Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Advanced biochemistry and biotechnology

2019-01-24T14:34:25Z

Sophax:

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op de Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. Mondeling examen (indien meer dan 10 personen aanwezig, zet hij een timer op 10 minuten). Ook de korte antwoorden kunnen uitgebreid ondervraagd worden tijdens het mondeling. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben.
Alles is mondeling.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm

==Examenvragen==

=== 18 januari 2019 NM===

#3’ UTR bij eukaryoten
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi
#Begrippen
#* RNA switch
#* Periodosoom
#* RNA editing
#* CMA

=== 18 januari 2019 VM===
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden.
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren.
#Begrippen
#* Selenocysteine
#* Nonsense-mediated decay
#* shRNA
#* Proximity-induced autoactivation

===22 januari 2018, VM===
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
#Begrippen:
#* Retroreulatie
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)
#* Nonsense-mediated decay
#*Nocturnine

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Advanced biochemistry and biotechnology

2019-01-24T14:33:41Z

Sophax:

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op de Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. Mondeling examen (indien meer dan 10 personen aanwezig, zet hij een timer op 10 minuten). Ook de korte antwoorden kunnen uitgebreid ondervraagd worden tijdens het mondeling. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben.
Alles is mondeling.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm

==Examenvragen==

=== 18 januari 2019 NM===

3’ UTR bij eukaryoten
Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi

Begrippen
RNA switch
Periodosoom
RNA editing
CMA

=== 18 januari 2019 VM===
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden.
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren.
#Begrippen
#* Selenocysteine
#* Nonsense-mediated decay
#* shRNA
#* Proximity-induced autoactivation

===22 januari 2018, VM===
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
#Begrippen:
#* Retroreulatie
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)
#* Nonsense-mediated decay
#*Nocturnine

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2019-01-23T18:18:05Z

Sophax: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==

===23 januari 2019===
# Mizuno: artikel over SOCE
# Winderickx: Kleurenblindheid
# Vdb: Bespreek de belangrijkste groepen van endocriene en neurochemische 1st messengers.

===22 januari 2019===
# mizuno: de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release.
# Winderickx: had een artikel over caspases
# Vdb: binding assay van gpcr en vergelijken met functional assay

===17 januari 2019===
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose)
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways

===16 januari 2019===
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)

===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Gentechnologie

2018-08-31T18:11:11Z

Sophax:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht.

==Examenvragen==

==== 31 Augustus 2018 ====
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. Alkalische Lyse
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

==== 24 januari 2018 ====
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon & Clarke. (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak
#* B. Taqman RT-PCR
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor ''E. Coli'' en ''S. cerevesiae''
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

==== 1 september 2017 VM====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?
# Kort omschrijven
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.)
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.
#* Teken de vector enzo.. (?)

==== 25 januari 2017 VM====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.
# Kort omschrijven
#*DNA shuffeling
#*CAPture techniek werking
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...

====januari 2016====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek
Volckaert:
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze

===20 januari 2015===
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.
#Kleine vraagjes:
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris
##Definieer de CAPture techniek
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.

=== 21 januari 2014 ===
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte)
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)
#Korte vraagjes: Lavigne
##Bespreek CAPture techniek
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering

=== 22 januari 2013 ===
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (>30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon & Clarke.
#Technieken: Okayama & Berg SAGE
#Kleine vragen (Lavigne):
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in "directed evolution"?
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem.
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.

===6 augustus 2012===
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...)
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)
#kleine vraagjes:
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker)
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?)
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom.
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)

===23 Jan 2012 NM===
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist
#Kleine vragen:
##Co-transformatie bij dieren
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture
##Hot-start PCR Chromosome jumping

===31 Jan 2011 NM===
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren.
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten.
#Bijvragen:
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen:
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden?
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE

===17 Jan 2011 VM===
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...)
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?
#Bijvragen:
##Okayama & Berg
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties
#Kleine vragen
##IPTG sacB
##Carbon & Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank)
##Guanidiniumzouten
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE

===17 Jan 2011 VM===
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren
#Bijvragen:
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen
#Kleine vragen
##'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie
##URA3 Modeling: pyrosequencing
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL

===23 aug 2010 VM===
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking
#Kleine vragen:
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL

===26 jan 2010 VM===
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn.
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit.
#Bijvragen:
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar?
##Leg de pSC101 ori uit.
#Kleine vragen:
##Oclusion body's: wat, wanneer, nut?
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie?
##Universele splicing van ssDNA met fokI.
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode.
##EtBr en SYBR.
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese.
##Biotine merking.
##ZOO blot.

