https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Sandra 2026-07-28T11:54:59Z Gebruikersbijdragen MediaWiki 1.43.0 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Cell_Biology&diff=1153 2018-06-14T12:24:46Z

<p>Sandra: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> <br /> == Vakinformatie ==<br /> Molecular Cell Biology<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F75AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> ===14/06/2018 VM ===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek synthese van oplosbare en membraan proteïnen op het RER<br /> #Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen<br /> #Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden<br /> #Bepalen trehalase activiteit in functie van de omgeving<br /> ====Bijvragen====<br /> #Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?<br /> #Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?<br /> #Bespreek de rol van anion-transporter in erythrocyten bij de uitwisseling van CO2 en O2<br /> #Hoe komt water van de darm binnen in de cellen en hoe kunnen patiënten met diarree behandeld worden?<br /> #Zijn gistmutanten die geen invertase productie vertonen thermosensitief? Bespreek de verschillende mogelijkheden.<br /> <br /> ===08/06/2018 NM ===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek import van proteinen in mitochondrien <br /> #bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden<br /> #bespreek glycosylatie en de functie (geef voorbeelden)<br /> #Practicum: glucose import<br /> ====Bijvragen====<br /> #bespreek verzuring van het maaglumen<br /> #bespreek unfolded protein response<br /> #bespreek post golgi proteolytic cleavage <br /> #hoe kan je lateraal transport van lipiden in de membraan nagaan? (FRAP. bijvraag: waarom is er een 50% recovery en geen 100%? --&gt; associatie met membranaire proteinen en het cytoskelet)<br /> #Transporteren aquaporines enkel selectief water of worden er meerdere kleine moleculen mee getransporteerd? Hoe kan je dat met experimenten uit de cursus aantonen. (experiment met transgene kikker oocyeten)<br /> <br /> ===08/06/2018 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #bespreek de verschillende ATPases<br /> #Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan<br /> #Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek transportproteïnen in vacuole<br /> #watertransportkanalen<br /> #Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden en hoe werkt het precies<br /> #een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? De antilichamen worden toegevoegd na celextractie, SDS-PAGE en western blot<br /> ===11/06/2015 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek de verschillende ATPases<br /> #Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)<br /> #Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi's van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)<br /> #Bespreek bloedantigenen<br /> #Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)<br /> #Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)<br /> #Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)<br /> <br /> ===05/06/2015 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden<br /> #Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract? <br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek de unfolded protein pathway<br /> #Bespreek: watertransportproteïnen<br /> #Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)<br /> Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)<br /> <br /> ===01/09/2014 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.<br /> #Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.<br /> #Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.<br /> #Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt) <br /> <br /> ====Bijvragen====<br /> #Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)<br /> #Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)<br /> #Bespreek de unfolded proteïns pathway.<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, =&gt; GLUT4 transporteert via gradiënt)<br /> Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer =&gt; toevoegen na/k pomp, K-kanaal)<br /> <br /> ===06/06/2014 NM===<br /> ====Hoofdvragen===<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Vergelijk de ATPasen<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden<br /> #Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen <br /> ====Bijvragen====<br /> #Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein &amp; influenza HA)<br /> #Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)<br /> #Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie. <br /> #een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)<br /> Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)<br /> <br /> ===11/06/2012 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen<br /> #Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën<br /> #Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen<br /> #Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek de post golgi proteolytische modificatie<br /> #Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.<br /> #Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER<br /> #Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.<br /> #Bespreek de verzuring van het maaglumen.<br /> <br /> ===10/06/2011 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Leg transport van proteïnen naar RER uit.<br /> #Structuur cilia + beweging uitleggen.<br /> #ATP-ase pompen bespreken.<br /> #Uitleggen pract. trehalose.