Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Molecular and Developmental Animal Physiology

2019-06-26T07:03:34Z

Rani Moors: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular and Develop - mental Animal Physiology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G55AE.htm

== Examenvragen ==

===17/06/2019===
##Spemann-Mangold Organizer, nieuwkoop center, apoptosis
# the Hippo-pathway and its role in developmental process (2)
#Explain: RNA interference and in situ hybridization (2)
# regeneration (amphibia)
#Dorso-ventrale ontwikkeling in de vlieg (early development)

===18/06/2018 NM===
#Briefly explain (3)
##Spemann-Mangold Organizer
##Trophoblast
##Epimorphosis
#Discuss the Hippo-pathway and its role in developmental process (2)
#Sex determination in fruit fly Drosophila melanogaster (4)
#Metamorphosis in amphibians (4)
#Explain: RNA interference and in situ hybridization (2).

5 more points on the oral exercise

===23/06/2017 NM===
#Briefly explain
##imaginal disc
##polyphenism
##gynandromorph
#Canonical Wnt pathway and it's role in early amphibian development.
#Role of Hox genes in metazoans
#Sex determination in mammals
#Explain: Morpholinos and micro array.

===23/06/2016 NM===
#Explain
##barr body
##hypoblast
##nieuwkoopcenter
#BMP signaling + example
#DV drosophila
#Compare limb development (tetrapoda) abd limb regeneration (amphibia)
#Explain techniques:
##reproductive cloning
##morfolines (extra question: why use morfolinos and not for example RNAi)

===17/06/2016 NM===
#Briefly explain
##Trophoblast
##Parasegments
##Micropyle
#Hedgehog signaling pathway + example in development
#DV axis in amphibians
#Sex differentiation in Drosophilas
#Briefly explain following technique
##In situ hybridisation
##RNA interference

===25/06/2015 NM===
#Explain:
##Embryonic Shield
##Hypoblast
##Polyfenisme
#Wnt singaling + voorbeeld
#Sex differentiatie bij drosophila
#Hox genen clusters bij metazoa uitleggen en vertellen waarom het belangrijk is in evolutie. Bijvraag: hoe zit dat bij vliegen?
#Technieken:
##conditionele knock-outs
##enhancer trapping

===25/06/2015 VM===
#Explain:
##Barr body
##Histoblast
##Nieuwkoop center
#Hedgehoc signalling pathway + voorbeeld
#Dorso-ventrale ontwikkeling in de vlieg (early development)
#vergelijking limp development met regeneratie bij amfibieën
#technieken:
##reproductive cloning
##Morpholinos

===19/06/2015===
#Explain:
##apoptosis
##miRNA
##micropyle
#What role(s) does DNA methylation have on development? Illustrate with an example.
#Explain 'dosage compensation' in worms, flies and humans.
#Explain the anterior-posterior establishing in Drosophila.
#Explain:
##Transgenic mice
##microarray

===22/06/12===
#Begrippen
##micropyle
##hypoblast
##trophoblast
#Notch signalling pathway
#Sexdeterminatie bij Drosophila
#Metamorfose bij amfibieën
#Techieken:
##microarray
##gel mobility shift assay

===1 juli 2011 VM===
#Explain:
##Barr body
##Epiboly
##Nieuwkoop center
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe digit formation in tetrapods
#Describe the Hedgehog pathway and give an example
#Explain:
##In situ hybridization
##Morpholino oligomers

===24 juni 2011===
#leg kort uit:
##apoptose
##epiblast
##imaginal disc
#BMP signalling pathway + vb uit ontwikkeling
#Hox gene cluster in metazoa bespreken + rol in de evolutie en ontwikkeling uitleggen
#Sex determinatie bij de vlieg
#Volgende technieken uitleggen:
##RNAi
##reproductieve kloning

===juni 2010===
#Briefly explain:
##embryonic shield
##morfogenetic field
#P-granules
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe proves of digit formation in tetrapods
#Briefly explain the principle of following technical apllications
##Conditional Knock-out
##Enhancer trapping

===19 juni 2010===
#leg kort uit:
##epiboly
##microRNA
#mid-blastula transition
#invloed van omgevingsfactoren op ontwikkeling: leg uit een geef een voorbeeld
#vergelijk de specificatie en patterning van de dorso-ventrale as in fliegen en kikkers
#bespreek sex determination in drosophila melanogaster
#leg volgende technieken uit:
##transgene knock-out muizen
##morpholino oligomeren

Neurobiology

2019-06-26T07:00:17Z

Rani Moors: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Neurobiology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G53AE.htm

== Examenvragen ==

===24 juni 2019===
#Wat zijn de 'waar' en 'wat' pathway van het visueel systeem? Bestaat er bij het auditief systeem een gelijkaardige opdeling?
#Voor de paper:
#zij kiest een woord dat je moet uitleggen.
#Waarom heb je deze paper gekozen en wat heb je hieruit geleerd?
#Geef de 5 belangrijkste bevindingen uit deze paper kort weer aan de hand van max 2 regels.

