https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Siene.swinnen Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl] 2026-07-28T08:22:33Z Gebruikersbijdragen MediaWiki 1.43.0 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Laboratory_Animal_Sciences&diff=2015 Laboratory Animal Sciences 2020-01-24T15:10:18Z <p>Siene.swinnen: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie ==<br /> <br /> Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, farmacie, BMW, bio-ingenieurs studenten). <br /> Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat (=FELASA B) waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf was mondeling (dit was vroeger zo, dat zie je aan de oudere examenvragen). Nu is het examen volledig schriftelijk. De vragen staan in Nederlands en Engels geschreven. Er wordt verwacht dat de antwoorden in het Engels geformuleerd worden.<br /> <br /> Het examen vindt plaats in een grote aula en sinds het schriftelijk wordt afgenomen, zijn er per examenmoment twee verschillende examenversies. Elke even rij krijgt dezelfde vragen en elke oneven rij krijgt dezelfde vragenreeks.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> === 24 januari 2020 (NM) ===<br /> #What are the factors which determine the needed nutrients in animal food?<br /> #How can you check if an animal is under enough anaesthesia for a chirurgic procedure?<br /> #Given: code for a kind of stem. Explain this type.<br /> #Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?<br /> #What can decrease blood loss during a chirurgic procedure? How can you provide good post-operative care for a lab animal?<br /> <br /> === 25 januari 2019 (NM) ===<br /> Schriftelijk<br /> Leg uit:<br /> #*Harderian gland<br /> #*Orbitapuncture<br /> #*Bruce effect<br /> #*Gavage<br /> #Leg uit in detail: F1-hybride<br /> #Leg uit in detail lokale anesthesie<br /> #Leg uit in detail: Natuurlijk voeder<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg ze elk kort uit<br /> <br /> === 25 januari 2019 ===<br /> Begrippen:<br /> #isolator<br /> #3 R’s<br /> #zoonose<br /> #lee-boot effect<br /> <br /> Grote vragen<br /> #Consomic strain<br /> #Geef alle mogelijke analgesia en bespreek hun neveneffecten<br /> #Welke infectie oorzaken zijn er? Hoe kan je deze vermijden?<br /> #Effect van stress op behaviour<br /> <br /> === 31 januari 2018 versie A ===<br /> Schriftelijk<br /> #Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? <br /> #Leg uit: premedicatie en sedatie<br /> #Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?<br /> <br /> ===31 januari 2018 versie B===<br /> Schriftelijk<br /> #Leg uit:<br /> #*Whitten effect<br /> #*3 R's<br /> #*isolator<br /> #*Zoonose<br /> #Welke effecten kan stress hebben op gedrag?<br /> #Leg uit (in detail): F1 hybride<br /> #Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?<br /> <br /> ===16 januari 2018===<br /> Schriftelijk<br /> #Leg uit:<br /> #*Harderian gland<br /> #*Orbitapuncture<br /> #*Bruce effect<br /> #*Gavage<br /> #Leg uit in detail: congene stam<br /> #Uitleggen lokale anesthesie<br /> #Uitleggen natuurlijk voeder<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg kort uit.<br /> <br /> === 1 februari 2017 (versie A)===<br /> #Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? <br /> #Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld<br /> #Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?<br /> <br /> <br /> ===1 februari 2017 (versie B)===<br /> #Leg uit:<br /> #*Whitten effect<br /> #*3 R's<br /> #*isolator<br /> #*Zoonose<br /> #Welke effecten kan stress hebben op gedrag?<br /> #Leg uit (in detail): Congene stam<br /> #Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?<br /> <br /> ===17 januari 2017===<br /> #Leg uit:<br /> #*Harderian gland<br /> #*Orbitapuncture<br /> #*Bruce effect<br /> #*?<br /> #Leg uit F1 hybriden in muizen<br /> #Uitleggen Lokale anesthesie<br /> #Uitleggen natuurlijk voeder<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?<br /> <br /> ===13 januari 2016===<br /> #Leg uit:<br /> #*whittin effect<br /> #*co isogene stam<br /> #*isolator<br /> #*zoonose en voorbeeld<br /> #bespreek gasanesthesie<br /> #welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?<br /> #effect van stress op gedrag<br /> #de 3R's en telkens 1 voorbeeld<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> #Geef definitie proefdier en dierproef<br /> #Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk? <br /> #Leg uit: congene stam =&amp;gt; Bijvraag: hoe geef je de naam hiervan weer (schrijfwijze)<br /> #Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?<br /> #Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?<br /> #Extra bijvraag: Geef de 3 R's.<br /> <br /> === 22 jan 2015 (nm)===<br /> # Leg uit<br /> #* Bruce effect<br /> #* Gavage<br /> #* IVC<br /> # Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> # Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.<br /> # Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?<br /> <br /> === 14 jan 2015 (nm)===<br /> # Definitie proefdier, definitie dierproef<br /> # Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?<br /> # Bespreek outbred stam.<br /> # Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?<br /> # Bespreek alpha-adrenergic agonists.<br /> <br /> === 13 jan 2014 (vm) ===<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> # Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?<br /> # Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?<br /> # Welke factoren bepalen de nutriëntenbehoeften behoefte van proefdieren?<br /> # Bespreek: hypnotische stoffen <br /> # Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?<br /> # Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?<br /> <br /> === 17 jan 2013 (nm) ===<br /> ==== reeks 1====<br /> <br /> # Bespreek inteeltstam<br /> # Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?<br /> # Hoe preventief allergieen vermijden?<br /> # Wat is enrichment?<br /> # Geef voorbeelden en stress bij een dier. <br /> <br /> Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]<br /> <br /> ==== reeks 2 ====<br /> <br /> # Leg uit:<br /> #*IVC<br /> #*chimeer<br /> #*zoocentrisme<br /> #*...<br /> #Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.<br /> #Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?<br /> #Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.<br /> <br /> ==== reeks 3 ====<br /> <br /> #Leg uit:<br /> #*Bruce effect<br /> #*Isolator<br /> #*Isogene stam<br /> #*Antropocentrisme<br /> #Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.<br /> #Leg uit: Lokale anaesthesie<br /> #Leg uit: A2-Faciliteit<br /> #Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.<br /> <br /> === 17 jan 2012 (vm) ===<br /> <br /> # Geef de definitie van een &amp;quot;proefdier&amp;quot; en een &amp;quot;dierproef&amp;quot;<br /> # Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine? <br /> # Bespreek: congene stam<br /> # Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?<br /> # Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?<br /> <br /> === 18 jan 2011 ===<br /> <br /> # leg uit: <br /> #* Co-isogenic strain<br /> #* Whitten effect<br /> #* Isolator<br /> #* zoönose<br /> # Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)<br /> # Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)<br /> # Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?<br /> # Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.<br /> <br /> === 19 jan 2010 ===<br /> <br /> # leg uit: <br /> #* de 3R's<br /> #* Whitten effect<br /> #* gaveren<br /> #* zoönose<br /> # bespreek lokale anaesthesie<br /> # bespreek F1 hybride<br /> # Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?<br /> # de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.<br /> <br /> <br /> === 12 jan 2010 ===<br /> <br /> # Factoren die nutriëntenbehoeften bepalen?<br /> # Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?<br /> # Invloed van licht en geluid op proefdieren?<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?<br /> # Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?<br /> # Bijvraag: 3 R's</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Laboratory_Animal_Sciences&diff=2014 Laboratory Animal Sciences 2020-01-24T14:59:34Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie ==<br /> <br /> Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, BMW, bio-ingenieurs studenten). <br /> Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf was mondeling. Nu ios het examen volledig schriftelijk. <br /> <br /> Vragen staan in Nederlands en Engels geschreven. Er wordt verwacht dat de antwoorden in het Engels geformuleerd worden.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> === 24 januari 2020 (NM) ===<br /> #What are the factors which determine the needed nutrients in animal food?<br /> #How can you check if an animal is under enough anaesthesia for a chirurgic procedure?<br /> #Given: code for a kind of stem. Explain this type.<br /> #Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?<br /> #What can decrease blood loss during a chirurgic procedure? How can you provide good post-operative care for a lab animal?<br /> <br /> === 25 januari 2019 (NM) ===<br /> Schriftelijk<br /> Leg uit:<br /> #*Harderian gland<br /> #*Orbitapuncture<br /> #*Bruce effect<br /> #*Gavage<br /> #Leg uit in detail: F1-hybride<br /> #Leg uit in detail lokale anesthesie<br /> #Leg uit in detail: Natuurlijk voeder<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg ze elk kort uit<br /> <br /> === 25 januari 2019 ===<br /> Begrippen:<br /> #isolator<br /> #3 R’s<br /> #zoonose<br /> #lee-boot effect<br /> <br /> Grote vragen<br /> #Consomic strain<br /> #Geef alle mogelijke analgesia en bespreek hun neveneffecten<br /> #Welke infectie oorzaken zijn er? Hoe kan je deze vermijden?<br /> #Effect van stress op behaviour<br /> <br /> === 31 januari 2018 versie A ===<br /> Schriftelijk<br /> #Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? <br /> #Leg uit: premedicatie en sedatie<br /> #Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?<br /> <br /> ===31 januari 2018 versie B===<br /> Schriftelijk<br /> #Leg uit:<br /> #*Whitten effect<br /> #*3 R's<br /> #*isolator<br /> #*Zoonose<br /> #Welke effecten kan stress hebben op gedrag?<br /> #Leg uit (in detail): F1 hybride<br /> #Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?<br /> <br /> ===16 januari 2018===<br /> Schriftelijk<br /> #Leg uit:<br /> #*Harderian gland<br /> #*Orbitapuncture<br /> #*Bruce effect<br /> #*Gavage<br /> #Leg uit in detail: congene stam<br /> #Uitleggen lokale anesthesie<br /> #Uitleggen natuurlijk voeder<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg kort uit.<br /> <br /> === 1 februari 2017 (versie A)===<br /> #Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? <br /> #Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld<br /> #Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?<br /> <br /> <br /> ===1 februari 2017 (versie B)===<br /> #Leg uit:<br /> #*Whitten effect<br /> #*3 R's<br /> #*isolator<br /> #*Zoonose<br /> #Welke effecten kan stress hebben op gedrag?<br /> #Leg uit (in detail): Congene stam<br /> #Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?<br /> <br /> ===17 januari 2017===<br /> #Leg uit:<br /> #*Harderian gland<br /> #*Orbitapuncture<br /> #*Bruce effect<br /> #*?<br /> #Leg uit F1 hybriden in muizen<br /> #Uitleggen Lokale anesthesie<br /> #Uitleggen natuurlijk voeder<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?<br /> <br /> ===13 januari 2016===<br /> #Leg uit:<br /> #*whittin effect<br /> #*co isogene stam<br /> #*isolator<br /> #*zoonose en voorbeeld<br /> #bespreek gasanesthesie<br /> #welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?<br /> #effect van stress op gedrag<br /> #de 3R's en telkens 1 voorbeeld<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> #Geef definitie proefdier en dierproef<br /> #Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk? <br /> #Leg uit: congene stam =&amp;gt; Bijvraag: hoe geef je de naam hiervan weer (schrijfwijze)<br /> #Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?<br /> #Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?<br /> #Extra bijvraag: Geef de 3 R's.<br /> <br /> === 22 jan 2015 (nm)===<br /> # Leg uit<br /> #* Bruce effect<br /> #* Gavage<br /> #* IVC<br /> # Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> # Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.<br /> # Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?<br /> <br /> === 14 jan 2015 (nm)===<br /> # Definitie proefdier, definitie dierproef<br /> # Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?<br /> # Bespreek outbred stam.<br /> # Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?<br /> # Bespreek alpha-adrenergic agonists.<br /> <br /> === 13 jan 2014 (vm) ===<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> # Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?<br /> # Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?<br /> # Welke factoren bepalen de nutriëntenbehoeften behoefte van proefdieren?<br /> # Bespreek: hypnotische stoffen <br /> # Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?<br /> # Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?<br /> <br /> === 17 jan 2013 (nm) ===<br /> ==== reeks 1====<br /> <br /> # Bespreek inteeltstam<br /> # Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?<br /> # Hoe preventief allergieen vermijden?<br /> # Wat is enrichment?<br /> # Geef voorbeelden en stress bij een dier. <br /> <br /> Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]<br /> <br /> ==== reeks 2 ====<br /> <br /> # Leg uit:<br /> #*IVC<br /> #*chimeer<br /> #*zoocentrisme<br /> #*...<br /> #Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.<br /> #Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?<br /> #Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.<br /> <br /> ==== reeks 3 ====<br /> <br /> #Leg uit:<br /> #*Bruce effect<br /> #*Isolator<br /> #*Isogene stam<br /> #*Antropocentrisme<br /> #Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.<br /> #Leg uit: Lokale anaesthesie<br /> #Leg uit: A2-Faciliteit<br /> #Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.<br /> <br /> === 17 jan 2012 (vm) ===<br /> <br /> # Geef de definitie van een &amp;quot;proefdier&amp;quot; en een &amp;quot;dierproef&amp;quot;<br /> # Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine? <br /> # Bespreek: congene stam<br /> # Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?<br /> # Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?<br /> <br /> === 18 jan 2011 ===<br /> <br /> # leg uit: <br /> #* Co-isogenic strain<br /> #* Whitten effect<br /> #* Isolator<br /> #* zoönose<br /> # Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)<br /> # Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)<br /> # Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?<br /> # Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.<br /> <br /> === 19 jan 2010 ===<br /> <br /> # leg uit: <br /> #* de 3R's<br /> #* Whitten effect<br /> #* gaveren<br /> #* zoönose<br /> # bespreek lokale anaesthesie<br /> # bespreek F1 hybride<br /> # Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?<br /> # de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.<br /> <br /> <br /> === 12 jan 2010 ===<br /> <br /> # Factoren die nutriëntenbehoeften bepalen?<br /> # Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?<br /> # Invloed van licht en geluid op proefdieren?<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?<br /> # Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?<br /> # Bijvraag: 3 R's</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Statistiek_%26_Data-analyse&diff=1909 Statistiek & Data-analyse 2020-01-17T10:18:41Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===17 januari 2019 (voormiddag)===<br /> #2 groepen van mails (spam &amp; geen spam. Kans dat een mail spam is, is 0,5. In een spammail zijn er bepaalde kansen dat het woord 'geen spam', het woord 'garantie en nog een woord (maar dat ben ik vergeten) en gegeven is de kans dat het woord 'garantie' en het laatste woord in dezelfde e-mail staan en analoog voor 'geen spam' met andere kansen (zelfde woorden).<br /> #*Bereken: Wat is de kans dat je mail spam is als het woord 'geen spam' in je mail voorkomt.<br /> #*Bereken: De kans dat het woord 'garantie' alleen in een mail voorkomt (zonder het derde woord en zonder 'geen spam').<br /> #Vergeten<br /> #Vergeten<br /> #Vergeten<br /> #Proportietest. Zelf P-waarde kunnen aanduiden op de normaal-curve. Het betrouwbaarheidsinterval uitrekenen.<br /> #Waardes aflezen uit een R-script (bv. gemiddelde, ...) van een F-test. Vanuit deze waardes testen of de gemiddeldes van de 2 groepen gelijk zijn.<br /> #Gegeven anova-tabel aanvullen (zie oefenzitting)<br /> <br /> ===28 januari 2019===<br /> #Bewijs dat S² een onvertekende schatter is van sigma².<br /> #*Betekend dit dat S ook een overtekende schatter is van sigma? Verklaar kort.<br /> #Oefening over bivariate variabelen, oa. covariantie berekenen en zeggen of X en Y onafhankelijk zijn + verklaar.<br /> #Een deel van het Lam gods was gestolen vroeger en enkele jaren geleden is het teruggevonden. De kans dat het om een authentiek deel gaat is 70%. 2 experts bekijken dit om na te gaan of het om een authentiek deel gaat of niet. De 1ste expert is correct in 80% van de gevallen en de 2de expert in 90% van de gevallen.<br /> #*Wat is de kans dat de 1ste expert zegt dat het om een authentiek deel gaat en de 2de expert zegt dat het om een vals deel gaat.<br /> #*Wat is de kans dat het schilderij echt is als de 1ste expert zegt dat het om een authentiek deel gaat en de 2de expert zegt dat het om een vals deel gaat.<br /> #Een bepaald soort hond wordt geboren in 1 kleur maar tegen dat het volwassen is, heeft het witte vlekken gekregen. 98% van de volwassen honden hebben een witte punt aan hun staart. Er zijn net 12 pups geboren.<br /> #*Wat is de kans dat hoogstens 10 van de 12 pups, later een witte punt aan hun staart gaan hebben?<br /> #*Als er 1300 pups geboren worden, wat is de kans dat minstens 1280 pups later een witte punt aan hun staart krijgen?<br /> #Het koopgedrag is onderzocht tijdens de feestperiode. Er is een gemiddelde en standaarddeviatie gegeven. Kan men besluiten, met een hypothesetest, of het gemiddelde uitgegeven bedrag minder dan 50 euro is.<br /> #Nog iets...<br /> #Anova script gegeven, zoals in de oefeningen de lege plaatsen opvullen. Regressievergelijking opstellen, hypothesetest of een regressie zinvol is. R² berekenen. Aantonen met een hypothesetest of er een monotoon verband is tussen X en Y.<br /> <br /> ===19 JANUARI 2018===<br /> #* Bewijs de geheugenloosheid van de exponentiële verdeling.<br /> #* Bewijs E[k(x)l(y)] waarbij x en y onafhankelijk en continu zijn.<br /> #* Bereken E[(x)(y^2)] waarbij x exponentieel verdeeld is met verwachte waarde 0.5 en y~N<br /> # De kans dat Anke naar statestiek gaat is 0.8 en de kans dat Bruno naar statestiek gaat is 0.6.<br /> #* Bereken de kans dat minstens 1 van de 2 naar statestiek gaat wanneer deze variabelen onafhankelijk zijn.<br /> #* De veriabelen zijn toch afhankelijk. De kans dat Anke aanwezig is en Bruno niet is 0.65. Bereken de kans dat Anke niet aanwezig is als gegeven dat Bruno aanwezig is.<br /> #* Er zijn dubbel zoveel hoorcolleges dan oefenzittingen. Wat is de kans dat je willekeurig naar statestiek gaat en dit een hoorcollege is?<br /> #* Bruno gaat naar elke oefenzitting. Wat is de kans dat hij aanwezig is tijdens een hoorcollege?<br /> # Y-X is bivariaat normaal verdeeld met X de lengte van vrouwen in cm en Y de lengte van mannen in cm. Het gemiddelde van X is 165 en van Y is 175. Ze hebben beiden een variantie van 4 en de covariantie is 8.<br /> #* Welke verdeling is dit? Bereken het gemiddelde en de variantie van de verschilfunctie.<br /> #* Bereken de kans dat in een willekeurig koppel de vrouw groter is dan de man.<br /> #* Bereken de kans dat in een willekeurig koppel de man en de vrouw groter zijn 170 cm.<br /> # Een experiment wordt een 27 keer herhaald. Er is een gemiddelde en een standaardafwijking gegeven. <br /> #* Bereken het betrouwbaarheidsinterval met alfa=0.05 en welke voorwaarden gelden er?<br /> #* Bereken het betrouwbaarheidsinterval in het geval de standaardafwijking onbekend is en leg uit of dit breder wordt.<br /> #* Bereken het betrouwbaarheidsinterval met alfa=0.01.<br /> #* Hoevaak moet het experiment herhaald worden om een maximale foutenmarge van 0.001 te bekomen?<br /> # 20 Cavia's krijgen 0.5 mg Calcium toegevoegd en 20 andere cavia's krijgen 2 mg Calcium toegediend.<br /> #* Test of de hoeveelheid Calcium een invloed heeft op de lengte van de tanden waarvoor een gemiddelde en variantie voor beiden groepen gegeven is. Hier moet een volldedige hypothesetest uitgevoerd worden. <br /> # Een examen bestaat uit 10 meerkeuzenvragen met 3 opties waarvan er telkens 1 juist is.<br /> #* Wanneer je elke vraag gokt is de kans om te slagen gelijk aan 0.2131, toon dit aan.<br /> #* Bepaal deze kans ook benaderend met een discrete verdeling en verklaar of dit een goede benadering is.<br /> #* 200 studenten gokken bij elke vraag. Bereken de kans dat er strikt meer dan 50 geslaagd zijn.<br /> # Er is een ANOVA-script gegeven.<br /> #* Bepaal de regressierechte. Voor alfa was de t-waarde en de standaard fout gegeven. Voor beta niet, dit moest volgens mij met het gemiddelde van x en y die wel gegeven waren.<br /> #* Test of dit een zinvolle regressierechte is met berekening teststatistiek, P-waarde en besluit.<br /> #* R^2 berekenen en uitleggen.<br /> #* Y berekenen met x=90.<br /> <br /> ===20 JANUARI 2017===<br /> # eerste vraag waren 4 juist/fout vragen <br /> #* als X en Y normaal verdeeld zijn, is de som dan altijd normaal verdeeld<br /> #* iets me benadering van steekproefgem en populatiegem<br /> #* iets me E(X) of da bij toevalsvariabele gelijk is aan het gem <br /> #* ... weet ik ni meer exact, ge moet gewoon juist of fout aanduiden, ni uitleggen<br /> # tweede vraag waren twee bewijzen (me Var(a+bX+cY) en E(a+bX+cY) en dan altijd zo bijvragen van a-e zo Var en E uitrekenen en mediaan berekenen, cumulatieve frequentie tekenen.. en dan iets me X+Y en kansen daarvan berekenen beetje vaag haha<br /> # dan twee vragen op kansen ook met altijd zo deelvraagjes, eerste was over dat er verschillende sets van 20 stuks zijn en ge ga na hoeveel defecte er zijn, ge hebt enkele gegevens gegeven vb. Kans op geen defecte elementen in uw set van 20 is 70%, kans op juist 1 defect element is 20% enz. Daar dan allemaal kans vragen op, vb. Wat is de kans da als ge willekeurig een lot van 20 neemt, en ge weet da er exact 1 defect is, wa is dan de kans da als ge er twee willekeurige uitneemt da die ni defect zijn enzovoort.. <br /> # Dan een kansoefening met een kind da 10 keer me een dobbelsteen mag gooien en elke keer als die 6 gooit krijgt die een cadeau, wa is dan de kans da die meer als 3 cadeaus krijgt enzovoort, welke kansverdeling is da en bereken ook benaderend en zo van die deelvragen, ook nog als ze die traditie 35 jaar zouden doen en die jongen mag elke keer gooien op zijn bday wa is dan de kans da die meer dan 55 cadeaus krijgt<br /> # en dan nog twee hypothesetesten waarvan ene met R output. De ene vraag was over herseninhoud, ze willen zien of de herseninhoud van een 75 jarige persoon gekropen is tov een 25 jarige persoon, ge hebt dan een lijst gekregen me gegevens en een R output waarin t waarde, P waarde, df ontbreken en aan de hand van die output moet ge dan dingen berekenen mbv hypothesetesten, ook output van een betrouwbaarheidsinterval en da interpreteren. De andere ging over het feit da er ooit gezegd is geweest da er dobbelstenen bestaan die &quot;niet gelijk&quot; zijn dus die ni eerlijk zijn, ge krijg een tabel me kansen en moet dan hypothesetesten uitvoeren om te zien of die dobbesltaan vervalst was of ni, weer Teststatistiek opstellen, testwaarde berekenen, interpreteren... en dan een tabel me ietske andere waardes van die dobbelstaan me de vraag of die P waarde dan hetzelfde blijft<br /> # en nog een oefening over laatste hoofdstuk met die lineaire regressie ook me allemaal deelvraagjes ; de lineaire regressie opstellen en dan s^2 uitrekenen, ge hebt sx sy sxy enzo gegeven, en dan moet ge daar hypothese en teststatistiek ook doen dacht ik (bij elke hypothesetest vraagt ze teststatistiek, testwaarde , P waarde interpreteren etc) en dan geeft ze ook nog een R^2 waarde die ge moet interpreteren..<br /> Ik denk da het zoiets ongeveer was haha, en ge had 3u30min tijd :)<br /> <br /> ===15 januari 2016===<br /> #Juist/fout, Var(bx)=b²Var(x) aantonen<br /> #rekenen met kansen<br /> #Exponentiele verdeling, laptop heeft een gemiddelde leeftijd van 4 jaar, geef verdelingsfunctie, bepaal kans dat laptop langer leeft...<br /> #Hypothesetesten<br /> #R script van ANOVA tabel, ontbrekende waardes aanvullen<br /> <br /> ===6 januari 2015===<br /> #Beschouw twee toevalsvariabele X en Y = g(X) met g een monotone functie dan is:<br /> ##E(Y) = g (E (X)) ?<br /> ##Med(Y) = g ( Med (X)) ?<br /> ##Med(Y) = g( E (X)) ?<br /> ##IQR (Y) = g (IQR (X)) ?<br /> #In Vlaanderen verspreid de groothandel 2000 porties everzwijnsvlees over 15 restaurants. Neem aan dat exact 11 porties hiervan besmet zijn met een virus. In leuven leverde de groothandel 250 (onafh.) porties vlees:<br /> ##hoeveel besmette porties vlees verwacht men in Leuven?<br /> ##Hoe groot is de kans dat minstens 2 porties vlees in Leuven besmet zijn met het virus?<br /> ###Bereken deze kans exact<br /> ###Bereken een benadering van deze kans<br /> ###Is de benaderde kans die je vond een goede benadering voor de kans die je vond? Waarom wel/niet?<br /> #Mannelijke radiologen worden blootgesteld aan straling. Onderzoekers beweren dat deze frequente blootstelling de kans op mannelijke nakomelingen zou beïnvloeden. Uit een studie van 31 radiologen, bleek dat 30 van de 87 nakomelingen mannen waren. Kan je op basis van deze studie besluiten dat een frequente blootstelling aan straling een significante invloed heeft op de kans op mannelijke nakomelingen voor een man? α = 0.05, normale omstandigheden de kans op mannelijke omstandigheden 50% bedraagt.<br /> ##Formuleer een geschikte H0 en H1 op deze vraag<br /> ##Geef de teststatistiek, de (benaderde) verdeling ervan onder H0 en de testwaarde voor deze steekproef.<br /> ##Bereken de (benaderde) P-waarde. Geef de formule en de waarde ervan in deze steekproef.<br /> ##Formuleer een zo volledig mogelijk besluit op basis van de P-waarde.<br /> ##Bepaal ook het 98% BI voor de kans op mannelijke nakomelingen. Wat besluit je?<br /> ##Wat is de betekenis van een type 2 fout bij deze hypothese test in deze situatie?<br /> ##R-script gegeven met ontbrekende gegevens. Deze worden gevraagd + andere vraagjes<br /> <br /> ===25 januari 2016 (VM)===<br /> Hier missen nog bijna gegarandeerd enkele deelvraagjes, dus als je dit examen ook gemaakt hebt (en je weet er nog iets van), vul dan aan a.u.b.<br /> #Enkele vragen i.v.m. verdelingen, hun kenmerken, proporties en kansen.<br /> #Zij (X, Y) een bivariate normaalverdeling met mu = (2, 2) en sigma = ((1, 0.4), (0.4, 1)). Is dan Var(2X - Y) = 3.4?<br /> #Zij X een continu verdeelde variabele met frequentie f(x). Zij a en b reëele getallen, bewijs dan dat: E(a + bX) = a + b*E(X) en Var(a + bX) = b^2 * E(X)<br /> #We hebben thuis een alarm geïnstalleerd. Bij inbraak gaat het met 96% zekerheid af, maar op andere nachten is er ook een kans van 0.3% dat het afgaat vanwege storingen. In onze buurt is er een kans van 3% dat er op een gegeven nacht in een gegeven huis wordt ingebroken. Vannacht gaat het alarm af, hoe groot is de kans dat er werkelijk een inbraak is?<br /> #Gegeven: een 2x3 relatieve frequentietabel. Aan de ene kant: mannen en vrouwen, aan de andere kant of de groep een slecht, middelmatig of goed oriëntatievermogen heeft. Rij van de mannen = (1/10, 1/20, 1/2), rij van de vrouwen = (1/5, 1/10, 1/20). Waar of fout:<br /> ##De kans dat een willekeurige vrouw een goed oriëntatievermogen heeft is 1/7.<br /> ##De verwachte waarde voor mannen en vrouwen zijn gelijk.<br /> #Gegeven: de gemiddelde Belgische vrouw heeft een lengte van 168.1cm, met een standaardafwijking van 5.3cm.<br /> ##Clara is 180.3cm groot. Hoeveel percent van de Belgische vrouwen is kleiner dan Clara?<br /> ##Stella is kleiner dan 95% van de Belgische vrouwen. Wat is haar maximale hoogte?<br /> ##Hier aan de faculteit zijn er 354 vrouwen. Hoe groot is de kans dat exact twee vrouwen kleiner zijn dan haar (neem hiervoor Stellas maximale mogelijke lengte). Bereken deze exact.<br /> ##Bereken de kans op benaderende wijze. Is dit een goede benadering?<br /> #Gegeven: de uitslagen van de verkiezingen van mei 2014 en een peiling van 2013. Beiden zijn lijsten van zeven partijen en &amp;quot;Overige&amp;quot;, elk met een corresponderend percentage. Bepaal op significantieniveau 0.05 of deze peiling de verkiezingsresultaten kan voorstellen.<br /> ##Kies gepaste hypothesen voor je test uit te voeren.<br /> ##Geef de teststatistiek, verdeling en testwaarde van je test.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Vorm een besluit.<br /> #In een fabriek worden er dagelijks 5000 dozen pralines geproduceerd. Elke doos beweert 250g te wegen. Een nieuwe kwaliteitscontroleur (&amp;quot;een jonge snaak&amp;quot; zoals zij het verwoordden) neemt op een dag lukraak 20 dozen uit de productie voor inspectie. Het gemiddelde van deze steekproef is 243.7g met een variantie van 6.91 g^2. Test op significantieniveau 0.05 of de fabriek systematisch te lichte dozen maakt.<br /> #Kies gepaste hypothesen voor je test uit te voeren.<br /> ##Geef de teststatistiek, verdeling en testwaarde van je test.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Vorm een besluit.<br /> #Geef het 95%-betrouwbaarheidsinterval voor het gemiddelde van de dagproductie. Geef de definitie van het 95%- betrouwbaarheidsinterval en leg uit wat dit concreet betekent in deze situatie.<br /> #Leg uit wat een type-I en type-II fout concreet betekenen in deze situatie.<br /> #Gegeven: output van summary en anova in R.<br /> ##Vul aan: SSM, MSM, MSE, F-waarde, P(F &amp;gt; f) en voor de slope: t-waarde en P(T &amp;gt; t).<br /> ##Voer een hypothesetest uit omtrent H0: alfa = 0 versus H1: alfa != 0<br /> ##Geef de regressierechte.<br /> ##Geef R^2 en leg uit wat deze waarde betekent.<br /> ===26 Januari 2015 (nieuwe prof?) ===<br /> #Duid aan welke stellingen kloppen en verantwoord: Van een kwantielplot kan je aflezen of:<br /> ##2 variabelen afhankelijk zij van elkaar.<br /> ##er een lineair verband is tussen 2 variabelen<br /> ##een variabale uit een bepaalde verdeling komt<br /> ##2 variabelen bivariaat normaal verdeeld zijn<br /> #Duid aan welke stellingen kloppen en verantwoord: Indien (X,Y) bivariaatnormaal verdeelde toevalsvariabelen met populatiecorrelatiecoëfficiënt p en:<br /> ##H0: p=0 vs H1:p=/=0<br /> ##Een p-waarde &amp;lt;alfa oplevert kan je op significantieniveau alfa:<br /> ##besluiten dat er een lineair verband is tussen X en Y, mogelijks monitoon<br /> ##besluiten dat er een monotoon verband is tussen X en Y<br /> ##niet verwerpen dat er een lineair verband is tussen X en Y, mogelijks lieair<br /> ##niet verwerpen dat er een monotoon verband tussen X en Y.<br /> #Levensduur van een laptop is exponentieel verdeeld. Verwacht wordt dat een laptop 3 jaar meegaat. Kans dat een laptop langers dan 3jaar meegaat voor een voorzichtige student is 55%, voor een slordige student is dit 30%.<br /> ##Toon aan dat de kans dat een laptop langer als 3jaar meegaat, zonder rekening te houden met voorzichtigheid = 36.79%<br /> ##Hoeveel % van de studenten is slordig?<br /> ##Jan heeft 3 jaar zijn laptop, wat is de kans dat hij er voorzichtig mee omgaat?<br /> #Het aantal vogels dat voederplaatsen bezoekt wordt verwacht op 35 door Natuurpunt. Dit jaar werden in 100 tuinen gemiddeld 41 vogels per tuin waargenomen met een standaarddeviatie van 24. Is het gemiddeld aantal vogels per tuin dit jaar groter dan verwacht door Natuurpunt?<br /> ##H0 en H1?<br /> ##Welke teststatistiek gebruik je? Wat is de verdeling ervan onder H0?<br /> ##Welke veronderstellingen maak je om deze test te mogen uitvoeren?<br /> ##Bereken de testwaarde<br /> ##Bereken de (benaderende) p-waarde, geef de formule en de (benaderende) waarde ervan.in deze steekproef.<br /> ##Maak een schets en duid er de testwaarde en p-waarde op aan.<br /> ##Wat besluit je op basis van de p-waarde?<br /> ##Maak je hierbij mogelijk een type I of type II fout?<br /> #De ontkieming van zaden werd onderzocht bij licht en schemerdonker. 86 van de 100 zaden ontkiemden bij licht, 60 van de 80 zaden ontkiemden bij schemerdonker. 4.1 Onderzoek als er meer zaden ontkiemen bij licht dan schemerdonker, formuleer besluit op significantieniveau 0.05.<br /> ##H0 en H1?<br /> ##Teststatistiek, benaderende verdeling onder H0 en testwaarde<br /> ##p-waarde? Geef uitdrukking met kans als de (benaderende) waarde.<br /> ##Formuleer een zo volledig mogelijk besluit.<br /> #Stel een 80% betrouwbaarheidsinterval op voor de proportie van zaden die bij licht ontkiemen.<br /> ##Wat is de betekenis van dit betrouwbaarheidsinterval?<br /> ##Vraagjes met R-output (gegevens van ANOVA kunnen berekenen, R² kunnen geven + betekenis,...)<br /> <br /> ===27 januari 2014===<br /> #Juist of fout. Leg uit en indien nodig verbeter.<br /> #een exp (λ) met λ&amp;gt;0 geeft Σxi ~ N(n/λ , n/λ²)<br /> #als X en Y normaal verdeeld zijn, dan is X - Y eveneens normaal verdeeld<br /> #(weet ik niet meer)<br /> #een symmetrische histogram is een grafische voorstelling van normaal verdeelde resultaten.<br /> #Een kansberekeningsvraag: in een winkel geven klanten gemiddeld 70euro uit met een standaardeviatie van 20euro.<br /> #Wat is de kans dat iemand in de winkel meer dan 40euro uitgeeft?<br /> #Er staan 10 klanten in de rij aan te schuiven van de kassa. Wat is de kans dat 3 klanten minder dan 40euro uitgeven?<br /> #Er staan nu 100 klanten in de rij van de kassa aan te schuiven. Wat is de kans dat minstens 30 klanten minder dan 40euro uitgeven?<br /> #Betrouwbaarheidsinterval vraag:Er wordt een onderzoek gedaan naar de voorkeur van lezers, welke soort drager (papier, e-book, ...) zij verkiezen om te lezen. Er werden 1000 mensen ondervraagd, waarvan 93% zei dat ze het liefst papier als drager gebruiken om te lezen. 62% leest een krant het liefste met papier als drager. 8 op 10 zegt dat ze boeken het liefst lezen als papier de drager is.<br /> #Zoek het 95% BI voor de mensen die het liefste lezen met papier als dragen<br /> #Zoek het 99% BI voor de mensen die kranten het liefste lezen met papier als drager.<br /> #Leg de betekenis van het laatste BI zo grondig mogelijk uit.<br /> #Hypothesevraag met α= 0,05:Een schoenenverkoopster beweert dat vrouwen met een kleine schoenmaat schoenen kopen waarvan de hak gemiddeld hoger is dan de hak van vrouwen met een grote schoenmaat. De schoenverkoopster schrijft van 70 vrouwen die elk 1 paar schoenen kopen, de schoenmaat en de haklengte op. De schoenmaten worden onderverdeeld in kleine en grote schoenmaten. 31 vrouwen met kleine schoenmaat kopen schoenen met een gemiddelde haklengte van 4,39cm met een standaardvariantie van 3,14cm² en 39 vrouwen met grote schoenmaat kopen schoenen met een gemiddelde haklengte van 3,45cm en een standaardvariantie van 5,16cm².<br /> ##Stel een goede H0 en H1 op<br /> ##Welke veronderstellingen maak je en hoe kom je hieraan?<br /> ##Geeft de correcte test-statistiek<br /> ##Zoek de P-waarde<br /> ##Concludeer je resultaten en formuleer een goed antwoord.<br /> ##Welke fout wordt hier gemaakt, type I of type II en waarom?<br /> #Hypothesevraag met α= 0,05: Tijdens de solden wordt een onderzoekbureau belast met de taak om te onderzoeken of er een verband bestaat tussen de gemiddelde kortingspercentages die worden gegeven door de winkels en het aantal dagen dat de solden al bezig zijn (van 3 januari tot 31 januari).(hier worden een aantal R - scripten en resultaten en grafieken van een aantal test gegeven: Pearson en Shapiro-Wilk test dacht ik. Er zijn 4 scripten gegeven: deze van de gemiddelde kortingspercanteges, van de aantal dagen dat de solden al bezig zijn, eentje waarin de 2 vorige gecombineerd zijn in een Pearson correlatie test en eentje waar ze gecombineerd zijn in een Shapiro - Wilk test)<br /> ##Vul de R-scripten aan door de juiste waarde in te vullen bij a) en b) (==&amp;gt; a) was een getal bij df en b) was het getal bij p-value)<br /> ##Stel een goede H0 en H1 hypothese op<br /> ##Welke test statistiek gebruik je?<br /> ##Zoek de p-waarde aan de hand van de gegeven R-scripten<br /> ##Concludeer je resultaten en formuleer een goed antwoord.<br /> ===17 Januari 2014===<br /> #Juist of fout. Leg uit en indien nodig verbeter.<br /> ##Als je 2 steekproeven hebt met dezelfde grote n en een gemiddelde kans p. Dan is het betrouwbaarheidsinterval van 90% het breedste bij de steekproef met de grootste p.<br /> ##Je hebt twee continue, afhankelijke toevalsvariabe X en Y met f(x,y) de gezamelijke dichtheid en f(x) en f(y) de marginale dichtheid voor respectievelijk X en Y. Dan geldt f(x,y) =/ f(x)f(y) voor elke mogelijke (x,y). (=/ staat voor: is niet gelijk aan)<br /> ##Als de whiskers van een boxplot ongeveer even groot zijn, dan is de variabele normaal verdeeld<br /> ##Je hebt kansmodel Exp(2). dan is P(x&amp;gt;7|x&amp;gt;3) = P(x&amp;gt;4)<br /> #Er werdt een onderzoek gedaan bij 3400 bestuurders die betrokken zijn geweest bij een ongeval. Van deze bestuurders waren 26.7% onder invloed van drugs en  29.1% hadden overmatig alchol gebruikt. Men wil nagaan hoe correct de alcohol en drugtest zijn. Als je weet dan 65% positief test als ze drugs gebruikt hebben  en 80% test positief als ze overmatig alcohol gebruik. Je weet ook dat 40% negatief test en geen alchol en drugs gbruikt heeft. We nemen aan dat het samen gebruiken van alchol en drugs niet voor komt.<br /> ##Toon aan dat de kans dat men positief test gelijk is aan 44.8%<br /> ##Wat is de kans dat iemand die positief test drugs heeft gebruikt?<br /> ##Wat is de kans dat iemand niets gebruikt heeft indien die negatief test?<br /> #Er werd een onderzoek uitgevoerd bij 5 cafégangers. Ze kregen elk 2 pijlen. De eerste keer mochten ze smijten met hun voorkeurs hand, de tweede keer moesten ze smijten met de andere hand. (Gegeven een tabel met scores) Onderzoek of de gemiddelde score met hun voorkeurshand hoger ligt dan de gemiddelde score met de andere hand.<br /> ##stel de hyphotheses op<br /> ##welke veronderstellingen maak je?<br /> ##welke teststatistiek gebruik je?<br /> ##wat is de T-waarde?<br /> ##wat is de P-waarde?<br /> ##Wat is het resultaat van deze test? Leg uit voor dit voorbeeld<br /> ##maak een voortstelling van de P-waarde<br /> ##stel dat je veronderstelling niet klopt. Welke teststatistiek gebruik je dan?<br /> ###Voer deze test uit:<br /> ###wat is de T-waarde<br /> ###wat is de P-waarde?<br /> ###Wat is het resultaat van deze test? Leg uit voor dit voorbeeld<br /> ##je hebt output gekregen in verband met regressie en daar wat vragen bij.<br /> <br /> ===20 Januari 2012===<br /> #3 Meerkeuzevragen &amp;amp; uitleggen waarom<br /> ##X1,...,X100 is Poisson verdeeld met n=51, variantie=4 --&amp;gt; wat is E(X) en Var(X) van gemiddeldeXn bij normale verdeling.<br /> ##i.v.m. gemiddelde van steekproefgemiddelde als benadering van populatiegemiddelde --&amp;gt; enkel bij normale verdeling of bij elke verdeling waar; is steekproefgemiddelde evengoed een benadering van populatiegemiddelde; ...<br /> ##X is niet normaal verdeeld, Y= sqrt(X) is wel normaal verdeeld: welke hypothesetesten kan je uitvoeren: H0:µ(X)=3 vs H1:µ(X)≠3 en/of H0:µ(Y)=sqrt(3) vs H1:µ(Y)≠sqrt(3) en/of H0:Med(X)=3 vs H1:Med(X)≠3 en/of H0:Med(Y)=sqrt(3) vs H1:Med(Y)≠sqrt(3) + teststatiestiek geven + zijn besluiten van beide testen equivalent<br /> #Oefening 1: berekenen van een kans (binomiaal) exact en benaderend met continuiteitscorrectie<br /> #Oefening 2: Hypothesetest vergelijken gemiddelden van 2 groepen (ongepaard, sigma's verschillend, ..)=&amp;gt; De vragen hierbij waren:<br /> ##Formuleer de nulhypothese en de alternatieve hypothese.<br /> ##Welke teststatistiek gebruik je, wat is zijn waarde en welke verdeling volgt hij<br /> ##Bereken de p-waarde + definitie<br /> ##Teken deze p-waarde op een grafiek<br /> ##Besluit<br /> ##Welke aannames deed je voor deze hypothese en wordt er aan deze voldaan?<br /> ##Indien niet: wat zou je dan kunnen toepassen<br /> ##Wat betekenen type 1 en type 2 fout bij deze hypothese.<br /> #Oefening 3: Je krijgt een heleboel statistica - output en een hoop vragen.<br /> ##Geef het regressiemodel<br /> ##Dan 5 vragen ivm anova tabellen, SSM SSE SST, ...<br /> ##Is de correlatie nuttig? stel een hypothese op<br /> ##BI berekenen van de rico<br /> ##definitie BI<br /> ##Aannames + nagaan modelveronderstellingen<br /> <br /> ===18 Januari 2013 (VM)===<br /> #Thomas Van Den Spiegel is 214 cm groot. Leg uit hoe men kan bepalen hoe groot (of hoe normaal) dit is.<br /> #Gegeven een tabel met daarin de absolute frequenties van een steekproef naar het spijbelgedrag van leerlingen uit het ASO, BSO en TSO: nooit, soms, vaak. Dit is dus een 3x3 tabel.<br /> #Test: meer dan 50% van de leerlingen uit het ASO spijbelt nooit.<br /> ##Geef H0.<br /> ##Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Besluit.<br /> #Ga na of er een verband is tussen de waarden.<br /> ##Geef H0.<br /> ##Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Besluit<br /> #Gegeven de functie als en anders 0. Deze stelt de tijd voor die ik nodig heb om op mijn werk te geraken.<br /> ##Ik moet om 9u op mijn werk zijn, wat is de kans dat ik te laat kom als ik om 7u40 vertrek?<br /> ##Over 200 dagen gezien als ik opnieuw om 7u40 vertrek: wat is de kans dat ik hoogstens 20 keer op die 200 dagen te laat kom?<br /> #Voor een nieuw soort roomijs hebben 9 mensen geproefd en een score tussen 1 en 20 (kan ook tussen 0 en 20 zijn, ik hoop van niet). Er waren 2 scores onder 10 en 7 scores boven 10.<br /> ##Bepaal met een teststatistiek of het ijs lekker is (dus een score groter dan 10).<br /> ###Geef H0.<br /> ###Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.<br /> ###Geef de P-waarde.<br /> ###Besluit.<br /> ##Wat is het 95% betrouwbaarheidsinterval van de mediaan? Wat betekent dit interval concreet voor dit voorbeeld?<br /> #Een lineair verband tussen de maandelijkse productie van windmolens en de hoeveelheid wind, gezien over 32 maanden. Gegeven de output van de lm-functie uit R, een paar Shapiro-Wilk tests, enkele QQ-plots en de residuplot.<br /> ##Is het een goed model? (of zoiets)<br /> ##Vul de ANOVA tabel in (enkel 1 en F zijn gegeven)<br /> ##Wat betekent Std. Error in die lm-functie</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Statistiek_%26_Data-analyse&diff=1908 Statistiek & Data-analyse 2020-01-17T10:03:55Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===17 januari 2019 (voormiddag)<br /> #2 groepen van mails (spam &amp; geen spam. Kans dat een mail spam is, is 0,5. In een spammail zijn er bepaalde kansen dat het woord 'geen spam', het woord 'garantie en nog een woord (maar dat ben ik vergeten) en gegeven is de kans dat het woord 'garantie' en het laatste woord in dezelfde e-mail staan en analoog voor 'geen spam' met andere kansen (zelfde woorden).<br /> #*Bereken: Wat is de kans dat je mail spam is als het woord 'geen spam' in je mail voorkomt.<br /> #*Bereken: De kans dat het woord 'garantie' alleen in een mail voorkomt (zonder het derde woord en zonder 'geen spam').<br /> #Vergeten<br /> #Vergeten<br /> #Vergeten<br /> #Proportietest. Zelf P-waarde kunnen aanduiden op de normaal-curve. Het betrouwbaarheidsinterval uitrekenen.<br /> #Waardes aflezen uit een R-script (bv. gemiddelde, ...) van een F-test. Vanuit deze waardes testen of de gemiddeldes van de 2 groepen gelijk zijn.<br /> #Gegeven anova-tabel aanvullen (zie oefenzitting)<br /> <br /> ===28 januari 2019===<br /> #Bewijs dat S² een onvertekende schatter is van sigma².<br /> #*Betekend dit dat S ook een overtekende schatter is van sigma? Verklaar kort.<br /> #Oefening over bivariate variabelen, oa. covariantie berekenen en zeggen of X en Y onafhankelijk zijn + verklaar.<br /> #Een deel van het Lam gods was gestolen vroeger en enkele jaren geleden is het teruggevonden. De kans dat het om een authentiek deel gaat is 70%. 2 experts bekijken dit om na te gaan of het om een authentiek deel gaat of niet. De 1ste expert is correct in 80% van de gevallen en de 2de expert in 90% van de gevallen.<br /> #*Wat is de kans dat de 1ste expert zegt dat het om een authentiek deel gaat en de 2de expert zegt dat het om een vals deel gaat.<br /> #*Wat is de kans dat het schilderij echt is als de 1ste expert zegt dat het om een authentiek deel gaat en de 2de expert zegt dat het om een vals deel gaat.<br /> #Een bepaald soort hond wordt geboren in 1 kleur maar tegen dat het volwassen is, heeft het witte vlekken gekregen. 98% van de volwassen honden hebben een witte punt aan hun staart. Er zijn net 12 pups geboren.<br /> #*Wat is de kans dat hoogstens 10 van de 12 pups, later een witte punt aan hun staart gaan hebben?<br /> #*Als er 1300 pups geboren worden, wat is de kans dat minstens 1280 pups later een witte punt aan hun staart krijgen?<br /> #Het koopgedrag is onderzocht tijdens de feestperiode. Er is een gemiddelde en standaarddeviatie gegeven. Kan men besluiten, met een hypothesetest, of het gemiddelde uitgegeven bedrag minder dan 50 euro is.<br /> #Nog iets...<br /> #Anova script gegeven, zoals in de oefeningen de lege plaatsen opvullen. Regressievergelijking opstellen, hypothesetest of een regressie zinvol is. R² berekenen. Aantonen met een hypothesetest of er een monotoon verband is tussen X en Y.<br /> <br /> ===19 JANUARI 2018===<br /> #* Bewijs de geheugenloosheid van de exponentiële verdeling.<br /> #* Bewijs E[k(x)l(y)] waarbij x en y onafhankelijk en continu zijn.<br /> #* Bereken E[(x)(y^2)] waarbij x exponentieel verdeeld is met verwachte waarde 0.5 en y~N<br /> # De kans dat Anke naar statestiek gaat is 0.8 en de kans dat Bruno naar statestiek gaat is 0.6.<br /> #* Bereken de kans dat minstens 1 van de 2 naar statestiek gaat wanneer deze variabelen onafhankelijk zijn.<br /> #* De veriabelen zijn toch afhankelijk. De kans dat Anke aanwezig is en Bruno niet is 0.65. Bereken de kans dat Anke niet aanwezig is als gegeven dat Bruno aanwezig is.<br /> #* Er zijn dubbel zoveel hoorcolleges dan oefenzittingen. Wat is de kans dat je willekeurig naar statestiek gaat en dit een hoorcollege is?<br /> #* Bruno gaat naar elke oefenzitting. Wat is de kans dat hij aanwezig is tijdens een hoorcollege?<br /> # Y-X is bivariaat normaal verdeeld met X de lengte van vrouwen in cm en Y de lengte van mannen in cm. Het gemiddelde van X is 165 en van Y is 175. Ze hebben beiden een variantie van 4 en de covariantie is 8.<br /> #* Welke verdeling is dit? Bereken het gemiddelde en de variantie van de verschilfunctie.<br /> #* Bereken de kans dat in een willekeurig koppel de vrouw groter is dan de man.<br /> #* Bereken de kans dat in een willekeurig koppel de man en de vrouw groter zijn 170 cm.<br /> # Een experiment wordt een 27 keer herhaald. Er is een gemiddelde en een standaardafwijking gegeven. <br /> #* Bereken het betrouwbaarheidsinterval met alfa=0.05 en welke voorwaarden gelden er?<br /> #* Bereken het betrouwbaarheidsinterval in het geval de standaardafwijking onbekend is en leg uit of dit breder wordt.<br /> #* Bereken het betrouwbaarheidsinterval met alfa=0.01.<br /> #* Hoevaak moet het experiment herhaald worden om een maximale foutenmarge van 0.001 te bekomen?<br /> # 20 Cavia's krijgen 0.5 mg Calcium toegevoegd en 20 andere cavia's krijgen 2 mg Calcium toegediend.<br /> #* Test of de hoeveelheid Calcium een invloed heeft op de lengte van de tanden waarvoor een gemiddelde en variantie voor beiden groepen gegeven is. Hier moet een volldedige hypothesetest uitgevoerd worden. <br /> # Een examen bestaat uit 10 meerkeuzenvragen met 3 opties waarvan er telkens 1 juist is.<br /> #* Wanneer je elke vraag gokt is de kans om te slagen gelijk aan 0.2131, toon dit aan.<br /> #* Bepaal deze kans ook benaderend met een discrete verdeling en verklaar of dit een goede benadering is.<br /> #* 200 studenten gokken bij elke vraag. Bereken de kans dat er strikt meer dan 50 geslaagd zijn.<br /> # Er is een ANOVA-script gegeven.<br /> #* Bepaal de regressierechte. Voor alfa was de t-waarde en de standaard fout gegeven. Voor beta niet, dit moest volgens mij met het gemiddelde van x en y die wel gegeven waren.<br /> #* Test of dit een zinvolle regressierechte is met berekening teststatistiek, P-waarde en besluit.<br /> #* R^2 berekenen en uitleggen.<br /> #* Y berekenen met x=90.<br /> <br /> ===20 JANUARI 2017===<br /> # eerste vraag waren 4 juist/fout vragen <br /> #* als X en Y normaal verdeeld zijn, is de som dan altijd normaal verdeeld<br /> #* iets me benadering van steekproefgem en populatiegem<br /> #* iets me E(X) of da bij toevalsvariabele gelijk is aan het gem <br /> #* ... weet ik ni meer exact, ge moet gewoon juist of fout aanduiden, ni uitleggen<br /> # tweede vraag waren twee bewijzen (me Var(a+bX+cY) en E(a+bX+cY) en dan altijd zo bijvragen van a-e zo Var en E uitrekenen en mediaan berekenen, cumulatieve frequentie tekenen.. en dan iets me X+Y en kansen daarvan berekenen beetje vaag haha<br /> # dan twee vragen op kansen ook met altijd zo deelvraagjes, eerste was over dat er verschillende sets van 20 stuks zijn en ge ga na hoeveel defecte er zijn, ge hebt enkele gegevens gegeven vb. Kans op geen defecte elementen in uw set van 20 is 70%, kans op juist 1 defect element is 20% enz. Daar dan allemaal kans vragen op, vb. Wat is de kans da als ge willekeurig een lot van 20 neemt, en ge weet da er exact 1 defect is, wa is dan de kans da als ge er twee willekeurige uitneemt da die ni defect zijn enzovoort.. <br /> # Dan een kansoefening met een kind da 10 keer me een dobbelsteen mag gooien en elke keer als die 6 gooit krijgt die een cadeau, wa is dan de kans da die meer als 3 cadeaus krijgt enzovoort, welke kansverdeling is da en bereken ook benaderend en zo van die deelvragen, ook nog als ze die traditie 35 jaar zouden doen en die jongen mag elke keer gooien op zijn bday wa is dan de kans da die meer dan 55 cadeaus krijgt<br /> # en dan nog twee hypothesetesten waarvan ene met R output. De ene vraag was over herseninhoud, ze willen zien of de herseninhoud van een 75 jarige persoon gekropen is tov een 25 jarige persoon, ge hebt dan een lijst gekregen me gegevens en een R output waarin t waarde, P waarde, df ontbreken en aan de hand van die output moet ge dan dingen berekenen mbv hypothesetesten, ook output van een betrouwbaarheidsinterval en da interpreteren. De andere ging over het feit da er ooit gezegd is geweest da er dobbelstenen bestaan die &quot;niet gelijk&quot; zijn dus die ni eerlijk zijn, ge krijg een tabel me kansen en moet dan hypothesetesten uitvoeren om te zien of die dobbesltaan vervalst was of ni, weer Teststatistiek opstellen, testwaarde berekenen, interpreteren... en dan een tabel me ietske andere waardes van die dobbelstaan me de vraag of die P waarde dan hetzelfde blijft<br /> # en nog een oefening over laatste hoofdstuk met die lineaire regressie ook me allemaal deelvraagjes ; de lineaire regressie opstellen en dan s^2 uitrekenen, ge hebt sx sy sxy enzo gegeven, en dan moet ge daar hypothese en teststatistiek ook doen dacht ik (bij elke hypothesetest vraagt ze teststatistiek, testwaarde , P waarde interpreteren etc) en dan geeft ze ook nog een R^2 waarde die ge moet interpreteren..<br /> Ik denk da het zoiets ongeveer was haha, en ge had 3u30min tijd :)<br /> <br /> ===15 januari 2016===<br /> #Juist/fout, Var(bx)=b²Var(x) aantonen<br /> #rekenen met kansen<br /> #Exponentiele verdeling, laptop heeft een gemiddelde leeftijd van 4 jaar, geef verdelingsfunctie, bepaal kans dat laptop langer leeft...<br /> #Hypothesetesten<br /> #R script van ANOVA tabel, ontbrekende waardes aanvullen<br /> <br /> ===6 januari 2015===<br /> #Beschouw twee toevalsvariabele X en Y = g(X) met g een monotone functie dan is:<br /> ##E(Y) = g (E (X)) ?<br /> ##Med(Y) = g ( Med (X)) ?<br /> ##Med(Y) = g( E (X)) ?<br /> ##IQR (Y) = g (IQR (X)) ?<br /> #In Vlaanderen verspreid de groothandel 2000 porties everzwijnsvlees over 15 restaurants. Neem aan dat exact 11 porties hiervan besmet zijn met een virus. In leuven leverde de groothandel 250 (onafh.) porties vlees:<br /> ##hoeveel besmette porties vlees verwacht men in Leuven?<br /> ##Hoe groot is de kans dat minstens 2 porties vlees in Leuven besmet zijn met het virus?<br /> ###Bereken deze kans exact<br /> ###Bereken een benadering van deze kans<br /> ###Is de benaderde kans die je vond een goede benadering voor de kans die je vond? Waarom wel/niet?<br /> #Mannelijke radiologen worden blootgesteld aan straling. Onderzoekers beweren dat deze frequente blootstelling de kans op mannelijke nakomelingen zou beïnvloeden. Uit een studie van 31 radiologen, bleek dat 30 van de 87 nakomelingen mannen waren. Kan je op basis van deze studie besluiten dat een frequente blootstelling aan straling een significante invloed heeft op de kans op mannelijke nakomelingen voor een man? α = 0.05, normale omstandigheden de kans op mannelijke omstandigheden 50% bedraagt.<br /> ##Formuleer een geschikte H0 en H1 op deze vraag<br /> ##Geef de teststatistiek, de (benaderde) verdeling ervan onder H0 en de testwaarde voor deze steekproef.<br /> ##Bereken de (benaderde) P-waarde. Geef de formule en de waarde ervan in deze steekproef.<br /> ##Formuleer een zo volledig mogelijk besluit op basis van de P-waarde.<br /> ##Bepaal ook het 98% BI voor de kans op mannelijke nakomelingen. Wat besluit je?<br /> ##Wat is de betekenis van een type 2 fout bij deze hypothese test in deze situatie?<br /> ##R-script gegeven met ontbrekende gegevens. Deze worden gevraagd + andere vraagjes<br /> <br /> ===25 januari 2016 (VM)===<br /> Hier missen nog bijna gegarandeerd enkele deelvraagjes, dus als je dit examen ook gemaakt hebt (en je weet er nog iets van), vul dan aan a.u.b.<br /> #Enkele vragen i.v.m. verdelingen, hun kenmerken, proporties en kansen.<br /> #Zij (X, Y) een bivariate normaalverdeling met mu = (2, 2) en sigma = ((1, 0.4), (0.4, 1)). Is dan Var(2X - Y) = 3.4?<br /> #Zij X een continu verdeelde variabele met frequentie f(x). Zij a en b reëele getallen, bewijs dan dat: E(a + bX) = a + b*E(X) en Var(a + bX) = b^2 * E(X)<br /> #We hebben thuis een alarm geïnstalleerd. Bij inbraak gaat het met 96% zekerheid af, maar op andere nachten is er ook een kans van 0.3% dat het afgaat vanwege storingen. In onze buurt is er een kans van 3% dat er op een gegeven nacht in een gegeven huis wordt ingebroken. Vannacht gaat het alarm af, hoe groot is de kans dat er werkelijk een inbraak is?<br /> #Gegeven: een 2x3 relatieve frequentietabel. Aan de ene kant: mannen en vrouwen, aan de andere kant of de groep een slecht, middelmatig of goed oriëntatievermogen heeft. Rij van de mannen = (1/10, 1/20, 1/2), rij van de vrouwen = (1/5, 1/10, 1/20). Waar of fout:<br /> ##De kans dat een willekeurige vrouw een goed oriëntatievermogen heeft is 1/7.<br /> ##De verwachte waarde voor mannen en vrouwen zijn gelijk.<br /> #Gegeven: de gemiddelde Belgische vrouw heeft een lengte van 168.1cm, met een standaardafwijking van 5.3cm.<br /> ##Clara is 180.3cm groot. Hoeveel percent van de Belgische vrouwen is kleiner dan Clara?<br /> ##Stella is kleiner dan 95% van de Belgische vrouwen. Wat is haar maximale hoogte?<br /> ##Hier aan de faculteit zijn er 354 vrouwen. Hoe groot is de kans dat exact twee vrouwen kleiner zijn dan haar (neem hiervoor Stellas maximale mogelijke lengte). Bereken deze exact.<br /> ##Bereken de kans op benaderende wijze. Is dit een goede benadering?<br /> #Gegeven: de uitslagen van de verkiezingen van mei 2014 en een peiling van 2013. Beiden zijn lijsten van zeven partijen en &amp;quot;Overige&amp;quot;, elk met een corresponderend percentage. Bepaal op significantieniveau 0.05 of deze peiling de verkiezingsresultaten kan voorstellen.<br /> ##Kies gepaste hypothesen voor je test uit te voeren.<br /> ##Geef de teststatistiek, verdeling en testwaarde van je test.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Vorm een besluit.<br /> #In een fabriek worden er dagelijks 5000 dozen pralines geproduceerd. Elke doos beweert 250g te wegen. Een nieuwe kwaliteitscontroleur (&amp;quot;een jonge snaak&amp;quot; zoals zij het verwoordden) neemt op een dag lukraak 20 dozen uit de productie voor inspectie. Het gemiddelde van deze steekproef is 243.7g met een variantie van 6.91 g^2. Test op significantieniveau 0.05 of de fabriek systematisch te lichte dozen maakt.<br /> #Kies gepaste hypothesen voor je test uit te voeren.<br /> ##Geef de teststatistiek, verdeling en testwaarde van je test.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Vorm een besluit.<br /> #Geef het 95%-betrouwbaarheidsinterval voor het gemiddelde van de dagproductie. Geef de definitie van het 95%- betrouwbaarheidsinterval en leg uit wat dit concreet betekent in deze situatie.<br /> #Leg uit wat een type-I en type-II fout concreet betekenen in deze situatie.<br /> #Gegeven: output van summary en anova in R.<br /> ##Vul aan: SSM, MSM, MSE, F-waarde, P(F &amp;gt; f) en voor de slope: t-waarde en P(T &amp;gt; t).<br /> ##Voer een hypothesetest uit omtrent H0: alfa = 0 versus H1: alfa != 0<br /> ##Geef de regressierechte.<br /> ##Geef R^2 en leg uit wat deze waarde betekent.<br /> ===26 Januari 2015 (nieuwe prof?) ===<br /> #Duid aan welke stellingen kloppen en verantwoord: Van een kwantielplot kan je aflezen of:<br /> ##2 variabelen afhankelijk zij van elkaar.<br /> ##er een lineair verband is tussen 2 variabelen<br /> ##een variabale uit een bepaalde verdeling komt<br /> ##2 variabelen bivariaat normaal verdeeld zijn<br /> #Duid aan welke stellingen kloppen en verantwoord: Indien (X,Y) bivariaatnormaal verdeelde toevalsvariabelen met populatiecorrelatiecoëfficiënt p en:<br /> ##H0: p=0 vs H1:p=/=0<br /> ##Een p-waarde &amp;lt;alfa oplevert kan je op significantieniveau alfa:<br /> ##besluiten dat er een lineair verband is tussen X en Y, mogelijks monitoon<br /> ##besluiten dat er een monotoon verband is tussen X en Y<br /> ##niet verwerpen dat er een lineair verband is tussen X en Y, mogelijks lieair<br /> ##niet verwerpen dat er een monotoon verband tussen X en Y.<br /> #Levensduur van een laptop is exponentieel verdeeld. Verwacht wordt dat een laptop 3 jaar meegaat. Kans dat een laptop langers dan 3jaar meegaat voor een voorzichtige student is 55%, voor een slordige student is dit 30%.<br /> ##Toon aan dat de kans dat een laptop langer als 3jaar meegaat, zonder rekening te houden met voorzichtigheid = 36.79%<br /> ##Hoeveel % van de studenten is slordig?<br /> ##Jan heeft 3 jaar zijn laptop, wat is de kans dat hij er voorzichtig mee omgaat?<br /> #Het aantal vogels dat voederplaatsen bezoekt wordt verwacht op 35 door Natuurpunt. Dit jaar werden in 100 tuinen gemiddeld 41 vogels per tuin waargenomen met een standaarddeviatie van 24. Is het gemiddeld aantal vogels per tuin dit jaar groter dan verwacht door Natuurpunt?<br /> ##H0 en H1?<br /> ##Welke teststatistiek gebruik je? Wat is de verdeling ervan onder H0?<br /> ##Welke veronderstellingen maak je om deze test te mogen uitvoeren?<br /> ##Bereken de testwaarde<br /> ##Bereken de (benaderende) p-waarde, geef de formule en de (benaderende) waarde ervan.in deze steekproef.<br /> ##Maak een schets en duid er de testwaarde en p-waarde op aan.<br /> ##Wat besluit je op basis van de p-waarde?<br /> ##Maak je hierbij mogelijk een type I of type II fout?<br /> #De ontkieming van zaden werd onderzocht bij licht en schemerdonker. 86 van de 100 zaden ontkiemden bij licht, 60 van de 80 zaden ontkiemden bij schemerdonker. 4.1 Onderzoek als er meer zaden ontkiemen bij licht dan schemerdonker, formuleer besluit op significantieniveau 0.05.<br /> ##H0 en H1?<br /> ##Teststatistiek, benaderende verdeling onder H0 en testwaarde<br /> ##p-waarde? Geef uitdrukking met kans als de (benaderende) waarde.<br /> ##Formuleer een zo volledig mogelijk besluit.<br /> #Stel een 80% betrouwbaarheidsinterval op voor de proportie van zaden die bij licht ontkiemen.<br /> ##Wat is de betekenis van dit betrouwbaarheidsinterval?<br /> ##Vraagjes met R-output (gegevens van ANOVA kunnen berekenen, R² kunnen geven + betekenis,...)<br /> <br /> ===27 januari 2014===<br /> #Juist of fout. Leg uit en indien nodig verbeter.<br /> #een exp (λ) met λ&amp;gt;0 geeft Σxi ~ N(n/λ , n/λ²)<br /> #als X en Y normaal verdeeld zijn, dan is X - Y eveneens normaal verdeeld<br /> #(weet ik niet meer)<br /> #een symmetrische histogram is een grafische voorstelling van normaal verdeelde resultaten.<br /> #Een kansberekeningsvraag: in een winkel geven klanten gemiddeld 70euro uit met een standaardeviatie van 20euro.<br /> #Wat is de kans dat iemand in de winkel meer dan 40euro uitgeeft?<br /> #Er staan 10 klanten in de rij aan te schuiven van de kassa. Wat is de kans dat 3 klanten minder dan 40euro uitgeven?<br /> #Er staan nu 100 klanten in de rij van de kassa aan te schuiven. Wat is de kans dat minstens 30 klanten minder dan 40euro uitgeven?<br /> #Betrouwbaarheidsinterval vraag:Er wordt een onderzoek gedaan naar de voorkeur van lezers, welke soort drager (papier, e-book, ...) zij verkiezen om te lezen. Er werden 1000 mensen ondervraagd, waarvan 93% zei dat ze het liefst papier als drager gebruiken om te lezen. 62% leest een krant het liefste met papier als drager. 8 op 10 zegt dat ze boeken het liefst lezen als papier de drager is.<br /> #Zoek het 95% BI voor de mensen die het liefste lezen met papier als dragen<br /> #Zoek het 99% BI voor de mensen die kranten het liefste lezen met papier als drager.<br /> #Leg de betekenis van het laatste BI zo grondig mogelijk uit.<br /> #Hypothesevraag met α= 0,05:Een schoenenverkoopster beweert dat vrouwen met een kleine schoenmaat schoenen kopen waarvan de hak gemiddeld hoger is dan de hak van vrouwen met een grote schoenmaat. De schoenverkoopster schrijft van 70 vrouwen die elk 1 paar schoenen kopen, de schoenmaat en de haklengte op. De schoenmaten worden onderverdeeld in kleine en grote schoenmaten. 31 vrouwen met kleine schoenmaat kopen schoenen met een gemiddelde haklengte van 4,39cm met een standaardvariantie van 3,14cm² en 39 vrouwen met grote schoenmaat kopen schoenen met een gemiddelde haklengte van 3,45cm en een standaardvariantie van 5,16cm².<br /> ##Stel een goede H0 en H1 op<br /> ##Welke veronderstellingen maak je en hoe kom je hieraan?<br /> ##Geeft de correcte test-statistiek<br /> ##Zoek de P-waarde<br /> ##Concludeer je resultaten en formuleer een goed antwoord.<br /> ##Welke fout wordt hier gemaakt, type I of type II en waarom?<br /> #Hypothesevraag met α= 0,05: Tijdens de solden wordt een onderzoekbureau belast met de taak om te onderzoeken of er een verband bestaat tussen de gemiddelde kortingspercentages die worden gegeven door de winkels en het aantal dagen dat de solden al bezig zijn (van 3 januari tot 31 januari).(hier worden een aantal R - scripten en resultaten en grafieken van een aantal test gegeven: Pearson en Shapiro-Wilk test dacht ik. Er zijn 4 scripten gegeven: deze van de gemiddelde kortingspercanteges, van de aantal dagen dat de solden al bezig zijn, eentje waarin de 2 vorige gecombineerd zijn in een Pearson correlatie test en eentje waar ze gecombineerd zijn in een Shapiro - Wilk test)<br /> ##Vul de R-scripten aan door de juiste waarde in te vullen bij a) en b) (==&amp;gt; a) was een getal bij df en b) was het getal bij p-value)<br /> ##Stel een goede H0 en H1 hypothese op<br /> ##Welke test statistiek gebruik je?<br /> ##Zoek de p-waarde aan de hand van de gegeven R-scripten<br /> ##Concludeer je resultaten en formuleer een goed antwoord.<br /> ===17 Januari 2014===<br /> #Juist of fout. Leg uit en indien nodig verbeter.<br /> ##Als je 2 steekproeven hebt met dezelfde grote n en een gemiddelde kans p. Dan is het betrouwbaarheidsinterval van 90% het breedste bij de steekproef met de grootste p.<br /> ##Je hebt twee continue, afhankelijke toevalsvariabe X en Y met f(x,y) de gezamelijke dichtheid en f(x) en f(y) de marginale dichtheid voor respectievelijk X en Y. Dan geldt f(x,y) =/ f(x)f(y) voor elke mogelijke (x,y). (=/ staat voor: is niet gelijk aan)<br /> ##Als de whiskers van een boxplot ongeveer even groot zijn, dan is de variabele normaal verdeeld<br /> ##Je hebt kansmodel Exp(2). dan is P(x&amp;gt;7|x&amp;gt;3) = P(x&amp;gt;4)<br /> #Er werdt een onderzoek gedaan bij 3400 bestuurders die betrokken zijn geweest bij een ongeval. Van deze bestuurders waren 26.7% onder invloed van drugs en  29.1% hadden overmatig alchol gebruikt. Men wil nagaan hoe correct de alcohol en drugtest zijn. Als je weet dan 65% positief test als ze drugs gebruikt hebben  en 80% test positief als ze overmatig alcohol gebruik. Je weet ook dat 40% negatief test en geen alchol en drugs gbruikt heeft. We nemen aan dat het samen gebruiken van alchol en drugs niet voor komt.<br /> ##Toon aan dat de kans dat men positief test gelijk is aan 44.8%<br /> ##Wat is de kans dat iemand die positief test drugs heeft gebruikt?<br /> ##Wat is de kans dat iemand niets gebruikt heeft indien die negatief test?<br /> #Er werd een onderzoek uitgevoerd bij 5 cafégangers. Ze kregen elk 2 pijlen. De eerste keer mochten ze smijten met hun voorkeurs hand, de tweede keer moesten ze smijten met de andere hand. (Gegeven een tabel met scores) Onderzoek of de gemiddelde score met hun voorkeurshand hoger ligt dan de gemiddelde score met de andere hand.<br /> ##stel de hyphotheses op<br /> ##welke veronderstellingen maak je?<br /> ##welke teststatistiek gebruik je?<br /> ##wat is de T-waarde?<br /> ##wat is de P-waarde?<br /> ##Wat is het resultaat van deze test? Leg uit voor dit voorbeeld<br /> ##maak een voortstelling van de P-waarde<br /> ##stel dat je veronderstelling niet klopt. Welke teststatistiek gebruik je dan?<br /> ###Voer deze test uit:<br /> ###wat is de T-waarde<br /> ###wat is de P-waarde?<br /> ###Wat is het resultaat van deze test? Leg uit voor dit voorbeeld<br /> ##je hebt output gekregen in verband met regressie en daar wat vragen bij.<br /> <br /> ===20 Januari 2012===<br /> #3 Meerkeuzevragen &amp;amp; uitleggen waarom<br /> ##X1,...,X100 is Poisson verdeeld met n=51, variantie=4 --&amp;gt; wat is E(X) en Var(X) van gemiddeldeXn bij normale verdeling.<br /> ##i.v.m. gemiddelde van steekproefgemiddelde als benadering van populatiegemiddelde --&amp;gt; enkel bij normale verdeling of bij elke verdeling waar; is steekproefgemiddelde evengoed een benadering van populatiegemiddelde; ...<br /> ##X is niet normaal verdeeld, Y= sqrt(X) is wel normaal verdeeld: welke hypothesetesten kan je uitvoeren: H0:µ(X)=3 vs H1:µ(X)≠3 en/of H0:µ(Y)=sqrt(3) vs H1:µ(Y)≠sqrt(3) en/of H0:Med(X)=3 vs H1:Med(X)≠3 en/of H0:Med(Y)=sqrt(3) vs H1:Med(Y)≠sqrt(3) + teststatiestiek geven + zijn besluiten van beide testen equivalent<br /> #Oefening 1: berekenen van een kans (binomiaal) exact en benaderend met continuiteitscorrectie<br /> #Oefening 2: Hypothesetest vergelijken gemiddelden van 2 groepen (ongepaard, sigma's verschillend, ..)=&amp;gt; De vragen hierbij waren:<br /> ##Formuleer de nulhypothese en de alternatieve hypothese.<br /> ##Welke teststatistiek gebruik je, wat is zijn waarde en welke verdeling volgt hij<br /> ##Bereken de p-waarde + definitie<br /> ##Teken deze p-waarde op een grafiek<br /> ##Besluit<br /> ##Welke aannames deed je voor deze hypothese en wordt er aan deze voldaan?<br /> ##Indien niet: wat zou je dan kunnen toepassen<br /> ##Wat betekenen type 1 en type 2 fout bij deze hypothese.<br /> #Oefening 3: Je krijgt een heleboel statistica - output en een hoop vragen.<br /> ##Geef het regressiemodel<br /> ##Dan 5 vragen ivm anova tabellen, SSM SSE SST, ...<br /> ##Is de correlatie nuttig? stel een hypothese op<br /> ##BI berekenen van de rico<br /> ##definitie BI<br /> ##Aannames + nagaan modelveronderstellingen<br /> <br /> ===18 Januari 2013 (VM)===<br /> #Thomas Van Den Spiegel is 214 cm groot. Leg uit hoe men kan bepalen hoe groot (of hoe normaal) dit is.<br /> #Gegeven een tabel met daarin de absolute frequenties van een steekproef naar het spijbelgedrag van leerlingen uit het ASO, BSO en TSO: nooit, soms, vaak. Dit is dus een 3x3 tabel.<br /> #Test: meer dan 50% van de leerlingen uit het ASO spijbelt nooit.<br /> ##Geef H0.<br /> ##Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Besluit.<br /> #Ga na of er een verband is tussen de waarden.<br /> ##Geef H0.<br /> ##Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Besluit<br /> #Gegeven de functie als en anders 0. Deze stelt de tijd voor die ik nodig heb om op mijn werk te geraken.<br /> ##Ik moet om 9u op mijn werk zijn, wat is de kans dat ik te laat kom als ik om 7u40 vertrek?<br /> ##Over 200 dagen gezien als ik opnieuw om 7u40 vertrek: wat is de kans dat ik hoogstens 20 keer op die 200 dagen te laat kom?<br /> #Voor een nieuw soort roomijs hebben 9 mensen geproefd en een score tussen 1 en 20 (kan ook tussen 0 en 20 zijn, ik hoop van niet). Er waren 2 scores onder 10 en 7 scores boven 10.<br /> ##Bepaal met een teststatistiek of het ijs lekker is (dus een score groter dan 10).<br /> ###Geef H0.<br /> ###Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.<br /> ###Geef de P-waarde.<br /> ###Besluit.<br /> ##Wat is het 95% betrouwbaarheidsinterval van de mediaan? Wat betekent dit interval concreet voor dit voorbeeld?<br /> #Een lineair verband tussen de maandelijkse productie van windmolens en de hoeveelheid wind, gezien over 32 maanden. Gegeven de output van de lm-functie uit R, een paar Shapiro-Wilk tests, enkele QQ-plots en de residuplot.<br /> ##Is het een goed model? (of zoiets)<br /> ##Vul de ANOVA tabel in (enkel 1 en F zijn gegeven)<br /> ##Wat betekent Std. Error in die lm-functie</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=1892 Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse 2020-01-15T21:10:37Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===15/01/2020 (afternoon)=== <br /> Robben:<br /> # Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.<br /> ## Defend which platform/technique you would use.<br /> ## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.<br /> # Terms<br /> ## Optical mapping<br /> ## Sequence scaffold<br /> ## Interaction network<br /> <br /> <br /> Landuyt (exact same questions as yesterday):<br /> # Placental Growth Factor is an interesting protein.<br /> ## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)<br /> ## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)<br /> ## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)<br /> ## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)<br /> # Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)<br /> <br /> ===14/01/2020 (morning)===<br /> Robben:<br /> # Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.<br /> ## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.<br /> ## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. '''Argue your choice.'''<br /> ## Explain the working principles of the chosen platform(s)<br /> # Terms<br /> ## Ribosome profiling<br /> ## (Transcriptomics) microarray target labeling<br /> ## Protein-protein interaction maps are scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # Placental Growth Factor is an interesting protein.<br /> ## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)<br /> ## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)<br /> ## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)<br /> ## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)<br /> # Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)<br /> <br /> ===29/01/2019===<br /> Robben:<br /> #je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom<br /> #woordjes: <br /> ##Ribsome profiling<br /> ##Array protein targetting<br /> ##protein-protein interaction map is scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309 <br /> ##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)<br /> ##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)<br /> ##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? <br /> ##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)<br /> #Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p<br /> <br /> ===22/01/2019===<br /> Robben:<br /> #verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?<br /> ##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.<br /> ##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.<br /> #begrippen<br /> ##paired end sequencing<br /> ##nanopore sequencing<br /> ##affimetrix chip<br /> <br /> Landuyt:<br /> #A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05<br /> ##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p<br /> ##What is the identity of the protein? 4p<br /> ##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p<br /> ##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p<br /> #Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p<br /> <br /> ===16/01/2019===<br /> <br /> Deel Robben:<br /> # je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.<br /> # woordjes: <br /> ##SMRT,<br /> ##gene altering,<br /> ##genetic interactomics<br /> #<br /> Deel Landuyt<br /> #Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05<br /> Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK<br /> # welk protein is het? <br /> # wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?<br /> # geef meer info over de werking van het proteïnen<br /> <br /> Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? <br /> # De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?<br /> # Geef meer info over dit component<br /> <br /> ===15 januari 2019===<br /> Robben<br /> #Solexa sequencing en SMRT vergelijken. <br /> #Begrippen: <br /> ##Polyploidie en genomic evolution,<br /> ##Nanostring nCounter technologie<br /> ##Rosetta stone method<br /> <br /> Landuyt<br /> #Proteomics<br /> #* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07<br /> #* Welk proteïne is dit? <br /> #* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? <br /> #* Geef meer info over de werking van het proteïne<br /> <br /> #Metabolomics<br /> #* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. <br /> #* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)<br /> #* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm <br /> #* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?<br /> <br /> ===23/08/2018===<br /> <br /> * proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?<br /> 148.07574<br /> 175.11900 <br /> 219.11285<br /> 322.18741 <br /> 334.13979<br /> 423.23509 <br /> 447.22386<br /> 480.25655 <br /> 504.24532<br /> 593.34062 <br /> 605.29300<br /> 708.36756 <br /> 752.36141<br /> 779.40467 <br /> 908.46252<br /> 926.47309 <br /> #Questions:<br /> #* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2<br /> #* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3<br /> #* Which disease is studied? …/1<br /> #* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3<br /> #*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)<br /> <br /> Metabolomics<br /> accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken<br /> is dit een goede accuraatheid, leg uit?<br /> <br /> ===23/01/2018 NM===<br /> Robben:<br /> # Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. <br /> #* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? <br /> #* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. <br /> #* Woordjes<br /> ## Scaffold sequentie<br /> ## Genetic interactomics<br /> ## PMAGE<br /> Landuyt: <br /> # PROTEOMICS <br /> #* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. <br /> ## Wat ging er verkeerd in het experiment? <br /> ## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? <br /> ## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.<br /> # METABOLOMICS<br /> #* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. <br /> ## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? <br /> ## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?<br /> <br /> ===23/01/2018 VM===<br /> Robben:<br /> #Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. <br /> #* Wat is je sequencing strategy? <br /> #* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). <br /> #* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.<br /> #Woordjes:<br /> #* Endogenous Retrovirus<br /> #* Affrimex Genechip<br /> #*nCounter technology<br /> <br /> Landuyt: <br /> #PROTEOMICS <br /> #* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. <br /> #** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05<br /> #** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;<br /> ## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. <br /> ## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp; tweede lijst in MASCOT steken --&gt; neem taxonomy homo sapience!)<br /> ## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?<br /> #METABOLOMICS<br /> #* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. <br /> ## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. <br /> ## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? <br /> ## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).<br /> #* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> #* Van welk proteine is dit peptiede <br /> #* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> #*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol <br /> <br /> # Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> #* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> #* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> #* Over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> #* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-inorganic_Chemistry&diff=1864 Bio-inorganic Chemistry 2020-01-14T08:58:25Z <p>Siene.swinnen: /* 10 jan 2020 */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Machemie]]<br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels, examen afleggen mag zowel in het Engels als het Nederlands. Het is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding: je moet dus je antwoord gaan vertellen/uitleggen, ze leest niet gewoon je blad. Taak staat op 8 van de 20 punten. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper. <br /> <br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===10 jan 2020===<br /> # op 4p: Feritine<br /> #*Structuur en functie toelichten<br /> #*Rol bicarbonaat uitleggen<br /> #*Waarom kunnen ook andere metalen dit proteµîne binden?<br /> #*4 metalen in afnemende affiniteit voor binding site plaatsen<br /> # op 3p: Mössbauerspectrum Rieske proteïne, geef oxidatie toestanden, welke ox toestand hoort bij welke piek? Teken de verschillende elektronenconfiguraties.<br /> # op 3p: Vul het reactiemechanisme van Cyt P450 aan en vermeld de verschillende oxidatietoestanden. Met welke spectroscopische technieken zijn deze te karakteriseren?<br /> # op 2p: Geef 3 kationen met een antimicrobiële werking en licht minstens 1 mechanisme hiervan toe.<br /> <br /> ===28 jan 2019===<br /> # (4p) 1HNMR-spectra van oxy- en deoxy Mb gegeven en een Mb-structuur.<br /> #* Welke vorm hoort bij welk spectrum en waarom?<br /> #* Kan er irreversibele oxidatie optreden met de vorming van een µ-oxo-dimeer (Fe-O-O-Fe) na oxidatie met O2?<br /> #* Hoe bindt O2 en met welke technieken kan je dit bestuderen?<br /> # (2p) resistentie mechanismen cisplatina en hoe te omzeilen.<br /> # (6p) Sulfoxide oxidase.<br /> #* Vul het schema aan<br /> #* Wat gebeurt er met de elektronen die vrij komen?<br /> #* Wat is de rol van molybdopterin?<br /> <br /> ===11 jan 2019===<br /> # (3p) Copper proteins <br /> #* How are metal centres in copper proteins classified and based on what is this classification made?<br /> #* What is the main function of Cu(II) and why?<br /> #* What is the most useful method to study Cu centres in biochemistry and what concrete information can be extracted from this technique? Explain why it cannot be used for type III Cu centres.<br /> #* bijvraag : welke techniek nog = UV-vis want hebben een andere kleur.<br /> # (4p) Cytochromes P450 are regarded as oxidizing enzymes, yet they consume one eq. of NADPH for each catalytic cycle.<br /> #* What does the 450 represent? <br /> #* What is the most common reaction catalyzed by P450 and why is NADPH required?<br /> #* Fill in intermediate 6.<br /> #* Fill in the missing shunt from 5b back to intermediate 2 <br /> # (3p) Explain the electron structure of Fe in the oxidized and reduced state in [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish them and why?<br /> # (2p) What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)? How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===29 jan 2018===<br /> #cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states<br /> #Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal<br /> #electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?<br /> #Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?<br /> <br /> ===25 jan2018===<br /> #Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)<br /> #Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)<br /> ##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip). <br /> ##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway<br /> ##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)<br /> #bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)<br /> #De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)<br /> <br /> ===25 jan 2018 VM===<br /> #3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking<br /> #P450 <br /> ##Waarom 450 <br /> ##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH<br /> ##Intermediar VI aanvullen<br /> #Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit<br /> #2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader<br /> <br /> ===12 jan 2018===<br /> # (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.<br /> ## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)<br /> ## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.<br /> ## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?<br /> ## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?<br /> # (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.<br /> #* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin &amp; de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.<br /> # (3p) Alkaline en purple acid phosphatase<br /> ## Fill in missing metals, reaction products and transition states<br /> ## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?<br /> #* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===01 sep 2017 ===<br /> # (3p)<br /> #* How are copper sites classified?<br /> #* Which technique is used to study them, what results do you get from it?<br /> #* Why does this technique not work for type III?<br /> # (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?<br /> #* Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.<br /> #* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?<br /> #* Why are both state in high spin?<br /> # (3p)<br /> #* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.<br /> #* Where and why would Hg(II) bind?<br /> <br /> ===30 jan 2017 ===<br /> #<br /> #* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.<br /> #* Most common metals for this method and why<br /> #<br /> #* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase<br /> #* which reaction is catalysed by this enzym<br /> #* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co<br /> # -&gt; 2 Mossbauer spectra gegeven<br /> #* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie<br /> #* Which parameters can be derivate from the spectra<br /> #* Which of the 2 has the most symmetry and explain why<br /> #<br /> #* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits<br /> #* Most important difference between the 2 subunits<br /> <br /> ===26 jan 2017===<br /> # What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals? <br /> # Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved? <br /> # P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating? <br /> # Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?<br /> <br /> ===10 jan 2017===<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> # (3p)<br /> #* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?<br /> #* How does oxygen Bind to it?<br /> #* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?<br /> # (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?<br /> #* explain how electrons are being transported to cytochrome c.<br /> <br /> ===25 jan 2016===<br /> # &amp;lt;sup&amp;gt;99m&amp;lt;/sup&amp;gt;Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment<br /> # Reaction mechanism of aconitase<br /> # Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden<br /> # Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?<br /> <br /> ===21 jan 2016===<br /> # Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden<br /> # Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)<br /> # Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven<br /> # Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.<br /> <br /> ===22 jan 2015 (nm)===<br /> #How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III<br /> #Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?<br /> #Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?<br /> #Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy<br /> <br /> ===23 jan 2014 (vm)===<br /> #Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)<br /> #Reaction mechanism of aconitase: (6p)<br /> #*fill in the missing reactants and reaction products. <br /> #*Identify the three main reactions in this mechanisms. <br /> #*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180° flip)<br /> #*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?<br /> #Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)<br /> #Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (vm)===<br /> # Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p) <br /> # Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)<br /> # Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)<br /> #* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?<br /> #* What parameters can you derive from these graphs? <br /> #* Which is more symmetric and why?<br /> # What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (nm)===<br /> # properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p) <br /> # Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)<br /> #* Fill in missing metals, reaction products and transition states <br /> #* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions? <br /> # Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)<br /> # What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-inorganic_Chemistry&diff=1863 Bio-inorganic Chemistry 2020-01-14T08:58:04Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Machemie]]<br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels, examen afleggen mag zowel in het Engels als het Nederlands. Het is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding: je moet dus je antwoord gaan vertellen/uitleggen, ze leest niet gewoon je blad. Taak staat op 8 van de 20 punten. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper. <br /> <br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===10 jan 2020===<br /> # op 4p: Feritine<br /> #*Structuur en functie toelischten<br /> #*Rol bicarbonaat uitleggen<br /> #*Waarom kunnen ook andere metalen dit proteµîne binden?<br /> #*4 metalen in afnemende affiniteit voor binding site plaatsen<br /> # op 3p: Mössbauerspectrum Rieske proteïne, geef oxidatie toestanden, welke ox toestand hoort bij welke piek? Teken de verschillende elektronenconfiguraties.<br /> # op 3p: Vul het reactiemechanisme van Cyt P450 aan en vermeld de verschillende oxidatietoestanden. Met welke spectroscopische technieken zijn deze te karakteriseren?<br /> # op 2p: Geef 3 kationen met een antimicrobiële werking en licht minstens 1 mechanisme hiervan toe.<br /> <br /> ===28 jan 2019===<br /> # (4p) 1HNMR-spectra van oxy- en deoxy Mb gegeven en een Mb-structuur.<br /> #* Welke vorm hoort bij welk spectrum en waarom?<br /> #* Kan er irreversibele oxidatie optreden met de vorming van een µ-oxo-dimeer (Fe-O-O-Fe) na oxidatie met O2?<br /> #* Hoe bindt O2 en met welke technieken kan je dit bestuderen?<br /> # (2p) resistentie mechanismen cisplatina en hoe te omzeilen.<br /> # (6p) Sulfoxide oxidase.<br /> #* Vul het schema aan<br /> #* Wat gebeurt er met de elektronen die vrij komen?<br /> #* Wat is de rol van molybdopterin?<br /> <br /> ===11 jan 2019===<br /> # (3p) Copper proteins <br /> #* How are metal centres in copper proteins classified and based on what is this classification made?<br /> #* What is the main function of Cu(II) and why?<br /> #* What is the most useful method to study Cu centres in biochemistry and what concrete information can be extracted from this technique? Explain why it cannot be used for type III Cu centres.<br /> #* bijvraag : welke techniek nog = UV-vis want hebben een andere kleur.<br /> # (4p) Cytochromes P450 are regarded as oxidizing enzymes, yet they consume one eq. of NADPH for each catalytic cycle.<br /> #* What does the 450 represent? <br /> #* What is the most common reaction catalyzed by P450 and why is NADPH required?<br /> #* Fill in intermediate 6.<br /> #* Fill in the missing shunt from 5b back to intermediate 2 <br /> # (3p) Explain the electron structure of Fe in the oxidized and reduced state in [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish them and why?<br /> # (2p) What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)? How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===29 jan 2018===<br /> #cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states<br /> #Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal<br /> #electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?<br /> #Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?<br /> <br /> ===25 jan2018===<br /> #Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)<br /> #Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)<br /> ##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip). <br /> ##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway<br /> ##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)<br /> #bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)<br /> #De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)<br /> <br /> ===25 jan 2018 VM===<br /> #3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking<br /> #P450 <br /> ##Waarom 450 <br /> ##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH<br /> ##Intermediar VI aanvullen<br /> #Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit<br /> #2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader<br /> <br /> ===12 jan 2018===<br /> # (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.<br /> ## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)<br /> ## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.<br /> ## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?<br /> ## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?<br /> # (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.<br /> #* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin &amp; de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.<br /> # (3p) Alkaline en purple acid phosphatase<br /> ## Fill in missing metals, reaction products and transition states<br /> ## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?<br /> #* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===01 sep 2017 ===<br /> # (3p)<br /> #* How are copper sites classified?<br /> #* Which technique is used to study them, what results do you get from it?<br /> #* Why does this technique not work for type III?<br /> # (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?<br /> #* Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.<br /> #* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?<br /> #* Why are both state in high spin?<br /> # (3p)<br /> #* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.<br /> #* Where and why would Hg(II) bind?<br /> <br /> ===30 jan 2017 ===<br /> #<br /> #* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.<br /> #* Most common metals for this method and why<br /> #<br /> #* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase<br /> #* which reaction is catalysed by this enzym<br /> #* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co<br /> # -&gt; 2 Mossbauer spectra gegeven<br /> #* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie<br /> #* Which parameters can be derivate from the spectra<br /> #* Which of the 2 has the most symmetry and explain why<br /> #<br /> #* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits<br /> #* Most important difference between the 2 subunits<br /> <br /> ===26 jan 2017===<br /> # What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals? <br /> # Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved? <br /> # P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating? <br /> # Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?<br /> <br /> ===10 jan 2017===<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> # (3p)<br /> #* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?<br /> #* How does oxygen Bind to it?<br /> #* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?<br /> # (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?<br /> #* explain how electrons are being transported to cytochrome c.<br /> <br /> ===25 jan 2016===<br /> # &amp;lt;sup&amp;gt;99m&amp;lt;/sup&amp;gt;Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment<br /> # Reaction mechanism of aconitase<br /> # Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden<br /> # Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?<br /> <br /> ===21 jan 2016===<br /> # Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden<br /> # Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)<br /> # Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven<br /> # Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.<br /> <br /> ===22 jan 2015 (nm)===<br /> #How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III<br /> #Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?<br /> #Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?<br /> #Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy<br /> <br /> ===23 jan 2014 (vm)===<br /> #Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)<br /> #Reaction mechanism of aconitase: (6p)<br /> #*fill in the missing reactants and reaction products. <br /> #*Identify the three main reactions in this mechanisms. <br /> #*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180° flip)<br /> #*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?<br /> #Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)<br /> #Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (vm)===<br /> # Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p) <br /> # Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)<br /> # Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)<br /> #* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?<br /> #* What parameters can you derive from these graphs? <br /> #* Which is more symmetric and why?<br /> # What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (nm)===<br /> # properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p) <br /> # Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)<br /> #* Fill in missing metals, reaction products and transition states <br /> #* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions? <br /> # Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)<br /> # What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&diff=1803 Spectroscopie van biomoleculen 2019-08-27T18:50:25Z <p>Siene.swinnen: /* Deel Hofkens */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Het deel van Vogt is mondeling, Hofkens is schriftelijk. Je moet op beide delen minstens 4/10 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===27 augustus 2019===<br /> ====Deel Hofkens====<br /> # theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden<br /> # oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd<br /> # woordjes<br /> ##foto-elektrisch effect<br /> ##cotton-effect<br /> ##extinctiecoëfficiënt<br /> ##TRES<br /> <br /> === 25 Juni 2019 NM===<br /> ====Voght====<br /> #NMR C11H14O2<br /> #COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent<br /> #Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.<br /> <br /> ====Hofkens==== <br /> #Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.<br /> #Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.<br /> #Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES<br /> ===25 juni 2019 VM===<br /> <br /> ====Vogt====<br /> #NMR-spectrum(C9H10O3)<br /> #Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens<br /> #Fase 1 spectrum -&gt;structuur proteinen<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> Zie examen 27 juni 2018<br /> <br /> ===11 juni 2019===<br /> <br /> ====Voght====<br /> #NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)<br /> #Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)<br /> #Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> <br /> #Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)<br /> #Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)<br /> #4 begrippen: (4 punten)<br /> #*limiting anisotropy<br /> #*inner filter effect<br /> #*auxochrome shift<br /> #*anti-Stokes Raman<br /> <br /> ===27 juni 2018===<br /> ====Vogt====<br /> # Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden<br /> # wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding<br /> # 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram<br /> #* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.<br /> # Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment<br /> <br /> ===26 juni 2018===<br /> ====Vogt====<br /> # Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3<br /> # Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur<br /> # Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. <br /> #* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?<br /> #* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? <br /> #* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? <br /> # Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. <br /> #* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.<br /> #* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.<br /> #* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?<br /> # Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC<br /> <br /> ===18 juni 2018===<br /> ====Vogt====<br /> # Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie<br /> # 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. <br /> #*Waarom gebruik je P-NMR hier. <br /> #*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR's en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen<br /> #* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? <br /> #* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking<br /> #* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen<br /> #Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit<br /> #* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR<br /> #* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.<br /> #* Teken een vibratiobele overgang<br /> #* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand<br /> #* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit<br /> <br /> # Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties<br /> #* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot<br /> #* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.<br /> #* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?<br /> # Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur<br /> #* TRES<br /> #* Foto-elektrisch effect<br /> #* Cotton- effect<br /> #* Extinctie coëfficiënt<br /> <br /> ===6 september 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # oefening met NMR (C9H10O3)<br /> # spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.<br /> # SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.<br /> ====Hofkens====<br /> # (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.<br /> # (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?<br /> # (4pt) Woordjes<br /> #* Foto-elektrisch effect<br /> #* FRET<br /> #* Single Photon Timing<br /> #* Cottoneffect<br /> <br /> === 28 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # oefening spectrum NMR<br /> # COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.<br /> # Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR<br /> ==== Hofkens ====<br /> # Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.<br /> # Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. <br /> # Woordjes:<br /> #* Transitiedipoolmoment<br /> #* Balmerreeks<br /> #* Excitatiespectrum<br /> #* Perrin vergelijking<br /> <br /> ===27 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # H en C spectrum<br /> # NOE<br /> # fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen <br /> ====Hofkens====<br /> # grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?<br /> # anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie<br /> # woordjes: <br /> #* foto-elektrisch effect<br /> #* extinctie coefficient<br /> #* TRES<br /> #* cotton effect<br /> <br /> ===19 juni 2017===<br /> ====Vogt:====<br /> # zeeman effect<br /> # H/C spectrum<br /> # in vivo nmr<br /> ====Hofkens====<br /> # da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.<br /> # oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)<br /> # woordjes: <br /> #* Ro<br /> #* Dynamic quenching<br /> #* fluorescence quantum yield<br /> #* resonance <br /> #* Raman scattering<br /> <br /> ===13 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2<br /> # vraag2 <br /> #* 2 soorten relaxatie, leg uit<br /> #* hoe beinvloeden deze het C-NMR<br /> #* weet ik ook niet meer<br /> # 1D en 2D NMR spectra: <br /> #* verschillen, voor - en nadelen geven. <br /> #* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? <br /> #* hoe ziet men dit? <br /> #* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)<br /> ====Hofkens====<br /> # membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).<br /> # Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4<br /> # 4 termen: <br /> #* anti stokes <br /> #* ramanscattering<br /> #* emissiespectra<br /> #* statische quencher<br /> #* laatste weet ik niet meer<br /> <br /> ===7 juni 2016===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en C-spectrum, structuur afleiden.<br /> # Je krijgt spintoestanden<br /> #* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. <br /> #* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? <br /> #* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? <br /> #* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?<br /> # Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. <br /> #* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? <br /> #* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? <br /> #* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. <br /> #* Verklaar de resultaten. <br /> #* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. <br /> #* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?<br /> # Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.<br /> # Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) <br /> #* foto-effect <br /> #* Balmer-reeks <br /> #* ... <br /> #* transitiedipoolmoment.<br /> <br /> ===23 juni 2015===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en C-spectrum<br /> # Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.<br /> # Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:<br /> #* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.<br /> #* kwalitatief proteine structuur te bepalen.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?<br /> # Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.<br /> # Begrippen: <br /> #* Cotton-effect<br /> #* Inner filter effect<br /> #* R0 <br /> #* Excimeer<br /> <br /> ===15 juni 2015===<br /> ====Vogt====<br /> # H-spectrum+ IR-spectrum<br /> # uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.<br /> # Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)<br /> ====Hofkens====<br /> # twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)<br /> # hoe kan men de transitieconstante berekenen?<br /> # woordjes: <br /> #* limiterende anisotropie<br /> #* cotton effect<br /> #* inner filter effect<br /> #* statische quenching<br /> <br /> ===17 juni 2013===<br /> ====Vogt====<br /> # simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.<br /> # verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren<br /> # welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.<br /> # het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.<br /> # begrippen uitleggen: <br /> #* R0<br /> #* cotton effect<br /> #* inner filter effect<br /> #* excimeer<br /> <br /> ===10 juni 2013===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden<br /> # IR spectroscopie:<br /> #* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?<br /> #* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.<br /> #* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?<br /> #* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?<br /> # Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.<br /> ====Hofkens====<br /> # oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).<br /> #* Verklaar de resultaten.<br /> #* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?<br /> #* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)<br /> # Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)<br /> # Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):<br /> #* circulair dichroïsme<br /> #* magic angle<br /> #* fosforescentie <br /> #* J-aggregaat<br /> <br /> ===30 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)<br /> # Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma's gegeven).<br /> # Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.<br /> ====Hofkens====<br /> # Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).<br /> # Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)<br /> # Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)<br /> #* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven<br /> #* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.<br /> <br /> ===21 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.<br /> # Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.<br /> #* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.<br /> #* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)<br /> #* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.<br /> #* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?<br /> # Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)<br /> # Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)<br /> # Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)<br /> <br /> ===17 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:<br /> #* Waarom is die piek bv een triplet?<br /> #* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?<br /> # Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.<br /> #* bereken de chemische shift bij 60MHz<br /> #* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz<br /> #* bereken de chemische shift bij 500MHz<br /> #* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk<br /> # Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?<br /> ====Hofkens:====<br /> # Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo'n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo'n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)<br /> # Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)<br /> #* Extinctiecoefficient<br /> #* Woodward-Fieser-Scott-regels<br /> #* Lambert-Beer<br /> #* Fluorescentie quenching<br /> # oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.<br /> #* bereken de golflengte<br /> #* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)<br /> <br /> ===15 jun 2010===<br /> ====Tatjana====<br /> # H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:<br /> #* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?<br /> #* Is het IR-spectrum hier nuttig?<br /> # Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma's gegeven).<br /> # Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.<br /> <br /> ===18 jun 2009===<br /> ====Tatjana====<br /> # H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.<br /> # Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).<br /> #* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.<br /> #* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.<br /> # Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?<br /> <br /> ===16 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR<br /> # 3 COSY's gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY's toe en leg uit waarom<br /> # H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))<br /> <br /> ===13 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # H en C spectrum van een molecule<br /> # Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC<br /> # hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling<br /> <br /> ===11 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.<br /> # Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.<br /> # Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P<br /> <br /> ===27 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop<br /> # Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo'n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.<br /> # Toepassing van IR op biomoleculen<br /> <br /> ===23 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Basic oefeningske<br /> # De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.<br /> # Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten<br /> <br /> ===21 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.<br /> # Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken<br /> # Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.<br /> <br /> ===18 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel 'makkelijk&quot;)<br /> # Theorie:<br /> #* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De 'gamma' van H en P was gegeven<br /> # In vivo NMR, bespreek, leg uit,...</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Moleculaire_Architectuur&diff=1802 Moleculaire Architectuur 2019-08-27T18:49:39Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> Verplicht vak voor chemie. <br /> <br /> Dit vak wordt gegeven door professor Van Meervelt, hij is de aangenaamheid zelve op het examen!<br /> Zijn bijvragen zijn wel aan de moeilijke kant. Maar hij zal je altijd helpen de bijvragen beetje bij beetje op te lossen. Het examen duurt 4u.<br /> <br /> Kristallografie is het vak Moleculaire Architectuur, maar dan zonder NMR (het laatste hoofdstuk). Dit is eigenlijk de voorloper van moleculaire architectuur. Het wordt ook nu nog aan de geologen gegeven.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===26 augustus 2019===<br /> #Theorie: Hoe wordt het principe van Fourier synthese toegepast in de kristalstructuurbepaling?<br /> #NMR-vraag: 3 verschillende H-NMR spectra van isomeren met brutoformule C6H8N2O2. Teken ook de opsplitsingspatronen.<br /> #Puntgroep Pcnb met gebruikelijke bijvragen<br /> #Oefening: Vlakgroep vlak 110 NaCl. Geef alle symmetrie-elementen.<br /> #Oefening: Bepaal de fase en intensiteit van PoCl2 in de reflectie (110). Gegeven zijn de atoomposities en de karakteristieke straling.<br /> #Begrippen: ESI + CuKalfa uitleggen<br /> <br /> ===28 januari 2019===<br /> #Hoe kan je een model verbeteren na het oplossen van het faseprobleem?<br /> #H-NMR van C5H8O2 bijvragen over IR.<br /> #Pmcn met bijvragen.<br /> #puntgroep van 4 isomeren van dioxine.<br /> #AgI posities van de atomen gegeven (breuken) a=6.50 A. tabel met sin(theta)/lambda gegeven voor fAg en fI. Bravais rooster geven, fase, hoek en intensiteit berekenen.<br /> #ATR-IR en ESI.<br /> ===17 januari 2019===<br /> #Geef de afleiding van de structuurfactor. Is deze experimenteel te bepalen? <br /> #H1-NMR van C10H13NO2 (Bijvragen over IR: wat als we van dit molecule een IR spectrum zouden opnemen? Waar zien we dan pieken? Welke zijn sterk? Welke niet?)<br /> #Ruimtegroep Pnam met bijgvragen <br /> #Puntgroep bepalen van de isomeren van tetrachloorkubaan (molecuulmodelletje gegeven)<br /> #Rood loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel<br /> a=3,975 A en c=5,023 Atomen liggen op de posities: <br /> Pb(1): 0 ½ 0.2385 <br /> Pb(2): ½ 0 -0.2385 <br /> O(1): 0 0 0 <br /> O(2): ½ ½ 0 <br /> Wat is het Bravaisrooster? Welke symmetrie-elementen gaan door O2? Construeer de pattersonfunctie. Waar vinden we de sterkste pieken? Toon aan dat de intenstiteit van reflectie 200 en 020 gelijk is. <br /> #Mclafferty omlegging en kubische en hexagonale dichtste bolstapeling. <br /> ===14 januari 2019===<br /> # Hoe kan men met de Pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)<br /> # NOE en NOESY, COSY (mondeling)<br /> # Ruimtegroep Pman met bijvragen<br /> # Puntgroepen van 4 verschillende aromaten<br /> # CdI2: Bravaisrooster bepalen, voor structuurfactor fase bepalen en afbuigingshoek als CuK(alfa) straling gebruikt wordt, maxima van de Pattersonfunctie geven<br /> # MALDI-TOF uitleggen en golfgetallen vergelijken bij IR spectroscopie<br /> <br /> === 4 september 2018===<br /> # Geef de contructie van Ewald<br /> # H-NMR van C10H12O3<br /> # Ruimtegroep Pcnb<br /> # Geef de puntgroep van 4 isomeren van tetrachloornaftaleen die aanleiding geven tot een andere puntgroep. <br /> # PbO kristaliseert uit in eenheidscel met gegeven dimensies en atoomposities. Gevraagd: Construeer de pattersonfunctie, waar zijn de sterkste pieken? Tot welk Bravais rooster behoort dit? Wat is de afbuighoek van het 110 vlak met CuKalfa? <br /> # Begrippen: Kubisch en hexagonale dichtste bolstapeling + McLafferty omlegging<br /> <br /> ===27 augustus 2018===<br /> # Hoe kan men het faseprobleem oplossen met behulp van de Pattersonfunctie? (dus ook uitleggen wat faseprobleem is, formule van pattersonfunctie geven,...) (mondeling)<br /> # Gegeven drie H-NMR spectra, alle drie C6H6N2O2, bepaal structuren, en verklaar de verschillende spectra (mondeling)<br /> # Ruimtegroep Pcmn met alle gebruikelijke vragen<br /> # Bepaal tot welke puntgroepen de isomeren van trichloorbenzeen behoren, teken alle symmetrie-elementen<br /> # Oefening met CdI2, bepaal fasehoek van de reflectie op (110) en afbuighoek theta, tot welk bravais rooster behoort dit? Waar bevinden zich de maxima bij de Pattersonfunctie?<br /> # Begrippen: MALDI-TOF, Laue groep<br /> <br /> ===15 juni 2018===<br /> # Leid de structuurfactor af. Kan deze ook experimenteel bepaald worden? (mondeling)<br /> # Gegeven een H-NMR spectrum, bepaal de structuur van de chemische stof die dit spectrum geeft. (mondeling)<br /> # Ruimtegroep Pmca, gebruikelijke bijvragen.<br /> # Oefening met intensiteit enzo berekenen. Structuur was op eerste zicht niet centrosymmetrisch, maar was het wel met andere oorsprong.<br /> # Wat is de vlakgroep van het (110) vlak van NaCl? Teken en geef alle symmetrie-elementen.<br /> # Begrippen: MALDI-TOF, kubisch dichtste bolstapeling<br /> <br /> ===11 juni 2018===<br /> # Waarom Pattersonfunctie belangrijk bij het faseprobleem?<br /> # NMR: C10H1202<br /> # Ruimtegroep Pbab met alle bijhorende vragen<br /> # Puntgroepen geven van 4 verschillende aromatische verbindingen + symmetrie elementen aanduiden<br /> # Oefening waarbij celparameters en 2 atomen gegeven zijn. Intensiteit en afbuighoek berekenen voor (001) en (002). Tot welk Bravais rooster gehoord deze kristalstructuur? <br /> # Begrippen: CuKalfa en ESI<br /> <br /> ===27 juni 2017===<br /> # Stappen van kristalstructuurbepaling<br /> # NMR, een piek waar bij stond deze verdwijnt bij schudden met D2O, bijvraag waarom deze piek verdwijnt, ook bijvragen over C13 NMR en IR<br /> # Ruimtegroep Pcmm en bijvragen<br /> # Vlakgroep vlak 110 NaCl<br /> # Bepalen van intensiteit reflectie van vlak 200, lengte en fractionele coördinaten gegeven<br /> # Beschrijf MALDI-TOF en kubisch dichtste bolstapeling<br /> <br /> ===22 juni 2017 NM===<br /> # Structuurverfijning van kristalstructuurbepaling<br /> # Leg uit: NOE en NOESY<br /> # Ruimtegroep Pcan met alle bijhorende vragen<br /> # Oefening waar 4 moleculen stonden waarvan je de puntgroep moest bepalen<br /> # Oefening met tabel Sintheta/golflengte- intensiteit en hoek 2theta bepalen<br /> # begrippen: CuKalfa en Resolutie <br /> <br /> === 16 juni 2017 NM===<br /> #Hoe Faseprobleem oplossen met Patterson functie <br /> #1H- Nmr ( bijvragen : welke piek is het belangrijkst bij IR-spectra , hoeveel pieken zullen er zijn bij C13,..) <br /> #Ruimtegroep ( ik dacht Pbmn )<br /> #Intensiteit bepalen en afbuighoek bepalen <br /> #Puntgroep van tetrachloornaftaleen ( eerst isomeren geven en van elk isomeer puntgroep bepalen) <br /> #Mc-lafferty omlegging<br /> #chemische ionisatie<br /> ===16 juni 2017 VM===<br /> #leid de formule voor de structuurfactor af en vertel hoe je deze experimenteel kan bepalen.<br /> #Geef alle ionisatie technieken gebruikt in MS.<br /> #Puntgroep Pbcm met gebruikelijke bijvragen<br /> #Geef de puntgroepen van alle isomeren van tetrachloor kubaan en teken de symmetrie elementen<br /> #verklaar chemische shift, koppelingsconstante en shift reagens<br /> ===12 juni 2017===<br /> #leg constructie van Ewald uit<br /> #nmr spectra (geef structuur molecule ) C10H12O3<br /> #ruimtegroep Pncm met alle bijhorende vraagjes (asymmetrische eenheid, multipliciteit, equivaltente posities, patterson, puntgroep, systematische afwezigheden)<br /> #Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen<br /> #oefening ivm fase berekenen en intensiteit (CdI2, sin(theta)/golflengte is gegeven, bepaal fCd, fI en zo de rest)<br /> #begrippen: ESI &amp; Wet van Friedel<br /> <br /> ===21 augustus 2015===<br /> # stappen van de kristalstructuur bepaling<br /> # Welke methode voor ionisatie worden er gebruikt bij massaspectroscopie<br /> # Pcan (met alle gebruikelijke bijvraagjes)<br /> # Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen<br /> # PoCL2: ge krijgt Sin theta/lambda en uw celafmetingen, geef Fhkl, Ihkl en uw hoek<br /> # Bespreek de termen chemische shift, (vul hier in want ik kom er nie op) en shiftreagens<br /> === 18 augustus 2015 vm ===<br /> # leg het principe van uit van verfijning van een kristalstructuur<br /> # leg volgende begrippen uit: NOE en NOESY<br /> # ruimtegroep Pbmn en alle vraagjes zoals altijd<br /> # puntgroepen geven 4 isomeren van een of ander molecule<br /> # voor een bepaalde reflectie de fase van de structuurfactor berekenen en de intensiteit<br /> # 2 stellingen (juist of fout):<br /> #* Bij een ESI spectrum zijn er geen fragmentaties<br /> #* Bij kubische dichtste bolstapeling liggen alle atomen op speciale posities<br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Nmr spectra<br /> # verfijning van kristalstructuur<br /> # Vlak groep van ijzer<br /> # Ruimte groep Pcan + al die bijvragen<br /> # Oefening sin theta/lambda. ..<br /> # 2 stellingen: <br /> #* esi heeft geen fragmentaties<br /> #* In ccp liggen alle atomen op speciale posities<br /> <br /> === 18 juni 2015 ===<br /> # Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen?<br /> # Leg uit NOE en NOESY<br /> # puntgroep Pbmn<br /> # Bepaal de puntgroep van de isomeren van tetrachloorkubaan en duid alle symmetrie-elementen aan<br /> # Bereken de fase van de structuurfactor en de intensiteit voor CdI2 met <br /> #* Eenheidscel a=4,24 A, c=6,86 A, gamma=120°<br /> #* Posities: Cd 0 0 0, I(1) 2/3 1/3 1/4, I(2) 1/3 2/3 3/4<br /> #* sin theta/lamba 0,0 0,1 0,2 0,3 fCd 48 44,58 38,44 33,22 fI 53 49,36 42,79 37,14<br /> # Verklaar de begrippen CuKalfa en resolutie<br /> <br /> === 9 juni 2015 vm ===<br /> # Leid de uitdrukking van de structuurfactor af. Hoe kan je de structuurfactor experimenteel bepalen?<br /> # H-NMR spectra van 3 isomeren C6H6N2O2<br /> # Ruimtegroep Pncm<br /> #* Equivalente posities<br /> #* multipliciteit<br /> #* asymmetrische eenheid<br /> #* Geef 2 speciale posities (waarom speciaal?)<br /> #* van welke puntgroep afgeleid?<br /> #* Pattersongroep?<br /> #*Systematische afwezigheden<br /> # Bepaal de puntgroep van verschillende isomeren van tetrachloornaftaleen. Duid de symmetrie elementen aan.<br /> # Rood Loodoxide PbO kristalliseert in tetragonale eenheidscel a= 3.975 c= 5.023<br /> #* Waar vind je in Pattersonfunctie sterkste pieken?<br /> # Leg uit : ESI en ATR-IR<br /> <br /> ===25 juni 2014===<br /> #Geef de stappen voor kristalstructuurbepaling (mondeling)<br /> #Wat is NOE? (mondeling)<br /> #Ruimtegroep Pcnb<br /> #Geef puntgroep van alle isomeren van tetrachloorkubaan<br /> #Intensiteit van In en afbuighoek: vormfactor, atoomposities zijn gegeven<br /> #Stellingen<br /> #*Bij ESI is geen fragmentatie<br /> #*Bij kubisch dichtste bolstapeling liggen de atomen op speciale posities<br /> <br /> ===13 juni 2014===<br /> # Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)<br /> # NMR spectrum met gesubstitueerde benzeenring (mondeling)<br /> # Ruimtegroep Pbnm met alle typische bijvragen (asymmetrische eenheid, speciale posities + waarom ze speciaal zijn, pattersongroep, puntgroep en systematische afwezigheden)<br /> # Geef de vlakgroep van (110) van ijzer<br /> # Oefening op structuurfactor. Vormfactoren met bijhorende sin(θ)/λ zijn gegeven, net als de fractionele coördinaten en de grootte van de eenheidscel<br /> # Wat is ESI?<br /> <br /> ===13 juni 2013===<br /> # Ruimtegroep Pbmb.<br /> # Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de ijzerstructuur?<br /> # NMR-spectrum gegeven. Stelling: Bevat dit spectrum een AX6 systeem?<br /> # Leg volgende begrippen uit: Laue groep, resolutie, temperatuursfactor.<br /> # Gegeven: posities van In en celparameters (a en c). Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de afbuighoek 2theta en de intensiteit van de reflecties (001) en (002). Wat is de puntgroep rond de middelste In? Waar bevinden zich de hoogste Pattersonpieken?<br /> <br /> ===10 juni 2013===<br /> # Teken ruimtegroep Pbnb (ab-projectie) en geef equivalente posities, speciale posities, systematische afwezigheden, puntgroep waarvan de ruimtegroep is afgeleid en asymetrische eenheid. (Schriftelijk, na 1 uur af te geven.)<br /> # Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de platina-strucuur? (Structuur is dus van buiten te kennen!) Bijvraag: is dit vlak de eenheidscel van de vlakgroep? (Mondeling)<br /> # Bespreek: voor ethylisobutyraat (spectrum en structuur gegeven) is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk. Bijvragen: hoe bepalen we de frequentie die we moeten gebruiken voor het ontkoppelingsexperiment? Link de verschillende pieken aan de verschillende groepen. (Mondeling)<br /> # Leg de Ewald-constructie uit. Bijvraag: wat gebeurt er als we het kristal draaien? (Mondeling)<br /> # Gegeven: posities van Mo en Ni in een MoNi4-legering en parameters a en c. Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de 2-theta en de intensiteit van de reflectie (002). Wat is de puntgroep rond Mo? Geef de hoogste pattersonpieken.<br /> <br /> ===16 juni 2011===<br /> # Teken ruimtegroep Pmcn (ab-projectie) en geef equivalente posities, puntgroep waar deze ruimtegroep van is afgeleid, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities en bijhorende Pattersongroep. Zijn er systematische afwezigheden?<br /> # Stellingen:<br /> #* Het vlak (110) wordt bij Fe en bij NaCl beschreven door dezelfde vlakgroep<br /> #* Bij een goed verfijnde structuur zijn de pieken op de verschilfourier te verwaarlozen<br /> #* Voor de waterstofatomen met delta 6,8 is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk (NMR-spectrum van ethyl-4-methoxybenzoaat gegeven, het gaat om de waterstoffen op C3 en C5 van de benzeenring). <br /> # Oefening: PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel, a en c gegeven. Twee posities voor Pb en voor O gegeven. Teken de ab-projectie. Door welke puntgroep wordt de geometrie rond de Pb-atomen beschreven? Door welk Bravaisrooster wordt het kristal beschreven? Bepaal de fase van de intensiteit van afgebogen stralingsbundel voor het vlak (110) voor CuK-alpha (tabel met enkele waarden gegeven voor f van Pb en O ifv sin(theta)/lambda). Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen stralingsbundel op de tekening.<br /> <br /> ===10 juni 2010 (NM)===<br /> # Teken ruimtegroep Pmnb en klassieke vragen: equivalente posities, 2 speciale posities, systematische afwezigheden, asymmetrische eenheid, puntgroep,..<br /> # Stellingen:<br /> #* De temperatuur heeft geen invloed op de kristalstructuurbepaling.<br /> #* Het is niet mogelijk om P2 en Pm van elkaar te onderscheiden met behulp van intensiteitsmetingen.<br /> # NMR-spectrum en bepalen of het overeenkomt met het gegeven molecule.<br /> # Oefening: AgI kristal, a= 6,50 Angstrom, coordinaten van atomen zijn gegeven, en tabel van f ifv sin/lambda.<br /> #* Geef a,b-projectie + Bravaisrooster<br /> #* Bereken Intensiteit en bereken afbuighoek van vlak 004<br /> #* Geef puntsymmetrie rond Ag en rond I<br /> #* Waar verwacht je de hoogste Pattersonpieken?<br /> <br /> ===23 juni 2009===<br /> # teken ruimtegroep (Pnca dacht ik) &amp;amp; geef eq. posities, 2 speciale posities, syst. afwezigheden, puntgroep, ...<br /> # Stellingen:<br /> #* rotatiesymmetrie kan bepaald worden via rotatiediffractie(dat een ding waar ge een kristal draait, ik ben niet meer zeker of dat zo heet)<br /> #* bij verschilelektronendichtheidsmap gaat de hoogte van de pieken verloren bij verfijning (ofzoiets toch)<br /> # NMR van 1,1-dimethoxyethaan<br /> # Oefening: alfa-uranium heeft volgende coordinaten op speciale posities: +-(0,y,1/4) +-(1/2,1/2-y,-1/4) a b en c gegeven(3 verschillende waarden) 2 groottes van structuurfactoren gegeven en de fu in functie van sin(theta).<br /> #* y is 0.10 of 0.15, bepaal dit met bhv de gegevens. <br /> #* Teken een a,b-projectie. <br /> #* Beschrijf de omringing van het U-atoom via de puntgroep van het atoom. <br /> #* Teken de pattersongroep.<br /> ===17 juni 2009===<br /> # Ruimtegroep Pcan: equivalente posities, multipliciteit, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities, puntgroep, systematische afwezigheden<br /> # Stellingen<br /> #* De temperatuurfactoren van Pt in een Pt-kristal zijn isotroop (Antwoord: Waar want ze liggen op speciale posities)<br /> #* De symmetrie van een diffractiepatroon van een kristal wordt bepaald door de ruimtegroep<br /> #* NMR: aspirine<br /> # Oefening: Nikkelarsenide (a, c en gamma=120° is gegeven) De posities van Nikkel en van arseen zijn ook gegeven. <br /> #* Geef de ab-projectie, bravais rooster, wat is de stapeling van Arseen, puntgroep rond Arseen en rond nikkel <br /> #* Bij reflecties (200), (300) en (030) en Cu K-alfa straling<br /> #** Voorspel de hoogste intensiteit<br /> #** Voorspel de grootste afbuighoeken<br /> #* Wat is de resolutie bij een afbuighoek van 100° en bij Cu K-alfa straling<br /> <br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Ruimtegroep (ik denk Pbmn) met klassieke vragen<br /> # Stellingen<br /> #* Pm en Cm hebben dezelfde Harkersecties<br /> #* Cobalt kan geïoniseerd worden met Cu K alfa straling<br /> #* NMR<br /> # Oefening: HgS met coördinaten Hg en S gegeven. Alle elementen geven van 11 juni op uitzondering van de afbuighoek en dit voor de vlakken 200 en 400. <br /> <br /> === 11 juni 2009 ===<br /> # Ruimtegroep + asymmetrische eenheid + 2 speciale posities + iets met systematische afwezigheden<br /> # Stellingen<br /> #* Het 110 vlak van Fe vertoont C4v (Bijvragen: aantonen op modellekes)<br /> #* De atomen bij hexagonale dichtste bolstapeling liggen allemaal op speciale posities (Bijvraag: Hij vraagt om de kubische bolstapeling te laten zien, met die pingpongballetjes en hoe heten de ruimtes tussen die pingpongballekes) <br /> #* NMR: een benzeen met een chloor op en op para positie iets me een ethyl en een keton (Bijvraag: hoe zie je dat het een spectrum van de 1ste orde of 2de orde is)<br /> # Oefening: ik kreeg een tabel met fractionele coördinaten van ReO3 en zo'n tabel met sin (theta) / lamda en vormfactoren. Ik moest een ab projectie tekenen, bravais rooster geven, intensiteit berekenen, afbuighoek bepalen, hoogste pattersonpieken voorspellen.<br /> <br /> === 24 juni 2008 ===<br /> # Pmca met klassieke vragen<br /> # Stellingen<br /> #* Alle atomen van sfaleriet bezetten speciale posities<br /> #* Een kristalrooster kan ondubbelzinnig bepaald worden adhv systematische afwezigheden<br /> #* isopropyltolueen<br /> # Wolfraam-rooster en CuKa straling, vlakken (211) en (310)<br /> #* teken 3D-rooster en duidt [sic] vlakken aan<br /> #* Welke intensiteit is sterkst, bij (221) of bij (310)<br /> #* Welke reflectiehoek is grootst, bij (221) of bij (310)<br /> #* Welke zijn de sterkste Pattersonpieken?<br /> <br /> === 19 juni 2008 ===<br /> # Pbmn tekenen + assym. eenheid + equi. pos. + multipliciteit + 2 speciale pos. + Systematische afwezigheden + van welke puntgroep<br /> # Stellingen<br /> #* De temp. heeft geen invloed op het diffractiepatroon<br /> #* De vlakken 001 en 110 van Fe hebben dezelfde vlakgroep (ook zeggen welke vlakgroep(en))<br /> #* NMR<br /> #De structuur van LiF en NaCl is dezelfde, a = ...., kristalafmeting 0,2mmx0,2mmx0,2mm en wordt bestraald met Cu kalfa. Bereken F003 en F004. Welke intensiteit is het hoogst? Wat gebeurt er met de diffractiehoek en de intensiteit als je:<br /> #*F vervangt door I<br /> #*de cel verdubbeld<br /> #*Waar verwacht je de sterkste Pattersonpieken<br /> <br /> === 19 juni 2008 ===<br /> # P nmb tekenen + puntgroep + asymetrische eenheid + equi posities<br /> # stellingen ( waar of niet waar )<br /> #* Pm en Cm hebben dezelfde harkersecties<br /> #* R staat voor de resolutie van een structuurbepaling<br /> #* spectrum en molecule gegeven, horen ze bij elkaar?<br /> # oefening : NH4HgCl3 heeft eenheidscel a = ... c =... en atoomposities N, Hg en 3 Cl-en gegeven: (ook alpha-Cu straling zoda je uw lambda ook kent) (tabel sin(theta)/lambda en f waarden van Cl, Hg en N gegeven)<br /> #* geef (a,b) projectie van eenheidscel<br /> #* bepaal Bravais rooster<br /> #* bepaal intensiteit en afbuigrichting 2theta van de reflectie (004)<br /> #* Hg door welke puntgroep omringt<br /> <br /> ===23 juni 2008===<br /> #Ruimtegroep tekenen. In dit geval Pman. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?<br /> #Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:<br /> #*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.<br /> #*De temperatuurfactoren van &amp;lt;math&amp;gt;\alpha&amp;lt;/math&amp;gt;-Fe zijn isotroop.<br /> #*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?<br /> #kristal met Li2O met één lengte gegeven (kubisch dus) <br /> #*teken ab projectie gegeven zijn de posities van de atomen<br /> #*geef puntgroep rond Li en O<br /> #*geef bravais rooster<br /> #*twee vlakken gegeven welke grootste hoek en welke grootste intensiteit<br /> #*waar bevinden zich de grootste patterson pieken<br /> <br /> ===27 juni 2007===<br /> #Ruimtegroep tekenen. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?<br /> #Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:<br /> #*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.<br /> #*De temperatuurfactoren van &amp;lt;math&amp;gt;\alpha&amp;lt;/math&amp;gt;-Fe zijn isotroop.<br /> #*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?<br /> #Typische gecombineerde oefening. Diffractiemeting op wolfraam met Cu-&amp;lt;math&amp;gt;\alpha&amp;lt;/math&amp;gt; straling. Beschouw vlakken (211) en (310). Een tabel met &amp;lt;math&amp;gt;\frac{\sin \theta}{\lambda}&amp;lt;/math&amp;gt; waarden is gegeven.<br /> #*Teken het reële rooster en duidt de vlakken aan.<br /> #*Teken ab-projectie van het reciproke rooster, en duidt hier ook de vlakken aan.<br /> #*Voor welk vlak verwacht je de grootste reflectiehoek.<br /> #*Voor welk vlak verwacht je de grootste intensiteit.<br /> <br /> ===Vragen eerste zit vrijdag 30 juni 2006 (Fysica)===<br /> #Teken Pbna (ab-projectie). Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?<br /> #Zijn volgende stellingen waar of vals?<br /> #*Omgeving van een bol in hexagonaal dichtste bolstapeling is C3h.<br /> #*&amp;lt;math&amp;gt;P2_1&amp;lt;/math&amp;gt; en &amp;lt;math&amp;gt;P2_1/m&amp;lt;/math&amp;gt; zijn niet te onderscheiden met behulp van de speciale posities.<br /> #*Dit is het NMR-spectrum van... (iets ingewikkeld)<br /> #LiF kristalliseert zoals NaCl in kubische cel met parameter a = 0,4026 nm. We gebruiken CuKa straling en een kristal met dimensie 0,2x0,2x0,2.<br /> #*Geef de ab-projectie van de structuur.<br /> #*Geef de reciproke parameters.<br /> #*netvlakken 003 en 004: welke heeft grootste intensiteit van de gereflecteerde straal?<br /> #*Wat gebeurt met deze reflecties (dus hoek, intensiteit, fase) als we F vervangen door I. Wat gebeurt er als we de afmetingen van het kristal verdubbelen?<br /> #*Welke zijn de grootste pieken in de Pattersonfunctie?<br /> <br /> === Vragen eerste zit dinsdag 27 juni 2006 (Geologie) ===<br /> (dit waren vragen van geologie, zij hebben ook een deel poederdiffractie dat voor fysici niet gekend hoeft te zijn)<br /> <br /> *teken de ruimtegroep Pncm (a,b-projectie)<br /> Geef equivalente posities, multipliciteit en assymmetrische eenheid<br /> <br /> Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid?<br /> <br /> Geef twee speciale posities<br /> <br /> *stellingen:<br /> De atomen in perovskiet liggen allemaal op speciale posities<br /> <br /> De ruimtegroepen P2/c en Pc behoren tot zelfde pattersongroep<br /> <br /> *loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel<br /> a=3,975 A en c=5,023 A<br /> atomen liggen op de posities:<br /> Pb(1): 0 ½ 0.2385<br /> Pb(2): ½ 0 -0.2385<br /> O(1): 0 0 0<br /> O(2): ½ ½ 0<br /> Teken een a,b-projectie van de eenheidscel en beschrijf de omringing van de loodatomen met behulp van een puntgroep<br /> <br /> Welk Bravaisrooster?<br /> <br /> Bepaal voor de reflectie (110) de fase van de structuurfactor en intensiteit<br /> Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen bundel bij op de a,b-projectie bij gebruik van CuKα <br /> <br /> Bereken de positie van de diffractielijn op een Debye-Scherrer film<br /> (camerastraal=28,7mm en CuKα)<br /> <br /> Teken schematisch de film<br /> <br /> === Vragen eerste zit donderdag 22 juni 2006 (Fysica) ===<br /> *eerste vraag:<br /> Teken een ab-projectie van de ruimtegroep Pmcb<br /> en alles der op en der aan, puntgroep, patterson, equivalente posities...<br /> <br /> *Tweede vraag:<br /> Zijn volgende stellingen waar, verklaar:<br /> 1. kan men uit een diffractie patroon de aanwezigheid opmaken van een S4 as?<br /> 2. Is de R-waarde een maat voor de resolutie van een diffractie?<br /> 3. Is dit het NMR spectrum van ... (een onuitspreekbare naam)<br /> <br /> *Derde vraag:<br /> Oefeningen op een hexagonaal stelsel CadmiumdiJood met straling bepalen en uittekenen.&lt;/text&gt;</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&diff=1801 Spectroscopie van biomoleculen 2019-08-27T18:43:32Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Het deel van Vogt is mondeling, Hofkens is schriftelijk. Je moet op beide delen minstens 4/10 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===27 augustus 2019===<br /> ====Deel Hofkens====<br /> # theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden<br /> # oefening anisotropie waarbij 20% vermindert werd<br /> # woordjes<br /> ##foto-elektrisch effect<br /> ##cotton-effect<br /> ##extinctiecoëfficiënt<br /> ##TRES<br /> <br /> === 25 Juni 2019 NM===<br /> ====Voght====<br /> #NMR C11H14O2<br /> #COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent<br /> #Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.<br /> <br /> ====Hofkens==== <br /> #Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.<br /> #Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.<br /> #Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES<br /> ===25 juni 2019 VM===<br /> <br /> ====Vogt====<br /> #NMR-spectrum(C9H10O3)<br /> #Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens<br /> #Fase 1 spectrum -&gt;structuur proteinen<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> Zie examen 27 juni 2018<br /> <br /> ===11 juni 2019===<br /> <br /> ====Voght====<br /> #NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)<br /> #Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)<br /> #Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> <br /> #Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)<br /> #Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)<br /> #4 begrippen: (4 punten)<br /> #*limiting anisotropy<br /> #*inner filter effect<br /> #*auxochrome shift<br /> #*anti-Stokes Raman<br /> <br /> ===27 juni 2018===<br /> ====Vogt====<br /> # Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden<br /> # wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding<br /> # 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram<br /> #* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.<br /> # Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment<br /> <br /> ===26 juni 2018===<br /> ====Vogt====<br /> # Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3<br /> # Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur<br /> # Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. <br /> #* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?<br /> #* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? <br /> #* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? <br /> # Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. <br /> #* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.<br /> #* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.<br /> #* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?<br /> # Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC<br /> <br /> ===18 juni 2018===<br /> ====Vogt====<br /> # Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie<br /> # 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. <br /> #*Waarom gebruik je P-NMR hier. <br /> #*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR's en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen<br /> #* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? <br /> #* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking<br /> #* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen<br /> #Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit<br /> #* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR<br /> #* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.<br /> #* Teken een vibratiobele overgang<br /> #* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand<br /> #* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit<br /> <br /> # Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties<br /> #* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot<br /> #* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.<br /> #* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?<br /> # Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur<br /> #* TRES<br /> #* Foto-elektrisch effect<br /> #* Cotton- effect<br /> #* Extinctie coëfficiënt<br /> <br /> ===6 september 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # oefening met NMR (C9H10O3)<br /> # spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.<br /> # SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.<br /> ====Hofkens====<br /> # (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.<br /> # (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?<br /> # (4pt) Woordjes<br /> #* Foto-elektrisch effect<br /> #* FRET<br /> #* Single Photon Timing<br /> #* Cottoneffect<br /> <br /> === 28 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # oefening spectrum NMR<br /> # COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.<br /> # Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR<br /> ==== Hofkens ====<br /> # Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.<br /> # Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. <br /> # Woordjes:<br /> #* Transitiedipoolmoment<br /> #* Balmerreeks<br /> #* Excitatiespectrum<br /> #* Perrin vergelijking<br /> <br /> ===27 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # H en C spectrum<br /> # NOE<br /> # fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen <br /> ====Hofkens====<br /> # grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?<br /> # anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie<br /> # woordjes: <br /> #* foto-elektrisch effect<br /> #* extinctie coefficient<br /> #* TRES<br /> #* cotton effect<br /> <br /> ===19 juni 2017===<br /> ====Vogt:====<br /> # zeeman effect<br /> # H/C spectrum<br /> # in vivo nmr<br /> ====Hofkens====<br /> # da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.<br /> # oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)<br /> # woordjes: <br /> #* Ro<br /> #* Dynamic quenching<br /> #* fluorescence quantum yield<br /> #* resonance <br /> #* Raman scattering<br /> <br /> ===13 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2<br /> # vraag2 <br /> #* 2 soorten relaxatie, leg uit<br /> #* hoe beinvloeden deze het C-NMR<br /> #* weet ik ook niet meer<br /> # 1D en 2D NMR spectra: <br /> #* verschillen, voor - en nadelen geven. <br /> #* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? <br /> #* hoe ziet men dit? <br /> #* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)<br /> ====Hofkens====<br /> # membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).<br /> # Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4<br /> # 4 termen: <br /> #* anti stokes <br /> #* ramanscattering<br /> #* emissiespectra<br /> #* statische quencher<br /> #* laatste weet ik niet meer<br /> <br /> ===7 juni 2016===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en C-spectrum, structuur afleiden.<br /> # Je krijgt spintoestanden<br /> #* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. <br /> #* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? <br /> #* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? <br /> #* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?<br /> # Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. <br /> #* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? <br /> #* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? <br /> #* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. <br /> #* Verklaar de resultaten. <br /> #* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. <br /> #* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?<br /> # Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.<br /> # Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) <br /> #* foto-effect <br /> #* Balmer-reeks <br /> #* ... <br /> #* transitiedipoolmoment.<br /> <br /> ===23 juni 2015===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en C-spectrum<br /> # Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.<br /> # Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:<br /> #* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.<br /> #* kwalitatief proteine structuur te bepalen.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?<br /> # Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.<br /> # Begrippen: <br /> #* Cotton-effect<br /> #* Inner filter effect<br /> #* R0 <br /> #* Excimeer<br /> <br /> ===15 juni 2015===<br /> ====Vogt====<br /> # H-spectrum+ IR-spectrum<br /> # uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.<br /> # Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)<br /> ====Hofkens====<br /> # twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)<br /> # hoe kan men de transitieconstante berekenen?<br /> # woordjes: <br /> #* limiterende anisotropie<br /> #* cotton effect<br /> #* inner filter effect<br /> #* statische quenching<br /> <br /> ===17 juni 2013===<br /> ====Vogt====<br /> # simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.<br /> # verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren<br /> # welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.<br /> # het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.<br /> # begrippen uitleggen: <br /> #* R0<br /> #* cotton effect<br /> #* inner filter effect<br /> #* excimeer<br /> <br /> ===10 juni 2013===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden<br /> # IR spectroscopie:<br /> #* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?<br /> #* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.<br /> #* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?<br /> #* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?<br /> # Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.<br /> ====Hofkens====<br /> # oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).<br /> #* Verklaar de resultaten.<br /> #* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?<br /> #* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)<br /> # Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)<br /> # Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):<br /> #* circulair dichroïsme<br /> #* magic angle<br /> #* fosforescentie <br /> #* J-aggregaat<br /> <br /> ===30 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)<br /> # Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma's gegeven).<br /> # Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.<br /> ====Hofkens====<br /> # Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).<br /> # Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)<br /> # Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)<br /> #* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven<br /> #* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.<br /> <br /> ===21 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.<br /> # Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.<br /> #* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.<br /> #* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)<br /> #* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.<br /> #* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?<br /> # Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)<br /> # Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)<br /> # Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)<br /> <br /> ===17 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:<br /> #* Waarom is die piek bv een triplet?<br /> #* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?<br /> # Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.<br /> #* bereken de chemische shift bij 60MHz<br /> #* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz<br /> #* bereken de chemische shift bij 500MHz<br /> #* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk<br /> # Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?<br /> ====Hofkens:====<br /> # Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo'n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo'n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)<br /> # Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)<br /> #* Extinctiecoefficient<br /> #* Woodward-Fieser-Scott-regels<br /> #* Lambert-Beer<br /> #* Fluorescentie quenching<br /> # oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.<br /> #* bereken de golflengte<br /> #* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)<br /> <br /> ===15 jun 2010===<br /> ====Tatjana====<br /> # H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:<br /> #* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?<br /> #* Is het IR-spectrum hier nuttig?<br /> # Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma's gegeven).<br /> # Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.<br /> <br /> ===18 jun 2009===<br /> ====Tatjana====<br /> # H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.<br /> # Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).<br /> #* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.<br /> #* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.<br /> # Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?<br /> <br /> ===16 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR<br /> # 3 COSY's gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY's toe en leg uit waarom<br /> # H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))<br /> <br /> ===13 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # H en C spectrum van een molecule<br /> # Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC<br /> # hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling<br /> <br /> ===11 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.<br /> # Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.<br /> # Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P<br /> <br /> ===27 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop<br /> # Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo'n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.<br /> # Toepassing van IR op biomoleculen<br /> <br /> ===23 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Basic oefeningske<br /> # De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.<br /> # Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten<br /> <br /> ===21 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.<br /> # Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken<br /> # Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.<br /> <br /> ===18 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel 'makkelijk&quot;)<br /> # Theorie:<br /> #* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De 'gamma' van H en P was gegeven<br /> # In vivo NMR, bespreek, leg uit,...</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Celbiologie_en_biochemie&diff=1800 Celbiologie en biochemie 2019-08-27T18:41:19Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen vanaf 2013 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Vanaf 2016-2017: Schriftelijk examen in plaats van mondeling examen zoals voordien.<br /> Vanaf 2012-2013: Jaarvak voor zowel chemie als biochemie. Volledig gedoceerd door Patrick Van Dijck.<br /> Vanaf 2009-2010: Voor de chemisten zijn het twee vakken, voor de biochemisten 1 jaarvak. <br /> De chemisten hebben dus examen in januari en juni, de biochemisten enkel in juni.<br /> Tussen 2007-2009: Voor de chemisten zijn het twee vakken, voor de biochemisten 1 jaarvak.<br /> Voor 2006-2007: Semestervak, gedoceerd door Johan Thevelein.<br /> <br /> ==Examenvragen vanaf 2013==<br /> ===19 augustus 2019===<br /> # Amylopectine is een belangrijk deel van zetmeel. Teken de structuur en alle atomen. Waar verschilt dit moleculen met glycogeen? <br /> # Hoe wordt p53 geactiveerd? Wat heeft dit als resultaat? Wat is het gevolg indien het slecht functioneert? <br /> # Hoe kan ionenuitwisselings chromatografie worden gebruikt om de 5 (gegeven) decapeptiden te scheiden. Welke elueert het eerst? <br /> # Welke soort juncties zijn er? Teken en leg ze uit? <br /> # Gistcellen kunnen groeien op een ethanol bodem. Hoeveel moleculen heeft een gistcel nodig om 12 moleculen ribose-5-P te maken. Hoeveel energiewinst is er? Geef alle stappen.<br /> # 3 prenten:<br /> ## Ben ik vergeten<br /> ## Kliercel: benoem alle delen in de cel en geef hun functie. <br /> ## 2 Virussen(1 was Tabaksmozaïekvirus): wat is hun structuur en wat zijn het?<br /> <br /> ===26 juni 2019===<br /> #leg gedetailleerd uit wat actief transport is<br /> #geef de structuur van microtubuli, waarom zijn deze microtubuli belangrijk bij delende plantencellen? geef de structuur van flagellen bij eukaryote cellen en hoe zorgen deze voor beweging<br /> #wat is Km?<br /> #wat is een proplastide?<br /> #wat is confocale fluorescentiemicroscopie en hoe kan deze gebruikt worden om een celmembraam te bekijken?<br /> #hoeveel glycerol heb je nodig voor opbouw van 6 moleculen palmitinezuur? kan dit ook in anaerobe omstandigheden?<br /> # 2 foto's, geef alle structuren die je ziet + functie <br /> ## 1 foto van kristallen in een kern<br /> ## 1 foto van mucusvesikels die uit een darmepitheelcel komen<br /> <br /> ===18 juni 2019===<br /> #Wat is de moleculaire structuur van een celwand van een bacterie? Wat is het verschil tussen een gram+ en een gram- bacterie? Hoe heeft dit effect met penicilline? Waarom gebeurt dit niet bij de mens? <br /> #Hoe kan men een enzym isoleren en scheiden uit een dierlijke cel? <br /> #Wat is covalente modificatie? Geef twee voorbeelden, een waarbij het enzym vertraagt en een waarbij het enzym versnelt. <br /> #Hoeveel ATP geeft de afbraak van tripalmitine? Hoeveel tripalmitine moet er worden afgebroken om 10 moleculen glucose te maken in een dierlijke cel? <br /> #Twee EM-foto's bespreken en vijf termen uitleggen.<br /> <br /> ===27 juni 2018===<br /> #Biosynthese van palmitinezuur geven (met structuren) en zeggen waar deze plaatsvindt.<br /> #Teken een spiercel en benoem de elementen. Leg verder ook mbv tekeningen uit hoe een spiercel werkt.<br /> #5 begrippen uitleggen/tekenen: mesosoom, operon, guanine, blefaroplast en mycoplasma.<br /> #Leg uit hoe je mbv affiniteitschromatografie zuiver hexokinase uit een levercel kan scheiden. Zijn er nog andere technieken om zuiver hexokinase te krijgen, zo ja leg deze dan uit.<br /> #Hoeveel moleculen glycerol zijn er nodig om 10 moleculen alanine te vormen. Geef de metabolische wegen in de juiste volgorde en geef de volledige synthese (inclusief structuren). Er is genoeg ammonium aanwezig maar geen oxaalazijnzuur.<br /> #Van 2 E.M foto's de structuren en hun functies benoemen.<br /> <br /> ===19 juni 2018===<br /> #Gluconeogenese geven/uitleggen<br /> #Welke aminozuren kunnen gefosforiliseerd worden, en welke geglycosyleerd. Teken een gefosforiliseerd aminozuur.<br /> #Confocale fluoricentiemicroscoop uitleggen en tekenen. Hoe kan dit gebruikt worden om het plasmamembraan te tonen.<br /> #BBegrippen: p53, desmosoom, N-acetylmureinezuur, cysteine, chiasma.<br /> #Hoeveel mol tripalmitinezuur heb je nodig voor 15 mol ribose?<br /> #EM foto van glycocalyx met slijmbekercel en foto met peroxisoom.<br /> <br /> ===30 augustus 2017===<br /> #Ionenuitwisselingschromatografie uitleggen<br /> #Een stuk DNA tekenen<br /> #De verschillende juncties tussen cellen uitleggen<br /> #Biosynthese en afbraak van vetten tekenen en uitleggen<br /> #Hoeveel moleculen glutaminezuur heb je nodig om 6 moleculen ribose-5-P te maken<br /> #Fotos van cellen: spiercel en plantencel<br /> <br /> ===21 augustus 2017===<br /> #Koppel een fructosemolecule aan een galactose en deze aan een glucose op bepaalde manier (alpha,beta)<br /> #Confocale fluorescentiemicroscopie<br /> #Leg volgende termen uit: operon, plaques, cyclines, mesosoom, cystine<br /> #Bespreek de lichtreacties (voorkomen, welke reacties gebeuren,...)<br /> #Hoeveel sucrosemoleculen heb je nodig om 10 moleculen alanine te maken?<br /> #2 E.M. foto's, de ene was een spiercel (actine en myosine), de andere weet ik niet zeker<br /> <br /> ===20 juni 2017===<br /> #Maak een (erg gedetailleerde) tekening van de secretieweg van DNA tot enzyme, voor een enzyme dat als functie heeft de celwand opbouwen. Leg hierbij alle belangrijke stappen uit.<br /> #Actief transport bij bacteriën, schimmels en dieren uitleggen, met glucose als voorbeeld<br /> #Je wil 6 proteïnen scheiden door een anionuitwisselingschromatografie uit te voeren, welke stappen zijn hierbij? Maak ook een tekening<br /> #Hoeveel glycerol heb je nodig ter vorming van 4 moleculen tripalmitine? Hoeveel ATP is er over na volledige verademing van uw restproducten en reducerend vermogen? Geef op volgorde alle metabolische wegen die hierbij gebruikt werden. Geef schematisch alle stappen die doorlopen worden bij de vorming van tripalmitine uit glycerol, en geef de netto reactievergelijking (inclusief ATP).<br /> #2 foto's aanduiden alles dat je herkent en de functie ervan geven, was een slijmbekercel en een heel erge close up van een plantencel<br /> #5 termen verklaren: apoptosoom, DNA primase, N-acetylglucosamine, proplastide en Km<br /> <br /> ===21 juni 2016===<br /> #cytokinese dier &amp; plant<br /> #donkerracties en verschil C3,C4 en CAM <br /> #adrenaline<br /> #vriesbreuk en vriezers<br /> #ato berekenen in cyclus<br /> #fotokes van vet en golgi app<br /> <br /> ===20 juni 2016 ===<br /> #bespreek celwand van bacterien en schimmels op vlak van structuur, functie en chemische samenstelling<br /> #inductie en repressie uitleggen adhv lac-operon en trp-operon<br /> #oef: hoeveel mol ribose-5-P kan je maken uit glutaminezuur? bereken hoeveel ATP je over hebt en schrijf de volledige cycli uit (antwoord 3 mol ribose-5-P) <br /> #fotos over juncties en chloroplast<br /> #gelfiltratie uitleggen + hoe daaruit molecuulgewicht proteinen bepalen<br /> #structuur en werking van een spiercel uitleggen<br /> <br /> ===20 juni 2016 ===<br /> #bespreek celwand van schimmels en bacterie (moleculair, structuur, functie)<br /> #bespreek gelfiltratie + hoe kan men de moleculaire massa berekenen van een proteine<br /> #bespreek de spiercel (werking, structuur)<br /> #Bespreek genrepressie en geninductie aan de hand van beta galactosidase en tryptofaan<br /> #metabolisme: hoeveel ribulose 5 fosfaat uit 5 glutaminezuur (geef namen gebruikte wegen + theoretische ATP opbrengst)<br /> #Structuren desmosoom/dichte junctie en chloroplas<br /> <br /> ===14 juni 2016===<br /> #bespreek de onderzoeken naar de regulatie van de celcyclus (MPF enzo...). Wat kan er misgaan wanneer de regulatie niet goed verloopt? (tumor, p53, oncogenen).. <br /> #Bespreek oorsprong structuur en functie van glyoxisomen en peroxisomen (bijvraag: waar vind je vb glyoxisomen: noten,zaden) <br /> # kationuitwisselingschromatografie uitleggen +methode om 4 peptiden te scheiden hiermee uitleggen<br /> # bespreek: Gs proteine (algemeen, niet adrenaline), Km(enzyme),Prion<br /> # Hoeveel ATP moeten de lichtreacties maken voor de synthese van 6 mol sucrose via donkerrracties (UDPG niet vergeten)<br /> # 2 fotos: chloroplast, 10 structuren aanduiden, darmepitheelcel met glycocalix en veel mucus blijkbaar geen lysosomen dus<br /> <br /> ===13 juni 2016 NM===<br /> #bespreek microtubuli en de structuren aan die in de cel voorkomen.<br /> # Welk peptide wordt er gevormd (DNA gegeven)<br /> # waaruit bestaat een spiercel en bespreek de werking ervan<br /> # Bespreek de calvin-cyclus. Wat zijn de inputs en wat zijn de outputs? <br /> #Hoeveel moleculen glycerol hebt je nodig om 9 moleculen ribose-5- fosfaat te maken? ( pentosefosfaat weg omkeren)<br /> #em foto's <br /> #*was een plantencel blaasjes golgi-apparaat aant afzetten was op de fragmoplast<br /> #*De tweede foto was een slijmbekercel<br /> <br /> ===13 juni 2016 VM===<br /> # Structuur glycogeen? Biosynthese er van en afbraak ervan? (Moest blijkbaar adrenaline bij betrekken)<br /> # aminozuren uitleggen en de structuur van proteine<br /> #structuur en functie van de celwand bij bacteriën<br /> #de stappen nodig om een zuivere fractie van polysomen te verkrijgen. Das zo met differentiële centrifugatie <br /> # hoeveel mol ethanol nodig om 6 mol ribos-6-fosfaat te vormen. <br /> # 2 foto's ene was met peroxisoom (kristal in), mitochondrie en chloroplast. 2e was ook vormen van fragmoplast<br /> <br /> === 23 juni 2015 VM ===<br /> # Bespreek de lichtreacties<br /> # Belangrijkste cel differentiaties bij Planten.<br /> # Hoe kan men cellen in een oplossing tellen? Hoe gebeurd dit bij bacteriofagen?<br /> #Teken en bespreek de structuur en functie van de glycocalix bij dieren<br /> #hoeveel maltose moleculen zijn er nodig bij de synthese van alanine in een cel met een tekort aan energie<br /> # 2 foto's: een prokaryoot en een spiercel<br /> <br /> === 24 juni 2015 VM ===<br /> # Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers en teken de belangrijkste.<br /> # apoptose<br /> # Penicilline en chloramfenicol <br /> # Opbouw en afbraak van vetten<br /> # 2 foto's eentje van een floeemcel de andere van een vetdruppels met glyoxisomen<br /> <br /> === 23 juni 2015 VM ===<br /> # Geef alle soorten lipiden, uitleg, tekening<br /> # wat is een sarcomeer en leg werking uit,<br /> # vier woorden: microsoom, beta-mercapto-ethanol, tonofilamenten en dna primase, <br /> # Geef heel calvincyclus<br /> # Oefening met al die metabolisme en ATP enzo. Iets mat stearinezuur afbreken tot pyrodruivenzuur ofzo tongue-emoticon<br /> # 2 fotos : celkern met kristallen en dan blijkbaar een zeefvat<br /> <br /> === 22 juni 2015 NM ===<br /> # Alles van de plantencelwand<br /> # Oef met DNA sequentie en translatie<br /> # Oxidatieve fosforylatie vs foto fosforylatie<br /> # Hoe kan je polysomen en ribosomen scheiden<br /> # Hoeveel mol glycerol heeft een gistcel, die in de G0-fase zit, nodig om met ademhaling 110 Mol ATP te synthetiseren<br /> # Foto van openbarstende darmepitheelcel (met mucus) en van een plantencel<br /> <br /> === 22 juni 2015 VM ===<br /> # Structuur en functie van endoplasmatisch reticulum<br /> # Hoe wordt de activiteit van fosfofructokinase geregeld?<br /> # Cytoskelet bij planten en dieren<br /> # Bespreek de lichtreacties<br /> # hoeveel mol ethanol nodig opdat gistcellen 4 mol ribose-5-P kunnen maken. Welke metabolische weg komen hierbij tussen? Hoeveel ATP blijft er over? <br /> # 2 foto's: de eerste was een zenuwcel met microtubuli en de tweede met een peroxisoom.<br /> <br /> === 16 juni 2015 ===<br /> # bespreek suikers en polysacchariden en teken de belangrijkste<br /> # welke reacties vinden plaats op het thelakoïdmembraan en wat zijn de inputs en outputs<br /> # geef uitleg; middenlichaampje, callus, mitosis-promoting factor MPF, blefaroblast<br /> # hoeveel mol glutaminezuur moet omgezet worden in oxaalazijnzuur om voldoende ATP te maken voor de afbraak van 5 mol stearinezuur<br /> # bespreek SDS-page en waarvoor dient het<br /> # foto van floëemcellen en foto van kern met kristallen p p295<br /> <br /> === 26 juni 2014 ===<br /> #IEP uitleggen en peptiden rangschikken op IEP<br /> #Transport van voedingsstoffen over de celmembraan bespreken<br /> #Methoden om de volgorde van enzymen in een metabolische pathway te bepalen<br /> #Glyoxylzuurcyclus bespreken<br /> #Hoevel mol glycerol nodig voor 2 mol palimitinezuur<br /> #Foto van jonge plantencel en van peroxisoom<br /> <br /> ===23 juni 2014===<br /> #Transport van voeding door de membraan<br /> #Plantencelwand bespreken<br /> #Bespreek de pentosefosfaatweg (alles)<br /> #Tellen van bacteriofagen<br /> #1 mol tripalmitine (vergeet glycerol niet!)<br /> #Foto van plantencel (chloroplast volledig en ook vacuole enzo) + floeemcel (gedifferentieerde plantencel)<br /> <br /> === 19 juni 2014 ===<br /> #Leg de rol van enzymen als katalysatoren uit in de metabolische reactie wegen<br /> #Wat doe adrenaline in de levercellen als je schrikhebt?<br /> #Leg de weg uit die katalase aflegt in de cel beginnende bij DNA.<br /> #Leg ionenuitwisselingschromatografie uit.<br /> #Hoeveel mol maltose heb je nodig voor de aanmaak van 2 mol stearine? Welke metabolische reactiewegen komen hier bij te pas? Welke zijn de energieleverende/ energie verbruikende stappen?<br /> #Prent van cel met glycogeenkorrels, RER, SER, mitochondrien etc<br /> #Prent van plant cel in cytokinese --&amp;gt; aanmaak van middenlamel door fragmoplast etc<br /> <br /> === 12 juni 2014 (namiddag) ===<br /> #Transport over celmembraan<br /> #Kern met rer tekenen en functie uitleggen <br /> #Wat doet adrenaline in levercellen<br /> #Confocale fluorescentie microscopie uitleggen<br /> #Hoeveel acetaat je nodig hebt voor 3 mol glycerol en waar wordt energie geproduceerd <br /> #Foto van glycogeenkorrels en van kristallen in kern<br /> <br /> === 12 juni 2014 (voormiddag) ===<br /> #fosfofructokinase van dna tot enzyme de weg die het moet doen en regulatie<br /> #plantencelwand opbouw componenten en functie<br /> #tellen van cellen en bacteriofagen<br /> #hoeveel glucose nodig voor 4 alanine te maken<br /> #foto van zenuwuitlopers en vorming nieuwe celwand bij planten: fragmoplast<br /> <br /> === 17 juni 2013 (namiddag) ===<br /> #Bespreek de eenvoudige suikers en polysacchariden.<br /> #Bespreek de biosynthese en afbraak van vetzuren.<br /> #Wat is de functie van glyoxisomen? Hoe kan je deze zichtbaar maken bij fluorescentie microscopie?<br /> #Een gistcel kan groeien op ethanol. Om te groeien moet de celwand groeien, deze is opgebouwd uit polymeren van suikers. <br /> #*Hoeveel mol ethanol is er nodig om 10 mol glucose te maken? <br /> #*Kan de gistcel groeien op ethanol in anaëroob milieu? (antwoord: p469 laatste 5 regels in middelste stuk)<br /> #prent aanduiden: <br /> #*desmosoom <br /> #*peroxisoom met kristalstructuur<br /> <br /> === 17 juni 2013 (voormiddag) ===<br /> #Teken de overgang van kernmembraan naar R.E.R. Wat is de functie van dit laatste?<br /> #Bespreek geprogrammeerde celdood. Is er een link met kanker?<br /> #Geef de methode(n) hoe je proteïnen kan splitsen op basis van hun lading.<br /> #Hoe werkt het B-galactosidase operon bij E. Coli?<br /> #Hoeveel mol glucose kan je maken met 3 mol palmitinezuur? Welke metabolische wegen worden er gevolgd? Hoeveel ATP kan er eventueel gevormd worden?<br /> #Foto's:<br /> #* p254<br /> #*p218 (ongeveer)<br /> <br /> ===13 JUN 2013 NM===<br /> # Bespreek de secretieweg in een cel van gen tot gesecreteerd eiwit.<br /> # Als een mens schrik heeft komt er adrenaline vrij. Wat gebeurt er dan in de lever?<br /> # Hoe werkt SDS-PAGE?<br /> # Een uitgehongerde zoogdiercel maakt 4 glutaminezuurmoleculen en 2 asparaginezuurmoleculen. Hoeveel fructose is hier voor nodig en hoeveel CO2 wordt er door het organisme geproduceerd bij deze omzetting?<br /> # 2 foto's: chloroplast tegen celwand aangedrukt door vacuole en celkern met kristallen.<br /> <br /> <br /> === 13 jun 2013 (voormiddag) ===<br /> #Bespreek de celwand vn de bacterie<br /> #Uitleggen wat MFP met celcyclus te maken heeft en welke drie onderzoeken er toe geleid hebben<br /> #Confocale fluorecentiemmicroscopie uitleggen<br /> #Een oefening met hoeveel mol<br /> #2 prentjes:<br /> #*floëmcellen<br /> #*gewoon RER, SER, Peroxisoom, mitochondrïen aanduiden (kan zijn nog iets)<br /> <br /> =Examenvragen vanaf 2009=<br /> == Biochemie ==<br /> <br /> === 27 jun 2011 ===<br /> #elektronentransportketen uitleggen.<br /> #Met welke methodes kan je glyoxisomen bestuderen (door microscopische analyse) in de cel?<br /> #Vetzuren en lipiden bespreken<br /> #Differentiaties in plantencellen<br /> #Foto van spiercel + kern delen benoemen.<br /> #C1 van een glucosemolecule wordt radioactief gemerkt. We zien dat C6 van een 1,6-bisfosfaatfructosemolecule ook radioactieve sporen vertoond. Verklaar dit.<br /> <br /> === 16 jun 2010 ===<br /> #Bespreek de lichtreactie van de fotosynthese.<br /> #Bespreek hoe je aminozuren en suikers kan scheiden en deze onderling kan scheiden.<br /> #Bespreek: de weg die wordt afgelegd van DNA tot glycocalyx van een proteïne.<br /> #Hoeveel ribose 5-P kunnen gevormd worden uit 5 moleculen glutaminezuur. Hoeveel ATP komt hierbij vrij?<br /> #Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (chloroplast en jonge plantencel)<br /> <br /> === 8 jun 2010 ===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> #Bespreek de suikers<br /> #Bespreek de pentosefosfaatweg (PPP)<br /> #Bespreek SDS-PAGE<br /> #Hoeveel molecule alpha-ketoglutaarzuur moeten er in de cel omgezet worden naar fumaarzuur om voldoende ATP te maken voor de synthese van 6 moleculen palmitinezuur (vertrekkende van Acetyl-Coa en uitgaand van het feit dat alle cofactoren aanwezig zijn) ? [Antwoord: 7]<br /> #Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (levercel en prokaryote cel)<br /> <br /> == Chemie == <br /> <br /> <br /> ===3 JUN 2012 VM===<br /> # celdifferentiatie in ene plantencel<br /> # transport voeding cel<br /> # geef de verschillen tussen de glycolyse en de gluconeogenese daar waar de enzymen verschillend zijn<br /> # 2 stearinezuur omvorme na ribose, er is geen NAD+, geef de cusclussen die je gebruikt, is er atp genoeg, kan het volledig worden omgezet?<br /> # 2 tekeningen (darmwand en spiercel)<br /> <br /> <br /> ===3 FEB 2012 NM===<br /> # Bespreek enkelvoudige en meervoudige suikers<br /> # Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?<br /> # Bespreek ionenuitwisselingschromatogafie<br /> # 2 foto's<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 VM===<br /> # Bespreek aminozuren en ruimtelijke opbouw van proteïnen <br /> # Rangschik 5 proteïnen volgens hun isoelektrisch punt, van hoog naar laag (je krijgt hier dan 5 aminozuursequenties) <br /> # Teken de overgang tussen kernmembraan en het RER en bespreek de functie van het RER. <br /> # Bespreek de verschillende centrifugatietechnieken.<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 NM===<br /> # bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers<br /> # bespreek de celwand bij bacterien en schimmels<br /> # leg uit ionenuitwisselingschromotografie<br /> # 2 foto's waar ge alles op moet aanduiden<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 VM===<br /> # Bespreek de celwand bij planten<br /> # Bespreek microtubuli en hun structuren<br /> # SDS-page (blijkbaar moest ge u practicumboek ook kennen :s)<br /> # foto van kern me kristallen en een bacterie<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 NM===<br /> # Bespreek vetzuren en lipiden<br /> # Bespreek wat er allemaal gebeurd en hoe het transport gebeurd van een specifiek proteïne vertrekkende van het genome DNA tot aan de glycocalyx (mss iets ander geformuleerd)<br /> # Bespreek de technieken om een basaalkorrel zichtbaar te maken in de cel. -&amp;gt; ECHT IN FUNCTIE VAN DE BASAALKORREL DOEN DUS adh van het proteïne tubuline!!!<br /> # 2 foto's 1 van die rozetstructuren van glycogeenpartikels en dieje andere was met gwn een celkern met kristalijne kristallen (2 foto's die hem duidelijk in de les heeft vermeld da ge daar moet op lette)<br /> <br /> <br /> === 20 JAN 2012 VM ===<br /> #Bespreek de nucleinezuren, als monomeer en macromolecule, en hun ruimtelijke structuur bij eukaryoten en prokaryoten.<br /> #Bespreek het endoplasmatisch reticulum.<br /> #Bespreek gelfiltratie en leg uit hoe het ka ngebruikt worden om het moleculaire gewicht van een proteine te bepalen.<br /> #2 EM-fotos, alle structuren aanduiden en de functie ervan geven.<br /> <br /> <br /> ===21 JUN 2011 NM===<br /> #bespreek de vermenigvuldiging van virussen<br /> #Bespreek de bio-synthese en afbraak van vetzuren<br /> #Bespreek de vrijzetting van adrenaline in het bloed<br /> #Hoeveel mol ATP wordt er geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol? Hoeveel mol glutaminezuur kan worden geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol wanneer er genoeg ammoniak in de cel aanwezig is?<br /> #twee foto's<br /> <br /> <br /> ===21 JUN 2011 VM===<br /> #Bespreek de cytokinese bij planten.<br /> #Bespreek het transport van voedingsstoffen naar binnen in de cel.<br /> #Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.<br /> #Hoeveel mol fructose is er nodig voor de synthese van 3 mol palmitinezuur?<br /> #twee foto's<br /> <br /> <br /> ===21 JAN 2011===<br /> #Bespreek de celwand bij planten.<br /> #Bespreek de proteïnen en hoe ze zijn opgebouwd in een ruimtelijke structuur.<br /> #Geef de belangrijkste verschillen tussen gram positieve en gram negatieve bacteriën en hoe kan je die van elkaar onderscheiden?<br /> #Bespreek moleculaire exclusiechromatografie en hoe kan je hiermee het MW van een eiwit bepalen?<br /> #Twee foto's<br /> <br /> <br /> ===22 JUN 2010===<br /> # Bespreek de structuur en werking van spiercellen.<br /> # Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.<br /> # Hoeveel ATP wordt er geproduceerd bij afbraak van 5 mol glycerol en 2 mol glucose? stel: Glutaminezuur tekort in de cel, hoeveel mol glutaminezuur kan geproduceerd worden met 5 mol glycerol en 2 mol glucose?<br /> # Hoe werkt adrenaline?<br /> # Hoe werkt het tryptofaan operon bij aanwezigheid en afwezigheid van tryptofaan?<br /> <br /> <br /> ===15 JUN 2010===<br /> # Bespreek differentiatie van plantaardige cellen<br /> # Bespreek gemedieerd transport<br /> # Bespreek de glyoxyzuurcyclus (waar, in- en outputs en waar de producten verder naartoe gaan...)<br /> # Hoeveel fructosemoleculen heb je nodig om 4 moleculen glutaminezuur en 2 moleculen asparaginezuur te maken. Hoeveel CO2 wordt hierbij gemaakt? Leg uit a.d.h.v. metabolische wegen.<br /> # Bespreek hoe de enzymes elkaar opvolgen (niet in deze woorden, maar 't komt erop neer)<br /> <br /> <br /> ===25 JAN 2010===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> #Bespreek de structuur en de functie van microtubuli en de verschillende structuren die hieruit zijn opgebouwd. (p. 240-261)<br /> #Bespreek de ruimtelijke structuur van eiwitten. (p. 53-60)<br /> #Bespreek de verschillende centrifugatie methoden. (p. 285-290)<br /> #Twee foto's<br /> <br /> <br /> ===18 JAN 2010===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> #Bespreek de celwand bij planten. (bijvragen over de chemische opbouw van (hemi)cellulose, extensises,...)<br /> #Bespreek RNA transcriptie en DNA duplicatie.<br /> #Bespreek de moleculaire exclusiechromatografie.<br /> #2 foto's van cel(onderdelen). Alles benoemen, ook vanzelfsprekendheden (cytoplasma,...)<br /> <br /> <br /> === 15 JAN 2010 ===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> # Bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)<br /> # Bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER<br /> # Bespreek SDS PAGE<br /> # Duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)<br /> <br /> <br /> leer ALLE details!<br /> <br /> =Examenvragen van 2007 - 2009=<br /> === 2 sept 2009 - Biochemie ===<br /> Van Dijck<br /> # Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers.<br /> # Bespreek de verschillende plastiden.<br /> # Welke techniek kan men gebruiken om celmembranen te bestuderen onder de EM? Bespreek de twee varianten.<br /> # Twee foto's<br /> <br /> Thevelein<br /> * Hoofdvraag<br /> *# Bespreek het verband tussen de elektrontransportketen en oxidatieve fotofosforylatie.<br /> * Bijvragen<br /> *# Glyoxylzuurcyclus<br /> *# Hoeveel glucosemoleculen heeft een schimmelcel nodig om 2 glutaminezuur en 4 asparaginezuur te maken? Wordt er hierbij ook CO2 geproduceerd en indien ja, hoeveel?<br /> <br /> === 24 Juni 2009 - Chemie - Thevelein ===<br /> * hoofdvragen<br /> *# Bespreek de Krebscyclus.<br /> *# Bespreek de lichtreactie vd fotosynthese.<br /> *# Leg genrepressie en geninductie uit aan de hand van klassieke voorbeelden.<br /> * bijvragen<br /> *# Wat is groepstranslocatie?<br /> *# Bereken hoeveel mol ATP er wordt vrijgezet bij de volledige oxidatie van 1 mol tristearine.<br /> *# Nog een oefening zoals hierboven maar nu met aminozuren enzo...<br /> <br /> === 19 Juni 2009 - Biochemie ===<br /> Van Dijck <br /> # bespreek de structuur van microtubuli en de structuren die eruit bestaan.<br /> # Bespreek de nucleïnezuren en nucleotiden en hun ruimtelijke structuren.<br /> # Leg gelchromatografie (??) (da met gelbollekes sorteren) uit en hoe je het molecuulgewicht v eiwitten hiermee kan berekenen.<br /> # 2 foto's uit oefenzittingen<br /> <br /> Thevelein<br /> * hoofdvraag<br /> *# Vergelijk gluconeogenese en glycolyse (startproducten, plaats id cel,..)<br /> * bijvragen<br /> *# bespreek glyoxylzuurcyclus<br /> *# Bereken hoeveel moleculen glucose een schimmelcel nodig heeft om 2 moleculen glutaminezuur en 4 moleculen asparaginezuur te produceren. Wordt hierbij CO2 gevormd en zo ja hoeveel? Leg uit adhv de gebruikte cycli.<br /> <br /> === 15 Juni 2009 - Biochemie ===<br /> Van Dijck <br /> # bespreek de celwand bij planten<br /> # bespreek peroxisomen en glyoxisomen<br /> # rankschik de volgende peptiden volgens iso-elektrisch punt. en wat is iso-elektrisch punt. vb.COOH-cysteïne-proline-histidine-cysteïne-lysine-methionine-asparaginezuur-NH2<br /> # 2 fotos: 1 van een chloroplast, en 1 van een zenuwcel<br /> Thevelein<br /> *hoofdvraag<br /> *# bespreek de lichtreacties van de fotosynthese<br /> *bijvragen<br /> *#geef volledige metabolische weg om asparaginezuur te vormen uit glycerol en NH3<br /> *#Kan een cel in anaërobe omstandigheden het meest ATP halen uit glucose via de Glycolyse of eerst via PP(pentosfosfaatweg).en toon aan.-<br /> <br /> === 26 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===<br /> # Bespreek nucleotiden en nucleïnezuren<br /> # Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?<br /> # Hoe kan je aminozuren van suikers scheiden en hoe kan je ze verder opzuiveren?<br /> # Teken het celmembraan (of was de vraag nu glycocalyx?) van een dierlijke cel en duidt de onderdelen aan.<br /> # Wat is het iso-elektrisch punt van een proteïne en wat ben je ermee?<br /> # 2 fotos: 1 van een prokaryote cel, en 1 van een plantencel<br /> <br /> === 15 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> # bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)<br /> # bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER<br /> # bespreek SDS PAGE<br /> # duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)<br /> leer ALLE details!<br /> <br /> === 22 aug 2008 - Biochemie ===<br /> Thevelein:<br /> <br /> * Hoofdvraag:<br /> *# Bespreek de samenstelling en mechanisme van elektronentransportketen<br /> <br /> *Bijvragen:<br /> *# Welke reacties worden gekatalyseerd door volgende enzymes:<br /> *#* pyruvaat decarboxylase<br /> *#* pyruvaat dehydrogenase<br /> *#* pyruvaat kinase<br /> *#* pyruvaat carboxylase<br /> *# een cel zet oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 om in asparaginezuur en glutaminezuur, geef de reactie.<br /> <br /> Van Dijck:<br /> <br /> # bespreek structuur en functies van de microtubuli en bespreek de structure waar ze voorkome (/3)<br /> # bespreek structuur van de proteïnen en waar komen deze voor (/3)<br /> # hoe kan je het molecuulgewicht van een proteïne bepalen met exclusiechromatografie (/2)<br /> # wat is hemicellulose? (/1)<br /> # duid celorganellen aan op de prent (/1) --&amp;gt; twas een levercel met veel secretiepartikels<br /> <br /> === 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===<br /> Hoofdvragen:<br /> # e-transport<br /> # pentosefosfaatweg<br /> # regulatie van het metabolisme<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # glyoxylzuurcyclus<br /> # glucose+NH3--&amp;gt;glutaminezuur+CO2 hoeveel ATP wordt er geproduceerd (aeroob organisme)<br /> # synthese van trehalose uit glucose dat via symport in de cel komt. Hoeveel ATP moet er via melkzuurgisting gewonnen worden om 2 trehalose moleculen te vervaardigen.<br /> <br /> === 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein === <br /> Hoofdvragen<br /> # Bespreek de Krebscyclus<br /> # Bespreek het membraantransport en de membraanpotentiaal<br /> # Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese<br /> <br /> Bijvragen<br /> # Adrenaline als glucosevrijzetter<br /> # Bespreek in detail de biosynthese en afbraak van vetzuren<br /> # Een bacteriële cel in aërobe omstandigheden zet glucose om in pyrodruivenzuur. Waar wordt het meeste ATP geproduceerd, via de glycolyse of via de pentosefosfaatweg?<br /> <br /> === 20 jun 2008 - Chemie - Thevelein===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Bespreek de calvincyclus.<br /> # Bespreek membraantransport en bespreek hoe membraanpotentiaal hierbij tussenkomt.<br /> # Bespreek de regulatie van het metabolisme.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Glyoxylzuurcyclus.<br /> # Adrenaline als glucose vrijzetter.<br /> # Een denkvraag ivm proton-motive en dinitrofenol.<br /> <br /> === 20 jun 2008 - Biochemie ===<br /> <br /> Thevelein:<br /> # lichtreacties<br /> # oefeningen:<br /> #* tristearaat, hoeveel ATP wordt er gevormd<br /> #* vorming van asparaginezuur en glyoxylzuur uit citroenzuur en NH3<br /> <br /> Van Dijck:<br /> <br /> * schriftelijk<br /> *# soorten bindingen in macromolecules, tekenen +bespreken<br /> *# wat is threhalose, mesozoom<br /> <br /> * mondeling<br /> *# endoplasmatisch riticulum bespreken<br /> *# microtubuli bespreken<br /> *# plaatsbepaling van moleculen in de cel, methoden bespreken<br /> *# 2 foto's herkennen+organellen benoemen: lever en oliehoudende zaden<br /> <br /> === 19 jun 2008 - Biochemie ===<br /> Thevelein:<br /> * Grote vraag: <br /> *# membraantransport bespreken<br /> * Bijvragen: <br /> *# ge hebt 24 glucosemoleculen, die ge via PP en dán pas de glycolyse gaat afbreken tot acetyl-CoA, waarna ge X aantal palmitinemoleculen gaat opbouwen. Hoeveel ATP wordt er gevormd? En hoeveel NADPH hebt ge tekort?<br /> <br /> Van Dijck:<br /> <br /> *Schriftelijk:<br /> *# bespreek RNA en DNA<br /> *# leg uit: <br /> *#* isopycnische centrifugatie <br /> *#* mycoplasma<br /> <br /> *Mondeling:<br /> *# bespreek mono- en polysachariden<br /> *# celwand bij bacterien + Gram positieve en Gram negatieve bacterien<br /> *# ionenuitwisselingschromatografie<br /> <br /> === 13 jun 2008 - Biochemie ===<br /> Thevelein:<br /> * hoofdvraag:<br /> *# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese<br /> * Bijvragen:<br /> *# Bespreek hoe er geninductie en genexpressie bij Escheria coli plaatsvindt<br /> *# Oefening ivm de metabolische wegen<br /> <br /> Van dijck:<br /> <br /> *Schriftelijk<br /> *# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose en nummer de koolstoffen<br /> *# Leg uit: <br /> *#* mesosoom <br /> *#* connexon<br /> <br /> * Mondeling<br /> *# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER<br /> *# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen<br /> *# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld<br /> *# Duid de organellen aan op de cel (chloroplast en bacteriofaag)<br /> <br /> === 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===<br /> Mondeling:<br /> # geef de structuur en de functies van de mitochondrieën<br /> # beschrijf de weg die een proteine X aflegt beginnend in de kern die voor de glycocalyx bestemd is.<br /> # beschrijf de verschillende centrifugatietechnieken.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # wat is het iso-elektrisch punt van proteïnen en rangschik de volgende proteïnen volgens stijgende theoretische waarde van het iso-elektrisch punt. De proteïnen werden gegeven door telkens een keten van 11 aminozuren.<br /> # Beschrijf en teken schematisch de componenten van de glycocalyx<br /> # verklaar: <br /> #* mesosoom<br /> #* connexon<br /> <br /> <br /> === 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===<br /> Schriftelijk deel<br /> # rangschik van polair naar apolair (aceton, 1-propanol, diethylether, fenol, benzylalcohol) [in de vraag werden prentjes van de moleculen gegeven, en niet de namen], en zeg wat apolariteit bepaalt.<br /> # teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose.<br /> # Leg uit:<br /> #* Dictyosoom <br /> #* Blefaroplast<br /> <br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> # Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER<br /> # Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen<br /> # Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld<br /> # Duid de organellen aan op de cel (de twee cellen waren een zenuwcel en een chloroplast)<br /> <br /> =Examenvragen tot en met 2006=<br /> === 15 jan 2007 ===<br /> Hoofdvragen: theorie<br /> # bespreek hoe een cel aan zijn membraanpotentiaal komt + hoe deze aangewend wordt bij het membraantransport<br /> # bespreek de Calvin Cyclus (functie, intermedairen, ...)<br /> <br /> Hoofdvragen oefeningen<br /> # practicum: bespreek PAGE bij proteïnen en hoe we de molecuulgroote ervan kunnen afleiden<br /> # duid zo veel mogelijk celstructuren aan<br /> # duid de volgende processen aan waar ze voorkomen in de cel aan op de tekening: NADPH productie, energieproductie, chromatine en integrale proteïnen<br /> <br /> Bijvragen<br /> # bespreek hoe adrenaline de glucoseproductie in de cel regelt<br /> # Een cel maakt uit oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 de aminozuren glutaminezuur en asparaginezuur. Geef een reactievergelijking en houd rekening met ATP, NAD, FAD, H2O en CO2.</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&diff=1664 Spectroscopie van biomoleculen 2019-06-11T18:38:49Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Het deel van Vogt is mondeling, Hofkens is schriftelijk. Je moet op beide delen minstens 4/10 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===11 juni 2019===<br /> <br /> ====Voght====<br /> #NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)<br /> #Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)<br /> #Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> <br /> #Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)<br /> #Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)<br /> #4 begrippen: (4 punten)<br /> #*limiting anisotropy<br /> #*inner filter effect<br /> #*auxochrome shift<br /> #*anti-Stokes Raman<br /> <br /> ===27 juni 2018===<br /> ====Vogt====<br /> # Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden<br /> # wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding<br /> # 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram<br /> #* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.<br /> # Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment<br /> <br /> ===26 juni 2018===<br /> ====Vogt====<br /> # Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3<br /> # Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur<br /> # Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. <br /> #* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?<br /> #* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? <br /> #* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? <br /> # Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. <br /> #* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.<br /> #* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.<br /> #* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?<br /> # Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC<br /> <br /> ===18 juni 2018===<br /> ====Vogt====<br /> # Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie<br /> # 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. <br /> #*Waarom gebruik je P-NMR hier. <br /> #*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR's en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen<br /> #* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? <br /> #* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking<br /> #* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen<br /> #Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit<br /> #* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR<br /> #* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.<br /> #* Teken een vibratiobele overgang<br /> #* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand<br /> #* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit<br /> <br /> # Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties<br /> #* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot<br /> #* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.<br /> #* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?<br /> # Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur<br /> #* TRES<br /> #* Foto-elektrisch effect<br /> #* Cotton- effect<br /> #* Extinctie coëfficiënt<br /> <br /> ===6 september 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # oefening met NMR (C9H10O3)<br /> # spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.<br /> # SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.<br /> ====Hofkens====<br /> # (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.<br /> # (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?<br /> # (4pt) Woordjes<br /> #* Foto-elektrisch effect<br /> #* FRET<br /> #* Single Photon Timing<br /> #* Cottoneffect<br /> <br /> === 28 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # oefening spectrum NMR<br /> # COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.<br /> # Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR<br /> ==== Hofkens ====<br /> # Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.<br /> # Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. <br /> # Woordjes:<br /> #* Transitiedipoolmoment<br /> #* Balmerreeks<br /> #* Excitatiespectrum<br /> #* Perrin vergelijking<br /> <br /> ===27 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # H en C spectrum<br /> # NOE<br /> # fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen <br /> ====Hofkens====<br /> # grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?<br /> # anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie<br /> # woordjes: <br /> #* foto-elektrisch effect<br /> #* extinctie coefficient<br /> #* TRES<br /> #* cotton effect<br /> <br /> ===19 juni 2017===<br /> ====Vogt:====<br /> # zeeman effect<br /> # H/C spectrum<br /> # in vivo nmr<br /> ====Hofkens====<br /> # da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.<br /> # oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)<br /> # woordjes: <br /> #* Ro<br /> #* Dynamic quenching<br /> #* fluorescence quantum yield<br /> #* resonance <br /> #* Raman scattering<br /> <br /> ===13 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2<br /> # vraag2 <br /> #* 2 soorten relaxatie, leg uit<br /> #* hoe beinvloeden deze het C-NMR<br /> #* weet ik ook niet meer<br /> # 1D en 2D NMR spectra: <br /> #* verschillen, voor - en nadelen geven. <br /> #* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? <br /> #* hoe ziet men dit? <br /> #* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)<br /> ====Hofkens====<br /> # membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).<br /> # Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4<br /> # 4 termen: <br /> #* anti stokes <br /> #* ramanscattering<br /> #* emissiespectra<br /> #* statische quencher<br /> #* laatste weet ik niet meer<br /> <br /> ===7 juni 2016===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en C-spectrum, structuur afleiden.<br /> # Je krijgt spintoestanden<br /> #* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. <br /> #* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? <br /> #* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? <br /> #* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?<br /> # Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. <br /> #* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? <br /> #* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? <br /> #* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. <br /> #* Verklaar de resultaten. <br /> #* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. <br /> #* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?<br /> # Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.<br /> # Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) <br /> #* foto-effect <br /> #* Balmer-reeks <br /> #* ... <br /> #* transitiedipoolmoment.<br /> <br /> ===23 juni 2015===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en C-spectrum<br /> # Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.<br /> # Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:<br /> #* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.<br /> #* kwalitatief proteine structuur te bepalen.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?<br /> # Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.<br /> # Begrippen: <br /> #* Cotton-effect<br /> #* Inner filter effect<br /> #* R0 <br /> #* Excimeer<br /> <br /> ===15 juni 2015===<br /> ====Vogt====<br /> # H-spectrum+ IR-spectrum<br /> # uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.<br /> # Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)<br /> ====Hofkens====<br /> # twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)<br /> # hoe kan men de transitieconstante berekenen?<br /> # woordjes: <br /> #* limiterende anisotropie<br /> #* cotton effect<br /> #* inner filter effect<br /> #* statische quenching<br /> <br /> ===17 juni 2013===<br /> ====Vogt====<br /> # simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.<br /> # verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren<br /> # welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.<br /> # het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.<br /> # begrippen uitleggen: <br /> #* R0<br /> #* cotton effect<br /> #* inner filter effect<br /> #* excimeer<br /> <br /> ===10 juni 2013===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden<br /> # IR spectroscopie:<br /> #* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?<br /> #* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.<br /> #* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?<br /> #* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?<br /> # Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.<br /> ====Hofkens====<br /> # oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).<br /> #* Verklaar de resultaten.<br /> #* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?<br /> #* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)<br /> # Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)<br /> # Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):<br /> #* circulair dichroïsme<br /> #* magic angle<br /> #* fosforescentie <br /> #* J-aggregaat<br /> <br /> ===30 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)<br /> # Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma's gegeven).<br /> # Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.<br /> ====Hofkens====<br /> # Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).<br /> # Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)<br /> # Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)<br /> #* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven<br /> #* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.<br /> <br /> ===21 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.<br /> # Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.<br /> #* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.<br /> #* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)<br /> #* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.<br /> #* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?<br /> # Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)<br /> # Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)<br /> # Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)<br /> <br /> ===17 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:<br /> #* Waarom is die piek bv een triplet?<br /> #* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?<br /> # Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.<br /> #* bereken de chemische shift bij 60MHz<br /> #* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz<br /> #* bereken de chemische shift bij 500MHz<br /> #* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk<br /> # Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?<br /> ====Hofkens:====<br /> # Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo'n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo'n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)<br /> # Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)<br /> #* Extinctiecoefficient<br /> #* Woodward-Fieser-Scott-regels<br /> #* Lambert-Beer<br /> #* Fluorescentie quenching<br /> # oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.<br /> #* bereken de golflengte<br /> #* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)<br /> <br /> ===15 jun 2010===<br /> ====Tatjana====<br /> # H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:<br /> #* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?<br /> #* Is het IR-spectrum hier nuttig?<br /> # Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma's gegeven).<br /> # Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.<br /> <br /> ===18 jun 2009===<br /> ====Tatjana====<br /> # H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.<br /> # Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).<br /> #* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.<br /> #* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.<br /> # Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?<br /> <br /> ===16 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR<br /> # 3 COSY's gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY's toe en leg uit waarom<br /> # H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))<br /> <br /> ===13 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # H en C spectrum van een molecule<br /> # Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC<br /> # hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling<br /> <br /> ===11 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.<br /> # Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.<br /> # Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P<br /> <br /> ===27 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop<br /> # Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo'n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.<br /> # Toepassing van IR op biomoleculen<br /> <br /> ===23 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Basic oefeningske<br /> # De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.<br /> # Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten<br /> <br /> ===21 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.<br /> # Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken<br /> # Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.<br /> <br /> ===18 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel 'makkelijk&quot;)<br /> # Theorie:<br /> #* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De 'gamma' van H en P was gegeven<br /> # In vivo NMR, bespreek, leg uit,...</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=1658 Bioinformatica en Modelering 2019-06-11T15:37:44Z <p>Siene.swinnen: /* 11 juni 2019 NM */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===11 juni 2019 NM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren (12pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # Schrifteijke vraag (6pt)<br /> #*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten<br /> #*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2)<br /> #*C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? <br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=1657 Bioinformatica en Modelering 2019-06-11T15:37:24Z <p>Siene.swinnen: /* 11 juni 2019 NM */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===11 juni 2019 NM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren (12pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # Schrifteijke vraag<br /> #*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten<br /> #*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2)<br /> #*C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=1656 Bioinformatica en Modelering 2019-06-11T15:36:24Z <p>Siene.swinnen: /* 11 juni 2019 VM */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===11 juni 2019 NM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren (12pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # A: Alle kolommen van PDB-file toelichten, B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2), C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=1655 Bioinformatica en Modelering 2019-06-11T15:36:08Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren (12pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # A: Alle kolommen van PDB-file toelichten, B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2), C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemie_Van_Natuurproducten&diff=1239 Chemie Van Natuurproducten 2018-06-21T16:27:32Z <p>Siene.swinnen: /* 21 juni 2018 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===21 juni 2018 NM===<br /> #Stetter-reagens<br /> #NAD+/NADH reductie<br /> #biosynthese insitol<br /> [[Bestand:Knipsel.jpg]]<br /> <br /> ===19 juni 2018===<br /> #bespreek synthese humuleen<br /> #Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> #bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2<br /> <br /> ===15 juni 2018===<br /> #Geef een mogelijk reactie mechanismen van molecule A naar B. Hoe zou molecule A biosynthetisch gemaakt kunnen worden. (A was een polyketide gemaakt aan de hand van een starter unit uit het deel 'other starter units')<br /> #Deaminatie van tryptofaan. (m.b.v. pyridoxaalfosfaat)<br /> #Oxidatie van een gegeven molecule m.b.v. NAD+.<br /> <br /> ===11 juni 2018 voormiddag===<br /> #Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat)<br /> #Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> #Bespreek antioxiderende werking van vitamine C<br /> <br /> ===21 juni 2017 namiddag===<br /> #hoe gebeurt volgende reactie (Stetter) + geef reactiemechanisme<br /> #reactievergelijking aanvullen: molecule + NAD+ --&gt; ? (oefening zoals die van appelzuur met NAD+)<br /> #bespreek biosynthese van inositolen en wat zijn inositolen<br /> <br /> ===21 juni 2017 voormiddag===<br /> #bespreek synthese humuleen<br /> #bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2<br /> #oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> <br /> ===20 juni 2017 namiddag===<br /> # Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat<br /> # een oefening van hoe je een L-aminozuur omzet naar een D-aminozuur (met pyridoxaalfosfaat)<br /> # geef 2 manieren waar we de biosynthese van acetoacetyl CoA gezien hebben (bijvraag: waar hebben we deze reacties gezien)<br /> <br /> ===20 juni 2017 voormiddag===<br /> # oefening van polyketiden<br /> # gegeven structuur omvormen m.b.v. pyridoxaalfosfaat<br /> # oefening zoals die van appelzuur met NAD+ maar met een andere gegeven structuur (COOH groep vervangen door benzeenring, maar dit komt op hetzelfde neer).<br /> <br /> ===16 juni 2017===<br /> # Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat<br /> # Reactie met glutathion (met Michaelacceptor C=C-C=O)<br /> # Antioxidante werking van vitamine C<br /> <br /> ===13 juni 2017===<br /> # Leg de werking van ascorbinezuur uit (vitamine C dus)<br /> # Oefening gebaseerd op de theorie van de synthese uit ornithine en hygrine maar dan met een zesring ipv een vijfring. <br /> # Stetteroefening.<br /> <br /> ===12 juni 2017===<br /> # een oefening &quot;met welk biomemtisch reagens gebeurt deze reactie&quot; da was van 1 ring naar 2 ringen dus me stetter<br /> # tweede oefening was van een aminozuur met een keten me een O in en een NH2 naar een 7ring (leek op ornithine naar hygrine) en da was mbv pyrodoxalfosfaat en ook claisen ester condensatie<br /> # theorie: leg het anti-oxidans van vitamine C uit<br /> <br /> ===12 juni 2015===<br /> #leg de werking van vitamine C uit als antioxidans<br /> #Leg uit hoe humuleen gevormd wordt uit farnesylfosfaat<br /> #Oefening gebaseerd is op de theorie van de synthese uit ornithine maar dan met een zevenring ipv een vijfring.<br /> <br /> ===20 agustus 2013===<br /> #Terpenen: een gegeven molecule naar een nader molecule, geef het reactiemechanisme<br /> #Oxidaite van een gegeven molecule met NAD+<br /> #Geef 2 manieren om aceto-acetyl CoA te maken<br /> <br /> ===19 juni 2013===<br /> #Met welk biomimetrisch reagens kun je volgende reactie uitvoeren? Schrijf een mogelijk reactie mechanisme uit<br /> #Hoe reageert glutathion met onderstaande molecule<br /> #Bespreek de synthese van vitamine C<br /> <br /> ===17 juni 2013===<br /> #In de natuur wordt Caryophylleen gemaakt met behulp van farnesylpyrofosfaat. Werk een mogelijk reactiemechanisme uit tot het bekomen van dit product.(de structuur formule van farnesylpyrofosfaat werd niet gegeven)<br /> #Werk het mechanisme uit en becommentarieer. (Oplossing: met behulp van pyrodoxaal fosfaat)<br /> #Bespreek de antioxidatieve werking van vitamine C<br /> <br /> ===14 juni 2013===<br /> #Hoe glutathion met een bepaald vaag molecule reageert<br /> #2 manieren om acetoacetyl CoA te vormen<br /> #Polyketiden: ge moet weten dat dat via de mechanisme van vetzuursynthese aangemaakt werd en dan moest ge nog mechanisme van dat polyketide naar een ander gegeven molecule schrijven, het was aldolcondensatie.<br /> <br /> ===15 juni 2012 (namiddag)===<br /> #Oefening met stetter reagens. Welk molecule bootst stetter na en voor wat wordt dit in de natuur gebruikt.<br /> #Racematie met pyridoxalfosfaat uitleggen en mechanisme uitschrijven voor gegeven moleculen. Voorwat pyridoxalfosfaat gebruikt wordt in de natuur.<br /> #Mechanisme antioxidans van vitamine C uitleggen. Hoe wordt dit gemaakt.<br /> <br /> ===15 juni 2012 (voormiddag)===<br /> #Structuur van humuleen gegeven. Geef de biosynthese van humuleen, vertrekkende van farnesylfosfaat<br /> #Gegeven: Hoe reageert glutathione met deze verbinding?<br /> #Geef de 2 biosynthesewegen die in de cursus gezien zijn voor acetoacetyl-CoA<br /> <br /> ===20 juni 2011 (namiddag)===<br /> #Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomeer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH van 2-butaton en pyruvaat (+ appelzuur)<br /> #Leg mechanisme van de anti-oxidantie werking uit van vitamine C. Geef ook de biosynthese.<br /> #Geef een mogelijk mechanisme voor volgende reactie HOOC-(C=O)-C-C-C-(C=O)-C=C  (biomimetrisch reagens en Et3N)  1,4 cycloheptadion<br /> <br /> ===14 juni 2010===<br /> #Omzetting van histidine naar histidine zonder CO2 (structuren gegeven)<br /> #Welk biomimetrisch reagens zou je gebruiken, en wat zou een mechanisme kunnen zijn? (stetter)<br /> #Leg het mechanisme van de anti-oxidantie werking van vitamine C uit<br /> <br /> ===11 juni 2010===<br /> #Omzetting van L-AZ naar D-AZ mbv pyridoxaalfosfaat<br /> #Vetzuursynthese<br /> #Radicale ortho-para-koppeling<br /> <br /> ===September 2009===<br /> #DOPA en DOPAMINE<br /> #Synthese inositolen<br /> #Stereospecificiteit LADH<br /> <br /> ===12 juni 2009===<br /> #Becommentarieer op mechanistische wijze de volgende reactie (vul de nodige reagentia zelf aan). In welke biosynthese is deze reactie belangrijk?<br /> #Schrijf het mechanisme op van de volgende reactie<br /> #Bespreek de structuur van fosfatidylcholine en geef de biosynthese ervan<br /> <br /> ===4 september 2008===<br /> #De structuren van ornitine en hygrine waren gegeven en je moest heel de reactieweg geven.<br /> #De 4e stap van de purine synthese was gegeven, begin- en eindproduct en hij moest zeggen hoe de reactie verliep<br /> <br /> ===17 juni 2008===<br /> #Bespreek decarboxylatie van phosphadityl serine naar phosphadityl ethanolamine (pyridoxalfosfaat). Ge kreeg de tekening van die molecules, hem vroeg dan de naam, vroeg ook nog achter choline en wat dat doet, hoe ge dat maakt<br /> #Fructose: fisher =&gt; hawordth omzetting<br /> #Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH, van 2-butanon en pyruvaat. Hij vroeg ook nog hoe ge bv appelzuur oxideert met NAD<br /> <br /> ===19 juni 2007===<br /> #Merhylering, waardoor gebeurt het en leg uit (SAM)<br /> #Fructose fisher gegeven, geef haworth<br /> #R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD =&gt; FADH2) leg uit + geef structuur van FAD<br /> <br /> ===12 juni 2006===<br /> #Omzetting van een ketocarbonzuur is AZ, hoe gaat dit in zijn werk in de cel, met welke reagentia, geef structuur + reacties<br /> #Hoe worden verzadigde vetzuren opgebouwd in de natuur?<br /> #Hoe wordt zuurstof in de cel getransporteerd, geef structuur + uitleg<br /> <br /> ===12 juni 2006===<br /> #Decarboxylatie van een aminozuur<br /> #R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD =&gt; FADH2): leg uit + geef structuur van FAD<br /> #Welk molecule zorgt voor spontane membraanvorming: geef structuur en leg uit</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemie_Van_Natuurproducten&diff=1238 Chemie Van Natuurproducten 2018-06-21T16:26:16Z <p>Siene.swinnen: /* 21 juni 2018 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===21 juni 2018===<br /> #Stetter-reagens<br /> #NAD+/NADH reductie<br /> #biosynthese insitol<br /> [[Bestand:Knipsel.jpg]]<br /> <br /> ===19 juni 2018===<br /> #bespreek synthese humuleen<br /> #Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> #bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2<br /> <br /> ===15 juni 2018===<br /> #Geef een mogelijk reactie mechanismen van molecule A naar B. Hoe zou molecule A biosynthetisch gemaakt kunnen worden. (A was een polyketide gemaakt aan de hand van een starter unit uit het deel 'other starter units')<br /> #Deaminatie van tryptofaan. (m.b.v. pyridoxaalfosfaat)<br /> #Oxidatie van een gegeven molecule m.b.v. NAD+.<br /> <br /> ===11 juni 2018 voormiddag===<br /> #Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat)<br /> #Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> #Bespreek antioxiderende werking van vitamine C<br /> <br /> ===21 juni 2017 namiddag===<br /> #hoe gebeurt volgende reactie (Stetter) + geef reactiemechanisme<br /> #reactievergelijking aanvullen: molecule + NAD+ --&gt; ? (oefening zoals die van appelzuur met NAD+)<br /> #bespreek biosynthese van inositolen en wat zijn inositolen<br /> <br /> ===21 juni 2017 voormiddag===<br /> #bespreek synthese humuleen<br /> #bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2<br /> #oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> <br /> ===20 juni 2017 namiddag===<br /> # Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat<br /> # een oefening van hoe je een L-aminozuur omzet naar een D-aminozuur (met pyridoxaalfosfaat)<br /> # geef 2 manieren waar we de biosynthese van acetoacetyl CoA gezien hebben (bijvraag: waar hebben we deze reacties gezien)<br /> <br /> ===20 juni 2017 voormiddag===<br /> # oefening van polyketiden<br /> # gegeven structuur omvormen m.b.v. pyridoxaalfosfaat<br /> # oefening zoals die van appelzuur met NAD+ maar met een andere gegeven structuur (COOH groep vervangen door benzeenring, maar dit komt op hetzelfde neer).<br /> <br /> ===16 juni 2017===<br /> # Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat<br /> # Reactie met glutathion (met Michaelacceptor C=C-C=O)<br /> # Antioxidante werking van vitamine C<br /> <br /> ===13 juni 2017===<br /> # Leg de werking van ascorbinezuur uit (vitamine C dus)<br /> # Oefening gebaseerd op de theorie van de synthese uit ornithine en hygrine maar dan met een zesring ipv een vijfring. <br /> # Stetteroefening.<br /> <br /> ===12 juni 2017===<br /> # een oefening &quot;met welk biomemtisch reagens gebeurt deze reactie&quot; da was van 1 ring naar 2 ringen dus me stetter<br /> # tweede oefening was van een aminozuur met een keten me een O in en een NH2 naar een 7ring (leek op ornithine naar hygrine) en da was mbv pyrodoxalfosfaat en ook claisen ester condensatie<br /> # theorie: leg het anti-oxidans van vitamine C uit<br /> <br /> ===12 juni 2015===<br /> #leg de werking van vitamine C uit als antioxidans<br /> #Leg uit hoe humuleen gevormd wordt uit farnesylfosfaat<br /> #Oefening gebaseerd is op de theorie van de synthese uit ornithine maar dan met een zevenring ipv een vijfring.<br /> <br /> ===20 agustus 2013===<br /> #Terpenen: een gegeven molecule naar een nader molecule, geef het reactiemechanisme<br /> #Oxidaite van een gegeven molecule met NAD+<br /> #Geef 2 manieren om aceto-acetyl CoA te maken<br /> <br /> ===19 juni 2013===<br /> #Met welk biomimetrisch reagens kun je volgende reactie uitvoeren? Schrijf een mogelijk reactie mechanisme uit<br /> #Hoe reageert glutathion met onderstaande molecule<br /> #Bespreek de synthese van vitamine C<br /> <br /> ===17 juni 2013===<br /> #In de natuur wordt Caryophylleen gemaakt met behulp van farnesylpyrofosfaat. Werk een mogelijk reactiemechanisme uit tot het bekomen van dit product.(de structuur formule van farnesylpyrofosfaat werd niet gegeven)<br /> #Werk het mechanisme uit en becommentarieer. (Oplossing: met behulp van pyrodoxaal fosfaat)<br /> #Bespreek de antioxidatieve werking van vitamine C<br /> <br /> ===14 juni 2013===<br /> #Hoe glutathion met een bepaald vaag molecule reageert<br /> #2 manieren om acetoacetyl CoA te vormen<br /> #Polyketiden: ge moet weten dat dat via de mechanisme van vetzuursynthese aangemaakt werd en dan moest ge nog mechanisme van dat polyketide naar een ander gegeven molecule schrijven, het was aldolcondensatie.<br /> <br /> ===15 juni 2012 (namiddag)===<br /> #Oefening met stetter reagens. Welk molecule bootst stetter na en voor wat wordt dit in de natuur gebruikt.<br /> #Racematie met pyridoxalfosfaat uitleggen en mechanisme uitschrijven voor gegeven moleculen. Voorwat pyridoxalfosfaat gebruikt wordt in de natuur.<br /> #Mechanisme antioxidans van vitamine C uitleggen. Hoe wordt dit gemaakt.<br /> <br /> ===15 juni 2012 (voormiddag)===<br /> #Structuur van humuleen gegeven. Geef de biosynthese van humuleen, vertrekkende van farnesylfosfaat<br /> #Gegeven: Hoe reageert glutathione met deze verbinding?<br /> #Geef de 2 biosynthesewegen die in de cursus gezien zijn voor acetoacetyl-CoA<br /> <br /> ===20 juni 2011 (namiddag)===<br /> #Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomeer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH van 2-butaton en pyruvaat (+ appelzuur)<br /> #Leg mechanisme van de anti-oxidantie werking uit van vitamine C. Geef ook de biosynthese.<br /> #Geef een mogelijk mechanisme voor volgende reactie HOOC-(C=O)-C-C-C-(C=O)-C=C  (biomimetrisch reagens en Et3N)  1,4 cycloheptadion<br /> <br /> ===14 juni 2010===<br /> #Omzetting van histidine naar histidine zonder CO2 (structuren gegeven)<br /> #Welk biomimetrisch reagens zou je gebruiken, en wat zou een mechanisme kunnen zijn? (stetter)<br /> #Leg het mechanisme van de anti-oxidantie werking van vitamine C uit<br /> <br /> ===11 juni 2010===<br /> #Omzetting van L-AZ naar D-AZ mbv pyridoxaalfosfaat<br /> #Vetzuursynthese<br /> #Radicale ortho-para-koppeling<br /> <br /> ===September 2009===<br /> #DOPA en DOPAMINE<br /> #Synthese inositolen<br /> #Stereospecificiteit LADH<br /> <br /> ===12 juni 2009===<br /> #Becommentarieer op mechanistische wijze de volgende reactie (vul de nodige reagentia zelf aan). In welke biosynthese is deze reactie belangrijk?<br /> #Schrijf het mechanisme op van de volgende reactie<br /> #Bespreek de structuur van fosfatidylcholine en geef de biosynthese ervan<br /> <br /> ===4 september 2008===<br /> #De structuren van ornitine en hygrine waren gegeven en je moest heel de reactieweg geven.<br /> #De 4e stap van de purine synthese was gegeven, begin- en eindproduct en hij moest zeggen hoe de reactie verliep<br /> <br /> ===17 juni 2008===<br /> #Bespreek decarboxylatie van phosphadityl serine naar phosphadityl ethanolamine (pyridoxalfosfaat). Ge kreeg de tekening van die molecules, hem vroeg dan de naam, vroeg ook nog achter choline en wat dat doet, hoe ge dat maakt<br /> #Fructose: fisher =&gt; hawordth omzetting<br /> #Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH, van 2-butanon en pyruvaat. Hij vroeg ook nog hoe ge bv appelzuur oxideert met NAD<br /> <br /> ===19 juni 2007===<br /> #Merhylering, waardoor gebeurt het en leg uit (SAM)<br /> #Fructose fisher gegeven, geef haworth<br /> #R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD =&gt; FADH2) leg uit + geef structuur van FAD<br /> <br /> ===12 juni 2006===<br /> #Omzetting van een ketocarbonzuur is AZ, hoe gaat dit in zijn werk in de cel, met welke reagentia, geef structuur + reacties<br /> #Hoe worden verzadigde vetzuren opgebouwd in de natuur?<br /> #Hoe wordt zuurstof in de cel getransporteerd, geef structuur + uitleg<br /> <br /> ===12 juni 2006===<br /> #Decarboxylatie van een aminozuur<br /> #R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD =&gt; FADH2): leg uit + geef structuur van FAD<br /> #Welk molecule zorgt voor spontane membraanvorming: geef structuur en leg uit</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bestand:Knipsel.jpg&diff=1237 Bestand:Knipsel.jpg 2018-06-21T16:25:23Z <p>Siene.swinnen: </p> <hr /> <div></div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemie_Van_Natuurproducten&diff=1236 Chemie Van Natuurproducten 2018-06-21T16:25:13Z <p>Siene.swinnen: /* 21 juni 2018 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===21 juni 2018===<br /> #Stetter-reagens[[Bestand:Knipsel.jpg]]<br /> #NAD+/NADH reductie<br /> #biosynthese insitol<br /> <br /> ===19 juni 2018===<br /> #bespreek synthese humuleen<br /> #Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> #bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2<br /> <br /> ===15 juni 2018===<br /> #Geef een mogelijk reactie mechanismen van molecule A naar B. Hoe zou molecule A biosynthetisch gemaakt kunnen worden. (A was een polyketide gemaakt aan de hand van een starter unit uit het deel 'other starter units')<br /> #Deaminatie van tryptofaan. (m.b.v. pyridoxaalfosfaat)<br /> #Oxidatie van een gegeven molecule m.b.v. NAD+.<br /> <br /> ===11 juni 2018 voormiddag===<br /> #Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat)<br /> #Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> #Bespreek antioxiderende werking van vitamine C<br /> <br /> ===21 juni 2017 namiddag===<br /> #hoe gebeurt volgende reactie (Stetter) + geef reactiemechanisme<br /> #reactievergelijking aanvullen: molecule + NAD+ --&gt; ? (oefening zoals die van appelzuur met NAD+)<br /> #bespreek biosynthese van inositolen en wat zijn inositolen<br /> <br /> ===21 juni 2017 voormiddag===<br /> #bespreek synthese humuleen<br /> #bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2<br /> #oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> <br /> ===20 juni 2017 namiddag===<br /> # Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat<br /> # een oefening van hoe je een L-aminozuur omzet naar een D-aminozuur (met pyridoxaalfosfaat)<br /> # geef 2 manieren waar we de biosynthese van acetoacetyl CoA gezien hebben (bijvraag: waar hebben we deze reacties gezien)<br /> <br /> ===20 juni 2017 voormiddag===<br /> # oefening van polyketiden<br /> # gegeven structuur omvormen m.b.v. pyridoxaalfosfaat<br /> # oefening zoals die van appelzuur met NAD+ maar met een andere gegeven structuur (COOH groep vervangen door benzeenring, maar dit komt op hetzelfde neer).<br /> <br /> ===16 juni 2017===<br /> # Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat<br /> # Reactie met glutathion (met Michaelacceptor C=C-C=O)<br /> # Antioxidante werking van vitamine C<br /> <br /> ===13 juni 2017===<br /> # Leg de werking van ascorbinezuur uit (vitamine C dus)<br /> # Oefening gebaseerd op de theorie van de synthese uit ornithine en hygrine maar dan met een zesring ipv een vijfring. <br /> # Stetteroefening.<br /> <br /> ===12 juni 2017===<br /> # een oefening &quot;met welk biomemtisch reagens gebeurt deze reactie&quot; da was van 1 ring naar 2 ringen dus me stetter<br /> # tweede oefening was van een aminozuur met een keten me een O in en een NH2 naar een 7ring (leek op ornithine naar hygrine) en da was mbv pyrodoxalfosfaat en ook claisen ester condensatie<br /> # theorie: leg het anti-oxidans van vitamine C uit<br /> <br /> ===12 juni 2015===<br /> #leg de werking van vitamine C uit als antioxidans<br /> #Leg uit hoe humuleen gevormd wordt uit farnesylfosfaat<br /> #Oefening gebaseerd is op de theorie van de synthese uit ornithine maar dan met een zevenring ipv een vijfring.<br /> <br /> ===20 agustus 2013===<br /> #Terpenen: een gegeven molecule naar een nader molecule, geef het reactiemechanisme<br /> #Oxidaite van een gegeven molecule met NAD+<br /> #Geef 2 manieren om aceto-acetyl CoA te maken<br /> <br /> ===19 juni 2013===<br /> #Met welk biomimetrisch reagens kun je volgende reactie uitvoeren? Schrijf een mogelijk reactie mechanisme uit<br /> #Hoe reageert glutathion met onderstaande molecule<br /> #Bespreek de synthese van vitamine C<br /> <br /> ===17 juni 2013===<br /> #In de natuur wordt Caryophylleen gemaakt met behulp van farnesylpyrofosfaat. Werk een mogelijk reactiemechanisme uit tot het bekomen van dit product.(de structuur formule van farnesylpyrofosfaat werd niet gegeven)<br /> #Werk het mechanisme uit en becommentarieer. (Oplossing: met behulp van pyrodoxaal fosfaat)<br /> #Bespreek de antioxidatieve werking van vitamine C<br /> <br /> ===14 juni 2013===<br /> #Hoe glutathion met een bepaald vaag molecule reageert<br /> #2 manieren om acetoacetyl CoA te vormen<br /> #Polyketiden: ge moet weten dat dat via de mechanisme van vetzuursynthese aangemaakt werd en dan moest ge nog mechanisme van dat polyketide naar een ander gegeven molecule schrijven, het was aldolcondensatie.<br /> <br /> ===15 juni 2012 (namiddag)===<br /> #Oefening met stetter reagens. Welk molecule bootst stetter na en voor wat wordt dit in de natuur gebruikt.<br /> #Racematie met pyridoxalfosfaat uitleggen en mechanisme uitschrijven voor gegeven moleculen. Voorwat pyridoxalfosfaat gebruikt wordt in de natuur.<br /> #Mechanisme antioxidans van vitamine C uitleggen. Hoe wordt dit gemaakt.<br /> <br /> ===15 juni 2012 (voormiddag)===<br /> #Structuur van humuleen gegeven. Geef de biosynthese van humuleen, vertrekkende van farnesylfosfaat<br /> #Gegeven: Hoe reageert glutathione met deze verbinding?<br /> #Geef de 2 biosynthesewegen die in de cursus gezien zijn voor acetoacetyl-CoA<br /> <br /> ===20 juni 2011 (namiddag)===<br /> #Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomeer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH van 2-butaton en pyruvaat (+ appelzuur)<br /> #Leg mechanisme van de anti-oxidantie werking uit van vitamine C. Geef ook de biosynthese.<br /> #Geef een mogelijk mechanisme voor volgende reactie HOOC-(C=O)-C-C-C-(C=O)-C=C  (biomimetrisch reagens en Et3N)  1,4 cycloheptadion<br /> <br /> ===14 juni 2010===<br /> #Omzetting van histidine naar histidine zonder CO2 (structuren gegeven)<br /> #Welk biomimetrisch reagens zou je gebruiken, en wat zou een mechanisme kunnen zijn? (stetter)<br /> #Leg het mechanisme van de anti-oxidantie werking van vitamine C uit<br /> <br /> ===11 juni 2010===<br /> #Omzetting van L-AZ naar D-AZ mbv pyridoxaalfosfaat<br /> #Vetzuursynthese<br /> #Radicale ortho-para-koppeling<br /> <br /> ===September 2009===<br /> #DOPA en DOPAMINE<br /> #Synthese inositolen<br /> #Stereospecificiteit LADH<br /> <br /> ===12 juni 2009===<br /> #Becommentarieer op mechanistische wijze de volgende reactie (vul de nodige reagentia zelf aan). In welke biosynthese is deze reactie belangrijk?<br /> #Schrijf het mechanisme op van de volgende reactie<br /> #Bespreek de structuur van fosfatidylcholine en geef de biosynthese ervan<br /> <br /> ===4 september 2008===<br /> #De structuren van ornitine en hygrine waren gegeven en je moest heel de reactieweg geven.<br /> #De 4e stap van de purine synthese was gegeven, begin- en eindproduct en hij moest zeggen hoe de reactie verliep<br /> <br /> ===17 juni 2008===<br /> #Bespreek decarboxylatie van phosphadityl serine naar phosphadityl ethanolamine (pyridoxalfosfaat). Ge kreeg de tekening van die molecules, hem vroeg dan de naam, vroeg ook nog achter choline en wat dat doet, hoe ge dat maakt<br /> #Fructose: fisher =&gt; hawordth omzetting<br /> #Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH, van 2-butanon en pyruvaat. Hij vroeg ook nog hoe ge bv appelzuur oxideert met NAD<br /> <br /> ===19 juni 2007===<br /> #Merhylering, waardoor gebeurt het en leg uit (SAM)<br /> #Fructose fisher gegeven, geef haworth<br /> #R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD =&gt; FADH2) leg uit + geef structuur van FAD<br /> <br /> ===12 juni 2006===<br /> #Omzetting van een ketocarbonzuur is AZ, hoe gaat dit in zijn werk in de cel, met welke reagentia, geef structuur + reacties<br /> #Hoe worden verzadigde vetzuren opgebouwd in de natuur?<br /> #Hoe wordt zuurstof in de cel getransporteerd, geef structuur + uitleg<br /> <br /> ===12 juni 2006===<br /> #Decarboxylatie van een aminozuur<br /> #R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD =&gt; FADH2): leg uit + geef structuur van FAD<br /> #Welk molecule zorgt voor spontane membraanvorming: geef structuur en leg uit</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemie_Van_Natuurproducten&diff=1235 Chemie Van Natuurproducten 2018-06-21T16:22:11Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===21 juni 2018===<br /> #Stetter-reagens[[Bestand:Knipsel.png]]<br /> #NAD+/NADH reductie<br /> #biosynthese insitol<br /> <br /> ===19 juni 2018===<br /> #bespreek synthese humuleen<br /> #Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> #bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2<br /> <br /> ===15 juni 2018===<br /> #Geef een mogelijk reactie mechanismen van molecule A naar B. Hoe zou molecule A biosynthetisch gemaakt kunnen worden. (A was een polyketide gemaakt aan de hand van een starter unit uit het deel 'other starter units')<br /> #Deaminatie van tryptofaan. (m.b.v. pyridoxaalfosfaat)<br /> #Oxidatie van een gegeven molecule m.b.v. NAD+.<br /> <br /> ===11 juni 2018 voormiddag===<br /> #Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat)<br /> #Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> #Bespreek antioxiderende werking van vitamine C<br /> <br /> ===21 juni 2017 namiddag===<br /> #hoe gebeurt volgende reactie (Stetter) + geef reactiemechanisme<br /> #reactievergelijking aanvullen: molecule + NAD+ --&gt; ? (oefening zoals die van appelzuur met NAD+)<br /> #bespreek biosynthese van inositolen en wat zijn inositolen<br /> <br /> ===21 juni 2017 voormiddag===<br /> #bespreek synthese humuleen<br /> #bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2<br /> #oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> <br /> ===20 juni 2017 namiddag===<br /> # Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat<br /> # een oefening van hoe je een L-aminozuur omzet naar een D-aminozuur (met pyridoxaalfosfaat)<br /> # geef 2 manieren waar we de biosynthese van acetoacetyl CoA gezien hebben (bijvraag: waar hebben we deze reacties gezien)<br /> <br /> ===20 juni 2017 voormiddag===<br /> # oefening van polyketiden<br /> # gegeven structuur omvormen m.b.v. pyridoxaalfosfaat<br /> # oefening zoals die van appelzuur met NAD+ maar met een andere gegeven structuur (COOH groep vervangen door benzeenring, maar dit komt op hetzelfde neer).<br /> <br /> ===16 juni 2017===<br /> # Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat<br /> # Reactie met glutathion (met Michaelacceptor C=C-C=O)<br /> # Antioxidante werking van vitamine C<br /> <br /> ===13 juni 2017===<br /> # Leg de werking van ascorbinezuur uit (vitamine C dus)<br /> # Oefening gebaseerd op de theorie van de synthese uit ornithine en hygrine maar dan met een zesring ipv een vijfring. <br /> # Stetteroefening.<br /> <br /> ===12 juni 2017===<br /> # een oefening &quot;met welk biomemtisch reagens gebeurt deze reactie&quot; da was van 1 ring naar 2 ringen dus me stetter<br /> # tweede oefening was van een aminozuur met een keten me een O in en een NH2 naar een 7ring (leek op ornithine naar hygrine) en da was mbv pyrodoxalfosfaat en ook claisen ester condensatie<br /> # theorie: leg het anti-oxidans van vitamine C uit<br /> <br /> ===12 juni 2015===<br /> #leg de werking van vitamine C uit als antioxidans<br /> #Leg uit hoe humuleen gevormd wordt uit farnesylfosfaat<br /> #Oefening gebaseerd is op de theorie van de synthese uit ornithine maar dan met een zevenring ipv een vijfring.<br /> <br /> ===20 agustus 2013===<br /> #Terpenen: een gegeven molecule naar een nader molecule, geef het reactiemechanisme<br /> #Oxidaite van een gegeven molecule met NAD+<br /> #Geef 2 manieren om aceto-acetyl CoA te maken<br /> <br /> ===19 juni 2013===<br /> #Met welk biomimetrisch reagens kun je volgende reactie uitvoeren? Schrijf een mogelijk reactie mechanisme uit<br /> #Hoe reageert glutathion met onderstaande molecule<br /> #Bespreek de synthese van vitamine C<br /> <br /> ===17 juni 2013===<br /> #In de natuur wordt Caryophylleen gemaakt met behulp van farnesylpyrofosfaat. Werk een mogelijk reactiemechanisme uit tot het bekomen van dit product.(de structuur formule van farnesylpyrofosfaat werd niet gegeven)<br /> #Werk het mechanisme uit en becommentarieer. (Oplossing: met behulp van pyrodoxaal fosfaat)<br /> #Bespreek de antioxidatieve werking van vitamine C<br /> <br /> ===14 juni 2013===<br /> #Hoe glutathion met een bepaald vaag molecule reageert<br /> #2 manieren om acetoacetyl CoA te vormen<br /> #Polyketiden: ge moet weten dat dat via de mechanisme van vetzuursynthese aangemaakt werd en dan moest ge nog mechanisme van dat polyketide naar een ander gegeven molecule schrijven, het was aldolcondensatie.<br /> <br /> ===15 juni 2012 (namiddag)===<br /> #Oefening met stetter reagens. Welk molecule bootst stetter na en voor wat wordt dit in de natuur gebruikt.<br /> #Racematie met pyridoxalfosfaat uitleggen en mechanisme uitschrijven voor gegeven moleculen. Voorwat pyridoxalfosfaat gebruikt wordt in de natuur.<br /> #Mechanisme antioxidans van vitamine C uitleggen. Hoe wordt dit gemaakt.<br /> <br /> ===15 juni 2012 (voormiddag)===<br /> #Structuur van humuleen gegeven. Geef de biosynthese van humuleen, vertrekkende van farnesylfosfaat<br /> #Gegeven: Hoe reageert glutathione met deze verbinding?<br /> #Geef de 2 biosynthesewegen die in de cursus gezien zijn voor acetoacetyl-CoA<br /> <br /> ===20 juni 2011 (namiddag)===<br /> #Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomeer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH van 2-butaton en pyruvaat (+ appelzuur)<br /> #Leg mechanisme van de anti-oxidantie werking uit van vitamine C. Geef ook de biosynthese.<br /> #Geef een mogelijk mechanisme voor volgende reactie HOOC-(C=O)-C-C-C-(C=O)-C=C  (biomimetrisch reagens en Et3N)  1,4 cycloheptadion<br /> <br /> ===14 juni 2010===<br /> #Omzetting van histidine naar histidine zonder CO2 (structuren gegeven)<br /> #Welk biomimetrisch reagens zou je gebruiken, en wat zou een mechanisme kunnen zijn? (stetter)<br /> #Leg het mechanisme van de anti-oxidantie werking van vitamine C uit<br /> <br /> ===11 juni 2010===<br /> #Omzetting van L-AZ naar D-AZ mbv pyridoxaalfosfaat<br /> #Vetzuursynthese<br /> #Radicale ortho-para-koppeling<br /> <br /> ===September 2009===<br /> #DOPA en DOPAMINE<br /> #Synthese inositolen<br /> #Stereospecificiteit LADH<br /> <br /> ===12 juni 2009===<br /> #Becommentarieer op mechanistische wijze de volgende reactie (vul de nodige reagentia zelf aan). In welke biosynthese is deze reactie belangrijk?<br /> #Schrijf het mechanisme op van de volgende reactie<br /> #Bespreek de structuur van fosfatidylcholine en geef de biosynthese ervan<br /> <br /> ===4 september 2008===<br /> #De structuren van ornitine en hygrine waren gegeven en je moest heel de reactieweg geven.<br /> #De 4e stap van de purine synthese was gegeven, begin- en eindproduct en hij moest zeggen hoe de reactie verliep<br /> <br /> ===17 juni 2008===<br /> #Bespreek decarboxylatie van phosphadityl serine naar phosphadityl ethanolamine (pyridoxalfosfaat). Ge kreeg de tekening van die molecules, hem vroeg dan de naam, vroeg ook nog achter choline en wat dat doet, hoe ge dat maakt<br /> #Fructose: fisher =&gt; hawordth omzetting<br /> #Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH, van 2-butanon en pyruvaat. Hij vroeg ook nog hoe ge bv appelzuur oxideert met NAD<br /> <br /> ===19 juni 2007===<br /> #Merhylering, waardoor gebeurt het en leg uit (SAM)<br /> #Fructose fisher gegeven, geef haworth<br /> #R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD =&gt; FADH2) leg uit + geef structuur van FAD<br /> <br /> ===12 juni 2006===<br /> #Omzetting van een ketocarbonzuur is AZ, hoe gaat dit in zijn werk in de cel, met welke reagentia, geef structuur + reacties<br /> #Hoe worden verzadigde vetzuren opgebouwd in de natuur?<br /> #Hoe wordt zuurstof in de cel getransporteerd, geef structuur + uitleg<br /> <br /> ===12 juni 2006===<br /> #Decarboxylatie van een aminozuur<br /> #R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD =&gt; FADH2): leg uit + geef structuur van FAD<br /> #Welk molecule zorgt voor spontane membraanvorming: geef structuur en leg uit</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Microbiologie&diff=839 Microbiologie 2018-01-16T10:28:01Z <p>Siene.swinnen: /* 15 januari 201! */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Mondeling examen. Practicum wordt geëvalueerd via een examen practicumsessie.<br /> ==Examenvragen==<br /> ===15 januari 2018===<br /> #Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5<br /> #A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5<br /> #8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4<br /> <br /> ===21 augustus 2017 NM===<br /> #bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis<br /> #detoxificatie van zuurstof<br /> #8 stelling juist/fout + verklaar<br /> #*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring <br /> #*antibiotica-resistentie is species-specifiek<br /> #*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur<br /> #*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat<br /> #*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities<br /> #*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel<br /> #*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand<br /> #*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie<br /> <br /> ===23 januari 2017 NM===<br /> #bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit<br /> #virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom<br /> #je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.<br /> #vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide<br /> #leg verschil en gelijkenis uit + bespreek<br /> #*mesofiel-pathogeen<br /> #*antiseptica-desinfectans<br /> #*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie<br /> #*chemoorganotroof-chemolithotroof<br /> #*generatietijd-delingscoefficient<br /> #*sporecortex-bacteriele celwand<br /> #*guilde-gemeenschap<br /> #*commensalisme-amensalisme<br /> <br /> ===23 januari 2017 VM===<br /> #bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring) <br /> #afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.<br /> #8 juist of fout vragen<br /> <br /> ===26 januari 2016===<br /> #Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking. <br /> #Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit. <br /> #Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:<br /> #*halofielen - osmiofielen<br /> #*autotroof - heterotroof<br /> #*bacteriële celwand - sporeprotoplast<br /> #*chemoorganotroof - ...<br /> #*chemoorganofiel - ...<br /> #*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...<br /> #* ...<br /> <br /> ===22 januari 2015===<br /> #Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.<br /> #Detoxificatiemechanismen<br /> #Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)<br /> #*B-lactam werkt alleen op gram +<br /> #*Resistentie is species-specifiek<br /> #*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T<br /> #*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie<br /> #*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand<br /> #*Stikstoffixatie is vooral anoxisch<br /> #*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -<br /> #*en nog een die ik me niet meer herinner.<br /> <br /> ===27 januari 2015===<br /> #verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie<br /> #welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?<br /> #juist/fout vragen<br /> <br /> ===19 januari 2015 (NM)===<br /> #Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.<br /> #Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie. <br /> #8 juist-fout vraagjes<br /> #*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.<br /> #*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.<br /> #*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.<br /> #*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden<br /> #*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.<br /> #*...<br /> <br /> <br /> ===19 januari 2015 (VM)===<br /> #koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)<br /> #Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer <br /> #woordjes uitleggen: <br /> #*exosporium <br /> #*evolutionaire chronometers <br /> #*omgekeerde citroencyclus<br /> #*...<br /> <br /> <br /> ===23 januari 2014===<br /> #Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.<br /> #Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.<br /> #O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden<br /> <br /> ===21 januari 214===<br /> #de koolstofcyclus en metabole processen <br /> #detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie. <br /> #combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.<br /> <br /> === 20 jan 2014 (namiddag) ===<br /> #koolstofcyclus<br /> #mechanismen van detoxificatie<br /> #patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet<br /> <br /> ===20 januari 2014 voormiddag===<br /> #antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam<br /> #fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen<br /> #virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren<br /> #woordjes<br /> #*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)<br /> #*hydrosoom<br /> #*viroiden<br /> #*endotoxine<br /> <br /> === 31 jan 2012 (voormiddag) ===<br /> # Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)<br /> # Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij één passen, hun actiemechanismen uit.<br /> # Verklaar:<br /> #* Fenol-coëfficiënt methode<br /> #* Virion<br /> #* Rolling-circle replicatie<br /> #* O-anitgen<br /> #* Fermentatiebalans<br /> #* Anamoxosoom<br /> #* Decimale Reductietijd<br /> #* Hopanoïde<br /> <br /> === 26 jan 2011 (voormiddag) ===<br /> <br /> # Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriën: Een schets geven en vergelijken.<br /> # Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden<br /> # Een patiënt met een bacteriële infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?<br /> <br /> === 25 jan 2011 (voormiddag) ===<br /> <br /> # Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld<br /> # Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?<br /> # Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides<br /> <br /> === 17 jan 2011 (namiddag) ===<br /> <br /> # Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld<br /> # nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?<br /> # vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriën met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?<br /> <br /> === 21 jan 2010 ===<br /> # Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriën en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriën. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiële context.<br /> # Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoëfficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.<br /> # Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)<br /> <br /> === 11 jan 2010 ===<br /> # zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?<br /> # bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine<br /> # geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)<br /> === 27 jan 2009 ===<br /> <br /> # Verklaar:<br /> #* Baltimore classificatie<br /> #* tegument<br /> #* psychrotolerante mesofiel<br /> #* peritrieche flagelaat<br /> # Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie<br /> # antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van <br /> === 23 jan 2009 ===<br /> # C02 fixatie<br /> # hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken<br /> # Termpjes:<br /> #* aw<br /> #* serine pathway<br /> === 23 jan 2009 ===<br /> # Een gistcultuur is geïnfecteerd met cyanobacteriën. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.<br /> # Juist of fout vragen:<br /> #* S-lagen<br /> #* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea<br /> #* phycobilines<br /> #* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen<br /> #* cephalosporine<br /> # Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.<br /> === 16 jan 2009 ===<br /> # 5 woorden verklaren:<br /> #* cephalosporine<br /> #* phycobilisoom<br /> #* hepadnavirussen<br /> #* serine pathway<br /> #* wateractiviteit aw<br /> # Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?<br /> # Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus<br /> === 15 jun 2008 ===<br /> # bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...<br /> # glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen<br /> # wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit<br /> === 13 jun 2008 ===<br /> # Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering<br /> # Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?<br /> # wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing<br /> # Termen:<br /> #* amensalisme<br /> #* protocoöperatie<br /> #* S.cerevisiae geïnfecteerd met groen zwavel bacteriën... hoe los je dit op<br /> #* Verschil groenzwavel- en purperbacteriën op vlak van productie reducerend vermogen<br /> #* Antibioticaresistentiemechanismen<br /> #* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen<br /> #* mutualisme<br /> #* syntrofie<br /> #* verschil antiseptica en desinfectantia<br /> === 13 jun 2008 ===<br /> # acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken<br /> # voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden<br /> # begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....<br /> === 10 jun 2008 ===<br /> # penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline<br /> # wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie<br /> # manieren van C02 fixatie<br /> === 27 aug 2007 ===<br /> # Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft? <br /> # Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieën<br /> # Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?<br /> # Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriën. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?<br /> === 18 jun 2007 ===<br /> # De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.<br /> # Geef alle manieren om CO2 te fixeren.<br /> # Termen: <br /> #* chemostaat<br /> #* glycocalyx<br /> #* micronutrienten<br /> #* macronutrienten<br /> #* hydrogenosoom<br /> #* monomorfisch<br /> #* pleiomorfisch<br /> === 15 jun 2007 ===<br /> # Leg de structuur en de werking van de bacteriële flagel uit en bespreek chemotaxis.<br /> # Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?<br /> # Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.<br /> <br /> === 11 jun Z007 ===<br /> # bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden<br /> # ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways <br /> # stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie<br /> <br /> === 11 jun 2007 ===<br /> # Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?<br /> # Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).<br /> # Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Microbiologie&diff=838 Microbiologie 2018-01-16T10:27:50Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Mondeling examen. Practicum wordt geëvalueerd via een examen practicumsessie.<br /> ==Examenvragen==<br /> ===15 januari 201!===<br /> #Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5<br /> #A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5<br /> #8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4<br /> <br /> ===21 augustus 2017 NM===<br /> #bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis<br /> #detoxificatie van zuurstof<br /> #8 stelling juist/fout + verklaar<br /> #*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring <br /> #*antibiotica-resistentie is species-specifiek<br /> #*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur<br /> #*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat<br /> #*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities<br /> #*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel<br /> #*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand<br /> #*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie<br /> <br /> ===23 januari 2017 NM===<br /> #bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit<br /> #virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom<br /> #je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.<br /> #vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide<br /> #leg verschil en gelijkenis uit + bespreek<br /> #*mesofiel-pathogeen<br /> #*antiseptica-desinfectans<br /> #*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie<br /> #*chemoorganotroof-chemolithotroof<br /> #*generatietijd-delingscoefficient<br /> #*sporecortex-bacteriele celwand<br /> #*guilde-gemeenschap<br /> #*commensalisme-amensalisme<br /> <br /> ===23 januari 2017 VM===<br /> #bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring) <br /> #afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.<br /> #8 juist of fout vragen<br /> <br /> ===26 januari 2016===<br /> #Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking. <br /> #Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit. <br /> #Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:<br /> #*halofielen - osmiofielen<br /> #*autotroof - heterotroof<br /> #*bacteriële celwand - sporeprotoplast<br /> #*chemoorganotroof - ...<br /> #*chemoorganofiel - ...<br /> #*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...<br /> #* ...<br /> <br /> ===22 januari 2015===<br /> #Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.<br /> #Detoxificatiemechanismen<br /> #Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)<br /> #*B-lactam werkt alleen op gram +<br /> #*Resistentie is species-specifiek<br /> #*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T<br /> #*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie<br /> #*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand<br /> #*Stikstoffixatie is vooral anoxisch<br /> #*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -<br /> #*en nog een die ik me niet meer herinner.<br /> <br /> ===27 januari 2015===<br /> #verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie<br /> #welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?<br /> #juist/fout vragen<br /> <br /> ===19 januari 2015 (NM)===<br /> #Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.<br /> #Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie. <br /> #8 juist-fout vraagjes<br /> #*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.<br /> #*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.<br /> #*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.<br /> #*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden<br /> #*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.<br /> #*...<br /> <br /> <br /> ===19 januari 2015 (VM)===<br /> #koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)<br /> #Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer <br /> #woordjes uitleggen: <br /> #*exosporium <br /> #*evolutionaire chronometers <br /> #*omgekeerde citroencyclus<br /> #*...<br /> <br /> <br /> ===23 januari 2014===<br /> #Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.<br /> #Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.<br /> #O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden<br /> <br /> ===21 januari 214===<br /> #de koolstofcyclus en metabole processen <br /> #detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie. <br /> #combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.<br /> <br /> === 20 jan 2014 (namiddag) ===<br /> #koolstofcyclus<br /> #mechanismen van detoxificatie<br /> #patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet<br /> <br /> ===20 januari 2014 voormiddag===<br /> #antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam<br /> #fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen<br /> #virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren<br /> #woordjes<br /> #*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)<br /> #*hydrosoom<br /> #*viroiden<br /> #*endotoxine<br /> <br /> === 31 jan 2012 (voormiddag) ===<br /> # Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)<br /> # Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij één passen, hun actiemechanismen uit.<br /> # Verklaar:<br /> #* Fenol-coëfficiënt methode<br /> #* Virion<br /> #* Rolling-circle replicatie<br /> #* O-anitgen<br /> #* Fermentatiebalans<br /> #* Anamoxosoom<br /> #* Decimale Reductietijd<br /> #* Hopanoïde<br /> <br /> === 26 jan 2011 (voormiddag) ===<br /> <br /> # Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriën: Een schets geven en vergelijken.<br /> # Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden<br /> # Een patiënt met een bacteriële infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?<br /> <br /> === 25 jan 2011 (voormiddag) ===<br /> <br /> # Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld<br /> # Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?<br /> # Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides<br /> <br /> === 17 jan 2011 (namiddag) ===<br /> <br /> # Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld<br /> # nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?<br /> # vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriën met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?<br /> <br /> === 21 jan 2010 ===<br /> # Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriën en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriën. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiële context.<br /> # Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoëfficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.<br /> # Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)<br /> <br /> === 11 jan 2010 ===<br /> # zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?<br /> # bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine<br /> # geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)<br /> === 27 jan 2009 ===<br /> <br /> # Verklaar:<br /> #* Baltimore classificatie<br /> #* tegument<br /> #* psychrotolerante mesofiel<br /> #* peritrieche flagelaat<br /> # Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie<br /> # antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van <br /> === 23 jan 2009 ===<br /> # C02 fixatie<br /> # hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken<br /> # Termpjes:<br /> #* aw<br /> #* serine pathway<br /> === 23 jan 2009 ===<br /> # Een gistcultuur is geïnfecteerd met cyanobacteriën. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.<br /> # Juist of fout vragen:<br /> #* S-lagen<br /> #* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea<br /> #* phycobilines<br /> #* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen<br /> #* cephalosporine<br /> # Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.<br /> === 16 jan 2009 ===<br /> # 5 woorden verklaren:<br /> #* cephalosporine<br /> #* phycobilisoom<br /> #* hepadnavirussen<br /> #* serine pathway<br /> #* wateractiviteit aw<br /> # Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?<br /> # Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus<br /> === 15 jun 2008 ===<br /> # bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...<br /> # glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen<br /> # wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit<br /> === 13 jun 2008 ===<br /> # Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering<br /> # Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?<br /> # wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing<br /> # Termen:<br /> #* amensalisme<br /> #* protocoöperatie<br /> #* S.cerevisiae geïnfecteerd met groen zwavel bacteriën... hoe los je dit op<br /> #* Verschil groenzwavel- en purperbacteriën op vlak van productie reducerend vermogen<br /> #* Antibioticaresistentiemechanismen<br /> #* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen<br /> #* mutualisme<br /> #* syntrofie<br /> #* verschil antiseptica en desinfectantia<br /> === 13 jun 2008 ===<br /> # acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken<br /> # voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden<br /> # begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....<br /> === 10 jun 2008 ===<br /> # penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline<br /> # wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie<br /> # manieren van C02 fixatie<br /> === 27 aug 2007 ===<br /> # Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft? <br /> # Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieën<br /> # Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?<br /> # Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriën. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?<br /> === 18 jun 2007 ===<br /> # De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.<br /> # Geef alle manieren om CO2 te fixeren.<br /> # Termen: <br /> #* chemostaat<br /> #* glycocalyx<br /> #* micronutrienten<br /> #* macronutrienten<br /> #* hydrogenosoom<br /> #* monomorfisch<br /> #* pleiomorfisch<br /> === 15 jun 2007 ===<br /> # Leg de structuur en de werking van de bacteriële flagel uit en bespreek chemotaxis.<br /> # Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?<br /> # Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.<br /> <br /> === 11 jun Z007 ===<br /> # bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden<br /> # ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways <br /> # stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie<br /> <br /> === 11 jun 2007 ===<br /> # Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?<br /> # Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).<br /> # Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Microbiologie&diff=837 Microbiologie 2018-01-16T10:27:23Z <p>Siene.swinnen: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Mondeling examen. Practicum wordt geëvalueerd via een examen practicumsessie.<br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> #Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5<br /> #A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5<br /> #8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4<br /> <br /> ===21 augustus 2017 NM===<br /> #bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis<br /> #detoxificatie van zuurstof<br /> #8 stelling juist/fout + verklaar<br /> #*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring <br /> #*antibiotica-resistentie is species-specifiek<br /> #*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur<br /> #*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat<br /> #*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities<br /> #*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel<br /> #*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand<br /> #*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie<br /> <br /> ===23 januari 2017 NM===<br /> #bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit<br /> #virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom<br /> #je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.<br /> #vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide<br /> #leg verschil en gelijkenis uit + bespreek<br /> #*mesofiel-pathogeen<br /> #*antiseptica-desinfectans<br /> #*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie<br /> #*chemoorganotroof-chemolithotroof<br /> #*generatietijd-delingscoefficient<br /> #*sporecortex-bacteriele celwand<br /> #*guilde-gemeenschap<br /> #*commensalisme-amensalisme<br /> <br /> ===23 januari 2017 VM===<br /> #bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring) <br /> #afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.<br /> #8 juist of fout vragen<br /> <br /> ===26 januari 2016===<br /> #Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking. <br /> #Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit. <br /> #Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:<br /> #*halofielen - osmiofielen<br /> #*autotroof - heterotroof<br /> #*bacteriële celwand - sporeprotoplast<br /> #*chemoorganotroof - ...<br /> #*chemoorganofiel - ...<br /> #*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...<br /> #* ...<br /> <br /> ===22 januari 2015===<br /> #Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.<br /> #Detoxificatiemechanismen<br /> #Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)<br /> #*B-lactam werkt alleen op gram +<br /> #*Resistentie is species-specifiek<br /> #*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T<br /> #*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie<br /> #*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand<br /> #*Stikstoffixatie is vooral anoxisch<br /> #*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -<br /> #*en nog een die ik me niet meer herinner.<br /> <br /> ===27 januari 2015===<br /> #verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie<br /> #welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?<br /> #juist/fout vragen<br /> <br /> ===19 januari 2015 (NM)===<br /> #Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.<br /> #Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie. <br /> #8 juist-fout vraagjes<br /> #*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.<br /> #*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.<br /> #*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.<br /> #*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden<br /> #*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.<br /> #*...<br /> <br /> <br /> ===19 januari 2015 (VM)===<br /> #koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)<br /> #Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer <br /> #woordjes uitleggen: <br /> #*exosporium <br /> #*evolutionaire chronometers <br /> #*omgekeerde citroencyclus<br /> #*...<br /> <br /> <br /> ===23 januari 2014===<br /> #Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.<br /> #Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.<br /> #O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden<br /> <br /> ===21 januari 214===<br /> #de koolstofcyclus en metabole processen <br /> #detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie. <br /> #combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.<br /> <br /> === 20 jan 2014 (namiddag) ===<br /> #koolstofcyclus<br /> #mechanismen van detoxificatie<br /> #patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet<br /> <br /> ===20 januari 2014 voormiddag===<br /> #antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam<br /> #fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen<br /> #virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren<br /> #woordjes<br /> #*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)<br /> #*hydrosoom<br /> #*viroiden<br /> #*endotoxine<br /> <br /> === 31 jan 2012 (voormiddag) ===<br /> # Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)<br /> # Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij één passen, hun actiemechanismen uit.<br /> # Verklaar:<br /> #* Fenol-coëfficiënt methode<br /> #* Virion<br /> #* Rolling-circle replicatie<br /> #* O-anitgen<br /> #* Fermentatiebalans<br /> #* Anamoxosoom<br /> #* Decimale Reductietijd<br /> #* Hopanoïde<br /> <br /> === 26 jan 2011 (voormiddag) ===<br /> <br /> # Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriën: Een schets geven en vergelijken.<br /> # Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden<br /> # Een patiënt met een bacteriële infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?<br /> <br /> === 25 jan 2011 (voormiddag) ===<br /> <br /> # Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld<br /> # Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?<br /> # Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides<br /> <br /> === 17 jan 2011 (namiddag) ===<br /> <br /> # Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld<br /> # nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?<br /> # vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriën met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?<br /> <br /> === 21 jan 2010 ===<br /> # Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriën en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriën. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiële context.<br /> # Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoëfficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.<br /> # Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)<br /> <br /> === 11 jan 2010 ===<br /> # zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?<br /> # bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine<br /> # geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)<br /> === 27 jan 2009 ===<br /> <br /> # Verklaar:<br /> #* Baltimore classificatie<br /> #* tegument<br /> #* psychrotolerante mesofiel<br /> #* peritrieche flagelaat<br /> # Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie<br /> # antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van <br /> === 23 jan 2009 ===<br /> # C02 fixatie<br /> # hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken<br /> # Termpjes:<br /> #* aw<br /> #* serine pathway<br /> === 23 jan 2009 ===<br /> # Een gistcultuur is geïnfecteerd met cyanobacteriën. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.<br /> # Juist of fout vragen:<br /> #* S-lagen<br /> #* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea<br /> #* phycobilines<br /> #* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen<br /> #* cephalosporine<br /> # Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.<br /> === 16 jan 2009 ===<br /> # 5 woorden verklaren:<br /> #* cephalosporine<br /> #* phycobilisoom<br /> #* hepadnavirussen<br /> #* serine pathway<br /> #* wateractiviteit aw<br /> # Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?<br /> # Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus<br /> === 15 jun 2008 ===<br /> # bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...<br /> # glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen<br /> # wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit<br /> === 13 jun 2008 ===<br /> # Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering<br /> # Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?<br /> # wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing<br /> # Termen:<br /> #* amensalisme<br /> #* protocoöperatie<br /> #* S.cerevisiae geïnfecteerd met groen zwavel bacteriën... hoe los je dit op<br /> #* Verschil groenzwavel- en purperbacteriën op vlak van productie reducerend vermogen<br /> #* Antibioticaresistentiemechanismen<br /> #* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen<br /> #* mutualisme<br /> #* syntrofie<br /> #* verschil antiseptica en desinfectantia<br /> === 13 jun 2008 ===<br /> # acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken<br /> # voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden<br /> # begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....<br /> === 10 jun 2008 ===<br /> # penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline<br /> # wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie<br /> # manieren van C02 fixatie<br /> === 27 aug 2007 ===<br /> # Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft? <br /> # Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieën<br /> # Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?<br /> # Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriën. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?<br /> === 18 jun 2007 ===<br /> # De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.<br /> # Geef alle manieren om CO2 te fixeren.<br /> # Termen: <br /> #* chemostaat<br /> #* glycocalyx<br /> #* micronutrienten<br /> #* macronutrienten<br /> #* hydrogenosoom<br /> #* monomorfisch<br /> #* pleiomorfisch<br /> === 15 jun 2007 ===<br /> # Leg de structuur en de werking van de bacteriële flagel uit en bespreek chemotaxis.<br /> # Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?<br /> # Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.<br /> <br /> === 11 jun Z007 ===<br /> # bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden<br /> # ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways <br /> # stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie<br /> <br /> === 11 jun 2007 ===<br /> # Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?<br /> # Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).<br /> # Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Grondslagen_van_de_Chemie&diff=587 Grondslagen van de Chemie 2017-08-21T14:51:32Z <p>Siene.swinnen: /* 21 Augustus 2017 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Basisvak chemie voor 1e bachelor chemie, biochemie en biologie.<br /> Gedoceerd door professor &amp;lt;s&amp;gt;Koen Clays&amp;lt;/s&amp;gt; &amp;lt;s&amp;gt;Bart Goderis (sinds academiejaar 2013-2014)&amp;lt;/s&amp;gt; Koen Clays<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 21 Augustus 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Hoe kan het evenwicht in de richting van de producten worden verschoven? Heeft dit invloed op het evenwicht? /6<br /> '''concentratie wijzigen'''<br /> principe van Le Chatelier<br /> hogere concentratie -&gt; meer kans op botsingen -&gt; sneller<br /> <br /> '''druk wijzigen'''<br /> bij drukverhoging -&gt; daalt volume -&gt; c=n/v dus concentratie stijgt (vanaf dan analoog aan Le Chatelier)<br /> bij drukverlaging is gunstig voor reacties waarbij delta(N) = (Nproducten - Nreagentia) negetief is(N staat voor de coëfficiënten van de stoffen in de reactie)<br /> <br /> '''temperatuur wijzigen'''<br /> Kev is temperatuursafhankelijk -&gt; delta(G) =-RT.ln(K) &lt;-&gt; ln(k)=-delta(H)/RT +delta(S)/R (teken grafiek 1/T met ln(k))<br /> endo -&gt; hoge T is gunstig<br /> exo -&gt; lage T is gunstig<br /> <br /> #Wat is het verband tussen neerslag- en complexatiereacties? /4<br /> ionen met een hoge ladingsdichtheid kunnen niet zoals bijvoorbeeld Na+ en Cl- (afkomstig van goed oplosbaar zou NaCl) in oplossing voorkomen,<br /> aangezien dit niet stabiel is.<br /> gaan dus ofwel neerslaan ofwel complexeren<br /> (Ksp en 1/Kst vergelijken -&gt; de stabielste toestand gaat zich dan voordoen)<br /> <br /> <br /> Oefeningen<br /> #Teken de lewis-structuur, geef het sterisch getal, hybridisatie, geometrische en atoomstructuur van HCN en ICL3. Geef ook aan of ze polair zijn of niet. /3<br /> #Leid de Kb af van (AsO2)- aan de hand van zijn standaarreductiepotentiaal. Kies zelf een goed redoxkoppel. /3<br /> <br /> === 24 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Welke verbindingen zijn zelf niet zuur of basisch, maar vertonen wel zure of basische eigenschappen als ze in water gebracht worden? /6<br /> #Hoe kunnen meerdere verschillende kationen die samen in een mengsel voorkomen, van elkaar gescheiden worden? Waarop moet je letten om de scheiding zo volledig mogelijk te laten gebeuren? /4<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming /3<br /> #correcte redoxreactie van 2 gegeven koppels schrijven en berekenen dat dit een aflopende reactie is. /3<br /> <br /> === 23 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Bij welke reacties is quenchen van toepassing? Leg goed uit en geef een voorbeeld. /4<br /> #Vergelijk chroomvocht, piranhazuur, koningswater en cyanide in base als oplossmiddel voor (edel)metalen. /6<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Roosterenergie berekenen /2.5<br /> #concentratie zout berekenen die toegevoegd moet worden om gegeven hoeveelheid neerslag op te doen lossen. /3.5<br /> <br /> === 18 januari 2017 ===<br /> VM<br /> Theorie<br /> #Hoe kan je de reactiesnelheid beïnvloeden? Wat betekent dit voor het chemisch evenwicht? /4<br /> #Wat gebeurt er bij de elektrolyse van water voor geen, een weinig en veel NaCL? /6<br /> <br /> Oefeningen<br /> #pH + werkelijke ionenconcentraties van een bioprotisch zuur berekenen /3<br /> #een slecht oplosbaar zout oplossen aan de hand van complexatie door een te berekenen massa NaCl toe te voegen /3<br /> <br /> === 17 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Hoe kan je het evenwicht naar de kant van de producten brengen? Heeft dit een invloed op de snelheid?<br /> #Geef het verband tussen protontransferreacties en elektrontransferreacties. Geef voorbeelden die dit verduidelijken.<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming.<br /> #Bepaal de hybridisatie en geometrie van PCl3 en SF4. Teken de atoomstructuur en zijn deze moleculen polair of apolair en een uitleg waarom.<br /> <br /> === 16 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Vuistregels met afleiding van buffers geven, dit ook toepassen op pH titraties, bloed als buffer bespreken<br /> #Hebben kationen basische of zure eigenschappen, zijn dit dan zwakke of sterke zuren of basen (voorbeelden kunnen helpen en verduidelijkend zijn)<br /> <br /> Oefeningen <br /> #Aantal ml en molair NiSO4-oplossing samenvoegen met een aantal ml en molair NH3, toon aan dat ondanks het gevormde complex nikkel (II) ammoniak er toch nog neerslag gevormd wordt<br /> #Een tabel gegeven van temperatuur en snelheidsconstante, de opdracht is grafisch de activeringsenergie te berekenen en k te berekenen bij 250°C<br /> <br /> === XX Augustus 2016 ===<br /> Theorie:<br /> #Leg de verschillende soorten isomerie uit + wat is tautomerie?<br /> #Leg uit waarom fluoride in tandpasta zit (alle 6 puntjes geven, dus ook vorming CaF uitleggen)<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Random oefening uit oefenzitting<br /> #Berekend de Kw vertrekkende vanuit de standaardreductiepotentialen voor water in zuur/basisch milieu<br /> <br /> ===XX januari 2016===<br /> Theorie:<br /> #Leg de elementaire reactiestappen uit adhv voorbeelden (mono,bi,termoleculair, stationariteitsprincipe, vorming ozon)<br /> #Geef de '''essentie''' van een titratie + grafieken<br /> <br /> oefeningen:<br /> #Oplosbaarheid van AgNO3 berekenen na toevoegen van een of ander zuur/base<br /> #nog een oefening<br /> === 11 januari 2016 ===<br /> #Hoe bepaal je de geometrische structuur bij covalent gebonden atomen en geef 3 voorbeelden <br /> #bij welke reactie is quenching van toepassing?<br /> <br /> ===XX januari 2016===<br /> Theorie:<br /> #heterogene en homogene en enzymatische katalysator + alles uitleggen hiervan<br /> #loodbatterij<br /> <br /> ===12 januarie 2016===<br /> #Verschillen tussen Co en Fe en zeggen waarom Fe gebruikt wordt voor zuurstof transport <br /> #het verschil tussen c dubbel gebonden en enkel gebonden <br /> #bij de oefeningen was eentje E0 bepalen ahv Ka en een andere E0 <br /> #andere grafisch de orde enzo bepalen <br /> <br /> ===10 JAN 2014===<br /> Theorie:<br /> #Roosterenergie van 2 roosters (NaCl en MgO) berekenen met de formule, zeggen of er nog een andere manier was om die te vinden (Hess) en of er een verschil in uitkomst te verwachten was tussen de twee manieren. Vergelijken van de pH van de twee oplossingen.<br /> #Uitleggen waarom termoleculaire reactiestappen omwaarschijnlijk zijn. Reactiemechanisme van 2HI + H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;O&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; -&amp;gt; I&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; + H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;O geven. Stationariteitsprincipe uitleggen en zeggen of het op die reactie van toepassing was. <br /> #Waar/soms waar/niet waar: Een proces is spontaan als de entropie in het systeem toeneemt. <br /> #Uitleggen wat een buffer is en de vuistregels voor een goede buffer uitleggen zonder de hele wiskundige berekening te doen.<br /> <br /> Oefeningen.<br /> #Oplosbaarheid van AgBr, complexatie met thiosulfaat en alternatieve manier geven om oplosbaarheid te verhogen. Uitleggen waarom die laatste manier weinig effect zou hebben.<br /> #Celpotentiaal berekenen van een gegeven schematische voorstelling.<br /> <br /> ===11 JAN 2013===<br /> Theorie:<br /> # Vergelijk de elektronenstructuur van de atomen N en O met die van de moleculen N2 en O2. Licht de hierbij essentiële principes toe.<br /> # Geef de chemische functies van water. Geef bij iedere functie een voorbeeld in de vorm van een reactievergelijking. Is water sterk of zwak in deze functie?<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # CuSO4 oplossing met NH3 oplossing (grootheden gegeven). Laat zien dat er ondanks de complexatie toch nog neerslagvorming optreedt.<br /> # Gegeven concentraties (van reactieproduct) in functie van de tijd. Bepaal grafisch de orde en de halfwaardetijd.<br /> <br /> ===3 FEB 2012 NM===<br /> # Geef twee vuistregels voor een goede buffer en toon ze aan aan de hand van de neutralisatiegraad en de buffer capaciteit. <br /> #* Geef het verband hiervan met pH- titratie <br /> #* Is bloed een goede buffer ? Verklaar. <br /> # Verklaar waarom men tandpasta fluorideert.<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 NM===<br /> # Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie.<br /> # Broom in base.<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 VM===<br /> # Welke reacties kunnen optreden als katalysator bij redoxreacties?<br /> # Leidt de halfreacties van een zwavelzure loodbatterij af<br /> <br /> <br /> ===24 JAN 2012 VM===<br /> # hoe bepaal je de elektronenconfiguratie van diatomaire moleculen en geef twee duidelijk verschillende voorbeelden<br /> # vergelijk Al en Li voor batterijen, geef voor en nadelen en verklaar waarom er Li batterijen zijn en geen Al<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 NM===<br /> # staaf met enkele goed gekoze voorbeelden het belang van de ladingsdichtheid in de chemie<br /> # welke reacties hebben er baat bij quenching toe te passen<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 VM===<br /> Theorie:<br /> # Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie. <br /> # Leg de elektrolyse van water uit in de volgende omstandigheden:1. zonder zout, 2. met een beetje zout en 3. met oplossing van veel zeezout. <br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 NM===<br /> Theorie :<br /> # geef de vuistregels vr bufferopl + afleiden buffercapaciteit en neutralisatiegraad. link met pHtitratie. vertellen over bloed als buffer, goede/slechte buffer?<br /> # iets van Fe complexatie, waarom de natuur is aangepast aan ademhaling door complexvorming van Fe met zuurstof<br /> Oefeningen :<br /> # van deel C met een tabel met waarden, orde van reactie afleiden + grafisch k en t1/2 bepalen<br /> # berekenen of PbOH2 neerslaat, uit een mengsel van PbSO4 met NaOH geloof ik<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 VM===<br /> Theorie:<br /> # Vergelijk de bindingssterkte en reactiviteit van C=C en C - C (enkelvoudige binding) op 4 ptn<br /> # Vergelijk de afhankelijkheid van de temperatuur voor de snelheidsconstante en de evenwichtsconstante<br /> <br /> <br /> ===1 FEB 2011=== <br /> Theorie:<br /> # Bespreek: Chroomvocht, Piranhazuur , koningswater en cyanide in base en hun werking op (edel)metalen. (/6)<br /> # Wat is een indicator en hoe werkt het? (/4)<br /> Oefeningen:<br /> # P4 + BR2 =&amp;gt; PBR3 vul aan met coefficienten en bereken de temperatuur waarvoor deze reactie spontaan zal verlopen. (/2.5)<br /> # en een oefening over de combinatie van complexvorming van Al(OH4)- en de neerslag van Al(OH)3. (/3.5)<br /> <br /> === 1 sep 2010 ===<br /> Theorie:<br /> # Verschillen en gelijkenissen tussen homogene, heterogene en enzymatische katalyse geven. Verduidelijken met vb.<br /> # Bindingssterkte en reactiviteit vergelijken tussen C-C en C=C. Welke reacties ondergaan ze.<br /> Oefingen:<br /> # Oplosbaarheid<br /> # Enthalpie &amp;amp; Entropie<br /> <br /> <br /> ===28 jan 2010===<br /> # bespreek de oplosbaarheid van metalen in zuur en basisch milieu (/6) <br /> # bespreek &amp;quot;quenching&amp;quot; en voor welke reacties is dit toepasbaar? (/4) <br /> <br /> oefeningen: <br /> # bepaal de oplosbaarheid van AgBr in een molaire NH3 oplossing (complexvorming) <br /> # een reactie difluor en diwaterstof -&amp;gt; 2HF. Gaat deze reactie op bij 500K ?<br /> <br /> <br /> ===26 jan 2010===<br /> # vergelijk piranhazuur, koningswater, dichromaat en cyanide voor het oplossen van edelmetalen. (.../6)<br /> # welke reacties kunnen als katalysator optreden bij een redoxreactie? (.../4)<br /> oefeningen:<br /> # Een oplossing van Ti(II)-ionen wordt in zuur midden getitreerd met een dichromaatoplossing (K2Cr2O7-oplossing). Hierbij worden het Cr(III)-ion en het Ti(III)-ion gevormd. Toon aan dat het gaat om een aflopende reactie.Het verloop van de titratie wordt potentiometrisch gevolgd en ook de pH wordt constant gemeten. In de oplossing zit nog een kalomelelektrode (E°=0.25V) die aan de anode gekoppeld is en een platina-elektrode. Op zeker ogenblik - na het passeren van het equivalentiepunt - wordt een celpotentiaal van 0.95V gemeten en een pH van 1.2. Bereken de concentratie aan Cr3+ ionen, als je weet dat deze concentratie vier maal hoger ligt dan die van de dichromaationen. (.../3)<br /> # Aan een oplossing van 70 ml 0.20 M nikkelsulfaat wordt 30 ml 0.60 M ammoniak toegevoegd. Toon aan dat er - ondanks de complexvorming - toch hydroxideneerslag gevormd zal worden. (.../3)<br /> <br /> <br /> === jan 2010 ===<br /> Mondeling:<br /> # Toon het belang aan van ladingsdichtheid in de scheikunde. Geef telkens duidelijk verschillende voorbeelden als het over verschillende soorten reacties gaat.<br /> # Bespreek de reactie van broom in base. Geef een relevante toepassing.<br /> Schriftelijk:<br /> # Bij 298 K gaat onderstaande reactie op. Men maakt een oplossing van 35,5 g van Cl2 en 0,1 g van H2 in een totaal volume van 200 ml. Wat zijn de evenwichtsconcentraties van H2, Cl2 en HCl ?<br /> #*H2(g) + Cl2(g) &amp;lt;=&amp;gt; 2HCl(g) <br /> # Bereken de Kb van IO-, uitgaande van<br /> #*IO3-(aq) / HIO(l) E° = 1,13V<br /> #*IO3-(aq) / IO-(aq) E° = 0,15V<br /> <br /> <br /> === jan 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Wat is een dipoolmoment?<br /> # Vroeger werd kaliumpermanganaat e.a. veel gebruikt als goede oxidator. Tegenwoordig wordt pirhanazuur (mengsel waterstofperoxide/zwavelzuur) gebruikt. Waarom?<br /> Schriftelijk:<br /> # Temperatuurverandering berekenen van ijs (faseverandering,...)<br /> # Nog zo'n oefening in die aard.<br /> <br /> <br /> === jan 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Vergelijk de temperatuursafhankelijkheid van de evenwichtsconstante en de snelheidsconstante.<br /> # Waarom is een stof goed of slecht oplosbaar in water? En hoe kan je een slecht oplosbare stof beter oplosbaar maken?<br /> # Maak een vergelijking tussen thermodinamica en kinetica van metathesereacties versus complexatiereacties.<br /> # Geef de 2 hoofdregels voor het maken van een buffer en leid ze wiskundig af.<br /> Schriftelijk:<br /> #* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)<br /> #* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is<br /> # Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)<br /> <br /> <br /> === 1 feb 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reacties kunnen een redoxreactie katalyseren?<br /> # Geef het verband tussen neerslagreacties en complexatiereacties en geef een goed gevonden voorbeeld.<br /> Schriftelijk:<br /> #* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)<br /> #* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is<br /> # Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)<br /> <br /> <br /> === 25 jan 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Leg uit wat tautomerie is + vb.<br /> # Voor het oxideren werden vroeger vaak de klassieke sterke oxidanten permanaat of dichromaat in zwavelzuur gebruikt, waarom is het gebruik van &amp;quot;piranaha-zuur&amp;quot; (waterstofperoxide in zwavelzuur) aan een opmars bezig?<br /> Schriftelijk:<br /> # men wil 200 ml maken van een oplossing die 3,81g magnesiumcloride en 0,8g natriumhydroxide bevat. Hoeveel gram ammoniumbromide moet er ook in deze oplossing zitter, opdat er geen neerslag is?<br /> # Boven/onder welke temperatuur gaat deze reactie spontaan op? <br /> #* N2 (g) + O2(g) = 2NO (g)<br /> #* Bereken ook de evenwichtsconstante bij 68°C.<br /> <br /> <br /> === 15 jan 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # geef verband van de ionbinding en de covalente binding + verklaar<br /> # geef verband pH en redoxpotentiaal<br /> Schriftelijk:<br /> # bereken kb van een stof aan hand van 2 redoxpotentialen <br /> # oefenening waar je een eind temperatuur moest berekenen met warmtecapaciteit en latente verdampingswarmte (aangezien er een faseovergang is)</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Grondslagen_van_de_Chemie&diff=586 Grondslagen van de Chemie 2017-08-21T14:51:11Z <p>Siene.swinnen: /* 21 Augustus 2017 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Basisvak chemie voor 1e bachelor chemie, biochemie en biologie.<br /> Gedoceerd door professor &amp;lt;s&amp;gt;Koen Clays&amp;lt;/s&amp;gt; &amp;lt;s&amp;gt;Bart Goderis (sinds academiejaar 2013-2014)&amp;lt;/s&amp;gt; Koen Clays<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 21 Augustus 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Hoe kan het evenwicht in de richting van de producten worden verschoven? Heeft dit invloed op het evenwicht? /6<br /> '''concentratie wijzigen'''<br /> principe van Le Chatelier<br /> hogere concentratie -&gt; meer kans op botsingen -&gt; sneller<br /> <br /> '''druk wijzigen'''<br /> bij drukverhoging -&gt; daalt volume -&gt; c=n/v dus concentratie stijgt (vanaf dan analoog aan Le Chatelier)<br /> bij drukverlaging is gunstig voor reacties waarbij delta(N) = (Nproducten - Nreagentia) negetief is(N staat voor de coëfficiënten van de stoffen in de reactie)<br /> <br /> '''temperatuur wijzigen'''<br /> Kev is temperatuursafhankelijk -&gt; delta(G) =-RT.ln(K) &lt;-&gt; ln(k)=-delta(H)/RT +delta(S)/R (teken grafiek 1/T met ln(k))<br /> endo -&gt; hoge T is gunstig<br /> exo -&gt; lage T is gunstig<br /> <br /> #Wat is het verband tussen neerslag- en complexatiereacties? /4<br /> ionen met een hoge ladingsdichtheid kunnen niet zoals bijvoorbeeld Na+ en Cl- (afkomstig van goed oplosbaar zou NaCl) in oplossing voorkomen,<br /> aangezien dit niet stabiel is.<br /> gaan dus ofwel neerslaan ofwel complexeren<br /> (Ksp en 1/Kst vergelijken -&gt; de stabielste toestand gaat zich dan voordoen)<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Teken de lewis-structuur, geef het sterisch getal, hybridisatie, geometrische en atoomstructuur van HCN en ICL3. Geef ook aan of ze polair zijn of niet. /3<br /> #Leid de Kb af van (AsO2)- aan de hand van zijn standaarreductiepotentiaal. Kies zelf een goed redoxkoppel. /3<br /> <br /> === 24 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Welke verbindingen zijn zelf niet zuur of basisch, maar vertonen wel zure of basische eigenschappen als ze in water gebracht worden? /6<br /> #Hoe kunnen meerdere verschillende kationen die samen in een mengsel voorkomen, van elkaar gescheiden worden? Waarop moet je letten om de scheiding zo volledig mogelijk te laten gebeuren? /4<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming /3<br /> #correcte redoxreactie van 2 gegeven koppels schrijven en berekenen dat dit een aflopende reactie is. /3<br /> <br /> === 23 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Bij welke reacties is quenchen van toepassing? Leg goed uit en geef een voorbeeld. /4<br /> #Vergelijk chroomvocht, piranhazuur, koningswater en cyanide in base als oplossmiddel voor (edel)metalen. /6<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Roosterenergie berekenen /2.5<br /> #concentratie zout berekenen die toegevoegd moet worden om gegeven hoeveelheid neerslag op te doen lossen. /3.5<br /> <br /> === 18 januari 2017 ===<br /> VM<br /> Theorie<br /> #Hoe kan je de reactiesnelheid beïnvloeden? Wat betekent dit voor het chemisch evenwicht? /4<br /> #Wat gebeurt er bij de elektrolyse van water voor geen, een weinig en veel NaCL? /6<br /> <br /> Oefeningen<br /> #pH + werkelijke ionenconcentraties van een bioprotisch zuur berekenen /3<br /> #een slecht oplosbaar zout oplossen aan de hand van complexatie door een te berekenen massa NaCl toe te voegen /3<br /> <br /> === 17 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Hoe kan je het evenwicht naar de kant van de producten brengen? Heeft dit een invloed op de snelheid?<br /> #Geef het verband tussen protontransferreacties en elektrontransferreacties. Geef voorbeelden die dit verduidelijken.<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming.<br /> #Bepaal de hybridisatie en geometrie van PCl3 en SF4. Teken de atoomstructuur en zijn deze moleculen polair of apolair en een uitleg waarom.<br /> <br /> === 16 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Vuistregels met afleiding van buffers geven, dit ook toepassen op pH titraties, bloed als buffer bespreken<br /> #Hebben kationen basische of zure eigenschappen, zijn dit dan zwakke of sterke zuren of basen (voorbeelden kunnen helpen en verduidelijkend zijn)<br /> <br /> Oefeningen <br /> #Aantal ml en molair NiSO4-oplossing samenvoegen met een aantal ml en molair NH3, toon aan dat ondanks het gevormde complex nikkel (II) ammoniak er toch nog neerslag gevormd wordt<br /> #Een tabel gegeven van temperatuur en snelheidsconstante, de opdracht is grafisch de activeringsenergie te berekenen en k te berekenen bij 250°C<br /> <br /> === XX Augustus 2016 ===<br /> Theorie:<br /> #Leg de verschillende soorten isomerie uit + wat is tautomerie?<br /> #Leg uit waarom fluoride in tandpasta zit (alle 6 puntjes geven, dus ook vorming CaF uitleggen)<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Random oefening uit oefenzitting<br /> #Berekend de Kw vertrekkende vanuit de standaardreductiepotentialen voor water in zuur/basisch milieu<br /> <br /> ===XX januari 2016===<br /> Theorie:<br /> #Leg de elementaire reactiestappen uit adhv voorbeelden (mono,bi,termoleculair, stationariteitsprincipe, vorming ozon)<br /> #Geef de '''essentie''' van een titratie + grafieken<br /> <br /> oefeningen:<br /> #Oplosbaarheid van AgNO3 berekenen na toevoegen van een of ander zuur/base<br /> #nog een oefening<br /> === 11 januari 2016 ===<br /> #Hoe bepaal je de geometrische structuur bij covalent gebonden atomen en geef 3 voorbeelden <br /> #bij welke reactie is quenching van toepassing?<br /> <br /> ===XX januari 2016===<br /> Theorie:<br /> #heterogene en homogene en enzymatische katalysator + alles uitleggen hiervan<br /> #loodbatterij<br /> <br /> ===12 januarie 2016===<br /> #Verschillen tussen Co en Fe en zeggen waarom Fe gebruikt wordt voor zuurstof transport <br /> #het verschil tussen c dubbel gebonden en enkel gebonden <br /> #bij de oefeningen was eentje E0 bepalen ahv Ka en een andere E0 <br /> #andere grafisch de orde enzo bepalen <br /> <br /> ===10 JAN 2014===<br /> Theorie:<br /> #Roosterenergie van 2 roosters (NaCl en MgO) berekenen met de formule, zeggen of er nog een andere manier was om die te vinden (Hess) en of er een verschil in uitkomst te verwachten was tussen de twee manieren. Vergelijken van de pH van de twee oplossingen.<br /> #Uitleggen waarom termoleculaire reactiestappen omwaarschijnlijk zijn. Reactiemechanisme van 2HI + H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;O&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; -&amp;gt; I&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; + H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;O geven. Stationariteitsprincipe uitleggen en zeggen of het op die reactie van toepassing was. <br /> #Waar/soms waar/niet waar: Een proces is spontaan als de entropie in het systeem toeneemt. <br /> #Uitleggen wat een buffer is en de vuistregels voor een goede buffer uitleggen zonder de hele wiskundige berekening te doen.<br /> <br /> Oefeningen.<br /> #Oplosbaarheid van AgBr, complexatie met thiosulfaat en alternatieve manier geven om oplosbaarheid te verhogen. Uitleggen waarom die laatste manier weinig effect zou hebben.<br /> #Celpotentiaal berekenen van een gegeven schematische voorstelling.<br /> <br /> ===11 JAN 2013===<br /> Theorie:<br /> # Vergelijk de elektronenstructuur van de atomen N en O met die van de moleculen N2 en O2. Licht de hierbij essentiële principes toe.<br /> # Geef de chemische functies van water. Geef bij iedere functie een voorbeeld in de vorm van een reactievergelijking. Is water sterk of zwak in deze functie?<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # CuSO4 oplossing met NH3 oplossing (grootheden gegeven). Laat zien dat er ondanks de complexatie toch nog neerslagvorming optreedt.<br /> # Gegeven concentraties (van reactieproduct) in functie van de tijd. Bepaal grafisch de orde en de halfwaardetijd.<br /> <br /> ===3 FEB 2012 NM===<br /> # Geef twee vuistregels voor een goede buffer en toon ze aan aan de hand van de neutralisatiegraad en de buffer capaciteit. <br /> #* Geef het verband hiervan met pH- titratie <br /> #* Is bloed een goede buffer ? Verklaar. <br /> # Verklaar waarom men tandpasta fluorideert.<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 NM===<br /> # Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie.<br /> # Broom in base.<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 VM===<br /> # Welke reacties kunnen optreden als katalysator bij redoxreacties?<br /> # Leidt de halfreacties van een zwavelzure loodbatterij af<br /> <br /> <br /> ===24 JAN 2012 VM===<br /> # hoe bepaal je de elektronenconfiguratie van diatomaire moleculen en geef twee duidelijk verschillende voorbeelden<br /> # vergelijk Al en Li voor batterijen, geef voor en nadelen en verklaar waarom er Li batterijen zijn en geen Al<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 NM===<br /> # staaf met enkele goed gekoze voorbeelden het belang van de ladingsdichtheid in de chemie<br /> # welke reacties hebben er baat bij quenching toe te passen<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 VM===<br /> Theorie:<br /> # Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie. <br /> # Leg de elektrolyse van water uit in de volgende omstandigheden:1. zonder zout, 2. met een beetje zout en 3. met oplossing van veel zeezout. <br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 NM===<br /> Theorie :<br /> # geef de vuistregels vr bufferopl + afleiden buffercapaciteit en neutralisatiegraad. link met pHtitratie. vertellen over bloed als buffer, goede/slechte buffer?<br /> # iets van Fe complexatie, waarom de natuur is aangepast aan ademhaling door complexvorming van Fe met zuurstof<br /> Oefeningen :<br /> # van deel C met een tabel met waarden, orde van reactie afleiden + grafisch k en t1/2 bepalen<br /> # berekenen of PbOH2 neerslaat, uit een mengsel van PbSO4 met NaOH geloof ik<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 VM===<br /> Theorie:<br /> # Vergelijk de bindingssterkte en reactiviteit van C=C en C - C (enkelvoudige binding) op 4 ptn<br /> # Vergelijk de afhankelijkheid van de temperatuur voor de snelheidsconstante en de evenwichtsconstante<br /> <br /> <br /> ===1 FEB 2011=== <br /> Theorie:<br /> # Bespreek: Chroomvocht, Piranhazuur , koningswater en cyanide in base en hun werking op (edel)metalen. (/6)<br /> # Wat is een indicator en hoe werkt het? (/4)<br /> Oefeningen:<br /> # P4 + BR2 =&amp;gt; PBR3 vul aan met coefficienten en bereken de temperatuur waarvoor deze reactie spontaan zal verlopen. (/2.5)<br /> # en een oefening over de combinatie van complexvorming van Al(OH4)- en de neerslag van Al(OH)3. (/3.5)<br /> <br /> === 1 sep 2010 ===<br /> Theorie:<br /> # Verschillen en gelijkenissen tussen homogene, heterogene en enzymatische katalyse geven. Verduidelijken met vb.<br /> # Bindingssterkte en reactiviteit vergelijken tussen C-C en C=C. Welke reacties ondergaan ze.<br /> Oefingen:<br /> # Oplosbaarheid<br /> # Enthalpie &amp;amp; Entropie<br /> <br /> <br /> ===28 jan 2010===<br /> # bespreek de oplosbaarheid van metalen in zuur en basisch milieu (/6) <br /> # bespreek &amp;quot;quenching&amp;quot; en voor welke reacties is dit toepasbaar? (/4) <br /> <br /> oefeningen: <br /> # bepaal de oplosbaarheid van AgBr in een molaire NH3 oplossing (complexvorming) <br /> # een reactie difluor en diwaterstof -&amp;gt; 2HF. Gaat deze reactie op bij 500K ?<br /> <br /> <br /> ===26 jan 2010===<br /> # vergelijk piranhazuur, koningswater, dichromaat en cyanide voor het oplossen van edelmetalen. (.../6)<br /> # welke reacties kunnen als katalysator optreden bij een redoxreactie? (.../4)<br /> oefeningen:<br /> # Een oplossing van Ti(II)-ionen wordt in zuur midden getitreerd met een dichromaatoplossing (K2Cr2O7-oplossing). Hierbij worden het Cr(III)-ion en het Ti(III)-ion gevormd. Toon aan dat het gaat om een aflopende reactie.Het verloop van de titratie wordt potentiometrisch gevolgd en ook de pH wordt constant gemeten. In de oplossing zit nog een kalomelelektrode (E°=0.25V) die aan de anode gekoppeld is en een platina-elektrode. Op zeker ogenblik - na het passeren van het equivalentiepunt - wordt een celpotentiaal van 0.95V gemeten en een pH van 1.2. Bereken de concentratie aan Cr3+ ionen, als je weet dat deze concentratie vier maal hoger ligt dan die van de dichromaationen. (.../3)<br /> # Aan een oplossing van 70 ml 0.20 M nikkelsulfaat wordt 30 ml 0.60 M ammoniak toegevoegd. Toon aan dat er - ondanks de complexvorming - toch hydroxideneerslag gevormd zal worden. (.../3)<br /> <br /> <br /> === jan 2010 ===<br /> Mondeling:<br /> # Toon het belang aan van ladingsdichtheid in de scheikunde. Geef telkens duidelijk verschillende voorbeelden als het over verschillende soorten reacties gaat.<br /> # Bespreek de reactie van broom in base. Geef een relevante toepassing.<br /> Schriftelijk:<br /> # Bij 298 K gaat onderstaande reactie op. Men maakt een oplossing van 35,5 g van Cl2 en 0,1 g van H2 in een totaal volume van 200 ml. Wat zijn de evenwichtsconcentraties van H2, Cl2 en HCl ?<br /> #*H2(g) + Cl2(g) &amp;lt;=&amp;gt; 2HCl(g) <br /> # Bereken de Kb van IO-, uitgaande van<br /> #*IO3-(aq) / HIO(l) E° = 1,13V<br /> #*IO3-(aq) / IO-(aq) E° = 0,15V<br /> <br /> <br /> === jan 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Wat is een dipoolmoment?<br /> # Vroeger werd kaliumpermanganaat e.a. veel gebruikt als goede oxidator. Tegenwoordig wordt pirhanazuur (mengsel waterstofperoxide/zwavelzuur) gebruikt. Waarom?<br /> Schriftelijk:<br /> # Temperatuurverandering berekenen van ijs (faseverandering,...)<br /> # Nog zo'n oefening in die aard.<br /> <br /> <br /> === jan 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Vergelijk de temperatuursafhankelijkheid van de evenwichtsconstante en de snelheidsconstante.<br /> # Waarom is een stof goed of slecht oplosbaar in water? En hoe kan je een slecht oplosbare stof beter oplosbaar maken?<br /> # Maak een vergelijking tussen thermodinamica en kinetica van metathesereacties versus complexatiereacties.<br /> # Geef de 2 hoofdregels voor het maken van een buffer en leid ze wiskundig af.<br /> Schriftelijk:<br /> #* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)<br /> #* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is<br /> # Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)<br /> <br /> <br /> === 1 feb 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reacties kunnen een redoxreactie katalyseren?<br /> # Geef het verband tussen neerslagreacties en complexatiereacties en geef een goed gevonden voorbeeld.<br /> Schriftelijk:<br /> #* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)<br /> #* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is<br /> # Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)<br /> <br /> <br /> === 25 jan 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Leg uit wat tautomerie is + vb.<br /> # Voor het oxideren werden vroeger vaak de klassieke sterke oxidanten permanaat of dichromaat in zwavelzuur gebruikt, waarom is het gebruik van &amp;quot;piranaha-zuur&amp;quot; (waterstofperoxide in zwavelzuur) aan een opmars bezig?<br /> Schriftelijk:<br /> # men wil 200 ml maken van een oplossing die 3,81g magnesiumcloride en 0,8g natriumhydroxide bevat. Hoeveel gram ammoniumbromide moet er ook in deze oplossing zitter, opdat er geen neerslag is?<br /> # Boven/onder welke temperatuur gaat deze reactie spontaan op? <br /> #* N2 (g) + O2(g) = 2NO (g)<br /> #* Bereken ook de evenwichtsconstante bij 68°C.<br /> <br /> <br /> === 15 jan 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # geef verband van de ionbinding en de covalente binding + verklaar<br /> # geef verband pH en redoxpotentiaal<br /> Schriftelijk:<br /> # bereken kb van een stof aan hand van 2 redoxpotentialen <br /> # oefenening waar je een eind temperatuur moest berekenen met warmtecapaciteit en latente verdampingswarmte (aangezien er een faseovergang is)</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Grondslagen_van_de_Chemie&diff=585 Grondslagen van de Chemie 2017-08-21T14:51:00Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Basisvak chemie voor 1e bachelor chemie, biochemie en biologie.<br /> Gedoceerd door professor &amp;lt;s&amp;gt;Koen Clays&amp;lt;/s&amp;gt; &amp;lt;s&amp;gt;Bart Goderis (sinds academiejaar 2013-2014)&amp;lt;/s&amp;gt; Koen Clays<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 21 Augustus 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Hoe kan het evenwicht in de richting van de producten worden verschoven? Heeft dit invloed op het evenwicht? /6<br /> '''concentratie wijzigen'''<br /> principe van Le Chatelier<br /> hogere concentratie -&gt; meer kans op botsingen -&gt; sneller<br /> <br /> '''druk wijzigen'''<br /> bij drukverhoging -&gt; daalt volume -&gt; c=n/v dus concentratie stijgt (vanaf dan analoog aan Le Chatelier)<br /> bij drukverlaging is gunstig voor reacties waarbij delta(N) = (Nproducten - Nreagentia) negetief is(N staat voor de coëfficiënten van de stoffen in de reactie)<br /> <br /> <br /> '''temperatuur wijzigen'''<br /> Kev is temperatuursafhankelijk -&gt; delta(G) =-RT.ln(K) &lt;-&gt; ln(k)=-delta(H)/RT +delta(S)/R (teken grafiek 1/T met ln(k))<br /> endo -&gt; hoge T is gunstig<br /> exo -&gt; lage T is gunstig<br /> <br /> #Wat is het verband tussen neerslag- en complexatiereacties? /4<br /> ionen met een hoge ladingsdichtheid kunnen niet zoals bijvoorbeeld Na+ en Cl- (afkomstig van goed oplosbaar zou NaCl) in oplossing voorkomen,<br /> aangezien dit niet stabiel is.<br /> gaan dus ofwel neerslaan ofwel complexeren<br /> (Ksp en 1/Kst vergelijken -&gt; de stabielste toestand gaat zich dan voordoen)<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Teken de lewis-structuur, geef het sterisch getal, hybridisatie, geometrische en atoomstructuur van HCN en ICL3. Geef ook aan of ze polair zijn of niet. /3<br /> #Leid de Kb af van (AsO2)- aan de hand van zijn standaarreductiepotentiaal. Kies zelf een goed redoxkoppel. /3<br /> <br /> === 24 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Welke verbindingen zijn zelf niet zuur of basisch, maar vertonen wel zure of basische eigenschappen als ze in water gebracht worden? /6<br /> #Hoe kunnen meerdere verschillende kationen die samen in een mengsel voorkomen, van elkaar gescheiden worden? Waarop moet je letten om de scheiding zo volledig mogelijk te laten gebeuren? /4<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming /3<br /> #correcte redoxreactie van 2 gegeven koppels schrijven en berekenen dat dit een aflopende reactie is. /3<br /> <br /> === 23 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Bij welke reacties is quenchen van toepassing? Leg goed uit en geef een voorbeeld. /4<br /> #Vergelijk chroomvocht, piranhazuur, koningswater en cyanide in base als oplossmiddel voor (edel)metalen. /6<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Roosterenergie berekenen /2.5<br /> #concentratie zout berekenen die toegevoegd moet worden om gegeven hoeveelheid neerslag op te doen lossen. /3.5<br /> <br /> === 18 januari 2017 ===<br /> VM<br /> Theorie<br /> #Hoe kan je de reactiesnelheid beïnvloeden? Wat betekent dit voor het chemisch evenwicht? /4<br /> #Wat gebeurt er bij de elektrolyse van water voor geen, een weinig en veel NaCL? /6<br /> <br /> Oefeningen<br /> #pH + werkelijke ionenconcentraties van een bioprotisch zuur berekenen /3<br /> #een slecht oplosbaar zout oplossen aan de hand van complexatie door een te berekenen massa NaCl toe te voegen /3<br /> <br /> === 17 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Hoe kan je het evenwicht naar de kant van de producten brengen? Heeft dit een invloed op de snelheid?<br /> #Geef het verband tussen protontransferreacties en elektrontransferreacties. Geef voorbeelden die dit verduidelijken.<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming.<br /> #Bepaal de hybridisatie en geometrie van PCl3 en SF4. Teken de atoomstructuur en zijn deze moleculen polair of apolair en een uitleg waarom.<br /> <br /> === 16 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Vuistregels met afleiding van buffers geven, dit ook toepassen op pH titraties, bloed als buffer bespreken<br /> #Hebben kationen basische of zure eigenschappen, zijn dit dan zwakke of sterke zuren of basen (voorbeelden kunnen helpen en verduidelijkend zijn)<br /> <br /> Oefeningen <br /> #Aantal ml en molair NiSO4-oplossing samenvoegen met een aantal ml en molair NH3, toon aan dat ondanks het gevormde complex nikkel (II) ammoniak er toch nog neerslag gevormd wordt<br /> #Een tabel gegeven van temperatuur en snelheidsconstante, de opdracht is grafisch de activeringsenergie te berekenen en k te berekenen bij 250°C<br /> <br /> === XX Augustus 2016 ===<br /> Theorie:<br /> #Leg de verschillende soorten isomerie uit + wat is tautomerie?<br /> #Leg uit waarom fluoride in tandpasta zit (alle 6 puntjes geven, dus ook vorming CaF uitleggen)<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Random oefening uit oefenzitting<br /> #Berekend de Kw vertrekkende vanuit de standaardreductiepotentialen voor water in zuur/basisch milieu<br /> <br /> ===XX januari 2016===<br /> Theorie:<br /> #Leg de elementaire reactiestappen uit adhv voorbeelden (mono,bi,termoleculair, stationariteitsprincipe, vorming ozon)<br /> #Geef de '''essentie''' van een titratie + grafieken<br /> <br /> oefeningen:<br /> #Oplosbaarheid van AgNO3 berekenen na toevoegen van een of ander zuur/base<br /> #nog een oefening<br /> === 11 januari 2016 ===<br /> #Hoe bepaal je de geometrische structuur bij covalent gebonden atomen en geef 3 voorbeelden <br /> #bij welke reactie is quenching van toepassing?<br /> <br /> ===XX januari 2016===<br /> Theorie:<br /> #heterogene en homogene en enzymatische katalysator + alles uitleggen hiervan<br /> #loodbatterij<br /> <br /> ===12 januarie 2016===<br /> #Verschillen tussen Co en Fe en zeggen waarom Fe gebruikt wordt voor zuurstof transport <br /> #het verschil tussen c dubbel gebonden en enkel gebonden <br /> #bij de oefeningen was eentje E0 bepalen ahv Ka en een andere E0 <br /> #andere grafisch de orde enzo bepalen <br /> <br /> ===10 JAN 2014===<br /> Theorie:<br /> #Roosterenergie van 2 roosters (NaCl en MgO) berekenen met de formule, zeggen of er nog een andere manier was om die te vinden (Hess) en of er een verschil in uitkomst te verwachten was tussen de twee manieren. Vergelijken van de pH van de twee oplossingen.<br /> #Uitleggen waarom termoleculaire reactiestappen omwaarschijnlijk zijn. Reactiemechanisme van 2HI + H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;O&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; -&amp;gt; I&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; + H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;O geven. Stationariteitsprincipe uitleggen en zeggen of het op die reactie van toepassing was. <br /> #Waar/soms waar/niet waar: Een proces is spontaan als de entropie in het systeem toeneemt. <br /> #Uitleggen wat een buffer is en de vuistregels voor een goede buffer uitleggen zonder de hele wiskundige berekening te doen.<br /> <br /> Oefeningen.<br /> #Oplosbaarheid van AgBr, complexatie met thiosulfaat en alternatieve manier geven om oplosbaarheid te verhogen. Uitleggen waarom die laatste manier weinig effect zou hebben.<br /> #Celpotentiaal berekenen van een gegeven schematische voorstelling.<br /> <br /> ===11 JAN 2013===<br /> Theorie:<br /> # Vergelijk de elektronenstructuur van de atomen N en O met die van de moleculen N2 en O2. Licht de hierbij essentiële principes toe.<br /> # Geef de chemische functies van water. Geef bij iedere functie een voorbeeld in de vorm van een reactievergelijking. Is water sterk of zwak in deze functie?<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # CuSO4 oplossing met NH3 oplossing (grootheden gegeven). Laat zien dat er ondanks de complexatie toch nog neerslagvorming optreedt.<br /> # Gegeven concentraties (van reactieproduct) in functie van de tijd. Bepaal grafisch de orde en de halfwaardetijd.<br /> <br /> ===3 FEB 2012 NM===<br /> # Geef twee vuistregels voor een goede buffer en toon ze aan aan de hand van de neutralisatiegraad en de buffer capaciteit. <br /> #* Geef het verband hiervan met pH- titratie <br /> #* Is bloed een goede buffer ? Verklaar. <br /> # Verklaar waarom men tandpasta fluorideert.<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 NM===<br /> # Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie.<br /> # Broom in base.<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 VM===<br /> # Welke reacties kunnen optreden als katalysator bij redoxreacties?<br /> # Leidt de halfreacties van een zwavelzure loodbatterij af<br /> <br /> <br /> ===24 JAN 2012 VM===<br /> # hoe bepaal je de elektronenconfiguratie van diatomaire moleculen en geef twee duidelijk verschillende voorbeelden<br /> # vergelijk Al en Li voor batterijen, geef voor en nadelen en verklaar waarom er Li batterijen zijn en geen Al<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 NM===<br /> # staaf met enkele goed gekoze voorbeelden het belang van de ladingsdichtheid in de chemie<br /> # welke reacties hebben er baat bij quenching toe te passen<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 VM===<br /> Theorie:<br /> # Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie. <br /> # Leg de elektrolyse van water uit in de volgende omstandigheden:1. zonder zout, 2. met een beetje zout en 3. met oplossing van veel zeezout. <br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 NM===<br /> Theorie :<br /> # geef de vuistregels vr bufferopl + afleiden buffercapaciteit en neutralisatiegraad. link met pHtitratie. vertellen over bloed als buffer, goede/slechte buffer?<br /> # iets van Fe complexatie, waarom de natuur is aangepast aan ademhaling door complexvorming van Fe met zuurstof<br /> Oefeningen :<br /> # van deel C met een tabel met waarden, orde van reactie afleiden + grafisch k en t1/2 bepalen<br /> # berekenen of PbOH2 neerslaat, uit een mengsel van PbSO4 met NaOH geloof ik<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 VM===<br /> Theorie:<br /> # Vergelijk de bindingssterkte en reactiviteit van C=C en C - C (enkelvoudige binding) op 4 ptn<br /> # Vergelijk de afhankelijkheid van de temperatuur voor de snelheidsconstante en de evenwichtsconstante<br /> <br /> <br /> ===1 FEB 2011=== <br /> Theorie:<br /> # Bespreek: Chroomvocht, Piranhazuur , koningswater en cyanide in base en hun werking op (edel)metalen. (/6)<br /> # Wat is een indicator en hoe werkt het? (/4)<br /> Oefeningen:<br /> # P4 + BR2 =&amp;gt; PBR3 vul aan met coefficienten en bereken de temperatuur waarvoor deze reactie spontaan zal verlopen. (/2.5)<br /> # en een oefening over de combinatie van complexvorming van Al(OH4)- en de neerslag van Al(OH)3. (/3.5)<br /> <br /> === 1 sep 2010 ===<br /> Theorie:<br /> # Verschillen en gelijkenissen tussen homogene, heterogene en enzymatische katalyse geven. Verduidelijken met vb.<br /> # Bindingssterkte en reactiviteit vergelijken tussen C-C en C=C. Welke reacties ondergaan ze.<br /> Oefingen:<br /> # Oplosbaarheid<br /> # Enthalpie &amp;amp; Entropie<br /> <br /> <br /> ===28 jan 2010===<br /> # bespreek de oplosbaarheid van metalen in zuur en basisch milieu (/6) <br /> # bespreek &amp;quot;quenching&amp;quot; en voor welke reacties is dit toepasbaar? (/4) <br /> <br /> oefeningen: <br /> # bepaal de oplosbaarheid van AgBr in een molaire NH3 oplossing (complexvorming) <br /> # een reactie difluor en diwaterstof -&amp;gt; 2HF. Gaat deze reactie op bij 500K ?<br /> <br /> <br /> ===26 jan 2010===<br /> # vergelijk piranhazuur, koningswater, dichromaat en cyanide voor het oplossen van edelmetalen. (.../6)<br /> # welke reacties kunnen als katalysator optreden bij een redoxreactie? (.../4)<br /> oefeningen:<br /> # Een oplossing van Ti(II)-ionen wordt in zuur midden getitreerd met een dichromaatoplossing (K2Cr2O7-oplossing). Hierbij worden het Cr(III)-ion en het Ti(III)-ion gevormd. Toon aan dat het gaat om een aflopende reactie.Het verloop van de titratie wordt potentiometrisch gevolgd en ook de pH wordt constant gemeten. In de oplossing zit nog een kalomelelektrode (E°=0.25V) die aan de anode gekoppeld is en een platina-elektrode. Op zeker ogenblik - na het passeren van het equivalentiepunt - wordt een celpotentiaal van 0.95V gemeten en een pH van 1.2. Bereken de concentratie aan Cr3+ ionen, als je weet dat deze concentratie vier maal hoger ligt dan die van de dichromaationen. (.../3)<br /> # Aan een oplossing van 70 ml 0.20 M nikkelsulfaat wordt 30 ml 0.60 M ammoniak toegevoegd. Toon aan dat er - ondanks de complexvorming - toch hydroxideneerslag gevormd zal worden. (.../3)<br /> <br /> <br /> === jan 2010 ===<br /> Mondeling:<br /> # Toon het belang aan van ladingsdichtheid in de scheikunde. Geef telkens duidelijk verschillende voorbeelden als het over verschillende soorten reacties gaat.<br /> # Bespreek de reactie van broom in base. Geef een relevante toepassing.<br /> Schriftelijk:<br /> # Bij 298 K gaat onderstaande reactie op. Men maakt een oplossing van 35,5 g van Cl2 en 0,1 g van H2 in een totaal volume van 200 ml. Wat zijn de evenwichtsconcentraties van H2, Cl2 en HCl ?<br /> #*H2(g) + Cl2(g) &amp;lt;=&amp;gt; 2HCl(g) <br /> # Bereken de Kb van IO-, uitgaande van<br /> #*IO3-(aq) / HIO(l) E° = 1,13V<br /> #*IO3-(aq) / IO-(aq) E° = 0,15V<br /> <br /> <br /> === jan 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Wat is een dipoolmoment?<br /> # Vroeger werd kaliumpermanganaat e.a. veel gebruikt als goede oxidator. Tegenwoordig wordt pirhanazuur (mengsel waterstofperoxide/zwavelzuur) gebruikt. Waarom?<br /> Schriftelijk:<br /> # Temperatuurverandering berekenen van ijs (faseverandering,...)<br /> # Nog zo'n oefening in die aard.<br /> <br /> <br /> === jan 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Vergelijk de temperatuursafhankelijkheid van de evenwichtsconstante en de snelheidsconstante.<br /> # Waarom is een stof goed of slecht oplosbaar in water? En hoe kan je een slecht oplosbare stof beter oplosbaar maken?<br /> # Maak een vergelijking tussen thermodinamica en kinetica van metathesereacties versus complexatiereacties.<br /> # Geef de 2 hoofdregels voor het maken van een buffer en leid ze wiskundig af.<br /> Schriftelijk:<br /> #* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)<br /> #* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is<br /> # Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)<br /> <br /> <br /> === 1 feb 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reacties kunnen een redoxreactie katalyseren?<br /> # Geef het verband tussen neerslagreacties en complexatiereacties en geef een goed gevonden voorbeeld.<br /> Schriftelijk:<br /> #* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)<br /> #* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is<br /> # Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)<br /> <br /> <br /> === 25 jan 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Leg uit wat tautomerie is + vb.<br /> # Voor het oxideren werden vroeger vaak de klassieke sterke oxidanten permanaat of dichromaat in zwavelzuur gebruikt, waarom is het gebruik van &amp;quot;piranaha-zuur&amp;quot; (waterstofperoxide in zwavelzuur) aan een opmars bezig?<br /> Schriftelijk:<br /> # men wil 200 ml maken van een oplossing die 3,81g magnesiumcloride en 0,8g natriumhydroxide bevat. Hoeveel gram ammoniumbromide moet er ook in deze oplossing zitter, opdat er geen neerslag is?<br /> # Boven/onder welke temperatuur gaat deze reactie spontaan op? <br /> #* N2 (g) + O2(g) = 2NO (g)<br /> #* Bereken ook de evenwichtsconstante bij 68°C.<br /> <br /> <br /> === 15 jan 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # geef verband van de ionbinding en de covalente binding + verklaar<br /> # geef verband pH en redoxpotentiaal<br /> Schriftelijk:<br /> # bereken kb van een stof aan hand van 2 redoxpotentialen <br /> # oefenening waar je een eind temperatuur moest berekenen met warmtecapaciteit en latente verdampingswarmte (aangezien er een faseovergang is)</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genetica&diff=503 Genetica 2017-06-19T18:47:28Z <p>Siene.swinnen: /* 19 juni 2017 vm */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Vak van het tweede semester 1e jaar biochemie en biologie. Ook tweedejaars chemisten en geologen kunnen hier zitten.<br /> Gedoceerd door Prof. Filip Volckaert.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ==19 juni 2017 vm==<br /> #stelling &quot;koppelingskaarten geven goed de afstand weer&quot; juist/fout<br /> #tekening van DNA-replicatie aanvullen<br /> #oefening dihybride kruising<br /> #uitleg 'chimeren'; denkvraag over toepassing<br /> #begrippen uitleggen: promotor, proteasoom, proteomica, prokaryoot, Punnett-vierkant<br /> === 16 juni 2017 ===<br /> # stelling over meiose en mitose<br /> # tekening van trp operon<br /> # oefening van overkruising, x-gebonden allelen<br /> # hunchback, antennepedia (?) en engrailed bij drosophilia, waar denk je aan en waarin verschillen ze<br /> # operon, openleesraam, pleiotropie, overkruising en gap genes<br /> === juni 2016===<br /> #foto plasmide<br /> #hoeveelheid enkelstrengig en dubbelstrengig DNA bepalen<br /> #weet rest neit meer (pfff zwak)<br /> === juni 2015 ===<br /> # Kan genetische clonering helpen in de veredeling van planten?<br /> # Een foto van een Himalaya kat<br /> # Een hele moeilijke oefening over de afstanden op chromosomen<br /> # Een diploïde cel heeft 16 chromosomen, hoeveel zijn dit er na de metafase van meiose I? En hoeveel na de anafase? Teken de anafase.<br /> # Begrippen waaronder codon, conservatief, replicate,...<br /> === 17 juni 2014 ===<br /> #DNA banken zijn uitermate geschikt om het genoom te onderzoeken<br /> #Tekening verklaren (epistasie : maiskolf die paars kleurde door 2 enzymen)<br /> #Oefening stamboom maken+ chromosomen uitleggen (klinefeltersyndroom)<br /> #Oefening op mitose/meiose<br /> #repressor, regulatorisch eiwit, replicatie, replisoom en restrictie endonulease<br /> <br /> ===16 juni 2014 namiddag===<br /> #Stelling: meiose heeft dezelfde rol in de levencycli van een bacterie, Neurospora en Arabidopsis.<br /> #Tekeningetje van Translatie-initiatie<br /> #Oef over het Lac-operon <br /> #Een origineel peptide en een gemuteerd (1deletie en 1 insertie) Bepaal de base in weg en erbij is, en bepaal de mRNA sequentie van beide.<br /> #Woordjes: domesticatie, ras, homologe structuren, morfogenese<br /> <br /> ===16 juni 2014 voormiddag ===<br /> #stelling: Neaderthalers hebben geen sexueel contact gehad met de moderne mens<br /> #foto van nucleosome die verschuift op dna streng (pg 317)<br /> #oefening over driepuntskruising<br /> #oefening openleesraam zoeken en bijhorende polypeptide<br /> #woordjes: translocatie, tRNA, transciptoom, transcriptieplaats <br /> <br /> === 13 Juni 2013 NM===<br /> # Stelling: Genetische kaarten zijn hetzelfde als fysieke kaarten van het genoom.<br /> # Foto van een 3D-tRNA molecule: bespreek de figuur<br /> # Vraagstuk over recombinante genen en de allelpositie bepalen aan de hand van hoeveel vliegen van een bepaalde recombinant er zijn.<br /> # Vraagstuk over een zeldzame ziekte met stamboom: enkele kansberekeningen etc.<br /> # Woordjes: Deletie, Excisie-reparatie-resynthese, DNA bindingsdomein, Cytokinese<br /> <br /> <br /> === 13 Juni 2013 VM===<br /> #Vergelijken van Meiose II met mitose. Heel goed de nadruk leggen op het verschil in functie <br /> #tryptofaan operon<br /> #Zo een oefeningetje met Lac-operon zoals op de taak<br /> #Nog een oefeningetje op een X-gebonden recessieve ziekte (niet moeilijk) <br /> #wat begrippen verklaren<br /> Prof helpt u goed op weg als ge het niet weet<br /> <br /> === 10 Juni 2013 VM===<br /> # Stelling: Het niet-nucleale genoom is identiek voor planten en dieren.<br /> # Karyogram van iemand met trisomie 21 (syndroom van Down). Bespreek.<br /> # Vraagstuk: a)De kans op een meisje is 0.5, hoe groot is dan de kans dat een gezin van 4 kinderen bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. b) De eigenlijke kans op een meisje is 0.49, hoe groot is nu de kans dat een gezin bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. c) Hoe groot is de kans als het eerste kind een jongen is en de 3 andere meisjes.<br /> # Gegeven: DNA-sequentie en 2 mutaties op deze sequentie. a)Geef de aminozuursequentie gecodeerd door het DNA. b) Benoem de mutaties.<br /> # 5 begrippen:<br /> #* Alternatieve splitsing<br /> #* Barr-lichaampje<br /> #* Aminoacyl-tRNA synthetase<br /> #* Apoptose<br /> #* Basesubstitutie<br /> <br /> ===31 JAN 2012 VM===<br /> # Stelling: TATA-box is een transcriptiefactor die een rol speelt bij de selectie van de juiste startplaats bij eukaryoten bij de transcriptie door RNA polymerase II.<br /> # Cirkelvormig tekeningetje van de celcyclus (zo van G1, G2, S, M maar dan zonder de letters). Bespreek.<br /> # Vraagstuk: kaart+afstanden van genen op het chromosoom bepalen a.h.v tabelletje met de fenotypes van de nakomelingen.<br /> # Bepalen of genen in HWE staan a.h.v chi².<br /> # polyploïd, polyteen chromosoom, segment-polariteit gen, selectie, semisteriliteit, stamboomanalyse, standaardafwijking, stukuitwisseling en subeenheid.<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2011 VM===<br /> # Stelling: Enkel diploïde genetische informatie is overerfbaar.<br /> # Bespreek: figuur 12-10 a en b (afbeelding van de hox-genen bij een muis op de 4 chromosomen en de expressie ervan tijdens de ontwikkeling) <br /> # Oefening over chromosoomtransformaties: je kreeg het oorspronkelijk chromosoom 123.456789 en moest dan de transformaties benoemen en de oorspronkelijke chromosomen in synaps tekenen om te laten zien wat er gebeurd is.<br /> # Moeilijke oefening over een experiment mbt facetogen bij Drosophila ifv de temperatuur(2 genotypes). De genetische variantie en de fenotypische verdeling worden geschat. Je moest bij 4 experimentele situaties 'paren van reactie-normen' tekenen die horen bij de 2 genotypes. Een experimentele vaststelling was bijvoorbeeld: 'wanneer de erfelijkheid verhoogde, verlaagde de genetische variantie' of 'bij het verlagen van de variantie van de temperatuur ging de unimodale verdeling van het fenotype over in een bimodale verdeling' ...<br /> # Begrippen:<br /> #* weifelaar<br /> #* X-chromosoom<br /> #* X-koppeling<br /> #* ...<br /> <br /> <br /> ===21 JAN 2010===<br /> # Stelling: de waterstofbruggen gevormd door nucleotiden hebben geen invloed op de structuur van DNA.<br /> # Afbeelding van het gal-systeem bij gist. (Gal4 bespreken, enhancing, UAR's, beetje eukaryote transcriptie-initiatie,...)<br /> # Oefening van staartlengte bij varkentjes. Eentje heeft een lengte van 6cm, de andere van 30cm, en de nakomeling een van 18cm. Voor de F2-generatie 1/64 met staart van 6cm, en 1/64 met een staart van 30cm, en daartussen worden de lengtes 10,14,18,22,26 waargenomen, met het meeste nakomeling een staart van 18cm. En daar een aantal vragen over, die voortbouwen op &amp;quot;van hoeveel genen hangt de staartlengte af&amp;quot;.<br /> # Een welhaast analoge oefening van 5 soorten tarwe (wit, lichtrood, half rood, half donkerrood, donkerrrood).<br /> # Begrippen:<br /> #* Enhanceosoom<br /> #* Epigenetisch stilleggen of &amp;quot;silencing&amp;quot;<br /> #* Epistasie<br /> #* Epigenetische merker<br /> #* Erfelijkheid in de ruime zin<br /> #* Homeologe chromosomen<br /> #* Homoloog chromosoom<br /> #* Homologie-afhankelijk herstel<br /> #* Homogametisch geslacht<br /> #* en nog 1...<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2010===<br /> # Wat gebeurt er met RNA nadat het is afgeschreven van DNA dankzij RNA polymerase. Is er een verschil tussen pro en eukaryoten. <br /> # foto van menselijk genoom. Beschrijf wat je ziet. <br /> # makkelijk vraagstuk over autosomaal resessieve aandoening <br /> # Ne moeilijke over Hardy-Weinberg. <br /> # Begrippen. <br /> #* heterozygon<br /> #* hetersis<br /> #* Hfr<br /> #* hexaploid<br /> #* polypoide<br /> <br /> <br /> ===19 JAN 2010===<br /> # stelling: Bicoid eiwit heeft een invloed op de paarrolgenen<br /> # fig 11.2<br /> # oefening op allelfrequentie bij een gegeven populatie met fenotypes van bloedgroepen<br /> # chi²-oefening met hypothesetest, p-waarde,...<br /> # woordjes: <br /> #* genconversie<br /> #* topoisomerase<br /> #* inversielussen<br /> #* homozygoot inversie<br /> #* kandidaatgen<br /> #* tetraploïd<br /> #* tetrade<br /> #* nog drie andere...<br /> <br /> <br /> ===18 JAN 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Figuur van het fragiel-X syndroom<br /> # de evolutie van genen gaat aan constante snelheid en houdt geen rekening met de gedegenereerde code.. <br /> Schriftelijk:<br /> # een stamboom<br /> # vraag over H² en h² <br /> # pak definities<br /> <br /> <br /> ===JAN 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Gaat genevolutie met een constante snelheid? (zonder rekening te houden met gedegenereerde codes)<br /> # tekening van fragile X syndroom<br /> Schriftelijk:<br /> # Oefening met een stamboom <br /> # een oefening op erfelijkheid<br /> # hele hoop begrippen waar bijna allemaal gen of genetisch in voor kwamen....<br /> <br /> <br /> ===JAN 2009===<br /> Mondeling:<br /> # Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie<br /> # Figuur bespreken: fig 10-4 in boek<br /> # Juist of fout: de meiose speelt dezelfde rol in de levenscyclus van een bacterie, neurospora en een plant<br /> Schriftelijk:<br /> # Een ziekte, veroorzaakt door een mutatie op het 7de chromosoom vetoont bij de mensen met deze ziekte ernstige botafwijkingen in het gelaat. Beschouw de volgende waarnemingen en trek bij elke een conclusie:<br /> a. 75% van de mannen , cariotype 23 vertoont bij deze afwijking ernstige tekenen van het andere geslacht<br /> b. Vrouwen , heterozygoot voor deze ziekte vertonen geen afwijkingen<br /> c. Het ziektegen vertoont 75% gemeenschappelijkheid met een gend dat ligt op het X chromosoom en bepalend is voor de ontwikkeling van de vrouwelijke geslachtskenmerken.<br /> # Woordjes<br /> <br /> <br /> ===29 JAN 2008===<br /> Mondeling:<br /> # Stelling: operons hebben enkel negatieve regulatie.<br /> # Figuur: 8.4 boek, over transcriptie algemeen<br /> Schriftelijk:<br /> # In 1931 vond Stern twee verschillende translocaties in drosophila. Hij ontdekte vrouwtjes met een extra stuk van het Y-chromosoom op hun X-chromosoom en andere vrouwtjes met een extra stuk chromosoom IV op hun X. Hij bestudeerde twee geslachtsgekoppelde genen: vleeskleurig (vle recessief) en staafvormig (St dominant). We kruisen dihybride staafvormige vrouwtjes met heteromorfe chromosomen (mutante allelen gelegen op X stuk van X-IV) met hemizygote vleeskleurige mannetjes met normale chromosomen. Teken de cytogenetische resultaten en beschrijf de genotypes/fenotypes van de nakomelingen.<br /> # Een fruitvlieg is heterozygoot voor een paracentrische inversie. Na vele pogingen bleek het onmogelijk homozygoten voor de inversie te kweken. Wat is de meest waarschijnlijke verklaring hiervoor?<br /> # Woordjes: A-plaats, cosupressie, dna-transposon, enol, epigenetische overerving, interferentie, klinefeltersyndroom, oncogen, plaque, silencer <br /> <br /> <br /> ===28 JAN 2008===<br /> Mondeling:<br /> # Stelling: Transcriptie en replicatie zijn genetisch gelijkaardige processen.<br /> # Figuur 9-11 uitleggen (figuur over ribosomen).<br /> Schriftelijk:<br /> # Een oefening op recombinanten waarbij je moest zeggen of de genen gekoppeld waren en de kaartafstanden moest weergeven op een kaart. Ook moest je de genotypes van de ouders geven.<br /> # Je kreeg zo'n tabelleke zoals bij lac operon en je moest zelf de + en - aanvullen.<br /> # 10 woordjes: provirus, penetrantie, proto-oncogen, epigenetisch stilgelegd, F-, enzovoort</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genetica&diff=502 Genetica 2017-06-19T18:46:58Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Vak van het tweede semester 1e jaar biochemie en biologie. Ook tweedejaars chemisten en geologen kunnen hier zitten.<br /> Gedoceerd door Prof. Filip Volckaert.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ==19 juni 2017 vm==<br /> #stelling &quot;koppelingskaarten geven goed de afstand weer&quot; juist/fout<br /> #tekening van DNA-replicatie aanvullen<br /> #oefening dihybride kruising<br /> #uitleg 'chimeren'; denkvraag over toepassing<br /> #begrippen uitleggen: promotor, proteasoom, proteomica, prokaryoot, Punnett-vierkant<br /> <br /> === 16 juni 2017 ===<br /> # stelling over meiose en mitose<br /> # tekening van trp operon<br /> # oefening van overkruising, x-gebonden allelen<br /> # hunchback, antennepedia (?) en engrailed bij drosophilia, waar denk je aan en waarin verschillen ze<br /> # operon, openleesraam, pleiotropie, overkruising en gap genes<br /> === juni 2016===<br /> #foto plasmide<br /> #hoeveelheid enkelstrengig en dubbelstrengig DNA bepalen<br /> #weet rest neit meer (pfff zwak)<br /> === juni 2015 ===<br /> # Kan genetische clonering helpen in de veredeling van planten?<br /> # Een foto van een Himalaya kat<br /> # Een hele moeilijke oefening over de afstanden op chromosomen<br /> # Een diploïde cel heeft 16 chromosomen, hoeveel zijn dit er na de metafase van meiose I? En hoeveel na de anafase? Teken de anafase.<br /> # Begrippen waaronder codon, conservatief, replicate,...<br /> === 17 juni 2014 ===<br /> #DNA banken zijn uitermate geschikt om het genoom te onderzoeken<br /> #Tekening verklaren (epistasie : maiskolf die paars kleurde door 2 enzymen)<br /> #Oefening stamboom maken+ chromosomen uitleggen (klinefeltersyndroom)<br /> #Oefening op mitose/meiose<br /> #repressor, regulatorisch eiwit, replicatie, replisoom en restrictie endonulease<br /> <br /> ===16 juni 2014 namiddag===<br /> #Stelling: meiose heeft dezelfde rol in de levencycli van een bacterie, Neurospora en Arabidopsis.<br /> #Tekeningetje van Translatie-initiatie<br /> #Oef over het Lac-operon <br /> #Een origineel peptide en een gemuteerd (1deletie en 1 insertie) Bepaal de base in weg en erbij is, en bepaal de mRNA sequentie van beide.<br /> #Woordjes: domesticatie, ras, homologe structuren, morfogenese<br /> <br /> ===16 juni 2014 voormiddag ===<br /> #stelling: Neaderthalers hebben geen sexueel contact gehad met de moderne mens<br /> #foto van nucleosome die verschuift op dna streng (pg 317)<br /> #oefening over driepuntskruising<br /> #oefening openleesraam zoeken en bijhorende polypeptide<br /> #woordjes: translocatie, tRNA, transciptoom, transcriptieplaats <br /> <br /> === 13 Juni 2013 NM===<br /> # Stelling: Genetische kaarten zijn hetzelfde als fysieke kaarten van het genoom.<br /> # Foto van een 3D-tRNA molecule: bespreek de figuur<br /> # Vraagstuk over recombinante genen en de allelpositie bepalen aan de hand van hoeveel vliegen van een bepaalde recombinant er zijn.<br /> # Vraagstuk over een zeldzame ziekte met stamboom: enkele kansberekeningen etc.<br /> # Woordjes: Deletie, Excisie-reparatie-resynthese, DNA bindingsdomein, Cytokinese<br /> <br /> <br /> === 13 Juni 2013 VM===<br /> #Vergelijken van Meiose II met mitose. Heel goed de nadruk leggen op het verschil in functie <br /> #tryptofaan operon<br /> #Zo een oefeningetje met Lac-operon zoals op de taak<br /> #Nog een oefeningetje op een X-gebonden recessieve ziekte (niet moeilijk) <br /> #wat begrippen verklaren<br /> Prof helpt u goed op weg als ge het niet weet<br /> <br /> === 10 Juni 2013 VM===<br /> # Stelling: Het niet-nucleale genoom is identiek voor planten en dieren.<br /> # Karyogram van iemand met trisomie 21 (syndroom van Down). Bespreek.<br /> # Vraagstuk: a)De kans op een meisje is 0.5, hoe groot is dan de kans dat een gezin van 4 kinderen bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. b) De eigenlijke kans op een meisje is 0.49, hoe groot is nu de kans dat een gezin bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. c) Hoe groot is de kans als het eerste kind een jongen is en de 3 andere meisjes.<br /> # Gegeven: DNA-sequentie en 2 mutaties op deze sequentie. a)Geef de aminozuursequentie gecodeerd door het DNA. b) Benoem de mutaties.<br /> # 5 begrippen:<br /> #* Alternatieve splitsing<br /> #* Barr-lichaampje<br /> #* Aminoacyl-tRNA synthetase<br /> #* Apoptose<br /> #* Basesubstitutie<br /> <br /> ===31 JAN 2012 VM===<br /> # Stelling: TATA-box is een transcriptiefactor die een rol speelt bij de selectie van de juiste startplaats bij eukaryoten bij de transcriptie door RNA polymerase II.<br /> # Cirkelvormig tekeningetje van de celcyclus (zo van G1, G2, S, M maar dan zonder de letters). Bespreek.<br /> # Vraagstuk: kaart+afstanden van genen op het chromosoom bepalen a.h.v tabelletje met de fenotypes van de nakomelingen.<br /> # Bepalen of genen in HWE staan a.h.v chi².<br /> # polyploïd, polyteen chromosoom, segment-polariteit gen, selectie, semisteriliteit, stamboomanalyse, standaardafwijking, stukuitwisseling en subeenheid.<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2011 VM===<br /> # Stelling: Enkel diploïde genetische informatie is overerfbaar.<br /> # Bespreek: figuur 12-10 a en b (afbeelding van de hox-genen bij een muis op de 4 chromosomen en de expressie ervan tijdens de ontwikkeling) <br /> # Oefening over chromosoomtransformaties: je kreeg het oorspronkelijk chromosoom 123.456789 en moest dan de transformaties benoemen en de oorspronkelijke chromosomen in synaps tekenen om te laten zien wat er gebeurd is.<br /> # Moeilijke oefening over een experiment mbt facetogen bij Drosophila ifv de temperatuur(2 genotypes). De genetische variantie en de fenotypische verdeling worden geschat. Je moest bij 4 experimentele situaties 'paren van reactie-normen' tekenen die horen bij de 2 genotypes. Een experimentele vaststelling was bijvoorbeeld: 'wanneer de erfelijkheid verhoogde, verlaagde de genetische variantie' of 'bij het verlagen van de variantie van de temperatuur ging de unimodale verdeling van het fenotype over in een bimodale verdeling' ...<br /> # Begrippen:<br /> #* weifelaar<br /> #* X-chromosoom<br /> #* X-koppeling<br /> #* ...<br /> <br /> <br /> ===21 JAN 2010===<br /> # Stelling: de waterstofbruggen gevormd door nucleotiden hebben geen invloed op de structuur van DNA.<br /> # Afbeelding van het gal-systeem bij gist. (Gal4 bespreken, enhancing, UAR's, beetje eukaryote transcriptie-initiatie,...)<br /> # Oefening van staartlengte bij varkentjes. Eentje heeft een lengte van 6cm, de andere van 30cm, en de nakomeling een van 18cm. Voor de F2-generatie 1/64 met staart van 6cm, en 1/64 met een staart van 30cm, en daartussen worden de lengtes 10,14,18,22,26 waargenomen, met het meeste nakomeling een staart van 18cm. En daar een aantal vragen over, die voortbouwen op &amp;quot;van hoeveel genen hangt de staartlengte af&amp;quot;.<br /> # Een welhaast analoge oefening van 5 soorten tarwe (wit, lichtrood, half rood, half donkerrood, donkerrrood).<br /> # Begrippen:<br /> #* Enhanceosoom<br /> #* Epigenetisch stilleggen of &amp;quot;silencing&amp;quot;<br /> #* Epistasie<br /> #* Epigenetische merker<br /> #* Erfelijkheid in de ruime zin<br /> #* Homeologe chromosomen<br /> #* Homoloog chromosoom<br /> #* Homologie-afhankelijk herstel<br /> #* Homogametisch geslacht<br /> #* en nog 1...<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2010===<br /> # Wat gebeurt er met RNA nadat het is afgeschreven van DNA dankzij RNA polymerase. Is er een verschil tussen pro en eukaryoten. <br /> # foto van menselijk genoom. Beschrijf wat je ziet. <br /> # makkelijk vraagstuk over autosomaal resessieve aandoening <br /> # Ne moeilijke over Hardy-Weinberg. <br /> # Begrippen. <br /> #* heterozygon<br /> #* hetersis<br /> #* Hfr<br /> #* hexaploid<br /> #* polypoide<br /> <br /> <br /> ===19 JAN 2010===<br /> # stelling: Bicoid eiwit heeft een invloed op de paarrolgenen<br /> # fig 11.2<br /> # oefening op allelfrequentie bij een gegeven populatie met fenotypes van bloedgroepen<br /> # chi²-oefening met hypothesetest, p-waarde,...<br /> # woordjes: <br /> #* genconversie<br /> #* topoisomerase<br /> #* inversielussen<br /> #* homozygoot inversie<br /> #* kandidaatgen<br /> #* tetraploïd<br /> #* tetrade<br /> #* nog drie andere...<br /> <br /> <br /> ===18 JAN 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Figuur van het fragiel-X syndroom<br /> # de evolutie van genen gaat aan constante snelheid en houdt geen rekening met de gedegenereerde code.. <br /> Schriftelijk:<br /> # een stamboom<br /> # vraag over H² en h² <br /> # pak definities<br /> <br /> <br /> ===JAN 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Gaat genevolutie met een constante snelheid? (zonder rekening te houden met gedegenereerde codes)<br /> # tekening van fragile X syndroom<br /> Schriftelijk:<br /> # Oefening met een stamboom <br /> # een oefening op erfelijkheid<br /> # hele hoop begrippen waar bijna allemaal gen of genetisch in voor kwamen....<br /> <br /> <br /> ===JAN 2009===<br /> Mondeling:<br /> # Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie<br /> # Figuur bespreken: fig 10-4 in boek<br /> # Juist of fout: de meiose speelt dezelfde rol in de levenscyclus van een bacterie, neurospora en een plant<br /> Schriftelijk:<br /> # Een ziekte, veroorzaakt door een mutatie op het 7de chromosoom vetoont bij de mensen met deze ziekte ernstige botafwijkingen in het gelaat. Beschouw de volgende waarnemingen en trek bij elke een conclusie:<br /> a. 75% van de mannen , cariotype 23 vertoont bij deze afwijking ernstige tekenen van het andere geslacht<br /> b. Vrouwen , heterozygoot voor deze ziekte vertonen geen afwijkingen<br /> c. Het ziektegen vertoont 75% gemeenschappelijkheid met een gend dat ligt op het X chromosoom en bepalend is voor de ontwikkeling van de vrouwelijke geslachtskenmerken.<br /> # Woordjes<br /> <br /> <br /> ===29 JAN 2008===<br /> Mondeling:<br /> # Stelling: operons hebben enkel negatieve regulatie.<br /> # Figuur: 8.4 boek, over transcriptie algemeen<br /> Schriftelijk:<br /> # In 1931 vond Stern twee verschillende translocaties in drosophila. Hij ontdekte vrouwtjes met een extra stuk van het Y-chromosoom op hun X-chromosoom en andere vrouwtjes met een extra stuk chromosoom IV op hun X. Hij bestudeerde twee geslachtsgekoppelde genen: vleeskleurig (vle recessief) en staafvormig (St dominant). We kruisen dihybride staafvormige vrouwtjes met heteromorfe chromosomen (mutante allelen gelegen op X stuk van X-IV) met hemizygote vleeskleurige mannetjes met normale chromosomen. Teken de cytogenetische resultaten en beschrijf de genotypes/fenotypes van de nakomelingen.<br /> # Een fruitvlieg is heterozygoot voor een paracentrische inversie. Na vele pogingen bleek het onmogelijk homozygoten voor de inversie te kweken. Wat is de meest waarschijnlijke verklaring hiervoor?<br /> # Woordjes: A-plaats, cosupressie, dna-transposon, enol, epigenetische overerving, interferentie, klinefeltersyndroom, oncogen, plaque, silencer <br /> <br /> <br /> ===28 JAN 2008===<br /> Mondeling:<br /> # Stelling: Transcriptie en replicatie zijn genetisch gelijkaardige processen.<br /> # Figuur 9-11 uitleggen (figuur over ribosomen).<br /> Schriftelijk:<br /> # Een oefening op recombinanten waarbij je moest zeggen of de genen gekoppeld waren en de kaartafstanden moest weergeven op een kaart. Ook moest je de genotypes van de ouders geven.<br /> # Je kreeg zo'n tabelleke zoals bij lac operon en je moest zelf de + en - aanvullen.<br /> # 10 woordjes: provirus, penetrantie, proto-oncogen, epigenetisch stilgelegd, F-, enzovoort</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-Organische_Chemie&diff=491 Bio-Organische Chemie 2017-06-17T12:45:14Z <p>Siene.swinnen: /* 15 juni 2017 (voormiddag) - Mario Smet */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.<br /> Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.<br /> Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.<br /> Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Mario Smet<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===15 juni 2017 (voormiddag) - Mario Smet===<br /> Mondeling<br /> #halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev<br /> #vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)<br /> #Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden? (OH- is niet stabiel)<br /> #2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol? (protoneren of fosfaatgroep toevoegen)<br /> #Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen (acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol)<br /> <br /> Schriftelijk<br /> #oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties<br /> #oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsalkylering, nucleofiele acylsubstietutie)<br /> #oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)<br /> <br /> ===14 Juni 2017 (namiddag) - Mario Smet===<br /> Mondeling:<br /> #Elektrofiele additie reactiemechanisme schrijven (regel markovnikov)<br /> #4 moleculen bepalen welke het snelst aan een Ae doet (grensstructuren, inductieve effecten)<br /> #naamgeving van enkele producten na de Ae<br /> #isomerisatie in glycolyse van glucose-6-fosfaat naar fructose-6-fosfaat en uitleggen waarom dit base gekatalyseerd is<br /> #verband uitleggen met Fehling's/ Tollen en Barfoed<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #gegeven moleculen Menthol aantal stereochemische oefeningen oplossen (R/S, diasteromeren, enantiomeren, newman...)<br /> #oefening op AZ op papierelektroforese (waar komt elk AZ bij bepaalde ph)<br /> #aceton+ methylanime wordt imine bij ph=7 laat zien<br /> #enkele reactiemechanisme aanvullen of tekenen ( Nitrering, estercondensatie)<br /> <br /> ===12 juni 2017 (voormiddag) SINDS 2017 GEGEVEN DOOR MARIO SMET===<br /> #op 4 structuren Sn1 toepassen en verklaren welke het meest reactief is + resomere vormen geven + naamgeving...<br /> #retro aldolcondensatie bij glycolyse en zeggen hoe het katalytisch effect tot stand kwam<br /> #een oefenig op suikers, op aminozuren en 3 reactiemechanismes<br /> #vertellen hoe een alcohol test werkt met chroomzuur<br /> <br /> ===9 juni 2016===<br /> #beckman omlegging<br /> #edman degradatie<br /> #biosynthese geraniol en limoleen<br /> #structuren = S.A.M &amp; biotione<br /> #naamgeving + 2 mechanismes<br /> #oefening ivm stereochemie<br /> <br /> ===8 juni 2016===<br /> #synthese vn peptiden<br /> #hydrolyse, omestering en reductie van esters<br /> #cannizaro reactie<br /> #structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat<br /> #Trans decaline<br /> #oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)<br /> #reactiemechanismen en naamgeving<br /> <br /> ===6 juni 2016===<br /> #Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse<br /> #reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken<br /> #-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers<br /> #structuur van acetyl-choline en palitine<br /> #pH van aminozuren bij een titratie<br /> #reactimechanisme<br /> <br /> === 15 juni 2015 ===<br /> # Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren<br /> # Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:<br /> #* Alkeen<br /> #* Alcohol<br /> #* Aromaat<br /> # acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen. <br /> #Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover. <br /> #En dan twee reacties natuurlijk<br /> <br /> ===12 juni 2015 ( namiddag ) ===<br /> <br /> mondeling:<br /> # Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.<br /> # Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.<br /> Schriftelijk:<br /> # Naamgeving ( c-AMP en mannose)<br /> # Leg uit si en re<br /> # Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)<br /> <br /> ===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===<br /> <br /> mondeling:<br /> #Aminen en halogeenalkanen <br /> #Aminen en salpeterigzuur<br /> #Laboratorium peptidesynthese<br /> <br /> schriftelijk:<br /> #structuren<br /> #*Limoneen<br /> #*Sorbitol<br /> #stereochemie+ reactiemechanisme<br /> #*aldolcondensatie<br /> #leg uit:<br /> #*reducerende en niet-reducerende suikers<br /> <br /> ===11 juni 2015===<br /> <br /> mondeling:<br /> #Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.<br /> #Leg uit:<br /> #* Fisher-verestering<br /> #* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen. <br /> schriftelijk:<br /> #IUPAC <br /> #structuren<br /> #*citroenzuur<br /> #*ninhydrine<br /> #structuur observeren<br /> #* chirale C-atomen aanduiden<br /> #* OG van aangeduid atoom geven<br /> #* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.<br /> #* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.<br /> #* één stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.<br /> #* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )<br /> #wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.<br /> #2 structuren gegeven. <br /> #*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie. <br /> #*Geef van één van de 2 tructuren het reactiemechanisme.<br /> <br /> ===16 juni 2014===<br /> #Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)<br /> #Iupac<br /> #Bespreek reducerende suikers<br /> #Peridoxalfosfaat en acetylcholine<br /> #Stereochemie<br /> #Reactiemechanismen<br /> <br /> ===20 augustus 2013===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?<br /> # Leg de biosynthese van vetzuren uit.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC<br /> # Structuren: tBOC en ninhydrine<br /> # Fosforylerings-potentiaal<br /> # Random oefening<br /> # Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur<br /> <br /> ===25 juni 2013 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.<br /> # Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC.<br /> # Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.<br /> # Leg optische zuiverheid uit.<br /> # Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.<br /> # Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.<br /> <br /> ===25 juni 2013 (voormiddag)===<br /> #decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur<br /> # amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur<br /> # iupac<br /> # structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat<br /> # dean-stark<br /> # molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?<br /> # reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI<br /> <br /> ===17 juni 2013 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen<br /> # Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Leg biodiesel uit<br /> # Geef de structuur van limoneen en citroenzuur<br /> # IUPAC-naamgeving<br /> # Molecule gegeven: <br /> #* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur<br /> #* Newman projectie geven van bepaalde as<br /> #* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)<br /> #* Teken een stereomeer die geen epimeer is<br /> # Reacties waarvan 1 uitwerken:<br /> #* Sn1 van een alkaan met een broom erin<br /> #* Claisen condensatie van een ester<br /> <br /> ===17 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.<br /> #bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #bespreek: reducerend/niet reducerend suiker<br /> #molecules tekenen: biotine en SAM<br /> #iupac naam<br /> #chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman<br /> #oefening met ph berekening met titratie<br /> #uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ<br /> #2 ractiemechanismen geven, één ervan uitschrijven<br /> <br /> ===14 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose<br /> # Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # fosforyleringspotentaal<br /> # 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).<br /> # structuur gegeven: <br /> #* geef alle chirale C-atomen <br /> #* Stereo isomeren <br /> #* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren <br /> #* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn <br /> #* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt <br /> #* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is<br /> # er is nog eentje maar die weet ik niet meer.<br /> <br /> === 13 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling: <br /> #synthese van peptiden in het labo<br /> #de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters<br /> <br /> schriftelijk: <br /> #iupac naam<br /> #structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur<br /> #leg de Beckman omlegging uit<br /> #suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose<br /> #* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen<br /> #*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as<br /> #*bepaal het oxidatiegetal van C2<br /> #*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose<br /> #*teken het anomeer van L alpha xylulopentose<br /> #*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces<br /> #dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)<br /> <br /> <br /> === 13 juni 2013 ===<br /> Mondeling:<br /> #bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren<br /> #beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #Bespreek de regel van Huckel<br /> <br /> <br /> ===15 juni 2012 (voormiddag)===<br /> Mondeling: <br /> # Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)<br /> # Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse<br /> <br /> Schriftelijk: <br /> # IUPAC naam geven<br /> # structuren van acetylcholine en citroenzuur<br /> # uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn<br /> # oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.<br /> # reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie<br /> <br /> ===14 juni 2012 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol<br /> # Bespreek ninhydrine reactie<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # ne iupac<br /> # Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen<br /> # Bespreek optische zuiverheid<br /> # oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)<br /> # 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )<br /> <br /> ===30 juni 2011===<br /> Mondeling:<br /> #Labosynthese van peptiden<br /> #Eliminatiereacties bij halogeenalkanen<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPD-naam<br /> #structuren:<br /> #*Nylon-66<br /> #*Palmitinezuur<br /> #Leg uit: Dean Stark opstelling<br /> #stereochemie<br /> #reactiemechanismen<br /> ===24 Juni 2011 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #Ninhydrinereactie<br /> #bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #Structuren:<br /> #*c-AMP<br /> #*Sorbitol<br /> #Leg uit: Cannizzaro-reactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===24 Juni 2011 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie<br /> #reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #structuren:<br /> #*ATP<br /> #*citroenzuur<br /> #Leg uit: Diazokoppelingsreactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===16 Juni 2011===<br /> Mondeling:<br /> #Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.<br /> #Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #structuren:<br /> #*limoneen<br /> #*D-mannose<br /> #leg uit: Kolbe-Schmitt reactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===23 augustus 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Ninhydrinereactie<br /> # Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* SAM<br /> # leg uit: Biodiesel<br /> # stereochemie<br /> # twee reactiemechanismen:<br /> #* keton met alcohol<br /> #* amide in water (zuurgekatalyseerd)<br /> ===18 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.<br /> # Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.<br /> <br /> schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #* (delta2)isopentenylpyrofosfaat<br /> #* cellobiose<br /> # leg uit: epoxyharsen en -lijmen<br /> # stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3<br /> #* duid chirale koolstoffen aan<br /> #* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze<br /> #* benoem (R,S)<br /> #* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?<br /> #* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen<br /> #* welk is het meest basisch en zeg waarom...<br /> # twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven<br /> ===14 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)<br /> # Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus<br /> <br /> schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Biotine<br /> # leg uit: reactie van Chichibabin<br /> # stereochemie<br /> #* duid chirale koolstoffen aan<br /> #* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze<br /> #* benoem (R,S)<br /> #* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?<br /> #* is er een mesovorm?<br /> #* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom<br /> # twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven<br /> <br /> ===11 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Wat geven alkenen met <br /> #* Anorganische zuren; <br /> #* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #*SAM (S-adenosylmethionine)<br /> #*PET<br /> # Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)<br /> # Stereo-chemie:<br /> #* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)<br /> #* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as<br /> #* wat is de oxidatietrap van C6?<br /> #* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose<br /> # 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)<br /> #* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud<br /> #* Friedel-Crafts-acylering<br /> -<br /> ===22 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.<br /> # Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* dansylchloride<br /> #* cellobiose<br /> # Leg uit: De Beckmann-omlegging<br /> # Je krijgt een molecule gegeven <br /> #* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een &amp;quot;*&amp;quot; en zeg of ze een R of S-configuratie hebben<br /> #* Teken het enantiomeer en 2 epimeren<br /> #* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak<br /> #* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)<br /> # Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + één mechanisme helemaal uitschrijven)<br /> #* tertair alcohol + zuurchloride<br /> #* alkeen + zuur<br /> <br /> <br /> ===19 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen<br /> # bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* maltose<br /> #* fosfoënolpyruvaat<br /> # Leg uit: epoxyharsen en -lijmen<br /> # gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH<br /> #* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit<br /> #* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.<br /> #* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4<br /> #*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt<br /> #*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt<br /> #*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4<br /> # reactiemechanismen<br /> <br /> === 15 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus<br /> # Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* Biotine<br /> #* (delta)³ - isopentenylpyrofosfaat<br /> # Leg uit: de reactie van chichibabin<br /> # Cyclische L-suiker gegeven:<br /> #* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)<br /> #* Bepaal van C² of het R of S - configuratie heeft<br /> #* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan<br /> #* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?<br /> <br /> === 8 juni 2008===<br /> # Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.<br /> # Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.<br /> # Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.<br /> # Leg uit: optische zuiverheid.<br /> # Oefeningen:<br /> #* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc. <br /> #* Reactiemechanismen<br /> <br /> === 18 aug 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.<br /> # Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren:<br /> #* cyclisch AMP<br /> #* Glucaarzuur<br /> <br /> === 25 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.<br /> # Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Moleculen:<br /> #* Nerylpyrofosfaat<br /> #* Cellobiose<br /> # Wat zijn epoxylijmen?<br /> <br /> === 25 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.<br /> # Bespreek de labosynthese van peptiden.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren:<br /> #* Trans-decaline<br /> #* Histamine<br /> <br /> === 24 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.<br /> # Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren: <br /> #* ADP<br /> #* Maltose<br /> <br /> === 21 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.<br /> # Bespreek de testreactie van ninhydrine.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de IUPAC-naam.<br /> # Teken de volgende structuren:<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Thymidine<br /> # Bespreek nylon 66.<br /> # Cyclisch suiker: <br /> #* Geef de naam.<br /> #* Welk is het zuurste proton ?<br /> #* Geef de configuratie (R/S).<br /> #* Fisher<br /> #* Welke zijn de niet chirale C's ?<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 20 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de additie van zuren op alkenen.<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Geef de structuur van:<br /> #* Geranylpyrofosfaat<br /> #* Ninhydrine<br /> # Bespreek de Beckmann omlegging.<br /> # Aspartaam gegeven:<br /> #* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?<br /> #* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.<br /> #* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.<br /> #* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 9 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water. <br /> # Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* Tosylchloride<br /> # Leg uit wat een kroonether is.<br /> # Structuur asparagine gegeven:<br /> #* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).<br /> #* R/S configuratie<br /> #* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?<br /> #* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 19 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.<br /> # Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC naam<br /> # Structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* Tosylchloride<br /> # Leg Nylon 66 uit.<br /> # Structuur Cysteïne gegeven:<br /> #* Fisher<br /> #* Newman<br /> #* R-S<br /> #* Enantiomeren...<br /> #* Welk molecule <br /> #* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?<br /> #* Welke is de mesovorm?<br /> # Twee reactiemechanismen<br /> <br /> === 18 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.<br /> # Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Regel van Zaitsev kort bespreken.<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren: <br /> #* Biotine<br /> #* Cellobiose<br /> # Suikers: <br /> #* Open-ketenstructuur<br /> #* R en S<br /> #* Chirale atomen.<br /> #* 1,3-diaxiale interactie<br /> # Reacties: <br /> #* Alkeen + HCl =&amp;gt; ... <br /> #* Oxidatie van een alcohol.<br /> <br /> <br /> === 18 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # De additie van zuren aan alkenen.<br /> # Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren: <br /> #* Acetylcholine <br /> #* cAMP<br /> # Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.<br /> # Een bepaald aminozuur:<br /> #* Fisher<br /> #* Newman<br /> #* pH-berekeningen<br /> # Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.<br /> #* Carbonylgroep met H2 en Pt<br /> #* 2 ketonen met OH-<br /> <br /> === 15 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Eliminatiereacties uitleggen.<br /> # Beta-oxidatie + claisencondensatie.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)<br /> # Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.<br /> # Biodiesel uitleggen<br /> # Structuren:<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Thymidine structuur geven<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 14 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.<br /> # Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren<br /> #* Oliezuur<br /> #* Adrenaline<br /> # Leg kort uit: kroonethers.<br /> # R-groep van lysine gegeven:<br /> #* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.<br /> #* Newman/fischer projecties.<br /> #* Naam van het aminozuur.<br /> #* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)<br /> # Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)<br /> #* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.<br /> #* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.<br /> <br /> === 28 aug 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.<br /> # Bespreek additie van zuren aan alkenen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.<br /> # Bespreek optische zuiverheid.<br /> # Gegeven: structuurformule threonine.<br /> #* Aantal stereo-isomeren<br /> #* De chirale C-en<br /> #* Fisher- en newman-projectie van elk.<br /> #* Duidt R/S aan.<br /> #* Naam van aminozuur.<br /> #* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?<br /> # Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).<br /> <br /> === 26 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.<br /> # Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Cystine en adipinezuur structuur geven.<br /> # Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.<br /> # Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.<br /> # Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.<br /> #* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.<br /> <br /> === 23 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.<br /> # Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren. <br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuurformule van oliezuur en adrenaline.<br /> # Bespreek cannizaro reacties.<br /> # Structuurformule van een suiker:<br /> #* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.<br /> #* R-S van de C2 bepalen<br /> #* Leidt de naam af.<br /> #* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.<br /> # Reactiemechanisme<br /> <br /> === 23 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).<br /> # Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren:<br /> #* Thymidine<br /> #* Dansylchloride<br /> # Verklaar kort het begrip &amp;quot;optische zuiverheid&amp;quot;.<br /> # Een hepteen is gegeven:<br /> #* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.<br /> #* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.<br /> #* Noteer ook R- en S-conformatie.<br /> # Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.<br /> <br /> === 21 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.<br /> # Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren:<br /> #* Sacharose <br /> #* SAM<br /> # Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.<br /> # Gegeven: structuurformule arginine <br /> #* Geef het aantal stereo-isomeren.<br /> #* Duidt de cirale C's aan.<br /> #* Fisher- en Newman-projectie van elk.<br /> #* Duid R/S aan.<br /> #* Geef de naam van het aminozuur.<br /> #* Duid aan welke N het meest basisch is.<br /> #* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?<br /> # Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH- <br /> <br /> === 20 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren.<br /> <br /> Schriftelijk<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren: <br /> #* Kaneelzuur<br /> #* Cellobiose<br /> # 3-broom-4-cloorhexaan:<br /> #* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.<br /> #* R,S-configuratie<br /> #* Diastereomeren/enantiomeren?<br /> # Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.<br /> <br /> === 13 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft. <br /> # Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden. <br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren<br /> #* Stearinezuur<br /> #* Pyridine<br /> # Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).<br /> # 2,3,4-hydroxybutanal:<br /> #* Hoeveel stereoisomeren ?<br /> #* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.<br /> #* Geef R,S conformatie. <br /> #* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.<br /> # Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--&amp;gt; reactieproduct) van:<br /> #* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-Organische_Chemie&diff=470 Bio-Organische Chemie 2017-06-15T13:02:25Z <p>Siene.swinnen: /* 15 juni 2017 (voormiddag) */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.<br /> Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.<br /> Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===15 juni 2017 (voormiddag)===<br /> Mondeling<br /> #halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev<br /> #vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)<br /> #Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden? (OH- is niet stabiel)<br /> #2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol? (protoneren of fosfaatgroep toevoegen)<br /> #Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen (acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol)<br /> <br /> Schriftelijk<br /> #oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties<br /> #oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsacylering, nucleofiele acylsubstietutie)<br /> #oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)<br /> <br /> ===9 juni 2016===<br /> #beckman omlegging<br /> #edman degradatie<br /> #biosynthese geraniol en limoleen<br /> #structuren = S.A.M &amp; biotione<br /> #naamgeving + 2 mechanismes<br /> #oefening ivm stereochemie<br /> <br /> ===8 juni 2016===<br /> #synthese vn peptiden<br /> #hydrolyse, omestering en reductie van esters<br /> #cannizaro reactie<br /> #structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat<br /> #Trans decaline<br /> #oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)<br /> #reactiemechanismen en naamgeving<br /> <br /> ===6 juni 2016===<br /> #Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse<br /> #reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken<br /> #-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers<br /> #structuur van acetyl-choline en palitine<br /> #pH van aminozuren bij een titratie<br /> #reactimechanisme<br /> <br /> === 15 juni 2015 ===<br /> # Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren<br /> # Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:<br /> #* Alkeen<br /> #* Alcohol<br /> #* Aromaat<br /> # acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen. <br /> #Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover. <br /> #En dan twee reacties natuurlijk<br /> <br /> ===12 juni 2015 ( namiddag ) ===<br /> <br /> mondeling:<br /> # Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.<br /> # Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.<br /> Schriftelijk:<br /> # Naamgeving ( c-AMP en mannose)<br /> # Leg uit si en re<br /> # Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)<br /> <br /> ===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===<br /> <br /> mondeling:<br /> #Aminen en halogeenalkanen <br /> #Aminen en salpeterigzuur<br /> #Laboratorium peptidesynthese<br /> <br /> schriftelijk:<br /> #structuren<br /> #*Limoneen<br /> #*Sorbitol<br /> #stereochemie+ reactiemechanisme<br /> #*aldolcondensatie<br /> #leg uit:<br /> #*reducerende en niet-reducerende suikers<br /> <br /> ===11 juni 2015===<br /> <br /> mondeling:<br /> #Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.<br /> #Leg uit:<br /> #* Fisher-verestering<br /> #* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen. <br /> schriftelijk:<br /> #IUPAC <br /> #structuren<br /> #*citroenzuur<br /> #*ninhydrine<br /> #structuur observeren<br /> #* chirale C-atomen aanduiden<br /> #* OG van aangeduid atoom geven<br /> #* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.<br /> #* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.<br /> #* één stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.<br /> #* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )<br /> #wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.<br /> #2 structuren gegeven. <br /> #*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie. <br /> #*Geef van één van de 2 tructuren het reactiemechanisme.<br /> <br /> ===16 juni 2014===<br /> #Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)<br /> #Iupac<br /> #Bespreek reducerende suikers<br /> #Peridoxalfosfaat en acetylcholine<br /> #Stereochemie<br /> #Reactiemechanismen<br /> <br /> ===20 augustus 2013===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?<br /> # Leg de biosynthese van vetzuren uit.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC<br /> # Structuren: tBOC en ninhydrine<br /> # Fosforylerings-potentiaal<br /> # Random oefening<br /> # Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur<br /> <br /> ===25 juni 2013 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.<br /> # Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC.<br /> # Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.<br /> # Leg optische zuiverheid uit.<br /> # Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.<br /> # Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.<br /> <br /> ===25 juni 2013 (voormiddag)===<br /> #decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur<br /> # amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur<br /> # iupac<br /> # structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat<br /> # dean-stark<br /> # molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?<br /> # reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI<br /> <br /> ===17 juni 2013 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen<br /> # Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Leg biodiesel uit<br /> # Geef de structuur van limoneen en citroenzuur<br /> # IUPAC-naamgeving<br /> # Molecule gegeven: <br /> #* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur<br /> #* Newman projectie geven van bepaalde as<br /> #* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)<br /> #* Teken een stereomeer die geen epimeer is<br /> # Reacties waarvan 1 uitwerken:<br /> #* Sn1 van een alkaan met een broom erin<br /> #* Claisen condensatie van een ester<br /> <br /> ===17 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.<br /> #bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #bespreek: reducerend/niet reducerend suiker<br /> #molecules tekenen: biotine en SAM<br /> #iupac naam<br /> #chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman<br /> #oefening met ph berekening met titratie<br /> #uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ<br /> #2 ractiemechanismen geven, één ervan uitschrijven<br /> <br /> ===14 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose<br /> # Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # fosforyleringspotentaal<br /> # 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).<br /> # structuur gegeven: <br /> #* geef alle chirale C-atomen <br /> #* Stereo isomeren <br /> #* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren <br /> #* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn <br /> #* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt <br /> #* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is<br /> # er is nog eentje maar die weet ik niet meer.<br /> <br /> === 13 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling: <br /> #synthese van peptiden in het labo<br /> #de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters<br /> <br /> schriftelijk: <br /> #iupac naam<br /> #structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur<br /> #leg de Beckman omlegging uit<br /> #suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose<br /> #* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen<br /> #*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as<br /> #*bepaal het oxidatiegetal van C2<br /> #*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose<br /> #*teken het anomeer van L alpha xylulopentose<br /> #*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces<br /> #dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)<br /> <br /> <br /> === 13 juni 2013 ===<br /> Mondeling:<br /> #bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren<br /> #beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #Bespreek de regel van Huckel<br /> <br /> <br /> ===15 juni 2012 (voormiddag)===<br /> Mondeling: <br /> # Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)<br /> # Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse<br /> <br /> Schriftelijk: <br /> # IUPAC naam geven<br /> # structuren van acetylcholine en citroenzuur<br /> # uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn<br /> # oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.<br /> # reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie<br /> <br /> ===14 juni 2012 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol<br /> # Bespreek ninhydrine reactie<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # ne iupac<br /> # Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen<br /> # Bespreek optische zuiverheid<br /> # oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)<br /> # 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )<br /> <br /> ===30 juni 2011===<br /> Mondeling:<br /> #Labosynthese van peptiden<br /> #Eliminatiereacties bij halogeenalkanen<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPD-naam<br /> #structuren:<br /> #*Nylon-66<br /> #*Palmitinezuur<br /> #Leg uit: Dean Stark opstelling<br /> #stereochemie<br /> #reactiemechanismen<br /> ===24 Juni 2011 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #Ninhydrinereactie<br /> #bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #Structuren:<br /> #*c-AMP<br /> #*Sorbitol<br /> #Leg uit: Cannizzaro-reactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===24 Juni 2011 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie<br /> #reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #structuren:<br /> #*ATP<br /> #*citroenzuur<br /> #Leg uit: Diazokoppelingsreactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===16 Juni 2011===<br /> Mondeling:<br /> #Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.<br /> #Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #structuren:<br /> #*limoneen<br /> #*D-mannose<br /> #leg uit: Kolbe-Schmitt reactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===23 augustus 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Ninhydrinereactie<br /> # Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* SAM<br /> # leg uit: Biodiesel<br /> # stereochemie<br /> # twee reactiemechanismen:<br /> #* keton met alcohol<br /> #* amide in water (zuurgekatalyseerd)<br /> ===18 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.<br /> # Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.<br /> <br /> schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #* (delta2)isopentenylpyrofosfaat<br /> #* cellobiose<br /> # leg uit: epoxyharsen en -lijmen<br /> # stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3<br /> #* duid chirale koolstoffen aan<br /> #* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze<br /> #* benoem (R,S)<br /> #* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?<br /> #* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen<br /> #* welk is het meest basisch en zeg waarom...<br /> # twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven<br /> ===14 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)<br /> # Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus<br /> <br /> schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Biotine<br /> # leg uit: reactie van Chichibabin<br /> # stereochemie<br /> #* duid chirale koolstoffen aan<br /> #* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze<br /> #* benoem (R,S)<br /> #* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?<br /> #* is er een mesovorm?<br /> #* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom<br /> # twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven<br /> <br /> ===11 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Wat geven alkenen met <br /> #* Anorganische zuren; <br /> #* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #*SAM (S-adenosylmethionine)<br /> #*PET<br /> # Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)<br /> # Stereo-chemie:<br /> #* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)<br /> #* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as<br /> #* wat is de oxidatietrap van C6?<br /> #* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose<br /> # 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)<br /> #* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud<br /> #* Friedel-Crafts-acylering<br /> -<br /> ===22 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.<br /> # Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* dansylchloride<br /> #* cellobiose<br /> # Leg uit: De Beckmann-omlegging<br /> # Je krijgt een molecule gegeven <br /> #* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een &amp;quot;*&amp;quot; en zeg of ze een R of S-configuratie hebben<br /> #* Teken het enantiomeer en 2 epimeren<br /> #* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak<br /> #* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)<br /> # Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + één mechanisme helemaal uitschrijven)<br /> #* tertair alcohol + zuurchloride<br /> #* alkeen + zuur<br /> <br /> <br /> ===19 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen<br /> # bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* maltose<br /> #* fosfoënolpyruvaat<br /> # Leg uit: epoxyharsen en -lijmen<br /> # gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH<br /> #* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit<br /> #* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.<br /> #* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4<br /> #*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt<br /> #*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt<br /> #*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4<br /> # reactiemechanismen<br /> <br /> === 15 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus<br /> # Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* Biotine<br /> #* (delta)³ - isopentenylpyrofosfaat<br /> # Leg uit: de reactie van chichibabin<br /> # Cyclische L-suiker gegeven:<br /> #* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)<br /> #* Bepaal van C² of het R of S - configuratie heeft<br /> #* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan<br /> #* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?<br /> <br /> === 8 juni 2008===<br /> # Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.<br /> # Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.<br /> # Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.<br /> # Leg uit: optische zuiverheid.<br /> # Oefeningen:<br /> #* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc. <br /> #* Reactiemechanismen<br /> <br /> === 18 aug 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.<br /> # Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren:<br /> #* cyclisch AMP<br /> #* Glucaarzuur<br /> <br /> === 25 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.<br /> # Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Moleculen:<br /> #* Nerylpyrofosfaat<br /> #* Cellobiose<br /> # Wat zijn epoxylijmen?<br /> <br /> === 25 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.<br /> # Bespreek de labosynthese van peptiden.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren:<br /> #* Trans-decaline<br /> #* Histamine<br /> <br /> === 24 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.<br /> # Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren: <br /> #* ADP<br /> #* Maltose<br /> <br /> === 21 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.<br /> # Bespreek de testreactie van ninhydrine.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de IUPAC-naam.<br /> # Teken de volgende structuren:<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Thymidine<br /> # Bespreek nylon 66.<br /> # Cyclisch suiker: <br /> #* Geef de naam.<br /> #* Welk is het zuurste proton ?<br /> #* Geef de configuratie (R/S).<br /> #* Fisher<br /> #* Welke zijn de niet chirale C's ?<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 20 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de additie van zuren op alkenen.<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Geef de structuur van:<br /> #* Geranylpyrofosfaat<br /> #* Ninhydrine<br /> # Bespreek de Beckmann omlegging.<br /> # Aspartaam gegeven:<br /> #* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?<br /> #* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.<br /> #* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.<br /> #* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 9 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water. <br /> # Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* Tosylchloride<br /> # Leg uit wat een kroonether is.<br /> # Structuur asparagine gegeven:<br /> #* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).<br /> #* R/S configuratie<br /> #* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?<br /> #* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 19 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.<br /> # Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC naam<br /> # Structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* Tosylchloride<br /> # Leg Nylon 66 uit.<br /> # Structuur Cysteïne gegeven:<br /> #* Fisher<br /> #* Newman<br /> #* R-S<br /> #* Enantiomeren...<br /> #* Welk molecule <br /> #* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?<br /> #* Welke is de mesovorm?<br /> # Twee reactiemechanismen<br /> <br /> === 18 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.<br /> # Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Regel van Zaitsev kort bespreken.<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren: <br /> #* Biotine<br /> #* Cellobiose<br /> # Suikers: <br /> #* Open-ketenstructuur<br /> #* R en S<br /> #* Chirale atomen.<br /> #* 1,3-diaxiale interactie<br /> # Reacties: <br /> #* Alkeen + HCl =&amp;gt; ... <br /> #* Oxidatie van een alcohol.<br /> <br /> <br /> === 18 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # De additie van zuren aan alkenen.<br /> # Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren: <br /> #* Acetylcholine <br /> #* cAMP<br /> # Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.<br /> # Een bepaald aminozuur:<br /> #* Fisher<br /> #* Newman<br /> #* pH-berekeningen<br /> # Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.<br /> #* Carbonylgroep met H2 en Pt<br /> #* 2 ketonen met OH-<br /> <br /> === 15 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Eliminatiereacties uitleggen.<br /> # Beta-oxidatie + claisencondensatie.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)<br /> # Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.<br /> # Biodiesel uitleggen<br /> # Structuren:<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Thymidine structuur geven<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 14 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.<br /> # Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren<br /> #* Oliezuur<br /> #* Adrenaline<br /> # Leg kort uit: kroonethers.<br /> # R-groep van lysine gegeven:<br /> #* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.<br /> #* Newman/fischer projecties.<br /> #* Naam van het aminozuur.<br /> #* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)<br /> # Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)<br /> #* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.<br /> #* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.<br /> <br /> === 28 aug 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.<br /> # Bespreek additie van zuren aan alkenen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.<br /> # Bespreek optische zuiverheid.<br /> # Gegeven: structuurformule threonine.<br /> #* Aantal stereo-isomeren<br /> #* De chirale C-en<br /> #* Fisher- en newman-projectie van elk.<br /> #* Duidt R/S aan.<br /> #* Naam van aminozuur.<br /> #* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?<br /> # Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).<br /> <br /> === 26 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.<br /> # Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Cystine en adipinezuur structuur geven.<br /> # Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.<br /> # Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.<br /> # Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.<br /> #* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.<br /> <br /> === 23 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.<br /> # Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren. <br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuurformule van oliezuur en adrenaline.<br /> # Bespreek cannizaro reacties.<br /> # Structuurformule van een suiker:<br /> #* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.<br /> #* R-S van de C2 bepalen<br /> #* Leidt de naam af.<br /> #* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.<br /> # Reactiemechanisme<br /> <br /> === 23 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).<br /> # Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren:<br /> #* Thymidine<br /> #* Dansylchloride<br /> # Verklaar kort het begrip &amp;quot;optische zuiverheid&amp;quot;.<br /> # Een hepteen is gegeven:<br /> #* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.<br /> #* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.<br /> #* Noteer ook R- en S-conformatie.<br /> # Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.<br /> <br /> === 21 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.<br /> # Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren:<br /> #* Sacharose <br /> #* SAM<br /> # Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.<br /> # Gegeven: structuurformule arginine <br /> #* Geef het aantal stereo-isomeren.<br /> #* Duidt de cirale C's aan.<br /> #* Fisher- en Newman-projectie van elk.<br /> #* Duid R/S aan.<br /> #* Geef de naam van het aminozuur.<br /> #* Duid aan welke N het meest basisch is.<br /> #* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?<br /> # Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH- <br /> <br /> === 20 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren.<br /> <br /> Schriftelijk<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren: <br /> #* Kaneelzuur<br /> #* Cellobiose<br /> # 3-broom-4-cloorhexaan:<br /> #* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.<br /> #* R,S-configuratie<br /> #* Diastereomeren/enantiomeren?<br /> # Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.<br /> <br /> === 13 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft. <br /> # Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden. <br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren<br /> #* Stearinezuur<br /> #* Pyridine<br /> # Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).<br /> # 2,3,4-hydroxybutanal:<br /> #* Hoeveel stereoisomeren ?<br /> #* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.<br /> #* Geef R,S conformatie. <br /> #* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.<br /> # Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--&amp;gt; reactieproduct) van:<br /> #* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-Organische_Chemie&diff=469 Bio-Organische Chemie 2017-06-15T12:56:34Z <p>Siene.swinnen: /* 15 juni 2017 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.<br /> Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.<br /> Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===15 juni 2017 (voormiddag)===<br /> Mondeling<br /> #halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev<br /> #vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)<br /> #Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden?<br /> OH- is niet stabiel<br /> #2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol?<br /> -protoneren<br /> -fosfaatgroep toevoegen<br /> #Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen<br /> -acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol<br /> <br /> Schriftelijk<br /> #oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties<br /> #oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsacylering, nucleofiele acylsubstietutie)<br /> #oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)<br /> <br /> ===9 juni 2016===<br /> #beckman omlegging<br /> #edman degradatie<br /> #biosynthese geraniol en limoleen<br /> #structuren = S.A.M &amp; biotione<br /> #naamgeving + 2 mechanismes<br /> #oefening ivm stereochemie<br /> <br /> ===8 juni 2016===<br /> #synthese vn peptiden<br /> #hydrolyse, omestering en reductie van esters<br /> #cannizaro reactie<br /> #structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat<br /> #Trans decaline<br /> #oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)<br /> #reactiemechanismen en naamgeving<br /> <br /> ===6 juni 2016===<br /> #Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse<br /> #reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken<br /> #-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers<br /> #structuur van acetyl-choline en palitine<br /> #pH van aminozuren bij een titratie<br /> #reactimechanisme<br /> <br /> === 15 juni 2015 ===<br /> # Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren<br /> # Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:<br /> #* Alkeen<br /> #* Alcohol<br /> #* Aromaat<br /> # acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen. <br /> #Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover. <br /> #En dan twee reacties natuurlijk<br /> <br /> ===12 juni 2015 ( namiddag ) ===<br /> <br /> mondeling:<br /> # Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.<br /> # Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.<br /> Schriftelijk:<br /> # Naamgeving ( c-AMP en mannose)<br /> # Leg uit si en re<br /> # Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)<br /> <br /> ===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===<br /> <br /> mondeling:<br /> #Aminen en halogeenalkanen <br /> #Aminen en salpeterigzuur<br /> #Laboratorium peptidesynthese<br /> <br /> schriftelijk:<br /> #structuren<br /> #*Limoneen<br /> #*Sorbitol<br /> #stereochemie+ reactiemechanisme<br /> #*aldolcondensatie<br /> #leg uit:<br /> #*reducerende en niet-reducerende suikers<br /> <br /> ===11 juni 2015===<br /> <br /> mondeling:<br /> #Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.<br /> #Leg uit:<br /> #* Fisher-verestering<br /> #* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen. <br /> schriftelijk:<br /> #IUPAC <br /> #structuren<br /> #*citroenzuur<br /> #*ninhydrine<br /> #structuur observeren<br /> #* chirale C-atomen aanduiden<br /> #* OG van aangeduid atoom geven<br /> #* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.<br /> #* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.<br /> #* één stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.<br /> #* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )<br /> #wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.<br /> #2 structuren gegeven. <br /> #*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie. <br /> #*Geef van één van de 2 tructuren het reactiemechanisme.<br /> <br /> ===16 juni 2014===<br /> #Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)<br /> #Iupac<br /> #Bespreek reducerende suikers<br /> #Peridoxalfosfaat en acetylcholine<br /> #Stereochemie<br /> #Reactiemechanismen<br /> <br /> ===20 augustus 2013===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?<br /> # Leg de biosynthese van vetzuren uit.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC<br /> # Structuren: tBOC en ninhydrine<br /> # Fosforylerings-potentiaal<br /> # Random oefening<br /> # Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur<br /> <br /> ===25 juni 2013 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.<br /> # Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC.<br /> # Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.<br /> # Leg optische zuiverheid uit.<br /> # Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.<br /> # Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.<br /> <br /> ===25 juni 2013 (voormiddag)===<br /> #decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur<br /> # amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur<br /> # iupac<br /> # structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat<br /> # dean-stark<br /> # molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?<br /> # reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI<br /> <br /> ===17 juni 2013 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen<br /> # Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Leg biodiesel uit<br /> # Geef de structuur van limoneen en citroenzuur<br /> # IUPAC-naamgeving<br /> # Molecule gegeven: <br /> #* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur<br /> #* Newman projectie geven van bepaalde as<br /> #* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)<br /> #* Teken een stereomeer die geen epimeer is<br /> # Reacties waarvan 1 uitwerken:<br /> #* Sn1 van een alkaan met een broom erin<br /> #* Claisen condensatie van een ester<br /> <br /> ===17 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.<br /> #bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #bespreek: reducerend/niet reducerend suiker<br /> #molecules tekenen: biotine en SAM<br /> #iupac naam<br /> #chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman<br /> #oefening met ph berekening met titratie<br /> #uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ<br /> #2 ractiemechanismen geven, één ervan uitschrijven<br /> <br /> ===14 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose<br /> # Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # fosforyleringspotentaal<br /> # 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).<br /> # structuur gegeven: <br /> #* geef alle chirale C-atomen <br /> #* Stereo isomeren <br /> #* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren <br /> #* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn <br /> #* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt <br /> #* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is<br /> # er is nog eentje maar die weet ik niet meer.<br /> <br /> === 13 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling: <br /> #synthese van peptiden in het labo<br /> #de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters<br /> <br /> schriftelijk: <br /> #iupac naam<br /> #structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur<br /> #leg de Beckman omlegging uit<br /> #suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose<br /> #* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen<br /> #*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as<br /> #*bepaal het oxidatiegetal van C2<br /> #*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose<br /> #*teken het anomeer van L alpha xylulopentose<br /> #*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces<br /> #dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)<br /> <br /> <br /> === 13 juni 2013 ===<br /> Mondeling:<br /> #bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren<br /> #beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #Bespreek de regel van Huckel<br /> <br /> <br /> ===15 juni 2012 (voormiddag)===<br /> Mondeling: <br /> # Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)<br /> # Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse<br /> <br /> Schriftelijk: <br /> # IUPAC naam geven<br /> # structuren van acetylcholine en citroenzuur<br /> # uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn<br /> # oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.<br /> # reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie<br /> <br /> ===14 juni 2012 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol<br /> # Bespreek ninhydrine reactie<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # ne iupac<br /> # Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen<br /> # Bespreek optische zuiverheid<br /> # oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)<br /> # 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )<br /> <br /> ===30 juni 2011===<br /> Mondeling:<br /> #Labosynthese van peptiden<br /> #Eliminatiereacties bij halogeenalkanen<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPD-naam<br /> #structuren:<br /> #*Nylon-66<br /> #*Palmitinezuur<br /> #Leg uit: Dean Stark opstelling<br /> #stereochemie<br /> #reactiemechanismen<br /> ===24 Juni 2011 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #Ninhydrinereactie<br /> #bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #Structuren:<br /> #*c-AMP<br /> #*Sorbitol<br /> #Leg uit: Cannizzaro-reactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===24 Juni 2011 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie<br /> #reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #structuren:<br /> #*ATP<br /> #*citroenzuur<br /> #Leg uit: Diazokoppelingsreactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===16 Juni 2011===<br /> Mondeling:<br /> #Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.<br /> #Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #structuren:<br /> #*limoneen<br /> #*D-mannose<br /> #leg uit: Kolbe-Schmitt reactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===23 augustus 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Ninhydrinereactie<br /> # Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* SAM<br /> # leg uit: Biodiesel<br /> # stereochemie<br /> # twee reactiemechanismen:<br /> #* keton met alcohol<br /> #* amide in water (zuurgekatalyseerd)<br /> ===18 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.<br /> # Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.<br /> <br /> schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #* (delta2)isopentenylpyrofosfaat<br /> #* cellobiose<br /> # leg uit: epoxyharsen en -lijmen<br /> # stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3<br /> #* duid chirale koolstoffen aan<br /> #* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze<br /> #* benoem (R,S)<br /> #* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?<br /> #* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen<br /> #* welk is het meest basisch en zeg waarom...<br /> # twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven<br /> ===14 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)<br /> # Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus<br /> <br /> schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Biotine<br /> # leg uit: reactie van Chichibabin<br /> # stereochemie<br /> #* duid chirale koolstoffen aan<br /> #* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze<br /> #* benoem (R,S)<br /> #* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?<br /> #* is er een mesovorm?<br /> #* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom<br /> # twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven<br /> <br /> ===11 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Wat geven alkenen met <br /> #* Anorganische zuren; <br /> #* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #*SAM (S-adenosylmethionine)<br /> #*PET<br /> # Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)<br /> # Stereo-chemie:<br /> #* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)<br /> #* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as<br /> #* wat is de oxidatietrap van C6?<br /> #* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose<br /> # 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)<br /> #* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud<br /> #* Friedel-Crafts-acylering<br /> -<br /> ===22 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.<br /> # Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* dansylchloride<br /> #* cellobiose<br /> # Leg uit: De Beckmann-omlegging<br /> # Je krijgt een molecule gegeven <br /> #* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een &amp;quot;*&amp;quot; en zeg of ze een R of S-configuratie hebben<br /> #* Teken het enantiomeer en 2 epimeren<br /> #* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak<br /> #* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)<br /> # Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + één mechanisme helemaal uitschrijven)<br /> #* tertair alcohol + zuurchloride<br /> #* alkeen + zuur<br /> <br /> <br /> ===19 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen<br /> # bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* maltose<br /> #* fosfoënolpyruvaat<br /> # Leg uit: epoxyharsen en -lijmen<br /> # gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH<br /> #* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit<br /> #* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.<br /> #* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4<br /> #*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt<br /> #*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt<br /> #*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4<br /> # reactiemechanismen<br /> <br /> === 15 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus<br /> # Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* Biotine<br /> #* (delta)³ - isopentenylpyrofosfaat<br /> # Leg uit: de reactie van chichibabin<br /> # Cyclische L-suiker gegeven:<br /> #* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)<br /> #* Bepaal van C² of het R of S - configuratie heeft<br /> #* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan<br /> #* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?<br /> <br /> === 8 juni 2008===<br /> # Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.<br /> # Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.<br /> # Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.<br /> # Leg uit: optische zuiverheid.<br /> # Oefeningen:<br /> #* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc. <br /> #* Reactiemechanismen<br /> <br /> === 18 aug 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.<br /> # Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren:<br /> #* cyclisch AMP<br /> #* Glucaarzuur<br /> <br /> === 25 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.<br /> # Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Moleculen:<br /> #* Nerylpyrofosfaat<br /> #* Cellobiose<br /> # Wat zijn epoxylijmen?<br /> <br /> === 25 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.<br /> # Bespreek de labosynthese van peptiden.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren:<br /> #* Trans-decaline<br /> #* Histamine<br /> <br /> === 24 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.<br /> # Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren: <br /> #* ADP<br /> #* Maltose<br /> <br /> === 21 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.<br /> # Bespreek de testreactie van ninhydrine.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de IUPAC-naam.<br /> # Teken de volgende structuren:<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Thymidine<br /> # Bespreek nylon 66.<br /> # Cyclisch suiker: <br /> #* Geef de naam.<br /> #* Welk is het zuurste proton ?<br /> #* Geef de configuratie (R/S).<br /> #* Fisher<br /> #* Welke zijn de niet chirale C's ?<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 20 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de additie van zuren op alkenen.<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Geef de structuur van:<br /> #* Geranylpyrofosfaat<br /> #* Ninhydrine<br /> # Bespreek de Beckmann omlegging.<br /> # Aspartaam gegeven:<br /> #* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?<br /> #* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.<br /> #* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.<br /> #* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 9 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water. <br /> # Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* Tosylchloride<br /> # Leg uit wat een kroonether is.<br /> # Structuur asparagine gegeven:<br /> #* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).<br /> #* R/S configuratie<br /> #* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?<br /> #* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 19 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.<br /> # Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC naam<br /> # Structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* Tosylchloride<br /> # Leg Nylon 66 uit.<br /> # Structuur Cysteïne gegeven:<br /> #* Fisher<br /> #* Newman<br /> #* R-S<br /> #* Enantiomeren...<br /> #* Welk molecule <br /> #* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?<br /> #* Welke is de mesovorm?<br /> # Twee reactiemechanismen<br /> <br /> === 18 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.<br /> # Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Regel van Zaitsev kort bespreken.<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren: <br /> #* Biotine<br /> #* Cellobiose<br /> # Suikers: <br /> #* Open-ketenstructuur<br /> #* R en S<br /> #* Chirale atomen.<br /> #* 1,3-diaxiale interactie<br /> # Reacties: <br /> #* Alkeen + HCl =&amp;gt; ... <br /> #* Oxidatie van een alcohol.<br /> <br /> <br /> === 18 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # De additie van zuren aan alkenen.<br /> # Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren: <br /> #* Acetylcholine <br /> #* cAMP<br /> # Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.<br /> # Een bepaald aminozuur:<br /> #* Fisher<br /> #* Newman<br /> #* pH-berekeningen<br /> # Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.<br /> #* Carbonylgroep met H2 en Pt<br /> #* 2 ketonen met OH-<br /> <br /> === 15 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Eliminatiereacties uitleggen.<br /> # Beta-oxidatie + claisencondensatie.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)<br /> # Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.<br /> # Biodiesel uitleggen<br /> # Structuren:<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Thymidine structuur geven<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 14 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.<br /> # Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren<br /> #* Oliezuur<br /> #* Adrenaline<br /> # Leg kort uit: kroonethers.<br /> # R-groep van lysine gegeven:<br /> #* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.<br /> #* Newman/fischer projecties.<br /> #* Naam van het aminozuur.<br /> #* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)<br /> # Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)<br /> #* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.<br /> #* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.<br /> <br /> === 28 aug 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.<br /> # Bespreek additie van zuren aan alkenen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.<br /> # Bespreek optische zuiverheid.<br /> # Gegeven: structuurformule threonine.<br /> #* Aantal stereo-isomeren<br /> #* De chirale C-en<br /> #* Fisher- en newman-projectie van elk.<br /> #* Duidt R/S aan.<br /> #* Naam van aminozuur.<br /> #* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?<br /> # Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).<br /> <br /> === 26 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.<br /> # Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Cystine en adipinezuur structuur geven.<br /> # Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.<br /> # Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.<br /> # Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.<br /> #* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.<br /> <br /> === 23 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.<br /> # Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren. <br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuurformule van oliezuur en adrenaline.<br /> # Bespreek cannizaro reacties.<br /> # Structuurformule van een suiker:<br /> #* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.<br /> #* R-S van de C2 bepalen<br /> #* Leidt de naam af.<br /> #* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.<br /> # Reactiemechanisme<br /> <br /> === 23 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).<br /> # Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren:<br /> #* Thymidine<br /> #* Dansylchloride<br /> # Verklaar kort het begrip &amp;quot;optische zuiverheid&amp;quot;.<br /> # Een hepteen is gegeven:<br /> #* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.<br /> #* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.<br /> #* Noteer ook R- en S-conformatie.<br /> # Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.<br /> <br /> === 21 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.<br /> # Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren:<br /> #* Sacharose <br /> #* SAM<br /> # Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.<br /> # Gegeven: structuurformule arginine <br /> #* Geef het aantal stereo-isomeren.<br /> #* Duidt de cirale C's aan.<br /> #* Fisher- en Newman-projectie van elk.<br /> #* Duid R/S aan.<br /> #* Geef de naam van het aminozuur.<br /> #* Duid aan welke N het meest basisch is.<br /> #* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?<br /> # Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH- <br /> <br /> === 20 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren.<br /> <br /> Schriftelijk<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren: <br /> #* Kaneelzuur<br /> #* Cellobiose<br /> # 3-broom-4-cloorhexaan:<br /> #* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.<br /> #* R,S-configuratie<br /> #* Diastereomeren/enantiomeren?<br /> # Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.<br /> <br /> === 13 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft. <br /> # Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden. <br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren<br /> #* Stearinezuur<br /> #* Pyridine<br /> # Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).<br /> # 2,3,4-hydroxybutanal:<br /> #* Hoeveel stereoisomeren ?<br /> #* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.<br /> #* Geef R,S conformatie. <br /> #* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.<br /> # Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--&amp;gt; reactieproduct) van:<br /> #* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-Organische_Chemie&diff=468 Bio-Organische Chemie 2017-06-15T12:53:24Z <p>Siene.swinnen: /* 15 juni 2017 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.<br /> Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.<br /> Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===15 juni 2017===<br /> Mondeling<br /> #halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev<br /> #vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)<br /> #Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden?<br /> OH- is niet stabiel<br /> #2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol?<br /> -protoneren<br /> -fosfaatgroep toevoegen<br /> #Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen<br /> -acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol<br /> <br /> Schriftelijk<br /> #oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties<br /> #oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsacylering, nucleofiele acylsubstietutie)<br /> #oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)<br /> <br /> ===9 juni 2016===<br /> #beckman omlegging<br /> #edman degradatie<br /> #biosynthese geraniol en limoleen<br /> #structuren = S.A.M &amp; biotione<br /> #naamgeving + 2 mechanismes<br /> #oefening ivm stereochemie<br /> <br /> ===8 juni 2016===<br /> #synthese vn peptiden<br /> #hydrolyse, omestering en reductie van esters<br /> #cannizaro reactie<br /> #structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat<br /> #Trans decaline<br /> #oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)<br /> #reactiemechanismen en naamgeving<br /> <br /> ===6 juni 2016===<br /> #Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse<br /> #reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken<br /> #-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers<br /> #structuur van acetyl-choline en palitine<br /> #pH van aminozuren bij een titratie<br /> #reactimechanisme<br /> <br /> === 15 juni 2015 ===<br /> # Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren<br /> # Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:<br /> #* Alkeen<br /> #* Alcohol<br /> #* Aromaat<br /> # acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen. <br /> #Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover. <br /> #En dan twee reacties natuurlijk<br /> <br /> ===12 juni 2015 ( namiddag ) ===<br /> <br /> mondeling:<br /> # Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.<br /> # Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.<br /> Schriftelijk:<br /> # Naamgeving ( c-AMP en mannose)<br /> # Leg uit si en re<br /> # Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)<br /> <br /> ===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===<br /> <br /> mondeling:<br /> #Aminen en halogeenalkanen <br /> #Aminen en salpeterigzuur<br /> #Laboratorium peptidesynthese<br /> <br /> schriftelijk:<br /> #structuren<br /> #*Limoneen<br /> #*Sorbitol<br /> #stereochemie+ reactiemechanisme<br /> #*aldolcondensatie<br /> #leg uit:<br /> #*reducerende en niet-reducerende suikers<br /> <br /> ===11 juni 2015===<br /> <br /> mondeling:<br /> #Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.<br /> #Leg uit:<br /> #* Fisher-verestering<br /> #* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen. <br /> schriftelijk:<br /> #IUPAC <br /> #structuren<br /> #*citroenzuur<br /> #*ninhydrine<br /> #structuur observeren<br /> #* chirale C-atomen aanduiden<br /> #* OG van aangeduid atoom geven<br /> #* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.<br /> #* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.<br /> #* één stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.<br /> #* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )<br /> #wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.<br /> #2 structuren gegeven. <br /> #*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie. <br /> #*Geef van één van de 2 tructuren het reactiemechanisme.<br /> <br /> ===16 juni 2014===<br /> #Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)<br /> #Iupac<br /> #Bespreek reducerende suikers<br /> #Peridoxalfosfaat en acetylcholine<br /> #Stereochemie<br /> #Reactiemechanismen<br /> <br /> ===20 augustus 2013===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?<br /> # Leg de biosynthese van vetzuren uit.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC<br /> # Structuren: tBOC en ninhydrine<br /> # Fosforylerings-potentiaal<br /> # Random oefening<br /> # Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur<br /> <br /> ===25 juni 2013 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.<br /> # Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC.<br /> # Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.<br /> # Leg optische zuiverheid uit.<br /> # Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.<br /> # Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.<br /> <br /> ===25 juni 2013 (voormiddag)===<br /> #decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur<br /> # amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur<br /> # iupac<br /> # structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat<br /> # dean-stark<br /> # molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?<br /> # reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI<br /> <br /> ===17 juni 2013 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen<br /> # Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Leg biodiesel uit<br /> # Geef de structuur van limoneen en citroenzuur<br /> # IUPAC-naamgeving<br /> # Molecule gegeven: <br /> #* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur<br /> #* Newman projectie geven van bepaalde as<br /> #* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)<br /> #* Teken een stereomeer die geen epimeer is<br /> # Reacties waarvan 1 uitwerken:<br /> #* Sn1 van een alkaan met een broom erin<br /> #* Claisen condensatie van een ester<br /> <br /> ===17 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.<br /> #bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #bespreek: reducerend/niet reducerend suiker<br /> #molecules tekenen: biotine en SAM<br /> #iupac naam<br /> #chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman<br /> #oefening met ph berekening met titratie<br /> #uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ<br /> #2 ractiemechanismen geven, één ervan uitschrijven<br /> <br /> ===14 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose<br /> # Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # fosforyleringspotentaal<br /> # 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).<br /> # structuur gegeven: <br /> #* geef alle chirale C-atomen <br /> #* Stereo isomeren <br /> #* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren <br /> #* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn <br /> #* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt <br /> #* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is<br /> # er is nog eentje maar die weet ik niet meer.<br /> <br /> === 13 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling: <br /> #synthese van peptiden in het labo<br /> #de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters<br /> <br /> schriftelijk: <br /> #iupac naam<br /> #structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur<br /> #leg de Beckman omlegging uit<br /> #suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose<br /> #* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen<br /> #*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as<br /> #*bepaal het oxidatiegetal van C2<br /> #*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose<br /> #*teken het anomeer van L alpha xylulopentose<br /> #*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces<br /> #dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)<br /> <br /> <br /> === 13 juni 2013 ===<br /> Mondeling:<br /> #bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren<br /> #beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #Bespreek de regel van Huckel<br /> <br /> <br /> ===15 juni 2012 (voormiddag)===<br /> Mondeling: <br /> # Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)<br /> # Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse<br /> <br /> Schriftelijk: <br /> # IUPAC naam geven<br /> # structuren van acetylcholine en citroenzuur<br /> # uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn<br /> # oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.<br /> # reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie<br /> <br /> ===14 juni 2012 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol<br /> # Bespreek ninhydrine reactie<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # ne iupac<br /> # Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen<br /> # Bespreek optische zuiverheid<br /> # oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)<br /> # 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )<br /> <br /> ===30 juni 2011===<br /> Mondeling:<br /> #Labosynthese van peptiden<br /> #Eliminatiereacties bij halogeenalkanen<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPD-naam<br /> #structuren:<br /> #*Nylon-66<br /> #*Palmitinezuur<br /> #Leg uit: Dean Stark opstelling<br /> #stereochemie<br /> #reactiemechanismen<br /> ===24 Juni 2011 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #Ninhydrinereactie<br /> #bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #Structuren:<br /> #*c-AMP<br /> #*Sorbitol<br /> #Leg uit: Cannizzaro-reactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===24 Juni 2011 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie<br /> #reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #structuren:<br /> #*ATP<br /> #*citroenzuur<br /> #Leg uit: Diazokoppelingsreactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===16 Juni 2011===<br /> Mondeling:<br /> #Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.<br /> #Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #structuren:<br /> #*limoneen<br /> #*D-mannose<br /> #leg uit: Kolbe-Schmitt reactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===23 augustus 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Ninhydrinereactie<br /> # Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* SAM<br /> # leg uit: Biodiesel<br /> # stereochemie<br /> # twee reactiemechanismen:<br /> #* keton met alcohol<br /> #* amide in water (zuurgekatalyseerd)<br /> ===18 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.<br /> # Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.<br /> <br /> schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #* (delta2)isopentenylpyrofosfaat<br /> #* cellobiose<br /> # leg uit: epoxyharsen en -lijmen<br /> # stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3<br /> #* duid chirale koolstoffen aan<br /> #* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze<br /> #* benoem (R,S)<br /> #* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?<br /> #* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen<br /> #* welk is het meest basisch en zeg waarom...<br /> # twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven<br /> ===14 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)<br /> # Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus<br /> <br /> schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Biotine<br /> # leg uit: reactie van Chichibabin<br /> # stereochemie<br /> #* duid chirale koolstoffen aan<br /> #* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze<br /> #* benoem (R,S)<br /> #* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?<br /> #* is er een mesovorm?<br /> #* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom<br /> # twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven<br /> <br /> ===11 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Wat geven alkenen met <br /> #* Anorganische zuren; <br /> #* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #*SAM (S-adenosylmethionine)<br /> #*PET<br /> # Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)<br /> # Stereo-chemie:<br /> #* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)<br /> #* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as<br /> #* wat is de oxidatietrap van C6?<br /> #* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose<br /> # 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)<br /> #* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud<br /> #* Friedel-Crafts-acylering<br /> -<br /> ===22 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.<br /> # Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* dansylchloride<br /> #* cellobiose<br /> # Leg uit: De Beckmann-omlegging<br /> # Je krijgt een molecule gegeven <br /> #* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een &amp;quot;*&amp;quot; en zeg of ze een R of S-configuratie hebben<br /> #* Teken het enantiomeer en 2 epimeren<br /> #* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak<br /> #* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)<br /> # Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + één mechanisme helemaal uitschrijven)<br /> #* tertair alcohol + zuurchloride<br /> #* alkeen + zuur<br /> <br /> <br /> ===19 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen<br /> # bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* maltose<br /> #* fosfoënolpyruvaat<br /> # Leg uit: epoxyharsen en -lijmen<br /> # gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH<br /> #* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit<br /> #* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.<br /> #* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4<br /> #*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt<br /> #*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt<br /> #*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4<br /> # reactiemechanismen<br /> <br /> === 15 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus<br /> # Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* Biotine<br /> #* (delta)³ - isopentenylpyrofosfaat<br /> # Leg uit: de reactie van chichibabin<br /> # Cyclische L-suiker gegeven:<br /> #* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)<br /> #* Bepaal van C² of het R of S - configuratie heeft<br /> #* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan<br /> #* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?<br /> <br /> === 8 juni 2008===<br /> # Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.<br /> # Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.<br /> # Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.<br /> # Leg uit: optische zuiverheid.<br /> # Oefeningen:<br /> #* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc. <br /> #* Reactiemechanismen<br /> <br /> === 18 aug 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.<br /> # Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren:<br /> #* cyclisch AMP<br /> #* Glucaarzuur<br /> <br /> === 25 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.<br /> # Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Moleculen:<br /> #* Nerylpyrofosfaat<br /> #* Cellobiose<br /> # Wat zijn epoxylijmen?<br /> <br /> === 25 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.<br /> # Bespreek de labosynthese van peptiden.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren:<br /> #* Trans-decaline<br /> #* Histamine<br /> <br /> === 24 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.<br /> # Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren: <br /> #* ADP<br /> #* Maltose<br /> <br /> === 21 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.<br /> # Bespreek de testreactie van ninhydrine.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de IUPAC-naam.<br /> # Teken de volgende structuren:<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Thymidine<br /> # Bespreek nylon 66.<br /> # Cyclisch suiker: <br /> #* Geef de naam.<br /> #* Welk is het zuurste proton ?<br /> #* Geef de configuratie (R/S).<br /> #* Fisher<br /> #* Welke zijn de niet chirale C's ?<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 20 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de additie van zuren op alkenen.<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Geef de structuur van:<br /> #* Geranylpyrofosfaat<br /> #* Ninhydrine<br /> # Bespreek de Beckmann omlegging.<br /> # Aspartaam gegeven:<br /> #* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?<br /> #* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.<br /> #* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.<br /> #* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 9 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water. <br /> # Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* Tosylchloride<br /> # Leg uit wat een kroonether is.<br /> # Structuur asparagine gegeven:<br /> #* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).<br /> #* R/S configuratie<br /> #* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?<br /> #* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 19 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.<br /> # Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC naam<br /> # Structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* Tosylchloride<br /> # Leg Nylon 66 uit.<br /> # Structuur Cysteïne gegeven:<br /> #* Fisher<br /> #* Newman<br /> #* R-S<br /> #* Enantiomeren...<br /> #* Welk molecule <br /> #* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?<br /> #* Welke is de mesovorm?<br /> # Twee reactiemechanismen<br /> <br /> === 18 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.<br /> # Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Regel van Zaitsev kort bespreken.<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren: <br /> #* Biotine<br /> #* Cellobiose<br /> # Suikers: <br /> #* Open-ketenstructuur<br /> #* R en S<br /> #* Chirale atomen.<br /> #* 1,3-diaxiale interactie<br /> # Reacties: <br /> #* Alkeen + HCl =&amp;gt; ... <br /> #* Oxidatie van een alcohol.<br /> <br /> <br /> === 18 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # De additie van zuren aan alkenen.<br /> # Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren: <br /> #* Acetylcholine <br /> #* cAMP<br /> # Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.<br /> # Een bepaald aminozuur:<br /> #* Fisher<br /> #* Newman<br /> #* pH-berekeningen<br /> # Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.<br /> #* Carbonylgroep met H2 en Pt<br /> #* 2 ketonen met OH-<br /> <br /> === 15 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Eliminatiereacties uitleggen.<br /> # Beta-oxidatie + claisencondensatie.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)<br /> # Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.<br /> # Biodiesel uitleggen<br /> # Structuren:<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Thymidine structuur geven<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 14 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.<br /> # Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren<br /> #* Oliezuur<br /> #* Adrenaline<br /> # Leg kort uit: kroonethers.<br /> # R-groep van lysine gegeven:<br /> #* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.<br /> #* Newman/fischer projecties.<br /> #* Naam van het aminozuur.<br /> #* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)<br /> # Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)<br /> #* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.<br /> #* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.<br /> <br /> === 28 aug 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.<br /> # Bespreek additie van zuren aan alkenen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.<br /> # Bespreek optische zuiverheid.<br /> # Gegeven: structuurformule threonine.<br /> #* Aantal stereo-isomeren<br /> #* De chirale C-en<br /> #* Fisher- en newman-projectie van elk.<br /> #* Duidt R/S aan.<br /> #* Naam van aminozuur.<br /> #* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?<br /> # Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).<br /> <br /> === 26 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.<br /> # Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Cystine en adipinezuur structuur geven.<br /> # Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.<br /> # Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.<br /> # Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.<br /> #* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.<br /> <br /> === 23 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.<br /> # Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren. <br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuurformule van oliezuur en adrenaline.<br /> # Bespreek cannizaro reacties.<br /> # Structuurformule van een suiker:<br /> #* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.<br /> #* R-S van de C2 bepalen<br /> #* Leidt de naam af.<br /> #* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.<br /> # Reactiemechanisme<br /> <br /> === 23 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).<br /> # Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren:<br /> #* Thymidine<br /> #* Dansylchloride<br /> # Verklaar kort het begrip &amp;quot;optische zuiverheid&amp;quot;.<br /> # Een hepteen is gegeven:<br /> #* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.<br /> #* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.<br /> #* Noteer ook R- en S-conformatie.<br /> # Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.<br /> <br /> === 21 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.<br /> # Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren:<br /> #* Sacharose <br /> #* SAM<br /> # Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.<br /> # Gegeven: structuurformule arginine <br /> #* Geef het aantal stereo-isomeren.<br /> #* Duidt de cirale C's aan.<br /> #* Fisher- en Newman-projectie van elk.<br /> #* Duid R/S aan.<br /> #* Geef de naam van het aminozuur.<br /> #* Duid aan welke N het meest basisch is.<br /> #* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?<br /> # Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH- <br /> <br /> === 20 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren.<br /> <br /> Schriftelijk<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren: <br /> #* Kaneelzuur<br /> #* Cellobiose<br /> # 3-broom-4-cloorhexaan:<br /> #* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.<br /> #* R,S-configuratie<br /> #* Diastereomeren/enantiomeren?<br /> # Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.<br /> <br /> === 13 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft. <br /> # Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden. <br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren<br /> #* Stearinezuur<br /> #* Pyridine<br /> # Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).<br /> # 2,3,4-hydroxybutanal:<br /> #* Hoeveel stereoisomeren ?<br /> #* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.<br /> #* Geef R,S conformatie. <br /> #* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.<br /> # Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--&amp;gt; reactieproduct) van:<br /> #* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-Organische_Chemie&diff=467 Bio-Organische Chemie 2017-06-15T12:50:02Z <p>Siene.swinnen: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.<br /> Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.<br /> Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===15 juni 2017===<br /> Mondeling<br /> #halogeen alkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev<br /> #vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)<br /> #Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden?<br /> OH- is niet stabiel<br /> #2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol?<br /> -protoneren<br /> -fosfaatgroep toevoegen<br /> #Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen<br /> -acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol<br /> <br /> Schriftelijk<br /> oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties<br /> oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsacylering, nucleofiele acylsubstietutie)<br /> oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)<br /> <br /> ===9 juni 2016===<br /> #beckman omlegging<br /> #edman degradatie<br /> #biosynthese geraniol en limoleen<br /> #structuren = S.A.M &amp; biotione<br /> #naamgeving + 2 mechanismes<br /> #oefening ivm stereochemie<br /> <br /> ===8 juni 2016===<br /> #synthese vn peptiden<br /> #hydrolyse, omestering en reductie van esters<br /> #cannizaro reactie<br /> #structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat<br /> #Trans decaline<br /> #oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)<br /> #reactiemechanismen en naamgeving<br /> <br /> ===6 juni 2016===<br /> #Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse<br /> #reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken<br /> #-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers<br /> #structuur van acetyl-choline en palitine<br /> #pH van aminozuren bij een titratie<br /> #reactimechanisme<br /> <br /> === 15 juni 2015 ===<br /> # Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren<br /> # Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:<br /> #* Alkeen<br /> #* Alcohol<br /> #* Aromaat<br /> # acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen. <br /> #Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover. <br /> #En dan twee reacties natuurlijk<br /> <br /> ===12 juni 2015 ( namiddag ) ===<br /> <br /> mondeling:<br /> # Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.<br /> # Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.<br /> Schriftelijk:<br /> # Naamgeving ( c-AMP en mannose)<br /> # Leg uit si en re<br /> # Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)<br /> <br /> ===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===<br /> <br /> mondeling:<br /> #Aminen en halogeenalkanen <br /> #Aminen en salpeterigzuur<br /> #Laboratorium peptidesynthese<br /> <br /> schriftelijk:<br /> #structuren<br /> #*Limoneen<br /> #*Sorbitol<br /> #stereochemie+ reactiemechanisme<br /> #*aldolcondensatie<br /> #leg uit:<br /> #*reducerende en niet-reducerende suikers<br /> <br /> ===11 juni 2015===<br /> <br /> mondeling:<br /> #Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.<br /> #Leg uit:<br /> #* Fisher-verestering<br /> #* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen. <br /> schriftelijk:<br /> #IUPAC <br /> #structuren<br /> #*citroenzuur<br /> #*ninhydrine<br /> #structuur observeren<br /> #* chirale C-atomen aanduiden<br /> #* OG van aangeduid atoom geven<br /> #* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.<br /> #* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.<br /> #* één stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.<br /> #* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )<br /> #wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.<br /> #2 structuren gegeven. <br /> #*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie. <br /> #*Geef van één van de 2 tructuren het reactiemechanisme.<br /> <br /> ===16 juni 2014===<br /> #Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)<br /> #Iupac<br /> #Bespreek reducerende suikers<br /> #Peridoxalfosfaat en acetylcholine<br /> #Stereochemie<br /> #Reactiemechanismen<br /> <br /> ===20 augustus 2013===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?<br /> # Leg de biosynthese van vetzuren uit.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC<br /> # Structuren: tBOC en ninhydrine<br /> # Fosforylerings-potentiaal<br /> # Random oefening<br /> # Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur<br /> <br /> ===25 juni 2013 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.<br /> # Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC.<br /> # Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.<br /> # Leg optische zuiverheid uit.<br /> # Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.<br /> # Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.<br /> <br /> ===25 juni 2013 (voormiddag)===<br /> #decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur<br /> # amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur<br /> # iupac<br /> # structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat<br /> # dean-stark<br /> # molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?<br /> # reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI<br /> <br /> ===17 juni 2013 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen<br /> # Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Leg biodiesel uit<br /> # Geef de structuur van limoneen en citroenzuur<br /> # IUPAC-naamgeving<br /> # Molecule gegeven: <br /> #* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur<br /> #* Newman projectie geven van bepaalde as<br /> #* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)<br /> #* Teken een stereomeer die geen epimeer is<br /> # Reacties waarvan 1 uitwerken:<br /> #* Sn1 van een alkaan met een broom erin<br /> #* Claisen condensatie van een ester<br /> <br /> ===17 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.<br /> #bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #bespreek: reducerend/niet reducerend suiker<br /> #molecules tekenen: biotine en SAM<br /> #iupac naam<br /> #chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman<br /> #oefening met ph berekening met titratie<br /> #uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ<br /> #2 ractiemechanismen geven, één ervan uitschrijven<br /> <br /> ===14 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose<br /> # Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # fosforyleringspotentaal<br /> # 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).<br /> # structuur gegeven: <br /> #* geef alle chirale C-atomen <br /> #* Stereo isomeren <br /> #* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren <br /> #* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn <br /> #* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt <br /> #* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is<br /> # er is nog eentje maar die weet ik niet meer.<br /> <br /> === 13 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling: <br /> #synthese van peptiden in het labo<br /> #de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters<br /> <br /> schriftelijk: <br /> #iupac naam<br /> #structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur<br /> #leg de Beckman omlegging uit<br /> #suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose<br /> #* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen<br /> #*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as<br /> #*bepaal het oxidatiegetal van C2<br /> #*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose<br /> #*teken het anomeer van L alpha xylulopentose<br /> #*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces<br /> #dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)<br /> <br /> <br /> === 13 juni 2013 ===<br /> Mondeling:<br /> #bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren<br /> #beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #Bespreek de regel van Huckel<br /> <br /> <br /> ===15 juni 2012 (voormiddag)===<br /> Mondeling: <br /> # Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)<br /> # Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse<br /> <br /> Schriftelijk: <br /> # IUPAC naam geven<br /> # structuren van acetylcholine en citroenzuur<br /> # uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn<br /> # oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.<br /> # reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie<br /> <br /> ===14 juni 2012 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol<br /> # Bespreek ninhydrine reactie<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # ne iupac<br /> # Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen<br /> # Bespreek optische zuiverheid<br /> # oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)<br /> # 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )<br /> <br /> ===30 juni 2011===<br /> Mondeling:<br /> #Labosynthese van peptiden<br /> #Eliminatiereacties bij halogeenalkanen<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPD-naam<br /> #structuren:<br /> #*Nylon-66<br /> #*Palmitinezuur<br /> #Leg uit: Dean Stark opstelling<br /> #stereochemie<br /> #reactiemechanismen<br /> ===24 Juni 2011 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #Ninhydrinereactie<br /> #bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #Structuren:<br /> #*c-AMP<br /> #*Sorbitol<br /> #Leg uit: Cannizzaro-reactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===24 Juni 2011 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie<br /> #reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #structuren:<br /> #*ATP<br /> #*citroenzuur<br /> #Leg uit: Diazokoppelingsreactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===16 Juni 2011===<br /> Mondeling:<br /> #Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.<br /> #Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #structuren:<br /> #*limoneen<br /> #*D-mannose<br /> #leg uit: Kolbe-Schmitt reactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===23 augustus 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Ninhydrinereactie<br /> # Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* SAM<br /> # leg uit: Biodiesel<br /> # stereochemie<br /> # twee reactiemechanismen:<br /> #* keton met alcohol<br /> #* amide in water (zuurgekatalyseerd)<br /> ===18 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.