===25 jan 2010 VM===
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.)
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese.
#Bijvragen:
##Welke vectoren voor klonering in gist?
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden.
#Kleine vragen:
##Nested PCR uitleggen.
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen.
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen.
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen?
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank?
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie

===25 jan 2010 VM===
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.
#Bijvragen:
##Fosforamidiet synthesecyclus
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie?
##Schets hun gebruik.
#Kleine vragen:
##Lamba ZAP vector
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli.
##Aantal kloons in een genoombank.
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein

===14 jan 2010===
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik
#Bijvragen:
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman.
##Detailleer elke reactiestap.
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het.
#Kleine vragen:
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden.
##Exonuclease III
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank.
##Inverse PCR Mondeling: pMal
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector
##Pyrosequencing

===30 jan 2009===
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen
#Bijvragen:
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III
#Kleine vragenÂ :
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap

===30 jan 2009===
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem
#Bijvragen
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese
# Kleine vragen
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture

===27 jan 2009Â ===
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen
#Bijvragen:
##cDNA klonering (Gubler & Hoffman, Okayama & Berg)
##chromosoom walking
#Kleine vragen:
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor)
##capping in fosforamidiet, wat en waarom
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing

===24 jan 2008===
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie'
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese
#Kleine vragen
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?
##Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme

===23 jan 2008===
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar.
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen?
#Middelgrote vragen:
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost?
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode
#Kleine vragen:
##Wat is IPTG: structuur, gebruik
##Wat is de par locus
##Wat is PNA: structuur
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme?
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein

===14 jan 2008===
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen?
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?)
#Bijvragen:
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure.
##Wat zijn de voor- en nadelen?
#Bij-bijvragen:
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk?
##Waarvoor staat spi selectie?
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen?
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie

===31 jan 2007===
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken.
#Middelgrote vragen:
##pyrosequencing
##cassettemutagenese
#Kleine vragen:
##verschil southern en western blotting
##ethidiumbromide, structuur, problemen,
##gebruik Spi selectie inverse PCR
##wat is shearing
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg

===23 jan 2007===
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar

===19 jan 2007===
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren.
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda.
#SV40 vectoren.
#Kleine vragen:
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13.
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden.
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie<

Gentechnologie

2018-08-31T18:10:39Z

Sophax:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht.

==== 31 Augustus 2018 ====
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. Alkalische Lyse
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)

#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

==Examenvragen==
==== 24 januari 2018 ====
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon & Clarke. (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak
#* B. Taqman RT-PCR
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor ''E. Coli'' en ''S. cerevesiae''
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

==== 1 september 2017 VM====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?
# Kort omschrijven
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.)
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.
#* Teken de vector enzo.. (?)

==== 25 januari 2017 VM====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.
# Kort omschrijven
#*DNA shuffeling
#*CAPture techniek werking
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...

====januari 2016====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek
Volckaert:
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze

===20 januari 2015===
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.
#Kleine vraagjes:
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris
##Definieer de CAPture techniek
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.

=== 21 januari 2014 ===
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte)
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)
#Korte vraagjes: Lavigne
##Bespreek CAPture techniek
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering

=== 22 januari 2013 ===
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (>30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon & Clarke.
#Technieken: Okayama & Berg SAGE
#Kleine vragen (Lavigne):
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in "directed evolution"?
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem.
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.

===6 augustus 2012===
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...)
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)
#kleine vraagjes:
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker)
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?)
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom.
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)

===23 Jan 2012 NM===
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist
#Kleine vragen:
##Co-transformatie bij dieren
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture
##Hot-start PCR Chromosome jumping

===31 Jan 2011 NM===
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren.
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten.
#Bijvragen:
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen:
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden?
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE

===17 Jan 2011 VM===
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...)
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?
#Bijvragen:
##Okayama & Berg
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties
#Kleine vragen
##IPTG sacB
##Carbon & Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank)
##Guanidiniumzouten
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE

===17 Jan 2011 VM===
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren
#Bijvragen:
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen
#Kleine vragen
##'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie
##URA3 Modeling: pyrosequencing
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL

===23 aug 2010 VM===
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking
#Kleine vragen:
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL

===26 jan 2010 VM===
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn.
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit.
#Bijvragen:
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar?
##Leg de pSC101 ori uit.
#Kleine vragen:
##Oclusion body's: wat, wanneer, nut?
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie?
##Universele splicing van ssDNA met fokI.
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode.
##EtBr en SYBR.
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese.
##Biotine merking.
##ZOO blot.

===25 jan 2010 VM===
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.)
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese.
#Bijvragen:
##Welke vectoren voor klonering in gist?
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden.
#Kleine vragen:
##Nested PCR uitleggen.
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen.
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen.
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen?
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank?
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie

===25 jan 2010 VM===
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.
#Bijvragen:
##Fosforamidiet synthesecyclus
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie?
##Schets hun gebruik.
#Kleine vragen:
##Lamba ZAP vector
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli.
##Aantal kloons in een genoombank.
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein

===14 jan 2010===
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik
#Bijvragen:
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman.
##Detailleer elke reactiestap.
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het.
#Kleine vragen:
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden.
##Exonuclease III
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank.
##Inverse PCR Mondeling: pMal
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector
##Pyrosequencing

===30 jan 2009===
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen
#Bijvragen:
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III
#Kleine vragenÂ :
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap

===30 jan 2009===
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem
#Bijvragen
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese
# Kleine vragen
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture

===27 jan 2009Â ===
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen
#Bijvragen:
##cDNA klonering (Gubler & Hoffman, Okayama & Berg)
##chromosoom walking
#Kleine vragen:
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor)
##capping in fosforamidiet, wat en waarom
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing

===24 jan 2008===
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie'
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese
#Kleine vragen
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?
##Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme

===23 jan 2008===
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar.
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen?
#Middelgrote vragen:
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost?
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode
#Kleine vragen:
##Wat is IPTG: structuur, gebruik
##Wat is de par locus
##Wat is PNA: structuur
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme?
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein

===14 jan 2008===
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen?
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?)
#Bijvragen:
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure.
##Wat zijn de voor- en nadelen?
#Bij-bijvragen:
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk?
##Waarvoor staat spi selectie?
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen?
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie

===31 jan 2007===
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken.
#Middelgrote vragen:
##pyrosequencing
##cassettemutagenese
#Kleine vragen:
##verschil southern en western blotting
##ethidiumbromide, structuur, problemen,
##gebruik Spi selectie inverse PCR
##wat is shearing
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg

===23 jan 2007===
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar

===19 jan 2007===
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren.
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda.
#SV40 vectoren.
#Kleine vragen:
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13.
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden.
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie<

Gentechnologie

2018-08-31T18:10:11Z

Sophax:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht.

==Examenvragen==
==== 31 Augustus 2018 ====
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. Alkalische Lyse
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)

#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

==Examenvragen==
==== 24 januari 2018 ====
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon & Clarke. (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak
#* B. Taqman RT-PCR
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor ''E. Coli'' en ''S. cerevesiae''
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

==== 1 september 2017 VM====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?
# Kort omschrijven
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.)
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.
#* Teken de vector enzo.. (?)

==== 25 januari 2017 VM====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.
# Kort omschrijven
#*DNA shuffeling
#*CAPture techniek werking
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...

====januari 2016====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek
Volckaert:
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze

===20 januari 2015===
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.
#Kleine vraagjes:
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris
##Definieer de CAPture techniek
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.

=== 21 januari 2014 ===
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte)
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)
#Korte vraagjes: Lavigne
##Bespreek CAPture techniek
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering

=== 22 januari 2013 ===
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (>30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon & Clarke.
#Technieken: Okayama & Berg SAGE
#Kleine vragen (Lavigne):
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in "directed evolution"?
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem.
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.

===6 augustus 2012===
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...)
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)
#kleine vraagjes:
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker)
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?)
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom.
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)

===23 Jan 2012 NM===
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist
#Kleine vragen:
##Co-transformatie bij dieren
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture
##Hot-start PCR Chromosome jumping

===31 Jan 2011 NM===
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren.
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten.
#Bijvragen:
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen:
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden?
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE

===17 Jan 2011 VM===
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...)
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?
#Bijvragen:
##Okayama & Berg
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties
#Kleine vragen
##IPTG sacB
##Carbon & Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank)
##Guanidiniumzouten
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE

===17 Jan 2011 VM===
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren
#Bijvragen:
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen
#Kleine vragen
##'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie
##URA3 Modeling: pyrosequencing
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL

===23 aug 2010 VM===
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking
#Kleine vragen:
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL

===26 jan 2010 VM===
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn.
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit.
#Bijvragen:
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar?
##Leg de pSC101 ori uit.
#Kleine vragen:
##Oclusion body's: wat, wanneer, nut?
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie?
##Universele splicing van ssDNA met fokI.
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode.
##EtBr en SYBR.
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese.
##Biotine merking.
##ZOO blot.

===25 jan 2010 VM===
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.)
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese.
#Bijvragen:
##Welke vectoren voor klonering in gist?
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden.
#Kleine vragen:
##Nested PCR uitleggen.
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen.
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen.
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen?
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank?
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie

===25 jan 2010 VM===
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.
#Bijvragen:
##Fosforamidiet synthesecyclus
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie?
##Schets hun gebruik.
#Kleine vragen:
##Lamba ZAP vector
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli.
##Aantal kloons in een genoombank.
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein

===14 jan 2010===
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik
#Bijvragen:
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman.
##Detailleer elke reactiestap.
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het.
#Kleine vragen:
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden.
##Exonuclease III
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank.
##Inverse PCR Mondeling: pMal
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector
##Pyrosequencing

===30 jan 2009===
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen
#Bijvragen:
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III
#Kleine vragenÂ :
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap

===30 jan 2009===
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem
#Bijvragen
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese
# Kleine vragen
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture

===27 jan 2009Â ===
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen
#Bijvragen:
##cDNA klonering (Gubler & Hoffman, Okayama & Berg)
##chromosoom walking
#Kleine vragen:
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor)
##capping in fosforamidiet, wat en waarom
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing

===24 jan 2008===
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie'
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese
#Kleine vragen
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?
##Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme

===23 jan 2008===
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar.
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen?
#Middelgrote vragen:
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost?
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode
#Kleine vragen:
##Wat is IPTG: structuur, gebruik
##Wat is de par locus
##Wat is PNA: structuur
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme?
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein

===14 jan 2008===
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen?
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?)
#Bijvragen:
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure.
##Wat zijn de voor- en nadelen?
#Bij-bijvragen:
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk?
##Waarvoor staat spi selectie?
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen?
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie

===31 jan 2007===
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken.
#Middelgrote vragen:
##pyrosequencing
##cassettemutagenese
#Kleine vragen:
##verschil southern en western blotting
##ethidiumbromide, structuur, problemen,
##gebruik Spi selectie inverse PCR
##wat is shearing
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg

===23 jan 2007===
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar

===19 jan 2007===
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren.
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda.
#SV40 vectoren.
#Kleine vragen:
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13.
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden.
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie<

Veredeling en Biotechnologie

2018-08-27T17:44:19Z

Sophax:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Minor verbreding van biochemie volgt het vak veredeling samen met bio-ingenieurs optie landbouwkunde. Het bestaat uit 2 delen: plant en dier. Het deel plant wordt gegeven door W. Keulemans en is veel meer leerstof dan deel dier. Deel dier wordt gegeven door N. Buys. Beide delen zijn mondeling. Men moet op beide delen minstens een acht op twintig halen om in totaal erdoor te zijn. Tijdens het semester wordt er ook een verplichte excursie georganiseerd naar het technisch zoologisch instituut en better3fruit.