<br /> ====Bijvragen====<br /> #Basolaterale - apicale sortering<br /> #Post-golgimodificering van proteinen<br /> #wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden<br /> #uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.<br /> #Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?<br /> <br /> ===27/06/2011 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Structuur cilia + beweging<br /> #Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?<br /> #Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.<br /> #Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?<br /> #Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?<br /> #Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.<br /> #Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?<br /> #Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.<br /> <br /> ===20/06/2011 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden<br /> #Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen<br /> #Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten<br /> ====Bijvragen====<br /> #Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?<br /> #Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering<br /> #Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?<br /> #Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan<br /> <br /> ===20/06/2011 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de structuur en beweging van cilia<br /> #Bespreek import van proteinen in mitochondriën<br /> #Bespreek de verschillende ATPases<br /> #Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten<br /> ====Bijvragen====<br /> #Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten<br /> #Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #Bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit<br /> #Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?<br /> <br /> ===10/06/2011 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek de verschillende klassen ATPasen<br /> #Bespreek de werking van de cilia<br /> #Practicum: Trehalase<br /> ====Bijvragen====<br /> #Post-Golgi proteolytische processing<br /> #Aanwijzingen voor cisternale progressie<br /> #Apicale-basolaterale sortering<br /> #Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten<br /> #Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen<br /> ===10/06/2011 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden<br /> #Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen<br /> #Practicum: cAMP bepaling<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen<br /> #Bespreek: watertransportproteïnen<br /> #Bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?<br /> In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?<br /> <br /> ===14/06/2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden<br /> #Bespreek de structuur van cilia en hun beweging<br /> #Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #Bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek<br /> #Bespreek de bloedantigenen<br /> #Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?<br /> <br /> ===10 juni 2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes<br /> #Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)<br /> #cAMP determination in function of the nutrients<br /> ====Bijvragen====<br /> #discuss the AB0 system<br /> #how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)<br /> #discuss watertransportproteins<br /> #discuss the dynamic behaviour of microtubulis<br /> #how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica<br /> <br /> ===8/06/2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden<br /> #bespreek alle soorten ATP pompen in membranen<br /> #Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden<br /> #bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen<br /> ====Bijvragen====<br /> #bespreek de post-golgi proteolytische processing<br /> #bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen <br /> #en nog drie andere...<br /> <br /> ===7/06/2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Synthese proteïnen op RER<br /> #ATPase pompen bespreken<br /> #Cilia: beweging en structuur<br /> #cAMP - bepaling ifv omgeving<br /> ====Bijvragen====<br /> #Post-golgi proteolytische processing<br /> #Apicale - basolaterale sortering<br /> #Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?<br /> #N/C-terminus antilichamen, zie hieronder<br /> #Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder<br /> <br /> ===9/06/2009===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Synthese proteïnen op ER<br /> #ATPasen bespreken<br /> #Beweging en structuur cilia<br /> #cAMP bepaling<br /> ====Bijvragen====<br /> #Apicaal basolateraal proteïnen afleveren<br /> #Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)<br /> #ABO bloedgroepen<br /> #Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus<br /> #Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?<br /> <br /> ===9/06/2009===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën<br /> #die van die cilia<br /> #Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.<br /> #Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Die van unfolded protein response<br /> #Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?<br /> #Die van symport-gefaciliteerde diffusie<br /> #Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?<br /> <br /> ===17/062008===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek ciliën en hun beweging<br /> #bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen<br /> #bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan<br /> #practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen<br /> #Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.<br /> #bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.<br /> #Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan<br /> <br /> ===11 juni 2008===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen<br /> #bespreek de verschillende typen ATPase pompen<br /> #practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving<br /> ====Bijvragen====<br /> #bespreek motorproteïnen<br /> #geef de &quot;unfolded protein respons&quot;<br /> #weet ik ni meer<br /> #hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt<br /> een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?</div>