===1 September 2017===
#Bespreek horizontale localisatie van geluid. Hoe 360° 'beeld' vormen van van geluid? Geef enkele oplossingen.
#Artikel: woord uitleggen - motivatie geven en wat je geleerd hebt uit het artikel - in 5 punten (elk max. 2 regels) de highlights van je artikel noteren

===9 juni 2017===
#Wat zijn de 'waar' en 'wat' pathway van het visueel systeem? Bestaat er bij het auditief systeem een gelijkaardige opdeling?
#Voor de paper:
## zij kiest een woord dat je moet uitleggen.
##Waarom heb je deze paper gekozen en wat heb je hieruit geleerd?
##Geef de 5 belangrijkste bevindingen uit deze paper kort weer aan de hand van max 2 regels.

===20 juni 2016===
Je loopt en je moet een steen ontwijken, hoe doe je dit succesvol?

===17 juni 2016 VM===
#Tekening van het cerebellum (dezelfde als in de link als hier beneden). Welke structuren herken je? Wat is hun functie? Ook de details bespreken (tekening van handen, voeten en lippen op het cerebellum) en speculeren over wat deze zouden kunnen betekenen. Zelf figuren maken en pathways tekenen en dan bespreken.

===13 juni 2016 VM===
#Een patient meld zich aan en na de eerste onderzoeken blijkt hij blind te zijn in het linker hemiveld. Wat kan hier de oorzaak van zijn. Wat zou er mis kunnen zijn en hoe ga je dit testen? Gebruik tekeningen en schema's om de neurobiologische werking aan te tonen.

===6 juni 2016 NM===
#Tekening van het cerebellum (dezelfde als in de link als hier beneden).
##Welke structuren herken je?
##Wat is hun functie?
##Ook de details bespreken (tekening van handen, voeten en lippen op het cerebellum) en speculeren over wat deze zouden kunnen betekenen.
##Zelf figuren maken en pathways tekenen en dan bespreken.

===6 juni 2016 VM===
Bij visuele verwerking is er sprake van een "waar" en een "wat" pathway. Leg uit. Zou er sprake kunnen zijn van deze pathways bij auditieve verwerking? Geef argumenten voor en tegen.

===3 juni 2016===
Je loopt op een paadje en je moet een steen ontwijken. Hoe doe je dit succesvol?

===22 juni 2015===
Je rijdt met de fiets op een paadje en je moet een steen ontwijken. Hoe doe je dit succesvol? (ook zoveel mogelijk tekeningen/schema's geven)

===19 juni 2015===
Na enkele testen bemerk je dat een patient blind is aan zijn linker hemiveld. Geef de ziektebleeden aan wat dit kan liggen en geef ook extra testen om dit te bewijzen. Verduidelijk met tekeningen. (antwoord kort: lesie ACHTER optisch chiasma in de R optic tract, probleem in de RECHTER LGN, probleem in de V1, probleem met de dorsale en ventrale stromen (wat en waar pathways=> MT,MST,IT..) omdat de patient misschien wel functioneel ziet maar niet begrijpt wat hij ziet, probleem in de PPA=> Neglect syndroom. Hoe testen? probe in de hersenen is te invasief, beter fMRI doen + Neglect syndroom: tekeningetje laten maken)

===6 juni 2015 (nm)===
Zelfde als hieronder (23 juni 2014)

===23 juni 2014 (nm)===
Bij visuele verwerking is er sprake van een "waar" en een "wat" pathway. Leg uit. Zou er sprake kunnen zijn van deze pathways bij auditieve verwerking? Geef argumenten voor en tegen.

===6 juni 2014 (nm)===
De volgende tekening was gegeven (zie link) zonder enige uitleg. Ze vroeg welke structuren je herkende, of je enkele details kon verduidelijken, er een legende bijschrijven en je antwoord staven met tekeningen. (Het was blijkbaar het cerebellum en het mee redeneren was het belangrijkst, ook al kende je het antwoord totaal niet.)

http://www.nature.com/nrn/journal/v5/n3/fig_tab/nrn1347_F5.html

===24 juni 2013 (vm)===
Welke invloed denk je dat topsport kan hebben op de hersenen?

