Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Neurobiology

2020-06-17T11:25:31Z

Seppe vansteenkiste: /* 17 juni 2020 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Neurobiology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G53AE.htm

== Examenvragen ==

===17 juni 2020===
#Bespreek Parkinson en de verwante pathways.
#Paper van gray matter changes in phantom limb pain: citaat "The adaptibility of the visual system may indicate a cortical compensation mechanism counteracting the genesis of PLP". Bespreek dit citaat. Toon aan dat dit al dan niet correct is aan de hand van 2 voorbeelden of methodes waarmee je dit kan bewijzen/weerleggen.

===24 juni 2019===
#Wat zijn de 'waar' en 'wat' pathway van het visueel systeem? Bestaat er bij het auditief systeem een gelijkaardige opdeling?
#Voor de paper:
#zij kiest een woord dat je moet uitleggen.
#Waarom heb je deze paper gekozen en wat heb je hieruit geleerd?
#Geef de 5 belangrijkste bevindingen uit deze paper kort weer aan de hand van max 2 regels.

===1 September 2017===
#Bespreek horizontale localisatie van geluid. Hoe 360° 'beeld' vormen van van geluid? Geef enkele oplossingen.
#Artikel: woord uitleggen - motivatie geven en wat je geleerd hebt uit het artikel - in 5 punten (elk max. 2 regels) de highlights van je artikel noteren

===9 juni 2017===
#Wat zijn de 'waar' en 'wat' pathway van het visueel systeem? Bestaat er bij het auditief systeem een gelijkaardige opdeling?
#Voor de paper:
## zij kiest een woord dat je moet uitleggen.
##Waarom heb je deze paper gekozen en wat heb je hieruit geleerd?
##Geef de 5 belangrijkste bevindingen uit deze paper kort weer aan de hand van max 2 regels.

===20 juni 2016===
Je loopt en je moet een steen ontwijken, hoe doe je dit succesvol?

===17 juni 2016 VM===
#Tekening van het cerebellum (dezelfde als in de link als hier beneden). Welke structuren herken je? Wat is hun functie? Ook de details bespreken (tekening van handen, voeten en lippen op het cerebellum) en speculeren over wat deze zouden kunnen betekenen. Zelf figuren maken en pathways tekenen en dan bespreken.

===13 juni 2016 VM===
#Een patient meld zich aan en na de eerste onderzoeken blijkt hij blind te zijn in het linker hemiveld. Wat kan hier de oorzaak van zijn. Wat zou er mis kunnen zijn en hoe ga je dit testen? Gebruik tekeningen en schema's om de neurobiologische werking aan te tonen.

===6 juni 2016 NM===
#Tekening van het cerebellum (dezelfde als in de link als hier beneden).
##Welke structuren herken je?
##Wat is hun functie?
##Ook de details bespreken (tekening van handen, voeten en lippen op het cerebellum) en speculeren over wat deze zouden kunnen betekenen.
##Zelf figuren maken en pathways tekenen en dan bespreken.

===6 juni 2016 VM===
Bij visuele verwerking is er sprake van een "waar" en een "wat" pathway. Leg uit. Zou er sprake kunnen zijn van deze pathways bij auditieve verwerking? Geef argumenten voor en tegen.

===3 juni 2016===
Je loopt op een paadje en je moet een steen ontwijken. Hoe doe je dit succesvol?

===22 juni 2015===
Je rijdt met de fiets op een paadje en je moet een steen ontwijken. Hoe doe je dit succesvol? (ook zoveel mogelijk tekeningen/schema's geven)

===19 juni 2015===
Na enkele testen bemerk je dat een patient blind is aan zijn linker hemiveld. Geef de ziektebleeden aan wat dit kan liggen en geef ook extra testen om dit te bewijzen. Verduidelijk met tekeningen. (antwoord kort: lesie ACHTER optisch chiasma in de R optic tract, probleem in de RECHTER LGN, probleem in de V1, probleem met de dorsale en ventrale stromen (wat en waar pathways=> MT,MST,IT..) omdat de patient misschien wel functioneel ziet maar niet begrijpt wat hij ziet, probleem in de PPA=> Neglect syndroom. Hoe testen? probe in de hersenen is te invasief, beter fMRI doen + Neglect syndroom: tekeningetje laten maken)

===6 juni 2015 (nm)===
Zelfde als hieronder (23 juni 2014)

===23 juni 2014 (nm)===
Bij visuele verwerking is er sprake van een "waar" en een "wat" pathway. Leg uit. Zou er sprake kunnen zijn van deze pathways bij auditieve verwerking? Geef argumenten voor en tegen.

===6 juni 2014 (nm)===
De volgende tekening was gegeven (zie link) zonder enige uitleg. Ze vroeg welke structuren je herkende, of je enkele details kon verduidelijken, er een legende bijschrijven en je antwoord staven met tekeningen. (Het was blijkbaar het cerebellum en het mee redeneren was het belangrijkst, ook al kende je het antwoord totaal niet.)

http://www.nature.com/nrn/journal/v5/n3/fig_tab/nrn1347_F5.html

===24 juni 2013 (vm)===
Welke invloed denk je dat topsport kan hebben op de hersenen?

===10 juni 2013 (vm)===
--> zie 11 juni 2012

===11 juni 2012 (nm)===
Wat zou een oorzaak kunnen zijn van het ziektebeeld waar de patiënt snelle en ongewilde, maar gecoördineerde bewegingen maakt van de ledematen, hoofd en romp? Geef zoveel mogelijk tekeningen/schema's om uw antwoord te staven. Kan je een voorbeeld geven?

===11 juni 2012 (vm)===
Figuurke van in 1943 en een tweede van 1944 van een (bovenaanzicht? van een) cerebellum waarop een omgekeerd manneke staat en op het tweede datzelfde manneke, maar 'onderaan' links en rechts een embryo.

(de vraag die hieronder staat is wat ze ongeveer vroeg, maar niet helemaal correct)

Wat betekent deze figuur volgens u? Wa is de functionele achtergrond? Geef alle functie-anatomie links die hier iets mee te maken hebben en bespreek in detail. (het had te maken met proprioceptie (en geheugensporen)==> laatste slides met figuurkes uit hoofdstuk 24 of 25). Zijn er meerdere kopies/gelijkaardige lagen/...? Wat zijn de voordelen, wat zijn de nadelen?

===24 juni VM===
Je fietst in het bos en plots moet je een grote steen ontwijken. Bespreek waarom je dit met succes kan doen. Welke neuronale circuits zijn hierbij betrokken?
27 juni 2011 (vm)Edit
Een fMRI werd toegepast op 3 patiënten na het toepassen van een visuele stimulus. De metingen werden gedaan in de contralaterale hemisfeer.
Patiënt 1: V1 actief, IT actief, PPA niet actief
Patiënt 2: V1 actief, IT actief, PPA actief
Patiënt 3: V1 niet actief, IT niet actief, PPA niet actief
Bespreek mogelijke ziektebeelden. Wat weet je van de betrokken hersenregio's? Kun je met deze gegevens iets zeggen over de eigenschappen van de stimulus? Vond de stimulus links of rechts plaats?

===16 juni 2011===
De thalamus is het schakelstation voor sensorische informatie op weg naar de cortex. Juist of onjuist, bespreek en staaf je antwoord met voorbeelden/schema's.
24 juni 2009Edit
Blindheid: 1 visueel hemifield en unilateraal neglect syndroom. Hoe kun je bepalen wat je patiënt heeft? Beschrijf beide fenomenen?
En beschrijf alle betrokken hersenpathways in detail.

===13 juni 2008===
Beschrijf de effecten van een unilateraal letsel in de visuele cortex. Bespreek of de grootte van de lesie belang heeft. Vergelijk met een unilateraal letsel in het auditief systeem.
Artikel

Neurobiology

2020-06-17T11:25:21Z

Seppe vansteenkiste: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Neurobiology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G53AE.htm

== Examenvragen ==

===17 juni 2020===
#Bespreek Parkinson en de verwante pathways.
##Paper van gray matter changes in phantom limb pain: citaat "The adaptibility of the visual system may indicate a cortical compensation mechanism counteracting the genesis of PLP". Bespreek dit citaat. Toon aan dat dit al dan niet correct is aan de hand van 2 voorbeelden of methodes waarmee je dit kan bewijzen/weerleggen.

===24 juni 2019===
#Wat zijn de 'waar' en 'wat' pathway van het visueel systeem? Bestaat er bij het auditief systeem een gelijkaardige opdeling?
#Voor de paper:
#zij kiest een woord dat je moet uitleggen.
#Waarom heb je deze paper gekozen en wat heb je hieruit geleerd?
#Geef de 5 belangrijkste bevindingen uit deze paper kort weer aan de hand van max 2 regels.

===1 September 2017===
#Bespreek horizontale localisatie van geluid. Hoe 360° 'beeld' vormen van van geluid? Geef enkele oplossingen.
#Artikel: woord uitleggen - motivatie geven en wat je geleerd hebt uit het artikel - in 5 punten (elk max. 2 regels) de highlights van je artikel noteren

===9 juni 2017===
#Wat zijn de 'waar' en 'wat' pathway van het visueel systeem? Bestaat er bij het auditief systeem een gelijkaardige opdeling?
#Voor de paper:
## zij kiest een woord dat je moet uitleggen.
##Waarom heb je deze paper gekozen en wat heb je hieruit geleerd?
##Geef de 5 belangrijkste bevindingen uit deze paper kort weer aan de hand van max 2 regels.

===20 juni 2016===
Je loopt en je moet een steen ontwijken, hoe doe je dit succesvol?

===17 juni 2016 VM===
#Tekening van het cerebellum (dezelfde als in de link als hier beneden). Welke structuren herken je? Wat is hun functie? Ook de details bespreken (tekening van handen, voeten en lippen op het cerebellum) en speculeren over wat deze zouden kunnen betekenen. Zelf figuren maken en pathways tekenen en dan bespreken.

===13 juni 2016 VM===
#Een patient meld zich aan en na de eerste onderzoeken blijkt hij blind te zijn in het linker hemiveld. Wat kan hier de oorzaak van zijn. Wat zou er mis kunnen zijn en hoe ga je dit testen? Gebruik tekeningen en schema's om de neurobiologische werking aan te tonen.

===6 juni 2016 NM===
#Tekening van het cerebellum (dezelfde als in de link als hier beneden).
##Welke structuren herken je?
##Wat is hun functie?
##Ook de details bespreken (tekening van handen, voeten en lippen op het cerebellum) en speculeren over wat deze zouden kunnen betekenen.
##Zelf figuren maken en pathways tekenen en dan bespreken.

===6 juni 2016 VM===
Bij visuele verwerking is er sprake van een "waar" en een "wat" pathway. Leg uit. Zou er sprake kunnen zijn van deze pathways bij auditieve verwerking? Geef argumenten voor en tegen.

===3 juni 2016===
Je loopt op een paadje en je moet een steen ontwijken. Hoe doe je dit succesvol?

===22 juni 2015===
Je rijdt met de fiets op een paadje en je moet een steen ontwijken. Hoe doe je dit succesvol? (ook zoveel mogelijk tekeningen/schema's geven)

===19 juni 2015===
Na enkele testen bemerk je dat een patient blind is aan zijn linker hemiveld. Geef de ziektebleeden aan wat dit kan liggen en geef ook extra testen om dit te bewijzen. Verduidelijk met tekeningen. (antwoord kort: lesie ACHTER optisch chiasma in de R optic tract, probleem in de RECHTER LGN, probleem in de V1, probleem met de dorsale en ventrale stromen (wat en waar pathways=> MT,MST,IT..) omdat de patient misschien wel functioneel ziet maar niet begrijpt wat hij ziet, probleem in de PPA=> Neglect syndroom. Hoe testen? probe in de hersenen is te invasief, beter fMRI doen + Neglect syndroom: tekeningetje laten maken)

===6 juni 2015 (nm)===
Zelfde als hieronder (23 juni 2014)

===23 juni 2014 (nm)===
Bij visuele verwerking is er sprake van een "waar" en een "wat" pathway. Leg uit. Zou er sprake kunnen zijn van deze pathways bij auditieve verwerking? Geef argumenten voor en tegen.

===6 juni 2014 (nm)===
De volgende tekening was gegeven (zie link) zonder enige uitleg. Ze vroeg welke structuren je herkende, of je enkele details kon verduidelijken, er een legende bijschrijven en je antwoord staven met tekeningen. (Het was blijkbaar het cerebellum en het mee redeneren was het belangrijkst, ook al kende je het antwoord totaal niet.)

http://www.nature.com/nrn/journal/v5/n3/fig_tab/nrn1347_F5.html

===24 juni 2013 (vm)===
Welke invloed denk je dat topsport kan hebben op de hersenen?

===10 juni 2013 (vm)===
--> zie 11 juni 2012

===11 juni 2012 (nm)===
Wat zou een oorzaak kunnen zijn van het ziektebeeld waar de patiënt snelle en ongewilde, maar gecoördineerde bewegingen maakt van de ledematen, hoofd en romp? Geef zoveel mogelijk tekeningen/schema's om uw antwoord te staven. Kan je een voorbeeld geven?

===11 juni 2012 (vm)===
Figuurke van in 1943 en een tweede van 1944 van een (bovenaanzicht? van een) cerebellum waarop een omgekeerd manneke staat en op het tweede datzelfde manneke, maar 'onderaan' links en rechts een embryo.

(de vraag die hieronder staat is wat ze ongeveer vroeg, maar niet helemaal correct)

Wat betekent deze figuur volgens u? Wa is de functionele achtergrond? Geef alle functie-anatomie links die hier iets mee te maken hebben en bespreek in detail. (het had te maken met proprioceptie (en geheugensporen)==> laatste slides met figuurkes uit hoofdstuk 24 of 25). Zijn er meerdere kopies/gelijkaardige lagen/...? Wat zijn de voordelen, wat zijn de nadelen?

===24 juni VM===
Je fietst in het bos en plots moet je een grote steen ontwijken. Bespreek waarom je dit met succes kan doen. Welke neuronale circuits zijn hierbij betrokken?
27 juni 2011 (vm)Edit
Een fMRI werd toegepast op 3 patiënten na het toepassen van een visuele stimulus. De metingen werden gedaan in de contralaterale hemisfeer.
Patiënt 1: V1 actief, IT actief, PPA niet actief
Patiënt 2: V1 actief, IT actief, PPA actief
Patiënt 3: V1 niet actief, IT niet actief, PPA niet actief
Bespreek mogelijke ziektebeelden. Wat weet je van de betrokken hersenregio's? Kun je met deze gegevens iets zeggen over de eigenschappen van de stimulus? Vond de stimulus links of rechts plaats?

===16 juni 2011===
De thalamus is het schakelstation voor sensorische informatie op weg naar de cortex. Juist of onjuist, bespreek en staaf je antwoord met voorbeelden/schema's.
24 juni 2009Edit
Blindheid: 1 visueel hemifield en unilateraal neglect syndroom. Hoe kun je bepalen wat je patiënt heeft? Beschrijf beide fenomenen?
En beschrijf alle betrokken hersenpathways in detail.

===13 juni 2008===
Beschrijf de effecten van een unilateraal letsel in de visuele cortex. Bespreek of de grootte van de lesie belang heeft. Vergelijk met een unilateraal letsel in het auditief systeem.
Artikel

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2019-01-22T12:37:59Z

Seppe vansteenkiste: /* 22/01/2019 */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm

==Examenvragen==
===22/01/2019===
Robben:
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.
#begrippen
##paired end sequencing
##nanopore sequencing
##affimetrix chip

Landuyt:
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p
##What is the identity of the protein? 4p
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p
##Which mass will you be looking for? 4p
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p

===16/01/2019===

Deel Robben:
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.
# woordjes:
##SMRT,
##gene altering,
##genetic interactomics
#
Deel Landuyt
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken.
Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05
# welk protein is het?
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?
# geef meer info over de werking van het proteïnen
#
#Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie?
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?
# Geef meer info over dit component

===15 januari 2019===
Robben
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken.
#Begrippen:
##Polyploidie en genomic evolution,
##Nanostring nCounter technologie
##Rosetta stone method

Landuyt
#Proteomics
#* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07
#* Welk proteïne is dit?
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt?
#* Geef meer info over de werking van het proteïne

#Metabolomics
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden.
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?

===23/08/2018===

#* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?
148.07574
175.11900
219.11285
322.18741
334.13979
423.23509
447.22386
480.25655
504.24532
593.34062
605.29300
708.36756
752.36141
779.40467
908.46252
926.47309
#Questions:
1) Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2
2) What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3
3) Which disease is studied? …/1
4) How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3
5) Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)

Metabolomics
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken
is dit een goede accuraatheid, leg uit?

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05
#** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2019-01-22T12:37:28Z

Seppe vansteenkiste: /* 22/01/2019 */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm

==Examenvragen==
===22/01/2019===
Robben:
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.
#begrippen
##paired end sequencing
##nanopore sequencing
##affimetrix chip

Landuyt:
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p
##What is the identity of the protein? 4p
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF° as an alternative for this assignment. 4p
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p
##Which mass will you be looking for? 4p
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p

===16/01/2019===

Deel Robben:
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.
# woordjes:
##SMRT,
##gene altering,
##genetic interactomics
#
Deel Landuyt
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken.
Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05
# welk protein is het?
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?
# geef meer info over de werking van het proteïnen
#
#Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie?
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?
# Geef meer info over dit component

===15 januari 2019===
Robben
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken.
#Begrippen:
##Polyploidie en genomic evolution,
##Nanostring nCounter technologie
##Rosetta stone method

Landuyt
#Proteomics
#* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07
#* Welk proteïne is dit?
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt?
#* Geef meer info over de werking van het proteïne

#Metabolomics
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden.
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?

===23/08/2018===

#* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?
148.07574
175.11900
219.11285
322.18741
334.13979
423.23509
447.22386
480.25655
504.24532
593.34062
605.29300
708.36756
752.36141
779.40467
908.46252
926.47309
#Questions:
1) Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2
2) What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3
3) Which disease is studied? …/1
4) How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3
5) Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)

Metabolomics
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken
is dit een goede accuraatheid, leg uit?

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05
#** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2019-01-22T12:36:54Z

Seppe vansteenkiste: /* 22/01/2019 */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm

==Examenvragen==
===22/01/2019===
Robben:
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.
#begrippen
##paired end sequencing
##nanopore sequencing
##affimetrix chip

Landuyt:
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. piek list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p
##What is the identity of the protein? 4p
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF° as an alternative for this assignment. 4p
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p
##Which mass will you be looking for? 4p
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p

===16/01/2019===

Deel Robben:
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.
# woordjes:
##SMRT,
##gene altering,
##genetic interactomics
#
Deel Landuyt
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken.
Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05
# welk protein is het?
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?
# geef meer info over de werking van het proteïnen
#
#Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie?
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?
# Geef meer info over dit component

===15 januari 2019===
Robben
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken.
#Begrippen:
##Polyploidie en genomic evolution,
##Nanostring nCounter technologie
##Rosetta stone method

Landuyt
#Proteomics
#* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07
#* Welk proteïne is dit?
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt?
#* Geef meer info over de werking van het proteïne

#Metabolomics
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden.
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?

===23/08/2018===

#* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?
148.07574
175.11900
219.11285
322.18741
334.13979
423.23509
447.22386
480.25655
504.24532
593.34062
605.29300
708.36756
752.36141
779.40467
908.46252
926.47309
#Questions:
1) Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2
2) What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3
3) Which disease is studied? …/1
4) How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3
5) Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)

Metabolomics
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken
is dit een goede accuraatheid, leg uit?

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05
#** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2019-01-22T12:36:26Z

Seppe vansteenkiste: /* Examenvragen */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm

==Examenvragen==
===22/01/2019===
Robben:
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.
#begrippen
##paired end sequencing
##nanopore sequencing
##affimetrix chip

Landuyt:
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein.
piek list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p
##What is the identity of the protein? 4p
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF° as an alternative for this assignment. 4p
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p
##Which mass will you be looking for? 4p
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p

===16/01/2019===

Deel Robben:
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.
# woordjes:
##SMRT,
##gene altering,
##genetic interactomics
#
Deel Landuyt
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken.
Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05
# welk protein is het?
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?
# geef meer info over de werking van het proteïnen
#
#Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie?
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?
# Geef meer info over dit component

===15 januari 2019===
Robben
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken.
#Begrippen:
##Polyploidie en genomic evolution,
##Nanostring nCounter technologie
##Rosetta stone method

Landuyt
#Proteomics
#* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07
#* Welk proteïne is dit?
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt?
#* Geef meer info over de werking van het proteïne

#Metabolomics
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden.
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?

===23/08/2018===

#* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?
148.07574
175.11900
219.11285
322.18741
334.13979
423.23509
447.22386
480.25655
504.24532
593.34062
605.29300
708.36756
752.36141
779.40467
908.46252
926.47309
#Questions:
1) Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2
2) What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3
3) Which disease is studied? …/1
4) How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3
5) Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)

Metabolomics
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken
is dit een goede accuraatheid, leg uit?

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05
#** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Bio-inorganic Chemistry

2019-01-11T14:46:50Z

Seppe vansteenkiste: /* Examenvragen */

[[Categorie: Machemie]]
[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met een taak die op 8 van de 20 punten staat. Men mag in het Nederlands of Engels antwoorden. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm

==Examenvragen==
===11 jan 2019===
#Copper proteins
## How are copper sites classified?
## Which technique is used to study them, what results do you get from it?
## Why does this technique not work for type III?
#cytochrome P450
##why 450
##Which reaction do they catalyse? Why NADPH
##copmlete intermediate VI + peroxidase shunt (was left out)
#[2Fe-2S] cluster, differences in oxidation/electron state. technique to study them.
#What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
## How is this isotope being produced in a clinical environment?

===29 jan 2018===
#cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states
#Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal
#electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?
#Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?

===25 jan2018===
#Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)
#Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)
##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip).
##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway
##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)
#bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)
#De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)

===25 jan 2018 VM===
#3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking
#P450
##Waarom 450
##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH
##Intermediar VI aanvullen
#Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit
#2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader

===12 jan 2018===
# (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.
## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)
## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.
## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?
## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?
# (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.
#* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin & de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.
# (3p) Alkaline en purple acid phosphatase
## Fill in missing metals, reaction products and transition states
## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
#* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?

===01 sep 2017 ===
# (3p)
#* How are copper sites classified?
#* Which technique is used to study them, what results do you get from it?
#* Why does this technique not work for type III?
# (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?
#* Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.
#* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?
#* Why are both state in high spin?
# (3p)
#* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.
#* Where and why would Hg(II) bind?

===30 jan 2017 ===
#
#* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.
#* Most common metals for this method and why
#
#* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase
#* which reaction is catalysed by this enzym
#* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co
# -> 2 Mossbauer spectra gegeven
#* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie
#* Which parameters can be derivate from the spectra
#* Which of the 2 has the most symmetry and explain why
#
#* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits
#* Most important difference between the 2 subunits

===26 jan 2017===
# What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals?
# Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved?
# P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating?
# Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# <sup>99m</sup>Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)

Immunological Biotechnology

2018-01-16T10:34:27Z

Seppe vansteenkiste: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vak van derde bachelor biochemie. Ook gevolgd door zij die willen van chemie en biologie. Gedoceerd door Prof. Lut Arckens, mondeling examen. Ze leest je blad en stelt dan bijvragen. Voorbeelden zijn belangrijk! Er wordt een volle verplichte practicumweek gehouden (je kiest met je groep wanneer je komt en vertrekt) en het examen ervoor is sinds 2008-09 apart en schriftelijk (vragen verschillen van persoon tot persoon daar niet iedereen dezelfde proeven had uitgevoerd tijdens het practicum).

==Examenvragen==

=== 15 januari 2018 ===
#costimulus op immuuncellen
#class switching uitleggen: wat, wanneer,...
#NK cellen

=== 25 augustus 2017 VM ===
# Bespreek de immuunrespons tegen extracellulaire parasieten.
# Bespreek activatie van naïve B-cellen
# Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die auto-immuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 31 januari 2017 ===
#immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#activatie van naïve B-cellen
#3 verdedigingsmechanisme om autoimmuniteit tegen te gaan

=== 30 januari 2017 VM ===
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien
#Affinieteitmaturatie van B cellen
#Bespreek de cellen die belangrijk zijn bij negatieve selectie van T cellen

=== 19 januari 2017 VM===
#Immuunrespons endotheel
#Thymus onafhankelijke B cel activatie
#Centrale en perifere tolerantie T cellen a.d.h.v. voorbeeld

=== 17 januari 2017 NM===
#belang van MHC1 complex en gezonde lichaamscellen
#Iets van bcr en gentransformatie
#Activatie van Tcellen

=== 17 januari 2017 VM===
#Bespreek de rol van IFN-alfa en beta bij een virale infectie
#Bespreek centrale en perifere tolerantie bij B CELLEN
#Bespreek waarom CD8 T cellen meer stimulatie nodig hebben ivm CD4 T cellen

=== 16 januari 2017 NM ===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten (wormen dus)
#Bespreek activatie van naïeve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.

=== 25 januari 2016 VM===
# Geef de verschillen tussen folliculaire en normale dendritische cellen
# Wat is linked recognition en geef een medische toepassing
# Welke rol speelt IFN-Î³ bij de T-cel differentiatie?

=== 12 januari 2016 VM ===
#Bespreek de immuunrespons op extracellulaire parasieten
#Hoe worden naïve B-cellen geactiveerd?
#Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die autoimmuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 11 januari 2016 NM ===
#Bespreek het belang en mechanisme van activatie van het vasculair endotheel in de immuunrespons
# Hoe kunnen B cellen geactiveerd worden als er geen T cellen aanwezig zijn
# Centrale en perifere tolerantie van T cellen

===13 Jan 2015 (VM)===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen
#Verklaar waarom CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4

===29 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de vasculaire immunorespons van endotheelcellen
#Bespreek thymus independent activation of B-cells
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen (ze zegt voorbeeld, maar als je gewoon uitlegt hoe de tolerantie tot stand komt is het goed)

===Jan 2014===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Leg aan de hand van 1 voorbeeld de centrale en periferele tolerant van B cellen uit
#Verklaar wrm CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4
===28 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de expressie van een MHCI op een gezonde lichaamscel
#Bespreek een verandering in de genen van de BCR die de B-cellen uniek maakt
#Bespreek T cel priming.

===16 jan 2013 NM===
(cfr 27 aug 2012)
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
===27 aug 2012===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
=== 27 jan 2012 NM===
# Sommige micro-organismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het micro-organisme?
# Bewijs dat thymus-stromacellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek hoe Th1-cellen de reactie tegen intracellulaire pathogenen via de macrofagen coÃ¶rdineren.
=== 27 jan 2012 VM===
# Macrofagen zijn zowel in het aangeboren als het adaptief immuunsysteem belangrijk. Verklaar
# Bespreek de primaire en secundaire antistof reactie
# Vergelijk NK en CTL cel. Belangrijkste gelijkenissen en verschillen
=== 22 aug 2011 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.

=== 28 jan 2011 VM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 29 jan 2010 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.
=== 22 jan 2010 NM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 12 jan 2009 ===
# Sommige organismen kunnen Fc fragmenten afbreken. waarom zou dit een hogere graad van overlevering opleveren?
# Bewijs dat thymus stroma cellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek de interactie van Th1 cellen met macrofagen.
=== 12 jan 2009 ===
# Bespreek de immunologische respons tegen een bacteriele infectie
# Bespreek activatie van naive B-cel
# 3 manieren om auto-immuniteit te omzeilen
=== 29 jan 2008 ===
# Sommige pathogenen bevatten enzymen die die Fc fragmenten kunnen degraderen. Hoe kan dit een grotere overlevingskans opleveren voor dit pathogeen
# Leg het hapteen-carrier effect uit en geef een toepassing
# Hoe wordt een naÃ¯eve T-cel geactiveerd.

=== 28 jan 2008 ===
# Activatie naive B cel
# Immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie
# 3 vbn. hoe er gezorgd wordt dat er geen autoimmuniteit is
=== 24 jan 2008 ===
# Macrofagen hebben een rol in zowel innate als adaptive immunity, leg uit.
# Leg de primaire en de secundaire antistofrespons uit.
# leg gelijkenissen en verschillen uit van NK en CTL cells
=== 14 jan 2008 ===
# Bespreek de immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie (neen niet tegen intracellulaire, gewoon baceteriÃ«n int algemeen)
# Bespreek activatie van naÃ¯eve B cel (neen niet T cel, goed lezen en vooral niet beginnen knallen van T cellen omdagu de voorbeeldvraag nog herinnert)
# Bespreek de drie mechanismen die het lichaam beschermt tegen autoimmuniteit (of voorkomt of gebruikt ofzo)

Practica:
# Teken en leg uit. Kan je ook doen me een antigen me maar 1 epitoop
# Wat leer je erdoor van de pI? Teken.
# Wat is passieve en actieve hemagluttinatie + tekenen. Bewijs dat de interactie reversibel is
# Leg het precipitatiemechanisme uit. Wat doet een PD10 kolom, naam + uitleg
# Welke PAP concentratie verkies je (paar vb getalletjes, je kiest natuurlijk de beste). Verschil passieve en competitieve ELISA

=== 24 jan 2007 ===
# bespreek de naieve Tcel en clonale expansie
# Fc fragment: sommige organismen kunnen het afbreken. Hoe levert dit een hogere overleving op voor het organisme?
# wat is het hapteen carrier-effect en geef toepasssingen.
=== 23 jan 2007 ===
# bespreek de rol van macrofagen in aangeboren en adaptief immuunrespons
# vergelijk: Primair vs Secundair immuunrespons
# bespreek de gelijkenissen en verschillen NK - CTL.

Marketing Engeneering

2017-06-26T18:37:43Z

Seppe vansteenkiste: /* 17 juni 2017 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===17 juni 2017===
#een oefening van logistische regressie
#Een oefening met de Huff coëfficiënt en een paar theorie vragen over winkellocatie
#Een perceptuele map en toegepaste vragen daarover

Marketing Engeneering

2017-06-26T18:37:35Z

Seppe vansteenkiste: /* 17 juni 2017 */

Marketing Engeneering

2017-06-26T18:34:23Z

Seppe vansteenkiste: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===17 juni 2017===
#hallo ik ben lore
#dag lore

Dynamische Biochemie

2017-06-23T15:36:26Z

Seppe vansteenkiste: /* 23 juni 2017 namiddag */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase
===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraamverankerde proteines
##transaminatie
===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Dynamische Biochemie

2017-06-23T15:36:14Z

Seppe vansteenkiste: /* 23 juni 2017 namiddag */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase
===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraamverankerde proteines
##transaminatie
===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Dynamische Biochemie

2017-06-23T15:35:59Z

Seppe vansteenkiste: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4begrippen
##KYV bij pH8
#actine
#citraat-pyruvaat-malaat shuttle
#structuur van creatinefosfaat
===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase
===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraamverankerde proteines
##transaminatie
===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Chemie Van Natuurproducten

2017-06-20T13:15:01Z

Seppe vansteenkiste: /* 20 juni 2016 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===20 juni 2017===
# oefening van polyketiden
# gegeven structuur omvormen m.b.v. pyridoxaalfosfaat
# oefening zoals die van appelzuur met NAD+ maar met een andere gegeven structuur (COOH groep vervangen door benzeenring, maar dit komt op hetzelfde neer).

===16 juni 2017===
# Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat
# Reactie met glutathion (met Michaelacceptor C=C-C=O)
# Antioxidante werking van vitamine C

===13 juni 2017===
# Leg de werking van ascorbinezuur uit (vitamine C dus)
# Oefening gebaseerd op de theorie van de synthese uit ornithine en hygrine maar dan met een zesring ipv een vijfring.
# Stetteroefening.

===12 juni 2017===
# een oefening "met welk biomemtisch reagens gebeurt deze reactie" da was van 1 ring naar 2 ringen dus me stetter
# tweede oefening was van een aminozuur met een keten me een O in en een NH2 naar een 7ring (leek op ornithine naar hygrine) en da was mbv pyrodoxalfosfaat en ook claisen ester condensatie
# theorie: leg het anti-oxidans van vitamine C uit

===12 juni 2015===
#leg de werking van vitamine C uit als antioxidans
#Leg uit hoe humuleen gevormd wordt uit farnesylfosfaat
#Oefening gebaseerd is op de theorie van de synthese uit ornithine maar dan met een zevenring ipv een vijfring.

===20 agustus 2013===
#Terpenen: een gegeven molecule naar een nader molecule, geef het reactiemechanisme
#Oxidaite van een gegeven molecule met NAD+
#Geef 2 manieren om aceto-acetyl CoA te maken

===19 juni 2013===
#Met welk biomimetrisch reagens kun je volgende reactie uitvoeren? Schrijf een mogelijk reactie mechanisme uit
#Hoe reageert glutathion met onderstaande molecule
#Bespreek de synthese van vitamine C

===17 juni 2013===
#In de natuur wordt Caryophylleen gemaakt met behulp van farnesylpyrofosfaat. Werk een mogelijk reactiemechanisme uit tot het bekomen van dit product.(de structuur formule van farnesylpyrofosfaat werd niet gegeven)
#Werk het mechanisme uit en becommentarieer. (Oplossing: met behulp van pyrodoxaal fosfaat)
#Bespreek de antioxidatieve werking van vitamine C

===14 juni 2013===
#Hoe glutathion met een bepaald vaag molecule reageert
#2 manieren om acetoacetyl CoA te vormen
#Polyketiden: ge moet weten dat dat via de mechanisme van vetzuursynthese aangemaakt werd en dan moest ge nog mechanisme van dat polyketide naar een ander gegeven molecule schrijven, het was aldolcondensatie.

===15 juni 2012 (namiddag)===
#Oefening met stetter reagens. Welk molecule bootst stetter na en voor wat wordt dit in de natuur gebruikt.
#Racematie met pyridoxalfosfaat uitleggen en mechanisme uitschrijven voor gegeven moleculen. Voorwat pyridoxalfosfaat gebruikt wordt in de natuur.
#Mechanisme antioxidans van vitamine C uitleggen. Hoe wordt dit gemaakt.

===15 juni 2012 (voormiddag)===
#Structuur van humuleen gegeven. Geef de biosynthese van humuleen, vertrekkende van farnesylfosfaat
#Gegeven: Hoe reageert glutathione met deze verbinding?
#Geef de 2 biosynthesewegen die in de cursus gezien zijn voor acetoacetyl-CoA

===20 juni 2011 (namiddag)===
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomeer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH van 2-butaton en pyruvaat (+ appelzuur)
#Leg mechanisme van de anti-oxidantie werking uit van vitamine C. Geef ook de biosynthese.
#Geef een mogelijk mechanisme voor volgende reactie HOOC-(C=O)-C-C-C-(C=O)-C=C  (biomimetrisch reagens en Et3N)  1,4 cycloheptadion

===14 juni 2010===
#Omzetting van histidine naar histidine zonder CO2 (structuren gegeven)
#Welk biomimetrisch reagens zou je gebruiken, en wat zou een mechanisme kunnen zijn? (stetter)
#Leg het mechanisme van de anti-oxidantie werking van vitamine C uit

===11 juni 2010===
#Omzetting van L-AZ naar D-AZ mbv pyridoxaalfosfaat
#Vetzuursynthese
#Radicale ortho-para-koppeling

===September 2009===
#DOPA en DOPAMINE
#Synthese inositolen
#Stereospecificiteit LADH

===12 juni 2009===
#Becommentarieer op mechanistische wijze de volgende reactie (vul de nodige reagentia zelf aan). In welke biosynthese is deze reactie belangrijk?
#Schrijf het mechanisme op van de volgende reactie
#Bespreek de structuur van fosfatidylcholine en geef de biosynthese ervan

===4 september 2008===
#De structuren van ornitine en hygrine waren gegeven en je moest heel de reactieweg geven.
#De 4e stap van de purine synthese was gegeven, begin- en eindproduct en hij moest zeggen hoe de reactie verliep

===17 juni 2008===
#Bespreek decarboxylatie van phosphadityl serine naar phosphadityl ethanolamine (pyridoxalfosfaat). Ge kreeg de tekening van die molecules, hem vroeg dan de naam, vroeg ook nog achter choline en wat dat doet, hoe ge dat maakt
#Fructose: fisher => hawordth omzetting
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH, van 2-butanon en pyruvaat. Hij vroeg ook nog hoe ge bv appelzuur oxideert met NAD

===19 juni 2007===
#Merhylering, waardoor gebeurt het en leg uit (SAM)
#Fructose fisher gegeven, geef haworth
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD => FADH2) leg uit + geef structuur van FAD

===12 juni 2006===
#Omzetting van een ketocarbonzuur is AZ, hoe gaat dit in zijn werk in de cel, met welke reagentia, geef structuur + reacties
#Hoe worden verzadigde vetzuren opgebouwd in de natuur?
#Hoe wordt zuurstof in de cel getransporteerd, geef structuur + uitleg

===12 juni 2006===
#Decarboxylatie van een aminozuur
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD => FADH2): leg uit + geef structuur van FAD
#Welk molecule zorgt voor spontane membraanvorming: geef structuur en leg uit

Chemie Van Natuurproducten

2017-06-20T13:14:49Z

Seppe vansteenkiste: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===20 juni 2016===
# oefening van polyketiden
# gegeven structuur omvormen m.b.v. pyridoxaalfosfaat
# oefening zoals die van appelzuur met NAD+ maar met een andere gegeven structuur (COOH groep vervangen door benzeenring, maar dit komt op hetzelfde neer).

===16 juni 2017===
# Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat
# Reactie met glutathion (met Michaelacceptor C=C-C=O)
# Antioxidante werking van vitamine C

===13 juni 2017===
# Leg de werking van ascorbinezuur uit (vitamine C dus)
# Oefening gebaseerd op de theorie van de synthese uit ornithine en hygrine maar dan met een zesring ipv een vijfring.
# Stetteroefening.

===12 juni 2017===
# een oefening "met welk biomemtisch reagens gebeurt deze reactie" da was van 1 ring naar 2 ringen dus me stetter
# tweede oefening was van een aminozuur met een keten me een O in en een NH2 naar een 7ring (leek op ornithine naar hygrine) en da was mbv pyrodoxalfosfaat en ook claisen ester condensatie
# theorie: leg het anti-oxidans van vitamine C uit

===12 juni 2015===
#leg de werking van vitamine C uit als antioxidans
#Leg uit hoe humuleen gevormd wordt uit farnesylfosfaat
#Oefening gebaseerd is op de theorie van de synthese uit ornithine maar dan met een zevenring ipv een vijfring.

===20 agustus 2013===
#Terpenen: een gegeven molecule naar een nader molecule, geef het reactiemechanisme
#Oxidaite van een gegeven molecule met NAD+
#Geef 2 manieren om aceto-acetyl CoA te maken

===19 juni 2013===
#Met welk biomimetrisch reagens kun je volgende reactie uitvoeren? Schrijf een mogelijk reactie mechanisme uit
#Hoe reageert glutathion met onderstaande molecule
#Bespreek de synthese van vitamine C

===17 juni 2013===
#In de natuur wordt Caryophylleen gemaakt met behulp van farnesylpyrofosfaat. Werk een mogelijk reactiemechanisme uit tot het bekomen van dit product.(de structuur formule van farnesylpyrofosfaat werd niet gegeven)
#Werk het mechanisme uit en becommentarieer. (Oplossing: met behulp van pyrodoxaal fosfaat)
#Bespreek de antioxidatieve werking van vitamine C

===14 juni 2013===
#Hoe glutathion met een bepaald vaag molecule reageert
#2 manieren om acetoacetyl CoA te vormen
#Polyketiden: ge moet weten dat dat via de mechanisme van vetzuursynthese aangemaakt werd en dan moest ge nog mechanisme van dat polyketide naar een ander gegeven molecule schrijven, het was aldolcondensatie.

===15 juni 2012 (namiddag)===
#Oefening met stetter reagens. Welk molecule bootst stetter na en voor wat wordt dit in de natuur gebruikt.
#Racematie met pyridoxalfosfaat uitleggen en mechanisme uitschrijven voor gegeven moleculen. Voorwat pyridoxalfosfaat gebruikt wordt in de natuur.
#Mechanisme antioxidans van vitamine C uitleggen. Hoe wordt dit gemaakt.

===15 juni 2012 (voormiddag)===
#Structuur van humuleen gegeven. Geef de biosynthese van humuleen, vertrekkende van farnesylfosfaat
#Gegeven: Hoe reageert glutathione met deze verbinding?
#Geef de 2 biosynthesewegen die in de cursus gezien zijn voor acetoacetyl-CoA

===20 juni 2011 (namiddag)===
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomeer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH van 2-butaton en pyruvaat (+ appelzuur)
#Leg mechanisme van de anti-oxidantie werking uit van vitamine C. Geef ook de biosynthese.
#Geef een mogelijk mechanisme voor volgende reactie HOOC-(C=O)-C-C-C-(C=O)-C=C  (biomimetrisch reagens en Et3N)  1,4 cycloheptadion

===14 juni 2010===
#Omzetting van histidine naar histidine zonder CO2 (structuren gegeven)
#Welk biomimetrisch reagens zou je gebruiken, en wat zou een mechanisme kunnen zijn? (stetter)
#Leg het mechanisme van de anti-oxidantie werking van vitamine C uit

===11 juni 2010===
#Omzetting van L-AZ naar D-AZ mbv pyridoxaalfosfaat
#Vetzuursynthese
#Radicale ortho-para-koppeling

===September 2009===
#DOPA en DOPAMINE
#Synthese inositolen
#Stereospecificiteit LADH

===12 juni 2009===
#Becommentarieer op mechanistische wijze de volgende reactie (vul de nodige reagentia zelf aan). In welke biosynthese is deze reactie belangrijk?
#Schrijf het mechanisme op van de volgende reactie
#Bespreek de structuur van fosfatidylcholine en geef de biosynthese ervan

===4 september 2008===
#De structuren van ornitine en hygrine waren gegeven en je moest heel de reactieweg geven.
#De 4e stap van de purine synthese was gegeven, begin- en eindproduct en hij moest zeggen hoe de reactie verliep

===17 juni 2008===
#Bespreek decarboxylatie van phosphadityl serine naar phosphadityl ethanolamine (pyridoxalfosfaat). Ge kreeg de tekening van die molecules, hem vroeg dan de naam, vroeg ook nog achter choline en wat dat doet, hoe ge dat maakt
#Fructose: fisher => hawordth omzetting
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH, van 2-butanon en pyruvaat. Hij vroeg ook nog hoe ge bv appelzuur oxideert met NAD

===19 juni 2007===
#Merhylering, waardoor gebeurt het en leg uit (SAM)
#Fructose fisher gegeven, geef haworth
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD => FADH2) leg uit + geef structuur van FAD

===12 juni 2006===
#Omzetting van een ketocarbonzuur is AZ, hoe gaat dit in zijn werk in de cel, met welke reagentia, geef structuur + reacties
#Hoe worden verzadigde vetzuren opgebouwd in de natuur?
#Hoe wordt zuurstof in de cel getransporteerd, geef structuur + uitleg

===12 juni 2006===
#Decarboxylatie van een aminozuur
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD => FADH2): leg uit + geef structuur van FAD
#Welk molecule zorgt voor spontane membraanvorming: geef structuur en leg uit

Analytische Biochemie

2017-01-26T19:21:05Z

Seppe vansteenkiste: /* mondeling */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefening====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening===
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening===
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Analytische Biochemie

2017-01-26T19:08:32Z

Seppe vansteenkiste: /* oefeningen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefening====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening===
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening===
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Analytische Biochemie

2017-01-26T19:02:15Z

Seppe vansteenkiste: /* mondeling */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefeningen====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening===
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening===
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Analytische Biochemie

2017-01-26T19:01:36Z

Seppe vansteenkiste: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit.
====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefeningen====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening===
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening===
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Microbiologie

2017-01-23T13:22:42Z

Seppe vansteenkiste: /* 23 januari 2017 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Mondeling examen. Practicum wordt geÃ«valueerd via een examen practicumsessie.
==Examenvragen==
===23 januari 2017===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiÃ«le middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiÃ«le middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 214===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2017-01-23T13:22:32Z

Seppe vansteenkiste: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Mondeling examen. Practicum wordt geÃ«valueerd via een examen practicumsessie.
==Examenvragen==
===23 januari 2017===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden.
geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiÃ«le middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiÃ«le middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 214===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Algemene Natuurkunde II

2017-01-16T19:37:09Z

Seppe vansteenkiste: /* 16 januari 2017 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vervolgvak op Algemene natuurkunde I. Vanaf het academiejaar 2009-2010 gedoceerd door prof WÃ¼bbenhorst.('''Let dus op, de oudere vragen komen van prof. Janssen''') Het is geen jaarvak meer, enkel examen in januari dus. Het betreft een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding.

==Examenvragen==
=== 16 januari 2017===
Theorie:
#RLC-keten
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
Oefeningen:
#mica
#water in condensator

=== 18 januari 2016===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 NM===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 VM===
Theorie:
#laser
#magnetisatie en magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#mica plaatje
#RC keten V1, V2 en V3 bepalen plus tijd waarop V het gemiddelde is van 2&3

=== 14 januari 2016 ===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders (nog iets extra, we moesten nog een grafiek geven die in de slides staan maar niet in het boek: elektrische geleiding ifv temperatuur, maja dat was gewoon een bijvraag) + pn-junctie
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad

Oefeningen:
#2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
#er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?
(check oefeningen van examen 10 juni 2011)

===11 januari 2016===
Theorie:
#Wet van AmpÃ¨re (uitbreiding) en daarbij ook de B rond een gesloten kromme.
#RLC uitleggen

Oefeningen:
# Bol met bolschil errond en zo diffractie, door da scherm met 200 lijnen / mm en dan een vierkantje op het waarnemingsscherm. (welke golflengten gaan door da vierkantje?)
===16 januari 2015===
Theorie:
#magnetisatie
#LASER
Oefeningen:
#RC-keten en V1,V2,V3 bepalen
#mica

===15 januari 2015===
Theorie:
#Wet van AmpÃ¨re
#RLC in serie
Oefeningen:
#een bol en een bolschil, elektrisch veld en stralen gegeven en dan moest je de lading en de potentiaal aan het opp van de bol berekenen
#spleet, berekenen welke golflengtes er in het vierkant vallen

===12 januari 2015===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders + pn-junctie
#de wet van Biot-Savart en de oneindige rechte geleider afleiden.
Oefeningen:
#bolvormige condensator (V + C berekenen)
#lichtstralen van dezelfde golflengte die door 2 glasblokjes gaan, faseverschil berekenen.

===26 januari 2015===
Theorie:
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
#LRC-kring
Oefeningen:
#Water in condensator
#Micaplaatje

===20 januari 2014 voormiddag===
Theorie:
# Magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
#LASER

Oefeningen: exact zoals 10 juni 2013 (voormiddag)

=== 14 januari 2014 voormiddag ===
Exact hetzelfde examen als 14 juni 2013. Zelfs de oefeningen waren dezelfde.

=== 19 juni 2013 namiddag ===
Exact hetzelfde examen als 10 juni 2013 namiddag. Zelfs de oefeningen waren dezelfde

=== 14 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek de LRC kring

Oefeningen:
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water. Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cmÂ³ en een molaire massa van 18g. De diÃ«lektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid Ã©Ã©n duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

=== 11 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
# Leg uit, wet van AmpÃ¨re zowel tijds als niet tijdsafhankelijk.
# Leg RLC kring uit

Oefeningen:
# Gegeven een bol met een lading en daar rond een bolschil, samen zijn ze ongeladen maar elk apart bezitten ze een lading. Geef hiervoor de lading van de bol en zijn potentiaal aan zijn oppervlak. Gegeven zijn de stralen van de bollen en de grootte van het elektrische veld.
# Golflengten tussen 400 en 700nm worden op een diffractierooster gestuurd met 200 lijnen/mm. Waarnemingsscherm staat op 0.3m. Op dit scherm is op een afstand van 0.05m een gat geknipt, een vierkant met zijden 0.01m. Welke golflengten zullen door dit gat vallen?

=== 10 juni 2013 (namiddag)===
Theorie:
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad
#Wat is een virtueel beeld? Kan je dat vormen met een vlakken spiegel? Holle spiegel? Bolle spiegel? Welke omstandigheden?

Oefeningen:
#Dieje kubus (zie oude examenvragen)
#Iets met een RLC kring met uitzonderlijke omstandigheden, R gegeven, wat is de capaciteit en de inductie in de kring. Uitzondelijke omstandighede dus da de amplitude van uw weerstand = amplitude zelfinductie = amplitude condensator = amplitude van de bron, en ge had ook een frequentie gegeven

=== 10 juni 2013 (voormiddag)===
Theorie:
# Bespreek polarisatietechnieken (verstrooiing, dichroÃ¯sme etc...)
# Magnetisatie & magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval.
#*Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2)
#*Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3).
#*Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 12 juni 2012===
Theorie:
# Wet van Ampere bespreken voor stationaire en niet stationaire stromen
# RLC kring bespreken

Oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# ?

=== 11 juni 2012===
Exact dezelfde vragen als 27 juni 2011. Zelfs de waarden bij de oefeningen waren hetzelfde.

=== 27 juni 2011===
Theorie:
# Leg uit: magnetisatie en magnetische susceptibiliteit
# Bespreek de werking van een LASER

Oefeningen:
# Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. a) Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2). b) Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). c) Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
# We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 17 juni 2011 ===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
# Effectiefspanning uitleggen

=== 14 juni 2011 ===
Theorie:
# Geef wet van Biot-Savart en leid af voor een oneindig lange stroomvoerende draad
# Wat zijn mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling? (geen polarisatietechnieken)

Oefeningen:
# Een kring met een solenoÃ¯de met 35mH en een weerstand van 0,35 Ohm, aangesloten op een batterij van 12V. Wat is de magnetische energie die de batterij heeft na een lange tijd? Hoeveel vermogen moet het batterij dan nog leveren? Na hoeveel tijd is de energie half zo groot? Wa is dan het vermogen v.d. batterij en hoeveel procent vraagt het opwekken van magnetische arbeid dan?
# Een tweespleten systeem met lambda = 500nm, d = 0,150mm en a = 30,0Âµm. Hoe vaak komen maxima voor? (enzovoort)
=== 10 juni 2011 (voormiddag) ===
Theorie:
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reÃ«el voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# Je hebt een wisselspanningskring gegeven met V0 = 30,0V; omega = 314rad/s; I0=620mA ;en v=V0sin(omega*t-pi/4) en i=-I0cos(omega*t-pi/4). In de kring zit alleen nog een element X.
* identificeer dit element volledig
* door welk ander element kan je dit vervangen zodat de stroomamplitude gelijk blijft(de fase mag verschillen) en identificeer dat element. Je moet er maar 1 geven maar er zijn er 2 mogelijk.

=== 10 juni 2011 (namiddag) ===
Theorie:
# Bespreek de RLC-keten waarop een wisselspanning is aangesloten
# Wet van AmpÃ¨re uitleggen (stationair en niet-stationair) Hij zegt er ook bij dat het gaat om het magneetveld rond een gesloten kromme, dus juiste formule vinden niet moeilijk

Oefeningen:
# 2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
# er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

=== 11 juni 2010 ===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek alle mogelijke polarisatie-toestanden van een EM-golf, manieren om polarisatie te bekomen niet beschrijven.

Oefeningen:
# Men laadt een condensator met een capaciteit 17mF volledig op en men koppelt hem dan los van de bron. Hierna is er een arbeid van 18,5 joule nodig om een extra lading van 13 mC van de ene plaat van de condensator naar de andere over te brengen. Wat was de EMK van de bron?
# Een spoel van 100 windingen wordt rond een cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ². De cilinder is van een middenstof met Âµr = 1. Er wordt een magneetveld aangelegd van 1,6 T dat in de tijd omwisselt van de ene naar de andere richting maar altijd evenwijdig loopt met de symmetrieas van de spoel. Een weerstand van 13 Ohm wordt op de spoel aangesloten. Geef de lading die door deze weerstand stroomt.

=== 7 juni 2010 (WÃ¼bbenhorst dus) ===
Theorie:
# RLC-keten met wisselspanning uitleggen
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.

Oefeningen:
# over een solenoÃ¯de met een L en een R die verbonden zijn aan een batterij. L, R en V waren gegeven en men vroeg de energie van de spoel op t= oneindig en vermogen dat de batterij moest leven
# ging over 2 stralen door glas met 2 verschillende n, met uiteindelijk de vraag: wat is het faseverschil van de 2 stralen aan het scherm achter het doorlopen van het glas?

===22 augustus 2009===
Theorie:
#Bespreek Foucaultstromen
#Effectiefspanning en effectiefstroom uitleggen

Oefeningen:
(Iemand aub?)

===17 augustus 2009===
Theorie:
#Leid een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator
#Bespreek ferromagnetisme

Oefeningen:
#Een lading zit vast op een gegeven positie (x,y,z). Een andere lading beweegt van positie 1 (X1,Y1,Z1) naar 2 (X2,Y2,Z2). De ladingen zijn gegeven, de coordinaten ook. Hoeveel energie kost het om deze lading van positie 1 naar 2 te verplaatsen?
#Een oefening analoog aan weerkaatsing aan een zeepbel, of iets dergelijks. Opgave weet ik niet meer goed. (Iemand?)

===19 juni 2009===
Theorie:
# Vergelijk de gelijkstroom RC- en LR-kring.
# Bespreek alle mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling. Methoden om dit te bereiken hoeven niet besproken te worden.

Oefeningen:
# We beschouwen een niet geleidende plaat van grote afmetingen. Op de ene zijde staat een positieve oppervlaktelading, op de andere zijde een negatieve (getallen gegeven uiteraard). Een proton wordt op 1mm afstand van de plaat vanuit rust losgelaten. Wat is de snelheid op 2 mm van de plaat?
# Effectiefspanning berekenen adhv. een gegeven v(t)-curve.
:[[Bestand:driehoekspanning.gif]]

===12 juni 2009===
Theorie:
# LASER.
# Wederzijdse inductie en zelfinductie.
Oefeningen:
# ?
# ?

===12 juni 2009===
Theorie:
# Geef de wet van AmpÃ¨re voor stationaire stromen + voorbeeld. Leg uit welke aanpassing gedaan moet worden zodat deze wet ook geldig is voor tijdsafhankelijke stromen.
# Leg uit hoe men oscillerende .. kunt krijgen in een LC-kring.

Oefeningen:
# Een puntlading q bevindt zich op een afstand x op de middelloodlijn van een niet geleidende draad (2l) waar een homogeen verdeelde lading Q op zit. Wat is de kracht dat deze puntlading ondervindt?
# Zender op hoogte 70m, lengte van 1km en een ontvanger op hoogte x. Wat is kleinste x waar een maximum van straling invalt. Houd rekening met de rechtstreekse stralen en de gereflecteerde stralen op water.

===8 jun 2009===
Theorie:
# Leidt een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator.
# Wat wordt er bedoeld met magnetisatie? Leg uit: relatieve permeabileit en magnetische susceptibiteit.

Oefeningen:
# Twee spoelen staan of vaste afstand van elkaar. Door de ene spoel loopt een stroom van 1A en de flux erdoor is 0.010Wb. Indien men nu een stroom van 2A door de tweede spoel stuurt, bedraagt de flux door de eerste spoel 0.012Wb.
#* Bereken de magnetische flux door de 2de spoel, gegeven dat de zelfinductie ervan gelijk is aan 0.003 (iets in die aard).
#* Bereken de wederzijdse inductiecoefficient.
#* Bereken de zelfinductie van de eerste spoel.
# Een radiogolf zendmast in punt B staat op 20km afstand van huis H. De intensiteit in H wordt gegeven door een gekende I[sup]0[/sup]. Op 100m afstand van mast B bouwt men een 2de mast A, die een hoek <math>&\X\theta \widehat{B A H}</math> is 30Â° (geen idee hoeveel het juist was).
#* Bereken de intensiteit in H.
#:[[Bestand:ANII-8.6.2009-oef2.png]]

===8 jun 2009===
Theorie:
# Bespreek RC-filters.
# Bespreek diffractie bij een oneindig lange spleet en (beknopt) bij een rechthoekige spleet.

Oefeningen:
# Twee RC-kringen gegeven, constructie van vanalle condensatoren in serie en parallel; V en R gegeven bij de ene kring; stroom door beide spanningsbronnen is gelijk; bereken Vx en R van de andere kring.
# Oneindig lange draad en in hetzelfde vlak evenwijdig ermee een vierkant. Bereken de wederzijdse inductiecoÃ«fficiÃ«nt (afstand draad tot vierkant gegeven + lengte zijde vierkant).

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld. Leg, bij wijze van voorbeeld, de werking uit van een massaspectrometer of van een cyclotron.
# Bespreek de mogelijke polarisatietoestanden van em-straling (niet de methodes om tot polarisatie te komen)

Oefeningen:
# Condensator ( C= 17 microF) wordt een een onbekende batterij geschakeld en volledig opgeladen. Dan losgekoppeld. Er is aan arbeid 18,5J nodig om een bijkomende lading van 13,0 mC van de ene plaat naar de andere te verplaatsen. Bepaal emk van de batterij.
# spoel met 100 windingen wordt rond een metalen cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ² en mu r = 1. Er wordt een weerstand over de spoel geplaatste van 13 ohm. Er is een magneet veld die door de spoel loopt (parallel met de as). Dit magneetveld varieert gedurende een bepaalde tijd van 1,6T in de ene richting naar 1,6T in de andere richting. Hoeveel lading loopt er in die tijd door de weerstand.

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek een geleider in elektrostatisch evenwicht.
# Bespreek hoe men een oscillerende ... kan maken in een LC-kring. (LC-kring uitleggen dus)

Oefeningen:
# 2 draden in tegengestelde stroomzin, stroom neemt lineair toe van 0 naar 100A in 7s, bereken emk in de lus tussen die draden
# een ongepolariseerd licht kan worden opgedeeld in een deel gepolariseerd en een deel ongepolariseerd, intensiteiten mag je optellen, een polarisator wordt 360Â° gedraaid, men merkt dat op een bepaald punt de intensiteit 5 keer groter is, hoeveel procent is maakt de gepolariseerde golf uit?

===13 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de begrippen magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
# Bespreek de proef van Young.

Oefeningen:
# iets met een geleidende bol en daarrond een geleidende bolschil en dan een elektrisch veld gegeven en zo de lading op de bol berekenen.
#een kring gegeven met een X waarvan ge moet zeggen of het een condensator of weerstand of zelfinductie moet zijn, vergelijkingen van i en v gegeven. En dan ook nog zeggen of je de X kan vervangen door iets anders waardoor de amplitude hetzelfde blijft maar de i en v niet in fase zijn.

===13 jun 2008===
Theorie:
# Wat is het verschil in elektrische geleiding bij zuivere halfgeleiders en gedopeerde halfgeleiders. Leg uit de werking van pn-junctie
# Bespreek de LRC-keten

Oefeningen
# LC keten
# Fase verschil berekenen 2 gelijke golven die elk door een blokje gaan met andere lengte en brekingsindex

===9 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek wet Biot-Savart en gebruik om magneetveld rond oneindig lange draad met stroom af te leiden.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reÃ«el voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

Oefeningen:
# De ruimte tussen een condensator is helemaal gevuld met water. Water heeft een dipoolmoment 6.10*10^-30 Cm. De molaire massa van water is 18. De dichtheid is 1g/cm^3. Water heeft een di-elektrische constante van 80.
#* bepaal de geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid wanneer alle dipolen zich volgens E uitlijnen.
#* stel dat de geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid 1/1000 is van die hierboven, wat is dan het elektrisch veld?
# In een RLC-kring is de frequentie 1.73kHz. De amplitude van de spanning over de weerstand, de amplitude van de spanning over de condensator, de amplitude van de inductie en de amplitude van de bronspanning zijn allen gelijk. R = 700 ohm. Bepaal L en C.

===15 jun 2007===
Theorie:
# Bespreek magnetisch moment + richting van magnetisch moment in magneetveld
# Serie RLC keten bespreken

Oefeningen:
# Stroom van 27A in begin, straal eerste cirkel R, straal tweede cirkel 2r, r = 0.1m, en bereken magnetische inductie in punt P. Draad overal even dik en overal even grote soortelijke weerstand
# Tweede is kurkje drijft op water, hoe lang moet de naald zijn opdat het zichtbaar is boven water. Brekingsindex water=1.33, lucht=1 Afmetingen staan erbij.

===12 jun 2007===
Theorie:
# Leg uit: elektrische stroom, stroomdichtheid en leid de wet van Ohm af.
# De wet van AmpÃ¨re afleiden voor stationaire stromen en vertellen wat ge aan de basisformule moet veranderen als de stromen tijdsafhankelijk worden.

Oefeningen
# Berekenen hoeveel lading er door een weerstand gaat die aangesloten is op een geleidende lus die altijd maar kleiner en kleiner wordt. Loodrecht op de lus heerst er een magnetische inductie.
# Een typisch optica-vraagstukje: je hebt een schilderijtje en wil dat vastleggen op een gevoelige plaat, met een bolle lens met brandpunt= + 5 cm. Hoe ver moet het schilderijtje van de lens en hoe ver moet de lens van de gevoelige plaat.

Algemene Natuurkunde II

2017-01-16T19:23:13Z

Seppe vansteenkiste: /* 16 januari 2017 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vervolgvak op Algemene natuurkunde I. Vanaf het academiejaar 2009-2010 gedoceerd door prof WÃ¼bbenhorst.('''Let dus op, de oudere vragen komen van prof. Janssen''') Het is geen jaarvak meer, enkel examen in januari dus. Het betreft een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding.

==Examenvragen==
=== '''16 januari 2017'''===
Theorie:
#RLC-keten
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
Oefeningen:
#mica
#water in condensator

=== 18 januari 2016===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 NM===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 VM===
Theorie:
#laser
#magnetisatie en magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#mica plaatje
#RC keten V1, V2 en V3 bepalen plus tijd waarop V het gemiddelde is van 2&3

=== 14 januari 2016 ===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders (nog iets extra, we moesten nog een grafiek geven die in de slides staan maar niet in het boek: elektrische geleiding ifv temperatuur, maja dat was gewoon een bijvraag) + pn-junctie
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad

Oefeningen:
#2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
#er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?
(check oefeningen van examen 10 juni 2011)

===11 januari 2016===
Theorie:
#Wet van AmpÃ¨re (uitbreiding) en daarbij ook de B rond een gesloten kromme.
#RLC uitleggen

Oefeningen:
# Bol met bolschil errond en zo diffractie, door da scherm met 200 lijnen / mm en dan een vierkantje op het waarnemingsscherm. (welke golflengten gaan door da vierkantje?)
===16 januari 2015===
Theorie:
#magnetisatie
#LASER
Oefeningen:
#RC-keten en V1,V2,V3 bepalen
#mica

===15 januari 2015===
Theorie:
#Wet van AmpÃ¨re
#RLC in serie
Oefeningen:
#een bol en een bolschil, elektrisch veld en stralen gegeven en dan moest je de lading en de potentiaal aan het opp van de bol berekenen
#spleet, berekenen welke golflengtes er in het vierkant vallen

===12 januari 2015===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders + pn-junctie
#de wet van Biot-Savart en de oneindige rechte geleider afleiden.
Oefeningen:
#bolvormige condensator (V + C berekenen)
#lichtstralen van dezelfde golflengte die door 2 glasblokjes gaan, faseverschil berekenen.

===26 januari 2015===
Theorie:
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
#LRC-kring
Oefeningen:
#Water in condensator
#Micaplaatje

===20 januari 2014 voormiddag===
Theorie:
# Magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
#LASER

Oefeningen: exact zoals 10 juni 2013 (voormiddag)

=== 14 januari 2014 voormiddag ===
Exact hetzelfde examen als 14 juni 2013. Zelfs de oefeningen waren dezelfde.

=== 19 juni 2013 namiddag ===
Exact hetzelfde examen als 10 juni 2013 namiddag. Zelfs de oefeningen waren dezelfde

=== 14 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek de LRC kring

Oefeningen:
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water. Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cmÂ³ en een molaire massa van 18g. De diÃ«lektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid Ã©Ã©n duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

=== 11 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
# Leg uit, wet van AmpÃ¨re zowel tijds als niet tijdsafhankelijk.
# Leg RLC kring uit

Oefeningen:
# Gegeven een bol met een lading en daar rond een bolschil, samen zijn ze ongeladen maar elk apart bezitten ze een lading. Geef hiervoor de lading van de bol en zijn potentiaal aan zijn oppervlak. Gegeven zijn de stralen van de bollen en de grootte van het elektrische veld.
# Golflengten tussen 400 en 700nm worden op een diffractierooster gestuurd met 200 lijnen/mm. Waarnemingsscherm staat op 0.3m. Op dit scherm is op een afstand van 0.05m een gat geknipt, een vierkant met zijden 0.01m. Welke golflengten zullen door dit gat vallen?

=== 10 juni 2013 (namiddag)===
Theorie:
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad
#Wat is een virtueel beeld? Kan je dat vormen met een vlakken spiegel? Holle spiegel? Bolle spiegel? Welke omstandigheden?

Oefeningen:
#Dieje kubus (zie oude examenvragen)
#Iets met een RLC kring met uitzonderlijke omstandigheden, R gegeven, wat is de capaciteit en de inductie in de kring. Uitzondelijke omstandighede dus da de amplitude van uw weerstand = amplitude zelfinductie = amplitude condensator = amplitude van de bron, en ge had ook een frequentie gegeven

=== 10 juni 2013 (voormiddag)===
Theorie:
# Bespreek polarisatietechnieken (verstrooiing, dichroÃ¯sme etc...)
# Magnetisatie & magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval.
#*Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2)
#*Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3).
#*Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 12 juni 2012===
Theorie:
# Wet van Ampere bespreken voor stationaire en niet stationaire stromen
# RLC kring bespreken

Oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# ?

=== 11 juni 2012===
Exact dezelfde vragen als 27 juni 2011. Zelfs de waarden bij de oefeningen waren hetzelfde.

=== 27 juni 2011===
Theorie:
# Leg uit: magnetisatie en magnetische susceptibiliteit
# Bespreek de werking van een LASER

Oefeningen:
# Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. a) Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2). b) Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). c) Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
# We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 17 juni 2011 ===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
# Effectiefspanning uitleggen

=== 14 juni 2011 ===
Theorie:
# Geef wet van Biot-Savart en leid af voor een oneindig lange stroomvoerende draad
# Wat zijn mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling? (geen polarisatietechnieken)

Oefeningen:
# Een kring met een solenoÃ¯de met 35mH en een weerstand van 0,35 Ohm, aangesloten op een batterij van 12V. Wat is de magnetische energie die de batterij heeft na een lange tijd? Hoeveel vermogen moet het batterij dan nog leveren? Na hoeveel tijd is de energie half zo groot? Wa is dan het vermogen v.d. batterij en hoeveel procent vraagt het opwekken van magnetische arbeid dan?
# Een tweespleten systeem met lambda = 500nm, d = 0,150mm en a = 30,0Âµm. Hoe vaak komen maxima voor? (enzovoort)
=== 10 juni 2011 (voormiddag) ===
Theorie:
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reÃ«el voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# Je hebt een wisselspanningskring gegeven met V0 = 30,0V; omega = 314rad/s; I0=620mA ;en v=V0sin(omega*t-pi/4) en i=-I0cos(omega*t-pi/4). In de kring zit alleen nog een element X.
* identificeer dit element volledig
* door welk ander element kan je dit vervangen zodat de stroomamplitude gelijk blijft(de fase mag verschillen) en identificeer dat element. Je moet er maar 1 geven maar er zijn er 2 mogelijk.

=== 10 juni 2011 (namiddag) ===
Theorie:
# Bespreek de RLC-keten waarop een wisselspanning is aangesloten
# Wet van AmpÃ¨re uitleggen (stationair en niet-stationair) Hij zegt er ook bij dat het gaat om het magneetveld rond een gesloten kromme, dus juiste formule vinden niet moeilijk

Oefeningen:
# 2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
# er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

=== 11 juni 2010 ===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek alle mogelijke polarisatie-toestanden van een EM-golf, manieren om polarisatie te bekomen niet beschrijven.

Oefeningen:
# Men laadt een condensator met een capaciteit 17mF volledig op en men koppelt hem dan los van de bron. Hierna is er een arbeid van 18,5 joule nodig om een extra lading van 13 mC van de ene plaat van de condensator naar de andere over te brengen. Wat was de EMK van de bron?
# Een spoel van 100 windingen wordt rond een cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ². De cilinder is van een middenstof met Âµr = 1. Er wordt een magneetveld aangelegd van 1,6 T dat in de tijd omwisselt van de ene naar de andere richting maar altijd evenwijdig loopt met de symmetrieas van de spoel. Een weerstand van 13 Ohm wordt op de spoel aangesloten. Geef de lading die door deze weerstand stroomt.

=== 7 juni 2010 (WÃ¼bbenhorst dus) ===
Theorie:
# RLC-keten met wisselspanning uitleggen
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.

Oefeningen:
# over een solenoÃ¯de met een L en een R die verbonden zijn aan een batterij. L, R en V waren gegeven en men vroeg de energie van de spoel op t= oneindig en vermogen dat de batterij moest leven
# ging over 2 stralen door glas met 2 verschillende n, met uiteindelijk de vraag: wat is het faseverschil van de 2 stralen aan het scherm achter het doorlopen van het glas?

===22 augustus 2009===
Theorie:
#Bespreek Foucaultstromen
#Effectiefspanning en effectiefstroom uitleggen

Oefeningen:
(Iemand aub?)

===17 augustus 2009===
Theorie:
#Leid een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator
#Bespreek ferromagnetisme

Oefeningen:
#Een lading zit vast op een gegeven positie (x,y,z). Een andere lading beweegt van positie 1 (X1,Y1,Z1) naar 2 (X2,Y2,Z2). De ladingen zijn gegeven, de coordinaten ook. Hoeveel energie kost het om deze lading van positie 1 naar 2 te verplaatsen?
#Een oefening analoog aan weerkaatsing aan een zeepbel, of iets dergelijks. Opgave weet ik niet meer goed. (Iemand?)

===19 juni 2009===
Theorie:
# Vergelijk de gelijkstroom RC- en LR-kring.
# Bespreek alle mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling. Methoden om dit te bereiken hoeven niet besproken te worden.

Oefeningen:
# We beschouwen een niet geleidende plaat van grote afmetingen. Op de ene zijde staat een positieve oppervlaktelading, op de andere zijde een negatieve (getallen gegeven uiteraard). Een proton wordt op 1mm afstand van de plaat vanuit rust losgelaten. Wat is de snelheid op 2 mm van de plaat?
# Effectiefspanning berekenen adhv. een gegeven v(t)-curve.
:[[Bestand:driehoekspanning.gif]]

===12 juni 2009===
Theorie:
# LASER.
# Wederzijdse inductie en zelfinductie.
Oefeningen:
# ?
# ?

===12 juni 2009===
Theorie:
# Geef de wet van AmpÃ¨re voor stationaire stromen + voorbeeld. Leg uit welke aanpassing gedaan moet worden zodat deze wet ook geldig is voor tijdsafhankelijke stromen.
# Leg uit hoe men oscillerende .. kunt krijgen in een LC-kring.

Oefeningen:
# Een puntlading q bevindt zich op een afstand x op de middelloodlijn van een niet geleidende draad (2l) waar een homogeen verdeelde lading Q op zit. Wat is de kracht dat deze puntlading ondervindt?
# Zender op hoogte 70m, lengte van 1km en een ontvanger op hoogte x. Wat is kleinste x waar een maximum van straling invalt. Houd rekening met de rechtstreekse stralen en de gereflecteerde stralen op water.

===8 jun 2009===
Theorie:
# Leidt een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator.
# Wat wordt er bedoeld met magnetisatie? Leg uit: relatieve permeabileit en magnetische susceptibiteit.

Oefeningen:
# Twee spoelen staan of vaste afstand van elkaar. Door de ene spoel loopt een stroom van 1A en de flux erdoor is 0.010Wb. Indien men nu een stroom van 2A door de tweede spoel stuurt, bedraagt de flux door de eerste spoel 0.012Wb.
#* Bereken de magnetische flux door de 2de spoel, gegeven dat de zelfinductie ervan gelijk is aan 0.003 (iets in die aard).
#* Bereken de wederzijdse inductiecoefficient.
#* Bereken de zelfinductie van de eerste spoel.
# Een radiogolf zendmast in punt B staat op 20km afstand van huis H. De intensiteit in H wordt gegeven door een gekende I[sup]0[/sup]. Op 100m afstand van mast B bouwt men een 2de mast A, die een hoek <math>&\X\theta \widehat{B A H}</math> is 30Â° (geen idee hoeveel het juist was).
#* Bereken de intensiteit in H.
#:[[Bestand:ANII-8.6.2009-oef2.png]]

===8 jun 2009===
Theorie:
# Bespreek RC-filters.
# Bespreek diffractie bij een oneindig lange spleet en (beknopt) bij een rechthoekige spleet.

Oefeningen:
# Twee RC-kringen gegeven, constructie van vanalle condensatoren in serie en parallel; V en R gegeven bij de ene kring; stroom door beide spanningsbronnen is gelijk; bereken Vx en R van de andere kring.
# Oneindig lange draad en in hetzelfde vlak evenwijdig ermee een vierkant. Bereken de wederzijdse inductiecoÃ«fficiÃ«nt (afstand draad tot vierkant gegeven + lengte zijde vierkant).

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld. Leg, bij wijze van voorbeeld, de werking uit van een massaspectrometer of van een cyclotron.
# Bespreek de mogelijke polarisatietoestanden van em-straling (niet de methodes om tot polarisatie te komen)

Oefeningen:
# Condensator ( C= 17 microF) wordt een een onbekende batterij geschakeld en volledig opgeladen. Dan losgekoppeld. Er is aan arbeid 18,5J nodig om een bijkomende lading van 13,0 mC van de ene plaat naar de andere te verplaatsen. Bepaal emk van de batterij.
# spoel met 100 windingen wordt rond een metalen cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ² en mu r = 1. Er wordt een weerstand over de spoel geplaatste van 13 ohm. Er is een magneet veld die door de spoel loopt (parallel met de as). Dit magneetveld varieert gedurende een bepaalde tijd van 1,6T in de ene richting naar 1,6T in de andere richting. Hoeveel lading loopt er in die tijd door de weerstand.

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek een geleider in elektrostatisch evenwicht.
# Bespreek hoe men een oscillerende ... kan maken in een LC-kring. (LC-kring uitleggen dus)

Oefeningen:
# 2 draden in tegengestelde stroomzin, stroom neemt lineair toe van 0 naar 100A in 7s, bereken emk in de lus tussen die draden
# een ongepolariseerd licht kan worden opgedeeld in een deel gepolariseerd en een deel ongepolariseerd, intensiteiten mag je optellen, een polarisator wordt 360Â° gedraaid, men merkt dat op een bepaald punt de intensiteit 5 keer groter is, hoeveel procent is maakt de gepolariseerde golf uit?

===13 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de begrippen magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
# Bespreek de proef van Young.

Oefeningen:
# iets met een geleidende bol en daarrond een geleidende bolschil en dan een elektrisch veld gegeven en zo de lading op de bol berekenen.
#een kring gegeven met een X waarvan ge moet zeggen of het een condensator of weerstand of zelfinductie moet zijn, vergelijkingen van i en v gegeven. En dan ook nog zeggen of je de X kan vervangen door iets anders waardoor de amplitude hetzelfde blijft maar de i en v niet in fase zijn.

===13 jun 2008===
Theorie:
# Wat is het verschil in elektrische geleiding bij zuivere halfgeleiders en gedopeerde halfgeleiders. Leg uit de werking van pn-junctie
# Bespreek de LRC-keten

Oefeningen
# LC keten
# Fase verschil berekenen 2 gelijke golven die elk door een blokje gaan met andere lengte en brekingsindex

===9 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek wet Biot-Savart en gebruik om magneetveld rond oneindig lange draad met stroom af te leiden.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reÃ«el voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

Oefeningen:
# De ruimte tussen een condensator is helemaal gevuld met water. Water heeft een dipoolmoment 6.10*10^-30 Cm. De molaire massa van water is 18. De dichtheid is 1g/cm^3. Water heeft een di-elektrische constante van 80.
#* bepaal de geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid wanneer alle dipolen zich volgens E uitlijnen.
#* stel dat de geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid 1/1000 is van die hierboven, wat is dan het elektrisch veld?
# In een RLC-kring is de frequentie 1.73kHz. De amplitude van de spanning over de weerstand, de amplitude van de spanning over de condensator, de amplitude van de inductie en de amplitude van de bronspanning zijn allen gelijk. R = 700 ohm. Bepaal L en C.

===15 jun 2007===
Theorie:
# Bespreek magnetisch moment + richting van magnetisch moment in magneetveld
# Serie RLC keten bespreken

Oefeningen:
# Stroom van 27A in begin, straal eerste cirkel R, straal tweede cirkel 2r, r = 0.1m, en bereken magnetische inductie in punt P. Draad overal even dik en overal even grote soortelijke weerstand
# Tweede is kurkje drijft op water, hoe lang moet de naald zijn opdat het zichtbaar is boven water. Brekingsindex water=1.33, lucht=1 Afmetingen staan erbij.

===12 jun 2007===
Theorie:
# Leg uit: elektrische stroom, stroomdichtheid en leid de wet van Ohm af.
# De wet van AmpÃ¨re afleiden voor stationaire stromen en vertellen wat ge aan de basisformule moet veranderen als de stromen tijdsafhankelijk worden.

Oefeningen
# Berekenen hoeveel lading er door een weerstand gaat die aangesloten is op een geleidende lus die altijd maar kleiner en kleiner wordt. Loodrecht op de lus heerst er een magnetische inductie.
# Een typisch optica-vraagstukje: je hebt een schilderijtje en wil dat vastleggen op een gevoelige plaat, met een bolle lens met brandpunt= + 5 cm. Hoe ver moet het schilderijtje van de lens en hoe ver moet de lens van de gevoelige plaat.

Algemene Natuurkunde II

2017-01-16T19:20:43Z

Seppe vansteenkiste: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vervolgvak op Algemene natuurkunde I. Vanaf het academiejaar 2009-2010 gedoceerd door prof WÃ¼bbenhorst.('''Let dus op, de oudere vragen komen van prof. Janssen''') Het is geen jaarvak meer, enkel examen in januari dus. Het betreft een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding.

==Examenvragen==
=== '''16 januari 2017'''===
Theorie:
#RLC-keten
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
oefeningen:
#mica
#water in condensator
=== 18 januari 2016===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 NM===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 VM===
Theorie:
#laser
#magnetisatie en magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#mica plaatje
#RC keten V1, V2 en V3 bepalen plus tijd waarop V het gemiddelde is van 2&3

=== 14 januari 2016 ===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders (nog iets extra, we moesten nog een grafiek geven die in de slides staan maar niet in het boek: elektrische geleiding ifv temperatuur, maja dat was gewoon een bijvraag) + pn-junctie
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad

Oefeningen:
#2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
#er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?
(check oefeningen van examen 10 juni 2011)

===11 januari 2016===
Theorie:
#Wet van AmpÃ¨re (uitbreiding) en daarbij ook de B rond een gesloten kromme.
#RLC uitleggen

Oefeningen:
# Bol met bolschil errond en zo diffractie, door da scherm met 200 lijnen / mm en dan een vierkantje op het waarnemingsscherm. (welke golflengten gaan door da vierkantje?)
===16 januari 2015===
Theorie:
#magnetisatie
#LASER
Oefeningen:
#RC-keten en V1,V2,V3 bepalen
#mica

===15 januari 2015===
Theorie:
#Wet van AmpÃ¨re
#RLC in serie
Oefeningen:
#een bol en een bolschil, elektrisch veld en stralen gegeven en dan moest je de lading en de potentiaal aan het opp van de bol berekenen
#spleet, berekenen welke golflengtes er in het vierkant vallen

===12 januari 2015===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders + pn-junctie
#de wet van Biot-Savart en de oneindige rechte geleider afleiden.
Oefeningen:
#bolvormige condensator (V + C berekenen)
#lichtstralen van dezelfde golflengte die door 2 glasblokjes gaan, faseverschil berekenen.

===26 januari 2015===
Theorie:
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
#LRC-kring
Oefeningen:
#Water in condensator
#Micaplaatje

===20 januari 2014 voormiddag===
Theorie:
# Magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
#LASER

Oefeningen: exact zoals 10 juni 2013 (voormiddag)

=== 14 januari 2014 voormiddag ===
Exact hetzelfde examen als 14 juni 2013. Zelfs de oefeningen waren dezelfde.

=== 19 juni 2013 namiddag ===
Exact hetzelfde examen als 10 juni 2013 namiddag. Zelfs de oefeningen waren dezelfde

=== 14 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek de LRC kring

Oefeningen:
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water. Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cmÂ³ en een molaire massa van 18g. De diÃ«lektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid Ã©Ã©n duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

=== 11 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
# Leg uit, wet van AmpÃ¨re zowel tijds als niet tijdsafhankelijk.
# Leg RLC kring uit

Oefeningen:
# Gegeven een bol met een lading en daar rond een bolschil, samen zijn ze ongeladen maar elk apart bezitten ze een lading. Geef hiervoor de lading van de bol en zijn potentiaal aan zijn oppervlak. Gegeven zijn de stralen van de bollen en de grootte van het elektrische veld.
# Golflengten tussen 400 en 700nm worden op een diffractierooster gestuurd met 200 lijnen/mm. Waarnemingsscherm staat op 0.3m. Op dit scherm is op een afstand van 0.05m een gat geknipt, een vierkant met zijden 0.01m. Welke golflengten zullen door dit gat vallen?

=== 10 juni 2013 (namiddag)===
Theorie:
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad
#Wat is een virtueel beeld? Kan je dat vormen met een vlakken spiegel? Holle spiegel? Bolle spiegel? Welke omstandigheden?

Oefeningen:
#Dieje kubus (zie oude examenvragen)
#Iets met een RLC kring met uitzonderlijke omstandigheden, R gegeven, wat is de capaciteit en de inductie in de kring. Uitzondelijke omstandighede dus da de amplitude van uw weerstand = amplitude zelfinductie = amplitude condensator = amplitude van de bron, en ge had ook een frequentie gegeven

=== 10 juni 2013 (voormiddag)===
Theorie:
# Bespreek polarisatietechnieken (verstrooiing, dichroÃ¯sme etc...)
# Magnetisatie & magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval.
#*Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2)
#*Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3).
#*Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 12 juni 2012===
Theorie:
# Wet van Ampere bespreken voor stationaire en niet stationaire stromen
# RLC kring bespreken

Oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# ?

=== 11 juni 2012===
Exact dezelfde vragen als 27 juni 2011. Zelfs de waarden bij de oefeningen waren hetzelfde.

=== 27 juni 2011===
Theorie:
# Leg uit: magnetisatie en magnetische susceptibiliteit
# Bespreek de werking van een LASER

Oefeningen:
# Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. a) Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2). b) Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). c) Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
# We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 17 juni 2011 ===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
# Effectiefspanning uitleggen

=== 14 juni 2011 ===
Theorie:
# Geef wet van Biot-Savart en leid af voor een oneindig lange stroomvoerende draad
# Wat zijn mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling? (geen polarisatietechnieken)

Oefeningen:
# Een kring met een solenoÃ¯de met 35mH en een weerstand van 0,35 Ohm, aangesloten op een batterij van 12V. Wat is de magnetische energie die de batterij heeft na een lange tijd? Hoeveel vermogen moet het batterij dan nog leveren? Na hoeveel tijd is de energie half zo groot? Wa is dan het vermogen v.d. batterij en hoeveel procent vraagt het opwekken van magnetische arbeid dan?
# Een tweespleten systeem met lambda = 500nm, d = 0,150mm en a = 30,0Âµm. Hoe vaak komen maxima voor? (enzovoort)
=== 10 juni 2011 (voormiddag) ===
Theorie:
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reÃ«el voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# Je hebt een wisselspanningskring gegeven met V0 = 30,0V; omega = 314rad/s; I0=620mA ;en v=V0sin(omega*t-pi/4) en i=-I0cos(omega*t-pi/4). In de kring zit alleen nog een element X.
* identificeer dit element volledig
* door welk ander element kan je dit vervangen zodat de stroomamplitude gelijk blijft(de fase mag verschillen) en identificeer dat element. Je moet er maar 1 geven maar er zijn er 2 mogelijk.

=== 10 juni 2011 (namiddag) ===
Theorie:
# Bespreek de RLC-keten waarop een wisselspanning is aangesloten
# Wet van AmpÃ¨re uitleggen (stationair en niet-stationair) Hij zegt er ook bij dat het gaat om het magneetveld rond een gesloten kromme, dus juiste formule vinden niet moeilijk

Oefeningen:
# 2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
# er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

=== 11 juni 2010 ===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek alle mogelijke polarisatie-toestanden van een EM-golf, manieren om polarisatie te bekomen niet beschrijven.

Oefeningen:
# Men laadt een condensator met een capaciteit 17mF volledig op en men koppelt hem dan los van de bron. Hierna is er een arbeid van 18,5 joule nodig om een extra lading van 13 mC van de ene plaat van de condensator naar de andere over te brengen. Wat was de EMK van de bron?
# Een spoel van 100 windingen wordt rond een cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ². De cilinder is van een middenstof met Âµr = 1. Er wordt een magneetveld aangelegd van 1,6 T dat in de tijd omwisselt van de ene naar de andere richting maar altijd evenwijdig loopt met de symmetrieas van de spoel. Een weerstand van 13 Ohm wordt op de spoel aangesloten. Geef de lading die door deze weerstand stroomt.

=== 7 juni 2010 (WÃ¼bbenhorst dus) ===
Theorie:
# RLC-keten met wisselspanning uitleggen
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.

Oefeningen:
# over een solenoÃ¯de met een L en een R die verbonden zijn aan een batterij. L, R en V waren gegeven en men vroeg de energie van de spoel op t= oneindig en vermogen dat de batterij moest leven
# ging over 2 stralen door glas met 2 verschillende n, met uiteindelijk de vraag: wat is het faseverschil van de 2 stralen aan het scherm achter het doorlopen van het glas?

===22 augustus 2009===
Theorie:
#Bespreek Foucaultstromen
#Effectiefspanning en effectiefstroom uitleggen

Oefeningen:
(Iemand aub?)

===17 augustus 2009===
Theorie:
#Leid een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator
#Bespreek ferromagnetisme

Oefeningen:
#Een lading zit vast op een gegeven positie (x,y,z). Een andere lading beweegt van positie 1 (X1,Y1,Z1) naar 2 (X2,Y2,Z2). De ladingen zijn gegeven, de coordinaten ook. Hoeveel energie kost het om deze lading van positie 1 naar 2 te verplaatsen?
#Een oefening analoog aan weerkaatsing aan een zeepbel, of iets dergelijks. Opgave weet ik niet meer goed. (Iemand?)

===19 juni 2009===
Theorie:
# Vergelijk de gelijkstroom RC- en LR-kring.
# Bespreek alle mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling. Methoden om dit te bereiken hoeven niet besproken te worden.

Oefeningen:
# We beschouwen een niet geleidende plaat van grote afmetingen. Op de ene zijde staat een positieve oppervlaktelading, op de andere zijde een negatieve (getallen gegeven uiteraard). Een proton wordt op 1mm afstand van de plaat vanuit rust losgelaten. Wat is de snelheid op 2 mm van de plaat?
# Effectiefspanning berekenen adhv. een gegeven v(t)-curve.
:[[Bestand:driehoekspanning.gif]]

===12 juni 2009===
Theorie:
# LASER.
# Wederzijdse inductie en zelfinductie.
Oefeningen:
# ?
# ?

===12 juni 2009===
Theorie:
# Geef de wet van AmpÃ¨re voor stationaire stromen + voorbeeld. Leg uit welke aanpassing gedaan moet worden zodat deze wet ook geldig is voor tijdsafhankelijke stromen.
# Leg uit hoe men oscillerende .. kunt krijgen in een LC-kring.

Oefeningen:
# Een puntlading q bevindt zich op een afstand x op de middelloodlijn van een niet geleidende draad (2l) waar een homogeen verdeelde lading Q op zit. Wat is de kracht dat deze puntlading ondervindt?
# Zender op hoogte 70m, lengte van 1km en een ontvanger op hoogte x. Wat is kleinste x waar een maximum van straling invalt. Houd rekening met de rechtstreekse stralen en de gereflecteerde stralen op water.

===8 jun 2009===
Theorie:
# Leidt een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator.
# Wat wordt er bedoeld met magnetisatie? Leg uit: relatieve permeabileit en magnetische susceptibiteit.

Oefeningen:
# Twee spoelen staan of vaste afstand van elkaar. Door de ene spoel loopt een stroom van 1A en de flux erdoor is 0.010Wb. Indien men nu een stroom van 2A door de tweede spoel stuurt, bedraagt de flux door de eerste spoel 0.012Wb.
#* Bereken de magnetische flux door de 2de spoel, gegeven dat de zelfinductie ervan gelijk is aan 0.003 (iets in die aard).
#* Bereken de wederzijdse inductiecoefficient.
#* Bereken de zelfinductie van de eerste spoel.
# Een radiogolf zendmast in punt B staat op 20km afstand van huis H. De intensiteit in H wordt gegeven door een gekende I[sup]0[/sup]. Op 100m afstand van mast B bouwt men een 2de mast A, die een hoek <math>&\X\theta \widehat{B A H}</math> is 30Â° (geen idee hoeveel het juist was).
#* Bereken de intensiteit in H.
#:[[Bestand:ANII-8.6.2009-oef2.png]]

===8 jun 2009===
Theorie:
# Bespreek RC-filters.
# Bespreek diffractie bij een oneindig lange spleet en (beknopt) bij een rechthoekige spleet.

Oefeningen:
# Twee RC-kringen gegeven, constructie van vanalle condensatoren in serie en parallel; V en R gegeven bij de ene kring; stroom door beide spanningsbronnen is gelijk; bereken Vx en R van de andere kring.
# Oneindig lange draad en in hetzelfde vlak evenwijdig ermee een vierkant. Bereken de wederzijdse inductiecoÃ«fficiÃ«nt (afstand draad tot vierkant gegeven + lengte zijde vierkant).

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld. Leg, bij wijze van voorbeeld, de werking uit van een massaspectrometer of van een cyclotron.
# Bespreek de mogelijke polarisatietoestanden van em-straling (niet de methodes om tot polarisatie te komen)

Oefeningen:
# Condensator ( C= 17 microF) wordt een een onbekende batterij geschakeld en volledig opgeladen. Dan losgekoppeld. Er is aan arbeid 18,5J nodig om een bijkomende lading van 13,0 mC van de ene plaat naar de andere te verplaatsen. Bepaal emk van de batterij.
# spoel met 100 windingen wordt rond een metalen cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ² en mu r = 1. Er wordt een weerstand over de spoel geplaatste van 13 ohm. Er is een magneet veld die door de spoel loopt (parallel met de as). Dit magneetveld varieert gedurende een bepaalde tijd van 1,6T in de ene richting naar 1,6T in de andere richting. Hoeveel lading loopt er in die tijd door de weerstand.

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek een geleider in elektrostatisch evenwicht.
# Bespreek hoe men een oscillerende ... kan maken in een LC-kring. (LC-kring uitleggen dus)

Oefeningen:
# 2 draden in tegengestelde stroomzin, stroom neemt lineair toe van 0 naar 100A in 7s, bereken emk in de lus tussen die draden
# een ongepolariseerd licht kan worden opgedeeld in een deel gepolariseerd en een deel ongepolariseerd, intensiteiten mag je optellen, een polarisator wordt 360Â° gedraaid, men merkt dat op een bepaald punt de intensiteit 5 keer groter is, hoeveel procent is maakt de gepolariseerde golf uit?

===13 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de begrippen magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
# Bespreek de proef van Young.

Oefeningen:
# iets met een geleidende bol en daarrond een geleidende bolschil en dan een elektrisch veld gegeven en zo de lading op de bol berekenen.
#een kring gegeven met een X waarvan ge moet zeggen of het een condensator of weerstand of zelfinductie moet zijn, vergelijkingen van i en v gegeven. En dan ook nog zeggen of je de X kan vervangen door iets anders waardoor de amplitude hetzelfde blijft maar de i en v niet in fase zijn.

===13 jun 2008===
Theorie:
# Wat is het verschil in elektrische geleiding bij zuivere halfgeleiders en gedopeerde halfgeleiders. Leg uit de werking van pn-junctie
# Bespreek de LRC-keten

Oefeningen
# LC keten
# Fase verschil berekenen 2 gelijke golven die elk door een blokje gaan met andere lengte en brekingsindex

===9 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek wet Biot-Savart en gebruik om magneetveld rond oneindig lange draad met stroom af te leiden.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reÃ«el voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

Oefeningen:
# De ruimte tussen een condensator is helemaal gevuld met water. Water heeft een dipoolmoment 6.10*10^-30 Cm. De molaire massa van water is 18. De dichtheid is 1g/cm^3. Water heeft een di-elektrische constante van 80.
#* bepaal de geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid wanneer alle dipolen zich volgens E uitlijnen.
#* stel dat de geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid 1/1000 is van die hierboven, wat is dan het elektrisch veld?
# In een RLC-kring is de frequentie 1.73kHz. De amplitude van de spanning over de weerstand, de amplitude van de spanning over de condensator, de amplitude van de inductie en de amplitude van de bronspanning zijn allen gelijk. R = 700 ohm. Bepaal L en C.

===15 jun 2007===
Theorie:
# Bespreek magnetisch moment + richting van magnetisch moment in magneetveld
# Serie RLC keten bespreken

Oefeningen:
# Stroom van 27A in begin, straal eerste cirkel R, straal tweede cirkel 2r, r = 0.1m, en bereken magnetische inductie in punt P. Draad overal even dik en overal even grote soortelijke weerstand
# Tweede is kurkje drijft op water, hoe lang moet de naald zijn opdat het zichtbaar is boven water. Brekingsindex water=1.33, lucht=1 Afmetingen staan erbij.

===12 jun 2007===
Theorie:
# Leg uit: elektrische stroom, stroomdichtheid en leid de wet van Ohm af.
# De wet van AmpÃ¨re afleiden voor stationaire stromen en vertellen wat ge aan de basisformule moet veranderen als de stromen tijdsafhankelijk worden.

Oefeningen
# Berekenen hoeveel lading er door een weerstand gaat die aangesloten is op een geleidende lus die altijd maar kleiner en kleiner wordt. Loodrecht op de lus heerst er een magnetische inductie.
# Een typisch optica-vraagstukje: je hebt een schilderijtje en wil dat vastleggen op een gevoelige plaat, met een bolle lens met brandpunt= + 5 cm. Hoe ver moet het schilderijtje van de lens en hoe ver moet de lens van de gevoelige plaat.