Sandra https://wiki.chemika.be/index.php?title=Mechanisms_of_Signal_Transduction_and_Cell_Regulation&diff=349 2017-02-02T17:17:55Z

<p>Sandra: </p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie ==<br /> Vak uit de master B&amp;amp;B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.<br /> Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.<br /> Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> === 30 januari 2017 ===<br /> #mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema<br /> #Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?<br /> #VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering<br /> <br /> === 27 januari 2017(vm)===<br /> <br /> #JVB: paper &quot;Diverse activation pathways in class A GPCRs<br /> converge near the G-protein-coupling region&quot; Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.<br /> #JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.<br /> #HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?<br /> <br /> === 26 januari 2017(vm)===<br /> #Paper Hideaki: <br /> #* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus<br /> #* Contents paper vertellen<br /> #* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.<br /> # JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose. <br /> #JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines. <br /> === 24 januari 2017(vm)===<br /> <br /> #JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype<br /> #HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.<br /> #JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.<br /> <br /> ===18 januari 2017 (nm)===<br /> <br /> #JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband. <br /> #HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.<br /> #JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.<br /> <br /> ===22 januari 2016 (nm)===<br /> #JW: Paper over kleurenblindheid<br /> #JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway<br /> #HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen<br /> <br /> ===14 januari 2016 (nm)===<br /> #JVD: artikel over LGR4<br /> #JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken<br /> #MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten<br /> <br /> ===13 januari 2016 (vm)===<br /> #JVD: Paper over lipid signal s1p<br /> #JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg<br /> #HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen<br /> <br /> ===24 januari 2014 vm===<br /> #paper for Mizuno<br /> #Van den Broek:<br /> ##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell <br /> ## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist<br /> #Winderickx:<br /> ## Give the two apoptosis pathways<br /> ## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis<br /> <br /> ===23 januari 2014 vm===<br /> #paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)<br /> #Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)<br /> #Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)<br /> <br /> ===16 jan 2014 nm ===<br /> #Mizuno: Explain the roles of Ca&amp;lt;sup&amp;gt;2+&amp;lt;/sup&amp;gt; in muscle contraction. <br /> #Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.<br /> #Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.<br /> <br /> ===28 jan 2013 nm ===<br /> #Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP <br /> #Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway <br /> #De Ley: artikel over histidine fosforylatie <br /> <br /> === 25 jan 2013 ===<br /> #Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.<br /> #Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]<br /> #De Ley: Calcium: gradiënten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.<br /> <br /> === 20 jan 2012 ===<br /> #Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.<br /> #Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.<br /> #De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!<br /> <br /> === 19 jan 2012 ===<br /> #Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen<br /> #Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining<br /> #JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiïge tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?<br /> <br /> === 31 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten. <br /> # Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release<br /> # Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]<br /> <br /> ===28 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch. <br /> # Robben: Artikel over tyrosine fosfatases. <br /> # Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.<br /> <br /> === 20 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter<br /> # Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken<br /> # Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie<br /> <br /> === 20 jan 2011 vm ===<br /> <br /> # Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]<br /> # Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen<br /> # Winderickx: regulatie van adenylate cyclase<br /> <br /> === 10 sep 2010 ===<br /> <br /> # artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]<br /> # Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen<br /> # Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)<br /> <br /> === 14 jan 2010 ===<br /> <br /> # artikel van Vandenbroeck<br /> # robben: NO synthase en functioneren daarvan<br /> # RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco<br /> <br /> === 14 jan 2010 ===<br /> <br /> # artikel van robben, <br /> # vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)<br /> # Jorix: regulatie van cAMP<br /> <br /> === 28 jan 2009 ===<br /> # MDL: Artikel NAADP<br /> # JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer<br /> # JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)<br /> <br /> === 22 jan 2009 ===<br /> <br /> # De Ley: NO en NO synthase(n)<br /> # Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS<br /> # VDB: artikel gonadotrope receptor<br /> <br /> === 29 aug 2008 ===<br /> <br /> # Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)<br /> # Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.<br /> # Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.<br /> <br /> === 24 jan 2008 ===<br /> <br /> # MDL: ROS <br /> # JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme <br /> # VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.<br /> <br /> === 23 jan 2008 ===<br /> <br /> # de ley: his fosforylatie <br /> # vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway <br /> # winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus<br /> <br /> === 15 jan 2008 ===<br /> <br /> # de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties <br /> # winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway <br /> # vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila<br /> <br /> === 15 jan 2008 ===<br /> <br /> # De Ley: artikel over phosphohistidines <br /> # Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers. <br /> # Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken. <br /> # Bijvragen : Leg uit: <br /> #* Sos <br /> #* Prohormoon Convertase <br /> #* Phosphoinositide-3-kinase</div>

Sandra https://wiki.chemika.be/index.php?title=Laboratory_Animal_Sciences&diff=348 2017-02-02T17:09:57Z

<p>Sandra: </p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie ==<br /> <br /> Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, BMW, bio-ingenieurs studenten). <br /> Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf is mondeling. Je krijgt altijd 5 vragen en dan nog een tweetal bijvragen, tijdens het mondeling, die uit eender welk deel van de cursus kunnen komen.<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> === 1 februari 2017 (versie A)===<br /> #Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? <br /> #Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld<br /> #Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?<br /> <br /> <br /> ===1 februari 2017 (versie B)===<br /> #Leg uit:<br /> #*Whitten effect<br /> #*3 R's<br /> #*isolator<br /> #*Zoonose<br /> #Welke effecten kan stress hebben op gedrag?<br /> #Leg uit (in detail): Congene stam<br /> #Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?<br /> <br /> ===17 januari 2017===<br /> #Leg uit:<br /> #*Harderian gland<br /> #*Orbitapuncture<br /> #*Bruce effect<br /> #*?<br /> #Leg uit F1 hybriden in muizen<br /> #Uitleggen Lokale anesthesie<br /> #Uitleggen natuurlijk voeder<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?<br /> <br /> ===13 januari 2016===<br /> #Leg uit:<br /> #*whittin effect<br /> #*co isogene stam<br /> #*isolator<br /> #*zoonose en voorbeeld<br /> #bespreek gasanesthesie<br /> #welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?<br /> #effect van stress op gedrag<br /> #de 3R's en telkens 1 voorbeeld<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> #Geef definitie proefdier en dierproef<br /> #Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk? (Zoönose als bijvraag)<br /> #Leg uit: congene stam =&amp;gt; Bijvraag: hoe geef je de naam weer hiervan (schrijfwijze)<br /> #Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?<br /> #Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?<br /> #Extra bijvraag: Geef de 3 R's.<br /> <br /> === 22 jan 2015 (nm)===<br /> # Leg uit<br /> #* Bruce effect<br /> #* Gavage<br /> #* IVC<br /> # Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> # Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.<br /> # Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?<br /> <br /> === 14 jan 2015 (nm)===<br /> # Definitie proefdier, definitie dierproef<br /> # Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?<br /> # Bespreek outbred stam.<br /> # Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?<br /> # Bespreek alpha-adrenergic agonists.<br /> <br /> === 13 jan 2014 (vm) ===<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> # Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?<br /> # Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?<br /> # Welke factoren bepalen de nutriëntenbehoeften behoefte van proefdieren?<br /> # Bespreek: hypnotische stoffen <br /> # Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?<br /> # Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?<br /> <br /> === 17 jan 2013 (nm) ===<br /> ==== reeks 1====<br /> <br /> # Bespreek inteeltstam<br /> # Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?<br /> # Hoe preventief allergieen vermijden?<br /> # Wat is enrichment?<br /> # Geef voorbeelden en stress bij een dier. <br /> <br /> Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]<br /> <br /> ==== reeks 2 ====<br /> <br /> # Leg uit:<br /> #*IVC<br /> #*chimeer<br /> #*zoocentrisme<br /> #*...