<br /> # Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.<br /> <br /> schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #* (delta2)isopentenylpyrofosfaat<br /> #* cellobiose<br /> # leg uit: epoxyharsen en -lijmen<br /> # stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3<br /> #* duid chirale koolstoffen aan<br /> #* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze<br /> #* benoem (R,S)<br /> #* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?<br /> #* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen<br /> #* welk is het meest basisch en zeg waarom...<br /> # twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven<br /> ===14 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)<br /> # Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus<br /> <br /> schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Biotine<br /> # leg uit: reactie van Chichibabin<br /> # stereochemie<br /> #* duid chirale koolstoffen aan<br /> #* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze<br /> #* benoem (R,S)<br /> #* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?<br /> #* is er een mesovorm?<br /> #* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom<br /> # twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven<br /> <br /> ===11 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Wat geven alkenen met <br /> #* Anorganische zuren; <br /> #* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #*SAM (S-adenosylmethionine)<br /> #*PET<br /> # Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)<br /> # Stereo-chemie:<br /> #* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)<br /> #* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as<br /> #* wat is de oxidatietrap van C6?<br /> #* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose<br /> # 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)<br /> #* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud<br /> #* Friedel-Crafts-acylering<br /> -<br /> ===22 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.<br /> # Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* dansylchloride<br /> #* cellobiose<br /> # Leg uit: De Beckmann-omlegging<br /> # Je krijgt een molecule gegeven <br /> #* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een &amp;quot;*&amp;quot; en zeg of ze een R of S-configuratie hebben<br /> #* Teken het enantiomeer en 2 epimeren<br /> #* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak<br /> #* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)<br /> # Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + één mechanisme helemaal uitschrijven)<br /> #* tertair alcohol + zuurchloride<br /> #* alkeen + zuur<br /> <br /> <br /> ===19 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen<br /> # bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* maltose<br /> #* fosfoënolpyruvaat<br /> # Leg uit: epoxyharsen en -lijmen<br /> # gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH<br /> #* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit<br /> #* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.<br /> #* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4<br /> #*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt<br /> #*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt<br /> #*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4<br /> # reactiemechanismen<br /> <br /> === 15 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus<br /> # Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* Biotine<br /> #* (delta)³ - isopentenylpyrofosfaat<br /> # Leg uit: de reactie van chichibabin<br /> # Cyclische L-suiker gegeven:<br /> #* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)<br /> #* Bepaal van C² of het R of S - configuratie heeft<br /> #* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan<br /> #* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?<br /> <br /> === 8 juni 2008===<br /> # Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.<br /> # Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.<br /> # Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.<br /> # Leg uit: optische zuiverheid.<br /> # Oefeningen:<br /> #* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc. <br /> #* Reactiemechanismen<br /> <br /> === 18 aug 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.<br /> # Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren:<br /> #* cyclisch AMP<br /> #* Glucaarzuur<br /> <br /> === 25 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.<br /> # Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Moleculen:<br /> #* Nerylpyrofosfaat<br /> #* Cellobiose<br /> # Wat zijn epoxylijmen?<br /> <br /> === 25 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.<br /> # Bespreek de labosynthese van peptiden.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren:<br /> #* Trans-decaline<br /> #* Histamine<br /> <br /> === 24 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.<br /> # Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren: <br /> #* ADP<br /> #* Maltose<br /> <br /> === 21 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.<br /> # Bespreek de testreactie van ninhydrine.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de IUPAC-naam.<br /> # Teken de volgende structuren:<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Thymidine<br /> # Bespreek nylon 66.<br /> # Cyclisch suiker: <br /> #* Geef de naam.<br /> #* Welk is het zuurste proton ?<br /> #* Geef de configuratie (R/S).<br /> #* Fisher<br /> #* Welke zijn de niet chirale C's ?<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 20 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de additie van zuren op alkenen.<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Geef de structuur van:<br /> #* Geranylpyrofosfaat<br /> #* Ninhydrine<br /> # Bespreek de Beckmann omlegging.<br /> # Aspartaam gegeven:<br /> #* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?<br /> #* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.<br /> #* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.<br /> #* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 9 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water. <br /> # Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* Tosylchloride<br /> # Leg uit wat een kroonether is.<br /> # Structuur asparagine gegeven:<br /> #* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).<br /> #* R/S configuratie<br /> #* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?<br /> #* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 19 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.<br /> # Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC naam<br /> # Structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* Tosylchloride<br /> # Leg Nylon 66 uit.<br /> # Structuur Cysteïne gegeven:<br /> #* Fisher<br /> #* Newman<br /> #* R-S<br /> #* Enantiomeren...<br /> #* Welk molecule <br /> #* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?<br /> #* Welke is de mesovorm?<br /> # Twee reactiemechanismen<br /> <br /> === 18 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.<br /> # Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Regel van Zaitsev kort bespreken.<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren: <br /> #* Biotine<br /> #* Cellobiose<br /> # Suikers: <br /> #* Open-ketenstructuur<br /> #* R en S<br /> #* Chirale atomen.<br /> #* 1,3-diaxiale interactie<br /> # Reacties: <br /> #* Alkeen + HCl =&amp;gt; ... <br /> #* Oxidatie van een alcohol.<br /> <br /> <br /> === 18 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # De additie van zuren aan alkenen.<br /> # Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren: <br /> #* Acetylcholine <br /> #* cAMP<br /> # Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.<br /> # Een bepaald aminozuur:<br /> #* Fisher<br /> #* Newman<br /> #* pH-berekeningen<br /> # Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.<br /> #* Carbonylgroep met H2 en Pt<br /> #* 2 ketonen met OH-<br /> <br /> === 15 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Eliminatiereacties uitleggen.<br /> # Beta-oxidatie + claisencondensatie.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)<br /> # Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.<br /> # Biodiesel uitleggen<br /> # Structuren:<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Thymidine structuur geven<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 14 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.<br /> # Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren<br /> #* Oliezuur<br /> #* Adrenaline<br /> # Leg kort uit: kroonethers.<br /> # R-groep van lysine gegeven:<br /> #* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.<br /> #* Newman/fischer projecties.<br /> #* Naam van het aminozuur.<br /> #* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)<br /> # Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)<br /> #* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.<br /> #* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.<br /> <br /> === 28 aug 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.<br /> # Bespreek additie van zuren aan alkenen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.<br /> # Bespreek optische zuiverheid.<br /> # Gegeven: structuurformule threonine.<br /> #* Aantal stereo-isomeren<br /> #* De chirale C-en<br /> #* Fisher- en newman-projectie van elk.<br /> #* Duidt R/S aan.<br /> #* Naam van aminozuur.<br /> #* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?<br /> # Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).<br /> <br /> === 26 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.<br /> # Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Cystine en adipinezuur structuur geven.<br /> # Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.<br /> # Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.<br /> # Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.<br /> #* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.<br /> <br /> === 23 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.<br /> # Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren. <br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuurformule van oliezuur en adrenaline.<br /> # Bespreek cannizaro reacties.<br /> # Structuurformule van een suiker:<br /> #* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.<br /> #* R-S van de C2 bepalen<br /> #* Leidt de naam af.<br /> #* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.<br /> # Reactiemechanisme<br /> <br /> === 23 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).<br /> # Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren:<br /> #* Thymidine<br /> #* Dansylchloride<br /> # Verklaar kort het begrip &amp;quot;optische zuiverheid&amp;quot;.<br /> # Een hepteen is gegeven:<br /> #* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.<br /> #* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.<br /> #* Noteer ook R- en S-conformatie.<br /> # Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.<br /> <br /> === 21 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.<br /> # Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren:<br /> #* Sacharose <br /> #* SAM<br /> # Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.<br /> # Gegeven: structuurformule arginine <br /> #* Geef het aantal stereo-isomeren.<br /> #* Duidt de cirale C's aan.<br /> #* Fisher- en Newman-projectie van elk.<br /> #* Duid R/S aan.<br /> #* Geef de naam van het aminozuur.<br /> #* Duid aan welke N het meest basisch is.<br /> #* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?<br /> # Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH- <br /> <br /> === 20 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren.<br /> <br /> Schriftelijk<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren: <br /> #* Kaneelzuur<br /> #* Cellobiose<br /> # 3-broom-4-cloorhexaan:<br /> #* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.<br /> #* R,S-configuratie<br /> #* Diastereomeren/enantiomeren?<br /> # Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.<br /> <br /> === 13 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft. <br /> # Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden. <br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren<br /> #* Stearinezuur<br /> #* Pyridine<br /> # Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).<br /> # 2,3,4-hydroxybutanal:<br /> #* Hoeveel stereoisomeren ?<br /> #* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.<br /> #* Geef R,S conformatie. <br /> #* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.<br /> # Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--&amp;gt; reactieproduct) van:<br /> #* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-Organische_Chemie&diff=466 Bio-Organische Chemie 2017-06-15T12:49:14Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.<br /> Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.<br /> Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===15 juni 2017===<br /> Mondeling<br /> #halogeen alkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev<br /> #4 moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)<br /> #Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden?<br /> OH- is niet stabiel<br /> #2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol?<br /> -protoneren<br /> -fosfaatgroep toevoegen<br /> #Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen<br /> -acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol<br /> <br /> Schriftelijk<br /> oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties<br /> oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsacylering, nucleofiele acylsubstietutie)<br /> oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)<br /> <br /> ===9 juni 2016===<br /> #beckman omlegging<br /> #edman degradatie<br /> #biosynthese geraniol en limoleen<br /> #structuren = S.A.M &amp; biotione<br /> #naamgeving + 2 mechanismes<br /> #oefening ivm stereochemie<br /> <br /> ===8 juni 2016===<br /> #synthese vn peptiden<br /> #hydrolyse, omestering en reductie van esters<br /> #cannizaro reactie<br /> #structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat<br /> #Trans decaline<br /> #oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)<br /> #reactiemechanismen en naamgeving<br /> <br /> ===6 juni 2016===<br /> #Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse<br /> #reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken<br /> #-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers<br /> #structuur van acetyl-choline en palitine<br /> #pH van aminozuren bij een titratie<br /> #reactimechanisme<br /> <br /> === 15 juni 2015 ===<br /> # Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren<br /> # Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:<br /> #* Alkeen<br /> #* Alcohol<br /> #* Aromaat<br /> # acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen. <br /> #Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover. <br /> #En dan twee reacties natuurlijk<br /> <br /> ===12 juni 2015 ( namiddag ) ===<br /> <br /> mondeling:<br /> # Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.<br /> # Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.<br /> Schriftelijk:<br /> # Naamgeving ( c-AMP en mannose)<br /> # Leg uit si en re<br /> # Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)<br /> <br /> ===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===<br /> <br /> mondeling:<br /> #Aminen en halogeenalkanen <br /> #Aminen en salpeterigzuur<br /> #Laboratorium peptidesynthese<br /> <br /> schriftelijk:<br /> #structuren<br /> #*Limoneen<br /> #*Sorbitol<br /> #stereochemie+ reactiemechanisme<br /> #*aldolcondensatie<br /> #leg uit:<br /> #*reducerende en niet-reducerende suikers<br /> <br /> ===11 juni 2015===<br /> <br /> mondeling:<br /> #Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.<br /> #Leg uit:<br /> #* Fisher-verestering<br /> #* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen. <br /> schriftelijk:<br /> #IUPAC <br /> #structuren<br /> #*citroenzuur<br /> #*ninhydrine<br /> #structuur observeren<br /> #* chirale C-atomen aanduiden<br /> #* OG van aangeduid atoom geven<br /> #* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.<br /> #* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.<br /> #* één stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.<br /> #* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )<br /> #wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.<br /> #2 structuren gegeven. <br /> #*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie. <br /> #*Geef van één van de 2 tructuren het reactiemechanisme.<br /> <br /> ===16 juni 2014===<br /> #Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)<br /> #Iupac<br /> #Bespreek reducerende suikers<br /> #Peridoxalfosfaat en acetylcholine<br /> #Stereochemie<br /> #Reactiemechanismen<br /> <br /> ===20 augustus 2013===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?<br /> # Leg de biosynthese van vetzuren uit.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC<br /> # Structuren: tBOC en ninhydrine<br /> # Fosforylerings-potentiaal<br /> # Random oefening<br /> # Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur<br /> <br /> ===25 juni 2013 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.<br /> # Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC.<br /> # Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.<br /> # Leg optische zuiverheid uit.<br /> # Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.<br /> # Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.<br /> <br /> ===25 juni 2013 (voormiddag)===<br /> #decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur<br /> # amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur<br /> # iupac<br /> # structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat<br /> # dean-stark<br /> # molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?<br /> # reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI<br /> <br /> ===17 juni 2013 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen<br /> # Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Leg biodiesel uit<br /> # Geef de structuur van limoneen en citroenzuur<br /> # IUPAC-naamgeving<br /> # Molecule gegeven: <br /> #* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur<br /> #* Newman projectie geven van bepaalde as<br /> #* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)<br /> #* Teken een stereomeer die geen epimeer is<br /> # Reacties waarvan 1 uitwerken:<br /> #* Sn1 van een alkaan met een broom erin<br /> #* Claisen condensatie van een ester<br /> <br /> ===17 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.<br /> #bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #bespreek: reducerend/niet reducerend suiker<br /> #molecules tekenen: biotine en SAM<br /> #iupac naam<br /> #chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman<br /> #oefening met ph berekening met titratie<br /> #uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ<br /> #2 ractiemechanismen geven, één ervan uitschrijven<br /> <br /> ===14 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose<br /> # Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # fosforyleringspotentaal<br /> # 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).<br /> # structuur gegeven: <br /> #* geef alle chirale C-atomen <br /> #* Stereo isomeren <br /> #* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren <br /> #* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn <br /> #* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt <br /> #* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is<br /> # er is nog eentje maar die weet ik niet meer.<br /> <br /> === 13 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling: <br /> #synthese van peptiden in het labo<br /> #de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters<br /> <br /> schriftelijk: <br /> #iupac naam<br /> #structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur<br /> #leg de Beckman omlegging uit<br /> #suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose<br /> #* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen<br /> #*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as<br /> #*bepaal het oxidatiegetal van C2<br /> #*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose<br /> #*teken het anomeer van L alpha xylulopentose<br /> #*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces<br /> #dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)<br /> <br /> <br /> === 13 juni 2013 ===<br /> Mondeling:<br /> #bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren<br /> #beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #Bespreek de regel van Huckel<br /> <br /> <br /> ===15 juni 2012 (voormiddag)===<br /> Mondeling: <br /> # Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)<br /> # Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse<br /> <br /> Schriftelijk: <br /> # IUPAC naam geven<br /> # structuren van acetylcholine en citroenzuur<br /> # uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn<br /> # oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.<br /> # reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie<br /> <br /> ===14 juni 2012 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol<br /> # Bespreek ninhydrine reactie<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # ne iupac<br /> # Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen<br /> # Bespreek optische zuiverheid<br /> # oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)<br /> # 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )<br /> <br /> ===30 juni 2011===<br /> Mondeling:<br /> #Labosynthese van peptiden<br /> #Eliminatiereacties bij halogeenalkanen<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPD-naam<br /> #structuren:<br /> #*Nylon-66<br /> #*Palmitinezuur<br /> #Leg uit: Dean Stark opstelling<br /> #stereochemie<br /> #reactiemechanismen<br /> ===24 Juni 2011 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #Ninhydrinereactie<br /> #bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #Structuren:<br /> #*c-AMP<br /> #*Sorbitol<br /> #Leg uit: Cannizzaro-reactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===24 Juni 2011 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie<br /> #reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #structuren:<br /> #*ATP<br /> #*citroenzuur<br /> #Leg uit: Diazokoppelingsreactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===16 Juni 2011===<br /> Mondeling:<br /> #Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.<br /> #Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #structuren:<br /> #*limoneen<br /> #*D-mannose<br /> #leg uit: Kolbe-Schmitt reactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===23 augustus 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Ninhydrinereactie<br /> # Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* SAM<br /> # leg uit: Biodiesel<br /> # stereochemie<br /> # twee reactiemechanismen:<br /> #* keton met alcohol<br /> #* amide in water (zuurgekatalyseerd)<br /> ===18 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.<br /> # Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.<br /> <br /> schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #* (delta2)isopentenylpyrofosfaat<br /> #* cellobiose<br /> # leg uit: epoxyharsen en -lijmen<br /> # stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3<br /> #* duid chirale koolstoffen aan<br /> #* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze<br /> #* benoem (R,S)<br /> #* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?<br /> #* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen<br /> #* welk is het meest basisch en zeg waarom...<br /> # twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven<br /> ===14 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)<br /> # Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus<br /> <br /> schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Biotine<br /> # leg uit: reactie van Chichibabin<br /> # stereochemie<br /> #* duid chirale koolstoffen aan<br /> #* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze<br /> #* benoem (R,S)<br /> #* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?<br /> #* is er een mesovorm?<br /> #* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom<br /> # twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven<br /> <br /> ===11 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Wat geven alkenen met <br /> #* Anorganische zuren; <br /> #* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #*SAM (S-adenosylmethionine)<br /> #*PET<br /> # Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)<br /> # Stereo-chemie:<br /> #* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)<br /> #* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as<br /> #* wat is de oxidatietrap van C6?<br /> #* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose<br /> # 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)<br /> #* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud<br /> #* Friedel-Crafts-acylering<br /> -<br /> ===22 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.<br /> # Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* dansylchloride<br /> #* cellobiose<br /> # Leg uit: De Beckmann-omlegging<br /> # Je krijgt een molecule gegeven <br /> #* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een &amp;quot;*&amp;quot; en zeg of ze een R of S-configuratie hebben<br /> #* Teken het enantiomeer en 2 epimeren<br /> #* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak<br /> #* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)<br /> # Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + één mechanisme helemaal uitschrijven)<br /> #* tertair alcohol + zuurchloride<br /> #* alkeen + zuur<br /> <br /> <br /> ===19 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen<br /> # bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* maltose<br /> #* fosfoënolpyruvaat<br /> # Leg uit: epoxyharsen en -lijmen<br /> # gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH<br /> #* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit<br /> #* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.<br /> #* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4<br /> #*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt<br /> #*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt<br /> #*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4<br /> # reactiemechanismen<br /> <br /> === 15 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus<br /> # Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* Biotine<br /> #* (delta)³ - isopentenylpyrofosfaat<br /> # Leg uit: de reactie van chichibabin<br /> # Cyclische L-suiker gegeven:<br /> #* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)<br /> #* Bepaal van C² of het R of S - configuratie heeft<br /> #* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan<br /> #* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?<br /> <br /> === 8 juni 2008===<br /> # Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.<br /> # Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.<br /> # Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.<br /> # Leg uit: optische zuiverheid.<br /> # Oefeningen:<br /> #* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc. <br /> #* Reactiemechanismen<br /> <br /> === 18 aug 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.<br /> # Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren:<br /> #* cyclisch AMP<br /> #* Glucaarzuur<br /> <br /> === 25 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.<br /> # Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Moleculen:<br /> #* Nerylpyrofosfaat<br /> #* Cellobiose<br /> # Wat zijn epoxylijmen?<br /> <br /> === 25 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.<br /> # Bespreek de labosynthese van peptiden.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren:<br /> #* Trans-decaline<br /> #* Histamine<br /> <br /> === 24 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.<br /> # Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren: <br /> #* ADP<br /> #* Maltose<br /> <br /> === 21 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.<br /> # Bespreek de testreactie van ninhydrine.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de IUPAC-naam.<br /> # Teken de volgende structuren:<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Thymidine<br /> # Bespreek nylon 66.<br /> # Cyclisch suiker: <br /> #* Geef de naam.<br /> #* Welk is het zuurste proton ?<br /> #* Geef de configuratie (R/S).<br /> #* Fisher<br /> #* Welke zijn de niet chirale C's ?<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 20 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de additie van zuren op alkenen.<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Geef de structuur van:<br /> #* Geranylpyrofosfaat<br /> #* Ninhydrine<br /> # Bespreek de Beckmann omlegging.<br /> # Aspartaam gegeven:<br /> #* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?<br /> #* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.<br /> #* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.<br /> #* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 9 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water. <br /> # Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* Tosylchloride<br /> # Leg uit wat een kroonether is.<br /> # Structuur asparagine gegeven:<br /> #* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).<br /> #* R/S configuratie<br /> #* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?<br /> #* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 19 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.<br /> # Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC naam<br /> # Structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* Tosylchloride<br /> # Leg Nylon 66 uit.<br /> # Structuur Cysteïne gegeven:<br /> #* Fisher<br /> #* Newman<br /> #* R-S<br /> #* Enantiomeren...<br /> #* Welk molecule <br /> #* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?<br /> #* Welke is de mesovorm?<br /> # Twee reactiemechanismen<br /> <br /> === 18 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.<br /> # Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Regel van Zaitsev kort bespreken.<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren: <br /> #* Biotine<br /> #* Cellobiose<br /> # Suikers: <br /> #* Open-ketenstructuur<br /> #* R en S<br /> #* Chirale atomen.<br /> #* 1,3-diaxiale interactie<br /> # Reacties: <br /> #* Alkeen + HCl =&amp;gt; ... <br /> #* Oxidatie van een alcohol.<br /> <br /> <br /> === 18 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # De additie van zuren aan alkenen.<br /> # Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren: <br /> #* Acetylcholine <br /> #* cAMP<br /> # Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.<br /> # Een bepaald aminozuur:<br /> #* Fisher<br /> #* Newman<br /> #* pH-berekeningen<br /> # Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.<br /> #* Carbonylgroep met H2 en Pt<br /> #* 2 ketonen met OH-<br /> <br /> === 15 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Eliminatiereacties uitleggen.<br /> # Beta-oxidatie + claisencondensatie.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)<br /> # Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.<br /> # Biodiesel uitleggen<br /> # Structuren:<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Thymidine structuur geven<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 14 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.<br /> # Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren<br /> #* Oliezuur<br /> #* Adrenaline<br /> # Leg kort uit: kroonethers.<br /> # R-groep van lysine gegeven:<br /> #* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.<br /> #* Newman/fischer projecties.<br /> #* Naam van het aminozuur.<br /> #* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)<br /> # Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)<br /> #* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.<br /> #* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.<br /> <br /> === 28 aug 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.<br /> # Bespreek additie van zuren aan alkenen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.<br /> # Bespreek optische zuiverheid.<br /> # Gegeven: structuurformule threonine.<br /> #* Aantal stereo-isomeren<br /> #* De chirale C-en<br /> #* Fisher- en newman-projectie van elk.<br /> #* Duidt R/S aan.<br /> #* Naam van aminozuur.<br /> #* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?<br /> # Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).<br /> <br /> === 26 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.<br /> # Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Cystine en adipinezuur structuur geven.<br /> # Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.<br /> # Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.<br /> # Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.<br /> #* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.<br /> <br /> === 23 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.<br /> # Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren. <br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuurformule van oliezuur en adrenaline.<br /> # Bespreek cannizaro reacties.<br /> # Structuurformule van een suiker:<br /> #* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.<br /> #* R-S van de C2 bepalen<br /> #* Leidt de naam af.<br /> #* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.<br /> # Reactiemechanisme<br /> <br /> === 23 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).<br /> # Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren:<br /> #* Thymidine<br /> #* Dansylchloride<br /> # Verklaar kort het begrip &amp;quot;optische zuiverheid&amp;quot;.<br /> # Een hepteen is gegeven:<br /> #* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.<br /> #* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.<br /> #* Noteer ook R- en S-conformatie.<br /> # Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.<br /> <br /> === 21 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.<br /> # Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren:<br /> #* Sacharose <br /> #* SAM<br /> # Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.<br /> # Gegeven: structuurformule arginine <br /> #* Geef het aantal stereo-isomeren.<br /> #* Duidt de cirale C's aan.<br /> #* Fisher- en Newman-projectie van elk.<br /> #* Duid R/S aan.<br /> #* Geef de naam van het aminozuur.<br /> #* Duid aan welke N het meest basisch is.<br /> #* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?<br /> # Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH- <br /> <br /> === 20 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren.<br /> <br /> Schriftelijk<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren: <br /> #* Kaneelzuur<br /> #* Cellobiose<br /> # 3-broom-4-cloorhexaan:<br /> #* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.<br /> #* R,S-configuratie<br /> #* Diastereomeren/enantiomeren?<br /> # Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.<br /> <br /> === 13 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft. <br /> # Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden. <br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren<br /> #* Stearinezuur<br /> #* Pyridine<br /> # Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).<br /> # 2,3,4-hydroxybutanal:<br /> #* Hoeveel stereoisomeren ?<br /> #* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.<br /> #* Geef R,S conformatie. <br /> #* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.<br /> # Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--&amp;gt; reactieproduct) van:<br /> #* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Grondslagen_van_de_Chemie&diff=175 Grondslagen van de Chemie 2017-01-18T17:15:40Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Basisvak chemie voor 1e bachelor chemie, biochemie en biologie.<br /> Gedoceerd door professor &amp;lt;s&amp;gt;Koen Clays&amp;lt;/s&amp;gt; &amp;lt;s&amp;gt;Bart Goderis (sinds academiejaar 2013-2014)&amp;lt;/s&amp;gt; Koen Clays<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 18 januari 2017 ===<br /> VM<br /> Theorie<br /> #Hoe kan je de reactiesnelheid beïnvloeden? Wat betekent dit voor het chemisch evenwicht? /4<br /> #Wat gebeurt er bij de elektrolyse van water voor geen, een weinig en veel NaCL? /6<br /> <br /> Oefeningen<br /> #pH + werkelijke ionenconcentraties van een bioprotisch zuur berekenen /3<br /> #een slecht oplosbaar zout oplossen aan de hand van complexatie door een te berekenen massa NaCl toe te voegen /3<br /> <br /> === 17 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Hoe kan je het evenwicht naar de kant van de producten brengen? Heeft dit een invloed op de snelheid?<br /> #Geef het verband tussen protontransferreacties en elektrontransferreacties. Geef voorbeelden die dit verduidelijken.<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming.<br /> #Bepaal de hybridisatie en geometrie van PCl3 en SF4. Teken de atoomstructuur en zijn deze moleculen polair of apolair en een uitleg waarom.<br /> <br /> === 16 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Vuistregels met afleiding van buffers geven, dit ook toepassen op pH titraties, bloed als buffer bespreken<br /> #Hebben kationen basische of zure eigenschappen, zijn dit dan zwakke of sterke zuren of basen (voorbeelden kunnen helpen en verduidelijkend zijn)<br /> <br /> Oefeningen <br /> #Aantal ml en molair NiSO4-oplossing samenvoegen met een aantal ml en molair NH3, toon aan dat ondanks het gevormde complex nikkel (II) ammoniak er toch nog neerslag gevormd wordt<br /> #Een tabel gegeven van temperatuur en snelheidsconstante, de opdracht is grafisch de activeringsenergie te berekenen en k te berekenen bij 250°C<br /> <br /> === XX Augustus 2016 ===<br /> Theorie:<br /> #Leg de verschillende soorten isomerie uit + wat is tautomerie?<br /> #Leg uit waarom fluoride in tandpasta zit (alle 6 puntjes geven, dus ook vorming CaF uitleggen)<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Random oefening uit oefenzitting<br /> #Berekend de Kw vertrekkende vanuit de standaardreductiepotentialen voor water in zuur/basisch milieu<br /> <br /> ===XX januari 2016===<br /> Theorie:<br /> #Leg de elementaire reactiestappen uit adhv voorbeelden (mono,bi,termoleculair, stationariteitsprincipe, vorming ozon)<br /> #Geef de '''essentie''' van een titratie + grafieken<br /> <br /> oefeningen:<br /> #Oplosbaarheid van AgNO3 berekenen na toevoegen van een of ander zuur/base<br /> #nog een oefening<br /> === 11 januari 2016 ===<br /> #Hoe bepaal je de geometrische structuur bij covalent gebonden atomen en geef 3 voorbeelden <br /> #bij welke reactie is quenching van toepassing?<br /> <br /> ===XX januari 2016===<br /> Theorie:<br /> #heterogene en homogene en enzymatische katalysator + alles uitleggen hiervan<br /> #loodbatterij<br /> <br /> ===12 januarie 2016===<br /> #Verschillen tussen Co en Fe en zeggen waarom Fe gebruikt wordt voor zuurstof transport <br /> #het verschil tussen c dubbel gebonden en enkel gebonden <br /> #bij de oefeningen was eentje E0 bepalen ahv Ka en een andere E0 <br /> #andere grafisch de orde enzo bepalen <br /> <br /> ===10 JAN 2014===<br /> Theorie:<br /> #Roosterenergie van 2 roosters (NaCl en MgO) berekenen met de formule, zeggen of er nog een andere manier was om die te vinden (Hess) en of er een verschil in uitkomst te verwachten was tussen de twee manieren. Vergelijken van de pH van de twee oplossingen.<br /> #Uitleggen waarom termoleculaire reactiestappen omwaarschijnlijk zijn. Reactiemechanisme van 2HI + H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;O&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; -&amp;gt; I&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; + H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;O geven. Stationariteitsprincipe uitleggen en zeggen of het op die reactie van toepassing was. <br /> #Waar/soms waar/niet waar: Een proces is spontaan als de entropie in het systeem toeneemt. <br /> #Uitleggen wat een buffer is en de vuistregels voor een goede buffer uitleggen zonder de hele wiskundige berekening te doen.<br /> <br /> Oefeningen.<br /> #Oplosbaarheid van AgBr, complexatie met thiosulfaat en alternatieve manier geven om oplosbaarheid te verhogen. Uitleggen waarom die laatste manier weinig effect zou hebben.<br /> #Celpotentiaal berekenen van een gegeven schematische voorstelling.<br /> <br /> ===11 JAN 2013===<br /> Theorie:<br /> # Vergelijk de elektronenstructuur van de atomen N en O met die van de moleculen N2 en O2. Licht de hierbij essentiële principes toe.<br /> # Geef de chemische functies van water. Geef bij iedere functie een voorbeeld in de vorm van een reactievergelijking. Is water sterk of zwak in deze functie?<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # CuSO4 oplossing met NH3 oplossing (grootheden gegeven). Laat zien dat er ondanks de complexatie toch nog neerslagvorming optreedt.<br /> # Gegeven concentraties (van reactieproduct) in functie van de tijd. Bepaal grafisch de orde en de halfwaardetijd.<br /> <br /> ===3 FEB 2012 NM===<br /> # Geef twee vuistregels voor een goede buffer en toon ze aan aan de hand van de neutralisatiegraad en de buffer capaciteit. <br /> #* Geef het verband hiervan met pH- titratie <br /> #* Is bloed een goede buffer ? Verklaar. <br /> # Verklaar waarom men tandpasta fluorideert.<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 NM===<br /> # Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie.<br /> # Broom in base.<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 VM===<br /> # Welke reacties kunnen optreden als katalysator bij redoxreacties?<br /> # Leidt de halfreacties van een zwavelzure loodbatterij af<br /> <br /> <br /> ===24 JAN 2012 VM===<br /> # hoe bepaal je de elektronenconfiguratie van diatomaire moleculen en geef twee duidelijk verschillende voorbeelden<br /> # vergelijk Al en Li voor batterijen, geef voor en nadelen en verklaar waarom er Li batterijen zijn en geen Al<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 NM===<br /> # staaf met enkele goed gekoze voorbeelden het belang van de ladingsdichtheid in de chemie<br /> # welke reacties hebben er baat bij quenching toe te passen<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 VM===<br /> Theorie:<br /> # Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie. <br /> # Leg de elektrolyse van water uit in de volgende omstandigheden:1. zonder zout, 2. met een beetje zout en 3. met oplossing van veel zeezout. <br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 NM===<br /> Theorie :<br /> # geef de vuistregels vr bufferopl + afleiden buffercapaciteit en neutralisatiegraad. link met pHtitratie. vertellen over bloed als buffer, goede/slechte buffer?<br /> # iets van Fe complexatie, waarom de natuur is aangepast aan ademhaling door complexvorming van Fe met zuurstof<br /> Oefeningen :<br /> # van deel C met een tabel met waarden, orde van reactie afleiden + grafisch k en t1/2 bepalen<br /> # berekenen of PbOH2 neerslaat, uit een mengsel van PbSO4 met NaOH geloof ik<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 VM===<br /> Theorie:<br /> # Vergelijk de bindingssterkte en reactiviteit van C=C en C - C (enkelvoudige binding) op 4 ptn<br /> # Vergelijk de afhankelijkheid van de temperatuur voor de snelheidsconstante en de evenwichtsconstante<br /> <br /> <br /> ===1 FEB 2011=== <br /> Theorie:<br /> # Bespreek: Chroomvocht, Piranhazuur , koningswater en cyanide in base en hun werking op (edel)metalen. (/6)<br /> # Wat is een indicator en hoe werkt het? (/4)<br /> Oefeningen:<br /> # P4 + BR2 =&amp;gt; PBR3 vul aan met coefficienten en bereken de temperatuur waarvoor deze reactie spontaan zal verlopen. (/2.5)<br /> # en een oefening over de combinatie van complexvorming van Al(OH4)- en de neerslag van Al(OH)3. (/3.5)<br /> <br /> === 1 sep 2010 ===<br /> Theorie:<br /> # Verschillen en gelijkenissen tussen homogene, heterogene en enzymatische katalyse geven. Verduidelijken met vb.<br /> # Bindingssterkte en reactiviteit vergelijken tussen C-C en C=C. Welke reacties ondergaan ze.<br /> Oefingen:<br /> # Oplosbaarheid<br /> # Enthalpie &amp;amp; Entropie<br /> <br /> <br /> ===28 jan 2010===<br /> # bespreek de oplosbaarheid van metalen in zuur en basisch milieu (/6) <br /> # bespreek &amp;quot;quenching&amp;quot; en voor welke reacties is dit toepasbaar? (/4) <br /> <br /> oefeningen: <br /> # bepaal de oplosbaarheid van AgBr in een molaire NH3 oplossing (complexvorming) <br /> # een reactie difluor en diwaterstof -&amp;gt; 2HF. Gaat deze reactie op bij 500K ?<br /> <br /> <br /> ===26 jan 2010===<br /> # vergelijk piranhazuur, koningswater, dichromaat en cyanide voor het oplossen van edelmetalen. (.../6)<br /> # welke reacties kunnen als katalysator optreden bij een redoxreactie? (.../4)<br /> oefeningen:<br /> # Een oplossing van Ti(II)-ionen wordt in zuur midden getitreerd met een dichromaatoplossing (K2Cr2O7-oplossing). Hierbij worden het Cr(III)-ion en het Ti(III)-ion gevormd. Toon aan dat het gaat om een aflopende reactie.Het verloop van de titratie wordt potentiometrisch gevolgd en ook de pH wordt constant gemeten. In de oplossing zit nog een kalomelelektrode (E°=0.25V) die aan de anode gekoppeld is en een platina-elektrode. Op zeker ogenblik - na het passeren van het equivalentiepunt - wordt een celpotentiaal van 0.95V gemeten en een pH van 1.2. Bereken de concentratie aan Cr3+ ionen, als je weet dat deze concentratie vier maal hoger ligt dan die van de dichromaationen. (.../3)<br /> # Aan een oplossing van 70 ml 0.20 M nikkelsulfaat wordt 30 ml 0.60 M ammoniak toegevoegd. Toon aan dat er - ondanks de complexvorming - toch hydroxideneerslag gevormd zal worden. (.../3)<br /> <br /> <br /> === jan 2010 ===<br /> Mondeling:<br /> # Toon het belang aan van ladingsdichtheid in de scheikunde. Geef telkens duidelijk verschillende voorbeelden als het over verschillende soorten reacties gaat.<br /> # Bespreek de reactie van broom in base. Geef een relevante toepassing.<br /> Schriftelijk:<br /> # Bij 298 K gaat onderstaande reactie op. Men maakt een oplossing van 35,5 g van Cl2 en 0,1 g van H2 in een totaal volume van 200 ml. Wat zijn de evenwichtsconcentraties van H2, Cl2 en HCl ?<br /> #*H2(g) + Cl2(g) &amp;lt;=&amp;gt; 2HCl(g) <br /> # Bereken de Kb van IO-, uitgaande van<br /> #*IO3-(aq) / HIO(l) E° = 1,13V<br /> #*IO3-(aq) / IO-(aq) E° = 0,15V<br /> <br /> <br /> === jan 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Wat is een dipoolmoment?<br /> # Vroeger werd kaliumpermanganaat e.a. veel gebruikt als goede oxidator. Tegenwoordig wordt pirhanazuur (mengsel waterstofperoxide/zwavelzuur) gebruikt. Waarom?<br /> Schriftelijk:<br /> # Temperatuurverandering berekenen van ijs (faseverandering,...)<br /> # Nog zo'n oefening in die aard.<br /> <br /> <br /> === jan 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Vergelijk de temperatuursafhankelijkheid van de evenwichtsconstante en de snelheidsconstante.<br /> # Waarom is een stof goed of slecht oplosbaar in water? En hoe kan je een slecht oplosbare stof beter oplosbaar maken?<br /> # Maak een vergelijking tussen thermodinamica en kinetica van metathesereacties versus complexatiereacties.<br /> # Geef de 2 hoofdregels voor het maken van een buffer en leid ze wiskundig af.<br /> Schriftelijk:<br /> #* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)<br /> #* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is<br /> # Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)<br /> <br /> <br /> === 1 feb 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reacties kunnen een redoxreactie katalyseren?<br /> # Geef het verband tussen neerslagreacties en complexatiereacties en geef een goed gevonden voorbeeld.<br /> Schriftelijk:<br /> #* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)<br /> #* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is<br /> # Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)<br /> <br /> <br /> === 25 jan 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Leg uit wat tautomerie is + vb.<br /> # Voor het oxideren werden vroeger vaak de klassieke sterke oxidanten permanaat of dichromaat in zwavelzuur gebruikt, waarom is het gebruik van &amp;quot;piranaha-zuur&amp;quot; (waterstofperoxide in zwavelzuur) aan een opmars bezig?<br /> Schriftelijk:<br /> # men wil 200 ml maken van een oplossing die 3,81g magnesiumcloride en 0,8g natriumhydroxide bevat. Hoeveel gram ammoniumbromide moet er ook in deze oplossing zitter, opdat er geen neerslag is?<br /> # Boven/onder welke temperatuur gaat deze reactie spontaan op? <br /> #* N2 (g) + O2(g) = 2NO (g)<br /> #* Bereken ook de evenwichtsconstante bij 68°C.<br /> <br /> <br /> === 15 jan 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # geef verband van de ionbinding en de covalente binding + verklaar<br /> # geef verband pH en redoxpotentiaal<br /> Schriftelijk:<br /> # bereken kb van een stof aan hand van 2 redoxpotentialen <br /> # oefenening waar je een eind temperatuur moest berekenen met warmtecapaciteit en latente verdampingswarmte (aangezien er een faseovergang is)</div> Siene.swinnen https://wiki.chemika.be/index.php?title=Grondslagen_van_de_Chemie&diff=174 Grondslagen van de Chemie 2017-01-18T17:15:10Z <p>Siene.swinnen: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Basisvak chemie voor 1e bachelor chemie, biochemie en biologie.<br /> Gedoceerd door professor &amp;lt;s&amp;gt;Koen Clays&amp;lt;/s&amp;gt; &amp;lt;s&amp;gt;Bart Goderis (sinds academiejaar 2013-2014)&amp;lt;/s&amp;gt; Koen Clays<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===18 januari 2017 === VM<br /> Theorie<br /> #Hoe kan je de reactiesnelheid beïnvloeden? Wat betekent dit voor het chemisch evenwicht? /4<br /> #Wat gebeurt er bij de elektrolyse van water voor geen, een weinig en veel NaCL? /6<br /> <br /> Oefeningen<br /> #pH + werkelijke ionenconcentraties van een bioprotisch zuur berekenen /3<br /> #een slecht oplosbaar zout oplossen aan de hand van complexatie door een te berekenen massa NaCl toe te voegen /3<br /> <br /> === 17 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Hoe kan je het evenwicht naar de kant van de producten brengen? Heeft dit een invloed op de snelheid?<br /> #Geef het verband tussen protontransferreacties en elektrontransferreacties. Geef voorbeelden die dit verduidelijken.<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming.<br /> #Bepaal de hybridisatie en geometrie van PCl3 en SF4. Teken de atoomstructuur en zijn deze moleculen polair of apolair en een uitleg waarom.<br /> <br /> === 16 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Vuistregels met afleiding van buffers geven, dit ook toepassen op pH titraties, bloed als buffer bespreken<br /> #Hebben kationen basische of zure eigenschappen, zijn dit dan zwakke of sterke zuren of basen (voorbeelden kunnen helpen en verduidelijkend zijn)<br /> <br /> Oefeningen <br /> #Aantal ml en molair NiSO4-oplossing samenvoegen met een aantal ml en molair NH3, toon aan dat ondanks het gevormde complex nikkel (II) ammoniak er toch nog neerslag gevormd wordt<br /> #Een tabel gegeven van temperatuur en snelheidsconstante, de opdracht is grafisch de activeringsenergie te berekenen en k te berekenen bij 250°C<br /> <br /> === XX Augustus 2016 ===<br /> Theorie:<br /> #Leg de verschillende soorten isomerie uit + wat is tautomerie?<br /> #Leg uit waarom fluoride in tandpasta zit (alle 6 puntjes geven, dus ook vorming CaF uitleggen)<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Random oefening uit oefenzitting<br /> #Berekend de Kw vertrekkende vanuit de standaardreductiepotentialen voor water in zuur/basisch milieu<br /> <br /> ===XX januari 2016===<br /> Theorie:<br /> #Leg de elementaire reactiestappen uit adhv voorbeelden (mono,bi,termoleculair, stationariteitsprincipe, vorming ozon)<br /> #Geef de '''essentie''' van een titratie + grafieken<br /> <br /> oefeningen:<br /> #Oplosbaarheid van AgNO3 berekenen na toevoegen van een of ander zuur/base<br /> #nog een oefening<br /> === 11 januari 2016 ===<br /> #Hoe bepaal je de geometrische structuur bij covalent gebonden atomen en geef 3 voorbeelden <br /> #bij welke reactie is quenching van toepassing?<br /> <br /> ===XX januari 2016===<br /> Theorie:<br /> #heterogene en homogene en enzymatische katalysator + alles uitleggen hiervan<br /> #loodbatterij<br /> <br /> ===12 januarie 2016===<br /> #Verschillen tussen Co en Fe en zeggen waarom Fe gebruikt wordt voor zuurstof transport <br /> #het verschil tussen c dubbel gebonden en enkel gebonden <br /> #bij de oefeningen was eentje E0 bepalen ahv Ka en een andere E0 <br /> #andere grafisch de orde enzo bepalen <br /> <br /> ===10 JAN 2014===<br /> Theorie:<br /> #Roosterenergie van 2 roosters (NaCl en MgO) berekenen met de formule, zeggen of er nog een andere manier was om die te vinden (Hess) en of er een verschil in uitkomst te verwachten was tussen de twee manieren. Vergelijken van de pH van de twee oplossingen.<br /> #Uitleggen waarom termoleculaire reactiestappen omwaarschijnlijk zijn. Reactiemechanisme van 2HI + H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;O&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; -&amp;gt; I&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; + H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;O geven. Stationariteitsprincipe uitleggen en zeggen of het op die reactie van toepassing was. <br /> #Waar/soms waar/niet waar: Een proces is spontaan als de entropie in het systeem toeneemt. <br /> #Uitleggen wat een buffer is en de vuistregels voor een goede buffer uitleggen zonder de hele wiskundige berekening te doen.<br /> <br /> Oefeningen.<br /> #Oplosbaarheid van AgBr, complexatie met thiosulfaat en alternatieve manier geven om oplosbaarheid te verhogen. Uitleggen waarom die laatste manier weinig effect zou hebben.<br /> #Celpotentiaal berekenen van een gegeven schematische voorstelling.<br /> <br /> ===11 JAN 2013===<br /> Theorie:<br /> # Vergelijk de elektronenstructuur van de atomen N en O met die van de moleculen N2 en O2. Licht de hierbij essentiële principes toe.<br /> # Geef de chemische functies van water. Geef bij iedere functie een voorbeeld in de vorm van een reactievergelijking. Is water sterk of zwak in deze functie?<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # CuSO4 oplossing met NH3 oplossing (grootheden gegeven). Laat zien dat er ondanks de complexatie toch nog neerslagvorming optreedt.<br /> # Gegeven concentraties (van reactieproduct) in functie van de tijd. Bepaal grafisch de orde en de halfwaardetijd.<br /> <br /> ===3 FEB 2012 NM===<br /> # Geef twee vuistregels voor een goede buffer en toon ze aan aan de hand van de neutralisatiegraad en de buffer capaciteit. <br /> #* Geef het verband hiervan met pH- titratie <br /> #* Is bloed een goede buffer ? Verklaar. <br /> # Verklaar waarom men tandpasta fluorideert.<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 NM===<br /> # Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie.<br /> # Broom in base.<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 VM===<br /> # Welke reacties kunnen optreden als katalysator bij redoxreacties?<br /> # Leidt de halfreacties van een zwavelzure loodbatterij af<br /> <br /> <br /> ===24 JAN 2012 VM===<br /> # hoe bepaal je de elektronenconfiguratie van diatomaire moleculen en geef twee duidelijk verschillende voorbeelden<br /> # vergelijk Al en Li voor batterijen, geef voor en nadelen en verklaar waarom er Li batterijen zijn en geen Al<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 NM===<br /> # staaf met enkele goed gekoze voorbeelden het belang van de ladingsdichtheid in de chemie<br /> # welke reacties hebben er baat bij quenching toe te passen<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 VM===<br /> Theorie:<br /> # Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie. <br /> # Leg de elektrolyse van water uit in de volgende omstandigheden:1. zonder zout, 2. met een beetje zout en 3. met oplossing van veel zeezout. <br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 NM===<br /> Theorie :<br /> # geef de vuistregels vr bufferopl + afleiden buffercapaciteit en neutralisatiegraad. link met pHtitratie. vertellen over bloed als buffer, goede/slechte buffer?<br /> # iets van Fe complexatie, waarom de natuur is aangepast aan ademhaling door complexvorming van Fe met zuurstof<br /> Oefeningen :<br /> # van deel C met een tabel met waarden, orde van reactie afleiden + grafisch k en t1/2 bepalen<br /> # berekenen of PbOH2 neerslaat, uit een mengsel van PbSO4 met NaOH geloof ik<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 VM===<br /> Theorie:<br /> # Vergelijk de bindingssterkte en reactiviteit van C=C en C - C (enkelvoudige binding) op 4 ptn<br /> # Vergelijk de afhankelijkheid van de temperatuur voor de snelheidsconstante en de evenwichtsconstante<br /> <br /> <br /> ===1 FEB 2011=== <br /> Theorie:<br /> # Bespreek: Chroomvocht, Piranhazuur , koningswater en cyanide in base en hun werking op (edel)metalen. (/6)<br /> # Wat is een indicator en hoe werkt het? (/4)<br /> Oefeningen:<br /> # P4 + BR2 =&amp;gt; PBR3 vul aan met coefficienten en bereken de temperatuur waarvoor deze reactie spontaan zal verlopen. (/2.5)<br /> # en een oefening over de combinatie van complexvorming van Al(OH4)- en de neerslag van Al(OH)3. (/3.5)<br /> <br /> === 1 sep 2010 ===<br /> Theorie:<br /> # Verschillen en gelijkenissen tussen homogene, heterogene en enzymatische katalyse geven. Verduidelijken met vb.<br /> # Bindingssterkte en reactiviteit vergelijken tussen C-C en C=C. Welke reacties ondergaan ze.<br /> Oefingen:<br /> # Oplosbaarheid<br /> # Enthalpie &amp;amp; Entropie<br /> <br /> <br /> ===28 jan 2010===<br /> # bespreek de oplosbaarheid van metalen in zuur en basisch milieu (/6) <br /> # bespreek &amp;quot;quenching&amp;quot; en voor welke reacties is dit toepasbaar? (/4) <br /> <br /> oefeningen: <br /> # bepaal de oplosbaarheid van AgBr in een molaire NH3 oplossing (complexvorming) <br /> # een reactie difluor en diwaterstof -&amp;gt; 2HF. Gaat deze reactie op bij 500K ?<br /> <br /> <br /> ===26 jan 2010===<br /> # vergelijk piranhazuur, koningswater, dichromaat en cyanide voor het oplossen van edelmetalen. (.../6)<br /> # welke reacties kunnen als katalysator optreden bij een redoxreactie? (.../4)<br /> oefeningen:<br /> # Een oplossing van Ti(II)-ionen wordt in zuur midden getitreerd met een dichromaatoplossing (K2Cr2O7-oplossing). Hierbij worden het Cr(III)-ion en het Ti(III)-ion gevormd. Toon aan dat het gaat om een aflopende reactie.Het verloop van de titratie wordt potentiometrisch gevolgd en ook de pH wordt constant gemeten. In de oplossing zit nog een kalomelelektrode (E°=0.25V) die aan de anode gekoppeld is en een platina-elektrode. Op zeker ogenblik - na het passeren van het equivalentiepunt - wordt een celpotentiaal van 0.95V gemeten en een pH van 1.2. Bereken de concentratie aan Cr3+ ionen, als je weet dat deze concentratie vier maal hoger ligt dan die van de dichromaationen. (.../3)<br /> # Aan een oplossing van 70 ml 0.20 M nikkelsulfaat wordt 30 ml 0.60 M ammoniak toegevoegd. Toon aan dat er - ondanks de complexvorming - toch hydroxideneerslag gevormd zal worden. (.../3)<br /> <br /> <br /> === jan 2010 ===<br /> Mondeling:<br /> # Toon het belang aan van ladingsdichtheid in de scheikunde. Geef telkens duidelijk verschillende voorbeelden als het over verschillende soorten reacties gaat.<br /> # Bespreek de reactie van broom in base. Geef een relevante toepassing.<br /> Schriftelijk:<br /> # Bij 298 K gaat onderstaande reactie op. Men maakt een oplossing van 35,5 g van Cl2 en 0,1 g van H2 in een totaal volume van 200 ml. Wat zijn de evenwichtsconcentraties van H2, Cl2 en HCl ?<br /> #*H2(g) + Cl2(g) &amp;lt;=&amp;gt; 2HCl(g) <br /> # Bereken de Kb van IO-, uitgaande van<br /> #*IO3-(aq) / HIO(l) E° = 1,13V<br /> #*IO3-(aq) / IO-(aq) E° = 0,15V<br /> <br /> <br /> === jan 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Wat is een dipoolmoment?<br /> # Vroeger werd kaliumpermanganaat e.a. veel gebruikt als goede oxidator. Tegenwoordig wordt pirhanazuur (mengsel waterstofperoxide/zwavelzuur) gebruikt. Waarom?<br /> Schriftelijk:<br /> # Temperatuurverandering berekenen van ijs (faseverandering,...)<br /> # Nog zo'n oefening in die aard.<br /> <br /> <br /> === jan 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Vergelijk de temperatuursafhankelijkheid van de evenwichtsconstante en de snelheidsconstante.<br /> # Waarom is een stof goed of slecht oplosbaar in water? En hoe kan je een slecht oplosbare stof beter oplosbaar maken?<br /> # Maak een vergelijking tussen thermodinamica en kinetica van metathesereacties versus complexatiereacties.<br /> # Geef de 2 hoofdregels voor het maken van een buffer en leid ze wiskundig af.<br /> Schriftelijk:<br /> #* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)<br /> #* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is<br /> # Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)<br /> <br /> <br /> === 1 feb 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reacties kunnen een redoxreactie katalyseren?<br /> # Geef het verband tussen neerslagreacties en complexatiereacties en geef een goed gevonden voorbeeld.<br /> Schriftelijk:<br /> #* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)<br /> #* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is<br /> # Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)<br /> <br /> <br /> === 25 jan 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Leg uit wat tautomerie is + vb.<br /> # Voor het oxideren werden vroeger vaak de klassieke sterke oxidanten permanaat of dichromaat in zwavelzuur gebruikt, waarom is het gebruik van &amp;quot;piranaha-zuur&amp;quot; (waterstofperoxide in zwavelzuur) aan een opmars bezig?<br /> Schriftelijk:<br /> # men wil 200 ml maken van een oplossing die 3,81g magnesiumcloride en 0,8g natriumhydroxide bevat. Hoeveel gram ammoniumbromide moet er ook in deze oplossing zitter, opdat er geen neerslag is?<br /> # Boven/onder welke temperatuur gaat deze reactie spontaan op? <br /> #* N2 (g) + O2(g) = 2NO (g)<br /> #* Bereken ook de evenwichtsconstante bij 68°C.<br /> <br /> <br /> === 15 jan 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # geef verband van de ionbinding en de covalente binding + verklaar<br /> # geef verband pH en redoxpotentiaal<br /> Schriftelijk:<br /> # bereken kb van een stof aan hand van 2 redoxpotentialen <br /> # oefenening waar je een eind temperatuur moest berekenen met warmtecapaciteit en latente verdampingswarmte (aangezien er een faseovergang is)</div> Siene.swinnen