Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Medische Biotechnologie

2026-06-23T19:05:37Z

R0986077: /* 25 juni 2025 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Nieuw vak vanaf 2024-2025.
Dit vak wordt gegeven door 3 proffen: Chris Van Den Haute (CVH), Rik Gijsbers en Marianne Carlon. Ze gaven 11 lessen + 2 lessen waarin ze alle leerstof toepasten.
Het examen is grotendeels mondeling. De termen leg je alleen schriftelijk uit, maar de open vragen leg je mondeling uit bij de prof die de vraag heeft opgesteld.
We kregen elk 2 volledige examens op 20 punten, 1 van CVH en 1 van Gijsbergs en als je mondeling ging afnemen bij één van de 2 proffen moest je hele examen van die prof al af zijn.

==Examenvragen==
===25 juni 2025===
Chris Van Den Haute: 10 termen
* CreloxP systeem uitleggen
* Verschil miRNA en shRNA
* Afbeelding alfasynnucleotide vs GFAM en mixed -> wat zie je en waarvoor dient het
* Hoe maak je een pseudopregnant vrouwtje
* Conditionele knockdown + 2 voorbeelden van wanneer je het zou gebruiken
* Wat is YAC en waarvoor wordt het gebruikt
* Wat is TK en wanneer zit het in DNA?
* Verschil chimeer en mozaicisme
* Ook een techniek afgebeeld ( DNA- RNA- proteinen) maar die afbeelding zagen we niet dus de vraag werd geschrapt.
* Waarvoor staan NHEJ en HDR
Open vraag (mondeling):
* Stamboom gegeven: 2 ouders (75 en 70) – 3 kinderen, 1 zoon (39) heeft dezelfde puntmutatie als de mama. De moeder heeft symptomen van een aandoening door neuronen die afsterven en de zoon begint hetzelfde te vertonen. Punt mutatie: CAC (His) -> CAA (Gln). We willen dit ziektebeeld nabootsen in een rodent model. We kennen het hele genoom van de personen. De gensequentie van het humane gen is dezelfde bij de rodents. Hoe ga je dit doen? Welke methode gebruik je? Leg uit. Geef voordelen van je werkwijze. Geef nadelen. Zijn er alternatieve manieren?
Rik Gijsbers: 4 termen
* DeltaF508
* EMA
* Base editor
* Codon optimalisatie
#Leg uit rAAVs -> waarvoor staat het, wat doet het, hoe kan je ze in plasmiden brengen en opzuiveren…
#Er is een nieuwe variant SARSCoV_12K RNA virus opgedoken met een goed spike eiwit, je vraagt je af of je dit virus kan gebruiken als virale vector om CF aan te pakken en meer succesvol tot in de longcellen te komen. Je werkt in een labo en hebt je virale vectoren die je normaal gebruikt ter beschikbaar + al het materiaal dat je zou nodig hebben. Je hebt het nieuwe SARS virus in een neusswab ook ter beschikking. Hoe ga je te werk?

===24 juni 2025===
Chris Van Den Haute
* wat is een zink-vinger nuclease?
* foto van elektroforese bandjes, zeggen wat er gebeurt is en waarom het nuttig is
* wat is cre-lox systeem?
* wat is en doet het Fok1 enzyme?
* foto van groen gekleurd aphasynnucleine, foto van iets rood gekleurd GFAP, en dan die beide samen op een foto, uitleggen wat er is gebeurt en waarom het nuttig is
* verschil uitleggen tussen siRNA en miRNA
* voor wat dient een conditionele knock out, geef twee redenen om het te gebruiken
* wat is een pseudozwanger vrouwtje en hoe maak je die?
* wat is TK en wat doen het in het DNA construct?
* nog iets maar ik weet het niet meer
# Er was een hemizygote punt mutatie in een vrouw, 2 van haar 3 kinderen hadden dezelfde mutatie. Hoe kan je deze aandoening bestuderen in een muis/rat model? => zygoot injectie of ES gen targeting
Rik Gijsbers
* 2A
* GVDH (niemand wist dit)
* VSV-G
* HEK293T cellen
# Leg uit wat een SIN vector is. Hoe wordt dit gebruikt/ziet het eruit in een plasmide vector, een virale vector en na integratie in de cel? Waarom is SIN belangrijk in therapeutische behandelingen?
# CTNS is een aandoening waar er oftewel een mutatie is van G339R, glycine —> arginine (puntmutatie). Hoe kan je de hypothese testen dat CTNS G339R zorgt voor een inactief gen? Hoe zou je de ziekte behandelen? Werkt je oplossing ook in een rat model waarbij een CTNS KO is gemaakt?

Medische Biotechnologie

2026-06-23T19:05:17Z

R0986077: /* 24 juni 2025 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Nieuw vak vanaf 2024-2025.
Dit vak wordt gegeven door 3 proffen: Chris Van Den Haute (CVH), Rik Gijsbers en Marianne Carlon. Ze gaven 11 lessen + 2 lessen waarin ze alle leerstof toepasten.
Het examen is grotendeels mondeling. De termen leg je alleen schriftelijk uit, maar de open vragen leg je mondeling uit bij de prof die de vraag heeft opgesteld.
We kregen elk 2 volledige examens op 20 punten, 1 van CVH en 1 van Gijsbergs en als je mondeling ging afnemen bij één van de 2 proffen moest je hele examen van die prof al af zijn.

==Examenvragen==
===25 juni 2025===
Chris Van Den Haute: 10 termen
* CreloxP systeem uitleggen
* Verschil miRNA en shRNA
* Afbeelding alfasynnucleotide vs GFAM en mixed -> wat zie je en waarvoor dient het
* Hoe maak je een pseudopregnant vrouwtje
* Conditionele knockdown + 2 voorbeelden van wanneer je het zou gebruiken
* Wat is YAC en waarvoor wordt het gebruikt
* Wat is TK en wanneer zit het in DNA?
* Verschil chimeer en mozaicisme
* Ook een techniek afgebeeld ( DNA- RNA- proteinen) maar die afbeelding zagen we niet dus de vraag werd geschrapt.
* Waarvoor staan NHEJ en HDR
Open vraag (mondeling):
* Stamboom gegeven: 2 ouders (75 en 70) – 3 kinderen, 1 zoon (39) heeft dezelfde puntmutatie als de mama. De moeder heeft symptomen van een aandoening door neuronen die afsterven en de zoon begint hetzelfde te vertonen. Punt mutatie: CAC (His) -> CAA (Gln). We willen dit ziektebeeld nabootsen in een rodent model. We kennen het hele genoom van de personen. De gensequentie van het humane gen is dezelfde bij de rodents. Hoe ga je dit doen? Welke methode gebruik je? Leg uit. Geef voordelen van je werkwijze. Geef nadelen. Zijn er alternatieve manieren?
Rik Gijsbergs: 4 termen
* DeltaF508
* EMA
* Base editor
* Codon optimalisatie
#Leg uit rAAVs -> waarvoor staat het, wat doet het, hoe kan je ze in plasmiden brengen en opzuiveren…
#Er is een nieuwe variant SARSCoV_12K RNA virus opgedoken met een goed spike eiwit, je vraagt je af of je dit virus kan gebruiken als virale vector om CF aan te pakken en meer succesvol tot in de longcellen te komen. Je werkt in een labo en hebt je virale vectoren die je normaal gebruikt ter beschikbaar + al het materiaal dat je zou nodig hebben. Je hebt het nieuwe SARS virus in een neusswab ook ter beschikking. Hoe ga je te werk?

===24 juni 2025===
Chris Van Den Haute
* wat is een zink-vinger nuclease?
* foto van elektroforese bandjes, zeggen wat er gebeurt is en waarom het nuttig is
* wat is cre-lox systeem?
* wat is en doet het Fok1 enzyme?
* foto van groen gekleurd aphasynnucleine, foto van iets rood gekleurd GFAP, en dan die beide samen op een foto, uitleggen wat er is gebeurt en waarom het nuttig is
* verschil uitleggen tussen siRNA en miRNA
* voor wat dient een conditionele knock out, geef twee redenen om het te gebruiken
* wat is een pseudozwanger vrouwtje en hoe maak je die?
* wat is TK en wat doen het in het DNA construct?
* nog iets maar ik weet het niet meer
# Er was een hemizygote punt mutatie in een vrouw, 2 van haar 3 kinderen hadden dezelfde mutatie. Hoe kan je deze aandoening bestuderen in een muis/rat model? => zygoot injectie of ES gen targeting
Rik Gijsbers
* 2A
* GVDH (niemand wist dit)
* VSV-G
* HEK293T cellen
# Leg uit wat een SIN vector is. Hoe wordt dit gebruikt/ziet het eruit in een plasmide vector, een virale vector en na integratie in de cel? Waarom is SIN belangrijk in therapeutische behandelingen?
# CTNS is een aandoening waar er oftewel een mutatie is van G339R, glycine —> arginine (puntmutatie). Hoe kan je de hypothese testen dat CTNS G339R zorgt voor een inactief gen? Hoe zou je de ziekte behandelen? Werkt je oplossing ook in een rat model waarbij een CTNS KO is gemaakt?

Dynamische Biochemie

2026-06-05T18:53:01Z

R0986077: /* 5 Juni 2026 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

Werd gedoceerd door prof. Johan Robben (met emeritaat in 2023) en werd geleidelijk aan overgenomen door prof. Susana Rocha. Het deel van professor Rocha was Engelstalig. Wanneer ze het vak volledig begon te doceren, heeft ze een deel in het Nederlands en een deel in het Engels gegeven. De leerstof komt uit de cursus ''Biochemistry'' van Reginald H Garrett en Charles M Grisham. Voor het studeren van het examen zijn echter ook de (zeer overzichtelijke) slides en hoorcolleges aan te raden.

==Examenvragen==
===5 Juni 2026 ===
# Meerkeuze (elk 0.5 indien juist, met giscorrectie)
## Vraag over alpha helix (fout aanduiden)
## Een grafiek met 2 curves van hemoglobine waarbij de 2e opgeschoven is naar rechts. Keuze uit verschillende effecten.
## Effecten die gebeuren tijdens vasten, 2 ervan waren juist. (Keuze uit verhoging beta-oxidatie, verhoging concentratie malonyl-CoA, verhoging gluconeogenese, verlaging aanmaak keton bodies.)
## Nog 3 meerkeuzevragen
# Tripeptide REG tekenen bij pH 6,5 (?) (1 pt)
#Termen (elk 1.25 pt)
## Hill coëfficiënt
## Gefacilitieerd transport
## Ribonucleotidereductase
## Competitieve inhibitor
#Grote vragen
## Bespreek serineproteasen (3.5 pt)
## Bespreek glycogeen metabolisme (synthese en afbraak)((ze verwachtte hier eigenlijk ook regulatie!)) (3.5 pt)
## Stel je hebt oleïnezuur (C18:C1 met dubbele binding op C9), bespreek de afbraak hiervan vertrekkend van het cytosol tot componenten voor de citroenzuurcyclus. Welk additionele stap(pen) zijn er nodig ten opzichte van verzadigde vetzuren? (4 pt)

===26 augustus 2025===
#Meerkeuze (0,5 indien juist, -0,167 indien fout)
##Een vraag waarbij je de juiste stelling moet aanduiden
##Welke grafiek past bij oncompetitieve inhibitie
##Iets over de lever waarbij je het foute antwoord moet aanduiden
##Bij welke pathway pyruvaatcarboxylase gebruikt wordt
##Iets over motorproteïnen van het cytoskelet (3 termen juist combineren: actine/microtubili - ATP/GTP - kinesine/myosie/Dyneïne)
##Wie de 2de stikstof doneert bij de ureacyclus (antwoord: aspartaat)
#Peptide RIT bij ph7,5
#Kleine vragen/termen (1,25 elk)
##Collageen
##Transitietoestand
##Transaminatie
##glycogeenfosforylase
#Grote vragen
##Bespreek allosterie en coöperativiteit aan de hand van myoglobine en hemoglobine (3,5)
##Bespreek de synthese en regulatie van purinenucleotiden (4)
##Bespreek de afbraak van even-ketenvetzuren (3,5)
===27 juni 2025===
#Termen
##Malonyl-CoA
##Gefaciliteerd transport
##Fructose-2,6-bifosfaat
##Chylomicron
#Vragen
##Bespreek de concepten coöperativiteit en allosterie, gebruikmakend van myoglobine en hemoglobine.
##Leid de Michaëlis-Mentenvergelijking af voor een standaard enzymatische reactie. Licht toe.
##Bespreek synthese en regulatie van de purinenucleotiden.
===6 juni 2025===
#Meerkeuze: Welke combinatie van aminozuren zou je het meest verwachten in het binneste gedeekte van een globulair proteine (0.5 ptn)
##gln-asn-cys
##arg-his-asp
##ser-thr-tyr
##leu-val-phe
#Meerkeuze: Welke factor verhoogt de zuursofaffiniteit van hemoglobine
##verhoogde 2,3-BPG
##verhoogde H+ concentratie
##verhoogde ph
##verhoogde CO2
#Meerkeuze: Welk van de volgende is geen product van de oxidatieve fase van de pentosefosfaatweg
##ribulose-5-fosfaat
##fructose-6-fosfaat
##6-fosfogluconaat
##CO2
#Meerkeuze: Wat is het belangrijkste verschil tussen very low density lipoproteïnen (VLDL) en chchymomicronen
##VLDL bevat geen apolipoproteinen
##VLDL is afkomstig uit de lever en chymomicronen uit de darm
##chymomicronen bevatten meer cholesterol dan VLDL
##VLDL transporteert triacylglycerollen naar de darm
#Wat beschrijft de functie van de lever in gevoede toestand
##glucose vrijmaken in het bloed
##gebruik van glucose alsprimaire energie bron
##synthese van glycogeen en vetten
##productie van ketonlichamen
#Meerkeuze:Welke van de volgende stellingen is juist
##De hersenen gebruiken bij voorkeur vetzuren in vastentoestand
##spierweefsel kan glucose vrijmaken in het bloed via gluconeogenese
##De lever produceert ketonlichamen uit vetzuren tijdens langdurig vasten
##Glucose wordt via GLUT2 opgenomen in spier- en vetcellen
#Peptide VET bij ph 6.5 (1ptn)
#Kleine vragen (elk 1.25 ptn)
##ramachandranplot
##actine
##gefaciliteerd transport
##carnitine shuttle
#Grote vraag: Bespreek het enzymatisch mechanisme van serineproteasen. (3 ptn)
#Grote vraag: Bespreek het glycogeen metabolisme (synthese, afbraak en regulatie). (4ptn)
#Grote vraag: Bespreek aan de handd van een schema de algemene stikstofflow bij de afbraak vam aminozuren, Wat gebeurt er met het koolstofgedeelte. (4ptn)

===16 augustus 2024===
#Proteïnen kunnen op verschillende wijzen functioneel en biochemisch met membranen geassocieerd zijn. Bespreek en illustreer met behulp van schema’s en/of figuren. (5 punten)
#Bespreek het enzymmechanisme van de serineproteasen. (5 punten)
#Bespreek hoe triacylglycerolen worden verteerd, opgenomen, getransporteerd en gemetaboliseerd door het menselijk lichaam met behulp van schema's en/of figuren. (5 punten)
#Begrippen: (elk 1,25 punten)
##Peptide: HEL bij pH 7.5
##F-actine
##Fructose-1,6-bisfosfaat
##PRPP

===7 juni 2024===
#Bespreek allosterie en coöperativiteit aan de hand van myoglobine en hemoglobine (5 punten)
#Bespreek de reacties van de gluconeogenese die door niet-glycolytische enzymen gekatalyseerd worden (5 punten)
#Bespreek de synthese en regulatie van purinenucleotiden (5 punten)
#Begrippen: (elk 1,25 punten)
##Peptide: RIP bij pH 8.0
##Transitietoestand
##Tubuline
##Malonyl-CoA

===29 juni 2023===
#Ramachandran plot, waarvoor wordt het gebruikt, hoe komt het tot stand? Wat ken je eruit afleiden?
#Bespreek allosterie en coöperativiteit aan de hand van myoglobine en hemoglobine
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren? Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Berippen:
##VET bij pH 8.0
##Serine protease
##Fructose-2,6-bifosfaat
##Carnitine shuttle

===10 juni 2023===
#Synthese van palmitinezuur
#Mechanisme van serine proteases
#Vergelijk het metabolisme van de lever na een maaltijd en na langdurig vasten aan de hand van een overzichtelijk schema/tekening
#Begrippen:
##DAY bij pH 6,5
##Ribonucleotide reductase
##Kinesine
##Gefaciliteerd transport

===30 augustus 2022===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier bij langdurige (maar aerobe) inspanning.
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
##Peptide: DPQ bij pH = 6
##Transitietoestand
##Serine protease
##Coöperativiteit

===30 juni 2022===
#Bespreek het enzymmechanisme van serine proteasen. Verduidelijk met tekeningen/schema.
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met andere pathways. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Begrippen:
##WIK bij pH = 8
##Glycerolfosfaat-shuttle
##Pyruvaatcarboxylase katalyseert een anaplerotische reactie.
##Grafiek van ATP, ADP en AMP in functie van Energy Charge

===11 juni 2022===
#Bespreek de glucose-homeostase (in het menselijk lichaam). Licht toe aan de hand van de betrokken metabolische pathways.
#Leid de Michaelis-Menten vergelijking af voor een algemene enzymatische reactie. licht toe.
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren. Bespreek algemeen wat er met het C-skelet kan gebeuren.
#Begrippen:
##KEY bij pH=8
##2,3-bisfosfoglyceraat
##Tubuline
##Tekening van Ramachandranplot gegeven

===1 september 2021===
#De vorming van oxaalazijnzuur uit asparaginezuur is een anaplerotische reactie. Verduidelijk en situeer de plaats ervan in het metabolisme.
#Bespreek het belang van de citraat-malaat-pyruvaat-shuttle bij de synthese van vetten uit suikers. Bespreek met een schema.
#Bespreek het belang van waterstofbruggen in de structuur van proteïnen. Verduidelijk met tekeningen.
#Begrippen
##PEK bij pH=8
##Verhouding kcat/Km
##Glycogeenfosforylase
##Serine-proteasen

===19 juni 2021===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. (5 punten)
#Bespreek hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van transport binnenin de cel. (5 punten)
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet? Bespreek met een schema. (5 punten)
#Begrippen (5 punten)
##HER tripeptide bij pH 5
##Carnitine shuttle
##Ribonucleotide reductase
##Verband tussen diabetes en ketonen

===2 juni 2021===
#Leg adhv de transitietoestand uit hoe een enzyme werkt.
#Leg adhv coöperativiteit en allosterie uit hoe de functie van hemoglobine biochemisch wordt bepaald.
#Hoe wordt de glucose homeostase in stand gehouden in het menselijk lichaam en bespreek de biochemische pathways.(H22 slide 26 "Glucose homeostase" is belangrijkste)
#Begrippen
##WIK peptide
##Actine als motorproteïne
##Glutamaat dehydrogenase
##Foto energy charge

===24 juni 2020===
#Ramachandranplot gegeven, leg uit wat we hier uit kunnen afleiden, hoe komt dit tot stand, wat is het belang van deze analyse
#Leg het glucose en vetzuurmetabolisme in de lever uit adhv citraat-malaat-pyruvaat shuttle, gebruik schema's
#Begrippen
##WNL peptide
##ADA
##Energy charge
##Figuur Ken Dill's trechter

===19 juni 2020===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. ''(6 punten)''
#Bespreek de '''volledige''' metabolische afbraak van een TAG : 2x palmitinezuur, 1x linolzuur, 1x glycerol (NIET VERGETEN!!). ''(6 punten)''
#Begrippen ''(2 punten/begrip)''
##Tripeptide PIK bij pH 8
##Actine als motorproteïne
##Gefaciliteerd transport
##Grafiek van ATP homeostase [https://drive.google.com/file/d/1hHmZiE98yXEb8oHjGywEZecAjy4yMmCY/view?usp=sharing]

===12 juni 2020===
#leg uit hoe proteïnen interageren met het membraan. Leg uit met schema en figuren
#wat is het c1 metabolisme en connectie met nucleotide synthese
#begrippen
##RYS peptide
##serine-protease
##fructose-2,6-p
##glucose-alanine cyclus

===8 juni 2020===
#Enzymatische regulatie glycogeenfosforylase + fysiologische context
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Begrippen
##HEK tripeptide
##ribonucleotide reductase
##ES++
##grafiek van energy charge, (ATP homeostase?)

===23 augustus 2019===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraanverankerde proteines
##transaminatie

===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Dynamische Biochemie

2026-06-05T18:52:42Z

R0986077: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

Werd gedoceerd door prof. Johan Robben (met emeritaat in 2023) en werd geleidelijk aan overgenomen door prof. Susana Rocha. Het deel van professor Rocha was Engelstalig. Wanneer ze het vak volledig begon te doceren, heeft ze een deel in het Nederlands en een deel in het Engels gegeven. De leerstof komt uit de cursus ''Biochemistry'' van Reginald H Garrett en Charles M Grisham. Voor het studeren van het examen zijn echter ook de (zeer overzichtelijke) slides en hoorcolleges aan te raden.

==Examenvragen==
===5 Juni 2026 ===
# Meerkeuze (elk 0.5 indien juist, met giscorrectie)
## Vraag over alpha helix (fout aanduiden)
## Een grafiek met 2 curves van hemoglobine waarbij de 2e opgeschoven is naar rechts. Keuze uit verschillende effecten.
## Effecten die gebeuren tijdens vasten, 2 ervan waren juist. (Keuze uit verhoging beta-oxidatie, verhoging concentratie malonyl-CoA, verhoging gluconeogenese, verlaging aanmaak keton bodies.)
## Nog 3 meerkeuzevragen
# Tripeptide REG tekenen bij pH 6,5 (?) (1 pt)
#Termen (elk 1.25)
## Hill coëfficiënt
## Gefacilitieerd transport
## Ribonucleotidereductase
## Competitieve inhibitor
#Grote vragen
## Bespreek serineproteasen (3.5 pt)
## Bespreek glycogeen metabolisme (synthese en afbraak)((ze verwachtte hier eigenlijk ook regulatie!)) (3.5 pt)
## Stel je hebt oleïnezuur (C18:C1 met dubbele binding op C9), bespreek de afbraak hiervan vertrekkend van het cytosol tot componenten voor de citroenzuurcyclus. Welk additionele stap(pen) zijn er nodig ten opzichte van verzadigde vetzuren? (4 pt)

===26 augustus 2025===
#Meerkeuze (0,5 indien juist, -0,167 indien fout)
##Een vraag waarbij je de juiste stelling moet aanduiden
##Welke grafiek past bij oncompetitieve inhibitie
##Iets over de lever waarbij je het foute antwoord moet aanduiden
##Bij welke pathway pyruvaatcarboxylase gebruikt wordt
##Iets over motorproteïnen van het cytoskelet (3 termen juist combineren: actine/microtubili - ATP/GTP - kinesine/myosie/Dyneïne)
##Wie de 2de stikstof doneert bij de ureacyclus (antwoord: aspartaat)
#Peptide RIT bij ph7,5
#Kleine vragen/termen (1,25 elk)
##Collageen
##Transitietoestand
##Transaminatie
##glycogeenfosforylase
#Grote vragen
##Bespreek allosterie en coöperativiteit aan de hand van myoglobine en hemoglobine (3,5)
##Bespreek de synthese en regulatie van purinenucleotiden (4)
##Bespreek de afbraak van even-ketenvetzuren (3,5)
===27 juni 2025===
#Termen
##Malonyl-CoA
##Gefaciliteerd transport
##Fructose-2,6-bifosfaat
##Chylomicron
#Vragen
##Bespreek de concepten coöperativiteit en allosterie, gebruikmakend van myoglobine en hemoglobine.
##Leid de Michaëlis-Mentenvergelijking af voor een standaard enzymatische reactie. Licht toe.
##Bespreek synthese en regulatie van de purinenucleotiden.
===6 juni 2025===
#Meerkeuze: Welke combinatie van aminozuren zou je het meest verwachten in het binneste gedeekte van een globulair proteine (0.5 ptn)
##gln-asn-cys
##arg-his-asp
##ser-thr-tyr
##leu-val-phe
#Meerkeuze: Welke factor verhoogt de zuursofaffiniteit van hemoglobine
##verhoogde 2,3-BPG
##verhoogde H+ concentratie
##verhoogde ph
##verhoogde CO2
#Meerkeuze: Welk van de volgende is geen product van de oxidatieve fase van de pentosefosfaatweg
##ribulose-5-fosfaat
##fructose-6-fosfaat
##6-fosfogluconaat
##CO2
#Meerkeuze: Wat is het belangrijkste verschil tussen very low density lipoproteïnen (VLDL) en chchymomicronen
##VLDL bevat geen apolipoproteinen
##VLDL is afkomstig uit de lever en chymomicronen uit de darm
##chymomicronen bevatten meer cholesterol dan VLDL
##VLDL transporteert triacylglycerollen naar de darm
#Wat beschrijft de functie van de lever in gevoede toestand
##glucose vrijmaken in het bloed
##gebruik van glucose alsprimaire energie bron
##synthese van glycogeen en vetten
##productie van ketonlichamen
#Meerkeuze:Welke van de volgende stellingen is juist
##De hersenen gebruiken bij voorkeur vetzuren in vastentoestand
##spierweefsel kan glucose vrijmaken in het bloed via gluconeogenese
##De lever produceert ketonlichamen uit vetzuren tijdens langdurig vasten
##Glucose wordt via GLUT2 opgenomen in spier- en vetcellen
#Peptide VET bij ph 6.5 (1ptn)
#Kleine vragen (elk 1.25 ptn)
##ramachandranplot
##actine
##gefaciliteerd transport
##carnitine shuttle
#Grote vraag: Bespreek het enzymatisch mechanisme van serineproteasen. (3 ptn)
#Grote vraag: Bespreek het glycogeen metabolisme (synthese, afbraak en regulatie). (4ptn)
#Grote vraag: Bespreek aan de handd van een schema de algemene stikstofflow bij de afbraak vam aminozuren, Wat gebeurt er met het koolstofgedeelte. (4ptn)

===16 augustus 2024===
#Proteïnen kunnen op verschillende wijzen functioneel en biochemisch met membranen geassocieerd zijn. Bespreek en illustreer met behulp van schema’s en/of figuren. (5 punten)
#Bespreek het enzymmechanisme van de serineproteasen. (5 punten)
#Bespreek hoe triacylglycerolen worden verteerd, opgenomen, getransporteerd en gemetaboliseerd door het menselijk lichaam met behulp van schema's en/of figuren. (5 punten)
#Begrippen: (elk 1,25 punten)
##Peptide: HEL bij pH 7.5
##F-actine
##Fructose-1,6-bisfosfaat
##PRPP

===7 juni 2024===
#Bespreek allosterie en coöperativiteit aan de hand van myoglobine en hemoglobine (5 punten)
#Bespreek de reacties van de gluconeogenese die door niet-glycolytische enzymen gekatalyseerd worden (5 punten)
#Bespreek de synthese en regulatie van purinenucleotiden (5 punten)
#Begrippen: (elk 1,25 punten)
##Peptide: RIP bij pH 8.0
##Transitietoestand
##Tubuline
##Malonyl-CoA

===29 juni 2023===
#Ramachandran plot, waarvoor wordt het gebruikt, hoe komt het tot stand? Wat ken je eruit afleiden?
#Bespreek allosterie en coöperativiteit aan de hand van myoglobine en hemoglobine
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren? Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Berippen:
##VET bij pH 8.0
##Serine protease
##Fructose-2,6-bifosfaat
##Carnitine shuttle

===10 juni 2023===
#Synthese van palmitinezuur
#Mechanisme van serine proteases
#Vergelijk het metabolisme van de lever na een maaltijd en na langdurig vasten aan de hand van een overzichtelijk schema/tekening
#Begrippen:
##DAY bij pH 6,5
##Ribonucleotide reductase
##Kinesine
##Gefaciliteerd transport

===30 augustus 2022===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier bij langdurige (maar aerobe) inspanning.
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
##Peptide: DPQ bij pH = 6
##Transitietoestand
##Serine protease
##Coöperativiteit

===30 juni 2022===
#Bespreek het enzymmechanisme van serine proteasen. Verduidelijk met tekeningen/schema.
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met andere pathways. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Begrippen:
##WIK bij pH = 8
##Glycerolfosfaat-shuttle
##Pyruvaatcarboxylase katalyseert een anaplerotische reactie.
##Grafiek van ATP, ADP en AMP in functie van Energy Charge

===11 juni 2022===
#Bespreek de glucose-homeostase (in het menselijk lichaam). Licht toe aan de hand van de betrokken metabolische pathways.
#Leid de Michaelis-Menten vergelijking af voor een algemene enzymatische reactie. licht toe.
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren. Bespreek algemeen wat er met het C-skelet kan gebeuren.
#Begrippen:
##KEY bij pH=8
##2,3-bisfosfoglyceraat
##Tubuline
##Tekening van Ramachandranplot gegeven

===1 september 2021===
#De vorming van oxaalazijnzuur uit asparaginezuur is een anaplerotische reactie. Verduidelijk en situeer de plaats ervan in het metabolisme.
#Bespreek het belang van de citraat-malaat-pyruvaat-shuttle bij de synthese van vetten uit suikers. Bespreek met een schema.
#Bespreek het belang van waterstofbruggen in de structuur van proteïnen. Verduidelijk met tekeningen.
#Begrippen
##PEK bij pH=8
##Verhouding kcat/Km
##Glycogeenfosforylase
##Serine-proteasen

===19 juni 2021===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. (5 punten)
#Bespreek hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van transport binnenin de cel. (5 punten)
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet? Bespreek met een schema. (5 punten)
#Begrippen (5 punten)
##HER tripeptide bij pH 5
##Carnitine shuttle
##Ribonucleotide reductase
##Verband tussen diabetes en ketonen

===2 juni 2021===
#Leg adhv de transitietoestand uit hoe een enzyme werkt.
#Leg adhv coöperativiteit en allosterie uit hoe de functie van hemoglobine biochemisch wordt bepaald.
#Hoe wordt de glucose homeostase in stand gehouden in het menselijk lichaam en bespreek de biochemische pathways.(H22 slide 26 "Glucose homeostase" is belangrijkste)
#Begrippen
##WIK peptide
##Actine als motorproteïne
##Glutamaat dehydrogenase
##Foto energy charge

===24 juni 2020===
#Ramachandranplot gegeven, leg uit wat we hier uit kunnen afleiden, hoe komt dit tot stand, wat is het belang van deze analyse
#Leg het glucose en vetzuurmetabolisme in de lever uit adhv citraat-malaat-pyruvaat shuttle, gebruik schema's
#Begrippen
##WNL peptide
##ADA
##Energy charge
##Figuur Ken Dill's trechter

===19 juni 2020===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. ''(6 punten)''
#Bespreek de '''volledige''' metabolische afbraak van een TAG : 2x palmitinezuur, 1x linolzuur, 1x glycerol (NIET VERGETEN!!). ''(6 punten)''
#Begrippen ''(2 punten/begrip)''
##Tripeptide PIK bij pH 8
##Actine als motorproteïne
##Gefaciliteerd transport
##Grafiek van ATP homeostase [https://drive.google.com/file/d/1hHmZiE98yXEb8oHjGywEZecAjy4yMmCY/view?usp=sharing]

===12 juni 2020===
#leg uit hoe proteïnen interageren met het membraan. Leg uit met schema en figuren
#wat is het c1 metabolisme en connectie met nucleotide synthese
#begrippen
##RYS peptide
##serine-protease
##fructose-2,6-p
##glucose-alanine cyclus

===8 juni 2020===
#Enzymatische regulatie glycogeenfosforylase + fysiologische context
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Begrippen
##HEK tripeptide
##ribonucleotide reductase
##ES++
##grafiek van energy charge, (ATP homeostase?)

===23 augustus 2019===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraanverankerde proteines
##transaminatie

===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Medische Biotechnologie

2026-05-29T07:12:49Z

R0986077: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Nieuw vak vanaf 2024-2025.
Dit vak wordt gegeven door 3 proffen: Chris Van Den Haute (CVH), Rik Gijsbers en Marianne Carlon. Ze gaven 11 lessen + 2 lessen waarin ze alle leerstof toepasten.
Het examen is grotendeels mondeling. De termen leg je alleen schriftelijk uit, maar de open vragen leg je mondeling uit bij de prof die de vraag heeft opgesteld.
We kregen elk 2 volledige examens op 20 punten, 1 van CVH en 1 van Gijsbergs en als je mondeling ging afnemen bij één van de 2 proffen moest je hele examen van die prof al af zijn.

==Examenvragen==
===25 juni 2025===
Chris Van Den Haute: 10 termen
* CreloxP systeem uitleggen
* Verschil miRNA en shRNA
* Afbeelding alfasynnucleotide vs GFAM en mixed -> wat zie je en waarvoor dient het
* Hoe maak je een pseudopregnant vrouwtje
* Conditionele knockdown + 2 voorbeelden van wanneer je het zou gebruiken
* Wat is YAC en waarvoor wordt het gebruikt
* Wat is TK en wanneer zit het in DNA?
* Verschil chimeer en mozaicisme
* Ook een techniek afgebeeld ( DNA- RNA- proteinen) maar die afbeelding zagen we niet dus de vraag werd geschrapt.
* Waarvoor staan NHEJ en HDR
Open vraag (mondeling):
* Stamboom gegeven: 2 ouders (75 en 70) – 3 kinderen, 1 zoon (39) heeft dezelfde puntmutatie als de mama. De moeder heeft symptomen van een aandoening door neuronen die afsterven en de zoon begint hetzelfde te vertonen. Punt mutatie: CAC (His) -> CAA (Gln). We willen dit ziektebeeld nabootsen in een rodent model. We kennen het hele genoom van de personen. De gensequentie van het humane gen is dezelfde bij de rodents. Hoe ga je dit doen? Welke methode gebruik je? Leg uit. Geef voordelen van je werkwijze. Geef nadelen. Zijn er alternatieve manieren?
Rik Gijsbergs: 4 termen
* DeltaF508
* EMA
* Base editor
* Codon optimalisatie
#Leg uit rAAVs -> waarvoor staat het, wat doet het, hoe kan je ze in plasmiden brengen en opzuiveren…
#Er is een nieuwe variant SARSCoV_12K RNA virus opgedoken met een goed spike eiwit, je vraagt je af of je dit virus kan gebruiken als virale vector om CF aan te pakken en meer succesvol tot in de longcellen te komen. Je werkt in een labo en hebt je virale vectoren die je normaal gebruikt ter beschikbaar + al het materiaal dat je zou nodig hebben. Je hebt het nieuwe SARS virus in een neusswab ook ter beschikking. Hoe ga je te werk?

===24 juni 2025===
Chris Van Den Haute
* wat is een zink-vinger nuclease?
* foto van elektroforese bandjes, zeggen wat er gebeurt is en waarom het nuttig is
* wat is cre-lox systeem?
* wat is en doet het Fok1 enzyme?
* foto van groen gekleurd aphasynnucleine, foto van iets rood gekleurd GFAP, en dan die beide samen op een foto, uitleggen wat er is gebeurt en waarom het nuttig is
* verschil uitleggen tussen siRNA en miRNA
* voor wat dient een conditionele knock out, geef twee redenen om het te gebruiken
* wat is een pseudozwanger vrouwtje en hoe maak je die?
* wat is TK en wat doen het in het DNA construct?
* nog iets maar ik weet het niet meer
# Er was een hemizygote punt mutatie in een vrouw, 2 van haar 3 kinderen hadden dezelfde mutatie. Hoe kan je deze aandoening bestuderen in een muis/rat model? => zygoot injectie of ES gen targeting
Rik Gijsbergs
* 2A
* GVDH (niemand wist dit)
* VSV-G
* HEK293T cellen
# Leg uit wat een SIN vector is. Hoe wordt dit gebruikt/ziet het eruit in een plasmide vector, een virale vector en na integratie in de cel? Waarom is SIN belangrijk in therapeutische behandelingen?
# CTNS is een aandoening waar er oftewel een mutatie is van G339R, glycine —> arginine (puntmutatie). Hoe kan je de hypothese testen dat CTNS G339R zorgt voor een inactief gen? Hoe zou je de ziekte behandelen? Werkt je oplossing ook in een rat model waarbij een CTNS KO is gemaakt?

GIP

2026-05-23T10:10:17Z

R0986077: /* 21 mei 2026 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==

Verplicht vak bij biochemie en keuzevak bij chemie. Sinds 2019 telt het examen voor 30% mee.
Het practicum wordt door verschillende assistenten begeleid, maar Dr. Ir. Valerie De Groote is de coordinator.
Het examen is volledig schriftelijk.

==Examenvragen==
===21 mei 2026===
#a) Bespreek de belangrijkste elementen van pGLO (tekening is gegeven. hierop staan AMPr, AraC, pBAD, Ori en GFPuv). b) Bespreek de rol van het ara-operon in de natuur en bij de expressie van GFPuv. c) Hoe weten we dat de transformatie van competente E.coli cellen met dit plasmide gelukt is? d) Oefening zuiverheid DNA: absorbantie bij 260 en 280 nm gegeven (0,507 en 0,277). Bepaal de concentratie van het DNA in dit staal als je weet dat er geen proteine in het mengsel zitten (6 punten)
#Bereken de molariteit van een Borax-buffer met NaOH (pH = pKa'+ 1, I= 0.1M) + Heeft sucrose een invloed op de werking van de buffer onder constante temperatuur? (4 punten)
#Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek de 6 grote stappen over hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme, geen protocol. Dit hoeft geen doorlopende tekst te zijn; je mag dit in puntjes uitwerken. (8 punten)
#Enzymkinetiek - Gegeven: Zonder inhibitor: Km = 2,5 en vmax = 150. Met inhibitor: Km = 7,5 en vmax = 150. a) Welk type inhibitor is dit? b)Leg het moleculaire principe uit waarom de vmax hier onveranderd blijft. c) Bereken de Ki als je weet dat [I] = 2 mM. d) Zal de Ki stijgen als [I] stijgt?
#Tijdens het practicum hebben we een aantal keer SDS gebruikt. Wat is SDS? + Geef 1 experimenten waarbij we dit gebruikte, leg het experiment kort uit, leg de biochemische werking van SDS uit en geef het doel van de proef. (8 punten)
#10 meerkeuzevragen met giscorrectie (-1/4 voor fout, +1 voor juist, 0 voor blanco)(10 punten)
#*Proteïne in pH 8.0, welke buffer kies je? -> Tris
#*Welke uitspraak klopt niet voor een michaelis menten grafiek?
#*Welk tetrapeptide is het meest negatief bij ph=7 adhv drielettercode? -> Antwoord = Asp-Glu-Gln-Glu
#*Wat gaat er wijzigen bij een Lineweaver Burke grafiek indien een non-competitieve inhibitor toegevoegd wordt? -> Snijpunt met de y-as en de curve van de grafiek
#*Waarvoor dient BSA bij PCR? --> stabiliserende werking op de enzymen
#*Met welke methode kan je concentratie van eiwit NIET bepalen? Opties waren: Western blot, Biureet, Bradford en absorbantiemetingen
#*Door welk component krijg je bij 'sequencing' geen amplificiëring van het DNA, terwijl je dit bij PCR wel hebt? -> ddNTPs
#*Nog een

===22 mei 2024===
#Bespreek de belangrijkste elementen van pGLO (tekening is gegeven) + hoe weten we dat de transformatie van competente E.coli cellen met dit plasmide gelukt is? + bespreek de rol van het ara operon in de expressie van GFPuv + oefening zuiverheid DNA: absorbantie bij 260 en 280 nm gegeven en DNA/RNA bepalen en concentratie nucleïnezuren (er zijn geen proteïnen in het mengsel aanwezig) (6 punten)
#Borax-buffer met HCl berekenen (pH=pKa'-1, I=0.1M) + Heeft sucrose een invloed op de werking van de buffer? (4 punten)
#Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme. (8 punten)
#Tekening van plasmidegel gegeven, zonder benamingen bij, vul aan op de stippellijntjes (welke laan is getransformeerd, welk bandje is wat (supercoiled, circulair, lineair plasmide, smear zone), welk is de positieve en de negatieve pool,...) (4 punten)
#Tijdens het practicum hebben we een aantal keer SDS gebruikt. Wat is SDS? + Geef 2 experimenten waarbij we dit gebruikte, leg de experimenten kort uit, leg de biochemische werking van SDS uit en geef het doel van de proef. (8 punten)
#10 meerkeuzevragen met giscorrectie (-1/4 voor fout, +1 voor juist, 0 voor blanco)(10 punten)
#*Primers (welke is wel een eigenschap)
#*Met welk alcohol DNA neerslaan --> isopropanol
#*Welke component van STET zorgt voor dodelijke water onttrekking?
#*Proteïne in pH 8.0, welke buffer kies je?
#*Welke uitspraak klopt niet voor een michaelis menten grafiek?
#*Welk tetrapeptide is het meest negatief bij ph=7 adhv drielettercode?
#*Wat gaat er wijzigen bij een Lineweaver Burke grafiek indien een non-competitieve inhibitor toegevoegd wordt?
#*Waarvoor dient BSA bij PCR? --> stabiliserende werking op restrictie-enzyme
#*Met welke methode kan je concentratie van eiwit NIET bepalen?
#*Door welk component krijg je bij 'sequencing' geen amplificiëring van het DNA, terwijl je dit bij PCR wel hebt? -> ddNTPs

===24 mei 2023===
#Bespreek de belangrijkste kenmerken van het pUC19 plasmide (tekening plasmide gegeven) + hoe weten we dat de transformatie van competente E.coli cellen met dit plasmide gelukt is? + wat verstaan we onder blauw/wit selectie bij klonering in het plasmide? (5 punten)
#Buffer berekenen (Tris-HCl met pH 8.5.) + invloed van temperatuur beschrijven (4 punten)
#Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme. (9 punten)
#Doorheen het semester hebben we vaak gebruik gemaakt van detergenten. Bespreek de drie gebruikte detergenten door een experiment waarvoor we het gebruikte kort uit te leggen, het doel van het detergent en de werking te beschrijven. (6 punten)
#Enzymkinetiek: verschil in absorbantie over 5 minuten gegeven, extinctiecoëfficiënt gegeven, Mr enzyme gegeven, bepaal specifieke enzyme activiteit en Kcat (dus zoals bij trypsine, maar dan zonder tussenstappen) (5 punten)
#Meerkeuze was gelijkaardig aan vorige jaren. (6 punten)(Niet meer zeker van de puntenverdeling)

===25 mei 2022===
#bespreek de belangrijkste kenmerken van het pGLO plasmide (tekening van plasmide wordt gegeven + ook afbeelding van de werking van het ara operon) + Hoe weten we dat de transformatie van competente E. coli cellen met dit plasmide gelukt is? + bespreek de rol van het ara operon in de expressie van GFPuv + oefening zuiverheid DNA: absorbantie bij 260 en 280 nm gegeven en DNA/RNA bepalen en concentratie nucleïnezuren (er zijn geen proteïnen in het mengsel aanwezig)
#Wat is de molariteit van borax en HCl bij een boraxbuffer met pH=pKa-1 en I=0.1M? + Gaat de pH van deze borax buffer wijzigen bij toevoegen van KSCN onder constante temperatuur?
#Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme.
#Tekening van plasmidegel gegeven, zonder benamingen bij, vul aan op de stippellijntjes (welke laan is getransformeerd, welk bandje is wat (supercoiled, circulair, lineair plasmide, smear zone), welk is de positieve en de negatieve pool,...)
#3 proeven waarbij SDS gebruikt is: wat is SDS + geef kleine beschrijving van de proef en de rol van SDS hierin.
#meerkeuze met giscorrectie (-1/4 voor fout, +1 voor juist, 0 voor blanco)
#*Primers (welke is geen goede eigenschap)
#*met welk alcohol DNA neerslaan --> isopropanol
#*welke component van STET zorgt voor dodelijke water onttrekking?
#*proteine in pH 5.5, welke buffer kies je?
#*welke uitspraak klopt niet voor een michaelis menten grafiek?
#*welk tetrapeptide is het meest negatief bij ph=7 adhv drielettercode
#*wat gaat er wijzigen bij een Lineweaver Burke grafiek indien een competitieve inhibitor toegevoegd wordt?
#*waarvoor dient BSA bij PCR? --> stabiliserende werking op restrictie-enzyme
#*welk enzyme wordt gebruikt bij een standaard PCR reactie

===19 mei 2021===
#Geef de belangrijkste kenmerken van het pUC19 plasmide (adhv tekening) + hoe weten we dat de transformatie van competente E.coli cellen met dit plasmide gelukt is? + wat verstaan we onder blauw/wit selectie bij klonering in het plasmide + oefening: absorbantiedata gegeven, bepaal DNA/RNA verhouding en concentratie nucleïnezuren (ga uit dat er geen proteïnen in het mengsel aanwezig zijn)
#Buffer berekenen (Tris-HCl met pH 8.5.) + invloed van verdunning en temperatuur beschrijven
#Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme en het doel.
#Er is een SDS PAGE van eiwit x (300kDa) met enkel SDS uitgevoerd. Hierbij zagen we 3 bandjes (160kDa, 100 kDa en 40 kDa). Daarna is er met hetzelfde eiwit x SDS PAGE uitgevoerd met SDS en DTT. Hierbij zagen we ook 3 bandjes (100 kDa, 80 kDa, 40 kDa). Verklaar wat er gebeurt is en uit hoeveel subeenheden eiwit x bestaat.
#3 methoden om proteïnen te laten neerslaan + de zachtste methode van de 3 aanduiden
#Multiple choice

===22 mei 2019===
#Geef de belangrijkste kenmerken van het pUC19 plasmide (adhv tekening) + hoe weten we dat de transformatie van competente E.coli cellen met dit plasmide gelukt is? + wat verstaan we onder blauw/wit selectie bij klonering in het plasmide + oefening: absorbantiedata gegeven, bepaal DNA/RNA verhouding en concentratie nucleïnezuren (ga uit dat er geen proteïnen in het mengsel aanwezig zijn)
#Buffer berekenen (Tris-HCl met pH 8.5.) + invloed van verdunning en temperatuur beschrijven
#Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme.
#Enzymkinetiek: verschil in absorbantie over 5 minuten gegeven, extinctiecoëfficiënt gegeven, Mr enzyme gegeven, bepaal specifieke enzyme activiteit en Kcat (dus zoals bij trypsine, maar dan zonder tussenstappen)
#Er is een SDS PAGE van eiwit x met enkel SDS uitgevoerd. Hierbij zagen we 3 bandjes (160kDa, 100 kDa en 40 kDa). Daarna is er met hetzelfde eiwit x SDS PAGE uitgevoerd met SDS en DTT. Hierbij zagen we ook 3 bandjes (100 kDa, 80 kDa, 40 kDa). Verklaar wat er gebeurt is en uit hoeveel subeenheden eiwit x bestaat
#3 methoden om proteïnen te laten neerslaan + de zachtste methode van de 3 aanduiden
#Multiple choice
#*proteine in pH 5.5, welke buffer kies je
#*Primers (welke is geen goede eigenschap)
#*Restrictie-enzymen (welk fragment wordt het best herkend)
#*met welk alcohol DNA neerslaan
#*STET (water onttrekking)
#*wat gaat er wijzigen bij een Lineweaver Burke grafiek indien een competitieve inhibitor toegevoegd wordt?
#*welke uitspraak klopt niet voor een michaelis menten grafiek?
#*welk proteine is het meest negatief bij ph=7 adhv drielettercode

===23 mei 2018===
#Geef de belangrijkste kenmerken van het pGLO plasmide (adhv tekening) + hoe weten we dat de transformatie van competente E.coli cellen met dit plasmide gelukt is? + bespreek de rol van het ara operon bij de expressie van GFPuv + oefening: absorbantiedata gegeven, bepaal DNA/RNA verhouding en concentratie nucleïnezuren (ga uit dat er geen proteïnen in het mengsel aanwezig zijn)
#Wat is de molariteit van borax en HCl bij een boraxbuffer met pH=pKa-1 en I=0.1M? + Gaat de pH van deze borax buffer wijzigen bij toevoegen van KSCN onder constante temperatuur?
#Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme.
#Tekening van plasmidegel gegeven, zonder benamingen bij, vul aan op de stippellijntjes (welke laan is getransformeerd, welk bandje is wat, welk is de positieve en de negatieve pool,...)
#Enzymkinetiek: grafiek gegeven + hele hoop data, bepaal specifieke enzyme activiteit en Kcat (dus zoals bij trypsine, maar dan zonder tussenstappen)
#Meerkeuze met giscorrectie
#*waarvoor dient BSA bij bepaalde proef
#*welk alcohol wordt gebruikt bij de precipitatie van DNA
#*welk enzyme wordt gebruikt bij een standaard PCR reactie
#*welk 4bp stukje gaat het meest waarschijnlijke een herkenningsplek zijn voor restrictie-enzymes
#*wat is géén goede eigenschap voor een primer
#*geef het meest negatieve tetrapeptide (adhv drielettercode aminozuren)
#*wat gaat er wijzigen bij een Lineweaver Burke grafiek indien een competitieve inhibitor toegevoegd wordt?
#*welke uitspraak klopt niet voor een michaelis menten grafiek?
#*welk component van de STET buffer zorgt voor dodelijke wateropname bij bacteriën?
#*proteïne is stabiel bij pH 5.5, welk bufferkoppel kies je?

===24 mei 2017===
#Bespreek het pUC19 plasmide (blue-white screening) + oefening met DNA/RNA verhouding
#Tris-HCl buffer berekenen, invloed temperatuur en verdunning
#Opzuivering GFPuv vertrekkende van bacterieel cellysaat
#Oefening enzymekinetiek: berekenen van specifieke enzyme activiteit en molaire activiteit
#Er is een SDS PAGE van eiwit x met enkel SDS uitgevoerd. Hierbij zagen we 3 bandjes (160kDa, 100 kDa en 40 kDa). Daarna is er met hetzelfde eiwit x SDS PAGE uitgevoerd met SDS en DTT. Hierbij zagen we ook 3 bandjes (100 kDa, 80 kDa, 40 kDa). Verklaar wat er gebeurt is en uit hoeveel subeenheden eiwit x bestaat
#3 methoden om proteïnen te laten neerslaan + de zachtste methode van de 3 aanduiden
#Multiple choice
#*hoe DNA neerslaan
#*waarvoor dient BSA
#*proteine in pH 5.5, welke buffer kies je
#*iets over Michaelis-Menten
#*iets over Lineweaver-burk
#*STET (water onttrekking)
#*Primers (welke is geen goede eigenschap)
#*Restrictie-enzymen (welk fragment wordt het best herkend)
#*welk proteine is het meest negatief bij ph=7

===18 mei 2016===
#Bespreek het pGLO plasmide (tekening gegeven), identificatie van transformanten
#Opzuiveren van GFP vertrekkende van bacterieel cellysaat
#Maak een buffer met borax, HCl en NaOH met I=0,1M en pH = Pka'-1. Invloed KSCN
#Absorbantie bij 260 en 280 van nucleotidenmengsel gegeven, DNA/RNA-verhouding berekenen, concentraties berekenen
#oef met zeer veel gegevens om de specifieke activiteit en de moleculaire activiteit te berekenen.
#Er is een SDS PAGE van eiwit x met enkel SDS uitgevoerd. Hierbij zagen we 3 bandjes (160kDa, 100 kDa en 40 kDa). Daarna is er met hetzelfde eiwit x SDS PAGE uitgevoerd met SDS en DTT. Hierbij zagen we ook 3 bandjes (100 kDa, 80 kDa, 40 kDa). Verklaar wat er gebeurt is en uit hoeveel subeenheden eiwit x bestaat.
#3 proeven waarbij SDS gebruikt is
#Multiple choice, thema's:
#*STET (welk component zorgt voor water onttrekking)
#*Restrictie-enzymen ( welk fragment wordt het makkelijkst herkend)
#*Primers ( eigenschappen goede primers)
#*Welk proteÃ¯ne is het meest negatief bij pH 7
#*LB grafiek en MM
#*Welk alcohol werkt gebruikt voor DNA precipatie?
#*...

===21 mei 2015===
#Geef de functie van SDS in drie verschillende proeven waarin het gebruikt werd
#bespreek het pGLO-plasmide (tekening gegeven), identificatie van transformanten
#Opzuivering van GFP: welke stappen zijn er gebeurd en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme.
#Molaire en specifieke activiteit van een proteine berekenen obv absorbantiedata, analoog aan de oefening met trypsine maar je krijgt dus geen tussenstapjes
#Absorbantie bij 260 en 280 van nucleotidenmengsel gegeven, DNA/RNA-verhouding berekenen, concentraties berekenen
#Borax-HCl-buffer berekenen, invloed van KSCN
#Bandjes op een plasmidegel benoemen
#Een aantal multiple choice vraagjes met giscorrectie: thema's:
#*aminozuren (lading obv drielettercode)
#*MM-kinetica
#*STET-buffer
#*...

=== 18 mei 2009 ===
# SDS-PAGE
#* Bespreek de staalbuffer
#* Waarvoor dient het stacking gel
#* Vergelijk deze methode met die van gelchromatografie. Voor- en nadelen (beperkingen)
# Geef de procedure voor het afzonderen van een plasmide (Rapid boiling method)
# Berekening Tris/HCl buffer + invloed van verdunning bespreken.
# Thioldosage: bereken aan de hand van een hoop gegevens het aantal thiolgroepen
# Gegeven het tripeptide ADY en een stukje esDNA: geef het verband
# PCR: efficiÃ«ntie berekenen.
# Bereken uit de verhouding van de absorbantie bij 260 en 280 nm de zuiverheid van een nucleÃ¯nezuuroplossing + concentratie berekenen
# Mondeling:
#* Zonale centrifugatie + waarom is er een densiteitsgradiÃ«nt nodig
#* Benedictreagens + zetmeel reducerend?
#* Ampicilline + Tetracycline
#* BAPA + hoe activiteit bepalen

=== 17 mei 2010 ===
# SDS-PAGE
#* Bespreek de staalbuffer
#* Waarvoor dient het stacking gel
#* Vergelijk deze methode met die van gelchromatografie. Voor- en nadelen (beperkingen)
# Geef de procedure voor het afzonderen van een plasmide (Rapid boiling method)
# Berekening Tris/HCl buffer + invloed van verdunning bespreken.
# Thioldosage: bereken aan de hand van een hoop gegevens het aantal thiolgroepen
# Gegeven het tripeptide ADY en een stukje esDNA: geef het verband
# PCR: efficiÃ«ntie berekenen.
# Bereken uit de verhouding van de absorbantie bij 260 en 280 nm de zuiverheid van een nucleÃ¯nezuuroplossing + concentratie berekenen
# Bereken welke massa van het gelyofiliseerd betalactoglobuline je moet afwegen om een bepaalde concentratie te bekomen
# Mondeling:
#* Zonale centrifugatie + waarom is er een densiteitsgradiÃ«nt nodig
#* Benedictreagens + zetmeel reducerend?
#* Ampicilline + Tetracycline
#* BAPA + hoe activiteit bepalen

=== 20 mei 2010 ===
# Bespreek N-terminale AZ sequencing volgens DABITC/PITC-Methode
#*leg daarbij uit: Voordeel DABITC, Waarom koppeling bij pH 9, waarom dubbele koppeling, waarom doorbraak in watervrij midden en teken DABTH-threonine (zowel gehydrateerde als gedehydrateerde vorm)
# Bespreek het Sanger procede (alle stappen) en vergelijk met Maxam-Gilbert procede voor de DNA sequencing van wt/ob muizen
# Berekening Borax/NaOH buffer. Bereken de molariteit aan Borax en NaOH als PH=pKa'+1 en I = 0.1M
# Bepaling activiteit Trypsine. Gegevens: 2.85 mL buffer, 25ÂµL BAPA (100 Âµmol/mL), 50 ÂµL Trypsine (o.335 g/L). A(405nm) stijgt 0.300 over 5 min. ExtinctiecoÃ«fficient bij 450 nm = 9620/M.cm. Mr = 23400
#*Bereken de Specifieke en de Moleculaire enzymactiviteit
#*Welke orde heeft de hydrolysereactie tov de BAPA concentratie? Waarom?
#*Schrijf de hydrolysereactie van BAPA
# PCR: Uit 0.5 mg plasmide (5162bp) haalt men na 25 cycli 30.5 Âµg DNA (800bp). Bereken de efficiÃ«ntie.
# Bereken het partieel specifiek volume van een eiwit met volgende gegevens:
#* d(20Â°C)= 1.00239 1.00456 1.00677 1.00899
#* Bij (respectievelijke) concentraties (mg/mL): 0 10 20 30
#Eiwitbereiding
#*Hoe kan men beta-lactoglobuline afzonderen uit koemelk? Bespreek.
#*Hoeveel moet je afwegen van een gelyofiliseerd beta-lactoglobulinepreparaat met 18% water om 5 mL oplossing te bereiden met een uiteindelijke concentratie van 0.25mM aan beta-lactoglobuline?
# NucleÃ¯nezuur oplossing: A(260nm) = 0.512 en A(280nm) = 0.277
#*Bepaal de zuiverheid van het DNA. (verhouding DNA/RNA), veronderstel dat het staal proteÃ¯nevrij is.
#*Schat uit de absorbantiewaarde bij 260 nm de totale concentratie aan nucleÃ¯nezuren in Âµg/mL (let op: geen extinctie of absorbantiecoÃ«fficiÃ«nt gegeven)
# Mondeling gedeelte:
#* Stel je hebt weinig eiwit en je wil eiwitconcentratie bepalen. Welke methode gebruik je ? (Biureet/Bradford/UV-spect.) + Bespreek (reagens, ...)
#* Benedictreagens + zetmeel reducerend?
#* Ampicilline + Tetracycline
#* Kd en Kav: bespreek
#* HPLC: Waarom en hoe ontgassen ?</text>

Bioinformatica en Structurele Biologie

2026-05-18T21:36:07Z

R0986077: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie.
Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.

Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.

Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze met giscorrectie. Sinds 2023-2024 is het zonder giscorrectie en zijn er maar twee evaluatiemomenten: een oefeningenexamen op 50% (incl. PyMol) en het theoretisch examen op 50% (waar wel nog NW en MP gevraagd wordt). Er zitten een paar instinkers tussen de vragen (geeft de prof ook zelf toe) en het zit hem vaak in 1 woord waarom de stelling juist/fout is, dus lees de vraag goed en volledig!

==Examenvragen==
===18 mei 2026 (oefeningen)===
Deel 1 (zonder PyMOL) - Reeks 1
#Menselijk vitamine D3 receptor proteïne/gen (Ensembl, UniProt, locatie in genoom)
#Restrictiesites van een sequentie, moleculair gewicht, exctinctiecoëfficiënt, enzyme cleavage
#DNA sequentie: welke proteïne + organisme (BLAST)? Hoeveel paralogen?
#Van welke clade komt deze proteïne (phylogenetische boom)?
#In hoeveel proteïnen komt dit ligand voor (OHT) en wat is de PDB ID van de proteïne met dit ligand met de hoogste resolutie?
Deel 2 (PyMOL) - Reeks 1
#Aminozuren herkennen + D of L
#Aantal ketens in een quaternaire structuur en de afstand in een tertiare structuur (1 keten dus) van N-terminaal Calpha tot C-terminaal Calpha
#Alignering (RMSD-waarde) + verklaring voor dit verschil in één regel
#Liganden gebonden aan een Zn-atoom aanduiden + hoek berekenen + geometrie van Zn-atoom met twee liganden
#Type interacties met ligand, residuen kunnen aanduiden

===13 juni 2025===
50 meerkeuzevragen, gelijkaardig aan vorige jaren
#6 vragen over de gastlessen (op voorhand gegeven): telkens vier stellingen en "welke is juist/fout"
#Vragen over Smith-Waterman en Needleman-Wunsch (antwoord: er zijn meer oplossingen mogelijk bij de alignment)
#NW oplossen met een BLOSUM 50 matrix (zoals in zijn voorbeeldvragen van de eerste les)
#Wat is correct over homologie (antwoord: ze zijn evolutionair related)
#dot-matrix (zeggen wat je zag: DNA of proteïne, zijn het dezelfde of een verschillende sequenties)
#De waardes in een PAM zijn altijd negatief/altijd positief/altijd positief op de diagonaal/nog iets
#Contact map: zijn het alpha helices/beta platen, parallel of antiparallel
#Welke techniek/algoritme niet nodig voor homology modelling?
#Alphafold (antwoord: alphafold bevat geen co-factoren en liganden)
#Peptideketen gegeven, lettercode kiezen
#Lettercode gegeven, peptide kiezen
#Je hebt een kleine set sequenties en je wilt de evolutionaire verwantschap zijn, welke algoritme gebruik je (UPGMA, NJ, MP, ML)
#PDB file: wat staat er in welke kolom (links staat 'ATOM' en men vroeg de z-coordinaat en de bezettingsgraad)
#Anfinsen dogma en levinthal paradox wat is correct
#chou-pasman algoritme en gor algoritme
#kunnen glycine en proline eender waar in de ramachandramn plot voorkomen (nee)
#duidt de psi en phi hoeken aan in de peptidebinding
#wat is correct over specialisatie van genen
#iets dat neerkwam op het feit dat orthologen homologen zijn afkomstig uit de zelfde soort oorspronkelijk
#moleculaire klok: wanneer de leefomgeving snel verandert hoe snel zullen mutaties dan optreden
#wat is juist over accepted mutations
#wat is juist over de parameter lambda bij de pam matrix
#welke matrix gebruik je voor de pairwise alignment van voor twee sterk geconserveerde sequenties (BLOSUM250 (bestaat niet), BLOSUM50, PAM250 of PAM50 (de juiste))
#je hebt genoom van een nieuw organisme en je wilt weten welke proteinen dit codeert, welke versie BLAST gebruik je
#zal een grotere databank maken dat je E waarde hoger of lager ligt voor een hit met BLAST
#om een zeer ver geëvolueerd homoloog te zoeken, welke blast gebruik ik (psi, phi, delta of mega)
#iets over neighbour joining methode, hoe werkt het
#wat betekent een hoge Shannon entropy
#vergelijking tussen exacte MSA en progressieve MSA
#wat kan je voorspellen uit co-evolutie, zoiets in die aard
#wat soort filogenetische boom is dit (cladogram, fylogram of ultrametrisch)
#na de tree evaluatie met jackknifing en bootstrapping staat er een getal voor elke clade, welke clades zijn betrouwbaar
#over de GMEC bij een PES: het kwam erop neer dat een GMEC een globaal energieminimum is
#H-brug term bij forcefield: het kwam erop neer dat je deze kan schrijven ahv VDW en coulomb parameters
#kan je de force field van een proteine gebruiken voor een kleine molecule en vice versa ja of nee
#cryoEM
#je had een groot proteinen verbonden door ongestructureerde loops of zoiets: gebruik je NMR, cryoEM of xray om de structuur te bepalen
#het moleculair oppervlak bestaat uit welke oppervlakken (zoiets in die aard: Contact surface, Reentrant surface, solventprobe en solvent accessible surface moet je kennen basically)
#en nog andere vragen

===14 juni 2024===
Volledig meerkeuze (50 vragen), letterlijke verwoording kan niet kloppen en lees telkens zorgvuldig de vraag en de opties, want het zit meestal in één woord waardoor iets fout is.
#Zelfde vragen als vorig jaar samen met deze
#AlphaFold
#*is hetzelfde als co-evolutie gebaseerde structuurvoorspelling
#*bevat geen prothetische groepen of co-factoren
#Peptideketen gegeven. Welke hoeken zijn psi en phi?
#Contactmap gegeven. Is dit een proteïne met:
#*alfa-helices
#*bèta-platen
#*beide
#Wat is correct over homologie?
#Welke techniek/algoritme heb je niet nodig voor Homology Modeling?
#De waardes in een PAM zijn:
#*altijd positief
#*altijd negatief
#*altijd positief op de diagonaal
#Je hebt een kleine dataset van genen waarvan de buitenste regio’s niet geconserveerd zijn. Je wilt de evolutionaire verwantschap bepalen. Welk algoritme gebruik je?
#*UPGMA
#*Maximum likelihood kan gebruikt worden aangezien het een kleine dataset is
#*NJ
#*Maximum likelihood nadat je de buitenste regio’s verwijderd hebt
#Vier DNA-sequenties gegeven. Bepaal adhv MP welke boom het meest correct. (Exact zoals in de oefenzitting van Mod. 14, waren zelfs dezelfde sequenties en bomen denk ik)
#Wat is niet correct over Chou-Fasman?
#*Het is gebaseerd op het voorkomen van bepaalde aminozuren in secundaire sequenties
#*Het was het eerste algoritme voor secundaire structuurvoorspelling
#*Het werd later vervangen door het GOR-algoritme dat wel rekening houdt met bijdragen van de omliggende AZ
#Nog vragen over BLAST, CLUSTAL, MSA, orthologen/paralogen … (niet over wetenschappers, jaartallen, geschiedenis … of soort helices, bèta-turns, L of D aminozuren …)

===16 juni 2023===
Volledig meerkeuze (50 vragen):
#6 vragen over gastlessen die op voorhand gegeven waren
#Welk aminozuur is deze sequentie? (structuur kiezen)
#Welke sequentie is dit aminozuur? (structuur gegeven)
#Vraag over Smith-Waterman
#Vraag over Needleman-Wunsch
#Foto gegeven, is het een DOT-plot van:
#*verschillende DNA sequenties
#*identieke DNA sequenties
#*verschillende proteïne sequenties
#*identieke proteïne sequenties
#Welke gebruik je als je een geconserveerde sequentie hebt
#*PAM50
#*PAM250
#*BLOSUM50
#*BLOSUM250
#PDB file gegeven, wat staat er in kolom ...
#De temperatuurfactor beschrijft...
#Met welk experiment is dit PDB file bekomen
#Iets over force fields
#Iets over contactoppervlakken van moleculen (SAS, RES, “stick”-configuratie, moleculaire binding ...)
#Needleman-Wunsch aanvullen, welk getal staat rechtsonder
#Needleman-Wunch, wat is de juiste alignment (meerdere waren mogelijk)
#Welk soort boom is dit
#*Phylogram
#*Cladogram
#*Ultrametrische boom
#*Ridiculogram
#Met welk algoritme is bovenstaande boom gemaakt?
#*NJ
#*UPGMA
#*ML
#*MP
#Wat is correct over bovenstaande boom
#*De Y-as bevat geen informatie
#*De X-as geeft de evolutionaire afstand weer
#*Deze clade is betrouwbaar, maar deze niet
#Iets over cryoEM microscopy
#Je hebt een nieuw genoom ontdekt en je wilt weten welke proteïnen het bevat. Welke soort BLAST gebruik je?
#Nog veel meer, heel vaak 'welke stelling is correct/fout?' met ook een optie om aan te duiden dat ze allemaal correct/fout zijn

===22 Augustus 2022 (schriftelijk) ===
Theorie:
#Meerkeuze
#*Chou-Fasmann
#*Clustal
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#*Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#*Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#*...
#Verschil SW- & NW-algoritme?
#Rom. & Rotamer plots uitleggen met VWY-tripeptide
#Juist of fout
#*Bij een 3D voorstelling van een moleculaire interactie, gebruik je moleculair oppervlak dat complementair is aan de sticks voorstelling.
#*Gebruik TBlastX voor checken van proteïne in een niet-coderend genoom van een ander molecule.
#*NW-algoritme is beter dan SW-algoritme voor het vergelijken van multi-domein eiwitten met maar 1 verwant domein.
#Hoe fix je een root of een tree? Kan dit automatisch?

===27 juni 2022 (schriftelijk)===
Theorie:
#Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)
#* Chou-Fasmann
#* Clustal
#* Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#* ...
#Juist of fout? Verklaar (9pt)
#* PDB bevat alleen kristalstructuur.
#* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.
#* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...
# PDB file gegeven: (6 pt)
#* Wat stelt elke kolom voor?
#* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.
#* Teken het tripeptide.
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)
# Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?

===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===
#Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)
#*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?
#*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen
#*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is
#*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?
#*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen
#*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne
#*Aanduiden welke stelling over blast fout is
#Juist/fout (9 punten)
#*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.
#*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.
#*Een PDB-file bevat geen H-atomen
#Korte open vragen
#*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)
#*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)
#*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)

===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen
#Exact hetzelfde als 8 juni 2020
===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===
#Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)
#Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)
#Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)
#Juist en fout: (9 ptn)
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)

===19 juni 2019 NM===
#PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken & hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)
#trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma & levinthal paradox (5 ptn)
#Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)
#juist fout vragen: (9 ptn)
#* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity
#* Slechts één oplossing voor NW en SW
#* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig
#Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)
#oefeningen:
#* Geef kleinste chromosoom
#* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is
#* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter
#* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is

===11 juni 2019 NM ===
# PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken & hoe te construeren
# Trekvraag: Anfinsen dogma & Levinthal paradox (5pt)
# Schrifteijke vraag (6pt)
#*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten
#*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 & chi2)
#*C: waarvoor gebruiken we phi & psi?
# Juist/fout (9pt)
#* UPGMA & NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Vergeten
# Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)

===11 juni 2019 VM ===
# Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)
#* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
# Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)
# Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.
# Juist/fout (8pt)
#* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.
#* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.
# Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)

=== 26 juni 2018 NM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)

=== 19 juni 2018 VM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)
# Oefeningen USB stick 12
#* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor
#* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen
#* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH>2).
#* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd.
#* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?

=== 18 juni 2018 NM ===
# Leg PAM uit
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes
# (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.
# Juist of fout
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit
#* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).
#* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.
#* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?

=== 18 juni 2018 VM ===
#Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):
#* Leg het algoritme uit.
#* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?
#* Bijvragen: "waarom doe je dit" bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: "waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?"
# (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)
# Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)
#* Tekening van dot-plot
#* Tekening van contact map
# Juist of fout (9 pt)
#* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix
#* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ
#* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)
# Oefeningen (USB-stick 4):
#* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest
#* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?
#* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH > 2), caspase1
#* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)
#* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.

=== 11 Juni 2018 ===
# Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:
#* Waarom introduceren we m+1 en n+1?
#* Wat is de score van het geheel?
#* Waarom is dit een dynamisch process?
#* Is de score bij meerdere paden dezelfde?
# (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule.
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.
# Waar of onwaar?
#* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken.
#* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.
#* (vergeten)
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.

=== 28 Juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout:
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Bioinformatica en Structurele Biologie

2026-05-18T21:34:10Z

R0986077: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie.
Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.

Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.

Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze met giscorrectie. Sinds 2023-2024 is het zonder giscorrectie en zijn er maar twee evaluatiemomenten: een oefeningenexamen op 50% (incl. PyMol) en het theoretisch examen op 50% (waar wel nog NW en MP gevraagd wordt). Er zitten een paar instinkers tussen de vragen (geeft de prof ook zelf toe) en het zit hem vaak in 1 woord waarom de stelling juist/fout is, dus lees de vraag goed en volledig!

==Examenvragen==
===18 mei 2026 (oefeningen)===
Deel 1 (zonder PyMOL) - Reeks 1
#Menselijk vitamine D3 receptor proteïne/gen (Ensembl, UniProt, locatie in genoom)
#Restrictiesites van een sequentie, moleculair gewicht, exctinctiecoëfficiënt, enzyme cleavage
#DNA sequentie: welke proteïne + organisme(BLAST)? Hoeveel paralogen?
#Van welke clade komt deze proteïne (phylogenetische boom)?
#In hoeveel proteïnen komt dit ligand voor (OHT), en wat is de PDB ID van proteïne met dit ligand met de hoogste resolutie?
Deel 2 (PyMOL) - Reeks 1
#Aminozuren herkennen + D of L
#Aantal ketens in een quaternaire structuur en de afstand in een tertiare structuur (1 keten dus) van N-terminaal Calpha tot C-terminaal Calpha
#Alignering (RMSD-waarde) + verklaring voor verschil in één regel
#Liganden gebonden aan een Zn-atoom aanduiden + hoek berekenen + geometrie van Zn-atoom met twee liganden
#Type interacties met ligand, residuen kunnen aanduiden

===13 juni 2025===
50 meerkeuzevragen, gelijkaardig aan vorige jaren
#6 vragen over de gastlessen (op voorhand gegeven): telkens vier stellingen en "welke is juist/fout"
#Vragen over Smith-Waterman en Needleman-Wunsch (antwoord: er zijn meer oplossingen mogelijk bij de alignment)
#NW oplossen met een BLOSUM 50 matrix (zoals in zijn voorbeeldvragen van de eerste les)
#Wat is correct over homologie (antwoord: ze zijn evolutionair related)
#dot-matrix (zeggen wat je zag: DNA of proteïne, zijn het dezelfde of een verschillende sequenties)
#De waardes in een PAM zijn altijd negatief/altijd positief/altijd positief op de diagonaal/nog iets
#Contact map: zijn het alpha helices/beta platen, parallel of antiparallel
#Welke techniek/algoritme niet nodig voor homology modelling?
#Alphafold (antwoord: alphafold bevat geen co-factoren en liganden)
#Peptideketen gegeven, lettercode kiezen
#Lettercode gegeven, peptide kiezen
#Je hebt een kleine set sequenties en je wilt de evolutionaire verwantschap zijn, welke algoritme gebruik je (UPGMA, NJ, MP, ML)
#PDB file: wat staat er in welke kolom (links staat 'ATOM' en men vroeg de z-coordinaat en de bezettingsgraad)
#Anfinsen dogma en levinthal paradox wat is correct
#chou-pasman algoritme en gor algoritme
#kunnen glycine en proline eender waar in de ramachandramn plot voorkomen (nee)
#duidt de psi en phi hoeken aan in de peptidebinding
#wat is correct over specialisatie van genen
#iets dat neerkwam op het feit dat orthologen homologen zijn afkomstig uit de zelfde soort oorspronkelijk
#moleculaire klok: wanneer de leefomgeving snel verandert hoe snel zullen mutaties dan optreden
#wat is juist over accepted mutations
#wat is juist over de parameter lambda bij de pam matrix
#welke matrix gebruik je voor de pairwise alignment van voor twee sterk geconserveerde sequenties (BLOSUM250 (bestaat niet), BLOSUM50, PAM250 of PAM50 (de juiste))
#je hebt genoom van een nieuw organisme en je wilt weten welke proteinen dit codeert, welke versie BLAST gebruik je
#zal een grotere databank maken dat je E waarde hoger of lager ligt voor een hit met BLAST
#om een zeer ver geëvolueerd homoloog te zoeken, welke blast gebruik ik (psi, phi, delta of mega)
#iets over neighbour joining methode, hoe werkt het
#wat betekent een hoge Shannon entropy
#vergelijking tussen exacte MSA en progressieve MSA
#wat kan je voorspellen uit co-evolutie, zoiets in die aard
#wat soort filogenetische boom is dit (cladogram, fylogram of ultrametrisch)
#na de tree evaluatie met jackknifing en bootstrapping staat er een getal voor elke clade, welke clades zijn betrouwbaar
#over de GMEC bij een PES: het kwam erop neer dat een GMEC een globaal energieminimum is
#H-brug term bij forcefield: het kwam erop neer dat je deze kan schrijven ahv VDW en coulomb parameters
#kan je de force field van een proteine gebruiken voor een kleine molecule en vice versa ja of nee
#cryoEM
#je had een groot proteinen verbonden door ongestructureerde loops of zoiets: gebruik je NMR, cryoEM of xray om de structuur te bepalen
#het moleculair oppervlak bestaat uit welke oppervlakken (zoiets in die aard: Contact surface, Reentrant surface, solventprobe en solvent accessible surface moet je kennen basically)
#en nog andere vragen

===14 juni 2024===
Volledig meerkeuze (50 vragen), letterlijke verwoording kan niet kloppen en lees telkens zorgvuldig de vraag en de opties, want het zit meestal in één woord waardoor iets fout is.
#Zelfde vragen als vorig jaar samen met deze
#AlphaFold
#*is hetzelfde als co-evolutie gebaseerde structuurvoorspelling
#*bevat geen prothetische groepen of co-factoren
#Peptideketen gegeven. Welke hoeken zijn psi en phi?
#Contactmap gegeven. Is dit een proteïne met:
#*alfa-helices
#*bèta-platen
#*beide
#Wat is correct over homologie?
#Welke techniek/algoritme heb je niet nodig voor Homology Modeling?
#De waardes in een PAM zijn:
#*altijd positief
#*altijd negatief
#*altijd positief op de diagonaal
#Je hebt een kleine dataset van genen waarvan de buitenste regio’s niet geconserveerd zijn. Je wilt de evolutionaire verwantschap bepalen. Welk algoritme gebruik je?
#*UPGMA
#*Maximum likelihood kan gebruikt worden aangezien het een kleine dataset is
#*NJ
#*Maximum likelihood nadat je de buitenste regio’s verwijderd hebt
#Vier DNA-sequenties gegeven. Bepaal adhv MP welke boom het meest correct. (Exact zoals in de oefenzitting van Mod. 14, waren zelfs dezelfde sequenties en bomen denk ik)
#Wat is niet correct over Chou-Fasman?
#*Het is gebaseerd op het voorkomen van bepaalde aminozuren in secundaire sequenties
#*Het was het eerste algoritme voor secundaire structuurvoorspelling
#*Het werd later vervangen door het GOR-algoritme dat wel rekening houdt met bijdragen van de omliggende AZ
#Nog vragen over BLAST, CLUSTAL, MSA, orthologen/paralogen … (niet over wetenschappers, jaartallen, geschiedenis … of soort helices, bèta-turns, L of D aminozuren …)

===16 juni 2023===
Volledig meerkeuze (50 vragen):
#6 vragen over gastlessen die op voorhand gegeven waren
#Welk aminozuur is deze sequentie? (structuur kiezen)
#Welke sequentie is dit aminozuur? (structuur gegeven)
#Vraag over Smith-Waterman
#Vraag over Needleman-Wunsch
#Foto gegeven, is het een DOT-plot van:
#*verschillende DNA sequenties
#*identieke DNA sequenties
#*verschillende proteïne sequenties
#*identieke proteïne sequenties
#Welke gebruik je als je een geconserveerde sequentie hebt
#*PAM50
#*PAM250
#*BLOSUM50
#*BLOSUM250
#PDB file gegeven, wat staat er in kolom ...
#De temperatuurfactor beschrijft...
#Met welk experiment is dit PDB file bekomen
#Iets over force fields
#Iets over contactoppervlakken van moleculen (SAS, RES, “stick”-configuratie, moleculaire binding ...)
#Needleman-Wunsch aanvullen, welk getal staat rechtsonder
#Needleman-Wunch, wat is de juiste alignment (meerdere waren mogelijk)
#Welk soort boom is dit
#*Phylogram
#*Cladogram
#*Ultrametrische boom
#*Ridiculogram
#Met welk algoritme is bovenstaande boom gemaakt?
#*NJ
#*UPGMA
#*ML
#*MP
#Wat is correct over bovenstaande boom
#*De Y-as bevat geen informatie
#*De X-as geeft de evolutionaire afstand weer
#*Deze clade is betrouwbaar, maar deze niet
#Iets over cryoEM microscopy
#Je hebt een nieuw genoom ontdekt en je wilt weten welke proteïnen het bevat. Welke soort BLAST gebruik je?
#Nog veel meer, heel vaak 'welke stelling is correct/fout?' met ook een optie om aan te duiden dat ze allemaal correct/fout zijn

===22 Augustus 2022 (schriftelijk) ===
Theorie:
#Meerkeuze
#*Chou-Fasmann
#*Clustal
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#*Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#*Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#*...
#Verschil SW- & NW-algoritme?
#Rom. & Rotamer plots uitleggen met VWY-tripeptide
#Juist of fout
#*Bij een 3D voorstelling van een moleculaire interactie, gebruik je moleculair oppervlak dat complementair is aan de sticks voorstelling.
#*Gebruik TBlastX voor checken van proteïne in een niet-coderend genoom van een ander molecule.
#*NW-algoritme is beter dan SW-algoritme voor het vergelijken van multi-domein eiwitten met maar 1 verwant domein.
#Hoe fix je een root of een tree? Kan dit automatisch?

===27 juni 2022 (schriftelijk)===
Theorie:
#Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)
#* Chou-Fasmann
#* Clustal
#* Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#* ...
#Juist of fout? Verklaar (9pt)
#* PDB bevat alleen kristalstructuur.
#* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.
#* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...
# PDB file gegeven: (6 pt)
#* Wat stelt elke kolom voor?
#* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.
#* Teken het tripeptide.
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)
# Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?

===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===
#Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)
#*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?
#*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen
#*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is
#*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?
#*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen
#*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne
#*Aanduiden welke stelling over blast fout is
#Juist/fout (9 punten)
#*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.
#*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.
#*Een PDB-file bevat geen H-atomen
#Korte open vragen
#*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)
#*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)
#*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)

===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen
#Exact hetzelfde als 8 juni 2020
===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===
#Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)
#Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)
#Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)
#Juist en fout: (9 ptn)
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)

===19 juni 2019 NM===
#PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken & hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)
#trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma & levinthal paradox (5 ptn)
#Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)
#juist fout vragen: (9 ptn)
#* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity
#* Slechts één oplossing voor NW en SW
#* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig
#Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)
#oefeningen:
#* Geef kleinste chromosoom
#* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is
#* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter
#* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is

===11 juni 2019 NM ===
# PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken & hoe te construeren
# Trekvraag: Anfinsen dogma & Levinthal paradox (5pt)
# Schrifteijke vraag (6pt)
#*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten
#*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 & chi2)
#*C: waarvoor gebruiken we phi & psi?
# Juist/fout (9pt)
#* UPGMA & NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Vergeten
# Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)

===11 juni 2019 VM ===
# Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)
#* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
# Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)
# Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.
# Juist/fout (8pt)
#* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.
#* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.
# Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)

=== 26 juni 2018 NM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)

=== 19 juni 2018 VM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)
# Oefeningen USB stick 12
#* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor
#* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen
#* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH>2).
#* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd.
#* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?

=== 18 juni 2018 NM ===
# Leg PAM uit
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes
# (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.
# Juist of fout
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit
#* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).
#* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.
#* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?

=== 18 juni 2018 VM ===
#Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):
#* Leg het algoritme uit.
#* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?
#* Bijvragen: "waarom doe je dit" bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: "waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?"
# (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)
# Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)
#* Tekening van dot-plot
#* Tekening van contact map
# Juist of fout (9 pt)
#* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix
#* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ
#* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)
# Oefeningen (USB-stick 4):
#* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest
#* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?
#* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH > 2), caspase1
#* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)
#* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.

=== 11 Juni 2018 ===
# Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:
#* Waarom introduceren we m+1 en n+1?
#* Wat is de score van het geheel?
#* Waarom is dit een dynamisch process?
#* Is de score bij meerdere paden dezelfde?
# (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule.
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.
# Waar of onwaar?
#* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken.
#* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.
#* (vergeten)
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.

=== 28 Juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout:
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Levensmiddelen

2026-01-23T19:48:09Z

R0986077: R0986077 heeft pagina Levensmiddelen hernoemd tot Levensmiddelenchemie en -technologie

#DOORVERWIJZING [[Levensmiddelenchemie en -technologie]]

Levensmiddelenchemie en -technologie

2026-01-23T19:48:09Z

R0986077: R0986077 heeft pagina Levensmiddelen hernoemd tot Levensmiddelenchemie en -technologie

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

(2025) Vak gegeven door Christophe Courtin. Mondeling examen, 4/5 vragen waarvan een over het gekozen levensmiddel.

==Examenvragen==
===22/01/2026 (VM)===
#Hoe heeft de samenstelling van een voedingsmiddel een invloed op de houdbaarheid en hoe wordt hier rekening met gehouden bij de productie- en bewaartechnologie voor het verlengen van de houdbaarheid. Leg uit.
#Geef het productieproces van kaas.
#:Bijvragen:
#::*Wat wordt er geproduceerd tijdens de fermentatie?
#::*Verschil homolactisch vs heterolactisch?
#::*Wat doet het coagulerend agens met de kaas? (niet gewoon zeggen coaguleren)
#::*Wat is rennet?
#::*Wat zit er in wrongel?
#::*Wat gebeurt er tijdens de rijping?
#Korte vragen:
##Waarom is fytinezuur in voeding/voeder ongewenst?
##geef een voorbeeld van een omega-3-vetzuur.
##welk aminozuur is deficiënt voor leguminosen?
##welke heeft een lagere GI: glucose of fructose? waarom?
##*Bijvraag: Wat is de bloedsuikerspiegel? (Hoeveelheid glucose in je bloed)
##geef een voorbeeld van alifatische polyhydroxyaldehyden. (antwoord: glucose)
#Productvraag:
##Hoe bereken je het aantal calorieën?
##Wat is het belangrijkste constituent en wat is de bron ervan?
##Wat is de oorsprong van de ingrediënten?

===16/01/2026===
#Wat zijn de oorzaken van ranzigheid bij levensmiddelen, wat zijn de gevolgen ervan en wat kan men eraan doen om ranzigheid te vermijden?
#Leg HACCP uit.
#Korte vragen:
##Waarom is fytinezuur in voeding/voeder ongewenst?
##Waarvoor gebruikt men benzoëzuur?
##Waarom moeten we rode wijn stabiliseren bij vriespunt?
##Leg uit sanitel
##Hoe kunnen we door middel van GM gewassen resistent maken tegen insecten?

===20/08/2025===
#Bespreek waarom een langere houdbaarheid belangrijk is (man verwacht een lang antwoord met zeker transporteerbaarheid, schaalvergroting,...) en welke methoden/middelen hiervoor bestaan (alles omtrent hygiëne, chemische/fysische contaminenten, enzymen, zure fermentatie)
#Bespreek de productie van kaas (vergeet narijping en het toevoegen van aminozuren/peptiden niet)
#Korte vragen:
##Geef een proces om van onverzadigde naar verzadigde vetzuren te gaan
##wat is het verschil met cacaovet en boter (iets dat cacaovet geëxtraheerd wordt met hexaan en daardoor niet echt cacaoboter is)
##wat is glyfosaat
##Geef 3 sensorische verschiltesten
##Wat is chaptilisatie
#Productvraag: check hoe je je watergehalte weet (100%-ingrediënten%)

===18 januari 2024:===
#bespreek het belang van enzymen binnen de levensmiddelensector (vergeet niet endogene enzymen ook te bespreken).
#Geef schematisch het hele proces voor de productie van soja-olie en bespreek voor elke stap beknopt waarom we dit doen.
#korte vragen:
##wat is glyfosaat?
##Welk soort panel gebruik je bij affectief sensorisch onderzoek?
##Wat is groenmout?
##nog een vraagje (vergeten)
#productvraag
##vraag over calorieberekening en over de oorsprong van de ingrediënten.

===12 januari 2024===
#Wat zijn de oorzaken van ranzigheid bij levensmiddelen, wat zijn de gevolgen ervan en wat kan men eraan doen om ranzigheid te vermijden?
#Geef de 4 fermentaties die kunnen voorkomen tijdens het productieproces van rode wijn en bespreek.
#Korte vragen:
##Hoeveel rijst wordt er wereldwijd geproduceerd per jaar?
##Op welke twee manieren kan je de energiedichtheid verlagen?
##Leg uit: post-ontgommen.
##Welke drie soorten energiegebruik zijn er en in welk aandeel komen ze voor?
##Wat is 'flavour'?

===20 januari 2023===
#'Niet veilig voedsel is geen voedsel', Hoe wordt veiligheid van voedsel gegarandeerd? bespreek en illustreer met voorbeelden
#Geef het productieproces van melkchocolade
#Korte vragen:
##Hoeveel rijst wordt er wereldwijd geproduceerd?
##Op welke twee manieren kan je de energiedichtheid verlagen?
##Leg uit post-ontgommen
##Welke drie soorten energiegebruik zijn er en in welk aandeel komen ze voor?
##Wat is 'flavour'?
#Productvraag
##Bereken en bespreek energie-inhoud
##Geef twee kritische controlepunten in het productieproces
##Hoe lang is het product houdbaar? Welke constituenten beperken de houdbaarheid en hoe is het product hieraan aangepast?
##Wat is het belangrijkste constituent en wat is de bron ervan?

===22 augustus 2022===
#Waarom is langere houdbaarheid zo belangrijk in onze maatschappij? Waarom en hoe hebben we dit aangepakt? Bespreek de concepten en illustreer met concepten uit de cursus.
#Productieproces melkchocolade
#Korte vragen (max 20 woorden uitleg):
##Wat is glyfosaat? Voor wat wordt het gebruikt?
##Malolactische fermentatie.
##Gebruik van asparaginase.
##Hoeveel maïs wordt er jaarlijks geproduceerd? (1 miljard ton)
##Wat is HFCS? Hoe wordt het gemaakt?
#Productvraag
##Bespreek energieinhoud.
##Leg de verpakking uit in functie van de chemische samenstelling
##2 kritieke punten uitleggen in het productieproces.
##Voornaamste nutriënt in het product en waar komt het vandaan.

===21 januari 2022===
#Wat zijn enzymen? Wat is hun toepassing in de voedingsindustrie?
#Bespreek de extractie van ruwe sojaolie. Bespreek daarna de raffinage ervan met 10 steekwoorden.
#Korte vragen:
##Wat zijn polyolen?
##Wat is glyfosaat
##Hoe kan je de energie-inhoud van een levensmiddel verlagen?
## Wat is chymosine?
## nog eentje

===23 januari 2021===
#Bespreek stabiliteit lipiden (structuur, toepassing, vormen, problemen, voorkomen) in een brede omkadering omtrent levensmiddelen.
#Geef blancheren van groenten.
#Korte vragen:
##Wat is miso?
##Wat is wrongel?
##Wat is het suikerpercentage waarbij druiven worden geplukt en waarom?
##Wat is chemisch gezien Bt-toxine?
##Wat zijn polyalcoholen?

===30 januari 2020 NM===
#Geef de maatregelen die nodig zijn om chemische contaminatie en chemisch bederf tegen te gaan. Geef indien mogelijk voorbeelden uit de cursus.
#Geef schematisch het verschil tussen productie van bier, wijn en rijstwijn.
#Korte vragen:
##Hoeveel kcal zitten er ongeveer in 100g rauwe steak?
##Leg tempereren uit.
##Wat zijn de drie verschillende soorten energie?
##Geef de 2 belangrijkste GM modificaties.
##Wat is miso?

===24 januari 2020 VM===
#Ranzigheid is een probleem in levensmiddelen. Door welke mechanismen gebeurt dit? Welke gevolgen heeft het? Welke technologische toepassingen zijn er om dit probleem tegemoet te komen?
#Proces van rijstwijnproductie (proces is volgens hem van grondstof tot eindproduct dus filtreren, pasteuriseren moet hier ook bij)
#Korte vragen:
##Waarom voeg je SO2 toe aan wijn?
## Vergelijk stijging graanproductie de laatste 55 jaar met de stijging plantaardige olie.
##Wat is lactulose (ook weten uit wat dat ontstaat)
##Homolactisch en heterolactisch
##Commerciële sterilisatie

===20 januari 2020 VM===
#Waarom is langere houdbaarheid zo belangrijk in onze maatschappij? Waarom en hoe hebben we dit aangepakt?
#Geef het productieproces van kaas.
#Korte vragen:
##Hoeveel van het familiaal inkomen geeft de Belg gemiddeld uit aan voeding?
##Wat is lactulose?
##Isohumulonen
##Waarvoor dient zwaveldioxide in de wijnproductie?
##Postprandiale verzadiging
#Productbespreking

==='''1 februari 2019 VM '''===
#Welke middelen heeft de levensmiddelenindustrie tot haar beschikking om te zorgen dat een levensmiddel de consument veilig bereikt?
#Geef bier proces schematisch en beschrijf kort de functies
#Korte vragen:
##miscella
##Hoeveel graan wordt er jaarlijks geproduceerd?
##flavour
##cellofaan
##isoflavonen

===25 januari 2019 VM===
#De afstand tussen landbouwer en consument is in de loop van de geschiedenis veel langer geworden. Wat waren hier de oorzaken van en waar leidde dit noodzakelijkerwijs toe?
#Bespreek de stabiliteit van lipiden in levensmiddelen.
#Korte vragen:
##Wat is ontgommen?
##Definieer de Queteletindex.
##Wat is de link tussen de Coca Cola-crisis en de PCB-crisis?
##Waarom slaat men het deeg door bij broodbereiding?
##In ons lichaam wordt energie voor 3 dingen gebruikt, dewelke? (basaal metabolisme, vertering en fysieke activiteit)

===1 februari 2018 VM===
#Op welke manier zijn enzymen belangrijk in de levensmiddelenproductie?
#Geef de stabiliteit van lipiden.
#korte vragen:
##wat is de belangrijkste enzymatische reactie in levensmiddelenproductie?
##wat is anandimide?
##wat is het belangrijkste om verhoogde welvaart te hebben?
##wat is het verschil tussen sojaproteïne bloem en sojaproteïneconcentraat?
#productbesprekeking

===26 januari 2018 VM===
#Geef de directe en indirecte criteria van kwaliteit van een levensmiddel.Bespreek hoe verpakking en verpakkingstechnologie kan ingrijpen op genoemde aspecten van kwaliteit. Zie cursus/dropbox
#Bespreek de solventextractie van sojaolie Zie cursus
#Kleine vragen
##Wat betekent retronasaal? ''Vluchtige geurstoffen (aroma's) die door de keelholte naar de neusholte migreren | tegenhanger van orthonasaal met resp geuren.''
##Wat is postprandiale verzadiging? ''Verzadigingsgevoel door gevulde maag.''
##Wat is chaplisatie? ''Suiker of druivenconcentraat toevoegen aan de most ter verhoging van suikergehalte | Mag enkel in noordelijke streken, verboden in zuidelijke gebieden.''
##Waarom is vermouting zo belangrijk? ''Kiemen van de gerst zorgt voor '''aanmaak''' enzymen (amylasen en proteasen) die resp. zetmeel en proteïnen afbreken tijdens het maischen. tot resp. maltose (+ glucose) en aminozuren om deze beschikbaar te maken voor de gisten.''
##Hoe zorgt fermentatie van melk voor een betere bewaarbaarheid? ''Afbraak van lactose tot lactaat: suikers niet meer beschikbaar voor andere MO en verlaging pH -> inhibitie van groei.''
#Productbespreking

===23 januari 2017 VM===
#Geef de directe en indirecte criteria van kwaliteit van een levensmiddel.Bespreek hoe verpakking en verpakkingstechnologie kan ingrijpen op genoemde aspecten van kwaliteit.
#Geef en bespreek 4 soorten van fermentatie die kunnen optreden bij de productie van wijn.
#Bespreek invloed van temperatuur en watergehalte op bederf. wat besluit je hieruit.
#Kleine vragen (max. 20 woorden per antwoord):
##Wat is meso?
##Hoeveel graan wordt er jaarlijks geproduceerd?
##Waarom wordt benzoëzuur gebruikt in levensmiddelen?
##Wat zijn polyolen?
##Wat verstaan we onder netto metaboliseerbare energie?

===17 januari 2017 VM===
#bespreek zo volledig mogelijk hoe de voedingsindustrie de vraag van de consument naar een constante en hoge organoleptische kwaliteit tegemoet gaat.
#bespreek de productie van kaas
#Juist of fout? Analytisch sensorisch onderzoek is belangrijker dan affectief sensorisch onderzoek bij het produceren van een nieuw levensmiddel. Bespreek
#begrippen:
##sorbinezuur
##oorsprong Bt-toxine
##heterolactische fermentatie
##polyolen
##netto metabolariseerbaarde energie

===24 augustus 2016===
#Wat zijn de criteria van een kwalitatief product? Hoe werkt de verpakking hieraan mee?
#Bier, wijn en Sake party
#Je koelt sojaolie, wat komt eruit?
#begrippen:
##Suiker bij de wijn doen
##Eesten
##Melk+bacterie blijft lang goed, why?
##Dem maag signals of geen honger
##Restronasaal

===17/6 namiddag===
#De smaak van een levensmiddel verandert van gisteren op vandaag op morgen. Bespreek en geef voorbeelden vanuit de cursus. (alles dus van bederf tot toestand van de proever van vluchtige geurstoffen van stoffen in uw verpakking)
#Transvetzuren kom in de natuur niet voor. Juist of fout? verklaar
#Rijstwijn proces uitleggen
#Begrippen:
##Wanneer ben je zwaarlijvig?
##Verklaar BRC
##Gelijkenis tussen roken en zouten
##Wat is ontgommen van olie?
##Wat zijn PCB's?
#Productbespreking

===Examen vragen===
#geef de directe en indirecte criteria voor kwaliteit van producten en leg uit hoe verpakking en verpakkingsprocedure hier toe kan bijdragen (allee of zoiets toch)
#classificatie van koolhydraten en waar ze voorkomen
#winterisatie
#woordjes :
##chaptalisatie
##postgrandiaal
##retronasaal
##hoe fermentatie van melk bijdraagt tot bewaring
##ik denk nog een maar weet ik niet meer

===20 januari 2015===
#Bespreek de hoe de afstand tussen de landbouwer en de consument groter is geworden. Welke ontwikkelingen hebben hiertoe bijgedragen?
#GM voeder en voedsel
#Leg de fermentatie van groenten uit
#Begrippen
##homigeniseren als eenheidsbewerking
##ME
##pH van wijn
##halo-effect
##in welk proces worden PAKâ€™s gevormd?

===19 januari 2015 (nm)===
#Hoe kan men het probleem van lactose intolerantie oplossen in levensmiddelen?
#Transvetten zijn slecht? Leg uit.
#Bespreek het hele productieproces van soja-olie
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Stimulusfout
##malolactische fermentatie
##vermouten

===19 januari 2015 (vm)===
#Bespreek veranderingen die optreden bij bewaring en geed drie mogelijke (liefst beste) oplossingen voor problemen die daardoor veroorzaakt kunnen worden. /react-text
#Bespreek Pringles als voorbeeld van hyperindustrialisatie. /react-text
#Geef een overzicht (schema/tabel) van de verschillende koolhydraten en hun voorkomen. /react-text
#Verklaar kort:
##soutirage
##ligase /react-text
##fermentatietechnieken met melk
##basisprinpice enzymwerking

===15 januari 2015===
#Bespreek chocoladeproductie van cacaopod tot product, refereer over de hele cursus.
#Welke risico's zijn verbonden aan GM op vlak van voedsel?
#Bespreek de voor- en nadelen van het verwerken van levensmiddelen.
#Verklaar kort:
##inleggen
##waarom bepaalde delen van de plant van van industrieel belang zijn
##post-ontgommen
##chaptalisatie

===24 januari 2014 (VM)===
#Bespreek Pringles als voorbeeld van hyperindustrialisatie
#Vergelijk de Dioxine crisis en Coca Cola Crisis in tabelvorm
#Bespreek de extractiestap in de productie van Sojaolie in detail
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Waarom worden groenten ingelegd?
##Wat is flavour?
##Wat is tristearine?
##Wat is Nuruk?
##Product

===20 januari 2014 (VM)===
#Waarom is houdbaarheid belangrijk? Wat zijn de mogelijke manieren om houdbaarheid te bekomen?
#Bespreek het verband tussen vleesconsumptie en een duurzame voedselproductie.
#Winterisatie bij sojaolie
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Wat is postabsorptieve verzadiging?
##Wat is daidzeine?
##Wat is het doel van tempereren?
##waaruit is inuline opgebouwd?

===17 januari 2014 (NM)===
#Welke middelen heeft de levensmiddelenindustrie tot haar beschikking om te zorgen dat een levensmiddel de consument veilig bereikt?
#Vergelijk de essentiele elementen in de productie van bier, wijn en rijstwijn in tabelvorm.
#Bespreek de voor- en nadelen van verwerking van levensmiddelen.
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Welk soort chemische reactie is de meest gekatalyseerde door enzymen in de levensmiddelenproductie?
##Wat is daidzeine?
##Welke doel heeft blancheren?
##Wat verstaan we onder het 'halo'-effect?
##Geef de criteria van kwalilteit van een levensmiddel in dalende volgorde van belangrijkheid.

===16 januari 2014 (VM)===
#Waarom is houdbaarheid zo belangrijk en wat doet de mens om voor langere houdbaarheid te zorgen + voorbeelden
#Technologische oplossingen voor lactose-intolerantie
#Bespreek fermentatie bij cacaobonen
#Woordjes:
##postabsorptieve verzadiging,
##maischen,
##belangrijkste bestanddeel verzerkt kaas,
##doel maceration carbonique,
## duo/trio test (korte uitleg)

===13 januari 2014===
#ranzigheid komt veel voor in voeding. welke technologische oplossingen bestaan er voor dit probleem?
#wat is de werking van rennet?
#wat zijn de voor- en nadelen van de Atwaterfactoren?
#vijf termen:
##hoe is inuline opgebouwd?
##wat is de quetelet-index
##welke zijn de twee belangrijkste natuurlijke bronnen van sucrose?
##wat is melamine

===29 januari 2013===
#Waarom is houdbaarheid belangrijk? Wat doet de mens om voor langere houdbaarheid te zorgen en geef hierbij voorbeelden. We geven steeds minder uit aan voeding. Dit lijkt onlogisch. Bediscussieer. Geef de voor- en nadelen van verwerking.
#Korte vragen, korte antwoorden
##Hoeveel van het voedsel in ons land is geïmporteerd
##Wat is de dierlijke variant van zetmeel
##Wat betekent hedonisch

Moleculaire Biologie

2026-01-16T22:21:00Z

R0986077: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door:
* Prof. M. De Ley (-∞ tot augustus 2009)
* Prof. J. Robben (september 2009 - augustus 2023)
* Prof F. Volckaert (tegelijk met Robben tot augustus 2022 ?)
* Prof W. Vandenberg (tegelijk met Robben vanaf september 2022 en zelfstandig vanaf september 2023)

Examen samenstelling (Sinds 2013)
#Open vraag 1 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 2 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 3 (~1 blz; 5/20)
#4 ≠ termen (~1 blz; 5/20) Concept//Figuur//Moleculair mechanisme//Naam eiwit//Methode

Mondeling examen (sinds 2026)

==Examenvragen==

===16 januari 2026 NM===
#Verklaar onderstaande figuur (Trombone-model van DNA-replicatie gegeven).
#Met welke moleculaire mechanismen kan DNA schade hersteld worden bij E. coli?
#Bespreek translatie-initiatie bij eukaryoten. Hoe kan dit globaal worden gereguleerd?
#Begrippen:
#*aminoacyl-tRNA synthetase
#*Lysogenie
#*Nucleosoom
#*Southern blotting

===27 januari 2025===
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op? Waarom is dit geen probleem bij circulair DNA?
#Leg de RecBCD reactieweg uit bij E. coli en hoe dit relevant is bij andere organismen.
#Vergelijk de moleculaire mechanismen van transcriptieterminatie bij pro- en eukaryoten.
#Begrippen:
#*T7-polymerase
#*Algemene transcriptiefactoren
#*Footprinting
#*Kozak sequentie

===21 januari 2025===
#Bespreek onderstaande foto (foto van het trombonemodel gegeven)
#Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Geef de structuur van chromatine? Wat is de rol in genregulatie?
#Begrippen:
#*Codondegeneratie
#*Antiterminatie
#*Genconversie
#*Gel mobility shift assay

===30 augustus 2024===
#Bespreek translatie-initiatie bij prokaryoten.
#Leg de RecBCD reactieweg uit bij E. coli en hoe is dit relevant bij andere organismen.
#Bespreek structuur en werking van eukaryoot RNAPII.
#Begrippen:
#*Proofreading
#*TATA-binding protein
#*mRNA-cap
#*RACE

===19 augustus 2024===
#Leg RNA-splicing uit.
#Bespreek herstelmechanismes voor DNA schade bij E. coli.
#Translatie vergt vrij veel celenergie. Leg uit waarom.
#Begrippen:
#*LINE
#*DNA-footprinting
#*histonacetyltransferase
#*lambda-repressor

===29 januari 2024===
#Bespreek V(D)J recombinatie, welk belang heeft dit in de biologie?
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?
#Welke algemene translatieregulatiemechanismen zijn er bij eukaryoten?
#Begrippen:
#*Polyadenyleringssignalen
#*TATA-binding protein
#*Nitrocellulose-assay
#*IPTG

===23 januari 2024===
#Bespreek de bouw en functie van het RNA-polymerase bij prokaryoten (holoenzym).
#Bespreek translatie-initiatie bij eukaryoten.
#Leg de RecBCD reactieweg uit bij E. coli en hoe is dit relevant bij andere organismen.
#Begrippen:
#*Southern blotting
#*DNA-fotolyase
#*Alternatieve splicing
#*TFIID

===17 augustus 2023===
#Leg attenuatie uit aan de hand van het Trp operon
#Een gelijkaardig mechanisme van homologe recombinatie wordt gebruikt voor DNA dubbelstrengbreuk herstel in E. coli en voor meiotische homologe recombinatie in gist. Leg uit.
#Welk probleem stelt zich bij de replicatie van lineair DNA voor dat zich niet voordoet bij circulair DNA? Welke oplossing(en) heeft de cel hiervoor? (telomerase)
#Begrippen:
#*Codondegeneratie
#*Groep II intron
#*Polysoom
#*Histon H1

===30 januari 2023===
#Toon aan hoe de lambda faag zijn inbouw in het gastheergenoom reguleert en onderhoudt adhv een schema van de relevante moleculaire en genetische elementen. Hoe wordt lysogenie ongedaan gemaakt?
#Wat is een Holiday-junctie? Hoe komt deze tot stand en hoe wordt deze ongedaan gemaakt? (Leg uit op moleculair niveau)
#Bespreek de translatie-elongatiecyclus bij prokaryoten. (Schets + benoem relevante spelers)
#4 begrippen
#*RACE
#*Groep II-intron
#*Nucleosoom
#*Processiviteit
===24 januari 2023===
#Bespreek de mechanismen van transcriptieterminatie bij eu- en prokaryoten. (schets!)
#Bespreek de onderstaande figuur. (trombone model)
#Bespreek V(D)J-recombinatie.
#* Geef het moleculaire mechanisme.
#* Welk belang heeft dit in de biologie?
#* Wat is het verband met transpositie?
#4 begrippen
#* Sanger-sequencing (dideoxyketenterminatie)
#* Lysogene inductie (faag lamda)
#* DABPolFEH-complex
#* Aminoacyl-tRNA synthetase

===3 september 2022===
# Attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon en hoe kan je dit in vitro bestuderen.
#Hoe matuur mRNA maken
#Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
#4 begrippen
#* bitscore-tekening (zie splicing signals) van ..G..AUG.. (ging over de conservatie misschien?)
#* peptidyltransferase
#* Telomerase
#* TFIID

===31 januari 2022===
#Bespreek adhv een schema hoe faag lambda terecht komt in de lysogene fase. Hoe kan deze overgaan tot de lytische fase?
#Welke moleculaire mechanismen moeten plaatsvinden voordat de translatie kan beginnen? (Beginnend van matuur mRNA) Welke algemene moleculaire mechanismen kunnen deze reguleren?
#Bespreek de werking van RuvC in Holliday-juncties
#4 begrippen
#* Histoon modificaties
#* Splicing signalen
#* Yeast 2 hybrid
#* Nucleotide excisie herstelling (DNA)

===25 januari 2022===
#Leg schematisch het regulatiemechanisme van het ara operon uit. Wat is de invloed van glucose en arabinose?
#Gegeven een tabel van genetische code. We weten dat de genetische code universeel is maar toch zien we sporen van evolutie. Leg uit aan de hand van de gegeven tabel.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen
#* Heat shock respons (prokaryoten)
#* PolyA-adenylatiesignaal
#* Sanger (dideoxyketenterminatie)
#* Base excisie herstelling (DNA)

===24 augustus 2021===
# attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon
# CTD van eukaryoot polymerase II : functie en structuur uitleggen
# Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
# EF-G, Shine-Dalgarno box, RT-PCR, afbeelding dsDNA lariaat structuur (was een tekening met DNA of RNA met t- en D- loop en tail)?

===15 januari 2021===
#Alternatieve splicing uitleggen en een concreet voorbeeld geven.
#Translatie elongatie uitleggen en welke antibiotica invloed hierop hebben en waar.
#Bespreek de verschillende herstelmechanismen van DNA schade in E. coli.
#4 begrippen
#* RecA
#* foto van grote groef en kleine groef met donor en acceptor plaatsen
#* DNA footprinting
#*Group 2 introns

===7 januari 2021===
#Iets over structurele kenmerken van transcriptie activators en de bindingsplekken in het DNA.
# 2 deelvragen over eukaryote translatie initiatie
#* Translatie initiatie uitleggen vanaf matuur mRNA in het cytosol (eukaryoot)
#* Regulatie van translatie initiatie, hoe kan het gereguleerd worden als er vb celstress is.
#Wat is homologe recombinatie, geef de moleculaire werking, welke eiwitten komen hier bij kijken.
#Begrippen
#* Sanger sequencing
#* telomerase
#* tekening van riboswitch met FMN als ligand
#* splicingsignalen

===19 augustus 2020===
'''(corona = 2 vragen ipv 3)'''
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men deze lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#4 begrippen
#* RACE
#* mRNA-cap
#* Kozak sequentie
#* Telomerase

===30 januari 2020===
#Leg het ara operon uit
#Hoe kan je op experimentele wijze het begin van de transcriptie vinden en de 5' mRNA?
#In het hoofdstuk transposase werd immunoglobulinegenen besproken, waarom werd dat hier besproken en hoe zien deze eruit?
#4 begrippen
#*Sanger sequencing
#*Foto van splicing met snRNP's
#*Gamma complex
#* Shine-Delgarno box

===17 januari 2020===
#a) Uitleggen start translatie initiatie bij eukaryoten. b) Hoe kan je de initiatie globaal reguleren?
# Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
# Wat is RecA? Waar vinden we het terug en hoe heeft men dat kunnen aantonen? Leg uit aan de hand van een tekening.
# 4 begrippen: riboswitch (afbeelding gegeven), attenuatie, Yeast to hybrid en wobble pairing

===13 januari 2020 NM===
#Wat zijn histonen en hoe reguleren ze de genexpressie?
#Leg de verschillende stappen van translatie elongatie bij prokaryoten uit en de factoren die hierbij nodig zijn.
#Leg het mechanisme van herstel van beschadigd DNA bij E.Coli uit.
#4 begrippen:
#*Sanger sequencing
#*Riboswitch
#*tekening R-loop
#*RecA

===13 januari 2020 VM===
#Geef de structuur, biosynthese van cap structuur van mRNA en vergelijk met prokaryoot.Wat zijn de effecten hiervan?
#Leg uit hoe het ara-peron wordt gereguleerd.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen:
#*DNA footprinting
#*stopcodonsurpressie
#*Tekening pausing & backtracking
#*OriC

===3 september 2019===
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Vergelijk aan de hand van een schema de translatie initiatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#4 begrippen:
#*zink vingers
#*stopcodonsurpressie
#*polysoom
#*rollende cirkel replicatie

===30 augustus 2019===
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Translatie elongatie bij eukaryoten
#Trombonemodel
#4 begrippen: Sanger sequencing, Riboswitch, figuur R-loop, RecA

===23 augustus 2019===
#Structuur histonen en hun effect op de genexpressie
#DNA schade en repair bij E.coli
#Gelijkenis tussen retrovirussen en transposons, verder toelichten op moleculair vlak
#4 begrippen: T(elomeer) loop, antiterminatie, yeast two hybrid methode en nog eentje maar die ben ik vergeten sorry xx

===21 januari 2019 NM===
#Structuur van C-terminaal domein en geef de functies ervan.
#Hoe kan je de start van transcriptie vanaf de promotor vinden (techniek)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?
#Begrippen: Rho onafhankelijke terminatie, Heat shock genes, U6, Wobble paring

===18 januari 2019 NM===
#Gegeven een tabel van genetische code. Leg uit waarom de genetische code zowel een bevroren geval als een resultaat van evolutie is.
#Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
#Door welke mechanismen kunnen bij DNA-replicatie beide strengen simultaan gerepliceerd worden?
#Begrippen: Antiterminatie, Yeast 2 hybrid, tekening van polyadenylatie, herschikking van immunoglobulinegenen.

===14 januari 2019 VM===
#Geef de structuur en functie van prokaryote sigma-factor(en).
#Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?
#Begrippen: S1-mapping, tekening van G-C binding, eIF2a, holiday-junctie

===24 augustus 2018===
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen bij prokaryote en eukaryote promotors die betrekking hebben op eiwit genen. (dus alleen Class 2 voor eukaryoten)
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#begrippen: Riboswitch, tekining Kozak sequentie, telomerase en cDNA-cloning (dit is vanaf mRNA naar DNA gaan om het in een vector in te bouwen, staat voor complementair DNA)

===29 januari 2018 VM===
#Welke rol spelen prokaryote sigma-factor(en) bij de transcriptie? Bespreek hun structuur en functie. (mondeling)
#Hoe kan men experimenteel de transcriptie-start van een gen bepalen voor een bepaalde promoter?
#Replicatie van lineair DNA (niet-circulair) met DNA polymerase vormt een probleem voor de cel. Wat is dit probleem? Hoe lost de cel dit probleem op?
#Begrippen: Riboschakelaar (riboswitch), cDNA-kloning, tekening van kozaksequentie, RecBCD reactieweg (mondeling)

===22 januari 2018 VM===
#Wat zijn histonen? Hoe zijn ze betrokken in de genexpressie? Bespreek het moleculaire niveau.
#Structuur en functie van catabolic activatior protein (cap)
#Waaorom past immunoglobine bij het hoofdstuk over transpositie?
#Begrippen: mRNA cap, tekening van backtracking, oriC, sanger-methode

===18 januari 2018 NM===
#Met welke methode kun je op experimentele wijze de relatieve hoeveelheid van mRNA aantonen?
#Wat is alternative splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Geef het mechanisme van translatie elongatie bij prokaryoten.
#Begrippen: Lacoperon met 3operatoren en CAPsite, Leu-zipper, peptidyltransfer en retrotransposon

===15 januari 2018 NM===
#Geef de verschillen bij transcriptie initiatie tussen prokaryoten en eukaryoten.
#Geef de verschillende mogelijkheden voor transcriptie terminatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#Begrippen: Sanger Sequencing, Zn-vingers, U2 (SNRNP), stopcodonsupressie.

===15 januari 2018 VM===
#Wat is alternatieve splicing? Hoe werkt het en wat is de functie ervan. Geef een concreet voorbeeld. (Mondeling)
#Leg op moleculair niveau translatie-elongatie cyclus uit bij prokaryoten. (Schriftelijk)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?(Schriftelijk)
#Begrippen: DNA-footprinting, figuur zink vinger, polysoom, Holliday junctie (Mondeling)

===6 september 2017 NM===
#Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
#Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: figuur Zn-vinger, polysoom, Shine-Dalgarno box, klem lader (clamp loader)

===28 augustus 2017 VM===
#Structuur, biosynthese en functie van cap bij mRNA van eukaroyten. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van prokaroyten?
#Welke methode(n) worden gebruikt voor het bepalen van de relatieve hoeveelheid van specifiek mRNA? Leg de werkwijzen uit.
#Wat is homologe recombinatie? Welke moleculaire processen vinden plaats en welke eiwitten zijn betrokken?
#Begrippen: Leu-zipper, nucleosoom, startcodon met kozak sequentie, dubbelstrengbreuk

===30 januari 2017 VM===
#Bespreek alternatieve splicing. Hoe werkt het en geef een concreet voorbeeld.
#Tabel van codons. Leg uit: dit wijzigt nooit maar toch is er sprake van evolutie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: DNA footprint, resolvase, Zink finger (op de tekening staan 3 zink fingers), polysoom

===23 januari 2017 VM===
#Bespreek aan de hand van een figuur het trombonemodel van DNA-replicatie. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-replicatie komen in dit model naar voor.
#Bespreek de structuur, functie en regulatie van de prokaryote sigma-factor(en).
#Op welke experimentele manier kun je de transcriptiestart met een gegeven promotor bepalen.
#Begrippen:
#*enhancer
#*cDNA kloning
#*figuur van heatshock gen
#*RecBCD-reactieweg

===20 januari 2017===
#transcriptie terminatie bij pro en eukaryoten uitleggen
#bespreek mRNA Cap-structuur bij eukaryoten (biosynthese, structuur, functie) en vergelijk met prokaryoten
#welke moleculaire processen helpen bij de start van translatie bij eukaryoten. (start van matuur mRNA)
#begrippen
#*enhancer
#*yeast two hybrid method
#*tRNA mimicry
#*herschikking van immunoglobinegenen

=== 19 januari 2017 NM===
#Hoe wordt het ara operon gereguleerd?
#Hoe beinvloeden histonen de genexpressie?
#Wat heeft immunoglobuline met transpositie te maken?
#begrippen
#*Sanger sequencing
#*zinkvinger (afbeelding)
#*polysoom
#*beta-klemlader

=== 16 januari 2017 NM===
#Scanningscomplex van translatie initiatie bij eukaryoten
#Methoden om binding van eiwitten aan DNA te bestuderen
#recA welke functies en werking
#begrippen
#*sanger sequencing
#*tekening zink vingers
#*U2 snRNP
#*stopcodonsuppressie

===16 januari 2017 VM===
#telomeren
#transcriptie bij eukaryoten
#intron/extron splicing
#begrippen
#*cDNA
#*enhancer
#*tekening RNA mimicry
#*recombinatie bij hemoglobine

===16 aug 2016 NM===
#Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?
#Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)
#Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
#Woordjes:
#*Sanger methode
#*Tekening Zinkvinger
#*histonacetyltransferase HAT
#*DNA-mismatch repair

===27 januari 2016===
#Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie
#Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten
#Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.
#Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA

===25 januari 2016===
#trp en attenuatie
#chromatinestructuur
#translatie initiatie eukaryoten + regulatie
#Woordjes:
#*foto footprinting
#*cap mRNA
#*base-excinsieherstel
#*retrotransposons

===18 januari 2016 VM===
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.
#Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.
#Woordjes:
#*Sanger-sequencing
#*Foto van antiterminatie â€“ terminatie
#*Nucleosoom
#*DNA-mismatch repair

===15 januari 2016 NM===
#Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;
#Kleine vraagjes:
#*Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.
#*Leu-zipper
#*Peptidyltransferase
#*Retrotransposons

===14 januari 2016 NM===
#Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.
#Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen.
#BacteriÃ«le transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.
#Woordjes:
#*Northern blotting
#*wobble base paring
#*u6
#*en zo die haarspeld van heatshok

===13 januari 2016===
#Terminatie van transcriptie bij prokaryoten
#Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II
#Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen
#Woordjes:
#*S1 mapping
#*RNA-DNA hybride met intron
#*eIF2 alfa
#*Holliday junctie

===26 januari 2015===
#5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna
#catabolic activator protein structuur en functie
#wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op
#tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination

===14 januari 2015===
#verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten
#alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven
#genconversie uitleggen aan de hand van een figuur
#woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning

===12 januari 2015 (NM)===
#Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen
#Splicing
#RecBCD
#begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e

===12 januari 2015 (VM)===
#transcriptie-initiatie
#translate-elongatie
#transposons bacterie
#woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie

===16 jan 2015===
#Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?
#Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.
#Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?
#Kleine vragen:
#*Afbeelding van een Zn-Vinger
#*Wat is een replisoom?
#*Wat is stopcodon supressie.
#*Bespreek de beta klemlader.

===3 september 2014===
# Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
# Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).
#* Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?
# Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
# Termen:
#* Northern Blotting
#* topoisomerase
#* alternatieve splicing
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===28 Augustus 2014===
# Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?
# Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.
#* Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)
# Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?
# Termen:
#* DNA footprinting
#* telomerase
#* Rollende cirkel replicatie
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===27 januari 2014 (voormiddag)===
# hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)
# waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?
# translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen
# woordjes:
#*antiterminatie
#*ticketing hypothese ofzoiets
#*BER
#*van die eiwitten iets met die herschikkingen

===17 jan 2014 (namiddag)===
#bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten
#bespreek de translatie elongatie cyclus
#bespreek RNA splicing
#woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie

===16 jan 2014 (namiddag)===
# Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteÃ¯ne (CAP)
# Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie
# Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?
# Leg uit:
#* nucleaire receptoren
#* polyadenylatiesignalen
#* stopcodonsuppressors
#* bacteriÃ«le transposons

=== 15 jan 2014 (voormiddag) ===
# Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.
# Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.
# De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Epitoop tagging
#* Type II introns
#* Kozak sequentie
#* Holliday-verbinding

===13 jan 2014 (namiddag) ===
# Transcriptie initiatie bij prokaryoten
# Splicing
# Leg uit:
#*A-DNA
#*Southern blotting
#*HAT
#*eIF4E
# Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)

===13 jan 2014 (voormiddag)===
# bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen
# mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot
# wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe
# leg uit:
#*rho
#*zinkvinger
#*peptidyltransferase
#*splicingsignalen

=== 28 jan 2013(voormiddag) ===

# Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.
# Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* cDNA kloning
#* Figuur van polyadenyleringscomplex
#* Heat shock response
#* Rolling circle replicatie

=== 16 jan 2012(voormiddag) ===

# Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.
# Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Zinkvinger
#* Ribozyme
#* Tekening van tRNA-mimicry
#* Telomerase

=== 24 jan 2011 (voormiddag) ===

idem 18 januari 2010

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beÃ¯nvloeden
# Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit.
#* Leg uit
#* hoe doet men dit experimenteel
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte
#* lariat
#* eIF2 alfa
#* wobble
#* tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)

=== 17 jan 2011 (voormiddag) ===

# Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoÃ«nzym)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten
# Verklaar:
#* Lysogenie
#* Histon H1
#* RT-PCR
#* Fig. 21.34 (onderste deel alleen)

=== 29 jan 2010 (voormiddag) ===

# Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.
# Fig 21.18
# Bespreek kort:
#* C-waardeparadox
#* Kozak-sequentie
#* Epitope tagging
#* EF-Tu

=== 19 jan 2010 ===

# Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.
# Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?
# Bespreek kort:
#* Riboswitch
#* TATA
#* Zinkvinger
#* Figuur met vorming thÃ¨ta-structuur

=== 18 jan 2010 ===
# Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.
# Bespreek fig. 14.27
# bespreek kort:
#* Ribosoombindingsplaats
#* Moleculaire mimicrie
#* RACE
#* beta-clamp

=== 11 jan 2010 ===
# Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.
# bespreek kort:
#* lysogenie
#* H1 histonen
#* RT-PCR
#* Fig 21.34

----

=== 19 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.
# RNA-editing
# fig 4.11
Kaartjes:
# Zink-vinger
# Nick-translatie

=== 16 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.
# Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.
# fig. 14.1
Kaartjes:
# Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.
# Plaatsgerichte mutagenese.

=== 15 jan 2009 (De Ley)===
# DNA:
#* Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).
#* Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.
# Bespreek de eukaryotische polymerases.
# Figuur van pBR322 bespreken.
Kaartjes:
# Zink-vinger
# fig 9.7

=== 25 jan 2008 (De Ley)===
# Plaats gerichte mutagenese.
# Trp operon.
# Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)
# Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.
# Foto van RNA editing.
Kaartjes:
# Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.
# Verschil tussen DNase en DMS footprinting.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)
# Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)
# figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)
Kaartjes:
# Merodiploid: constitutieve operator.
# ProteÃ¯ne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).

=== 17 jan 2008 (De Ley)===
# Expressievectoren.
# Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).
# fig 9.14 (vierde editie)
Kaartjes:
# Epitope tagging
# fig 13.10

=== 14 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek het trp operon.
# Bespreek site-directed mutagenesis.
# vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.
Kaartjes:
# Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.
# De C-waarde paradox.

=== 26 jan 2007 (De Ley)===
# Prokaryoot RNApolymerase en sigma.
# Figuur van RNAlooping.
# S1mapping en primer extension.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Transcriptieterminatie bij prokaryoten.
# RNAediting.
# Figuur van pBluescript.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Reassociatie kinetica.
# Alles over chromatine en H1.
# Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).
Kaartjes:
# Bespreek de sigmacyclus.
# DNA transcriptie.

=== 24 jan 2007 (De Ley)===
# Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.
# Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.
# Foto van R-looping experiment.
Kaartjes:
# Plaque hybridisatie.
# Dnase(1)-hypergevoeligheid.

=== 16 jan 2007 (De Ley)===
# Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteÃ¯nen en hun zuivering).
# Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).
# Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.
Kaartjes:
# Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.
# Figuur 9.18a pag 259 bespreken.

Moleculaire Biologie

2026-01-13T11:03:37Z

R0986077: /* 27 januari 2025 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door:
* Prof. M. De Ley (-∞ tot augustus 2009)
* Prof. J. Robben (september 2009 - augustus 2023)
* Prof F. Volckaert (tegelijk met Robben tot augustus 2022 ?)
* Prof W. Vandenberg (tegelijk met Robben vanaf september 2022 en zelfstandig vanaf september 2023)

Examen samenstelling (Sinds 2013)
#Open vraag 1 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 2 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 3 (~1 blz; 5/20)
#4 ≠ termen (~1 blz; 5/20) Concept//Figuur//Moleculair mechanisme//Naam eiwit//Methode

==Examenvragen==

===27 januari 2025===
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op? Waarom is dit geen probleem bij circulair DNA?
#Leg de RecBCD reactieweg uit bij E. coli en hoe dit relevant is bij andere organismen.
#Vergelijk de moleculaire mechanismen van transcriptieterminatie bij pro- en eukaryoten.
#Begrippen:
#*T7-polymerase
#*Algemene transcriptiefactoren
#*Footprinting
#*Kozak sequentie

===21 januari 2025===
#Bespreek onderstaande foto (foto van het trombonemodel gegeven)
#Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Geef de structuur van chromatine? Wat is de rol in genregulatie?
#Begrippen:
#*Codondegeneratie
#*Antiterminatie
#*Genconversie
#*Gel mobility shift assay

===30 augustus 2024===
#Bespreek translatie-initiatie bij prokaryoten.
#Leg de RecBCD reactieweg uit bij E. coli en hoe is dit relevant bij andere organismen.
#Bespreek structuur en werking van eukaryoot RNAPII.
#Begrippen:
#*Proofreading
#*TATA-binding protein
#*mRNA-cap
#*RACE

===19 augustus 2024===
#Leg RNA-splicing uit.
#Bespreek herstelmechanismes voor DNA schade bij E. coli.
#Translatie vergt vrij veel celenergie. Leg uit waarom.
#Begrippen:
#*LINE
#*DNA-footprinting
#*histonacetyltransferase
#*lambda-repressor

===29 januari 2024===
#Bespreek V(D)J recombinatie, welk belang heeft dit in de biologie?
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?
#Welke algemene translatieregulatiemechanismen zijn er bij eukaryoten?
#Begrippen:
#*Polyadenyleringssignalen
#*TATA-binding protein
#*Nitrocellulose-assay
#*IPTG

===23 januari 2024===
#Bespreek de bouw en functie van het RNA-polymerase bij prokaryoten (holoenzym).
#Bespreek translatie-initiatie bij eukaryoten.
#Leg de RecBCD reactieweg uit bij E. coli en hoe is dit relevant bij andere organismen.
#Begrippen:
#*Southern blotting
#*DNA-fotolyase
#*Alternatieve splicing
#*TFIID

===17 augustus 2023===
#Leg attenuatie uit aan de hand van het Trp operon
#Een gelijkaardig mechanisme van homologe recombinatie wordt gebruikt voor DNA dubbelstrengbreuk herstel in E. coli en voor meiotische homologe recombinatie in gist. Leg uit.
#Welk probleem stelt zich bij de replicatie van lineair DNA voor dat zich niet voordoet bij circulair DNA? Welke oplossing(en) heeft de cel hiervoor? (telomerase)
#Begrippen:
#*Codondegeneratie
#*Groep II intron
#*Polysoom
#*Histon H1

===30 januari 2023===
#Toon aan hoe de lambda faag zijn inbouw in het gastheergenoom reguleert en onderhoudt adhv een schema van de relevante moleculaire en genetische elementen. Hoe wordt lysogenie ongedaan gemaakt?
#Wat is een Holiday-junctie? Hoe komt deze tot stand en hoe wordt deze ongedaan gemaakt? (Leg uit op moleculair niveau)
#Bespreek de translatie-elongatiecyclus bij prokaryoten. (Schets + benoem relevante spelers)
#4 begrippen
#*RACE
#*Groep II-intron
#*Nucleosoom
#*Processiviteit
===24 januari 2023===
#Bespreek de mechanismen van transcriptieterminatie bij eu- en prokaryoten. (schets!)
#Bespreek de onderstaande figuur. (trombone model)
#Bespreek V(D)J-recombinatie.
#* Geef het moleculaire mechanisme.
#* Welk belang heeft dit in de biologie?
#* Wat is het verband met transpositie?
#4 begrippen
#* Sanger-sequencing (dideoxyketenterminatie)
#* Lysogene inductie (faag lamda)
#* DABPolFEH-complex
#* Aminoacyl-tRNA synthetase

===3 september 2022===
# Attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon en hoe kan je dit in vitro bestuderen.
#Hoe matuur mRNA maken
#Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
#4 begrippen
#* bitscore-tekening (zie splicing signals) van ..G..AUG.. (ging over de conservatie misschien?)
#* peptidyltransferase
#* Telomerase
#* TFIID

===31 januari 2022===
#Bespreek adhv een schema hoe faag lambda terecht komt in de lysogene fase. Hoe kan deze overgaan tot de lytische fase?
#Welke moleculaire mechanismen moeten plaatsvinden voordat de translatie kan beginnen? (Beginnend van matuur mRNA) Welke algemene moleculaire mechanismen kunnen deze reguleren?
#Bespreek de werking van RuvC in Holliday-juncties
#4 begrippen
#* Histoon modificaties
#* Splicing signalen
#* Yeast 2 hybrid
#* Nucleotide excisie herstelling (DNA)

===25 januari 2022===
#Leg schematisch het regulatiemechanisme van het ara operon uit. Wat is de invloed van glucose en arabinose?
#Gegeven een tabel van genetische code. We weten dat de genetische code universeel is maar toch zien we sporen van evolutie. Leg uit aan de hand van de gegeven tabel.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen
#* Heat shock respons (prokaryoten)
#* PolyA-adenylatiesignaal
#* Sanger (dideoxyketenterminatie)
#* Base excisie herstelling (DNA)

===24 augustus 2021===
# attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon
# CTD van eukaryoot polymerase II : functie en structuur uitleggen
# Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
# EF-G, Shine-Dalgarno box, RT-PCR, afbeelding dsDNA lariaat structuur (was een tekening met DNA of RNA met t- en D- loop en tail)?

===15 januari 2021===
#Alternatieve splicing uitleggen en een concreet voorbeeld geven.
#Translatie elongatie uitleggen en welke antibiotica invloed hierop hebben en waar.
#Bespreek de verschillende herstelmechanismen van DNA schade in E. coli.
#4 begrippen
#* RecA
#* foto van grote groef en kleine groef met donor en acceptor plaatsen
#* DNA footprinting
#*Group 2 introns

===7 januari 2021===
#Iets over structurele kenmerken van transcriptie activators en de bindingsplekken in het DNA.
# 2 deelvragen over eukaryote translatie initiatie
#* Translatie initiatie uitleggen vanaf matuur mRNA in het cytosol (eukaryoot)
#* Regulatie van translatie initiatie, hoe kan het gereguleerd worden als er vb celstress is.
#Wat is homologe recombinatie, geef de moleculaire werking, welke eiwitten komen hier bij kijken.
#Begrippen
#* Sanger sequencing
#* telomerase
#* tekening van riboswitch met FMN als ligand
#* splicingsignalen

===19 augustus 2020===
'''(corona = 2 vragen ipv 3)'''
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men deze lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#4 begrippen
#* RACE
#* mRNA-cap
#* Kozak sequentie
#* Telomerase

===30 januari 2020===
#Leg het ara operon uit
#Hoe kan je op experimentele wijze het begin van de transcriptie vinden en de 5' mRNA?
#In het hoofdstuk transposase werd immunoglobulinegenen besproken, waarom werd dat hier besproken en hoe zien deze eruit?
#4 begrippen
#*Sanger sequencing
#*Foto van splicing met snRNP's
#*Gamma complex
#* Shine-Delgarno box

===17 januari 2020===
#a) Uitleggen start translatie initiatie bij eukaryoten. b) Hoe kan je de initiatie globaal reguleren?
# Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
# Wat is RecA? Waar vinden we het terug en hoe heeft men dat kunnen aantonen? Leg uit aan de hand van een tekening.
# 4 begrippen: riboswitch (afbeelding gegeven), attenuatie, Yeast to hybrid en wobble pairing

===13 januari 2020 NM===
#Wat zijn histonen en hoe reguleren ze de genexpressie?
#Leg de verschillende stappen van translatie elongatie bij prokaryoten uit en de factoren die hierbij nodig zijn.
#Leg het mechanisme van herstel van beschadigd DNA bij E.Coli uit.
#4 begrippen:
#*Sanger sequencing
#*Riboswitch
#*tekening R-loop
#*RecA

===13 januari 2020 VM===
#Geef de structuur, biosynthese van cap structuur van mRNA en vergelijk met prokaryoot.Wat zijn de effecten hiervan?
#Leg uit hoe het ara-peron wordt gereguleerd.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen:
#*DNA footprinting
#*stopcodonsurpressie
#*Tekening pausing & backtracking
#*OriC

===3 september 2019===
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Vergelijk aan de hand van een schema de translatie initiatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#4 begrippen:
#*zink vingers
#*stopcodonsurpressie
#*polysoom
#*rollende cirkel replicatie

===30 augustus 2019===
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Translatie elongatie bij eukaryoten
#Trombonemodel
#4 begrippen: Sanger sequencing, Riboswitch, figuur R-loop, RecA

===23 augustus 2019===
#Structuur histonen en hun effect op de genexpressie
#DNA schade en repair bij E.coli
#Gelijkenis tussen retrovirussen en transposons, verder toelichten op moleculair vlak
#4 begrippen: T(elomeer) loop, antiterminatie, yeast two hybrid methode en nog eentje maar die ben ik vergeten sorry xx

===21 januari 2019 NM===
#Structuur van C-terminaal domein en geef de functies ervan.
#Hoe kan je de start van transcriptie vanaf de promotor vinden (techniek)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?
#Begrippen: Rho onafhankelijke terminatie, Heat shock genes, U6, Wobble paring

===18 januari 2019 NM===
#Gegeven een tabel van genetische code. Leg uit waarom de genetische code zowel een bevroren geval als een resultaat van evolutie is.
#Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
#Door welke mechanismen kunnen bij DNA-replicatie beide strengen simultaan gerepliceerd worden?
#Begrippen: Antiterminatie, Yeast 2 hybrid, tekening van polyadenylatie, herschikking van immunoglobulinegenen.

===14 januari 2019 VM===
#Geef de structuur en functie van prokaryote sigma-factor(en).
#Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?
#Begrippen: S1-mapping, tekening van G-C binding, eIF2a, holiday-junctie

===24 augustus 2018===
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen bij prokaryote en eukaryote promotors die betrekking hebben op eiwit genen. (dus alleen Class 2 voor eukaryoten)
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#begrippen: Riboswitch, tekining Kozak sequentie, telomerase en cDNA-cloning (dit is vanaf mRNA naar DNA gaan om het in een vector in te bouwen, staat voor complementair DNA)

===29 januari 2018 VM===
#Welke rol spelen prokaryote sigma-factor(en) bij de transcriptie? Bespreek hun structuur en functie. (mondeling)
#Hoe kan men experimenteel de transcriptie-start van een gen bepalen voor een bepaalde promoter?
#Replicatie van lineair DNA (niet-circulair) met DNA polymerase vormt een probleem voor de cel. Wat is dit probleem? Hoe lost de cel dit probleem op?
#Begrippen: Riboschakelaar (riboswitch), cDNA-kloning, tekening van kozaksequentie, RecBCD reactieweg (mondeling)

===22 januari 2018 VM===
#Wat zijn histonen? Hoe zijn ze betrokken in de genexpressie? Bespreek het moleculaire niveau.
#Structuur en functie van catabolic activatior protein (cap)
#Waaorom past immunoglobine bij het hoofdstuk over transpositie?
#Begrippen: mRNA cap, tekening van backtracking, oriC, sanger-methode

===18 januari 2018 NM===
#Met welke methode kun je op experimentele wijze de relatieve hoeveelheid van mRNA aantonen?
#Wat is alternative splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Geef het mechanisme van translatie elongatie bij prokaryoten.
#Begrippen: Lacoperon met 3operatoren en CAPsite, Leu-zipper, peptidyltransfer en retrotransposon

===15 januari 2018 NM===
#Geef de verschillen bij transcriptie initiatie tussen prokaryoten en eukaryoten.
#Geef de verschillende mogelijkheden voor transcriptie terminatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#Begrippen: Sanger Sequencing, Zn-vingers, U2 (SNRNP), stopcodonsupressie.

===15 januari 2018 VM===
#Wat is alternatieve splicing? Hoe werkt het en wat is de functie ervan. Geef een concreet voorbeeld. (Mondeling)
#Leg op moleculair niveau translatie-elongatie cyclus uit bij prokaryoten. (Schriftelijk)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?(Schriftelijk)
#Begrippen: DNA-footprinting, figuur zink vinger, polysoom, Holliday junctie (Mondeling)

===6 september 2017 NM===
#Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
#Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: figuur Zn-vinger, polysoom, Shine-Dalgarno box, klem lader (clamp loader)

===28 augustus 2017 VM===
#Structuur, biosynthese en functie van cap bij mRNA van eukaroyten. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van prokaroyten?
#Welke methode(n) worden gebruikt voor het bepalen van de relatieve hoeveelheid van specifiek mRNA? Leg de werkwijzen uit.
#Wat is homologe recombinatie? Welke moleculaire processen vinden plaats en welke eiwitten zijn betrokken?
#Begrippen: Leu-zipper, nucleosoom, startcodon met kozak sequentie, dubbelstrengbreuk

===30 januari 2017 VM===
#Bespreek alternatieve splicing. Hoe werkt het en geef een concreet voorbeeld.
#Tabel van codons. Leg uit: dit wijzigt nooit maar toch is er sprake van evolutie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: DNA footprint, resolvase, Zink finger (op de tekening staan 3 zink fingers), polysoom

===23 januari 2017 VM===
#Bespreek aan de hand van een figuur het trombonemodel van DNA-replicatie. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-replicatie komen in dit model naar voor.
#Bespreek de structuur, functie en regulatie van de prokaryote sigma-factor(en).
#Op welke experimentele manier kun je de transcriptiestart met een gegeven promotor bepalen.
#Begrippen:
#*enhancer
#*cDNA kloning
#*figuur van heatshock gen
#*RecBCD-reactieweg

===20 januari 2017===
#transcriptie terminatie bij pro en eukaryoten uitleggen
#bespreek mRNA Cap-structuur bij eukaryoten (biosynthese, structuur, functie) en vergelijk met prokaryoten
#welke moleculaire processen helpen bij de start van translatie bij eukaryoten. (start van matuur mRNA)
#begrippen
#*enhancer
#*yeast two hybrid method
#*tRNA mimicry
#*herschikking van immunoglobinegenen

=== 19 januari 2017 NM===
#Hoe wordt het ara operon gereguleerd?
#Hoe beinvloeden histonen de genexpressie?
#Wat heeft immunoglobuline met transpositie te maken?
#begrippen
#*Sanger sequencing
#*zinkvinger (afbeelding)
#*polysoom
#*beta-klemlader

=== 16 januari 2017 NM===
#Scanningscomplex van translatie initiatie bij eukaryoten
#Methoden om binding van eiwitten aan DNA te bestuderen
#recA welke functies en werking
#begrippen
#*sanger sequencing
#*tekening zink vingers
#*U2 snRNP
#*stopcodonsuppressie

===16 januari 2017 VM===
#telomeren
#transcriptie bij eukaryoten
#intron/extron splicing
#begrippen
#*cDNA
#*enhancer
#*tekening RNA mimicry
#*recombinatie bij hemoglobine

===16 aug 2016 NM===
#Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?
#Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)
#Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
#Woordjes:
#*Sanger methode
#*Tekening Zinkvinger
#*histonacetyltransferase HAT
#*DNA-mismatch repair

===27 januari 2016===
#Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie
#Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten
#Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.
#Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA

===25 januari 2016===
#trp en attenuatie
#chromatinestructuur
#translatie initiatie eukaryoten + regulatie
#Woordjes:
#*foto footprinting
#*cap mRNA
#*base-excinsieherstel
#*retrotransposons

===18 januari 2016 VM===
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.
#Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.
#Woordjes:
#*Sanger-sequencing
#*Foto van antiterminatie â€“ terminatie
#*Nucleosoom
#*DNA-mismatch repair

===15 januari 2016 NM===
#Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;
#Kleine vraagjes:
#*Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.
#*Leu-zipper
#*Peptidyltransferase
#*Retrotransposons

===14 januari 2016 NM===
#Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.
#Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen.
#BacteriÃ«le transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.
#Woordjes:
#*Northern blotting
#*wobble base paring
#*u6
#*en zo die haarspeld van heatshok

===13 januari 2016===
#Terminatie van transcriptie bij prokaryoten
#Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II
#Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen
#Woordjes:
#*S1 mapping
#*RNA-DNA hybride met intron
#*eIF2 alfa
#*Holliday junctie

===26 januari 2015===
#5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna
#catabolic activator protein structuur en functie
#wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op
#tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination

===14 januari 2015===
#verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten
#alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven
#genconversie uitleggen aan de hand van een figuur
#woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning

===12 januari 2015 (NM)===
#Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen
#Splicing
#RecBCD
#begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e

===12 januari 2015 (VM)===
#transcriptie-initiatie
#translate-elongatie
#transposons bacterie
#woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie

===16 jan 2015===
#Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?
#Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.
#Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?
#Kleine vragen:
#*Afbeelding van een Zn-Vinger
#*Wat is een replisoom?
#*Wat is stopcodon supressie.
#*Bespreek de beta klemlader.

===3 september 2014===
# Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
# Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).
#* Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?
# Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
# Termen:
#* Northern Blotting
#* topoisomerase
#* alternatieve splicing
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===28 Augustus 2014===
# Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?
# Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.
#* Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)
# Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?
# Termen:
#* DNA footprinting
#* telomerase
#* Rollende cirkel replicatie
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===27 januari 2014 (voormiddag)===
# hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)
# waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?
# translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen
# woordjes:
#*antiterminatie
#*ticketing hypothese ofzoiets
#*BER
#*van die eiwitten iets met die herschikkingen

===17 jan 2014 (namiddag)===
#bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten
#bespreek de translatie elongatie cyclus
#bespreek RNA splicing
#woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie

===16 jan 2014 (namiddag)===
# Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteÃ¯ne (CAP)
# Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie
# Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?
# Leg uit:
#* nucleaire receptoren
#* polyadenylatiesignalen
#* stopcodonsuppressors
#* bacteriÃ«le transposons

=== 15 jan 2014 (voormiddag) ===
# Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.
# Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.
# De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Epitoop tagging
#* Type II introns
#* Kozak sequentie
#* Holliday-verbinding

===13 jan 2014 (namiddag) ===
# Transcriptie initiatie bij prokaryoten
# Splicing
# Leg uit:
#*A-DNA
#*Southern blotting
#*HAT
#*eIF4E
# Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)

===13 jan 2014 (voormiddag)===
# bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen
# mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot
# wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe
# leg uit:
#*rho
#*zinkvinger
#*peptidyltransferase
#*splicingsignalen

=== 28 jan 2013(voormiddag) ===

# Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.
# Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* cDNA kloning
#* Figuur van polyadenyleringscomplex
#* Heat shock response
#* Rolling circle replicatie

=== 16 jan 2012(voormiddag) ===

# Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.
# Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Zinkvinger
#* Ribozyme
#* Tekening van tRNA-mimicry
#* Telomerase

=== 24 jan 2011 (voormiddag) ===

idem 18 januari 2010

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beÃ¯nvloeden
# Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit.
#* Leg uit
#* hoe doet men dit experimenteel
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte
#* lariat
#* eIF2 alfa
#* wobble
#* tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)

=== 17 jan 2011 (voormiddag) ===

# Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoÃ«nzym)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten
# Verklaar:
#* Lysogenie
#* Histon H1
#* RT-PCR
#* Fig. 21.34 (onderste deel alleen)

=== 29 jan 2010 (voormiddag) ===

# Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.
# Fig 21.18
# Bespreek kort:
#* C-waardeparadox
#* Kozak-sequentie
#* Epitope tagging
#* EF-Tu

=== 19 jan 2010 ===

# Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.
# Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?
# Bespreek kort:
#* Riboswitch
#* TATA
#* Zinkvinger
#* Figuur met vorming thÃ¨ta-structuur

=== 18 jan 2010 ===
# Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.
# Bespreek fig. 14.27
# bespreek kort:
#* Ribosoombindingsplaats
#* Moleculaire mimicrie
#* RACE
#* beta-clamp

=== 11 jan 2010 ===
# Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.
# bespreek kort:
#* lysogenie
#* H1 histonen
#* RT-PCR
#* Fig 21.34

----

=== 19 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.
# RNA-editing
# fig 4.11
Kaartjes:
# Zink-vinger
# Nick-translatie

=== 16 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.
# Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.
# fig. 14.1
Kaartjes:
# Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.
# Plaatsgerichte mutagenese.

=== 15 jan 2009 (De Ley)===
# DNA:
#* Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).
#* Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.
# Bespreek de eukaryotische polymerases.
# Figuur van pBR322 bespreken.
Kaartjes:
# Zink-vinger
# fig 9.7

=== 25 jan 2008 (De Ley)===
# Plaats gerichte mutagenese.
# Trp operon.
# Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)
# Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.
# Foto van RNA editing.
Kaartjes:
# Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.
# Verschil tussen DNase en DMS footprinting.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)
# Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)
# figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)
Kaartjes:
# Merodiploid: constitutieve operator.
# ProteÃ¯ne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).

=== 17 jan 2008 (De Ley)===
# Expressievectoren.
# Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).
# fig 9.14 (vierde editie)
Kaartjes:
# Epitope tagging
# fig 13.10

=== 14 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek het trp operon.
# Bespreek site-directed mutagenesis.
# vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.
Kaartjes:
# Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.
# De C-waarde paradox.

=== 26 jan 2007 (De Ley)===
# Prokaryoot RNApolymerase en sigma.
# Figuur van RNAlooping.
# S1mapping en primer extension.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Transcriptieterminatie bij prokaryoten.
# RNAediting.
# Figuur van pBluescript.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Reassociatie kinetica.
# Alles over chromatine en H1.
# Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).
Kaartjes:
# Bespreek de sigmacyclus.
# DNA transcriptie.

=== 24 jan 2007 (De Ley)===
# Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.
# Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.
# Foto van R-looping experiment.
Kaartjes:
# Plaque hybridisatie.
# Dnase(1)-hypergevoeligheid.

=== 16 jan 2007 (De Ley)===
# Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteÃ¯nen en hun zuivering).
# Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).
# Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.
Kaartjes:
# Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.
# Figuur 9.18a pag 259 bespreken.

Levensmiddelenchemie en -technologie

2025-12-26T14:36:04Z

R0986077: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

(2025) Vak gegeven door Christophe Courtin. Mondeling examen, 4/5 vragen waarvan een over het gekozen levensmiddel.

==Examenvragen==
===20/08/2025===
#Bespreek waarom een langere houdbaarheid belangrijk is (man verwacht een lang antwoord met zeker transporteerbaarheid, schaalvergroting,...) en welke methoden/middelen hiervoor bestaan (alles omtrent hygiëne, chemische/fysische contaminenten, enzymen, zure fermentatie)
#Bespreek de productie van kaas (vergeet narijping en het toevoegen van aminozuren/peptiden niet)
#Korte vragen:
##Geef een proces om van onverzadigde naar verzadigde vetzuren te gaan
##wat is het verschil met cacaovet en boter (iets dat cacaovet geëxtraheerd wordt met hexaan en daardoor niet echt cacaoboter is)
##wat is glyfosaat
##Geef 3 sensorische verschiltesten
##Wat is chaptilisatie
#Productvraag: check hoe je je watergehalte weet (100%-ingrediënten%)

===18 januari 2024:===
#bespreek het belang van enzymen binnen de levensmiddelensector (vergeet niet endogene enzymen ook te bespreken).
#Geef schematisch het hele proces voor de productie van soja-olie en bespreek voor elke stap beknopt waarom we dit doen.
#korte vragen:
##wat is glyfosaat?
##Welk soort panel gebruik je bij affectief sensorisch onderzoek?
##Wat is groenmout?
##nog een vraagje (vergeten)
#productvraag
##vraag over calorieberekening en over de oorsprong van de ingrediënten.

===12 januari 2024===
#Wat zijn de oorzaken van ranzigheid bij levensmiddelen, wat zijn de gevolgen ervan en wat kan men eraan doen om ranzigheid te vermijden?
#Geef de 4 fermentaties die kunnen voorkomen tijdens het productieproces van rode wijn en bespreek.
#Korte vragen:
##Hoeveel rijst wordt er wereldwijd geproduceerd per jaar?
##Op welke twee manieren kan je de energiedichtheid verlagen?
##Leg uit: post-ontgommen.
##Welke drie soorten energiegebruik zijn er en in welk aandeel komen ze voor?
##Wat is 'flavour'?

===20 januari 2023===
#'Niet veilig voedsel is geen voedsel', Hoe wordt veiligheid van voedsel gegarandeerd? bespreek en illustreer met voorbeelden
#Geef het productieproces van melkchocolade
#Korte vragen:
##Hoeveel rijst wordt er wereldwijd geproduceerd?
##Op welke twee manieren kan je de energiedichtheid verlagen?
##Leg uit post-ontgommen
##Welke drie soorten energiegebruik zijn er en in welk aandeel komen ze voor?
##Wat is 'flavour'?
#Productvraag
##Bereken en bespreek energie-inhoud
##Geef twee kritische controlepunten in het productieproces
##Hoe lang is het product houdbaar? Welke constituenten beperken de houdbaarheid en hoe is het product hieraan aangepast?
##Wat is het belangrijkste constituent en wat is de bron ervan?

===22 augustus 2022===
#Waarom is langere houdbaarheid zo belangrijk in onze maatschappij? Waarom en hoe hebben we dit aangepakt? Bespreek de concepten en illustreer met concepten uit de cursus.
#Productieproces melkchocolade
#Korte vragen (max 20 woorden uitleg):
##Wat is glyfosaat? Voor wat wordt het gebruikt?
##Malolactische fermentatie.
##Gebruik van asparaginase.
##Hoeveel maïs wordt er jaarlijks geproduceerd? (1 miljard ton)
##Wat is HFCS? Hoe wordt het gemaakt?
#Productvraag
##Bespreek energieinhoud.
##Leg de verpakking uit in functie van de chemische samenstelling
##2 kritieke punten uitleggen in het productieproces.
##Voornaamste nutriënt in het product en waar komt het vandaan.

===21 januari 2022===
#Wat zijn enzymen? Wat is hun toepassing in de voedingsindustrie?
#Bespreek de extractie van ruwe sojaolie. Bespreek daarna de raffinage ervan met 10 steekwoorden.
#Korte vragen:
##Wat zijn polyolen?
##Wat is glyfosaat
##Hoe kan je de energie-inhoud van een levensmiddel verlagen?
## Wat is chymosine?
## nog eentje

===23 januari 2021===
#Bespreek stabiliteit lipiden (structuur, toepassing, vormen, problemen, voorkomen) in een brede omkadering omtrent levensmiddelen.
#Geef blancheren van groenten.
#Korte vragen:
##Wat is miso?
##Wat is wrongel?
##Wat is het suikerpercentage waarbij druiven worden geplukt en waarom?
##Wat is chemisch gezien Bt-toxine?
##Wat zijn polyalcoholen?

===30 januari 2020 NM===
#Geef de maatregelen die nodig zijn om chemische contaminatie en chemisch bederf tegen te gaan. Geef indien mogelijk voorbeelden uit de cursus.
#Geef schematisch het verschil tussen productie van bier, wijn en rijstwijn.
#Korte vragen:
##Hoeveel kcal zitten er ongeveer in 100g rauwe steak?
##Leg tempereren uit.
##Wat zijn de drie verschillende soorten energie?
##Geef de 2 belangrijkste GM modificaties.
##Wat is miso?

===24 januari 2020 VM===
#Ranzigheid is een probleem in levensmiddelen. Door welke mechanismen gebeurt dit? Welke gevolgen heeft het? Welke technologische toepassingen zijn er om dit probleem tegemoet te komen?
#Proces van rijstwijnproductie (proces is volgens hem van grondstof tot eindproduct dus filtreren, pasteuriseren moet hier ook bij)
#Korte vragen:
##Waarom voeg je SO2 toe aan wijn?
## Vergelijk stijging graanproductie de laatste 55 jaar met de stijging plantaardige olie.
##Wat is lactulose (ook weten uit wat dat ontstaat)
##Homolactisch en heterolactisch
##Commerciële sterilisatie

===20 januari 2020 VM===
#Waarom is langere houdbaarheid zo belangrijk in onze maatschappij? Waarom en hoe hebben we dit aangepakt?
#Geef het productieproces van kaas.
#Korte vragen:
##Hoeveel van het familiaal inkomen geeft de Belg gemiddeld uit aan voeding?
##Wat is lactulose?
##Isohumulonen
##Waarvoor dient zwaveldioxide in de wijnproductie?
##Postprandiale verzadiging
#Productbespreking

==='''1 februari 2019 VM '''===
#Welke middelen heeft de levensmiddelenindustrie tot haar beschikking om te zorgen dat een levensmiddel de consument veilig bereikt?
#Geef bier proces schematisch en beschrijf kort de functies
#Korte vragen:
##miscella
##Hoeveel graan wordt er jaarlijks geproduceerd?
##flavour
##cellofaan
##isoflavonen

===25 januari 2019 VM===
#De afstand tussen landbouwer en consument is in de loop van de geschiedenis veel langer geworden. Wat waren hier de oorzaken van en waar leidde dit noodzakelijkerwijs toe?
#Bespreek de stabiliteit van lipiden in levensmiddelen.
#Korte vragen:
##Wat is ontgommen?
##Definieer de Queteletindex.
##Wat is de link tussen de Coca Cola-crisis en de PCB-crisis?
##Waarom slaat men het deeg door bij broodbereiding?
##In ons lichaam wordt energie voor 3 dingen gebruikt, dewelke? (basaal metabolisme, vertering en fysieke activiteit)

===1 februari 2018 VM===
#Op welke manier zijn enzymen belangrijk in de levensmiddelenproductie?
#Geef de stabiliteit van lipiden.
#korte vragen:
##wat is de belangrijkste enzymatische reactie in levensmiddelenproductie?
##wat is anandimide?
##wat is het belangrijkste om verhoogde welvaart te hebben?
##wat is het verschil tussen sojaproteïne bloem en sojaproteïneconcentraat?
#productbesprekeking

===26 januari 2018 VM===
#Geef de directe en indirecte criteria van kwaliteit van een levensmiddel.Bespreek hoe verpakking en verpakkingstechnologie kan ingrijpen op genoemde aspecten van kwaliteit. Zie cursus/dropbox
#Bespreek de solventextractie van sojaolie Zie cursus
#Kleine vragen
##Wat betekent retronasaal? ''Vluchtige geurstoffen (aroma's) die door de keelholte naar de neusholte migreren | tegenhanger van orthonasaal met resp geuren.''
##Wat is postprandiale verzadiging? ''Verzadigingsgevoel door gevulde maag.''
##Wat is chaplisatie? ''Suiker of druivenconcentraat toevoegen aan de most ter verhoging van suikergehalte | Mag enkel in noordelijke streken, verboden in zuidelijke gebieden.''
##Waarom is vermouting zo belangrijk? ''Kiemen van de gerst zorgt voor '''aanmaak''' enzymen (amylasen en proteasen) die resp. zetmeel en proteïnen afbreken tijdens het maischen. tot resp. maltose (+ glucose) en aminozuren om deze beschikbaar te maken voor de gisten.''
##Hoe zorgt fermentatie van melk voor een betere bewaarbaarheid? ''Afbraak van lactose tot lactaat: suikers niet meer beschikbaar voor andere MO en verlaging pH -> inhibitie van groei.''
#Productbespreking

===23 januari 2017 VM===
#Geef de directe en indirecte criteria van kwaliteit van een levensmiddel.Bespreek hoe verpakking en verpakkingstechnologie kan ingrijpen op genoemde aspecten van kwaliteit.
#Geef en bespreek 4 soorten van fermentatie die kunnen optreden bij de productie van wijn.
#Bespreek invloed van temperatuur en watergehalte op bederf. wat besluit je hieruit.
#Kleine vragen (max. 20 woorden per antwoord):
##Wat is meso?
##Hoeveel graan wordt er jaarlijks geproduceerd?
##Waarom wordt benzoëzuur gebruikt in levensmiddelen?
##Wat zijn polyolen?
##Wat verstaan we onder netto metaboliseerbare energie?

===17 januari 2017 VM===
#bespreek zo volledig mogelijk hoe de voedingsindustrie de vraag van de consument naar een constante en hoge organoleptische kwaliteit tegemoet gaat.
#bespreek de productie van kaas
#Juist of fout? Analytisch sensorisch onderzoek is belangrijker dan affectief sensorisch onderzoek bij het produceren van een nieuw levensmiddel. Bespreek
#begrippen:
##sorbinezuur
##oorsprong Bt-toxine
##heterolactische fermentatie
##polyolen
##netto metabolariseerbaarde energie

===24 augustus 2016===
#Wat zijn de criteria van een kwalitatief product? Hoe werkt de verpakking hieraan mee?
#Bier, wijn en Sake party
#Je koelt sojaolie, wat komt eruit?
#begrippen:
##Suiker bij de wijn doen
##Eesten
##Melk+bacterie blijft lang goed, why?
##Dem maag signals of geen honger
##Restronasaal

===17/6 namiddag===
#De smaak van een levensmiddel verandert van gisteren op vandaag op morgen. Bespreek en geef voorbeelden vanuit de cursus. (alles dus van bederf tot toestand van de proever van vluchtige geurstoffen van stoffen in uw verpakking)
#Transvetzuren kom in de natuur niet voor. Juist of fout? verklaar
#Rijstwijn proces uitleggen
#Begrippen:
##Wanneer ben je zwaarlijvig?
##Verklaar BRC
##Gelijkenis tussen roken en zouten
##Wat is ontgommen van olie?
##Wat zijn PCB's?
#Productbespreking

===Examen vragen===
#geef de directe en indirecte criteria voor kwaliteit van producten en leg uit hoe verpakking en verpakkingsprocedure hier toe kan bijdragen (allee of zoiets toch)
#classificatie van koolhydraten en waar ze voorkomen
#winterisatie
#woordjes :
##chaptalisatie
##postgrandiaal
##retronasaal
##hoe fermentatie van melk bijdraagt tot bewaring
##ik denk nog een maar weet ik niet meer

===20 januari 2015===
#Bespreek de hoe de afstand tussen de landbouwer en de consument groter is geworden. Welke ontwikkelingen hebben hiertoe bijgedragen?
#GM voeder en voedsel
#Leg de fermentatie van groenten uit
#Begrippen
##homigeniseren als eenheidsbewerking
##ME
##pH van wijn
##halo-effect
##in welk proces worden PAKâ€™s gevormd?