<br /> #Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.<br /> #Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?<br /> #Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.<br /> <br /> ==== reeks 3 ====<br /> <br /> #Leg uit:<br /> #*Bruce effect<br /> #*Isolator<br /> #*Isogene stam<br /> #*Antropocentrisme<br /> #Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.<br /> #Leg uit: Lokale anaesthesie<br /> #Leg uit: A2-Faciliteit<br /> #Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.<br /> <br /> === 17 jan 2012 (vm) ===<br /> <br /> # Geef de definitie van een &amp;quot;proefdier&amp;quot; en een &amp;quot;dierproef&amp;quot;<br /> # Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine? <br /> # Bespreek: congene stam<br /> # Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?<br /> # Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?<br /> <br /> === 18 jan 2011 ===<br /> <br /> # leg uit: <br /> #* Co-isogenic strain<br /> #* Whitten effect<br /> #* Isolator<br /> #* zoönose<br /> # Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)<br /> # Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)<br /> # Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?<br /> # Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.<br /> <br /> === 19 jan 2010 ===<br /> <br /> # leg uit: <br /> #* de 3R's<br /> #* Whitten effect<br /> #* gaveren<br /> #* zoönose<br /> # bespreek lokale anaesthesie<br /> # bespreek F1 hybride<br /> # Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?<br /> # de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.<br /> <br /> <br /> === 12 jan 2010 ===<br /> <br /> # Factoren die nutriëntenbehoeften bepalen?<br /> # Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?<br /> # Invloed van licht en geluid op proefdieren?<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?<br /> # Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?<br /> # Bijvraag: 3 R's</div>

Sandra https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_biochemistry_and_biotechnology&diff=262 2017-01-23T19:13:58Z

<p>Sandra: </p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Verdiepend vervolg op de Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. Mondeling examen (indien meer dan 10 personen aanwezig, zet hij een timer op 10 minuten). Ook de korte antwoorden kunnen uitgebreid ondervraagd worden tijdens het mondeling. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben.<br /> <br /> <br /> &amp;quot;De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf.&amp;quot; <br /> -- Quote Johan Robben, 2014<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===23 januari 2017===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan<br /> #Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> #Bespreek kort <br /> #*Retroregulation<br /> #*Rip: regulated intramembrane proteolyse<br /> #*nonsense mediated decay<br /> #*Periodosoom <br /> <br /> <br /> ===20 januari 2017===<br /> #Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Attenuatie<br /> #*Hairpin silencing<br /> #*Translational recoding<br /> #*Photo-entrainment<br /> <br /> ===29 januari 2016===<br /> #UPR<br /> #Circadische clock in zoogdieren<br /> #Bespreek kort:<br /> #*hairpin silencing<br /> #*argonaut<br /> #*genomic imprinting<br /> #*riboswitch<br /> <br /> ===27 januari 2016===<br /> #Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geïnteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)<br /> #Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*real-time RT-PCR<br /> #*selenocysteïne<br /> #*caspasen<br /> #*RIP.<br /> <br /> ===18 januari 2016===<br /> #Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?<br /> #Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*histonehermodellering<br /> #*shut down decay<br /> #*RNA editing<br /> #*BMAL-CLOCK<br /> <br /> ===15 januari 2016===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)<br /> #Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Chromatine remoddeling<br /> #*Non stop decay<br /> #*Periodosoom<br /> #*Seed sequentie<br /> <br /> ===28 januari 2015===<br /> #Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?<br /> #Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Translationele hercodering<br /> #*Exosoom<br /> #*Looped-primer RT-PCR<br /> <br /> ===september 2014 ===<br /> #Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.<br /> #Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Icterus<br /> #*UPR<br /> #*Nocturine<br /> <br /> ===31 januari 2014 ===<br /> #Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme. <br /> #Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Geelzucht<br /> #*genome imprinting<br /> #*Initiator caspase <br /> #*KiaC<br /> <br /> ===29 januari 2014 ===<br /> # Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten <br /> # Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt <br /> #Bespreek kort: <br /> #*Lesch-Nyhan-syndroom<br /> #*Selenocysteine<br /> #*Calnexin-calreticuline cyclus<br /> #*Clock/BMAL1<br /> <br /> ===20 januari 2014===<br /> #Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie? <br /> #Bespreek ‘unfolded protein response’ (UPR)? <br /> #Leg kort uit<br /> #* Trans-translatie<br /> #*RNA editering <br /> #*shRNA <br /> #*Nocturnine<br /> <br /> === 21 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vóór secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* ALA-synthase<br /> #* transtranslatie<br /> #* Seed sequentie<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 15 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.<br /> # Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)<br /> # Bespreek kort:<br /> #* thymidylaatsynthase<br /> #* RNA editering<br /> #* chaperone gemedieerde autofagie<br /> #* argonaut<br /> <br /> === 3 februari 2012 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort:<br /> #* 5-FOA<br /> #* RNA editering<br /> #* seed sequence<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 17 januari 2012 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* Thymidilaatsynthetase<br /> #* Geelzucht<br /> #* CpG eiland<br /> #* RITS<br /> <br /> === 1 september 2011 ===<br /> # Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?<br /> # Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?<br /> # Bespreek kort: <br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* nonsense mediated decay<br /> #* photo entrainment<br /> #* shRNA<br /> <br /> === 4 februari 2011 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* Shutdown decay (SSD)<br /> #* eIF2<br /> <br /> === 24 januari 2011 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* RNA editing<br /> #* toxine-antitoxine<br /> #* ubiquitineligase E3<br /> <br /> === 18 januari 2011 ===<br /> # Bespreek riboswitches.<br /> # Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* allopurinol<br /> #* uORFs<br /> #* ERAD<br /> #* photo-entrainment<br /> <br /> === 29 januari 2010 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit, en de invloed op transcriptie.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* ERAD<br /> #* initiator caspases<br /> #* myristoylisatie<br /> === 18 januari 2010 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* RISC<br /> #* endosomale lokalisatiesignaal<br /> ===12 januari 2010===<br /> # Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.<br /> # Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* Nocturnine<br /> #* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)<br /> #* shRNA<br /> #* nuclear localisation signal<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL:<br /> # purinebiosynthese en regulatie<br /> # kaartjes:<br /> #* Adaptor<br /> #* Cascades, waarom?<br /> <br /> JR:<br /> # Controlemechanismen mRNA in eukaryoten<br /> # kaartjes:<br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* RITS<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL: Calcium<br /> JR: N end rule<br /> <br /> ===20 januari 2009===<br /> Deley: <br /> # Afbraak van vetzuren<br /> # Kaartjes:<br /> #* GPCR<br /> #* werking van groeifactoren<br /> Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)<br /> <br /> Nog Kaartjes:<br /> # calnexine/calreticuline cycle<br /> # Argonaut<br /> # SH2 en SH3<br /> # stimulatie van proteïnesynthese door hemine<br /> # Ubiquitine als sorteringssignaal<br /> # Thio-etherankers en thio-esterankers<br /> # shRNA<br /> # riboswitch<br /> # RITS<br /> # ARE (AU-rich element)<br /> # transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)<br /> # cascade, waarom?<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek purineafbraak + storingen<br /> # kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek lysosomale afbraak<br /> # kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie<br /> # kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren<br /> # kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch<br /> <br /> ===30 januari 2008===<br /> # MDL: Pyrimidinebiosynthese<br /> # JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> <br /> MDL:<br /> # Heem oxygenase systeem<br /> # Kaartjes:<br /> #* Amide linked myristoyl anchors<br /> #* Calcium oscillaties<br /> <br /> JR:<br /> <br /> # Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.<br /> # Kaartjes:<br /> #* miRNA<br /> #* Calnexin-Calreticulin cycling<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> Hoofdvragen:<br /> # op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?<br /> # Deoxyribunucleotide synthese en regulatie<br /> <br /> Korte vragen:<br /> # lambda repressor<br /> # mRNA turnover<br /> # cascades<br /> # proteïnesynthese en hemine</div>

Sandra https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Genetics_and_Biotechnology_of_Microorganisms&diff=198 2017-01-20T19:22:28Z

<p>Sandra: 18 januari 2017, VM</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie==<br /> Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast.<br /> Gedoceerd door Prof Thevelein.<br /> Het examen bestaat uit enorm veel vragen en allemaal zijn ze mondeling (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig).<br /> Examen is in het Nederlands.<br /> <br /> == Examenvragen==<br /> <br /> ===18 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.<br /> #Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> #Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren <br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> #Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> #Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?<br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP. A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders? B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders? C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder? D) in geval van 2 verwante ouders. E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt? F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> <br /> ===16 januari 2017, namiddag===<br /> Hoofdvragen:<br /> #In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?<br /> #Methode om polygene eigenschappen te ontdekken<br /> #Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?<br /> #Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?<br /> #Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===16 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #genetische modificatie van gist<br /> #de rol van Pho84 als transceptor voor activatie van de PKA pathway, hoe ontdekt<br /> #iets van hoe glycolyse Ras beinvloedt<br /> #Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd werd<br /> #Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.<br /> #Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? <br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert<br /> #Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)<br /> #Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===11 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.<br /> #Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.<br /> #Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.<br /> #Practicum uitleggen<br /> <br /> Kleine vragen:<br /> #Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.<br /> #Benaderingen voor het maken van een industriële giststam + voor- en nadelen ervan.<br /> #Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.<br /> #Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> === 28 jan 2015 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist<br /> # Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn<br /> # Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> # Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> # Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriële giststammen?<br /> # Met welke methodologieën hebben we een industriële giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?<br /> # Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===jan 2015===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische modificatie van gist <br /> # cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt <br /> # Pooled Segregant Whole Genome Analysis <br /> # Practicum uitleggen<br /> Bijvragen:<br /> # scam analysis<br /> # hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben<br /> # een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren<br /> # begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)<br /> <br /> === 12 jan 2015 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> Bijvragen:<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken <br /> # Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? <br /> # met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)<br /> <br /> === 13 jan 2014 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> #Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.<br /> #Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.<br /> #Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?<br /> #Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.<br /> #Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> #Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 30 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # ...<br /> <br /> === 14 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> # Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)<br /> # ...<br /> # Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> <br /> === 17 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen. <br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Methoden om industriële giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)? <br /> # Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.<br /> <br /> === 16 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn<br /> # Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven<br /> # Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen<br /> # Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme<br /> # Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen. <br /> # Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> # Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen<br /> # Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden? <br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische manipulatie van gist<br /> # structuur en functie van de cAMP-PKA pathway<br /> # wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway<br /> # de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen<br /> # Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken<br /> # Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.<br /> <br /> === 19 jan 2009 ===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).<br /> # Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.<br /> # Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.<br /> # Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.<br /> # De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.<br /> # Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.<br /> <br /> === 12 jan 2009 nm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # Bespreek de redenen waarom gist is geëvolueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).<br /> # Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)<br /> # Bespreek aminozuursensing door Gap1<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase<br /> # Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.<br /> # Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> # In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?<br /> <br /> === 12 jan 2009 vm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # levenscyclus van gist en implicaties voor genetica<br /> # structuur en functie cAMP-PKA weg<br /> # fosfaatsensing via Pho84 transceptor<br /> <br /> Bijvragen:<br /> <br /> # AMTEM en de uitdagingen van de technologie<br /> # Aquaporines en rol in vriestolerantie<br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen<br /> # Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen&lt;/text&gt;</div>

Sandra