#* Give the Staudinger hypothesis.
# Rectangular rubber loaded with mass. T lowers from 50°C to -50°C (tabel gegeven met veel gegevens) (oefening analoog aan set 5 over rubbers, oefening 2)
#* What is an ideal rubber?
#* Calculate length of the rubber at 50 °C (gewoon extension ratio berekenen, alle gegevens voor de formule zijn gegeven)
#* Make a plot L(T) from - 50 °C to 50 °C and indicate length from previous exercise (dezelfde vgl oplossen maar dan voor andere temperaturen en je bekomt een dalende rechte vanaf glastransitietemperatuur want vanaf daar is de formule geldig)
#* Explain this behaviour (elasticiteit en entropie)

===9 januari 2021===
#In which ways can acrylonitrile be polymerized?
#What is the freely jointed chain model + make a drawing indicating the relevant parameters. Give a basic expression for R, give a precise expression for the contour length L. Derive an expression for <R.R> and discuss for each step what you did.
#
#* Give the definition for Mz, starting from the molecular moments. Discuss each variable and give the units.
#* What is the operating in injection moulding + make a drawing.
#* PE is made by free radical polymerization (Mw = 50 kg/mole, D = Mw/Mn = 3.2), can we make super strong PE fibers from this? Explain
#* State the Staudinger hypothesis.
#A cylindrical nylon fiber is used to suspend a 10 kg rotor in a centrifuge experiment. At T = 60°C, L0 = 20 cm and after 50 minutes, L = 20.0045 cm.
#* What mechanical analogue would you use to describe the centrifuge experiment?
#* Calculate stress and strain at T = 60°C and after 50 minutes.
#* Determine Rs, the radius of the nylon fiber.
#* Determine the elongation of the fiber at T = -10°C and after 24 hours.

===22 januari 2020===

#Vraag 1: Pagina 1 van voorbeeld examenvragen
#Vraag 2 (mondeling): Rechthoekig rubber wordt beladen met een massa. T daalt van +50°C tot -50°c met 1°C/min en er is nog een tabel met een heel aantal gegevens beschikbaar.
#* Bereken de lengte van het rubber bij 50°C (gewoon extension ratio berekenen, alle gegevens voor de formule zijn gegeven)
#* Maak een plot van lengte ifv temperatuur en neem je bekomen lengte uit bovenstaande vraag mee (dezelfde vgl oplossen maar dan voor andere temperaturen en je bekomt een dalende rechte vanaf glastransitietemperatuur want vanaf daar is de formule geldig)
#* Verklaar je observatie (elasticiteit is door entropie bepaald, geef analogie met veerconstante)
#Gesloten boek: Pagina 2 van voorbeeld examenvragen

===13 januari 2020===
#Vraag 1 van voorbeeldexamen (open boek)
#Vraag met grafiek Young's modulus van voorbeeldexamen (open boek, mondeling)
#Verschil copolymerisatie Ziegler-Natta vs metalloceen van voorbeeldexamen (gesloten boek)
#Formule kracht elasticiteit, entropieveer van pagina 4 voorbeeldexamen (gesloten boek)
#Tabel met info UHMWPE. Waarvoor staat UHMWPE? Wat is er typisch aan deze graad? Afleiden densiteit van coiled coil, welke assumpties maak je bij deze afleiding? Uitrekenen densiteit. Is (een specifieke naam van polymeer) PE in de coiled coil conformatie?

===14 januari 2019===

#vraag 1: pagina 1 van voorbeeld examenvragen
#vraag 2 (mondeling): Rechthoekig rubber wordt beladen met een massa. T daalt van +50°C tot -50°c met 1°C/min en er is nog een tabel met een heel aantal gegevens beschikbaar.
#* Bereken de lengte van het rubber bij 50°C (gewoon extension ratio berekenen, alle gegevens voor de formule zijn gegeven)
#* Maak een plot van lengte ifv temperatuur en neem je bekomen lengte uit bovenstaande vraag mee (dezelfde vgl oplossen maar dan voor andere temperaturen en je bekomt een dalende rechte vanaf glastransitietemperatuur want vanaf daar is de formule geldig)
#* Verklaar je observatie (elasticiteit is door entropie bepaald, geef analogie met veerconstante)
#Gesloten boek: pagina 2 van voorbeeld examenvragen

===16 januari 2018===
#Hoe polymeriseert methylvinylether? (open boek)
#Oefening elongatie nylon 66 vezel in centrifuge experiment (open boek, mondeling)
#*welke verband tussen stress en strain
#*Bereken stress en strain
#*Bereken diameter draad
#*Uitrekken bij andere T (onder Tg)
#Vanalles over newtioniaanse viscositeit (def., te zien in shear thinning, verband met molaire massa)
#Wat zijn thermoplastische elastomeren
#Experiment met stelling (van voorbeeld examen blijkbaar)
#*Klopt stelling
#*Bewijs je redenering
#*Geef alle variabelen en hun eenheden gebruikt in bewijs

===15 januari 2018===
#Polymerisatie van acrylonitril (radicaal, kationisch, anionisch) (open boek)
#Oefening van rubber (analoog aan laatste (set 5, ex 2) oefeningen, rubber wordt uitgerokken door een kracht, dit wordt gevolg bij temperaturen van 50 °C tot -50 °C, bespreek plot) (open boek, mondeling)
#Leg het verschil uit tussen
#*Performance & property
#*Entanglements & cross-links
#Extruder
#*Geef vergelijk volumetrische flow
#*Leg alle symbolen uit en geef de eenheden
#*Een mould wordt aan een extruder gezet voor een rod-shaped object te maken,teken dit, geef werkings punt (Qextr=Qdie)

Kwantum- en Computationele Chemie

2025-06-15T18:42:39Z

R0948496: /* januari 2025 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
Het zwaarste vak van de 3e bachelor in de eerste semester. Dit vak werd tot academiejaar 2020-2021 gedoceerd door professor Pierloot en nu door Jeremy Harvey. Naast het mondelinge examen zijn er computerpractica. Hierover moeten verslagen gemaakt worden en op het einde van het semester een computerexamen afgelegd worden.
Vanaf academiejaar 2020-2021 wordt dit vak gedoceerd door professor Harvey. Het examen is veraandered naar een schriftelijk examen, die voor 75% van de punten telt.

==Examenvragen vanaf 2021==

===januari 2025===

# voor het antwoord op de vraag 'wat is de meest waarschijnlijke positie van een elektron tov de kern' zijn er 3 antwoorden mogelijk. Geef de drie antwoorden, geef een korte formule die dat aantoont en leg uit.
# je moest een nieuwe kwantummechanische operator opstellen vanuit gegeven operatoren.
# over de het onafhankelijke-elektronmodel: er wordt gegeven dat je hier de hamiltoniaan schrijft als som van twee één elektron operatoren. leidt nu een uitdrukking af voor de energie van zo'n benaderd systeem
# grote vraag waarin naar je inzicht werd gepeild over de beperkingen van hartree fock methode en ook wat de invloed is van de basisset

===16 januari 2023===
#3 golffuncties:
#*-Φgrond(r1,ω1,r2,ω2)= [ɸa(r1)xɸb(r2)] Fa
#*-Φaangeslagen,1(r1,ω1,r2,ω2)= [ɸa(r1)ɸb(r2)-ɸb(r1)ɸ(r2)] α(ω1)α(ω2)
#*-Φaangeslagen,2(r1,ω1,r2,ω2)= [ɸa(r1)ɸb(r2)+ɸb(r1)ɸ(r2)] Fa
#*(a) Deze golffuncties voldoen aan een bepaald principe. Wat is dit principe? (of zoiets) (Antwoord: Pauli-principe)
#*(b) Bewijs dat de golffuncties aan dit principe voldoen door Fa uit te werken. (Antwoord: vergelijking 4.33)
#*(c) Schrijf de golffunctie van de grondtoestand de aangeslagen,1 toestand als Slater determinant. (Antwoord: theorie rond vergelijking 4.63)
# Ψn=sqrt(2/L)cos(nπx/L). Dit is de golffunctie van een deeltje dat zich in een doos bevindt en zich in 1 dimensie kan bewegen van x=0 tot x=L. De potentiële energie is 0. Hamiltoniaan: H=T^+V^=(-h(bar)^2/2m)*∇^2+V^. (Variant van deeltje in doos pagina 54 in handboek)
#*(a) Bewijs dat Ψn een eigenfunctie is van H. (Antwoord: HΨn uitwerken. Indien dit gelijk is aan een constante maal Ψn, dan is het bewezen)
#*(b) Wat is de energie van Ψn voor n=1? (Antwoord: HΨn=EΨn)
#Een oefening over ozon. De orbitaal isovlakken van de HOMO-2, HOMO-1, HOMO en LUMO zijn gegeven.
#*(a) Wat is de puntgroep van ozon? Wat zijn de irreps van de vier bovenstaande structuren? (Puntgroep via appendix. Rest is hoofdstuk 4 symmetrie)
#*(b) Er zijn 4 waarden berekend (gegeven) in Ha. 1 ervan is de grondtoestand, de rest zijn de 3 laagste aangeslagen toestanden. Wat is de transitie-energie voor elk van de drie aangeslagen toestanden in kJ/mol? (Ha --> kJ/mol in appendix)
#*(c) Een belangrijk fenomeen in de ozonlaag heeft te maken met de uitzending van licht van 255 nm. Welke aangeslagen toestand zou overeen kunnen komen met deze golflengte? Leg uit. (Antwoord: energie van licht vergelijken met het energieverschil van de grondtoestand en de aangeslagen toestanden en zien welke overeenkomt)
#*(d) Een elektron dat van het HOMO, HOMO-1 of HOMO-2 orbitaal naar naar het LUMO springt is een goede benadering van de excitatietoestanden gegeven in (b) (elke excitatie komt overeen met één van deze drie sprongen). Welke transitie komt overeen met de lichtexcitatie van 255 nm? HOMO-2-->LUMO, HOMO-1-->LUMO of HOMO-->LUMO? Leg uit.

===18 januari 2022===
#Compatibel (Geg: operatoren van draaiimpuls-componenten)
#* Wat zijn compatibele grootheden?
#* Waroom zijn Îx en Îz niet compatibel (afleiding)?
#* Belangrijkste gevolg/probleem voor niet compatibele operatoren?
#Slater Determinanten
#* Waarom gebruikt men SD-toestandfuncties ipv HF?
#* Fysische betekenis van vier termen van (gegeven vgl) E(SD) (vgl 5.24 in cursus)
#* Welke term valt weg voor HF? Why?
#Energiën experiment: Gegeven radicalaire reactie: R-OH -> R-O° + °H. Energieën voor alle componenten zijn gegeven van twee calculations met twee basissets. Daarnaast ook ZPE.
#* Waarom calculeren we eerst een geoptimaliseerde energie met 6-311G(d) en dan nog eens met 6-311G(d,p)?
#* Waarom calculeren we vibratiefreq.?
#* Wat is de meest geoptimaliseerde energie van de O-H binding o.b.v. waarden in tabel?
#* Kan foton met golflengte x nm deze breking veroorzaken?

===18 juni 2021===
#Elektrondensiteit
#*Geef e-densiteit voor N-deeltjes systeem, onafh. van spin. (vgl 2.22 uit cursus)
#*Explain en leid af de vgl van dipoolmoment. (vgl 6.4 in cursus)
#Molecularie Mechanica
#*Explain (gegeven) krachtveld uitdrukking. (vgl 5.127 uit cursus)
#HF-calculation voor waterstoffluoride: gegeven tabel: 4 basissets (+ welke basisfuncties op F en H afzonderlijk) + bijhorende energie
#*Bereken de kern-kern repulsie voor waterstoffluoride met bindingslengte 0.917.
#*Welk van de vier berekeningen geeft (i) de nauwkeurigste en (ii) de slechtste benaderende golffuncties voor waterstoffluoride? Welk principe wordt hier gebruikt?
#*Waarom daalt de energie bij toevoegen van d basisfunctie op F en p basisfunctie op H?

===27 januari 2021===
#Restricted Hartree Fock
#*Geef RHF toestandsfunctie van H2 molecule binnen de LCAO-MO benadering en met een minimale basisset. Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef aan welke gevolgen dit heeft voor de nauwkeurigheid van de RHF beschrijving van covalente bindingen. Beschrijf in detail welke (minimale) verbetering van de RHF golffunctie van H2 nodig is om een kwalitatief correcte dissociatiecurve te bekomen.
#Slater Determinanten
#*Geef de SD van He. Bewijs dat de SD voldoet aan het Pauli principe.
#*De bijbehorende energie is E = 2 h1s1s + J1s1s. Wat betekenen h1s1s en J1s1s.
#*Gegeven h = functie van zèta, J = functie van zèta. Bereken voor welke zèta de energie zo nauwkeurig mogelijk is, wat is de waarde van de energie? Waarom neemt J toe als zèta toeneemt?
#*Met een zeer grote basisset vinden we E = -2,85 Hartree. De exacte energie is -2,90 Hartree. Leg uit waarom deze waarde verschillen en waarom ze verschillen van het antwoord in de vorige vraag.
#Moleculaire Symmetrie: Gegeven: cis- en trans-isomeer van C2H2F2 met bijhorende energieën (E(cis) > E(trans) by 0,0004 Ha). Twee MOs van het trans-isomeer. Twee karaktertabellen voor C2v en C2h.
#*Welk isomeer heeft puntgroep C2v, welk C2h? Why?
#*Geef de irreduceerbare representatie van de twee MOs, explain.
#*Waarom kunnen de orbitalen zo gekozen worden dat ze eigenfuncties zijn van de symmetrieoperatoren?
#*Welk isomeer is het stabielste? Is er een groot verschil in stabiliteit?

==Examenvragen vanaf 2009==
===24 januari 2020 VM===
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema.
#*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
#
#*Schrijf de HF toestandsfunctie voor een gesloten-schil molecule.
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie? Waarom beschrijft de HF toestandsfunctie correlatie niet. Geef de definitie van correlatie-energie.
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, wel in staat is om elektroncorrelatie te beschrijven.
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (lÂ², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)

===13 januari 2020 NM===
#
#Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie dezelfde functie als uit de cursus
#
#Vertrek van de exacte oplossing van de Schrödingervgl van het He+ ion om een benaderende oplossing te berekenen voor de grondtoestand van het He atoom. Werk een manier uit om deze benadering te verbeteren door gebruik te maken van het variatietheorema. Kan je op die manier een exacte uitkomst bekomen? Leg uit waarom (niet)/ hoe.
#
#a) Hoe bereken je de elektronendensiteit vertrekkende van de (exacte) elektronische toestandsfunctie van een molecule? b) Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit.

===13 januari 2020 VM===
#
#Geef de definitie van een lineaire hermitische operator Â en bewijs dat (a) eigenwaarden van Â altijd reëel zijn; (b) de eigenfuncties van Â steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.
#
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef aan welke gevolgen dit heeft voor de nauwkeurigheid van de RHF beschrijving van covalente bindingen. Beschrijf in detail welke (minimale) verbetering van de RHF golffunctie van H2 nodig is om een kwalitatief correcte dissociatiecurve te bekomen.
#
#a) Geef en bespreek de algemene uitdrukking van het Pauli principe. Maak hierbij gebruik van permutatie-operatoren. b) Bewijs dat (binnen de orbitaalbenadering) omwille van dit principe de maximale elektronische bezetting van een ruimtelijk orbitaal twee is.

===22 januari 2019 VM===
#
#Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie dezelfde functie als uit de cursus
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema.
#*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
#
#*Geef een uitdrukking voor de HF orbitaalenergie
#*Is som van de individuele oribitaalenergieën gelijk aan de totale HF energie? Indien niet, waar ligt dit aan?
#*Over de ionisatiepotentiaal en hoe die bepaalt werd en hoe da verbeterd kon worden

=== 14 januari 2019 VM===
#
#*Bespreek idempotente operatoren, compatibele grootheden, hermetische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2 (AB+BA) hermitisch is als, A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
# Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).
#Wat is Mulliken populatie-analyse en voor wat dient het? Leid de formules af + wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening (gesloten schil molecule)?

===25 januari 2018===
# Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).
#
#*Schrijf de HF toestandsfunctie voor een gesloten-schil molecule.
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie? Waarom beschrijft de HF toestandsfunctie correlatie niet. Geef de definitie van correlatie-energie.
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, wel in staat is om elektroncorrelatie te beschrijven.
# Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit.

===NM 23 januari 2018===
#
#* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden en (3) hermitische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2 (AB+BA) hermitisch is als, A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
#Vertrek van de exacte oplossing van de Schrödingervgl van het He+ ion om een benaderende oplossing te berekenen voor de grondtoestand van het He atoom. Werk een manier uit om deze benadering te verbeteren door gebruik te maken van het variatietheorema. Kan je op die manier een exacte uitkomst bekomen? Leg uit waarom (niet)/ hoe.
#
#*Geef de uitdrukking van de Hartree-Fock orbitaalenergie ε_HF en bespreek de betekenis van de verschillende termen in deze uitdrukking.
#*Komt de som van de HF energieën van alle bezette orbitalen van een molecule overeen met de totale HF energie E_HF? Indien niet, waarin verschillen beide grootheden?
#*Leg uit op welke manier de orbitaalenergie gebruikt kan worden als een benaderende waarde voor de moleculaire ionisatie-energie. Wat houdt deze benadering in en hoe kan de berekening van de ionisatie-potentiaal verder verbeterd worden?

===VM 23 januari 2018===
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Phi^b = N(1sA + 1sB) en Phi* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF-type golffunctie. Geef aan welke gevolgen dit heeft voor de nauwkeurigheid van de RHF golfvergelijking (?) van covalente bindingen. Beschrijf in detail welke (minimale) voorbetering van de RHF golffunctie van H2 nodig is om een kwalitatief correcte dissociatiecurve te bekomen.
#Wat is Mulliken populatie-analyse en voor wat dient het? Leid de formules af + wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening (gesloten schil molecule)?

=== 19 januari 2018===
#Voorwaarden van een gerade/ ungerade systeem uitleggen en wanneer het kan voorkomen
#Vertrek van de exacte oplossing van de Schrödingervgl van het He+ ion om een benaderende oplossing te berekenen voor de grondtoestand van het He atoom. Werk een manier uit om deze benadering te verbeteren door gebruik te maken van het variatietheorema. Kan je op die manier een exacte uitkomst bekomen? Leg uit waarom (niet)/ hoe.
#
#*Hoe bereken je de electrondensiteit vertrekkende van de (exacte) elektronische toestandsfunctie van ene molecule? hoe hierbij ook rekening met de spin van de elektronen.
#*Hoe kan je bovenstaande uitdrukking herschrijven voor de Hartree-Fock golffunctie van een gesloten-schil molecule?
#*Hoe bereken je de moleculaire elektrostatische potentiaal MEP van een molecule uitgaande van de densiteit?

=== 26 januari 2017 (NM) ===
#
#* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden en (3) hermitische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2 (AB+BA) hermitisch is als, A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
#
#*Schrijf de HF toestandsfunctie voor een gesloten-schil molecule.
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie? Waarom beschrijft de HF toestandsfunctie correlatie niet. Geef de definitie van correlatie-energie.
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, wel in staat is om elektroncorrelatie te beschrijven.
# De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingervergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:functies voor (n=4, l=2 en ml = +/-2)
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#* Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.

=== 24 januarri 2017 ===
# Voorwaarden uitleggen voor wanneer een systeem geraden of ungeraden kan zijn.
# Uitleggen waarom UHF afwijkingen geeft bij de dissociatie van H2 en het covalente karakter van bindingen. Uiteggen hoe dit kan verbeterd worden ( in detail zoals H IV: p28-30)
# Afleiden van de totale elektronische energie na het in voeren van Kohn & Sham orbitalen in DFT.

=== 20 januari 2017 (NM)===
#
#* Geef en bewijs het variatietheorema
#* Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#* Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode beanderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
# Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).
# Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit.

===22 januari 2016 (VM)===
#
#* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden, (3) hermitische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2(AB+BA) hermitisch is als A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
# Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB).
#* Bereken de normalisatieconstanten N en N'.
#* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
#
#* Hoe bereken je de elektronendensiteit vertrekkende van de elektronische toestandfunctie van een molecule? Hou hierbij ook rekening met de spin van de elektronen.
#* Hoe bereken je de moleculaire elektrostatische potentiaal MEP van ee nmolecule uitgaande van de densiteit?
#* Leg uit hoe je een MSEP (molecular surface electrostatic potential) zou berekenen.

===19 januari 2016 (VM)===
#
#* Wat zijn compatiebele grootheden? Wat zijn de voorwaarden?
#* Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs dit met de voorwaarden die je in a) gesteld hebt.
# Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Leg uit hoe je dit kan verbeteren (in detail).
# Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculair dipoolmoment berekend kan worden met
#* elektronische toestandsfunctie
#* elektrondensiteit

===15 januari 2016 (VM)===
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema.
#*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
# Bespreek de toestandsfunctie horenden bij de aangeslagen configuratie van een twee-elektronensysteem en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) de Slater determinanten.
#De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#* Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.

===23 januari 2015===
# Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
#Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen?

===22 januari 2015===
# Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.
# De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#* Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.
# Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?

===20 januari 2015 VM===
# Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie
# Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (lÂ², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)

===16 januari 2015===
# Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.
# Geef grondig het Pauliprincipe en toon aan dat de golffunctie van het He atoom geschreven moet worden als een determinant, en geef deze determinant.
#
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie
#* Geef de de definitie van correlatie energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven.
#* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.

===18 augustus 2014===
# Bewijs dat Pz een lineaire en hermitische operator is.
# Geef grondig het Pauliprincipe en voor een He atoom gebruik makend van de orbitaalbenadering dat de golffunctie geschreven kan worden in een determinant, en geef deze determinant.
# Leg uit Rayleigh perturbatie theorie en situeer MP2 hierin.

===24 januari 2014===
# Definieer
#*orbitaal en orbitaalbenadering
#*configuratie: open- en gesloten-schil-configuratie
#*slaterdeterminanten
#*toestand en toestandsfunctie; maak gebruik van een voorbeeld en leg het verband/preciseer het verschil tussen de verschillende begrippen
# Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)
# Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)

===23 januari 2014===
# geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen:
#* Idempotente operatoren
#* Compatibele grootheden
#* Hermitische operatoren
# Geef en bespreek het Pauli principe (algemeen) en toon aan dat omwille van dit principe de maximale bezetting ven de ruimtelijke orbitalen 2 is, en die van de spin orbitalen 1.
#
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie
#* Geef de de definitie van correlatie energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven (uit hoofdstuk 4 naar 't schijnt!)
#* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.

===21 januari 2014===
# Bewijs compatiebele grootheden.
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie.
#* Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert.
#*Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.
#Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule.
#* Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse.
#* Wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan?
#* Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen?
===17 januari 2014===
#Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie
#Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe:
#Bespreek de mogelijke golffuncties en dat die aanleiding geven tot de constructie van een Slater determinant/ combinatie van Slater determinanten
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing) (zie 24 januari 2012)

=== 25 januari 2013 ===
#Geef en bespreek het Pauli-principe. Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?
#Definitie van elektroncorrelatie. Wat is de correlatie-energie? Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven. Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden.
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.

=== 22 januari 2013===

#Leid de uitdrukking af van de totale (elektronische) grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesugereerd door Kohn & Sham
#Geef de definitie van "size consistency". Waarom is de CISD-methode niet size-consistent?
#
#*Wat zijn compatiebele grootheden?
#*Toon aan dat twee meetbare grootheden compatiebel zijn als de corresponderende kwantummechanische operatoren commuteren.
#*Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs (i) en (ii) door de commutatierelatie tussen de bijhorende operatoren uit te werken.

===Augustus 2012===

#Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:
#*eigenwaarden van A altijd reël zijn
#*de eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.
#Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.
#Leg uit waarom de dissociatie van H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF-type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze een steeds te hoge en de andere steeds een te lage bindingsenergie oplevert? Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van bindingsenergie, verbeterd worden?

===28 januari 2012 NM===
#
#* Definitie van elektroncorrelatie
#* Wat is de correlatie-energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven
#* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB).
#* Bereken de normalisatieconstanten N en N'
#* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
# Bewijs compatiebele grootheden.

===24 januari 2012 VM===
#
#*Geef en bespreek het Pauli-principe
#*Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?
#Leid de uitdrukking af voor de totale (elektronische) grondtoestandsenergie binnen DFT, na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn & Sham.
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)

===22 januari 2012===
#Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfunctie van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?
#Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)
#De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een éé-elektron atoom met kernlading Z:
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#*Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#*Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#*Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#*Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#*Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.

===24 januari 2011 nm===
# Maak gebruik van de LCAO-MO benadering en het variatietheorema om de golffunctie en bijhorende energie te berekenen van de grondtoestand van het H2+-ion bij een H-H afstand van 2,2 a.u. Basisfuncties zijn de (genormaliseerde) 1sA en 1sB orbitalen op beide H atomen. De waarde van de verschillende integralen tussen beide functies bij de gegeven H-H afstand bedragen: S(AB)= 0,533 ; H(AA)= -0,937 a.u. ; H(AB)= -0,621 a.u.
#
#* Geef en bespreek het Pauli-principe
#* Hoe wordt dit principe gebruikt voor de constructie van een golffunctie binnnen de orbitaalbenadering.
# Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MOSCF berekening (leid de formules af)

===24 januari 2011 vm===
# Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?
# Leidt de uitdrukking af van de totale elektronische grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn & Sham.
# Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)

===22 januari 2010 nm===
#Niet compatiebele grootheden, bewijzen dat impuls en plaats niet compatiebel zijn, onzekerheidsprincipe Heisenberg geven en bewijzen met gegeven formule (uit cursus)
#H2+-ion, gegeven dat bindend orbitaal= N(sA+sB) en antibindend= N'(sA-sB). Normalisatiefactoren berekenen en met de waarschijnlijkheidsdichtheid aantonen dat het ene bindend is en het andere antibindend.
#Vanalles over geometrie-optimalisatie en frequentie-analyse:

===22 januari 2010 vm===
#De golffunctie van waterstof gekregen. Bereken hoogst waarschijnlijke waarde van r en de gemiddelde waarde van r
#
#* Variatietheorema geven en bewijzen en aantonen hoe dat da in de densiteitsfunctionaaltheorie ook blijft gelden
#* Het eerste Hohenberg-Kohn theorema geven en bewijzen
#
#* Definitie van elektroncorrelatie
#* Wat is de correlatie-energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven
#* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden

===18 januari 2010 nm===
#Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade en ungerade
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.
#Bespreek het Pauli-principe (grondig en algemeen) en gebruik dit principe bij de constructie van de golffunctie voor de grondtoestand van he He atoom(binnen de orbitaalbenadering)

===18 januari 2010 vm===
#Bewijs compatiebele grootheden
#Geef de verschillende aangeslagen toestanden van een twee-elektronsysteem. Geef de slaterdeterminanten rekening houdend met het Pauliprincipe
#Tekenopdracht van n=4 l=2 en ml=+/-2 (zie oude examenvragen)

===augustus 2009===
#Wat zijn incompatiebele grootheden? Toon aan dat positie en snelheid incompatiebel zijn. Geef en bewijs de Heisenberg onzekerheidsrelatie. Maak hierbij gebruik van de volgende vergelijking, geldend voor twee incompatiebele grootheden A en B: deltaA * deltaB >= 1/2 |<psi|[A, B]|psi>|
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB).
* Bereken de normalisatieconstanten N en N'
* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi•b een binden MO en phi•* een antibindend MO is.
#Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen?

===23 januari 2009===
#Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:
#*Eigenwaarden van A altijd reel zijn
#*De eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden?
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema
#*Geef en bewijs het eerste Hohenberg-Kohn theorema

===12 januari 2009===
#Bespreek gerade/ungerade , afleiding en zeggen wat essentieel is.
#3 begrippen bespreken en met elkaar in verband brengen: orbitaal / open en gesloten schil / toestand en toestandsfunctie
#Orbitalen tekenen(letterlijk zoals ook op toledo staat)

===10 januari 2009===
#Commutatieregels H, L², Lx, Ly, Lz van meer-elektronatomen afleiden en bespreken wat ge daar mee kunt
#Perturbatietheorie geven & MP2 daar in mengen
#Frequentie-analyse
#*A) frequentie-analyse op een stationair punt bespreken en de Hessiaan er in gebruiken
#*B) 3 eigenschappen bespreken van het molecule in een bepaalde geometrie die je met een frequentie analyse kan berekenen/bespreken

Kwantum- en Computationele Chemie

2025-06-15T18:41:48Z

R0948496: /* januari 2025 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
Het zwaarste vak van de 3e bachelor in de eerste semester. Dit vak werd tot academiejaar 2020-2021 gedoceerd door professor Pierloot en nu door Jeremy Harvey. Naast het mondelinge examen zijn er computerpractica. Hierover moeten verslagen gemaakt worden en op het einde van het semester een computerexamen afgelegd worden.
Vanaf academiejaar 2020-2021 wordt dit vak gedoceerd door professor Harvey. Het examen is veraandered naar een schriftelijk examen, die voor 75% van de punten telt.

==Examenvragen vanaf 2021==

===januari 2025===

1. voor het antwoord op de vraag 'wat is de meest waarschijnlijke positie van een elektron tov de kern' zijn er 3 antwoorden mogelijk. Geef de drie antwoorden, geef een korte formule die dat aantoont en leg uit.
2. je moest een nieuwe kwantummechanische operator opstellen vanuit gegeven operatoren.
3. over de het onafhankelijke-elektronmodel: er wordt gegeven dat je hier de hamiltoniaan schrijft als som van twee één elektron operatoren. leidt nu een uitdrukking af voor de energie van zo'n benaderd systeem
4. grote vraag waarin naar je inzicht werd gepeild over de beperkingen van hartree fock methode en ook wat de invloed is van de basisset

===16 januari 2023===
#3 golffuncties:
#*-Φgrond(r1,ω1,r2,ω2)= [ɸa(r1)xɸb(r2)] Fa
#*-Φaangeslagen,1(r1,ω1,r2,ω2)= [ɸa(r1)ɸb(r2)-ɸb(r1)ɸ(r2)] α(ω1)α(ω2)
#*-Φaangeslagen,2(r1,ω1,r2,ω2)= [ɸa(r1)ɸb(r2)+ɸb(r1)ɸ(r2)] Fa
#*(a) Deze golffuncties voldoen aan een bepaald principe. Wat is dit principe? (of zoiets) (Antwoord: Pauli-principe)
#*(b) Bewijs dat de golffuncties aan dit principe voldoen door Fa uit te werken. (Antwoord: vergelijking 4.33)
#*(c) Schrijf de golffunctie van de grondtoestand de aangeslagen,1 toestand als Slater determinant. (Antwoord: theorie rond vergelijking 4.63)
# Ψn=sqrt(2/L)cos(nπx/L). Dit is de golffunctie van een deeltje dat zich in een doos bevindt en zich in 1 dimensie kan bewegen van x=0 tot x=L. De potentiële energie is 0. Hamiltoniaan: H=T^+V^=(-h(bar)^2/2m)*∇^2+V^. (Variant van deeltje in doos pagina 54 in handboek)
#*(a) Bewijs dat Ψn een eigenfunctie is van H. (Antwoord: HΨn uitwerken. Indien dit gelijk is aan een constante maal Ψn, dan is het bewezen)
#*(b) Wat is de energie van Ψn voor n=1? (Antwoord: HΨn=EΨn)
#Een oefening over ozon. De orbitaal isovlakken van de HOMO-2, HOMO-1, HOMO en LUMO zijn gegeven.
#*(a) Wat is de puntgroep van ozon? Wat zijn de irreps van de vier bovenstaande structuren? (Puntgroep via appendix. Rest is hoofdstuk 4 symmetrie)
#*(b) Er zijn 4 waarden berekend (gegeven) in Ha. 1 ervan is de grondtoestand, de rest zijn de 3 laagste aangeslagen toestanden. Wat is de transitie-energie voor elk van de drie aangeslagen toestanden in kJ/mol? (Ha --> kJ/mol in appendix)
#*(c) Een belangrijk fenomeen in de ozonlaag heeft te maken met de uitzending van licht van 255 nm. Welke aangeslagen toestand zou overeen kunnen komen met deze golflengte? Leg uit. (Antwoord: energie van licht vergelijken met het energieverschil van de grondtoestand en de aangeslagen toestanden en zien welke overeenkomt)
#*(d) Een elektron dat van het HOMO, HOMO-1 of HOMO-2 orbitaal naar naar het LUMO springt is een goede benadering van de excitatietoestanden gegeven in (b) (elke excitatie komt overeen met één van deze drie sprongen). Welke transitie komt overeen met de lichtexcitatie van 255 nm? HOMO-2-->LUMO, HOMO-1-->LUMO of HOMO-->LUMO? Leg uit.

===18 januari 2022===
#Compatibel (Geg: operatoren van draaiimpuls-componenten)
#* Wat zijn compatibele grootheden?
#* Waroom zijn Îx en Îz niet compatibel (afleiding)?
#* Belangrijkste gevolg/probleem voor niet compatibele operatoren?
#Slater Determinanten
#* Waarom gebruikt men SD-toestandfuncties ipv HF?
#* Fysische betekenis van vier termen van (gegeven vgl) E(SD) (vgl 5.24 in cursus)
#* Welke term valt weg voor HF? Why?
#Energiën experiment: Gegeven radicalaire reactie: R-OH -> R-O° + °H. Energieën voor alle componenten zijn gegeven van twee calculations met twee basissets. Daarnaast ook ZPE.
#* Waarom calculeren we eerst een geoptimaliseerde energie met 6-311G(d) en dan nog eens met 6-311G(d,p)?
#* Waarom calculeren we vibratiefreq.?
#* Wat is de meest geoptimaliseerde energie van de O-H binding o.b.v. waarden in tabel?
#* Kan foton met golflengte x nm deze breking veroorzaken?

===18 juni 2021===
#Elektrondensiteit
#*Geef e-densiteit voor N-deeltjes systeem, onafh. van spin. (vgl 2.22 uit cursus)
#*Explain en leid af de vgl van dipoolmoment. (vgl 6.4 in cursus)
#Molecularie Mechanica
#*Explain (gegeven) krachtveld uitdrukking. (vgl 5.127 uit cursus)
#HF-calculation voor waterstoffluoride: gegeven tabel: 4 basissets (+ welke basisfuncties op F en H afzonderlijk) + bijhorende energie
#*Bereken de kern-kern repulsie voor waterstoffluoride met bindingslengte 0.917.
#*Welk van de vier berekeningen geeft (i) de nauwkeurigste en (ii) de slechtste benaderende golffuncties voor waterstoffluoride? Welk principe wordt hier gebruikt?
#*Waarom daalt de energie bij toevoegen van d basisfunctie op F en p basisfunctie op H?

===27 januari 2021===
#Restricted Hartree Fock
#*Geef RHF toestandsfunctie van H2 molecule binnen de LCAO-MO benadering en met een minimale basisset. Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef aan welke gevolgen dit heeft voor de nauwkeurigheid van de RHF beschrijving van covalente bindingen. Beschrijf in detail welke (minimale) verbetering van de RHF golffunctie van H2 nodig is om een kwalitatief correcte dissociatiecurve te bekomen.
#Slater Determinanten
#*Geef de SD van He. Bewijs dat de SD voldoet aan het Pauli principe.
#*De bijbehorende energie is E = 2 h1s1s + J1s1s. Wat betekenen h1s1s en J1s1s.
#*Gegeven h = functie van zèta, J = functie van zèta. Bereken voor welke zèta de energie zo nauwkeurig mogelijk is, wat is de waarde van de energie? Waarom neemt J toe als zèta toeneemt?
#*Met een zeer grote basisset vinden we E = -2,85 Hartree. De exacte energie is -2,90 Hartree. Leg uit waarom deze waarde verschillen en waarom ze verschillen van het antwoord in de vorige vraag.
#Moleculaire Symmetrie: Gegeven: cis- en trans-isomeer van C2H2F2 met bijhorende energieën (E(cis) > E(trans) by 0,0004 Ha). Twee MOs van het trans-isomeer. Twee karaktertabellen voor C2v en C2h.
#*Welk isomeer heeft puntgroep C2v, welk C2h? Why?
#*Geef de irreduceerbare representatie van de twee MOs, explain.
#*Waarom kunnen de orbitalen zo gekozen worden dat ze eigenfuncties zijn van de symmetrieoperatoren?
#*Welk isomeer is het stabielste? Is er een groot verschil in stabiliteit?

==Examenvragen vanaf 2009==
===24 januari 2020 VM===
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema.
#*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
#
#*Schrijf de HF toestandsfunctie voor een gesloten-schil molecule.
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie? Waarom beschrijft de HF toestandsfunctie correlatie niet. Geef de definitie van correlatie-energie.
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, wel in staat is om elektroncorrelatie te beschrijven.
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (lÂ², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)

===13 januari 2020 NM===
#
#Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie dezelfde functie als uit de cursus
#
#Vertrek van de exacte oplossing van de Schrödingervgl van het He+ ion om een benaderende oplossing te berekenen voor de grondtoestand van het He atoom. Werk een manier uit om deze benadering te verbeteren door gebruik te maken van het variatietheorema. Kan je op die manier een exacte uitkomst bekomen? Leg uit waarom (niet)/ hoe.
#
#a) Hoe bereken je de elektronendensiteit vertrekkende van de (exacte) elektronische toestandsfunctie van een molecule? b) Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit.

===13 januari 2020 VM===
#
#Geef de definitie van een lineaire hermitische operator Â en bewijs dat (a) eigenwaarden van Â altijd reëel zijn; (b) de eigenfuncties van Â steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.
#
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef aan welke gevolgen dit heeft voor de nauwkeurigheid van de RHF beschrijving van covalente bindingen. Beschrijf in detail welke (minimale) verbetering van de RHF golffunctie van H2 nodig is om een kwalitatief correcte dissociatiecurve te bekomen.
#
#a) Geef en bespreek de algemene uitdrukking van het Pauli principe. Maak hierbij gebruik van permutatie-operatoren. b) Bewijs dat (binnen de orbitaalbenadering) omwille van dit principe de maximale elektronische bezetting van een ruimtelijk orbitaal twee is.

===22 januari 2019 VM===
#
#Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie dezelfde functie als uit de cursus
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema.
#*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
#
#*Geef een uitdrukking voor de HF orbitaalenergie
#*Is som van de individuele oribitaalenergieën gelijk aan de totale HF energie? Indien niet, waar ligt dit aan?
#*Over de ionisatiepotentiaal en hoe die bepaalt werd en hoe da verbeterd kon worden

=== 14 januari 2019 VM===
#
#*Bespreek idempotente operatoren, compatibele grootheden, hermetische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2 (AB+BA) hermitisch is als, A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
# Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).
#Wat is Mulliken populatie-analyse en voor wat dient het? Leid de formules af + wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening (gesloten schil molecule)?

===25 januari 2018===
# Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).
#
#*Schrijf de HF toestandsfunctie voor een gesloten-schil molecule.
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie? Waarom beschrijft de HF toestandsfunctie correlatie niet. Geef de definitie van correlatie-energie.
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, wel in staat is om elektroncorrelatie te beschrijven.
# Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit.

===NM 23 januari 2018===
#
#* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden en (3) hermitische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2 (AB+BA) hermitisch is als, A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
#Vertrek van de exacte oplossing van de Schrödingervgl van het He+ ion om een benaderende oplossing te berekenen voor de grondtoestand van het He atoom. Werk een manier uit om deze benadering te verbeteren door gebruik te maken van het variatietheorema. Kan je op die manier een exacte uitkomst bekomen? Leg uit waarom (niet)/ hoe.
#
#*Geef de uitdrukking van de Hartree-Fock orbitaalenergie ε_HF en bespreek de betekenis van de verschillende termen in deze uitdrukking.
#*Komt de som van de HF energieën van alle bezette orbitalen van een molecule overeen met de totale HF energie E_HF? Indien niet, waarin verschillen beide grootheden?
#*Leg uit op welke manier de orbitaalenergie gebruikt kan worden als een benaderende waarde voor de moleculaire ionisatie-energie. Wat houdt deze benadering in en hoe kan de berekening van de ionisatie-potentiaal verder verbeterd worden?

===VM 23 januari 2018===
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Phi^b = N(1sA + 1sB) en Phi* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF-type golffunctie. Geef aan welke gevolgen dit heeft voor de nauwkeurigheid van de RHF golfvergelijking (?) van covalente bindingen. Beschrijf in detail welke (minimale) voorbetering van de RHF golffunctie van H2 nodig is om een kwalitatief correcte dissociatiecurve te bekomen.
#Wat is Mulliken populatie-analyse en voor wat dient het? Leid de formules af + wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening (gesloten schil molecule)?

=== 19 januari 2018===
#Voorwaarden van een gerade/ ungerade systeem uitleggen en wanneer het kan voorkomen
#Vertrek van de exacte oplossing van de Schrödingervgl van het He+ ion om een benaderende oplossing te berekenen voor de grondtoestand van het He atoom. Werk een manier uit om deze benadering te verbeteren door gebruik te maken van het variatietheorema. Kan je op die manier een exacte uitkomst bekomen? Leg uit waarom (niet)/ hoe.
#
#*Hoe bereken je de electrondensiteit vertrekkende van de (exacte) elektronische toestandsfunctie van ene molecule? hoe hierbij ook rekening met de spin van de elektronen.
#*Hoe kan je bovenstaande uitdrukking herschrijven voor de Hartree-Fock golffunctie van een gesloten-schil molecule?
#*Hoe bereken je de moleculaire elektrostatische potentiaal MEP van een molecule uitgaande van de densiteit?

=== 26 januari 2017 (NM) ===
#
#* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden en (3) hermitische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2 (AB+BA) hermitisch is als, A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
#
#*Schrijf de HF toestandsfunctie voor een gesloten-schil molecule.
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie? Waarom beschrijft de HF toestandsfunctie correlatie niet. Geef de definitie van correlatie-energie.
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, wel in staat is om elektroncorrelatie te beschrijven.
# De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingervergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:functies voor (n=4, l=2 en ml = +/-2)
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#* Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.

=== 24 januarri 2017 ===
# Voorwaarden uitleggen voor wanneer een systeem geraden of ungeraden kan zijn.
# Uitleggen waarom UHF afwijkingen geeft bij de dissociatie van H2 en het covalente karakter van bindingen. Uiteggen hoe dit kan verbeterd worden ( in detail zoals H IV: p28-30)
# Afleiden van de totale elektronische energie na het in voeren van Kohn & Sham orbitalen in DFT.

=== 20 januari 2017 (NM)===
#
#* Geef en bewijs het variatietheorema
#* Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#* Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode beanderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
# Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).
# Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit.

===22 januari 2016 (VM)===
#
#* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden, (3) hermitische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2(AB+BA) hermitisch is als A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
# Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB).
#* Bereken de normalisatieconstanten N en N'.
#* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
#
#* Hoe bereken je de elektronendensiteit vertrekkende van de elektronische toestandfunctie van een molecule? Hou hierbij ook rekening met de spin van de elektronen.
#* Hoe bereken je de moleculaire elektrostatische potentiaal MEP van ee nmolecule uitgaande van de densiteit?
#* Leg uit hoe je een MSEP (molecular surface electrostatic potential) zou berekenen.

===19 januari 2016 (VM)===
#
#* Wat zijn compatiebele grootheden? Wat zijn de voorwaarden?
#* Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs dit met de voorwaarden die je in a) gesteld hebt.
# Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Leg uit hoe je dit kan verbeteren (in detail).
# Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculair dipoolmoment berekend kan worden met
#* elektronische toestandsfunctie
#* elektrondensiteit

===15 januari 2016 (VM)===
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema.
#*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
# Bespreek de toestandsfunctie horenden bij de aangeslagen configuratie van een twee-elektronensysteem en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) de Slater determinanten.
#De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#* Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.

===23 januari 2015===
# Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
#Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen?

===22 januari 2015===
# Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.
# De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#* Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.
# Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?

===20 januari 2015 VM===
# Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie
# Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (lÂ², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)

===16 januari 2015===
# Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.
# Geef grondig het Pauliprincipe en toon aan dat de golffunctie van het He atoom geschreven moet worden als een determinant, en geef deze determinant.
#
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie
#* Geef de de definitie van correlatie energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven.
#* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.

===18 augustus 2014===
# Bewijs dat Pz een lineaire en hermitische operator is.
# Geef grondig het Pauliprincipe en voor een He atoom gebruik makend van de orbitaalbenadering dat de golffunctie geschreven kan worden in een determinant, en geef deze determinant.
# Leg uit Rayleigh perturbatie theorie en situeer MP2 hierin.

===24 januari 2014===
# Definieer
#*orbitaal en orbitaalbenadering
#*configuratie: open- en gesloten-schil-configuratie
#*slaterdeterminanten
#*toestand en toestandsfunctie; maak gebruik van een voorbeeld en leg het verband/preciseer het verschil tussen de verschillende begrippen
# Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)
# Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)

===23 januari 2014===
# geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen:
#* Idempotente operatoren
#* Compatibele grootheden
#* Hermitische operatoren
# Geef en bespreek het Pauli principe (algemeen) en toon aan dat omwille van dit principe de maximale bezetting ven de ruimtelijke orbitalen 2 is, en die van de spin orbitalen 1.
#
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie
#* Geef de de definitie van correlatie energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven (uit hoofdstuk 4 naar 't schijnt!)
#* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.

===21 januari 2014===
# Bewijs compatiebele grootheden.
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie.
#* Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert.
#*Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.
#Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule.
#* Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse.
#* Wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan?
#* Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen?
===17 januari 2014===
#Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie
#Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe:
#Bespreek de mogelijke golffuncties en dat die aanleiding geven tot de constructie van een Slater determinant/ combinatie van Slater determinanten
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing) (zie 24 januari 2012)

=== 25 januari 2013 ===
#Geef en bespreek het Pauli-principe. Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?
#Definitie van elektroncorrelatie. Wat is de correlatie-energie? Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven. Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden.
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.

=== 22 januari 2013===

#Leid de uitdrukking af van de totale (elektronische) grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesugereerd door Kohn & Sham
#Geef de definitie van "size consistency". Waarom is de CISD-methode niet size-consistent?
#
#*Wat zijn compatiebele grootheden?
#*Toon aan dat twee meetbare grootheden compatiebel zijn als de corresponderende kwantummechanische operatoren commuteren.
#*Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs (i) en (ii) door de commutatierelatie tussen de bijhorende operatoren uit te werken.

===Augustus 2012===

#Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:
#*eigenwaarden van A altijd reël zijn
#*de eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.
#Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.
#Leg uit waarom de dissociatie van H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF-type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze een steeds te hoge en de andere steeds een te lage bindingsenergie oplevert? Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van bindingsenergie, verbeterd worden?

===28 januari 2012 NM===
#
#* Definitie van elektroncorrelatie
#* Wat is de correlatie-energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven
#* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB).
#* Bereken de normalisatieconstanten N en N'
#* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
# Bewijs compatiebele grootheden.

===24 januari 2012 VM===
#
#*Geef en bespreek het Pauli-principe
#*Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?
#Leid de uitdrukking af voor de totale (elektronische) grondtoestandsenergie binnen DFT, na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn & Sham.
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)

===22 januari 2012===
#Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfunctie van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?
#Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)
#De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een éé-elektron atoom met kernlading Z:
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#*Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#*Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#*Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#*Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#*Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.

===24 januari 2011 nm===
# Maak gebruik van de LCAO-MO benadering en het variatietheorema om de golffunctie en bijhorende energie te berekenen van de grondtoestand van het H2+-ion bij een H-H afstand van 2,2 a.u. Basisfuncties zijn de (genormaliseerde) 1sA en 1sB orbitalen op beide H atomen. De waarde van de verschillende integralen tussen beide functies bij de gegeven H-H afstand bedragen: S(AB)= 0,533 ; H(AA)= -0,937 a.u. ; H(AB)= -0,621 a.u.
#
#* Geef en bespreek het Pauli-principe
#* Hoe wordt dit principe gebruikt voor de constructie van een golffunctie binnnen de orbitaalbenadering.
# Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MOSCF berekening (leid de formules af)

===24 januari 2011 vm===
# Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?
# Leidt de uitdrukking af van de totale elektronische grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn & Sham.
# Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)

===22 januari 2010 nm===
#Niet compatiebele grootheden, bewijzen dat impuls en plaats niet compatiebel zijn, onzekerheidsprincipe Heisenberg geven en bewijzen met gegeven formule (uit cursus)
#H2+-ion, gegeven dat bindend orbitaal= N(sA+sB) en antibindend= N'(sA-sB). Normalisatiefactoren berekenen en met de waarschijnlijkheidsdichtheid aantonen dat het ene bindend is en het andere antibindend.
#Vanalles over geometrie-optimalisatie en frequentie-analyse:

===22 januari 2010 vm===
#De golffunctie van waterstof gekregen. Bereken hoogst waarschijnlijke waarde van r en de gemiddelde waarde van r
#
#* Variatietheorema geven en bewijzen en aantonen hoe dat da in de densiteitsfunctionaaltheorie ook blijft gelden
#* Het eerste Hohenberg-Kohn theorema geven en bewijzen
#
#* Definitie van elektroncorrelatie
#* Wat is de correlatie-energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven
#* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden

===18 januari 2010 nm===
#Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade en ungerade
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.
#Bespreek het Pauli-principe (grondig en algemeen) en gebruik dit principe bij de constructie van de golffunctie voor de grondtoestand van he He atoom(binnen de orbitaalbenadering)

===18 januari 2010 vm===
#Bewijs compatiebele grootheden
#Geef de verschillende aangeslagen toestanden van een twee-elektronsysteem. Geef de slaterdeterminanten rekening houdend met het Pauliprincipe
#Tekenopdracht van n=4 l=2 en ml=+/-2 (zie oude examenvragen)

===augustus 2009===
#Wat zijn incompatiebele grootheden? Toon aan dat positie en snelheid incompatiebel zijn. Geef en bewijs de Heisenberg onzekerheidsrelatie. Maak hierbij gebruik van de volgende vergelijking, geldend voor twee incompatiebele grootheden A en B: deltaA * deltaB >= 1/2 |<psi|[A, B]|psi>|
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB).
* Bereken de normalisatieconstanten N en N'
* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi•b een binden MO en phi•* een antibindend MO is.
#Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen?

===23 januari 2009===
#Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:
#*Eigenwaarden van A altijd reel zijn
#*De eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden?
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema
#*Geef en bewijs het eerste Hohenberg-Kohn theorema

===12 januari 2009===
#Bespreek gerade/ungerade , afleiding en zeggen wat essentieel is.
#3 begrippen bespreken en met elkaar in verband brengen: orbitaal / open en gesloten schil / toestand en toestandsfunctie
#Orbitalen tekenen(letterlijk zoals ook op toledo staat)

===10 januari 2009===
#Commutatieregels H, L², Lx, Ly, Lz van meer-elektronatomen afleiden en bespreken wat ge daar mee kunt
#Perturbatietheorie geven & MP2 daar in mengen
#Frequentie-analyse
#*A) frequentie-analyse op een stationair punt bespreken en de Hessiaan er in gebruiken
#*B) 3 eigenschappen bespreken van het molecule in een bepaalde geometrie die je met een frequentie analyse kan berekenen/bespreken

Kwantum- en Computationele Chemie

2025-06-15T18:31:08Z

R0948496: /* Examenvragen vanaf 2021 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
Het zwaarste vak van de 3e bachelor in de eerste semester. Dit vak werd tot academiejaar 2020-2021 gedoceerd door professor Pierloot en nu door Jeremy Harvey. Naast het mondelinge examen zijn er computerpractica. Hierover moeten verslagen gemaakt worden en op het einde van het semester een computerexamen afgelegd worden.
Vanaf academiejaar 2020-2021 wordt dit vak gedoceerd door professor Harvey. Het examen is veraandered naar een schriftelijk examen, die voor 75% van de punten telt.

==Examenvragen vanaf 2021==

===januari 2025===

===16 januari 2023===
#3 golffuncties:
#*-Φgrond(r1,ω1,r2,ω2)= [ɸa(r1)xɸb(r2)] Fa
#*-Φaangeslagen,1(r1,ω1,r2,ω2)= [ɸa(r1)ɸb(r2)-ɸb(r1)ɸ(r2)] α(ω1)α(ω2)
#*-Φaangeslagen,2(r1,ω1,r2,ω2)= [ɸa(r1)ɸb(r2)+ɸb(r1)ɸ(r2)] Fa
#*(a) Deze golffuncties voldoen aan een bepaald principe. Wat is dit principe? (of zoiets) (Antwoord: Pauli-principe)
#*(b) Bewijs dat de golffuncties aan dit principe voldoen door Fa uit te werken. (Antwoord: vergelijking 4.33)
#*(c) Schrijf de golffunctie van de grondtoestand de aangeslagen,1 toestand als Slater determinant. (Antwoord: theorie rond vergelijking 4.63)
# Ψn=sqrt(2/L)cos(nπx/L). Dit is de golffunctie van een deeltje dat zich in een doos bevindt en zich in 1 dimensie kan bewegen van x=0 tot x=L. De potentiële energie is 0. Hamiltoniaan: H=T^+V^=(-h(bar)^2/2m)*∇^2+V^. (Variant van deeltje in doos pagina 54 in handboek)
#*(a) Bewijs dat Ψn een eigenfunctie is van H. (Antwoord: HΨn uitwerken. Indien dit gelijk is aan een constante maal Ψn, dan is het bewezen)
#*(b) Wat is de energie van Ψn voor n=1? (Antwoord: HΨn=EΨn)
#Een oefening over ozon. De orbitaal isovlakken van de HOMO-2, HOMO-1, HOMO en LUMO zijn gegeven.
#*(a) Wat is de puntgroep van ozon? Wat zijn de irreps van de vier bovenstaande structuren? (Puntgroep via appendix. Rest is hoofdstuk 4 symmetrie)
#*(b) Er zijn 4 waarden berekend (gegeven) in Ha. 1 ervan is de grondtoestand, de rest zijn de 3 laagste aangeslagen toestanden. Wat is de transitie-energie voor elk van de drie aangeslagen toestanden in kJ/mol? (Ha --> kJ/mol in appendix)
#*(c) Een belangrijk fenomeen in de ozonlaag heeft te maken met de uitzending van licht van 255 nm. Welke aangeslagen toestand zou overeen kunnen komen met deze golflengte? Leg uit. (Antwoord: energie van licht vergelijken met het energieverschil van de grondtoestand en de aangeslagen toestanden en zien welke overeenkomt)
#*(d) Een elektron dat van het HOMO, HOMO-1 of HOMO-2 orbitaal naar naar het LUMO springt is een goede benadering van de excitatietoestanden gegeven in (b) (elke excitatie komt overeen met één van deze drie sprongen). Welke transitie komt overeen met de lichtexcitatie van 255 nm? HOMO-2-->LUMO, HOMO-1-->LUMO of HOMO-->LUMO? Leg uit.

===18 januari 2022===
#Compatibel (Geg: operatoren van draaiimpuls-componenten)
#* Wat zijn compatibele grootheden?
#* Waroom zijn Îx en Îz niet compatibel (afleiding)?
#* Belangrijkste gevolg/probleem voor niet compatibele operatoren?
#Slater Determinanten
#* Waarom gebruikt men SD-toestandfuncties ipv HF?
#* Fysische betekenis van vier termen van (gegeven vgl) E(SD) (vgl 5.24 in cursus)
#* Welke term valt weg voor HF? Why?
#Energiën experiment: Gegeven radicalaire reactie: R-OH -> R-O° + °H. Energieën voor alle componenten zijn gegeven van twee calculations met twee basissets. Daarnaast ook ZPE.
#* Waarom calculeren we eerst een geoptimaliseerde energie met 6-311G(d) en dan nog eens met 6-311G(d,p)?
#* Waarom calculeren we vibratiefreq.?
#* Wat is de meest geoptimaliseerde energie van de O-H binding o.b.v. waarden in tabel?
#* Kan foton met golflengte x nm deze breking veroorzaken?

===18 juni 2021===
#Elektrondensiteit
#*Geef e-densiteit voor N-deeltjes systeem, onafh. van spin. (vgl 2.22 uit cursus)
#*Explain en leid af de vgl van dipoolmoment. (vgl 6.4 in cursus)
#Molecularie Mechanica
#*Explain (gegeven) krachtveld uitdrukking. (vgl 5.127 uit cursus)
#HF-calculation voor waterstoffluoride: gegeven tabel: 4 basissets (+ welke basisfuncties op F en H afzonderlijk) + bijhorende energie
#*Bereken de kern-kern repulsie voor waterstoffluoride met bindingslengte 0.917.
#*Welk van de vier berekeningen geeft (i) de nauwkeurigste en (ii) de slechtste benaderende golffuncties voor waterstoffluoride? Welk principe wordt hier gebruikt?
#*Waarom daalt de energie bij toevoegen van d basisfunctie op F en p basisfunctie op H?

===27 januari 2021===
#Restricted Hartree Fock
#*Geef RHF toestandsfunctie van H2 molecule binnen de LCAO-MO benadering en met een minimale basisset. Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef aan welke gevolgen dit heeft voor de nauwkeurigheid van de RHF beschrijving van covalente bindingen. Beschrijf in detail welke (minimale) verbetering van de RHF golffunctie van H2 nodig is om een kwalitatief correcte dissociatiecurve te bekomen.
#Slater Determinanten
#*Geef de SD van He. Bewijs dat de SD voldoet aan het Pauli principe.
#*De bijbehorende energie is E = 2 h1s1s + J1s1s. Wat betekenen h1s1s en J1s1s.
#*Gegeven h = functie van zèta, J = functie van zèta. Bereken voor welke zèta de energie zo nauwkeurig mogelijk is, wat is de waarde van de energie? Waarom neemt J toe als zèta toeneemt?
#*Met een zeer grote basisset vinden we E = -2,85 Hartree. De exacte energie is -2,90 Hartree. Leg uit waarom deze waarde verschillen en waarom ze verschillen van het antwoord in de vorige vraag.
#Moleculaire Symmetrie: Gegeven: cis- en trans-isomeer van C2H2F2 met bijhorende energieën (E(cis) > E(trans) by 0,0004 Ha). Twee MOs van het trans-isomeer. Twee karaktertabellen voor C2v en C2h.
#*Welk isomeer heeft puntgroep C2v, welk C2h? Why?
#*Geef de irreduceerbare representatie van de twee MOs, explain.
#*Waarom kunnen de orbitalen zo gekozen worden dat ze eigenfuncties zijn van de symmetrieoperatoren?
#*Welk isomeer is het stabielste? Is er een groot verschil in stabiliteit?

==Examenvragen vanaf 2009==
===24 januari 2020 VM===
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema.
#*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
#
#*Schrijf de HF toestandsfunctie voor een gesloten-schil molecule.
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie? Waarom beschrijft de HF toestandsfunctie correlatie niet. Geef de definitie van correlatie-energie.
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, wel in staat is om elektroncorrelatie te beschrijven.
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (lÂ², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)

===13 januari 2020 NM===
#
#Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie dezelfde functie als uit de cursus
#
#Vertrek van de exacte oplossing van de Schrödingervgl van het He+ ion om een benaderende oplossing te berekenen voor de grondtoestand van het He atoom. Werk een manier uit om deze benadering te verbeteren door gebruik te maken van het variatietheorema. Kan je op die manier een exacte uitkomst bekomen? Leg uit waarom (niet)/ hoe.
#
#a) Hoe bereken je de elektronendensiteit vertrekkende van de (exacte) elektronische toestandsfunctie van een molecule? b) Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit.

===13 januari 2020 VM===
#
#Geef de definitie van een lineaire hermitische operator Â en bewijs dat (a) eigenwaarden van Â altijd reëel zijn; (b) de eigenfuncties van Â steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.
#
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef aan welke gevolgen dit heeft voor de nauwkeurigheid van de RHF beschrijving van covalente bindingen. Beschrijf in detail welke (minimale) verbetering van de RHF golffunctie van H2 nodig is om een kwalitatief correcte dissociatiecurve te bekomen.
#
#a) Geef en bespreek de algemene uitdrukking van het Pauli principe. Maak hierbij gebruik van permutatie-operatoren. b) Bewijs dat (binnen de orbitaalbenadering) omwille van dit principe de maximale elektronische bezetting van een ruimtelijk orbitaal twee is.

===22 januari 2019 VM===
#
#Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie dezelfde functie als uit de cursus
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema.
#*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
#
#*Geef een uitdrukking voor de HF orbitaalenergie
#*Is som van de individuele oribitaalenergieën gelijk aan de totale HF energie? Indien niet, waar ligt dit aan?
#*Over de ionisatiepotentiaal en hoe die bepaalt werd en hoe da verbeterd kon worden

=== 14 januari 2019 VM===
#
#*Bespreek idempotente operatoren, compatibele grootheden, hermetische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2 (AB+BA) hermitisch is als, A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
# Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).
#Wat is Mulliken populatie-analyse en voor wat dient het? Leid de formules af + wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening (gesloten schil molecule)?

===25 januari 2018===
# Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).
#
#*Schrijf de HF toestandsfunctie voor een gesloten-schil molecule.
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie? Waarom beschrijft de HF toestandsfunctie correlatie niet. Geef de definitie van correlatie-energie.
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, wel in staat is om elektroncorrelatie te beschrijven.
# Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit.

===NM 23 januari 2018===
#
#* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden en (3) hermitische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2 (AB+BA) hermitisch is als, A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
#Vertrek van de exacte oplossing van de Schrödingervgl van het He+ ion om een benaderende oplossing te berekenen voor de grondtoestand van het He atoom. Werk een manier uit om deze benadering te verbeteren door gebruik te maken van het variatietheorema. Kan je op die manier een exacte uitkomst bekomen? Leg uit waarom (niet)/ hoe.
#
#*Geef de uitdrukking van de Hartree-Fock orbitaalenergie ε_HF en bespreek de betekenis van de verschillende termen in deze uitdrukking.
#*Komt de som van de HF energieën van alle bezette orbitalen van een molecule overeen met de totale HF energie E_HF? Indien niet, waarin verschillen beide grootheden?
#*Leg uit op welke manier de orbitaalenergie gebruikt kan worden als een benaderende waarde voor de moleculaire ionisatie-energie. Wat houdt deze benadering in en hoe kan de berekening van de ionisatie-potentiaal verder verbeterd worden?

===VM 23 januari 2018===
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Phi^b = N(1sA + 1sB) en Phi* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF-type golffunctie. Geef aan welke gevolgen dit heeft voor de nauwkeurigheid van de RHF golfvergelijking (?) van covalente bindingen. Beschrijf in detail welke (minimale) voorbetering van de RHF golffunctie van H2 nodig is om een kwalitatief correcte dissociatiecurve te bekomen.
#Wat is Mulliken populatie-analyse en voor wat dient het? Leid de formules af + wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening (gesloten schil molecule)?

=== 19 januari 2018===
#Voorwaarden van een gerade/ ungerade systeem uitleggen en wanneer het kan voorkomen
#Vertrek van de exacte oplossing van de Schrödingervgl van het He+ ion om een benaderende oplossing te berekenen voor de grondtoestand van het He atoom. Werk een manier uit om deze benadering te verbeteren door gebruik te maken van het variatietheorema. Kan je op die manier een exacte uitkomst bekomen? Leg uit waarom (niet)/ hoe.
#
#*Hoe bereken je de electrondensiteit vertrekkende van de (exacte) elektronische toestandsfunctie van ene molecule? hoe hierbij ook rekening met de spin van de elektronen.
#*Hoe kan je bovenstaande uitdrukking herschrijven voor de Hartree-Fock golffunctie van een gesloten-schil molecule?
#*Hoe bereken je de moleculaire elektrostatische potentiaal MEP van een molecule uitgaande van de densiteit?

=== 26 januari 2017 (NM) ===
#
#* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden en (3) hermitische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2 (AB+BA) hermitisch is als, A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
#
#*Schrijf de HF toestandsfunctie voor een gesloten-schil molecule.
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie? Waarom beschrijft de HF toestandsfunctie correlatie niet. Geef de definitie van correlatie-energie.
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, wel in staat is om elektroncorrelatie te beschrijven.
# De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingervergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:functies voor (n=4, l=2 en ml = +/-2)
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#* Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.

=== 24 januarri 2017 ===
# Voorwaarden uitleggen voor wanneer een systeem geraden of ungeraden kan zijn.
# Uitleggen waarom UHF afwijkingen geeft bij de dissociatie van H2 en het covalente karakter van bindingen. Uiteggen hoe dit kan verbeterd worden ( in detail zoals H IV: p28-30)
# Afleiden van de totale elektronische energie na het in voeren van Kohn & Sham orbitalen in DFT.

=== 20 januari 2017 (NM)===
#
#* Geef en bewijs het variatietheorema
#* Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#* Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode beanderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
# Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).
# Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit.

===22 januari 2016 (VM)===
#
#* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden, (3) hermitische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2(AB+BA) hermitisch is als A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
# Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB).
#* Bereken de normalisatieconstanten N en N'.
#* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
#
#* Hoe bereken je de elektronendensiteit vertrekkende van de elektronische toestandfunctie van een molecule? Hou hierbij ook rekening met de spin van de elektronen.
#* Hoe bereken je de moleculaire elektrostatische potentiaal MEP van ee nmolecule uitgaande van de densiteit?
#* Leg uit hoe je een MSEP (molecular surface electrostatic potential) zou berekenen.

===19 januari 2016 (VM)===
#
#* Wat zijn compatiebele grootheden? Wat zijn de voorwaarden?
#* Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs dit met de voorwaarden die je in a) gesteld hebt.
# Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Leg uit hoe je dit kan verbeteren (in detail).
# Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculair dipoolmoment berekend kan worden met
#* elektronische toestandsfunctie
#* elektrondensiteit

===15 januari 2016 (VM)===
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema.
#*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
# Bespreek de toestandsfunctie horenden bij de aangeslagen configuratie van een twee-elektronensysteem en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) de Slater determinanten.
#De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#* Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.

===23 januari 2015===
# Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
#Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen?

===22 januari 2015===
# Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.
# De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#* Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.
# Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?