===10 juni 2013 (vm)===
--> zie 11 juni 2012

===11 juni 2012 (nm)===
Wat zou een oorzaak kunnen zijn van het ziektebeeld waar de patiënt snelle en ongewilde, maar gecoördineerde bewegingen maakt van de ledematen, hoofd en romp? Geef zoveel mogelijk tekeningen/schema's om uw antwoord te staven. Kan je een voorbeeld geven?

===11 juni 2012 (vm)===
Figuurke van in 1943 en een tweede van 1944 van een (bovenaanzicht? van een) cerebellum waarop een omgekeerd manneke staat en op het tweede datzelfde manneke, maar 'onderaan' links en rechts een embryo.

(de vraag die hieronder staat is wat ze ongeveer vroeg, maar niet helemaal correct)

Wat betekent deze figuur volgens u? Wa is de functionele achtergrond? Geef alle functie-anatomie links die hier iets mee te maken hebben en bespreek in detail. (het had te maken met proprioceptie (en geheugensporen)==> laatste slides met figuurkes uit hoofdstuk 24 of 25). Zijn er meerdere kopies/gelijkaardige lagen/...? Wat zijn de voordelen, wat zijn de nadelen?

===24 juni VM===
Je fietst in het bos en plots moet je een grote steen ontwijken. Bespreek waarom je dit met succes kan doen. Welke neuronale circuits zijn hierbij betrokken?
27 juni 2011 (vm)Edit
Een fMRI werd toegepast op 3 patiënten na het toepassen van een visuele stimulus. De metingen werden gedaan in de contralaterale hemisfeer.
Patiënt 1: V1 actief, IT actief, PPA niet actief
Patiënt 2: V1 actief, IT actief, PPA actief
Patiënt 3: V1 niet actief, IT niet actief, PPA niet actief
Bespreek mogelijke ziektebeelden. Wat weet je van de betrokken hersenregio's? Kun je met deze gegevens iets zeggen over de eigenschappen van de stimulus? Vond de stimulus links of rechts plaats?

===16 juni 2011===
De thalamus is het schakelstation voor sensorische informatie op weg naar de cortex. Juist of onjuist, bespreek en staaf je antwoord met voorbeelden/schema's.
24 juni 2009Edit
Blindheid: 1 visueel hemifield en unilateraal neglect syndroom. Hoe kun je bepalen wat je patiënt heeft? Beschrijf beide fenomenen?
En beschrijf alle betrokken hersenpathways in detail.

===13 juni 2008===
Beschrijf de effecten van een unilateraal letsel in de visuele cortex. Bespreek of de grootte van de lesie belang heeft. Vergelijk met een unilateraal letsel in het auditief systeem.
Artikel

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2019-01-23T09:53:11Z

Rani Moors: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==

===22 januari 20191===
# mizuno: de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release.
# Winderickx had een artikel over caspases
# Vdb binding assay van gpcr en vergelijken met functional assay

===17 januari 2019===
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose)
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways

===16 januari 2019===
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)

===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2019-01-23T09:52:18Z

Rani Moors:

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==

22 januari 20191
# mizuno: de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release.
# Winderickx had een artikel over caspases
# Vdb vroeg hoe ge een binding assay van gpcr miet doen en dan vergelijken met functional assay

===17 januari 2019===
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose)
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways

===16 januari 2019===
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)

===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2018-08-27T11:06:18Z

Rani Moors: /* Examenvragen */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm

==Examenvragen==

23/08/2018

#* A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?
148.07574
175.11900
219.11285
322.18741
334.13979
423.23509
447.22386
480.25655
504.24532
593.34062
605.29300
708.36756
752.36141
779.40467
908.46252
926.47309
Questions:
1) Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2
2) What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3
3) Which disease is studied? …/1
4) How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3
5) Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)

Metabolomics
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken
is dit een goede accuraatheid, leg uit?

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83 1716,82 1605,79 1560,72 1474,75 1473,69 1417,73 1360,61 1303,69 1259,56 1174,64 1172,53 1073,46 1060,6 972,41 947,52 885,38 850,46 788,32 763,43 675,24 662,38 563,32 561,2 476,28 432,16 375,24 318,11 262,15 261,09 175,12 130,05
#** Peak list 2: 4356,00 4435,97 3243,61 3563,47 2709,32 2622,32 2391,03 2550,96 2356,24 2270,15 2165,90 2245,87 2053,89 2133,86 1980,09 2064,11 2008,12 2060,06 1954,96 2114,89 1916,98 1958,99 1996,94 1697,83 1681,90 1578,82 1620,83 1658,79 1522,77 1487,65 1393,63 1596,71 1873,43 1387,60 1326,64 1309,72 1292,60 1132,56 1212,53 1114,53 1101,55 1304,63 1421,42 1066,59 1306,49 1003,54 1045,55 1163,48
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden