Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Oncobiologie

2026-06-20T09:09:47Z

R1049434: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Biochemie minor verbreding en minor biologie, samen met biologen. Wordt gegeven door Jan Cools. De grote vraag is sinds 2023-2024 (terug) mondeling met schriftelijke voorbereiding.

==Examenvragen==
===19 juni 2026 (NM)===
# How can cancer cells escape the immune system? How can you treat it?
# How can you test if EPOR mutant constant gives signaling? How can you test it with experiments?
# What is metastatis? How can you treat is?
# Begrippen:
##Bcl-2
##H3K27ac
##Parp1
##VEGF
===19 juni 2026 (VM)===
# What is angiogenesis? How is it important in cancer development?
# How would you check if a cytokine receptor is oncogenic?
# How does an IDH1 mutation affect the genome and what is the link with cancer development?
# Begrippen:
## BRCA-1
##P53
## Cancer stem cells
## EMT
===15 juni 2026 (VM)===
Vanaf dit jaar 4 vragen waarvan de eerste 3 mondeling zijn
#Expected answer: 2 pages, 6pnt
##Oral part: What is apoptosis?(Vertel gewoon 1 zin over wat apoptosis is, geef het schema van de 2 pathways en leg uit wat BH3, BCL2 en BAX doen, zeggen dat mitohdirale pathway van binnen uit gestuurd wordt en de andere langs buiten, je moest ook zeggen dat caspases proteases zijn)
##How is it involved in cancer development? (Leg kort P53 mutatie uit (zeg dat het een transcriptiefactor is en dat Bax en bim geactiveerd worden. Zeg dat BCL2 upgerulated is door JAK/STAT en death receptors downregulated.)
##How can this be used in therapy. (Leg kort BCL2 inhibitors en Bax activators en death receptors ligands uit)
#Expected answer: 1 page, 5pnt
##What are the mutations that could be found in an EPOR mutation (Promotor eraf, regulatory element er af en een nieuwe promotor ervoor, Y368 blijft, hier bindt JAK2 op)
##What effect does this have (Receptor gaat vaker aan en blijft langer aan zonder regulatory element)
##How can you use this in therapy (JAK2 inhibitor,(Bijvraag: Hoe wisten de onderzoekers dat JAK2 gebruikt wordt: NSG muizen (vraag waarom NSG muizen), test of JAK2 inhibitor werkt))
#Expected answer: 1 page, 5pnt
##What are 3 common immunotherapys (Leg enorm kort CAR-T cell therapy, Bispecific antibodies en PD-1 antibodies uit)
##What are the differences (Antwoord zit al in je vorige antwoord)
#Expected answer: 1 page in total, 4 pnt
##PARP1
##Warburg effect
##Cancer stem cells
##Pre metastic niche

=== 24 juni 2025 (NM)===
#Oral part: What is apoptosis? How is it involved in cancer development? What other hallmarks are connected to it?
#Explain PROTAC's
#Explain briefly (1/2 page for each)
#*VEGF-D
#*PD1
#*Pre-metastatic niche
#*H3K27me3

===24 juni 2025 (VM)===
#Oral part: What is angiogenesis? How is it important in cancer development?
#Explain the contact dependent mechanisms of the tumour cell for evading the immune system. How can these be used in cancer therapy?
#Explain briefly (1/2 page for each)
#*IDH1
#*EPOR mutations
#*How do you detect a promotor region?
#*Why do you use PARP inhibtors

===20 juni 2025 (VM)===
#Oral part: What is apoptosis? How is it involved in cancer development? What other hallmarks are connected to it? (1-2 pages) Bijvragen: Hoe kan je dit toepassen voor therapie? Beetje meer vertellen over p53, wat doet het enz
#Inflammation, it's role in cancer and how this information can be used for therapy (1 page)
#Vier begrippen (elk een halve pagina): VEGF-D, pre-metastatic niche, PDL1 en H3K4me27

===26 juni 2024 (NM)===
#Oral part: Explain how cancer avoids immune detection and which treatments induce the immune response? (1-2 pages)
#Explain ss- and dsbreak repairs in DNA, and how can these be used in cancer therapy? (1-2 pages)
#Explain briefly (1/2 page for each)
#*Warburg effect?
#*BCL-2?
#*How can you find active promotor regions in a genome?
#*Pre-metastatic niche?

===25 juni 2024===
#Oral part: What is angiogenesis? How is it important in cancer development?
#Explain the contact dependent mechanisms of the tumour cell for evading the immune system. How can these be used in cancer therapy?
#Explain briefly
#*What are PARP-1 inhibitors?
#*How can mutation of EPOR induce leukemia?
#*How can you find promotor regions in a genome?
#*What are the consequences of an IDH1 mutation?

===14 juni 2024===
#Oral part: What is apoptosis? How does it affect cancer development?
#Explain the different stages of metastasis and which factors/characteristics have a role in these stages.
#Explain briefly
#*What is a PROTAC?
#*How are double strand DNA-breaks repaired?
#*How can you find enhancers regions in a genome?
#*Explain the two main sources of energy for cancer cells and how they are used by the cell.

===28 juni 2023===
#Hoe kunnen kankercellen ontsnappen aan de immuunrespons? Wat zijn bispecific antibodies en CAR T cellen? Wat zijn mogelijke problemen bij deze therapieen en wat zou een oplossing kunnen zijn?
#Kleine vragen
#* Wat zijn de effecten van van een IDH mutatie?
#* Connectie angiogenese met metastase
#* Hoe kan je actieve enhancer regio's herkennen opsporen?
#* Irreversibele kinase inhibitor
#Begrippen + link met kanker
#*

===29 juni 2022===
#Angiogenese: wat is angiogenese, waarom is het belangrijk bij kanker, hoe kunnen we deze kennis gebruiken in cancer therapy en bij welke hallmark is angiogenese nog belangrijk
#Hoe kunnen kankercellen ontsnappen aan het immuunsysteem en bispecific antibodies en PD1-antibodies/PDL-1 antibodies met elkaar vergelijken
#Kleine vragen: Hoe kan je actieve enhancer regio's herkennen en wat kan je hieruit afleiden, rol van NRAS mutaties bij kanker, link tussen DNA methylatie en kanker, wat is het Warburg effect en waarom is dit een voordeel voor kankercellen, hoe kunnen we apoptose induceren
===24 juni 2022===
#Apoptose: Wat is het? Hoe wordt het geinduceerd? Bij welke andere hallmark speelt dit nog een rol? + andere brijvagen
#Hoe kunnen kankercellen ontsnappen aan het immuunsysteem. Wat zijn de mogelijke therapieen hiervoor? HOe werkt het en hoe kan het fout lopen en wat zijn mogelijke oplossingen voor deze problemen?
#leg uit:
#* Mutaties van idh1
#* Connectie angiogenese met metastase
#* Hoe kan je actieve enhancer regio's herkennen en wat kan je hieruit afleiden?
#* Iets met BTK ...

===17 juni 2021 ===
#Geef de 10 hallmarks + bij elke hallmark een voorbeeld van mutatie/verandering van de kankercel
#Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.
#Hoe kunnen kankercellen aan het immuunsysteem ontsnappen en geef 3 mogelijke therapieën op basis van deze kennis
#5 stellingen juist of fout
#* MCL1 inactivatie is voordelig voor kankercellen.
#* VEGF is belangrijk voor stalk cells.
#* Clonal hematopoeise kan je nagaan via sequencing (niet zeker meer).
#* EMT is belangrijk in early development van kanker
#* Kankercel kan resistent worden tegen tyrosine kinase inhibitoren

===22 juni 2020 NM===
#Geef de 10 hallmarks (gewoon oplijsten).
#Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.
#Wat is metastase en welke factoren spelen er een rol? Geef 2 voorbeelden, gebruikmakend van alle kennis van de hallmarks, voor een therapie gericht tegen metastase.
#5 stellingen, juist of fout + verklaar:
#* p53 inactivatie is voordelig voor kankercellen.
#* VEGF is belangrijk voor stalk cells.
#* Inflammatie verhoogt het risico op kankerontwikkeling.
#* Kankercellen kunnen resistentie opbouwen tegen BCL-2 inhibitors.
#* Nog een.

===18 juni 2020 VM===
#Geef de 10 hallmarks (gewoon oplijsten)
#Leg angiogenese uit en geef de link met kanker.
#Hoe kunnen kankercellen het immuunsysteem ontsnappen? Geef 3 voorbeelden hoe dit toegepast kan worden voor kankertherapie.
#5 stellingen, juist of fout + verklaar:
#* Bax inactivatie is gunstig voor kankercellen
#* Tyrosine kinase inhibitoren kunnen apoptose induceren
#* Inflammatie vermindert het risico op kankerontwikkeling.
#* Zowel EMT als MET zijn belangrijk voor metastase.

===8 juni 2020 VM===
#Geef de 10 hallmarks.
#Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.
#Hoe kunnen kankercellen het immuunsysteem ontsnappen? Geeft 3 voorbeelden hoe dit toegepast kan worden voor kankertherapie.
#5 stellingen, juist of fout + verklaar:
#* BCL2 inactivatie is voordelig voor kankercellen.
#* Kankercellen kunnen resistentie opbouwen tegen tyrosine kinase inhibitors.
#* Inflammatie verhoogt het risico op kankerontwikkeling.
#* VEGF is belangrijk voor stalk cells.
#* EMT is belangrijk voor metastase.

===21 juni 2019 NM===
#Geef de 10 hallmarks en geef een voorbeeld van een geneesmiddel (niet perse merknamen gewoon algemeen)
#Wat is metastase en welke factoren spelen er een rol?
#Hoe kunnen tumorcellen het immuunsysteem ontsnappen?
#Stellingen, waar of niet waar:
#* Kankercellen kunnen resistent worden tegen CAR Tcellen
#* BCL2 overexpressie is gunstig voor de kankercellen
#* Kankercellen kunnen geen dubble strand DNA breaks herstellen
#* De VEGF receptor kan worden uitgeschakeld met antibodies

===21 juni 2019 VM===
# A) Geef de 10 hallmarks; B) Geef aan welke hallmarks belangrijk zijn voor initiatie van kanker (max 1 blz)
# Leg genomic instability uit en geef de link met kanker (max 2 blz)
# A) Leg apoptose uit en geef de link met kanker; B) Welke hallmarks kun je nog linken aan apoptose (max 2 blz)
# Stellingen:
#* VEGF zorgt voor generatie van stalk cellen
#* kankercellen kunnen resistent worden t.o.v. tyrosine kinase inhibitors
#* CAR T-cells kunnen de groei van kankercellen stimuleren
#* Kankercellen kunnen geen double stranded breaks hebben

===22 juni 2018 NM===
Schriftelijk:
# Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met één regel plaats per voorbeeld)
# 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:
#* BCL2 inactivatie is nodig voor een kankercel
#* Tyrosine kinase kan geactiveerd worden door een deletie van enkele aminozuren
#* Chromosomale translocatie kan een verandering in genexpressie meegeven
#* F notch beïnvloedt de richting van angiogenese
#* Glutamine wordt gebruikt om energie te maken
Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):
# VEGF behandelingen uitleggen (leg 3 therapies uit + wat zijn de gevolgen).
# Hoe gaat een kankercel het immuunsysteem ontwijken?

===22 juni 2018 VM===
Schriftelijk:
# Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met voorbeeld bedoelt hij hoe je kan zien dat een kankercel aan deze hallmark voldoet (bv. bij apoptose: p53 mutatie of bij deregulering energie metabolisme: aerobe glycolyse))
# 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:
#* Deletion of BAX is beneficial to cancer cells.
#* All cells can become cancer cells.
#* Chromosomal translocation can inactivate genes.
#* Cancer cells can induce apoptosis of immune cells.
#* VEGF assists metastasis.
Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):
# Wat is target cancer therapy en geef hier drie voorbeelden van.
# Wat is genomic instability en wat is de relatie met kankerontwikkeling.

===16/06/2016 NM===
Mondeling:
#4 stellingen:
#*De inactivatie van BCL2 is belangrijk voor kankercellen
#*Voor kankerstamcelonderzoek is het essentieel te werken op immunodeficiente muizen
#*Het Wahrung effect geeft aan dat er meer cytokine wordt geproduceerd
#*PARP-inhibitoren kunnen gebruikt worden tegen alle kankers
#Wat zijn de mogelijke therapieën voor het omzeilde immuunsysteem bij kankers?
Schriftelijk:
# Leg angiogenese uit, wat doet kanker hiermee? Wat zijn de mogelijke therapieën?
# Geef de 10 hallmarks + voorbeeld van een mogelijke therapie

===16/06/2016 VM===
Mondeling:
#Leg de link tss apoptose en cellen die het imuunsysteem ontwijken.
#J/F vragen + verklaren
#*Tyrosine kinasen zijn belangrijk voor angiogenese
#*CAR-T-cellen zijn belangrijk voor inflammation
#*Kanker wordt veroorzaakt door mutaties in stamcellen
#*Een IDH1 mutatie heeft een effect op het genoom
Schirftelijk:
#Leg genome instability volledig uit.
#Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een kort VB
===22/06/2015===
#Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een specifiek voorbeeld (heel kort, voorbeeld in 1 zin)
#Wat weet je over het metabolisme van de cel? Leg de link met kanker.
#Leg uit (in max een halve pagina): BAX, VEGF, hoe kunnen kankercellen het aan het immuunsysteem ontsnappen?
===18/06/2015===
#Geef de 10 hallmarks van kanker en illustreer met een kort voorbeeld.
#Leg hallmark angiogenese uit en hoe kan men dit behandelen in kankers.
#woordjes: p53, FASS, exome sequencing, double stranded breaks

===05/06/2015===
#Geef de 10 hallmarks van kanker, en illustreer met een kort voorbeeld
#Leg uit: Tyrosine-kinase en hoe dit meehelpt bij de ontwikkeling van kanker. Geef 2 voorbeelden om tyrosine kinasen te inhiberen
#Deel van de afbeelding van DNA Damage Repair: Leg uit, en hoe kan dit leiden tot de ontwikkeling van kanker
#Verrassingsvraag over een research article op het mondeling zelf: Afbeelding van Collecting Lymphatic Vessels. Leg deze figuur kort uit, hoe hebben we dit besproken in de les, wat heeft het te maken met kankerontwikkeling etc.
===16/06/2014===
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld
#Leg een hallmark volledig uit
#korte bijvraagjes: p53, VEGF, wat is fullgenome secquencing, hoe repareert het dna een dubbelstrengsbreuk (homologe en niet homologe end-repair, weten da als homologie wegvalt der door niet-homologe dus veel mutaties ontstaan), 5e bennek ff kwijt. hij vroeg mij bij p53 en VEGF specifiek wat voor soort eiwitten en voor VEGF wat voor soort receptor (transcriptiefactor van pro-apoptotische genen dus, en een tyrosinekinase receptor)
===16/06/2014===
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld
#Leg een hallmark volledig uit (vb. wat is angiogenese en breng het in verband met kankerontwikkeling)
#Figuur of meer gerichte vraag die je moet uitleggen/beantwoorden
Alle aanwezigen op het examen kregen andere hallmarks en figuren om uit te leggen. Er waren geen twee examens exact hetzelfde.
===17/06/2013===
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer elke hallmark met een voorbeeld
#juist of fout:
#*Door RNA sequencing kan je mutaties in genen en fusiegenen ontdekken
#*In een tumor zijn slechts weinig stamcellen aanwezig
#*nog2
#tekening van metastase gegeven, uitleggen en gevolgen voor de progressie van de tumor uitleggen.
#Geef de oorzaken van kanker. Illustreer met voorbeelden en geef 2 mogelijke therapieën (proliferatie, angiogenese, apoptose, mutatie-repair systeem beschadigen, ...)
#Leg second generation sequencing uit. Hoe kunnen de resultaten gecontroleerd worden?

Chemie Van Natuurproducten

2026-06-11T14:47:11Z

R1049434: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Gedoceerd door prof Erik Van der Eycken. Vanaf 2025-2026 zal het vak enkel nog theorie bevatten en zit het practicumgedeelte in de minor chemische biologie als 'Practicum: synthese en analyse van biomoleculen'.

==Examenvragen==
===11 juni 2026===
#Vormen van humuleen uit farnesylpyrofosfaat + BIOSYNTHESE van farnesylpyrofosfaat (NIEUW)
#2 reagentia gegeven, geef het mogelijke reactiemechanisme en product(en). (moest met Stetter, maar was niet gegeven)
#Hoe reageert molecule met NAD+
[[Bestand:CVN_vraag_2_en_3_2026.jpg]]

===11 juni 2025===
#Met welk biomimetisch reagens (Stetter) kan onderstaande reactie gebeuren + geef het mogelijke reactiemechanisme
#Becommentarieer volgende reactie: Histidine enantiomeer 1 -> Histidine enantiomeer 2
#Hoe reageert molecule met NAD+ : C00(-)-C(D)(H)-C(OH)(H)-COO(-)
[[Bestand:Examenvragen_11_juni_2025_chemie_van_natuurproducten_met_dank_aan_Joere_Frederickx_en_Tiago_Habets.png]]

===13 juni 2024===
#Geef intermediair A, dat in het mechanisme van een polyketide ringsluiting aanwezig is, dat product B (benzeenring met in volgorde: -COCoAS, -OH, niks, -OH, niks, fenolgroep) vormt. Geef de biosynthese van A en het mechanisme van A -> B.
#Met welk biomimetisch reagens (Stetter) kan onderstaande reactie gebeuren + geef het mogelijke reactiemechanisme
#Hoe reageert glutathion met een molecule (een zoals in de les)

===15 juni 2023===
#Met welk biomimetisch reagens (Stetter) kan onderstaande reactie gebeuren + geef het mogelijke reactiemechanisme (coo- moet eentje dichter bij carbonyl)
#Oefening van ornithine-achtig AZ naar 7-ring
#Hoe reageert molecule met NAD+
[[Bestand:Examenvragen_cvn_2023.jpg]]

===16 juni 2022===
#Oefening van ornithine-achtig AZ naar 8-ring (Er zit een O in de restgroep van je molecule, maar die heeft geen invloed op de reactie)
#Met welk biomimetisch reagens (Stetter) kan onderstaande reactie gebeuren + geef het mogelijke reactiemechanisme (Vraag 2 van de tweede afbeelding)
#Hoe reageert molecule met NAD+ (letterlijk vraag 2 van eerste afbeelding)
[[Bestand:Knipsel.jpg]]

[[Bestand:Examenvragen_cvn_2022.jpg]]

Opmerking: dubbele binding in eindproduct vraag 2 moet weg EN COO- moet 1 dichterbij de carbonyl

===30 augustus 2021===
#Vormen van humuleen uit farnesylpyrofosfaat
#Ringsluiting en biosynthese van polyketides
#Verklaar de anti-oxidatieve werking van vitamine C

===17 juni 2021===
#Vormen van humuleen uit farnesylpyrofosfaat
#Met welk biomimetisch reagens (Stetter) kan onderstaande reactie gebeuren + geef het mogelijke reactiemechanisme
#Bespreek mechanisch de antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2

===5 juni 2021===
#Welke van de 2 verbindingen vormt 1 enantiomeer? Leg uit waarom. (Beide met enzyme en NADH) Bij pyrodruivenzuur zal slechts één enantiomeer gevormd worden. Bij 2-butanon, beide! Dit komt door de specifieke interacties met het enzyme, en staat zeer goed uitgelegd p.1383 (Clayden) en in de bordnota's les 5bis, p.2
#Gegeven een reactie (hygrine-achtige cyclisatie in een 8 ring zonder methylgroep). Geef het mogelijke reactiemechanisme.Het antwoord op deze vraag is in feite het mechanisme voor de pyrrolidine alkaloïden en staat p.1416 e.v. (Clayden) en bordnota's ples 9, p.1.
#Verklaar de anti-oxidatieve werking van vitamine C

===18 juni 2020===
#Welke van de 2 verbindingen vormt 1 enantiomeer? (Beide met enzyme en NADH)
#Hoe zal glutathion met dit molecule reageren? (Michaelacceptor)
#Verklaar de anti-oxidatieve werking van vitamine C
#practicum (door Corona)
##Geef het mechanisme van het ontschermen van het FMOC gebonden amide met behulp van piperidine
##Hoe werkt het scheiden met TLC en wat is de invloed van keuze solvent?
##Structuren: cyclohexanon, borneol, TFA, natriumwaterstofsulfiet

===16 juni 2020===
#Met welk biomimetisch reagens (Stetter) kan onderstaande reactie gebeuren + geef het mogelijke reactiemechanisme
#Gegeven een reactie (hygrine-achtige cyclisatie in een 7 ring). Geef het mogelijke reactiemechanisme.
#Leg de anti-oxidatieve werking van vitamine C uit.
#Practica (door corona)
##Acyleringsmechanisme met broomazijnzuur, methylamine & DIC
##Teken de Dean-stark opstelling en benoem de belangrijkste onderdelen
##Teken 4 structuren

===10 juni 2020===
#Van A naar B. En hoe wordt A gevormd (A was een polyketide met een ring aan en B was structuur dat bestond uit 2 ringen)
#Oefening van deaminatie met pyridoxaal fosfaat
#Hoe reageert molecule met NAD+ (iets pyruvaat-achtig)
#Practica (door corona op examen)
##Mechanisme enamine-vorming met morfoline en cyclohexanon
##stereocentra en stereovormen van CH3-(CH-OH)-(CH-OH)-CH3 geven. Welke zijn enantiomeren/diastereomeren/mesomeren?
##Structuur van: Chloranil, kaliumpermanganaat, bleekwater, kamfer

===5 juni 2020===
#Vormen van humuleen uit farnesylpyrofosfaat
#Oefening van ornithine-achtig az maar dan naar 7-ring
#Leg anti-oxidante werking glutathion uit adhv H2O2
#Practica (door corona op examen)
##Mechanisme enamine-vorming met morfoline en cyclohexanon
##Chloraniltest uitleggen met structuren en reacties
##Structuur van: DMF, DIC, propionylchloride en pyrolidine

===26 augustus 2019===
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.
#Stel een mogelijk reactiemechanisme op hoe B gemaakt wordt uit A. Hoe wordt A biosynthetisch gevormd? (A was polyketide en leek op de reactie met orsellinic acid maar met fenol groep ipv methylgroep)
#Oxidatie door NAD+ (Zie 21 juni ‘18 NM, vraag 2)

===20 juni 2019 VM===
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 8-ring ipv 5-ring
#hoe zou je van molecule A naar molecule B gaan + geef een mogelijke biosynthese van molecule A (molecule A was een polyketide met een starter unit)
#2 moleculen gegeven en uitleggen welke van de 2 enantioselectief omgezet wordt door NADH naar een optisch actieve verbinding

===18 juni 2019 NM===
#Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat (Let op: hoe dit in de dropbox staat is niet 100% correct, de dubbele binding bovenaan kan direct aanvallen op het C-atoom waaraan OPP gebonden is om de ring te sluiten.)
#Hoe zou glutathione met dit molecule reageren?
#Bespreek de anti-oxidant werking van Vitamine C.

===18 juni 2019 VM===
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring
#Bespreek de anti-oxidant werking van Vitamine C

===15 juni 2019 VM===
#Polyketide ringsluiting + synthese bioketide
#Pyridoxal fosfaat oefening
#Oxidatie door NAD+

===7 juni 2019 NM===
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.
#Stel een mogelijk reactiemechanisme op hoe B gemaakt wordt uit A. Hoe wordt A biosynthetisch gevormd? (A was polyketide)
#Bespreek de anti-oxiderende werking van Vitamine C

===7 juni 2019 VM===
#Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat
#bespreek anti-oxiderende werking van glutathion adhv H2O2
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring

===4 september 2018 NM===
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 8-ring ipv een 5-ring
#Hoe zou glutathione met dit molecule reageren?
#Wat zijn inositolen? + geef de biosynthese

===21 juni 2018 NM===
#Stetter-reagens
#NAD+/NADH reductie
#biosynthese inositol
[[Bestand:Knipsel.jpg]]

===21 juni 2018 VM===
#vorming 8 ring met pyridoxaal fosfaat
#ringsluiting van polyketide en de synthese van een polyketide geven
#stereospecifieke aanval bij reductie met NADH

===19 juni 2018===
#bespreek synthese humuleen
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring
#bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2

===15 juni 2018===
#Geef een mogelijk reactie mechanismen van molecule A naar B. Hoe zou molecule A biosynthetisch gemaakt kunnen worden. (A was een polyketide gemaakt aan de hand van een starter unit uit het deel 'other starter units')
#Deaminatie van tryptofaan. (m.b.v. pyridoxaalfosfaat)
#Oxidatie van een gegeven molecule m.b.v. NAD+.

===11 juni 2018 VM===
#Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat)
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring
#Bespreek antioxiderende werking van vitamine C

===21 juni 2017 NM===
#hoe gebeurt volgende reactie (Stetter) + geef reactiemechanisme
#reactievergelijking aanvullen: molecule + NAD+ --> ? (oefening zoals die van appelzuur met NAD+)
#bespreek biosynthese van inositolen en wat zijn inositolen

===21 juni 2017 voormiddag===
#bespreek synthese humuleen
#bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring

===20 juni 2017 namiddag===
# Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat
# een oefening van hoe je een L-aminozuur omzet naar een D-aminozuur (met pyridoxaalfosfaat)
# geef 2 manieren waar we de biosynthese van acetoacetyl CoA gezien hebben (bijvraag: waar hebben we deze reacties gezien)

===20 juni 2017 voormiddag===
# oefening van polyketiden
# gegeven structuur omvormen m.b.v. pyridoxaalfosfaat
# oefening zoals die van appelzuur met NAD+ maar met een andere gegeven structuur (COOH groep vervangen door benzeenring, maar dit komt op hetzelfde neer).

===16 juni 2017===
# Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat
# Reactie met glutathion (met Michaelacceptor C=C-C=O)
# Antioxidante werking van vitamine C

===13 juni 2017===
# Leg de werking van ascorbinezuur uit (vitamine C dus)
# Oefening gebaseerd op de theorie van de synthese uit ornithine en hygrine maar dan met een zesring ipv een vijfring.
# Stetteroefening.

===12 juni 2017===
# een oefening "met welk biomemtisch reagens gebeurt deze reactie" da was van 1 ring naar 2 ringen dus me stetter
# tweede oefening was van een aminozuur met een keten me een O in en een NH2 naar een 7ring (leek op ornithine naar hygrine) en da was mbv pyrodoxalfosfaat en ook claisen ester condensatie
# theorie: leg het anti-oxidans van vitamine C uit

===12 juni 2015===
#leg de werking van vitamine C uit als antioxidans
#Leg uit hoe humuleen gevormd wordt uit farnesylfosfaat
#Oefening gebaseerd is op de theorie van de synthese uit ornithine maar dan met een zevenring ipv een vijfring.

===20 agustus 2013===
#Terpenen: een gegeven molecule naar een nader molecule, geef het reactiemechanisme
#Oxidaite van een gegeven molecule met NAD+
#Geef 2 manieren om aceto-acetyl CoA te maken

===19 juni 2013===
#Met welk biomimetrisch reagens kun je volgende reactie uitvoeren? Schrijf een mogelijk reactie mechanisme uit
#Hoe reageert glutathion met onderstaande molecule
#Bespreek de synthese van vitamine C

===17 juni 2013===
#In de natuur wordt Caryophylleen gemaakt met behulp van farnesylpyrofosfaat. Werk een mogelijk reactiemechanisme uit tot het bekomen van dit product.(de structuur formule van farnesylpyrofosfaat werd niet gegeven)
#Werk het mechanisme uit en becommentarieer. (Oplossing: met behulp van pyrodoxaal fosfaat)
#Bespreek de antioxidatieve werking van vitamine C

===14 juni 2013===
#Hoe glutathion met een bepaald vaag molecule reageert
#2 manieren om acetoacetyl CoA te vormen
#Polyketiden: ge moet weten dat dat via de mechanisme van vetzuursynthese aangemaakt werd en dan moest ge nog mechanisme van dat polyketide naar een ander gegeven molecule schrijven, het was aldolcondensatie.

===15 juni 2012 (namiddag)===
#Oefening met stetter reagens. Welk molecule bootst stetter na en voor wat wordt dit in de natuur gebruikt.
#Racematie met pyridoxalfosfaat uitleggen en mechanisme uitschrijven voor gegeven moleculen. Voorwat pyridoxalfosfaat gebruikt wordt in de natuur.
#Mechanisme antioxidans van vitamine C uitleggen. Hoe wordt dit gemaakt.

===15 juni 2012 (voormiddag)===
#Structuur van humuleen gegeven. Geef de biosynthese van humuleen, vertrekkende van farnesylfosfaat
#Gegeven: Hoe reageert glutathione met deze verbinding?
#Geef de 2 biosynthesewegen die in de cursus gezien zijn voor acetoacetyl-CoA

===20 juni 2011 (namiddag)===
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomeer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH van 2-butaton en pyruvaat (+ appelzuur)
#Leg mechanisme van de anti-oxidantie werking uit van vitamine C. Geef ook de biosynthese.
#Geef een mogelijk mechanisme voor volgende reactie HOOC-(C=O)-C-C-C-(C=O)-C=C  (biomimetisch reagens en Et3N)  1,4 cycloheptadion

===14 juni 2010===
#Omzetting van histidine naar histamine (histidine zonder CO2) (structuren gegeven)
#Welk biomimetisch reagens zou je gebruiken, en wat zou een mechanisme kunnen zijn? (stetter)
#Leg het mechanisme van de anti-oxidantie werking van vitamine C uit

===11 juni 2010===
#Omzetting van L-AZ naar D-AZ mbv pyridoxaalfosfaat
#Vetzuursynthese
#Radicale ortho-para-koppeling

===September 2009===
#DOPA en DOPAMINE
#Synthese inositolen
#Stereospecificiteit LADH

===12 juni 2009===
#Becommentarieer op mechanistische wijze de volgende reactie (vul de nodige reagentia zelf aan). In welke biosynthese is deze reactie belangrijk?
#Schrijf het mechanisme op van de volgende reactie
#Bespreek de structuur van fosfatidylcholine en geef de biosynthese ervan

===4 september 2008===
#De structuren van ornitine en hygrine waren gegeven en je moest heel de reactieweg geven.
#De 4e stap van de purine synthese was gegeven, begin- en eindproduct en hij moest zeggen hoe de reactie verliep

===17 juni 2008===
#Bespreek decarboxylatie van phosphadityl serine naar phosphadityl ethanolamine (pyridoxalfosfaat). Ge kreeg de tekening van die molecules, hem vroeg dan de naam, vroeg ook nog achter choline en wat dat doet, hoe ge dat maakt
#Fructose: fisher => hawordth omzetting
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH, van 2-butanon en pyruvaat. Hij vroeg ook nog hoe ge bv appelzuur oxideert met NAD

===19 juni 2007===
#Merhylering, waardoor gebeurt het en leg uit (SAM)
#Fructose fisher gegeven, geef haworth
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD => FADH2) leg uit + geef structuur van FAD

===12 juni 2006===
#Omzetting van een ketocarbonzuur is AZ, hoe gaat dit in zijn werk in de cel, met welke reagentia, geef structuur + reacties
#Hoe worden verzadigde vetzuren opgebouwd in de natuur?
#Hoe wordt zuurstof in de cel getransporteerd, geef structuur + uitleg

===12 juni 2006===
#Decarboxylatie van een aminozuur
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD => FADH2): leg uit + geef structuur van FAD
#Welk molecule zorgt voor spontane membraanvorming: geef structuur en leg uit

Bestand:CVN vraag 2 en 3 2026.jpg

2026-06-11T14:45:52Z

R1049434:

Dynamische Biochemie

2026-06-05T14:50:47Z

R1049434: /* 5 Juni 2026 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

Werd gedoceerd door prof. Johan Robben (met emeritaat in 2023) en werd geleidelijk aan overgenomen door prof. Susana Rocha. Het deel van professor Rocha was Engelstalig. Wanneer ze het vak volledig begon te doceren, heeft ze een deel in het Nederlands en een deel in het Engels gegeven. De leerstof komt uit de cursus ''Biochemistry'' van Reginald H Garrett en Charles M Grisham. Voor het studeren van het examen zijn echter ook de (zeer overzichtelijke) slides en hoorcolleges aan te raden.

==Examenvragen==
===5 Juni 2026 ===
# Meerkeuze
## Vraag over alpha helix (fout aanduiden)
## Een grafiek met 2 curves van hemoglobine waarbij de 2e opgeschoven is naar rechts. Keuze uit verschillende effecten.
## Effecten die gebeuren tijdens vasten, 2 ervan waren juist. (Keuze uit verhoging beta-oxidatie, verhoging concentratie malonyl-CoA, verhoging gluconeogenese, verlaging aanmaak keton bodies.)
#Termen
## Hill coëfficient
## Gefacilitieerd transport
## Ribonucleotidereductase
## Competitieve inhibitor
#Grote vragen
## Bespreek Serineproteasen
## Bespreek glycogeen metabolisme (synthese en afbraak)
## Stel je hebt oleïnezuur (C18:C1 met dubbele binding op C9) in het cytosol bespreek de afbraak ervan

===26 augustus 2025===
#Meerkeuze (0,5 indien juist, -0,167 indien fout)
##Een vraag waarbij je de juiste stelling moet aanduiden
##Welke grafiek past bij oncompetitieve inhibitie
##Iets over de lever waarbij je het foute antwoord moet aanduiden
##Bij welke pathway pyruvaatcarboxylase gebruikt wordt
##Iets over motorproteïnen van het cytoskelet (3 termen juist combineren: actine/microtubili - ATP/GTP - kinesine/myosie/Dyneïne)
##Wie de 2de stikstof doneert bij de ureacyclus (antwoord: aspartaat)
#Peptide RIT bij ph7,5
#Kleine vragen/termen (1,25 elk)
##Collageen
##Transitietoestand
##Transaminatie
##glycogeenfosforylase
#Grote vragen
##Bespreek allosterie en coöperativiteit aan de hand van myoglobine en hemoglobine (3,5)
##Bespreek de synthese en regulatie van purinenucleotiden (4)
##Bespreek de afbraak van even-ketenvetzuren (3,5)
===27 juni 2025===
#Termen
##Malonyl-CoA
##Gefaciliteerd transport
##Fructose-2,6-bifosfaat
##Chylomicron
#Vragen
##Bespreek de concepten coöperativiteit en allosterie, gebruikmakend van myoglobine en hemoglobine.
##Leid de Michaëlis-Mentenvergelijking af voor een standaard enzymatische reactie. Licht toe.
##Bespreek synthese en regulatie van de purinenucleotiden.
===6 juni 2025===
#Meerkeuze: Welke combinatie van aminozuren zou je het meest verwachten in het binneste gedeekte van een globulair proteine (0.5 ptn)
##gln-asn-cys
##arg-his-asp
##ser-thr-tyr
##leu-val-phe
#Meerkeuze: Welke factor verhoogt de zuursofaffiniteit van hemoglobine
##verhoogde 2,3-BPG
##verhoogde H+ concentratie
##verhoogde ph
##verhoogde CO2
#Meerkeuze: Welk van de volgende is geen product van de oxidatieve fase van de pentosefosfaatweg
##ribulose-5-fosfaat
##fructose-6-fosfaat
##6-fosfogluconaat
##CO2
#Meerkeuze: Wat is het belangrijkste verschil tussen very low density lipoproteïnen (VLDL) en chchymomicronen
##VLDL bevat geen apolipoproteinen
##VLDL is afkomstig uit de lever en chymomicronen uit de darm
##chymomicronen bevatten meer cholesterol dan VLDL
##VLDL transporteert triacylglycerollen naar de darm
#Wat beschrijft de functie van de lever in gevoede toestand
##glucose vrijmaken in het bloed
##gebruik van glucose alsprimaire energie bron
##synthese van glycogeen en vetten
##productie van ketonlichamen
#Meerkeuze:Welke van de volgende stellingen is juist
##De hersenen gebruiken bij voorkeur vetzuren in vastentoestand
##spierweefsel kan glucose vrijmaken in het bloed via gluconeogenese
##De lever produceert ketonlichamen uit vetzuren tijdens langdurig vasten
##Glucose wordt via GLUT2 opgenomen in spier- en vetcellen
#Peptide VET bij ph 6.5 (1ptn)
#Kleine vragen (elk 1.25 ptn)
##ramachandranplot
##actine
##gefaciliteerd transport
##carnitine shuttle
#Grote vraag: Bespreek het enzymatisch mechanisme van serineproteasen. (3 ptn)
#Grote vraag: Bespreek het glycogeen metabolisme (synthese, afbraak en regulatie). (4ptn)
#Grote vraag: Bespreek aan de handd van een schema de algemene stikstofflow bij de afbraak vam aminozuren, Wat gebeurt er met het koolstofgedeelte. (4ptn)

===16 augustus 2024===
#Proteïnen kunnen op verschillende wijzen functioneel en biochemisch met membranen geassocieerd zijn. Bespreek en illustreer met behulp van schema’s en/of figuren. (5 punten)
#Bespreek het enzymmechanisme van de serineproteasen. (5 punten)
#Bespreek hoe triacylglycerolen worden verteerd, opgenomen, getransporteerd en gemetaboliseerd door het menselijk lichaam met behulp van schema's en/of figuren. (5 punten)
#Begrippen: (elk 1,25 punten)
##Peptide: HEL bij pH 7.5
##F-actine
##Fructose-1,6-bisfosfaat
##PRPP

===7 juni 2024===
#Bespreek allosterie en coöperativiteit aan de hand van myoglobine en hemoglobine (5 punten)
#Bespreek de reacties van de gluconeogenese die door niet-glycolytische enzymen gekatalyseerd worden (5 punten)
#Bespreek de synthese en regulatie van purinenucleotiden (5 punten)
#Begrippen: (elk 1,25 punten)
##Peptide: RIP bij pH 8.0
##Transitietoestand
##Tubuline
##Malonyl-CoA

===29 juni 2023===
#Ramachandran plot, waarvoor wordt het gebruikt, hoe komt het tot stand? Wat ken je eruit afleiden?
#Bespreek allosterie en coöperativiteit aan de hand van myoglobine en hemoglobine
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren? Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Berippen:
##VET bij pH 8.0
##Serine protease
##Fructose-2,6-bifosfaat
##Carnitine shuttle

===10 juni 2023===
#Synthese van palmitinezuur
#Mechanisme van serine proteases
#Vergelijk het metabolisme van de lever na een maaltijd en na langdurig vasten aan de hand van een overzichtelijk schema/tekening
#Begrippen:
##DAY bij pH 6,5
##Ribonucleotide reductase
##Kinesine
##Gefaciliteerd transport

===30 augustus 2022===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier bij langdurige (maar aerobe) inspanning.
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
##Peptide: DPQ bij pH = 6
##Transitietoestand
##Serine protease
##Coöperativiteit

===30 juni 2022===
#Bespreek het enzymmechanisme van serine proteasen. Verduidelijk met tekeningen/schema.
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met andere pathways. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Begrippen:
##WIK bij pH = 8
##Glycerolfosfaat-shuttle
##Pyruvaatcarboxylase katalyseert een anaplerotische reactie.
##Grafiek van ATP, ADP en AMP in functie van Energy Charge

===11 juni 2022===
#Bespreek de glucose-homeostase (in het menselijk lichaam). Licht toe aan de hand van de betrokken metabolische pathways.
#Leid de Michaelis-Menten vergelijking af voor een algemene enzymatische reactie. licht toe.
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren. Bespreek algemeen wat er met het C-skelet kan gebeuren.
#Begrippen:
##KEY bij pH=8
##2,3-bisfosfoglyceraat
##Tubuline
##Tekening van Ramachandranplot gegeven

===1 september 2021===
#De vorming van oxaalazijnzuur uit asparaginezuur is een anaplerotische reactie. Verduidelijk en situeer de plaats ervan in het metabolisme.
#Bespreek het belang van de citraat-malaat-pyruvaat-shuttle bij de synthese van vetten uit suikers. Bespreek met een schema.
#Bespreek het belang van waterstofbruggen in de structuur van proteïnen. Verduidelijk met tekeningen.
#Begrippen
##PEK bij pH=8
##Verhouding kcat/Km
##Glycogeenfosforylase
##Serine-proteasen

===19 juni 2021===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. (5 punten)
#Bespreek hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van transport binnenin de cel. (5 punten)
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet? Bespreek met een schema. (5 punten)
#Begrippen (5 punten)
##HER tripeptide bij pH 5
##Carnitine shuttle
##Ribonucleotide reductase
##Verband tussen diabetes en ketonen

===2 juni 2021===
#Leg adhv de transitietoestand uit hoe een enzyme werkt.
#Leg adhv coöperativiteit en allosterie uit hoe de functie van hemoglobine biochemisch wordt bepaald.
#Hoe wordt de glucose homeostase in stand gehouden in het menselijk lichaam en bespreek de biochemische pathways.(H22 slide 26 "Glucose homeostase" is belangrijkste)
#Begrippen
##WIK peptide
##Actine als motorproteïne
##Glutamaat dehydrogenase
##Foto energy charge

===24 juni 2020===
#Ramachandranplot gegeven, leg uit wat we hier uit kunnen afleiden, hoe komt dit tot stand, wat is het belang van deze analyse
#Leg het glucose en vetzuurmetabolisme in de lever uit adhv citraat-malaat-pyruvaat shuttle, gebruik schema's
#Begrippen
##WNL peptide
##ADA
##Energy charge
##Figuur Ken Dill's trechter

===19 juni 2020===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. ''(6 punten)''
#Bespreek de '''volledige''' metabolische afbraak van een TAG : 2x palmitinezuur, 1x linolzuur, 1x glycerol (NIET VERGETEN!!). ''(6 punten)''
#Begrippen ''(2 punten/begrip)''
##Tripeptide PIK bij pH 8
##Actine als motorproteïne
##Gefaciliteerd transport
##Grafiek van ATP homeostase [https://drive.google.com/file/d/1hHmZiE98yXEb8oHjGywEZecAjy4yMmCY/view?usp=sharing]

===12 juni 2020===
#leg uit hoe proteïnen interageren met het membraan. Leg uit met schema en figuren
#wat is het c1 metabolisme en connectie met nucleotide synthese
#begrippen
##RYS peptide
##serine-protease
##fructose-2,6-p
##glucose-alanine cyclus

===8 juni 2020===
#Enzymatische regulatie glycogeenfosforylase + fysiologische context
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Begrippen
##HEK tripeptide
##ribonucleotide reductase
##ES++
##grafiek van energy charge, (ATP homeostase?)

===23 augustus 2019===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraanverankerde proteines
##transaminatie

===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Moleculaire Biologie

2026-01-28T11:02:38Z

R1049434: /* 28 januari 2026 VM */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door:
* Prof. M. De Ley (-∞ tot augustus 2009)
* Prof. J. Robben (september 2009 - augustus 2023)
* Prof F. Volckaert (tegelijk met Robben tot augustus 2022 ?)
* Prof W. Vandenberg (tegelijk met Robben vanaf september 2022 en zelfstandig vanaf september 2023)

Examen samenstelling (Sinds 2013)
#Open vraag 1 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 2 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 3 (~1 blz; 5/20)
#4 ≠ termen (~1 blz; 5/20) Concept//Figuur//Moleculair mechanisme//Naam eiwit//Methode

Mondeling examen (sinds 2026)

==Examenvragen==

===28 januari 2026 VM===
#Leg uit de structuur en functie van mRNA-Poly(A)staart
#Bespreek de regulatie van translatie bij eukaryoten
#Bij DNA replicatie is er een probleem bij lineair DNA ten opzichte van circulair DNA. Wat is het probleem? Leg uit wat de oplossing(en) zijn dat de cel doet
#Begrippen:
#*cDNA-kloning
#*Rho-afhankelijke transcriptieterminatie
#*Inducer
#*Lariat (mRNA)

===27 januari 2026 NM===
#leg uit holoenzyme prokaryote RNA polymerase, opbouw en functie
#leg uit alternatieve splicing en een concreet voorbeeld (Dat is het aan af van antibodies)
#probleem lineair chromosoom bij replicatie
#Begrippen:
#*IPTG
#*nitrocellulose assay
#*eIF2B
#*Kozak sequentie

===26 januari 2026 NM===
#Bespreek de regulatie van translatie bij eukaryoten
#Leg uit: splicing
#Bespreek het lac-operon
#Begrippen:
#*Transcriptieactivator
#*Gel mobility shift assay
#*Histonacetyltransferase
#*oriC

===16 januari 2026 NM===
#Verklaar onderstaande figuur (Trombone-model van DNA-replicatie gegeven).
#Met welke moleculaire mechanismen kan DNA schade hersteld worden bij E. coli?
#Bespreek translatie-initiatie bij eukaryoten. Hoe kan dit globaal worden gereguleerd?
#Begrippen:
#*aminoacyl-tRNA synthetase
#*Lysogenie
#*Nucleosoom
#*Southern blotting

===15 januari 2026 NM===
#Welk probleem doet zich voor bij de replicatie van lineair DNA dat zich niet voordoet bij circulair DNA (endprocessing problem), hoe wordt dit probleem opgelost? --> telomeren/telomerase
#Vergelijk de translatie-initiatie tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Bespreek structuur van chromatine
#Begrippen:
#*Holiday junction
#*T7-RNA-polymerase
#*Polyadenylatiesignaal
#*cDNA-kloning

===27 januari 2025===
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op? Waarom is dit geen probleem bij circulair DNA?
#Leg de RecBCD reactieweg uit bij E. coli en hoe dit relevant is bij andere organismen.
#Vergelijk de moleculaire mechanismen van transcriptieterminatie bij pro- en eukaryoten.
#Begrippen:
#*T7-polymerase
#*Algemene transcriptiefactoren
#*Footprinting
#*Kozak sequentie

===21 januari 2025===
#Bespreek onderstaande foto (foto van het trombonemodel gegeven)
#Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Geef de structuur van chromatine? Wat is de rol in genregulatie?
#Begrippen:
#*Codondegeneratie
#*Antiterminatie
#*Genconversie
#*Gel mobility shift assay

===30 augustus 2024===
#Bespreek translatie-initiatie bij prokaryoten.
#Leg de RecBCD reactieweg uit bij E. coli en hoe is dit relevant bij andere organismen.
#Bespreek structuur en werking van eukaryoot RNAPII.
#Begrippen:
#*Proofreading
#*TATA-binding protein
#*mRNA-cap
#*RACE

===19 augustus 2024===
#Leg RNA-splicing uit.
#Bespreek herstelmechanismes voor DNA schade bij E. coli.
#Translatie vergt vrij veel celenergie. Leg uit waarom.
#Begrippen:
#*LINE
#*DNA-footprinting
#*histonacetyltransferase
#*lambda-repressor

===29 januari 2024===
#Bespreek V(D)J recombinatie, welk belang heeft dit in de biologie?
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?
#Welke algemene translatieregulatiemechanismen zijn er bij eukaryoten?
#Begrippen:
#*Polyadenyleringssignalen
#*TATA-binding protein
#*Nitrocellulose-assay
#*IPTG

===23 januari 2024===
#Bespreek de bouw en functie van het RNA-polymerase bij prokaryoten (holoenzym).
#Bespreek translatie-initiatie bij eukaryoten.
#Leg de RecBCD reactieweg uit bij E. coli en hoe is dit relevant bij andere organismen.
#Begrippen:
#*Southern blotting
#*DNA-fotolyase
#*Alternatieve splicing
#*TFIID

===17 augustus 2023===
#Leg attenuatie uit aan de hand van het Trp operon
#Een gelijkaardig mechanisme van homologe recombinatie wordt gebruikt voor DNA dubbelstrengbreuk herstel in E. coli en voor meiotische homologe recombinatie in gist. Leg uit.
#Welk probleem stelt zich bij de replicatie van lineair DNA voor dat zich niet voordoet bij circulair DNA? Welke oplossing(en) heeft de cel hiervoor? (telomerase)
#Begrippen:
#*Codondegeneratie
#*Groep II intron
#*Polysoom
#*Histon H1

===30 januari 2023===
#Toon aan hoe de lambda faag zijn inbouw in het gastheergenoom reguleert en onderhoudt adhv een schema van de relevante moleculaire en genetische elementen. Hoe wordt lysogenie ongedaan gemaakt?
#Wat is een Holiday-junctie? Hoe komt deze tot stand en hoe wordt deze ongedaan gemaakt? (Leg uit op moleculair niveau)
#Bespreek de translatie-elongatiecyclus bij prokaryoten. (Schets + benoem relevante spelers)
#4 begrippen
#*RACE
#*Groep II-intron
#*Nucleosoom
#*Processiviteit
===24 januari 2023===
#Bespreek de mechanismen van transcriptieterminatie bij eu- en prokaryoten. (schets!)
#Bespreek de onderstaande figuur. (trombone model)
#Bespreek V(D)J-recombinatie.
#* Geef het moleculaire mechanisme.
#* Welk belang heeft dit in de biologie?
#* Wat is het verband met transpositie?
#4 begrippen
#* Sanger-sequencing (dideoxyketenterminatie)
#* Lysogene inductie (faag lamda)
#* DABPolFEH-complex
#* Aminoacyl-tRNA synthetase

===3 september 2022===
# Attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon en hoe kan je dit in vitro bestuderen.
#Hoe matuur mRNA maken
#Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
#4 begrippen
#* bitscore-tekening (zie splicing signals) van ..G..AUG.. (ging over de conservatie misschien?)
#* peptidyltransferase
#* Telomerase
#* TFIID

===31 januari 2022===
#Bespreek adhv een schema hoe faag lambda terecht komt in de lysogene fase. Hoe kan deze overgaan tot de lytische fase?
#Welke moleculaire mechanismen moeten plaatsvinden voordat de translatie kan beginnen? (Beginnend van matuur mRNA) Welke algemene moleculaire mechanismen kunnen deze reguleren?
#Bespreek de werking van RuvC in Holliday-juncties
#4 begrippen
#* Histoon modificaties
#* Splicing signalen
#* Yeast 2 hybrid
#* Nucleotide excisie herstelling (DNA)

===25 januari 2022===
#Leg schematisch het regulatiemechanisme van het ara operon uit. Wat is de invloed van glucose en arabinose?
#Gegeven een tabel van genetische code. We weten dat de genetische code universeel is maar toch zien we sporen van evolutie. Leg uit aan de hand van de gegeven tabel.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen
#* Heat shock respons (prokaryoten)
#* PolyA-adenylatiesignaal
#* Sanger (dideoxyketenterminatie)
#* Base excisie herstelling (DNA)

===24 augustus 2021===
# attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon
# CTD van eukaryoot polymerase II : functie en structuur uitleggen
# Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
# EF-G, Shine-Dalgarno box, RT-PCR, afbeelding dsDNA lariaat structuur (was een tekening met DNA of RNA met t- en D- loop en tail)?

===15 januari 2021===
#Alternatieve splicing uitleggen en een concreet voorbeeld geven.
#Translatie elongatie uitleggen en welke antibiotica invloed hierop hebben en waar.
#Bespreek de verschillende herstelmechanismen van DNA schade in E. coli.
#4 begrippen
#* RecA
#* foto van grote groef en kleine groef met donor en acceptor plaatsen
#* DNA footprinting
#*Group 2 introns

===7 januari 2021===
#Iets over structurele kenmerken van transcriptie activators en de bindingsplekken in het DNA.
# 2 deelvragen over eukaryote translatie initiatie
#* Translatie initiatie uitleggen vanaf matuur mRNA in het cytosol (eukaryoot)
#* Regulatie van translatie initiatie, hoe kan het gereguleerd worden als er vb celstress is.
#Wat is homologe recombinatie, geef de moleculaire werking, welke eiwitten komen hier bij kijken.
#Begrippen
#* Sanger sequencing
#* telomerase
#* tekening van riboswitch met FMN als ligand
#* splicingsignalen

===19 augustus 2020===
'''(corona = 2 vragen ipv 3)'''
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men deze lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#4 begrippen
#* RACE
#* mRNA-cap
#* Kozak sequentie
#* Telomerase

===30 januari 2020===
#Leg het ara operon uit
#Hoe kan je op experimentele wijze het begin van de transcriptie vinden en de 5' mRNA?
#In het hoofdstuk transposase werd immunoglobulinegenen besproken, waarom werd dat hier besproken en hoe zien deze eruit?
#4 begrippen
#*Sanger sequencing
#*Foto van splicing met snRNP's
#*Gamma complex
#* Shine-Delgarno box

===17 januari 2020===
#a) Uitleggen start translatie initiatie bij eukaryoten. b) Hoe kan je de initiatie globaal reguleren?
# Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
# Wat is RecA? Waar vinden we het terug en hoe heeft men dat kunnen aantonen? Leg uit aan de hand van een tekening.
# 4 begrippen: riboswitch (afbeelding gegeven), attenuatie, Yeast to hybrid en wobble pairing

===13 januari 2020 NM===
#Wat zijn histonen en hoe reguleren ze de genexpressie?
#Leg de verschillende stappen van translatie elongatie bij prokaryoten uit en de factoren die hierbij nodig zijn.
#Leg het mechanisme van herstel van beschadigd DNA bij E.Coli uit.
#4 begrippen:
#*Sanger sequencing
#*Riboswitch
#*tekening R-loop
#*RecA

===13 januari 2020 VM===
#Geef de structuur, biosynthese van cap structuur van mRNA en vergelijk met prokaryoot.Wat zijn de effecten hiervan?
#Leg uit hoe het ara-peron wordt gereguleerd.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen:
#*DNA footprinting
#*stopcodonsurpressie
#*Tekening pausing & backtracking
#*OriC

===3 september 2019===
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Vergelijk aan de hand van een schema de translatie initiatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#4 begrippen:
#*zink vingers
#*stopcodonsurpressie
#*polysoom
#*rollende cirkel replicatie

===30 augustus 2019===
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Translatie elongatie bij eukaryoten
#Trombonemodel
#4 begrippen: Sanger sequencing, Riboswitch, figuur R-loop, RecA

===23 augustus 2019===
#Structuur histonen en hun effect op de genexpressie
#DNA schade en repair bij E.coli
#Gelijkenis tussen retrovirussen en transposons, verder toelichten op moleculair vlak
#4 begrippen: T(elomeer) loop, antiterminatie, yeast two hybrid methode en nog eentje maar die ben ik vergeten sorry xx

===21 januari 2019 NM===
#Structuur van C-terminaal domein en geef de functies ervan.
#Hoe kan je de start van transcriptie vanaf de promotor vinden (techniek)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?
#Begrippen: Rho onafhankelijke terminatie, Heat shock genes, U6, Wobble paring

===18 januari 2019 NM===
#Gegeven een tabel van genetische code. Leg uit waarom de genetische code zowel een bevroren geval als een resultaat van evolutie is.
#Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
#Door welke mechanismen kunnen bij DNA-replicatie beide strengen simultaan gerepliceerd worden?
#Begrippen: Antiterminatie, Yeast 2 hybrid, tekening van polyadenylatie, herschikking van immunoglobulinegenen.

===14 januari 2019 VM===
#Geef de structuur en functie van prokaryote sigma-factor(en).
#Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?
#Begrippen: S1-mapping, tekening van G-C binding, eIF2a, holiday-junctie

===24 augustus 2018===
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen bij prokaryote en eukaryote promotors die betrekking hebben op eiwit genen. (dus alleen Class 2 voor eukaryoten)
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#begrippen: Riboswitch, tekining Kozak sequentie, telomerase en cDNA-cloning (dit is vanaf mRNA naar DNA gaan om het in een vector in te bouwen, staat voor complementair DNA)

===29 januari 2018 VM===
#Welke rol spelen prokaryote sigma-factor(en) bij de transcriptie? Bespreek hun structuur en functie. (mondeling)
#Hoe kan men experimenteel de transcriptie-start van een gen bepalen voor een bepaalde promoter?
#Replicatie van lineair DNA (niet-circulair) met DNA polymerase vormt een probleem voor de cel. Wat is dit probleem? Hoe lost de cel dit probleem op?
#Begrippen: Riboschakelaar (riboswitch), cDNA-kloning, tekening van kozaksequentie, RecBCD reactieweg (mondeling)

===22 januari 2018 VM===
#Wat zijn histonen? Hoe zijn ze betrokken in de genexpressie? Bespreek het moleculaire niveau.
#Structuur en functie van catabolic activatior protein (cap)
#Waaorom past immunoglobine bij het hoofdstuk over transpositie?
#Begrippen: mRNA cap, tekening van backtracking, oriC, sanger-methode

===18 januari 2018 NM===
#Met welke methode kun je op experimentele wijze de relatieve hoeveelheid van mRNA aantonen?
#Wat is alternative splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Geef het mechanisme van translatie elongatie bij prokaryoten.
#Begrippen: Lacoperon met 3operatoren en CAPsite, Leu-zipper, peptidyltransfer en retrotransposon

===15 januari 2018 NM===
#Geef de verschillen bij transcriptie initiatie tussen prokaryoten en eukaryoten.
#Geef de verschillende mogelijkheden voor transcriptie terminatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#Begrippen: Sanger Sequencing, Zn-vingers, U2 (SNRNP), stopcodonsupressie.

===15 januari 2018 VM===
#Wat is alternatieve splicing? Hoe werkt het en wat is de functie ervan. Geef een concreet voorbeeld. (Mondeling)
#Leg op moleculair niveau translatie-elongatie cyclus uit bij prokaryoten. (Schriftelijk)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?(Schriftelijk)
#Begrippen: DNA-footprinting, figuur zink vinger, polysoom, Holliday junctie (Mondeling)

===6 september 2017 NM===
#Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
#Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: figuur Zn-vinger, polysoom, Shine-Dalgarno box, klem lader (clamp loader)

===28 augustus 2017 VM===
#Structuur, biosynthese en functie van cap bij mRNA van eukaroyten. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van prokaroyten?
#Welke methode(n) worden gebruikt voor het bepalen van de relatieve hoeveelheid van specifiek mRNA? Leg de werkwijzen uit.
#Wat is homologe recombinatie? Welke moleculaire processen vinden plaats en welke eiwitten zijn betrokken?
#Begrippen: Leu-zipper, nucleosoom, startcodon met kozak sequentie, dubbelstrengbreuk

===30 januari 2017 VM===
#Bespreek alternatieve splicing. Hoe werkt het en geef een concreet voorbeeld.
#Tabel van codons. Leg uit: dit wijzigt nooit maar toch is er sprake van evolutie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: DNA footprint, resolvase, Zink finger (op de tekening staan 3 zink fingers), polysoom

===23 januari 2017 VM===
#Bespreek aan de hand van een figuur het trombonemodel van DNA-replicatie. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-replicatie komen in dit model naar voor.
#Bespreek de structuur, functie en regulatie van de prokaryote sigma-factor(en).
#Op welke experimentele manier kun je de transcriptiestart met een gegeven promotor bepalen.
#Begrippen:
#*enhancer
#*cDNA kloning
#*figuur van heatshock gen
#*RecBCD-reactieweg

===20 januari 2017===
#transcriptie terminatie bij pro en eukaryoten uitleggen
#bespreek mRNA Cap-structuur bij eukaryoten (biosynthese, structuur, functie) en vergelijk met prokaryoten
#welke moleculaire processen helpen bij de start van translatie bij eukaryoten. (start van matuur mRNA)
#begrippen
#*enhancer
#*yeast two hybrid method
#*tRNA mimicry
#*herschikking van immunoglobinegenen

=== 19 januari 2017 NM===
#Hoe wordt het ara operon gereguleerd?
#Hoe beinvloeden histonen de genexpressie?
#Wat heeft immunoglobuline met transpositie te maken?
#begrippen
#*Sanger sequencing
#*zinkvinger (afbeelding)
#*polysoom
#*beta-klemlader

=== 16 januari 2017 NM===
#Scanningscomplex van translatie initiatie bij eukaryoten
#Methoden om binding van eiwitten aan DNA te bestuderen
#recA welke functies en werking
#begrippen
#*sanger sequencing
#*tekening zink vingers
#*U2 snRNP
#*stopcodonsuppressie

===16 januari 2017 VM===
#telomeren
#transcriptie bij eukaryoten
#intron/extron splicing
#begrippen
#*cDNA
#*enhancer
#*tekening RNA mimicry
#*recombinatie bij hemoglobine

===16 aug 2016 NM===
#Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?
#Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)
#Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
#Woordjes:
#*Sanger methode
#*Tekening Zinkvinger
#*histonacetyltransferase HAT
#*DNA-mismatch repair

===27 januari 2016===
#Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie
#Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten
#Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.
#Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA

===25 januari 2016===
#trp en attenuatie
#chromatinestructuur
#translatie initiatie eukaryoten + regulatie
#Woordjes:
#*foto footprinting
#*cap mRNA
#*base-excinsieherstel
#*retrotransposons

===18 januari 2016 VM===
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.
#Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.
#Woordjes:
#*Sanger-sequencing
#*Foto van antiterminatie â€“ terminatie
#*Nucleosoom
#*DNA-mismatch repair

===15 januari 2016 NM===
#Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;
#Kleine vraagjes:
#*Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.
#*Leu-zipper
#*Peptidyltransferase
#*Retrotransposons

===14 januari 2016 NM===
#Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.
#Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen.
#BacteriÃ«le transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.
#Woordjes:
#*Northern blotting
#*wobble base paring
#*u6
#*en zo die haarspeld van heatshok

===13 januari 2016===
#Terminatie van transcriptie bij prokaryoten
#Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II
#Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen
#Woordjes:
#*S1 mapping
#*RNA-DNA hybride met intron
#*eIF2 alfa
#*Holliday junctie

===26 januari 2015===
#5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna
#catabolic activator protein structuur en functie
#wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op
#tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination

===14 januari 2015===
#verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten
#alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven
#genconversie uitleggen aan de hand van een figuur
#woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning

===12 januari 2015 (NM)===
#Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen
#Splicing
#RecBCD
#begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e

===12 januari 2015 (VM)===
#transcriptie-initiatie
#translate-elongatie
#transposons bacterie
#woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie

===16 jan 2015===
#Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?
#Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.
#Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?
#Kleine vragen:
#*Afbeelding van een Zn-Vinger
#*Wat is een replisoom?
#*Wat is stopcodon supressie.
#*Bespreek de beta klemlader.

===3 september 2014===
# Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
# Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).
#* Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?
# Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
# Termen:
#* Northern Blotting
#* topoisomerase
#* alternatieve splicing
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===28 Augustus 2014===
# Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?
# Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.
#* Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)
# Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?
# Termen:
#* DNA footprinting
#* telomerase
#* Rollende cirkel replicatie
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===27 januari 2014 (voormiddag)===
# hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)
# waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?
# translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen
# woordjes:
#*antiterminatie
#*ticketing hypothese ofzoiets
#*BER
#*van die eiwitten iets met die herschikkingen

===17 jan 2014 (namiddag)===
#bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten
#bespreek de translatie elongatie cyclus
#bespreek RNA splicing
#woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie

===16 jan 2014 (namiddag)===
# Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteÃ¯ne (CAP)
# Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie
# Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?
# Leg uit:
#* nucleaire receptoren
#* polyadenylatiesignalen
#* stopcodonsuppressors
#* bacteriÃ«le transposons

=== 15 jan 2014 (voormiddag) ===
# Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.
# Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.
# De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Epitoop tagging
#* Type II introns
#* Kozak sequentie
#* Holliday-verbinding

===13 jan 2014 (namiddag) ===
# Transcriptie initiatie bij prokaryoten
# Splicing
# Leg uit:
#*A-DNA
#*Southern blotting
#*HAT
#*eIF4E
# Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)

===13 jan 2014 (voormiddag)===
# bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen
# mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot
# wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe
# leg uit:
#*rho
#*zinkvinger
#*peptidyltransferase
#*splicingsignalen

=== 28 jan 2013(voormiddag) ===

# Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.
# Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* cDNA kloning
#* Figuur van polyadenyleringscomplex
#* Heat shock response
#* Rolling circle replicatie

=== 16 jan 2012(voormiddag) ===

# Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.
# Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Zinkvinger
#* Ribozyme
#* Tekening van tRNA-mimicry
#* Telomerase

=== 24 jan 2011 (voormiddag) ===

idem 18 januari 2010

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beÃ¯nvloeden
# Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit.
#* Leg uit
#* hoe doet men dit experimenteel
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte
#* lariat
#* eIF2 alfa
#* wobble
#* tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)

=== 17 jan 2011 (voormiddag) ===

# Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoÃ«nzym)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten
# Verklaar:
#* Lysogenie
#* Histon H1
#* RT-PCR
#* Fig. 21.34 (onderste deel alleen)

=== 29 jan 2010 (voormiddag) ===

# Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.
# Fig 21.18
# Bespreek kort:
#* C-waardeparadox
#* Kozak-sequentie
#* Epitope tagging
#* EF-Tu

=== 19 jan 2010 ===

# Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.
# Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?
# Bespreek kort:
#* Riboswitch
#* TATA
#* Zinkvinger
#* Figuur met vorming thÃ¨ta-structuur

=== 18 jan 2010 ===
# Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.
# Bespreek fig. 14.27
# bespreek kort:
#* Ribosoombindingsplaats
#* Moleculaire mimicrie
#* RACE
#* beta-clamp

=== 11 jan 2010 ===
# Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.
# bespreek kort:
#* lysogenie
#* H1 histonen
#* RT-PCR
#* Fig 21.34

----

=== 19 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.
# RNA-editing
# fig 4.11
Kaartjes:
# Zink-vinger
# Nick-translatie

=== 16 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.
# Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.
# fig. 14.1
Kaartjes:
# Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.
# Plaatsgerichte mutagenese.

=== 15 jan 2009 (De Ley)===
# DNA:
#* Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).
#* Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.
# Bespreek de eukaryotische polymerases.
# Figuur van pBR322 bespreken.
Kaartjes:
# Zink-vinger
# fig 9.7

=== 25 jan 2008 (De Ley)===
# Plaats gerichte mutagenese.
# Trp operon.
# Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)
# Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.
# Foto van RNA editing.
Kaartjes:
# Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.
# Verschil tussen DNase en DMS footprinting.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)
# Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)
# figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)
Kaartjes:
# Merodiploid: constitutieve operator.
# ProteÃ¯ne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).

=== 17 jan 2008 (De Ley)===
# Expressievectoren.
# Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).
# fig 9.14 (vierde editie)
Kaartjes:
# Epitope tagging
# fig 13.10

=== 14 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek het trp operon.
# Bespreek site-directed mutagenesis.
# vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.
Kaartjes:
# Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.
# De C-waarde paradox.

=== 26 jan 2007 (De Ley)===
# Prokaryoot RNApolymerase en sigma.
# Figuur van RNAlooping.
# S1mapping en primer extension.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Transcriptieterminatie bij prokaryoten.
# RNAediting.
# Figuur van pBluescript.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Reassociatie kinetica.
# Alles over chromatine en H1.
# Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).
Kaartjes:
# Bespreek de sigmacyclus.
# DNA transcriptie.

=== 24 jan 2007 (De Ley)===
# Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.
# Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.
# Foto van R-looping experiment.
Kaartjes:
# Plaque hybridisatie.
# Dnase(1)-hypergevoeligheid.

=== 16 jan 2007 (De Ley)===
# Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteÃ¯nen en hun zuivering).
# Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).
# Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.
Kaartjes:
# Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.
# Figuur 9.18a pag 259 bespreken.

Moleculaire Biologie

2026-01-28T11:02:18Z

R1049434: /* 28 januari 2026 VM */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door:
* Prof. M. De Ley (-∞ tot augustus 2009)
* Prof. J. Robben (september 2009 - augustus 2023)
* Prof F. Volckaert (tegelijk met Robben tot augustus 2022 ?)
* Prof W. Vandenberg (tegelijk met Robben vanaf september 2022 en zelfstandig vanaf september 2023)

Examen samenstelling (Sinds 2013)
#Open vraag 1 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 2 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 3 (~1 blz; 5/20)
#4 ≠ termen (~1 blz; 5/20) Concept//Figuur//Moleculair mechanisme//Naam eiwit//Methode

Mondeling examen (sinds 2026)

==Examenvragen==

===28 januari 2026 VM===
#Leg uit de structuur en functie van mRNA-Poly(A)staart
#Bespreek de regulatie van translatie bij eukaryoten
#Bij DNA replicatie is er een probleem bij lineair chromosoom ten opzichte van circulair chromosoom. Wat is het probleem? Leg uit wat de oplossing(en) zijn dat de cel doet
#Begrippen:
#*cDNA-kloning
#*Rho-afhankelijke transcriptieterminatie
#*Inducer
#*Lariat (mRNA)

===27 januari 2026 NM===
#leg uit holoenzyme prokaryote RNA polymerase, opbouw en functie
#leg uit alternatieve splicing en een concreet voorbeeld (Dat is het aan af van antibodies)
#probleem lineair chromosoom bij replicatie
#Begrippen:
#*IPTG
#*nitrocellulose assay
#*eIF2B
#*Kozak sequentie

===26 januari 2026 NM===
#Bespreek de regulatie van translatie bij eukaryoten
#Leg uit: splicing
#Bespreek het lac-operon
#Begrippen:
#*Transcriptieactivator
#*Gel mobility shift assay
#*Histonacetyltransferase
#*oriC

===16 januari 2026 NM===
#Verklaar onderstaande figuur (Trombone-model van DNA-replicatie gegeven).
#Met welke moleculaire mechanismen kan DNA schade hersteld worden bij E. coli?
#Bespreek translatie-initiatie bij eukaryoten. Hoe kan dit globaal worden gereguleerd?
#Begrippen:
#*aminoacyl-tRNA synthetase
#*Lysogenie
#*Nucleosoom
#*Southern blotting

===15 januari 2026 NM===
#Welk probleem doet zich voor bij de replicatie van lineair DNA dat zich niet voordoet bij circulair DNA (endprocessing problem), hoe wordt dit probleem opgelost? --> telomeren/telomerase
#Vergelijk de translatie-initiatie tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Bespreek structuur van chromatine
#Begrippen:
#*Holiday junction
#*T7-RNA-polymerase
#*Polyadenylatiesignaal
#*cDNA-kloning

===27 januari 2025===
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op? Waarom is dit geen probleem bij circulair DNA?
#Leg de RecBCD reactieweg uit bij E. coli en hoe dit relevant is bij andere organismen.
#Vergelijk de moleculaire mechanismen van transcriptieterminatie bij pro- en eukaryoten.
#Begrippen:
#*T7-polymerase
#*Algemene transcriptiefactoren
#*Footprinting
#*Kozak sequentie

===21 januari 2025===
#Bespreek onderstaande foto (foto van het trombonemodel gegeven)
#Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Geef de structuur van chromatine? Wat is de rol in genregulatie?
#Begrippen:
#*Codondegeneratie
#*Antiterminatie
#*Genconversie
#*Gel mobility shift assay

===30 augustus 2024===
#Bespreek translatie-initiatie bij prokaryoten.
#Leg de RecBCD reactieweg uit bij E. coli en hoe is dit relevant bij andere organismen.
#Bespreek structuur en werking van eukaryoot RNAPII.
#Begrippen:
#*Proofreading
#*TATA-binding protein
#*mRNA-cap
#*RACE

===19 augustus 2024===
#Leg RNA-splicing uit.
#Bespreek herstelmechanismes voor DNA schade bij E. coli.
#Translatie vergt vrij veel celenergie. Leg uit waarom.
#Begrippen:
#*LINE
#*DNA-footprinting
#*histonacetyltransferase
#*lambda-repressor

===29 januari 2024===
#Bespreek V(D)J recombinatie, welk belang heeft dit in de biologie?
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?
#Welke algemene translatieregulatiemechanismen zijn er bij eukaryoten?
#Begrippen:
#*Polyadenyleringssignalen
#*TATA-binding protein
#*Nitrocellulose-assay
#*IPTG

===23 januari 2024===
#Bespreek de bouw en functie van het RNA-polymerase bij prokaryoten (holoenzym).
#Bespreek translatie-initiatie bij eukaryoten.
#Leg de RecBCD reactieweg uit bij E. coli en hoe is dit relevant bij andere organismen.
#Begrippen:
#*Southern blotting
#*DNA-fotolyase
#*Alternatieve splicing
#*TFIID

===17 augustus 2023===
#Leg attenuatie uit aan de hand van het Trp operon
#Een gelijkaardig mechanisme van homologe recombinatie wordt gebruikt voor DNA dubbelstrengbreuk herstel in E. coli en voor meiotische homologe recombinatie in gist. Leg uit.
#Welk probleem stelt zich bij de replicatie van lineair DNA voor dat zich niet voordoet bij circulair DNA? Welke oplossing(en) heeft de cel hiervoor? (telomerase)
#Begrippen:
#*Codondegeneratie
#*Groep II intron
#*Polysoom
#*Histon H1

===30 januari 2023===
#Toon aan hoe de lambda faag zijn inbouw in het gastheergenoom reguleert en onderhoudt adhv een schema van de relevante moleculaire en genetische elementen. Hoe wordt lysogenie ongedaan gemaakt?
#Wat is een Holiday-junctie? Hoe komt deze tot stand en hoe wordt deze ongedaan gemaakt? (Leg uit op moleculair niveau)
#Bespreek de translatie-elongatiecyclus bij prokaryoten. (Schets + benoem relevante spelers)
#4 begrippen
#*RACE
#*Groep II-intron
#*Nucleosoom
#*Processiviteit
===24 januari 2023===
#Bespreek de mechanismen van transcriptieterminatie bij eu- en prokaryoten. (schets!)
#Bespreek de onderstaande figuur. (trombone model)
#Bespreek V(D)J-recombinatie.
#* Geef het moleculaire mechanisme.
#* Welk belang heeft dit in de biologie?
#* Wat is het verband met transpositie?
#4 begrippen
#* Sanger-sequencing (dideoxyketenterminatie)
#* Lysogene inductie (faag lamda)
#* DABPolFEH-complex
#* Aminoacyl-tRNA synthetase

===3 september 2022===
# Attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon en hoe kan je dit in vitro bestuderen.
#Hoe matuur mRNA maken
#Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
#4 begrippen
#* bitscore-tekening (zie splicing signals) van ..G..AUG.. (ging over de conservatie misschien?)
#* peptidyltransferase
#* Telomerase
#* TFIID

===31 januari 2022===
#Bespreek adhv een schema hoe faag lambda terecht komt in de lysogene fase. Hoe kan deze overgaan tot de lytische fase?
#Welke moleculaire mechanismen moeten plaatsvinden voordat de translatie kan beginnen? (Beginnend van matuur mRNA) Welke algemene moleculaire mechanismen kunnen deze reguleren?
#Bespreek de werking van RuvC in Holliday-juncties
#4 begrippen
#* Histoon modificaties
#* Splicing signalen
#* Yeast 2 hybrid
#* Nucleotide excisie herstelling (DNA)

===25 januari 2022===
#Leg schematisch het regulatiemechanisme van het ara operon uit. Wat is de invloed van glucose en arabinose?
#Gegeven een tabel van genetische code. We weten dat de genetische code universeel is maar toch zien we sporen van evolutie. Leg uit aan de hand van de gegeven tabel.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen
#* Heat shock respons (prokaryoten)
#* PolyA-adenylatiesignaal
#* Sanger (dideoxyketenterminatie)
#* Base excisie herstelling (DNA)

===24 augustus 2021===
# attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon
# CTD van eukaryoot polymerase II : functie en structuur uitleggen
# Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
# EF-G, Shine-Dalgarno box, RT-PCR, afbeelding dsDNA lariaat structuur (was een tekening met DNA of RNA met t- en D- loop en tail)?

===15 januari 2021===
#Alternatieve splicing uitleggen en een concreet voorbeeld geven.
#Translatie elongatie uitleggen en welke antibiotica invloed hierop hebben en waar.
#Bespreek de verschillende herstelmechanismen van DNA schade in E. coli.
#4 begrippen
#* RecA
#* foto van grote groef en kleine groef met donor en acceptor plaatsen
#* DNA footprinting
#*Group 2 introns

===7 januari 2021===
#Iets over structurele kenmerken van transcriptie activators en de bindingsplekken in het DNA.
# 2 deelvragen over eukaryote translatie initiatie
#* Translatie initiatie uitleggen vanaf matuur mRNA in het cytosol (eukaryoot)
#* Regulatie van translatie initiatie, hoe kan het gereguleerd worden als er vb celstress is.
#Wat is homologe recombinatie, geef de moleculaire werking, welke eiwitten komen hier bij kijken.
#Begrippen
#* Sanger sequencing
#* telomerase
#* tekening van riboswitch met FMN als ligand
#* splicingsignalen

===19 augustus 2020===
'''(corona = 2 vragen ipv 3)'''
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men deze lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#4 begrippen
#* RACE
#* mRNA-cap
#* Kozak sequentie
#* Telomerase

===30 januari 2020===
#Leg het ara operon uit
#Hoe kan je op experimentele wijze het begin van de transcriptie vinden en de 5' mRNA?
#In het hoofdstuk transposase werd immunoglobulinegenen besproken, waarom werd dat hier besproken en hoe zien deze eruit?
#4 begrippen
#*Sanger sequencing
#*Foto van splicing met snRNP's
#*Gamma complex
#* Shine-Delgarno box

===17 januari 2020===
#a) Uitleggen start translatie initiatie bij eukaryoten. b) Hoe kan je de initiatie globaal reguleren?
# Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
# Wat is RecA? Waar vinden we het terug en hoe heeft men dat kunnen aantonen? Leg uit aan de hand van een tekening.
# 4 begrippen: riboswitch (afbeelding gegeven), attenuatie, Yeast to hybrid en wobble pairing

===13 januari 2020 NM===
#Wat zijn histonen en hoe reguleren ze de genexpressie?
#Leg de verschillende stappen van translatie elongatie bij prokaryoten uit en de factoren die hierbij nodig zijn.
#Leg het mechanisme van herstel van beschadigd DNA bij E.Coli uit.
#4 begrippen:
#*Sanger sequencing
#*Riboswitch
#*tekening R-loop
#*RecA

===13 januari 2020 VM===
#Geef de structuur, biosynthese van cap structuur van mRNA en vergelijk met prokaryoot.Wat zijn de effecten hiervan?
#Leg uit hoe het ara-peron wordt gereguleerd.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen:
#*DNA footprinting
#*stopcodonsurpressie
#*Tekening pausing & backtracking
#*OriC

===3 september 2019===
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Vergelijk aan de hand van een schema de translatie initiatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#4 begrippen:
#*zink vingers
#*stopcodonsurpressie
#*polysoom
#*rollende cirkel replicatie

===30 augustus 2019===
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Translatie elongatie bij eukaryoten
#Trombonemodel
#4 begrippen: Sanger sequencing, Riboswitch, figuur R-loop, RecA

===23 augustus 2019===
#Structuur histonen en hun effect op de genexpressie
#DNA schade en repair bij E.coli
#Gelijkenis tussen retrovirussen en transposons, verder toelichten op moleculair vlak
#4 begrippen: T(elomeer) loop, antiterminatie, yeast two hybrid methode en nog eentje maar die ben ik vergeten sorry xx

===21 januari 2019 NM===
#Structuur van C-terminaal domein en geef de functies ervan.
#Hoe kan je de start van transcriptie vanaf de promotor vinden (techniek)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?
#Begrippen: Rho onafhankelijke terminatie, Heat shock genes, U6, Wobble paring

===18 januari 2019 NM===
#Gegeven een tabel van genetische code. Leg uit waarom de genetische code zowel een bevroren geval als een resultaat van evolutie is.
#Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
#Door welke mechanismen kunnen bij DNA-replicatie beide strengen simultaan gerepliceerd worden?
#Begrippen: Antiterminatie, Yeast 2 hybrid, tekening van polyadenylatie, herschikking van immunoglobulinegenen.

===14 januari 2019 VM===
#Geef de structuur en functie van prokaryote sigma-factor(en).
#Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?
#Begrippen: S1-mapping, tekening van G-C binding, eIF2a, holiday-junctie

===24 augustus 2018===
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen bij prokaryote en eukaryote promotors die betrekking hebben op eiwit genen. (dus alleen Class 2 voor eukaryoten)
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#begrippen: Riboswitch, tekining Kozak sequentie, telomerase en cDNA-cloning (dit is vanaf mRNA naar DNA gaan om het in een vector in te bouwen, staat voor complementair DNA)

===29 januari 2018 VM===
#Welke rol spelen prokaryote sigma-factor(en) bij de transcriptie? Bespreek hun structuur en functie. (mondeling)
#Hoe kan men experimenteel de transcriptie-start van een gen bepalen voor een bepaalde promoter?
#Replicatie van lineair DNA (niet-circulair) met DNA polymerase vormt een probleem voor de cel. Wat is dit probleem? Hoe lost de cel dit probleem op?
#Begrippen: Riboschakelaar (riboswitch), cDNA-kloning, tekening van kozaksequentie, RecBCD reactieweg (mondeling)

===22 januari 2018 VM===
#Wat zijn histonen? Hoe zijn ze betrokken in de genexpressie? Bespreek het moleculaire niveau.
#Structuur en functie van catabolic activatior protein (cap)
#Waaorom past immunoglobine bij het hoofdstuk over transpositie?
#Begrippen: mRNA cap, tekening van backtracking, oriC, sanger-methode

===18 januari 2018 NM===
#Met welke methode kun je op experimentele wijze de relatieve hoeveelheid van mRNA aantonen?
#Wat is alternative splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Geef het mechanisme van translatie elongatie bij prokaryoten.
#Begrippen: Lacoperon met 3operatoren en CAPsite, Leu-zipper, peptidyltransfer en retrotransposon

===15 januari 2018 NM===
#Geef de verschillen bij transcriptie initiatie tussen prokaryoten en eukaryoten.
#Geef de verschillende mogelijkheden voor transcriptie terminatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#Begrippen: Sanger Sequencing, Zn-vingers, U2 (SNRNP), stopcodonsupressie.

===15 januari 2018 VM===
#Wat is alternatieve splicing? Hoe werkt het en wat is de functie ervan. Geef een concreet voorbeeld. (Mondeling)
#Leg op moleculair niveau translatie-elongatie cyclus uit bij prokaryoten. (Schriftelijk)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?(Schriftelijk)
#Begrippen: DNA-footprinting, figuur zink vinger, polysoom, Holliday junctie (Mondeling)

===6 september 2017 NM===
#Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
#Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: figuur Zn-vinger, polysoom, Shine-Dalgarno box, klem lader (clamp loader)

===28 augustus 2017 VM===
#Structuur, biosynthese en functie van cap bij mRNA van eukaroyten. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van prokaroyten?
#Welke methode(n) worden gebruikt voor het bepalen van de relatieve hoeveelheid van specifiek mRNA? Leg de werkwijzen uit.
#Wat is homologe recombinatie? Welke moleculaire processen vinden plaats en welke eiwitten zijn betrokken?
#Begrippen: Leu-zipper, nucleosoom, startcodon met kozak sequentie, dubbelstrengbreuk

===30 januari 2017 VM===
#Bespreek alternatieve splicing. Hoe werkt het en geef een concreet voorbeeld.
#Tabel van codons. Leg uit: dit wijzigt nooit maar toch is er sprake van evolutie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: DNA footprint, resolvase, Zink finger (op de tekening staan 3 zink fingers), polysoom

===23 januari 2017 VM===
#Bespreek aan de hand van een figuur het trombonemodel van DNA-replicatie. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-replicatie komen in dit model naar voor.
#Bespreek de structuur, functie en regulatie van de prokaryote sigma-factor(en).
#Op welke experimentele manier kun je de transcriptiestart met een gegeven promotor bepalen.
#Begrippen:
#*enhancer
#*cDNA kloning
#*figuur van heatshock gen
#*RecBCD-reactieweg

===20 januari 2017===
#transcriptie terminatie bij pro en eukaryoten uitleggen
#bespreek mRNA Cap-structuur bij eukaryoten (biosynthese, structuur, functie) en vergelijk met prokaryoten
#welke moleculaire processen helpen bij de start van translatie bij eukaryoten. (start van matuur mRNA)
#begrippen
#*enhancer
#*yeast two hybrid method
#*tRNA mimicry
#*herschikking van immunoglobinegenen

=== 19 januari 2017 NM===
#Hoe wordt het ara operon gereguleerd?
#Hoe beinvloeden histonen de genexpressie?
#Wat heeft immunoglobuline met transpositie te maken?
#begrippen
#*Sanger sequencing
#*zinkvinger (afbeelding)
#*polysoom
#*beta-klemlader

=== 16 januari 2017 NM===
#Scanningscomplex van translatie initiatie bij eukaryoten
#Methoden om binding van eiwitten aan DNA te bestuderen
#recA welke functies en werking
#begrippen
#*sanger sequencing
#*tekening zink vingers
#*U2 snRNP
#*stopcodonsuppressie

===16 januari 2017 VM===
#telomeren
#transcriptie bij eukaryoten
#intron/extron splicing
#begrippen
#*cDNA
#*enhancer
#*tekening RNA mimicry
#*recombinatie bij hemoglobine

===16 aug 2016 NM===
#Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?
#Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)
#Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
#Woordjes:
#*Sanger methode
#*Tekening Zinkvinger
#*histonacetyltransferase HAT
#*DNA-mismatch repair

===27 januari 2016===
#Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie
#Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten
#Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.
#Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA

===25 januari 2016===
#trp en attenuatie
#chromatinestructuur
#translatie initiatie eukaryoten + regulatie
#Woordjes:
#*foto footprinting
#*cap mRNA
#*base-excinsieherstel
#*retrotransposons

===18 januari 2016 VM===
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.
#Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.
#Woordjes:
#*Sanger-sequencing
#*Foto van antiterminatie â€“ terminatie
#*Nucleosoom
#*DNA-mismatch repair

===15 januari 2016 NM===
#Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;
#Kleine vraagjes:
#*Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.
#*Leu-zipper
#*Peptidyltransferase
#*Retrotransposons

===14 januari 2016 NM===
#Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.
#Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen.
#BacteriÃ«le transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.
#Woordjes:
#*Northern blotting
#*wobble base paring
#*u6
#*en zo die haarspeld van heatshok

===13 januari 2016===
#Terminatie van transcriptie bij prokaryoten
#Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II
#Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen
#Woordjes:
#*S1 mapping
#*RNA-DNA hybride met intron
#*eIF2 alfa
#*Holliday junctie

===26 januari 2015===
#5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna
#catabolic activator protein structuur en functie
#wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op
#tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination

===14 januari 2015===
#verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten
#alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven
#genconversie uitleggen aan de hand van een figuur
#woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning

===12 januari 2015 (NM)===
#Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen
#Splicing
#RecBCD
#begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e

===12 januari 2015 (VM)===
#transcriptie-initiatie
#translate-elongatie
#transposons bacterie
#woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie

===16 jan 2015===
#Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?
#Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.
#Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?
#Kleine vragen:
#*Afbeelding van een Zn-Vinger
#*Wat is een replisoom?
#*Wat is stopcodon supressie.
#*Bespreek de beta klemlader.

===3 september 2014===
# Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
# Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).
#* Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?
# Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
# Termen:
#* Northern Blotting
#* topoisomerase
#* alternatieve splicing
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===28 Augustus 2014===
# Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?
# Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.
#* Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)
# Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?
# Termen:
#* DNA footprinting
#* telomerase
#* Rollende cirkel replicatie
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===27 januari 2014 (voormiddag)===
# hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)
# waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?
# translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen
# woordjes:
#*antiterminatie
#*ticketing hypothese ofzoiets
#*BER
#*van die eiwitten iets met die herschikkingen

===17 jan 2014 (namiddag)===
#bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten
#bespreek de translatie elongatie cyclus
#bespreek RNA splicing
#woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie

===16 jan 2014 (namiddag)===
# Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteÃ¯ne (CAP)
# Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie
# Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?
# Leg uit:
#* nucleaire receptoren
#* polyadenylatiesignalen
#* stopcodonsuppressors
#* bacteriÃ«le transposons

=== 15 jan 2014 (voormiddag) ===
# Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.
# Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.
# De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Epitoop tagging
#* Type II introns
#* Kozak sequentie
#* Holliday-verbinding

===13 jan 2014 (namiddag) ===
# Transcriptie initiatie bij prokaryoten
# Splicing
# Leg uit:
#*A-DNA
#*Southern blotting
#*HAT
#*eIF4E
# Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)

===13 jan 2014 (voormiddag)===
# bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen
# mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot
# wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe
# leg uit:
#*rho
#*zinkvinger
#*peptidyltransferase
#*splicingsignalen

=== 28 jan 2013(voormiddag) ===

# Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.
# Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* cDNA kloning
#* Figuur van polyadenyleringscomplex
#* Heat shock response
#* Rolling circle replicatie

=== 16 jan 2012(voormiddag) ===

# Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.
# Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Zinkvinger
#* Ribozyme
#* Tekening van tRNA-mimicry
#* Telomerase

=== 24 jan 2011 (voormiddag) ===

idem 18 januari 2010

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beÃ¯nvloeden
# Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit.
#* Leg uit
#* hoe doet men dit experimenteel
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte
#* lariat
#* eIF2 alfa
#* wobble
#* tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)

=== 17 jan 2011 (voormiddag) ===

# Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoÃ«nzym)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten
# Verklaar:
#* Lysogenie
#* Histon H1
#* RT-PCR
#* Fig. 21.34 (onderste deel alleen)

=== 29 jan 2010 (voormiddag) ===

# Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.
# Fig 21.18
# Bespreek kort:
#* C-waardeparadox
#* Kozak-sequentie
#* Epitope tagging
#* EF-Tu

=== 19 jan 2010 ===

# Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.
# Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?
# Bespreek kort:
#* Riboswitch
#* TATA
#* Zinkvinger
#* Figuur met vorming thÃ¨ta-structuur

=== 18 jan 2010 ===
# Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.
# Bespreek fig. 14.27
# bespreek kort:
#* Ribosoombindingsplaats
#* Moleculaire mimicrie
#* RACE
#* beta-clamp

=== 11 jan 2010 ===
# Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.
# bespreek kort:
#* lysogenie
#* H1 histonen
#* RT-PCR
#* Fig 21.34

----

=== 19 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.
# RNA-editing
# fig 4.11
Kaartjes:
# Zink-vinger
# Nick-translatie

=== 16 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.
# Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.
# fig. 14.1
Kaartjes:
# Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.
# Plaatsgerichte mutagenese.

=== 15 jan 2009 (De Ley)===
# DNA:
#* Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).
#* Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.
# Bespreek de eukaryotische polymerases.
# Figuur van pBR322 bespreken.
Kaartjes:
# Zink-vinger
# fig 9.7

=== 25 jan 2008 (De Ley)===
# Plaats gerichte mutagenese.
# Trp operon.
# Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)
# Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.
# Foto van RNA editing.
Kaartjes:
# Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.
# Verschil tussen DNase en DMS footprinting.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)
# Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)
# figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)
Kaartjes:
# Merodiploid: constitutieve operator.
# ProteÃ¯ne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).

=== 17 jan 2008 (De Ley)===
# Expressievectoren.
# Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).
# fig 9.14 (vierde editie)
Kaartjes:
# Epitope tagging
# fig 13.10

=== 14 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek het trp operon.
# Bespreek site-directed mutagenesis.
# vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.
Kaartjes:
# Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.
# De C-waarde paradox.

=== 26 jan 2007 (De Ley)===
# Prokaryoot RNApolymerase en sigma.
# Figuur van RNAlooping.
# S1mapping en primer extension.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Transcriptieterminatie bij prokaryoten.
# RNAediting.
# Figuur van pBluescript.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Reassociatie kinetica.
# Alles over chromatine en H1.
# Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).
Kaartjes:
# Bespreek de sigmacyclus.
# DNA transcriptie.

=== 24 jan 2007 (De Ley)===
# Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.
# Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.
# Foto van R-looping experiment.
Kaartjes:
# Plaque hybridisatie.
# Dnase(1)-hypergevoeligheid.

=== 16 jan 2007 (De Ley)===
# Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteÃ¯nen en hun zuivering).
# Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).
# Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.
Kaartjes:
# Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.
# Figuur 9.18a pag 259 bespreken.

Moleculaire Biologie

2026-01-28T11:01:56Z

R1049434: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door:
* Prof. M. De Ley (-∞ tot augustus 2009)
* Prof. J. Robben (september 2009 - augustus 2023)
* Prof F. Volckaert (tegelijk met Robben tot augustus 2022 ?)
* Prof W. Vandenberg (tegelijk met Robben vanaf september 2022 en zelfstandig vanaf september 2023)

Examen samenstelling (Sinds 2013)
#Open vraag 1 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 2 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 3 (~1 blz; 5/20)
#4 ≠ termen (~1 blz; 5/20) Concept//Figuur//Moleculair mechanisme//Naam eiwit//Methode

Mondeling examen (sinds 2026)

==Examenvragen==

===28 januari 2026 VM===
#Leg uit de structuur en functie van mRNA-Poly(A)staart
#Bespreek de regulatie van translatie bij eukaryoten
#Bij DNA replicatie is er een probleem bij lineair DNA ten opzichte van circulair DNA. Wat is het probleem? Leg uit wat de oplossing(en) zijn dat de cel doet
#Begrippen:
#*cDNA-kloning
#*Rho-afhankelijke transcriptieterminatie
#*Inducer
#*Lariat (mRNA)
===27 januari 2026 NM===
#leg uit holoenzyme prokaryote RNA polymerase, opbouw en functie
#leg uit alternatieve splicing en een concreet voorbeeld (Dat is het aan af van antibodies)
#probleem lineair chromosoom bij replicatie
#Begrippen:
#*IPTG
#*nitrocellulose assay
#*eIF2B
#*Kozak sequentie

===26 januari 2026 NM===
#Bespreek de regulatie van translatie bij eukaryoten
#Leg uit: splicing
#Bespreek het lac-operon
#Begrippen:
#*Transcriptieactivator
#*Gel mobility shift assay
#*Histonacetyltransferase
#*oriC

===16 januari 2026 NM===
#Verklaar onderstaande figuur (Trombone-model van DNA-replicatie gegeven).
#Met welke moleculaire mechanismen kan DNA schade hersteld worden bij E. coli?
#Bespreek translatie-initiatie bij eukaryoten. Hoe kan dit globaal worden gereguleerd?
#Begrippen:
#*aminoacyl-tRNA synthetase
#*Lysogenie
#*Nucleosoom
#*Southern blotting

===15 januari 2026 NM===
#Welk probleem doet zich voor bij de replicatie van lineair DNA dat zich niet voordoet bij circulair DNA (endprocessing problem), hoe wordt dit probleem opgelost? --> telomeren/telomerase
#Vergelijk de translatie-initiatie tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Bespreek structuur van chromatine
#Begrippen:
#*Holiday junction
#*T7-RNA-polymerase
#*Polyadenylatiesignaal
#*cDNA-kloning

===27 januari 2025===
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op? Waarom is dit geen probleem bij circulair DNA?
#Leg de RecBCD reactieweg uit bij E. coli en hoe dit relevant is bij andere organismen.
#Vergelijk de moleculaire mechanismen van transcriptieterminatie bij pro- en eukaryoten.
#Begrippen:
#*T7-polymerase
#*Algemene transcriptiefactoren
#*Footprinting
#*Kozak sequentie

===21 januari 2025===
#Bespreek onderstaande foto (foto van het trombonemodel gegeven)
#Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Geef de structuur van chromatine? Wat is de rol in genregulatie?
#Begrippen:
#*Codondegeneratie
#*Antiterminatie
#*Genconversie
#*Gel mobility shift assay

===30 augustus 2024===
#Bespreek translatie-initiatie bij prokaryoten.
#Leg de RecBCD reactieweg uit bij E. coli en hoe is dit relevant bij andere organismen.
#Bespreek structuur en werking van eukaryoot RNAPII.
#Begrippen:
#*Proofreading
#*TATA-binding protein
#*mRNA-cap
#*RACE

===19 augustus 2024===
#Leg RNA-splicing uit.
#Bespreek herstelmechanismes voor DNA schade bij E. coli.
#Translatie vergt vrij veel celenergie. Leg uit waarom.
#Begrippen:
#*LINE
#*DNA-footprinting
#*histonacetyltransferase
#*lambda-repressor

===29 januari 2024===
#Bespreek V(D)J recombinatie, welk belang heeft dit in de biologie?
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?
#Welke algemene translatieregulatiemechanismen zijn er bij eukaryoten?
#Begrippen:
#*Polyadenyleringssignalen
#*TATA-binding protein
#*Nitrocellulose-assay
#*IPTG

===23 januari 2024===
#Bespreek de bouw en functie van het RNA-polymerase bij prokaryoten (holoenzym).
#Bespreek translatie-initiatie bij eukaryoten.
#Leg de RecBCD reactieweg uit bij E. coli en hoe is dit relevant bij andere organismen.
#Begrippen:
#*Southern blotting
#*DNA-fotolyase
#*Alternatieve splicing
#*TFIID

===17 augustus 2023===
#Leg attenuatie uit aan de hand van het Trp operon
#Een gelijkaardig mechanisme van homologe recombinatie wordt gebruikt voor DNA dubbelstrengbreuk herstel in E. coli en voor meiotische homologe recombinatie in gist. Leg uit.
#Welk probleem stelt zich bij de replicatie van lineair DNA voor dat zich niet voordoet bij circulair DNA? Welke oplossing(en) heeft de cel hiervoor? (telomerase)
#Begrippen:
#*Codondegeneratie
#*Groep II intron
#*Polysoom
#*Histon H1

===30 januari 2023===
#Toon aan hoe de lambda faag zijn inbouw in het gastheergenoom reguleert en onderhoudt adhv een schema van de relevante moleculaire en genetische elementen. Hoe wordt lysogenie ongedaan gemaakt?
#Wat is een Holiday-junctie? Hoe komt deze tot stand en hoe wordt deze ongedaan gemaakt? (Leg uit op moleculair niveau)
#Bespreek de translatie-elongatiecyclus bij prokaryoten. (Schets + benoem relevante spelers)
#4 begrippen
#*RACE
#*Groep II-intron
#*Nucleosoom
#*Processiviteit
===24 januari 2023===
#Bespreek de mechanismen van transcriptieterminatie bij eu- en prokaryoten. (schets!)
#Bespreek de onderstaande figuur. (trombone model)
#Bespreek V(D)J-recombinatie.
#* Geef het moleculaire mechanisme.
#* Welk belang heeft dit in de biologie?
#* Wat is het verband met transpositie?
#4 begrippen
#* Sanger-sequencing (dideoxyketenterminatie)
#* Lysogene inductie (faag lamda)
#* DABPolFEH-complex
#* Aminoacyl-tRNA synthetase

===3 september 2022===
# Attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon en hoe kan je dit in vitro bestuderen.
#Hoe matuur mRNA maken
#Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
#4 begrippen
#* bitscore-tekening (zie splicing signals) van ..G..AUG.. (ging over de conservatie misschien?)
#* peptidyltransferase
#* Telomerase
#* TFIID

===31 januari 2022===
#Bespreek adhv een schema hoe faag lambda terecht komt in de lysogene fase. Hoe kan deze overgaan tot de lytische fase?
#Welke moleculaire mechanismen moeten plaatsvinden voordat de translatie kan beginnen? (Beginnend van matuur mRNA) Welke algemene moleculaire mechanismen kunnen deze reguleren?
#Bespreek de werking van RuvC in Holliday-juncties
#4 begrippen
#* Histoon modificaties
#* Splicing signalen
#* Yeast 2 hybrid
#* Nucleotide excisie herstelling (DNA)

===25 januari 2022===
#Leg schematisch het regulatiemechanisme van het ara operon uit. Wat is de invloed van glucose en arabinose?
#Gegeven een tabel van genetische code. We weten dat de genetische code universeel is maar toch zien we sporen van evolutie. Leg uit aan de hand van de gegeven tabel.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen
#* Heat shock respons (prokaryoten)
#* PolyA-adenylatiesignaal
#* Sanger (dideoxyketenterminatie)
#* Base excisie herstelling (DNA)

===24 augustus 2021===
# attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon
# CTD van eukaryoot polymerase II : functie en structuur uitleggen
# Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
# EF-G, Shine-Dalgarno box, RT-PCR, afbeelding dsDNA lariaat structuur (was een tekening met DNA of RNA met t- en D- loop en tail)?

===15 januari 2021===
#Alternatieve splicing uitleggen en een concreet voorbeeld geven.
#Translatie elongatie uitleggen en welke antibiotica invloed hierop hebben en waar.
#Bespreek de verschillende herstelmechanismen van DNA schade in E. coli.
#4 begrippen
#* RecA
#* foto van grote groef en kleine groef met donor en acceptor plaatsen
#* DNA footprinting
#*Group 2 introns

===7 januari 2021===
#Iets over structurele kenmerken van transcriptie activators en de bindingsplekken in het DNA.
# 2 deelvragen over eukaryote translatie initiatie
#* Translatie initiatie uitleggen vanaf matuur mRNA in het cytosol (eukaryoot)
#* Regulatie van translatie initiatie, hoe kan het gereguleerd worden als er vb celstress is.
#Wat is homologe recombinatie, geef de moleculaire werking, welke eiwitten komen hier bij kijken.
#Begrippen
#* Sanger sequencing
#* telomerase
#* tekening van riboswitch met FMN als ligand
#* splicingsignalen

===19 augustus 2020===
'''(corona = 2 vragen ipv 3)'''
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men deze lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#4 begrippen
#* RACE
#* mRNA-cap
#* Kozak sequentie
#* Telomerase

===30 januari 2020===
#Leg het ara operon uit
#Hoe kan je op experimentele wijze het begin van de transcriptie vinden en de 5' mRNA?
#In het hoofdstuk transposase werd immunoglobulinegenen besproken, waarom werd dat hier besproken en hoe zien deze eruit?
#4 begrippen
#*Sanger sequencing
#*Foto van splicing met snRNP's
#*Gamma complex
#* Shine-Delgarno box

===17 januari 2020===
#a) Uitleggen start translatie initiatie bij eukaryoten. b) Hoe kan je de initiatie globaal reguleren?
# Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
# Wat is RecA? Waar vinden we het terug en hoe heeft men dat kunnen aantonen? Leg uit aan de hand van een tekening.
# 4 begrippen: riboswitch (afbeelding gegeven), attenuatie, Yeast to hybrid en wobble pairing

===13 januari 2020 NM===
#Wat zijn histonen en hoe reguleren ze de genexpressie?
#Leg de verschillende stappen van translatie elongatie bij prokaryoten uit en de factoren die hierbij nodig zijn.
#Leg het mechanisme van herstel van beschadigd DNA bij E.Coli uit.
#4 begrippen:
#*Sanger sequencing
#*Riboswitch
#*tekening R-loop
#*RecA

===13 januari 2020 VM===
#Geef de structuur, biosynthese van cap structuur van mRNA en vergelijk met prokaryoot.Wat zijn de effecten hiervan?
#Leg uit hoe het ara-peron wordt gereguleerd.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen:
#*DNA footprinting
#*stopcodonsurpressie
#*Tekening pausing & backtracking
#*OriC

===3 september 2019===
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Vergelijk aan de hand van een schema de translatie initiatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#4 begrippen:
#*zink vingers
#*stopcodonsurpressie
#*polysoom
#*rollende cirkel replicatie

===30 augustus 2019===
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Translatie elongatie bij eukaryoten
#Trombonemodel
#4 begrippen: Sanger sequencing, Riboswitch, figuur R-loop, RecA

===23 augustus 2019===
#Structuur histonen en hun effect op de genexpressie
#DNA schade en repair bij E.coli
#Gelijkenis tussen retrovirussen en transposons, verder toelichten op moleculair vlak
#4 begrippen: T(elomeer) loop, antiterminatie, yeast two hybrid methode en nog eentje maar die ben ik vergeten sorry xx

===21 januari 2019 NM===
#Structuur van C-terminaal domein en geef de functies ervan.
#Hoe kan je de start van transcriptie vanaf de promotor vinden (techniek)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?
#Begrippen: Rho onafhankelijke terminatie, Heat shock genes, U6, Wobble paring

===18 januari 2019 NM===
#Gegeven een tabel van genetische code. Leg uit waarom de genetische code zowel een bevroren geval als een resultaat van evolutie is.
#Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
#Door welke mechanismen kunnen bij DNA-replicatie beide strengen simultaan gerepliceerd worden?
#Begrippen: Antiterminatie, Yeast 2 hybrid, tekening van polyadenylatie, herschikking van immunoglobulinegenen.

===14 januari 2019 VM===
#Geef de structuur en functie van prokaryote sigma-factor(en).
#Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?
#Begrippen: S1-mapping, tekening van G-C binding, eIF2a, holiday-junctie

===24 augustus 2018===
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen bij prokaryote en eukaryote promotors die betrekking hebben op eiwit genen. (dus alleen Class 2 voor eukaryoten)
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#begrippen: Riboswitch, tekining Kozak sequentie, telomerase en cDNA-cloning (dit is vanaf mRNA naar DNA gaan om het in een vector in te bouwen, staat voor complementair DNA)

===29 januari 2018 VM===
#Welke rol spelen prokaryote sigma-factor(en) bij de transcriptie? Bespreek hun structuur en functie. (mondeling)
#Hoe kan men experimenteel de transcriptie-start van een gen bepalen voor een bepaalde promoter?
#Replicatie van lineair DNA (niet-circulair) met DNA polymerase vormt een probleem voor de cel. Wat is dit probleem? Hoe lost de cel dit probleem op?
#Begrippen: Riboschakelaar (riboswitch), cDNA-kloning, tekening van kozaksequentie, RecBCD reactieweg (mondeling)

===22 januari 2018 VM===
#Wat zijn histonen? Hoe zijn ze betrokken in de genexpressie? Bespreek het moleculaire niveau.
#Structuur en functie van catabolic activatior protein (cap)
#Waaorom past immunoglobine bij het hoofdstuk over transpositie?
#Begrippen: mRNA cap, tekening van backtracking, oriC, sanger-methode

===18 januari 2018 NM===
#Met welke methode kun je op experimentele wijze de relatieve hoeveelheid van mRNA aantonen?
#Wat is alternative splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Geef het mechanisme van translatie elongatie bij prokaryoten.
#Begrippen: Lacoperon met 3operatoren en CAPsite, Leu-zipper, peptidyltransfer en retrotransposon

===15 januari 2018 NM===
#Geef de verschillen bij transcriptie initiatie tussen prokaryoten en eukaryoten.
#Geef de verschillende mogelijkheden voor transcriptie terminatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#Begrippen: Sanger Sequencing, Zn-vingers, U2 (SNRNP), stopcodonsupressie.

===15 januari 2018 VM===
#Wat is alternatieve splicing? Hoe werkt het en wat is de functie ervan. Geef een concreet voorbeeld. (Mondeling)
#Leg op moleculair niveau translatie-elongatie cyclus uit bij prokaryoten. (Schriftelijk)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?(Schriftelijk)
#Begrippen: DNA-footprinting, figuur zink vinger, polysoom, Holliday junctie (Mondeling)

===6 september 2017 NM===
#Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
#Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: figuur Zn-vinger, polysoom, Shine-Dalgarno box, klem lader (clamp loader)

===28 augustus 2017 VM===
#Structuur, biosynthese en functie van cap bij mRNA van eukaroyten. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van prokaroyten?
#Welke methode(n) worden gebruikt voor het bepalen van de relatieve hoeveelheid van specifiek mRNA? Leg de werkwijzen uit.
#Wat is homologe recombinatie? Welke moleculaire processen vinden plaats en welke eiwitten zijn betrokken?
#Begrippen: Leu-zipper, nucleosoom, startcodon met kozak sequentie, dubbelstrengbreuk

===30 januari 2017 VM===
#Bespreek alternatieve splicing. Hoe werkt het en geef een concreet voorbeeld.
#Tabel van codons. Leg uit: dit wijzigt nooit maar toch is er sprake van evolutie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: DNA footprint, resolvase, Zink finger (op de tekening staan 3 zink fingers), polysoom

===23 januari 2017 VM===
#Bespreek aan de hand van een figuur het trombonemodel van DNA-replicatie. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-replicatie komen in dit model naar voor.
#Bespreek de structuur, functie en regulatie van de prokaryote sigma-factor(en).
#Op welke experimentele manier kun je de transcriptiestart met een gegeven promotor bepalen.
#Begrippen:
#*enhancer
#*cDNA kloning
#*figuur van heatshock gen
#*RecBCD-reactieweg

===20 januari 2017===
#transcriptie terminatie bij pro en eukaryoten uitleggen
#bespreek mRNA Cap-structuur bij eukaryoten (biosynthese, structuur, functie) en vergelijk met prokaryoten
#welke moleculaire processen helpen bij de start van translatie bij eukaryoten. (start van matuur mRNA)
#begrippen
#*enhancer
#*yeast two hybrid method
#*tRNA mimicry
#*herschikking van immunoglobinegenen

=== 19 januari 2017 NM===
#Hoe wordt het ara operon gereguleerd?
#Hoe beinvloeden histonen de genexpressie?
#Wat heeft immunoglobuline met transpositie te maken?
#begrippen
#*Sanger sequencing
#*zinkvinger (afbeelding)
#*polysoom
#*beta-klemlader

=== 16 januari 2017 NM===
#Scanningscomplex van translatie initiatie bij eukaryoten
#Methoden om binding van eiwitten aan DNA te bestuderen
#recA welke functies en werking
#begrippen
#*sanger sequencing
#*tekening zink vingers
#*U2 snRNP
#*stopcodonsuppressie

===16 januari 2017 VM===
#telomeren
#transcriptie bij eukaryoten
#intron/extron splicing
#begrippen
#*cDNA
#*enhancer
#*tekening RNA mimicry
#*recombinatie bij hemoglobine

===16 aug 2016 NM===
#Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?
#Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)
#Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
#Woordjes:
#*Sanger methode
#*Tekening Zinkvinger
#*histonacetyltransferase HAT
#*DNA-mismatch repair

===27 januari 2016===
#Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie
#Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten
#Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.
#Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA

===25 januari 2016===
#trp en attenuatie
#chromatinestructuur
#translatie initiatie eukaryoten + regulatie
#Woordjes:
#*foto footprinting
#*cap mRNA
#*base-excinsieherstel
#*retrotransposons

===18 januari 2016 VM===
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.
#Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.
#Woordjes:
#*Sanger-sequencing
#*Foto van antiterminatie â€“ terminatie
#*Nucleosoom
#*DNA-mismatch repair

===15 januari 2016 NM===
#Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;
#Kleine vraagjes:
#*Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.
#*Leu-zipper
#*Peptidyltransferase
#*Retrotransposons

===14 januari 2016 NM===
#Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.
#Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen.
#BacteriÃ«le transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.
#Woordjes:
#*Northern blotting
#*wobble base paring
#*u6
#*en zo die haarspeld van heatshok

===13 januari 2016===
#Terminatie van transcriptie bij prokaryoten
#Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II
#Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen
#Woordjes:
#*S1 mapping
#*RNA-DNA hybride met intron
#*eIF2 alfa
#*Holliday junctie

===26 januari 2015===
#5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna
#catabolic activator protein structuur en functie
#wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op
#tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination

===14 januari 2015===
#verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten
#alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven
#genconversie uitleggen aan de hand van een figuur
#woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning

===12 januari 2015 (NM)===
#Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen
#Splicing
#RecBCD
#begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e

===12 januari 2015 (VM)===
#transcriptie-initiatie
#translate-elongatie
#transposons bacterie
#woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie

===16 jan 2015===
#Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?
#Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.
#Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?
#Kleine vragen:
#*Afbeelding van een Zn-Vinger
#*Wat is een replisoom?
#*Wat is stopcodon supressie.
#*Bespreek de beta klemlader.

===3 september 2014===
# Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
# Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).
#* Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?
# Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
# Termen:
#* Northern Blotting
#* topoisomerase
#* alternatieve splicing
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===28 Augustus 2014===
# Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?
# Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.
#* Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)
# Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?
# Termen:
#* DNA footprinting
#* telomerase
#* Rollende cirkel replicatie
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===27 januari 2014 (voormiddag)===
# hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)
# waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?
# translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen
# woordjes:
#*antiterminatie
#*ticketing hypothese ofzoiets
#*BER
#*van die eiwitten iets met die herschikkingen

===17 jan 2014 (namiddag)===
#bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten
#bespreek de translatie elongatie cyclus
#bespreek RNA splicing
#woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie

===16 jan 2014 (namiddag)===
# Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteÃ¯ne (CAP)
# Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie
# Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?
# Leg uit:
#* nucleaire receptoren
#* polyadenylatiesignalen
#* stopcodonsuppressors
#* bacteriÃ«le transposons

=== 15 jan 2014 (voormiddag) ===
# Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.
# Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.
# De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Epitoop tagging
#* Type II introns
#* Kozak sequentie
#* Holliday-verbinding

===13 jan 2014 (namiddag) ===
# Transcriptie initiatie bij prokaryoten
# Splicing
# Leg uit:
#*A-DNA
#*Southern blotting
#*HAT
#*eIF4E
# Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)

===13 jan 2014 (voormiddag)===
# bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen
# mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot
# wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe
# leg uit:
#*rho
#*zinkvinger
#*peptidyltransferase
#*splicingsignalen

=== 28 jan 2013(voormiddag) ===

# Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.
# Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* cDNA kloning
#* Figuur van polyadenyleringscomplex
#* Heat shock response
#* Rolling circle replicatie

=== 16 jan 2012(voormiddag) ===

# Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.
# Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Zinkvinger
#* Ribozyme
#* Tekening van tRNA-mimicry
#* Telomerase

=== 24 jan 2011 (voormiddag) ===

idem 18 januari 2010

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beÃ¯nvloeden
# Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit.
#* Leg uit
#* hoe doet men dit experimenteel
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte
#* lariat
#* eIF2 alfa
#* wobble
#* tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)

=== 17 jan 2011 (voormiddag) ===

# Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoÃ«nzym)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten
# Verklaar:
#* Lysogenie
#* Histon H1
#* RT-PCR
#* Fig. 21.34 (onderste deel alleen)

=== 29 jan 2010 (voormiddag) ===

# Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.
# Fig 21.18
# Bespreek kort:
#* C-waardeparadox
#* Kozak-sequentie
#* Epitope tagging
#* EF-Tu

=== 19 jan 2010 ===

# Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.
# Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?
# Bespreek kort:
#* Riboswitch
#* TATA
#* Zinkvinger
#* Figuur met vorming thÃ¨ta-structuur

=== 18 jan 2010 ===
# Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.
# Bespreek fig. 14.27
# bespreek kort:
#* Ribosoombindingsplaats
#* Moleculaire mimicrie
#* RACE
#* beta-clamp

=== 11 jan 2010 ===
# Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.
# bespreek kort:
#* lysogenie
#* H1 histonen
#* RT-PCR
#* Fig 21.34

----

=== 19 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.
# RNA-editing
# fig 4.11
Kaartjes:
# Zink-vinger
# Nick-translatie

=== 16 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.
# Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.
# fig. 14.1
Kaartjes:
# Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.
# Plaatsgerichte mutagenese.

=== 15 jan 2009 (De Ley)===
# DNA:
#* Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).
#* Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.
# Bespreek de eukaryotische polymerases.
# Figuur van pBR322 bespreken.
Kaartjes:
# Zink-vinger
# fig 9.7

=== 25 jan 2008 (De Ley)===
# Plaats gerichte mutagenese.
# Trp operon.
# Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)
# Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.
# Foto van RNA editing.
Kaartjes:
# Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.
# Verschil tussen DNase en DMS footprinting.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)
# Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)
# figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)
Kaartjes:
# Merodiploid: constitutieve operator.
# ProteÃ¯ne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).

=== 17 jan 2008 (De Ley)===
# Expressievectoren.
# Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).
# fig 9.14 (vierde editie)
Kaartjes:
# Epitope tagging
# fig 13.10

=== 14 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek het trp operon.
# Bespreek site-directed mutagenesis.
# vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.
Kaartjes:
# Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.
# De C-waarde paradox.

=== 26 jan 2007 (De Ley)===
# Prokaryoot RNApolymerase en sigma.
# Figuur van RNAlooping.
# S1mapping en primer extension.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Transcriptieterminatie bij prokaryoten.
# RNAediting.
# Figuur van pBluescript.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Reassociatie kinetica.
# Alles over chromatine en H1.
# Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).
Kaartjes:
# Bespreek de sigmacyclus.
# DNA transcriptie.

=== 24 jan 2007 (De Ley)===
# Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.
# Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.
# Foto van R-looping experiment.
Kaartjes:
# Plaque hybridisatie.
# Dnase(1)-hypergevoeligheid.

=== 16 jan 2007 (De Ley)===
# Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteÃ¯nen en hun zuivering).
# Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).
# Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.
Kaartjes:
# Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.
# Figuur 9.18a pag 259 bespreken.

Analytische Biochemie

2026-01-17T11:24:32Z

R1049434: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vak wordt gedoceerd door Peter Dedecker. 75% van de punten staat op theorie en de overige 25% op oefeningen. Je moet slagen op het theoriegedeelte om op het vak te slagen. Vaak komen dezelfde examenvragen terug.

==Examenvragen==
===16 januari 2026 NM===
====Theorie mondeling====
#ADME studies bekijken absorptie, distributie, metabolisme en excretie. Je hebt een molecule X. In welke vorm en hoe wordt de excretie gedaan? Je hebt toegang tot alle apparaten en vormen van het molecule. Molecule X is ook van nature in het lichaam aanwezig.
#: Leg uit hoe je kan onderzoeken waar het molecule X naartoe gaat. Dus welke weg hij aflegt.
#: Hoe kan je vinden welke metabolische producten er gevormd worden, met andere worden in welk molecule(n) is het molecule X verandert door het lichaam?
#: Hoe kan je de snelheid van de opname en afgaven weten?
#Je wilt de concentratie van een ion M+ weten. Hoe doe je dit met een ion-specifieke elektrode, een coulometrie en een amperometrie? Leg elke methode ook uit.

====Oefeningen====
#IEF van 2 peptiden: 'SCHEPEN' en 'PRACHT'
#:a) Welke curve is welk peptide?
#:b) Peptiden worden gescheiden door anionenwisselaar met pH 7,5. Teken het chromatogram, vergeet niet de bindings-en elutieconditites.

===24 januari 2025 NM===
====Theorie mondeling====
#In 1999 zijn er twee baby’s dood gegaan doordat ze per ongeluk een kaliumchloride oplossingen kregen toegediend ipv een glucoseoplossing. Hoe zou jij onderzoeken of een oplossing daadwerkelijk een glucose oplossing is? Geef twee methode en leg uit hoe ze werken. Hoe kan je het weten of je natrium ionen hebt of kalium ionen?
#Grafiek over Phe en PheD5 gegeven
#:a) Teken fenylalanine
#:b) Leg de methode uit (HPLC). Waarom wordt deze gebruikt. Maak een schets. Leg het mechanisme uit
#:c) Wat betekent ‘resolutie’ in deze grafiek (de formules voor resolutie zijn gegeven)
#:d) Wat betekenen delta t(r), W(av) en N in de formule voor resolutie. Maak ook een tekening die de eerste twee uitlegt
#:e) H is afhankelijk van N en L. Wat is H en L? En geef een andere formule dat H beschrijft (de Van Deemter vergelijking)
#:f) voor wat wordt Phe en PheD5 gebruikt?

====Oefeningen====
#Volume van hot and cold oplossingen berekenen
#De activiteit van een stof berekenen na 7 dagen (halfwaardetijd gegeven)

===24 januari 2025 VM===
====Theorie mondeling====
#Een collega wil een kleurloos, niet-fluorescent eiwit tot expressie brengen in E.Coli om daarna het proteïne op te zuiveren en voor andere doeleinden te gebruiken. Het gen kan aangepast worden.
#:a) Hoe kan je testen of het gen tot expressie komt in E.Coli? (eenvoudige manier)
#:b) Hoe kan je het proteïne opzuiveren? Teken bij elke techniek dat je gebruikt de instrumentatie en leg uit.
#:c) Hoe kan je de zuiverheid van het staal testen?
#figuur uit cursus gegeven over IEX
#:a) Welke techniek staat hier beschreven? (schets!)
#:b) Leg uit wat de grafieken bovenaan en onderaan op de grafiek betekenen, wat betekenen de rode, groene, en blauwe lijntjes, wat zijn de zwarte lijnen op de middelste grafiek, wat is de middelste grafiek?
#:c) Wat bepaalt de bandverbreding? Leg dit kwantitatief uit (= geef een formule: Van Deemtervergelijking)

====Oefening====
Hard water in Leuven bevat Calcium en Magnesium. Je neemt een staal van 100ml, dan 10x verdunnen. Hier neem je 80 ml van, twee elektrodes, E = -0,0633V. Dan voeg je 1 ml Mg2+ toe met concentratie 8,0 . 10^(-2). Dan is E = - 0.0488V. De reactievergelijking (Mg2+ 2 e- = Mg en E = 2.37V) en molair gewicht Mg (24g/mol) zijn gegeven.

Wat is de Mg2+ concentratie in het hard water?

=== 17 januari 2025 NM===
====Theorie mondeling====
#Je hebt een klein molecule X die complexen kan vormen met andere eiwitten. Je mag ervan uitgaan dat deze stevig binden. Leg uit welke technieken je zou gebruiken om te testen of en met welke andere eiwitten dit eiwit X gaat binden. Geef een techniek waarbij je X mag modificeren en een waarbij dit niet mag.
#Geef 3 methoden om de Mr van een molecule te bepalen.

====Oefeningen====
# je voert IEF uit op 2 peptiden: 'KRACHT' en 'DENK'
#:a) welk peptide is welke curve? (pKa-tabel gegeven met 3-lettercode)
#:b) peptiden worden gescheiden door anionenwisselaar met pH 7,5. Teken het chromatogram, vergeet niet de bindings-en elutieconditites.

=== 19 januari 2024 ===
==== Theorie mondeling====
#Een collega wil een kleurloos, niet-fluorescent eiwit tot expressie brengen in E.Coli om daarna het proteïne op te zuiveren en voor andere doeleinden te gebruiken. Het gen kan aangepast worden.
#:a) Hoe kan je testen of het gen tot expressie komt in E.Coli? (eenvoudige manier)
#:b) Hoe kan je het proteïne opzuiveren? Teken bij elke techniek dat je gebruikt de instrumentatie en leg uit.
#:c) Hoe kan je de zuiverheid van het staal testen?
#Lange tekst over tomografie (niet belangrijk) beeldvorming gebeurt door absorbantie
#:a) geef de definitie van absorbantie
#:b) geef de wiskundige afleiding van de totale absorbantie als lichtstraal door 2 stalen gaat en je A1 en A2 kent
#:c) geef de totale absorbantie dat door n stalen gaat waarvan je de absorbantie kent
#:d) teken de meetopstelling en benoem, leg uit waarom je dat gebruikt + wat is de invloed als je dit weghaalt? (bijvraag: geef voorbeeld van monochromator)
====Oefeningen====
# je voert IEF uit op 2 peptiden: 'VRYHEID' en 'PRACHT'
#:a) welk peptide is welke curve? (pKa-tabel gegeven met 3-lettercode)
#:b) peptiden worden gescheiden door anionenwisselaar met pH 7,5. Teken het chromatogram, vergeet niet de bindings-en elutieconditites.

=== 18 augustus 2023 ===
====Theorie====
#Er wordt onderzoek gedaan naar CAD (hartaandoening) waarbij urine van een patiënt vergeleken wordt met urine van een niet-patiënt. 4 resultaten die beschrijven welke eiwitten er in het urine aanwezig waren.
#:a) Waarom doet men dit experiment (meer dan 1 reden geven)
#:b) Later werd bekend gemaakt dat men CE-MS heeft toegepast. Wat is CE-MS? Leg uit via eventuele schema's + opstelling geven
#:c) Waarom gebruikt men CE en MS tegelijkertijd? Waarom niet enkel CE of enkel MS? Kunnen we dit zien op de figuur?
#:d) Hoe kan men de eiwitten identificeren?
# Van Deemter vergelijking en bandverbreding uitleggen, een elektroforesemethode geven en dan uitleggen of de Van Deemter vergelijking toegepast kan worden op elektroforese.
====Oefeningen====
#Eiwitten van elkaar scheiden. Beschikbare methodes zijn gelfiltratie, kationenuitwisselaar, anionenuitwisselaar en HIC
#Concentratie bepalen van een eiwit, volume en absorbantie zijn gegeven
#Hoe kan men de zuiverheid van de fracties controleren?

=== 1 februari 2023 ===
====Theorie====
#Je hebt een eiwit X die complexen kan vormen met andere eiwitten. Je mag ervan uitgaan dat deze stevig binden. Leg uit welke technieken je zou gebruiken om te testen of en met welke andere eiwitten dit eiwit X gaat binden.
#Absorbantie

====Oefeningen====
#Size exclusion chromatography. V0 en Vi berekenen etc.
#Tris-HCl buffer

=== 21 januari 2023===
====Theorie====
#Maak een test die antilichamen tegen een bepaald virus detecteert, een test die virale partikels detecteert. Voor beide 1 die de gewone mens zonder labo kan en 1 die in het labo gedaan kan worden
#Via een meetmethode kom je een signaal S uit, hoe kan je het omzetten in een absolute concentratie? Geef 2 methodes (interne en externe standaard)
====Oefeningen====
#Warme en koude stock
#Na-acetaat-azijnzuurbuffer

===8 september 2022===
====Schriftelijk (CORONA)====
#Phenylalanine en phenylalanine 5-D scheiding door liquid chromatography waarbij de stalen meerdere runs doen door de kolom. (Is een experiment dat letterlijk in de cursustekst staat)
##Wat is het experiment? Teken het en op welke manier wordt er opgezuiverd?
##Leg resolutie uit en de termen w en delta t en N, teken een chromatogram waar w en delta t op duidelijk gemaakt worden.
##Van Deemter vergelijking uitleggen.
##Hoe kan je volgens een ander experiment phenylalanine en phenylalanine 5-D scheiden? Leg volledig uit.

====Oefeningen====
#2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
#Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar

===22 januari 2022===
====Schriftelijk (CORONA)====
1. Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit staal verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Geef een eenvoudige methode om deze zuivering te controleren en een meer gesofisticeerde methode. Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit. (Je mag ervanuit gaan dat het eiwit dat we gezuiverd willen hebben gekend is).

2. Je beslist om een preperatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. Leg uit wat 'iso-elektrisch punt' betekent.

====Oefeningen====
Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde drie signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide.
#Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).

Na trypsine behandeling van een ander pepitde ontstonden acht fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze acht fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde (deze waarde krijg je) (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 9 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C&D)

#Leid de aminozuursequentie van het component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven (figuur E). Schrijf de aminozuursequentie met de drieletterscode. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===14 augustus 2021===
====Schriftelijk (CORONA)====
Excretie en metabolisatie analyseren
a) Vanwaar halen we het staal?
b) Hoe toegediende molecule x en metabolieten herkennen? Houd rekening met dat dit molecule ook natuurlijk kan voorkomen in het lichaam
c) Hoe moleculaire structuur te weten komen?
d) Hoe molecule X kwantificeren?

====Oefeningen====
a) Warme en koude stockoplossing
b) Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===11 januari 2021 VM===
====Schrifterlijk (CORONA)====
#Urine stalen van CAD patienten en van gezonde Patienten worden onderzocht op bepaalde eiwitten door middel van CE-MS. Er zijn 4 grafieken gegeven. Wat is CE-MS? Leg werking gedetailleerd uit en teken ze ook beiden. Waarom worden zowel CE als MS gebruikt en niet enkel CE of enkel MS? Hoe worden de eiwitten uiteindelijk geïdentificeerd?

====Oefening====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.

=== 22 agustus 2020 NM===
====Schriftelijk (COVID19)====
#Je krijgt menselijke cellen in overvloed en de Spike Proteïne (deeltje van covid virus) dat normaal gezien aanvalt op menselijke membraan proteïnen. Zorg ervoor dat je kan identificeren op welke menselijke cellulaire proteïnen deze Spike Proteïne zal binden en zorg ervoor dat je ze kan afzonderen van de andere menselijke cellulaire proteïnen. Geef ook alle mogelijke methodes voor het identificeren van de cellulaire proteïnen die zouden binden aan de Spike Proteïne. Stel er zijn meerdere soorten cellulaire proteïnen die binden aan het Spike Proteïne, wat doe je? Teken achteraf ook alle gebruikte technieken en duid de belangrijkste delen en kenmerken aan + leg uit.

====Oefening====
''Zelfde oefening INTERNE STANDAARD met andere getallen dan Oef 6 van WZ6!''
#[Mg2+] in leidingwater moet bepaald worden. De watergroep doet dit door een staal van 100mL (met gezochte[Mg2+]) 10 keer te verdunnen. hiervan wordt dan 80mL genomen en deze wordt in een halfcel gezet. de elektrode duid een potentiaal van E1=-0,0688 V aan. Dan wordt er 1mL [standaard-opl = gegeven conc die ik niet meer weet] toegevoegd aan deze 80mL, en wordt dit verplaatst naar een 2de halfcel. de elektrode duid nu op een potentiaal E2= -0,0466 V aan.
#*Gegeven is de Mr van Mg = 24 g/mol en ook E° van de halfreactie Mg2+ + 2e- --> Mg ; E°= +2,33V (maakt niet uit want E° van de 2 halfreacies vallen weg dus overbodige info!)
#*Bereken de oorspronkelijke [Mg2+] concentratie voor de verdunning.
#* Zet dit om in ppm (parts pro MILLION dus aantal gram [Mg2+] / 10^-6 mg)

=== 30 januari 2020 NM===
====Mondeling====
#Je wilt de proteinen uit een cellysaat identificeren en gebruikt hiervoor CE-MS. Teken en duid de onderdelen aan van beide opstellingen. Waarom gebruik je zowel CE als MS? Leg uit hoe CE werkt en maak tekeningen. Leg het verschil tussen CE en klassieke chromatografie uit en het verschil tussen CE en klassieke electroforese. Welke voor en nadelen zie je? Leg uit hoe je met MS de proteinen kan identificeren. Zijn er meerdere methoden mogelijk?
====Oefeningen====
#*V0, Vi berekenen, Kd berekenen + massa uit elektroforese resutaat
#*Buffer maken

=== 24 januari 2020 NM===
====Mondeling====
Je hebt een nieuw geneesmiddel ontwikkeld en je wil weten waar in een proefdier je dit terug kan vinden en wat de structuur hiervan is. Gegeven is dat het gaat om een klein organisch molecule. Hoe doe je dit en leg alle technieken die je gebruikt hebt uit en teken deze ook.
====Oefeningen====
Oefening op massaspectrometrie: Relatieve molecuulmassa bepalen met behulp van Maldi-Tof en daarna met behulp van MS/MS een aminozuursequentie bepalen en zeggen of dit N-terminaal, C-terminaal of in het midden voorkomt zoals in de oefenzitting.
=== 23 januari 2020 NM===
'''De prof was zelf niet aanwezig, de vervanger deed de mondelinge vragen'''
====Mondeling====
Gegeven een afbeelding (ppt 3 d15) met verschillende vloeiprofielen van KEC en AEC en in het midden de verschillende ladingen van eiwitten in functie van pH.
Gevraagd is uitleg over die afbeelding. Welke techniek het is? (IEC) Wat de techniek doet? Uitleggen hoe de techniek werkt met tekeningen etc. Ook over de Van Deemter vergelijking gevraagd met bijvraagen over HETP, Rs formules (van de les, niet de oefenzitting) etc.
====Oefeningen====
#Oefening ongeveer dezelfde aan oefenzitting 10 (combinatie van alle schedingstechnieken) waarbij ze vragen 6 proteïnen te scheiden en de condities voor en na een scheiding met chromatogrammen erbij.
#Simpele absorbantie oefening (via de regel van 3)

=== 21 januari 2020 NM===
====Mondeling ====
#Geef 3 methodes om de Mr van een onbekend eiwit te vinden, teken deze ook. Hoe kan je uit deze methodes de Mr halen? (MS, SDS Page, SEC, analytische centrifugatie)
====Oefeningen====
# 1) 2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
# 2) Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar
# 3) fosfaatbuffer oefening
===20 januari 2020 NM===
====Mondeling====
# Je hebt een kandidaat-geneesmiddel ontdekt. Welk eiwit gaat met het molecule associëren? Teken en bespreek alle technieken die je hiervoor gaat gebruiken. Hoe ga je het eiwit identificeren? (radio-labeling, HPLC en MS. Identificatie: SDS-PAGE en/of MS)
====Oefeningen====
# Warme en koude stockoplossing
# Natriumacetaat/azijnzuur buffer
# Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===6 februari 2019 vM===
====Mondeling====
We vermoeden dat 2 eiwitten x en y in de cel met elkaar associëren,

a) Hoe kunnen we dit experimenteel bepalen. We kunnen ervan uitgaan dat ze sterk interageren. (Immuno precipatie, SDS)

b) Wat verandert er als een zwakke interactie vertonen? (In vivo)

c) Hoe kan men eiwit Y identificeren? (MS-Western blotting)

(teken alle technieken)

====Oefeningen====
concentratie van een waterstaal berekenen via celpotentiaal en interne standaard

===25 januari 2019 NM===
====Mondeling====
Een test maken om te zien of een persoon aan een bepaalde ziekte lijd (bv. HIV). Je krijgt een staal van de patiënt met de antilichamen. Ontwerp de test, je hebt alles voorhande van antilichamen, antigenen en je kan deze modificeren om een bepaalde functionele groep te hebben (signaal uitzenden)... Zorg ervoor dat de test colorimetrisch gedetecteerd kan worden, welk apparaat hebben we hier voor nodig? Teken dit en duid de onderdelen aan, schets kort de functie van de onderdelen (fotospectrometer). Vergeet niet dat je antilichamen tegen andere antilichamen kan hebben. Zoals konijn anti-rat, kat anti-muis, ... en zo dus ook anti-homo sapiens.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 3 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze driefragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===25 januari 2019 VM===
====Mondeling====

Leg uit: Potentiometrie, Conductometrie en Voltametrie (amperometrie met variërende potentiaal) en leg uit hoe je de concentratie bepaalt voor een analiet M+
Stel dat de reactie voor M+ niet specifiek kan opgaan. Hoe kan je de concentratie bepalen? (selectieve elektrode; haal hier de pH elektrode aan)

====Oefeningen====
Mengsel met monomere proteïnen A,B,C en D gescheiden met 2D elektroforese; Mr en pI gegeven. Geef de eigenschappen van de proteïnen, hoe ze elueren/retentie ondervinden bij gelfiltratiechromatografie en anionenuitwisselingschromatografie en een oefening over de buffers

===26 januari 2018===
====Mondeling====
#Een nieuw gesneesmiddel is gevonden, dit werkt in op een eiwit, je wil testen op welk eiwit dit inspeelt. Stel dat de binding tussen eiwit en molecule stabiel is (dus komt niet los tijdens de experimenten). Hoe ga je dit eiwit vinden en hoe kan je vinden welk eiwit dit is? Schrijf uit welke stappen je onderneemt.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 2 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze twee fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N- of C-terminaal?

===25 januari 2018===
====Mondeling====
#Een team van chemici heeft een organisch geneesmiddel gemaakt en ingebracht in een proefdier. Hoe ga je te werk om te achterhalen in welke vormen (moleculaire structuren) het geneesmiddel voorkomt? Bespreek de techniek(en) die je gebruikt en maak er een schema van.

====Oefeningen====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.
#De buffer is een Na-fosfaatbuffer (pKa'=6.7) met pH7.5 en I=0.1mol/dm^3. Er wordt Na2HPO4*7H2O (Mr=268) en NaH2PO4*2H2O (Mr=156) gebruikt. We willen 1L buffer maken. Laat je denkwijze zien en voer alle berekeningen uit.

===24 januari 2018===

====mondeling====
#Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Hoe ga je te werk om deze zuiverheid te controleren? Hoe ga je te werk als je zeer grote zekerheid wilt over de zuiverheid? Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit.
#Stel dat het eiwit uit meerdere peptideketens bestaat, hoe beïnvloed dit het resultaat bekomen uit voorgaande methode vergeleken met als het slechts uit één peptideketen bestaat?
#Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. (hierbij bijvragen over resolutie en theoretische platen: van deemter vergelijking uitleggen en grafieken kunnen maken)

====oefeningen====
#Je wilt een ATP oplossing maken met radioactief gelabelde P, gegeven info over gewenste oplossing, de scintillatieteller, de hot stock, de cold stock, en Mr van ATP. Maak deze oplossing (dus letterlijk zoals in de oefenzitting)
#Van de gemaakte oplossing gebruik je 25ml direct, en 25ml pas 7 dagen later. Halfwaardetijd van 32P is 14.3 dagen. Hoe radioactief is de gemaakte oplossing nog na deze 7 dagen?
#Als buffer hierbij gebruiken we een natriumacetaat buffer. We wensen 100ml met een ionische sterkte van 0.1M. Verder nog info over Mr en dichtheid van HOAc gegeven. Bereid deze buffer.

===5 september 2017===

====mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====schriftelijk====
#capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese
#begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller

====oefeningen====
#8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken
#hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is
#oef met wet van lambert-beer

===27 januari 2017 VM===
====mondeling====
#ELISA: je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)
#leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening

====schriftelijk====
#eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag
#* leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren
#*wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit
#begrippen
#*vlam ionisatie detectie
#*isocratische elutie
#*brekingsindex detector

====oefeningen====
#biureet tabel aanvullen
#absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm
#standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit
#*Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3
#*Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00
#* hoe maak ik een 1l buffer?

=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefening====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening====
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening====
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteïnes zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer).
*Welk proteïne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.)
*Je wilt die proteïnes scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

<br>OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Bio-Organische Chemie

2025-06-13T21:46:04Z

R1049434: /* 13 juni 2025 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.
Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.
Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.
Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Mario Smet.
Het examen duurt 3 uur.

''2022-2023''
*aanpak vak
**Prof Mario Smet
**Voor het examen minstens 3.2/8 voor zowel het deel van theorie als oefeningen, anders maximaal een 9 (helaas durft hij ook een 3.1 te geven)
**Er zijn ingesproken ppt's die zeker een aanrader zijn om te bekijken, belangrijkste zaken worden duidelijk uitgelegd
*Kwaliteit cursus
**Slides zijn duidelijk en bevatten zeker de belangrijkste informatie
**Handboek kan handig zijn voor extra informatie of verduidelijking van bepaalde delen, maar ik heb dit zelf amper opengedaan dus zeker niet noodzakelijk om te kopen
*Examenvragen
**Telkens één theorievraag over een reactiemechanisme (regel van Zaitsev en Markovnikov belangrijk) met ordenen op basis van reactiviteit en naamgeving van producten!!
**Eén theorievraag over een voorbeeld (komen steeds terug, zijn er in totaal een stuk of 14 (document met deze vragen voor 2024-2025: https://docs.google.com/document/d/e/2PACX-1vRY7b09HsmvVWGNBrcGEXsHcZEtJk-kMeF07rW-tDXwXgheNmEfFHfIp7nmVvFat1X-NtERZpXgm6VM/pub)) belangrijk om hierbij te weten waarom bepaalde zaken zo zijn.
**Bij de oefeningen vraagt hij naar mijn gevoel van alles iets, dus aminozuren zeker uit het hoofd leren en al de reactiemechanismes begrijpen.
*Labo's
**Zijn niet al te moeilijk
**Zie dat je op tijd bent voor de prelabtest, ze hebben geen medelijden met u, zelfs als je er niks aan kon doen :(
**Als er ergens iets van berekeningen in het labo voorkomen, worden deze vaak op de prelabtest gevraagd

==Examenvragen==
===13 juni 2025===
Theorie
# gegeven structuren ondergaan een AE met HCl: A: propeen B: methylprop-2-enoaat C: methoxyetheen D: styreen
## Geef het reactiemechanisme van molecule A.
## Rangschik de moleculen volgens afnemende reactiviteit. Toon aan d.m.v. substituenteffecten en grensstructuren waar nodig.
## Geef de skeletnotatie van alle reactieproducten en schrijf de IUPAC-naam van de reactieproducten van A en B.
# Gegeven structuren en namen: limoneen, terpinoleen en alfa-terpineol.
## Schrijf alle reactiemechanismen uit vanuit nerylpyrofosfaat.
## Van welk alkaan (limoneen en terpinoleen) lijkt de vorming het meest waarschijnlijk. Motiveer je antwoord.
## Limoneen kan kan gehydrogeneerd worden met twee diwaterstofmoleculen. Teken de meest stabiele conformatie van elk van de twee bekomen alkanen.
Oefeningen (bundel B)
# Gegeven: 2-amino-2,3,4-trimethylhexaan-3-thiol
## Teken het moleculen uit en duid alle chirale koolstoffen aan met een sterretje. Hoeveel stereo-isomeren heeft dit moleculen?
## Teken voor elk isomeer de Fisher- en Newmannprojectie (C3-C4).
## Duidt voor elk chirale koolstof op alle isomeren de prioriteiten aan en geef de configuratie (S/R).
## Leg uit: enantiomeren, diastereomeren en mesovorm. Zeg welke isomeren enantiomeren en/of diastereomeren zijn van elkaar. Is er een mesovorm?
## Is het thiol primair, secundair of tertiar?
## Wat is het oxidatiegetal van C2?
# Je krijgt een oplossing van 1 suiker. Het suiker kan lactose, sacharose of maltose zijn. De oplossing geeft een bruin-rode neerslag bij de Fehlings-test. Welke stelling is correct?
## Het suiker is lactose.
## Het suiker is sacharose.
## Het suiker is maltose.
## Er zijn te weinig gegevens.
# Motiveer je antwoord en geef de nodige reactievergelijkingen.
Oefeningen (bundel C)
# Aminozuren
## Schrijf alle vormen bij de juiste pKa's uit van leucine en arginine.
## Gegeven: 100mL volledig geprotoneerd arginine (0.1M) en een basische oplossing van 0.1M. Bereken de pH bij het toevoegen van 150mL en 200mL basische oplossing. Schrijf duidelijk de vorm van het AZ op.
# Reactiemechanismen
## 2-butanon(structuur) ->(?) 2-butanol(structuur) ->(HBr) ?(structuur)
## 1-broombenzeen(structuur) ->(AlCl3/CH3COCl) ?(structuur in skeletnotatie) en reactietype gevraagd
## methyl-2-methylpropanoate ->(H2O/H+) ?(structuur in skeletnotatie) en reactiemechanisme en reactietype gevraagd

=== 27 augustus 2024===
Theorie
# 4 structeren: 1-hydroxy-1-methylcyclohexaan, 1-fenyl-1-hydroxycyclohexaan , 1
## Schrijf het mechanisme voor dehydratie met geconcentreerd zwavelzuur en temperatuursverhoging van verbinding A
## Beoordeel en rangschik de reactiviteit van bovenstaande structuren voor dit mechanisme, werk met grensstructuren en substituenteffecten
## Geef de IUPAC naam voor verbinding A en B
# Suikerevenwichten van fructose in furanose en pyranosevorm gegeven
## Waarom komt de betafuransevorm minder voor dan de alphafuranosevorm?. Verklaar
## Waarom komt de betapyranosevorm minder voor dan de alphapyranosevorm? Verklaar
# Suikerevenwichten van ribose in furanose en pyranosevorm gegeven
## Welke veranderingen in de suikerevenwichten verwacht je indien het ribose chemisch wijzigt in deoxyribose? Welke implicaties heeft dit voor DNA?

Oefeningen (eerste bundel)
# Bacterieel antibioticum penicilline gegeven (structuur)
## Duid alle chirale C-atomen aan
## Teken het molecule in projectievorm waarbij alle chirale C-atomen een S-configuratie hebben. Duid de prioriteiten aan.
## Geef het oxidatiegetal van het aangeduide atoom
## Geef het enantiomeer van het molecule uit vraag b
## Geef een epimeer van het molecule uit vraag b
## Teken een resonantiestructuur van het molecule waarbij je geen gebruikt maakt van de benzeenresonantie
# Gegeven de structuur van meta-broom-acetylbenzeen, welke van de volgende opties is waar?
## Eerst bromering, dan acetylering
## Eerst acyletylering, dan bromering
## Volgorde onbelangrijk, reactie met eerst bromering verloopt trager
## Volgorde onbelangrijk, reactie met eerst acetylering verloopt trager

# Verklaar je antwoord uit vorige vraag met resonantiestructuren van intermediairen

Oefeningen (bundel 2)
# Gegeven een volledig geprotoneerde glutaminezuuroplossing van 0,10M
## Bereken de pH van de oplossing na toevoeging van 150mL en 200mL 0,10M-NaOH-oplossing
## Waarom vertoont glutamine geen basisch karakter, maar lysine wel? Verklaar

===22 juni 2024===

Theorie

#4 structuren gekregen: fenyletheen, 4-vinylfenol, 1-nitro-4-vinylbenzeen, fenol. Deze ondergaan een additie met HCl.
##geef het reactiemechanisme van A
##rangschik op reactiviteit. verklaar met substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig
##geef de reactieproducten van A, B en C en de IUPAC-naam van het reactieproduct A en B
#Retro-aldolreactie bij de glycolyse wordt gekatalyseerd door het enzym aldolase.
##Geef het reactiemechanisme van de retro-aldolreactie van fructose-1,6-difosfaat
##Waarom moet glucose-6-fosfaat geïsomeriseerd worden naar fructose-6-fosfaat
##Aldolase katalyseert nog een reactie in het lichaam, namelijk de reactie van dihydroxyaceton(niet zeker) met D-erytrose. Geef de Fischervoorstelling van het reactieproduct.

Oefeningen

#Aminozuren
##Bereken het Iso-elektrisch punt van arginine en isoleucine. schrijf ook de structuur bij die pH.
##100 ml Isoleucine-oplossing van 0,100 mol/L wordt getitreerd met een NaOH-oplossing van 0,100 mol/L. Geef mij de pH bij toevoeging van 50 ml en 200 ml NaOH-oplossing en teken de structuur van isoleucine bij die pH’s.
#Reactiemechanismen
##Benzeen gekregen wat toevoegen om 1-fenylethanon te krijgen (Antwoord: FeCl3 + ethanoylchloride)
##Ethoxyethaan + HBr → ? (ook zeggen welk reactietype)
##?
#?
#Meerkeuzevraag over Claisencondensatie. 4 IUPAC-namen van esters gekregen teken structuurformule van elk ester. De 4 esters ondergaan een Claisen Condensatie, bij 3 esters is het een aflopende reactie, bij 1 ester een evenwichtsreactie. Bij welke evenwichtsreactie en waarom?
##butylethanoaat
##ethylbutanoaat
##ethyl-2-methylbutanoaat
##ehtyl-3-methylbutanoaat

===10 juni 2024===
Theorie
# 4 structuren: ethaanzuurbromide, ethaanzuurchloride, 2-oxyethaanzuurbromide, dietheenzuuranhydride. deze ondergaan een nucleofiele substitutie met water
##geef het reactiemechanisme van A
##rangschik op reactiviteit. verklaar met substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig
##geef de reactieproducten en de IUPAC-naam van A en C
# om alfa-ketoglutaraat te decarboxyleren maakt de natuur gebruik van het coënzym thiaminepyrofosfaat die reageert na deprotonatie.
##Geef het reactiemechanisme
##Geef 2 redenen waarom het coënzym zo goed gedeprotoneerd wordt
##Wat is het voordeel van het binden van dit coënzym?
##Wat is het voordeel van dit biologisch proces?
Oefeningen
# je wil een aminozuurmengeling van tryptofaan en lysine scheiden met behulp van elektroforese bij een pH van 9,1. Bereken het voorkomen van de vormen en waar ze zullen voorkomen (Kathode, Anode of ertussenin). Laat ook duidelijk de structuur van deze aminozuren zien.
##waarom is de stikstof op de tryptofaan niet basisch
# gegeven but-1-een naar 1-methylbutan-1-ol. Welke substraat heb je nodig om van de eerste naar de tweede gegaan (structuren waren gegeven) als je dan met H3PO4 zit en een verandering in temperatuur welk product bekom je (was al een reactiepijl gegeven)?
# reactie met methoxybenzeen, ethaanzuurchloride en AlCl3 (structuren gegeven). Geef het reactieproduct en het reactietype.
# mechanisme en reactietype gevraagd van 2x fenylmethanal (structuur gegeven) met OH-
# suikering gegeven met een zesring waarbij OH op C1 naar boven, alsook C2 en C3, bij C4 naar beneden en C5 de CH2OH ook naar beneden.
##geef de fisherstructuur van dit suiker en teken de stabielste conformatie op de newmann-projectie van C3 en C4
##geef de volledige naam van dit suiker
##geef van C1 en C2 de absolute configuratie (R of S) geef hierbij ook de prioriteiten
##Leg uit wat 1,3 diaxiale interacties zijn en geef dit weer op een duidelijke tekening
# oxidatie van ascorbinezuur naar dehydroxy-ascorbinezuur gegeven (zie practicum) en 3 stellingen (hieronder): duid de stellingen aan die correct zijn en geef bij iedere uitleg
##Er gebeurt een oxidatie en het oxidatiegetal van de C-atomen gaat van +1 naar 0
##Is de H in kwestie die met de laagste pKa?
##Is de stereochemie juist of kwam het eindproduct eerder van een andere stereo isomeer
===2 september 2023===
https://drive.google.com/file/d/1GMpzdW-Fuazq4zCe9Y40D8DgJyVk2-a7/view?usp=drive_link
===24 juni 2023===
#Je kreeg 4 verbindingen (ik denk 2-bromo-2methylpropaan, 2-bromopropaaan, 4-bromo-2-penteen en 4-bromo-1-penteen; kloppen niet helemaal, maar principe blijft hetzelfde).
##Voor 2-bromo-2-methylpropaan moest je de E-reactie uitschrijven.
##Zeggen in welke volgorde deze verbindingen het snelste zou reageren bij een E1-reactie (aan de hand van substituent effecten en eventuele grensstructuren.
##Voor elke verbinding het reactieproduct geven en IUPAC naam geven.
#Er wordt ATP gevormd bij de afbraak van een suiker in de glycolyse en krebs-cyclus.
##Geef de reactieproducten en waarom kan er ATP gevormd worden?
##Het grootste deel van de energie komt in een andere vorm vrij, hoe gebeurd dit?
#Meerkeuzevraag over Claissencondensatie van ethylacetaat (was een andere benaming, maar vooral het ethyl deel is belangrijk dus maakt niet echt uit). Welk reagens moet je gebruiken om ervoor te zorgen dat je slechts één reactieproduct hebt. Opties waren denk ik: methioxide, ethioxide, hydroxide, er wordt altijd meer dan één reactieproduct gevormd (eventuele grensstructuren hier niet mee rekenen) (meeste hadden ethioxide) en dan moest je nog aantonen met het relevante deel van de reactie, waarom de andere niet zouden kunnen.
#Reactiemechanismen
##Je kreeg aceton en je moest zeggen wat je moest toevoegen om iets te bekomen (je moest OH- toevoegen, maar weet even niet meer wat je dan bekomt) en dan voeg je H2O en H+ toe en moet je het reactieproduct geven (2,2-propaandiol)
##Ik denk 2-Methylcyclopentanone en solvent gekregen, zeggen welk reactieproduct je bekomt en wat het reactiemechanisme is (nucleofiele acylsubstitutie)
##Je kreeg ethylbenzeen met als solvent AlCl3 en acetylchloride (hiervan maak je AlCl4- en CH2CO+) je moest zeggen welk reactiemechanisme (nucleofiele aromatische substitutie) en dit ook uitschrijven
#Zwitterion en IP van arginine en glutamine geven en zeggen welke pH je krijgt bij het toevoegen van 250ml NaOH aan 100 ml 0.1M glutamine
#
##S/R van chirale koolstoffen van D-xylulose geven + Newman projectie rond C3 en C4
##In stappen geven hoe je alfa-L-xylulofuranose bekomt (ringsluiting tekenen dus), het enantiomeer hiervan geven (bèta-versie) en zeggen of het een epimeer is, beide begrippen uitleggen
===8 juni 2023===
#4 structuren: propeen, ethyleen pyrrool?, styreen , benzeen met etheen op en methoxy groep op. elektrofiele additie met waterstofbromide.
##Geef het reactiemechanisme van propeen
##Rangschik de reactiviteit van de verschillende structuren, maak gebruik van substituenteffecten en teken grensstructuren
##geef de IUPAC-naam van structuur a, b, c en schrijf alle reactieproducten uit
#Gegeven: D-glucose in de verschillende vormen: beta-D-glucopyranose, alfa-D-glucopyranose, beta-D-glucofuranose en alfa-D-glucofuranose en het voorkomen ervan in percentages
##Waarom komen de furanose vormen zo weinig voor?
##Waarom komt het beta-anomeer meer voor dan het alfa-anomeer?
##hoe komt het dat het alfa-anomeer dan toch nog voorkomt?
##Vergelijk dit nu met D-mannose, maak een voorspelling van hoe de verschillende vormen zullen voorkomen?
#Aminozuren:
##Waarom heeft de R-groep van asparagine geen basische eigenschappen (asparagine heeft geen pKr)
##We willen tyrosine en asparagine scheiden met behulp van elektroforese bij pH = 9,0. Schrijf voor beide aminozuren de verschillende vormen uit en verklaar welke vorm bij deze pH voor zal komen. Waar zullen de aminozuren zich bevinden: anode, kathode, tussenin
#Gegeven: benzeenring met broomsubstituent en -C2H5 substituent. Bij het bereiden hiervan moet je...
##...eerst bromeren?
##...eerst aklyleren?
##...volgorde maakt niet uit, maar als je eerst bromeert gaat de reactie langzamer
##...volgorde maakt niet uit, maar als je eerst alkyleert gaat de reactie langzamer
#Gegeven: een structuur met 2 chirale koolstoffen (ook een amidegroep op 1 einde, en een chloor groep)
##teken de fisherprojectie van ALLE stereo-isomeren, geef ook de stabielste newman-projectie
##Bepaal van elke chirale C de R,S-configuratie en geef de prioriteiten weer
##Wat is het OG van de C met de amide groep
##Welk van de stereo-isomeren zijn ook diastereo-isomeren, verklaar deze term
##Duid aan waar een nucleofiele substitutie zou kunnen plaatsvinden, verklaar ook waarom
#Reactie mechanismen zoals aangegeven op stramien

=== 3 september 2022 ===
# 4 moleculen met dubbele binding gegeven, sommige met substituenten
## Reactiemechanisme voor molecule A uitschrijven (CH2=CH-CH2-CH3)
## Rangschikken volgens reactiviteit in een reactie met HBr en argumenteren met substituenteffecten en grensstructuren
## Reactieproducten voor alle 4 opschrijven en 2 ervan benoemen met IUPAC naam
# gegeven: glucose in openketenvorm, alfa-D-glucopyranose, beta-D-glucopyranose, alfa-D-glucofuranose en beta-D-glucofuranose met percentages van hoe vaak ze voorkomen
## waarom komt de furanosevorm zo weinig voor
## waarom komt de betavorm meer voor dan de alfavorm
## waarom komt ondanks vraag b de alfavorm toch nog zo vaak voor
## maak zelf een voorspelling voor de percentages van voorkomen voor alle vormen van D-mannose
# teken 2-amino-2,3,4-trimethyl-3-hexaanthiol
## hoeveel stereo-isomeren zijn er?
## teken van alle stereo-isomeren de fischer projectie en meest stabiele conformatie in de newman projectie over C3-C4 as, duid chirale centra aan
## bepaal voor alle chirale centra de absolute configuratie
## is het een primair, secundair of tertiair amine? En dezelfde vraag voor thiol?
## bepaal de oxidatietrap van C2
# 5 namen van moleculen gegeven, welke kunnen het reactieproduct zijn van een aldolcondensatie? Voor degenen die niet kunnen: leg uit in 1 zin waarom niet. Voor degenen die wel kunnen: geef de beginproducten.
# reactiemechanismen
## vul onderstaande reactiesequentie aan: alkaan met -OH —> alkeen —> ? (boven de eerste pijl stond ook een vraagteken en boven de tweede pijl +Cl2)
## schrijf reactiemechanisme uit: benzeenring met -OCH3 substituent reageert met HNO3 en H2SO4
# aminozuren
## bepaal voor een titratie van 100 mL 0,1M isoleucine de pH bij toevoeging van 150mL en 200mL NaOH
## waarom is de pKa van glutamine lager dan van isoleucine
## teken beide aminozuren uit

=== 25 juni 2022 ===
# 4 moleculen gegeven die reageren volgens reactietype E1 ter vorming van HCl : twee chlooralkanen met benzeenring en twee zonder, een van de twee met benzeenring had methoxy-groep op de benzeenring
## Geef reactiemechanisme voor een van de twee chlooralkanen zonder benzeenring
## Rangschik volgens stijgende reactiviteit en beargumenteer met substituenteffecten. Geef grensstructuren indien relevant.
## ...
# Geef het reactiemechanisme en vergelijk onderling, beredeneer ook voor de basische hydrolyses of het gaat om een mono- of bimoleculair proces:
### hydrolyse van een carbonzuurester in basisch milieu
### hydrolyse van een fosfaatester in basisch milieu
### hydrolyse van een fosfaatester in zuur milieu
## Bespreek kort het verschil in reactiviteit van mono-, di-, en tri-alkylfosfaatesters bij hydrolyse in basisch milieu
## In de glycolyse komt energie vrij bij het hysrolyseren van het acylfosfaat 1,3-difosfoglycerinezuur dat wordt gebruikt om ADP om te zetten in ATP. Voor de vorming van acetyl-CoA uit acetylfosfaat (ook een acylfosfaat) is ATP nodig. Bespreek kort deze schijnbare tegenstrijdigheid.
# Stereochemie
## Geef de Haworthprojectie van beta-L-arabinopyranose
## Geef de absolute configuratie van C2 en C4 en duid nummering aan
## Wat zijn de oxidatietrappen van C1 en C3?
## Geef de (stabielste) Newmanprojectie van het conformeer volgens de C3-C4 as
## Hoeveel 1,3-diaxiale repulsies komen ervoor in dit molecule? Maak een tekening die dit duidelijk weergeeft
# Aminozuren
## Onder welke vormen komen glutaminezuur en tryptofaan voornamelijk voor bij pH = 6,00?
## Waar bevinden de AZ zich na elektroforese bij deze pH? Aan de anode, kathode of ertussen?
## Waarom is de zijketen van tryptofaan niet basisch?
# Verloopt de substitutie van propaanzuur naar methylpropanoaat het best in zuur of in basisch milieu? Of kan beide? Verklaar grondig en teken het bijbehorende reactiemechanisme.
# Vraag over reactiemechanismen zoals aangegeven op het stramien.

=== 9 juni 2022 ===
# 4 benzeen ringen gegeven (3 daarvan met substituenten)
## Reactiemechanisme uitschrijven voor een gewone benzeen tot chloorderivaat (SeAr)
## Rangschikken volgens reactiviteit, grensstructuren tekenen en substituenteffecten verklaren.
## Van de 4 chloorderivaten de IUPAC-naam geven en eindstructuur tekenen
# Geef de retro-aldolreactie bij de glycolyse
# Oefening op suikers (je kreeg een cyclisch suiker)
## Teken de fisher en de Newman projectie
## Geef het oxidatie getal van 2 C en zeg of het R of S is
## Geef de naam van het suiker
## Leg de begrippen epimeer en anomeer uit en teken deze vormen van dit suiker
# Oefening op aminozuren
## Je kreeg 2 aminozuren bij een bepaalde pH en je moest zeggen als dit een goede pH was om een elektroforese te doen, indien dit niet zo was moest je uitleggen waarom en een betere pH waarde geven.
# Je kreeg 4 verbindingen en je moest zeggen welke een kleurreactie (oranje/groen) zouden geven
## Alcoholtest -> oxidatie van alcoholen tot ketonen of carbonzuren uitleggen
# Oefening op reactiemechanisme

===28 augustus 2021===
# 4 moleculen gegeven waarop het gaat reageren met HCl
## werk reactiemechanisme uit voor 1 van de moleculen
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef reactieproducten van alle moleculen en geef IUPAC naam voor 2
# geef reactiemechanisme van de deanimatie van glutamine
# L-xylulose, Bepaal R/S configuratie
## Teken stabielste Fischer en Newman voor de C3-C4-as
### ???
# Voor welk van deze 3 producten kan niet een aldolcondensatie ondergaan? Leg uit waarom niet en geef de reagentia wanneer het wel gaat.
##de reactiemechanisme invullen: onbrekende reagentia en product
### een stof gegeven met de reagentia, welke reactiemechanisme en schrijf uit
#titratie van asparagine met NaOH: berekenen de pH bij toevoeging van 100ml en 200ml NaOH;
##waarom heeft asparagine geen basische eigenschap zoals lysine. Geef ook de structuren

===28 augustus 2020===
#4 moleculen gegeven waarop nucleofiele substitutie gebeurt met natriummethoxide
## werk reactiemechanisme uit voor 1 van de moleculen
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef reactieproducten van alle moleculen en geef IUPAC naam voor 2
# Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit.
# Voor welk van deze 4 producten kan er een aldolcondensatie zijn opgetreden? Leg uit waarom niet en geef de reagentia wanneer het wel gaat.
# Oefening op aminozuren en bepalen welke vorm er voorkomt bij een bepaalde pH en als je een gelelektroforese doet welke waar dan voorkomt, az zijn tryptofaan en glutaminezuur
# Oefening op suiker: welke suiker is dit? Geef stabielste newmann vorm in C3-C4 formatie, R of S van C2 en C5, teken epimeer dat geen anomeer is
#oefeningen op reactiemechanismen

===25 juni 2020===
#4 moleculen (esters) gegeven, waarop nucleofiele substitutie gebeurt
## Werk het reactiemechanisme voor één van de moleculen volledig uit. (methylethanoaat)
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit dmv substituenteffecten
## Geef de reactieproducten van alle moleculen en geef hun IUPAC naam
#Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld.
#Voor welke van volgenden bestaat er een mesovorm, teken deze en leg uit wat mesovorm is. (1-butanol, butaan2,3diol, butaan-1,2,3-triol, butaan-1,2,3,4-tetraol)
#Oefening op aminozuren:
## Waarom heeft proline een hogere pKa' dan alanine + teken deze aminozuren
## Welke vorm van alanine komt het meest voor bij toevoegen van 150 mL? Bereken deze pH.
#Oefening op suikers: suiker gegeven
## Geef IUPAC naam
## Bepaal R/S configuratie voor C2 en C5
## Teken stabielste Fischer en Newman voor de C3-C4-as
## ?
#Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme.

===14 juni 2020 (16u)===
#4 moleculen gegeven: E1 reactie van HCl: mechanisme geven, reactieproducten tekenen en benoemen
#Bespreek de oxidatieve deaminering van glutaminezuur met de nodige coënzymen/cofactoren. Geef het reactiemechanisme van de tweede stap zonder enzymen.
#Een molecule gegeven in stoelvorm (geen suiker): teken de fisherprojecties van alle stereomeren, teken newmann projectie van 1 op c2-c3 in stabielste vorm en zeg S of R config, welke zijn enantiomeren, diastereomeren, is er een mesovorm? En leg de begrippen kort uit. Geef oxidatietrap van aangeduide koolstofatoom.
#lysine en valine tekenen en IP berekenen, waarom is de pkr van lysine groter dan de pka' van valine?
#Wat zijn de product(en) die worden gevormd als E-2-hepteen en dichloor reageren?
##2s,3s 2-dichloorhepteen
##2s,3r
##2r,3s
##2r,3r
#Oefeningen op reactiemechanismen

===12 juni 2020 (16u)===
#4 moleculen gegeven, waarop elektrofiele additie van water in zuur milieu gebeurt
## Werk het reactiemechanisme voor één van de moleculen volledig uit.
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef de reactieproducten van alle moleculen en geef hun IUPAC naam
#Waarom kunnen alcoholen niet gemakkelijk een SN-reactie ondergaan? Geef 2 voorbeelden van een SN-reactie van een alcohol, schrijf het mechanisme. Reageert fenol op dezelfde manier? Teken en leg uit. Hoe kunnen SN-reacties van alcoholen mogelijk gemaakt worden in biologische systemen?
#Oefening op suikers en stereochemie:
## Geef de Haworth-projectie van bèta-L-gulofuranose
## Teken het enantiomeer van deze molecule en benoem het.
## Configuratie (R/S) van C2 en C5 bepalen + oxidatietrap geven
## Stabielste Newman-conformatie langs C4-C5 as
#Oefening op aminozuren:
## D-vorm van tyrosine en alanine tekenen en conformatie geven.
## Oefening op pH berekenen
# Gegeven een staal met één onbekende suiker. Na het uitvoeren van een Fehlingstest zie je een roodbruine neerslag ontstaan. Aantal suikers gegeven, aanduiden welke het mogelijk kan zijn. Leg uit wat deze test precies en verklaar je keuze.
# Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme. Eerste was zuurgekatalyseerde estervorming. Tweede eliminatie van water. Derde aldolcondensatie

===7 juni 2020===
#4 moleculen gegeven waarop een Sn1 wordt gedaan met ammoniak
## Werk het reactiemechanisme voor de eerste molecule uit
## Welk molecule reageert het snelst? Leg uit adhv substituenteffecten
## Geef de reactieproducten van de andere 3 moleculen en ook de IUPAC naam
#Geef de retro-aldolreactie bij de glycolyse
## Wat is de katalysator en waarom gaat de retro-aldolreactie niet bij glucose?
#Gegeven een benzeenring met daarop een nitrogroep en alkylgroep. Gebeurd er eerst alkylering of nitrering? Gebruik in je uitleg grensstructuren
#Oefening op molecule dat geen suiker was! Maar je moest R/S bepalen, Fischer schrijven, Newmann projectie, en diastereomeren en enantiomeren aanduiden (+ kort uitleggen wat dat betekend)
#Oefening op aminozuren en bepalen welke vorm er voorkomt bij een bepaalde pH en als je een gelelektroforese doet welke waar dan voorkomt (zoals in de oefenzitting gewoon)
#standaard oefening die er elk jaar is met reacties aanvullen enzo

===17 juni 2019 (namiddag)===
#4 moleculen (ester, ester met halogeen, anhydride, amide) waarop de nucleofiele substitutie van water in basische omgeving wordt uitgevoerd.
##Werk het reactiemechanisme uit voor het ester.
##Rangschik volgens afnemende reactiviteit.
##Geef de naam en structuur van beide reactieproducten.
#Bespreek de oxidatieve deaminering van glutaminezuur met de nodige coënzymen/cofactoren. Geef het reactiemechanisme van de tweede stap zonder enzymen.
#Oefening op suikers.
##Bespreek de R/S configuratie van de chirale centra van D-xylose.
##Is D-xylose een aldose of ketose?
##Geef de stabielste Newman-projectie op C3-C4.
##Bepaal de oxidatietrap van C1 en C5.
##Maak van L-xylose beta-L-xylose.
##Welk reactietype is de ringsluiting van suikers? Welke katalysator wordt vaak gebruikt?
##Geef het anomeer van beta-L-xylose. Is dit ook een enantiomeer?
#Oefening op aminozuren.
##Geef de 2R,3R configuratie van isoleucine.
##Wat is de pH van 100 ml isoleucine (0.1M) na toevoeging van 150 ml NaOH (0.1 M)?
##Waarom heeft glutamine een lagere pKa dan isoleucine?
#Waarom wordt het reactie-evenwicht bij de Claisencondensatie van ethyl-2-methylpropanoaat met ethoxide niet naar rechts getrokken (in tegenstelling tot andere Claisencondensaties)?
#Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme.

===17 juni 2019 (voormiddag)===
#4 moleculen met dubbele bindingen gegeven waarop elektrofiele additie gebeurt
##van 1 reactiemechanisme uitwerken
##rangschikken volgens reactiviteit door middel van substituenteffecten
##eindproducten geven + IUPAC naam geven
#vetzuursynthese uitleggen met coënzymen erbij
##uitleggen waarom je malonycoa nodig hebt en wat de gelijkenis ervan is met claisen-condensatie
#molecule gegeven: menthol
##chirale c aanduiden, hoeveel stereo-isomeren, R/S van chirale c, geef stabielste configuratie, geef diastereoisomeer dat epimeer is, enantiomeer geven, stabielste configuratie van enantiomeer geven, je krijgt een paar newmanprojecties waarvan je moet zeggen welke de juiste is, oxidatiegetal van aangeduide c geven
#geef 3D structuur van R glutaminezuur
##is deze D of L?
##welke vorm(en) komt er vooral voor op ph 8,8
##uitleggen waarom N in de R groep niet basisch is en die van lysine (ook tekenen) wel
#je krijgt een benzeenring waarop een de ene kant een ch3 hangt en op de tegenovergestelde kant een acylgroep, je moet uitleggen via grensstructuren wat het juiste antwoord is
##eerst alkyleren, dan acyleren
##eerst acyleren, dan alkyleren
##volgorde maakt niet uit, maar acyleren is trager
##volgorde maakt niet uit, maar alkyleren is trager
#je krijgt een reactie waarvan je de reagentia en reactieproducten er nog moet bij zetten
##reactie is eerst een eliminatie en dan een additie
#je krijgt een cyclisch carbonzuur en dit gaat reageren amine, geef de reactieproducten in skeletnotatie en zeg wel reactiemechanisme
#een cycloalkaan waar een broom aanhangt gaat reageren met naoh, geef het reactieproduct(en) en zeggen welk reactiemechanisme het is en ook het reactiemechanisme uitschrijven
===14 juni 2019 (namiddag)===
# 4 benzeen ringen gegeven (3 daarvan met substituenten)
## Reactiemechanisme uitschrijven voor een gewone benzeen tot chloorderivaat (SeAr)
## Rangschikken volgens reactiviteit, grensstructuren tekenen en substituenteffecten verklaren.
## Van de 4 chloorderivaten de IUPAC-naam geven en eindstructuur tekenen
# De glycolyse genereert op 2 plaatsen ATP en de Krebs-cyclus op 1 plaats. Teken de reagens en het product van de reacties. Leg uit waarom de moleculen energie genereert.
# Suiker oefening met L-Talose tot alfa-L-talose, Wat is de katalysator?, Reactietype?, Enantiomeer, Stabielste Newman-projectie (C4 en C5), R/S-Configuratie op C2 en C3, Oxidatietrap van C1.
# Isoelektrisch punt van Arginine en Glycine berekenen, pH van een 0,1M 100ml Arginine oplossing na toevoegen van 200ml 0,1 NaOH, L-configuratie van Arginine tekenen, is het een S/R configuratie?
# Gegeven: Tetracycline. Het molecule heeft 2 pKa en 1 pKb . Zoek de groepen die hiervoor zorgen en verklaar je keuze.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===14 juni 2019 (voormiddag)===
# 4 structuren gegeven: 2 broomalkanen, 1 broomalkeen en een fenylbroomalkaan
## Schrijf het Sn2 reactiemechisme uit voor structuur A (broomethaan) met natriumwaterstofsulfide.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit!
## Geef de IUPAC-namen van al de reactieproducten
# Geef de isomerisatie in de glycolyse van het glucosederivaat naar fructosederivaat. Waarom is dit basegekatalyseerd.
## Geef het verband tussen de Tollens- en Fehlingstest en het verband tussen Barfoed- en Benedictetest.
# Gegeven is een suiker in de stoelvorm
## Geef de volledige naam van dit suiker.
## Geef de Fischerprojectie van de open-ketenvorm en geef de stabielste Newmanprojectie met C3 en C4 als as.
## Wat is de conformatie en OT van C2 en C5?
## Geef het anomeer van dit suiker. Is dit ook een epimeer/diasteriomeer/enantiomeer? Leg elke term uit.
# Oefening op aminozuren:
## Waarom heeft leucine een hogere pKa dan threonine?
## Welke lading heeft leucine in een mengsel van ph = 9,5? Ligt het eerder aan kathode/anode/ergens in het midden bij elektroforese?
## Geef de 2R,3S vorm van threonine in de fischerprojectie.
# Welke van onderstaande structuren ondergaat gemakkelijk een decarboxylering bij een temperatuursverhoging? Zo ja, schrijf het mechanisme helemaal uit. COOH-CH2-CHOH-CH3 / COOH-CHOH-CH2-CH3 / COOH-CH2-CO-CH3 / COOH-CH2-COOH
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===13 juni 2019 (namiddag)===
# Structuren van chloorbenzeen, anisool, benzeen en fenol zijn gegeven.
## Schrijf het reactiemechanisme uit van een elektrofiele substitutie van benzeen met als eindproduct een nitroderivaat.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit adhv substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig.
## Geef van de 4 nitroderivaten de IUPAC-naam en teken de structuur
# Waarom kunnen alcoholen niet gemakkelijk een SN-reactie ondergaan? Geef 2 voorbeelden van een SN-reactie van een alcohol, schrijf het mechanisme. Reageert fenol op dezelfde manier? Teken en leg uit. Hoe kunnen SN-reacties van alcoholen mogelijk gemaakt worden in biologische systemen?
# Gegeven: enantiomeer van een structuur. Geef R- of S-configuratie van 2 aangeduide C-atomen. Teken de ruimtelijke structuur van het molecule. Hoeveel stereo-isomeren zijn er? Teken de meest stabiele Newman-projectie. Is er een mesovorm? Indien mogelijk teken mesomere grensstructuren. Geef de oxidatietrap van 2 aangeduidde C-atomen.
# Bij welke pH komt het Zwitter-ion van arginine voor? Teken. Waarom is de pKa van arginine lager dan de pKa van asparaginezuur? Gegeven: 100ml volledig geprotoneerd 0,10M asparaginezuur, Wat is de pH na een titratie met 150mL 0,10M NaOH? Teken van elk vermeld aminozuur de neutrale structuur
# Gegeven: formaldehyde, aceetaldehyde en benzaldehyde. Welke kan een aldolcondensatie met zichzelf doen? Teken het mechanisme en verklaar waarom de andere 2 dit niet kunnen.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===13 juni 2019 (voormiddag)===
# 4 structuren gegeven: 2 chlooralkenen, 1 chlooralkaan en 1 chloorether
## Schrijf het reactiemechanisme uit voor een SN1 reactie van (1 van de 2) chlooralkeen met ammoniak.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit adhv substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig.
## Geef van de 4 derivaten de IUPAC-naam (van de eerste 3 dus niet de ether) en teken de structuur.
# Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit.
#L-glucose tekenen en omzetten in alfa-L-glucofuranose. Geef enantiomeer van de structuur. Geef R- of S-configuratie van 2 aangeduide C-atomen. Hoeveel stereo-isomeren zijn er? Teken de meest stabiele Newman-projectie. Geef een diastereomeer dat ook een epimeer is. Geef de oxidatietrap van 2 aangeduidde C-atomen. Is alfa-L-glucofuranose een reduceerbare suiker?
# Tyrosine en serine hebben een gelijkaardige zijketen, waarom heeft tyrosine een pKr en serine niet? Gegeven: 100ml volledig geprotoneerd 0,10M tyrosine, Wat is de pH na een titratie met 300mL 0,10M NaOH? Welke vormen van serine en tyrosine komen voor bij pH 10,5? Alle vermelde AZ moeten getekend zijn in het antwoord.
# Gegeven: Benzeen, pyrrool en pyridine. Rangschik volgens reactiviteit voor een SeAr reactie mbv grensstructuren.
# Vul reactie aan alkyn --?--> alkeen --Br2--> ?, geef reactietype en eindproduct: 3-fenyl-1-amino-2-propanon --OH-->, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme: aldolcondensatie.

===30 augustus 2018===
# 4 gegeven alcoholen kunnen en E1 reactie ondergaan, geef de volledige reactie voor alcohol A, geef de eindproducten en de IUPAC-naam van de 4 alcoholen na de reactie. Orden volgens afnemende reactiviteit.
# Een vraag over de oxidatieve deaminering van glutaminezuur.
# Suiker in ringstructuur gegeven: geef naam & lineaire vorm, geef de Newman projectie (c3-c4), is c2 R/S en wat is zijn oxidatietrap, hoeveel chirale C atomen zijn er en duid aan in de cyclische vorm en lineaire vorm welke de chirale C atomen zijn, geef een diastereomeer dat geen epimeer of anomeer is van de gegeven suiker, hoe heet de reactie waarbij een lineaire vorm over kan gaan in de cyclische vorm en in welk solvent gebeurt dit.
# Leg het verschil in pKa tussen glutaminezuur en valine uit. Welke vorm van glutaminezuur komt er het meeste voor bij bepaalde pH. Bereken de pH van een oplossing van 100ml valine (0,1M) met 200ml base.
# Een SN reactie bij alcoholen moet in zuur milieu gebeuren: waarom, waarom niet met NH2 als nucleofiel, geef een alternatief voor zuur milieu bij SN reactie met alcoholen.
# Vul reactie aan (pijltjes en reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.
===22 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 esters in basisch midden, voor 1 het mechanisme uitschrijven.
# Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld.
# Geef de naam van een gegeven cyclisch suiker. Uitleggen of het R of S is. Is het een reducerende suiker? Geef de fischerprojectie. Geef de Newmanprojectie met c3-c4 als as en geef hiervan de stabielste Haworthprojectie. Geef het anomere suiker, is dit een enantiomeer, epimeer of diastereomeer en verklaar.
# Geef de 3D projectie van S-tryptofaan. Waarom heeft de R-groep van tryptofaan geen basische eigenschappen? Is tryptofaan vlot te scheiden van alanine met gelelektroforese? Indien ja, bij welke pH en waar zouden ze zich bevinden op de gel. Indien nee, verklaar.
# Waarom ondergaat pyridine gaan elektrofiele aromatische substitutie met een chlooralkeen en trichlooralluminium zoals benzeen? Schrijf de reactie uit die wel plaatsvindt en benoem deze. Nog een deelvraag....
# Mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen. De eerste was een cyclisch ester waarbij je moest aangeveven dat er OH werd gebruikt zodat de ring open ging en het eindproduct in skeletnotatie. Reactie tussen een zuurchloride en een primair amine, het reactietype en producten in skeletnotatie geven. De laatste was een claisoncondensatie waarbij het mechanisme gegeven moest worden en het eindproduct in skeletnotatie.
===18 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 benzeenderivaten bij een elektrofiele aromatisch substitutie, voor 1 het mechanisme uitschrijven
# Leg de afbraak van vetzuren uit en geef de coënzymen die een rol spelen, vergelijk met de vetzuursynthese en leg het verband uit tussen vetzuursynthese en de Claisencondensatie
# Aflatoxine is gegeven, enkele vraagjes zoals: hoeveel stereoisomeren, teken diastereomeren, r of s,heeft het molecule een mesovorm, oxidatietrappen bepalen, mesomere effecten aanduiden...
# Waarom heeft de NH2 groep van asparagine geen Pkr? Waar bevinden tyrosine en asparagine zich in een gelelektorforese bij pH 11? Is er mesomerie mogelijk in tyrosine, duid aan met pijlen
# Bespreek de stereochemie van 2 reacties
# mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen
===14 juni 2018 ===
Mondeling
#4 stoffen vergelijken waarbij een aromatische substitutie gebeurd ter vorming van een nitroderivaat voor 1 het mechanisme uitschrijven en welke het snelste gaat verlopen en waarom. De structuur van de reactieproducten tekenen en de IUPAC-naam geven.
#De volledige vetzuursynthese geven en alle enzymes en cofactoren benoemen. Zeggen waarom NADPH een goed reductans is voor de reductie van de vetzuren.

schriftelijk
#Van een gegeven verbinding zeggen hoeveel stereo-isomeren er van bestaan en van ze allemaal de fisher en newman projectie (stabielste configuratie) geven. Van alle chirale atomen de R of de S configuratie toe kennen. Zeggen welke diasteriomeren en enantiomeren van elkaar zijn. Er kon makkelijk water afgesplitsd worden en zeggen waarom het een stabiel carbokation was en de hybridisatie van het koolstof atoom geven.
#Van threonine de titratie curve gekregen en hieruit afleiden welke volume op elk punt is toegevoegd welke vorm er het meeste voorkomt en op een bepaald punt de lading van het aminozuur bepalen. Waarom pKa van threonine lager als die van Leucine. (overal structuur van geven)
#4 verschillende verbindingen gekregen en zeggen welke verbinding het reactiefste is bij een nucleofiele substitutie.
#Oefening over mechanismes: producten geven, boven pijl aan vullen, reactietype of volledig mechanisme.

=== 13 juni 2018 ===
#4 stoffen vergelijken waaraan een elektrofiele additie van HBr gebeurd. Het mechanisme voor 1 v/d stoffen uitschrijven. Zeggen welke reactie het snelst gaat verlopen en waarom (eventueel aantonen door uitschrijven grensstructuren). De structuur van de reactieproducten voor de 4 stoffen geven en de IUPAC-naamgeving van twee daarvan. (mondeling)
#Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit. (mondeling)
#Oefening over ringsluiting van een suiker, aanduiden asymmetrische koolstoffen, D omzetten in L, een epimeer en anomeer geven, R-S configuratie voor 1 C geven, meest stabiele conformatie over as tussen twee C's weergeven in Newmann. (schriftelijk)
#Oefening over aminozuren. 3D weergave van S-proline weergeven. Zeggen waarom pKa' van proline hoger ligt dan van valine. Geven onder welke vorm valine voorkomt bij pH 2.2 en waarom.
#Oefening over reactie H2SO4 onder temperatuurstijging en een alcohol. Hier gaat eliminatie gebeuren. De twee mogelijke reactieproducten worden gegeven en er wordt gezegd welke het meest gaat voorkomen. Vervolgens wordt gevraagd aan welke regel er hier niet wordt voldaan en waarom. (Regel van Zaitsev wordt niet voldaan, de minst gesubstitueerde alkeen gaat gevormd worden, komt door verschillende reactiemechanisme voor eliminatie van alcohol met H2SO4, schrijf hiertoe mechanismen uit dan wordt het duidelijk)
#oefening over mechanismen (aanvullen, producten geven of volledig mechanisme uitschrijven)
=== 7 september 2017 (voormiddag)===
# 4 stoffen (ketonen) gegeven waarop een nucleofiele additie van methylamine gebeurt. schrijf het mechanisme voor stof A, geef de stoffen in afnemende reactiviteit en de UIPAC naam van alle stoffen met structuur.
# vergelijk de hydrolyse van carbonzuuresters en fosfaatesters in base en de hydrolyse van fosfaatesters in zuur. vergelijk de hydrolysesnelheid van mono-, di- en trialkylfosfaten.

#De pKr van glutaminezuur is groter dan die van asparaginezuur, verklaar. titratie van glutaminezuur met NaOH, bereken de pH als er 250ml base werd toegevoegd. welke vorm van asparaginezuur is meer aanwezig bij pH 2.2.
#welk product word gevormd bij de reactie van Z-2-penteen met dibroom (S,R).
#reacties aanvullen, skeletnotatie, reactietype, reactiemechanisme,...

===29 augustus 2017 (namiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#4 stoffen zijn gegeven: een buteen, een butadieen, een fenyletheen, en een furyletheen. Voer een elektrofiele additie van water uit in zuur milieu: schrijf het reactiemechanisme compleet uit voor stof A + welke stof is het reactiefste leg uit adhv substituenteffecten + geef alle gevormde producten en hun IUPAC namen.
#Methionine wordt gebruikt bij de methylering in het lichaam maar moet eerst geactiveerd worden. Geef mechanisme van activering, mechanisme van methylering, geef biologisch voorbeeld van methylering + Mosterdgas is sterk alkylerend, waarom? En waarom zijn sterk alkylerende stoffen uiterst toxisch?

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten: L-arabinose omvormen naar beta-L-arabinofuranose, hoe noemt deze reactie en welk type reactie is dit?, geef een anomeer van de beta vorm is dit een enantiomeer?, geef een diastereomeer dat geen epimeer is, is deze suiker reducerend?, newman projectie van meest stabiele configuratie bekeken vanaf C2 en C3, geef de absolute configuratie en oxidatietrap van C2 en C4,...)
#oefening op AZ: arginine, welke vorm heeft dit bij pH12.5 en waarom? Welk stikstofatoom is het meest basisch en waarom? valine, geef S configuratie (beiden dus structuur vanbuiten kennen)
#methyl-2-methylpropanoaat ondergaat een claisencondensatie in oplossing met methoxide. In tegenstelling tot andere claisencondensaties wordt het reactiemechanisme NIET naar rechts getrokken, waarom?
#3 verschillende reacties, verschillende zaken aanvullen telkens (mechanisme, welk type reactie, reactieproduct, reagentia,...)

===15 juni 2017 (voormiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev
#vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)
#Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden? (OH- is niet stabiel)
#2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol? (protoneren of fosfaatgroep toevoegen)
#Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen (acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol)

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties
#oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsalkylering, nucleofiele acylsubstietutie)
#oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)

===14 Juni 2017 (namiddag)===
Mondeling:
#Elektrofiele additie reactiemechanisme schrijven (regel markovnikov)
#4 moleculen bepalen welke het snelst aan een Ae doet (grensstructuren, inductieve effecten)
#naamgeving van enkele producten na de Ae
#isomerisatie in glycolyse van glucose-6-fosfaat naar fructose-6-fosfaat en uitleggen waarom dit base gekatalyseerd is
#verband uitleggen met Fehling's/ Tollen en Barfoed

Schriftelijk:
#gegeven moleculen Menthol aantal stereochemische oefeningen oplossen (R/S, diasteromeren, enantiomeren, newman...)
#oefening op AZ op papierelektroforese (waar komt elk AZ bij bepaalde ph)
#aceton+ methylanime wordt imine bij ph=7 laat zien
#enkele reactiemechanisme aanvullen of tekenen ( Nitrering, estercondensatie)

===12 juni 2017 (voormiddag) SINDS 2017 GEGEVEN DOOR MARIO SMET===
#op 4 structuren Sn1 toepassen en verklaren welke het meest reactief is + resomere vormen geven + naamgeving...
#retro aldolcondensatie bij glycolyse en zeggen hoe het katalytisch effect tot stand kwam
#een oefenig op suikers, op aminozuren en 3 reactiemechanismes
#vertellen hoe een alcohol test werkt met chroomzuur

===9 juni 2016===
#beckman omlegging
#edman degradatie
#biosynthese geraniol en limoleen
#structuren = S.A.M & biotione
#naamgeving + 2 mechanismes
#oefening ivm stereochemie

===8 juni 2016===
#synthese vn peptiden
#hydrolyse, omestering en reductie van esters
#cannizaro reactie
#structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat
#Trans decaline
#oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)
#reactiemechanismen en naamgeving

===6 juni 2016===
#Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse
#reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken
#-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers
#structuur van acetyl-choline en palitine
#pH van aminozuren bij een titratie
#reactimechanisme

=== 15 juni 2015 ===
# Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren
# Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:
#* Alkeen
#* Alcohol
#* Aromaat
# acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen.
#Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover.
#En dan twee reacties natuurlijk

===12 juni 2015 ( namiddag ) ===

mondeling:
# Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.
Schriftelijk:
# Naamgeving ( c-AMP en mannose)
# Leg uit si en re
# Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)

===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===

mondeling:
#Aminen en halogeenalkanen
#Aminen en salpeterigzuur
#Laboratorium peptidesynthese

schriftelijk:
#structuren
#*Limoneen
#*Sorbitol
#stereochemie+ reactiemechanisme
#*aldolcondensatie
#leg uit:
#*reducerende en niet-reducerende suikers

===11 juni 2015===

mondeling:
#Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.
#Leg uit:
#* Fisher-verestering
#* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen.
schriftelijk:
#IUPAC
#structuren
#*citroenzuur
#*ninhydrine
#structuur observeren
#* chirale C-atomen aanduiden
#* OG van aangeduid atoom geven
#* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.
#* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.
#* Ã©Ã©n stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.
#* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )
#wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.
#2 structuren gegeven.
#*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie.
#*Geef van Ã©Ã©n van de 2 tructuren het reactiemechanisme.

===16 juni 2014===
#Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)
#Iupac
#Bespreek reducerende suikers
#Peridoxalfosfaat en acetylcholine
#Stereochemie
#Reactiemechanismen

===20 augustus 2013===
Mondeling:
# Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?
# Leg de biosynthese van vetzuren uit.

Schriftelijk:
# IUPAC
# Structuren: tBOC en ninhydrine
# Fosforylerings-potentiaal
# Random oefening
# Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur

===25 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.
# Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.

Schriftelijk:
# IUPAC.
# Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.
# Leg optische zuiverheid uit.
# Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.
# Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.

===25 juni 2013 (voormiddag)===
#decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur
# amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur
# iupac
# structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat
# dean-stark
# molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?
# reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI

===17 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen
# Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside

Schriftelijk:
# Leg biodiesel uit
# Geef de structuur van limoneen en citroenzuur
# IUPAC-naamgeving
# Molecule gegeven:
#* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur
#* Newman projectie geven van bepaalde as
#* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)
#* Teken een stereomeer die geen epimeer is
# Reacties waarvan 1 uitwerken:
#* Sn1 van een alkaan met een broom erin
#* Claisen condensatie van een ester

===17 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.
#bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus

Schriftelijk:
#bespreek: reducerend/niet reducerend suiker
#molecules tekenen: biotine en SAM
#iupac naam
#chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman
#oefening met ph berekening met titratie
#uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ
#2 ractiemechanismen geven, Ã©Ã©n ervan uitschrijven

===14 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
# mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose
# Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)

Schriftelijk:
# fosforyleringspotentaal
# 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).
# structuur gegeven:
#* geef alle chirale C-atomen
#* Stereo isomeren
#* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren
#* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn
#* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt
#* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is
# er is nog eentje maar die weet ik niet meer.

=== 13 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#synthese van peptiden in het labo
#de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters

schriftelijk:
#iupac naam
#structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur
#leg de Beckman omlegging uit
#suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose
#* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen
#*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as
#*bepaal het oxidatiegetal van C2
#*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose
#*teken het anomeer van L alpha xylulopentose
#*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces
#dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)

=== 13 juni 2013 ===
Mondeling:
#bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren
#beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)

Schriftelijk:
#Bespreek de regel van Huckel

===15 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)
# Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse

Schriftelijk:
# IUPAC naam geven
# structuren van acetylcholine en citroenzuur
# uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn
# oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.
# reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie

===14 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol
# Bespreek ninhydrine reactie

Schriftelijk:
# ne iupac
# Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen
# Bespreek optische zuiverheid
# oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)
# 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )

===30 juni 2011===
Mondeling:
#Labosynthese van peptiden
#Eliminatiereacties bij halogeenalkanen

Schriftelijk:
#IUPD-naam
#structuren:
#*Nylon-66
#*Palmitinezuur
#Leg uit: Dean Stark opstelling
#stereochemie
#reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (namiddag)===
Mondeling:
#Ninhydrinereactie
#bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#Structuren:
#*c-AMP
#*Sorbitol
#Leg uit: Cannizzaro-reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (voormiddag)===
Mondeling:
#Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie
#reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*ATP
#*citroenzuur
#Leg uit: Diazokoppelingsreactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===16 Juni 2011===
Mondeling:
#Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.
#Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*limoneen
#*D-mannose
#leg uit: Kolbe-Schmitt reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===23 augustus 2010===
Mondeling:
# Ninhydrinereactie
# Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* SAM
# leg uit: Biodiesel
# stereochemie
# twee reactiemechanismen:
#* keton met alcohol
#* amide in water (zuurgekatalyseerd)
===18 juni 2010===
Mondeling:
# Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.
# Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* (delta2)isopentenylpyrofosfaat
#* cellobiose
# leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen
#* welk is het meest basisch en zeg waarom...
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven
===14 juni 2010===
Mondeling:
# Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)
# Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* Dansylchloride
#* Biotine
# leg uit: reactie van Chichibabin
# stereochemie
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* is er een mesovorm?
#* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven

===11 juni 2010===
Mondeling:
# Wat geven alkenen met
#* Anorganische zuren;
#* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)
# Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#*SAM (S-adenosylmethionine)
#*PET
# Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)
# Stereo-chemie:
#* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)
#* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as
#* wat is de oxidatietrap van C6?
#* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose
# 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)
#* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud
#* Friedel-Crafts-acylering
-
===22 juni 2009 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* dansylchloride
#* cellobiose
# Leg uit: De Beckmann-omlegging
# Je krijgt een molecule gegeven
#* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een "*" en zeg of ze een R of S-configuratie hebben
#* Teken het enantiomeer en 2 epimeren
#* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak
#* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)
# Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + Ã©Ã©n mechanisme helemaal uitschrijven)
#* tertair alcohol + zuurchloride
#* alkeen + zuur

===19 juni 2009 ===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen
# bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* maltose
#* fosfoënolpyruvaat
# Leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH
#* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit
#* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.
#* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4
#*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt
#*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt
#*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4
# reactiemechanismen

=== 15 juni 2009 ===
Mondeling:
# Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus
# Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* Biotine
#* (delta)Â³ - isopentenylpyrofosfaat
# Leg uit: de reactie van chichibabin
# Cyclische L-suiker gegeven:
#* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)
#* Bepaal van CÂ² of het R of S - configuratie heeft
#* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan
#* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?

=== 8 juni 2008===
# Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.
# Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.
# Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.
# Leg uit: optische zuiverheid.
# Oefeningen:
#* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc.
#* Reactiemechanismen

=== 18 aug 2008 ===
Mondeling:
# Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.
# Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* cyclisch AMP
#* Glucaarzuur

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.
# Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?

Schriftelijk:
# Moleculen:
#* Nerylpyrofosfaat
#* Cellobiose
# Wat zijn epoxylijmen?

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.
# Bespreek de labosynthese van peptiden.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* Trans-decaline
#* Histamine

=== 24 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.
# Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* ADP
#* Maltose

=== 21 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.
# Bespreek de testreactie van ninhydrine.

Schriftelijk:
# Geef de IUPAC-naam.
# Teken de volgende structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine
# Bespreek nylon 66.
# Cyclisch suiker:
#* Geef de naam.
#* Welk is het zuurste proton ?
#* Geef de configuratie (R/S).
#* Fisher
#* Welke zijn de niet chirale C's ?
# Twee reactiemechanismen.

=== 20 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren op alkenen.
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Geef de structuur van:
#* Geranylpyrofosfaat
#* Ninhydrine
# Bespreek de Beckmann omlegging.
# Aspartaam gegeven:
#* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?
#* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.
#* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.
#* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.
# Twee reactiemechanismen.

=== 9 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water.
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg uit wat een kroonether is.
# Structuur asparagine gegeven:
#* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).
#* R/S configuratie
#* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?
#* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.
# Twee reactiemechanismen.

=== 19 jun 2007 ===
Mondeling:
# Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.
# Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.

Schriftelijk:
# IUPAC naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg Nylon 66 uit.
# Structuur Cysteïne gegeven:
#* Fisher
#* Newman
#* R-S
#* Enantiomeren...
#* Welk molecule
#* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?
#* Welke is de mesovorm?
# Twee reactiemechanismen

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.
# Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.

Schriftelijk:
# Regel van Zaitsev kort bespreken.
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Biotine
#* Cellobiose
# Suikers:
#* Open-ketenstructuur
#* R en S
#* Chirale atomen.
#* 1,3-diaxiale interactie
# Reacties:
#* Alkeen + HCl => ...
#* Oxidatie van een alcohol.

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# De additie van zuren aan alkenen.
# Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Acetylcholine
#* cAMP
# Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.
# Een bepaald aminozuur:
#* Fisher
#* Newman
#* pH-berekeningen
# Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.
#* Carbonylgroep met H2 en Pt
#* 2 ketonen met OH-

=== 15 jun 2007 ===
Mondeling:
# Eliminatiereacties uitleggen.
# Beta-oxidatie + claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)
# Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.
# Biodiesel uitleggen
# Structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine structuur geven
# Twee reactiemechanismen.

=== 14 jun 2007 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.
# Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Oliezuur
#* Adrenaline
# Leg kort uit: kroonethers.
# R-groep van lysine gegeven:
#* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.
#* Newman/fischer projecties.
#* Naam van het aminozuur.
#* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)
# Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)
#* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.
#* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.

=== 28 aug 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.
# Bespreek additie van zuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.
# Bespreek optische zuiverheid.
# Gegeven: structuurformule threonine.
#* Aantal stereo-isomeren
#* De chirale C-en
#* Fisher- en newman-projectie van elk.
#* Duidt R/S aan.
#* Naam van aminozuur.
#* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?
# Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).

=== 26 jun 2006 ===
Mondeling:
# Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.
# Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Cystine en adipinezuur structuur geven.
# Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.
# Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.
# Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.
#* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.
# Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van oliezuur en adrenaline.
# Bespreek cannizaro reacties.
# Structuurformule van een suiker:
#* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.
#* R-S van de C2 bepalen
#* Leidt de naam af.
#* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.
# Reactiemechanisme

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).
# Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Thymidine
#* Dansylchloride
# Verklaar kort het begrip "optische zuiverheid".
# Een hepteen is gegeven:
#* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.
#* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.
#* Noteer ook R- en S-conformatie.
# Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.

=== 21 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.
# Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Sacharose
#* SAM
# Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.
# Gegeven: structuurformule arginine
#* Geef het aantal stereo-isomeren.
#* Duidt de cirale C's aan.
#* Fisher- en Newman-projectie van elk.
#* Duid R/S aan.
#* Geef de naam van het aminozuur.
#* Duid aan welke N het meest basisch is.
#* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?
# Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH-

=== 20 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Kaneelzuur
#* Cellobiose
# 3-broom-4-cloorhexaan:
#* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.
#* R,S-configuratie
#* Diastereomeren/enantiomeren?
# Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.

=== 13 jun 2006 ===
Mondeling:
# Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft.
# Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Stearinezuur
#* Pyridine
# Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).
# 2,3,4-hydroxybutanal:
#* Hoeveel stereoisomeren ?
#* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.
#* Geef R,S conformatie.
#* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.
# Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--> reactieproduct) van:
#* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.

Celbiologie en biochemie

2025-06-10T12:34:52Z

R1049434: /* Examenvragen vanaf 2013 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vanaf 2016-2017: Schriftelijk examen in plaats van mondeling examen zoals voordien.
Vanaf 2012-2013: Jaarvak voor zowel chemie als biochemie. Volledig gedoceerd door Patrick Van Dijck.

''2022-2023''
* Aanpak vak
** Nog steeds Patrick Van Dijck
** Jaarvak dus best grote hoeveelheid, maar niet onrealistisch
* Kwaliteit cursus
** Boek is in de afgelopen 6 jaar (misschien langer) nog niet (of toch amper) veranderd (veel E.M. foto's in)
** Hier en daar extra info bij slides, maar als je het boek kent ben je er zeker wel door
* Examen-/TTT-vragen
** TTT-vragen lijken totaal niet op examenvragen, waren meerkeuze en eerder oppervlakkig
** Geen paniek als TTT slecht was, vak is zelfs haalbaar als je hier een nul op had
** Belangrijkste zaken om te leren naar mijn mening
*** Hoofdstuk 4!!! Vooral metabolische wegen oefening (10 van de 35 tot 40 punten), kan zeker helpen om bio-organische hiernaast te leggen, maar hij vraagt regelmatig ook wel iets van actief transport of regulatie dus ook de rest van hoofdstuk 4 is wel belangrijk, soms vraagt hij ook om een specifieke metabolische weg uit te tekenen
*** Structuren en tekeningen! Zijn vrij gemakkelijke punten om te krijgen
*** Patrick vraagt graag begrippen, ik vond persoonlijk dat je buiten voor de metabolische wegen niet al teveel inzicht nodig had hiervoor, maar het helpt natuurlijk wel
*** Boek >>> slides, probeer zeker 1 keer het boek echt volledig door te nemen
*** Schrijf echt elk detail op dat je denkt te weten, soms staan er echt op heel domme dingen al punten
** In geval van tijdsnood (maar probeer wel gewoon echt alles te leren! Ik neem de schuld niet op mij als hij er toch iets van vraagt :))
*** Hij vraagt zelden tot nooit iets over hoofdstuk 3 (zeker mitose en meiose kan hem niet heel veel schelen)
*** Practicumhandleiding leren is ook vrij overbodig, buiten ionenuitwisselingschromatografie (bij ons bijvoorbeeld een examenvraag) en SDS-page als ik me goed herinner, maar deze staan ook in het boek uitgelegd normaal
*** Niet teveel tijd steken in E.M. foto’s, je kan sowieso wel iets aanduiden, zie dat je weet hoe golgi-apparaat, mitochondriën, vacuole eruitzien en je hebt al wel iets van punten (staat meestal op 4 punten) en je kan eens kijken op de wiki welke soort cellen hij vaak vraagt, want zijn meestal wel dezelfde
*** Oude examenvragen beantwoorden heeft niet enorm veel nut, structuur is altijd gelijkend, maar de begrippen dat hij vraagt zijn eerder willekeurig
--> oude examenvragen hebben wel nut, vragen die terugkomen: fosfofructokinase, G proteine, p53, ionuitwisselingschromatografie, gram+ vs gram-
*** De extra informatie bij de vragen van 2023 zijn steeds de opmerkingen die de prof zelf online heeft gezet, op de wiki van bios vind je nog extra vragen met opmerkingen, handig om te bekijken en te weten wat er verwacht wordt
Oplossingen van alle 'hoeveel mol'-oefeningen t.e.m 2024: https://drive.google.com/file/d/15yP47s36vrCTgW9s5w-oYJc1IeW85DiW/view?usp=sharing (nieuwe link)

==Examenvragen vanaf 2013==
=== 10 juni 2025===
# Je kreeg 5 aminozuren (ook echt de structuurformules): threonine, proline, argininezuur, glycine en glutamine.
## Maak een pentapeptide met aan de N-terminus threonine gevolgd door glutamine, proline, argininezuur en glycine aan de C-terminus.
## Teken elk atoom en duid de asymmetrische koolstof aan.
#
## Bespreek kort de gaschromatografie.
## Leg uit hoe je hiermee suikers kunt scheiden
## Je hebt glyceraldehyde, fructose, deoxyribose en glucose. Zet in volgorde wie eerst eruit komt tot wie laatst eruit komt en leg uit waarom.
# Tijdens de celcyclus wordt het cytoskelet op en afgebouwd.
## Som 3 structuurelementen op van het cytoskelet.
## Leg naar keuze 1 van deze structuurelementen uit van bouw en polymerisatie/depolymerisatie.
## Leg uit hoe het mechanisme van de controlepunten werken.
## Leg uit hoe de regulatie van G2/M controlepunt werkt. Dit kan a.d.h.v. een schema.
## Soms treedt er een fout op in dat mechanisme. Hoe voorkomt de cel dat er tumorcellen gevormd wordt.
#
## Hoeveel palmitinezuur is er nodig om 1 molecule raffinose te maken?
## Teken palmitinezuur en raffinose.
## Welke metabole wegen worden gebruikt om van palmitinezuur naar raffinose te gaan?
## Kies 1 metabole weg en teken deze schematisch uit (met ATP, enzymen, ...)
## Is er energie verbruikt of gewonnen? Hoeveel ATP?
# 10 meerkeuzevragen (zonder giscorrectie)
## Zoals: EM foto, Hoeveel aminozuren geeft deze sequentie, Enzymatische reactie met niet-competitieve inhibitor: Wat gebeurt er met Vmax en Km, Wat is een functie van het Golgi-apparaat,...

=== 20 augustus 2024; examen op 38 punten===
#Om het erfelijk materiaal van een cel juist te kunnen verdelen moet het eerste verdubbeld worden. Leg dit proces uit (en teken). - 5 punten
#Waar in de celcyclus vindt het proces van vraag 1 plaats? Tijdens dit proces ontstaan er soms foutjes, welk(e) mechanisme(n) voorkomen dat er zich een tumor vormt? Leg gedetailleerd uit. - 6 punten
#Wat is het verschil tussen verzadigde en onverzadigde vetzuren. Geef hiervan de opbouw/synthese (en teken). - 8 punten
#Hoe kan je met gaschromatografie verschillende monosachariden scheiden? Hoe voer je deze methode uit? - 5 punten
#Hoeveel mol maltose kan je maken uit 4 mol palmitinezuur? Welke metabolische wegen komen hier tussen? Teken maltose en palmitinezuur. Krijgt de cel hier een netto energie winst of verlies, hoeveel? - 10 punten
#Twee EM-foto's: welke organellen/structuren herken je? Bespreek hun functie. ((mesosoom: https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-642-46166-8_4, desmosoom: https://www.google.com/search?sca_esv=19b551ade1306bfb&q=desmosome&udm=2&fbs=AEQNm0A6bwEop21ehxKWq5cj-cHaxUZOSO72WoU7KkLyB7O1BLPwnsqUQoH7cGimAlpV3w1-yBjpg35HpX2ySbUvN7X4uN6e3mXpiiSGczz1FTPkxryh8HvymQ2xyXxuHxED4UQgM9Lcp8QGILOVOYlluh6PsDneNCeY0Sl5mWoXAOth0XX48tM&sa=X&ved=2ahUKEwieorDyw4SIAxW2U6QEHeVOFqcQtKgLegQICxAB&biw=1920&bih=945#vhid=eSYeuJASPAfKiM&vssid=mosaic)) - 4 punten

=== 16 augustus 2024; examen op 38 punten===
#Geef structuur en functie van de verschillende soorten lipiden. (inclusief tekening) - 6 punten
#Geef de verschillende typen passief transport. Met welke methode kan je deze onderzoeken? - 4 punten
#Bespreek transmissie-elektronenmicroscopie & scanning-elektronenmicroscopie. Hoe ga je te werk bij de behandeling. Geef de voor- en nadelen ten opzichte van fluorescentiemicroscopie. - 4 punten
#Bespreek meiose en teken. Wat zijn de belangrijkste verschillen met mitose? - 8 punten
#Hoeveel moleculen glycerol heb je nodig om 2 mol stearinezuur te maken. Geeft dit netto ATP of heb je hier ATP voor nodig? Kan dit gebeuren als er geen zuurstof is? Teken glycerol en stearinezuur. - 10 punten
#2 EM-foto's - Wat zie je? Geef bouw en functie. (Foto 1: (https://nl.m.wikibooks.org/wiki/Celbiologie/Het_centrosoom#/media/Bestand%3ASpindle_centriole_-_embryonic_brain_mouse_-_TEM.jpg); Foto 2: spiercel) - 6 punten

=== 26 juni 2024; examen op 38 punten ===
#Leg uit en teken de secundaire structuur van een proteïne. - 6 punten
#Geef 2 manieren hoe je glyoxisomen kunt laten zien met een fluorescentiemicroscoop en leg ook uit hoe een fluorescentiemicroscoop werkt. - 6 punten
#Bespreek lysosomen. Geef hun functie en structuur. Wat is het verschil tussen een primaire en secundaire lysosoom? - 4 punten
#Hoe werkt de regulatie van de celcyclus en hoe zijn we tot deze inzichten gekomen? - 6 punten
#Hoeveel moleculen sucrose heb je nodig om 2 moleculen van het neutrale lipide tripalmitine te maken? Kost dit ATP aan de cel of wordt er ATP gemaakt. Schrijf alle nodige cycli uit, geef de finale reactievergelijking. - 10 punten (Oppassen want er moeten per tripalmitine, 3 palmitinezuren en 1 glycerol gemaakt worden) (metabolisme van glycerol staat niet in cursus staat wel in practicum + oefeningen boek)
#2 EM-foto’s - welke organellen herken je? Bespreek hun functie en opbouw. - 6 punten (Foto van Golgi-apparaat en Foto van delende plantencel)

=== 6 juni 2024; examen op 38 punten ===
# Koppel D-fructose met een beta-1,3-binding aan een D-ribose. Dit D-ribose is gekoppeld aan een een molecule alpha-D-lactose met een alpha-1,3-binding. Geef de structuur van dit oligosacharide - 5 punten
# Glycolipiden zijn een belangrijk onderdeel in het kernmembraan. Deze zijn verschillend bij dieren en micro-organismen. Wat zijn de verschillen tussen glycolipiden bij dieren in vergelijking met die bij micro-organismen? Teken de verschillende structuren waarbij galactose het suikergedeelte is, een keer voor een dierlijke cel en een keer voor een gistcel. Wat zijn de functies van deze glycolipiden? - 4 punten
# Hoe vijf gegeven peptiden scheiden aan de hand van anionuitwisselingschromatografie? Leg alle nodige stappen uit. Licht kort de principes toe. In welke volgorde verlaten deze glycolipiden de kolom, leg uit waarom? - 6 punten
# Hoe van fosfofructokinasegen tot functioneel fosfofructokinase-enzym? leg zeer uitgebreid uit - 6 punten. Hoe wordt de activiteit van fosfofructokinase geregeld - 4 punten?
# Hoeveel molecule stearinezuur heb je nodig om 9 moleculen ribose-5-fosfaat te maken ? Hoeveel ATP en reducerende vermogen wordt er gemaakt. Schrijf alle nodige cycli uit, geef de finale reactievergelijking. - 10 punten
# EM-foto - 3 putnen (microtubuli: exacte foto https://cytochemistry.net/_Media/tub8a_med_hr.jpeg)
===21 augustus 2023===
# Bespreek de celwand bij planten. Geef de functie en opbouw. Teken de belangrijkste moleculen en bespreek in detail hoe deze met elkaar verbonden zijn. Bespreek de verschillende celwanden.
# Bespreek de 2 manieren waarmee men specifiek met fluorescentiemicroscopie peroxisomen kan bekijken. Leg ook uit hoe die fluorescentiemicroscopie zelf werkt.
# Bespreek ribosomen. Waar komen ze voor? Geef hun functie en opbouw. Wat is het verschil tussen de ribosomen van prokaryoten en eukaryoten?
# Hoeveel moleculen zuurstof komen er vrij uit de fotosynthese om 2 moleculen sucrose te maken? Je mag er vanuit gaan dat er voldoende ATP aanwezig is. In welke reactie komt deze zuurstof vrij, en hoe geraakt men uiteindelijk tot sucrose?
# 2 EM foto's: welke organellen herken je? (desmosoom en centriolenpaar) Bespreek hun functie en opbouw.

===20 juni 2023===
# Wat is een glyoxisoom? welke reacties gebeuren er hier? Waar komen ze voor? (4 punten)
* Wat er zeker moet staan: Glyoxysomen: komen van het SER en een pathway enkel bij planten en schimmels, niet bij dieren. En nodig voor synthese, nl twee acetyl coA moleculen omzetten in barnsteenzuur. Je moest ook schrijven dat het acetyl coA komt van afbraak vetzuren of van groeien op C2 moleculen zoals acetaat of ethanol. En dat de barnsteenzuur verder in Krebs en gluconeogenese naar suikers kan gaan. Daarnaast moest je ook de cyclus tekenen.
# Wat is fosofructokinase? Wat zorgt ervoor dat dit enzym actief is en wat is de functie ervan? Leg de weg uit van het DNA tot het functionerende enzym op de juiste plaats in de cel. (8 punten)
*Fosfofructokinase: 1 punt voor waar het werkt en in welke metabolische weg, 1 punt voor de reactie die wordt gekatalyseerd, 1 punt voor het feit dat ATP als allosterische inhibitor werkt en 1 punt voor de verschillende substraten die ook de snelheid bepalen. Dan 2 punten voor overgang DNA naar mRNA (promoter-terminator, T wordt U, RNA polymerase die kopie van de matrijsstreng maakt, splicing, polyA en 5’ Cap, moest er geantwoord worden). Dan 2 punten voor translatie (het mRNA gaat uit de kern via poriën en gaat dan naar VRIJE ribosomen , kleine en grote subeenheid, bestaande uit rRNA en proteïnen die het mRNA aflezen en vanaf AUG de proteïnesynthese beginnen. Dit met behulp van tRNA dat in zijn structuur een anticodon heeft dat gaat binden met een codon op het mRNA (3 basen en geen basenparen daar mRNA enkelstrengig is) en dat het tRNA ook een aminozuur aanbrengt corresponderend met het codon op het mRNA. Studenten die hebben geantwoord dat het mRNA naar ribosomen op het RER gaan kunnen maximum 4 op 8 hebben, als al de andere zaken correct zijn. Ik heb dit in de les gezegd dat ik dit ging vragen op het examen. Fosfofructokinase werkt in het cytoplasma. Als het in een vesikel zit van ER of golgi kan het nooit meer in het cytoplasma geraken….
# Hoeveel L-glutaminezuur is er nodig voor de synthese van 6 molecule sucrose. Schrijf de nettoreactie uit en is er ATP winst of verlies? (meerdere mensen kwamen hier 24 moleculen en 168 ATP vrij bij uit) (10 punten)
* 24 glutaminezuur naar 6 sucrose. Structuur sucrose: 1 punt; anaplerotische reactie van glutaminezuur naar alfaketoglutaarzuur: 1,5 punten (als alles correct is inclusief NADH winst). Krebs tot oxaalazijnzuur (1,5 punten, idem); omgekeerde anaplerotische: oxaalazijnzuur naar fosfoenolpyrodruivenzuur (GTP mag je als ATP gebruiken) (1,5 punten), gluconeogenese van PEP tot glucose 6P en fructose 6P (met ATP en NADH kost per PEP) (1,5 punten). Dan glu6P naar gluc1P, naar gluc 1P + UTP naar UDPG, dan UDPG + Frc6P naar sucrose6P en dan naar sucrose (1,5 punten)
# Teken de algemene structuur van gram-positieve bacteriën en in detail hoe de elementen ervan met elkaar verbonden zijn. Leg uit hoe je deze bacteriën kan onderscheiden. (6 punten)
* Gram+ bacteriën hebben één dikke celwand bestaande uit mureïne of peptidoglycaan. Je moest hier dan ook de structuur tekenen van N-acetylglucosamine en N-acetylmuraminezuur, met een Beta 1,4 binding met elkaar verbonden. Op de OH van de C3 van N-acetylmuraminezuur (die naar boven staat) moet je dan een melkzuur tekenen met daaraan een tetrapeptide met onder andere D-aminozuren. Wat velen vergeten is dan dat deze tetrapeptiden ofwel met elkaar zijn verbonden dan wel dat er glycinebruggen zijn om die te verbinden, allemaal met covalente bindingen. De Gramkleuring stond op 2 van de 6 punten. Die had je als je kristalvioletjood oplossing had en safranine als roze tegenkleurstof. De Gram+ zijn dan paars, de Gram- zijn dan roze.
# 2 E.M. foto's (delende plantencel en golgi-complex met vesikels) (4 punten)
# 5 peptiden gekregen, welke scheidingstechniek kan je hiervoor gebruiken? Leg deze in detail uit en verklaar in welke volgorde ze van de kolom komen. (6 punten)
* Scheiden van de vijf peptiden. Hier had je 3 punten op het principe van de scheiding en 3 op het juist antwoord op de vraag. Je moet hier scheiden via ionenuitwisselingschromatografie daar de 5 peptiden elke een ander isoelectrisch punt hebben. Dit kan je simpel bepalen door het aantal zure en aantal basische aminozuren te tellen. Bij principe moest er zeker bij staan dat je eerst de pH laag brengt zodat ze allemaal positief geladen zijn als je met een kationenuitwisselaar werkt en dan geleidelijk de pH doet stijgen zodat ze één voor één van de kolom komen. Voor anionenuitwisselaar het omgekeerde.

===12 juni 2023===
# Teken het trisacharide: D-galactose met een 1,3 binding aan D-ribose met een 1,3 binding aan D-fructose (5)
* Per binding die fout is of per fout in een monosaccharide is het een punt aftrek
# Teken fosfatidylethanolamine, wat zijn de functies en voorkomen? (4)
* Phosphatidyl ethanolamine en functie/eigenschappen fosfolipide: Geen correcte esterbinding of grote fouten aan het molecule: max 1 op 4. Kleine fouten op de structuur: een half of één punt aftrek. Het overblijvende punt voor fosfolipidendubbellaag (vb membraan) en enkellaag (vb lipidendruppel) en dat het een chemische barrière vormt.
# Gegeven een stuk DNA van 5' tot 3': wat is de aminozuursequentie van het proteïnen en welke stappen gebeuren hierbij? (5)
* Deze vraag heb ik tijdens de lessen op het bord getekend. Ik heb toen duidelijk gezegd dat als je DNA ziet staan, teken onmiddellijk de andere strand. Als je dat had gedaan zou je zien dat er in die andere strand een startcodon zit gevolgd door verschillende aminozuren. In de vraag staat in bold dat er een proteïne wordt gevormd, dus enkel methionine (dat werd gevolgd door een stopcodon) is uiteraard geen proteïne. Als je dit stuk correct had heb je 2,5 of 3 op 5 (2,5 als de beschrijving compleet fout is). Om 5 op 5 te hebben had ik de volgende termen moeten zien: Bij transcriptie: promoter-terminator, RNA polymerase, copij van de matrijsstreng, dus identiek aan coderende strand, maar dan T door U vervangen, splicing, 5’Cap, 3’ poly A staart en dan via kernporiën. Bij translatie: mRNA komt toe op de ribosomen (veel studenten antwoorden hier op het RER, dat kan, maar dat is niet noodzakelijk), die uit rRNA en proteïnen bestaan en tRNA met zijn anticodon brengt de juiste aminozuren aan die dan het proteïne gaan vormen
# bespreek de structuur en functie van het golgi-apparaat (4)
* Golgi apparaat: afgeplatte membraanzakken, cisternen, waar vesikels van RER toekomen aan cis kant en waar vesikels vertrekken aan de trans kant als primaire lysosomen, of als secretievesikels met materiaal voor buiten de cel. Dit geeft 2 van de vier punten. Wat gebeurt er in het golgi: suikers die op de eiwitten staan uit RER worden grotendeels verwijderd en elk eiwit krijgt zijn specifieke glycosylatie (heel veel studenten spreken weeral over glycolysatie, wat uiteraard niet ok is, zeker 5 keer in de les gezegd! Glycosylatie kan op O of N zijn
# Wat is de functie van een G-proteïne? (4)
* G proteïnen: belangrijk bij signaaltransductie in de cel (1 punt). Zijn proteïnen die met GDP zijn gebonden en dan inactief en bij activatie wordt GDP door GTP (wat in overmaat in de cel aanwezig is) vervangen (en niet zoals studenten antwoorden dat GDP naar GTP wordt omgezet). Het G proteïne heeft dan een eigen GTPase activiteit die zorgt dat GTP wordt omgezet naar GDP en het proteïne is terug inactief. Het is dus een on-off schakelaar.
# Hoeveel ribose-5-p heb je nodig om 14 alanine te maken? -welke wegen, reactievergelijking en NADH en atp balans (10)
* Hier heb je dus al 14 pyrodruivenzuur nodig bij de transaminatiereactie maar je hebt er nog twee extra nodig om eerste keer glutaminezuur te maken (cellen hebben geen reserve). Dus eentje voor acetyl coA en eentje voor oxaalazijnzuur (anaplerotisch). Hiermee kan je alfa keto maken en hiervan kan je glutaminezuur maken. Het alfa keto recupereer je dan telkens bij de transaminatie reacties. Om 16 pyrodruivenzuur te maken heb je 12 ribose5P nodig. Met 9 kan je er 15 maken, maar je hebt er dus 16 nodig. Hier zijn er punten gegeven a rato van welke pathways die relevant zijn heb je opgeschreven.
# Drie organellen aanduiden en hun functie bespreken. (lipidedruppels, glyoxisoom (?) en mitochondrion, de foto stond in de cursus) (4)
* Dit was een foto uit de cursus!!!. Vetdruppels (neutrale lipidenreserve) en mitochondriën (beta oxidatie, Krebs cyclus; Az biosynthese; electronentransport keten) gaf 2 punten. Cruciale hier waren de glycoxysomen met omzetten van 2 acetyl coA naar barnsteenzuur). Dit gaf nog twee punten.)
--> examen stond op 36punten

===21 juni 2022===

# Lactose in alfa vorm tekenen. (6 ptn)
#* Waar in de natuur komt het voor?
#* Welk enzyme hydrolyseert het?
#* Geef de belangrijkste verschillen tussen lactose en trehalose.
#* Opmerking: De alfa slaat hier natuurlijk op de glucose (die nog kan open gaan) maar de binding tussen de galactose en de glucose is een beta binding. Geen correcte structuur is -2, geen enzyme is -1, geen plaats van voorkomen is -1. Grootste verschil met trehalose is dat dat een niet reducerend suiker is met de glucose alfa,alfa, 1, 1 gebonden. Waar het voorkomt is ook verschillend.
# Tertiaire structuur proteïnen: Leg uit + maak tekening. Aan welke externe factoren is het gevoelig? (6 ptn)
#* Opmerking: Veel fouten hier is dat studenten de secundaire structuur beschrijven. Er moet zeker staan: H bruggen tussen az en met omgeving, S-S bruggen (sommige studenten zetten maar één S, dat kan natuurlijk niet), hydrofobe interacties + VanderWaals, ionische interacties en algemene structuur, hydofobe binnen een polaire aan buitenkant. Bij externe omstandigheden dikwijls ok geantwoord, maar niet de reden waarom een eiwit dan stuk gaat. Bvb extreme pH. Waarom? (omdat dan de ionische interacties verstoord worden daar of alle COO- COOH worden en een eiwit dus positief geladen wordt. Hitte, detergenten (SDS), solventen, …
# Peroxisomen en glyoxisomen: Oorsprong en functie? Welke metabolische wegen gebeuren hier? In welke organismen komen ze voor? (6 ptn)
#* Opmerking: Komen van SER, en de vraag was welke metabolische reacties er plaatsvinden. Hier hadden die reacties opgeschreven moeten worden. Veel studenten antwoorden dat het doel is om H2O2 af te breken. Neen, doel is om toxische stoffen af te breken met behulp van zuurstof en bij die afbraakreacties komt H2O2 vrij die enerzijds andere toxische stoffen kan neutraliseren, maar dan is er ook Katalase om H2O2 zelf ook af te breken, daar dit toxisch is Dit geeft de typische kristallen. Heel veel studenten antwoorden dat in glyoxysomen vetzuren worden omgezet in suikers. Dat is natuurlijk fout. De reactie in de glyoxysomen is om twee acetyl-coA om te zetten tot barnsteenzuur. En dieren hebben dat niet.
# Geef alle stappen die nodig zijn om een proteïnemengsel te kunnen scheiden met een kationuitwisselaar. Hoe kan kationuitwisselingschromatografie worden gebruikt om de 5 (gegeven) decapeptiden te scheiden? In welke volgorde elueren ze? (6 ptn)
#* Opmerking: Hier moet je weten hoe zo een kolom werkt en welke aminozuren er zuur zijn en welke basisch daar die het IEP gaan bepalen. Wat er zeker had moeten staan is dat initieel je de pH laag moet brengen zodat alle peptiden blijven hangen en dan geleidelijk de pH verhogen of de zoutconcentratie verhogen, daar ze er dan één voor één afkomen.
# Hoeveel moleculen sucrose nodig voor omzetting in 3 moleculen stearinezuur? Hoeveel ATP komt er vrij bij het verademen van de restproducten? (10 ptn)
#* Teken sucrose. Door welk enzym wordt het gehydrolyseerd? Wat zijn de hydrolyseproducten?
#* Welke metabolische wegen worden doorlopen? (gegeven dat het er 5 zijn, gewoon de namen van de wegen geven)
#* Teken de volledige metabolische reacties en schrijf de uiteindelijke reactievergelijking.
#* Hoeveel ATP-moleculen kunnen er gewonnen worden uit de gevormde producten die niet gebruikt werden voor de vorming van de vetzuren?
#* Opmerking: Sommige studenten vertrekken van stearinezuur om sucrose te maken?? Vraag goed lezen. Hier moet je dus via de pentosefosfaatweg gaan om voldoende NADPH te maken. Sommige studenten doen dat, maar gaan dan ook nog eens langs de volle glycolyse om de acetyl coA te maken maar als je de PPP doorloopt kom je ook terug uit bij pyrodruivenzuur/actyl coA. Van acetyl CoA dan naar stearinezuur, maar uiteraard de ATP verbruikende reactie om malonyl CoA te maken en per stap twee NADPH. In de oefensessie hebben jullie een gelijkaardige oefening gemaakt en was het ok om via de PPP pathway te gaan om voldoende pyrodruivenzuur te bekomen (maar een tekort aan NADPH). Studenten die dat gevolgd hebben was ook ok.
# Twee EM foto's: Welke celtypes zijn afgebeeld? (spiercel en delende plantencel) Benoem alle onderdelen + hun functie. (4 ptn)

=> examen op 38 ptn

===13 juni 2021===
#Teken een oligosaccharide dat D-galactose met een alfa-1,6 binding gebonden is aan een D-fructose (furanose-vorm) die vervolgens met een alfa-1,4 binding gebonden is aan beta-D-ribose.
#Beschrijf (en teken eventueel) volgende woorden: Desmosoom, apoptosoom, beta-vouwbladstructuur, Gs-proteine en snelheidscentrifuge.
#Wat is SDS PAGE, wat kan men ermee onderzoeken, hoe werkt het en wat is het verschil met Native PAGE.
#Beschrijf en teken de vetzuursynthese van stearinezuur.
#Hoeveel moleculen ribose-5-fosfaat kan een gistcel maken uitgaande van 10 moleculen glutaminezuur bij een tekort aan aminozuren, wat is de totale ATP en coenzym verhouding. Geef de reactievergelijking, Neem de weg met de minste CO2 productie.
#Twee foto's. Alle onderdelen benoemen en de functies van deze onderdelen beschrijven. oa de kristalstructuren, R.E.R, ribosomen, celkern, Golgi apparaat.

===14 juni 2020===
#Teken de microtubuli van het cytoskelet en leg uit waarom het zo belangrijk is voor de deling van cellen. Wat zijn andere structuren van de cel waar microtubuli in voorkomen
#Teken Gram+-bacterie en Gram--bacterie en teken de celwand (mureïne). Leg het effect van peniciline uit op de celwand en waarom het geen effect heeft op ons
#Leg verschil uit tussen Instrinsieke en Extrinsieke signaalwegen. Waarom is apoptose zo belangrijk?
#Hoe kan men zonder de cel te denatureren de verschillende celonderdelen scheiden?
#Een gistcel maakt uit 4 moleculen stearinezuur, glucose-6-fosfaat. Hoeveel kan het er maken en hoeveel ATP blijft er over (Vetzuurafbraak, Gluconeogenese, Krebs-cyclus en Anaplerotische reacties)
#2 prentjes
#*Kristallen
#*Ribosomen
#*Nog dingen maar ik ben onzeker

===7 juni 2020===
#teken gedetailleerd een alfa helix structuur en de binding, welk proteïne heeft vooral alfa helix structuren?
#trehalose en amylopectine tekenen, welke binding?
#geef functie van, een teken eventueel: mesosoom, protoplast, mycoplasma, chromomeer, middenlichaampje
#leg uit: actief transport
#hoe kun je een plasmamembraan goed zichtbaar maken onder een fluorescentiemicroscoop?
#hoeveel ATP verkrijg je bij het volledig verademen van 10 moleculen glycerol? (antwoord: 220 ATP)
#duidt structuren aan op foto

===19 augustus 2019===
# Amylopectine is een belangrijk deel van zetmeel. Teken de structuur en alle atomen. Waar verschilt dit moleculen met glycogeen?
# Hoe wordt p53 geactiveerd? Wat heeft dit als resultaat? Wat is het gevolg indien het slecht functioneert?
# Hoe kan ionenuitwisselings chromatografie worden gebruikt om de 5 (gegeven) decapeptiden te scheiden. Welke elueert het eerst?
# Welke soort juncties zijn er? Teken en leg ze uit?
# Gistcellen kunnen groeien op een ethanol bodem. Hoeveel moleculen heeft een gistcel nodig om 12 moleculen ribose-5-P te maken. Hoeveel energiewinst is er? Geef alle stappen.
# 3 prenten:
## Ben ik vergeten
## Kliercel: benoem alle delen in de cel en geef hun functie.
## 2 Virussen(1 was Tabaksmozaïekvirus): wat is hun structuur en wat zijn het?

===26 juni 2019===
#leg gedetailleerd uit wat actief transport is
#geef de structuur van microtubuli, waarom zijn deze microtubuli belangrijk bij delende plantencellen? geef de structuur van flagellen bij eukaryote cellen en hoe zorgen deze voor beweging
#wat is Km?
#wat is een proplastide?
#wat is confocale fluorescentiemicroscopie en hoe kan deze gebruikt worden om een celmembraam te bekijken?
#hoeveel glycerol heb je nodig voor opbouw van 6 moleculen palmitinezuur? kan dit ook in anaerobe omstandigheden?
# 2 foto's, geef alle structuren die je ziet + functie
## 1 foto van kristallen in een kern
## 1 foto van mucusvesikels die uit een darmepitheelcel komen

===18 juni 2019===
#Wat is de moleculaire structuur van een celwand van een bacterie? Wat is het verschil tussen een gram+ en een gram- bacterie? Hoe heeft dit effect met penicilline? Waarom gebeurt dit niet bij de mens?
#Hoe kan men een enzym isoleren en scheiden uit een dierlijke cel?
#Wat is covalente modificatie? Geef twee voorbeelden, een waarbij het enzym vertraagt en een waarbij het enzym versnelt.
#Hoeveel ATP geeft de afbraak van tripalmitine? Hoeveel tripalmitine moet er worden afgebroken om 10 moleculen glucose te maken in een dierlijke cel?
#Twee EM-foto's bespreken en vijf termen uitleggen.

===27 juni 2018===
#Biosynthese van palmitinezuur geven (met structuren) en zeggen waar deze plaatsvindt.
#Teken een spiercel en benoem de elementen. Leg verder ook mbv tekeningen uit hoe een spiercel werkt.
#5 begrippen uitleggen/tekenen: mesosoom, operon, guanine, blefaroplast en mycoplasma.
#Leg uit hoe je mbv affiniteitschromatografie zuiver hexokinase uit een levercel kan scheiden. Zijn er nog andere technieken om zuiver hexokinase te krijgen, zo ja leg deze dan uit.
#Hoeveel moleculen glycerol zijn er nodig om 10 moleculen alanine te vormen. Geef de metabolische wegen in de juiste volgorde en geef de volledige synthese (inclusief structuren). Er is genoeg ammonium aanwezig maar geen oxaalazijnzuur.
#Van 2 E.M foto's de structuren en hun functies benoemen.

===19 juni 2018===
#Gluconeogenese geven/uitleggen
#Welke aminozuren kunnen gefosforiliseerd worden, en welke geglycosyleerd. Teken een gefosforiliseerd aminozuur.
#Confocale fluoricentiemicroscoop uitleggen en tekenen. Hoe kan dit gebruikt worden om het plasmamembraan te tonen.
#BBegrippen: p53, desmosoom, N-acetylmureinezuur, cysteine, chiasma.
#Hoeveel mol tripalmitinezuur heb je nodig voor 15 mol ribose?
#EM foto van glycocalyx met slijmbekercel en foto met peroxisoom.

===30 augustus 2017===
#Ionenuitwisselingschromatografie uitleggen
#Een stuk DNA tekenen
#De verschillende juncties tussen cellen uitleggen
#Biosynthese en afbraak van vetten tekenen en uitleggen
#Hoeveel moleculen glutaminezuur heb je nodig om 6 moleculen ribose-5-P te maken
#Fotos van cellen: spiercel en plantencel

===21 augustus 2017===
#Koppel een fructosemolecule aan een galactose en deze aan een glucose op bepaalde manier (alpha,beta)
#Confocale fluorescentiemicroscopie
#Leg volgende termen uit: operon, plaques, cyclines, mesosoom, cystine
#Bespreek de lichtreacties (voorkomen, welke reacties gebeuren,...)
#Hoeveel sucrosemoleculen heb je nodig om 10 moleculen alanine te maken?
#2 E.M. foto's, de ene was een spiercel (actine en myosine), de andere weet ik niet zeker

===20 juni 2017===
#Maak een (erg gedetailleerde) tekening van de secretieweg van DNA tot enzyme, voor een enzyme dat als functie heeft de celwand opbouwen. Leg hierbij alle belangrijke stappen uit.
#Actief transport bij bacteriën, schimmels en dieren uitleggen, met glucose als voorbeeld
#Je wil 6 proteïnen scheiden door een anionuitwisselingschromatografie uit te voeren, welke stappen zijn hierbij? Maak ook een tekening
#Hoeveel glycerol heb je nodig ter vorming van 4 moleculen tripalmitine? Hoeveel ATP is er over na volledige verademing van uw restproducten en reducerend vermogen? Geef op volgorde alle metabolische wegen die hierbij gebruikt werden. Geef schematisch alle stappen die doorlopen worden bij de vorming van tripalmitine uit glycerol, en geef de netto reactievergelijking (inclusief ATP).
#2 foto's aanduiden alles dat je herkent en de functie ervan geven, was een slijmbekercel en een heel erge close up van een plantencel
#5 termen verklaren: apoptosoom, DNA primase, N-acetylglucosamine, proplastide en Km

===21 juni 2016===
#cytokinese dier & plant
#donkerracties en verschil C3,C4 en CAM
#adrenaline
#vriesbreuk en vriezers
#ato berekenen in cyclus
#fotokes van vet en golgi app

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van bacterien en schimmels op vlak van structuur, functie en chemische samenstelling
#inductie en repressie uitleggen adhv lac-operon en trp-operon
#oef: hoeveel mol ribose-5-P kan je maken uit glutaminezuur? bereken hoeveel ATP je over hebt en schrijf de volledige cycli uit (antwoord 3 mol ribose-5-P)
#fotos over juncties en chloroplast
#gelfiltratie uitleggen + hoe daaruit molecuulgewicht proteinen bepalen
#structuur en werking van een spiercel uitleggen

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van schimmels en bacterie (moleculair, structuur, functie)
#bespreek gelfiltratie + hoe kan men de moleculaire massa berekenen van een proteine
#bespreek de spiercel (werking, structuur)
#Bespreek genrepressie en geninductie aan de hand van beta galactosidase en tryptofaan
#metabolisme: hoeveel ribulose 5 fosfaat uit 5 glutaminezuur (geef namen gebruikte wegen + theoretische ATP opbrengst)
#Structuren desmosoom/dichte junctie en chloroplas

===14 juni 2016===
#bespreek de onderzoeken naar de regulatie van de celcyclus (MPF enzo...). Wat kan er misgaan wanneer de regulatie niet goed verloopt? (tumor, p53, oncogenen)..
#Bespreek oorsprong structuur en functie van glyoxisomen en peroxisomen (bijvraag: waar vind je vb glyoxisomen: noten,zaden)
# kationuitwisselingschromatografie uitleggen +methode om 4 peptiden te scheiden hiermee uitleggen
# bespreek: Gs proteine (algemeen, niet adrenaline), Km(enzyme),Prion
# Hoeveel ATP moeten de lichtreacties maken voor de synthese van 6 mol sucrose via donkerrracties (UDPG niet vergeten)
# 2 fotos: chloroplast, 10 structuren aanduiden, darmepitheelcel met glycocalix en veel mucus blijkbaar geen lysosomen dus

===13 juni 2016 NM===
#bespreek microtubuli en de structuren aan die in de cel voorkomen.
# Welk peptide wordt er gevormd (DNA gegeven)
# waaruit bestaat een spiercel en bespreek de werking ervan
# Bespreek de calvin-cyclus. Wat zijn de inputs en wat zijn de outputs?
#Hoeveel moleculen glycerol hebt je nodig om 9 moleculen ribose-5- fosfaat te maken? ( pentosefosfaat weg omkeren)
#em foto's
#*was een plantencel blaasjes golgi-apparaat aant afzetten was op de fragmoplast
#*De tweede foto was een slijmbekercel

===13 juni 2016 VM===
# Structuur glycogeen? Biosynthese er van en afbraak ervan? (Moest blijkbaar adrenaline bij betrekken)
# aminozuren uitleggen en de structuur van proteine
#structuur en functie van de celwand bij bacteriën
#de stappen nodig om een zuivere fractie van polysomen te verkrijgen. Das zo met differentiële centrifugatie
# hoeveel mol ethanol nodig om 6 mol ribos-6-fosfaat te vormen.
# 2 foto's ene was met peroxisoom (kristal in), mitochondrie en chloroplast. 2e was ook vormen van fragmoplast

=== 23 juni 2015 VM ===
# Bespreek de lichtreacties
# Belangrijkste cel differentiaties bij Planten.
# Hoe kan men cellen in een oplossing tellen? Hoe gebeurd dit bij bacteriofagen?
#Teken en bespreek de structuur en functie van de glycocalix bij dieren
#hoeveel maltose moleculen zijn er nodig bij de synthese van alanine in een cel met een tekort aan energie
# 2 foto's: een prokaryoot en een spiercel

=== 24 juni 2015 VM ===
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers en teken de belangrijkste.
# apoptose
# Penicilline en chloramfenicol
# Opbouw en afbraak van vetten
# 2 foto's eentje van een floeemcel de andere van een vetdruppels met glyoxisomen

=== 23 juni 2015 VM ===
# Geef alle soorten lipiden, uitleg, tekening
# wat is een sarcomeer en leg werking uit,
# vier woorden: microsoom, beta-mercapto-ethanol, tonofilamenten en dna primase,
# Geef heel calvincyclus
# Oefening met al die metabolisme en ATP enzo. Iets mat stearinezuur afbreken tot pyrodruivenzuur ofzo tongue-emoticon
# 2 fotos : celkern met kristallen en dan blijkbaar een zeefvat

=== 22 juni 2015 NM ===
# Alles van de plantencelwand
# Oef met DNA sequentie en translatie
# Oxidatieve fosforylatie vs foto fosforylatie
# Hoe kan je polysomen en ribosomen scheiden
# Hoeveel mol glycerol heeft een gistcel, die in de G0-fase zit, nodig om met ademhaling 110 Mol ATP te synthetiseren
# Foto van openbarstende darmepitheelcel (met mucus) en van een plantencel

=== 22 juni 2015 VM ===
# Structuur en functie van endoplasmatisch reticulum
# Hoe wordt de activiteit van fosfofructokinase geregeld?
# Cytoskelet bij planten en dieren
# Bespreek de lichtreacties
# hoeveel mol ethanol nodig opdat gistcellen 4 mol ribose-5-P kunnen maken. Welke metabolische weg komen hierbij tussen? Hoeveel ATP blijft er over?
# 2 foto's: de eerste was een zenuwcel met microtubuli en de tweede met een peroxisoom.

=== 16 juni 2015 ===
# bespreek suikers en polysacchariden en teken de belangrijkste
# welke reacties vinden plaats op het thelakoïdmembraan en wat zijn de inputs en outputs
# geef uitleg; middenlichaampje, callus, mitosis-promoting factor MPF, blefaroblast
# hoeveel mol glutaminezuur moet omgezet worden in oxaalazijnzuur om voldoende ATP te maken voor de afbraak van 5 mol stearinezuur
# bespreek SDS-page en waarvoor dient het
# foto van floëemcellen en foto van kern met kristallen p p295

=== 26 juni 2014 ===
#IEP uitleggen en peptiden rangschikken op IEP
#Transport van voedingsstoffen over de celmembraan bespreken
#Methoden om de volgorde van enzymen in een metabolische pathway te bepalen
#Glyoxylzuurcyclus bespreken
#Hoevel mol glycerol nodig voor 2 mol palimitinezuur
#Foto van jonge plantencel en van peroxisoom

===23 juni 2014===
#Transport van voeding door de membraan
#Plantencelwand bespreken
#Bespreek de pentosefosfaatweg (alles)
#Tellen van bacteriofagen
#1 mol tripalmitine (vergeet glycerol niet!)
#Foto van plantencel (chloroplast volledig en ook vacuole enzo) + floeemcel (gedifferentieerde plantencel)

=== 19 juni 2014 ===
#Leg de rol van enzymen als katalysatoren uit in de metabolische reactie wegen
#Wat doe adrenaline in de levercellen als je schrikhebt?
#Leg de weg uit die katalase aflegt in de cel beginnende bij DNA.
#Leg ionenuitwisselingschromatografie uit.
#Hoeveel mol maltose heb je nodig voor de aanmaak van 2 mol stearine? Welke metabolische reactiewegen komen hier bij te pas? Welke zijn de energieleverende/ energie verbruikende stappen?
#Prent van cel met glycogeenkorrels, RER, SER, mitochondrien etc
#Prent van plant cel in cytokinese --> aanmaak van middenlamel door fragmoplast etc

=== 12 juni 2014 (namiddag) ===
#Transport over celmembraan
#Kern met rer tekenen en functie uitleggen
#Wat doet adrenaline in levercellen
#Confocale fluorescentie microscopie uitleggen
#Hoeveel acetaat je nodig hebt voor 3 mol glycerol en waar wordt energie geproduceerd
#Foto van glycogeenkorrels en van kristallen in kern

=== 12 juni 2014 (voormiddag) ===
#fosfofructokinase van dna tot enzyme de weg die het moet doen en regulatie
#plantencelwand opbouw componenten en functie
#tellen van cellen en bacteriofagen
#hoeveel glucose nodig voor 4 alanine te maken
#foto van zenuwuitlopers en vorming nieuwe celwand bij planten: fragmoplast

=== 17 juni 2013 (namiddag) ===
#Bespreek de eenvoudige suikers en polysacchariden.
#Bespreek de biosynthese en afbraak van vetzuren.
#Wat is de functie van glyoxisomen? Hoe kan je deze zichtbaar maken bij fluorescentie microscopie?
#Een gistcel kan groeien op ethanol. Om te groeien moet de celwand groeien, deze is opgebouwd uit polymeren van suikers.
#*Hoeveel mol ethanol is er nodig om 10 mol glucose te maken?
#*Kan de gistcel groeien op ethanol in anaëroob milieu? (antwoord: p469 laatste 5 regels in middelste stuk)
#prent aanduiden:
#*desmosoom
#*peroxisoom met kristalstructuur

=== 17 juni 2013 (voormiddag) ===
#Teken de overgang van kernmembraan naar R.E.R. Wat is de functie van dit laatste?
#Bespreek geprogrammeerde celdood. Is er een link met kanker?
#Geef de methode(n) hoe je proteïnen kan splitsen op basis van hun lading.
#Hoe werkt het B-galactosidase operon bij E. Coli?
#Hoeveel mol glucose kan je maken met 3 mol palmitinezuur? Welke metabolische wegen worden er gevolgd? Hoeveel ATP kan er eventueel gevormd worden?
#Foto's:
#* p254
#*p218 (ongeveer)

===13 JUN 2013 NM===
# Bespreek de secretieweg in een cel van gen tot gesecreteerd eiwit.
# Als een mens schrik heeft komt er adrenaline vrij. Wat gebeurt er dan in de lever?
# Hoe werkt SDS-PAGE?
# Een uitgehongerde zoogdiercel maakt 4 glutaminezuurmoleculen en 2 asparaginezuurmoleculen. Hoeveel fructose is hier voor nodig en hoeveel CO2 wordt er door het organisme geproduceerd bij deze omzetting?
# 2 foto's: chloroplast tegen celwand aangedrukt door vacuole en celkern met kristallen.

=== 13 jun 2013 (voormiddag) ===
#Bespreek de celwand vn de bacterie
#Uitleggen wat MFP met celcyclus te maken heeft en welke drie onderzoeken er toe geleid hebben
#Confocale fluorecentiemmicroscopie uitleggen
#Een oefening met hoeveel mol
#2 prentjes:
#*floëmcellen
#*gewoon RER, SER, Peroxisoom, mitochondrïen aanduiden (kan zijn nog iets)

=Examenvragen vanaf 2009=
== Biochemie ==

=== 27 jun 2011 ===
#elektronentransportketen uitleggen.
#Met welke methodes kan je glyoxisomen bestuderen (door microscopische analyse) in de cel?
#Vetzuren en lipiden bespreken
#Differentiaties in plantencellen
#Foto van spiercel + kern delen benoemen.
#C1 van een glucosemolecule wordt radioactief gemerkt. We zien dat C6 van een 1,6-bisfosfaatfructosemolecule ook radioactieve sporen vertoond. Verklaar dit.

=== 16 jun 2010 ===
#Bespreek de lichtreactie van de fotosynthese.
#Bespreek hoe je aminozuren en suikers kan scheiden en deze onderling kan scheiden.
#Bespreek: de weg die wordt afgelegd van DNA tot glycocalyx van een proteïne.
#Hoeveel ribose 5-P kunnen gevormd worden uit 5 moleculen glutaminezuur. Hoeveel ATP komt hierbij vrij?
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (chloroplast en jonge plantencel)

=== 8 jun 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de suikers
#Bespreek de pentosefosfaatweg (PPP)
#Bespreek SDS-PAGE
#Hoeveel molecule alpha-ketoglutaarzuur moeten er in de cel omgezet worden naar fumaarzuur om voldoende ATP te maken voor de synthese van 6 moleculen palmitinezuur (vertrekkende van Acetyl-Coa en uitgaand van het feit dat alle cofactoren aanwezig zijn) ? [Antwoord: 7]
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (levercel en prokaryote cel)

== Chemie ==

===3 JUN 2012 VM===
# celdifferentiatie in ene plantencel
# transport voeding cel
# geef de verschillen tussen de glycolyse en de gluconeogenese daar waar de enzymen verschillend zijn
# 2 stearinezuur omvorme na ribose, er is geen NAD+, geef de cusclussen die je gebruikt, is er atp genoeg, kan het volledig worden omgezet?
# 2 tekeningen (darmwand en spiercel)

===3 FEB 2012 NM===
# Bespreek enkelvoudige en meervoudige suikers
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Bespreek ionenuitwisselingschromatogafie
# 2 foto's

===30 JAN 2012 VM===
# Bespreek aminozuren en ruimtelijke opbouw van proteïnen
# Rangschik 5 proteïnen volgens hun isoelektrisch punt, van hoog naar laag (je krijgt hier dan 5 aminozuursequenties)
# Teken de overgang tussen kernmembraan en het RER en bespreek de functie van het RER.
# Bespreek de verschillende centrifugatietechnieken.

===23 JAN 2012 NM===
# bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers
# bespreek de celwand bij bacterien en schimmels
# leg uit ionenuitwisselingschromotografie
# 2 foto's waar ge alles op moet aanduiden

===23 JAN 2012 VM===
# Bespreek de celwand bij planten
# Bespreek microtubuli en hun structuren
# SDS-page (blijkbaar moest ge u practicumboek ook kennen :s)
# foto van kern me kristallen en een bacterie

===20 JAN 2012 NM===
# Bespreek vetzuren en lipiden
# Bespreek wat er allemaal gebeurd en hoe het transport gebeurd van een specifiek proteïne vertrekkende van het genome DNA tot aan de glycocalyx (mss iets ander geformuleerd)
# Bespreek de technieken om een basaalkorrel zichtbaar te maken in de cel. -> ECHT IN FUNCTIE VAN DE BASAALKORREL DOEN DUS adh van het proteïne tubuline!!!
# 2 foto's 1 van die rozetstructuren van glycogeenpartikels en dieje andere was met gwn een celkern met kristalijne kristallen (2 foto's die hem duidelijk in de les heeft vermeld da ge daar moet op lette)

=== 20 JAN 2012 VM ===
#Bespreek de nucleinezuren, als monomeer en macromolecule, en hun ruimtelijke structuur bij eukaryoten en prokaryoten.
#Bespreek het endoplasmatisch reticulum.
#Bespreek gelfiltratie en leg uit hoe het ka ngebruikt worden om het moleculaire gewicht van een proteine te bepalen.
#2 EM-fotos, alle structuren aanduiden en de functie ervan geven.

===21 JUN 2011 NM===
#bespreek de vermenigvuldiging van virussen
#Bespreek de bio-synthese en afbraak van vetzuren
#Bespreek de vrijzetting van adrenaline in het bloed
#Hoeveel mol ATP wordt er geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol? Hoeveel mol glutaminezuur kan worden geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol wanneer er genoeg ammoniak in de cel aanwezig is?
#twee foto's

===21 JUN 2011 VM===
#Bespreek de cytokinese bij planten.
#Bespreek het transport van voedingsstoffen naar binnen in de cel.
#Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
#Hoeveel mol fructose is er nodig voor de synthese van 3 mol palmitinezuur?
#twee foto's

===21 JAN 2011===
#Bespreek de celwand bij planten.
#Bespreek de proteïnen en hoe ze zijn opgebouwd in een ruimtelijke structuur.
#Geef de belangrijkste verschillen tussen gram positieve en gram negatieve bacteriën en hoe kan je die van elkaar onderscheiden?
#Bespreek moleculaire exclusiechromatografie en hoe kan je hiermee het MW van een eiwit bepalen?
#Twee foto's

===22 JUN 2010===
# Bespreek de structuur en werking van spiercellen.
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
# Hoeveel ATP wordt er geproduceerd bij afbraak van 5 mol glycerol en 2 mol glucose? stel: Glutaminezuur tekort in de cel, hoeveel mol glutaminezuur kan geproduceerd worden met 5 mol glycerol en 2 mol glucose?
# Hoe werkt adrenaline?
# Hoe werkt het tryptofaan operon bij aanwezigheid en afwezigheid van tryptofaan?

===15 JUN 2010===
# Bespreek differentiatie van plantaardige cellen
# Bespreek gemedieerd transport
# Bespreek de glyoxyzuurcyclus (waar, in- en outputs en waar de producten verder naartoe gaan...)
# Hoeveel fructosemoleculen heb je nodig om 4 moleculen glutaminezuur en 2 moleculen asparaginezuur te maken. Hoeveel CO2 wordt hierbij gemaakt? Leg uit a.d.h.v. metabolische wegen.
# Bespreek hoe de enzymes elkaar opvolgen (niet in deze woorden, maar 't komt erop neer)

===25 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de structuur en de functie van microtubuli en de verschillende structuren die hieruit zijn opgebouwd. (p. 240-261)
#Bespreek de ruimtelijke structuur van eiwitten. (p. 53-60)
#Bespreek de verschillende centrifugatie methoden. (p. 285-290)
#Twee foto's

===18 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de celwand bij planten. (bijvragen over de chemische opbouw van (hemi)cellulose, extensises,...)
#Bespreek RNA transcriptie en DNA duplicatie.
#Bespreek de moleculaire exclusiechromatografie.
#2 foto's van cel(onderdelen). Alles benoemen, ook vanzelfsprekendheden (cytoplasma,...)

=== 15 JAN 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# Bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# Bespreek SDS PAGE
# Duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)

leer ALLE details!

=Examenvragen van 2007 - 2009=
=== 2 sept 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers.
# Bespreek de verschillende plastiden.
# Welke techniek kan men gebruiken om celmembranen te bestuderen onder de EM? Bespreek de twee varianten.
# Twee foto's

Thevelein
* Hoofdvraag
*# Bespreek het verband tussen de elektrontransportketen en oxidatieve fotofosforylatie.
* Bijvragen
*# Glyoxylzuurcyclus
*# Hoeveel glucosemoleculen heeft een schimmelcel nodig om 2 glutaminezuur en 4 asparaginezuur te maken? Wordt er hierbij ook CO2 geproduceerd en indien ja, hoeveel?

=== 24 Juni 2009 - Chemie - Thevelein ===
* hoofdvragen
*# Bespreek de Krebscyclus.
*# Bespreek de lichtreactie vd fotosynthese.
*# Leg genrepressie en geninductie uit aan de hand van klassieke voorbeelden.
* bijvragen
*# Wat is groepstranslocatie?
*# Bereken hoeveel mol ATP er wordt vrijgezet bij de volledige oxidatie van 1 mol tristearine.
*# Nog een oefening zoals hierboven maar nu met aminozuren enzo...

=== 19 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de structuur van microtubuli en de structuren die eruit bestaan.
# Bespreek de nucleïnezuren en nucleotiden en hun ruimtelijke structuren.
# Leg gelchromatografie (??) (da met gelbollekes sorteren) uit en hoe je het molecuulgewicht v eiwitten hiermee kan berekenen.
# 2 foto's uit oefenzittingen

Thevelein
* hoofdvraag
*# Vergelijk gluconeogenese en glycolyse (startproducten, plaats id cel,..)
* bijvragen
*# bespreek glyoxylzuurcyclus
*# Bereken hoeveel moleculen glucose een schimmelcel nodig heeft om 2 moleculen glutaminezuur en 4 moleculen asparaginezuur te produceren. Wordt hierbij CO2 gevormd en zo ja hoeveel? Leg uit adhv de gebruikte cycli.

=== 15 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de celwand bij planten
# bespreek peroxisomen en glyoxisomen
# rankschik de volgende peptiden volgens iso-elektrisch punt. en wat is iso-elektrisch punt. vb.COOH-cysteïne-proline-histidine-cysteïne-lysine-methionine-asparaginezuur-NH2
# 2 fotos: 1 van een chloroplast, en 1 van een zenuwcel
Thevelein
*hoofdvraag
*# bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
*bijvragen
*#geef volledige metabolische weg om asparaginezuur te vormen uit glycerol en NH3
*#Kan een cel in anaërobe omstandigheden het meest ATP halen uit glucose via de Glycolyse of eerst via PP(pentosfosfaatweg).en toon aan.-

=== 26 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
# Bespreek nucleotiden en nucleïnezuren
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Hoe kan je aminozuren van suikers scheiden en hoe kan je ze verder opzuiveren?
# Teken het celmembraan (of was de vraag nu glycocalyx?) van een dierlijke cel en duidt de onderdelen aan.
# Wat is het iso-elektrisch punt van een proteïne en wat ben je ermee?
# 2 fotos: 1 van een prokaryote cel, en 1 van een plantencel

=== 15 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# bespreek SDS PAGE
# duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)
leer ALLE details!

=== 22 aug 2008 - Biochemie ===
Thevelein:

* Hoofdvraag:
*# Bespreek de samenstelling en mechanisme van elektronentransportketen

*Bijvragen:
*# Welke reacties worden gekatalyseerd door volgende enzymes:
*#* pyruvaat decarboxylase
*#* pyruvaat dehydrogenase
*#* pyruvaat kinase
*#* pyruvaat carboxylase
*# een cel zet oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 om in asparaginezuur en glutaminezuur, geef de reactie.

Van Dijck:

# bespreek structuur en functies van de microtubuli en bespreek de structure waar ze voorkome (/3)
# bespreek structuur van de proteïnen en waar komen deze voor (/3)
# hoe kan je het molecuulgewicht van een proteïne bepalen met exclusiechromatografie (/2)
# wat is hemicellulose? (/1)
# duid celorganellen aan op de prent (/1) --> twas een levercel met veel secretiepartikels

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen:
# e-transport
# pentosefosfaatweg
# regulatie van het metabolisme

Bijvragen:
# glyoxylzuurcyclus
# glucose+NH3-->glutaminezuur+CO2 hoeveel ATP wordt er geproduceerd (aeroob organisme)
# synthese van trehalose uit glucose dat via symport in de cel komt. Hoeveel ATP moet er via melkzuurgisting gewonnen worden om 2 trehalose moleculen te vervaardigen.

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen
# Bespreek de Krebscyclus
# Bespreek het membraantransport en de membraanpotentiaal
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese

Bijvragen
# Adrenaline als glucosevrijzetter
# Bespreek in detail de biosynthese en afbraak van vetzuren
# Een bacteriële cel in aërobe omstandigheden zet glucose om in pyrodruivenzuur. Waar wordt het meeste ATP geproduceerd, via de glycolyse of via de pentosefosfaatweg?

=== 20 jun 2008 - Chemie - Thevelein===
Hoofdvragen:
# Bespreek de calvincyclus.
# Bespreek membraantransport en bespreek hoe membraanpotentiaal hierbij tussenkomt.
# Bespreek de regulatie van het metabolisme.

Bijvragen:
# Glyoxylzuurcyclus.
# Adrenaline als glucose vrijzetter.
# Een denkvraag ivm proton-motive en dinitrofenol.

=== 20 jun 2008 - Biochemie ===

Thevelein:
# lichtreacties
# oefeningen:
#* tristearaat, hoeveel ATP wordt er gevormd
#* vorming van asparaginezuur en glyoxylzuur uit citroenzuur en NH3

Van Dijck:

* schriftelijk
*# soorten bindingen in macromolecules, tekenen +bespreken
*# wat is threhalose, mesozoom

* mondeling
*# endoplasmatisch riticulum bespreken
*# microtubuli bespreken
*# plaatsbepaling van moleculen in de cel, methoden bespreken
*# 2 foto's herkennen+organellen benoemen: lever en oliehoudende zaden

=== 19 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* Grote vraag:
*# membraantransport bespreken
* Bijvragen:
*# ge hebt 24 glucosemoleculen, die ge via PP en dÃ¡n pas de glycolyse gaat afbreken tot acetyl-CoA, waarna ge X aantal palmitinemoleculen gaat opbouwen. Hoeveel ATP wordt er gevormd? En hoeveel NADPH hebt ge tekort?

Van Dijck:

*Schriftelijk:
*# bespreek RNA en DNA
*# leg uit:
*#* isopycnische centrifugatie
*#* mycoplasma

*Mondeling:
*# bespreek mono- en polysachariden
*# celwand bij bacterien + Gram positieve en Gram negatieve bacterien
*# ionenuitwisselingschromatografie

=== 13 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* hoofdvraag:
*# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
* Bijvragen:
*# Bespreek hoe er geninductie en genexpressie bij Escheria coli plaatsvindt
*# Oefening ivm de metabolische wegen

Van dijck:

*Schriftelijk
*# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose en nummer de koolstoffen
*# Leg uit:
*#* mesosoom
*#* connexon

* Mondeling
*# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
*# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
*# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
*# Duid de organellen aan op de cel (chloroplast en bacteriofaag)

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling:
# geef de structuur en de functies van de mitochondrieën
# beschrijf de weg die een proteine X aflegt beginnend in de kern die voor de glycocalyx bestemd is.
# beschrijf de verschillende centrifugatietechnieken.

Schriftelijk:
# wat is het iso-elektrisch punt van proteïnen en rangschik de volgende proteïnen volgens stijgende theoretische waarde van het iso-elektrisch punt. De proteïnen werden gegeven door telkens een keten van 11 aminozuren.
# Beschrijf en teken schematisch de componenten van de glycocalyx
# verklaar:
#* mesosoom
#* connexon

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Schriftelijk deel
# rangschik van polair naar apolair (aceton, 1-propanol, diethylether, fenol, benzylalcohol) [in de vraag werden prentjes van de moleculen gegeven, en niet de namen], en zeg wat apolariteit bepaalt.
# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose.
# Leg uit:
#* Dictyosoom
#* Blefaroplast

Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
# Duid de organellen aan op de cel (de twee cellen waren een zenuwcel en een chloroplast)

=Examenvragen tot en met 2006=
=== 15 jan 2007 ===
Hoofdvragen: theorie
# bespreek hoe een cel aan zijn membraanpotentiaal komt + hoe deze aangewend wordt bij het membraantransport
# bespreek de Calvin Cyclus (functie, intermedairen, ...)

Hoofdvragen oefeningen
# practicum: bespreek PAGE bij proteïnen en hoe we de molecuulgroote ervan kunnen afleiden
# duid zo veel mogelijk celstructuren aan
# duid de volgende processen aan waar ze voorkomen in de cel aan op de tekening: NADPH productie, energieproductie, chromatine en integrale proteïnen

Bijvragen
# bespreek hoe adrenaline de glucoseproductie in de cel regelt
# Een cel maakt uit oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 de aminozuren glutaminezuur en asparaginezuur. Geef een reactievergelijking en houd rekening met ATP, NAD, FAD, H2O en CO2.