===20 januari 2015 VM===
# Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie
# Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (lÂ², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)

===16 januari 2015===
# Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.
# Geef grondig het Pauliprincipe en toon aan dat de golffunctie van het He atoom geschreven moet worden als een determinant, en geef deze determinant.
#
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie
#* Geef de de definitie van correlatie energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven.
#* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.

===18 augustus 2014===
# Bewijs dat Pz een lineaire en hermitische operator is.
# Geef grondig het Pauliprincipe en voor een He atoom gebruik makend van de orbitaalbenadering dat de golffunctie geschreven kan worden in een determinant, en geef deze determinant.
# Leg uit Rayleigh perturbatie theorie en situeer MP2 hierin.

===24 januari 2014===
# Definieer
#*orbitaal en orbitaalbenadering
#*configuratie: open- en gesloten-schil-configuratie
#*slaterdeterminanten
#*toestand en toestandsfunctie; maak gebruik van een voorbeeld en leg het verband/preciseer het verschil tussen de verschillende begrippen
# Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)
# Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)

===23 januari 2014===
# geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen:
#* Idempotente operatoren
#* Compatibele grootheden
#* Hermitische operatoren
# Geef en bespreek het Pauli principe (algemeen) en toon aan dat omwille van dit principe de maximale bezetting ven de ruimtelijke orbitalen 2 is, en die van de spin orbitalen 1.
#
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie
#* Geef de de definitie van correlatie energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven (uit hoofdstuk 4 naar 't schijnt!)
#* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.

===21 januari 2014===
# Bewijs compatiebele grootheden.
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie.
#* Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert.
#*Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.
#Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule.
#* Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse.
#* Wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan?
#* Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen?
===17 januari 2014===
#Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie
#Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe:
#Bespreek de mogelijke golffuncties en dat die aanleiding geven tot de constructie van een Slater determinant/ combinatie van Slater determinanten
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing) (zie 24 januari 2012)

=== 25 januari 2013 ===
#Geef en bespreek het Pauli-principe. Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?
#Definitie van elektroncorrelatie. Wat is de correlatie-energie? Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven. Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden.
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.

=== 22 januari 2013===

#Leid de uitdrukking af van de totale (elektronische) grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesugereerd door Kohn & Sham
#Geef de definitie van "size consistency". Waarom is de CISD-methode niet size-consistent?
#
#*Wat zijn compatiebele grootheden?
#*Toon aan dat twee meetbare grootheden compatiebel zijn als de corresponderende kwantummechanische operatoren commuteren.
#*Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs (i) en (ii) door de commutatierelatie tussen de bijhorende operatoren uit te werken.

===Augustus 2012===

#Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:
#*eigenwaarden van A altijd reël zijn
#*de eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.
#Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.
#Leg uit waarom de dissociatie van H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF-type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze een steeds te hoge en de andere steeds een te lage bindingsenergie oplevert? Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van bindingsenergie, verbeterd worden?

===28 januari 2012 NM===
#
#* Definitie van elektroncorrelatie
#* Wat is de correlatie-energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven
#* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB).
#* Bereken de normalisatieconstanten N en N'
#* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
# Bewijs compatiebele grootheden.

===24 januari 2012 VM===
#
#*Geef en bespreek het Pauli-principe
#*Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?
#Leid de uitdrukking af voor de totale (elektronische) grondtoestandsenergie binnen DFT, na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn & Sham.
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)

===22 januari 2012===
#Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfunctie van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?
#Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)
#De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een éé-elektron atoom met kernlading Z:
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#*Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#*Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#*Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#*Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#*Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.

===24 januari 2011 nm===
# Maak gebruik van de LCAO-MO benadering en het variatietheorema om de golffunctie en bijhorende energie te berekenen van de grondtoestand van het H2+-ion bij een H-H afstand van 2,2 a.u. Basisfuncties zijn de (genormaliseerde) 1sA en 1sB orbitalen op beide H atomen. De waarde van de verschillende integralen tussen beide functies bij de gegeven H-H afstand bedragen: S(AB)= 0,533 ; H(AA)= -0,937 a.u. ; H(AB)= -0,621 a.u.
#
#* Geef en bespreek het Pauli-principe
#* Hoe wordt dit principe gebruikt voor de constructie van een golffunctie binnnen de orbitaalbenadering.
# Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MOSCF berekening (leid de formules af)

===24 januari 2011 vm===
# Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?
# Leidt de uitdrukking af van de totale elektronische grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn & Sham.
# Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)

===22 januari 2010 nm===
#Niet compatiebele grootheden, bewijzen dat impuls en plaats niet compatiebel zijn, onzekerheidsprincipe Heisenberg geven en bewijzen met gegeven formule (uit cursus)
#H2+-ion, gegeven dat bindend orbitaal= N(sA+sB) en antibindend= N'(sA-sB). Normalisatiefactoren berekenen en met de waarschijnlijkheidsdichtheid aantonen dat het ene bindend is en het andere antibindend.
#Vanalles over geometrie-optimalisatie en frequentie-analyse:

===22 januari 2010 vm===
#De golffunctie van waterstof gekregen. Bereken hoogst waarschijnlijke waarde van r en de gemiddelde waarde van r
#
#* Variatietheorema geven en bewijzen en aantonen hoe dat da in de densiteitsfunctionaaltheorie ook blijft gelden
#* Het eerste Hohenberg-Kohn theorema geven en bewijzen
#
#* Definitie van elektroncorrelatie
#* Wat is de correlatie-energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven
#* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden

===18 januari 2010 nm===
#Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade en ungerade
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.
#Bespreek het Pauli-principe (grondig en algemeen) en gebruik dit principe bij de constructie van de golffunctie voor de grondtoestand van he He atoom(binnen de orbitaalbenadering)

===18 januari 2010 vm===
#Bewijs compatiebele grootheden
#Geef de verschillende aangeslagen toestanden van een twee-elektronsysteem. Geef de slaterdeterminanten rekening houdend met het Pauliprincipe
#Tekenopdracht van n=4 l=2 en ml=+/-2 (zie oude examenvragen)

===augustus 2009===
#Wat zijn incompatiebele grootheden? Toon aan dat positie en snelheid incompatiebel zijn. Geef en bewijs de Heisenberg onzekerheidsrelatie. Maak hierbij gebruik van de volgende vergelijking, geldend voor twee incompatiebele grootheden A en B: deltaA * deltaB >= 1/2 |<psi|[A, B]|psi>|
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB).
* Bereken de normalisatieconstanten N en N'
* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi•b een binden MO en phi•* een antibindend MO is.
#Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen?

===23 januari 2009===
#Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:
#*Eigenwaarden van A altijd reel zijn
#*De eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden?
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema
#*Geef en bewijs het eerste Hohenberg-Kohn theorema

===12 januari 2009===
#Bespreek gerade/ungerade , afleiding en zeggen wat essentieel is.
#3 begrippen bespreken en met elkaar in verband brengen: orbitaal / open en gesloten schil / toestand en toestandsfunctie
#Orbitalen tekenen(letterlijk zoals ook op toledo staat)

===10 januari 2009===
#Commutatieregels H, L², Lx, Ly, Lz van meer-elektronatomen afleiden en bespreken wat ge daar mee kunt
#Perturbatietheorie geven & MP2 daar in mengen
#Frequentie-analyse
#*A) frequentie-analyse op een stationair punt bespreken en de Hessiaan er in gebruiken
#*B) 3 eigenschappen bespreken van het molecule in een bepaalde geometrie die je met een frequentie analyse kan berekenen/bespreken

Bioinformatica en Structurele Biologie

2025-06-15T18:28:19Z

R0948496: /* 13 juni 2025 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie.
Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.

Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.

Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze met giscorrectie. Sinds 2023-2024 is het zonder giscorrectie en zijn er maar twee evaluatiemomenten: een oefeningenexamen op 50% (incl. PyMol) en het theoretisch examen op 50% (waar wel nog NW en MP gevraagd wordt). Er zitten een paar instinkers tussen de vragen (geeft de prof ook zelf toe) en het zit hem vaak in 1 woord waarom de stelling juist/fout is, dus lees de vraag goed en volledig!

==Examenvragen==
===13 juni 2025===
50 meerkeuzevragen, gelijkaardig aan vorige jaren
#6 vragen over de gastlessen (op voorhand gegeven): telkens vier stellingen en "welke is juist/fout"
#Vragen over Smith-Waterman en Needleman-Wunsch (antwoord: er zijn meer oplossingen mogelijk bij de alignment)
#NW oplossen met een BLOSUM 50 matrix (zoals in zijn voorbeeldvragen van de eerste les)
#Wat is correct over homologie (antwoord: ze zijn evolutionair related)
#dot-matrix (zeggen wat je zag: DNA of proteïne, zijn het dezelfde of een verschillende sequenties)
#De waardes in een PAM zijn altijd negatief/altijd positief/altijd positief op de diagonaal/nog iets
#Contact map: zijn het alpha helices/beta platen, parallel of antiparallel
#Welke techniek/algoritme niet nodig voor homology modelling?
#Alphafold (antwoord: alphafold bevat geen co-factoren en liganden)
#Peptideketen gegeven, lettercode kiezen
#Lettercode gegeven, peptide kiezen
#Je hebt een kleine set sequenties en je wilt de evolutionaire verwantschap zijn, welke algoritme gebruik je (UPGMA, NJ, MP, ML)
#PDB file: wat staat er in welke kolom (links staat 'ATOM' en men vroeg de z-coordinaat en de bezettingsgraad)
#Anfinsen dogma en levinthal paradox wat is correct
#chou-pasman algoritme en gor algoritme
#kunnen glycine en proline eender waar in de ramachandramn plot voorkomen (nee)
#duidt de psi en phi hoeken aan in de peptidebinding
#wat is correct over specialisatie van genen
#iets dat neerkwam op het feit dat orthologen homologen zijn afkomstig uit de zelfde soort oorspronkelijk
#moleculaire klok: wanneer de leefomgeving snel verandert hoe snel zullen mutaties dan optreden
#wat is juist over accepted mutations
#wat is juist over de parameter lambda bij de pam matrix
#welke matrix gebruik je voor de pairwise alignment van voor twee sterk geconserveerde sequenties (BLOSUM250 (bestaat niet), BLOSUM50, PAM250 of PAM50 (de juiste))
#je hebt genoom van een nieuw organisme en je wilt weten welke proteinen dit codeert, welke versie BLAST gebruik je
#zal een grotere databank maken dat je E waarde hoger of lager ligt voor een hit met BLAST
#om een zeer ver geëvolueerd homoloog te zoeken, welke blast gebruik ik (psi, phi, delta of mega)
#iets over neighbour joining methode, hoe werkt het
#wat betekent een hoge Shannon entropy
#vergelijking tussen exacte MSA en progressieve MSA
#wat kan je voorspellen uit co-evolutie, zoiets in die aard
#wat soort filogenetische boom is dit (cladogram, fylogram of ultrametrisch)
#na de tree evaluatie met jackknifing en bootstrapping staat er een getal voor elke clade, welke clades zijn betrouwbaar
#over de GMEC bij een PES: het kwam erop neer dat een GMEC een globaal energieminimum is
#H-brug term bij forcefield: het kwam erop neer dat je deze kan schrijven ahv VDW en coulomb parameters
#kan je de force field van een proteine gebruiken voor een kleine molecule en vice versa ja of nee
#cryoEM
#je had een groot proteinen verbonden door ongestructureerde loops of zoiets: gebruik je NMR, cryoEM of xray om de structuur te bepalen
#het moleculair oppervlak bestaat uit welke oppervlakken (zoiets in die aard: Contact surface, Reentrant surface, solventprobe en solvent accessible surface moet je kennen basically)
#en nog andere vragen

===14 juni 2024===
Volledig meerkeuze (50 vragen), letterlijke verwoording kan niet kloppen en lees telkens zorgvuldig de vraag en de opties, want het zit meestal in één woord waardoor iets fout is.
#Zelfde vragen als vorig jaar samen met deze
#AlphaFold
#*is hetzelfde als co-evolutie gebaseerde structuurvoorspelling
#*bevat geen prothetische groepen of co-factoren
#Peptideketen gegeven. Welke hoeken zijn psi en phi?
#Contactmap gegeven. Is dit een proteïne met:
#*alfa-helices
#*bèta-platen
#*beide
#Wat is correct over homologie?
#Welke techniek/algoritme heb je niet nodig voor Homology Modeling?
#De waardes in een PAM zijn:
#*altijd positief
#*altijd negatief
#*altijd positief op de diagonaal
#Je hebt een kleine dataset van genen waarvan de buitenste regio’s niet geconserveerd zijn. Je wilt de evolutionaire verwantschap bepalen. Welk algoritme gebruik je?
#*UPGMA
#*Maximum likelihood kan gebruikt worden aangezien het een kleine dataset is
#*NJ
#*Maximum likelihood nadat je de buitenste regio’s verwijderd hebt
#Vier DNA-sequenties gegeven. Bepaal adhv MP welke boom het meest correct. (Exact zoals in de oefenzitting van Mod. 14, waren zelfs dezelfde sequenties en bomen denk ik)
#Wat is niet correct over Chou-Fasman?
#*Het is gebaseerd op het voorkomen van bepaalde aminozuren in secundaire sequenties
#*Het was het eerste algoritme voor secundaire structuurvoorspelling
#*Het werd later vervangen door het GOR-algoritme dat wel rekening houdt met bijdragen van de omliggende AZ
#Nog vragen over BLAST, CLUSTAL, MSA, orthologen/paralogen … (niet over wetenschappers, jaartallen, geschiedenis … of soort helices, bèta-turns, L of D aminozuren …)

===16 juni 2023===
Volledig meerkeuze (50 vragen):
#6 vragen over gastlessen die op voorhand gegeven waren
#Welk aminozuur is deze sequentie? (structuur kiezen)
#Welke sequentie is dit aminozuur? (structuur gegeven)
#Vraag over Smith-Waterman
#Vraag over Needleman-Wunsch
#Foto gegeven, is het een DOT-plot van:
#*verschillende DNA sequenties
#*identieke DNA sequenties
#*verschillende proteïne sequenties
#*identieke proteïne sequenties
#Welke gebruik je als je een geconserveerde sequentie hebt
#*PAM50
#*PAM250
#*BLOSUM50
#*BLOSUM250
#PDB file gegeven, wat staat er in kolom ...
#De temperatuurfactor beschrijft...
#Met welk experiment is dit PDB file bekomen
#Iets over force fields
#Iets over contactoppervlakken van moleculen (SAS, RES, “stick”-configuratie, moleculaire binding ...)
#Needleman-Wunsch aanvullen, welk getal staat rechtsonder
#Needleman-Wunch, wat is de juiste alignment (meerdere waren mogelijk)
#Welk soort boom is dit
#*Phylogram
#*Cladogram
#*Ultrametrische boom
#*Ridiculogram
#Met welk algoritme is bovenstaande boom gemaakt?
#*NJ
#*UPGMA
#*ML
#*MP
#Wat is correct over bovenstaande boom
#*De Y-as bevat geen informatie
#*De X-as geeft de evolutionaire afstand weer
#*Deze clade is betrouwbaar, maar deze niet
#Iets over cryoEM microscopy
#Je hebt een nieuw genoom ontdekt en je wilt weten welke proteïnen het bevat. Welke soort BLAST gebruik je?
#Nog veel meer, heel vaak 'welke stelling is correct/fout?' met ook een optie om aan te duiden dat ze allemaal correct/fout zijn

===22 Augustus 2022 (schriftelijk) ===
Theorie:
#Meerkeuze
#*Chou-Fasmann
#*Clustal
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#*Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#*Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#*...
#Verschil SW- & NW-algoritme?
#Rom. & Rotamer plots uitleggen met VWY-tripeptide
#Juist of fout
#*Bij een 3D voorstelling van een moleculaire interactie, gebruik je moleculair oppervlak dat complementair is aan de sticks voorstelling.
#*Gebruik TBlastX voor checken van proteïne in een niet-coderend genoom van een ander molecule.
#*NW-algoritme is beter dan SW-algoritme voor het vergelijken van multi-domein eiwitten met maar 1 verwant domein.
#Hoe fix je een root of een tree? Kan dit automatisch?

===27 juni 2022 (schriftelijk)===
Theorie:
#Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)
#* Chou-Fasmann
#* Clustal
#* Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#* ...
#Juist of fout? Verklaar (9pt)
#* PDB bevat alleen kristalstructuur.
#* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.
#* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...
# PDB file gegeven: (6 pt)
#* Wat stelt elke kolom voor?
#* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.
#* Teken het tripeptide.
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)
# Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?

===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===
#Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)
#*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?
#*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen
#*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is
#*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?
#*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen
#*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne
#*Aanduiden welke stelling over blast fout is
#Juist/fout (9 punten)
#*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.
#*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.
#*Een PDB-file bevat geen H-atomen
#Korte open vragen
#*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)
#*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)
#*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)

===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen
#Exact hetzelfde als 8 juni 2020
===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===
#Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)
#Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)
#Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)
#Juist en fout: (9 ptn)
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)

===19 juni 2019 NM===
#PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken & hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)
#trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma & levinthal paradox (5 ptn)
#Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)
#juist fout vragen: (9 ptn)
#* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity
#* Slechts één oplossing voor NW en SW
#* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig
#Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)
#oefeningen:
#* Geef kleinste chromosoom
#* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is
#* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter
#* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is

===11 juni 2019 NM ===
# PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken & hoe te construeren
# Trekvraag: Anfinsen dogma & Levinthal paradox (5pt)
# Schrifteijke vraag (6pt)
#*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten
#*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 & chi2)
#*C: waarvoor gebruiken we phi & psi?
# Juist/fout (9pt)
#* UPGMA & NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Vergeten
# Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)

===11 juni 2019 VM ===
# Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)
#* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
# Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)
# Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.
# Juist/fout (8pt)
#* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.
#* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.
# Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)

=== 26 juni 2018 NM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)

=== 19 juni 2018 VM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)
# Oefeningen USB stick 12
#* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor
#* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen
#* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH>2).
#* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd.
#* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?

=== 18 juni 2018 NM ===
# Leg PAM uit
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes
# (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.
# Juist of fout
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit
#* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).
#* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.
#* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?

=== 18 juni 2018 VM ===
#Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):
#* Leg het algoritme uit.
#* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?
#* Bijvragen: "waarom doe je dit" bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: "waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?"
# (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)
# Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)
#* Tekening van dot-plot
#* Tekening van contact map
# Juist of fout (9 pt)
#* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix
#* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ
#* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)
# Oefeningen (USB-stick 4):
#* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest
#* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?
#* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH > 2), caspase1
#* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)
#* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.

=== 11 Juni 2018 ===
# Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:
#* Waarom introduceren we m+1 en n+1?
#* Wat is de score van het geheel?
#* Waarom is dit een dynamisch process?
#* Is de score bij meerdere paden dezelfde?
# (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule.
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.
# Waar of onwaar?
#* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken.
#* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.
#* (vergeten)
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.

=== 28 Juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout:
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Bioinformatica en Structurele Biologie

2025-06-15T18:26:29Z

R0948496: /* 13 juni 2025 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie.
Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.

Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.

Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze met giscorrectie. Sinds 2023-2024 is het zonder giscorrectie en zijn er maar twee evaluatiemomenten: een oefeningenexamen op 50% (incl. PyMol) en het theoretisch examen op 50% (waar wel nog NW en MP gevraagd wordt). Er zitten een paar instinkers tussen de vragen (geeft de prof ook zelf toe) en het zit hem vaak in 1 woord waarom de stelling juist/fout is, dus lees de vraag goed en volledig!

==Examenvragen==
===13 juni 2025===
50 meerkeuzevragen, gelijkaardig aan vorige jaren
#6 vragen over de gastlessen (op voorhand gegeven): telkens vier stellingen en "welke is juist/fout"
#Vragen over Smith-Waterman en Needleman-Wunsch (antwoord: er zijn meer oplossingen mogelijk bij de alignment)
#NW oplossen met een BLOSUM 50 matrix (zoals in zijn voorbeeldvragen van de eerste les)
#Wat is correct over homologie (antwoord: ze zijn evolutionair related)
#dot-matrix (zeggen wat je zag: DNA of proteïne, zijn het dezelfde of een verschillende sequenties)
#De waardes in een PAM zijn altijd negatief/altijd positief/altijd positief op de diagonaal/nog iets
#Contact map: zijn het alpha helices/beta platen, parallel of antiparallel
#Welke techniek/algoritme niet nodig voor homology modelling?
#Alphafold (antwoord: alphafold bevat geen co-factoren en liganden)
#Peptideketen gegeven, lettercode kiezen
#Lettercode gegeven, peptide kiezen
#Je hebt een kleine set sequenties en je wilt de evolutionaire verwantschap zijn, welke algoritme gebruik je (UPGMA, NJ, MP, ML)
#PDB file: wat staat er in welke kolom (links staat 'ATOM' en men vroeg de z-coordinaat en de bezettingsgraad)
#Anfinsen dogma en levinthal paradox wat is correct
#chou-pasman algoritme en gor algoritme
#kunnen glycine en proline eender waar in de ramachandramn plot voorkomen (nee)
#duidt de psi en phi hoeken aan in de peptidebinding
#de waarden op de pam matrix zijn (positief, negatief of positief op diagonaal)
#wat is correct over specialisatie van genen
#iets dat neerkwam op het feit dat orthologen homologen zijn afkomstig uit de zelfde soort oorspronkelijk
#moleculaire klok: wanneer de leefomgeving snel verandert hoe snel zullen mutaties dan optreden
#wat is juist over accepted mutations
#wat is juist over de parameter lambda bij de pam matrix
#welke matrix gebruik je voor de pairwise alignment van voor twee sterk geconserveerde sequenties (BLOSUM250 (bestaat niet), BLOSUM50, PAM250 of PAM50 (de juiste))
#je hebt genoom van een nieuw organisme en je wilt weten welke proteinen dit codeert, welke versie BLAST gebruik je
#zal een grotere databank maken dat je E waarde hoger of lager ligt voor een hit met BLAST
#om een zeer ver geëvolueerd homoloog te zoeken, welke blast gebruik ik (psi, phi, delta of mega)
#iets over neighbour joining methode, hoe werkt het
#wat betekent een hoge Shannon entropy
#vergelijking tussen exacte MSA en progressieve MSA
#wat kan je voorspellen uit co-evolutie, zoiets in die aard
#wat soort filogenetische boom is dit (cladogram, fylogram of ultrametrisch)
#na de tree evaluatie met jackknifing en bootstrapping staat er een getal voor elke clade, welke clades zijn betrouwbaar
#over de GMEC bij een PES: het kwam erop neer dat een GMEC een globaal energieminimum is
#H-brug term bij forcefield: het kwam erop neer dat je deze kan schrijven ahv VDW en coulomb parameters
#kan je de force field van een proteine gebruiken voor een kleine molecule en vice versa ja of nee
#cryoEM
#je had een groot proteinen verbonden door ongestructureerde loops of zoiets: gebruik je NMR, cryoEM of xray om de structuur te bepalen
#het moleculair oppervlak bestaat uit welke oppervlakken (zoiets in die aard: Contact surface, Reentrant surface, solventprobe en solvent accessible surface moet je kennen basically)
#en nog andere vragen

===14 juni 2024===
Volledig meerkeuze (50 vragen), letterlijke verwoording kan niet kloppen en lees telkens zorgvuldig de vraag en de opties, want het zit meestal in één woord waardoor iets fout is.
#Zelfde vragen als vorig jaar samen met deze
#AlphaFold
#*is hetzelfde als co-evolutie gebaseerde structuurvoorspelling
#*bevat geen prothetische groepen of co-factoren
#Peptideketen gegeven. Welke hoeken zijn psi en phi?
#Contactmap gegeven. Is dit een proteïne met:
#*alfa-helices
#*bèta-platen
#*beide
#Wat is correct over homologie?
#Welke techniek/algoritme heb je niet nodig voor Homology Modeling?
#De waardes in een PAM zijn:
#*altijd positief
#*altijd negatief
#*altijd positief op de diagonaal
#Je hebt een kleine dataset van genen waarvan de buitenste regio’s niet geconserveerd zijn. Je wilt de evolutionaire verwantschap bepalen. Welk algoritme gebruik je?
#*UPGMA
#*Maximum likelihood kan gebruikt worden aangezien het een kleine dataset is
#*NJ
#*Maximum likelihood nadat je de buitenste regio’s verwijderd hebt
#Vier DNA-sequenties gegeven. Bepaal adhv MP welke boom het meest correct. (Exact zoals in de oefenzitting van Mod. 14, waren zelfs dezelfde sequenties en bomen denk ik)
#Wat is niet correct over Chou-Fasman?
#*Het is gebaseerd op het voorkomen van bepaalde aminozuren in secundaire sequenties
#*Het was het eerste algoritme voor secundaire structuurvoorspelling
#*Het werd later vervangen door het GOR-algoritme dat wel rekening houdt met bijdragen van de omliggende AZ
#Nog vragen over BLAST, CLUSTAL, MSA, orthologen/paralogen … (niet over wetenschappers, jaartallen, geschiedenis … of soort helices, bèta-turns, L of D aminozuren …)

===16 juni 2023===
Volledig meerkeuze (50 vragen):
#6 vragen over gastlessen die op voorhand gegeven waren
#Welk aminozuur is deze sequentie? (structuur kiezen)
#Welke sequentie is dit aminozuur? (structuur gegeven)
#Vraag over Smith-Waterman
#Vraag over Needleman-Wunsch
#Foto gegeven, is het een DOT-plot van:
#*verschillende DNA sequenties
#*identieke DNA sequenties
#*verschillende proteïne sequenties
#*identieke proteïne sequenties
#Welke gebruik je als je een geconserveerde sequentie hebt
#*PAM50
#*PAM250
#*BLOSUM50
#*BLOSUM250
#PDB file gegeven, wat staat er in kolom ...
#De temperatuurfactor beschrijft...
#Met welk experiment is dit PDB file bekomen
#Iets over force fields
#Iets over contactoppervlakken van moleculen (SAS, RES, “stick”-configuratie, moleculaire binding ...)
#Needleman-Wunsch aanvullen, welk getal staat rechtsonder
#Needleman-Wunch, wat is de juiste alignment (meerdere waren mogelijk)
#Welk soort boom is dit
#*Phylogram
#*Cladogram
#*Ultrametrische boom
#*Ridiculogram
#Met welk algoritme is bovenstaande boom gemaakt?
#*NJ
#*UPGMA
#*ML
#*MP
#Wat is correct over bovenstaande boom
#*De Y-as bevat geen informatie
#*De X-as geeft de evolutionaire afstand weer
#*Deze clade is betrouwbaar, maar deze niet
#Iets over cryoEM microscopy
#Je hebt een nieuw genoom ontdekt en je wilt weten welke proteïnen het bevat. Welke soort BLAST gebruik je?
#Nog veel meer, heel vaak 'welke stelling is correct/fout?' met ook een optie om aan te duiden dat ze allemaal correct/fout zijn

===22 Augustus 2022 (schriftelijk) ===
Theorie:
#Meerkeuze
#*Chou-Fasmann
#*Clustal
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#*Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#*Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#*...
#Verschil SW- & NW-algoritme?
#Rom. & Rotamer plots uitleggen met VWY-tripeptide
#Juist of fout
#*Bij een 3D voorstelling van een moleculaire interactie, gebruik je moleculair oppervlak dat complementair is aan de sticks voorstelling.
#*Gebruik TBlastX voor checken van proteïne in een niet-coderend genoom van een ander molecule.
#*NW-algoritme is beter dan SW-algoritme voor het vergelijken van multi-domein eiwitten met maar 1 verwant domein.
#Hoe fix je een root of een tree? Kan dit automatisch?

===27 juni 2022 (schriftelijk)===
Theorie:
#Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)
#* Chou-Fasmann
#* Clustal
#* Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#* ...
#Juist of fout? Verklaar (9pt)
#* PDB bevat alleen kristalstructuur.
#* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.
#* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...
# PDB file gegeven: (6 pt)
#* Wat stelt elke kolom voor?
#* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.
#* Teken het tripeptide.
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)
# Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?

===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===
#Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)
#*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?
#*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen
#*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is
#*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?
#*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen
#*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne
#*Aanduiden welke stelling over blast fout is
#Juist/fout (9 punten)
#*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.
#*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.
#*Een PDB-file bevat geen H-atomen
#Korte open vragen
#*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)
#*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)
#*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)

===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen
#Exact hetzelfde als 8 juni 2020
===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===
#Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)
#Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)
#Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)
#Juist en fout: (9 ptn)
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)

===19 juni 2019 NM===
#PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken & hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)
#trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma & levinthal paradox (5 ptn)
#Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)
#juist fout vragen: (9 ptn)
#* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity
#* Slechts één oplossing voor NW en SW
#* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig
#Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)
#oefeningen:
#* Geef kleinste chromosoom
#* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is
#* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter
#* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is

===11 juni 2019 NM ===
# PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken & hoe te construeren
# Trekvraag: Anfinsen dogma & Levinthal paradox (5pt)
# Schrifteijke vraag (6pt)
#*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten
#*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 & chi2)
#*C: waarvoor gebruiken we phi & psi?
# Juist/fout (9pt)
#* UPGMA & NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Vergeten
# Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)

===11 juni 2019 VM ===
# Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)
#* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
# Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)
# Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.
# Juist/fout (8pt)
#* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.
#* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.
# Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)

=== 26 juni 2018 NM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)

=== 19 juni 2018 VM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)
# Oefeningen USB stick 12
#* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor
#* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen
#* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH>2).
#* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd.
#* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?

=== 18 juni 2018 NM ===
# Leg PAM uit
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes
# (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.
# Juist of fout
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit
#* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).
#* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.
#* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?

=== 18 juni 2018 VM ===
#Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):
#* Leg het algoritme uit.
#* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?
#* Bijvragen: "waarom doe je dit" bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: "waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?"
# (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)
# Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)
#* Tekening van dot-plot
#* Tekening van contact map
# Juist of fout (9 pt)
#* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix
#* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ
#* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)
# Oefeningen (USB-stick 4):
#* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest
#* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?
#* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH > 2), caspase1
#* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)
#* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.

=== 11 Juni 2018 ===
# Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:
#* Waarom introduceren we m+1 en n+1?
#* Wat is de score van het geheel?
#* Waarom is dit een dynamisch process?
#* Is de score bij meerdere paden dezelfde?
# (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule.
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.
# Waar of onwaar?
#* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken.
#* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.
#* (vergeten)
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.

=== 28 Juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout:
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Bioinformatica en Structurele Biologie

2025-06-15T18:26:05Z

R0948496: /* 13 juni 2025 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie.
Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.

Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.

Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze met giscorrectie. Sinds 2023-2024 is het zonder giscorrectie en zijn er maar twee evaluatiemomenten: een oefeningenexamen op 50% (incl. PyMol) en het theoretisch examen op 50% (waar wel nog NW en MP gevraagd wordt). Er zitten een paar instinkers tussen de vragen (geeft de prof ook zelf toe) en het zit hem vaak in 1 woord waarom de stelling juist/fout is, dus lees de vraag goed en volledig!

==Examenvragen==
===13 juni 2025===
50 meerkeuzevragen, gelijkaardig aan vorige jaren
#6 vragen over de gastlessen (op voorhand gegeven): telkens vier stellingen en "welke is juist/fout"
#Vragen over Smith-Waterman en Needleman-Wunsch (antwoord: er zijn meer oplossingen mogelijk bij de alignment)
#NW oplossen met een BLOSUM 50 matrix (zoals in zijn voorbeeldvragen van de eerste les)
#Wat is correct over homologie (antwoord: ze zijn evolutionair related)
#dot-matrix (zeggen wat je zag: DNA of proteïne, zijn het dezelfde of een verschillende sequenties)
#De waardes in een PAM zijn altijd negatief/altijd positief/altijd positief op de diagonaal/nog iets
#Contact map: zijn het alpha helices/beta platen, parallel of antiparallel
#Welke techniek/algoritme niet nodig voor homology modelling?
#Alphafold (antwoord: alphafold bevat geen co-factoren en liganden)
#Peptideketen gegeven, lettercode kiezen
#Lettercode gegeven, peptide kiezen
#Je hebt een kleine set sequenties en je wilt de evolutionaire verwantschap zijn, welke algoritme gebruik je (UPGMA, NJ, MP, ML)
#PDB file: wat staat er in welke kolom (links staat 'ATOM' en men vroeg de z-coordinaat en de bezettingsgraad)
#Anfinsen dogma en levinthal paradox wat is correct
#chou-pasman algoritme en gor algoritme
#kunnen glycine en proline eender waar in de ramachandramn plot voorkomen (nee)
#duidt de psi en phi hoeken aan in de peptidebinding
#de waarden op de pam matrix zijn (positief, negatief of positief op diagonaal)
#wat is correct over specialisatie van genen
#iets dat neerkwam op het feit dat orthologen homologen zijn afkomstig uit de zelfde soort oorspronkelijk
#moleculaire klok: wanneer de leefomgeving snel verandert hoe snel zullen mutaties dan optreden
#wat is juist over accepted mutations
#wat is juist over de parameter lambda bij de pam matrix
#welke matrix gebruik je voor de pairwise alignment van voor twee sterk geconserveerde sequenties (BLOSUM250 (bestaat niet), BLOSUM50, PAM250 of PAM50 (de juiste))
#je hebt genoom van een nieuw organisme en je wilt weten welke proteinen dit codeert, welke versie BLAST gebruik je
#zal een grotere databank maken dat je E waarde hoger of lager ligt voor een hit met BLAST
#om een zeer ver geëvolueerd homoloog te zoeken, welke blast gebruik ik (psi, phi, delta of mega)
#iets over neighbour joining methode, hoe werkt het
#wat betekent een hoge Shannon entropy
#vergelijking tussen exacte MSA en progressieve MSA
#wat kan je voorspellen uit co-evolutie, zoiets in die aard
#wat soort filogenetische boom is dit (cladogram, fylogram of ultrametrisch)
#na de tree evaluatie met jackknifing en bootstrapping staat er een getal voor elke clade, welke clades zijn betrouwbaar
#over de GMEC bij een PES: het kwam erop neer dat een GMEC een globaal energieminimum is
#H-brug term bij forcefield: het kwam erop neer dat je deze kan schrijven ahv VDW en coulomb parameters
#kan je de force field van een proteine gebruiken voor een kleine molecule en vice versa ja of nee
#cryoEM
#je had een groot proteinen verbonden door ongestructureerde loops of zoiets: gebruik je NMR, cryoEM of xray om de structuur te bepalen
#het moleculair oppervlak bestaat uit welke oppervlakken (zoiets in die aard: Contact surface, Reentrant surface, solventprobe en solvent accessible surface moet je kennen basically)
en nog andere vragen

===14 juni 2024===
Volledig meerkeuze (50 vragen), letterlijke verwoording kan niet kloppen en lees telkens zorgvuldig de vraag en de opties, want het zit meestal in één woord waardoor iets fout is.
#Zelfde vragen als vorig jaar samen met deze
#AlphaFold
#*is hetzelfde als co-evolutie gebaseerde structuurvoorspelling
#*bevat geen prothetische groepen of co-factoren
#Peptideketen gegeven. Welke hoeken zijn psi en phi?
#Contactmap gegeven. Is dit een proteïne met:
#*alfa-helices
#*bèta-platen
#*beide
#Wat is correct over homologie?
#Welke techniek/algoritme heb je niet nodig voor Homology Modeling?
#De waardes in een PAM zijn:
#*altijd positief
#*altijd negatief
#*altijd positief op de diagonaal
#Je hebt een kleine dataset van genen waarvan de buitenste regio’s niet geconserveerd zijn. Je wilt de evolutionaire verwantschap bepalen. Welk algoritme gebruik je?
#*UPGMA
#*Maximum likelihood kan gebruikt worden aangezien het een kleine dataset is
#*NJ
#*Maximum likelihood nadat je de buitenste regio’s verwijderd hebt
#Vier DNA-sequenties gegeven. Bepaal adhv MP welke boom het meest correct. (Exact zoals in de oefenzitting van Mod. 14, waren zelfs dezelfde sequenties en bomen denk ik)
#Wat is niet correct over Chou-Fasman?
#*Het is gebaseerd op het voorkomen van bepaalde aminozuren in secundaire sequenties
#*Het was het eerste algoritme voor secundaire structuurvoorspelling
#*Het werd later vervangen door het GOR-algoritme dat wel rekening houdt met bijdragen van de omliggende AZ
#Nog vragen over BLAST, CLUSTAL, MSA, orthologen/paralogen … (niet over wetenschappers, jaartallen, geschiedenis … of soort helices, bèta-turns, L of D aminozuren …)

===16 juni 2023===
Volledig meerkeuze (50 vragen):
#6 vragen over gastlessen die op voorhand gegeven waren
#Welk aminozuur is deze sequentie? (structuur kiezen)
#Welke sequentie is dit aminozuur? (structuur gegeven)
#Vraag over Smith-Waterman
#Vraag over Needleman-Wunsch
#Foto gegeven, is het een DOT-plot van:
#*verschillende DNA sequenties
#*identieke DNA sequenties
#*verschillende proteïne sequenties
#*identieke proteïne sequenties
#Welke gebruik je als je een geconserveerde sequentie hebt
#*PAM50
#*PAM250
#*BLOSUM50
#*BLOSUM250
#PDB file gegeven, wat staat er in kolom ...
#De temperatuurfactor beschrijft...
#Met welk experiment is dit PDB file bekomen
#Iets over force fields
#Iets over contactoppervlakken van moleculen (SAS, RES, “stick”-configuratie, moleculaire binding ...)
#Needleman-Wunsch aanvullen, welk getal staat rechtsonder
#Needleman-Wunch, wat is de juiste alignment (meerdere waren mogelijk)
#Welk soort boom is dit
#*Phylogram
#*Cladogram
#*Ultrametrische boom
#*Ridiculogram
#Met welk algoritme is bovenstaande boom gemaakt?
#*NJ
#*UPGMA
#*ML
#*MP
#Wat is correct over bovenstaande boom
#*De Y-as bevat geen informatie
#*De X-as geeft de evolutionaire afstand weer
#*Deze clade is betrouwbaar, maar deze niet
#Iets over cryoEM microscopy
#Je hebt een nieuw genoom ontdekt en je wilt weten welke proteïnen het bevat. Welke soort BLAST gebruik je?
#Nog veel meer, heel vaak 'welke stelling is correct/fout?' met ook een optie om aan te duiden dat ze allemaal correct/fout zijn

===22 Augustus 2022 (schriftelijk) ===
Theorie:
#Meerkeuze
#*Chou-Fasmann
#*Clustal
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#*Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#*Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#*...
#Verschil SW- & NW-algoritme?
#Rom. & Rotamer plots uitleggen met VWY-tripeptide
#Juist of fout
#*Bij een 3D voorstelling van een moleculaire interactie, gebruik je moleculair oppervlak dat complementair is aan de sticks voorstelling.
#*Gebruik TBlastX voor checken van proteïne in een niet-coderend genoom van een ander molecule.
#*NW-algoritme is beter dan SW-algoritme voor het vergelijken van multi-domein eiwitten met maar 1 verwant domein.
#Hoe fix je een root of een tree? Kan dit automatisch?

===27 juni 2022 (schriftelijk)===
Theorie:
#Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)
#* Chou-Fasmann
#* Clustal
#* Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#* ...
#Juist of fout? Verklaar (9pt)
#* PDB bevat alleen kristalstructuur.
#* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.
#* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...
# PDB file gegeven: (6 pt)
#* Wat stelt elke kolom voor?
#* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.
#* Teken het tripeptide.
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)
# Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?

===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===
#Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)
#*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?
#*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen
#*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is
#*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?
#*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen
#*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne
#*Aanduiden welke stelling over blast fout is
#Juist/fout (9 punten)
#*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.
#*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.
#*Een PDB-file bevat geen H-atomen
#Korte open vragen
#*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)
#*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)
#*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)

===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen
#Exact hetzelfde als 8 juni 2020
===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===
#Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)
#Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)
#Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)
#Juist en fout: (9 ptn)
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)

===19 juni 2019 NM===
#PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken & hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)
#trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma & levinthal paradox (5 ptn)
#Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)
#juist fout vragen: (9 ptn)
#* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity
#* Slechts één oplossing voor NW en SW
#* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig
#Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)
#oefeningen:
#* Geef kleinste chromosoom
#* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is
#* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter
#* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is

===11 juni 2019 NM ===
# PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken & hoe te construeren
# Trekvraag: Anfinsen dogma & Levinthal paradox (5pt)
# Schrifteijke vraag (6pt)
#*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten
#*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 & chi2)
#*C: waarvoor gebruiken we phi & psi?
# Juist/fout (9pt)
#* UPGMA & NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Vergeten
# Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)

===11 juni 2019 VM ===
# Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)
#* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
# Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)
# Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.
# Juist/fout (8pt)
#* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.
#* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.
# Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)

=== 26 juni 2018 NM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)

=== 19 juni 2018 VM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)
# Oefeningen USB stick 12
#* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor
#* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen
#* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH>2).
#* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd.
#* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?

=== 18 juni 2018 NM ===
# Leg PAM uit
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes
# (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.
# Juist of fout
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit
#* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).
#* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.
#* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?

=== 18 juni 2018 VM ===
#Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):
#* Leg het algoritme uit.
#* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?
#* Bijvragen: "waarom doe je dit" bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: "waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?"
# (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)
# Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)
#* Tekening van dot-plot
#* Tekening van contact map
# Juist of fout (9 pt)
#* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix
#* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ
#* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)
# Oefeningen (USB-stick 4):
#* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest
#* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?
#* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH > 2), caspase1
#* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)
#* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.

=== 11 Juni 2018 ===
# Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:
#* Waarom introduceren we m+1 en n+1?
#* Wat is de score van het geheel?
#* Waarom is dit een dynamisch process?
#* Is de score bij meerdere paden dezelfde?
# (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule.
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.
# Waar of onwaar?
#* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken.
#* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.
#* (vergeten)
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.

=== 28 Juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout:
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Bioinformatica en Structurele Biologie

2025-06-15T17:47:06Z

R0948496: /* 13 juni 2025 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie.
Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.

Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.

Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze met giscorrectie. Sinds 2023-2024 is het zonder giscorrectie en zijn er maar twee evaluatiemomenten: een oefeningenexamen op 50% (incl. PyMol) en het theoretisch examen op 50% (waar wel nog NW en MP gevraagd wordt). Er zitten een paar instinkers tussen de vragen (geeft de prof ook zelf toe) en het zit hem vaak in 1 woord waarom de stelling juist/fout is, dus lees de vraag goed en volledig!

==Examenvragen==
===13 juni 2025===
50 meerkeuzevragen, gelijkaardig aan vorige jaren
#6 vragen over de gastlessen (op voorhand gegeven): telkens vier stellingen en "welke is juist/fout"
#Vragen over Smith-Waterman en Needleman-Wunsch (antwoord: er zijn meer oplossingen mogelijk bij de alignment)
#NW oplossen met een BLOSUM 50 matrix (zoals in zijn voorbeeldvragen van de eerste les)
#Wat is correct over homologie (antwoord: ze zijn evolutionair related)
#dot-matrix (zeggen wat je zag: DNA of proteïne, zijn het dezelfde of een verschillende sequenties)
#De waardes in een PAM zijn altijd negatief/altijd positief/altijd positief op de diagonaal/nog iets
#Contact map: zijn het alpha helices/beta platen, parallel of antiparallel
#Welke techniek/algoritme niet nodig voor homology modelling?
#Alphafold (antwoord: alphafold bevat geen co-factoren en liganden)
#Peptideketen gegeven, lettercode kiezen
#Lettercode gegeven, peptide kiezen
#Je hebt een kleine set sequenties en je wilt de evolutionaire verwantschap zijn, welke algoritme gebruik je (UPGMA, NJ, MP, ML)
#PDB file: wat staat er in welke kolom (links staat 'ATOM' en men vroeg de z-coordinaat en de bezettingsgraad)
#Anfinsen dogma en levinthal paradox wat is correct
#chou-pasman algoritme en gor algoritme
#kunnen glycine en proline eender waar in de ramachandramn plot voorkomen (nee)
#duidt de psi en phi hoeken aan in de peptidebinding
#de waarden op de pam matrix zijn (positief, negatief of positief op diagonaal)
#wat is correct over specialisatie van genen
#iets dat neerkwam op het feit dat orthologen homologen zijn afkomstig uit de zelfde soort oorspronkelijk

===14 juni 2024===
Volledig meerkeuze (50 vragen), letterlijke verwoording kan niet kloppen en lees telkens zorgvuldig de vraag en de opties, want het zit meestal in één woord waardoor iets fout is.
#Zelfde vragen als vorig jaar samen met deze
#AlphaFold
#*is hetzelfde als co-evolutie gebaseerde structuurvoorspelling
#*bevat geen prothetische groepen of co-factoren
#Peptideketen gegeven. Welke hoeken zijn psi en phi?
#Contactmap gegeven. Is dit een proteïne met:
#*alfa-helices
#*bèta-platen
#*beide
#Wat is correct over homologie?
#Welke techniek/algoritme heb je niet nodig voor Homology Modeling?
#De waardes in een PAM zijn:
#*altijd positief
#*altijd negatief
#*altijd positief op de diagonaal
#Je hebt een kleine dataset van genen waarvan de buitenste regio’s niet geconserveerd zijn. Je wilt de evolutionaire verwantschap bepalen. Welk algoritme gebruik je?
#*UPGMA
#*Maximum likelihood kan gebruikt worden aangezien het een kleine dataset is
#*NJ
#*Maximum likelihood nadat je de buitenste regio’s verwijderd hebt
#Vier DNA-sequenties gegeven. Bepaal adhv MP welke boom het meest correct. (Exact zoals in de oefenzitting van Mod. 14, waren zelfs dezelfde sequenties en bomen denk ik)
#Wat is niet correct over Chou-Fasman?
#*Het is gebaseerd op het voorkomen van bepaalde aminozuren in secundaire sequenties
#*Het was het eerste algoritme voor secundaire structuurvoorspelling
#*Het werd later vervangen door het GOR-algoritme dat wel rekening houdt met bijdragen van de omliggende AZ
#Nog vragen over BLAST, CLUSTAL, MSA, orthologen/paralogen … (niet over wetenschappers, jaartallen, geschiedenis … of soort helices, bèta-turns, L of D aminozuren …)

===16 juni 2023===
Volledig meerkeuze (50 vragen):
#6 vragen over gastlessen die op voorhand gegeven waren
#Welk aminozuur is deze sequentie? (structuur kiezen)
#Welke sequentie is dit aminozuur? (structuur gegeven)
#Vraag over Smith-Waterman
#Vraag over Needleman-Wunsch
#Foto gegeven, is het een DOT-plot van:
#*verschillende DNA sequenties
#*identieke DNA sequenties
#*verschillende proteïne sequenties
#*identieke proteïne sequenties
#Welke gebruik je als je een geconserveerde sequentie hebt
#*PAM50
#*PAM250
#*BLOSUM50
#*BLOSUM250
#PDB file gegeven, wat staat er in kolom ...
#De temperatuurfactor beschrijft...
#Met welk experiment is dit PDB file bekomen
#Iets over force fields
#Iets over contactoppervlakken van moleculen (SAS, RES, “stick”-configuratie, moleculaire binding ...)
#Needleman-Wunsch aanvullen, welk getal staat rechtsonder
#Needleman-Wunch, wat is de juiste alignment (meerdere waren mogelijk)
#Welk soort boom is dit
#*Phylogram
#*Cladogram
#*Ultrametrische boom
#*Ridiculogram
#Met welk algoritme is bovenstaande boom gemaakt?
#*NJ
#*UPGMA
#*ML
#*MP
#Wat is correct over bovenstaande boom
#*De Y-as bevat geen informatie
#*De X-as geeft de evolutionaire afstand weer
#*Deze clade is betrouwbaar, maar deze niet
#Iets over cryoEM microscopy
#Je hebt een nieuw genoom ontdekt en je wilt weten welke proteïnen het bevat. Welke soort BLAST gebruik je?
#Nog veel meer, heel vaak 'welke stelling is correct/fout?' met ook een optie om aan te duiden dat ze allemaal correct/fout zijn

===22 Augustus 2022 (schriftelijk) ===
Theorie:
#Meerkeuze
#*Chou-Fasmann
#*Clustal
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#*Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#*Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#*...
#Verschil SW- & NW-algoritme?
#Rom. & Rotamer plots uitleggen met VWY-tripeptide
#Juist of fout
#*Bij een 3D voorstelling van een moleculaire interactie, gebruik je moleculair oppervlak dat complementair is aan de sticks voorstelling.
#*Gebruik TBlastX voor checken van proteïne in een niet-coderend genoom van een ander molecule.
#*NW-algoritme is beter dan SW-algoritme voor het vergelijken van multi-domein eiwitten met maar 1 verwant domein.
#Hoe fix je een root of een tree? Kan dit automatisch?

===27 juni 2022 (schriftelijk)===
Theorie:
#Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)
#* Chou-Fasmann
#* Clustal
#* Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#* ...
#Juist of fout? Verklaar (9pt)
#* PDB bevat alleen kristalstructuur.
#* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.
#* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...
# PDB file gegeven: (6 pt)
#* Wat stelt elke kolom voor?
#* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.
#* Teken het tripeptide.
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)
# Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?

===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===
#Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)
#*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?
#*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen
#*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is
#*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?
#*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen
#*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne
#*Aanduiden welke stelling over blast fout is
#Juist/fout (9 punten)
#*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.
#*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.
#*Een PDB-file bevat geen H-atomen
#Korte open vragen
#*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)
#*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)
#*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)

===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen
#Exact hetzelfde als 8 juni 2020
===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===
#Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)
#Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)
#Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)
#Juist en fout: (9 ptn)
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)

===19 juni 2019 NM===
#PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken & hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)
#trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma & levinthal paradox (5 ptn)
#Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)
#juist fout vragen: (9 ptn)
#* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity
#* Slechts één oplossing voor NW en SW
#* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig
#Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)
#oefeningen:
#* Geef kleinste chromosoom
#* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is
#* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter
#* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is

===11 juni 2019 NM ===
# PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken & hoe te construeren
# Trekvraag: Anfinsen dogma & Levinthal paradox (5pt)
# Schrifteijke vraag (6pt)
#*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten
#*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 & chi2)
#*C: waarvoor gebruiken we phi & psi?
# Juist/fout (9pt)
#* UPGMA & NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Vergeten
# Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)

===11 juni 2019 VM ===
# Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)
#* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
# Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)
# Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.
# Juist/fout (8pt)
#* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.
#* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.
# Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)

=== 26 juni 2018 NM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)

=== 19 juni 2018 VM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)
# Oefeningen USB stick 12
#* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor
#* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen
#* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH>2).
#* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd.
#* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?

=== 18 juni 2018 NM ===
# Leg PAM uit
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes
# (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.
# Juist of fout
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit
#* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).
#* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.
#* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?

=== 18 juni 2018 VM ===
#Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):
#* Leg het algoritme uit.
#* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?
#* Bijvragen: "waarom doe je dit" bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: "waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?"
# (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)
# Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)
#* Tekening van dot-plot
#* Tekening van contact map
# Juist of fout (9 pt)
#* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix
#* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ
#* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)
# Oefeningen (USB-stick 4):
#* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest
#* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?
#* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH > 2), caspase1
#* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)
#* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.

=== 11 Juni 2018 ===
# Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:
#* Waarom introduceren we m+1 en n+1?
#* Wat is de score van het geheel?
#* Waarom is dit een dynamisch process?
#* Is de score bij meerdere paden dezelfde?
# (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule.
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.
# Waar of onwaar?
#* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken.
#* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.
#* (vergeten)
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.

=== 28 Juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout:
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Bioinformatica en Structurele Biologie

2025-06-15T17:39:54Z

R0948496: /* 13 juni 2025 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie.
Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.

Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.

Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze met giscorrectie. Sinds 2023-2024 is het zonder giscorrectie en zijn er maar twee evaluatiemomenten: een oefeningenexamen op 50% (incl. PyMol) en het theoretisch examen op 50% (waar wel nog NW en MP gevraagd wordt). Er zitten een paar instinkers tussen de vragen (geeft de prof ook zelf toe) en het zit hem vaak in 1 woord waarom de stelling juist/fout is, dus lees de vraag goed en volledig!

==Examenvragen==
===13 juni 2025===
50 meerkeuzevragen, gelijkaardig aan vorige jaren
#6 vragen over de gastlessen (op voorhand gegeven): telkens vier stellingen en "welke is juist/fout"
#Vragen over Smith-Waterman en Needleman-Wunsch (antwoord: er zijn meer oplossingen mogelijk bij de alignment)
#NW oplossen met een BLOSUM 50 matrix (zoals in zijn voorbeeldvragen van de eerste les)
#Wat is correct over homologie (antwoord: ze zijn evolutionair related)
#dot-matrix (zeggen wat je zag: DNA of proteïne, zijn het dezelfde of een verschillende sequenties)
#De waardes in een PAM zijn altijd negatief/altijd positief/altijd positief op de diagonaal/nog iets
#Contact map: zijn het alpha helices/beta platen, parallel of antiparallel
#Welke techniek/algoritme niet nodig voor homology modelling?
#Alphafold (antwoord: alphafold bevat geen co-factoren en liganden)
#Peptideketen gegeven, lettercode kiezen
#Lettercode gegeven, peptide kiezen
#Je hebt een kleine set sequenties en je wilt de evolutionaire verwantschap zijn, welke algoritme gebruik je (UPGMA, NJ, MP, ML)

===14 juni 2024===
Volledig meerkeuze (50 vragen), letterlijke verwoording kan niet kloppen en lees telkens zorgvuldig de vraag en de opties, want het zit meestal in één woord waardoor iets fout is.
#Zelfde vragen als vorig jaar samen met deze
#AlphaFold
#*is hetzelfde als co-evolutie gebaseerde structuurvoorspelling
#*bevat geen prothetische groepen of co-factoren
#Peptideketen gegeven. Welke hoeken zijn psi en phi?
#Contactmap gegeven. Is dit een proteïne met:
#*alfa-helices
#*bèta-platen
#*beide
#Wat is correct over homologie?
#Welke techniek/algoritme heb je niet nodig voor Homology Modeling?
#De waardes in een PAM zijn:
#*altijd positief
#*altijd negatief
#*altijd positief op de diagonaal
#Je hebt een kleine dataset van genen waarvan de buitenste regio’s niet geconserveerd zijn. Je wilt de evolutionaire verwantschap bepalen. Welk algoritme gebruik je?
#*UPGMA
#*Maximum likelihood kan gebruikt worden aangezien het een kleine dataset is
#*NJ
#*Maximum likelihood nadat je de buitenste regio’s verwijderd hebt
#Vier DNA-sequenties gegeven. Bepaal adhv MP welke boom het meest correct. (Exact zoals in de oefenzitting van Mod. 14, waren zelfs dezelfde sequenties en bomen denk ik)
#Wat is niet correct over Chou-Fasman?
#*Het is gebaseerd op het voorkomen van bepaalde aminozuren in secundaire sequenties
#*Het was het eerste algoritme voor secundaire structuurvoorspelling
#*Het werd later vervangen door het GOR-algoritme dat wel rekening houdt met bijdragen van de omliggende AZ
#Nog vragen over BLAST, CLUSTAL, MSA, orthologen/paralogen … (niet over wetenschappers, jaartallen, geschiedenis … of soort helices, bèta-turns, L of D aminozuren …)

===16 juni 2023===
Volledig meerkeuze (50 vragen):
#6 vragen over gastlessen die op voorhand gegeven waren
#Welk aminozuur is deze sequentie? (structuur kiezen)
#Welke sequentie is dit aminozuur? (structuur gegeven)
#Vraag over Smith-Waterman
#Vraag over Needleman-Wunsch
#Foto gegeven, is het een DOT-plot van:
#*verschillende DNA sequenties
#*identieke DNA sequenties
#*verschillende proteïne sequenties
#*identieke proteïne sequenties
#Welke gebruik je als je een geconserveerde sequentie hebt
#*PAM50
#*PAM250
#*BLOSUM50
#*BLOSUM250
#PDB file gegeven, wat staat er in kolom ...
#De temperatuurfactor beschrijft...
#Met welk experiment is dit PDB file bekomen
#Iets over force fields
#Iets over contactoppervlakken van moleculen (SAS, RES, “stick”-configuratie, moleculaire binding ...)
#Needleman-Wunsch aanvullen, welk getal staat rechtsonder
#Needleman-Wunch, wat is de juiste alignment (meerdere waren mogelijk)
#Welk soort boom is dit
#*Phylogram
#*Cladogram
#*Ultrametrische boom
#*Ridiculogram
#Met welk algoritme is bovenstaande boom gemaakt?
#*NJ
#*UPGMA
#*ML
#*MP
#Wat is correct over bovenstaande boom
#*De Y-as bevat geen informatie
#*De X-as geeft de evolutionaire afstand weer
#*Deze clade is betrouwbaar, maar deze niet
#Iets over cryoEM microscopy
#Je hebt een nieuw genoom ontdekt en je wilt weten welke proteïnen het bevat. Welke soort BLAST gebruik je?
#Nog veel meer, heel vaak 'welke stelling is correct/fout?' met ook een optie om aan te duiden dat ze allemaal correct/fout zijn

===22 Augustus 2022 (schriftelijk) ===
Theorie:
#Meerkeuze
#*Chou-Fasmann
#*Clustal
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#*Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#*Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#*...
#Verschil SW- & NW-algoritme?
#Rom. & Rotamer plots uitleggen met VWY-tripeptide
#Juist of fout
#*Bij een 3D voorstelling van een moleculaire interactie, gebruik je moleculair oppervlak dat complementair is aan de sticks voorstelling.
#*Gebruik TBlastX voor checken van proteïne in een niet-coderend genoom van een ander molecule.
#*NW-algoritme is beter dan SW-algoritme voor het vergelijken van multi-domein eiwitten met maar 1 verwant domein.
#Hoe fix je een root of een tree? Kan dit automatisch?

===27 juni 2022 (schriftelijk)===
Theorie:
#Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)
#* Chou-Fasmann
#* Clustal
#* Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#* ...
#Juist of fout? Verklaar (9pt)
#* PDB bevat alleen kristalstructuur.
#* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.
#* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...
# PDB file gegeven: (6 pt)
#* Wat stelt elke kolom voor?
#* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.
#* Teken het tripeptide.
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)
# Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?

===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===
#Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)
#*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?
#*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen
#*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is
#*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?
#*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen
#*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne
#*Aanduiden welke stelling over blast fout is
#Juist/fout (9 punten)
#*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.
#*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.
#*Een PDB-file bevat geen H-atomen
#Korte open vragen
#*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)
#*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)
#*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)

===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen
#Exact hetzelfde als 8 juni 2020
===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===
#Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)
#Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)
#Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)
#Juist en fout: (9 ptn)
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)

===19 juni 2019 NM===
#PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken & hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)
#trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma & levinthal paradox (5 ptn)
#Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)
#juist fout vragen: (9 ptn)
#* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity
#* Slechts één oplossing voor NW en SW
#* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig
#Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)
#oefeningen:
#* Geef kleinste chromosoom
#* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is
#* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter
#* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is

===11 juni 2019 NM ===
# PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken & hoe te construeren
# Trekvraag: Anfinsen dogma & Levinthal paradox (5pt)
# Schrifteijke vraag (6pt)
#*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten
#*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 & chi2)
#*C: waarvoor gebruiken we phi & psi?
# Juist/fout (9pt)
#* UPGMA & NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Vergeten
# Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)

===11 juni 2019 VM ===
# Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)
#* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
# Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)
# Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.
# Juist/fout (8pt)
#* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.
#* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.
# Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)

=== 26 juni 2018 NM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)

=== 19 juni 2018 VM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)
# Oefeningen USB stick 12
#* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor
#* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen
#* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH>2).
#* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd.
#* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?

=== 18 juni 2018 NM ===
# Leg PAM uit
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes
# (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.
# Juist of fout
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit
#* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).
#* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.
#* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?

=== 18 juni 2018 VM ===
#Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):
#* Leg het algoritme uit.
#* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?
#* Bijvragen: "waarom doe je dit" bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: "waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?"
# (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)
# Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)
#* Tekening van dot-plot
#* Tekening van contact map
# Juist of fout (9 pt)
#* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix
#* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ
#* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)
# Oefeningen (USB-stick 4):
#* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest
#* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?
#* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH > 2), caspase1
#* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)
#* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.

=== 11 Juni 2018 ===
# Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:
#* Waarom introduceren we m+1 en n+1?
#* Wat is de score van het geheel?
#* Waarom is dit een dynamisch process?
#* Is de score bij meerdere paden dezelfde?
# (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule.
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.
# Waar of onwaar?
#* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken.
#* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.
#* (vergeten)
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.

=== 28 Juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout:
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Bioinformatica en Structurele Biologie

2025-06-15T17:39:20Z

R0948496: /* 13 juni 2025 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie.
Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.

Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.

Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze met giscorrectie. Sinds 2023-2024 is het zonder giscorrectie en zijn er maar twee evaluatiemomenten: een oefeningenexamen op 50% (incl. PyMol) en het theoretisch examen op 50% (waar wel nog NW en MP gevraagd wordt). Er zitten een paar instinkers tussen de vragen (geeft de prof ook zelf toe) en het zit hem vaak in 1 woord waarom de stelling juist/fout is, dus lees de vraag goed en volledig!

==Examenvragen==
===13 juni 2025===
50 meerkeuzevragen, gelijkaardig aan vorige jaren
#6 vragen over de gastlessen (op voorhand gegeven): telkens vier stellingen en "welke is juist/fout"
#Vragen over Smith-Waterman en Needleman-Wunsch (antwoord: er zijn meer oplossingen mogelijk bij de alignment)
#NW oplossen met een BLOSUM 50 matrix (zoals in zijn voorbeeldvragen van de eerste les)
#Wat is correct over homologie (antwoord: ze zijn evolutionair related)
#dot-matrix (zeggen wat je zag: DNA of proteïne, zijn het dezelfde of een verschillende sequenties)
#De waardes in een PAM zijn altijd negatief/altijd positief/altijd positief op de diagonaal/nog iets
#Contact map: zijn het alpha helices/beta platen, parallel of antiparallel
#Welke techniek/algoritme niet nodig voor homology modelling?
#Alphafold (antwoord: alphafold bevat geen co-factoren en liganden)
#Peptideketen gegeven, lettercode kiezen
#Lettercode gegeven, peptide kiezen
12 Je hebt een kleine set sequenties en je wilt de evolutionaire verwantschap zijn, welke algoritme gebruik je (UPGMA, NJ, MP, ML)

===14 juni 2024===
Volledig meerkeuze (50 vragen), letterlijke verwoording kan niet kloppen en lees telkens zorgvuldig de vraag en de opties, want het zit meestal in één woord waardoor iets fout is.
#Zelfde vragen als vorig jaar samen met deze
#AlphaFold
#*is hetzelfde als co-evolutie gebaseerde structuurvoorspelling
#*bevat geen prothetische groepen of co-factoren
#Peptideketen gegeven. Welke hoeken zijn psi en phi?
#Contactmap gegeven. Is dit een proteïne met:
#*alfa-helices
#*bèta-platen
#*beide
#Wat is correct over homologie?
#Welke techniek/algoritme heb je niet nodig voor Homology Modeling?
#De waardes in een PAM zijn:
#*altijd positief
#*altijd negatief
#*altijd positief op de diagonaal
#Je hebt een kleine dataset van genen waarvan de buitenste regio’s niet geconserveerd zijn. Je wilt de evolutionaire verwantschap bepalen. Welk algoritme gebruik je?
#*UPGMA
#*Maximum likelihood kan gebruikt worden aangezien het een kleine dataset is
#*NJ
#*Maximum likelihood nadat je de buitenste regio’s verwijderd hebt
#Vier DNA-sequenties gegeven. Bepaal adhv MP welke boom het meest correct. (Exact zoals in de oefenzitting van Mod. 14, waren zelfs dezelfde sequenties en bomen denk ik)
#Wat is niet correct over Chou-Fasman?
#*Het is gebaseerd op het voorkomen van bepaalde aminozuren in secundaire sequenties
#*Het was het eerste algoritme voor secundaire structuurvoorspelling
#*Het werd later vervangen door het GOR-algoritme dat wel rekening houdt met bijdragen van de omliggende AZ
#Nog vragen over BLAST, CLUSTAL, MSA, orthologen/paralogen … (niet over wetenschappers, jaartallen, geschiedenis … of soort helices, bèta-turns, L of D aminozuren …)

===16 juni 2023===
Volledig meerkeuze (50 vragen):
#6 vragen over gastlessen die op voorhand gegeven waren
#Welk aminozuur is deze sequentie? (structuur kiezen)
#Welke sequentie is dit aminozuur? (structuur gegeven)
#Vraag over Smith-Waterman
#Vraag over Needleman-Wunsch
#Foto gegeven, is het een DOT-plot van:
#*verschillende DNA sequenties
#*identieke DNA sequenties
#*verschillende proteïne sequenties
#*identieke proteïne sequenties
#Welke gebruik je als je een geconserveerde sequentie hebt
#*PAM50
#*PAM250
#*BLOSUM50
#*BLOSUM250
#PDB file gegeven, wat staat er in kolom ...
#De temperatuurfactor beschrijft...
#Met welk experiment is dit PDB file bekomen
#Iets over force fields
#Iets over contactoppervlakken van moleculen (SAS, RES, “stick”-configuratie, moleculaire binding ...)
#Needleman-Wunsch aanvullen, welk getal staat rechtsonder
#Needleman-Wunch, wat is de juiste alignment (meerdere waren mogelijk)
#Welk soort boom is dit
#*Phylogram
#*Cladogram
#*Ultrametrische boom
#*Ridiculogram
#Met welk algoritme is bovenstaande boom gemaakt?
#*NJ
#*UPGMA
#*ML
#*MP
#Wat is correct over bovenstaande boom
#*De Y-as bevat geen informatie
#*De X-as geeft de evolutionaire afstand weer
#*Deze clade is betrouwbaar, maar deze niet
#Iets over cryoEM microscopy
#Je hebt een nieuw genoom ontdekt en je wilt weten welke proteïnen het bevat. Welke soort BLAST gebruik je?
#Nog veel meer, heel vaak 'welke stelling is correct/fout?' met ook een optie om aan te duiden dat ze allemaal correct/fout zijn

===22 Augustus 2022 (schriftelijk) ===
Theorie:
#Meerkeuze
#*Chou-Fasmann
#*Clustal
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#*Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#*Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#*...
#Verschil SW- & NW-algoritme?
#Rom. & Rotamer plots uitleggen met VWY-tripeptide
#Juist of fout
#*Bij een 3D voorstelling van een moleculaire interactie, gebruik je moleculair oppervlak dat complementair is aan de sticks voorstelling.
#*Gebruik TBlastX voor checken van proteïne in een niet-coderend genoom van een ander molecule.
#*NW-algoritme is beter dan SW-algoritme voor het vergelijken van multi-domein eiwitten met maar 1 verwant domein.
#Hoe fix je een root of een tree? Kan dit automatisch?

===27 juni 2022 (schriftelijk)===
Theorie:
#Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)
#* Chou-Fasmann
#* Clustal
#* Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#* ...
#Juist of fout? Verklaar (9pt)
#* PDB bevat alleen kristalstructuur.
#* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.
#* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...
# PDB file gegeven: (6 pt)
#* Wat stelt elke kolom voor?
#* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.
#* Teken het tripeptide.
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)
# Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?

===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===
#Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)
#*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?
#*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen
#*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is
#*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?
#*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen
#*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne
#*Aanduiden welke stelling over blast fout is
#Juist/fout (9 punten)
#*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.
#*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.
#*Een PDB-file bevat geen H-atomen
#Korte open vragen
#*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)
#*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)
#*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)

===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen
#Exact hetzelfde als 8 juni 2020
===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===
#Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)
#Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)
#Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)
#Juist en fout: (9 ptn)
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)

===19 juni 2019 NM===
#PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken & hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)
#trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma & levinthal paradox (5 ptn)
#Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)
#juist fout vragen: (9 ptn)
#* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity
#* Slechts één oplossing voor NW en SW
#* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig
#Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)
#oefeningen:
#* Geef kleinste chromosoom
#* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is
#* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter
#* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is

===11 juni 2019 NM ===
# PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken & hoe te construeren
# Trekvraag: Anfinsen dogma & Levinthal paradox (5pt)
# Schrifteijke vraag (6pt)
#*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten
#*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 & chi2)
#*C: waarvoor gebruiken we phi & psi?
# Juist/fout (9pt)
#* UPGMA & NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Vergeten
# Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)

===11 juni 2019 VM ===
# Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)
#* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
# Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)
# Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.
# Juist/fout (8pt)
#* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.
#* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.
# Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)

=== 26 juni 2018 NM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)

=== 19 juni 2018 VM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)
# Oefeningen USB stick 12
#* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor
#* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen
#* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH>2).
#* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd.
#* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?

=== 18 juni 2018 NM ===
# Leg PAM uit
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes
# (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.
# Juist of fout
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit
#* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).
#* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.
#* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?

=== 18 juni 2018 VM ===
#Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):
#* Leg het algoritme uit.
#* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?
#* Bijvragen: "waarom doe je dit" bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: "waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?"
# (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)
# Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)
#* Tekening van dot-plot
#* Tekening van contact map
# Juist of fout (9 pt)
#* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix
#* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ
#* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)
# Oefeningen (USB-stick 4):
#* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest
#* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?
#* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH > 2), caspase1
#* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)
#* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.

=== 11 Juni 2018 ===
# Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:
#* Waarom introduceren we m+1 en n+1?
#* Wat is de score van het geheel?
#* Waarom is dit een dynamisch process?
#* Is de score bij meerdere paden dezelfde?
# (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule.
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.
# Waar of onwaar?
#* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken.
#* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.
#* (vergeten)
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.

=== 28 Juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout:
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Bioinformatica en Structurele Biologie

2025-06-15T17:37:25Z

R0948496: /* 13 juni 2025 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie.
Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.

Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.

Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze met giscorrectie. Sinds 2023-2024 is het zonder giscorrectie en zijn er maar twee evaluatiemomenten: een oefeningenexamen op 50% (incl. PyMol) en het theoretisch examen op 50% (waar wel nog NW en MP gevraagd wordt). Er zitten een paar instinkers tussen de vragen (geeft de prof ook zelf toe) en het zit hem vaak in 1 woord waarom de stelling juist/fout is, dus lees de vraag goed en volledig!

==Examenvragen==
===13 juni 2025===
50 meerkeuzevragen, gelijkaardig aan vorige jaren
#6 vragen over de gastlessen (op voorhand gegeven): telkens vier stellingen en "welke is juist/fout"
#Vragen over Smith-Waterman en Needleman-Wunsch (antwoord: er zijn meer oplossingen mogelijk bij de alignment)
#NW oplossen met een BLOSUM 50 matrix (zoals in zijn voorbeeldvragen van de eerste les)
#Wat is correct over homologie (antwoord: ze zijn evolutionair related)
#dot-matrix (zeggen wat je zag: DNA of proteïne, zijn het dezelfde of een verschillende sequenties)
#De waardes in een PAM zijn altijd negatief/altijd positief/altijd positief op de diagonaal/nog iets
#Contact map: zijn het alpha helices/beta platen, parallel of antiparallel
#Welke techniek/algoritme niet nodig voor homology modelling?
#Alphafold (antwoord: alphafold bevat geen co-factoren en liganden)
#Peptideketen gegeven, lettercode kiezen
#Lettercode gegeven, peptide kiezen

===14 juni 2024===
Volledig meerkeuze (50 vragen), letterlijke verwoording kan niet kloppen en lees telkens zorgvuldig de vraag en de opties, want het zit meestal in één woord waardoor iets fout is.
#Zelfde vragen als vorig jaar samen met deze
#AlphaFold
#*is hetzelfde als co-evolutie gebaseerde structuurvoorspelling
#*bevat geen prothetische groepen of co-factoren
#Peptideketen gegeven. Welke hoeken zijn psi en phi?
#Contactmap gegeven. Is dit een proteïne met:
#*alfa-helices
#*bèta-platen
#*beide
#Wat is correct over homologie?
#Welke techniek/algoritme heb je niet nodig voor Homology Modeling?
#De waardes in een PAM zijn:
#*altijd positief
#*altijd negatief
#*altijd positief op de diagonaal
#Je hebt een kleine dataset van genen waarvan de buitenste regio’s niet geconserveerd zijn. Je wilt de evolutionaire verwantschap bepalen. Welk algoritme gebruik je?
#*UPGMA
#*Maximum likelihood kan gebruikt worden aangezien het een kleine dataset is
#*NJ
#*Maximum likelihood nadat je de buitenste regio’s verwijderd hebt
#Vier DNA-sequenties gegeven. Bepaal adhv MP welke boom het meest correct. (Exact zoals in de oefenzitting van Mod. 14, waren zelfs dezelfde sequenties en bomen denk ik)
#Wat is niet correct over Chou-Fasman?
#*Het is gebaseerd op het voorkomen van bepaalde aminozuren in secundaire sequenties
#*Het was het eerste algoritme voor secundaire structuurvoorspelling
#*Het werd later vervangen door het GOR-algoritme dat wel rekening houdt met bijdragen van de omliggende AZ
#Nog vragen over BLAST, CLUSTAL, MSA, orthologen/paralogen … (niet over wetenschappers, jaartallen, geschiedenis … of soort helices, bèta-turns, L of D aminozuren …)

===16 juni 2023===
Volledig meerkeuze (50 vragen):
#6 vragen over gastlessen die op voorhand gegeven waren
#Welk aminozuur is deze sequentie? (structuur kiezen)
#Welke sequentie is dit aminozuur? (structuur gegeven)
#Vraag over Smith-Waterman
#Vraag over Needleman-Wunsch
#Foto gegeven, is het een DOT-plot van:
#*verschillende DNA sequenties
#*identieke DNA sequenties
#*verschillende proteïne sequenties
#*identieke proteïne sequenties
#Welke gebruik je als je een geconserveerde sequentie hebt
#*PAM50
#*PAM250
#*BLOSUM50
#*BLOSUM250
#PDB file gegeven, wat staat er in kolom ...
#De temperatuurfactor beschrijft...
#Met welk experiment is dit PDB file bekomen
#Iets over force fields
#Iets over contactoppervlakken van moleculen (SAS, RES, “stick”-configuratie, moleculaire binding ...)
#Needleman-Wunsch aanvullen, welk getal staat rechtsonder
#Needleman-Wunch, wat is de juiste alignment (meerdere waren mogelijk)
#Welk soort boom is dit
#*Phylogram
#*Cladogram
#*Ultrametrische boom
#*Ridiculogram
#Met welk algoritme is bovenstaande boom gemaakt?
#*NJ
#*UPGMA
#*ML
#*MP
#Wat is correct over bovenstaande boom
#*De Y-as bevat geen informatie
#*De X-as geeft de evolutionaire afstand weer
#*Deze clade is betrouwbaar, maar deze niet
#Iets over cryoEM microscopy
#Je hebt een nieuw genoom ontdekt en je wilt weten welke proteïnen het bevat. Welke soort BLAST gebruik je?
#Nog veel meer, heel vaak 'welke stelling is correct/fout?' met ook een optie om aan te duiden dat ze allemaal correct/fout zijn

===22 Augustus 2022 (schriftelijk) ===
Theorie:
#Meerkeuze
#*Chou-Fasmann
#*Clustal
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#*Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#*Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#*...
#Verschil SW- & NW-algoritme?
#Rom. & Rotamer plots uitleggen met VWY-tripeptide
#Juist of fout
#*Bij een 3D voorstelling van een moleculaire interactie, gebruik je moleculair oppervlak dat complementair is aan de sticks voorstelling.
#*Gebruik TBlastX voor checken van proteïne in een niet-coderend genoom van een ander molecule.
#*NW-algoritme is beter dan SW-algoritme voor het vergelijken van multi-domein eiwitten met maar 1 verwant domein.
#Hoe fix je een root of een tree? Kan dit automatisch?

===27 juni 2022 (schriftelijk)===
Theorie:
#Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)
#* Chou-Fasmann
#* Clustal
#* Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#* ...
#Juist of fout? Verklaar (9pt)
#* PDB bevat alleen kristalstructuur.
#* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.
#* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...
# PDB file gegeven: (6 pt)
#* Wat stelt elke kolom voor?
#* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.
#* Teken het tripeptide.
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)
# Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?

===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===
#Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)
#*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?
#*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen
#*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is
#*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?
#*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen
#*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne
#*Aanduiden welke stelling over blast fout is
#Juist/fout (9 punten)
#*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.
#*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.
#*Een PDB-file bevat geen H-atomen
#Korte open vragen
#*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)
#*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)
#*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)

===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen
#Exact hetzelfde als 8 juni 2020
===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===
#Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)
#Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)
#Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)
#Juist en fout: (9 ptn)
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)

===19 juni 2019 NM===
#PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken & hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)
#trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma & levinthal paradox (5 ptn)
#Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)
#juist fout vragen: (9 ptn)
#* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity
#* Slechts één oplossing voor NW en SW
#* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig
#Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)
#oefeningen:
#* Geef kleinste chromosoom
#* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is
#* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter
#* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is

===11 juni 2019 NM ===
# PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken & hoe te construeren
# Trekvraag: Anfinsen dogma & Levinthal paradox (5pt)
# Schrifteijke vraag (6pt)
#*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten
#*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 & chi2)
#*C: waarvoor gebruiken we phi & psi?
# Juist/fout (9pt)
#* UPGMA & NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Vergeten
# Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)

===11 juni 2019 VM ===
# Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)
#* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
# Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)
# Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.
# Juist/fout (8pt)
#* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.
#* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.
# Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)

=== 26 juni 2018 NM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)

=== 19 juni 2018 VM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)
# Oefeningen USB stick 12
#* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor
#* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen
#* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH>2).
#* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd.
#* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?

=== 18 juni 2018 NM ===
# Leg PAM uit
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes
# (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.
# Juist of fout
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit
#* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).
#* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.
#* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?

=== 18 juni 2018 VM ===
#Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):
#* Leg het algoritme uit.
#* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?
#* Bijvragen: "waarom doe je dit" bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: "waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?"
# (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)
# Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)
#* Tekening van dot-plot
#* Tekening van contact map
# Juist of fout (9 pt)
#* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix
#* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ
#* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)
# Oefeningen (USB-stick 4):
#* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest
#* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?
#* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH > 2), caspase1
#* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)
#* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.

=== 11 Juni 2018 ===
# Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:
#* Waarom introduceren we m+1 en n+1?
#* Wat is de score van het geheel?
#* Waarom is dit een dynamisch process?
#* Is de score bij meerdere paden dezelfde?
# (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule.
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.
# Waar of onwaar?
#* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken.
#* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.
#* (vergeten)
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.

=== 28 Juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout:
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Algemene Natuurkunde II

2024-01-24T10:17:07Z

R0948496: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vervolgvak op Algemene natuurkunde I. Vanaf het academiejaar 2009-2010 gedoceerd door prof Wübbenhorst.('''Let dus op, de oudere vragen komen van prof. Janssen''') Het is geen jaarvak meer, enkel examen in januari dus. Het betreft een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding. Examen is schrijftelijk tijdens corona.

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Examenvragen==

=== 23 januari 2024 ===
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld. Leid formule voor straal af. Bespreek massaspectrometer en cyclotron
#Bespreek RLC-serieketen
#*leid formule af: I(R,L,C,w)
#*geef fasordiagram en de wetten van Kirchoff
#*leid resonantiefrequentie af (w0), bespreek met er met de fase en de stroom gebeurd als w<<w0, w=w0, w>>0
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water (isolator). Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#*Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#*Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

=== 15 januari 2024 ===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb, vergelijk hierbij E(r) met B(r) + magnetische inductie rond oneindige lange draad geven.
#Straling van een zwart lichaam:
#*Verklaar het spectrum met de verschuivingswet van Wien en de stralingswet van Stefan-Boltzmann.
#*Vergelijk het spectrum met dat van de laser.
#*Wat is het verband tussen emissiefactor en absorptiecoëfficiënt?
#Twee bolschillen met lading q en -q, straal r1 en r2, bereken het potentiaalverschil en capaciteit.
# Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 µF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. a) Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2). b) Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). c) Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?

=== 24 januari 2023 ===
#Wet van Faraday en wet van Lens. Ook transformator en Foucaultstromen uitleggen
#Polarisatietoestanden van em-straling en hoe je deze toestanden kan verkrijgen via, breking en weerkaatsing en verstrooing. Wet van Malus uitleggen. Verklaren avondrood en blauwe hemel.
#Twee bolschillen met lading q en -q, straal r1 en r2, bereken het potentiaalverschil en capaciteit.
#Solenoïde: magnetisch kracht na lange tijd en wanneer is deze half zo groot? (vermogen berekenen en hoeveel procent van het vermogen heeft het de 2e dan verbruikt)

=== 16 januari 2023 versie 2 ===
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld. Leid formule voor straal af. Bespreek massaspectrometer en cyclotron
#Bespreek RLC-serieketen
#*leid formule af: I(R,L,C,w)
#*geef fasordiagram en de wetten van Kirchoff
#*leid resonantiefrequentie af (w0), bespreek met er met de fase en de stroom gebeurd als w<<w0, w=w0, w>>0
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water (isolator). Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#*Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#*Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

=== 16 januari 2023 versie 1 ===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van coulomb, vergelijk hierbij E(r) met B(r) + magnetische inductie rond oneindige lange draad geven
#Straling van een zwart lichaam
#*Verklaar het spectrum met de verschuivingswet van Wien en de wet van Stefan-Boltzmann
#*Vergelijk het spectrum met dat van de laser
#*Wat is het verband tussen emissiefactor en absorptiecoëfficiënt?
#Rc-kring waarvan d van de condensator met 20% verkleind wordt
#Er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen van de golven wanneer ze op het scherm komen (in graden)?

=== 17 januari 2022 versie 2===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven
#Polarisatietoestanden van em-straling en hoe je deze toestanden kan verkrijgen via, breking en weerkaatsing en verstrooing. Wet van Malus uitleggen. Verklaren avondrood en blauwe hemel.
#Twee bolschillen met lading q en -q, straal r1 en r2, bereken het potentiaalverschil en capaciteit.
# Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. a) Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2). b) Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). c) Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?

=== 17 januari 2022 versie 1===
#RLC-serieketen
#Normale metallische geleider vergelijken met een supergeleider. Bandenmodel voor kristalijne stoffen beschrijven. Kenmerken van een intrinsieke halfgeleider VS een gedopeerde halfgeleider en verklaar worden zoals meerheids- en minderheidsladingdragers. Beschrijf de temperatuursafhankelijkheid van intrinsieke en gedopeerde halfgeleiders aan de hand van een grafiek.
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water (isolator). Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#*Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#*Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

===2 september 2021===
#RLC-serieketen
#Leg de temperatuursafhankelijkheid van de elektrische weerstand uit. NTC en PTC gedrag uitleggen. Normale metallische geleider vergelijken met een supergeleider. Bandenmodel voor kristalijne stoffen beschrijven. Kenmerken van een intrinsieke halfgeleider VS een gedopeerde halfgeleider en verklaar worden zoals meerheids- en minderheidsladingdragers. Beschrijf de temperatuursafhankelijkheid van intrinsieke en gedopeerde halfgeleiders aan de hand van een grafiek.
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#Twee bolschillen met lading q en -q, straal r1 en r2, bereken het potentiaalverschil en capaciteit.

===28 augustus 2021 ===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven
#Straling van een zwart lichaam
#*Verklaar het spectrum met de verschuivingswet van Wien en de wet van Stefan-Boltzmann
#*Vergelijk het spectrum met dat van de laser
#*Wat is het verband tussen emissiefactor en absorptiecoëfficiënt?
#Twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal loodrecht door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas (loodrecht), en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water (isolator). Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

===24 januari 2021 ===
(zelfde examen als 13 januari 2020)
#RLC-serieketen
#Geleiders, isolatoren, halfgeleiders: temperatuur afhankelijkheid van geleiders, halfgeleiders (intrinsiek en gedopeerd) + grafiek, energiebanden tekenen en uitleggen
#LR-serieketen: Magnetische energie berekenen na een lange tijd, vermogen bron berekenen,...
#Op 2 rechthoeken met bepaalde lengte en brekingsindex valt lichtstraal loodrecht in, berekenen het faseverschil van de lichtstralen op een scherm achter de rechthoeken.

===19 januari 2021 (versie 2) ===
#Wet van Faraday en wet van Lens. Ook transformator en Foucaultstromen uitleggen
#Polarisatietoestanden van em-straling en hoe je deze toestanden kan verkrijgen via absorptie, breking en weerkaatsing
#Twee bolschillen met lading q en -q, straal r1 en r2, bereken het potentiaalverschil en capaciteit.
#Solenoïde (zelfinductie en weerstand gegeven). Energie, vermogen, .. bepalen

===19 januari 2021 (versie 1) ===
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld.
#*Leid de formule voor de straal af
#*Bespreek de massaspectrometer en cyclotron
#Straling van een zwart lichaam
#*Verklaar het spectrum met de verschuivingswet en de wet van Stefan-Boltzmann
#*Vergelijk het spectrum vergelijken met dat van de laser
#*Wat is het verband tussen emissiefactor en absorptiecoëfficiënt?
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water (isolator). Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#*Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#*Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

===27 januari 2020 VM===
(Zelfde examen als 13 januari 2020)
#RLC-serieketen
#Geleiders, isolatoren, halfgeleiders: temperatuur afhankelijkheid van geleiders, halfgeleiders (intrinsiek en gedopeerd) + grafiek, energiebanden tekenen en uitleggen
#LR-serieketen: Magnetische energie berekenen na een lange tijd, vermogen bron berekenen,...
#Op 2 rechthoeken met bepaalde lengte en brekingsindex valt lichtstraal loodrecht in, berekenen het faseverschil van de lichtstralen op een scherm achter de rechthoeken.

===24 januari 2020 NM===
Theorie
# Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven
# Straling van een zwart lichaam: welk spectrum, verklaar met de verschuivingswet en de wet van Boltzmann. Spectrum vergelijken met laser. Verband tussen emissie en absorptie coefficient van een zwart lichaam
Oefeningen
# We hebben twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal loodrecht door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas (loodrecht), en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen? *Opgave "twee verschillende stukken glas" foto: [https://drive.google.com/file/d/1D4mHHzrofEQRw_i-p8YRgNij7ulq--i1/view?usp=sharing]*
# Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. a) Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2). b) Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). c) Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?

===20 januari 2020 VM===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven
#Leg de temperatuursafhankelijkheid van de elektrische weerstand uit. NTC en PTC gedrag uitleggen. Normale metallische geleider vergelijken met een supergeleider. Bandenmodel voor kristalijne stoffen beschrijven. Kenmerken van een intrinsieke halfgeleider VS een gedopeerde halfgeleider en verklaar worden zoals meerheids- en minderheidsladingdragers. Beschrijf de temperatuursafhankelijkheid van intrinsieke en gedopeerde halfgeleiders aan de hand van een grafiek.
#Condensator (in een RC kring) waarvan de afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#Er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen van de golven wanneer ze op het scherm komen (in graden)?
===16 januari 2020 NM===
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld.
#* Leid de formule voor de straal af
#* Bespreek de massaspectrometer en cyclotron
#Straling van een zwart lichaam
#* Verklaar het spectrum met de verschuivingswet en de wet van Stefan-Boltzmann
#* Vergelijk het spectrum vergelijken met dat van de laser
#* Wat is het verband tussen emissiefactor en absorptiecoëfficiënt?
# We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water (isolator). Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

===13 januari 2020 NM===
#zelfde examen als voormiddag

===13 januari 2020 VM===
#RLC-serieketen
#Geleiders, isolatoren, halfgeleiders: temperatuur afhankelijkheid van geleiders, halfgeleiders (intrinsiek en gedopeerd) + grafiek, energiebanden tekenen en uitleggen
#LR-serieketen: Magnetische energie berekenen na een lange tijd, vermogen bron berekenen,...
#Op 2 rechthoeken met bepaalde lengte en brekingsindex valt lichtstraal loodrecht in, berekenen het faseverschil van de lichtstralen op een scherm achter de rechthoeken.

===19 augustus 2019 VM===
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld: formule voor straal afleiden en massaspectrometer en cyclotron uitleggen (met formules)
#Straling van een zwart lichaam: welk spectrum, verklaar met de verschuivingswet en de wet van Boltzmann. Spectrum vergelijken met laser. Verband tussen emissie en absorptie coefficient
#Condensator gevuld met water, bereken oppervlakte lading en E
#Dikte van een micaplaatje berekenen (proef van Young)

===28 januari 2019 NM===
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld en massaspectrometer en cyclotron uitleggen (met formules)
#Straling van een zwart lichaam
#Condensator gevuld met water, bereken oppervlakte lading en E
#Dikte van een micaplaatje berekenen (proef van Young)

===28 januari 2019 VM===
#Wet van Faraday, Wet van Lenz, transformator uitleggen +Foucaultstromen
#Polarisatietoesten van em-straling + verstrooiing, absorptie, breking
#Twee bolschillen: potentiaalverschil R1 en R2 en capaciteit
#Solenoïde (zelfinductie en weerstand). Energie, vermogen, .. bepalen

===18 januari 2019 NM===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb, + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven
#Straling van een zwart lichaam
#Condensator waarvan de afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#Er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

===18 januari 2019 VM===
#Bespreek de wet van Biot-Savart, leg de gelijkenissen en verschillen t.o.v. de wet van coulomb uit (B(r) en E(r) vergelijken).Leidt de magnetische inductie B(r) rond een oneindig lange draad of m.b.v. de wet van Biot-Savart.
#Leg de temperatuursafhankelijkheid van de elektrische weerstand uit. NTC en PTC gedrag uitleggen. Normale metallische geleider vergelijken met een supergeleider. Bandenmodel voor kristalijne stoffen beschrijven. Kenmerken van een intrinsieke halfgeleider VS een gedopeerde halfgeleider. meerheids- en minderheidsladingdrager uitleggen. Beschrijf de temperatuursafhankelijkheid van intrinsieke en gedopeerde halfgeleiders aan de hand van een grafiek.
#Condensator waarvan de afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt.
#Twee lichtstralen met golflengte 600 nm in de lucht zijn in fase wanneer ze invallen op twee rechthoekige stukjes glas. het eerste stuk heeft lengte=4µm en brekingsindex n=1,4 . Het tweede stuk heeft lengte=3,4µm en n=1,6. Achter de stukjes glas staat een scherm. wat is het faseverschil (in graden) waarmee ze aankomen?

===17 januari 2019 NM===
#Wet van Faraday en Lens bespreken, transformator + toepassing, foucaultstromen
#Laser, straling van een zwart lichaam (bijvraag: grafiek tekenen I(lamda) (brede klokvorm voor zwart lichaam vs dunne voor laser)
#Twee bolschillen: potentiaal en capaciteit
#Twee glasplaatjes met verschillende lengte en n. bepaal het faseverschil van twee loodrechte stralen (initieel in fase)

===17 januari 2019 VM===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb, + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven
#straling van een zwart lichaam
#Dikte micaplaatje proef van Young
#Condensator waarvan de afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt

===24 augustus 2018===
#halfgeleiders + pn-juncite
#wet Biot-Savart toepassen op oneindig lange rechte draad
#condensator gevuld met water, oppervlakte lading en E berkekenen
#dikte miccaplaatje met proef van Young bepalen

===22 januari 2018 vm===
Zelfde als 15 januari 2018

===19 januari 2018 vm===

Theorie:
#De wet van Biot-Savart
#Verschil tussen intrinsieke en gedopeerde halfgeleider + pn-junctie
Oefeningen:
#2 bolschillen met lading q en -q, straal r1 en r2, bereken het potentiaalverschil en capaciteit.
#er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

===18 januari 2018 vm===

Zie examen 17 januari 2017

Er werd ook nog gevraagd naar ferromagnetisme bij vraag 1

===15 januari 2018 nm===
Theorie:
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld + massaspectrometer en cyclotron uitleggen
#RLC-keten uitleggen
Oefeningen:
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water. Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10^-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x10^23.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

===20 januari 2017 nm===
Theorie:
#Polarisatie toestanden
#Gedopeerde halfgeleiders vs zuivere halfgeleiders en de PN-junctie
Oefeningen:
#2 bolschillen. Potentiaal verschil en Electrisch veld berekenen van R naar oneindig.
#Solenoïde: magnetisch kracht na lange tijd en wanneer is deze half zo groot? (vermogen berekenen en hoeveel procent van het vermogen heeft het de 2e dan verbruikt)

===20 januari 2017 vm===
Theorie:
#Rlc keten uitleggen
#Wet van ampere (tijdsafhankelijk en onafhankelijk)
Oefeningen:
#een bol met 2 stralen en een elektrisch veld waarvan de lading en de potentiaal berekend moeten worden
#de oefening met licht dat door een gat moet op een hoogte van 50mm, gat zelf is 10mm groot en staat op 30 cm van de bron, wat zijn de golflengtes die aankomen bij het gat?

===19 januari 2017 nm===
helemaal hetzelfde als de voormiddag

===19 januari 2017 vm===
Theorie:
#Halfgeleiders (+grafieken temperatuursafhankelijkheid van n-en p-types)
#Biot-savart (eindig en oneindig)

Oefeningen:
#2 bolschillen: potentiaalverschil en capaciteit berekenen
#2 stukjes glas met lichtstraal (zelfde golflengte) erdoor: faseverschil berekenen

=== 17 januari 2017===
Zie examen 18 januari 2016.
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Bijvragen bij de werking van de LASER: wat zijn de eigenschappen van laserlicht? Wat zorgt voor de overgang van niveau 2 naar niveau1?

oefeningen
#oefening van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#micaplaatje

=== 16 januari 2017===
Theorie:
#RLC-keten
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
Oefeningen:
#mica
#water in condensator

=== 18 januari 2016===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 NM===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 VM===
Theorie:
#laser
#magnetisatie en magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#mica plaatje
#RC keten V1, V2 en V3 bepalen plus tijd waarop V het gemiddelde is van 2&3

=== 14 januari 2016 ===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders (nog iets extra, we moesten nog een grafiek geven die in de slides staan maar niet in het boek: elektrische geleiding ifv temperatuur, maja dat was gewoon een bijvraag) + pn-junctie
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad

Oefeningen:
#2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
#er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?
(check oefeningen van examen 10 juni 2011)

===11 januari 2016===
Theorie:
#Wet van Ampère (uitbreiding) en daarbij ook de B rond een gesloten kromme.
#RLC uitleggen

Oefeningen:
# Bol met bolschil errond en zo diffractie, door da scherm met 200 lijnen / mm en dan een vierkantje op het waarnemingsscherm. (welke golflengten gaan door da vierkantje?)
===16 januari 2015===
Theorie:
#magnetisatie
#LASER
Oefeningen:
#RC-keten en V1,V2,V3 bepalen
#mica

===15 januari 2015===
Theorie:
#Wet van Ampère
#RLC in serie
Oefeningen:
#een bol en een bolschil, elektrisch veld en stralen gegeven en dan moest je de lading en de potentiaal aan het opp van de bol berekenen
#spleet, berekenen welke golflengtes er in het vierkant vallen

===12 januari 2015===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders + pn-junctie
#de wet van Biot-Savart en de oneindige rechte geleider afleiden.
Oefeningen:
#bolvormige condensator (V + C berekenen)
#lichtstralen van dezelfde golflengte die door 2 glasblokjes gaan, faseverschil berekenen.

===26 januari 2015===
Theorie:
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
#LRC-kring
Oefeningen:
#Water in condensator
#Micaplaatje

===20 januari 2014 voormiddag===
Theorie:
# Magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
#LASER

Oefeningen: exact zoals 10 juni 2013 (voormiddag)

=== 14 januari 2014 voormiddag ===
Exact hetzelfde examen als 14 juni 2013. Zelfs de oefeningen waren dezelfde.

=== 19 juni 2013 namiddag ===
Exact hetzelfde examen als 10 juni 2013 namiddag. Zelfs de oefeningen waren dezelfde

=== 14 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek de RLC kring

Oefeningen:
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water. Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cmÂ³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

=== 11 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
# Leg uit, wet van Ampère zowel tijds als niet tijdsafhankelijk.
# Leg RLC kring uit

Oefeningen:
# Gegeven een bol met een lading en daar rond een bolschil, samen zijn ze ongeladen maar elk apart bezitten ze een lading. Geef hiervoor de lading van de bol en zijn potentiaal aan zijn oppervlak. Gegeven zijn de stralen van de bollen en de grootte van het elektrische veld.
# Golflengten tussen 400 en 700nm worden op een diffractierooster gestuurd met 200 lijnen/mm. Waarnemingsscherm staat op 0.3m. Op dit scherm is op een afstand van 0.05m een gat geknipt, een vierkant met zijden 0.01m. Welke golflengten zullen door dit gat vallen?

=== 10 juni 2013 (namiddag)===
Theorie:
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad
#Wat is een virtueel beeld? Kan je dat vormen met een vlakken spiegel? Holle spiegel? Bolle spiegel? Welke omstandigheden?

Oefeningen:
#Dieje kubus (zie oude examenvragen)
#Iets met een RLC kring met uitzonderlijke omstandigheden, R gegeven, wat is de capaciteit en de inductie in de kring. Uitzondelijke omstandighede dus da de amplitude van uw weerstand = amplitude zelfinductie = amplitude condensator = amplitude van de bron, en ge had ook een frequentie gegeven

=== 10 juni 2013 (voormiddag)===
Theorie:
# Bespreek polarisatietechnieken (verstrooiing, dichroïsme etc...)
# Magnetisatie & magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval.
#*Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2)
#*Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3).
#*Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 12 juni 2012===
Theorie:
# Wet van Ampere bespreken voor stationaire en niet stationaire stromen
# RLC kring bespreken

Oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# ?

=== 11 juni 2012===
Exact dezelfde vragen als 27 juni 2011. Zelfs de waarden bij de oefeningen waren hetzelfde.

=== 27 juni 2011===
Theorie:
# Leg uit: magnetisatie en magnetische susceptibiliteit
# Bespreek de werking van een LASER

Oefeningen:
# Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. a) Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2). b) Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). c) Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
# We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 17 juni 2011 ===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
# Effectiefspanning uitleggen

=== 14 juni 2011 ===
Theorie:
# Geef wet van Biot-Savart en leid af voor een oneindig lange stroomvoerende draad
# Wat zijn mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling? (geen polarisatietechnieken)

Oefeningen:
# Een kring met een solenoïde met 35mH en een weerstand van 0,35 Ohm, aangesloten op een batterij van 12V. Wat is de magnetische energie die de batterij heeft na een lange tijd? Hoeveel vermogen moet het batterij dan nog leveren? Na hoeveel tijd is de energie half zo groot? Wa is dan het vermogen v.d. batterij en hoeveel procent vraagt het opwekken van magnetische arbeid dan?
# Een tweespleten systeem met lambda = 500nm, d = 0,150mm en a = 30,0Âµm. Hoe vaak komen maxima voor? (enzovoort)
=== 10 juni 2011 (voormiddag) ===
Theorie:
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reëel voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# Je hebt een wisselspanningskring gegeven met V0 = 30,0V; omega = 314rad/s; I0=620mA ;en v=V0sin(omega*t-pi/4) en i=-I0cos(omega*t-pi/4). In de kring zit alleen nog een element X.
* identificeer dit element volledig
* door welk ander element kan je dit vervangen zodat de stroomamplitude gelijk blijft(de fase mag verschillen) en identificeer dat element. Je moet er maar 1 geven maar er zijn er 2 mogelijk.

=== 10 juni 2011 (namiddag) ===
Theorie:
# Bespreek de RLC-keten waarop een wisselspanning is aangesloten
# Wet van Ampère uitleggen (stationair en niet-stationair) Hij zegt er ook bij dat het gaat om het magneetveld rond een gesloten kromme, dus juiste formule vinden niet moeilijk

Oefeningen:
# 2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
# er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

=== 11 juni 2010 ===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek alle mogelijke polarisatie-toestanden van een EM-golf, manieren om polarisatie te bekomen niet beschrijven.

Oefeningen:
# Men laadt een condensator met een capaciteit 17mF volledig op en men koppelt hem dan los van de bron. Hierna is er een arbeid van 18,5 joule nodig om een extra lading van 13 mC van de ene plaat van de condensator naar de andere over te brengen. Wat was de EMK van de bron?
# Een spoel van 100 windingen wordt rond een cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ². De cilinder is van een middenstof met Âµr = 1. Er wordt een magneetveld aangelegd van 1,6 T dat in de tijd omwisselt van de ene naar de andere richting maar altijd evenwijdig loopt met de symmetrieas van de spoel. Een weerstand van 13 Ohm wordt op de spoel aangesloten. Geef de lading die door deze weerstand stroomt.

=== 7 juni 2010 (WÃ¼bbenhorst dus) ===
Theorie:
# RLC-keten met wisselspanning uitleggen
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.

Oefeningen:
# over een solenoïde met een L en een R die verbonden zijn aan een batterij. L, R en V waren gegeven en men vroeg de energie van de spoel op t= oneindig en vermogen dat de batterij moest leven
# ging over 2 stralen door glas met 2 verschillende n, met uiteindelijk de vraag: wat is het faseverschil van de 2 stralen aan het scherm achter het doorlopen van het glas?

===22 augustus 2009===
Theorie:
#Bespreek Foucaultstromen
#Effectiefspanning en effectiefstroom uitleggen

Oefeningen:
(Iemand aub?)

===17 augustus 2009===
Theorie:
#Leid een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator
#Bespreek ferromagnetisme

Oefeningen:
#Een lading zit vast op een gegeven positie (x,y,z). Een andere lading beweegt van positie 1 (X1,Y1,Z1) naar 2 (X2,Y2,Z2). De ladingen zijn gegeven, de coordinaten ook. Hoeveel energie kost het om deze lading van positie 1 naar 2 te verplaatsen?
#Een oefening analoog aan weerkaatsing aan een zeepbel, of iets dergelijks. Opgave weet ik niet meer goed. (Iemand?)

===19 juni 2009===
Theorie:
# Vergelijk de gelijkstroom RC- en LR-kring.
# Bespreek alle mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling. Methoden om dit te bereiken hoeven niet besproken te worden.

Oefeningen:
# We beschouwen een niet geleidende plaat van grote afmetingen. Op de ene zijde staat een positieve oppervlaktelading, op de andere zijde een negatieve (getallen gegeven uiteraard). Een proton wordt op 1mm afstand van de plaat vanuit rust losgelaten. Wat is de snelheid op 2 mm van de plaat?
# Effectiefspanning berekenen adhv. een gegeven v(t)-curve.
:[[Bestand:driehoekspanning.gif]]

===12 juni 2009===
Theorie:
# LASER.
# Wederzijdse inductie en zelfinductie.
Oefeningen:
# ?
# ?

===12 juni 2009===
Theorie:
# Geef de wet van Ampère voor stationaire stromen + voorbeeld. Leg uit welke aanpassing gedaan moet worden zodat deze wet ook geldig is voor tijdsafhankelijke stromen.
# Leg uit hoe men oscillerende .. kunt krijgen in een LC-kring.

Oefeningen:
# Een puntlading q bevindt zich op een afstand x op de middelloodlijn van een niet geleidende draad (2l) waar een homogeen verdeelde lading Q op zit. Wat is de kracht dat deze puntlading ondervindt?
# Zender op hoogte 70m, lengte van 1km en een ontvanger op hoogte x. Wat is kleinste x waar een maximum van straling invalt. Houd rekening met de rechtstreekse stralen en de gereflecteerde stralen op water.

===8 jun 2009===
Theorie:
# Leidt een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator.
# Wat wordt er bedoeld met magnetisatie? Leg uit: relatieve permeabileit en magnetische susceptibiteit.

Oefeningen:
# Twee spoelen staan of vaste afstand van elkaar. Door de ene spoel loopt een stroom van 1A en de flux erdoor is 0.010Wb. Indien men nu een stroom van 2A door de tweede spoel stuurt, bedraagt de flux door de eerste spoel 0.012Wb.
#* Bereken de magnetische flux door de 2de spoel, gegeven dat de zelfinductie ervan gelijk is aan 0.003 (iets in die aard).
#* Bereken de wederzijdse inductiecoefficient.
#* Bereken de zelfinductie van de eerste spoel.
# Een radiogolf zendmast in punt B staat op 20km afstand van huis H. De intensiteit in H wordt gegeven door een gekende I[sup]0[/sup]. Op 100m afstand van mast B bouwt men een 2de mast A, die een hoek <math>&\X\theta \widehat{B A H}</math> is 30Â° (geen idee hoeveel het juist was).
#* Bereken de intensiteit in H.
#:[[Bestand:ANII-8.6.2009-oef2.png]]

===8 jun 2009===
Theorie:
# Bespreek RC-filters.
# Bespreek diffractie bij een oneindig lange spleet en (beknopt) bij een rechthoekige spleet.

Oefeningen:
# Twee RC-kringen gegeven, constructie van vanalle condensatoren in serie en parallel; V en R gegeven bij de ene kring; stroom door beide spanningsbronnen is gelijk; bereken Vx en R van de andere kring.
# Oneindig lange draad en in hetzelfde vlak evenwijdig ermee een vierkant. Bereken de wederzijdse inductiecoëfficiënt (afstand draad tot vierkant gegeven + lengte zijde vierkant).

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld. Leg, bij wijze van voorbeeld, de werking uit van een massaspectrometer of van een cyclotron.
# Bespreek de mogelijke polarisatietoestanden van em-straling (niet de methodes om tot polarisatie te komen)

Oefeningen:
# Condensator ( C= 17 microF) wordt een een onbekende batterij geschakeld en volledig opgeladen. Dan losgekoppeld. Er is aan arbeid 18,5J nodig om een bijkomende lading van 13,0 mC van de ene plaat naar de andere te verplaatsen. Bepaal emk van de batterij.
# spoel met 100 windingen wordt rond een metalen cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ² en mu r = 1. Er wordt een weerstand over de spoel geplaatste van 13 ohm. Er is een magneet veld die door de spoel loopt (parallel met de as). Dit magneetveld varieert gedurende een bepaalde tijd van 1,6T in de ene richting naar 1,6T in de andere richting. Hoeveel lading loopt er in die tijd door de weerstand.

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek een geleider in elektrostatisch evenwicht.
# Bespreek hoe men een oscillerende ... kan maken in een LC-kring. (LC-kring uitleggen dus)

Oefeningen:
# 2 draden in tegengestelde stroomzin, stroom neemt lineair toe van 0 naar 100A in 7s, bereken emk in de lus tussen die draden
# een ongepolariseerd licht kan worden opgedeeld in een deel gepolariseerd en een deel ongepolariseerd, intensiteiten mag je optellen, een polarisator wordt 360Â° gedraaid, men merkt dat op een bepaald punt de intensiteit 5 keer groter is, hoeveel procent is maakt de gepolariseerde golf uit?

===13 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de begrippen magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
# Bespreek de proef van Young.

Oefeningen:
# iets met een geleidende bol en daarrond een geleidende bolschil en dan een elektrisch veld gegeven en zo de lading op de bol berekenen.
#een kring gegeven met een X waarvan ge moet zeggen of het een condensator of weerstand of zelfinductie moet zijn, vergelijkingen van i en v gegeven. En dan ook nog zeggen of je de X kan vervangen door iets anders waardoor de amplitude hetzelfde blijft maar de i en v niet in fase zijn.

===13 jun 2008===
Theorie:
# Wat is het verschil in elektrische geleiding bij zuivere halfgeleiders en gedopeerde halfgeleiders. Leg uit de werking van pn-junctie
# Bespreek de LRC-keten

Oefeningen
# LC keten
# Fase verschil berekenen 2 gelijke golven die elk door een blokje gaan met andere lengte en brekingsindex

===9 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek wet Biot-Savart en gebruik om magneetveld rond oneindig lange draad met stroom af te leiden.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reëel voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

Oefeningen:
# De ruimte tussen een condensator is helemaal gevuld met water. Water heeft een dipoolmoment 6.10*10^-30 Cm. De molaire massa van water is 18. De dichtheid is 1g/cm^3. Water heeft een di-elektrische constante van 80.
#* bepaal de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid wanneer alle dipolen zich volgens E uitlijnen.
#* stel dat de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid 1/1000 is van die hierboven, wat is dan het elektrisch veld?
# In een RLC-kring is de frequentie 1.73kHz. De amplitude van de spanning over de weerstand, de amplitude van de spanning over de condensator, de amplitude van de inductie en de amplitude van de bronspanning zijn allen gelijk. R = 700 ohm. Bepaal L en C.

===15 jun 2007===
Theorie:
# Bespreek magnetisch moment + richting van magnetisch moment in magneetveld
# Serie RLC keten bespreken

Oefeningen:
# Stroom van 27A in begin, straal eerste cirkel R, straal tweede cirkel 2r, r = 0.1m, en bereken magnetische inductie in punt P. Draad overal even dik en overal even grote soortelijke weerstand
# Tweede is kurkje drijft op water, hoe lang moet de naald zijn opdat het zichtbaar is boven water. Brekingsindex water=1.33, lucht=1 Afmetingen staan erbij.

===12 jun 2007===
Theorie:
# Leg uit: elektrische stroom, stroomdichtheid en leid de wet van Ohm af.
# De wet van Ampère afleiden voor stationaire stromen en vertellen wat ge aan de basisformule moet veranderen als de stromen tijdsafhankelijk worden.

Oefeningen
# Berekenen hoeveel lading er door een weerstand gaat die aangesloten is op een geleidende lus die altijd maar kleiner en kleiner wordt. Loodrecht op de lus heerst er een magnetische inductie.
# Een typisch optica-vraagstukje: je hebt een schilderijtje en wil dat vastleggen op een gevoelige plaat, met een bolle lens met brandpunt= + 5 cm. Hoe ver moet het schilderijtje van de lens en hoe ver moet de lens van de gevoelige plaat.