===19 januari 2015 (nm)===
#Hoe kan men het probleem van lactose intolerantie oplossen in levensmiddelen?
#Transvetten zijn slecht? Leg uit.
#Bespreek het hele productieproces van soja-olie
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Stimulusfout
##malolactische fermentatie
##vermouten

===19 januari 2015 (vm)===
#Bespreek veranderingen die optreden bij bewaring en geed drie mogelijke (liefst beste) oplossingen voor problemen die daardoor veroorzaakt kunnen worden. /react-text
#Bespreek Pringles als voorbeeld van hyperindustrialisatie. /react-text
#Geef een overzicht (schema/tabel) van de verschillende koolhydraten en hun voorkomen. /react-text
#Verklaar kort:
##soutirage
##ligase /react-text
##fermentatietechnieken met melk
##basisprinpice enzymwerking

===15 januari 2015===
#Bespreek chocoladeproductie van cacaopod tot product, refereer over de hele cursus.
#Welke risico's zijn verbonden aan GM op vlak van voedsel?
#Bespreek de voor- en nadelen van het verwerken van levensmiddelen.
#Verklaar kort:
##inleggen
##waarom bepaalde delen van de plant van van industrieel belang zijn
##post-ontgommen
##chaptalisatie

===24 januari 2014 (VM)===
#Bespreek Pringles als voorbeeld van hyperindustrialisatie
#Vergelijk de Dioxine crisis en Coca Cola Crisis in tabelvorm
#Bespreek de extractiestap in de productie van Sojaolie in detail
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Waarom worden groenten ingelegd?
##Wat is flavour?
##Wat is tristearine?
##Wat is Nuruk?
##Product

===20 januari 2014 (VM)===
#Waarom is houdbaarheid belangrijk? Wat zijn de mogelijke manieren om houdbaarheid te bekomen?
#Bespreek het verband tussen vleesconsumptie en een duurzame voedselproductie.
#Winterisatie bij sojaolie
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Wat is postabsorptieve verzadiging?
##Wat is daidzeine?
##Wat is het doel van tempereren?
##waaruit is inuline opgebouwd?

===17 januari 2014 (NM)===
#Welke middelen heeft de levensmiddelenindustrie tot haar beschikking om te zorgen dat een levensmiddel de consument veilig bereikt?
#Vergelijk de essentiele elementen in de productie van bier, wijn en rijstwijn in tabelvorm.
#Bespreek de voor- en nadelen van verwerking van levensmiddelen.
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Welk soort chemische reactie is de meest gekatalyseerde door enzymen in de levensmiddelenproductie?
##Wat is daidzeine?
##Welke doel heeft blancheren?
##Wat verstaan we onder het 'halo'-effect?
##Geef de criteria van kwalilteit van een levensmiddel in dalende volgorde van belangrijkheid.

===16 januari 2014 (VM)===
#Waarom is houdbaarheid zo belangrijk en wat doet de mens om voor langere houdbaarheid te zorgen + voorbeelden
#Technologische oplossingen voor lactose-intolerantie
#Bespreek fermentatie bij cacaobonen
#Woordjes:
##postabsorptieve verzadiging,
##maischen,
##belangrijkste bestanddeel verzerkt kaas,
##doel maceration carbonique,
## duo/trio test (korte uitleg)

===13 januari 2014===
#ranzigheid komt veel voor in voeding. welke technologische oplossingen bestaan er voor dit probleem?
#wat is de werking van rennet?
#wat zijn de voor- en nadelen van de Atwaterfactoren?
#vijf termen:
##hoe is inuline opgebouwd?
##wat is de quetelet-index
##welke zijn de twee belangrijkste natuurlijke bronnen van sucrose?
##wat is melamine

===29 januari 2013===
#Waarom is houdbaarheid belangrijk? Wat doet de mens om voor langere houdbaarheid te zorgen en geef hierbij voorbeelden. We geven steeds minder uit aan voeding. Dit lijkt onlogisch. Bediscussieer. Geef de voor- en nadelen van verwerking.
#Korte vragen, korte antwoorden
##Hoeveel van het voedsel in ons land is geïmporteerd
##Wat is de dierlijke variant van zetmeel
##Wat betekent hedonisch

Grondslagen van de Chemie

2025-01-17T09:31:49Z

R0986077: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Basisvak chemie voor 1e bachelor chemie, biochemie, biologie en geologie.
Gedoceerd door professor Koen Clays (sinds academiejaar 2013-2014, daarvoor door Prof. Bart Goderis). Het examen is volledig schriftelijk.

Alle opgeloste oefeningen van jaar 2018 + extra vraagjes door Elisabeth Isebaert: https://drive.google.com/file/d/19sGYg7UWTPcss0pZICDbe9WzT9T3Zwrb/view?usp=drive_link
Enkele examenvragen van Koen Claeys uitgewerkt: https://drive.google.com/file/d/1d1AIDOuh7TN0IieKpvRVn9zy544TLF2n/view?usp=sharing

''academiejaar 2022-2023''
* Aanpak vak
** Gegeven door Prof. Koen Clays
*** Werkt vaak dingen uit op het bord die zeer nuttig/noodzakelijk zijn op een examen te vermelden, lessen volgen zijn dus wel zeker sterk aan te raden! Zeker omdat deze niet opgenomen worden. In 2023-2024 stonden er wel opgenomen powerpoints op Toledo van coronatijd maar die waren enkel nuttig als je iets niet begreep tijdens het studeren.
** Examen volledig schriftelijk: 10 punten op 2 theorie vragen, 6 punten op 2 oefeningen.
** Examen + practica
* Kwaliteit cursus
** Cursustekst voldoende om te slagen
* Examenvragen
** Vergelijkbaar met de tussentijdse toets maar theorievragen op de tussentijdse toets zijn opgedeeld in tussenvragen. Onderaan de pagina staat hoe het op het examen gevraagd zal worden.
** Theorievragen komen vaak terug
** Oefeningen zijn zeer vergelijkend met die van de oefenzittingen, maak ook zeker de makkelijke oefeningen opnieuw want deze kunnen ook voorkomen
** Vooral deel E is enorm belangrijk!!
* Practica
** Is goed te doen, bereid de practica op punten goed voor!!
* Oefenzittingen
** Op de website van bios staan de oplossingen van enkele jaren geleden, zijn niet exact hetzelfde, maar het principe komt steeds op hetzelfde neer

==Examenvragen==

=== 14 Januari 2025===
Prof heeft tegen de ombuds gezegd dat hij dit jaar 'iets nieuws wou proberen met de theorie', dus nieuwe vragen vanaf nu (?)
Theorie:
#Gegeven de ligandenuitwisselingsreactie: Co(CN)5(H2O)2- + I- --> Co(CN)5(I)3- + H2O en de snelheidsvergelijking: v=(a[Co(CN)5(H2O)2-][I-])/(b+c[I-])
a) Stel een plausibel reactiemechanisme op dat de snelheidsvergelijking beantwoord.
b) Wat kan je zeggen over het evenwicht van deze reactie?
c) Is de reactiesnelheid sneller bij metathesereacties?
#Een stuk tekst uit een krant over magnesiumwinning door een bedrijf dichtbij de zee, er wordt ook chloor opgeleverd (Tip:Er werd daar vroeger ook aardolie gewonnen). Leg uit waarom het goed is voor een bedrijf om dit te doen, geef alle reactievergelijkingen die je gebruikt bij de uitleg.

Oefeningen:
#Bepaal de oplosbaarheid van AgOH in een oplossing van 0.60 M HIO.
#Gegeven: N2H4 + 2 H2O2 --> N2 + 4 H2O
a) (Boven/Onder) (omcirkel) welke temperatuur is deze reactie spontaan?
b) Hoeveel warmte (Komt vrij/Neemt de reactie op) als er 0.020l H2O2 reageert bij 101325Pa en 25°C?

=== 23 Augustus 2024===
Theorie:
#Wat bepaalt de ruimtelijke structuur van een covalent gebonden molecuul. Geef eerst in het algemeen hoe je te werk gaat, en toon daze werkwijze aan met 4 verschillende, duidelijke, relevante voorbeelden die verschillende scenario's voldoende duiden. (./4)
#Wat gebeurt er bij de elektrolyse van water: (./6)
a)Zonder zout
b)Met weinig zout
c)Verzadigde oplossing van NaCl (Pekel)

Oefeningen:
#Gegeven AgBr (./4)
a)Wat is de oplosbaarheid in zuiver water
b)Je voegt natriumthiosulfaat (Na2S2O3) toe, dat de oplosbaarheid zal verhogen. Bereken de concentratie Na2S2O3 nodig om 10g AgBr in 500ml water op te lossen.
c)Complexatie met het centraal kation is 1 manier om de oplosbaarheid te doen laten stijgen van een zout. Wat is nog een andere methode om de oplosbaarheid te verhogen? Waarom is deze methode niet zo efficiënt voor AgBr.
#Sucrose (C12H22O11) hydrolyseert met een overmaat water tot glucose en fructose (Beide C6H12O6). De concentratie aan glucose wordt gevolgd in functie van de tijd. De begin concentratie van sucrose is 0.500M. Bepaal grafisch zowel de orde als de snelheidsconstante ten opzichte van sucrose. (./2)
C12H22O11 + H20 -> C6H12O6 + C6H12O6

Tabel concentratie glucose in functie van de tijd:
Concentratie (in M) en Tijd (in minuten)
0 bij 0 minuten
0.050 bij 30 minuten
0.095 bij 60 minuten
0.135 bij 90 minuten
0.234 bij 180 minuten
0.358 bij 360 minuten

=== 16 januari 2024===
Theorie:
#Bereken de chemische en fysische roosterenergie voor de vorming van een ionbinding. Geef de principes/formules waarop beide berekeningen zijn gebaseerd (a). Geef je berekeningen weer(b) en vergelijk beide bekomen waardes en verklaar indien verschillend (c). ANTW A: fysisch (formule roostenergie met Madelungconstante) + chemisch (wet van Hess) (a); ANTW B: exacte methode = deel A.3.1.d. (verband tussen ionbinding, atomaire eigenschappen en thermodynamica); ANTW C: fysische berekening is enkel obv interactie-energie en verwaarloost afstoting op korte afstand (zie pagina hierboven).
#Geef (allemaal verschillende) vier kationen en vier anionen. Geef een chemische eigenschap voor elk van de ionen (bv. zuur, base, oxidans, reductans, ligand, centraal metaalkation), geef aan of het ion in kwestie zwak/sterk is voor deze eigenschap. ANTW: voorbeelden uit boek(Deel E), tabellen gebruiken of BOD opzoeken obv K-waarden/E-waarden

Oefeningen:
#Oefening 1a: Cu(IO_3)2 is slecht oplosbaar in zuiver water. Door toevoeging van NH3 kan de oplosbaarheid verhoogd worden doordat complexatie optreedt ter vorming van het aminecupraatcomplex (Cu(NH3)^2+). Hoeveel NH3 heb je nodig om 20,67g van het zout volledig op te op te lossen in 200ml?
#Oefening 1b: Daarna ontstaat er ook Cu(OH)_2 -neerslag. Bewijs.
#oefening 2: Bereken de K_b-waarde van het oxalaation (C2O4^2-) in water obv van thermodynamische gegevens, vergelijk vervolgens met de K_b-waarde bekomen uit de zuurconstantetabel.

=== 17 januari 2023===

Theorie:
# Bij welke reacties gebruik je een katalysator en bij welke is quenchen van toepassing? (bij elk een voorbeeld geven + afleidingen formules en verduidelijking hierbij + grafieken)
# Halfreacties autoaccu (functies chemische elementen geven, welke richting oplaad en welke ontlaad, waarom die fasetoestand bij lood)

Oefeningen:
# Geometrie, hybridisatie, polair/apolair (uitleggen waarom) van SO3(2-)
# pH bepalen van 0.4M Na2SO3
# Oplosbaarheid van PbI2 berekenen + hoeveel KCl toevoegen ter vorming van Pb(Cl)4(-) bij een bepaalde concentratie aan PbI2 + wordt er nog neerslag gevormd

=== 23 augustus 2022===
Theorie:
# Schrijf uit hoe je bekomt tot reactie 7 (pagina 119 BOD) en leg je redeneringen uit. (reductie half reacties- reactie uitgeschreven op bord in de les)
# Leg de relevantie van de ladingsdichthied (niet electronendichtheid) in de scheikunde uit. [antw.: complexatie en neerslag reacties, in zuur als protontransfer van Hˆ+ (te grote ladingsdichtheid om te bestaan), electrontransfer reacties]

Oefeningen:
# HCN toevoegen om Co(OH)2 beter op te lossen. Welke HCN-concentratie nodig om 6,79 g Co(OH)2 in oplossing te brengen in 250 mL water? (Analoog oefening 8 E4)
# Is volgende reactie aflopend bij 40 graden celcius? 2NH4NO3 <--> 2N2 + 4H2O + O2 (zie o.a. oef 4/6/7/E5 deel D)

=== 18 januari 2022 ===
Theorie:
1. Hoe kan je de snelheid van een reactie verhogen, wat gebeurt er met het evenwicht?
2. Buffers: vuistregels + afleiding, verband met titratie, is bloed een goede buffer?

Oefeningen:

oefening 1:
a. molaire oplosbaarheid van Ag2Cr2O7 in zuiver water
b. hoeveel NH3 nodig om 0,100 mol AgI op te lossen in 0,500L (Ag(NH3)2^+ wordt gevormd)
c. toon aan dat er geen AgOH neerslag gevormd wordt

oefening 2:
a. redoxreactie opstellen voor N2/NH2OH en Al(OH)4^-/Al
b. toon aan dat de reactie aflopend is bij 25°C

=== 16 augustus 2021 ===
Theorie:
#Op welke manieren kan je de snelheid van een reactie vergroten, leg uit wat er dan ook met de evenwichtsconstante gebeurt. Verandert hierbij de ligging van het evenwicht? Gebruik formules of figuren om dit aan te tonen
#Op welke manier beïnvloedt complexatie het redoxpotentiaal van een metaal? Leg uit, geef een voorbeeld. In de natuur wordt Fe gebruikt voor reversibele redoxreacties. Waarom?

Oefeningen:
#Boven of onder welke temperatuur gaat deze reactie spontaan op: O2 (g) + N2 (g) —> 2NO (g)
#HCN verhoogt de oplosbaarheid van Fe(OH)2, hoe groot is de concentratie van HCN die je nodig hebt om 250 ml 3,37g Fe(OH)2 in oplossing te brengen?”

=== 6 januari 2021 ===
Theorie 1:
#Bespreek alle K’s die we hebben gezien in de cursus en geef een voorbeeld waarin hun definitie duidelijk wordt. Indien je iets kan zeggen over K>>1 K=1 en K<<1, voeg je dit hieraan toe.
#Gebruik een voorbeeld uit 1a en leg uit hoe je K puur theoretisch kunt vinden.
#Geef een mogelijk verband tussen K en k indien er een is.

Theorie 2:
Bespreek de elektrolyse van water zonder NaCl, met een beetje NaCl en met veel NaCl.

Oefening 1:
Bewijs dat dankzij de complexvorming, PbCl2 niet neerslaat, wanneer we 50ml Pb(NO3)2 (0,4M) bij 50ml BaCl2 (0,6M)doen.

Oefening 2:
0,700M NaHSO3 en 0,450M Na2SO3
#Bereken de pH.
#Bereken de pH bij het toevoegen van 20ml KOH.
#Bij welke concentratie aan NaOH de buffer (100mL) niet meer werkt.

=== 13 augustus 2020 ===
Theorie:
1) Leg homogene, heterogene en enzymatische katalyse uit. Geef ook telkens een voorbeeld. Leg de gelijkenis tussen heterogene en enzymatische katalyse uit. Leg de gelijkenis tussen homogene en enzymatische katalyse uit. /4
2) Vergelijk chroomvocht (dichromaat in zwavelzuur), piranhazuur (waterstofperoxide in zwavelzuur), koningswater en cyanide in base als oplosmiddelen voor (edel)metalen. /6

Oefeningen:
1) Bereken de oplosbaarheid van AgBr in een 0.053M NH3 oplossing. Ag(NH3)2- wordt gevormd.
2) Is volgende reactie (reactie gegeven) aflopend bij 68 graden C? Toon aan met berekeningen.

=== 15 januari 2020 voormiddag ===
Theorie:
1) Hoe evenwicht verschuiven naar kant van producten, verandert er iets aan de snelheid?
2) De ruimtelijke structuur van de covalente binding, 4 relevante voorbeelden geven en bespreken.

Oefeningen:
1) Bereken Kd van complex Ag(CN)2 adhv thermodynamische eigenschap bij 25°C
2) Na3PO4 0.045 M: bereken werkelijke concentraties van PO43-, Na+, HPO42-, H2PO4-, H3PO4, H3O+, OH- en bereken de pH.

=== 14 januari 2020 namiddag ===
theorie:
#Hoe verklaar je de werking van een "hoog-rendements" brander voor een centrale verwarming? Welke aanpassingen dienen er te gebeuren in vergelijking met een klassieke brander
#Bespreek de dissociatie van HgCl2. Waarmee is dit te vergelijken?

oefeningen:
#Je voegt 50 mL van een 0.0200M AgNO3 - oplossing toe aan 50 mL van een 0.0300M NaCN-oplossing. Zal AgCN neerslaan, ondanks de complexvorming (Kst Ag(CN)2- = 2.5 x 10^20). Verwaarloos de basische eigenschappen van CN-
#Bepaal grafisch orde van de reactie, de snelheidsconstante en halfwaardetijd. Je krijgt de beginconcentratie van het reagens gegeven, en het verloop van de concentratie van een product. (Dus je moet nog berekenen, hoe het verloop van de concentratie van het reagens gaat)

=== 13 januari 2020 namiddag ===
theorie:
1) bespreek de elektrolyse van water of in een waterige oplossing van zeezout (NaCl) voor volgende situaties: zonder toevoeging van zout, bij toevoeging van een beetje NaCl, bij toevoeging van veel NaCl
2) Bespreek homogene, heterogene en enzymatische katalyse: geef verschillen en gelijkenissen. Geef telkens een relevant voorbeeld ter illustratie.

oefeningen:
1) reactie N2 + O2 --> 2NO gegeven en berekenen boven/onder welke temperatuur de reactie spontaan is
2) Berekenen hoeveel gram NaCl je moet toevoegen aan 0,448g Cu(OH)2 om dit volledig te kunnen oplossen in 100 ml water als je weet dat het complex [CuCl4]2- wordt gevormd

=== 13 januari 2020 voormiddag ===
theorie
# Buffer
# Reactiemechanisme van Broom

===?===
Theorie:
1) hoe kan men de snelheid van een chemische reactie vergroten? Verandert dit ook iets aan het evenwicht?
2) chemische eigenschappen ammoniak, hebben ze dan een zwakke of sterke functie? Geef voorbeeldreacties
3) bespreek de thermodynamische eigenschappen van de autoprotolyse van water. Zie hiervoor tabel 6.9 BOD

Oefeningen:
1) bereken of neerslag wordt gevormd bij samenvoegen 2 stoffen
2) bereken potentiaal galvanische cel

=== 1 februari 2019 namiddag===
theorie
#Leg uit hoe een biprotisch zuur dissocieert en geef een voorbeeld. Vergelijk deze dissociatie met die van HgCl2
#Broom in base
oefeningen

#Bepaal de standaardreductiepotentiaal van het koppel Zn(OH)2 (s)\ Zn(s) met het oplosbaarheidsproduct van Zn(OH)2 en de standaardreductiepotentiaal van het koppel Zn2+\ Zn(s)
#Een klontje vast ethanol met een massa van 50 g wordt bij 155.80 K overgoten met 2.22 L (1 L = 0.79 kg) vloeibaar ethanol waardoor het klontje zal smelten. Wat is de begintemperatuur van het vloeibaar ethanol als je weet dat het systeem een eindtemperatuur van 287.80 K bereikt en als je weet dat er geen energie verloren gaat aan de omgeving?

=== 21 januari 2019 namiddag===
theorie
#vervolledig de reactievergelijking ClO4- + Cl- -> Cl2 + H2O en geef een plausibel reactiemechanisme.
#bespreek de elektrolyse van water of in een waterig milieu zonder toevoeging van zout, bij toevoeging van een beetje NaCl, bij toevoeging van veel NaCl.

oefeningen
#hoeveel natriumthiosulfaat is er nodig om 0,025 mol AgBr op te lossen in 500 ml? Het complex zilverthiosulfaat wordt gevormd.
#een ijsklontje met massa 56 gram wordt in 150 g water gedaan om dit af te koelen. Het ijsklontje heeft een begintemperatuur van 0°C en het geheel heeft een eindtemperatuur van 14°C. Bereken de begintemperatuur van het water.

=== 16 januari 2019 voormiddag===
Theorie
#Bespreek de spontane ontbinding van waterstofperoxide. Welke parameters dragen bij tot de ontbinding en hoe kan je dit tegen gaan?
#De ruimtelijke structuur van de covalente binding, 4 relevante voorbeelden geven en bespreken.
Oefeningen

#0,040 M 100 mL H3PO4 bij 100 ml 4M Ca2+-ionen. Wordt er neerslag gevormd?
#Een orde oefening met grafisch de halfwaarde tijd en k bepalen

=== 15 januari 2019===
Theorie
#Hoe kan je het evenwicht naar de kant van de producten krijgen. Heeft dit ook invloed op de snelheid van de reactie? /6
#Stel een chemisch mechanisme op zodat citroenzuur (wat een bestandsdeel is van citroensap) kan ontgiften. /4

Oefeningen
#Bepaal de Kb uit de gegeven redoxkoppels (H2O/H2O (E0=1.76V) en HO2−/OH−) (E0=0.87V). Met welke andere 2 koppels kan je dit nog doen? /3
# Geef de lewisstructuur, hybridisatie, polariteit (+ uitleg), en geometrie van XeF2 en PBr3. /3

=== 14 januari 2019===
Theorie
#Geef de twee vuistregels voor een goede buffer en leg ze uit adhv neutralisatiegraad en buffercapaciteit. Leg uit bloed als buffer en waarom het geen ideale buffer is. Geef de relatie tussen een buffer en een pH- titratie(curve). /6
#Vervolledig deze reactie, BrO3- + Br- → Br2 + H2O, en geef een plausibel reactiemechanisme voor deze reactie (Staat niet in de cursus maar wel gezien als een extra voorbeeld). BOD Tabel 6.2 n.7 /4

=== 30 januari 2018 namiddag===
Theorie
#Welke verbindingen zijn zelf niet zuur of basisch, maar vertonen wel zure of basische eigenschappen als ze in water gebracht worden? /6
# Bespreek de voorwaarden en de gevolgen van het stationariteitsprincipe. Geef een duidelijk en relevant voorbeeld. /4

Oefeningen
#De stabiliteitsconstante voor de vorming van het complex Pb(OH)42- is 1,0.1016. De standaardreductiepotentiaal voor het koppel Pb2+(aq)/Pb(s) is -0,12V. Bereken aan de hand van deze gegevens de standaardreductiepotentiaal voor het koppel Pb(OH)42-(aq)/Pb(s). / 3
#Er wordt een buffer met pH = 6,90 gemaakt uitgaande van NaH2PO4 en Na2HPO4. De eindconcentratie van NaH2PO4 in 400 mL van deze oplossing is 0,020 M. Bereken hoeveel gram dinatriumwaterstoffosfaat er in deze oplossing moet zitten om de beoogde pH te realiseren. Aan deze oplossing wordt 100 mL 0,0080 M HI toegevoegd. Bereken ook de pH na toevoeging hiervan. Vanaf hoeveel mol NaOH toegevoegd zou de startbuffer niet meer werkzaam zijn? Licht kort toe. /3


=== 23 januari 2018 namiddag===
Theorie
#Stel een mogelijk reactiemechanisme voor bij reactie 7 BOD tabel 6.2. /4
#Waarom mag men geen ontkalker bij javel doen? Geef alle relevante reacties. /6

Oefeningen
#Bepaal de baseconstante van NH3 aan de hand van de standaardreductiepotentialen van de redoxkoppels. /3
#Geef de Lewisstructuur, hybridisatie en polariteit van XeF2 en HClO2. /3

=== 22 januari 2018 namiddag===
Theorie
# Hoe kan men het evenwicht naar de producten doen verschuiven? Heeft dit dan ook gevolgen voor de reactiesnelheid? /4
# Vergelijk chroomvocht (dichromaat in zwavelzuur), piranhazuur (waterstofperoxide in zwavelzuur), koningswater en cyanide in base als oplosmiddelen voor (edel)metalen. /6

Oefeningen
# Je wilt 0.488 g Cu(OH)2 oplossen in water tot een eindvolume van 100 mL. Bereken hoeveel gram NaCl er nodig is om ervoor te zorgen dat Cu(OH)2 niet neerslaat. Het CuCl42- complex wordt gevormd. /3
# Bepaal grafisch de activeringsenergie van de reactie (tabel met temperatuur en snelheidsconstantes gegeven). Bepaal ook de snelheidsconstante bij 37°C. Kan je hiermee iets zeggen over de orde van de reactie? /3

=== 17 januari 2018 ===
Theorie
# Hoe kan de snelheid van de reactie beïnvloed worden? Verandert dan ook de ligging van het evenwicht van de reactie? /6
# Welke factoren bepalen of een molecule al dan niet een permanent dipoolmoment bezit? Geef duidelijke voorbeelden. /4

Oefeningen
# Je wilt 42.72 g Fe(OH)3 oplossen in water tot een eindvolume van 500 mL. Bereken welke concentratie waterstoffluoride (HF) er nodig is om ervoor te zorgen dat Fe(OH)3 niet neerslaat. /3
# Stel de correcte redoxreactie op van de koppels Br2/Br- en AsO43-/AsO2-. Toon aan met berekeningen dat het over een aflopende reactie gaat bij kamertemperatuur (25°C) /3

=== 16 januari 2018 ===
Theorie
# Bespreek de reactie van chloor in base. Geef een belangrijke toepassing.
# Vergelijk de ideale gaswet met de van der Waalsvergelijking voor reële gassen en bespreek de trend in co-volume b en cohesiedruk a (BOD p.141) voor H2, N2, CO2 en C4H10

=== 15 januari 2018 namiddag ===
Theorie
# BOD tabel 6.2, reactie 8: stel een mogelijk reactiemachanisme voor
# Wat zijn de 2 vuistregels van een goeie buffer? Leidt deze af aan de hand van de begrippen neutralisatiegraad en buffercapaciteit. Leg de link met pH-titratie. Leg uit: bloed als buffer

Oefeningen
# bepaal de baseconstante van MnO42- aan de hand van de standaardreductiepotentialen van de redoxkoppels
# lewisstructuur, hybridisatie en polariteit van 2 moleculen

=== 15 januari 2018 namiddag ===
(examen voor gedeeltelijke vrijstelling, enkel vragen deel E)

Theorie
# Wat zijn de drijvende krachten bij een complexatiereactie? Toon aan met goed gekozen voorbeelden, en leg uit aan de hand van de kenmerken van een hoge stabiliteitsconstante. /4
# Wat zijn de 2 vuistregels van een goeie buffer? Leidt deze af aan de hand van de begrippen neutralisatiegraad en buffercapaciteit. Leg de link met pH-titratie. Leg uit: bloed als buffer. /6

Oefeningen
# Bepaal de baseconstante van MnO42- aan de hand van de standaardreductiepotentialen van de redoxkoppels /3
# Hoeveel zilverbromide kan je oplossen in een 0.530M ammoniakoplossing. Verwaarloos de basische eigenschappen van NH3. /3 (Toepassing neerslag & complexatie)

=== 1 september 2017 ===
Theorie
#Waarom zijn er diagonaalrelaties? Geef voorbeelden van chemische eigenschappen die gebruikt worden in chemische reacties. /5
#Geef het verband tussen de redoxpotentiaal van een redoxhalfreactie en de evenwichtconstante van de gehele reactie. Geef ook de gevolgen. /5

Oefeningen
#Berekenen of er neerslagvorming optreedt.
#Vrijgekomen warmte en energie uit een reactie berekenen.
=== 25 Augustus 2017 ===
Theorie
#Vergelijk het verschil van de invloed van temperatuur op de reactiesnelheid en het evenwicht - zowel in formulevorm als grafisch /6
k & K afleiden en grafisch weergeven met resp. ln k ~ 1/T en ln K ~ 1/T (voor dH>0 en dH<0)

#Welke chemisch relevante eigenschappen van atomen kan je afleiden van de positie in het periodiek systeem? /4
Zuur-base; oxidans-reductans (+verband), ... (atomen, niet ionen van het element!)

Oefeningen
#Hoeveel zilverbromide kan je oplossen in een 0.53M ammonium oplossing. Verwaarloos de basische eigenschappen van NH3. /3
(Toepassing neerslag & complexatie)

#Redoxreactie van SO42-(aq)/SO32-(aq)- en MnO4-(aq)/MnO(v). /3

=== 21 Augustus 2017 ===
Theorie
#Hoe kan het evenwicht in de richting van de producten worden verschoven? Heeft dit invloed op het evenwicht? /6
'''concentratie wijzigen'''
principe van Le Chatelier
hogere concentratie → meer kans op botsingen → sneller

'''druk wijzigen'''
bij drukverhoging → daalt volume → c=n/v dus concentratie stijgt (vanaf dan analoog aan Le Chatelier)
bij drukverlaging is gunstig voor reacties waarbij ΔN = (Nproducten - Nreagentia) negatief is(N staat voor de coëfficiënten van de stoffen in de reactie)

'''temperatuur wijzigen'''
Kev is temperatuursafhankelijk → ΔG =-RTln(K) ↔ ln(k)=-ΔH/RT +ΔS/R (teken grafiek 1/T met ln(k))
endo → hoge T is gunstig
exo → lage T is gunstig

#Wat is het verband tussen neerslag- en complexatiereacties? /4
ionen met een hoge ladingsdichtheid kunnen niet zoals bijvoorbeeld Na+ en Cl- (afkomstig van goed oplosbaar zou NaCl) in oplossing voorkomen,
aangezien dit niet stabiel is.
gaan dus ofwel neerslaan ofwel complexeren
(Ksp en 1/Kst vergelijken → de stabielste toestand gaat zich dan voordoen)

Oefeningen
#Teken de lewis-structuur, geef het sterisch getal, hybridisatie, geometrische en atoomstructuur van HCN en ICl3. Geef ook aan of ze polair zijn of niet. /3
#Leid de Kb af van AsO2- aan de hand van zijn standaarreductiepotentiaal. Kies zelf een goed redoxkoppel. /3

=== 24 januari 2017 ===
Theorie
#Welke verbindingen zijn zelf niet zuur of basisch, maar vertonen wel zure of basische eigenschappen als ze in water gebracht worden? /6
#Hoe kunnen meerdere verschillende kationen die samen in een mengsel voorkomen, van elkaar gescheiden worden? Waarop moet je letten om de scheiding zo volledig mogelijk te laten gebeuren? /4

Oefeningen
#Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming /3
#correcte redoxreactie van 2 gegeven koppels schrijven en berekenen dat dit een aflopende reactie is. /3

=== 23 januari 2017 ===
Theorie
#Bij welke reacties is quenchen van toepassing? Leg goed uit en geef een voorbeeld. /4
#Vergelijk chroomvocht, piranhazuur, koningswater en cyanide in base als oplossmiddel voor (edel)metalen. /6

Oefeningen
#Roosterenergie berekenen /2.5
#concentratie zout berekenen die toegevoegd moet worden om gegeven hoeveelheid neerslag op te doen lossen. /3.5

=== 18 januari 2017 ===
VM
Theorie
#Hoe kan je de reactiesnelheid beïnvloeden? Wat betekent dit voor het chemisch evenwicht? /4
#Wat gebeurt er bij de elektrolyse van water voor geen, een weinig en veel NaCL? /6

Oefeningen
#pH + werkelijke ionenconcentraties van een bioprotisch zuur berekenen /3
#een slecht oplosbaar zout oplossen aan de hand van complexatie door een te berekenen massa NaCl toe te voegen /3

=== 17 januari 2017 ===
Theorie
#Hoe kan je het evenwicht naar de kant van de producten brengen? Heeft dit een invloed op de snelheid?
#Geef het verband tussen protontransferreacties en elektrontransferreacties. Geef voorbeelden die dit verduidelijken.

Oefeningen
#Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming.
#Bepaal de hybridisatie en geometrie van PCl3 en SF4. Teken de atoomstructuur en zijn deze moleculen polair of apolair en een uitleg waarom.

=== 16 januari 2017 ===
Theorie
#Vuistregels met afleiding van buffers geven, dit ook toepassen op pH titraties, bloed als buffer bespreken
#Hebben kationen basische of zure eigenschappen, zijn dit dan zwakke of sterke zuren of basen (voorbeelden kunnen helpen en verduidelijkend zijn)

Oefeningen
#Aantal mL en molair NiSO4-oplossing samenvoegen met een aantal ml en molair NH3, toon aan dat ondanks het gevormde complex nikkel (II) ammoniak er toch nog neerslag gevormd wordt
#Een tabel gegeven van temperatuur en snelheidsconstante, de opdracht is grafisch de activeringsenergie te berekenen en k te berekenen bij 250°C

=== XX Augustus 2016 ===
Theorie:
#Leg de verschillende soorten isomerie uit + wat is tautomerie?
#Leg uit waarom fluoride in tandpasta zit (alle 6 puntjes geven, dus ook vorming CaF uitleggen)

Oefeningen
#Random oefening uit oefenzitting
#Berekend de Kw vertrekkende vanuit de standaardreductiepotentialen voor water in zuur/basisch milieu

===XX januari 2016===
Theorie:
#Leg de elementaire reactiestappen uit adhv voorbeelden (mono,bi,termoleculair, stationariteitsprincipe, vorming ozon)
#Geef de '''essentie''' van een titratie + grafieken

oefeningen:
#Oplosbaarheid van AgNO3 berekenen na toevoegen van een of ander zuur/base
#nog een oefening

=== 11 januari 2016 ===
#Hoe bepaal je de geometrische structuur bij covalent gebonden atomen en geef 3 voorbeelden
#bij welke reactie is quenching van toepassing?

===XX januari 2016===
Theorie:
#heterogene en homogene en enzymatische katalysator + alles uitleggen hiervan
#loodbatterij

===12 januari 2016===
#Verschillen tussen Co en Fe en zeggen waarom Fe gebruikt wordt voor zuurstof transport
#het verschil tussen C dubbel gebonden en enkel gebonden
#bij de oefeningen was eentje E0 bepalen ahv Ka en een andere E0
#andere grafisch de orde enzo bepalen

===10 JAN 2014===
Theorie:
#Roosterenergie van 2 roosters (NaCl en MgO) berekenen met de formule, zeggen of er nog een andere manier was om die te vinden (Hess) en of er een verschil in uitkomst te verwachten was tussen de twee manieren. Vergelijken van de pH van de twee oplossingen.
#Uitleggen waarom termoleculaire reactiestappen omwaarschijnlijk zijn. Reactiemechanisme van 2HI + H2O2 → I2 + H2O geven. Stationariteitsprincipe uitleggen en zeggen of het op die reactie van toepassing was.
#Waar/soms waar/niet waar: Een proces is spontaan als de entropie in het systeem toeneemt.
#Uitleggen wat een buffer is en de vuistregels voor een goede buffer uitleggen zonder de hele wiskundige berekening te doen.

Oefeningen.
#Oplosbaarheid van AgBr, complexatie met thiosulfaat en alternatieve manier geven om oplosbaarheid te verhogen. Uitleggen waarom die laatste manier weinig effect zou hebben.
#Celpotentiaal berekenen van een gegeven schematische voorstelling.

===11 JAN 2013===
Theorie:
# Vergelijk de elektronenstructuur van de atomen N en O met die van de moleculen N2 en O2. Licht de hierbij essentiële principes toe.
# Geef de chemische functies van water. Geef bij iedere functie een voorbeeld in de vorm van een reactievergelijking. Is water sterk of zwak in deze functie?

Oefeningen:
# CuSO4 oplossing met NH3 oplossing (grootheden gegeven). Laat zien dat er ondanks de complexatie toch nog neerslagvorming optreedt.
# Gegeven concentraties (van reactieproduct) in functie van de tijd. Bepaal grafisch de orde en de halfwaardetijd.

===3 FEB 2012 NM===
# Geef twee vuistregels voor een goede buffer en toon ze aan aan de hand van de neutralisatiegraad en de buffer capaciteit.
#* Geef het verband hiervan met pH- titratie
#* Is bloed een goede buffer ? Verklaar.
# Verklaar waarom men tandpasta fluorideert.

===30 JAN 2012 NM===
# Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie.
# Broom in base.

===30 JAN 2012 VM===
# Welke reacties kunnen optreden als katalysator bij redoxreacties?
# Leidt de halfreacties van een zwavelzure loodbatterij af

===24 JAN 2012 VM===
# hoe bepaal je de elektronenconfiguratie van diatomaire moleculen en geef twee duidelijk verschillende voorbeelden
# vergelijk Al en Li voor batterijen, geef voor en nadelen en verklaar waarom er Li batterijen zijn en geen Al

===23 JAN 2012 NM===
# staaf met enkele goed gekoze voorbeelden het belang van de ladingsdichtheid in de chemie
# welke reacties hebben er baat bij quenching toe te passen

===23 JAN 2012 VM===
Theorie:
# Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie.
# Leg de elektrolyse van water uit in de volgende omstandigheden:1. zonder zout, 2. met een beetje zout en 3. met oplossing van veel zeezout.

===20 JAN 2012 NM===
Theorie :
# geef de vuistregels voor bufferoplossing + afleiden buffercapaciteit en neutralisatiegraad. link met pH-titratie. vertellen over bloed als buffer, goede/slechte buffer?
# iets van Fe complexatie, waarom de natuur is aangepast aan ademhaling door complexvorming van Fe met zuurstof
Oefeningen :
# van deel C met een tabel met waarden, orde van reactie afleiden + grafisch k en t1/2 bepalen
# berekenen of PbOH2 neerslaat, uit een mengsel van PbSO4 met NaOH geloof ik

===20 JAN 2012 VM===
Theorie:
# Vergelijk de bindingssterkte en reactiviteit van C=C en C - C (enkelvoudige binding) op 4 ptn
# Vergelijk de afhankelijkheid van de temperatuur voor de snelheidsconstante en de evenwichtsconstante

===1 FEB 2011===
Theorie:
# Bespreek: Chroomvocht, Piranhazuur , koningswater en cyanide in base en hun werking op (edel)metalen. (/6)
# Wat is een indicator en hoe werkt het? (/4)
Oefeningen:
# P4 + BR2 => PBR3 vul aan met coefficienten en bereken de temperatuur waarvoor deze reactie spontaan zal verlopen. (/2.5)
# en een oefening over de combinatie van complexvorming van AlOH4- en de neerslag van AlOH3. (/3.5)

=== 1 sep 2010 ===
Theorie:
# Verschillen en gelijkenissen tussen homogene, heterogene en enzymatische katalyse geven. Verduidelijken met vb.
# Bindingssterkte en reactiviteit vergelijken tussen C-C en C=C. Welke reacties ondergaan ze.
Oefingen:
# Oplosbaarheid
# Enthalpie & Entropie

===28 jan 2010===
# bespreek de oplosbaarheid van metalen in zuur en basisch milieu (/6)
# bespreek "quenching" en voor welke reacties is dit toepasbaar? (/4)

oefeningen:
# bepaal de oplosbaarheid van AgBr in een molaire NH3 oplossing (complexvorming)
# een reactie difluor en diwaterstof -> 2HF. Gaat deze reactie op bij 500K ?

===26 jan 2010===
# vergelijk piranhazuur, koningswater, dichromaat en cyanide voor het oplossen van edelmetalen. (.../6)
# welke reacties kunnen als katalysator optreden bij een redoxreactie? (.../4)
oefeningen:
# Een oplossing van Ti(II)-ionen wordt in zuur midden getitreerd met een dichromaatoplossing (K2Cr2O7-oplossing). Hierbij worden het Cr(III)-ion en het Ti(III)-ion gevormd. Toon aan dat het gaat om een aflopende reactie.Het verloop van de titratie wordt potentiometrisch gevolgd en ook de pH wordt constant gemeten. In de oplossing zit nog een kalomelelektrode (E0=0.25V) die aan de anode gekoppeld is en een platina-elektrode. Op zeker ogenblik - na het passeren van het equivalentiepunt - wordt een celpotentiaal van 0.95V gemeten en een pH van 1.2. Bereken de concentratie aan Cr3+ ionen, als je weet dat deze concentratie vier maal hoger ligt dan die van de dichromaationen. (.../3)
# Aan een oplossing van 70 ml 0.20 M nikkelsulfaat wordt 30 ml 0.60 M ammoniak toegevoegd. Toon aan dat er - ondanks de complexvorming - toch hydroxideneerslag gevormd zal worden. (.../3)

=== jan 2010 ===
Mondeling:
# Toon het belang aan van ladingsdichtheid in de scheikunde. Geef telkens duidelijk verschillende voorbeelden als het over verschillende soorten reacties gaat.
# Bespreek de reactie van broom in base. Geef een relevante toepassing.
Schriftelijk:
# Bij 298 K gaat onderstaande reactie op. Men maakt een oplossing van 35,5 g van Cl2 en 0,1 g van H2 in een totaal volume van 200 ml. Wat zijn de evenwichtsconcentraties van H2, Cl2 en HCl ?
#*H2(g) + Cl2(g) <=> 2HCl(g)
# Bereken de Kb van IO-, uitgaande van
#*IO3-(aq) / HIO(l) E0 = 1,13V
#*IO3-(aq) / IO-(aq) E0 = 0,15V

=== jan 2009 ===
Mondeling:
# Wat is een dipoolmoment?
# Vroeger werd kaliumpermanganaat e.a. veel gebruikt als goede oxidator. Tegenwoordig wordt pirhanazuur (mengsel waterstofperoxide/zwavelzuur) gebruikt. Waarom?
Schriftelijk:
# Temperatuurverandering berekenen van ijs (faseverandering,...)
# Nog zo'n oefening in die aard.

=== jan 2009 ===
Mondeling:
# Vergelijk de temperatuursafhankelijkheid van de evenwichtsconstante en de snelheidsconstante.
# Waarom is een stof goed of slecht oplosbaar in water? En hoe kan je een slecht oplosbare stof beter oplosbaar maken?
# Maak een vergelijking tussen thermodinamica en kinetica van metathesereacties versus complexatiereacties.
# Geef de 2 hoofdregels voor het maken van een buffer en leid ze wiskundig af.
Schriftelijk:
#* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)
#* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is
# Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)

=== 1 feb 2008 ===
Mondeling:
# Welke reacties kunnen een redoxreactie katalyseren?
# Geef het verband tussen neerslagreacties en complexatiereacties en geef een goed gevonden voorbeeld.
Schriftelijk:
#* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)
#* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is
# Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)

=== 25 jan 2008 ===
Mondeling:
# Leg uit wat tautomerie is + vb.
# Voor het oxideren werden vroeger vaak de klassieke sterke oxidanten permanaat of dichromaat in zwavelzuur gebruikt, waarom is het gebruik van "piranaha-zuur" (waterstofperoxide in zwavelzuur) aan een opmars bezig?
Schriftelijk:
# men wil 200 ml maken van een oplossing die 3,81g magnesiumcloride en 0,8g natriumhydroxide bevat. Hoeveel gram ammoniumbromide moet er ook in deze oplossing zitter, opdat er geen neerslag is?
# Boven/onder welke temperatuur gaat deze reactie spontaan op?
#* N2 (g) + O2(g) = 2NO (g)
#* Bereken ook de evenwichtsconstante bij 68°C.

=== 15 jan 2007 ===
Mondeling:
# geef verband van de ionbinding en de covalente binding + verklaar
# geef verband pH en redoxpotentiaal
Schriftelijk:
# bereken kb van een stof aan hand van 2 redoxpotentialen
# oefenening waar je een eind temperatuur moest berekenen met warmtecapaciteit en latente verdampingswarmte (aangezien er een faseovergang is)

Celbiologie en biochemie

2024-08-20T18:57:27Z

R0986077: /* 20 augustus 2O24; examen op 38 punten */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vanaf 2016-2017: Schriftelijk examen in plaats van mondeling examen zoals voordien.
Vanaf 2012-2013: Jaarvak voor zowel chemie als biochemie. Volledig gedoceerd door Patrick Van Dijck.

''2022-2023''
* Aanpak vak
** Nog steeds Patrick Van Dijck
** Jaarvak dus best grote hoeveelheid, maar niet onrealistisch
* Kwaliteit cursus
** Boek is in de afgelopen 6 jaar (misschien langer) nog niet (of toch amper) veranderd (veel E.M. foto's in)
** Hier en daar extra info bij slides, maar als je het boek kent ben je er zeker wel door
* Examen-/TTT-vragen
** TTT-vragen lijken totaal niet op examenvragen, waren meerkeuze en eerder oppervlakkig
** Geen paniek als TTT slecht was, vak is zelfs haalbaar als je hier een nul op had
** Belangrijkste zaken om te leren naar mijn mening
*** Hoofdstuk 4!!! Vooral metabolische wegen oefening (10 van de 35 tot 40 punten), kan zeker helpen om bio-organische hiernaast te leggen, maar hij vraagt regelmatig ook wel iets van actief transport of regulatie dus ook de rest van hoofdstuk 4 is wel belangrijk, soms vraagt hij ook om een specifieke metabolische weg uit te tekenen
*** Structuren en tekeningen! Zijn vrij gemakkelijke punten om te krijgen
*** Patrick vraagt graag begrippen, ik vond persoonlijk dat je buiten voor de metabolische wegen niet al teveel inzicht nodig had hiervoor, maar het helpt natuurlijk wel
*** Boek >>> slides, probeer zeker 1 keer het boek echt volledig door te nemen
*** Schrijf echt elk detail op dat je denkt te weten, soms staan er echt op heel domme dingen al punten
** In geval van tijdsnood (maar probeer wel gewoon echt alles te leren! Ik neem de schuld niet op mij als hij er toch iets van vraagt :))
*** Hij vraagt zelden tot nooit iets over hoofdstuk 3 (zeker mitose en meiose kan hem niet heel veel schelen)
*** Practicumhandleiding leren is ook vrij overbodig, buiten ionenuitwisselingschromatografie (bij ons bijvoorbeeld een examenvraag) en SDS-page als ik me goed herinner, maar deze staan ook in het boek uitgelegd normaal
*** Niet teveel tijd steken in E.M. foto’s, je kan sowieso wel iets aanduiden, zie dat je weet hoe golgi-apparaat, mitochondriën, vacuole eruitzien en je hebt al wel iets van punten (staat meestal op 4 punten) en je kan eens kijken op de wiki welke soort cellen hij vaak vraagt, want zijn meestal wel dezelfde
*** Oude examenvragen beantwoorden heeft niet enorm veel nut, structuur is altijd gelijkend, maar de begrippen dat hij vraagt zijn eerder willekeurig
--> oude examenvragen hebben wel nut, vragen die terugkomen: fosfofructokinase, G proteine, p53, ionuitwisselingschromatografie, gram+ vs gram-
*** De extra informatie bij de vragen van 2023 zijn steeds de opmerkingen die de prof zelf online heeft gezet, op de wiki van bios vind je nog extra vragen met opmerkingen, handig om te bekijken en te weten wat er verwacht wordt

==Examenvragen vanaf 2013==
=== 20 augustus 2024; examen op 38 punten===
#Om het erfelijk materiaal van een cel juist te kunnen verdelen moet het eerste verdubbeld worden. Leg dit proces uit (en teken). - 5 punten
#Waar in de celcyclus vindt het proces van vraag 1 plaats? Tijdens dit proces ontstaan er soms foutjes, welk(e) mechanisme(n) voorkomen dat er zich een tumor vormt? Leg gedetailleerd uit. - 6 punten
#Wat is het verschil tussen verzadigde en onverzadigde vetzuren. Geef hiervan de opbouw/synthese (en teken). - 8 punten
#Hoe kan je met gaschromatografie verschillende monosachariden scheiden? Hoe voer je deze methode uit? - 5 punten
#Hoeveel mol maltose kan je maken uit 4 mol palmitinezuur? Welke metabolische wegen komen hier tussen? Teken maltose en palmitinezuur. Krijgt de cel hier een netto energie winst of verlies, hoeveel? - 10 punten
#Twee EM-foto's: welke organellen/structuren herken je? Bespreek hun functie. ((mesosoom, desmosoom)) - 4 punten

=== 16 augustus 2024; examen op 38 punten===
#Geef structuur en functie van de verschillende soorten lipiden. (inclusief tekening) - 6 punten
#Geef de verschillende typen passief transport. Met welke methode kan je deze onderzoeken? - 4 punten
#Bespreek transmissie-elektronenmicroscopie & scanning-elektronenmicroscopie. Hoe ga je te werk bij de behandeling. Geef de voor- en nadelen ten opzichte van fluorescentiemicroscopie. - 4 punten
#Bespreek meiose en teken. Wat zijn de belangrijkste verschillen met mitose? - 8 punten
#Hoeveel moleculen glycerol heb je nodig om 2 mol stearinezuur te maken. Geeft dit netto ATP of heb je hier ATP voor nodig? Kan dit gebeuren als er geen zuurstof is? Teken glycerol en stearinezuur. - 10 punten
#2 EM-foto's - Wat zie je? Geef bouw en functie. (Foto 1: (https://nl.m.wikibooks.org/wiki/Celbiologie/Het_centrosoom#/media/Bestand%3ASpindle_centriole_-_embryonic_brain_mouse_-_TEM.jpg); Foto 2: spiercel) - 6 punten

=== 26 juni 2024; examen op 38 punten ===
#Leg uit en teken de secundaire structuur van een proteïne. - 6 punten
#Geef 2 manieren hoe je glyoxisomen kunt laten zien met een fluorescentiemicroscoop en leg ook uit hoe een fluorescentiemicroscoop werkt. - 6 punten
#Bespreek lysosomen. Geef hun functie en structuur. Wat is het verschil tussen een primaire en secundaire lysosoom? - 4 punten
#Hoe werkt de regulatie van de celcyclus en hoe zijn we tot deze inzichten gekomen? - 6 punten
#Hoeveel moleculen sucrose heb je nodig om 2 moleculen van het neutrale lipide tripalmitine te maken? Kost dit ATP aan de cel of wordt er ATP gemaakt. Schrijf alle nodige cycli uit, geef de finale reactievergelijking. - 10 punten (Oppassen want er moeten per tripalmitine, 3 palmitinezuren en 1 glycerol gemaakt worden) (metabolisme van glycerol staat niet in cursus staat wel in practicum + oefeningen boek)
#2 EM-foto’s - welke organellen herken je? Bespreek hun functie en opbouw. - 6 punten (Foto van Golgi-apparaat en Foto van delende plantencel)

=== 6 juni 2024; examen op 38 punten ===
# Koppel D-fructose met een beta-1,3-binding aan een D-ribose. Dit D-ribose is gekoppeld aan een een molecule alpha-D-lactose met een alpha-1,3-binding. Geef de structuur van dit oligosacharide - 5 punten
# Glycolipiden zijn een belangrijk onderdeel in het kernmembraan. Deze zijn verschillend bij dieren en micro-organismen. Wat zijn de verschillen tussen glycolipiden bij dieren in vergelijking met die bij micro-organismen? Teken de verschillende structuren waarbij galactose het suikergedeelte is, een keer voor een dierlijke cel en een keer voor een gistcel. Wat zijn de functies van deze glycolipiden? - 4 punten
# Hoe vijf gegeven peptiden scheiden aan de hand van anionuitwisselingschromatografie? Leg alle nodige stappen uit. Licht kort de principes toe. In welke volgorde verlaten deze glycolipiden de kolom, leg uit waarom? - 6 punten
# Hoe van fosfofructokinasegen tot functioneel fosfofructokinase-enzym? leg zeer uitgebreid uit - 6 punten. Hoe wordt de activiteit van fosfofructokinase geregeld - 4 punten?
# Hoeveel molecule stearinezuur heb je nodig om 9 moleculen ribose-5-fosfaat te maken ? Hoeveel ATP en reducerende vermogen wordt er gemaakt. Schrijf alle nodige cycli uit, geef de finale reactievergelijking. - 10 punten: Mogelijke oplossing: https://drive.google.com/file/d/1BDobKdLM21VeCpvPSOqtV1bZY6E_ZfiC/view?usp=sharing (via pdf-viewer betere zoom)
# EM-foto - 3 putnen (microtubuli: exacte foto https://cytochemistry.net/_Media/tub8a_med_hr.jpeg)
===21 augustus 2023===
# Bespreek de celwand bij planten. Geef de functie en opbouw. Teken de belangrijkste moleculen en bespreek in detail hoe deze met elkaar verbonden zijn. Bespreek de verschillende celwanden.
# Bespreek de 2 manieren waarmee men specifiek met fluorescentiemicroscopie peroxisomen kan bekijken. Leg ook uit hoe die fluorescentiemicroscopie zelf werkt.
# Bespreek ribosomen. Waar komen ze voor? Geef hun functie en opbouw. Wat is het verschil tussen de ribosomen van prokaryoten en eukaryoten?
# Hoeveel moleculen zuurstof komen er vrij uit de fotosynthese om 2 moleculen sucrose te maken? Je mag er vanuit gaan dat er voldoende ATP aanwezig is. In welke reactie komt deze zuurstof vrij, en hoe geraakt men uiteindelijk tot sucrose?
# 2 EM foto's: welke organellen herken je? (desmosoom en centriolenpaar) Bespreek hun functie en opbouw.

===20 juni 2023===
# Wat is een glyoxisoom? welke reacties gebeuren er hier? Waar komen ze voor? (4 punten)
* Wat er zeker moet staan: Glyoxysomen: komen van het SER en een pathway enkel bij planten en schimmels, niet bij dieren. En nodig voor synthese, nl twee acetyl coA moleculen omzetten in barnsteenzuur. Je moest ook schrijven dat het acetyl coA komt van afbraak vetzuren of van groeien op C2 moleculen zoals acetaat of ethanol. En dat de barnsteenzuur verder in Krebs en gluconeogenese naar suikers kan gaan. Daarnaast moest je ook de cyclus tekenen.
# Wat is fosofructokinase? Wat zorgt ervoor dat dit enzym actief is en wat is de functie ervan? Leg de weg uit van het DNA tot het functionerende enzym op de juiste plaats in de cel. (8 punten)
*Fosfofructokinase: 1 punt voor waar het werkt en in welke metabolische weg, 1 punt voor de reactie die wordt gekatalyseerd, 1 punt voor het feit dat ATP als allosterische inhibitor werkt en 1 punt voor de verschillende substraten die ook de snelheid bepalen. Dan 2 punten voor overgang DNA naar mRNA (promoter-terminator, T wordt U, RNA polymerase die kopie van de matrijsstreng maakt, splicing, polyA en 5’ Cap, moest er geantwoord worden). Dan 2 punten voor translatie (het mRNA gaat uit de kern via poriën en gaat dan naar VRIJE ribosomen , kleine en grote subeenheid, bestaande uit rRNA en proteïnen die het mRNA aflezen en vanaf AUG de proteïnesynthese beginnen. Dit met behulp van tRNA dat in zijn structuur een anticodon heeft dat gaat binden met een codon op het mRNA (3 basen en geen basenparen daar mRNA enkelstrengig is) en dat het tRNA ook een aminozuur aanbrengt corresponderend met het codon op het mRNA. Studenten die hebben geantwoord dat het mRNA naar ribosomen op het RER gaan kunnen maximum 4 op 8 hebben, als al de andere zaken correct zijn. Ik heb dit in de les gezegd dat ik dit ging vragen op het examen. Fosfofructokinase werkt in het cytoplasma. Als het in een vesikel zit van ER of golgi kan het nooit meer in het cytoplasma geraken….
# Hoeveel L-glutaminezuur is er nodig voor de synthese van 6 molecule sucrose. Schrijf de nettoreactie uit en is er ATP winst of verlies? (meerdere mensen kwamen hier 24 moleculen en 168 ATP vrij bij uit) (10 punten)
* 24 glutaminezuur naar 6 sucrose. Structuur sucrose: 1 punt; anaplerotische reactie van glutaminezuur naar alfaketoglutaarzuur: 1,5 punten (als alles correct is inclusief NADH winst). Krebs tot oxaalazijnzuur (1,5 punten, idem); omgekeerde anaplerotische: oxaalazijnzuur naar fosfoenolpyrodruivenzuur (GTP mag je als ATP gebruiken) (1,5 punten), gluconeogenese van PEP tot glucose 6P en fructose 6P (met ATP en NADH kost per PEP) (1,5 punten). Dan glu6P naar gluc1P, naar gluc 1P + UTP naar UDPG, dan UDPG + Frc6P naar sucrose6P en dan naar sucrose (1,5 punten)
# Teken de algemene structuur van gram-positieve bacteriën en in detail hoe de elementen ervan met elkaar verbonden zijn. Leg uit hoe je deze bacteriën kan onderscheiden. (6 punten)
* Gram+ bacteriën hebben één dikke celwand bestaande uit mureïne of peptidoglycaan. Je moest hier dan ook de structuur tekenen van N-acetylglucosamine en N-acetylmuraminezuur, met een Beta 1,4 binding met elkaar verbonden. Op de OH van de C3 van N-acetylmuraminezuur (die naar boven staat) moet je dan een melkzuur tekenen met daaraan een tetrapeptide met onder andere D-aminozuren. Wat velen vergeten is dan dat deze tetrapeptiden ofwel met elkaar zijn verbonden dan wel dat er glycinebruggen zijn om die te verbinden, allemaal met covalente bindingen. De Gramkleuring stond op 2 van de 6 punten. Die had je als je kristalvioletjood oplossing had en safranine als roze tegenkleurstof. De Gram+ zijn dan paars, de Gram- zijn dan roze.
# 2 E.M. foto's (delende plantencel en golgi-complex met vesikels) (4 punten)
# 5 peptiden gekregen, welke scheidingstechniek kan je hiervoor gebruiken? Leg deze in detail uit en verklaar in welke volgorde ze van de kolom komen. (6 punten)
* Scheiden van de vijf peptiden. Hier had je 3 punten op het principe van de scheiding en 3 op het juist antwoord op de vraag. Je moet hier scheiden via ionenuitwisselingschromatografie daar de 5 peptiden elke een ander isoelectrisch punt hebben. Dit kan je simpel bepalen door het aantal zure en aantal basische aminozuren te tellen. Bij principe moest er zeker bij staan dat je eerst de pH laag brengt zodat ze allemaal positief geladen zijn als je met een kationenuitwisselaar werkt en dan geleidelijk de pH doet stijgen zodat ze één voor één van de kolom komen. Voor anionenuitwisselaar het omgekeerde.

===12 juni 2023===
# Teken het trisacharide: D-galactose met een 1,3 binding aan D-ribose met een 1,3 binding aan D-fructose (5)
* Per binding die fout is of per fout in een monosaccharide is het een punt aftrek
# Teken fosfatidylethanolamine, wat zijn de functies en voorkomen? (4)
* Phosphatidyl ethanolamine en functie/eigenschappen fosfolipide: Geen correcte esterbinding of grote fouten aan het molecule: max 1 op 4. Kleine fouten op de structuur: een half of één punt aftrek. Het overblijvende punt voor fosfolipidendubbellaag (vb membraan) en enkellaag (vb lipidendruppel) en dat het een chemische barrière vormt.
# Gegeven een stuk DNA van 5' tot 3': wat is de aminozuursequentie van het proteïnen en welke stappen gebeuren hierbij? (5)
* Deze vraag heb ik tijdens de lessen op het bord getekend. Ik heb toen duidelijk gezegd dat als je DNA ziet staan, teken onmiddellijk de andere strand. Als je dat had gedaan zou je zien dat er in die andere strand een startcodon zit gevolgd door verschillende aminozuren. In de vraag staat in bold dat er een proteïne wordt gevormd, dus enkel methionine (dat werd gevolgd door een stopcodon) is uiteraard geen proteïne. Als je dit stuk correct had heb je 2,5 of 3 op 5 (2,5 als de beschrijving compleet fout is). Om 5 op 5 te hebben had ik de volgende termen moeten zien: Bij transcriptie: promoter-terminator, RNA polymerase, copij van de matrijsstreng, dus identiek aan coderende strand, maar dan T door U vervangen, splicing, 5’Cap, 3’ poly A staart en dan via kernporiën. Bij translatie: mRNA komt toe op de ribosomen (veel studenten antwoorden hier op het RER, dat kan, maar dat is niet noodzakelijk), die uit rRNA en proteïnen bestaan en tRNA met zijn anticodon brengt de juiste aminozuren aan die dan het proteïne gaan vormen
# bespreek de structuur en functie van het golgi-apparaat (4)
* Golgi apparaat: afgeplatte membraanzakken, cisternen, waar vesikels van RER toekomen aan cis kant en waar vesikels vertrekken aan de trans kant als primaire lysosomen, of als secretievesikels met materiaal voor buiten de cel. Dit geeft 2 van de vier punten. Wat gebeurt er in het golgi: suikers die op de eiwitten staan uit RER worden grotendeels verwijderd en elk eiwit krijgt zijn specifieke glycosylatie (heel veel studenten spreken weeral over glycolysatie, wat uiteraard niet ok is, zeker 5 keer in de les gezegd! Glycosylatie kan op O of N zijn
# Wat is de functie van een G-proteïne? (4)
* G proteïnen: belangrijk bij signaaltransductie in de cel (1 punt). Zijn proteïnen die met GDP zijn gebonden en dan inactief en bij activatie wordt GDP door GTP (wat in overmaat in de cel aanwezig is) vervangen (en niet zoals studenten antwoorden dat GDP naar GTP wordt omgezet). Het G proteïne heeft dan een eigen GTPase activiteit die zorgt dat GTP wordt omgezet naar GDP en het proteïne is terug inactief. Het is dus een on-off schakelaar.
# Hoeveel ribose-5-p heb je nodig om 14 alanine te maken? -welke wegen, reactievergelijking en NADH en atp balans (10)
* Hier heb je dus al 14 pyrodruivenzuur nodig bij de transaminatiereactie maar je hebt er nog twee extra nodig om eerste keer glutaminezuur te maken (cellen hebben geen reserve). Dus eentje voor acetyl coA en eentje voor oxaalazijnzuur (anaplerotisch). Hiermee kan je alfa keto maken en hiervan kan je glutaminezuur maken. Het alfa keto recupereer je dan telkens bij de transaminatie reacties. Om 16 pyrodruivenzuur te maken heb je 12 ribose5P nodig. Met 9 kan je er 15 maken, maar je hebt er dus 16 nodig. Hier zijn er punten gegeven a rato van welke pathways die relevant zijn heb je opgeschreven.
# Drie organellen aanduiden en hun functie bespreken. (lipidedruppels, glyoxisoom (?) en mitochondrion, de foto stond in de cursus) (4)
* Dit was een foto uit de cursus!!!. Vetdruppels (neutrale lipidenreserve) en mitochondriën (beta oxidatie, Krebs cyclus; Az biosynthese; electronentransport keten) gaf 2 punten. Cruciale hier waren de glycoxysomen met omzetten van 2 acetyl coA naar barnsteenzuur). Dit gaf nog twee punten.)
--> examen stond op 36punten

===21 juni 2022===

# Lactose in alfa vorm tekenen. (6 ptn)
#* Waar in de natuur komt het voor?
#* Welk enzyme hydrolyseert het?
#* Geef de belangrijkste verschillen tussen lactose en trehalose.
#* Opmerking: De alfa slaat hier natuurlijk op de glucose (die nog kan open gaan) maar de binding tussen de galactose en de glucose is een beta binding. Geen correcte structuur is -2, geen enzyme is -1, geen plaats van voorkomen is -1. Grootste verschil met trehalose is dat dat een niet reducerend suiker is met de glucose alfa,alfa, 1, 1 gebonden. Waar het voorkomt is ook verschillend.
# Tertiaire structuur proteïnen: Leg uit + maak tekening. Aan welke externe factoren is het gevoelig? (6 ptn)
#* Opmerking: Veel fouten hier is dat studenten de secundaire structuur beschrijven. Er moet zeker staan: H bruggen tussen az en met omgeving, S-S bruggen (sommige studenten zetten maar één S, dat kan natuurlijk niet), hydrofobe interacties + VanderWaals, ionische interacties en algemene structuur, hydofobe binnen een polaire aan buitenkant. Bij externe omstandigheden dikwijls ok geantwoord, maar niet de reden waarom een eiwit dan stuk gaat. Bvb extreme pH. Waarom? (omdat dan de ionische interacties verstoord worden daar of alle COO- COOH worden en een eiwit dus positief geladen wordt. Hitte, detergenten (SDS), solventen, …
# Peroxisomen en glyoxisomen: Oorsprong en functie? Welke metabolische wegen gebeuren hier? In welke organismen komen ze voor? (6 ptn)
#* Opmerking: Komen van SER, en de vraag was welke metabolische reacties er plaatsvinden. Hier hadden die reacties opgeschreven moeten worden. Veel studenten antwoorden dat het doel is om H2O2 af te breken. Neen, doel is om toxische stoffen af te breken met behulp van zuurstof en bij die afbraakreacties komt H2O2 vrij die enerzijds andere toxische stoffen kan neutraliseren, maar dan is er ook Katalase om H2O2 zelf ook af te breken, daar dit toxisch is Dit geeft de typische kristallen. Heel veel studenten antwoorden dat in glyoxysomen vetzuren worden omgezet in suikers. Dat is natuurlijk fout. De reactie in de glyoxysomen is om twee acetyl-coA om te zetten tot barnsteenzuur. En dieren hebben dat niet.
# Geef alle stappen die nodig zijn om een proteïnemengsel te kunnen scheiden met een kationuitwisselaar. Hoe kan kationuitwisselingschromatografie worden gebruikt om de 5 (gegeven) decapeptiden te scheiden? In welke volgorde elueren ze? (6 ptn)
#* Opmerking: Hier moet je weten hoe zo een kolom werkt en welke aminozuren er zuur zijn en welke basisch daar die het IEP gaan bepalen. Wat er zeker had moeten staan is dat initieel je de pH laag moet brengen zodat alle peptiden blijven hangen en dan geleidelijk de pH verhogen of de zoutconcentratie verhogen, daar ze er dan één voor één afkomen.
# Hoeveel moleculen sucrose nodig voor omzetting in 3 moleculen stearinezuur? Hoeveel ATP komt er vrij bij het verademen van de restproducten? (10 ptn)
#* Teken sucrose. Door welk enzym wordt het gehydrolyseerd? Wat zijn de hydrolyseproducten?
#* Welke metabolische wegen worden doorlopen? (gegeven dat het er 5 zijn, gewoon de namen van de wegen geven)
#* Teken de volledige metabolische reacties en schrijf de uiteindelijke reactievergelijking.
#* Hoeveel ATP-moleculen kunnen er gewonnen worden uit de gevormde producten die niet gebruikt werden voor de vorming van de vetzuren?
#* Opmerking: Sommige studenten vertrekken van stearinezuur om sucrose te maken?? Vraag goed lezen. Hier moet je dus via de pentosefosfaatweg gaan om voldoende NADPH te maken. Sommige studenten doen dat, maar gaan dan ook nog eens langs de volle glycolyse om de acetyl coA te maken maar als je de PPP doorloopt kom je ook terug uit bij pyrodruivenzuur/actyl coA. Van acetyl CoA dan naar stearinezuur, maar uiteraard de ATP verbruikende reactie om malonyl CoA te maken en per stap twee NADPH. In de oefensessie hebben jullie een gelijkaardige oefening gemaakt en was het ok om via de PPP pathway te gaan om voldoende pyrodruivenzuur te bekomen (maar een tekort aan NADPH). Studenten die dat gevolgd hebben was ook ok.
# Twee EM foto's: Welke celtypes zijn afgebeeld? (spiercel en delende plantencel) Benoem alle onderdelen + hun functie. (4 ptn)

=> examen op 38 ptn

===13 juni 2021===
#Teken een oligosaccharide dat D-galactose met een alfa-1,6 binding gebonden is aan een D-fructose (furanose-vorm) die vervolgens met een alfa-1,4 binding gebonden is aan beta-D-ribose.
#Beschrijf (en teken eventueel) volgende woorden: Desmosoom, apoptosoom, beta-vouwbladstructuur, Gs-proteine en snelheidscentrifuge.
#Wat is SDS PAGE, wat kan men ermee onderzoeken, hoe werkt het en wat is het verschil met Native PAGE.
#Beschrijf en teken de vetzuursynthese van stearinezuur.
#Hoeveel moleculen ribose-5-fosfaat kan een gistcel maken uitgaande van 10 moleculen glutaminezuur bij een tekort aan aminozuren, wat is de totale ATP en coenzym verhouding. Geef de reactievergelijking, Neem de weg met de minste CO2 productie.
#Twee foto's. Alle onderdelen benoemen en de functies van deze onderdelen beschrijven. oa de kristalstructuren, R.E.R, ribosomen, celkern, Golgi apparaat.

===14 juni 2020===
#Teken de microtubuli van het cytoskelet en leg uit waarom het zo belangrijk is voor de deling van cellen. Wat zijn andere structuren van de cel waar microtubuli in voorkomen
#Teken Gram+-bacterie en Gram--bacterie en teken de celwand (mureïne). Leg het effect van peniciline uit op de celwand en waarom het geen effect heeft op ons
#Leg verschil uit tussen Instrinsieke en Extrinsieke signaalwegen. Waarom is apoptose zo belangrijk?
#Hoe kan men zonder de cel te denatureren de verschillende celonderdelen scheiden?
#Een gistcel maakt uit 4 moleculen stearinezuur, glucose-6-fosfaat. Hoeveel kan het er maken en hoeveel ATP blijft er over (Vetzuurafbraak, Gluconeogenese, Krebs-cyclus en Anaplerotische reacties)
#2 prentjes
#*Kristallen
#*Ribosomen
#*Nog dingen maar ik ben onzeker

===7 juni 2020===
#teken gedetailleerd een alfa helix structuur en de binding, welk proteïne heeft vooral alfa helix structuren?
#trehalose en amylopectine tekenen, welke binding?
#geef functie van, een teken eventueel: mesosoom, protoplast, mycoplasma, chromomeer, middenlichaampje
#leg uit: actief transport
#hoe kun je een plasmamembraan goed zichtbaar maken onder een fluorescentiemicroscoop?
#hoeveel ATP verkrijg je bij het volledig verademen van 10 moleculen glycerol? (antwoord: 220 ATP)
#duidt structuren aan op foto

===19 augustus 2019===
# Amylopectine is een belangrijk deel van zetmeel. Teken de structuur en alle atomen. Waar verschilt dit moleculen met glycogeen?
# Hoe wordt p53 geactiveerd? Wat heeft dit als resultaat? Wat is het gevolg indien het slecht functioneert?
# Hoe kan ionenuitwisselings chromatografie worden gebruikt om de 5 (gegeven) decapeptiden te scheiden. Welke elueert het eerst?
# Welke soort juncties zijn er? Teken en leg ze uit?
# Gistcellen kunnen groeien op een ethanol bodem. Hoeveel moleculen heeft een gistcel nodig om 12 moleculen ribose-5-P te maken. Hoeveel energiewinst is er? Geef alle stappen.
# 3 prenten:
## Ben ik vergeten
## Kliercel: benoem alle delen in de cel en geef hun functie.
## 2 Virussen(1 was Tabaksmozaïekvirus): wat is hun structuur en wat zijn het?

===26 juni 2019===
#leg gedetailleerd uit wat actief transport is
#geef de structuur van microtubuli, waarom zijn deze microtubuli belangrijk bij delende plantencellen? geef de structuur van flagellen bij eukaryote cellen en hoe zorgen deze voor beweging
#wat is Km?
#wat is een proplastide?
#wat is confocale fluorescentiemicroscopie en hoe kan deze gebruikt worden om een celmembraam te bekijken?
#hoeveel glycerol heb je nodig voor opbouw van 6 moleculen palmitinezuur? kan dit ook in anaerobe omstandigheden?
# 2 foto's, geef alle structuren die je ziet + functie
## 1 foto van kristallen in een kern
## 1 foto van mucusvesikels die uit een darmepitheelcel komen

===18 juni 2019===
#Wat is de moleculaire structuur van een celwand van een bacterie? Wat is het verschil tussen een gram+ en een gram- bacterie? Hoe heeft dit effect met penicilline? Waarom gebeurt dit niet bij de mens?
#Hoe kan men een enzym isoleren en scheiden uit een dierlijke cel?
#Wat is covalente modificatie? Geef twee voorbeelden, een waarbij het enzym vertraagt en een waarbij het enzym versnelt.
#Hoeveel ATP geeft de afbraak van tripalmitine? Hoeveel tripalmitine moet er worden afgebroken om 10 moleculen glucose te maken in een dierlijke cel?
#Twee EM-foto's bespreken en vijf termen uitleggen.

===27 juni 2018===
#Biosynthese van palmitinezuur geven (met structuren) en zeggen waar deze plaatsvindt.
#Teken een spiercel en benoem de elementen. Leg verder ook mbv tekeningen uit hoe een spiercel werkt.
#5 begrippen uitleggen/tekenen: mesosoom, operon, guanine, blefaroplast en mycoplasma.
#Leg uit hoe je mbv affiniteitschromatografie zuiver hexokinase uit een levercel kan scheiden. Zijn er nog andere technieken om zuiver hexokinase te krijgen, zo ja leg deze dan uit.
#Hoeveel moleculen glycerol zijn er nodig om 10 moleculen alanine te vormen. Geef de metabolische wegen in de juiste volgorde en geef de volledige synthese (inclusief structuren). Er is genoeg ammonium aanwezig maar geen oxaalazijnzuur.
#Van 2 E.M foto's de structuren en hun functies benoemen.

===19 juni 2018===
#Gluconeogenese geven/uitleggen
#Welke aminozuren kunnen gefosforiliseerd worden, en welke geglycosyleerd. Teken een gefosforiliseerd aminozuur.
#Confocale fluoricentiemicroscoop uitleggen en tekenen. Hoe kan dit gebruikt worden om het plasmamembraan te tonen.
#BBegrippen: p53, desmosoom, N-acetylmureinezuur, cysteine, chiasma.
#Hoeveel mol tripalmitinezuur heb je nodig voor 15 mol ribose?
#EM foto van glycocalyx met slijmbekercel en foto met peroxisoom.

===30 augustus 2017===
#Ionenuitwisselingschromatografie uitleggen
#Een stuk DNA tekenen
#De verschillende juncties tussen cellen uitleggen
#Biosynthese en afbraak van vetten tekenen en uitleggen
#Hoeveel moleculen glutaminezuur heb je nodig om 6 moleculen ribose-5-P te maken
#Fotos van cellen: spiercel en plantencel

===21 augustus 2017===
#Koppel een fructosemolecule aan een galactose en deze aan een glucose op bepaalde manier (alpha,beta)
#Confocale fluorescentiemicroscopie
#Leg volgende termen uit: operon, plaques, cyclines, mesosoom, cystine
#Bespreek de lichtreacties (voorkomen, welke reacties gebeuren,...)
#Hoeveel sucrosemoleculen heb je nodig om 10 moleculen alanine te maken?
#2 E.M. foto's, de ene was een spiercel (actine en myosine), de andere weet ik niet zeker

===20 juni 2017===
#Maak een (erg gedetailleerde) tekening van de secretieweg van DNA tot enzyme, voor een enzyme dat als functie heeft de celwand opbouwen. Leg hierbij alle belangrijke stappen uit.
#Actief transport bij bacteriën, schimmels en dieren uitleggen, met glucose als voorbeeld
#Je wil 6 proteïnen scheiden door een anionuitwisselingschromatografie uit te voeren, welke stappen zijn hierbij? Maak ook een tekening
#Hoeveel glycerol heb je nodig ter vorming van 4 moleculen tripalmitine? Hoeveel ATP is er over na volledige verademing van uw restproducten en reducerend vermogen? Geef op volgorde alle metabolische wegen die hierbij gebruikt werden. Geef schematisch alle stappen die doorlopen worden bij de vorming van tripalmitine uit glycerol, en geef de netto reactievergelijking (inclusief ATP).
#2 foto's aanduiden alles dat je herkent en de functie ervan geven, was een slijmbekercel en een heel erge close up van een plantencel
#5 termen verklaren: apoptosoom, DNA primase, N-acetylglucosamine, proplastide en Km

===21 juni 2016===
#cytokinese dier & plant
#donkerracties en verschil C3,C4 en CAM
#adrenaline
#vriesbreuk en vriezers
#ato berekenen in cyclus
#fotokes van vet en golgi app

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van bacterien en schimmels op vlak van structuur, functie en chemische samenstelling
#inductie en repressie uitleggen adhv lac-operon en trp-operon
#oef: hoeveel mol ribose-5-P kan je maken uit glutaminezuur? bereken hoeveel ATP je over hebt en schrijf de volledige cycli uit (antwoord 3 mol ribose-5-P)
#fotos over juncties en chloroplast
#gelfiltratie uitleggen + hoe daaruit molecuulgewicht proteinen bepalen
#structuur en werking van een spiercel uitleggen

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van schimmels en bacterie (moleculair, structuur, functie)
#bespreek gelfiltratie + hoe kan men de moleculaire massa berekenen van een proteine
#bespreek de spiercel (werking, structuur)
#Bespreek genrepressie en geninductie aan de hand van beta galactosidase en tryptofaan
#metabolisme: hoeveel ribulose 5 fosfaat uit 5 glutaminezuur (geef namen gebruikte wegen + theoretische ATP opbrengst)
#Structuren desmosoom/dichte junctie en chloroplas

===14 juni 2016===
#bespreek de onderzoeken naar de regulatie van de celcyclus (MPF enzo...). Wat kan er misgaan wanneer de regulatie niet goed verloopt? (tumor, p53, oncogenen)..
#Bespreek oorsprong structuur en functie van glyoxisomen en peroxisomen (bijvraag: waar vind je vb glyoxisomen: noten,zaden)
# kationuitwisselingschromatografie uitleggen +methode om 4 peptiden te scheiden hiermee uitleggen
# bespreek: Gs proteine (algemeen, niet adrenaline), Km(enzyme),Prion
# Hoeveel ATP moeten de lichtreacties maken voor de synthese van 6 mol sucrose via donkerrracties (UDPG niet vergeten)
# 2 fotos: chloroplast, 10 structuren aanduiden, darmepitheelcel met glycocalix en veel mucus blijkbaar geen lysosomen dus

===13 juni 2016 NM===
#bespreek microtubuli en de structuren aan die in de cel voorkomen.
# Welk peptide wordt er gevormd (DNA gegeven)
# waaruit bestaat een spiercel en bespreek de werking ervan
# Bespreek de calvin-cyclus. Wat zijn de inputs en wat zijn de outputs?
#Hoeveel moleculen glycerol hebt je nodig om 9 moleculen ribose-5- fosfaat te maken? ( pentosefosfaat weg omkeren)
#em foto's
#*was een plantencel blaasjes golgi-apparaat aant afzetten was op de fragmoplast
#*De tweede foto was een slijmbekercel

===13 juni 2016 VM===
# Structuur glycogeen? Biosynthese er van en afbraak ervan? (Moest blijkbaar adrenaline bij betrekken)
# aminozuren uitleggen en de structuur van proteine
#structuur en functie van de celwand bij bacteriën
#de stappen nodig om een zuivere fractie van polysomen te verkrijgen. Das zo met differentiële centrifugatie
# hoeveel mol ethanol nodig om 6 mol ribos-6-fosfaat te vormen.
# 2 foto's ene was met peroxisoom (kristal in), mitochondrie en chloroplast. 2e was ook vormen van fragmoplast

=== 23 juni 2015 VM ===
# Bespreek de lichtreacties
# Belangrijkste cel differentiaties bij Planten.
# Hoe kan men cellen in een oplossing tellen? Hoe gebeurd dit bij bacteriofagen?
#Teken en bespreek de structuur en functie van de glycocalix bij dieren
#hoeveel maltose moleculen zijn er nodig bij de synthese van alanine in een cel met een tekort aan energie
# 2 foto's: een prokaryoot en een spiercel

=== 24 juni 2015 VM ===
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers en teken de belangrijkste.
# apoptose
# Penicilline en chloramfenicol
# Opbouw en afbraak van vetten
# 2 foto's eentje van een floeemcel de andere van een vetdruppels met glyoxisomen

=== 23 juni 2015 VM ===
# Geef alle soorten lipiden, uitleg, tekening
# wat is een sarcomeer en leg werking uit,
# vier woorden: microsoom, beta-mercapto-ethanol, tonofilamenten en dna primase,
# Geef heel calvincyclus
# Oefening met al die metabolisme en ATP enzo. Iets mat stearinezuur afbreken tot pyrodruivenzuur ofzo tongue-emoticon
# 2 fotos : celkern met kristallen en dan blijkbaar een zeefvat

=== 22 juni 2015 NM ===
# Alles van de plantencelwand
# Oef met DNA sequentie en translatie
# Oxidatieve fosforylatie vs foto fosforylatie
# Hoe kan je polysomen en ribosomen scheiden
# Hoeveel mol glycerol heeft een gistcel, die in de G0-fase zit, nodig om met ademhaling 110 Mol ATP te synthetiseren
# Foto van openbarstende darmepitheelcel (met mucus) en van een plantencel

=== 22 juni 2015 VM ===
# Structuur en functie van endoplasmatisch reticulum
# Hoe wordt de activiteit van fosfofructokinase geregeld?
# Cytoskelet bij planten en dieren
# Bespreek de lichtreacties
# hoeveel mol ethanol nodig opdat gistcellen 4 mol ribose-5-P kunnen maken. Welke metabolische weg komen hierbij tussen? Hoeveel ATP blijft er over?
# 2 foto's: de eerste was een zenuwcel met microtubuli en de tweede met een peroxisoom.

=== 16 juni 2015 ===
# bespreek suikers en polysacchariden en teken de belangrijkste
# welke reacties vinden plaats op het thelakoïdmembraan en wat zijn de inputs en outputs
# geef uitleg; middenlichaampje, callus, mitosis-promoting factor MPF, blefaroblast
# hoeveel mol glutaminezuur moet omgezet worden in oxaalazijnzuur om voldoende ATP te maken voor de afbraak van 5 mol stearinezuur
# bespreek SDS-page en waarvoor dient het
# foto van floëemcellen en foto van kern met kristallen p p295

=== 26 juni 2014 ===
#IEP uitleggen en peptiden rangschikken op IEP
#Transport van voedingsstoffen over de celmembraan bespreken
#Methoden om de volgorde van enzymen in een metabolische pathway te bepalen
#Glyoxylzuurcyclus bespreken
#Hoevel mol glycerol nodig voor 2 mol palimitinezuur
#Foto van jonge plantencel en van peroxisoom

===23 juni 2014===
#Transport van voeding door de membraan
#Plantencelwand bespreken
#Bespreek de pentosefosfaatweg (alles)
#Tellen van bacteriofagen
#1 mol tripalmitine (vergeet glycerol niet!)
#Foto van plantencel (chloroplast volledig en ook vacuole enzo) + floeemcel (gedifferentieerde plantencel)

=== 19 juni 2014 ===
#Leg de rol van enzymen als katalysatoren uit in de metabolische reactie wegen
#Wat doe adrenaline in de levercellen als je schrikhebt?
#Leg de weg uit die katalase aflegt in de cel beginnende bij DNA.
#Leg ionenuitwisselingschromatografie uit.
#Hoeveel mol maltose heb je nodig voor de aanmaak van 2 mol stearine? Welke metabolische reactiewegen komen hier bij te pas? Welke zijn de energieleverende/ energie verbruikende stappen?
#Prent van cel met glycogeenkorrels, RER, SER, mitochondrien etc
#Prent van plant cel in cytokinese --> aanmaak van middenlamel door fragmoplast etc

=== 12 juni 2014 (namiddag) ===
#Transport over celmembraan
#Kern met rer tekenen en functie uitleggen
#Wat doet adrenaline in levercellen
#Confocale fluorescentie microscopie uitleggen
#Hoeveel acetaat je nodig hebt voor 3 mol glycerol en waar wordt energie geproduceerd
#Foto van glycogeenkorrels en van kristallen in kern

=== 12 juni 2014 (voormiddag) ===
#fosfofructokinase van dna tot enzyme de weg die het moet doen en regulatie
#plantencelwand opbouw componenten en functie
#tellen van cellen en bacteriofagen
#hoeveel glucose nodig voor 4 alanine te maken
#foto van zenuwuitlopers en vorming nieuwe celwand bij planten: fragmoplast

=== 17 juni 2013 (namiddag) ===
#Bespreek de eenvoudige suikers en polysacchariden.
#Bespreek de biosynthese en afbraak van vetzuren.
#Wat is de functie van glyoxisomen? Hoe kan je deze zichtbaar maken bij fluorescentie microscopie?
#Een gistcel kan groeien op ethanol. Om te groeien moet de celwand groeien, deze is opgebouwd uit polymeren van suikers.
#*Hoeveel mol ethanol is er nodig om 10 mol glucose te maken?
#*Kan de gistcel groeien op ethanol in anaëroob milieu? (antwoord: p469 laatste 5 regels in middelste stuk)
#prent aanduiden:
#*desmosoom
#*peroxisoom met kristalstructuur

=== 17 juni 2013 (voormiddag) ===
#Teken de overgang van kernmembraan naar R.E.R. Wat is de functie van dit laatste?
#Bespreek geprogrammeerde celdood. Is er een link met kanker?
#Geef de methode(n) hoe je proteïnen kan splitsen op basis van hun lading.
#Hoe werkt het B-galactosidase operon bij E. Coli?
#Hoeveel mol glucose kan je maken met 3 mol palmitinezuur? Welke metabolische wegen worden er gevolgd? Hoeveel ATP kan er eventueel gevormd worden?
#Foto's:
#* p254
#*p218 (ongeveer)

===13 JUN 2013 NM===
# Bespreek de secretieweg in een cel van gen tot gesecreteerd eiwit.
# Als een mens schrik heeft komt er adrenaline vrij. Wat gebeurt er dan in de lever?
# Hoe werkt SDS-PAGE?
# Een uitgehongerde zoogdiercel maakt 4 glutaminezuurmoleculen en 2 asparaginezuurmoleculen. Hoeveel fructose is hier voor nodig en hoeveel CO2 wordt er door het organisme geproduceerd bij deze omzetting?
# 2 foto's: chloroplast tegen celwand aangedrukt door vacuole en celkern met kristallen.

=== 13 jun 2013 (voormiddag) ===
#Bespreek de celwand vn de bacterie
#Uitleggen wat MFP met celcyclus te maken heeft en welke drie onderzoeken er toe geleid hebben
#Confocale fluorecentiemmicroscopie uitleggen
#Een oefening met hoeveel mol
#2 prentjes:
#*floëmcellen
#*gewoon RER, SER, Peroxisoom, mitochondrïen aanduiden (kan zijn nog iets)

=Examenvragen vanaf 2009=
== Biochemie ==

=== 27 jun 2011 ===
#elektronentransportketen uitleggen.
#Met welke methodes kan je glyoxisomen bestuderen (door microscopische analyse) in de cel?
#Vetzuren en lipiden bespreken
#Differentiaties in plantencellen
#Foto van spiercel + kern delen benoemen.
#C1 van een glucosemolecule wordt radioactief gemerkt. We zien dat C6 van een 1,6-bisfosfaatfructosemolecule ook radioactieve sporen vertoond. Verklaar dit.

=== 16 jun 2010 ===
#Bespreek de lichtreactie van de fotosynthese.
#Bespreek hoe je aminozuren en suikers kan scheiden en deze onderling kan scheiden.
#Bespreek: de weg die wordt afgelegd van DNA tot glycocalyx van een proteïne.
#Hoeveel ribose 5-P kunnen gevormd worden uit 5 moleculen glutaminezuur. Hoeveel ATP komt hierbij vrij?
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (chloroplast en jonge plantencel)

=== 8 jun 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de suikers
#Bespreek de pentosefosfaatweg (PPP)
#Bespreek SDS-PAGE
#Hoeveel molecule alpha-ketoglutaarzuur moeten er in de cel omgezet worden naar fumaarzuur om voldoende ATP te maken voor de synthese van 6 moleculen palmitinezuur (vertrekkende van Acetyl-Coa en uitgaand van het feit dat alle cofactoren aanwezig zijn) ? [Antwoord: 7]
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (levercel en prokaryote cel)

== Chemie ==

===3 JUN 2012 VM===
# celdifferentiatie in ene plantencel
# transport voeding cel
# geef de verschillen tussen de glycolyse en de gluconeogenese daar waar de enzymen verschillend zijn
# 2 stearinezuur omvorme na ribose, er is geen NAD+, geef de cusclussen die je gebruikt, is er atp genoeg, kan het volledig worden omgezet?
# 2 tekeningen (darmwand en spiercel)

===3 FEB 2012 NM===
# Bespreek enkelvoudige en meervoudige suikers
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Bespreek ionenuitwisselingschromatogafie
# 2 foto's

===30 JAN 2012 VM===
# Bespreek aminozuren en ruimtelijke opbouw van proteïnen
# Rangschik 5 proteïnen volgens hun isoelektrisch punt, van hoog naar laag (je krijgt hier dan 5 aminozuursequenties)
# Teken de overgang tussen kernmembraan en het RER en bespreek de functie van het RER.
# Bespreek de verschillende centrifugatietechnieken.

===23 JAN 2012 NM===
# bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers
# bespreek de celwand bij bacterien en schimmels
# leg uit ionenuitwisselingschromotografie
# 2 foto's waar ge alles op moet aanduiden

===23 JAN 2012 VM===
# Bespreek de celwand bij planten
# Bespreek microtubuli en hun structuren
# SDS-page (blijkbaar moest ge u practicumboek ook kennen :s)
# foto van kern me kristallen en een bacterie

===20 JAN 2012 NM===
# Bespreek vetzuren en lipiden
# Bespreek wat er allemaal gebeurd en hoe het transport gebeurd van een specifiek proteïne vertrekkende van het genome DNA tot aan de glycocalyx (mss iets ander geformuleerd)
# Bespreek de technieken om een basaalkorrel zichtbaar te maken in de cel. -> ECHT IN FUNCTIE VAN DE BASAALKORREL DOEN DUS adh van het proteïne tubuline!!!
# 2 foto's 1 van die rozetstructuren van glycogeenpartikels en dieje andere was met gwn een celkern met kristalijne kristallen (2 foto's die hem duidelijk in de les heeft vermeld da ge daar moet op lette)

=== 20 JAN 2012 VM ===
#Bespreek de nucleinezuren, als monomeer en macromolecule, en hun ruimtelijke structuur bij eukaryoten en prokaryoten.
#Bespreek het endoplasmatisch reticulum.
#Bespreek gelfiltratie en leg uit hoe het ka ngebruikt worden om het moleculaire gewicht van een proteine te bepalen.
#2 EM-fotos, alle structuren aanduiden en de functie ervan geven.

===21 JUN 2011 NM===
#bespreek de vermenigvuldiging van virussen
#Bespreek de bio-synthese en afbraak van vetzuren
#Bespreek de vrijzetting van adrenaline in het bloed
#Hoeveel mol ATP wordt er geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol? Hoeveel mol glutaminezuur kan worden geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol wanneer er genoeg ammoniak in de cel aanwezig is?
#twee foto's

===21 JUN 2011 VM===
#Bespreek de cytokinese bij planten.
#Bespreek het transport van voedingsstoffen naar binnen in de cel.
#Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
#Hoeveel mol fructose is er nodig voor de synthese van 3 mol palmitinezuur?
#twee foto's

===21 JAN 2011===
#Bespreek de celwand bij planten.
#Bespreek de proteïnen en hoe ze zijn opgebouwd in een ruimtelijke structuur.
#Geef de belangrijkste verschillen tussen gram positieve en gram negatieve bacteriën en hoe kan je die van elkaar onderscheiden?
#Bespreek moleculaire exclusiechromatografie en hoe kan je hiermee het MW van een eiwit bepalen?
#Twee foto's

===22 JUN 2010===
# Bespreek de structuur en werking van spiercellen.
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
# Hoeveel ATP wordt er geproduceerd bij afbraak van 5 mol glycerol en 2 mol glucose? stel: Glutaminezuur tekort in de cel, hoeveel mol glutaminezuur kan geproduceerd worden met 5 mol glycerol en 2 mol glucose?
# Hoe werkt adrenaline?
# Hoe werkt het tryptofaan operon bij aanwezigheid en afwezigheid van tryptofaan?

===15 JUN 2010===
# Bespreek differentiatie van plantaardige cellen
# Bespreek gemedieerd transport
# Bespreek de glyoxyzuurcyclus (waar, in- en outputs en waar de producten verder naartoe gaan...)
# Hoeveel fructosemoleculen heb je nodig om 4 moleculen glutaminezuur en 2 moleculen asparaginezuur te maken. Hoeveel CO2 wordt hierbij gemaakt? Leg uit a.d.h.v. metabolische wegen.
# Bespreek hoe de enzymes elkaar opvolgen (niet in deze woorden, maar 't komt erop neer)

===25 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de structuur en de functie van microtubuli en de verschillende structuren die hieruit zijn opgebouwd. (p. 240-261)
#Bespreek de ruimtelijke structuur van eiwitten. (p. 53-60)
#Bespreek de verschillende centrifugatie methoden. (p. 285-290)
#Twee foto's

===18 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de celwand bij planten. (bijvragen over de chemische opbouw van (hemi)cellulose, extensises,...)
#Bespreek RNA transcriptie en DNA duplicatie.
#Bespreek de moleculaire exclusiechromatografie.
#2 foto's van cel(onderdelen). Alles benoemen, ook vanzelfsprekendheden (cytoplasma,...)

=== 15 JAN 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# Bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# Bespreek SDS PAGE
# Duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)

leer ALLE details!

=Examenvragen van 2007 - 2009=
=== 2 sept 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers.
# Bespreek de verschillende plastiden.
# Welke techniek kan men gebruiken om celmembranen te bestuderen onder de EM? Bespreek de twee varianten.
# Twee foto's

Thevelein
* Hoofdvraag
*# Bespreek het verband tussen de elektrontransportketen en oxidatieve fotofosforylatie.
* Bijvragen
*# Glyoxylzuurcyclus
*# Hoeveel glucosemoleculen heeft een schimmelcel nodig om 2 glutaminezuur en 4 asparaginezuur te maken? Wordt er hierbij ook CO2 geproduceerd en indien ja, hoeveel?

=== 24 Juni 2009 - Chemie - Thevelein ===
* hoofdvragen
*# Bespreek de Krebscyclus.
*# Bespreek de lichtreactie vd fotosynthese.
*# Leg genrepressie en geninductie uit aan de hand van klassieke voorbeelden.
* bijvragen
*# Wat is groepstranslocatie?
*# Bereken hoeveel mol ATP er wordt vrijgezet bij de volledige oxidatie van 1 mol tristearine.
*# Nog een oefening zoals hierboven maar nu met aminozuren enzo...

=== 19 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de structuur van microtubuli en de structuren die eruit bestaan.
# Bespreek de nucleïnezuren en nucleotiden en hun ruimtelijke structuren.
# Leg gelchromatografie (??) (da met gelbollekes sorteren) uit en hoe je het molecuulgewicht v eiwitten hiermee kan berekenen.
# 2 foto's uit oefenzittingen

Thevelein
* hoofdvraag
*# Vergelijk gluconeogenese en glycolyse (startproducten, plaats id cel,..)
* bijvragen
*# bespreek glyoxylzuurcyclus
*# Bereken hoeveel moleculen glucose een schimmelcel nodig heeft om 2 moleculen glutaminezuur en 4 moleculen asparaginezuur te produceren. Wordt hierbij CO2 gevormd en zo ja hoeveel? Leg uit adhv de gebruikte cycli.

=== 15 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de celwand bij planten
# bespreek peroxisomen en glyoxisomen
# rankschik de volgende peptiden volgens iso-elektrisch punt. en wat is iso-elektrisch punt. vb.COOH-cysteïne-proline-histidine-cysteïne-lysine-methionine-asparaginezuur-NH2
# 2 fotos: 1 van een chloroplast, en 1 van een zenuwcel
Thevelein
*hoofdvraag
*# bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
*bijvragen
*#geef volledige metabolische weg om asparaginezuur te vormen uit glycerol en NH3
*#Kan een cel in anaërobe omstandigheden het meest ATP halen uit glucose via de Glycolyse of eerst via PP(pentosfosfaatweg).en toon aan.-

=== 26 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
# Bespreek nucleotiden en nucleïnezuren
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Hoe kan je aminozuren van suikers scheiden en hoe kan je ze verder opzuiveren?
# Teken het celmembraan (of was de vraag nu glycocalyx?) van een dierlijke cel en duidt de onderdelen aan.
# Wat is het iso-elektrisch punt van een proteïne en wat ben je ermee?
# 2 fotos: 1 van een prokaryote cel, en 1 van een plantencel

=== 15 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# bespreek SDS PAGE
# duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)
leer ALLE details!

=== 22 aug 2008 - Biochemie ===
Thevelein:

* Hoofdvraag:
*# Bespreek de samenstelling en mechanisme van elektronentransportketen

*Bijvragen:
*# Welke reacties worden gekatalyseerd door volgende enzymes:
*#* pyruvaat decarboxylase
*#* pyruvaat dehydrogenase
*#* pyruvaat kinase
*#* pyruvaat carboxylase
*# een cel zet oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 om in asparaginezuur en glutaminezuur, geef de reactie.

Van Dijck:

# bespreek structuur en functies van de microtubuli en bespreek de structure waar ze voorkome (/3)
# bespreek structuur van de proteïnen en waar komen deze voor (/3)
# hoe kan je het molecuulgewicht van een proteïne bepalen met exclusiechromatografie (/2)
# wat is hemicellulose? (/1)
# duid celorganellen aan op de prent (/1) --> twas een levercel met veel secretiepartikels

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen:
# e-transport
# pentosefosfaatweg
# regulatie van het metabolisme

Bijvragen:
# glyoxylzuurcyclus
# glucose+NH3-->glutaminezuur+CO2 hoeveel ATP wordt er geproduceerd (aeroob organisme)
# synthese van trehalose uit glucose dat via symport in de cel komt. Hoeveel ATP moet er via melkzuurgisting gewonnen worden om 2 trehalose moleculen te vervaardigen.

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen
# Bespreek de Krebscyclus
# Bespreek het membraantransport en de membraanpotentiaal
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese

Bijvragen
# Adrenaline als glucosevrijzetter
# Bespreek in detail de biosynthese en afbraak van vetzuren
# Een bacteriële cel in aërobe omstandigheden zet glucose om in pyrodruivenzuur. Waar wordt het meeste ATP geproduceerd, via de glycolyse of via de pentosefosfaatweg?

=== 20 jun 2008 - Chemie - Thevelein===
Hoofdvragen:
# Bespreek de calvincyclus.
# Bespreek membraantransport en bespreek hoe membraanpotentiaal hierbij tussenkomt.
# Bespreek de regulatie van het metabolisme.

Bijvragen:
# Glyoxylzuurcyclus.
# Adrenaline als glucose vrijzetter.
# Een denkvraag ivm proton-motive en dinitrofenol.

=== 20 jun 2008 - Biochemie ===

Thevelein:
# lichtreacties
# oefeningen:
#* tristearaat, hoeveel ATP wordt er gevormd
#* vorming van asparaginezuur en glyoxylzuur uit citroenzuur en NH3

Van Dijck:

* schriftelijk
*# soorten bindingen in macromolecules, tekenen +bespreken
*# wat is threhalose, mesozoom

* mondeling
*# endoplasmatisch riticulum bespreken
*# microtubuli bespreken
*# plaatsbepaling van moleculen in de cel, methoden bespreken
*# 2 foto's herkennen+organellen benoemen: lever en oliehoudende zaden

=== 19 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* Grote vraag:
*# membraantransport bespreken
* Bijvragen:
*# ge hebt 24 glucosemoleculen, die ge via PP en dÃ¡n pas de glycolyse gaat afbreken tot acetyl-CoA, waarna ge X aantal palmitinemoleculen gaat opbouwen. Hoeveel ATP wordt er gevormd? En hoeveel NADPH hebt ge tekort?

Van Dijck:

*Schriftelijk:
*# bespreek RNA en DNA
*# leg uit:
*#* isopycnische centrifugatie
*#* mycoplasma

*Mondeling:
*# bespreek mono- en polysachariden
*# celwand bij bacterien + Gram positieve en Gram negatieve bacterien
*# ionenuitwisselingschromatografie

=== 13 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* hoofdvraag:
*# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
* Bijvragen:
*# Bespreek hoe er geninductie en genexpressie bij Escheria coli plaatsvindt
*# Oefening ivm de metabolische wegen

Van dijck:

*Schriftelijk
*# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose en nummer de koolstoffen
*# Leg uit:
*#* mesosoom
*#* connexon

* Mondeling
*# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
*# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
*# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
*# Duid de organellen aan op de cel (chloroplast en bacteriofaag)

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling:
# geef de structuur en de functies van de mitochondrieën
# beschrijf de weg die een proteine X aflegt beginnend in de kern die voor de glycocalyx bestemd is.
# beschrijf de verschillende centrifugatietechnieken.

Schriftelijk:
# wat is het iso-elektrisch punt van proteïnen en rangschik de volgende proteïnen volgens stijgende theoretische waarde van het iso-elektrisch punt. De proteïnen werden gegeven door telkens een keten van 11 aminozuren.
# Beschrijf en teken schematisch de componenten van de glycocalyx
# verklaar:
#* mesosoom
#* connexon

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Schriftelijk deel
# rangschik van polair naar apolair (aceton, 1-propanol, diethylether, fenol, benzylalcohol) [in de vraag werden prentjes van de moleculen gegeven, en niet de namen], en zeg wat apolariteit bepaalt.
# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose.
# Leg uit:
#* Dictyosoom
#* Blefaroplast

Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
# Duid de organellen aan op de cel (de twee cellen waren een zenuwcel en een chloroplast)

=Examenvragen tot en met 2006=
=== 15 jan 2007 ===
Hoofdvragen: theorie
# bespreek hoe een cel aan zijn membraanpotentiaal komt + hoe deze aangewend wordt bij het membraantransport
# bespreek de Calvin Cyclus (functie, intermedairen, ...)

Hoofdvragen oefeningen
# practicum: bespreek PAGE bij proteïnen en hoe we de molecuulgroote ervan kunnen afleiden
# duid zo veel mogelijk celstructuren aan
# duid de volgende processen aan waar ze voorkomen in de cel aan op de tekening: NADPH productie, energieproductie, chromatine en integrale proteïnen

Bijvragen
# bespreek hoe adrenaline de glucoseproductie in de cel regelt
# Een cel maakt uit oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 de aminozuren glutaminezuur en asparaginezuur. Geef een reactievergelijking en houd rekening met ATP, NAD, FAD, H2O en CO2.

Statistiek

2024-08-06T08:05:02Z

R0986077: R0986077 heeft pagina Statistiek hernoemd naar Statistiek & Data-analyse

#DOORVERWIJZING [[Statistiek & Data-analyse]]

Statistiek & Data-analyse

2024-08-06T08:05:01Z

R0986077: R0986077 heeft pagina Statistiek hernoemd naar Statistiek & Data-analyse

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

Vanaf 2022: Hoorcolleges worden gegeven door Mia Hubert (medeauteur van het handboek). Examen bestaat 90% uit oefeningen, er kunnen kleine deeltjes theorie gevraagd worden als bijvraag. Dit wordt duidelijk aangegeven in het hoorcollege. Hoofdstuk 1 en 2 worden niet behandeld in de hoorcolleges (zelfstudie). Er zijn 7 oefenzittingen van 2 uur, waarbij de eerste en de laatste op computer (werken met statistisch programma R). R-code moet niet zelf kunnen geschreven worden, wel geïnterpreteerd. Tijdens de oefenzittingen wordt het bij sommige oefeningen op geoefend. Over H1, H2 en H7 worden geen oefeningen gemaakt. Oefeningen op examen zijn gelijkaardig met die vanuit de oefeningenzitting. Op het examen mag je een rekenmachine meenemen (geen grafisch of symbolisch), alsook het formularium en statische tabellen. DEZE MOETEN ONBESCHREVEN ZIJN!

''(mening en info academiejaar 2022-2023) Vak werd gegeven door Mia Hubert''
*Aanpak vak
**Vooral oefeningen op het examen, volg dus zeker de oefenzittingen!
*Kwaliteit cursus
**Staat op zich in wat er moet instaan
*Examenvragen
**Prof blijft zeggen dat de theorie vragen meerkeuze zijn (met verklaar, dus is sowieso al niet geweldig), maar bij ons was er ineens een hele open vraag, ik zou de theorie grotendeels negeren (gewoon genoeg weten voor de oefeningen) want dit staat sowieso maar op 4 punten en de vragen zijn ook enorm willekeurig naar mijn gevoel
**Oefeningen zijn op zich gelijkaardig aan de oefenzittingen, maar ik blijf er van overtuigd dat dit examen voor een groot deel geluk hebben is, dus zelfs als de oefeningen thuis niet lukken, zou ik gewoon proberen en misschien heb je geluk

==Examenvragen==
===26 januari 2024===
#Meerkeuze vraag over verband lognormale verdeling, e^x, toevalsvariabele, X, normaal verdeling. Alle mogelijke oplossingen aanduiden + verklaar.
#*Als… normaal verdeeld is dan is… lognormaalverdeeld of omgekeerd
#*Verwachtingswaarde, mediaan etc.
#Meerkeuze vraag: gegeven= determinantenmatrix waaruit je de covariantie en de variantie uit kan halen. Gegeven zijn 4 scatterplots, welke scatterplot past het best bij de determinantenmatrix en verklaar.
#Vraag over kansen-> Regel van Bayes, wet van totale kans, complementaire regel. De vraag was iets in de aard van 24,2% van de jongeren haalt een onvoldoende voor wiskunde. 6% Van de kwart meest bevoorrechte jongeren haalt een onvoldoende, 42% van de kwart minst bevoorrechte jongeren haalt een voldoende.
#*Wat is de kans dat je bevoorrecht bent als je een voldoende haalt?
#*Wat is de kans dat de kwart minste of kwart meeste een voldoende haalt?
#Een pendelstudent heeft over 25 dagen vastgesteld dat zijn bus 10/25 te laat komt en zijn trein 6/25. Kan hij hieruit besluiten de kans dat de bus te laat komt groter is dan dat de trein te laat komt?
#*Hypothese test uitvoeren
#*Type I of II fout? (+Waarom?)
#*Meerkeuze vraag
#*90% betrouwbaarheidsinterval opstellen en vergelijken of het overeenkomt met je besluit uit de hypothese test.
#Definitie van P-waarde
#Een winkelmedewerker merkt over 10 dagen op dat de klanten vriendelijk naar hem lachen terwijl hij de radijzen opruimt. Hebben de 2 een verband met elkaar? (De gegevens waren iets anders maar het was iets in die aard)
#*Hypothese test uitvoeren (R-output is gegeven, je kan rho daaruithalen en de voorwaarde voor de normale verdeling (Shapiro-Wilk test))
#*Type I of II fout? (+Waarom?)

===27 januari 2023===
# Meerkeuze: geg: 4 grafieken, welke is een genormaliseerd kwantielplot? (+ Waarom?)
# Staafspel: 3 spelers met elk 3 stokken, ieder houdt x/3 stokken achter zn rug, dan proberen ze te raden hvl stokken er in totaal achter iedereen zn rug zijn
## Kans 4 stokken in totaal?
## Kans 3 stokken bij 1 persoon als je weet dat er 4 in totaal zijn?
# Twee R-vragen: R data gegeven, geef hypothese en voorwaarden voor die hypothese

===19 januari 2022===
# enkele meerkeuzevragen, hierbij verklaren waarom je dit antwoord hebt gekozen.
# onbekende µ vinden, bij normale verdeling van gewichten van studenten. Daarbij subvraag over juiste R-code kiezen om een binomiale verdeling te doen.
# hypothesetest met 1 groep. over berekenen gemiddelde kost kerstdiner. Enkele gegevens gegeven via R-code.
# hypothesetest met 2 groepen (chi-kwadraattest). Bepaalde gegevens gegeven met R-code. Hierbij vragen beantwoorden, ontbrekende waarden invullen. weinig rekenwerk.

https://p.cygnus.cc.kuleuven.be/bbcswebdav/pid-35776108-dt-content-rid-337499823_2/courses/B-KUL-G0N11a-2223/20220128_modeloplossing.pdf

===18 januari 2022 VM===
# 2 Meerkeuzevragen met meerdere mogelijke antwoorden. 1 over bivariate normale verdeling en 1 over een betrouwbaarheidsinterval. Keuze uitleggen.
# 80% van de fietsers in Leuven zonder werkend achterlicht draagt geen helm. 15% van de fietsers waarbij het achterlicht wel werkt, draagt een helm. 95% van de fietsers die een helm dragen hebben een werkend achterlicht.
#* Toon aan dat de kans dat het achterlicht van een willekeurige fietser in Leuven werkt 96,2% is.
#* Wat is de kans dat een fietser in Leuven een helm draagt?
#* Is de kans op een werkend achterlicht afhankelijk van de kans dat een fietser een helm draagt?
# Een luchtvaartmaatschappij publiceerde in een rapport dat 83% van zijn reizigers de luchtvaartmaatschappij aanraadt aan hun vrienden. Een kritisch persoon denkt dat dit een overschatting is en doet een steekproef. 160 van de 200 bevraagde mensen zeggen dat ze de luchtvaartmaatschappij aanraden aan hun vrienden. Ga na met een hypothesetest:
#* Wat zijn de hypotheses?
#* Ga na of de voorwaarden voldaan zijn en wat dit betekent.
#* Geef de teststatistiek en de testwaarde.
#* Bepaal de P-waarde en schrijf deze in symbolen en in waarde. Duid de P-waarde aan op een grafiek en leg uit wat een P-waarde is.
#* Geef zo volledig mogelijk het besluit op significantieniveau alfa=1% en leg uit wat dit betekent voor deze steekproef.
#* Welke fout maak je mogelijks? Leg uit wat dit betekent voor deze steekproef.
# Gegeven R-output over een steekproef over de hoofdlengte en de totale lengte van een buideldier.
#* Leg uit hoe je de totale lengte van een buideldier kan schatten als je de hoofdlengte weet.
#* Vul waarden (a), (b) en (c) aan. (ANOVA tabel in R-code)
#* Is het gebruikte model zinvol? Ga dit na met een hypothesetest en ga ervan uit dat aan alle voorwaarden is voldaan.
#* Een hoofdlengte is gegeven, wat is de verwachte waarde van de totale lengte van dit buideldier? Geef het betrouwbaarheidsinterval voor deze specifieke hoofdlengte.

===18 januari 2021 NM===
#1) (Op 9 ptn) Gegeven is een tabel met 2 primaat groepen (controle & een groep die behandeling onderging) met de percentages herkenning van een object op kort & lange termijn geheugen. Alles op significantieniveau 0,05 bewijzen en varianties gelijk.
#*1. Is de gemiddelde som van precentage herkenning op korte termijn bij behandelde groep significant kleiner dan die van de controle? a) Geef weer in grafiek. b) Stel hypotheses op en verklaar symbolen. c) T-verdeling en voorwaarden. d) Teststatistiek, P-waarde & schets de grafiek. e) Conclusie
#*2. Is er een lineair verband tussen de herkenning op korte & lange termijn bij behandelde groep. Dezelfde deelvragen (b tot e).
#2) (Op 4 ptn) R output gegeven.
#*a) Welk regressiemodel wordt er gebruikt en wat zijn de schattingen van de parameters uit het model?
#*b) Welke modelveronderstellingen worden er gemaakt? Ga na of deze voldaan zijn.
#*c) Vul de ontbrekende waarden (1) t.e.m. (3). ''Deze waren: teststatistiek bij B, MSE & F.''
#*d) e_22/s_e berekenen.
#3) (Op 4 ptn) Enkele kansen gegeven.
#*a) Voorwaardelijke kans berekenen.
#4) (Op 4 ptn) Exponentiële verdeling met Sn = T1+T2+T3+...+Tn
#*a) Als n=100 lamdba=1/5 a=600. Wat is P(Sn > 600)?
#*b) Wat is de mediaan met dezelfde gegevens als a.

===17 januari 2020 (voormiddag)===

#*A) Bewijs E(1/n * sommatieteken (xi + xgem)^2 = (n/n+1)* σ^2
#*B) toevalsvariabele X exponentieel verdeeld met parameter 4 en toevalsvariabele Y is normaal verdeeld met gemiddelde -5 en standaardafwijking 2. De toevalsvariabelen zijn onafhankelijk. Bereken E(2X-3Y) en Var(2X-3Y)
#Je hebt een groep mails. Gegeven: kans spam, kans mail bevat 'dringend' wanneer spam, kans mail bevat 'dringend' wanneer geen spam, kans mail bevat 'dit is geen spam' wanneer spam, kans mail bevat 'dit is geen spam' wanneer geen spam, kans mail bevat 'garantie' wanneer spam, kans mail bevat 'garantie wanneer geen spam. Ook gegeven: kans mail bevat garantie én dringend wanneer spam en kans mail bevat garantie én dringend wanneer geen spam.
#*Schrijf alle kansen in symbolen
#*Wat is de kans dat je mail spam is als 'dit is geen spam' in je mail voorkomt.
#*Bereken de kans dat het 'garantie' alleen in een mail voorkomt (zonder het derde woord en zonder 'geen spam').
#*Kans mail spam wanneer gegeven 'dringend' en geen 'garantie'
#Gegeven X aantal examens moeten afleggen voor behalen rijbewijs (1,2,3 of 4) en Y aantal uren les gevolgd (5,10,15 of 20).
#*Geef de marginale kansdichtheden
#*Kans dat men slaagt voor de eerste keer bij 5 uur les gevolgd en bij 15 uur les gevolgd
#*Welk pakket moet men kiezen om zeker voor de eerste keer te slagen
#*Bereken Cov(X,Y) en zijn de toevalsvariabelen afhankelijk? Verklaar
#Rookmelders verpakt in pakketten van 4. Kans rookmelder kapot is 0,01.
#*Toon aan dat kans pakket wordt teruggebracht 0,039 is.
#*Wat is de kans dat men 6 pakketten koopt en er exact 1 moet terugbrengen?
#*Wat is de kans dat men maximaal 20% van de pakketten moet terugbrengen als men er 130 koopt?
#Proportietest. Zelf P-waarde kunnen aanduiden op de normaal-curve. Het betrouwbaarheidsinterval uitrekenen.
#Waardes aflezen uit een R-script (bv. gemiddelde, ...) van een F-test. Vanuit deze waardes testen of de gemiddeldes van de 2 groepen gelijk zijn.
#Gegeven anova-tabel aanvullen (zie oefenzitting)

===28 januari 2019===
#Bewijs dat S² een onvertekende schatter is van sigma².
#*Betekend dit dat S ook een overtekende schatter is van sigma? Verklaar kort.
#Oefening over bivariate variabelen, oa. covariantie berekenen en zeggen of X en Y onafhankelijk zijn + verklaar.
#Een deel van het Lam gods was gestolen vroeger en enkele jaren geleden is het teruggevonden. De kans dat het om een authentiek deel gaat is 70%. 2 experts bekijken dit om na te gaan of het om een authentiek deel gaat of niet. De 1ste expert is correct in 80% van de gevallen en de 2de expert in 90% van de gevallen.
#*Wat is de kans dat de 1ste expert zegt dat het om een authentiek deel gaat en de 2de expert zegt dat het om een vals deel gaat.
#*Wat is de kans dat het schilderij echt is als de 1ste expert zegt dat het om een authentiek deel gaat en de 2de expert zegt dat het om een vals deel gaat.
#Een bepaald soort hond wordt geboren in 1 kleur maar tegen dat het volwassen is, heeft het witte vlekken gekregen. 98% van de volwassen honden hebben een witte punt aan hun staart. Er zijn net 12 pups geboren.
#*Wat is de kans dat hoogstens 10 van de 12 pups, later een witte punt aan hun staart gaan hebben?
#*Als er 1300 pups geboren worden, wat is de kans dat minstens 1280 pups later een witte punt aan hun staart krijgen?
#Het koopgedrag is onderzocht tijdens de feestperiode. Er is een gemiddelde en standaarddeviatie gegeven. Kan men besluiten, met een hypothesetest, of het gemiddelde uitgegeven bedrag minder dan 50 euro is.
#Nog iets...
#Anova script gegeven, zoals in de oefeningen de lege plaatsen opvullen. Regressievergelijking opstellen, hypothesetest of een regressie zinvol is. R² berekenen. Aantonen met een hypothesetest of er een monotoon verband is tussen X en Y.

===19 JANUARI 2018===
#* Bewijs de geheugenloosheid van de exponentiële verdeling.
#* Bewijs E[k(x)l(y)] waarbij x en y onafhankelijk en continu zijn.
#* Bereken E[(x)(y^2)] waarbij x exponentieel verdeeld is met verwachte waarde 0.5 en y~N
# De kans dat Anke naar statestiek gaat is 0.8 en de kans dat Bruno naar statestiek gaat is 0.6.
#* Bereken de kans dat minstens 1 van de 2 naar statestiek gaat wanneer deze variabelen onafhankelijk zijn.
#* De veriabelen zijn toch afhankelijk. De kans dat Anke aanwezig is en Bruno niet is 0.65. Bereken de kans dat Anke niet aanwezig is als gegeven dat Bruno aanwezig is.
#* Er zijn dubbel zoveel hoorcolleges dan oefenzittingen. Wat is de kans dat je willekeurig naar statestiek gaat en dit een hoorcollege is?
#* Bruno gaat naar elke oefenzitting. Wat is de kans dat hij aanwezig is tijdens een hoorcollege?
# Y-X is bivariaat normaal verdeeld met X de lengte van vrouwen in cm en Y de lengte van mannen in cm. Het gemiddelde van X is 165 en van Y is 175. Ze hebben beiden een variantie van 4 en de covariantie is 8.
#* Welke verdeling is dit? Bereken het gemiddelde en de variantie van de verschilfunctie.
#* Bereken de kans dat in een willekeurig koppel de vrouw groter is dan de man.
#* Bereken de kans dat in een willekeurig koppel de man en de vrouw groter zijn 170 cm.
# Een experiment wordt een 27 keer herhaald. Er is een gemiddelde en een standaardafwijking gegeven.
#* Bereken het betrouwbaarheidsinterval met alfa=0.05 en welke voorwaarden gelden er?
#* Bereken het betrouwbaarheidsinterval in het geval de standaardafwijking onbekend is en leg uit of dit breder wordt.
#* Bereken het betrouwbaarheidsinterval met alfa=0.01.
#* Hoevaak moet het experiment herhaald worden om een maximale foutenmarge van 0.001 te bekomen?
# 20 Cavia's krijgen 0.5 mg Calcium toegevoegd en 20 andere cavia's krijgen 2 mg Calcium toegediend.
#* Test of de hoeveelheid Calcium een invloed heeft op de lengte van de tanden waarvoor een gemiddelde en variantie voor beiden groepen gegeven is. Hier moet een volldedige hypothesetest uitgevoerd worden.
# Een examen bestaat uit 10 meerkeuzenvragen met 3 opties waarvan er telkens 1 juist is.
#* Wanneer je elke vraag gokt is de kans om te slagen gelijk aan 0.2131, toon dit aan.
#* Bepaal deze kans ook benaderend met een discrete verdeling en verklaar of dit een goede benadering is.
#* 200 studenten gokken bij elke vraag. Bereken de kans dat er strikt meer dan 50 geslaagd zijn.
# Er is een ANOVA-script gegeven.
#* Bepaal de regressierechte. Voor alfa was de t-waarde en de standaard fout gegeven. Voor beta niet, dit moest volgens mij met het gemiddelde van x en y die wel gegeven waren.
#* Test of dit een zinvolle regressierechte is met berekening teststatistiek, P-waarde en besluit.
#* R^2 berekenen en uitleggen.
#* Y berekenen met x=90.

===20 JANUARI 2017===
# eerste vraag waren 4 juist/fout vragen
#* als X en Y normaal verdeeld zijn, is de som dan altijd normaal verdeeld
#* iets me benadering van steekproefgem en populatiegem
#* iets me E(X) of da bij toevalsvariabele gelijk is aan het gem
#* ... weet ik ni meer exact, ge moet gewoon juist of fout aanduiden, ni uitleggen
# tweede vraag waren twee bewijzen (me Var(a+bX+cY) en E(a+bX+cY) en dan altijd zo bijvragen van a-e zo Var en E uitrekenen en mediaan berekenen, cumulatieve frequentie tekenen.. en dan iets me X+Y en kansen daarvan berekenen beetje vaag haha
# dan twee vragen op kansen ook met altijd zo deelvraagjes, eerste was over dat er verschillende sets van 20 stuks zijn en ge ga na hoeveel defecte er zijn, ge hebt enkele gegevens gegeven vb. Kans op geen defecte elementen in uw set van 20 is 70%, kans op juist 1 defect element is 20% enz. Daar dan allemaal kans vragen op, vb. Wat is de kans da als ge willekeurig een lot van 20 neemt, en ge weet da er exact 1 defect is, wa is dan de kans da als ge er twee willekeurige uitneemt da die ni defect zijn enzovoort..
# Dan een kansoefening met een kind da 10 keer me een dobbelsteen mag gooien en elke keer als die 6 gooit krijgt die een cadeau, wa is dan de kans da die meer als 3 cadeaus krijgt enzovoort, welke kansverdeling is da en bereken ook benaderend en zo van die deelvragen, ook nog als ze die traditie 35 jaar zouden doen en die jongen mag elke keer gooien op zijn bday wa is dan de kans da die meer dan 55 cadeaus krijgt
# en dan nog twee hypothesetesten waarvan ene met R output. De ene vraag was over herseninhoud, ze willen zien of de herseninhoud van een 75 jarige persoon gekropen is tov een 25 jarige persoon, ge hebt dan een lijst gekregen me gegevens en een R output waarin t waarde, P waarde, df ontbreken en aan de hand van die output moet ge dan dingen berekenen mbv hypothesetesten, ook output van een betrouwbaarheidsinterval en da interpreteren. De andere ging over het feit da er ooit gezegd is geweest da er dobbelstenen bestaan die "niet gelijk" zijn dus die ni eerlijk zijn, ge krijg een tabel me kansen en moet dan hypothesetesten uitvoeren om te zien of die dobbesltaan vervalst was of ni, weer Teststatistiek opstellen, testwaarde berekenen, interpreteren... en dan een tabel me ietske andere waardes van die dobbelstaan me de vraag of die P waarde dan hetzelfde blijft
# en nog een oefening over laatste hoofdstuk met die lineaire regressie ook me allemaal deelvraagjes ; de lineaire regressie opstellen en dan s^2 uitrekenen, ge hebt sx sy sxy enzo gegeven, en dan moet ge daar hypothese en teststatistiek ook doen dacht ik (bij elke hypothesetest vraagt ze teststatistiek, testwaarde , P waarde interpreteren etc) en dan geeft ze ook nog een R^2 waarde die ge moet interpreteren..
Ik denk da het zoiets ongeveer was haha, en ge had 3u30min tijd :)

===15 januari 2016===
#Juist/fout, Var(bx)=b²Var(x) aantonen
#rekenen met kansen
#Exponentiele verdeling, laptop heeft een gemiddelde leeftijd van 4 jaar, geef verdelingsfunctie, bepaal kans dat laptop langer leeft...
#Hypothesetesten
#R script van ANOVA tabel, ontbrekende waardes aanvullen

===6 januari 2015===
#Beschouw twee toevalsvariabele X en Y = g(X) met g een monotone functie dan is:
##E(Y) = g (E (X)) ?
##Med(Y) = g ( Med (X)) ?
##Med(Y) = g( E (X))Â ?
##IQR (Y) = g (IQR (X)) ?
#In Vlaanderen verspreid de groothandel 2000 porties everzwijnsvlees over 15 restaurants. Neem aan dat exact 11 porties hiervan besmet zijn met een virus. In leuven leverde de groothandel 250 (onafh.) porties vlees:
##hoeveel besmette porties vlees verwacht men in Leuven?
##Hoe groot is de kans dat minstens 2 porties vlees in Leuven besmet zijn met het virus?
###Bereken deze kans exact
###Bereken een benadering van deze kans
###Is de benaderde kans die je vond een goede benadering voor de kans die je vond? Waarom wel/niet?
#Mannelijke radiologen worden blootgesteld aan straling. Onderzoekers beweren dat deze frequente blootstelling de kans op mannelijke nakomelingen zou beÃ¯nvloeden. Uit een studie van 31 radiologen, bleek dat 30 van de 87 nakomelingen mannen waren. Kan je op basis van deze studie besluiten dat een frequente blootstelling aan straling een significante invloed heeft op de kans op mannelijke nakomelingen voor een man? Î± = 0.05, normale omstandigheden de kans op mannelijke omstandigheden 50% bedraagt.
##Formuleer een geschikte H0 en H1 op deze vraag
##Geef de teststatistiek, de (benaderde) verdeling ervan onder H0 en de testwaarde voor deze steekproef.
##Bereken de (benaderde) P-waarde. Geef de formule en de waarde ervan in deze steekproef.
##Formuleer een zo volledig mogelijk besluit op basis van de P-waarde.
##Bepaal ook het 98% BI voor de kans op mannelijke nakomelingen. Wat besluit je?
##Wat is de betekenis van een type 2 fout bij deze hypothese test in deze situatie?
##R-script gegeven met ontbrekende gegevens. Deze worden gevraagd + andere vraagjes

===25 januari 2016 (VM)===
Hier missen nog bijna gegarandeerd enkele deelvraagjes, dus als je dit examen ook gemaakt hebt (en je weet er nog iets van), vul dan aan a.u.b.
#Enkele vragen i.v.m. verdelingen, hun kenmerken, proporties en kansen.
#Zij (X, Y) een bivariate normaalverdeling met mu = (2, 2) en sigma = ((1, 0.4), (0.4, 1)). Is dan Var(2X - Y) = 3.4?
#Zij X een continu verdeelde variabele met frequentie f(x). Zij a en b reÃ«ele getallen, bewijs dan dat: E(a + bX) = a + b*E(X) en Var(a + bX) = b^2 * E(X)
#We hebben thuis een alarm geÃ¯nstalleerd. Bij inbraak gaat het met 96% zekerheid af, maar op andere nachten is er ook een kans van 0.3% dat het afgaat vanwege storingen. In onze buurt is er een kans van 3% dat er op een gegeven nacht in een gegeven huis wordt ingebroken. Vannacht gaat het alarm af, hoe groot is de kans dat er werkelijk een inbraak is?
#Gegeven: een 2x3 relatieve frequentietabel. Aan de ene kant: mannen en vrouwen, aan de andere kant of de groep een slecht, middelmatig of goed oriÃ«ntatievermogen heeft. Rij van de mannen = (1/10, 1/20, 1/2), rij van de vrouwen = (1/5, 1/10, 1/20). Waar of fout:
##De kans dat een willekeurige vrouw een goed oriÃ«ntatievermogen heeft is 1/7.
##De verwachte waarde voor mannen en vrouwen zijn gelijk.
#Gegeven: de gemiddelde Belgische vrouw heeft een lengte van 168.1cm, met een standaardafwijking van 5.3cm.
##Clara is 180.3cm groot. Hoeveel percent van de Belgische vrouwen is kleiner dan Clara?
##Stella is kleiner dan 95% van de Belgische vrouwen. Wat is haar maximale hoogte?
##Hier aan de faculteit zijn er 354 vrouwen. Hoe groot is de kans dat exact twee vrouwen kleiner zijn dan haar (neem hiervoor Stellas maximale mogelijke lengte). Bereken deze exact.
##Bereken de kans op benaderende wijze. Is dit een goede benadering?
#Gegeven: de uitslagen van de verkiezingen van mei 2014 en een peiling van 2013. Beiden zijn lijsten van zeven partijen en "Overige", elk met een corresponderend percentage. Bepaal op significantieniveau 0.05 of deze peiling de verkiezingsresultaten kan voorstellen.
##Kies gepaste hypothesen voor je test uit te voeren.
##Geef de teststatistiek, verdeling en testwaarde van je test.
##Geef de P-waarde.
##Vorm een besluit.
#In een fabriek worden er dagelijks 5000 dozen pralines geproduceerd. Elke doos beweert 250g te wegen. Een nieuwe kwaliteitscontroleur ("een jonge snaak" zoals zij het verwoordden) neemt op een dag lukraak 20 dozen uit de productie voor inspectie. Het gemiddelde van deze steekproef is 243.7g met een variantie van 6.91 g^2. Test op significantieniveau 0.05 of de fabriek systematisch te lichte dozen maakt.
#Kies gepaste hypothesen voor je test uit te voeren.
##Geef de teststatistiek, verdeling en testwaarde van je test.
##Geef de P-waarde.
##Vorm een besluit.
#Geef het 95%-betrouwbaarheidsinterval voor het gemiddelde van de dagproductie. Geef de definitie van het 95%- betrouwbaarheidsinterval en leg uit wat dit concreet betekent in deze situatie.
#Leg uit wat een type-I en type-II fout concreet betekenen in deze situatie.
#Gegeven: output van summary en anova in R.
##Vul aan: SSM, MSM, MSE, F-waarde, P(F > f) en voor de slope: t-waarde en P(T > t).
##Voer een hypothesetest uit omtrent H0: alfa = 0 versus H1: alfaÂ != 0
##Geef de regressierechte.
##Geef R^2 en leg uit wat deze waarde betekent.
===26 Januari 2015 (nieuwe prof?) ===
#Duid aan welke stellingen kloppen en verantwoord: Van een kwantielplot kan je aflezen of:
##2 variabelen afhankelijk zij van elkaar.
##er een lineair verband is tussen 2 variabelen
##een variabale uit een bepaalde verdeling komt
##2 variabelen bivariaat normaal verdeeld zijn
#Duid aan welke stellingen kloppen en verantwoord: Indien (X,Y) bivariaatnormaal verdeelde toevalsvariabelen met populatiecorrelatiecoÃ«fficiÃ«nt p en:
##H0: p=0 vs H1:p=/=0
##Een p-waarde <alfa oplevert kan je op significantieniveau alfa:
##besluiten dat er een lineair verband is tussen X en Y, mogelijks monitoon
##besluiten dat er een monotoon verband is tussen X en Y
##niet verwerpen dat er een lineair verband is tussen X en Y, mogelijks lieair
##niet verwerpen dat er een monotoon verband tussen X en Y.
#Levensduur van een laptop is exponentieel verdeeld. Verwacht wordt dat een laptop 3 jaar meegaat. Kans dat een laptop langers dan 3jaar meegaat voor een voorzichtige student is 55%, voor een slordige student is dit 30%.
##Toon aan dat de kans dat een laptop langer als 3jaar meegaat, zonder rekening te houden met voorzichtigheid = 36.79%
##HoeveelÂ % van de studenten is slordig?
##Jan heeft 3 jaar zijn laptop, wat is de kans dat hij er voorzichtig mee omgaat?
#Het aantal vogels dat voederplaatsen bezoekt wordt verwacht op 35 door Natuurpunt. Dit jaar werden in 100 tuinen gemiddeld 41 vogels per tuin waargenomen met een standaarddeviatie van 24. Is het gemiddeld aantal vogels per tuin dit jaar groter dan verwacht door Natuurpunt?
##H0 en H1?
##Welke teststatistiek gebruik je? Wat is de verdeling ervan onder H0?
##Welke veronderstellingen maak je om deze test te mogen uitvoeren?
##Bereken de testwaarde
##Bereken de (benaderende) p-waarde, geef de formule en de (benaderende) waarde ervan.in deze steekproef.
##Maak een schets en duid er de testwaarde en p-waarde op aan.
##Wat besluit je op basis van de p-waarde?
##Maak je hierbij mogelijk een type I of type II fout?
#De ontkieming van zaden werd onderzocht bij licht en schemerdonker. 86 van de 100 zaden ontkiemden bij licht, 60 van de 80 zaden ontkiemden bij schemerdonker. 4.1 Onderzoek als er meer zaden ontkiemen bij licht dan schemerdonker, formuleer besluit op significantieniveau 0.05.
##H0 en H1?
##Teststatistiek, benaderende verdeling onder H0 en testwaarde
##p-waarde? Geef uitdrukking met kans als de (benaderende) waarde.
##Formuleer een zo volledig mogelijk besluit.
#Stel een 80% betrouwbaarheidsinterval op voor de proportie van zaden die bij licht ontkiemen.
##Wat is de betekenis van dit betrouwbaarheidsinterval?
##Vraagjes met R-output (gegevens van ANOVA kunnen berekenen, RÂ² kunnen geven + betekenis,...)

===27 januari 2014===
#Juist of fout. Leg uit en indien nodig verbeter.
#een exp (Î») met Î»>0 geeftÂ Î£xi ~ N(n/Î» , n/Î»Â²)
#als X en Y normaal verdeeld zijn, dan is X - Y eveneens normaal verdeeld
#(weet ik niet meer)
#een symmetrische histogram is een grafische voorstelling van normaal verdeelde resultaten.
#Een kansberekeningsvraag: in een winkel geven klanten gemiddeld 70euro uit met een standaardeviatie van 20euro.
#Wat is de kans dat iemand in de winkel meer dan 40euro uitgeeft?
#Er staan 10 klanten in de rij aan te schuiven van de kassa. Wat is de kans dat 3 klanten minder dan 40euro uitgeven?
#Er staan nu 100 klanten in de rij van de kassa aan te schuiven. Wat is de kans dat minstens 30 klanten minder dan 40euro uitgeven?
#Betrouwbaarheidsinterval vraag:Er wordt een onderzoek gedaan naar de voorkeur van lezers, welke soort drager (papier, e-book, ...) zij verkiezen om te lezen. Er werden 1000 mensen ondervraagd, waarvan 93% zei dat ze het liefst papier als drager gebruiken om te lezen. 62% leest een krant het liefste met papier als drager. 8 op 10 zegt dat ze boeken het liefst lezen als papier de drager is.
#Zoek het 95% BI voor de mensen die het liefste lezen met papier als dragen
#Zoek het 99% BI voor de mensen die kranten het liefste lezen met papier als drager.
#Leg de betekenis van het laatste BI zo grondig mogelijk uit.
#Hypothesevraag met Î±= 0,05:Een schoenenverkoopster beweert dat vrouwen met een kleine schoenmaat schoenen kopen waarvan de hak gemiddeld hoger is dan de hak van vrouwen met een grote schoenmaat. De schoenverkoopster schrijft van 70 vrouwen die elk 1 paar schoenen kopen, de schoenmaat en de haklengte op. De schoenmaten worden onderverdeeld in kleine en grote schoenmaten. 31 vrouwen met kleine schoenmaat kopen schoenen met een gemiddelde haklengte van 4,39cm met een standaardvariantie van 3,14cmÂ² en 39 vrouwen met grote schoenmaat kopen schoenen met een gemiddelde haklengte van 3,45cm en een standaardvariantie van 5,16cmÂ².
##Stel een goede H0 en H1 op
##Welke veronderstellingen maak je en hoe kom je hieraan?
##Geeft de correcte test-statistiek
##Zoek de P-waarde
##Concludeer je resultaten en formuleer een goed antwoord.
##Welke fout wordt hier gemaakt, type I of type II en waarom?
#Hypothesevraag met Î±= 0,05: Tijdens de solden wordt een onderzoekbureau belast met de taak om te onderzoeken of er een verband bestaat tussen de gemiddelde kortingspercentages die worden gegeven door de winkels en het aantal dagen dat de solden al bezig zijn (van 3 januari tot 31 januari).(hier worden een aantal R - scripten en resultaten en grafieken van een aantal test gegeven: Pearson en Shapiro-Wilk test dacht ik. Er zijn 4 scripten gegeven: deze van de gemiddelde kortingspercanteges, van de aantal dagen dat de solden al bezig zijn, eentje waarin de 2 vorige gecombineerd zijn in een Pearson correlatie test en eentje waar ze gecombineerd zijn in een Shapiro - Wilk test)
##Vul de R-scripten aan door de juiste waarde in te vullen bij a) en b) (==> a) was een getal bij df en b) was het getal bij p-value)
##Stel een goede H0 en H1 hypothese op
##Welke test statistiek gebruik je?
##Zoek de p-waarde aan de hand van de gegeven R-scripten
##Concludeer je resultaten en formuleer een goed antwoord.
===17 Januari 2014===
#Juist of fout. Leg uit en indien nodig verbeter.
##Als je 2 steekproeven hebt met dezelfde grote n en een gemiddelde kans p. Dan is het betrouwbaarheidsinterval van 90% het breedste bij de steekproef met de grootste p.
##Je hebt twee continue, afhankelijke toevalsvariabe X en Y met f(x,y) de gezamelijke dichtheid en f(x) en f(y) de marginale dichtheid voor respectievelijk X en Y. Dan geldt f(x,y) =/ f(x)f(y) voor elke mogelijke (x,y). (=/ staat voor: is niet gelijk aan)
##Als de whiskers van een boxplot ongeveer even groot zijn, dan is de variabele normaal verdeeld
##Je hebt kansmodel Exp(2). dan is P(x>7|x>3) = P(x>4)
#Er werdt een onderzoek gedaan bij 3400 bestuurders die betrokken zijn geweest bij een ongeval. Van deze bestuurders waren 26.7% onder invloed van drugs enÂ 29.1% hadden overmatig alchol gebruikt. Men wil nagaan hoe correct de alcohol en drugtest zijn. Als je weet dan 65% positief test als ze drugs gebruikt hebbenÂ en 80% test positief als ze overmatig alcohol gebruik. Je weet ook dat 40% negatief test en geen alchol en drugs gbruikt heeft. We nemen aan dat het samen gebruiken van alchol en drugs niet voor komt.
##Toon aan dat de kans dat men positief test gelijk is aan 44.8%
##Wat is de kans dat iemand die positief test drugs heeft gebruikt?
##Wat is de kans dat iemand niets gebruikt heeft indien die negatief test?
#Er werd een onderzoek uitgevoerd bij 5 cafÃ©gangers. Ze kregen elk 2 pijlen. De eerste keer mochten ze smijten met hun voorkeurs hand, de tweede keer moesten ze smijten met de andere hand. (Gegeven een tabel met scores) Onderzoek of de gemiddelde score met hun voorkeurshand hoger ligt dan de gemiddelde score met de andere hand.
##stel de hyphotheses op
##welke veronderstellingen maak je?
##welke teststatistiek gebruik je?
##wat is de T-waarde?
##wat is de P-waarde?
##Wat is het resultaat van deze test? Leg uit voor dit voorbeeld
##maak een voortstelling van de P-waarde
##stel dat je veronderstelling niet klopt. Welke teststatistiek gebruik je dan?
###Voer deze test uit:
###wat is de T-waarde
###wat is de P-waarde?
###Wat is het resultaat van deze test? Leg uit voor dit voorbeeld
##je hebt output gekregen in verband met regressie en daar wat vragen bij.

===20 Januari 2012===
#3 Meerkeuzevragen & uitleggen waarom
##X1,...,X100 is Poisson verdeeld met n=51, variantie=4 --> wat is E(X) en Var(X) van gemiddeldeXn bij normale verdeling.
##i.v.m. gemiddelde van steekproefgemiddelde als benadering van populatiegemiddelde --> enkel bij normale verdeling of bij elke verdeling waar; is steekproefgemiddelde evengoed een benadering van populatiegemiddelde; ...
##X is niet normaal verdeeld, Y= sqrt(X) is wel normaal verdeeld: welke hypothesetesten kan je uitvoeren: H0:Âµ(X)=3 vs H1:Âµ(X)â‰ 3 en/of H0:Âµ(Y)=sqrt(3) vs H1:Âµ(Y)â‰ sqrt(3) en/of H0:Med(X)=3 vs H1:Med(X)â‰ 3 en/of H0:Med(Y)=sqrt(3) vs H1:Med(Y)â‰ sqrt(3) + teststatiestiek geven + zijn besluiten van beide testen equivalent
#Oefening 1: berekenen van een kans (binomiaal) exact en benaderend met continuiteitscorrectie
#Oefening 2: Hypothesetest vergelijken gemiddelden van 2 groepen (ongepaard, sigma's verschillend, ..)=> De vragen hierbij waren:
##Formuleer de nulhypothese en de alternatieve hypothese.
##Welke teststatistiek gebruik je, wat is zijn waarde en welke verdeling volgt hij
##Bereken de p-waarde + definitie
##Teken deze p-waarde op een grafiek
##Besluit
##Welke aannames deed je voor deze hypothese en wordt er aan deze voldaan?
##Indien niet: wat zou je dan kunnen toepassen
##Wat betekenen type 1 en type 2 fout bij deze hypothese.
#Oefening 3: Je krijgt een heleboel statistica - output en een hoop vragen.
##Geef het regressiemodel
##Dan 5 vragen ivm anova tabellen, SSM SSE SST, ...
##Is de correlatie nuttig? stel een hypothese op
##BI berekenen van de rico
##definitie BI
##Aannames + nagaan modelveronderstellingen

===18 Januari 2013 (VM)===
#Thomas Van Den Spiegel is 214 cm groot. Leg uit hoe men kan bepalen hoe groot (of hoe normaal) dit is.
#Gegeven een tabel met daarin de absolute frequenties van een steekproef naar het spijbelgedrag van leerlingen uit het ASO, BSO en TSO: nooit, soms, vaak. Dit is dus een 3x3 tabel.
#Test: meer dan 50% van de leerlingen uit het ASO spijbelt nooit.
##Geef H0.
##Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.
##Geef de P-waarde.
##Besluit.
#Ga na of er een verband is tussen de waarden.
##Geef H0.
##Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.
##Geef de P-waarde.
##Besluit
#Gegeven de functie als en anders 0. Deze stelt de tijd voor die ik nodig heb om op mijn werk te geraken.
##Ik moet om 9u op mijn werk zijn, wat is de kans dat ik te laat kom als ik om 7u40 vertrek?
##Over 200 dagen gezien als ik opnieuw om 7u40 vertrek: wat is de kans dat ik hoogstens 20 keer op die 200 dagen te laat kom?
#Voor een nieuw soort roomijs hebben 9 mensen geproefd en een score tussen 1 en 20 (kan ook tussen 0 en 20 zijn, ik hoop van niet). Er waren 2 scores onder 10 en 7 scores boven 10.
##Bepaal met een teststatistiek of het ijs lekker is (dus een score groter dan 10).
###Geef H0.
###Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.
###Geef de P-waarde.
###Besluit.
##Wat is het 95% betrouwbaarheidsinterval van de mediaan? Wat betekent dit interval concreet voor dit voorbeeld?
#Een lineair verband tussen de maandelijkse productie van windmolens en de hoeveelheid wind, gezien over 32 maanden. Gegeven de output van de lm-functie uit R, een paar Shapiro-Wilk tests, enkele QQ-plots en de residuplot.
##Is het een goed model? (of zoiets)
##Vul de ANOVA tabel in (enkel 1 en F zijn gegeven)
##Wat betekent Std. Error in die lm-functie

Celbiologie

2024-07-31T20:11:39Z

R0986077: R0986077 heeft pagina Celbiologie hernoemd naar Celbiologie en biochemie

#DOORVERWIJZING [[Celbiologie en biochemie]]

Celbiologie en biochemie

2024-07-31T20:11:39Z

R0986077: R0986077 heeft pagina Celbiologie hernoemd naar Celbiologie en biochemie

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vanaf 2016-2017: Schriftelijk examen in plaats van mondeling examen zoals voordien.
Vanaf 2012-2013: Jaarvak voor zowel chemie als biochemie. Volledig gedoceerd door Patrick Van Dijck.

''2022-2023''
* Aanpak vak
** Nog steeds Patrick Van Dijck
** Jaarvak dus best grote hoeveelheid, maar niet onrealistisch
* Kwaliteit cursus
** Boek is in de afgelopen 6 jaar (misschien langer) nog niet (of toch amper) veranderd (veel E.M. foto's in)
** Hier en daar extra info bij slides, maar als je het boek kent ben je er zeker wel door
* Examen-/TTT-vragen
** TTT-vragen lijken totaal niet op examenvragen, waren meerkeuze en eerder oppervlakkig
** Geen paniek als TTT slecht was, vak is zelfs haalbaar als je hier een nul op had
** Belangrijkste zaken om te leren naar mijn mening
*** Hoofdstuk 4!!! Vooral metabolische wegen oefening (10 van de 35 tot 40 punten), kan zeker helpen om bio-organische hiernaast te leggen, maar hij vraagt regelmatig ook wel iets van actief transport of regulatie dus ook de rest van hoofdstuk 4 is wel belangrijk, soms vraagt hij ook om een specifieke metabolische weg uit te tekenen
*** Structuren en tekeningen! Zijn vrij gemakkelijke punten om te krijgen
*** Patrick vraagt graag begrippen, ik vond persoonlijk dat je buiten voor de metabolische wegen niet al teveel inzicht nodig had hiervoor, maar het helpt natuurlijk wel
*** Boek >>> slides, probeer zeker 1 keer het boek echt volledig door te nemen
*** Schrijf echt elk detail op dat je denkt te weten, soms staan er echt op heel domme dingen al punten
** In geval van tijdsnood (maar probeer wel gewoon echt alles te leren! Ik neem de schuld niet op mij als hij er toch iets van vraagt :))
*** Hij vraagt zelden tot nooit iets over hoofdstuk 3 (zeker mitose en meiose kan hem niet heel veel schelen)
*** Practicumhandleiding leren is ook vrij overbodig, buiten ionenuitwisselingschromatografie (bij ons bijvoorbeeld een examenvraag) en SDS-page als ik me goed herinner, maar deze staan ook in het boek uitgelegd normaal
*** Niet teveel tijd steken in E.M. foto’s, je kan sowieso wel iets aanduiden, zie dat je weet hoe golgi-apparaat, mitochondriën, vacuole eruitzien en je hebt al wel iets van punten (staat meestal op 4 punten) en je kan eens kijken op de wiki welke soort cellen hij vaak vraagt, want zijn meestal wel dezelfde
*** Oude examenvragen beantwoorden heeft niet enorm veel nut, structuur is altijd gelijkend, maar de begrippen dat hij vraagt zijn eerder willekeurig
--> oude examenvragen hebben wel nut, vragen die terugkomen: fosfofructokinase, G proteine, p53, ionuitwisselingschromatografie, gram+ vs gram-
*** De extra informatie bij de vragen van 2023 zijn steeds de opmerkingen die de prof zelf online heeft gezet, op de wiki van bios vind je nog extra vragen met opmerkingen, handig om te bekijken en te weten wat er verwacht wordt

==Examenvragen vanaf 2013==
=== 26 juni 2024; examen op 38 punten ===
#Leg uit en teken de secundaire structuur van een proteïne. - 6 punten
#Geef 2 manieren hoe je glyoxisomen kunt laten zien met een fluorescentiemicroscoop en leg ook uit hoe een fluorescentiemicroscoop werkt. - 6 punten
#Bespreek lysosomen. Geef hun functie en structuur. Wat is het verschil tussen een primaire en secundaire lysosoom? - 4 punten
#Hoe werkt de regulatie van de celcyclus en hoe zijn we tot deze inzichten gekomen? - 6 punten
#Hoeveel moleculen sucrose heb je nodig om 2 moleculen van het neutrale lipide tripalmitine te maken? Kost dit ATP aan de cel of wordt er ATP gemaakt. Schrijf alle nodige cycli uit, geef de finale reactievergelijking. - 10 punten (Oppassen want er moeten per tripalmitine, 3 palmitinezuren en 1 glycerol gemaakt worden) (metabolisme van glycerol staat niet in cursus staat wel in practicum + oefeningen boek)
#2 EM-foto’s - welke organellen herken je? Bespreek hun functie en opbouw. - 6 punten (Foto van Golgi-apparaat en Foto van delende plantencel)

=== 6 juni 2024; examen op 38 punten ===
# Koppel D-fructose met een beta-1,3-binding aan een D-ribose. Dit D-ribose is gekoppeld aan een een molecule alpha-D-lactose met een alpha-1,3-binding. Geef de structuur van dit oligosacharide - 5 punten
# Glycolipiden zijn een belangrijk onderdeel in het kernmembraan. Deze zijn verschillend bij dieren en micro-organismen. Wat zijn de verschillen tussen glycolipiden bij dieren in vergelijking met die bij micro-organismen? Teken de verschillende structuren waarbij galactose het suikergedeelte is, een keer voor een dierlijke cel en een keer voor een gistcel. Wat zijn de functies van deze glycolipiden? - 4 punten
# Hoe vijf gegeven peptiden scheiden aan de hand van anionuitwisselingschromatografie? Leg alle nodige stappen uit. Licht kort de principes toe. In welke volgorde verlaten deze glycolipiden de kolom, leg uit waarom? - 6 punten
# Hoe van fosfofructokinasegen tot functioneel fosfofructokinase-enzym? leg zeer uitgebreid uit - 6 punten. Hoe wordt de activiteit van fosfofructokinase geregeld - 4 punten?
# Hoeveel molecule stearinezuur heb je nodig om 9 moleculen ribose-5-fosfaat te maken ? Hoeveel ATP en reducerende vermogen wordt er gemaakt. Schrijf alle nodige cycli uit, geef de finale reactievergelijking. - 10 punten: Mogelijke oplossing: https://drive.google.com/file/d/1BDobKdLM21VeCpvPSOqtV1bZY6E_ZfiC/view?usp=sharing (via pdf-viewer betere zoom)
# EM-foto - 3 putnen (microtubuli: exacte foto https://cytochemistry.net/_Media/tub8a_med_hr.jpeg)
===21 augustus 2023===
# Bespreek de celwand bij planten. Geef de functie en opbouw. Teken de belangrijkste moleculen en bespreek in detail hoe deze met elkaar verbonden zijn. Bespreek de verschillende celwanden.
# Bespreek de 2 manieren waarmee men specifiek met fluorescentiemicroscopie peroxisomen kan bekijken. Leg ook uit hoe die fluorescentiemicroscopie zelf werkt.
# Bespreek ribosomen. Waar komen ze voor? Geef hun functie en opbouw. Wat is het verschil tussen de ribosomen van prokaryoten en eukaryoten?
# Hoeveel moleculen zuurstof komen er vrij uit de fotosynthese om 2 moleculen sucrose te maken? Je mag er vanuit gaan dat er voldoende ATP aanwezig is. In welke reactie komt deze zuurstof vrij, en hoe geraakt men uiteindelijk tot sucrose?
# 2 EM foto's: welke organellen herken je? (desmosoom en centriolenpaar) Bespreek hun functie en opbouw.

===20 juni 2023===
# Wat is een glyoxisoom? welke reacties gebeuren er hier? Waar komen ze voor? (4 punten)
* Wat er zeker moet staan: Glyoxysomen: komen van het SER en een pathway enkel bij planten en schimmels, niet bij dieren. En nodig voor synthese, nl twee acetyl coA moleculen omzetten in barnsteenzuur. Je moest ook schrijven dat het acetyl coA komt van afbraak vetzuren of van groeien op C2 moleculen zoals acetaat of ethanol. En dat de barnsteenzuur verder in Krebs en gluconeogenese naar suikers kan gaan. Daarnaast moest je ook de cyclus tekenen.
# Wat is fosofructokinase? Wat zorgt ervoor dat dit enzym actief is en wat is de functie ervan? Leg de weg uit van het DNA tot het functionerende enzym op de juiste plaats in de cel. (8 punten)
*Fosfofructokinase: 1 punt voor waar het werkt en in welke metabolische weg, 1 punt voor de reactie die wordt gekatalyseerd, 1 punt voor het feit dat ATP als allosterische inhibitor werkt en 1 punt voor de verschillende substraten die ook de snelheid bepalen. Dan 2 punten voor overgang DNA naar mRNA (promoter-terminator, T wordt U, RNA polymerase die kopie van de matrijsstreng maakt, splicing, polyA en 5’ Cap, moest er geantwoord worden). Dan 2 punten voor translatie (het mRNA gaat uit de kern via poriën en gaat dan naar VRIJE ribosomen , kleine en grote subeenheid, bestaande uit rRNA en proteïnen die het mRNA aflezen en vanaf AUG de proteïnesynthese beginnen. Dit met behulp van tRNA dat in zijn structuur een anticodon heeft dat gaat binden met een codon op het mRNA (3 basen en geen basenparen daar mRNA enkelstrengig is) en dat het tRNA ook een aminozuur aanbrengt corresponderend met het codon op het mRNA. Studenten die hebben geantwoord dat het mRNA naar ribosomen op het RER gaan kunnen maximum 4 op 8 hebben, als al de andere zaken correct zijn. Ik heb dit in de les gezegd dat ik dit ging vragen op het examen. Fosfofructokinase werkt in het cytoplasma. Als het in een vesikel zit van ER of golgi kan het nooit meer in het cytoplasma geraken….
# Hoeveel L-glutaminezuur is er nodig voor de synthese van 6 molecule sucrose. Schrijf de nettoreactie uit en is er ATP winst of verlies? (meerdere mensen kwamen hier 24 moleculen en 168 ATP vrij bij uit) (10 punten)
* 24 glutaminezuur naar 6 sucrose. Structuur sucrose: 1 punt; anaplerotische reactie van glutaminezuur naar alfaketoglutaarzuur: 1,5 punten (als alles correct is inclusief NADH winst). Krebs tot oxaalazijnzuur (1,5 punten, idem); omgekeerde anaplerotische: oxaalazijnzuur naar fosfoenolpyrodruivenzuur (GTP mag je als ATP gebruiken) (1,5 punten), gluconeogenese van PEP tot glucose 6P en fructose 6P (met ATP en NADH kost per PEP) (1,5 punten). Dan glu6P naar gluc1P, naar gluc 1P + UTP naar UDPG, dan UDPG + Frc6P naar sucrose6P en dan naar sucrose (1,5 punten)
# Teken de algemene structuur van gram-positieve bacteriën en in detail hoe de elementen ervan met elkaar verbonden zijn. Leg uit hoe je deze bacteriën kan onderscheiden. (6 punten)
* Gram+ bacteriën hebben één dikke celwand bestaande uit mureïne of peptidoglycaan. Je moest hier dan ook de structuur tekenen van N-acetylglucosamine en N-acetylmuraminezuur, met een Beta 1,4 binding met elkaar verbonden. Op de OH van de C3 van N-acetylmuraminezuur (die naar boven staat) moet je dan een melkzuur tekenen met daaraan een tetrapeptide met onder andere D-aminozuren. Wat velen vergeten is dan dat deze tetrapeptiden ofwel met elkaar zijn verbonden dan wel dat er glycinebruggen zijn om die te verbinden, allemaal met covalente bindingen. De Gramkleuring stond op 2 van de 6 punten. Die had je als je kristalvioletjood oplossing had en safranine als roze tegenkleurstof. De Gram+ zijn dan paars, de Gram- zijn dan roze.
# 2 E.M. foto's (delende plantencel en golgi-complex met vesikels) (4 punten)
# 5 peptiden gekregen, welke scheidingstechniek kan je hiervoor gebruiken? Leg deze in detail uit en verklaar in welke volgorde ze van de kolom komen. (6 punten)
* Scheiden van de vijf peptiden. Hier had je 3 punten op het principe van de scheiding en 3 op het juist antwoord op de vraag. Je moet hier scheiden via ionenuitwisselingschromatografie daar de 5 peptiden elke een ander isoelectrisch punt hebben. Dit kan je simpel bepalen door het aantal zure en aantal basische aminozuren te tellen. Bij principe moest er zeker bij staan dat je eerst de pH laag brengt zodat ze allemaal positief geladen zijn als je met een kationenuitwisselaar werkt en dan geleidelijk de pH doet stijgen zodat ze één voor één van de kolom komen. Voor anionenuitwisselaar het omgekeerde.

===12 juni 2023===
# Teken het trisacharide: D-galactose met een 1,3 binding aan D-ribose met een 1,3 binding aan D-fructose (5)
* Per binding die fout is of per fout in een monosaccharide is het een punt aftrek
# Teken fosfatidylethanolamine, wat zijn de functies en voorkomen? (4)
* Phosphatidyl ethanolamine en functie/eigenschappen fosfolipide: Geen correcte esterbinding of grote fouten aan het molecule: max 1 op 4. Kleine fouten op de structuur: een half of één punt aftrek. Het overblijvende punt voor fosfolipidendubbellaag (vb membraan) en enkellaag (vb lipidendruppel) en dat het een chemische barrière vormt.
# Gegeven een stuk DNA van 5' tot 3': wat is de aminozuursequentie van het proteïnen en welke stappen gebeuren hierbij? (5)
* Deze vraag heb ik tijdens de lessen op het bord getekend. Ik heb toen duidelijk gezegd dat als je DNA ziet staan, teken onmiddellijk de andere strand. Als je dat had gedaan zou je zien dat er in die andere strand een startcodon zit gevolgd door verschillende aminozuren. In de vraag staat in bold dat er een proteïne wordt gevormd, dus enkel methionine (dat werd gevolgd door een stopcodon) is uiteraard geen proteïne. Als je dit stuk correct had heb je 2,5 of 3 op 5 (2,5 als de beschrijving compleet fout is). Om 5 op 5 te hebben had ik de volgende termen moeten zien: Bij transcriptie: promoter-terminator, RNA polymerase, copij van de matrijsstreng, dus identiek aan coderende strand, maar dan T door U vervangen, splicing, 5’Cap, 3’ poly A staart en dan via kernporiën. Bij translatie: mRNA komt toe op de ribosomen (veel studenten antwoorden hier op het RER, dat kan, maar dat is niet noodzakelijk), die uit rRNA en proteïnen bestaan en tRNA met zijn anticodon brengt de juiste aminozuren aan die dan het proteïne gaan vormen
# bespreek de structuur en functie van het golgi-apparaat (4)
* Golgi apparaat: afgeplatte membraanzakken, cisternen, waar vesikels van RER toekomen aan cis kant en waar vesikels vertrekken aan de trans kant als primaire lysosomen, of als secretievesikels met materiaal voor buiten de cel. Dit geeft 2 van de vier punten. Wat gebeurt er in het golgi: suikers die op de eiwitten staan uit RER worden grotendeels verwijderd en elk eiwit krijgt zijn specifieke glycosylatie (heel veel studenten spreken weeral over glycolysatie, wat uiteraard niet ok is, zeker 5 keer in de les gezegd! Glycosylatie kan op O of N zijn
# Wat is de functie van een G-proteïne? (4)
* G proteïnen: belangrijk bij signaaltransductie in de cel (1 punt). Zijn proteïnen die met GDP zijn gebonden en dan inactief en bij activatie wordt GDP door GTP (wat in overmaat in de cel aanwezig is) vervangen (en niet zoals studenten antwoorden dat GDP naar GTP wordt omgezet). Het G proteïne heeft dan een eigen GTPase activiteit die zorgt dat GTP wordt omgezet naar GDP en het proteïne is terug inactief. Het is dus een on-off schakelaar.
# Hoeveel ribose-5-p heb je nodig om 14 alanine te maken? -welke wegen, reactievergelijking en NADH en atp balans (10)
* Hier heb je dus al 14 pyrodruivenzuur nodig bij de transaminatiereactie maar je hebt er nog twee extra nodig om eerste keer glutaminezuur te maken (cellen hebben geen reserve). Dus eentje voor acetyl coA en eentje voor oxaalazijnzuur (anaplerotisch). Hiermee kan je alfa keto maken en hiervan kan je glutaminezuur maken. Het alfa keto recupereer je dan telkens bij de transaminatie reacties. Om 16 pyrodruivenzuur te maken heb je 12 ribose5P nodig. Met 9 kan je er 15 maken, maar je hebt er dus 16 nodig. Hier zijn er punten gegeven a rato van welke pathways die relevant zijn heb je opgeschreven.
# Drie organellen aanduiden en hun functie bespreken. (lipidedruppels, glyoxisoom (?) en mitochondrion, de foto stond in de cursus) (4)
* Dit was een foto uit de cursus!!!. Vetdruppels (neutrale lipidenreserve) en mitochondriën (beta oxidatie, Krebs cyclus; Az biosynthese; electronentransport keten) gaf 2 punten. Cruciale hier waren de glycoxysomen met omzetten van 2 acetyl coA naar barnsteenzuur). Dit gaf nog twee punten.)
--> examen stond op 36punten

===21 juni 2022===

# Lactose in alfa vorm tekenen. (6 ptn)
#* Waar in de natuur komt het voor?
#* Welk enzyme hydrolyseert het?
#* Geef de belangrijkste verschillen tussen lactose en trehalose.
#* Opmerking: De alfa slaat hier natuurlijk op de glucose (die nog kan open gaan) maar de binding tussen de galactose en de glucose is een beta binding. Geen correcte structuur is -2, geen enzyme is -1, geen plaats van voorkomen is -1. Grootste verschil met trehalose is dat dat een niet reducerend suiker is met de glucose alfa,alfa, 1, 1 gebonden. Waar het voorkomt is ook verschillend.
# Tertiaire structuur proteïnen: Leg uit + maak tekening. Aan welke externe factoren is het gevoelig? (6 ptn)
#* Opmerking: Veel fouten hier is dat studenten de secundaire structuur beschrijven. Er moet zeker staan: H bruggen tussen az en met omgeving, S-S bruggen (sommige studenten zetten maar één S, dat kan natuurlijk niet), hydrofobe interacties + VanderWaals, ionische interacties en algemene structuur, hydofobe binnen een polaire aan buitenkant. Bij externe omstandigheden dikwijls ok geantwoord, maar niet de reden waarom een eiwit dan stuk gaat. Bvb extreme pH. Waarom? (omdat dan de ionische interacties verstoord worden daar of alle COO- COOH worden en een eiwit dus positief geladen wordt. Hitte, detergenten (SDS), solventen, …
# Peroxisomen en glyoxisomen: Oorsprong en functie? Welke metabolische wegen gebeuren hier? In welke organismen komen ze voor? (6 ptn)
#* Opmerking: Komen van SER, en de vraag was welke metabolische reacties er plaatsvinden. Hier hadden die reacties opgeschreven moeten worden. Veel studenten antwoorden dat het doel is om H2O2 af te breken. Neen, doel is om toxische stoffen af te breken met behulp van zuurstof en bij die afbraakreacties komt H2O2 vrij die enerzijds andere toxische stoffen kan neutraliseren, maar dan is er ook Katalase om H2O2 zelf ook af te breken, daar dit toxisch is Dit geeft de typische kristallen. Heel veel studenten antwoorden dat in glyoxysomen vetzuren worden omgezet in suikers. Dat is natuurlijk fout. De reactie in de glyoxysomen is om twee acetyl-coA om te zetten tot barnsteenzuur. En dieren hebben dat niet.
# Geef alle stappen die nodig zijn om een proteïnemengsel te kunnen scheiden met een kationuitwisselaar. Hoe kan kationuitwisselingschromatografie worden gebruikt om de 5 (gegeven) decapeptiden te scheiden? In welke volgorde elueren ze? (6 ptn)
#* Opmerking: Hier moet je weten hoe zo een kolom werkt en welke aminozuren er zuur zijn en welke basisch daar die het IEP gaan bepalen. Wat er zeker had moeten staan is dat initieel je de pH laag moet brengen zodat alle peptiden blijven hangen en dan geleidelijk de pH verhogen of de zoutconcentratie verhogen, daar ze er dan één voor één afkomen.
# Hoeveel moleculen sucrose nodig voor omzetting in 3 moleculen stearinezuur? Hoeveel ATP komt er vrij bij het verademen van de restproducten? (10 ptn)
#* Teken sucrose. Door welk enzym wordt het gehydrolyseerd? Wat zijn de hydrolyseproducten?
#* Welke metabolische wegen worden doorlopen? (gegeven dat het er 5 zijn, gewoon de namen van de wegen geven)
#* Teken de volledige metabolische reacties en schrijf de uiteindelijke reactievergelijking.
#* Hoeveel ATP-moleculen kunnen er gewonnen worden uit de gevormde producten die niet gebruikt werden voor de vorming van de vetzuren?
#* Opmerking: Sommige studenten vertrekken van stearinezuur om sucrose te maken?? Vraag goed lezen. Hier moet je dus via de pentosefosfaatweg gaan om voldoende NADPH te maken. Sommige studenten doen dat, maar gaan dan ook nog eens langs de volle glycolyse om de acetyl coA te maken maar als je de PPP doorloopt kom je ook terug uit bij pyrodruivenzuur/actyl coA. Van acetyl CoA dan naar stearinezuur, maar uiteraard de ATP verbruikende reactie om malonyl CoA te maken en per stap twee NADPH. In de oefensessie hebben jullie een gelijkaardige oefening gemaakt en was het ok om via de PPP pathway te gaan om voldoende pyrodruivenzuur te bekomen (maar een tekort aan NADPH). Studenten die dat gevolgd hebben was ook ok.
# Twee EM foto's: Welke celtypes zijn afgebeeld? (spiercel en delende plantencel) Benoem alle onderdelen + hun functie. (4 ptn)

=> examen op 38 ptn

===13 juni 2021===
#Teken een oligosaccharide dat D-galactose met een alfa-1,6 binding gebonden is aan een D-fructose (furanose-vorm) die vervolgens met een alfa-1,4 binding gebonden is aan beta-D-ribose.
#Beschrijf (en teken eventueel) volgende woorden: Desmosoom, apoptosoom, beta-vouwbladstructuur, Gs-proteine en snelheidscentrifuge.
#Wat is SDS PAGE, wat kan men ermee onderzoeken, hoe werkt het en wat is het verschil met Native PAGE.
#Beschrijf en teken de vetzuursynthese van stearinezuur.
#Hoeveel moleculen ribose-5-fosfaat kan een gistcel maken uitgaande van 10 moleculen glutaminezuur bij een tekort aan aminozuren, wat is de totale ATP en coenzym verhouding. Geef de reactievergelijking, Neem de weg met de minste CO2 productie.
#Twee foto's. Alle onderdelen benoemen en de functies van deze onderdelen beschrijven. oa de kristalstructuren, R.E.R, ribosomen, celkern, Golgi apparaat.

===14 juni 2020===
#Teken de microtubuli van het cytoskelet en leg uit waarom het zo belangrijk is voor de deling van cellen. Wat zijn andere structuren van de cel waar microtubuli in voorkomen
#Teken Gram+-bacterie en Gram--bacterie en teken de celwand (mureïne). Leg het effect van peniciline uit op de celwand en waarom het geen effect heeft op ons
#Leg verschil uit tussen Instrinsieke en Extrinsieke signaalwegen. Waarom is apoptose zo belangrijk?
#Hoe kan men zonder de cel te denatureren de verschillende celonderdelen scheiden?
#Een gistcel maakt uit 4 moleculen stearinezuur, glucose-6-fosfaat. Hoeveel kan het er maken en hoeveel ATP blijft er over (Vetzuurafbraak, Gluconeogenese, Krebs-cyclus en Anaplerotische reacties)
#2 prentjes
#*Kristallen
#*Ribosomen
#*Nog dingen maar ik ben onzeker

===7 juni 2020===
#teken gedetailleerd een alfa helix structuur en de binding, welk proteïne heeft vooral alfa helix structuren?
#trehalose en amylopectine tekenen, welke binding?
#geef functie van, een teken eventueel: mesosoom, protoplast, mycoplasma, chromomeer, middenlichaampje
#leg uit: actief transport
#hoe kun je een plasmamembraan goed zichtbaar maken onder een fluorescentiemicroscoop?
#hoeveel ATP verkrijg je bij het volledig verademen van 10 moleculen glycerol? (antwoord: 220 ATP)
#duidt structuren aan op foto

===19 augustus 2019===
# Amylopectine is een belangrijk deel van zetmeel. Teken de structuur en alle atomen. Waar verschilt dit moleculen met glycogeen?
# Hoe wordt p53 geactiveerd? Wat heeft dit als resultaat? Wat is het gevolg indien het slecht functioneert?
# Hoe kan ionenuitwisselings chromatografie worden gebruikt om de 5 (gegeven) decapeptiden te scheiden. Welke elueert het eerst?
# Welke soort juncties zijn er? Teken en leg ze uit?
# Gistcellen kunnen groeien op een ethanol bodem. Hoeveel moleculen heeft een gistcel nodig om 12 moleculen ribose-5-P te maken. Hoeveel energiewinst is er? Geef alle stappen.
# 3 prenten:
## Ben ik vergeten
## Kliercel: benoem alle delen in de cel en geef hun functie.
## 2 Virussen(1 was Tabaksmozaïekvirus): wat is hun structuur en wat zijn het?

===26 juni 2019===
#leg gedetailleerd uit wat actief transport is
#geef de structuur van microtubuli, waarom zijn deze microtubuli belangrijk bij delende plantencellen? geef de structuur van flagellen bij eukaryote cellen en hoe zorgen deze voor beweging
#wat is Km?
#wat is een proplastide?
#wat is confocale fluorescentiemicroscopie en hoe kan deze gebruikt worden om een celmembraam te bekijken?
#hoeveel glycerol heb je nodig voor opbouw van 6 moleculen palmitinezuur? kan dit ook in anaerobe omstandigheden?
# 2 foto's, geef alle structuren die je ziet + functie
## 1 foto van kristallen in een kern
## 1 foto van mucusvesikels die uit een darmepitheelcel komen

===18 juni 2019===
#Wat is de moleculaire structuur van een celwand van een bacterie? Wat is het verschil tussen een gram+ en een gram- bacterie? Hoe heeft dit effect met penicilline? Waarom gebeurt dit niet bij de mens?
#Hoe kan men een enzym isoleren en scheiden uit een dierlijke cel?
#Wat is covalente modificatie? Geef twee voorbeelden, een waarbij het enzym vertraagt en een waarbij het enzym versnelt.
#Hoeveel ATP geeft de afbraak van tripalmitine? Hoeveel tripalmitine moet er worden afgebroken om 10 moleculen glucose te maken in een dierlijke cel?
#Twee EM-foto's bespreken en vijf termen uitleggen.

===27 juni 2018===
#Biosynthese van palmitinezuur geven (met structuren) en zeggen waar deze plaatsvindt.
#Teken een spiercel en benoem de elementen. Leg verder ook mbv tekeningen uit hoe een spiercel werkt.
#5 begrippen uitleggen/tekenen: mesosoom, operon, guanine, blefaroplast en mycoplasma.
#Leg uit hoe je mbv affiniteitschromatografie zuiver hexokinase uit een levercel kan scheiden. Zijn er nog andere technieken om zuiver hexokinase te krijgen, zo ja leg deze dan uit.
#Hoeveel moleculen glycerol zijn er nodig om 10 moleculen alanine te vormen. Geef de metabolische wegen in de juiste volgorde en geef de volledige synthese (inclusief structuren). Er is genoeg ammonium aanwezig maar geen oxaalazijnzuur.
#Van 2 E.M foto's de structuren en hun functies benoemen.

===19 juni 2018===
#Gluconeogenese geven/uitleggen
#Welke aminozuren kunnen gefosforiliseerd worden, en welke geglycosyleerd. Teken een gefosforiliseerd aminozuur.
#Confocale fluoricentiemicroscoop uitleggen en tekenen. Hoe kan dit gebruikt worden om het plasmamembraan te tonen.
#BBegrippen: p53, desmosoom, N-acetylmureinezuur, cysteine, chiasma.
#Hoeveel mol tripalmitinezuur heb je nodig voor 15 mol ribose?
#EM foto van glycocalyx met slijmbekercel en foto met peroxisoom.

===30 augustus 2017===
#Ionenuitwisselingschromatografie uitleggen
#Een stuk DNA tekenen
#De verschillende juncties tussen cellen uitleggen
#Biosynthese en afbraak van vetten tekenen en uitleggen
#Hoeveel moleculen glutaminezuur heb je nodig om 6 moleculen ribose-5-P te maken
#Fotos van cellen: spiercel en plantencel

===21 augustus 2017===
#Koppel een fructosemolecule aan een galactose en deze aan een glucose op bepaalde manier (alpha,beta)
#Confocale fluorescentiemicroscopie
#Leg volgende termen uit: operon, plaques, cyclines, mesosoom, cystine
#Bespreek de lichtreacties (voorkomen, welke reacties gebeuren,...)
#Hoeveel sucrosemoleculen heb je nodig om 10 moleculen alanine te maken?
#2 E.M. foto's, de ene was een spiercel (actine en myosine), de andere weet ik niet zeker

===20 juni 2017===
#Maak een (erg gedetailleerde) tekening van de secretieweg van DNA tot enzyme, voor een enzyme dat als functie heeft de celwand opbouwen. Leg hierbij alle belangrijke stappen uit.
#Actief transport bij bacteriën, schimmels en dieren uitleggen, met glucose als voorbeeld
#Je wil 6 proteïnen scheiden door een anionuitwisselingschromatografie uit te voeren, welke stappen zijn hierbij? Maak ook een tekening
#Hoeveel glycerol heb je nodig ter vorming van 4 moleculen tripalmitine? Hoeveel ATP is er over na volledige verademing van uw restproducten en reducerend vermogen? Geef op volgorde alle metabolische wegen die hierbij gebruikt werden. Geef schematisch alle stappen die doorlopen worden bij de vorming van tripalmitine uit glycerol, en geef de netto reactievergelijking (inclusief ATP).
#2 foto's aanduiden alles dat je herkent en de functie ervan geven, was een slijmbekercel en een heel erge close up van een plantencel
#5 termen verklaren: apoptosoom, DNA primase, N-acetylglucosamine, proplastide en Km

===21 juni 2016===
#cytokinese dier & plant
#donkerracties en verschil C3,C4 en CAM
#adrenaline
#vriesbreuk en vriezers
#ato berekenen in cyclus
#fotokes van vet en golgi app

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van bacterien en schimmels op vlak van structuur, functie en chemische samenstelling
#inductie en repressie uitleggen adhv lac-operon en trp-operon
#oef: hoeveel mol ribose-5-P kan je maken uit glutaminezuur? bereken hoeveel ATP je over hebt en schrijf de volledige cycli uit (antwoord 3 mol ribose-5-P)
#fotos over juncties en chloroplast
#gelfiltratie uitleggen + hoe daaruit molecuulgewicht proteinen bepalen
#structuur en werking van een spiercel uitleggen

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van schimmels en bacterie (moleculair, structuur, functie)
#bespreek gelfiltratie + hoe kan men de moleculaire massa berekenen van een proteine
#bespreek de spiercel (werking, structuur)
#Bespreek genrepressie en geninductie aan de hand van beta galactosidase en tryptofaan
#metabolisme: hoeveel ribulose 5 fosfaat uit 5 glutaminezuur (geef namen gebruikte wegen + theoretische ATP opbrengst)
#Structuren desmosoom/dichte junctie en chloroplas

===14 juni 2016===
#bespreek de onderzoeken naar de regulatie van de celcyclus (MPF enzo...). Wat kan er misgaan wanneer de regulatie niet goed verloopt? (tumor, p53, oncogenen)..
#Bespreek oorsprong structuur en functie van glyoxisomen en peroxisomen (bijvraag: waar vind je vb glyoxisomen: noten,zaden)
# kationuitwisselingschromatografie uitleggen +methode om 4 peptiden te scheiden hiermee uitleggen
# bespreek: Gs proteine (algemeen, niet adrenaline), Km(enzyme),Prion
# Hoeveel ATP moeten de lichtreacties maken voor de synthese van 6 mol sucrose via donkerrracties (UDPG niet vergeten)
# 2 fotos: chloroplast, 10 structuren aanduiden, darmepitheelcel met glycocalix en veel mucus blijkbaar geen lysosomen dus

===13 juni 2016 NM===
#bespreek microtubuli en de structuren aan die in de cel voorkomen.
# Welk peptide wordt er gevormd (DNA gegeven)
# waaruit bestaat een spiercel en bespreek de werking ervan
# Bespreek de calvin-cyclus. Wat zijn de inputs en wat zijn de outputs?
#Hoeveel moleculen glycerol hebt je nodig om 9 moleculen ribose-5- fosfaat te maken? ( pentosefosfaat weg omkeren)
#em foto's
#*was een plantencel blaasjes golgi-apparaat aant afzetten was op de fragmoplast
#*De tweede foto was een slijmbekercel

===13 juni 2016 VM===
# Structuur glycogeen? Biosynthese er van en afbraak ervan? (Moest blijkbaar adrenaline bij betrekken)
# aminozuren uitleggen en de structuur van proteine
#structuur en functie van de celwand bij bacteriën
#de stappen nodig om een zuivere fractie van polysomen te verkrijgen. Das zo met differentiële centrifugatie
# hoeveel mol ethanol nodig om 6 mol ribos-6-fosfaat te vormen.
# 2 foto's ene was met peroxisoom (kristal in), mitochondrie en chloroplast. 2e was ook vormen van fragmoplast

=== 23 juni 2015 VM ===
# Bespreek de lichtreacties
# Belangrijkste cel differentiaties bij Planten.
# Hoe kan men cellen in een oplossing tellen? Hoe gebeurd dit bij bacteriofagen?
#Teken en bespreek de structuur en functie van de glycocalix bij dieren
#hoeveel maltose moleculen zijn er nodig bij de synthese van alanine in een cel met een tekort aan energie
# 2 foto's: een prokaryoot en een spiercel

=== 24 juni 2015 VM ===
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers en teken de belangrijkste.
# apoptose
# Penicilline en chloramfenicol
# Opbouw en afbraak van vetten
# 2 foto's eentje van een floeemcel de andere van een vetdruppels met glyoxisomen

=== 23 juni 2015 VM ===
# Geef alle soorten lipiden, uitleg, tekening
# wat is een sarcomeer en leg werking uit,
# vier woorden: microsoom, beta-mercapto-ethanol, tonofilamenten en dna primase,
# Geef heel calvincyclus
# Oefening met al die metabolisme en ATP enzo. Iets mat stearinezuur afbreken tot pyrodruivenzuur ofzo tongue-emoticon
# 2 fotos : celkern met kristallen en dan blijkbaar een zeefvat

=== 22 juni 2015 NM ===
# Alles van de plantencelwand
# Oef met DNA sequentie en translatie
# Oxidatieve fosforylatie vs foto fosforylatie
# Hoe kan je polysomen en ribosomen scheiden
# Hoeveel mol glycerol heeft een gistcel, die in de G0-fase zit, nodig om met ademhaling 110 Mol ATP te synthetiseren
# Foto van openbarstende darmepitheelcel (met mucus) en van een plantencel

=== 22 juni 2015 VM ===
# Structuur en functie van endoplasmatisch reticulum
# Hoe wordt de activiteit van fosfofructokinase geregeld?
# Cytoskelet bij planten en dieren
# Bespreek de lichtreacties
# hoeveel mol ethanol nodig opdat gistcellen 4 mol ribose-5-P kunnen maken. Welke metabolische weg komen hierbij tussen? Hoeveel ATP blijft er over?
# 2 foto's: de eerste was een zenuwcel met microtubuli en de tweede met een peroxisoom.

=== 16 juni 2015 ===
# bespreek suikers en polysacchariden en teken de belangrijkste
# welke reacties vinden plaats op het thelakoïdmembraan en wat zijn de inputs en outputs
# geef uitleg; middenlichaampje, callus, mitosis-promoting factor MPF, blefaroblast
# hoeveel mol glutaminezuur moet omgezet worden in oxaalazijnzuur om voldoende ATP te maken voor de afbraak van 5 mol stearinezuur
# bespreek SDS-page en waarvoor dient het
# foto van floëemcellen en foto van kern met kristallen p p295

=== 26 juni 2014 ===
#IEP uitleggen en peptiden rangschikken op IEP
#Transport van voedingsstoffen over de celmembraan bespreken
#Methoden om de volgorde van enzymen in een metabolische pathway te bepalen
#Glyoxylzuurcyclus bespreken
#Hoevel mol glycerol nodig voor 2 mol palimitinezuur
#Foto van jonge plantencel en van peroxisoom

===23 juni 2014===
#Transport van voeding door de membraan
#Plantencelwand bespreken
#Bespreek de pentosefosfaatweg (alles)
#Tellen van bacteriofagen
#1 mol tripalmitine (vergeet glycerol niet!)
#Foto van plantencel (chloroplast volledig en ook vacuole enzo) + floeemcel (gedifferentieerde plantencel)

=== 19 juni 2014 ===
#Leg de rol van enzymen als katalysatoren uit in de metabolische reactie wegen
#Wat doe adrenaline in de levercellen als je schrikhebt?
#Leg de weg uit die katalase aflegt in de cel beginnende bij DNA.
#Leg ionenuitwisselingschromatografie uit.
#Hoeveel mol maltose heb je nodig voor de aanmaak van 2 mol stearine? Welke metabolische reactiewegen komen hier bij te pas? Welke zijn de energieleverende/ energie verbruikende stappen?
#Prent van cel met glycogeenkorrels, RER, SER, mitochondrien etc
#Prent van plant cel in cytokinese --> aanmaak van middenlamel door fragmoplast etc

=== 12 juni 2014 (namiddag) ===
#Transport over celmembraan
#Kern met rer tekenen en functie uitleggen
#Wat doet adrenaline in levercellen
#Confocale fluorescentie microscopie uitleggen
#Hoeveel acetaat je nodig hebt voor 3 mol glycerol en waar wordt energie geproduceerd
#Foto van glycogeenkorrels en van kristallen in kern

=== 12 juni 2014 (voormiddag) ===
#fosfofructokinase van dna tot enzyme de weg die het moet doen en regulatie
#plantencelwand opbouw componenten en functie
#tellen van cellen en bacteriofagen
#hoeveel glucose nodig voor 4 alanine te maken
#foto van zenuwuitlopers en vorming nieuwe celwand bij planten: fragmoplast

=== 17 juni 2013 (namiddag) ===
#Bespreek de eenvoudige suikers en polysacchariden.
#Bespreek de biosynthese en afbraak van vetzuren.
#Wat is de functie van glyoxisomen? Hoe kan je deze zichtbaar maken bij fluorescentie microscopie?
#Een gistcel kan groeien op ethanol. Om te groeien moet de celwand groeien, deze is opgebouwd uit polymeren van suikers.
#*Hoeveel mol ethanol is er nodig om 10 mol glucose te maken?
#*Kan de gistcel groeien op ethanol in anaëroob milieu? (antwoord: p469 laatste 5 regels in middelste stuk)
#prent aanduiden:
#*desmosoom
#*peroxisoom met kristalstructuur

=== 17 juni 2013 (voormiddag) ===
#Teken de overgang van kernmembraan naar R.E.R. Wat is de functie van dit laatste?
#Bespreek geprogrammeerde celdood. Is er een link met kanker?
#Geef de methode(n) hoe je proteïnen kan splitsen op basis van hun lading.
#Hoe werkt het B-galactosidase operon bij E. Coli?
#Hoeveel mol glucose kan je maken met 3 mol palmitinezuur? Welke metabolische wegen worden er gevolgd? Hoeveel ATP kan er eventueel gevormd worden?
#Foto's:
#* p254
#*p218 (ongeveer)

===13 JUN 2013 NM===
# Bespreek de secretieweg in een cel van gen tot gesecreteerd eiwit.
# Als een mens schrik heeft komt er adrenaline vrij. Wat gebeurt er dan in de lever?
# Hoe werkt SDS-PAGE?
# Een uitgehongerde zoogdiercel maakt 4 glutaminezuurmoleculen en 2 asparaginezuurmoleculen. Hoeveel fructose is hier voor nodig en hoeveel CO2 wordt er door het organisme geproduceerd bij deze omzetting?
# 2 foto's: chloroplast tegen celwand aangedrukt door vacuole en celkern met kristallen.

=== 13 jun 2013 (voormiddag) ===
#Bespreek de celwand vn de bacterie
#Uitleggen wat MFP met celcyclus te maken heeft en welke drie onderzoeken er toe geleid hebben
#Confocale fluorecentiemmicroscopie uitleggen
#Een oefening met hoeveel mol
#2 prentjes:
#*floëmcellen
#*gewoon RER, SER, Peroxisoom, mitochondrïen aanduiden (kan zijn nog iets)

=Examenvragen vanaf 2009=
== Biochemie ==

=== 27 jun 2011 ===
#elektronentransportketen uitleggen.
#Met welke methodes kan je glyoxisomen bestuderen (door microscopische analyse) in de cel?
#Vetzuren en lipiden bespreken
#Differentiaties in plantencellen
#Foto van spiercel + kern delen benoemen.
#C1 van een glucosemolecule wordt radioactief gemerkt. We zien dat C6 van een 1,6-bisfosfaatfructosemolecule ook radioactieve sporen vertoond. Verklaar dit.

=== 16 jun 2010 ===
#Bespreek de lichtreactie van de fotosynthese.
#Bespreek hoe je aminozuren en suikers kan scheiden en deze onderling kan scheiden.
#Bespreek: de weg die wordt afgelegd van DNA tot glycocalyx van een proteïne.
#Hoeveel ribose 5-P kunnen gevormd worden uit 5 moleculen glutaminezuur. Hoeveel ATP komt hierbij vrij?
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (chloroplast en jonge plantencel)

=== 8 jun 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de suikers
#Bespreek de pentosefosfaatweg (PPP)
#Bespreek SDS-PAGE
#Hoeveel molecule alpha-ketoglutaarzuur moeten er in de cel omgezet worden naar fumaarzuur om voldoende ATP te maken voor de synthese van 6 moleculen palmitinezuur (vertrekkende van Acetyl-Coa en uitgaand van het feit dat alle cofactoren aanwezig zijn) ? [Antwoord: 7]
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (levercel en prokaryote cel)

== Chemie ==

===3 JUN 2012 VM===
# celdifferentiatie in ene plantencel
# transport voeding cel
# geef de verschillen tussen de glycolyse en de gluconeogenese daar waar de enzymen verschillend zijn
# 2 stearinezuur omvorme na ribose, er is geen NAD+, geef de cusclussen die je gebruikt, is er atp genoeg, kan het volledig worden omgezet?
# 2 tekeningen (darmwand en spiercel)

===3 FEB 2012 NM===
# Bespreek enkelvoudige en meervoudige suikers
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Bespreek ionenuitwisselingschromatogafie
# 2 foto's

===30 JAN 2012 VM===
# Bespreek aminozuren en ruimtelijke opbouw van proteïnen
# Rangschik 5 proteïnen volgens hun isoelektrisch punt, van hoog naar laag (je krijgt hier dan 5 aminozuursequenties)
# Teken de overgang tussen kernmembraan en het RER en bespreek de functie van het RER.
# Bespreek de verschillende centrifugatietechnieken.

===23 JAN 2012 NM===
# bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers
# bespreek de celwand bij bacterien en schimmels
# leg uit ionenuitwisselingschromotografie
# 2 foto's waar ge alles op moet aanduiden

===23 JAN 2012 VM===
# Bespreek de celwand bij planten
# Bespreek microtubuli en hun structuren
# SDS-page (blijkbaar moest ge u practicumboek ook kennen :s)
# foto van kern me kristallen en een bacterie

===20 JAN 2012 NM===
# Bespreek vetzuren en lipiden
# Bespreek wat er allemaal gebeurd en hoe het transport gebeurd van een specifiek proteïne vertrekkende van het genome DNA tot aan de glycocalyx (mss iets ander geformuleerd)
# Bespreek de technieken om een basaalkorrel zichtbaar te maken in de cel. -> ECHT IN FUNCTIE VAN DE BASAALKORREL DOEN DUS adh van het proteïne tubuline!!!
# 2 foto's 1 van die rozetstructuren van glycogeenpartikels en dieje andere was met gwn een celkern met kristalijne kristallen (2 foto's die hem duidelijk in de les heeft vermeld da ge daar moet op lette)

=== 20 JAN 2012 VM ===
#Bespreek de nucleinezuren, als monomeer en macromolecule, en hun ruimtelijke structuur bij eukaryoten en prokaryoten.
#Bespreek het endoplasmatisch reticulum.
#Bespreek gelfiltratie en leg uit hoe het ka ngebruikt worden om het moleculaire gewicht van een proteine te bepalen.
#2 EM-fotos, alle structuren aanduiden en de functie ervan geven.

===21 JUN 2011 NM===
#bespreek de vermenigvuldiging van virussen
#Bespreek de bio-synthese en afbraak van vetzuren
#Bespreek de vrijzetting van adrenaline in het bloed
#Hoeveel mol ATP wordt er geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol? Hoeveel mol glutaminezuur kan worden geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol wanneer er genoeg ammoniak in de cel aanwezig is?
#twee foto's

===21 JUN 2011 VM===
#Bespreek de cytokinese bij planten.
#Bespreek het transport van voedingsstoffen naar binnen in de cel.
#Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
#Hoeveel mol fructose is er nodig voor de synthese van 3 mol palmitinezuur?
#twee foto's

===21 JAN 2011===
#Bespreek de celwand bij planten.
#Bespreek de proteïnen en hoe ze zijn opgebouwd in een ruimtelijke structuur.
#Geef de belangrijkste verschillen tussen gram positieve en gram negatieve bacteriën en hoe kan je die van elkaar onderscheiden?
#Bespreek moleculaire exclusiechromatografie en hoe kan je hiermee het MW van een eiwit bepalen?
#Twee foto's

===22 JUN 2010===
# Bespreek de structuur en werking van spiercellen.
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
# Hoeveel ATP wordt er geproduceerd bij afbraak van 5 mol glycerol en 2 mol glucose? stel: Glutaminezuur tekort in de cel, hoeveel mol glutaminezuur kan geproduceerd worden met 5 mol glycerol en 2 mol glucose?
# Hoe werkt adrenaline?
# Hoe werkt het tryptofaan operon bij aanwezigheid en afwezigheid van tryptofaan?

===15 JUN 2010===
# Bespreek differentiatie van plantaardige cellen
# Bespreek gemedieerd transport
# Bespreek de glyoxyzuurcyclus (waar, in- en outputs en waar de producten verder naartoe gaan...)
# Hoeveel fructosemoleculen heb je nodig om 4 moleculen glutaminezuur en 2 moleculen asparaginezuur te maken. Hoeveel CO2 wordt hierbij gemaakt? Leg uit a.d.h.v. metabolische wegen.
# Bespreek hoe de enzymes elkaar opvolgen (niet in deze woorden, maar 't komt erop neer)

===25 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de structuur en de functie van microtubuli en de verschillende structuren die hieruit zijn opgebouwd. (p. 240-261)
#Bespreek de ruimtelijke structuur van eiwitten. (p. 53-60)
#Bespreek de verschillende centrifugatie methoden. (p. 285-290)
#Twee foto's

===18 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de celwand bij planten. (bijvragen over de chemische opbouw van (hemi)cellulose, extensises,...)
#Bespreek RNA transcriptie en DNA duplicatie.
#Bespreek de moleculaire exclusiechromatografie.
#2 foto's van cel(onderdelen). Alles benoemen, ook vanzelfsprekendheden (cytoplasma,...)

=== 15 JAN 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# Bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# Bespreek SDS PAGE
# Duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)

leer ALLE details!

=Examenvragen van 2007 - 2009=
=== 2 sept 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers.
# Bespreek de verschillende plastiden.
# Welke techniek kan men gebruiken om celmembranen te bestuderen onder de EM? Bespreek de twee varianten.
# Twee foto's

Thevelein
* Hoofdvraag
*# Bespreek het verband tussen de elektrontransportketen en oxidatieve fotofosforylatie.
* Bijvragen
*# Glyoxylzuurcyclus
*# Hoeveel glucosemoleculen heeft een schimmelcel nodig om 2 glutaminezuur en 4 asparaginezuur te maken? Wordt er hierbij ook CO2 geproduceerd en indien ja, hoeveel?

=== 24 Juni 2009 - Chemie - Thevelein ===
* hoofdvragen
*# Bespreek de Krebscyclus.
*# Bespreek de lichtreactie vd fotosynthese.
*# Leg genrepressie en geninductie uit aan de hand van klassieke voorbeelden.
* bijvragen
*# Wat is groepstranslocatie?
*# Bereken hoeveel mol ATP er wordt vrijgezet bij de volledige oxidatie van 1 mol tristearine.
*# Nog een oefening zoals hierboven maar nu met aminozuren enzo...

=== 19 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de structuur van microtubuli en de structuren die eruit bestaan.
# Bespreek de nucleïnezuren en nucleotiden en hun ruimtelijke structuren.
# Leg gelchromatografie (??) (da met gelbollekes sorteren) uit en hoe je het molecuulgewicht v eiwitten hiermee kan berekenen.
# 2 foto's uit oefenzittingen

Thevelein
* hoofdvraag
*# Vergelijk gluconeogenese en glycolyse (startproducten, plaats id cel,..)
* bijvragen
*# bespreek glyoxylzuurcyclus
*# Bereken hoeveel moleculen glucose een schimmelcel nodig heeft om 2 moleculen glutaminezuur en 4 moleculen asparaginezuur te produceren. Wordt hierbij CO2 gevormd en zo ja hoeveel? Leg uit adhv de gebruikte cycli.

=== 15 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de celwand bij planten
# bespreek peroxisomen en glyoxisomen
# rankschik de volgende peptiden volgens iso-elektrisch punt. en wat is iso-elektrisch punt. vb.COOH-cysteïne-proline-histidine-cysteïne-lysine-methionine-asparaginezuur-NH2
# 2 fotos: 1 van een chloroplast, en 1 van een zenuwcel
Thevelein
*hoofdvraag
*# bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
*bijvragen
*#geef volledige metabolische weg om asparaginezuur te vormen uit glycerol en NH3
*#Kan een cel in anaërobe omstandigheden het meest ATP halen uit glucose via de Glycolyse of eerst via PP(pentosfosfaatweg).en toon aan.-

=== 26 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
# Bespreek nucleotiden en nucleïnezuren
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Hoe kan je aminozuren van suikers scheiden en hoe kan je ze verder opzuiveren?
# Teken het celmembraan (of was de vraag nu glycocalyx?) van een dierlijke cel en duidt de onderdelen aan.
# Wat is het iso-elektrisch punt van een proteïne en wat ben je ermee?
# 2 fotos: 1 van een prokaryote cel, en 1 van een plantencel

=== 15 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# bespreek SDS PAGE
# duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)
leer ALLE details!

=== 22 aug 2008 - Biochemie ===
Thevelein:

* Hoofdvraag:
*# Bespreek de samenstelling en mechanisme van elektronentransportketen

*Bijvragen:
*# Welke reacties worden gekatalyseerd door volgende enzymes:
*#* pyruvaat decarboxylase
*#* pyruvaat dehydrogenase
*#* pyruvaat kinase
*#* pyruvaat carboxylase
*# een cel zet oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 om in asparaginezuur en glutaminezuur, geef de reactie.

Van Dijck:

# bespreek structuur en functies van de microtubuli en bespreek de structure waar ze voorkome (/3)
# bespreek structuur van de proteïnen en waar komen deze voor (/3)
# hoe kan je het molecuulgewicht van een proteïne bepalen met exclusiechromatografie (/2)
# wat is hemicellulose? (/1)
# duid celorganellen aan op de prent (/1) --> twas een levercel met veel secretiepartikels

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen:
# e-transport
# pentosefosfaatweg
# regulatie van het metabolisme

Bijvragen:
# glyoxylzuurcyclus
# glucose+NH3-->glutaminezuur+CO2 hoeveel ATP wordt er geproduceerd (aeroob organisme)
# synthese van trehalose uit glucose dat via symport in de cel komt. Hoeveel ATP moet er via melkzuurgisting gewonnen worden om 2 trehalose moleculen te vervaardigen.

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen
# Bespreek de Krebscyclus
# Bespreek het membraantransport en de membraanpotentiaal
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese

Bijvragen
# Adrenaline als glucosevrijzetter
# Bespreek in detail de biosynthese en afbraak van vetzuren
# Een bacteriële cel in aërobe omstandigheden zet glucose om in pyrodruivenzuur. Waar wordt het meeste ATP geproduceerd, via de glycolyse of via de pentosefosfaatweg?

=== 20 jun 2008 - Chemie - Thevelein===
Hoofdvragen:
# Bespreek de calvincyclus.
# Bespreek membraantransport en bespreek hoe membraanpotentiaal hierbij tussenkomt.
# Bespreek de regulatie van het metabolisme.

Bijvragen:
# Glyoxylzuurcyclus.
# Adrenaline als glucose vrijzetter.
# Een denkvraag ivm proton-motive en dinitrofenol.

=== 20 jun 2008 - Biochemie ===

Thevelein:
# lichtreacties
# oefeningen:
#* tristearaat, hoeveel ATP wordt er gevormd
#* vorming van asparaginezuur en glyoxylzuur uit citroenzuur en NH3

Van Dijck:

* schriftelijk
*# soorten bindingen in macromolecules, tekenen +bespreken
*# wat is threhalose, mesozoom

* mondeling
*# endoplasmatisch riticulum bespreken
*# microtubuli bespreken
*# plaatsbepaling van moleculen in de cel, methoden bespreken
*# 2 foto's herkennen+organellen benoemen: lever en oliehoudende zaden

=== 19 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* Grote vraag:
*# membraantransport bespreken
* Bijvragen:
*# ge hebt 24 glucosemoleculen, die ge via PP en dÃ¡n pas de glycolyse gaat afbreken tot acetyl-CoA, waarna ge X aantal palmitinemoleculen gaat opbouwen. Hoeveel ATP wordt er gevormd? En hoeveel NADPH hebt ge tekort?

Van Dijck:

*Schriftelijk:
*# bespreek RNA en DNA
*# leg uit:
*#* isopycnische centrifugatie
*#* mycoplasma

*Mondeling:
*# bespreek mono- en polysachariden
*# celwand bij bacterien + Gram positieve en Gram negatieve bacterien
*# ionenuitwisselingschromatografie

=== 13 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* hoofdvraag:
*# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
* Bijvragen:
*# Bespreek hoe er geninductie en genexpressie bij Escheria coli plaatsvindt
*# Oefening ivm de metabolische wegen

Van dijck:

*Schriftelijk
*# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose en nummer de koolstoffen
*# Leg uit:
*#* mesosoom
*#* connexon

* Mondeling
*# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
*# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
*# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
*# Duid de organellen aan op de cel (chloroplast en bacteriofaag)

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling:
# geef de structuur en de functies van de mitochondrieën
# beschrijf de weg die een proteine X aflegt beginnend in de kern die voor de glycocalyx bestemd is.
# beschrijf de verschillende centrifugatietechnieken.

Schriftelijk:
# wat is het iso-elektrisch punt van proteïnen en rangschik de volgende proteïnen volgens stijgende theoretische waarde van het iso-elektrisch punt. De proteïnen werden gegeven door telkens een keten van 11 aminozuren.
# Beschrijf en teken schematisch de componenten van de glycocalyx
# verklaar:
#* mesosoom
#* connexon

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Schriftelijk deel
# rangschik van polair naar apolair (aceton, 1-propanol, diethylether, fenol, benzylalcohol) [in de vraag werden prentjes van de moleculen gegeven, en niet de namen], en zeg wat apolariteit bepaalt.
# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose.
# Leg uit:
#* Dictyosoom
#* Blefaroplast

Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
# Duid de organellen aan op de cel (de twee cellen waren een zenuwcel en een chloroplast)

=Examenvragen tot en met 2006=
=== 15 jan 2007 ===
Hoofdvragen: theorie
# bespreek hoe een cel aan zijn membraanpotentiaal komt + hoe deze aangewend wordt bij het membraantransport
# bespreek de Calvin Cyclus (functie, intermedairen, ...)

Hoofdvragen oefeningen
# practicum: bespreek PAGE bij proteïnen en hoe we de molecuulgroote ervan kunnen afleiden
# duid zo veel mogelijk celstructuren aan
# duid de volgende processen aan waar ze voorkomen in de cel aan op de tekening: NADPH productie, energieproductie, chromatine en integrale proteïnen

Bijvragen
# bespreek hoe adrenaline de glucoseproductie in de cel regelt
# Een cel maakt uit oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 de aminozuren glutaminezuur en asparaginezuur. Geef een reactievergelijking en houd rekening met ATP, NAD, FAD, H2O en CO2.

Grondslagen van de Chemie

2024-07-24T14:40:49Z

R0986077: /* 16 januari 2024 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Basisvak chemie voor 1e bachelor chemie, biochemie, biologie en geologie.
Gedoceerd door professor Koen Clays (sinds academiejaar 2013-2014, daarvoor door Prof. Bart Goderis). Het examen is volledig schriftelijk.

''academiejaar 2022-2023''
* Aanpak vak
** Gegeven door Prof. Koen Clays
*** Werkt vaak dingen uit op het bord die zeer nuttig/noodzakelijk zijn op een examen te vermelden, lessen volgen zijn dus wel zeker sterk aan te raden! Zeker omdat deze niet opgenomen worden. In 2023-2024 stonden er wel opgenomen powerpoints op Toledo van coronatijd maar die waren enkel nuttig als je iets niet begreep tijdens het studeren.
** Examen volledig schriftelijk: 10 punten op 2 theorie vragen, 6 punten op 2 oefeningen.
** Examen + practica
* Kwaliteit cursus
** Cursustekst voldoende om te slagen
* Examenvragen
** Vergelijkbaar met de tussentijdse toets maar theorievragen op de tussentijdse toets zijn opgedeeld in tussenvragen. Onderaan de pagina staat hoe het op het examen gevraagd zal worden.
** Theorievragen komen vaak terug
** Oefeningen zijn zeer vergelijkend met die van de oefenzittingen, maak ook zeker de makkelijke oefeningen opnieuw want deze kunnen ook voorkomen
** Vooral deel E is enorm belangrijk!!
* Practica
** Is goed te doen, bereidt de practica op punten goed voor!!
* Oefenzittingen
** Op de website van bios staan de oplossingen van enkele jaren geleden, zijn niet exact hetzelfde, maar het principe komt steeds op hetzelfde neer

==Examenvragen==

=== 16 januari 2024===
Theorie:
#Bereken de chemische en fysische roosterenergie voor de vorming van een ionbinding. Geef de principes/formules waarop beide berekeningen zijn gebaseerd (a). Geef je berekeningen weer(b) en vergelijk beide bekomen waardes en verklaar indien verschillend (c). ANTW A: fysisch (formule roostenergie met Madelungconstante) + chemisch (wet van Hess) (a); ANTW B: exacte methode = deel A.3.1.d. (verband tussen ionbinding, atomaire eigenschappen en thermodynamica); ANTW C: fysische berekening is enkel obv interactie-energie en verwaarloost afstoting op korte afstand (zie pagina hierboven).
#Geef (allemaal verschillende) vier kationen en vier anionen. Geef een chemische eigenschap voor elk van de ionen (bv. zuur, base, oxidans, reductans, ligand, centraal metaalkation), geef aan of het ion in kwestie zwak/sterk is voor deze eigenschap. ANTW: voorbeelden uit boek(Deel E), tabellen gebruiken of BOD opzoeken obv K-waarden/E-waarden

Oefeningen:
#Oefening 1a: Cu(IO_3)2 is slecht oplosbaar in zuiver water. Door toevoeging van NH3 kan de oplosbaarheid verhoogd worden doordat complexatie optreedt ter vorming van het aminecupraatcomplex (Cu(NH3)^2+). Hoeveel NH3 heb je nodig om 20,67g van het zout volledig op te op te lossen in 200ml?
#Oefening 1b: Daarna ontstaat er ook Cu(OH)_2 -neerslag. Bewijs.
#oefening 2: Bereken de K_b-waarde van het oxalaation (C2O4^2-) in water obv van thermodynamische gegevens, vergelijk vervolgens met de K_b-waarde bekomen uit de zuurconstantetabel.

=== 17 januari 2023===

Theorie:
# Bij welke reacties gebruik je een katalysator en bij welke is quenchen van toepassing? (bij elk een voorbeeld geven + afleidingen formules en verduidelijking hierbij + grafieken)
# Halfreacties autoaccu (functies chemische elementen geven, welke richting oplaad en welke ontlaad, waarom die fasetoestand bij lood)

Oefeningen:
# Geometrie, hybridisatie, polair/apolair (uitleggen waarom) van SO3(2-)
# pH bepalen van 0.4M Na2SO3
# Oplosbaarheid van PbI2 berekenen + hoeveel KCl toevoegen ter vorming van Pb(Cl)4(-) bij een bepaalde concentratie aan PbI2 + wordt er nog neerslag gevormd

=== 23 augustus 2022===
Theorie:
# Schrijf uit hoe je bekomt tot reactie 7 (pagina 119 BOD) en leg je redeneringen uit. (reductie half reacties- reactie uitgeschreven op bord in de les)
# Leg de relevantie van de ladingsdichthied (niet electronendichtheid) in de scheikunde uit. [antw.: complexatie en neerslag reacties, in zuur als protontransfer van Hˆ+ (te grote ladingsdichtheid om te bestaan), electrontransfer reacties]

Oefeningen:
# HCN toevoegen om Co(OH)2 beter op te lossen. Welke HCN-concentratie nodig om 6,79 g Co(OH)2 in oplossing te brengen in 250 mL water? (Analoog oefening 8 E4)
# Is volgende reactie aflopend bij 40 graden celcius? 2NH4NO3 <--> 2N2 + 4H2O + O2 (zie o.a. oef 4/6/7/E5 deel D)

=== 18 januari 2022 ===
Theorie:
1. Hoe kan je de snelheid van een reactie verhogen, wat gebeurt er met het evenwicht?
2. Buffers: vuistregels + afleiding, verband met titratie, is bloed een goede buffer?

Oefeningen:

oefening 1:
a. molaire oplosbaarheid van Ag2Cr2O7 in zuiver water
b. hoeveel NH3 nodig om 0,100 mol AgI op te lossen in 0,500L (Ag(NH3)2^+ wordt gevormd)
c. toon aan dat er geen AgOH neerslag gevormd wordt

oefening 2:
a. redoxreactie opstellen voor N2/NH2OH en Al(OH)4^-/Al
b. toon aan dat de reactie aflopend is bij 25°C

=== 16 augustus 2021 ===
Theorie:
#Op welke manieren kan je de snelheid van een reactie vergroten, leg uit wat er dan ook met de evenwichtsconstante gebeurt. Verandert hierbij de ligging van het evenwicht? Gebruik formules of figuren om dit aan te tonen
#Op welke manier beïnvloedt complexatie het redoxpotentiaal van een metaal? Leg uit, geef een voorbeeld. In de natuur wordt Fe gebruikt voor reversibele redoxreacties. Waarom?

Oefeningen:
#Boven of onder welke temperatuur gaat deze reactie spontaan op: O2 (g) + N2 (g) —> 2NO (g)
#HCN verhoogt de oplosbaarheid van Fe(OH)2, hoe groot is de concentratie van HCN die je nodig hebt om 250 ml 3,37g Fe(OH)2 in oplossing te brengen?”

=== 6 januari 2021 ===
Theorie 1:
#Bespreek alle K’s die we hebben gezien in de cursus en geef een voorbeeld waarin hun definitie duidelijk wordt. Indien je iets kan zeggen over K>>1 K=1 en K<<1, voeg je dit hieraan toe.
#Gebruik een voorbeeld uit 1a en leg uit hoe je K puur theoretisch kunt vinden.
#Geef een mogelijk verband tussen K en k indien er een is.

Theorie 2:
Bespreek de elektrolyse van water zonder NaCl, met een beetje NaCl en met veel NaCl.

Oefening 1:
Bewijs dat dankzij de complexvorming, PbCl2 niet neerslaat, wanneer we 50ml Pb(NO3)2 (0,4M) bij 50ml BaCl2 (0,6M)doen.

Oefening 2:
0,700M NaHSO3 en 0,450M Na2SO3
#Bereken de pH.
#Bereken de pH bij het toevoegen van 20ml KOH.
#Bij welke concentratie aan NaOH de buffer (100mL) niet meer werkt.

=== 13 augustus 2020 ===
Theorie:
1) Leg homogene, heterogene en enzymatische katalyse uit. Geef ook telkens een voorbeeld. Leg de gelijkenis tussen heterogene en enzymatische katalyse uit. Leg de gelijkenis tussen homogene en enzymatische katalyse uit. /4
2) Vergelijk chroomvocht (dichromaat in zwavelzuur), piranhazuur (waterstofperoxide in zwavelzuur), koningswater en cyanide in base als oplosmiddelen voor (edel)metalen. /6

Oefeningen:
1) Bereken de oplosbaarheid van AgBr in een 0.053M NH3 oplossing. Ag(NH3)2- wordt gevormd.
2) Is volgende reactie (reactie gegeven) aflopend bij 68 graden C? Toon aan met berekeningen.

=== 15 januari 2020 voormiddag ===
Theorie:
1) Hoe evenwicht verschuiven naar kant van producten, verandert er iets aan de snelheid?
2) De ruimtelijke structuur van de covalente binding, 4 relevante voorbeelden geven en bespreken.

Oefeningen:
1) Bereken Kd van complex Ag(CN)2 adhv thermodynamische eigenschap bij 25°C
2) Na3PO4 0.045 M: bereken werkelijke concentraties van PO43-, Na+, HPO42-, H2PO4-, H3PO4, H3O+, OH- en bereken de pH.

=== 14 januari 2020 namiddag ===
theorie:
#Hoe verklaar je de werking van een "hoog-rendements" brander voor een centrale verwarming? Welke aanpassingen dienen er te gebeuren in vergelijking met een klassieke brander
#Bespreek de dissociatie van HgCl2. Waarmee is dit te vergelijken?

oefeningen:
#Je voegt 50 mL van een 0.0200M AgNO3 - oplossing toe aan 50 mL van een 0.0300M NaCN-oplossing. Zal AgCN neerslaan, ondanks de complexvorming (Kst Ag(CN)2- = 2.5 x 10^20). Verwaarloos de basische eigenschappen van CN-
#Bepaal grafisch orde van de reactie, de snelheidsconstante en halfwaardetijd. Je krijgt de beginconcentratie van het reagens gegeven, en het verloop van de concentratie van een product. (Dus je moet nog berekenen, hoe het verloop van de concentratie van het reagens gaat)

=== 13 januari 2020 namiddag ===
theorie:
1) bespreek de elektrolyse van water of in een waterige oplossing van zeezout (NaCl) voor volgende situaties: zonder toevoeging van zout, bij toevoeging van een beetje NaCl, bij toevoeging van veel NaCl
2) Bespreek homogene, heterogene en enzymatische katalyse: geef verschillen en gelijkenissen. Geef telkens een relevant voorbeeld ter illustratie.

oefeningen:
1) reactie N2 + O2 --> 2NO gegeven en berekenen boven/onder welke temperatuur de reactie spontaan is
2) Berekenen hoeveel gram NaCl je moet toevoegen aan 0,448g Cu(OH)2 om dit volledig te kunnen oplossen in 100 ml water als je weet dat het complex [CuCl4]2- wordt gevormd

=== 13 januari 2020 voormiddag ===
theorie
# Buffer
# Reactiemechanisme van Broom

===?===
Theorie:
1) hoe kan men de snelheid van een chemische reactie vergroten? Verandert dit ook iets aan het evenwicht?
2) chemische eigenschappen ammoniak, hebben ze dan een zwakke of sterke functie? Geef voorbeeldreacties
3) bespreek de thermodynamische eigenschappen van de autoprotolyse van water. Zie hiervoor tabel 6.9 BOD

Oefeningen:
1) bereken of neerslag wordt gevormd bij samenvoegen 2 stoffen
2) bereken potentiaal galvanische cel

=== 1 februari 2019 namiddag===
theorie
#Leg uit hoe een biprotisch zuur dissocieert en geef een voorbeeld. Vergelijk deze dissociatie met die van HgCl2
#Broom in base
oefeningen

#Bepaal de standaardreductiepotentiaal van het koppel Zn(OH)2 (s)\ Zn(s) met het oplosbaarheidsproduct van Zn(OH)2 en de standaardreductiepotentiaal van het koppel Zn2+\ Zn(s)
#Een klontje vast ethanol met een massa van 50 g wordt bij 155.80 K overgoten met 2.22 L (1 L = 0.79 kg) vloeibaar ethanol waardoor het klontje zal smelten. Wat is de begintemperatuur van het vloeibaar ethanol als je weet dat het systeem een eindtemperatuur van 287.80 K bereikt en als je weet dat er geen energie verloren gaat aan de omgeving?

=== 21 januari 2019 namiddag===
theorie
#vervolledig de reactievergelijking ClO4- + Cl- -> Cl2 + H2O en geef een plausibel reactiemechanisme.
#bespreek de elektrolyse van water of in een waterig milieu zonder toevoeging van zout, bij toevoeging van een beetje NaCl, bij toevoeging van veel NaCl.

oefeningen
#hoeveel natriumthiosulfaat is er nodig om 0,025 mol AgBr op te lossen in 500 ml? Het complex zilverthiosulfaat wordt gevormd.
#een ijsklontje met massa 56 gram wordt in 150 g water gedaan om dit af te koelen. Het ijsklontje heeft een begintemperatuur van 0°C en het geheel heeft een eindtemperatuur van 14°C. Bereken de begintemperatuur van het water.

=== 16 januari 2019 voormiddag===
Theorie
#Bespreek de spontane ontbinding van waterstofperoxide. Welke parameters dragen bij tot de ontbinding en hoe kan je dit tegen gaan?
#De ruimtelijke structuur van de covalente binding, 4 relevante voorbeelden geven en bespreken.
Oefeningen

#0,040 M 100 mL H3PO4 bij 100 ml 4M Ca2+-ionen. Wordt er neerslag gevormd?
#Een orde oefening met grafisch de halfwaarde tijd en k bepalen

=== 15 januari 2019===
Theorie
#Hoe kan je het evenwicht naar de kant van de producten krijgen. Heeft dit ook invloed op de snelheid van de reactie? /6
#Stel een chemisch mechanisme op zodat citroenzuur (wat een bestandsdeel is van citroensap) kan ontgiften. /4

Oefeningen
#Bepaal de Kb uit de gegeven redoxkoppels (H2O/H2O (E0=1.76V) en HO2−/OH−) (E0=0.87V). Met welke andere 2 koppels kan je dit nog doen? /3
# Geef de lewisstructuur, hybridisatie, polariteit (+ uitleg), en geometrie van XeF2 en PBr3. /3

=== 14 januari 2019===
Theorie
#Geef de twee vuistregels voor een goede buffer en leg ze uit adhv neutralisatiegraad en buffercapaciteit. Leg uit bloed als buffer en waarom het geen ideale buffer is. Geef de relatie tussen een buffer en een pH- titratie(curve). /6
#Vervolledig deze reactie, BrO3- + Br- → Br2 + H2O, en geef een plausibel reactiemechanisme voor deze reactie (Staat niet in de cursus maar wel gezien als een extra voorbeeld). BOD Tabel 6.2 n.7 /4

=== 30 januari 2018 namiddag===
Theorie
#Welke verbindingen zijn zelf niet zuur of basisch, maar vertonen wel zure of basische eigenschappen als ze in water gebracht worden? /6
# Bespreek de voorwaarden en de gevolgen van het stationariteitsprincipe. Geef een duidelijk en relevant voorbeeld. /4

Oefeningen
#De stabiliteitsconstante voor de vorming van het complex Pb(OH)42- is 1,0.1016. De standaardreductiepotentiaal voor het koppel Pb2+(aq)/Pb(s) is -0,12V. Bereken aan de hand van deze gegevens de standaardreductiepotentiaal voor het koppel Pb(OH)42-(aq)/Pb(s). / 3
#Er wordt een buffer met pH = 6,90 gemaakt uitgaande van NaH2PO4 en Na2HPO4. De eindconcentratie van NaH2PO4 in 400 mL van deze oplossing is 0,020 M. Bereken hoeveel gram dinatriumwaterstoffosfaat er in deze oplossing moet zitten om de beoogde pH te realiseren. Aan deze oplossing wordt 100 mL 0,0080 M HI toegevoegd. Bereken ook de pH na toevoeging hiervan. Vanaf hoeveel mol NaOH toegevoegd zou de startbuffer niet meer werkzaam zijn? Licht kort toe. /3


=== 23 januari 2018 namiddag===
Theorie
#Stel een mogelijk reactiemechanisme voor bij reactie 7 BOD tabel 6.2. /4
#Waarom mag men geen ontkalker bij javel doen? Geef alle relevante reacties. /6

Oefeningen
#Bepaal de baseconstante van NH3 aan de hand van de standaardreductiepotentialen van de redoxkoppels. /3
#Geef de Lewisstructuur, hybridisatie en polariteit van XeF2 en HClO2. /3

=== 22 januari 2018 namiddag===
Theorie
# Hoe kan men het evenwicht naar de producten doen verschuiven? Heeft dit dan ook gevolgen voor de reactiesnelheid? /4
# Vergelijk chroomvocht (dichromaat in zwavelzuur), piranhazuur (waterstofperoxide in zwavelzuur), koningswater en cyanide in base als oplosmiddelen voor (edel)metalen. /6

Oefeningen
# Je wilt 0.488 g Cu(OH)2 oplossen in water tot een eindvolume van 100 mL. Bereken hoeveel gram NaCl er nodig is om ervoor te zorgen dat Cu(OH)2 niet neerslaat. Het CuCl42- complex wordt gevormd. /3
# Bepaal grafisch de activeringsenergie van de reactie (tabel met temperatuur en snelheidsconstantes gegeven). Bepaal ook de snelheidsconstante bij 37°C. Kan je hiermee iets zeggen over de orde van de reactie? /3

=== 17 januari 2018 ===
Theorie
# Hoe kan de snelheid van de reactie beïnvloed worden? Verandert dan ook de ligging van het evenwicht van de reactie? /6
# Welke factoren bepalen of een molecule al dan niet een permanent dipoolmoment bezit? Geef duidelijke voorbeelden. /4

Oefeningen
# Je wilt 42.72 g Fe(OH)3 oplossen in water tot een eindvolume van 500 mL. Bereken welke concentratie waterstoffluoride (HF) er nodig is om ervoor te zorgen dat Fe(OH)3 niet neerslaat. /3
# Stel de correcte redoxreactie op van de koppels Br2/Br- en AsO43-/AsO2-. Toon aan met berekeningen dat het over een aflopende reactie gaat bij kamertemperatuur (25°C) /3

=== 16 januari 2018 ===
Theorie
# Bespreek de reactie van chloor in base. Geef een belangrijke toepassing.
# Vergelijk de ideale gaswet met de van der Waalsvergelijking voor reële gassen en bespreek de trend in co-volume b en cohesiedruk a (BOD p.141) voor H2, N2, CO2 en C4H10

=== 15 januari 2018 namiddag ===
Theorie
# BOD tabel 6.2, reactie 8: stel een mogelijk reactiemachanisme voor
# Wat zijn de 2 vuistregels van een goeie buffer? Leidt deze af aan de hand van de begrippen neutralisatiegraad en buffercapaciteit. Leg de link met pH-titratie. Leg uit: bloed als buffer

Oefeningen
# bepaal de baseconstante van MnO42- aan de hand van de standaardreductiepotentialen van de redoxkoppels
# lewisstructuur, hybridisatie en polariteit van 2 moleculen

=== 15 januari 2018 namiddag ===
(examen voor gedeeltelijke vrijstelling, enkel vragen deel E)

Theorie
# Wat zijn de drijvende krachten bij een complexatiereactie? Toon aan met goed gekozen voorbeelden, en leg uit aan de hand van de kenmerken van een hoge stabiliteitsconstante. /4
# Wat zijn de 2 vuistregels van een goeie buffer? Leidt deze af aan de hand van de begrippen neutralisatiegraad en buffercapaciteit. Leg de link met pH-titratie. Leg uit: bloed als buffer. /6

Oefeningen
# Bepaal de baseconstante van MnO42- aan de hand van de standaardreductiepotentialen van de redoxkoppels /3
# Hoeveel zilverbromide kan je oplossen in een 0.530M ammoniakoplossing. Verwaarloos de basische eigenschappen van NH3. /3 (Toepassing neerslag & complexatie)

=== 1 september 2017 ===
Theorie
#Waarom zijn er diagonaalrelaties? Geef voorbeelden van chemische eigenschappen die gebruikt worden in chemische reacties. /5
#Geef het verband tussen de redoxpotentiaal van een redoxhalfreactie en de evenwichtconstante van de gehele reactie. Geef ook de gevolgen. /5

Oefeningen
#Berekenen of er neerslagvorming optreedt.
#Vrijgekomen warmte en energie uit een reactie berekenen.
=== 25 Augustus 2017 ===
Theorie
#Vergelijk het verschil van de invloed van temperatuur op de reactiesnelheid en het evenwicht - zowel in formulevorm als grafisch /6
k & K afleiden en grafisch weergeven met resp. ln k ~ 1/T en ln K ~ 1/T (voor dH>0 en dH<0)

#Welke chemisch relevante eigenschappen van atomen kan je afleiden van de positie in het periodiek systeem? /4
Zuur-base; oxidans-reductans (+verband), ... (atomen, niet ionen van het element!)

Oefeningen
#Hoeveel zilverbromide kan je oplossen in een 0.53M ammonium oplossing. Verwaarloos de basische eigenschappen van NH3. /3
(Toepassing neerslag & complexatie)

#Redoxreactie van SO42-(aq)/SO32-(aq)- en MnO4-(aq)/MnO(v). /3

=== 21 Augustus 2017 ===
Theorie
#Hoe kan het evenwicht in de richting van de producten worden verschoven? Heeft dit invloed op het evenwicht? /6
'''concentratie wijzigen'''
principe van Le Chatelier
hogere concentratie → meer kans op botsingen → sneller

'''druk wijzigen'''
bij drukverhoging → daalt volume → c=n/v dus concentratie stijgt (vanaf dan analoog aan Le Chatelier)
bij drukverlaging is gunstig voor reacties waarbij ΔN = (Nproducten - Nreagentia) negatief is(N staat voor de coëfficiënten van de stoffen in de reactie)

'''temperatuur wijzigen'''
Kev is temperatuursafhankelijk → ΔG =-RTln(K) ↔ ln(k)=-ΔH/RT +ΔS/R (teken grafiek 1/T met ln(k))
endo → hoge T is gunstig
exo → lage T is gunstig

#Wat is het verband tussen neerslag- en complexatiereacties? /4
ionen met een hoge ladingsdichtheid kunnen niet zoals bijvoorbeeld Na+ en Cl- (afkomstig van goed oplosbaar zou NaCl) in oplossing voorkomen,
aangezien dit niet stabiel is.
gaan dus ofwel neerslaan ofwel complexeren
(Ksp en 1/Kst vergelijken → de stabielste toestand gaat zich dan voordoen)

Oefeningen
#Teken de lewis-structuur, geef het sterisch getal, hybridisatie, geometrische en atoomstructuur van HCN en ICl3. Geef ook aan of ze polair zijn of niet. /3
#Leid de Kb af van AsO2- aan de hand van zijn standaarreductiepotentiaal. Kies zelf een goed redoxkoppel. /3

=== 24 januari 2017 ===
Theorie
#Welke verbindingen zijn zelf niet zuur of basisch, maar vertonen wel zure of basische eigenschappen als ze in water gebracht worden? /6
#Hoe kunnen meerdere verschillende kationen die samen in een mengsel voorkomen, van elkaar gescheiden worden? Waarop moet je letten om de scheiding zo volledig mogelijk te laten gebeuren? /4

Oefeningen
#Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming /3
#correcte redoxreactie van 2 gegeven koppels schrijven en berekenen dat dit een aflopende reactie is. /3

=== 23 januari 2017 ===
Theorie
#Bij welke reacties is quenchen van toepassing? Leg goed uit en geef een voorbeeld. /4
#Vergelijk chroomvocht, piranhazuur, koningswater en cyanide in base als oplossmiddel voor (edel)metalen. /6

Oefeningen
#Roosterenergie berekenen /2.5
#concentratie zout berekenen die toegevoegd moet worden om gegeven hoeveelheid neerslag op te doen lossen. /3.5

=== 18 januari 2017 ===
VM
Theorie
#Hoe kan je de reactiesnelheid beïnvloeden? Wat betekent dit voor het chemisch evenwicht? /4
#Wat gebeurt er bij de elektrolyse van water voor geen, een weinig en veel NaCL? /6

Oefeningen
#pH + werkelijke ionenconcentraties van een bioprotisch zuur berekenen /3
#een slecht oplosbaar zout oplossen aan de hand van complexatie door een te berekenen massa NaCl toe te voegen /3

=== 17 januari 2017 ===
Theorie
#Hoe kan je het evenwicht naar de kant van de producten brengen? Heeft dit een invloed op de snelheid?
#Geef het verband tussen protontransferreacties en elektrontransferreacties. Geef voorbeelden die dit verduidelijken.

Oefeningen
#Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming.
#Bepaal de hybridisatie en geometrie van PCl3 en SF4. Teken de atoomstructuur en zijn deze moleculen polair of apolair en een uitleg waarom.

=== 16 januari 2017 ===
Theorie
#Vuistregels met afleiding van buffers geven, dit ook toepassen op pH titraties, bloed als buffer bespreken
#Hebben kationen basische of zure eigenschappen, zijn dit dan zwakke of sterke zuren of basen (voorbeelden kunnen helpen en verduidelijkend zijn)

Oefeningen
#Aantal mL en molair NiSO4-oplossing samenvoegen met een aantal ml en molair NH3, toon aan dat ondanks het gevormde complex nikkel (II) ammoniak er toch nog neerslag gevormd wordt
#Een tabel gegeven van temperatuur en snelheidsconstante, de opdracht is grafisch de activeringsenergie te berekenen en k te berekenen bij 250°C

=== XX Augustus 2016 ===
Theorie:
#Leg de verschillende soorten isomerie uit + wat is tautomerie?
#Leg uit waarom fluoride in tandpasta zit (alle 6 puntjes geven, dus ook vorming CaF uitleggen)

Oefeningen
#Random oefening uit oefenzitting
#Berekend de Kw vertrekkende vanuit de standaardreductiepotentialen voor water in zuur/basisch milieu

===XX januari 2016===
Theorie:
#Leg de elementaire reactiestappen uit adhv voorbeelden (mono,bi,termoleculair, stationariteitsprincipe, vorming ozon)
#Geef de '''essentie''' van een titratie + grafieken

oefeningen:
#Oplosbaarheid van AgNO3 berekenen na toevoegen van een of ander zuur/base
#nog een oefening

=== 11 januari 2016 ===
#Hoe bepaal je de geometrische structuur bij covalent gebonden atomen en geef 3 voorbeelden
#bij welke reactie is quenching van toepassing?

===XX januari 2016===
Theorie:
#heterogene en homogene en enzymatische katalysator + alles uitleggen hiervan
#loodbatterij

===12 januari 2016===
#Verschillen tussen Co en Fe en zeggen waarom Fe gebruikt wordt voor zuurstof transport
#het verschil tussen C dubbel gebonden en enkel gebonden
#bij de oefeningen was eentje E0 bepalen ahv Ka en een andere E0
#andere grafisch de orde enzo bepalen

===10 JAN 2014===
Theorie:
#Roosterenergie van 2 roosters (NaCl en MgO) berekenen met de formule, zeggen of er nog een andere manier was om die te vinden (Hess) en of er een verschil in uitkomst te verwachten was tussen de twee manieren. Vergelijken van de pH van de twee oplossingen.
#Uitleggen waarom termoleculaire reactiestappen omwaarschijnlijk zijn. Reactiemechanisme van 2HI + H2O2 → I2 + H2O geven. Stationariteitsprincipe uitleggen en zeggen of het op die reactie van toepassing was.
#Waar/soms waar/niet waar: Een proces is spontaan als de entropie in het systeem toeneemt.
#Uitleggen wat een buffer is en de vuistregels voor een goede buffer uitleggen zonder de hele wiskundige berekening te doen.

Oefeningen.
#Oplosbaarheid van AgBr, complexatie met thiosulfaat en alternatieve manier geven om oplosbaarheid te verhogen. Uitleggen waarom die laatste manier weinig effect zou hebben.
#Celpotentiaal berekenen van een gegeven schematische voorstelling.

===11 JAN 2013===
Theorie:
# Vergelijk de elektronenstructuur van de atomen N en O met die van de moleculen N2 en O2. Licht de hierbij essentiële principes toe.
# Geef de chemische functies van water. Geef bij iedere functie een voorbeeld in de vorm van een reactievergelijking. Is water sterk of zwak in deze functie?

Oefeningen:
# CuSO4 oplossing met NH3 oplossing (grootheden gegeven). Laat zien dat er ondanks de complexatie toch nog neerslagvorming optreedt.
# Gegeven concentraties (van reactieproduct) in functie van de tijd. Bepaal grafisch de orde en de halfwaardetijd.

===3 FEB 2012 NM===
# Geef twee vuistregels voor een goede buffer en toon ze aan aan de hand van de neutralisatiegraad en de buffer capaciteit.
#* Geef het verband hiervan met pH- titratie
#* Is bloed een goede buffer ? Verklaar.
# Verklaar waarom men tandpasta fluorideert.

===30 JAN 2012 NM===
# Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie.
# Broom in base.

===30 JAN 2012 VM===
# Welke reacties kunnen optreden als katalysator bij redoxreacties?
# Leidt de halfreacties van een zwavelzure loodbatterij af

===24 JAN 2012 VM===
# hoe bepaal je de elektronenconfiguratie van diatomaire moleculen en geef twee duidelijk verschillende voorbeelden
# vergelijk Al en Li voor batterijen, geef voor en nadelen en verklaar waarom er Li batterijen zijn en geen Al

===23 JAN 2012 NM===
# staaf met enkele goed gekoze voorbeelden het belang van de ladingsdichtheid in de chemie
# welke reacties hebben er baat bij quenching toe te passen

===23 JAN 2012 VM===
Theorie:
# Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie.
# Leg de elektrolyse van water uit in de volgende omstandigheden:1. zonder zout, 2. met een beetje zout en 3. met oplossing van veel zeezout.

===20 JAN 2012 NM===
Theorie :
# geef de vuistregels voor bufferoplossing + afleiden buffercapaciteit en neutralisatiegraad. link met pH-titratie. vertellen over bloed als buffer, goede/slechte buffer?
# iets van Fe complexatie, waarom de natuur is aangepast aan ademhaling door complexvorming van Fe met zuurstof
Oefeningen :
# van deel C met een tabel met waarden, orde van reactie afleiden + grafisch k en t1/2 bepalen
# berekenen of PbOH2 neerslaat, uit een mengsel van PbSO4 met NaOH geloof ik

===20 JAN 2012 VM===
Theorie:
# Vergelijk de bindingssterkte en reactiviteit van C=C en C - C (enkelvoudige binding) op 4 ptn
# Vergelijk de afhankelijkheid van de temperatuur voor de snelheidsconstante en de evenwichtsconstante

===1 FEB 2011===
Theorie:
# Bespreek: Chroomvocht, Piranhazuur , koningswater en cyanide in base en hun werking op (edel)metalen. (/6)
# Wat is een indicator en hoe werkt het? (/4)
Oefeningen:
# P4 + BR2 => PBR3 vul aan met coefficienten en bereken de temperatuur waarvoor deze reactie spontaan zal verlopen. (/2.5)
# en een oefening over de combinatie van complexvorming van AlOH4- en de neerslag van AlOH3. (/3.5)

=== 1 sep 2010 ===
Theorie:
# Verschillen en gelijkenissen tussen homogene, heterogene en enzymatische katalyse geven. Verduidelijken met vb.
# Bindingssterkte en reactiviteit vergelijken tussen C-C en C=C. Welke reacties ondergaan ze.
Oefingen:
# Oplosbaarheid
# Enthalpie & Entropie

===28 jan 2010===
# bespreek de oplosbaarheid van metalen in zuur en basisch milieu (/6)
# bespreek "quenching" en voor welke reacties is dit toepasbaar? (/4)

oefeningen:
# bepaal de oplosbaarheid van AgBr in een molaire NH3 oplossing (complexvorming)
# een reactie difluor en diwaterstof -> 2HF. Gaat deze reactie op bij 500K ?

===26 jan 2010===
# vergelijk piranhazuur, koningswater, dichromaat en cyanide voor het oplossen van edelmetalen. (.../6)
# welke reacties kunnen als katalysator optreden bij een redoxreactie? (.../4)
oefeningen:
# Een oplossing van Ti(II)-ionen wordt in zuur midden getitreerd met een dichromaatoplossing (K2Cr2O7-oplossing). Hierbij worden het Cr(III)-ion en het Ti(III)-ion gevormd. Toon aan dat het gaat om een aflopende reactie.Het verloop van de titratie wordt potentiometrisch gevolgd en ook de pH wordt constant gemeten. In de oplossing zit nog een kalomelelektrode (E0=0.25V) die aan de anode gekoppeld is en een platina-elektrode. Op zeker ogenblik - na het passeren van het equivalentiepunt - wordt een celpotentiaal van 0.95V gemeten en een pH van 1.2. Bereken de concentratie aan Cr3+ ionen, als je weet dat deze concentratie vier maal hoger ligt dan die van de dichromaationen. (.../3)
# Aan een oplossing van 70 ml 0.20 M nikkelsulfaat wordt 30 ml 0.60 M ammoniak toegevoegd. Toon aan dat er - ondanks de complexvorming - toch hydroxideneerslag gevormd zal worden. (.../3)

=== jan 2010 ===
Mondeling:
# Toon het belang aan van ladingsdichtheid in de scheikunde. Geef telkens duidelijk verschillende voorbeelden als het over verschillende soorten reacties gaat.
# Bespreek de reactie van broom in base. Geef een relevante toepassing.
Schriftelijk:
# Bij 298 K gaat onderstaande reactie op. Men maakt een oplossing van 35,5 g van Cl2 en 0,1 g van H2 in een totaal volume van 200 ml. Wat zijn de evenwichtsconcentraties van H2, Cl2 en HCl ?
#*H2(g) + Cl2(g) <=> 2HCl(g)
# Bereken de Kb van IO-, uitgaande van
#*IO3-(aq) / HIO(l) E0 = 1,13V
#*IO3-(aq) / IO-(aq) E0 = 0,15V

=== jan 2009 ===
Mondeling:
# Wat is een dipoolmoment?
# Vroeger werd kaliumpermanganaat e.a. veel gebruikt als goede oxidator. Tegenwoordig wordt pirhanazuur (mengsel waterstofperoxide/zwavelzuur) gebruikt. Waarom?
Schriftelijk:
# Temperatuurverandering berekenen van ijs (faseverandering,...)
# Nog zo'n oefening in die aard.

=== jan 2009 ===
Mondeling:
# Vergelijk de temperatuursafhankelijkheid van de evenwichtsconstante en de snelheidsconstante.
# Waarom is een stof goed of slecht oplosbaar in water? En hoe kan je een slecht oplosbare stof beter oplosbaar maken?
# Maak een vergelijking tussen thermodinamica en kinetica van metathesereacties versus complexatiereacties.
# Geef de 2 hoofdregels voor het maken van een buffer en leid ze wiskundig af.
Schriftelijk:
#* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)
#* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is
# Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)

=== 1 feb 2008 ===
Mondeling:
# Welke reacties kunnen een redoxreactie katalyseren?
# Geef het verband tussen neerslagreacties en complexatiereacties en geef een goed gevonden voorbeeld.
Schriftelijk:
#* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)
#* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is
# Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)

=== 25 jan 2008 ===
Mondeling:
# Leg uit wat tautomerie is + vb.
# Voor het oxideren werden vroeger vaak de klassieke sterke oxidanten permanaat of dichromaat in zwavelzuur gebruikt, waarom is het gebruik van "piranaha-zuur" (waterstofperoxide in zwavelzuur) aan een opmars bezig?
Schriftelijk:
# men wil 200 ml maken van een oplossing die 3,81g magnesiumcloride en 0,8g natriumhydroxide bevat. Hoeveel gram ammoniumbromide moet er ook in deze oplossing zitter, opdat er geen neerslag is?
# Boven/onder welke temperatuur gaat deze reactie spontaan op?
#* N2 (g) + O2(g) = 2NO (g)
#* Bereken ook de evenwichtsconstante bij 68°C.

=== 15 jan 2007 ===
Mondeling:
# geef verband van de ionbinding en de covalente binding + verklaar
# geef verband pH en redoxpotentiaal
Schriftelijk:
# bereken kb van een stof aan hand van 2 redoxpotentialen
# oefenening waar je een eind temperatuur moest berekenen met warmtecapaciteit en latente verdampingswarmte (aangezien er een faseovergang is)

Structurele en Fysiologische Biologie

2024-01-26T17:32:31Z

R0986077: /* 13 jan 2014 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Eerstejaarsvak enkel aan biochemici en schakelstudenten gegeven, bestaat uit een deel plantkunde (Wim Van den Ende) en een deel dierkunde (Jozef Vanden Broeck). Deze delen hebben op dezelfde dag een examen, het ene mondeling en het andere schriftelijk, onbekend op voorhand dewelke mondeling en dewelke schriftelijk is. Beide examens hebben al jarenlang dezelfde opbouw van type vragen.
Voor 2de zit kan een vrijstelling aangevraagd worden voor het deel dat je door bent.

Update: tegenwoordig zijn dit 2 aparte vakken: bouw en functie van planten (Wim Van den Ende) in het eerste semester en bouw en functie van dieren (Liliane Schoofs) in het 2e semester. Beide examens zijn schriftelijk. Voor plant moet je een taakje maken over actualiteit op 2 punten en zijn er doorheen het semester 2 testjes samen op 3 examen punten. Voor dier moet je per hoofdstuk e-connect testjes maken en er is ook een excursietaak waarbij je een stamboom moet maken van het dierenrijk, samen op 4 punten

==Examenvragen PLANT==
===1 februari 2023===
# 8 meerkeuzevragen
# Bespreek in detail een drietal manieren waarop planten ATP kunnen maken.
# Levenscyclus gegeven, van wat is het (was bedektzadigen) en aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===3 februari 2022===
# 8 meerkeuzevragen
# waterpotentiaal en zijn 2 componenten uitleggen, is er een verschil wanneer je NaCl of glycerol toevoegt, vergelijk de druk met die in het xyleem en floeem
# levenscyclus bedektzadigen, welke is het, diplont/haplont/diplohaplont + beargumenteer

===20 januari 2021 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# bespreek de plantenhormonen, algemene werking + overzicht met kenmerken van elk hormoon, bespreek apicale dominantie (schriftelijk 8pt)
# levenscyclus bedektzadigen. Diplont/haplont/diplohaplont + beargumenteer

===30 Januari 2020 NM===
# 8 meerkeuzevragen
# Wat is het verschil tussen lange dag en korte dag planten? (mondeling 3pt)
# Hoe kan de biologie meehelpen om wereldproblemen te verhelpen? Hoe zie je een samenwerking tussen landbouw en geavanceerde biotechnologie in de toekomst? (mondeling 7pt)
# Cyclus van bedektzadigen aanvullen. Is deze plant diplont/haplont/diplohaplont?

===20 Januari 2020 NM===
# 8 meerkeuzevragen
# Bespreek over diversiteit van fungi met hun eigenschappen; toepassingen in biotechnologie
# Bespreek over massastroming
# levenscyclus gegeven met woorden weggelaten, van wat is het (bedektzadigen). Is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.
===20 Januari 2020 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# Bespreek algemeen de plantenhormonen en het werkingsmechanisme. Bespreek apicale dominantie.
# levenscyclus gegeven met woorden weggelaten, van wat is het (bedektzadigen). Is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===14 Januari 2020 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# Bespreek in detail een drietal manieren waarop planten ATP kunnen maken.
# Levenscyclus gegeven, van wat is het (was bedektzadigen) en aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===21 augustus 2019 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# Bespreek in detail een drietal manieren waarop planten ATP kunnen maken.
# Situeer bondig de termen "gespvormig" en "CRISPR/CAS"
# Levenscyclus van bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===28 januari 2019 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# Bespreek in detail een drietal manieren waarop planten ATP kunnen maken.
# Situeer bondig de termen "gespvormig" en "CRISPR/CAS"
# Levenscyclus van bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===14 januari 2019 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# waterpotentiaal en zijn twee componenten
# Levenscyclus van bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===14 januari 2019 NM===
# 8 meerkeuzevragen
# Geef 3 manieren waarop planten ATP synthetiseren (glycolyse, ademhaling, Kreb cyclus, ...)
# Leg bondig uit: CRISPR/Cas en CAM planten
# Levenscyclus van bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===31 januari 2018 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# Bespreek de evolutie & metabole diversiteit van prokaryoten en het ontstaan van de eukaryoten.
# Leg bondig uit: het ontstaan van hexaploïde tarwe, mechanisme voor de bloei van lange en korte dag planten.
# Levenscyclus van bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===30 januari 2018 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# Waterpotentiaal en zijn 2 componenten
# SAR
# Massastroming
# Cyclus van bedektzadigen aanvullen. Is deze plant haplont, diplont of diplohaplont en beargumenteer.
===15 januari 2018 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# Geef 3 manieren waarop een plant ATP aanmaakt en leg gedetailleerd uit
# Hypersensitieve respons en CAM planten bondig uitleggen
# Cyclus bedektzadigen aanvullen. Is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===21 aug 2017 NM===
#meerkeuzevragen
#Geef 3 manieren waarop een plant ATP aanmaakt en leg gedetailleerd uit
#gespvorming en CAM planten bondig uitleggen
#cyclus bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont? beargumenteer

===21 aug 2017 VM===
#meerkeuzevragen
#plantenhormonen met werking geven + uitleggen hoe hormoonsysteem in planten werkt
#guttatie en waterpotentiaal bondig uitleggen
#cyclus bedektzadigen aanvullen

===31 jan 2017===
#Meerkeuzevragen
#Waterpotentiaal met zijn 2 componenten uitleggen. Wat gebeurt er als je opgeloste stoffen toevoegt aan het omgevings water?
#Massastroming en SAR uitleggen.
#Cyclus van bedektzadigen aanvullen.

===26 jan 2016===
#8 meerkeuze vragen
#Mondelinge hoofdvraag: hoe wordt sucrose gevormd, hoe komt het in cortexe cellen van de wortels en wat is de bijdrage voor de accumulatie van K+
#Bijvraag: leg chemiosmose en fotorespiratie uit
#Bijvraag: cyclus aanvullen van de bedektzadigen

===30 jan 2014 nm===
#Meerkeuze
#Welke hormonen zijn er bij planten, welke staan in voor apicale dominantie en hoe werkt dit.
#Leg uit hoe herbicide resistentie werkt en leg het mechanisme van glyfosaat uit. Levenscyclus.

===29 jan 2014 nm===
#Meerkeuze
#Bespreek de diversiteit van fungi en geef de levenscyclus van een ascomyceet.
#Bespreek de rol van mieren in commensalisme en de overdracht van parasieten.
#Levenscyclus van varens.
===28 jan 2014 nm===
#8 meerkeuzevragen (4 punten)
#Bespreek de huidige wereldproblemen en geef aan hoe plantenbiotechnologie/biologie zou kunnen bijdragen tot het aanreiken van van oplossingen (8 punten)
#Vul aan en verklaar dit ecologisch model (Bottom-up effect). Hoe kon dit model op experimentele wijze geverifieerd worden? (3 punten)
#Levenscyclus bedektzadige aanvullen (5 punten)
===28 jan 2014 vm===
#Meerkeuze
#Plantenhormonen welke types? regulatie? welke komen voor bij apicale dominantie? Regulatie? Werking?
#Levenscyclus bladmossen
#Tekening van de muis, mier, plant, zaad (interacties verklaren)
===27 jan 2014===
# 8 meerkeuzevragen.
#Bespreek de diversiteit en evolutie van prokaryoten en het onstaan van eukaryoten.
# Figuur uitleggen over bottom-upeffecten en ontbrekende termen aanvllen.
#Foto van doorsnede monocotyl blad: wat is het + delen benoemen.
===13 jan 2014===
# 5 meerkeuzevragen.
#Aanvullen van termen en processen (mitose/meiose) bij de levenscyclus van gymnospermen. (Letterlijk uit het handboek fig. 31.12 p609)
#Een plantencel in zuiver water en geleidelijk aan zout toevoegen, wat gebeurt er? Leg uit a.d.h.v. een duidelijke grafiek.
#Wat is een preprofaseband? (en nog een term ?? uitleggen)

===23 jan 2012===
#Leg uit wat er zal gebeuren bij een plantencel in zuiver water en wat als je opgeloste stoffen toevoegt aan de omgeving. Maak een schema aan de hand van de waterpotentiaal en zijn 2 subcomponenten en leg uit hoe deze veranderen.
#Leg uit fotorespiratie: hoe wat waarom waar.
#Situeer:
##glyphosaat
##methanogeen
##guttatie
##Mycorrhiza
#Levenscyclus. Aangeven om welke levenscyclus het ging (bladmossen) en beargumenteren. Structuren en processen aanvullen op tekening. Aangeven of het een haplonte, diplonte of haplodiplonte levenscyclys was.
===1 feb 2011 VM===
#Volledige weg beschrijven die een C-atoom aflegt als CO2 indien ingebouwd in pectine in de celwand van rhizodermiscellen. Waaruit bestaat de celwand en wat is de functie?
#Bespreek in detail de signaalgeving en metabolische wegen van Rhizobium in symbiose met een plant.
#. Figuur: levenscyclus bedektzadigen
#Situeer:
##hexaploÃ¯die by tarwe
##cavitatieï‚§
##gespvorming by Basidiomyceten ï‚§ induceerbare mutaties
===27 jan 2011 NM===
#Volledige weg beschrijven die een N-atoom aflegt van de bodem tot inbouw als glycoproteÃ¯ne in een bladepidermiscel
#Vgl mossen en angiospermen. Zeggen hoe deze zijn aangepast aan leven op het land
#Figuur:
##structuur van een blad met huidmondjes
##hetzelfde -.-
#Situeer:
##allotetraploÃ¯die
##guttatie
##sterke vs zwakke sinks
##bespreek metabolisme Archaea

===24 jan 2011 NM===
#De waterpotentiaal en de 2 componenten ervan bespreken als we een cel in zuiver water hebben en daar geleidelijk aan zout aan toevoegen. Schematisch weergeven en stap voor stap bespreken wat er met de cel gebeurt.
#Het verschil tussen gametofytische en sporofytische incompatibiliteit uitleggen. En een model geven voor gametofytische incompatibiliteit.
#Figuur:
##Doorsnede monocotyle stengel
##Vaatbundel en daarop floeem,
##xyleem en vezelschede benoemen
#Situeer:
##Endosymbiose
##ViroÃ¯den
##Soortkruisingen
##Lenticel
===24 jan 2011 VM===
#Bespreek structuur, samenstelling, functie en oorsprong van de plantencelwand.
#Bespreek de verschillen tussen C3, C4 en CAM
#Figuur: monokotyle stengel met vaatbundel
#Situeer:
##hydrogenosoom
##Agrobacterium tumefaciens
##massastroming (Munch hypothese)
##terminatortechnologie
===25 jan 2010 VM===
#Teken een dwarsdoorsnede van een wortel van een monokotyle plant. Wat is het verschil met een dikotyle plant?
#Bespreek (fysiologisch en chemisch) de weg die een CO2 molecule aflegt vanuit de lucht om ingebouwd de worden in de celwand van een
rhizodermiscel.
#Vergelijk CO2 fixatie bij C3 en C4 planten. Wat zijn de ethiologische implicaties?
#ABC van de bloemetjes
#Situeer:
#Soortkruising
#Isospore haplodiplont
#Worteldruk
#Basidiomyceten
#ï‚§Archebacteria
===18 jan 2010 NM===
#Bespreek de mogelijkheden voor overdracht van genetische informatie tussen individuen die tot een andere soort behoren.
#Vul volgende figuur aan en bespreek (die van potentiaal, niet met de kleurtjes, degene die ook in de cursus staat).
#Vergelijk CO2 fixatie bij CAM en C4 planten. 4. ABC van de bloemen.
#Situeer en bespreek:
##ascomyceten,
##heterospore haplodiplonten
##3 figuren: (een stengel ==> figuur helemaal onderaan rechts in voorbeeldvragen, een blad ==> die gele figuur zo :p en een wortel ==> laatste blz, rechts bovenaan)
===18 jan 2010 VM===
#Bespreek autotrofie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Gametofytische incompatibiliteit.
#Fotorespiratie: wat, waar, hoe, waarom?
#Vul aan en bespreek zodat duidelijk wordt of het om een haplont, diplont of haplodiplont organisme gaat. Is dit type organisme al goed aangepast aan het landleven? (figuur van varens, zie voorbeeldvragen)
#Situeer en bespreek:
##3 figuren (monokotyl blad, dikotyle verdikte stengel, monokotyle vaatbundel),
##agrobacterium tumefaciens
##basidiomyceten.
===26 jan 2009===
#Plantencelwand: Samenstelling? Structuur? Functie? Oorsprong?
#Transport in planten: Hoe? Waar? Waarom?
#C4 en CAM planten: Wat? Waarom? Hoe? Verschil?
#Afbeelding van een diplohaplonte cyclus, en zeggen of deze plant al goed
is aangepast aan het leven op het land.
#Termen:
##Soortkruising
##Agrobacterium Tumefaciens
##Zelfincompatibiliteit
##Het ABC van de bloemetjes
##Fotoke van dwarse doorsnede van een plantenstengel, zeggen wa ge ziet en van die dinge..
===19 jan 2009===
#voortplantingscyclus (mos)
#bespreek zo goed mogelijk de opnamen van N uit nitraat (chemisch/fysisch) en inbouw in celwandprotÃ«ine epidermiscel 3. teken primaire stengel dikotyle plant + verschil monokotyle
#fotorespiratie: zin of onzin.
#Termen:
##gametofytische zelfincompabiliteit
##ABC van bloemen
##worteldruk
##retrovirussen
===28 jan 2008===
#vergelijk autotrofie bij eukaryoten en prokaryoten
#fotorespiratie
#zelf-incompabiliteit
#cyclus van varen aanvullen + aangepassingen aan het land
#Situeer:
##drie foto's
##Agrobacterium tumefaciens
##Basidiomyceet
===28 jan 2008===
#primaire dikotyle wortel tekenen en bespreken, vergelijken met monokotyle
#Welke fysische en chemische weg moet het N-atoom van NH4+ afleggen
om ingebouwd te kunnen worden in een celwandproteÃ¯ne van een blad
#Grafieken van CO2-opname van C3 en C4 planten. Zelf assen invullen en c3 en c4 aanduiden + uitleggen waarom
#Welke aanpassingen moet een landplant hebben ten opzichte van een wier
om te kunnen overleven op het land en is dit bij alle zo
#Bespreek:
##ascomyceten
##retrotransposons
##archeaebacteriÃ«n
##zelfincomptabiliteit
===21 jan 2008===
#Hoe genetische informatie overbrengen tussen individuen van verschillende soorten denk ik
#Bespreek en vul aan die figuur van de waterpotentiaal in een cel
#leg uit hoe CO2 wordt gefixeerd bij C4 planten en CAM planten en vergelijk
#geef een schematische voorstelling en een voorbeeld van een heterospore haplodiplont cyclus
#Situeer:
##Ascomyceten
##zelfincompatibiliteit
## 3 foto'kes ( stengel, wortel en blad)
===18 jan 2008===
#teken structuur monocotyle wortel, vgl met dicotyle
#bespreek fixatie co2 bij C4-C3 planten, ahv voor en nadelen
#voortplantingscyclus (van ascomyceten, was wel niet gegeven da het over asco ging ) aanvullen en uitleggen waarom het haplont/diplont/diplohaplont is
#bespreek hoe C via co2 kan ingebouwd worden in de rizodhermiscellen (
zowel fysich als chemisch )
#Situeer en bespreek:
##worteldruk
##basidiomyceten
##archeaebacteriÃ«n
##soortbestuiving
##retrovirussen
===14 jan 2008===
#Celwand: Samenstelling? Functie? Oorsprong? Structuur?
#Vergelijk het transport van mineralen en het transport van
fotosyntheseproducten
#Je gaat op excursie om C3/C4/CAM planten te inventariseren. Wat voor
materiaal neem je mee en leg uit.
#Tekening van een voortplantingscyclus: Is dit haplont/diplont/haplodiplont? Leg uit en geef aan of en hoe deze plant aan het landleven aangepast is.
#Situeer en bespreek:
##Zelfincopatibiliteit
##Agrobacterium tumefaciens
##3 tekeningen (doorsneden van stengel/wortel)
===2 feb 2007===
#twee grafieken zonder aanduidingen "vul aan en verklaar"
#genetische overdracht tussen individuen van dezelfde soort en verschillende soorten, leg uit
===15 jan 2007===
#Vul volgende grafiek aan en bespreek (die van de waterpotentiaal van de omgeving t o v die in de plantencel) en hoe zit dit in 't xyleem?
#Fotorespiratie: wat? waar? hoe? waarom?
#Situeer:
##lenticellen
##heterospore
##haplodiplonten
##zygomyceten
##endodermis
##gametofytische incompatibiliteit
##agrobacterium tumefaciens

==Examenvragen DIER==

===29 juni 2022===
# 30 meerkeuzevragen (de meerderheid kwam van de online testen)
# 5 begrippen verklaren
# Tekening naam geven + benoemen: Sympathisch zenuwstelsel
# open-vraag: De waterhuishouding en zoutenhuishouding uitleggen van een platworm, een gelede worm, een insect, een zoetwatervis, een haai en de mens

===Check voor vragen tussen 2020 en 2022 de examenwiki van bios (bios fandom)===

===30 juni 2020===
# Begrippen verklaren: mimicry, blastoporus, zoöxanthellen en filariasis
# Termen verbinden + functie geven: zie vorige jaren
# 2 schema's van metamorfose bij insecten gegeven, geef aan de hand van de tekeningen uitleg over de cycli
# geef de moleculaire werking van lipofiele en hydrofiele hormonen
# Bespreek welke weg opgenomen voedsel aflegt doorheen het lichaam en hoe de spijsvertering gebeurt adhv het schema

===22 juni 2020===
# Begrippen verklaren: Dauer, Planula, Sarcomeer, Adaptieve radiatie
# Termen verbinden + functie geven: Mesogloea, Clitellum, Choanen, Proglottiden, Lofofoor, Endostyl, Corpus allatum
# 3 voorbeelden plaagbestrijding
# Ademhaling beenvissen, zoogdieren & vogels uitleggen
# Vrouwelijke voortplantings/menstruatiecyclus hormonaal uitleggen adhv schema

===11 juni 2020===
# Begrippen verklaren: coeloom, ecdysis, gemmulae, eutelie
# Termen verbinden idem vorige jaren + watervatenstelsel
# Vergelijk osmoregulatie bij zoet- en zoutwatervissen
# Leg de werking van bioluminescentie uit bij Aequorea victoria
# Bespreek actiepotentiaal (zenuwimpuls)

===21 augustus 2019 VM===
# Begrippen verklaren: parthenogenese, eutelie, monocyt
# Termen verbinden idem vorige jaren
# Skeletspier structuur en hoe werkt deze (wat is een elektrische impuls)
# Glucosegehalte in bloedplasma en regulerende hormonen, waar worden glucose opgeslagen

===28 januari 2019 VM===
# Verklaar volgende begrippen: RNA interferentie, epifyse, prothorax
# Verbind volgende begrippen en verklaar bondig:
## parapodia, radula, buisjes van Malphigi, pseudocoel, clitellum, cleidoïsch ei, ambulacra, choanocyten.
## Oligochaeta, Reptilia, Echinodermata, Porifera, Polychaeta, Nematoda, Insecta, Gastropoda
# Bespreek de rol van de maag en het duodenum in de spijvertering. Welke hormonen worden daar lokaal vrijgesteld en wat is hun rol?
# Bespreek de hartcyclus en bloedsomloop en de regulatie van de bloeddruk.

===14 januari 2019 VM===
# Begrippen verklaren: parthenogenese, eutelie, monocyt
# Termen verbinden idem vorige jaren
# Skeletspier structuur en hoe werkt deze
# Glucosegehalte in plasma en regulerende hormonen

===14 januari 2019 NM===
#Begrippen verklaren: gemmula, radula, planula
#Termen verbinden en kort de functie geven ervan: ambulacra (Echinodermata), mesoglea (Cnidaria), lofofoor (Branchiopoda), proglottiden (Cestoda), clitellum (Huridinae), corpus alata (Insecta), choanen, endostyl
# Leg de werking van bioluminescentie uit bij Aequorea victoria.
#Leg de menstruatiecyclus uit adhv de hormonen

===31 januari 2018 VM===
# Verklaar volgende begrippen: RNA interferentie, epifyse, prothorax
# Verbind volgende begrippen en verklaar bondig: parapodia, radula, buisjes van Malphigi, pseudocoel, clitellum, cleidoïsch ei, ambulacra, choanocyten.
# Bespreek de rol van de maag en het duodenum in de spijvertering. Welke hormonen worden hier geproduceerd en wat is hun rol?
# Bespreek de hartcyclus en bloedsomloop en de regulatie van de bloeddruk.

===30 januari 2018 VM===
#Begrippen verklaren: Ambulacra, Thrombocyt, Mimicry
#Termen verbinden en kort de functie geven ervan: zie vorige jaren
#Osmoregulatie van zoetwater- en zoutwater vissen
#Geef de werking en structuur van het binnenoor.

===15 januari 2018 VM ===
# Begrippen verklaren: gemmulae, radula en parthenogenese.
# Verbinden: exact dezelfde begrippen als vorige jaren.
# Leg de werking van bioluminescentie uit bij Aequorea victoria.
# Geef de structuur, werking en regulatie van een nefron bij zoogdieren.

===21 aug 2017 NM===
#Begrippen verklaren: Parafyletisch, Parthogenese, Eutelie
#Verbinden: exact dezelfde begrippen als vorige jaren
#Geen 3 bestrijdingsstrategiën tegen een insecten plaagsoort en leg uit
#Leg de menstruatiecyclus uit adhv de hormonen

===21 aug 2017 VM===
#verklaar: blastula, monocyt, convergete evolutie
#verbind, ongeveer zelfde begrippen als vorige jaren + zweetklier (mammalia), zijlijn (osteichthyes)
#Samenstelling van een spier + werking contractie
#hoe wordt het glucose gehalte in het bloed gereguleerd, welke hormonen werken hierbij en waar worden ze gemaakt
===31 jan 2017===
#Verklaar: dauer, ecdysis en filariasis.
#Verbind, zelfde begrippen als voorgaande jaren.
#Vergelijk zuurstof opname bij zoogdieren en insecten.
#Hoe werkt het doorgeven van zenuwimpulsen?

===26 januari 2016===
#Termen: RNA interferentie, epifyse, prothorax
#Verbinden
#Uitleggen: 3 voorbeelden van tegenstroomprincipe en impulsgeleiding

===20 aug 2014===
#Begrippen:
##adaptieve radiatie
##gremmula
##eutelie
#Verbind:
##preenklier - spiraalplooi - pedipalpen - mesogloea - corpus alata - ambulacra - radula - citellum
##cnidaria - insecta - echinodermata - gestropoda - chondrichtys - hirunae - aves - chelicerata
#Geef het mechanisme van de bioluminescentie bij aquora victoria
#Bespreek de structuur, werking en regulatie van een nefron bij zoogdieren.
===30 jan 2014===
#Begrippen :
##Metanefridium
##Regeneratie
##Clitellum
#Verbinden: mesogloea, speenklier, kieuwdeksel, pedipalp, ambulacra, corpora allata, spiraalplooi, radula
#Leg de menstruatiecyclus uit en geef 3 voorbeelden van tegenstrooomprincipe
===29 jan 2014 NM===
#Begrippen:
##Filiarsis
##Mimicry
##Corpora cardiaca
#Verbinden: termen van de vorig jaren.
#Leg de werking van longen en tracheÃ«n uit en vergelijk. Vergelijk
osmoregulatie bij zoet-en zoutwatervissen.
===28 jan 2014 NM===
#Termen:
##Lofofoor
##Adaptieve radiatie
##Protonefridium
#Verbind: parapodia(polychaeta), radula(Gastropoda), Antennae(Arthropoda), Mesogloea(cnidaria), clitellum(Oligochaeta), CleidoÃ¯sche ei(Reptilia), Ambulacra(Echinodermata), Gemmulae(Porifera)
#Illustreer aan de hand van drie voorbeelden het belang van het tegenstroomprincipe en leg uit.
#Leg het mechanisme uit van de elektrische impulsgeleiding door zenuwcellen.
===28 jan 2014 VM===
#Begrippen:
##Gemmula
##Radula
##Corpora allata
#Verbinden: termen van de vorig jaren.
#Bespreken en vergelijken het mechanisme van gasuitwisseling bij longen zoogdieren en vogels
#Welke hormonen worden gevormd in de gonaden bij de mens en regulatie.
===27 jan 2014===
#Termen:
##Planula
##RNA interference
##Eutelie
#Verbinden, opnieuw combinaite die hieronder al staat
#Bespreek de structuur en het contractiemechanisme van skeletspieren.
#Wat zijn de belangrijkste hormonen die door de schildklier geproduceerd worden en hoe worden ze gereguleerd?
===13 jan 2012===
#Leg uit:
##Gremule
##Eutelie
##Amnion
#Verbindt Latijnse namen met Latijnse namen. (letterlijk als in het voorbeeld examen)
#Leg bondig uit: Skeletspier (structuur, werking en regulatie)
#Welke hormonen spelen welke rol in de vrouwelijke voortplantingscycus?
===25 juni 2012===
#Termen:
##Nematocyst ï‚§?
##Metamorfose ï‚§ Lolofoo
##Amnion
#Verbinden (Combinatie van termen die al gegeven zijn in de vorige examens)
#Bespreek en vergelijk drie types spierweefsel bij dieren.
#Bespreek rol van gal en pancreas in de spijsvertering (in invertebraten). 5. Bespreek de regulatie van hartcyclus en bloeddruk (in zoogdieren).
===22 juni 2012===
#Termen:
##Protonefridia
##Ecdysis
##Parthenogenese
##Mimicry
##Filariasis
#Verbinden ( was combinatie van termen die al gegeven zijn in de vorige examens)
#bestrijding van plaagsoorten uitleggen
#beschrijf en vergelijk de gasuitwisseling bij tracheeÃ«n en longen
#Bespreek het doorgeven van een elektrische impuls in een zenuwcel
===19 juni 2012===
#Termen:
##Feromoon
##Dauer
##Regressieve evolutie
##Endostyl ï‚§
#Verbinden. Allemaal termen uit de vragen van vorige jaren.
#Geef de levenscyclus van de runderlintworm en bespreek.
#Leg het tegenstroomprincipe uit aan de hand van drie voorbeelden.
#Bespreek structuur en werking van de hypofyse. Welke hormonen zijn aanwezig in de hypofyse?
===24 juni 2011===
#Termen:
##Protonefridia
##regressieve evolutie
##Pseudocoeloom
##Dauer
##oncosfeer
#Verbinden:
##spicula, proglottiden, Clitellum, lofofoor, endocuticula, choanen, lijmcellen, rhopalia
##Ctenophora, Cestoda, Ectoprocta, Arthropoda, porifera, Sarcopterygii, Cnidaria, oligochaeta
#bestrijding van plaagsoorten uitleggen
#beschrijf en vergelijk de gasuitwisseling bij tracheeÃ«n en longen
#welke hormonen reguleren het mannelijk voortplantingsstelsel (bij de mens)?
===23 juni 2011===
#Termen:
##Planula
##Cephalisatie
##Enterocoel
##Ecdysis
##RNA interference
#Verbinden: Parapodia, Spiraalplooi, antennae, scolex, choanen, lofofoor, lijmcellen,osculum
#Bespreek de evolutie van de mens (bondig)
#Bespreek de structuur van een lichaamsspier en de contractie er van 5. Bespreek het doorgeven van een elektrische impuls in een zenuwcel
===21 juni 2011===
#Termen:
##Gemmula
##Adaptieve radiatie
##Eutelie
##Rhopalia ï‚§
#Verbinden:
##Preenklier, Kieuwdeksel, Pedipalpen, Mesogloea, Endostyl, Ambulacra, Radula, Clitellum
##Aves, Osteichthyes, Chelicerata, Cnidaria, Cephalochordata, Echinodermata, Gastropoda, Hirudinea
#Bespreek bioluminiscentie.
#Hoe wordt de glucoseconcentratie in het plasma gereguleerd. 5. Bespreek de hormonen bij de menselijke voortplantingscyclus.
===21 juni 2010 NM===
#Termen:
##Regeneratie
##Protonefridia
##Scolex
##Corpora allata
#Verbinden:
##Preenklier, Kieuwdeksel, Pedipalpen, Mesogloea, Endostyl, Ambulacra, Radula, Clitellum
##Aves, Osteichthyes, Chicerata, Cnidaria, Cephalochordata, Echinodermata, Gastropoda, Hirudinea
#Wat weet je over de evolutie van de mens. Bespreek bondig.
#Bespreek hartcyclus en bloedsomloop (bij zoogdieren) en de regulatie daarvan.
#Illustreer aan de hand van een voorbeeld het belang van het tegenstroomprincipe bij uitwisselingsprocessen.
===21 juni 2010 VM===
#Termen:
##Pseudocoeloom
##Clitellum
##Dauer
##Endostyl
##Corpora cardiata
#Verbinden:
##Antennae, Osculum, Spiraalplooi, Choanen, Parapodia, Scolex, Lijmcellen, Lofofoor
##Ctenophora, Ectoprocta, Cestoda, Porifera, Sarcopterygii, Condrichtyes, Crustacea, Polychaeta
#Schets de levenscyclus van Schistosoma.
#Vergelijk 3 types spierweefsel en leg het mechanisme van contractie uit. 5. Bespreek de hormonale regulatie van de menstruele cyclus.
===18 juni 2010===
#woordjes:
##adaptieve radiatie ï‚§ ascon
##nematocyst
##eutelie
##lofofoor
#verbinden: spicula (porifera), ambulacra (echinodermata), antennae (insecta), melkklieren (mammalia), rhopalia (cnidaria), proglottiden (cestoda), pseudocoel (nematoda), clitellum (huridinae)
#bestrijding van plaagsoorten uitleggen
#vergelijken van osmoregulatie bij zout- en zoetwatervissen 5. principe van impulsgeleiding in zenuwcellen
===15 juni 2006===
#woordjes:
##regressieve evolutie
##mimicry
##filariasis
##ecdysis
##parthenogenese
#verbinden: radula (gastropoda), ambulacra (echinodermata), antennae (arthropoda), cloeidisch ei (reptilia), gemmulae (porifera), mesogloea (cnidaria), parapodium (polychaeta), lofofoor (brachiopoda)
#principe van bioluminiscentie in victoria aequorine uitleggen
#beschrijf en vergelijk de gasuitwisseling bij tracheeÃ«n en longen
#geef functie, structuur en regulatie van de hypofyse + welke hormonen komen erbij voor