==Examenvragen==
===28 januari 2008===
#Vraag 1:
##Hardy-Weinberg
##genetische winst
##cytoplasmatische mannelijke steriliteit
##RNase
##transgressieve segregatie
##monosoom
##chimeer
##parthenogenie
##algemene combinatiegeschiktheid
##inteeltdepressie
#Het moeilijke bij het maken van hybride cultivars is het aanmaken en selecteren van de ouderlijnen
#Belang van crossing over in plantenveredeling + hoe zit het met allotetraploÃ¯die en autotetraploÃ¯die
#Bestendigheid: hoe bekomen?

===23 januari 2009===
====DIER====
#Vraag 1:
##Fokwaardeschatting
##SNP
##Recombinatiefractie
#Je wil het genetisch rendement in een veehouderij verbeteren, op welke eigenschappen ga je selecteren? Pas dit toe voor varkens en melkkoeien. Hou hierbij rekening metÂ : de markten met andere vereisten, welke rassen geef je een voorkeur , zijn kruisingen hierbij nuttig (rassennamen!)
====PLANT====
#Vraag 1:
##Allelfrequentie
##Recurrente ouder
##Specifieke combinatiegeschiktheid
##Trisoom
##Insectenbestuiver
##QTL
#Geef de soorten merkers voor verwantschapstesten en genenkaarten op te stellen. Geef voor- en nadelen en enkele bedenkingen.
#Leg systeem synthetische cultivar met kruisbestuivers uit. Je krijgt zelfs de engelse uitleg erbij dat naast de figuur in de cursus staat. (bijvraagje was of je heterosis kan verliezen na de eerste polycross, ja want je werkt met halfsib je kent de vaders niet)

===21 september 2009===
#Vraag 1:
##Overerfbaarheid
##SNP
##Koppelingsanalyse
##Algemene combinatiegeschiktheid
##Antherencultuur
##Heterozygotie
##Inteeltdepressie
##Cultivar
##Monosoom
#(Dier) Bespreek de verschillende kruisingsschemaâ€™s met betrekking tot additieve effecten. Geef tevens van elk schema een voorbeeld.Â
#(Plant) Bespreek de aanmaak van hybride cultivars aan de hand van CMS met behulp van de figuur in de cursus.Â
#(Plant) Zijn merkers handig bij het nagaan van de ploÃ¯diegraad van planten. Moet men hierbij een onderscheid maken tussen zelfbevruchters en kruisbevruchters? Gaat dit even efficiÃ«nt bij alloploÃ¯den als autoploÃ¯den?

===24 januari 2013===
====DIER====
#Vraag 1:
##Vermeerderingspiramide
##Fokwaarde
##Allelfrequentie
#musculaire dystonie: hoe ga je genetische test opstellen?Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##AFLP
##Heterozygositeit
##CoÃ«volutie
##PrefertilisatiebarriÃ¨re
##Genetische vooruitgang
#Inteeltlijnen maken (voor hybride cultivars) is de moeilijkste stap voor aanmaak hybride cultivars. Bespreek deze uitspraak.Â
#Tekening van plant A, B, A, R en hybride (bij cms); leg uit.

===23 januari 2014===
====DIERÂ ====
#Vraag 1:
##Vermeerderingspiramide
##InteeltcoÃ«fficiÃ«nt
#Genetische test ontwikkelen bij varkens voor vruchtbaarheidsgen.Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Heterozygoot (ivm merkers)
##AFLP
##...
#Eigenschappen van merkers (polymorf) en uitleg erbij geven.Â
#Selectieproblemen bij inteeltlijnen voor hybride cultivar aan te maken.Â
#CMS bij hydride cultivar via tekening uitleg.
====DIER====
#Vraag 1:
##Zuivere lijn
##Bulmer effect
#Op welke diersoort en op welke eigenschap zou je Genomic selection toepassen.Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Multitlijnveredeling(ivm merkers)
##Algemene combinatiegeschiktheid
##Effectief aantal allelen
##SimilariteitscoÃ«fficiÃ«nt
#Wat maakt een cultivar bestendig?Â
#Moleculaire merkers kunnen helpen om een collectie aan te maken voor veredeling, welke zou je gebruiken?Â
#Figuur van afstammelingenselectie van zelfbestuivers uitleggen.
====DIER====
#Vraag 1:
##Inteeltdepressie
##Stamboek
#Hoe zou je een genetische selectie voor 'hoornloos' rund opstellen?Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Dominante merker
##CMS
##Transgressieve segregatie
##InteeltcoÃ«fficiÃ«nt
#Wat zijn volgens jou de problemen bij het veredelen van zelfbevruchters?Â
#Uitleggen hoe je m.b.v. een merker op een genenkaart (reeds gelinkt aan een QTL) zou selecteren.Â
#Aan de hand van een gegeven figuur de full-sib selectie bij kruisbevruchters uitleggen.

====DIER====
#Vraag 1:
##Fokdoel
##Heterosis
#Hoe zou je bepalen of een ham van een iberico is?Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Merkerdensiteit
##Genetisch recurrente selectie
##SimilariteitscoÃ«fficiÃ«nt
#Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploÃ¯de of een autotetraploÃ¯de?Â
#Leg schema uit: synthetische cultivarÂ
===27 januari 2015===
====DIER====
#begrippen
##selectierespons
##multiplex PCR
##stressgen
#Wat is genomic selection en bij welke landbouwdieren zou je dit toepassen?
====PLANT====
#Begrippen
##QTL
##merkerdensiteit
##isolijn
##specifieke combinatiegeschiktheid
#Vragen
##Je wil tarwe veredelen voor aantal korrels per aar.
##Waarom is de bulk methode hiervoor meer geschikt dan de enkel-zaad afstamming?
##Welke moleculaire merkers kan je gebruiken om raszuiverheid na te gaan?
##Bespreek het veredelingsschema voor de aanmaak van een synthetische cultivar (tekening met engelse tekst gegeven)

===21 januari 2016===
====PLANT====
#woordjes
##dominante merker
##simmulariteitscoÃ«fficient
##algemene recombinatiegeschiktheid
##fenotypische recurrente selectie
#vragen
##bestendigheid realiseren hoe?
##QTL gebruiken voor te veredelen op een eigenschap
##bulk methode zelfbestuiving uitleggen adhv figuur
====DIER====
#Genomic selection
##op welk dier en welke eigenschap
##waarom
##hoe
#PCR-RFLP:leg uit en geef een voorbeeld
===14 januari 2016===
====PLANT====
SSR, fenotypisch recurrente selectie, dominante merker, verwachte heterozygotie
Tekening van inteelt bij maïs
De vraag van tarwe, bulk, en single-seed
====DIER====
#Veredelings- en rotatiekruising
#Genetische test voor vruchtbaarheid maken

===14 januari 2016 (2)===
====PLANT====
#heterozygotie ( verwijzing naar deel biotechnologie), inteeltcoefficient(opnieuw verwijzen naar deel biotechnologie), prezygotische barriere, AFLP
#wat is de moeilijkheid in het selecteren en maken van inteeltlijnen bij het maken van een hybridecultivar?
# mondeling bespreking over artikel
#verklaar de onderstaande tekening ( das de laatste figuur die we gezien hebben over hybridecultivars)
====DIER====
#schets vermeerderingspiramide, wat is het?, bij welke dieren wordt het toegepast en waarom?
#hoe kan men weten of vlees van een everzwijn is en niet van een gewoon varken?ontwikkel hiervoor een methode om dit na te gaan.

===31 januari 2017===
====PLANT (mondeling)====
#woordjes:
#*CentiMorgan
#*SNP
#*genotype recurrente selectie
#Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploïde of een autotetraploïde?
#Artikel
#Tekening synthetische cultivar bespreken. (Bijvragen: hoe zou je de eerste gekloonde lijn verkrijgen? (=inteelt), Waar ergens is er recurrente selectie (is dit genotypisch of fenotypisch)? (= genotypisch, bij de afstammingstest) Wordt de synthetische cultivar gebruikt voor additieve geneffecten? (= ja, want heterosis)

====DIER (uitzonderlijk schriftelijk)====
#Leg genetische vooruitgang uit aan de hand van een voorbeeld.
#Hoe zou je een merker ontwikkelen voor vleeskwaliteit bij varkens? Hoe gebruik je dit in je selectie?

===21 augustus 2017 NM ===

====PLANT (mondeling)====
#woordjes:
#*aantal effectieve alleen
#*BSA (bulk segregant analysis)
#*recurrente ouder
#*isolijn
#Wat zijn volgens jou de grootste verschillen tussen veredeling bij zelf en kruisbevruchters?
#Artikel
#Geef uitleg bij afbeelding van bulk ... bij zelfbevruchters.

====DIER (uitzonderlijk schriftelijk)====
#Vermeerderingspiramide
#Geef techniek om hoornloze runderen via merkers te identificeren.

=== 23 januari 2017 ===

===PLANT (Reeks 8) ===

Begrippen:

*AFLP
*Pre-fertilisatiebarrières
*Inteeltcoëfficiënt (hij heeft ook graag de formule uit de cursus erbij)
*...

Vraag 2: De keuze van de ouderlijnen en inteeltlijnen bij hybride cultivars kan voor problemen zorgen. Bespreek.

Vraag 3: Artikel (Eigen versie artikel mag je meebrengen, ook taak afdrukken en meebrengen. Hij heeft je taak zelf ook afgedrukt en er opmerkingen bij geschreven. Daarover gaan de vragen voornamelijk.)

Vraag 4: CMS (tekening gegeven, maar te klein om tekst te kunnen lezen)

===DIER===

Vraag 1: Vermeerderingspiramide. Leg uit aan de hand van een figuur. Waarom wordt dit gebruikt en bij welke landbouwhuisdieren wordt het toegepast?

Vraag 2: Stel een vruchtbaarheidstest op voor schapen. Leg stap voor stap uit hoe je te werk gaat.

=== 27 augustus 2018 ===

===PLANT ===

Beschrijf de begrippen adhv 3-4 woorden

*Apomixis
*Specifieke Combinatie Geschiktheid
*Merkerdensiteit

Vraag 2: Bespreek de verwantschapsonderzoek en cultivar identificatie adhv merkers

Vraag 3: Artikel

Vraag 4: CMS (tekening gegeven, maar te klein om tekst te kunnen lezen)

===DIER===

Vraag 1: Vermeerderingspiramide. Leg uit aan de hand van een figuur. Waarom wordt dit gebruikt en bij welke landbouwhuisdieren wordt het toegepast?

Vraag 2: Stel een vaderschapstest op voor honden. Leg stap voor stap uit hoe je te werk gaat.

Veredeling en Biotechnologie

2018-08-25T18:35:44Z

Sophax:

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2018-08-23T10:57:20Z

Sophax: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast.
Gedoceerd door Prof Thevelein.
Het examen bestaat uit enorm veel vragen en allemaal zijn ze mondeling (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig). Maak tekeningen en schema's.
Examen is in het Nederlands.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==

===20 Augustus 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)
# Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is
# Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.
# Bespreek al de stappen van het practicum

Bijvragen:
# Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?
# Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?
# Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.
# Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017, NM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2018-08-23T10:55:09Z

Sophax: /* 20 Augustus 2018, VM */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast.
Gedoceerd door Prof Thevelein.
Het examen bestaat uit enorm veel vragen en allemaal zijn ze mondeling (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig). Maak tekeningen en schema's.
Examen is in het Nederlands.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==

===20 Augustus 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)
# Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is
# Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd?
# Bespreek al de stappen van het practicum

Bijvragen:
# Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?
# Hoe kunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie?
# Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.
# Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017, NM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2018-08-23T10:54:51Z

Sophax:

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast.
Gedoceerd door Prof Thevelein.
Het examen bestaat uit enorm veel vragen en allemaal zijn ze mondeling (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig). Maak tekeningen en schema's.
Examen is in het Nederlands.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==

===20 Augustus 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)
# Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is
# Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd?
# Bespreek al de stappen van het practicum

Bijvragen:
# Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?
# Hoe kunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie?
# Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.
# Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017, NM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen