https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Statistiek 2026-07-28T08:21:45Z Gebruikersbijdragen MediaWiki 1.43.0 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Polymer_Materials&diff=3215 2023-01-24T17:29:28Z

<p>Statistiek: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Het vak wordt gegeven door Prof. Erik Nies. Het is een erg vriendelijke man, ook tijdens het mondeling. De eerste twee vragen zijn open boek (maak je oefeningen dus allemaal) en eentje ervan verdedig je mondeling. De laatste twee vragen zijn gesloten boek.<br /> Sinds corona is het gewoon een volledig schriftelijk en gesloten boek examen.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===24 Januari 2023===<br /> #Welke polymerisatie ondergaat wel/niet onderstaande molecule (10 punten)? <br /> #Begrippen (10 punten)<br /> #*Mz adhv molecular weight + welke eenheid heeft eindresultaat definitie<br /> #*Hoe ziet operating point van een injection er uit? Maak een schets/tekening. <br /> #*Staudinger Hypothese<br /> #UHMWPE (Tabel met gegevens gegeven; 10 punten)<br /> #*Wat is UHMWPE en wat is er speciaal aan?<br /> #*Is deze in coiled vorm? Ja/neen + leg uit waarom.<br /> #*Welke waarden in tabel hebben invloed/zeggen iets over volume van coiled vorm?<br /> #*Leid een formule af voor afhankelijkheid van Mw bij weight density van coiled vorm.<br /> #*Reken uit<br /> #Rubberen bal (ideaal rubber bij Rubbery plateau; 10 punten):<br /> #* Schets storage modulus en loss modulus tussen -50°C - 50°C met Tg = -19°C<br /> #*Leg de schets uit<br /> #*Bal wordt om de zovel tijd los gelaten vanaf 1m hoog. Schets grafiek (h/T) en waarom heb je die zo geschetst?<br /> #*Hebben &quot;*&quot; 2 en 3 iets met elkaar te maken? Zo ja/neen? Waarom?<br /> ===29 Augustus 2022===<br /> #Polystyrene<br /> #FJC-model<br /> #Begrippen<br /> #*Staudinger Hypothese<br /> #*Mz<br /> #*Performance VS Property<br /> #Rectangular rubber loaded with mass. T lowers from 50°C to -50°C<br /> #* (zie vraag jan '22)<br /> ===25 januari 2022===<br /> #In which ways can Methyl vinyl ether be polymerised?<br /> #What is the freely jointed chain model + make a drawing indicating the relevant parameters. Give a basic expression for R, give a precise expression for the contour length L. Derive an expression for &lt;R.R&gt; and discuss for each step what you did. <br /> #<br /> #* - What is Newtonian viscosity and how can it be determined from the shear rate dependent viscosity? - Illustrate the dependence of the Newtonian viscosity on the molar mass, what are the molecular reasons for this?<br /> #*- What is a thermoplastic elastomer? - How is it made out of block copolymers? <br /> #* Give the Staudinger hypothesis.<br /> # Rectangular rubber loaded with mass. T lowers from 50°C to -50°C (tabel gegeven met veel gegevens) (oefening analoog aan set 5 over rubbers, oefening 2)<br /> #* What is an ideal rubber?<br /> #* Calculate length of the rubber at 50 °C (gewoon extension ratio berekenen, alle gegevens voor de formule zijn gegeven)<br /> #* Make a plot L(T) from - 50 °C to 50 °C and indicate length from previous exercise (dezelfde vgl oplossen maar dan voor andere temperaturen en je bekomt een dalende rechte vanaf glastransitietemperatuur want vanaf daar is de formule geldig)<br /> #* Explain this behaviour (elasticiteit en entropie)<br /> <br /> ===9 januari 2021===<br /> #In which ways can acrylonitrile be polymerized? <br /> #What is the freely jointed chain model + make a drawing indicating the relevant parameters. Give a basic expression for R, give a precise expression for the contour length L. Derive an expression for &lt;R.R&gt; and discuss for each step what you did. <br /> #<br /> #* Give the definition for Mz, starting from the molecular moments. Discuss each variable and give the units. <br /> #* What is the operating in injection moulding + make a drawing. <br /> #* PE is made by free radical polymerization (Mw = 50 kg/mole, D = Mw/Mn = 3.2), can we make super strong PE fibers from this? Explain<br /> #* State the Staudinger hypothesis. <br /> #A cylindrical nylon fiber is used to suspend a 10 kg rotor in a centrifuge experiment. At T = 60°C, L0 = 20 cm and after 50 minutes, L = 20.0045 cm. <br /> #* What mechanical analogue would you use to describe the centrifuge experiment?<br /> #* Calculate stress and strain at T = 60°C and after 50 minutes. <br /> #* Determine Rs, the radius of the nylon fiber. <br /> #* Determine the elongation of the fiber at T = -10°C and after 24 hours.<br /> <br /> ===22 januari 2020===<br /> <br /> #Vraag 1: Pagina 1 van voorbeeld examenvragen<br /> #Vraag 2 (mondeling): Rechthoekig rubber wordt beladen met een massa. T daalt van +50°C tot -50°c met 1°C/min en er is nog een tabel met een heel aantal gegevens beschikbaar. <br /> #* Bereken de lengte van het rubber bij 50°C (gewoon extension ratio berekenen, alle gegevens voor de formule zijn gegeven)<br /> #* Maak een plot van lengte ifv temperatuur en neem je bekomen lengte uit bovenstaande vraag mee (dezelfde vgl oplossen maar dan voor andere temperaturen en je bekomt een dalende rechte vanaf glastransitietemperatuur want vanaf daar is de formule geldig)<br /> #* Verklaar je observatie (elasticiteit is door entropie bepaald, geef analogie met veerconstante) <br /> #Gesloten boek: Pagina 2 van voorbeeld examenvragen<br /> <br /> ===13 januari 2020===<br /> #Vraag 1 van voorbeeldexamen (open boek)<br /> #Vraag met grafiek Young's modulus van voorbeeldexamen (open boek, mondeling)<br /> #Verschil copolymerisatie Ziegler-Natta vs metalloceen van voorbeeldexamen (gesloten boek)<br /> #Formule kracht elasticiteit, entropieveer van pagina 4 voorbeeldexamen (gesloten boek) <br /> #Tabel met info UHMWPE. Waarvoor staat UHMWPE? Wat is er typisch aan deze graad? Afleiden densiteit van coiled coil, welke assumpties maak je bij deze afleiding? Uitrekenen densiteit. Is (een specifieke naam van polymeer) PE in de coiled coil conformatie? <br /> <br /> ===14 januari 2019===<br /> <br /> #vraag 1: pagina 1 van voorbeeld examenvragen<br /> #vraag 2 (mondeling): Rechthoekig rubber wordt beladen met een massa. T daalt van +50°C tot -50°c met 1°C/min en er is nog een tabel met een heel aantal gegevens beschikbaar. <br /> #* Bereken de lengte van het rubber bij 50°C (gewoon extension ratio berekenen, alle gegevens voor de formule zijn gegeven)<br /> #* Maak een plot van lengte ifv temperatuur en neem je bekomen lengte uit bovenstaande vraag mee (dezelfde vgl oplossen maar dan voor andere temperaturen en je bekomt een dalende rechte vanaf glastransitietemperatuur want vanaf daar is de formule geldig)<br /> #* Verklaar je observatie (elasticiteit is door entropie bepaald, geef analogie met veerconstante) <br /> #Gesloten boek: pagina 2 van voorbeeld examenvragen<br /> <br /> ===16 januari 2018===<br /> #Hoe polymeriseert methylvinylether? (open boek)<br /> #Oefening elongatie nylon 66 vezel in centrifuge experiment (open boek, mondeling)<br /> #*welke verband tussen stress en strain<br /> #*Bereken stress en strain<br /> #*Bereken diameter draad<br /> #*Uitrekken bij andere T (onder Tg)<br /> #Vanalles over newtioniaanse viscositeit (def., te zien in shear thinning, verband met molaire massa)<br /> #Wat zijn thermoplastische elastomeren<br /> #Experiment met stelling (van voorbeeld examen blijkbaar)<br /> #*Klopt stelling<br /> #*Bewijs je redenering <br /> #*Geef alle variabelen en hun eenheden gebruikt in bewijs<br /> <br /> ===15 januari 2018===<br /> #Polymerisatie van acrylonitril (radicaal, kationisch, anionisch) (open boek)<br /> #Oefening van rubber (analoog aan laatste (set 5, ex 2) oefeningen, rubber wordt uitgerokken door een kracht, dit wordt gevolg bij temperaturen van 50 °C tot -50 °C, bespreek plot) (open boek, mondeling)<br /> #Leg het verschil uit tussen<br /> #*Performance &amp; property<br /> #*Entanglements &amp; cross-links<br /> #Extruder<br /> #*Geef vergelijk volumetrische flow<br /> #*Leg alle symbolen uit en geef de eenheden<br /> #*Een mould wordt aan een extruder gezet voor een rod-shaped object te maken,teken dit, geef werkings punt (Qextr=Qdie)</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genetica&diff=3085 2022-09-10T12:01:40Z

<p>Statistiek: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Vak van het eerste semester 2e jaar biochemie en biologie. Ook tweedejaars chemisten en geologen kunnen hier zitten.<br /> Gedoceerd door Prof. Filip Volckaert.<br /> Het examen duurt 4 uur.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===9 september 2022===<br /> # Stelling: &quot;Ontwikkeling van celtypes bij een tunicaat wordt alleen bepaald door het spierbepalende macho-1 gen.&quot;<br /> # Figuur van transcriptie bij Eukaryoten. Vul de ontbrekende begrippen aan en leg uit.<br /> # Vraagstuk over 3 puntskruising met genen a,b&amp;c die X-gebonden zijn: <br /> #*Wat is de volgorde van deze genen?<br /> #*Welk gen ligt in het midden?<br /> #*Wat zijn de kaartafstanden?<br /> # Bgrippen: Hox gen, Hybridisatie, Inprenting, Integrine en Intron<br /> <br /> ===1 februari 2022===<br /> # Morfologische convergentie is GEEN belangrijke waarneming om evolutie aan te tonen.<br /> # Foto chromosoom kaarten + FISH bespreek EN vul de ontbrekende woorden aan op de foto. Zie hoofdstuk 18<br /> # Vraagstuk: A) Teken een diagram met hoe je denkt dat een enhanceosoom werkt om RNA-P te recruteren voor een promotor van een gen. Komt dit systeem voor bij prokaryoten/eukaryoten of beide? B) Teken het lac operon met lactose en waar glucose afwezig is. Is er transcriptie aanwezig? Komt dit systeem voor bij prokaryoten/eukaryoten of beide?<br /> # Begrippen: Plasmidevectoren, pleiotropie, pluripotent, poly-A staart, polygene overerving.<br /> <br /> ===27 januari 2022===<br /> # Stelling: Een erfelijke genetische aandoening bij muizen kan blijvend hersteld worden door een combinatie van kruisingen en testen met merkers.<br /> # Grafiek uit boek/ppt van verschillende grootte snavelbek van een soort vogels, figuur rechte met grootte snavelbek vogels en nakomelingen. Vul figuur aan en leg uit wat dit is.<br /> # Sussanna haar vader lijdt aan de X-gebonden ziekte DMD. Sussana zelf is niet ziek en huwde met haar partner Jan die ook niet ziek is. Hun zoontje Steven zijn genotype is XXY en hij lijdt aan DMD. Geef schematisch weer en leg uit hoe dit kan.<br /> #Begrippen: Proteomica, Punett diagram, recessief, recombinant DNA en proteasoom<br /> <br /> ===29 januari 2021===<br /> #stelling: &quot;fenotypische variatie komt bij bacteriën enkel voort uit genotypische factoren&quot; <br /> #Foto van evolutie bij het paard<br /> #Driepuntskruising<br /> #Begrippen: DNA-bindingsmotief, DNA dubbel helix, DNA ligase, DNA methylatie en DNA vingerafdruk<br /> <br /> ===22 juni 2020===<br /> # Stelling: &quot;transcriptie activatoreiwitten binden aan bacteriële genpromotoren&quot;<br /> # Foto van 32 en 64 celstadium bij in tunicaat embryo<br /> # Heterozygoot voor 4 genen in testkruising. Welke genen zijn gekoppeld? Wat is het genotype van de heterozygoot? Teken de koppelingskaart. Gegeven verschillende nakomeling in verschillende hoeveelheden.<br /> # Begrippen: autosomaal, conservatieve replicatie, basesubstitutie, barr lichaampje, berkenspanner.<br /> ===30 augustus 2019===<br /> # Stelling: &quot;Het fundamenteel verschil tussen positieve en negatieve controle van een gen is niet zo belangrijk.&quot;<br /> # Foto van drosophila kunstmatige selectie<br /> # Genotypes P, F1, F2 geven bij epistasie?<br /> # Recombinatie frequentie en stamboom voor een 3puntskruising<br /> # Begrippen: Apoptose, codominantie, dihybride kruising, diploïd, faag <br /> <br /> ===17 juni 2019===<br /> # Stelling: &quot;Inversie op chromosoom 3 bij de Drosophila zorgt niet voor een genetische variatie?&quot;<br /> # Foto van Himalaya siamese kat<br /> # Recombinatie frequentie en stamboom voor een 3puntskruising<br /> # Vraagstuk over lac operon en in welke mutanten de genen worden afgeschreven<br /> # Begrippen: Syntenie, Telofase, Telomerase, Tautomer effect, Syndroom van Down <br /> <br /> ===14 juni 2019 NM===<br /> #Stelling: Meiose ligt aan de basis van de variatie in het genoom.<br /> #Foto van pre-mRNA splicing en alternatieve splicing.<br /> #Stamboom: Welke grootouders van een vrouw hebben zeker geen invloed op haar X-chromosomen.<br /> #Er zijn 20000 genen en 85000 proteïnen. Verklaar hoe dit kan en geef een concreet voorbeeld uit de cursus.<br /> #Begrippen: enhancer, SNP, een-kopie gen, epigenetica, epistasie.<br /> ===11 juni 2019 VM===<br /> #Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie.<br /> #Foto van DNA banken<br /> #Oefening: stambomen <br /> #Vraagstuk: productie van Bicoid<br /> #Begrippen: elongatie, duplicatie, eenvoudig herhaald sequenties ...<br /> <br /> ===22 juni 2018 NM===<br /> #Stelling: Met PCR kan het doelDNA 11 keer vermeerderd worden.<br /> #Foto van kloon contig techniek<br /> #Oefening: mRNA uit een sjabloonDNAstreng opschrijven, amide en carboxylterminus aanduiden, overzetten in 3 AZ (ahv tabel) en aangeven of er nonsensemutaties mogelijk waren, zoja waar.<br /> # vraagstuk: Een gen dat codeert voor huids- en haarkleur. Europeanen en aziaten hebben 13 polymorfismen met 10 niet-synoniem. Afrikanen hebben er 5 met geen niet-synoniem. Verklaar de variatie tussen afrikanen en niet afrikanen.<br /> #Begrippen: replicatie, ras, recombinant DNA,...<br /> <br /> ===28 juni 2018 voormiddag===<br /> #Juist of onjuist: Splitsing voegt intronen samen en dit gebeurt enkel bij prokaryoten. (Elk woord uitleggen)<br /> #Figuur van uit het boek mbt embryo's waarvan de staartcellen naar het hoofd worden getransplanteerd en bij de ene figuur de straartcellen gewoon hoofdcellen worden in het hoofd en bij de andere figuur tot staartcellen in het hoofd differentiëren. (Determinatie uitleggen dus)<br /> #Oefening met een stamboom. a) Bepaal de manier van overerving. b) Kruising uitvoeren tussen allemaal neven en nichten van die stamboom<br /> #Oefening op driepuntskruising<br /> #Leg uit in elk max 30 woorden: SCNT, seksuele voortplanting, synaptonemaal complex, startcodon<br /> <br /> ===27 juni 2018 namiddag===<br /> #Stelling: Enkel meiose is verantwoordelijk voor genetische variatie.<br /> #Foto van het laden van tRNA.<br /> #Stamboomanalyse<br /> #Beargumenteer: eigen mening over een stelling geven.<br /> #genomica, genotype...<br /> <br /> ===27 juni 2018 voormiddag===<br /> #Bespreek de (on)waarheid van volgende stelling en bespreek elk element: bij het onderzoeken of 2 bacteriën tot dezelfde soort behoren, is het een goede eerste stap om te kijken naar een stukje DNA met een hoge mutatiesnelheid.<br /> #Afbeelding gegeven van een algemeen operon. Geef uitleg en benoem de aangeduide delen<br /> #Stamboomvraag: onderzoeken hoe de overerving wordt doorgegeven (autosomaal/X-of Y-gebonden; recessief/dominant), genotypes uitzoeken van zo veel mogelijk mensen en nog 1 klein vraagje<br /> #Driepuntskruisingsvraag: Leg de cijfers uit. Bereken de afstand en volgorde.<br /> #5 termen: Homeodomein, Heterochromatine, Helix-draai-helix motief en nog 2 andere<br /> <br /> ===25 JUNI 2018===<br /> #Maternale effectie bij embryonale ontwikkeling en hoe fenotype beïnvloed (met bicoid, nanos, dorsal....)<br /> #Figuur over beklengte vinken ifv vochtigheid (evolutie, overerfbaarheid...)<br /> #oefening genotype bepalen en allel op autosomen/geslachtchromosomen + uitleg<br /> #3 puntkruising<br /> #woordjes: Centraal dogma, buideldier, chromosoom, celdeling en nog 1<br /> <br /> ===19 juni 2018 NM===<br /> #Stelling: pre-mRNA-processing enzymen omvatten excision herstel enzymen.<br /> #Foto van homologe structuren<br /> #Oefening: stamboom gegeven waarbij een genetisch erfelijk tandziekte is. Aan de hand van de stamboom hypothese geven (kenmerk dominant, recesief, geslachtsgebonden) en hiervoor de stamboom in genotypes schrijven.<br /> #Er zijn 2 genen uit een homeo box, met een mutantexperiment onderzoeken welke van de twee de andere reguleert. Gegevens experiment waren gegeven.<br /> #Begrippen: Replisoom, represor, restrictie endonuclease, restrictieplaats, reverse transcriptase.<br /> <br /> ===18 juni 2018 NM===<br /> #Stelling: &quot;STS, sequenced tagged sites, hebben bijgedragen aan het bestuderen van het genoom op microscopisch niveau&quot;<br /> #Geef uitleg bij de figuur: een tekening van DNA. <br /> #Oefening met stamboom van een zeldzame erfelijke ziekte. Is het een X-gebonden recessieve afwijking of een autosomaal gebonden allel dat alleen bij mannen tot uiting komt. Geef het genotype van generatie 5 voor beide gevallen.<br /> #Vage vraag over welke nucleotide substituties niet konden worden waargenomen via elektroforetische studies.<br /> #Begrippen: dominant, domesticatie, DNA-vingerafdruk, doseringscompensatie en DNA-supercoiling<br /> <br /> ===18 juni 2018 VM===<br /> #Stelling: &quot;Evolutie heeft ervoor gezorgd dat organismen structuren hebben die perfect werken, zoals bijvoorbeeld het oog bij vertebraten&quot;<br /> #Tekening over epistasie, afbeelding van kruising witte varianten mais wat witte en paarse F2 oplevert. <br /> #Oefening over overerving waarbij gegeven wordt dat er twee genen coderen voor de oogkleur en dat men twee heterozygote organismen voor beide genen gaat kruisen. Het fenotype dat deze beide organismen hebben is rood. Vervolgens wordt het fenotype van de nakomelingen gegeven en moet je verklaren hoe het kan dat deze fenotypen ontstaan. + verklaren waarom de term 'nieuw fenotype' bij deze nakomelingen gebruikt kan worden <br /> #Oefening over het lac operon waar je een tabel moet aanvullen met +'jes en -'etjes<br /> #Begrippen: chromatine, chromatide, chloroplast (en nog twee dingen die beginnen met ch)<br /> <br /> ===15 juni 2018 NM===<br /> #stelling:'Vrouwelijkheid, groei en gedrag zijn genetische kenmerken bij een bacterie.'<br /> #foto van gelelectroforese<br /> #Kruising met 4 fenotypes en 4 verschillende kruisingen gegeven<br /> #Een kader gegeven met info over aantal basenparen, genen, interons... Vragen over hoeveel interons er gemiddeld per gen waren enzo. Uitleg geven over genen die niet voor een eiwit coderen.<br /> #begrippen: transcriptiebel, transcriptiefactor, torsiespanning, terminatie en totipotent<br /> <br /> ===15 juni 2018 vm===<br /> #stelling:'Is de rol van meiose bij een gist, Neurospora en een plant (Arabidopsis) identiek?<br /> #tekening van een nucleosoom<br /> #vraagstuk: Steven heeft spierziekte van Duchenne (recessieve X-gekoppelde aandoening) en heeft als geslachtschromosomen XXY. Susanne (moeder van Steven) heeft de ziekte niet en haar man ook niet. Vader van Susanna had de ziekte wel. Verklaar waarom Steven beide aandoeningen heeft<br /> #vraagstuk: Een vraagstuk over een stof die RNA-productie blokkeert, maar toch kan een embryo de eerste 6 uur delen. Maar als deze stof na 6 uur wordt weggenomen, kan de gastrulatie niet plaatsvinden. Wat kan je besluiten over de genexpressie?<br /> #begrippen: wederkerige kruising, achterliggende streng, x-stralen diffractie, zink vinger motief en wiebelparing<br /> <br /> ===5 september 2017 vm===<br /> # stelling 'waterstofbruggen tussen nucleotiden hebben invloed op de structuur van DNA'<br /> # tekening over stamboom van het oerpaard tot het huidig paard; leg de tekening uit (evolutie)<br /> # kruising: parentale en F1 generatie gegeven, met frequentie. Welke stelling is juist. (hij wou niet zeggen als er meerdere antwoorden juist waren)<br /> # bespreek 2 methoden voor DNA sequentie bepaling en geef de voor- en nadelen ervan.<br /> # begrippen: polygene overerving, polymerase kettingractie, profase, poly-A-staart<br /> <br /> ===23 juni 2017 nm===<br /> #stelling &quot;de celdelingen bij een embryo duren veel langer dan die bij een volwassen organisme&quot;<br /> #tekening van een haai, tonijn, ichtyosaurus, en dolfijn<br /> #oefening met intermediaire overerving waarbij allelfrequentie gegeven was, en een populatie naar een gebied verplaatst wordt met andere fitnessvoorwaarden -&gt; nieuwe allelfrequentie bepalen<br /> #oefening met 4 (ja vier) puntskruising, bepaal welke genen gekoppeld zijn + genotype van heterozygote ouder + koppelingskaart<br /> #begrippen uitleggen: amniocentese, anafase, aneuploïd, anticodon, apoptose<br /> ===19 juni 2017 vm===<br /> #stelling &quot;koppelingskaarten geven goed de afstand weer&quot; juist/fout<br /> #tekening van DNA-replicatie aanvullen<br /> #oefening dihybride kruising<br /> #uitleg 'chimeren'; denkvraag over toepassing<br /> #begrippen uitleggen: promotor, proteasoom, proteomica, prokaryoot, Punnett-vierkant<br /> === 16 juni 2017 ===<br /> # stelling over meiose en mitose<br /> # tekening van trp operon<br /> # oefening van overkruising, x-gebonden allelen<br /> # hunchback, antennepedia (?) en engrailed bij drosophilia, waar denk je aan en waarin verschillen ze<br /> # operon, openleesraam, pleiotropie, overkruising en gap genes<br /> === juni 2016===<br /> #foto plasmide<br /> #hoeveelheid enkelstrengig en dubbelstrengig DNA bepalen<br /> #weet rest neit meer (pfff zwak)<br /> === juni 2015 ===<br /> # Kan genetische clonering helpen in de veredeling van planten?<br /> # Een foto van een Himalaya kat<br /> # Een hele moeilijke oefening over de afstanden op chromosomen<br /> # Een diploïde cel heeft 16 chromosomen, hoeveel zijn dit er na de metafase van meiose I? En hoeveel na de anafase? Teken de anafase.<br /> # Begrippen waaronder codon, conservatief, replicate,...<br /> === 17 juni 2014 ===<br /> #DNA banken zijn uitermate geschikt om het genoom te onderzoeken<br /> #Tekening verklaren (epistasie : maiskolf die paars kleurde door 2 enzymen)<br /> #Oefening stamboom maken+ chromosomen uitleggen (klinefeltersyndroom)<br /> #Oefening op mitose/meiose<br /> #repressor, regulatorisch eiwit, replicatie, replisoom en restrictie endonulease<br /> <br /> ===16 juni 2014 namiddag===<br /> #Stelling: meiose heeft dezelfde rol in de levencycli van een bacterie, Neurospora en Arabidopsis.<br /> #Tekeningetje van Translatie-initiatie<br /> #Oef over het Lac-operon <br /> #Een origineel peptide en een gemuteerd (1deletie en 1 insertie) Bepaal de base in weg en erbij is, en bepaal de mRNA sequentie van beide.<br /> #Woordjes: domesticatie, ras, homologe structuren, morfogenese<br /> <br /> ===16 juni 2014 voormiddag ===<br /> #stelling: Neaderthalers hebben geen sexueel contact gehad met de moderne mens<br /> #foto van nucleosome die verschuift op dna streng (pg 317)<br /> #oefening over driepuntskruising<br /> #oefening openleesraam zoeken en bijhorende polypeptide<br /> #woordjes: translocatie, tRNA, transciptoom, transcriptieplaats <br /> <br /> === 13 Juni 2013 NM===<br /> # Stelling: Genetische kaarten zijn hetzelfde als fysieke kaarten van het genoom.<br /> # Foto van een 3D-tRNA molecule: bespreek de figuur<br /> # Vraagstuk over recombinante genen en de allelpositie bepalen aan de hand van hoeveel vliegen van een bepaalde recombinant er zijn.<br /> # Vraagstuk over een zeldzame ziekte met stamboom: enkele kansberekeningen etc.<br /> # Woordjes: Deletie, Excisie-reparatie-resynthese, DNA bindingsdomein, Cytokinese<br /> <br /> <br /> === 13 Juni 2013 VM===<br /> #Vergelijken van Meiose II met mitose. Heel goed de nadruk leggen op het verschil in functie <br /> #tryptofaan operon<br /> #Zo een oefeningetje met Lac-operon zoals op de taak<br /> #Nog een oefeningetje op een X-gebonden recessieve ziekte (niet moeilijk) <br /> #wat begrippen verklaren<br /> Prof helpt u goed op weg als ge het niet weet<br /> <br /> === 10 Juni 2013 VM===<br /> # Stelling: Het niet-nucleale genoom is identiek voor planten en dieren.<br /> # Karyogram van iemand met trisomie 21 (syndroom van Down). Bespreek.<br /> # Vraagstuk: a)De kans op een meisje is 0.5, hoe groot is dan de kans dat een gezin van 4 kinderen bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. b) De eigenlijke kans op een meisje is 0.49, hoe groot is nu de kans dat een gezin bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. c) Hoe groot is de kans als het eerste kind een jongen is en de 3 andere meisjes.<br /> # Gegeven: DNA-sequentie en 2 mutaties op deze sequentie. a)Geef de aminozuursequentie gecodeerd door het DNA. b) Benoem de mutaties.<br /> # 5 begrippen:<br /> #* Alternatieve splitsing<br /> #* Barr-lichaampje<br /> #* Aminoacyl-tRNA synthetase<br /> #* Apoptose<br /> #* Basesubstitutie<br /> <br /> ===31 JAN 2012 VM===<br /> # Stelling: TATA-box is een transcriptiefactor die een rol speelt bij de selectie van de juiste startplaats bij eukaryoten bij de transcriptie door RNA polymerase II.<br /> # Cirkelvormig tekeningetje van de celcyclus (zo van G1, G2, S, M maar dan zonder de letters). Bespreek.<br /> # Vraagstuk: kaart+afstanden van genen op het chromosoom bepalen a.h.v tabelletje met de fenotypes van de nakomelingen.<br /> # Bepalen of genen in HWE staan a.h.v chi².<br /> # polyploïd, polyteen chromosoom, segment-polariteit gen, selectie, semisteriliteit, stamboomanalyse, standaardafwijking, stukuitwisseling en subeenheid.<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2011 VM===<br /> # Stelling: Enkel diploïde genetische informatie is overerfbaar.<br /> # Bespreek: figuur 12-10 a en b (afbeelding van de hox-genen bij een muis op de 4 chromosomen en de expressie ervan tijdens de ontwikkeling) <br /> # Oefening over chromosoomtransformaties: je kreeg het oorspronkelijk chromosoom 123.456789 en moest dan de transformaties benoemen en de oorspronkelijke chromosomen in synaps tekenen om te laten zien wat er gebeurd is.<br /> # Moeilijke oefening over een experiment mbt facetogen bij Drosophila ifv de temperatuur(2 genotypes). De genetische variantie en de fenotypische verdeling worden geschat. Je moest bij 4 experimentele situaties 'paren van reactie-normen' tekenen die horen bij de 2 genotypes. Een experimentele vaststelling was bijvoorbeeld: 'wanneer de erfelijkheid verhoogde, verlaagde de genetische variantie' of 'bij het verlagen van de variantie van de temperatuur ging de unimodale verdeling van het fenotype over in een bimodale verdeling' ...<br /> # Begrippen:<br /> #* weifelaar<br /> #* X-chromosoom<br /> #* X-koppeling<br /> #* ...<br /> <br /> <br /> ===21 JAN 2010===<br /> # Stelling: de waterstofbruggen gevormd door nucleotiden hebben geen invloed op de structuur van DNA.<br /> # Afbeelding van het gal-systeem bij gist. (Gal4 bespreken, enhancing, UAR's, beetje eukaryote transcriptie-initiatie,...)<br /> # Oefening van staartlengte bij varkentjes. Eentje heeft een lengte van 6cm, de andere van 30cm, en de nakomeling een van 18cm. Voor de F2-generatie 1/64 met staart van 6cm, en 1/64 met een staart van 30cm, en daartussen worden de lengtes 10,14,18,22,26 waargenomen, met het meeste nakomeling een staart van 18cm. En daar een aantal vragen over, die voortbouwen op &amp;quot;van hoeveel genen hangt de staartlengte af&amp;quot;.<br /> # Een welhaast analoge oefening van 5 soorten tarwe (wit, lichtrood, half rood, half donkerrood, donkerrrood).<br /> # Begrippen:<br /> #* Enhanceosoom<br /> #* Epigenetisch stilleggen of &amp;quot;silencing&amp;quot;<br /> #* Epistasie<br /> #* Epigenetische merker<br /> #* Erfelijkheid in de ruime zin<br /> #* Homeologe chromosomen<br /> #* Homoloog chromosoom<br /> #* Homologie-afhankelijk herstel<br /> #* Homogametisch geslacht<br /> #* en nog 1...<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2010===<br /> # Wat gebeurt er met RNA nadat het is afgeschreven van DNA dankzij RNA polymerase. Is er een verschil tussen pro en eukaryoten. <br /> # foto van menselijk genoom. Beschrijf wat je ziet. <br /> # makkelijk vraagstuk over autosomaal resessieve aandoening <br /> # Ne moeilijke over Hardy-Weinberg. <br /> # Begrippen. <br /> #* heterozygon<br /> #* hetersis<br /> #* Hfr<br /> #* hexaploid<br /> #* polypoide<br /> <br /> <br /> ===19 JAN 2010===<br /> # stelling: Bicoid eiwit heeft een invloed op de paarrolgenen<br /> # fig 11.2<br /> # oefening op allelfrequentie bij een gegeven populatie met fenotypes van bloedgroepen<br /> # chi²-oefening met hypothesetest, p-waarde,...<br /> # woordjes: <br /> #* genconversie<br /> #* topoisomerase<br /> #* inversielussen<br /> #* homozygoot inversie<br /> #* kandidaatgen<br /> #* tetraploïd<br /> #* tetrade<br /> #* nog drie andere...<br /> <br /> <br /> ===18 JAN 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Figuur van het fragiel-X syndroom<br /> # de evolutie van genen gaat aan constante snelheid en houdt geen rekening met de gedegenereerde code.. <br /> Schriftelijk:<br /> # een stamboom<br /> # vraag over H² en h² <br /> # pak definities<br /> <br /> <br /> ===JAN 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Gaat genevolutie met een constante snelheid? (zonder rekening te houden met gedegenereerde codes)<br /> # tekening van fragile X syndroom<br /> Schriftelijk:<br /> # Oefening met een stamboom <br /> # een oefening op erfelijkheid<br /> # hele hoop begrippen waar bijna allemaal gen of genetisch in voor kwamen....<br /> <br /> <br /> ===JAN 2009===<br /> Mondeling:<br /> # Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie<br /> # Figuur bespreken: fig 10-4 in boek<br /> # Juist of fout: de meiose speelt dezelfde rol in de levenscyclus van een bacterie, neurospora en een plant<br /> Schriftelijk:<br /> # Een ziekte, veroorzaakt door een mutatie op het 7de chromosoom vetoont bij de mensen met deze ziekte ernstige botafwijkingen in het gelaat. Beschouw de volgende waarnemingen en trek bij elke een conclusie:<br /> a. 75% van de mannen , cariotype 23 vertoont bij deze afwijking ernstige tekenen van het andere geslacht<br /> b. Vrouwen , heterozygoot voor deze ziekte vertonen geen afwijkingen<br /> c. Het ziektegen vertoont 75% gemeenschappelijkheid met een gend dat ligt op het X chromosoom en bepalend is voor de ontwikkeling van de vrouwelijke geslachtskenmerken.<br /> # Woordjes<br /> <br /> <br /> ===29 JAN 2008===<br /> Mondeling:<br /> # Stelling: operons hebben enkel negatieve regulatie.<br /> # Figuur: 8.4 boek, over transcriptie algemeen<br /> Schriftelijk:<br /> # In 1931 vond Stern twee verschillende translocaties in drosophila. Hij ontdekte vrouwtjes met een extra stuk van het Y-chromosoom op hun X-chromosoom en andere vrouwtjes met een extra stuk chromosoom IV op hun X. Hij bestudeerde twee geslachtsgekoppelde genen: vleeskleurig (vle recessief) en staafvormig (St dominant). We kruisen dihybride staafvormige vrouwtjes met heteromorfe chromosomen (mutante allelen gelegen op X stuk van X-IV) met hemizygote vleeskleurige mannetjes met normale chromosomen. Teken de cytogenetische resultaten en beschrijf de genotypes/fenotypes van de nakomelingen.<br /> # Een fruitvlieg is heterozygoot voor een paracentrische inversie. Na vele pogingen bleek het onmogelijk homozygoten voor de inversie te kweken. Wat is de meest waarschijnlijke verklaring hiervoor?<br /> # Woordjes: A-plaats, cosupressie, dna-transposon, enol, epigenetische overerving, interferentie, klinefeltersyndroom, oncogen, plaque, silencer <br /> <br /> <br /> ===28 JAN 2008===<br /> Mondeling:<br /> # Stelling: Transcriptie en replicatie zijn genetisch gelijkaardige processen.<br /> # Figuur 9-11 uitleggen (figuur over ribosomen).<br /> Schriftelijk:<br /> # Een oefening op recombinanten waarbij je moest zeggen of de genen gekoppeld waren en de kaartafstanden moest weergeven op een kaart. Ook moest je de genotypes van de ouders geven.<br /> # Je kreeg zo'n tabelleke zoals bij lac operon en je moest zelf de + en - aanvullen.<br /> # 10 woordjes: provirus, penetrantie, proto-oncogen, epigenetisch stilgelegd, F-, enzovoort</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemische_Thermodynamica&diff=3055 2022-09-02T12:05:37Z

<p>Statistiek: /* 1 september 2022 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Zowel gevolgd door chemie als biochemie, tegenwoordig in het derde jaar voor biochemie en tweede jaar chemie. Een 'mondeling' examen met schriftelijke voorbereiding. In theorie want in praktijk verloopt het examen zonder veel woorden. De examenstructuur is altijd dezelfde: 3 theorievragen en 2 oefeningen, waarvan één altijd gaat over entropieverandering. Sinds 2012-2013 komt één van de theorievragen uit één van de artikels die je vooraf moest lezen, enkel deze vraag wordt mondeling besproken.<br /> Het vak wordt gedoceerd door professor Thierry Verbiest, oefenzittingen werden vroeger gegeven door de zo mogelijk nog sympathiekere Maarten Vanbel.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> === 1 september 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> #*Het Debije-Hückel model laat ons toe om een uitdrukking af te leiden voor de elektrochemische potentiaal.<br /> #*De gemiddelde activiteitscoëfficiënt wordt gebruikt omwille van experimentele redenen.<br /> #*De eenheid van ionische activiteit is mol/kg.<br /> #Leid een uitdrukking af voor de Laplace druk. Verklaar elke stap in je afleiding<br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> #*De variantie in het tripelpunt van een zuivere stof is nul.<br /> #*Het T,x-diagram van een ideaal mengsel kan nooit een azeotroop vertonen.<br /> #*Beschouw een vloeibaar mengsel van A en B. De samenstelling van de vloeistof is hierbij steeds gelijk aan de samenstelling van dampfase.<br /> #Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie <br /> #Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte<br /> <br /> === 25 augustus 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> #*De evenwichtsconstante is dimensieloos<br /> #*Delta G en delta G° zijn constanten<br /> #*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling <br /> #Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #Beschouw een mengsel van vloeistof A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.<br /> #Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie <br /> #Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte <br /> <br /> === 17 januari 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #<br /> #Proteïnen<br /> #*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.<br /> #*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆𝑆̅d = 0?<br /> #*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijk? Leg kort uit.<br /> #<br /> #Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #<br /> #Leid een formule af die aantoont dat een opgeloste stof die de oppervlaktespanning van een oplossing verlaagt, de neiging zal hebben zich op te stapelen aan het oppervlak. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #<br /> #Oefening 1: Wat is de reactie enthalpie van een reactie waarbij de evenwichtsconstante verdubbelt als de temperatuur verhoogd wordt met 15 K bij een temperatuur van 310 K?<br /> #<br /> #Oefening 2: 0.133 mol van een ideaal gas wordt bij een initiële druk van 5 bar isotherm en reversibel geëxpandeerd van 3 liter tot 10 liter.<br /> #*Wat is de inwendige energie, de arbeid en de warmte?<br /> #*Wat is de entropieverandering van het systeem?<br /> #*Geef de gibbsfunctie.<br /> <br /> === 31 augustus 2021 ===<br /> #Vuurpomp afleiding geven voor T en V<br /> #<br /> #Gibbs functie bij mengsels<br /> #*Toon aan dat gibbs ook een alternatieve vorm is voor de 2de hoofdwet<br /> #*Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.<br /> #<br /> #Waar of niet waar?<br /> #*Vergroten van een oppervlak zet energie vrij<br /> #*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.<br /> #*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning<br /> #*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.<br /> <br /> #Proteine stabiliteit en fasediagram geven en alles uitleggen + de afleidingen van dG folded en unfolded!<br /> #Oefening1: Druk p is gegeven (zo niet kan je gwn pV=nRT stellen) enbij verwaeming is T1= 310 K en T2=325 K, tijdens die verwarming zal de evenwichtsconstante K veranderen tot 2.K (verdubbelen) gaan, wat is de standaard enthalpie? <br /> #Oefening2: gegeven is V1 = 3 L en V2= 10L met druk p=5bar en aantal mol stof = 0.133 mol, geheel is temperatuur onafhankelijk. <br /> #*Geef U, W en q voor als het proces isotherm reversibel expandeert<br /> #*Geef de entropie verandering van het systeem<br /> #*Geef de gibbs functie voor deze situatie<br /> <br /> === 27 januari 2021 ===<br /> #Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is<br /> #Adiabatische processen<br /> #* toon aan dat P1V1^(y)=P2V2^(y) voor een adiabatisch proces<br /> #* toon aan dat de arbeid bij een adiabatisch proces gegeven wordt door W= (Pfin*Vfin-Pinit*Vinit)/(y-1) en dat deze uitdrukking equivalent is met W=Cv(Tfin-Tinit)<br /> #* leg uit waarom we Cv mogen gebruiken in W=Cv(Tfin-Tinit) terwijl het volume niet constant blijft.<br /> # Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal.<br /> # Waar of niet waar?<br /> #* Vergroten van een oppervlak zet energie vrij<br /> #*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.<br /> #*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning<br /> #*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.<br /> #Oef: bereken verschil in entropie van het systeem. gegeven T1, P1 en T2, P2 en Cr (molaire)<br /> #Oef: gegeven: temperatuur tripelpunt, 2 punten (P,T) van naftaleen<br /> #*bereken delta H<br /> #*bereken normaal kookpunt naftaleen<br /> #*bereken P van tripelpunt<br /> <br /> <br /> === 11 januari 2021 ===<br /> #Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is<br /> #Osmose<br /> #La place druk<br /> #Joule -thompson coefficient aantonen dat die 0 is voor ideale gassen<br /> #*bewijs isobare coefficient voor thermische expansie is 1/T voor ideaal gas<br /> #* bewijs isotherme compressibiliteit is 1/p voor ideaal gas<br /> #* Is joule thompsoncoefficient positief of negatief bij een expansieproces dat resulteert in koelen <br /> #oef: w, q, Ssyst, Somg,U en H berekenen bij isotherm proces<br /> #* bij reversibel proces<br /> #*bij Pex van 1 atm<br /> #oef: tripelpunt, kritisch punt, normaal kookpunt en smeltpunt gegeven <br /> #* schets een fasediagram (P,T) hiervan<br /> #* kan je O2 smelten als je de druk verhoogt?<br /> #* bereken Hvap<br /> <br /> ===31 januari 2020===<br /> # Artikel over proteïne: Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1.<br /> # Oef: bereken q, W, U. Bereken entropie en Gibbs energie.<br /> # Oef: bereken verandering van entropie.<br /> # Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.<br /> # chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?<br /> <br /> ===17 januari 2020 VM===<br /> # Wat is CMC en geef de verandering in enthalpie bij micelvorming.<br /> # Oef: opwarming van een gas tegen constante druk (Cp gegeven). Bereken warmte, verandering in U en H.<br /> # Oef: bereken de verandering in entropie bij opwarming.<br /> # chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?<br /> # klassieke nucleatietheorie<br /> ===13 januari 2020 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: P2 en deltaG berekenen<br /> # Oef: deltaS berekenen<br /> # Chemische potentiaal voor zuivere vloeistof en voor mengsel geven. Wet van Raoult en Henry bespreken met een grafiek.<br /> # Membraanpotentiaal en Donnanpotentiaal. Bespreek het verschil. <br /> <br /> ===13 januari 2020 VM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: bereken q S en H bij isotherm<br /> # Oef: bereken q, U en G bij isobaar opwarmen gas<br /> # Schets fasediagramma van 2 stoffen A en B die slecht mengbaar zijn in vaste fase en goed mengbaar in vloeistoffase. Gibbs faseregel + leg uit<br /> # mengsel ideale oplossing formules afleiden + wet van Raoult (grafiek)<br /> ===25 januari 2019 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: dSsyst berekenen bij water gaat van ijs naar vlo (een oef uit oefenzitting 3 met ijs)<br /> # Oef: H U q berekenen bij gegeven T1 T2 p1 en Cp<br /> # Bespreek chemisch pot van mengsel ideale gassen en ideale vlo<br /> # Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> <br /> ===18 januari 2019 NM===<br /> Zelfde als voormiddag, maar carnot cyclus vervangen door proteïne denaturatie + stabiliteitscurve<br /> ===18 januari 2019 VM===<br /> # Artikel over proteïne<br /> # Oefening: Kp gegeven bij twee temperaturen. Bereken delta G, H en S.<br /> # Oefening: 2 mol gas ondergaat isotherme compressie. T, p1 en delta S gegeven. Bereken einddruk en delta G. <br /> # Bespreek carnot cyclus (teken p-V diagram, bereken voor elke stap W, q, U en entropie verandering, toon aan dat U en S voor de hele reactie gelijk aan 0 zijn, bereken efficiëntie)<br /> # Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> <br /> <br /> ===14 januari 2019 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oefening over een monoatomisch gas dat isotherm wordt samengedrukt, waardoor de entropie daalt. <br /> #* Wat is de einddruk?<br /> #* Wat is de delta G?<br /> # Oefening over mengsels (zoals gezien in de les). Moleculaire massas en dichtheden gegeven.<br /> #* Hoeveel volume water en methanol moet men mengen om een bepaalde samenstelling te krijgen<br /> # Toon aan dat de entropie gelijk is aan 0 voor een reversibel proces bij fasetransities (bv smelten). Toon ook aan dat dit verschillend is van 0 voor een irreversibel proces<br /> # Leid de formule van Clapeyron af en toon dit aan voor smelten en verdampen<br /> <br /> ===14 januari 2019 VM===<br /> #Vuurpomp<br /> #Oefening over een ideaal gas dat reversibel isotherm wordt geëxpandeerd. T, V1, V2 gegeven. Bereken deltaH, deltaU, deltaG, deltaA, q en W. <br /> #Oefening over een ideaal gas dat isotherm wordt geëxpandeerd. Bereken deltaS van universum, systeem en omgeving in reversibele en irreversibele omstandigheden. V1, V2 en temperatuur gegeven. Voor irreversibele voorwaarden bij een constante externe druk van 0.1 atm. <br /> #Colligatieve eigenschappen <br /> #*Uitleggen en grafiek geven, wat doet de opgeloste stof met het chemisch potentiaal van de vloeistof? <br /> #*Bespreek kookpuntsverhoging<br /> #*Bespreek osmose<br /> #Mengsels van vloeistoffen <br /> #*Leidt een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van mengsels van ideale oplossingen <br /> #*Hoe zit dit voor reële vloeistoffen? (+grafiek)<br /> <br /> ===1 februari 2018===<br /> #vuurpomp<br /> #vraag over donnanpotentiaal<br /> #vraag over mengsels<br /> <br /> ===26 januari 2018===<br /> #Proteinevouwing<br /> #Carnot cyclus<br /> #Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom da oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> #entropie oef<br /> #verdampingsenthalpie, kookpunt, verdampingsentropie en ebullioscopische cte.<br /> <br /> === 19 januari 2018 ===<br /> <br /> #Vuurpomp uitleggen<br /> # 1 mol gas word isotherm ontspannen, bepaal q, W, delta U, entropie van omgeving en systeem voor een reversibel en irreversibel geval<br /> # gas wordt opgewarmd, bepaal molaire entropie verandering<br /> # chemische potentiaal van vloeistoffen: ideale en reële mengsels, wet van Raoult en wet van Henry<br /> # denaturatie van proteïnen: formule voor delta G in functie van temperatuur afleiden, curve schetsen en grondig bespreken<br /> <br /> === 19 januari 2018===<br /> # Vuurpomp<br /> # 1 mol ideaal gas: expansie van 20L tot 200L bij 300K. Gevraagd: entropieverandering van systeem, omgeving en universum voor: <br /> #* a. Reversibel<br /> #* b. Irreversibel bij 0.1 atm buitendruk<br /> # Gevraagd: de verandering in molaire entropie bij verwarming van stikstofgas van 25°C tot 1000°C bij constante druk. ( Gegeven: Cp = 26.9835 + 5.9622*10(^-3) T – 377*10(^-7) T(^2) )<br /> # Beschouw de reactie 3A+2B &lt;=&gt; C+2D. <br /> #* Leid het verband van de standaard Gibbsfunctie en de evenwichtsconstante af. En wat met reële gassen? (1.5p)<br /> #* Toon de drukonafhankelijkheid aan (1p)<br /> #* Toon de temperatuursafhankelijkheid aan (1.5p)<br /> # Beschouw F(folded) &lt;=&gt; U(unfolded). <br /> #* Leid deltaG in functie van de temperatuur af (1.5p)<br /> #* schets de stabiliteitscurve en bespreek gronding (2.5p)<br /> <br /> === 15 januari 2018 ===<br /> <br /> # Vuurpomp uitleggen<br /> # Oefening op entropie met isotherme compressie ---&gt; bepaal einddruk en delta G<br /> # Oefening partieel molaire volumes<br /> # Entropie voor fasetransities afleiden<br /> # Clausius-Clapeyronvgl. afleiden en toepassen voor smelten en verdampen<br /> <br /> === 3 februari 2017 NM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïne (4 ptn): Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1. (gegeven)<br /> #*Bijvragen: hij heeft een klokcurve op zijn blad getekend: hoe beïnvloed Cp de curve? (breder). Draagt water meer bij aan de opvouwing van de hairpin dan methanol? De opvouwing van de hydrofobe zijketens, hoe noemen we dit effect? (hij doelt op hydrofoob effect).<br /> # Oefening (2 ptn): gegeven: 1 mol, temperatuur 767°C verhogen naar 1027°C, druk gaat van 1 atm naar 6 atm, molaire Cv = 3/2 R. Bereken de enthalpieverandering en de entropieverandering. <br /> # Oefening (2 ptn): gegeven: 3 mol, temperatuur 27°C, de reactie is isotherm, druk gaat van 1 atm naar 5 atm. Bereken de verandering in vrije energie.<br /> # Carnot-cyclus:<br /> #* Teken het p-V en S-T diagram. (1,5 ptn)<br /> #* Bereken voor elke stap w, q, U en entropieverandering. (1,5 ptn)<br /> #* Toon aan dat de totale U en totale entropieverandering nul is. (1ptn)<br /> # Chemisch potentiaal mengsels (gas en vloeistof)<br /> #* Bespreek de verandering in Gibbs en entropie bij het mengen van ideale gassen. (1,6 ptn)<br /> #* Doe dit ook voor ideale vloeistoffen. (1,2 ptn)<br /> #* Kan je hetzelfde besluiten voor vloeistoffen en gassen? Bespreek dit. (1,2 ptn)<br /> <br /> === 27 januari 2017 NM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïne<br /> # Oefening tripelpunt en kooktemperatuur<br /> # Oefening entropie berkenen<br /> # Chemisch potentiaal mengsel vloeistoffen, uitdrukking G en aantonen dat het entropie gedreven is<br /> # Kinetisch gasmodel en fotongas<br /> <br /> === 27 januari 2017 VM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïnen<br /> # Geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen<br /> #* isotherme expansie in vacuum<br /> #* adiabatische expansie in vacuum<br /> #* isotherme expansie tegen constante druk<br /> #* adiabatische expansie tegen constante druk<br /> #* reversibele isotherme expansie<br /> #* reversibele adiabatische expansie<br /> #* isochoor proces (weet niet meer exact)<br /> # Chemische potentiaal kort uitleggen, geef afleiding metaal/metaalion electrode<br /> # Oefening triplepunt en kooktemperatuur<br /> # Oefening entropie berekening<br /> <br /> === 20 januari 2017 NM ===<br /> <br /> #Vuurpomp vertrekkende van de eerste hoofdwet van de thermodynamica<br /> #entropie (van systeem, universum en omgeving) als je een gas opwarmt van 768 tot 1028 K en samendrukt door het veranderen van de druk van 1 atm tot 6 atm. je mocht dit beschouwen als een reversibel proces. Wat is de entropie?<br /> #een mol gas (argon) ontspant zich bij 273K adiabatisch van 1L naar 10L, wat is de eindtemperatuur? gebruik voor warmtecapaciteit C(v)= 3/2R<br /> #leidt een formule af voor chemische potentiaal bij het mengen van twee stoffen. leidt dan ook de gibbsfunctie af en toon aan dat dit entropisch gedreven is.<br /> #Toon aan dat stoffen aan de oppervlakte van een stof de oppervlaktespanning doen dalen. Leidt de formule van Young-Laplace af.<br /> <br /> === 16 januari 2017 VM ===<br /> #Werking van de vuurpomp beschrijven m.b.v. de eerste hoofdwet van de thermodynamica.<br /> #Bereken een reactie-enthalpie bij 1000K (de reactie en de reactie-enthalpie bij 298K is gegeven).<br /> #Een gas bij 25°C wordt verwarmd bij constante druk tot het verdubbeld is in volume. Bereken de verandering in enthalpie, entropie en vrije energie.<br /> #Mengen van ideale gassen, formule afleiden. (en nog dingen maar die ben ik vergeten omda ik ze nie kon :'( )<br /> #Leid de Clapeyron af en pas toe op Vast-Vloeistof en Vloeistof-Damp.<br /> <br /> === 22 januari 2016 NM ===<br /> #vuurpomp<br /> #colligatieve eigenschappen, kookpuntsverhoging, osmose<br /> #clapeyron afleiden en toepassen op smelten en verdampen<br /> #entropie (sys, omg, univ) berekenen reversibel, irreversibel en enthalpie van systeem berekenen met T1, T2, Cp gegeven<br /> #entropie, enthalpie en inwendige energie berekenen waarbij een systeem verwarmd word tot het volume verdubbelt is met P constant en Ti, P en n gegeven<br /> <br /> === 15 januari 2016 (VM) ===<br /> #Het artikel over het vouwen van eiwitten bespreken.<br /> #De dampspanning van een zuivere stof op twee verschillende temperaturen krijg je. Bereken de verdampingsenthalpie, ebullioscopische constante (molaire massa gegeven.), de temperatuur waarop de vloeistof verdampt en de entropie van dit proces. <br /> #Een (zeer eenvoudige) oefening waarin de entropie moet berekend worden van een expansie.<br /> #Bespreek de carnot cyclus.<br /> #De laplace vergelijking uitleggen en verklaren waarom stoffen die aan het oppervlakte opstapelen de oppervlaktespanning verlagen.<br /> <br /> === 11 januari 2016 NM ===<br /> Hetzelfde als 11 januari VM<br /> <br /> === 11 januari 2016 VM ===<br /> #vuurpomp (opdracht)<br /> #tripelpunt oefening: gegeven temperatuur bij tripelpunt, Pvap(T1), Pvap(T2) te berekenen enthalpie(vap), kooktemp. bij normaaldruk en druk op tripelpunt.<br /> #entropie en enthalpie bij reversibel en irreversibel oefening: gegeven T1, T2, Cp<br /> #colligatieve eigenschappen bespreken (wat is het + invloed van de opgeloste stof op de chemische potentiaal van de vloeistof) en kookpuntsverhoging en osmose<br /> #elektrochemische potentiaal en metaal/metaalionelectrode + Nernstvergelijking (kort) afleiden + (heel kort) bespreken hoe enthalpie en entropie bepaald kan worden uit elektrochemie<br /> <br /> === 12 januari 2015 (NM) ===<br /> <br /> # 1. Dat vuur pomp stuff.<br /> # 2. Bereken tripel punt shit.<br /> # 3. Wat met entropie spelen n stuff.<br /> # 4. Een of ander carnot cyclus... komt dat iemand bekend voor?<br /> # 5. Wat shit met oppervlakte spanning en Young en een van zijn Franse maatjes afleiden<br /> <br /> === 17 januari 2014 ===<br /> <br /> # vraag over enthalpie bij peptide vouwen, vraag 1 van da document<br /> # Oefening om enthalpie te bereken bij 1000K terwijl de enthalpie is gegeven bij 298K van een reactievgl<br /> # Entropie berekening voor irreversibel en reversibel proces <br /> # leidt de formule van de oppervlaktespanning af, bewijs dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen de nijging hebben om zich aan de oppervlakte op te stapelen, Leidt de vergelijking van Young-dupre af<br /> # leg te elektrochemische potentiaal uit( gewoon de vergelijking uitleggen), leg membraanpotentiaal uit, leg metaal/metaan-ion elektrode uit<br /> <br /> === 28 januari 2013 ===<br /> <br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en pas dit toe op een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Toon aan dat een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (artikel).<br /> # Oefening: bepaling van de molaire entropieverandering bij verwarmen en compresseren. Warmtecapaciteit bij constant volume is geggeven.<br /> # Oefening: bereken delta H bij 1000 K van de reactie: CO + H2O -&amp;gt; CO2 + H2. delta H bij 298 K is gegeven, als ook de Cp's van de stoffen.<br /> <br /> === 25 januari 2013 ===<br /> <br /> # bewijs: bij adiabatisch proces is p1V1^(lambda)=p2V2^(lambda)<br /> # bespreek de rol van enthalpie en entropie bij het hydrofoob effect<br /> # bepaling van de tempperatuursverandering bij adiabatische compressie (begin- en einddruk, begintemp gegeven)<br /> # bepaling van delta U en delta H bij een opwarming bij constante druk (cv, massa, molaire massa en begin- en eindtemp gegeven)<br /> <br /> === 18 januari 2013 ===<br /> <br /> # Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT<br /> # Leg uit hoe een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (vraag uit artikel).<br /> # Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm. Warmtecapaciteit bij constant volume is gegeven.<br /> # Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.<br /> <br /> === 3 feb 2012 ===<br /> <br /> # Geef het verschil tussen een isotherme en een adiabatische expansie. <br /> # Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT<br /> # Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm<br /> # Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.<br /> <br /> === 27 jan 2012 ===<br /> <br /> # Toon aan dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen, de neiging hebben om zich aan het oppervlak op te stapelen.<br /> # Leg uit, elektrochemische potentiaal en pas toe op de membraanpotentiaal.<br /> # Oefening op entropieverandering<br /> # Bereken q, U en H bij verwarming bij constante druk.<br /> === 20 jan 2012 VM ===<br /> <br /> # Bespreek osmose (bijvragen: geldt deze formule altijd, hoe aanpassen voor grotere C, hoe noem je dit?)<br /> # Geef de formules voor de warmte, arbeid en verandering in inwendige energie voor volgende processen met ideale gassen:<br /> #* isotherme expansie in vacuüm<br /> #* adiabatische expansie in vacuüm<br /> #* isotherme expansie tegen constante druk<br /> #* adiabatisch expansie tegen constante druk<br /> #* reversibele isotherme expansie<br /> #* reversibele adiabatische expansie<br /> #* (bijvraag: een stok met aan het uiteinde een stuk katoen in een omhulsel duwen (past perfect): hierna brandt het katoen, hoe verklaar je dit?)<br /> # Oef: zie oef 3 bij oude examenvragen<br /> # Oef: zie oef 7 bij oude examenvragen<br /> <br /> === 16 jan 2012 VM ===<br /> <br /> # Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Oefening over verandering Gibbs van reactie bij 1298K als Cp, H &amp;amp; S van alle reagentia en producten gegeven bij 298K <br /> # Oefening over entropieverandering van expansie (systeem, omgeving, universum) zowel a) reversibel b) irreversibel bij uitwendige druk van 0,1Atm<br /> <br /> === 28 jan 2011 ===<br /> <br /> #Bespreek osmose en hoe kan je hieruit molecuulgewicht bepalen (3de keer!!!)<br /> #Bespreek membraanpotentiaal<br /> #IJs wordt van -10°C tot +10°C verwarmd: wat is de entropietoename &amp;lt;u&amp;gt;van het systeem&amp;lt;/u&amp;gt;? (enthalpie en warmtecapaciteiten gegeven)<br /> #Bereken eindtemperatuur, q, W en U van een reversibele adiabatische compressie van 28l naar 10l. (C&amp;lt;sub&amp;gt;v&amp;lt;/sub&amp;gt; = 5/2R)<br /> <br /> <br /> === 21 jan 2011 VM ===<br /> # Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Oefening over verandering inwendige energie (delta U)<br /> # Oefening over entropieverandering<br /> <br /> === 17 jan 2011 ===<br /> <br /> # Bespreek osmose en leg uit hoe je hieruit molecuulgewichten kunt bekomen <br /> # Clapeyron afleiden + toepassen op fasediagramma (m.a.w. vgl vast-&amp;gt; vl., vl. -&amp;gt; gas en vast -&amp;gt; gas berekenen)<br /> # Oefening over entropieverandering <br /> # Oefening over verandering in gibbsfunctie<br /> <br /> === 15 jan 2010 ===<br /> <br /> # bespreek de adiabatische expansie <br /> # bespreek osmose en geef een toepassing <br /> # oefening over entropieverandering <br /> # oefening over verandering in gibbsfunctie<br /> <br /> === 11 jan 2010 VM ===<br /> # Bespreek het kinetischgasmodel en de gemiddelde Etr.<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # ?<br /> # ?<br /> <br /> === 11 jan 2010 NM ===<br /> # Toon aan met formules dat een stof die de oppervlaktespanning verlaagt de neiging heeft om zich aan het oppervlak op te stapelen.<br /> # Bewijs dat de totale entropie voor een Carnotcyclus gelijk is aan nul.<br /> # Entropieverandering berekenen van gas bij bepaalde gebeurtenis.<br /> # Veranderingen in U en H berekenen bij de opwarming van een ideaal gas bij constante druk.<br /> <br /> === 30 jan 2009 ===<br /> # Clapeyron afleiden+toepassen op vloeibaar-gas.<br /> # Kookpuntverhoging.<br /> # Adiabatische compressie van een gas met de volumes en de begin T en de Cv gegeven.<br /> # Entropieverandering van 25 C naar 1000 C met Cv gegeven.<br /> === 16 jan 2009 ===<br /> # bij mengen verandering in gibbs, entropie, enthalpie en volume<br /> # carnot bespreken, q, W en U bij elk proces, en efficientie berekenen<br /> # verandering in entropie berekenen wanneer een ideaal gas expandeert van 1l bij 12K naar 2l bij 24K <br /> # verandering in enthalpie en inwendige energie berekenen van een reactie, enkele vormingsenthalpieën gegeven en een verbrandingsenthalpie, en we mochten veronderstellen dat de gassen ideaal waren<br /> === 21 jan 2008 ===<br /> # clayperon+ toep. op verdampen<br /> # kookpuntsverhoging bespreken<br /> # adiabatische expansie 1L naar 10L, Ti = 273K, bereken eindtem Cv gegeven<br /> # compresie van 1atm naar 2atm en verwarmen van 300k naar 1000k. Cp gegeven. bereken entropieverandering.<br /> === 21 jan 2008 ===<br /> # geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de membraam potentiaal<br /> # adiabtische compressie gas (1 mol) van 48,4l naar 44,4 l en begin temp = 0°C. Eindtemperatuur berekenen<br /> # entropieverandering van verwarmen gas 25°C--&amp;gt;1000°C. Cp gegeven<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # druk en temperatuursafhankelijkheid van evenwichtsconstante<br /> # isotherme en adiabatische expansie van een ideaal gas bespreken<br /> # inwendige energie berekenen, vormingsenthalpie en temperatuur gegeven<br /> # enthalpie en entropie berekenen van faseovergang van water bij T = 263K, H(273K) gegeven en Cp's gegeven<br /> <br /> === 14 jan 2008 ===<br /> # clapeyron afleiden en toepassen op vast/vloeistof<br /> # osmose bespreken<br /> # vormingsenthalpie berekenen bij 125°C van HBr uit H2 en Br2. met de Hf°bij 25°C gegeven. bereken ook de inwendige energieverandering. (Cp ook gegeven dacht ik (iemand die nog exact weet?) )<br /> # entropieverandering bij 1 mol ideaal gas met T1= 12K, T2= 24K en V1=1L en V2=2L. en Cv = 3/2 R<br /> === 14 jan 2008 ===<br /> # twee ideale gassen, bepaal deltaG, S, H, V na mengen<br /> # kookpuntsverhoging bespreken<br /> # CO(g) + H20 (g) =&amp;gt; CO2(g) + H2(g) delta H (298K) = -10 kcal. zoek delta H (1000K) Cp's gegeven<br /> # bespreek de carnotcyclus in een STdiagramma<br /> <br /> === 30 aug 2008 ===<br /> # mengen van ideale gassen, bespreek delta G, delta H, delta S, delta U en delta V<br /> # geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen<br /> #* isotherme expansie in vacuum<br /> #* adiabatische expansie in vacuum<br /> #* isotherme exp tegen constante druk<br /> #* adiab exp cte P<br /> #* reversibele isoth exp<br /> #* rev adiab exp<br /> # ideaal gas bij 12K en 1L, bereken delta S bij het omzetten naar 24K en 2L. C=2/3R <br /> === 29 jan 2007 ===<br /> # bespreek de druk- en temperatuursafh van de evenwichtsconstante<br /> # de henryconstante van CO2 in H2O is 1,...*10^6, die in benzeen 8,...*10^4. In welke stof is CO2 het best oplosbaar?<br /> # Een oefening waarbij een ideaal gas van T en V veranderd. Bereken DeltaS.<br /> === 23 jan 2007 ===<br /> # bespreek osmose<br /> # oefening waar ge bij reversibele isotherme compressie U, q, H en W moet berekenen<br /> # een ideaal gas gaat van T1-&amp;gt;T2 en V1-&amp;gt; V2. Laat zien dat geldt: Delta S= Cv. ln(T2/T1)+n.R. ln(V2/V1) Cv mag onafhankelijk van de temperatuur genomen worden. <br /> === 20 jan 2007 ===<br /> # Geef de afleiding voor de vergelijking van clapeyron en pas dit toe op smelten<br /> # Geef een S-T diagramma van de Carnotcyclus<br /> # Bereken deltaH bij 1000K, je kreeg deltaH(298), de reactie en alle Cp's<br /> <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # het mengen van ideale gassen. Bespreek de gibs functie de entalpie, entropie, en volume verandering.<br /> # de carnot cyclus wordt meestal weergeven in een pv-diagrama, geef hem nu weer in een TS-diagramma<br /> === 18 jan 2007 ===<br /> # bewijs dat de evenwichtsconstante niet drukafhankelijk is, maar wel temperatuursafhankelijk<br /> # bewijs volgende uitdrukking voor de entropieverandering van een gas dat van temperatuur en volume verandert:<br /> #: deltaS = Cv*ln(T2/T1) + nR*ln(V2/V1)<br /> Oefening:<br /> # bereken molecuulmassa van een proteïne<br /> # oplossing en osmotische druk gegeven, bereken ??</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemische_Thermodynamica&diff=3054 2022-09-02T12:05:19Z

<p>Statistiek: /* 1 september 2022 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Zowel gevolgd door chemie als biochemie, tegenwoordig in het derde jaar voor biochemie en tweede jaar chemie. Een 'mondeling' examen met schriftelijke voorbereiding. In theorie want in praktijk verloopt het examen zonder veel woorden. De examenstructuur is altijd dezelfde: 3 theorievragen en 2 oefeningen, waarvan één altijd gaat over entropieverandering. Sinds 2012-2013 komt één van de theorievragen uit één van de artikels die je vooraf moest lezen, enkel deze vraag wordt mondeling besproken.<br /> Het vak wordt gedoceerd door professor Thierry Verbiest, oefenzittingen werden vroeger gegeven door de zo mogelijk nog sympathiekere Maarten Vanbel.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> === 1 september 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #*Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> #*Het Debije-Hückel model laat ons toe om een uitdrukking af te leiden voor de elektrochemische potentiaal.<br /> #*De gemiddelde activiteitscoëfficiënt wordt gebruikt omwille van experimentele redenen.<br /> #*De eenheid van ionische activiteit is mol/kg.<br /> #*Leid een uitdrukking af voor de Laplace druk. Verklaar elke stap in je afleiding<br /> #*Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> #*De variantie in het tripelpunt van een zuivere stof is nul.<br /> #*Het T,x-diagram van een ideaal mengsel kan nooit een azeotroop vertonen.<br /> #*Beschouw een vloeibaar mengsel van A en B. De samenstelling van de vloeistof is hierbij steeds gelijk aan de samenstelling van dampfase.<br /> #Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie <br /> #Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte<br /> <br /> === 25 augustus 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> #*De evenwichtsconstante is dimensieloos<br /> #*Delta G en delta G° zijn constanten<br /> #*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling <br /> #Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #Beschouw een mengsel van vloeistof A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.<br /> #Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie <br /> #Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte <br /> <br /> === 17 januari 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #<br /> #Proteïnen<br /> #*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.<br /> #*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆𝑆̅d = 0?<br /> #*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijk? Leg kort uit.<br /> #<br /> #Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #<br /> #Leid een formule af die aantoont dat een opgeloste stof die de oppervlaktespanning van een oplossing verlaagt, de neiging zal hebben zich op te stapelen aan het oppervlak. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #<br /> #Oefening 1: Wat is de reactie enthalpie van een reactie waarbij de evenwichtsconstante verdubbelt als de temperatuur verhoogd wordt met 15 K bij een temperatuur van 310 K?<br /> #<br /> #Oefening 2: 0.133 mol van een ideaal gas wordt bij een initiële druk van 5 bar isotherm en reversibel geëxpandeerd van 3 liter tot 10 liter.<br /> #*Wat is de inwendige energie, de arbeid en de warmte?<br /> #*Wat is de entropieverandering van het systeem?<br /> #*Geef de gibbsfunctie.<br /> <br /> === 31 augustus 2021 ===<br /> #Vuurpomp afleiding geven voor T en V<br /> #<br /> #Gibbs functie bij mengsels<br /> #*Toon aan dat gibbs ook een alternatieve vorm is voor de 2de hoofdwet<br /> #*Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.<br /> #<br /> #Waar of niet waar?<br /> #*Vergroten van een oppervlak zet energie vrij<br /> #*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.<br /> #*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning<br /> #*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.<br /> <br /> #Proteine stabiliteit en fasediagram geven en alles uitleggen + de afleidingen van dG folded en unfolded!<br /> #Oefening1: Druk p is gegeven (zo niet kan je gwn pV=nRT stellen) enbij verwaeming is T1= 310 K en T2=325 K, tijdens die verwarming zal de evenwichtsconstante K veranderen tot 2.K (verdubbelen) gaan, wat is de standaard enthalpie? <br /> #Oefening2: gegeven is V1 = 3 L en V2= 10L met druk p=5bar en aantal mol stof = 0.133 mol, geheel is temperatuur onafhankelijk. <br /> #*Geef U, W en q voor als het proces isotherm reversibel expandeert<br /> #*Geef de entropie verandering van het systeem<br /> #*Geef de gibbs functie voor deze situatie<br /> <br /> === 27 januari 2021 ===<br /> #Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is<br /> #Adiabatische processen<br /> #* toon aan dat P1V1^(y)=P2V2^(y) voor een adiabatisch proces<br /> #* toon aan dat de arbeid bij een adiabatisch proces gegeven wordt door W= (Pfin*Vfin-Pinit*Vinit)/(y-1) en dat deze uitdrukking equivalent is met W=Cv(Tfin-Tinit)<br /> #* leg uit waarom we Cv mogen gebruiken in W=Cv(Tfin-Tinit) terwijl het volume niet constant blijft.<br /> # Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal.<br /> # Waar of niet waar?<br /> #* Vergroten van een oppervlak zet energie vrij<br /> #*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.<br /> #*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning<br /> #*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.<br /> #Oef: bereken verschil in entropie van het systeem. gegeven T1, P1 en T2, P2 en Cr (molaire)<br /> #Oef: gegeven: temperatuur tripelpunt, 2 punten (P,T) van naftaleen<br /> #*bereken delta H<br /> #*bereken normaal kookpunt naftaleen<br /> #*bereken P van tripelpunt<br /> <br /> <br /> === 11 januari 2021 ===<br /> #Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is<br /> #Osmose<br /> #La place druk<br /> #Joule -thompson coefficient aantonen dat die 0 is voor ideale gassen<br /> #*bewijs isobare coefficient voor thermische expansie is 1/T voor ideaal gas<br /> #* bewijs isotherme compressibiliteit is 1/p voor ideaal gas<br /> #* Is joule thompsoncoefficient positief of negatief bij een expansieproces dat resulteert in koelen <br /> #oef: w, q, Ssyst, Somg,U en H berekenen bij isotherm proces<br /> #* bij reversibel proces<br /> #*bij Pex van 1 atm<br /> #oef: tripelpunt, kritisch punt, normaal kookpunt en smeltpunt gegeven <br /> #* schets een fasediagram (P,T) hiervan<br /> #* kan je O2 smelten als je de druk verhoogt?<br /> #* bereken Hvap<br /> <br /> ===31 januari 2020===<br /> # Artikel over proteïne: Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1.<br /> # Oef: bereken q, W, U. Bereken entropie en Gibbs energie.<br /> # Oef: bereken verandering van entropie.<br /> # Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.<br /> # chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?<br /> <br /> ===17 januari 2020 VM===<br /> # Wat is CMC en geef de verandering in enthalpie bij micelvorming.<br /> # Oef: opwarming van een gas tegen constante druk (Cp gegeven). Bereken warmte, verandering in U en H.<br /> # Oef: bereken de verandering in entropie bij opwarming.<br /> # chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?<br /> # klassieke nucleatietheorie<br /> ===13 januari 2020 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: P2 en deltaG berekenen<br /> # Oef: deltaS berekenen<br /> # Chemische potentiaal voor zuivere vloeistof en voor mengsel geven. Wet van Raoult en Henry bespreken met een grafiek.<br /> # Membraanpotentiaal en Donnanpotentiaal. Bespreek het verschil. <br /> <br /> ===13 januari 2020 VM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: bereken q S en H bij isotherm<br /> # Oef: bereken q, U en G bij isobaar opwarmen gas<br /> # Schets fasediagramma van 2 stoffen A en B die slecht mengbaar zijn in vaste fase en goed mengbaar in vloeistoffase. Gibbs faseregel + leg uit<br /> # mengsel ideale oplossing formules afleiden + wet van Raoult (grafiek)<br /> ===25 januari 2019 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: dSsyst berekenen bij water gaat van ijs naar vlo (een oef uit oefenzitting 3 met ijs)<br /> # Oef: H U q berekenen bij gegeven T1 T2 p1 en Cp<br /> # Bespreek chemisch pot van mengsel ideale gassen en ideale vlo<br /> # Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> <br /> ===18 januari 2019 NM===<br /> Zelfde als voormiddag, maar carnot cyclus vervangen door proteïne denaturatie + stabiliteitscurve<br /> ===18 januari 2019 VM===<br /> # Artikel over proteïne<br /> # Oefening: Kp gegeven bij twee temperaturen. Bereken delta G, H en S.<br /> # Oefening: 2 mol gas ondergaat isotherme compressie. T, p1 en delta S gegeven. Bereken einddruk en delta G. <br /> # Bespreek carnot cyclus (teken p-V diagram, bereken voor elke stap W, q, U en entropie verandering, toon aan dat U en S voor de hele reactie gelijk aan 0 zijn, bereken efficiëntie)<br /> # Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> <br /> <br /> ===14 januari 2019 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oefening over een monoatomisch gas dat isotherm wordt samengedrukt, waardoor de entropie daalt. <br /> #* Wat is de einddruk?<br /> #* Wat is de delta G?<br /> # Oefening over mengsels (zoals gezien in de les). Moleculaire massas en dichtheden gegeven.<br /> #* Hoeveel volume water en methanol moet men mengen om een bepaalde samenstelling te krijgen<br /> # Toon aan dat de entropie gelijk is aan 0 voor een reversibel proces bij fasetransities (bv smelten). Toon ook aan dat dit verschillend is van 0 voor een irreversibel proces<br /> # Leid de formule van Clapeyron af en toon dit aan voor smelten en verdampen<br /> <br /> ===14 januari 2019 VM===<br /> #Vuurpomp<br /> #Oefening over een ideaal gas dat reversibel isotherm wordt geëxpandeerd. T, V1, V2 gegeven. Bereken deltaH, deltaU, deltaG, deltaA, q en W. <br /> #Oefening over een ideaal gas dat isotherm wordt geëxpandeerd. Bereken deltaS van universum, systeem en omgeving in reversibele en irreversibele omstandigheden. V1, V2 en temperatuur gegeven. Voor irreversibele voorwaarden bij een constante externe druk van 0.1 atm. <br /> #Colligatieve eigenschappen <br /> #*Uitleggen en grafiek geven, wat doet de opgeloste stof met het chemisch potentiaal van de vloeistof? <br /> #*Bespreek kookpuntsverhoging<br /> #*Bespreek osmose<br /> #Mengsels van vloeistoffen <br /> #*Leidt een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van mengsels van ideale oplossingen <br /> #*Hoe zit dit voor reële vloeistoffen? (+grafiek)<br /> <br /> ===1 februari 2018===<br /> #vuurpomp<br /> #vraag over donnanpotentiaal<br /> #vraag over mengsels<br /> <br /> ===26 januari 2018===<br /> #Proteinevouwing<br /> #Carnot cyclus<br /> #Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom da oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> #entropie oef<br /> #verdampingsenthalpie, kookpunt, verdampingsentropie en ebullioscopische cte.<br /> <br /> === 19 januari 2018 ===<br /> <br /> #Vuurpomp uitleggen<br /> # 1 mol gas word isotherm ontspannen, bepaal q, W, delta U, entropie van omgeving en systeem voor een reversibel en irreversibel geval<br /> # gas wordt opgewarmd, bepaal molaire entropie verandering<br /> # chemische potentiaal van vloeistoffen: ideale en reële mengsels, wet van Raoult en wet van Henry<br /> # denaturatie van proteïnen: formule voor delta G in functie van temperatuur afleiden, curve schetsen en grondig bespreken<br /> <br /> === 19 januari 2018===<br /> # Vuurpomp<br /> # 1 mol ideaal gas: expansie van 20L tot 200L bij 300K. Gevraagd: entropieverandering van systeem, omgeving en universum voor: <br /> #* a. Reversibel<br /> #* b. Irreversibel bij 0.1 atm buitendruk<br /> # Gevraagd: de verandering in molaire entropie bij verwarming van stikstofgas van 25°C tot 1000°C bij constante druk. ( Gegeven: Cp = 26.9835 + 5.9622*10(^-3) T – 377*10(^-7) T(^2) )<br /> # Beschouw de reactie 3A+2B &lt;=&gt; C+2D. <br /> #* Leid het verband van de standaard Gibbsfunctie en de evenwichtsconstante af. En wat met reële gassen? (1.5p)<br /> #* Toon de drukonafhankelijkheid aan (1p)<br /> #* Toon de temperatuursafhankelijkheid aan (1.5p)<br /> # Beschouw F(folded) &lt;=&gt; U(unfolded). <br /> #* Leid deltaG in functie van de temperatuur af (1.5p)<br /> #* schets de stabiliteitscurve en bespreek gronding (2.5p)<br /> <br /> === 15 januari 2018 ===<br /> <br /> # Vuurpomp uitleggen<br /> # Oefening op entropie met isotherme compressie ---&gt; bepaal einddruk en delta G<br /> # Oefening partieel molaire volumes<br /> # Entropie voor fasetransities afleiden<br /> # Clausius-Clapeyronvgl. afleiden en toepassen voor smelten en verdampen<br /> <br /> === 3 februari 2017 NM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïne (4 ptn): Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1. (gegeven)<br /> #*Bijvragen: hij heeft een klokcurve op zijn blad getekend: hoe beïnvloed Cp de curve? (breder). Draagt water meer bij aan de opvouwing van de hairpin dan methanol? De opvouwing van de hydrofobe zijketens, hoe noemen we dit effect? (hij doelt op hydrofoob effect).<br /> # Oefening (2 ptn): gegeven: 1 mol, temperatuur 767°C verhogen naar 1027°C, druk gaat van 1 atm naar 6 atm, molaire Cv = 3/2 R. Bereken de enthalpieverandering en de entropieverandering. <br /> # Oefening (2 ptn): gegeven: 3 mol, temperatuur 27°C, de reactie is isotherm, druk gaat van 1 atm naar 5 atm. Bereken de verandering in vrije energie.<br /> # Carnot-cyclus:<br /> #* Teken het p-V en S-T diagram. (1,5 ptn)<br /> #* Bereken voor elke stap w, q, U en entropieverandering. (1,5 ptn)<br /> #* Toon aan dat de totale U en totale entropieverandering nul is. (1ptn)<br /> # Chemisch potentiaal mengsels (gas en vloeistof)<br /> #* Bespreek de verandering in Gibbs en entropie bij het mengen van ideale gassen. (1,6 ptn)<br /> #* Doe dit ook voor ideale vloeistoffen. (1,2 ptn)<br /> #* Kan je hetzelfde besluiten voor vloeistoffen en gassen? Bespreek dit. (1,2 ptn)<br /> <br /> === 27 januari 2017 NM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïne<br /> # Oefening tripelpunt en kooktemperatuur<br /> # Oefening entropie berkenen<br /> # Chemisch potentiaal mengsel vloeistoffen, uitdrukking G en aantonen dat het entropie gedreven is<br /> # Kinetisch gasmodel en fotongas<br /> <br /> === 27 januari 2017 VM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïnen<br /> # Geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen<br /> #* isotherme expansie in vacuum<br /> #* adiabatische expansie in vacuum<br /> #* isotherme expansie tegen constante druk<br /> #* adiabatische expansie tegen constante druk<br /> #* reversibele isotherme expansie<br /> #* reversibele adiabatische expansie<br /> #* isochoor proces (weet niet meer exact)<br /> # Chemische potentiaal kort uitleggen, geef afleiding metaal/metaalion electrode<br /> # Oefening triplepunt en kooktemperatuur<br /> # Oefening entropie berekening<br /> <br /> === 20 januari 2017 NM ===<br /> <br /> #Vuurpomp vertrekkende van de eerste hoofdwet van de thermodynamica<br /> #entropie (van systeem, universum en omgeving) als je een gas opwarmt van 768 tot 1028 K en samendrukt door het veranderen van de druk van 1 atm tot 6 atm. je mocht dit beschouwen als een reversibel proces. Wat is de entropie?<br /> #een mol gas (argon) ontspant zich bij 273K adiabatisch van 1L naar 10L, wat is de eindtemperatuur? gebruik voor warmtecapaciteit C(v)= 3/2R<br /> #leidt een formule af voor chemische potentiaal bij het mengen van twee stoffen. leidt dan ook de gibbsfunctie af en toon aan dat dit entropisch gedreven is.<br /> #Toon aan dat stoffen aan de oppervlakte van een stof de oppervlaktespanning doen dalen. Leidt de formule van Young-Laplace af.<br /> <br /> === 16 januari 2017 VM ===<br /> #Werking van de vuurpomp beschrijven m.b.v. de eerste hoofdwet van de thermodynamica.<br /> #Bereken een reactie-enthalpie bij 1000K (de reactie en de reactie-enthalpie bij 298K is gegeven).<br /> #Een gas bij 25°C wordt verwarmd bij constante druk tot het verdubbeld is in volume. Bereken de verandering in enthalpie, entropie en vrije energie.<br /> #Mengen van ideale gassen, formule afleiden. (en nog dingen maar die ben ik vergeten omda ik ze nie kon :'( )<br /> #Leid de Clapeyron af en pas toe op Vast-Vloeistof en Vloeistof-Damp.<br /> <br /> === 22 januari 2016 NM ===<br /> #vuurpomp<br /> #colligatieve eigenschappen, kookpuntsverhoging, osmose<br /> #clapeyron afleiden en toepassen op smelten en verdampen<br /> #entropie (sys, omg, univ) berekenen reversibel, irreversibel en enthalpie van systeem berekenen met T1, T2, Cp gegeven<br /> #entropie, enthalpie en inwendige energie berekenen waarbij een systeem verwarmd word tot het volume verdubbelt is met P constant en Ti, P en n gegeven<br /> <br /> === 15 januari 2016 (VM) ===<br /> #Het artikel over het vouwen van eiwitten bespreken.<br /> #De dampspanning van een zuivere stof op twee verschillende temperaturen krijg je. Bereken de verdampingsenthalpie, ebullioscopische constante (molaire massa gegeven.), de temperatuur waarop de vloeistof verdampt en de entropie van dit proces. <br /> #Een (zeer eenvoudige) oefening waarin de entropie moet berekend worden van een expansie.<br /> #Bespreek de carnot cyclus.<br /> #De laplace vergelijking uitleggen en verklaren waarom stoffen die aan het oppervlakte opstapelen de oppervlaktespanning verlagen.<br /> <br /> === 11 januari 2016 NM ===<br /> Hetzelfde als 11 januari VM<br /> <br /> === 11 januari 2016 VM ===<br /> #vuurpomp (opdracht)<br /> #tripelpunt oefening: gegeven temperatuur bij tripelpunt, Pvap(T1), Pvap(T2) te berekenen enthalpie(vap), kooktemp. bij normaaldruk en druk op tripelpunt.<br /> #entropie en enthalpie bij reversibel en irreversibel oefening: gegeven T1, T2, Cp<br /> #colligatieve eigenschappen bespreken (wat is het + invloed van de opgeloste stof op de chemische potentiaal van de vloeistof) en kookpuntsverhoging en osmose<br /> #elektrochemische potentiaal en metaal/metaalionelectrode + Nernstvergelijking (kort) afleiden + (heel kort) bespreken hoe enthalpie en entropie bepaald kan worden uit elektrochemie<br /> <br /> === 12 januari 2015 (NM) ===<br /> <br /> # 1. Dat vuur pomp stuff.<br /> # 2. Bereken tripel punt shit.<br /> # 3. Wat met entropie spelen n stuff.<br /> # 4. Een of ander carnot cyclus... komt dat iemand bekend voor?<br /> # 5. Wat shit met oppervlakte spanning en Young en een van zijn Franse maatjes afleiden<br /> <br /> === 17 januari 2014 ===<br /> <br /> # vraag over enthalpie bij peptide vouwen, vraag 1 van da document<br /> # Oefening om enthalpie te bereken bij 1000K terwijl de enthalpie is gegeven bij 298K van een reactievgl<br /> # Entropie berekening voor irreversibel en reversibel proces <br /> # leidt de formule van de oppervlaktespanning af, bewijs dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen de nijging hebben om zich aan de oppervlakte op te stapelen, Leidt de vergelijking van Young-dupre af<br /> # leg te elektrochemische potentiaal uit( gewoon de vergelijking uitleggen), leg membraanpotentiaal uit, leg metaal/metaan-ion elektrode uit<br /> <br /> === 28 januari 2013 ===<br /> <br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en pas dit toe op een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Toon aan dat een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (artikel).<br /> # Oefening: bepaling van de molaire entropieverandering bij verwarmen en compresseren. Warmtecapaciteit bij constant volume is geggeven.<br /> # Oefening: bereken delta H bij 1000 K van de reactie: CO + H2O -&amp;gt; CO2 + H2. delta H bij 298 K is gegeven, als ook de Cp's van de stoffen.<br /> <br /> === 25 januari 2013 ===<br /> <br /> # bewijs: bij adiabatisch proces is p1V1^(lambda)=p2V2^(lambda)<br /> # bespreek de rol van enthalpie en entropie bij het hydrofoob effect<br /> # bepaling van de tempperatuursverandering bij adiabatische compressie (begin- en einddruk, begintemp gegeven)<br /> # bepaling van delta U en delta H bij een opwarming bij constante druk (cv, massa, molaire massa en begin- en eindtemp gegeven)<br /> <br /> === 18 januari 2013 ===<br /> <br /> # Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT<br /> # Leg uit hoe een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (vraag uit artikel).<br /> # Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm. Warmtecapaciteit bij constant volume is gegeven.<br /> # Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.<br /> <br /> === 3 feb 2012 ===<br /> <br /> # Geef het verschil tussen een isotherme en een adiabatische expansie. <br /> # Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT<br /> # Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm<br /> # Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.<br /> <br /> === 27 jan 2012 ===<br /> <br /> # Toon aan dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen, de neiging hebben om zich aan het oppervlak op te stapelen.<br /> # Leg uit, elektrochemische potentiaal en pas toe op de membraanpotentiaal.<br /> # Oefening op entropieverandering<br /> # Bereken q, U en H bij verwarming bij constante druk.<br /> === 20 jan 2012 VM ===<br /> <br /> # Bespreek osmose (bijvragen: geldt deze formule altijd, hoe aanpassen voor grotere C, hoe noem je dit?)<br /> # Geef de formules voor de warmte, arbeid en verandering in inwendige energie voor volgende processen met ideale gassen:<br /> #* isotherme expansie in vacuüm<br /> #* adiabatische expansie in vacuüm<br /> #* isotherme expansie tegen constante druk<br /> #* adiabatisch expansie tegen constante druk<br /> #* reversibele isotherme expansie<br /> #* reversibele adiabatische expansie<br /> #* (bijvraag: een stok met aan het uiteinde een stuk katoen in een omhulsel duwen (past perfect): hierna brandt het katoen, hoe verklaar je dit?)<br /> # Oef: zie oef 3 bij oude examenvragen<br /> # Oef: zie oef 7 bij oude examenvragen<br /> <br /> === 16 jan 2012 VM ===<br /> <br /> # Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Oefening over verandering Gibbs van reactie bij 1298K als Cp, H &amp;amp; S van alle reagentia en producten gegeven bij 298K <br /> # Oefening over entropieverandering van expansie (systeem, omgeving, universum) zowel a) reversibel b) irreversibel bij uitwendige druk van 0,1Atm<br /> <br /> === 28 jan 2011 ===<br /> <br /> #Bespreek osmose en hoe kan je hieruit molecuulgewicht bepalen (3de keer!!!)<br /> #Bespreek membraanpotentiaal<br /> #IJs wordt van -10°C tot +10°C verwarmd: wat is de entropietoename &amp;lt;u&amp;gt;van het systeem&amp;lt;/u&amp;gt;? (enthalpie en warmtecapaciteiten gegeven)<br /> #Bereken eindtemperatuur, q, W en U van een reversibele adiabatische compressie van 28l naar 10l. (C&amp;lt;sub&amp;gt;v&amp;lt;/sub&amp;gt; = 5/2R)<br /> <br /> <br /> === 21 jan 2011 VM ===<br /> # Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Oefening over verandering inwendige energie (delta U)<br /> # Oefening over entropieverandering<br /> <br /> === 17 jan 2011 ===<br /> <br /> # Bespreek osmose en leg uit hoe je hieruit molecuulgewichten kunt bekomen <br /> # Clapeyron afleiden + toepassen op fasediagramma (m.a.w. vgl vast-&amp;gt; vl., vl. -&amp;gt; gas en vast -&amp;gt; gas berekenen)<br /> # Oefening over entropieverandering <br /> # Oefening over verandering in gibbsfunctie<br /> <br /> === 15 jan 2010 ===<br /> <br /> # bespreek de adiabatische expansie <br /> # bespreek osmose en geef een toepassing <br /> # oefening over entropieverandering <br /> # oefening over verandering in gibbsfunctie<br /> <br /> === 11 jan 2010 VM ===<br /> # Bespreek het kinetischgasmodel en de gemiddelde Etr.<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # ?<br /> # ?<br /> <br /> === 11 jan 2010 NM ===<br /> # Toon aan met formules dat een stof die de oppervlaktespanning verlaagt de neiging heeft om zich aan het oppervlak op te stapelen.<br /> # Bewijs dat de totale entropie voor een Carnotcyclus gelijk is aan nul.<br /> # Entropieverandering berekenen van gas bij bepaalde gebeurtenis.<br /> # Veranderingen in U en H berekenen bij de opwarming van een ideaal gas bij constante druk.<br /> <br /> === 30 jan 2009 ===<br /> # Clapeyron afleiden+toepassen op vloeibaar-gas.<br /> # Kookpuntverhoging.<br /> # Adiabatische compressie van een gas met de volumes en de begin T en de Cv gegeven.<br /> # Entropieverandering van 25 C naar 1000 C met Cv gegeven.<br /> === 16 jan 2009 ===<br /> # bij mengen verandering in gibbs, entropie, enthalpie en volume<br /> # carnot bespreken, q, W en U bij elk proces, en efficientie berekenen<br /> # verandering in entropie berekenen wanneer een ideaal gas expandeert van 1l bij 12K naar 2l bij 24K <br /> # verandering in enthalpie en inwendige energie berekenen van een reactie, enkele vormingsenthalpieën gegeven en een verbrandingsenthalpie, en we mochten veronderstellen dat de gassen ideaal waren<br /> === 21 jan 2008 ===<br /> # clayperon+ toep. op verdampen<br /> # kookpuntsverhoging bespreken<br /> # adiabatische expansie 1L naar 10L, Ti = 273K, bereken eindtem Cv gegeven<br /> # compresie van 1atm naar 2atm en verwarmen van 300k naar 1000k. Cp gegeven. bereken entropieverandering.<br /> === 21 jan 2008 ===<br /> # geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de membraam potentiaal<br /> # adiabtische compressie gas (1 mol) van 48,4l naar 44,4 l en begin temp = 0°C. Eindtemperatuur berekenen<br /> # entropieverandering van verwarmen gas 25°C--&amp;gt;1000°C. Cp gegeven<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # druk en temperatuursafhankelijkheid van evenwichtsconstante<br /> # isotherme en adiabatische expansie van een ideaal gas bespreken<br /> # inwendige energie berekenen, vormingsenthalpie en temperatuur gegeven<br /> # enthalpie en entropie berekenen van faseovergang van water bij T = 263K, H(273K) gegeven en Cp's gegeven<br /> <br /> === 14 jan 2008 ===<br /> # clapeyron afleiden en toepassen op vast/vloeistof<br /> # osmose bespreken<br /> # vormingsenthalpie berekenen bij 125°C van HBr uit H2 en Br2. met de Hf°bij 25°C gegeven. bereken ook de inwendige energieverandering. (Cp ook gegeven dacht ik (iemand die nog exact weet?) )<br /> # entropieverandering bij 1 mol ideaal gas met T1= 12K, T2= 24K en V1=1L en V2=2L. en Cv = 3/2 R<br /> === 14 jan 2008 ===<br /> # twee ideale gassen, bepaal deltaG, S, H, V na mengen<br /> # kookpuntsverhoging bespreken<br /> # CO(g) + H20 (g) =&amp;gt; CO2(g) + H2(g) delta H (298K) = -10 kcal. zoek delta H (1000K) Cp's gegeven<br /> # bespreek de carnotcyclus in een STdiagramma<br /> <br /> === 30 aug 2008 ===<br /> # mengen van ideale gassen, bespreek delta G, delta H, delta S, delta U en delta V<br /> # geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen<br /> #* isotherme expansie in vacuum<br /> #* adiabatische expansie in vacuum<br /> #* isotherme exp tegen constante druk<br /> #* adiab exp cte P<br /> #* reversibele isoth exp<br /> #* rev adiab exp<br /> # ideaal gas bij 12K en 1L, bereken delta S bij het omzetten naar 24K en 2L. C=2/3R <br /> === 29 jan 2007 ===<br /> # bespreek de druk- en temperatuursafh van de evenwichtsconstante<br /> # de henryconstante van CO2 in H2O is 1,...*10^6, die in benzeen 8,...*10^4. In welke stof is CO2 het best oplosbaar?<br /> # Een oefening waarbij een ideaal gas van T en V veranderd. Bereken DeltaS.<br /> === 23 jan 2007 ===<br /> # bespreek osmose<br /> # oefening waar ge bij reversibele isotherme compressie U, q, H en W moet berekenen<br /> # een ideaal gas gaat van T1-&amp;gt;T2 en V1-&amp;gt; V2. Laat zien dat geldt: Delta S= Cv. ln(T2/T1)+n.R. ln(V2/V1) Cv mag onafhankelijk van de temperatuur genomen worden. <br /> === 20 jan 2007 ===<br /> # Geef de afleiding voor de vergelijking van clapeyron en pas dit toe op smelten<br /> # Geef een S-T diagramma van de Carnotcyclus<br /> # Bereken deltaH bij 1000K, je kreeg deltaH(298), de reactie en alle Cp's<br /> <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # het mengen van ideale gassen. Bespreek de gibs functie de entalpie, entropie, en volume verandering.<br /> # de carnot cyclus wordt meestal weergeven in een pv-diagrama, geef hem nu weer in een TS-diagramma<br /> === 18 jan 2007 ===<br /> # bewijs dat de evenwichtsconstante niet drukafhankelijk is, maar wel temperatuursafhankelijk<br /> # bewijs volgende uitdrukking voor de entropieverandering van een gas dat van temperatuur en volume verandert:<br /> #: deltaS = Cv*ln(T2/T1) + nR*ln(V2/V1)<br /> Oefening:<br /> # bereken molecuulmassa van een proteïne<br /> # oplossing en osmotische druk gegeven, bereken ??</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemische_Thermodynamica&diff=3053 2022-09-02T12:03:31Z

<p>Statistiek: /* 1 september 2022 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Zowel gevolgd door chemie als biochemie, tegenwoordig in het derde jaar voor biochemie en tweede jaar chemie. Een 'mondeling' examen met schriftelijke voorbereiding. In theorie want in praktijk verloopt het examen zonder veel woorden. De examenstructuur is altijd dezelfde: 3 theorievragen en 2 oefeningen, waarvan één altijd gaat over entropieverandering. Sinds 2012-2013 komt één van de theorievragen uit één van de artikels die je vooraf moest lezen, enkel deze vraag wordt mondeling besproken.<br /> Het vak wordt gedoceerd door professor Thierry Verbiest, oefenzittingen werden vroeger gegeven door de zo mogelijk nog sympathiekere Maarten Vanbel.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> === 1 september 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> <br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> * Het Debije-Hückel model laat ons toe om een uitdrukking af te leiden voor de<br /> elektrochemische potentiaal.<br /> * De gemiddelde activiteitscoëfficiënt wordt gebruikt omwille van experimentele<br /> redenen.<br /> * De eenheid van ionische activiteit is mol/kg.<br /> <br /> #Leid een uitdrukking af voor de Laplace druk. Verklaar elke stap in je afleiding<br /> <br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> * De variantie in het tripelpunt van een zuivere stof is nul.<br /> * Het T,x-diagram van een ideaal mengsel kan nooit een azeotroop vertonen.<br /> * Beschouw een vloeibaar mengsel van A en B. De samenstelling van de vloeistof is<br /> hierbij steeds gelijk aan de samenstelling van dampfase.<br /> #Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie <br /> #Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte<br /> <br /> === 25 augustus 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> #*De evenwichtsconstante is dimensieloos<br /> #*Delta G en delta G° zijn constanten<br /> #*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling <br /> #Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #Beschouw een mengsel van vloeistof A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.<br /> #Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie <br /> #Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte <br /> <br /> === 17 januari 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #<br /> #Proteïnen<br /> #*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.<br /> #*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆𝑆̅d = 0?<br /> #*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijk? Leg kort uit.<br /> #<br /> #Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #<br /> #Leid een formule af die aantoont dat een opgeloste stof die de oppervlaktespanning van een oplossing verlaagt, de neiging zal hebben zich op te stapelen aan het oppervlak. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #<br /> #Oefening 1: Wat is de reactie enthalpie van een reactie waarbij de evenwichtsconstante verdubbelt als de temperatuur verhoogd wordt met 15 K bij een temperatuur van 310 K?<br /> #<br /> #Oefening 2: 0.133 mol van een ideaal gas wordt bij een initiële druk van 5 bar isotherm en reversibel geëxpandeerd van 3 liter tot 10 liter.<br /> #*Wat is de inwendige energie, de arbeid en de warmte?<br /> #*Wat is de entropieverandering van het systeem?<br /> #*Geef de gibbsfunctie.<br /> <br /> === 31 augustus 2021 ===<br /> #Vuurpomp afleiding geven voor T en V<br /> #<br /> #Gibbs functie bij mengsels<br /> #*Toon aan dat gibbs ook een alternatieve vorm is voor de 2de hoofdwet<br /> #*Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.<br /> #<br /> #Waar of niet waar?<br /> #*Vergroten van een oppervlak zet energie vrij<br /> #*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.<br /> #*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning<br /> #*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.<br /> <br /> #Proteine stabiliteit en fasediagram geven en alles uitleggen + de afleidingen van dG folded en unfolded!<br /> #Oefening1: Druk p is gegeven (zo niet kan je gwn pV=nRT stellen) enbij verwaeming is T1= 310 K en T2=325 K, tijdens die verwarming zal de evenwichtsconstante K veranderen tot 2.K (verdubbelen) gaan, wat is de standaard enthalpie? <br /> #Oefening2: gegeven is V1 = 3 L en V2= 10L met druk p=5bar en aantal mol stof = 0.133 mol, geheel is temperatuur onafhankelijk. <br /> #*Geef U, W en q voor als het proces isotherm reversibel expandeert<br /> #*Geef de entropie verandering van het systeem<br /> #*Geef de gibbs functie voor deze situatie<br /> <br /> === 27 januari 2021 ===<br /> #Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is<br /> #Adiabatische processen<br /> #* toon aan dat P1V1^(y)=P2V2^(y) voor een adiabatisch proces<br /> #* toon aan dat de arbeid bij een adiabatisch proces gegeven wordt door W= (Pfin*Vfin-Pinit*Vinit)/(y-1) en dat deze uitdrukking equivalent is met W=Cv(Tfin-Tinit)<br /> #* leg uit waarom we Cv mogen gebruiken in W=Cv(Tfin-Tinit) terwijl het volume niet constant blijft.<br /> # Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal.<br /> # Waar of niet waar?<br /> #* Vergroten van een oppervlak zet energie vrij<br /> #*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.<br /> #*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning<br /> #*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.<br /> #Oef: bereken verschil in entropie van het systeem. gegeven T1, P1 en T2, P2 en Cr (molaire)<br /> #Oef: gegeven: temperatuur tripelpunt, 2 punten (P,T) van naftaleen<br /> #*bereken delta H<br /> #*bereken normaal kookpunt naftaleen<br /> #*bereken P van tripelpunt<br /> <br /> <br /> === 11 januari 2021 ===<br /> #Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is<br /> #Osmose<br /> #La place druk<br /> #Joule -thompson coefficient aantonen dat die 0 is voor ideale gassen<br /> #*bewijs isobare coefficient voor thermische expansie is 1/T voor ideaal gas<br /> #* bewijs isotherme compressibiliteit is 1/p voor ideaal gas<br /> #* Is joule thompsoncoefficient positief of negatief bij een expansieproces dat resulteert in koelen <br /> #oef: w, q, Ssyst, Somg,U en H berekenen bij isotherm proces<br /> #* bij reversibel proces<br /> #*bij Pex van 1 atm<br /> #oef: tripelpunt, kritisch punt, normaal kookpunt en smeltpunt gegeven <br /> #* schets een fasediagram (P,T) hiervan<br /> #* kan je O2 smelten als je de druk verhoogt?<br /> #* bereken Hvap<br /> <br /> ===31 januari 2020===<br /> # Artikel over proteïne: Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1.<br /> # Oef: bereken q, W, U. Bereken entropie en Gibbs energie.<br /> # Oef: bereken verandering van entropie.<br /> # Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.<br /> # chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?<br /> <br /> ===17 januari 2020 VM===<br /> # Wat is CMC en geef de verandering in enthalpie bij micelvorming.<br /> # Oef: opwarming van een gas tegen constante druk (Cp gegeven). Bereken warmte, verandering in U en H.<br /> # Oef: bereken de verandering in entropie bij opwarming.<br /> # chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?<br /> # klassieke nucleatietheorie<br /> ===13 januari 2020 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: P2 en deltaG berekenen<br /> # Oef: deltaS berekenen<br /> # Chemische potentiaal voor zuivere vloeistof en voor mengsel geven. Wet van Raoult en Henry bespreken met een grafiek.<br /> # Membraanpotentiaal en Donnanpotentiaal. Bespreek het verschil. <br /> <br /> ===13 januari 2020 VM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: bereken q S en H bij isotherm<br /> # Oef: bereken q, U en G bij isobaar opwarmen gas<br /> # Schets fasediagramma van 2 stoffen A en B die slecht mengbaar zijn in vaste fase en goed mengbaar in vloeistoffase. Gibbs faseregel + leg uit<br /> # mengsel ideale oplossing formules afleiden + wet van Raoult (grafiek)<br /> ===25 januari 2019 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: dSsyst berekenen bij water gaat van ijs naar vlo (een oef uit oefenzitting 3 met ijs)<br /> # Oef: H U q berekenen bij gegeven T1 T2 p1 en Cp<br /> # Bespreek chemisch pot van mengsel ideale gassen en ideale vlo<br /> # Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> <br /> ===18 januari 2019 NM===<br /> Zelfde als voormiddag, maar carnot cyclus vervangen door proteïne denaturatie + stabiliteitscurve<br /> ===18 januari 2019 VM===<br /> # Artikel over proteïne<br /> # Oefening: Kp gegeven bij twee temperaturen. Bereken delta G, H en S.<br /> # Oefening: 2 mol gas ondergaat isotherme compressie. T, p1 en delta S gegeven. Bereken einddruk en delta G. <br /> # Bespreek carnot cyclus (teken p-V diagram, bereken voor elke stap W, q, U en entropie verandering, toon aan dat U en S voor de hele reactie gelijk aan 0 zijn, bereken efficiëntie)<br /> # Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> <br /> <br /> ===14 januari 2019 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oefening over een monoatomisch gas dat isotherm wordt samengedrukt, waardoor de entropie daalt. <br /> #* Wat is de einddruk?<br /> #* Wat is de delta G?<br /> # Oefening over mengsels (zoals gezien in de les). Moleculaire massas en dichtheden gegeven.<br /> #* Hoeveel volume water en methanol moet men mengen om een bepaalde samenstelling te krijgen<br /> # Toon aan dat de entropie gelijk is aan 0 voor een reversibel proces bij fasetransities (bv smelten). Toon ook aan dat dit verschillend is van 0 voor een irreversibel proces<br /> # Leid de formule van Clapeyron af en toon dit aan voor smelten en verdampen<br /> <br /> ===14 januari 2019 VM===<br /> #Vuurpomp<br /> #Oefening over een ideaal gas dat reversibel isotherm wordt geëxpandeerd. T, V1, V2 gegeven. Bereken deltaH, deltaU, deltaG, deltaA, q en W. <br /> #Oefening over een ideaal gas dat isotherm wordt geëxpandeerd. Bereken deltaS van universum, systeem en omgeving in reversibele en irreversibele omstandigheden. V1, V2 en temperatuur gegeven. Voor irreversibele voorwaarden bij een constante externe druk van 0.1 atm. <br /> #Colligatieve eigenschappen <br /> #*Uitleggen en grafiek geven, wat doet de opgeloste stof met het chemisch potentiaal van de vloeistof? <br /> #*Bespreek kookpuntsverhoging<br /> #*Bespreek osmose<br /> #Mengsels van vloeistoffen <br /> #*Leidt een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van mengsels van ideale oplossingen <br /> #*Hoe zit dit voor reële vloeistoffen? (+grafiek)<br /> <br /> ===1 februari 2018===<br /> #vuurpomp<br /> #vraag over donnanpotentiaal<br /> #vraag over mengsels<br /> <br /> ===26 januari 2018===<br /> #Proteinevouwing<br /> #Carnot cyclus<br /> #Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom da oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> #entropie oef<br /> #verdampingsenthalpie, kookpunt, verdampingsentropie en ebullioscopische cte.<br /> <br /> === 19 januari 2018 ===<br /> <br /> #Vuurpomp uitleggen<br /> # 1 mol gas word isotherm ontspannen, bepaal q, W, delta U, entropie van omgeving en systeem voor een reversibel en irreversibel geval<br /> # gas wordt opgewarmd, bepaal molaire entropie verandering<br /> # chemische potentiaal van vloeistoffen: ideale en reële mengsels, wet van Raoult en wet van Henry<br /> # denaturatie van proteïnen: formule voor delta G in functie van temperatuur afleiden, curve schetsen en grondig bespreken<br /> <br /> === 19 januari 2018===<br /> # Vuurpomp<br /> # 1 mol ideaal gas: expansie van 20L tot 200L bij 300K. Gevraagd: entropieverandering van systeem, omgeving en universum voor: <br /> #* a. Reversibel<br /> #* b. Irreversibel bij 0.1 atm buitendruk<br /> # Gevraagd: de verandering in molaire entropie bij verwarming van stikstofgas van 25°C tot 1000°C bij constante druk. ( Gegeven: Cp = 26.9835 + 5.9622*10(^-3) T – 377*10(^-7) T(^2) )<br /> # Beschouw de reactie 3A+2B &lt;=&gt; C+2D. <br /> #* Leid het verband van de standaard Gibbsfunctie en de evenwichtsconstante af. En wat met reële gassen? (1.5p)<br /> #* Toon de drukonafhankelijkheid aan (1p)<br /> #* Toon de temperatuursafhankelijkheid aan (1.5p)<br /> # Beschouw F(folded) &lt;=&gt; U(unfolded). <br /> #* Leid deltaG in functie van de temperatuur af (1.5p)<br /> #* schets de stabiliteitscurve en bespreek gronding (2.5p)<br /> <br /> === 15 januari 2018 ===<br /> <br /> # Vuurpomp uitleggen<br /> # Oefening op entropie met isotherme compressie ---&gt; bepaal einddruk en delta G<br /> # Oefening partieel molaire volumes<br /> # Entropie voor fasetransities afleiden<br /> # Clausius-Clapeyronvgl. afleiden en toepassen voor smelten en verdampen<br /> <br /> === 3 februari 2017 NM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïne (4 ptn): Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1. (gegeven)<br /> #*Bijvragen: hij heeft een klokcurve op zijn blad getekend: hoe beïnvloed Cp de curve? (breder). Draagt water meer bij aan de opvouwing van de hairpin dan methanol? De opvouwing van de hydrofobe zijketens, hoe noemen we dit effect? (hij doelt op hydrofoob effect).<br /> # Oefening (2 ptn): gegeven: 1 mol, temperatuur 767°C verhogen naar 1027°C, druk gaat van 1 atm naar 6 atm, molaire Cv = 3/2 R. Bereken de enthalpieverandering en de entropieverandering. <br /> # Oefening (2 ptn): gegeven: 3 mol, temperatuur 27°C, de reactie is isotherm, druk gaat van 1 atm naar 5 atm. Bereken de verandering in vrije energie.<br /> # Carnot-cyclus:<br /> #* Teken het p-V en S-T diagram. (1,5 ptn)<br /> #* Bereken voor elke stap w, q, U en entropieverandering. (1,5 ptn)<br /> #* Toon aan dat de totale U en totale entropieverandering nul is. (1ptn)<br /> # Chemisch potentiaal mengsels (gas en vloeistof)<br /> #* Bespreek de verandering in Gibbs en entropie bij het mengen van ideale gassen. (1,6 ptn)<br /> #* Doe dit ook voor ideale vloeistoffen. (1,2 ptn)<br /> #* Kan je hetzelfde besluiten voor vloeistoffen en gassen? Bespreek dit. (1,2 ptn)<br /> <br /> === 27 januari 2017 NM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïne<br /> # Oefening tripelpunt en kooktemperatuur<br /> # Oefening entropie berkenen<br /> # Chemisch potentiaal mengsel vloeistoffen, uitdrukking G en aantonen dat het entropie gedreven is<br /> # Kinetisch gasmodel en fotongas<br /> <br /> === 27 januari 2017 VM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïnen<br /> # Geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen<br /> #* isotherme expansie in vacuum<br /> #* adiabatische expansie in vacuum<br /> #* isotherme expansie tegen constante druk<br /> #* adiabatische expansie tegen constante druk<br /> #* reversibele isotherme expansie<br /> #* reversibele adiabatische expansie<br /> #* isochoor proces (weet niet meer exact)<br /> # Chemische potentiaal kort uitleggen, geef afleiding metaal/metaalion electrode<br /> # Oefening triplepunt en kooktemperatuur<br /> # Oefening entropie berekening<br /> <br /> === 20 januari 2017 NM ===<br /> <br /> #Vuurpomp vertrekkende van de eerste hoofdwet van de thermodynamica<br /> #entropie (van systeem, universum en omgeving) als je een gas opwarmt van 768 tot 1028 K en samendrukt door het veranderen van de druk van 1 atm tot 6 atm. je mocht dit beschouwen als een reversibel proces. Wat is de entropie?<br /> #een mol gas (argon) ontspant zich bij 273K adiabatisch van 1L naar 10L, wat is de eindtemperatuur? gebruik voor warmtecapaciteit C(v)= 3/2R<br /> #leidt een formule af voor chemische potentiaal bij het mengen van twee stoffen. leidt dan ook de gibbsfunctie af en toon aan dat dit entropisch gedreven is.<br /> #Toon aan dat stoffen aan de oppervlakte van een stof de oppervlaktespanning doen dalen. Leidt de formule van Young-Laplace af.<br /> <br /> === 16 januari 2017 VM ===<br /> #Werking van de vuurpomp beschrijven m.b.v. de eerste hoofdwet van de thermodynamica.<br /> #Bereken een reactie-enthalpie bij 1000K (de reactie en de reactie-enthalpie bij 298K is gegeven).<br /> #Een gas bij 25°C wordt verwarmd bij constante druk tot het verdubbeld is in volume. Bereken de verandering in enthalpie, entropie en vrije energie.<br /> #Mengen van ideale gassen, formule afleiden. (en nog dingen maar die ben ik vergeten omda ik ze nie kon :'( )<br /> #Leid de Clapeyron af en pas toe op Vast-Vloeistof en Vloeistof-Damp.<br /> <br /> === 22 januari 2016 NM ===<br /> #vuurpomp<br /> #colligatieve eigenschappen, kookpuntsverhoging, osmose<br /> #clapeyron afleiden en toepassen op smelten en verdampen<br /> #entropie (sys, omg, univ) berekenen reversibel, irreversibel en enthalpie van systeem berekenen met T1, T2, Cp gegeven<br /> #entropie, enthalpie en inwendige energie berekenen waarbij een systeem verwarmd word tot het volume verdubbelt is met P constant en Ti, P en n gegeven<br /> <br /> === 15 januari 2016 (VM) ===<br /> #Het artikel over het vouwen van eiwitten bespreken.<br /> #De dampspanning van een zuivere stof op twee verschillende temperaturen krijg je. Bereken de verdampingsenthalpie, ebullioscopische constante (molaire massa gegeven.), de temperatuur waarop de vloeistof verdampt en de entropie van dit proces. <br /> #Een (zeer eenvoudige) oefening waarin de entropie moet berekend worden van een expansie.<br /> #Bespreek de carnot cyclus.<br /> #De laplace vergelijking uitleggen en verklaren waarom stoffen die aan het oppervlakte opstapelen de oppervlaktespanning verlagen.<br /> <br /> === 11 januari 2016 NM ===<br /> Hetzelfde als 11 januari VM<br /> <br /> === 11 januari 2016 VM ===<br /> #vuurpomp (opdracht)<br /> #tripelpunt oefening: gegeven temperatuur bij tripelpunt, Pvap(T1), Pvap(T2) te berekenen enthalpie(vap), kooktemp. bij normaaldruk en druk op tripelpunt.<br /> #entropie en enthalpie bij reversibel en irreversibel oefening: gegeven T1, T2, Cp<br /> #colligatieve eigenschappen bespreken (wat is het + invloed van de opgeloste stof op de chemische potentiaal van de vloeistof) en kookpuntsverhoging en osmose<br /> #elektrochemische potentiaal en metaal/metaalionelectrode + Nernstvergelijking (kort) afleiden + (heel kort) bespreken hoe enthalpie en entropie bepaald kan worden uit elektrochemie<br /> <br /> === 12 januari 2015 (NM) ===<br /> <br /> # 1. Dat vuur pomp stuff.<br /> # 2. Bereken tripel punt shit.<br /> # 3. Wat met entropie spelen n stuff.<br /> # 4. Een of ander carnot cyclus... komt dat iemand bekend voor?<br /> # 5. Wat shit met oppervlakte spanning en Young en een van zijn Franse maatjes afleiden<br /> <br /> === 17 januari 2014 ===<br /> <br /> # vraag over enthalpie bij peptide vouwen, vraag 1 van da document<br /> # Oefening om enthalpie te bereken bij 1000K terwijl de enthalpie is gegeven bij 298K van een reactievgl<br /> # Entropie berekening voor irreversibel en reversibel proces <br /> # leidt de formule van de oppervlaktespanning af, bewijs dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen de nijging hebben om zich aan de oppervlakte op te stapelen, Leidt de vergelijking van Young-dupre af<br /> # leg te elektrochemische potentiaal uit( gewoon de vergelijking uitleggen), leg membraanpotentiaal uit, leg metaal/metaan-ion elektrode uit<br /> <br /> === 28 januari 2013 ===<br /> <br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en pas dit toe op een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Toon aan dat een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (artikel).<br /> # Oefening: bepaling van de molaire entropieverandering bij verwarmen en compresseren. Warmtecapaciteit bij constant volume is geggeven.<br /> # Oefening: bereken delta H bij 1000 K van de reactie: CO + H2O -&amp;gt; CO2 + H2. delta H bij 298 K is gegeven, als ook de Cp's van de stoffen.<br /> <br /> === 25 januari 2013 ===<br /> <br /> # bewijs: bij adiabatisch proces is p1V1^(lambda)=p2V2^(lambda)<br /> # bespreek de rol van enthalpie en entropie bij het hydrofoob effect<br /> # bepaling van de tempperatuursverandering bij adiabatische compressie (begin- en einddruk, begintemp gegeven)<br /> # bepaling van delta U en delta H bij een opwarming bij constante druk (cv, massa, molaire massa en begin- en eindtemp gegeven)<br /> <br /> === 18 januari 2013 ===<br /> <br /> # Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT<br /> # Leg uit hoe een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (vraag uit artikel).<br /> # Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm. Warmtecapaciteit bij constant volume is gegeven.<br /> # Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.<br /> <br /> === 3 feb 2012 ===<br /> <br /> # Geef het verschil tussen een isotherme en een adiabatische expansie. <br /> # Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT<br /> # Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm<br /> # Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.<br /> <br /> === 27 jan 2012 ===<br /> <br /> # Toon aan dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen, de neiging hebben om zich aan het oppervlak op te stapelen.<br /> # Leg uit, elektrochemische potentiaal en pas toe op de membraanpotentiaal.<br /> # Oefening op entropieverandering<br /> # Bereken q, U en H bij verwarming bij constante druk.<br /> === 20 jan 2012 VM ===<br /> <br /> # Bespreek osmose (bijvragen: geldt deze formule altijd, hoe aanpassen voor grotere C, hoe noem je dit?)<br /> # Geef de formules voor de warmte, arbeid en verandering in inwendige energie voor volgende processen met ideale gassen:<br /> #* isotherme expansie in vacuüm<br /> #* adiabatische expansie in vacuüm<br /> #* isotherme expansie tegen constante druk<br /> #* adiabatisch expansie tegen constante druk<br /> #* reversibele isotherme expansie<br /> #* reversibele adiabatische expansie<br /> #* (bijvraag: een stok met aan het uiteinde een stuk katoen in een omhulsel duwen (past perfect): hierna brandt het katoen, hoe verklaar je dit?)<br /> # Oef: zie oef 3 bij oude examenvragen<br /> # Oef: zie oef 7 bij oude examenvragen<br /> <br /> === 16 jan 2012 VM ===<br /> <br /> # Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Oefening over verandering Gibbs van reactie bij 1298K als Cp, H &amp;amp; S van alle reagentia en producten gegeven bij 298K <br /> # Oefening over entropieverandering van expansie (systeem, omgeving, universum) zowel a) reversibel b) irreversibel bij uitwendige druk van 0,1Atm<br /> <br /> === 28 jan 2011 ===<br /> <br /> #Bespreek osmose en hoe kan je hieruit molecuulgewicht bepalen (3de keer!!!)<br /> #Bespreek membraanpotentiaal<br /> #IJs wordt van -10°C tot +10°C verwarmd: wat is de entropietoename &amp;lt;u&amp;gt;van het systeem&amp;lt;/u&amp;gt;? (enthalpie en warmtecapaciteiten gegeven)<br /> #Bereken eindtemperatuur, q, W en U van een reversibele adiabatische compressie van 28l naar 10l. (C&amp;lt;sub&amp;gt;v&amp;lt;/sub&amp;gt; = 5/2R)<br /> <br /> <br /> === 21 jan 2011 VM ===<br /> # Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Oefening over verandering inwendige energie (delta U)<br /> # Oefening over entropieverandering<br /> <br /> === 17 jan 2011 ===<br /> <br /> # Bespreek osmose en leg uit hoe je hieruit molecuulgewichten kunt bekomen <br /> # Clapeyron afleiden + toepassen op fasediagramma (m.a.w. vgl vast-&amp;gt; vl., vl. -&amp;gt; gas en vast -&amp;gt; gas berekenen)<br /> # Oefening over entropieverandering <br /> # Oefening over verandering in gibbsfunctie<br /> <br /> === 15 jan 2010 ===<br /> <br /> # bespreek de adiabatische expansie <br /> # bespreek osmose en geef een toepassing <br /> # oefening over entropieverandering <br /> # oefening over verandering in gibbsfunctie<br /> <br /> === 11 jan 2010 VM ===<br /> # Bespreek het kinetischgasmodel en de gemiddelde Etr.<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # ?<br /> # ?<br /> <br /> === 11 jan 2010 NM ===<br /> # Toon aan met formules dat een stof die de oppervlaktespanning verlaagt de neiging heeft om zich aan het oppervlak op te stapelen.<br /> # Bewijs dat de totale entropie voor een Carnotcyclus gelijk is aan nul.<br /> # Entropieverandering berekenen van gas bij bepaalde gebeurtenis.<br /> # Veranderingen in U en H berekenen bij de opwarming van een ideaal gas bij constante druk.<br /> <br /> === 30 jan 2009 ===<br /> # Clapeyron afleiden+toepassen op vloeibaar-gas.<br /> # Kookpuntverhoging.<br /> # Adiabatische compressie van een gas met de volumes en de begin T en de Cv gegeven.<br /> # Entropieverandering van 25 C naar 1000 C met Cv gegeven.<br /> === 16 jan 2009 ===<br /> # bij mengen verandering in gibbs, entropie, enthalpie en volume<br /> # carnot bespreken, q, W en U bij elk proces, en efficientie berekenen<br /> # verandering in entropie berekenen wanneer een ideaal gas expandeert van 1l bij 12K naar 2l bij 24K <br /> # verandering in enthalpie en inwendige energie berekenen van een reactie, enkele vormingsenthalpieën gegeven en een verbrandingsenthalpie, en we mochten veronderstellen dat de gassen ideaal waren<br /> === 21 jan 2008 ===<br /> # clayperon+ toep. op verdampen<br /> # kookpuntsverhoging bespreken<br /> # adiabatische expansie 1L naar 10L, Ti = 273K, bereken eindtem Cv gegeven<br /> # compresie van 1atm naar 2atm en verwarmen van 300k naar 1000k. Cp gegeven. bereken entropieverandering.<br /> === 21 jan 2008 ===<br /> # geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de membraam potentiaal<br /> # adiabtische compressie gas (1 mol) van 48,4l naar 44,4 l en begin temp = 0°C. Eindtemperatuur berekenen<br /> # entropieverandering van verwarmen gas 25°C--&amp;gt;1000°C. Cp gegeven<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # druk en temperatuursafhankelijkheid van evenwichtsconstante<br /> # isotherme en adiabatische expansie van een ideaal gas bespreken<br /> # inwendige energie berekenen, vormingsenthalpie en temperatuur gegeven<br /> # enthalpie en entropie berekenen van faseovergang van water bij T = 263K, H(273K) gegeven en Cp's gegeven<br /> <br /> === 14 jan 2008 ===<br /> # clapeyron afleiden en toepassen op vast/vloeistof<br /> # osmose bespreken<br /> # vormingsenthalpie berekenen bij 125°C van HBr uit H2 en Br2. met de Hf°bij 25°C gegeven. bereken ook de inwendige energieverandering. (Cp ook gegeven dacht ik (iemand die nog exact weet?) )<br /> # entropieverandering bij 1 mol ideaal gas met T1= 12K, T2= 24K en V1=1L en V2=2L. en Cv = 3/2 R<br /> === 14 jan 2008 ===<br /> # twee ideale gassen, bepaal deltaG, S, H, V na mengen<br /> # kookpuntsverhoging bespreken<br /> # CO(g) + H20 (g) =&amp;gt; CO2(g) + H2(g) delta H (298K) = -10 kcal. zoek delta H (1000K) Cp's gegeven<br /> # bespreek de carnotcyclus in een STdiagramma<br /> <br /> === 30 aug 2008 ===<br /> # mengen van ideale gassen, bespreek delta G, delta H, delta S, delta U en delta V<br /> # geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen<br /> #* isotherme expansie in vacuum<br /> #* adiabatische expansie in vacuum<br /> #* isotherme exp tegen constante druk<br /> #* adiab exp cte P<br /> #* reversibele isoth exp<br /> #* rev adiab exp<br /> # ideaal gas bij 12K en 1L, bereken delta S bij het omzetten naar 24K en 2L. C=2/3R <br /> === 29 jan 2007 ===<br /> # bespreek de druk- en temperatuursafh van de evenwichtsconstante<br /> # de henryconstante van CO2 in H2O is 1,...*10^6, die in benzeen 8,...*10^4. In welke stof is CO2 het best oplosbaar?<br /> # Een oefening waarbij een ideaal gas van T en V veranderd. Bereken DeltaS.<br /> === 23 jan 2007 ===<br /> # bespreek osmose<br /> # oefening waar ge bij reversibele isotherme compressie U, q, H en W moet berekenen<br /> # een ideaal gas gaat van T1-&amp;gt;T2 en V1-&amp;gt; V2. Laat zien dat geldt: Delta S= Cv. ln(T2/T1)+n.R. ln(V2/V1) Cv mag onafhankelijk van de temperatuur genomen worden. <br /> === 20 jan 2007 ===<br /> # Geef de afleiding voor de vergelijking van clapeyron en pas dit toe op smelten<br /> # Geef een S-T diagramma van de Carnotcyclus<br /> # Bereken deltaH bij 1000K, je kreeg deltaH(298), de reactie en alle Cp's<br /> <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # het mengen van ideale gassen. Bespreek de gibs functie de entalpie, entropie, en volume verandering.<br /> # de carnot cyclus wordt meestal weergeven in een pv-diagrama, geef hem nu weer in een TS-diagramma<br /> === 18 jan 2007 ===<br /> # bewijs dat de evenwichtsconstante niet drukafhankelijk is, maar wel temperatuursafhankelijk<br /> # bewijs volgende uitdrukking voor de entropieverandering van een gas dat van temperatuur en volume verandert:<br /> #: deltaS = Cv*ln(T2/T1) + nR*ln(V2/V1)<br /> Oefening:<br /> # bereken molecuulmassa van een proteïne<br /> # oplossing en osmotische druk gegeven, bereken ??</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Machemie&diff=3052 2022-09-02T11:50:49Z

<p>Statistiek: </p> <hr /> <div>Vakken die worden gedoceerd in de Master Chemie.</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemical_Statistical_Mechanics&diff=3051 2022-09-02T11:50:14Z

<p>Statistiek: Nieuwe pagina aangemaakt met &#039;Categorie:Machemie ==Vakinformatie== ==Examenvragen==&#039;</p> <hr /> <div>[[Categorie:Machemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> ==Examenvragen==</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Machemie&diff=3050 2022-09-02T11:49:43Z

<p>Statistiek: </p> <hr /> <div>Vakken die worden gedoceerd in de Master Chemie.<br /> [[Chemical Statistical Mechanics]]</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Machemie&diff=3049 2022-09-02T11:49:31Z

<p>Statistiek: </p> <hr /> <div>Vakken die worden gedoceerd in de Master Chemie.<br /> Chemical Statistical Mechanics</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Bachelor_Chemie&diff=3048 2022-09-02T11:48:23Z

<p>Statistiek: </p> <hr /> <div>Vakken die gedoceerd worden in de Bachelor Chemie</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Geologie&diff=3047 2022-09-02T11:42:36Z

<p>Statistiek: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Geologie van Prof. Robert Speijer is een verplicht vak in het eerste semester van het eerste jaar voor chemie en binnen de minor verbreding voor Biochemie.<br /> Examen is mondeling. Er is ook een deeltje examen over het practicum (steentjes). Hiervoor mag je je practicumhandleiding gebruiken.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===3 februari 2022===<br /> # Een hele uitleg over visbeenderen en platte spiraalvormige fossielen in het Jura die bewaard zijn gebleven in schalies. <br /> #*a) Welk tijdperk voor en na het Jura? Geef aan in # miljoen jaar in welke periode het Jura zich bevond.<br /> #*b) Welke gesteenten zijn schalies?<br /> #*c) Hoe noemt men de organismen die deze platte spiraalvormige fossielen opleveren?<br /> #*d) Hoe komt het dat de beenderen in tact zijn gebleven in de zee, welk milieu heerst er in de zee hiervoor?<br /> # Geologie van België.<br /> #*a) Wat is het Massief van Brabant?<br /> #*b) Hoe en wanneer werd het Massief van Brabant gevormd?<br /> #*c) Hoe komt het dat het Massief van Brabant op sommige plekken dagzoomt en op andere plekken bedekt is met sediment uit het Cenozoïcum?<br /> # Ijstijdvak in het laat-Carboon en vroeg-Perm.<br /> #*a) Welk tijdvak kwam voor het Carboon en welk tijdvak kwam na het Perm? Geef aan in # miljoen jaar in welke periode het Carboon zich bevond.<br /> #*b) Toon aan dat Alfred Wegener al aanwijzingen vond voor deze ijstijd.<br /> #*c) Leg uit hoe deze ijstijd tot stand is gekomen.<br /> # Metamorfose.<br /> #*a) Geef een definitie voor metamorfose, inclusief de reden waarom metamorfose plaatsvindt.<br /> #*b) Wat zijn de verschillen en overeenkomsten tussen contactmetamorfose en schokmetamorfose?<br /> <br /> ===26 januari 2021===<br /> #Verklaar dat de platentektoniek aan de basis ligt van allerhande processen en fenomenen. De argumenten van Wegener moeten hier NIET uigelegd worden.<br /> #In Aken en Keulen wordt bruinkool ontgonnen (tekening van doorsnede grond waarbij aquifer doorsneden wordt door mijn)<br /> #*a)Wanneer is het Neogeen?<br /> #*b)Wat is bruinkool en hoe wordt het gevormd?<br /> #*c)Wat voor gevolgen heeft de ontginning van bruinkool voor de maatschappij en voor het milieu?<br /> #*d)Wat zijn de gevolgen hier (in Keulen/Aken) als men door de freatische grondtafel heeft geboord? We gaan ervan uit dat er geen hangende watertafel onder de freatische watertafel ligt.<br /> #*e)Wat is het verschil tussen een freatische watertafel en een hangende watertafel? Toon met een tekening.<br /> #Diamant en grafiet<br /> #*a)Wat zijn de overeenkomsten en verschillen tussen diamant en grafiet?<br /> #*b)Door welke factoren worden deze bepaald en hoe vindt men deze vormingsfactoren?<br /> #*c)In welke gesteenten vindt men vooral diamant?<br /> #*d)In welk ander gesteente vindt men ook diamant door secundaire toevoer? Hoe komt deze tot stand?<br /> #Hele uitleg over PETM<br /> #*a)Hoe komt een broeikastijdvak tot stand?<br /> #*b)Wat is silicaatverwering en wat is de rol daarvan in vroegere klimaten en wat is de rol daarvan nu?<br /> #*c)De aarde heeft vroeger warmere periodes gekend? Waarom is het dan dat deze periodes toch niet zo goed zijn voor de mens, leg aan de hand van de polaire ijskappen en permafrost?<br /> <br /> ===29 januari 2019 VM===<br /> #Op aarde kunnen we BIF (banded iron formations) en stromatolieten vinden uit de tijd van het Proterozoïcum. <br /> #*a)Wanneer was het Proterozoïcum en welk tijdvak kwam hiervoor en welk hierna? <br /> #*b)Wat zijn stromatolieten en BIF en wat zeggen deze over de ontwikkeling van de aarde en het leven. <br /> #<br /> #*a)Waaruit is silex opgebouwd en hoe wordt het gevormd? <br /> #*b)Hoe komt het dat er afgeronde keien silex te vinden zijn aan de basis van een zandafzetting gevormd in het Cenozoïcum? Uit welk gesteenten zijn deze silexen afkomstig voordat het afgeronde keien waren? <br /> #<br /> #*a)Een gebergte gevormd tijdens subductie zal onder zijn eigen gewicht inzakken, hoe komt dit? <br /> #*b)Hoe komt het dat een gesteente gevormd op grote diepte in dit gebergte (bv groter dan 30 km) uiteindelijk toch terug aan het oppervlak terecht komt? <br /> #<br /> #*a)Wat zijn turbidieten? Waar komen ze voor? Hoe worden ze gevormd? Welke typische structuur hebben ze? <br /> #*b)Beschouw een afzetten gevormd uit afwisselend een laag klei en een laag kwarts. Wanneer deze sedimenten orogenese ondergaan en er intermediaire metamorfose plaatsvindt wat zal er dan met ze gebeuren? <br /> ===28 januari 2019===<br /> #<br /> #*a) hoeveel bedraagt de gemiddelde geothermische gradiënt van de continentale korst en hoe warm was het dan in een voormalige limburgse mijnschacht op diept van 1000m<br /> #*b) leg uit waarom water in een begrensde aquifer op die diepte vaak niet als drinkwater te gebruiken is en van welke factoren dit afhangt<br /> #*C) leg uit waarom de geothermische gradiënt van de korst veel steiler (sterker) is dan die van de mantel<br /> #<br /> #*a) welke observaties in de oceaan hebben geleid tot de theorie van hotspots<br /> #*b) wat veroorzaakt hotspots en wat is relatie met het model van platentektoniek<br /> #*c) meeste hotspot vulkanen hebben voornamelijk magma met mafische samenstelling, de hotspot onder yellowstone park levert echter ook grote hoeveelheden felsische en intermediaire magma, hoe verklaar je dit verschil<br /> #<br /> #*a) door welke processen wordt schuine gelaagdheid veroorzaakt en in welk sedimentair afzettingsmilieu kan schuine gelaagdheid worden waargenomen<br /> #*b) schets de manier hoe dat schuine gelaagdheid gevormd word en geef erbij uitleg<br /> #*c) welke informatie kan men afleiden uit opeenvolgende schuine gelaagdheden die in verschillende richting hellen<br /> #<br /> #*a) magnesiet (formule gegeven) en sideriet vormen een vaste oplossing, magnesiet en calciet vormen geen vaste oplossing, verklaar dit verschil en verklaar ook dat dolomiet (formule gegeven) wel samen kan voorkomen met calciet<br /> #*b) geeft een beknopte maar kenmerkende karakterisering voor 2 verschillende mariene afzetting milieus waarbij calciet en/of aragoniet belagrijke sedimentaire bestanddelen zijn<br /> #*c) calciet wordt tijdens diagenese van carbonaten soms omgezet naar dolomiet, waardoor wordt dit proces vooral gestuurd<br /> <br /> === 21 januari 2019 ===<br /> #<br /> #*a) Hoe worden zinklagen in bvb Florida gevormd?<br /> #*b) Hoe helpen zinkgaten bij de zoutwinning in bvb Nederland?<br /> #<br /> #*a) In welke gesteenten zitten ketensilicaten zoals pyroxenen en amfibiolen?<br /> #*b) Geef mvb tekening het verschil tussen pyroxenen en amfibiolen.<br /> #*c) Wat is de verhouding van de O-atomen tov de Si-atomen in zowel pyroxenen als amfibiolen?<br /> #*d) Hoe verschillen deze ketensilicaten met veldspaat (Optische verschillen, niet chemisch)?<br /> # Een hele uitleg over visbeenderen (platte spiraalvormige fossielen) in het Jura. Ook iets over schalies.<br /> #*a Welk tijdperk voor en na het Jura, geef aan in # miljoen jaar in welke periode het Jura zich bevondt.<br /> #*b) Welke gesteenten zijn Schalies en tot welke groep fossielen behoren de visbeenderen?<br /> #*c) Hoe komt het dat de beenderen in tact zijn gebleven in de zee, welk milieu heerst er in de zee hiervoor?<br /> #<br /> #*a) Welk proces ondergaan gesteenten in bergketens in lage hoogte, en welke processen ondergaan gesteenten die hoger gelegen zijn?<br /> #*b) Wat is de lithosfeer en waarom is de vervorming elastisch. Welke eenheid ligt er onder deze lithosfeer.<br /> #*c) Waarin verschilt de lithosfeer met de onderliggende eenheid?<br /> <br /> === 22 augustus 2017 ===<br /> # Over de zoutlagen (evaporieten) uit het Perm in het Noorden van Nederland, Duitsland en Polen<br /> #*a) Wanneer waren het Perm en Carboon? (in Ma)<br /> #*b) Welke mineralen komen er hoofdzakelijk voor in zo'n zoutlagen? Geef de naam en de chemische formule<br /> #*c) Geef de reden(en) waarom er nauwelijks afzettingen uit het Perm in België terug te vinden zijn, terwijl er wel talrijke afzettingen uit het Carboon te vinden zijn. Wat is de relatie met de Variscische gebergtevorming?<br /> #*d) Waarom is zo'n zoutlaag eventueel geschikt voor de opslag van radioactief afval?<br /> #<br /> #*a) Leg uit waarom er wisselende seizoenen zijn op aarde<br /> #*b) Onder welke condities, volgens de theorie van Milankovic, kon de Noordelijke ijskap stapsgewijs groeien? Bespreek de relevante parameters, je kan schetsen gebruiken om je antwoord te verduidelijken <br /> #<br /> #*a) Leg uit wat de geothermische gradiënt (geotherm) is. Geef de waarde(n) voor de geotherm van continentale korst en ook de warmte-uitstroom (heat flow) van continentale korst.<br /> #*b) Verklaar waarom de geotherm van oceanische korst meer variabel is dan die van de continentale korst, verklaar ook het verschil in de heat flow die niet overal hetzelfde is bij oceanische korst<br /> #*c) Leg uit hoe de geotherm in de ondiepe ondergrond varieert in functie van kortere en langere temperatuurcycli (dag/nacht, winter/zomer, glaciaal/interglaciaal)<br /> #*d) Geef op basis van het vorige antwoord voor het volgende een verklaring: op hoge breedtegraden (bv. Canada) is het gesteente (of de bodem) op enkele honderden meters diepte bevroren, toch is de gemiddelde jaartemperatuur ruim boven 0°C<br /> #<br /> #*a) Geef een definitie voor metamorfose, inclusief de reden waarom metamorfose plaatsvindt<br /> #*b) Wat zijn de verschillen en overeenkomsten tussen contactmetamorfose en schokmetamorfose?<br /> <br /> === 31 januari 2017 ===<br /> #vraag 1:<br /> #*a) Zure regen tast kalksteen aan. Geef de reactievergelijking en leg uit waarom kalksteen hierdoor sneller verweerd.<br /> #*b) Verwering van pyriet, reactieproducten en nettoreactievergelijking geven. <br /> #*c) Uitleggen hoe en in welke omgeving het nieuw gevormde mineraal in a op natuurlijke wijze wordt gevormd. <br /> <br /> #vraag 2:<br /> #*a) Apollo missies naar maan. Wat heeft onderzoek van deze gesteenten geleerd over de vormingsgeschiedenis van de aarde?<br /> #*b) Wat kan je afleiden over de evolutie van het zonnestelsel op basis van voorkomen ijzermeteorieten van 4,5 Ga?<br /> <br /> #vraag 3:<br /> #*a) Wanneer was het einde van het laatste glaciaal en welk tijdvak komt na dit glaciaal?<br /> #*b) Hoe kan men uit de chemische samenstelling van kalkschalen van benthische foraminiferen afleiden dat de zeespiegel is gedaald in het laatste glaciaal?<br /> #*c) Welke andere manier is er om te bepalen dat de zeespiegel wereldwijd steeg? Voor de periode vanaf het einde laatste glaciaal en deglaciatie.<br /> <br /> #vraag 4: <br /> #*Verbanden tussen de vorming van het Massief van Brabant, geschiedenis van Avalonia, ontstaan vulkaankraterpijp van Quenast, vorming van koraalriffen in de Ardennen. En dit ook plaatsen in het geologische tijdskader.<br /> <br /> === 23 januari 2017 ===<br /> #vraag 1:<br /> #*a) Geef de processen en reacties die zorgen voor de vorming van zinkgaten<br /> #*b) Zinkgaten kunnen ook ontstaan door zoutwinning verklaar<br /> <br /> #vraag 2:<br /> #*a) wat is een caldera en hoe worden ze gevormd?<br /> #*b) waarom is het extra gevaarlijk als een caldera zich vormt op een eiland?<br /> #*c) Wat is de relatie met het soort magma en de vorming van een caldera?<br /> <br /> #vraag 3:<br /> #*a) Vlaanderen: aquifer op 700 meter diepte die parallel loopt met het aardoppervlak + met een aquitard boven + geen drinkbaar water, Chaudfontaine: syncline waarbij het water tot op 1600 meter diepte gaat met wel drinkbaar water. Teken beide.<br /> #*b) Wat is de geotherm?<br /> #*c) Bereken de temperatuur op de gegeven dieptes<br /> #*d) verklaar het verschil in drinkbaarheid.<br /> <br /> #vraag 4:<br /> #*a) geef alle processen die in de diepere lagen van een gebergte plaatsvinden en geef het verschil met wat er gebeurt in de hogere lagen<br /> #*b) wat is de lithosfeer?<br /> #*c) de lithosfeer vervormt in zijn geheel elastisch. leg uit en geef een goed voorbeeld.<br /> <br /> === XX augustus 2016 ===<br /> <br /> #vraag 1<br /> #*a) Wat is een caldera en hoe worden ze gevormd<br /> #*b) Waarom is het extra gevaarlijk wanneer een caldera gevormd wordt op een eiland dan op het continent<br /> <br /> #vraag 2<br /> #*a) Wat is bauxiet<br /> #*b) Hoe wordt een bauxietbodem gevormd<br /> #*c) waarvoor wordt een bauxietbodem gebruikt<br /> <br /> #vraag 3<br /> iets met krijt<br /> <br /> #vraag 4<br /> <br /> === 18januari 2016 VM ===<br /> #Vraag 1<br /> #*a) Waarom kan de koolstof 14-methode niet gebruikt worden voor het dateren van de botten van de dino’s?<br /> #*b) Met welke methode kan dit wel gedateerd worden?<br /> <br /> #Vraag 2<br /> #*a) Wat bedoelt men met isostatisch evenwicht?<br /> #*b) Maak een tekening van een gletsjer met de continentale korst, de mantel. Maak zo de inwendige structuur van de continentale korst duidelijk en de mantel. De dikte van de gletsjer in het centrum is 3 km. Welke veranderingen gebeuren er?<br /> #*c) Wat is de dichtheid van de continentale korst en de mantel en waaruit bestaat het. Bereken hoe diep de ijsblok in de korst zit.<br /> <br /> #Vraag 3<br /> #*a) Een laag van anhydriet, gips en afzettingen van zoutlagen van haliet. (zoiets ) Geef de chemische formule<br /> #*b) Hoe worden deze samen gevormd, wat is het verband?<br /> #*c) Hoe geeft dit informatie over het paleoklimaat?<br /> <br /> #Vraag 4<br /> #*a) Wat waren Wegners argumenten van continentendrift. Het geheel is nu aanvaard als platentektoniek. Waar ligt zijn fout?<br /> #*b) Op basis van welke onderzoeken/ontdekkingen werd deze theorie aanvaard?<br /> #*c) Is elke continentrand een plaatrand?<br /> <br /> === 11 januari 2016 NM ===<br /> #vraag 1<br /> #*A Metamorfose van kleicarbonaten en verwering van silcaatcarbonaten uitleggen met chemische formules (bij kleicarbonaten niet da van carbonaten geven ma dus ook iets van klei geen idee wat)<br /> #*B Over het krijt : de invloed van MOR op het klimaat en de zeespiegel<br /> #vraag 2<br /> #*A Teken een afpompingskegel van een freatische aquifer en hoe deze een waterput die dichtbij ligt kan droogleggen<br /> #*B ...<br /> #*C Het water van een begrensde aquifer kan vaak niet meer gebruikt worden omdat 1g/L opgeloste stoffen aanwezig zijn, welke dingen beïnvloeden dit (dus over die opgeloste stoffen gaat het: soort gesteente, vervuiling, temperatuur [versneld verzouting] dieper = zouter [zeg ook waarom] )<br /> #vraag 3: ...<br /> #vraag 4<br /> #*A In welk tijdvak en wanneer begon de Varisciden orogenese vorming (in België)?<br /> #*B aan welk gebergtevorming kunnen we dit zien in België?<br /> #*C Hoe weten we dat België toen in een tropisch klimaat lag?<br /> <br /> === 11 januari 2016===<br /> #*Teken een hoekdiscordantie<br /> #* Hoe wordt dit gevormd?<br /> #*Aan het Massief van Brabant vinden we ganggesteenten en vulkanische gesteenten terug. Wat is het verband tussen gebergtevorming (aan het Massief van Brabant) en vulkanisme?<br /> #*Wanneer vond dit plaats + jaartal<br /> <br /> #*Wat zegt een krijtlaag ons over het afzettingsmilieu?<br /> #*Waarom bestaat een krijtlaag vaak uit vuurstenen?<br /> <br /> #*Waarom kan geothermie wel plaatsvinden aan een slenk maar niet aan het het Massief van Brabant?<br /> #*Wat is de oorzaak van geothermie?<br /> #*Soms ontstaan er problemen door geothermie. Er is bv. een dorp waarbij een laag met anhydriet in contact kwam met het grondwater waardoor schade ontstond. Leg uit.<br /> <br /> #*Wat vertellen maangesteenten ons over de ontstaansgeschiedenis van de aarde?<br /> #*Wat vertelt een ijzermeteoriet van 4.5 Ga ons over het ontstaan van het zonnestelsel?<br /> <br /> ===16 januari 2015===<br /> #Ontdekingen na wegner's dood die zijn hypothese bewezen. Moderne technieken die dit bevestigen. Wat is een continentrand en hoe komt het dat sommige naast een plaatrand liggen en andere niet.<br /> #Welk soort breuken komen samen voor met geplooide lagen? Doorsnede tekenen. Welk soort laag wordt in Vlaanderen onderzocht voor de berging van nucleair afval. Wat is de invloed van een actieve of een inactieve breuk op de bergingscapaciteit?<br /> #Hoe oud is de aarde en hoe weten we dit? Bespreek de vorming van de aarde tijdens het Hadeaan en Archeaan en het verband tussen stuctuur en mineralogie. Bijvraag: Wat zit er in een meteoriet.<br /> #Voor welk tijdsinterval worden ijkernen gebruikt? Wat is de meerwaarde boven sedimenten? 34 Ma geleden begon de glaciatie op Antarctica. Hoe kunnen sedimenten ons er iets over vertellen. Hoe komt het dat de glaciatie net dan begon?<br /> <br /> ===12 januari 2015===<br /> #onstaan van de aarde, hoe oud en hoe is dit bepaald + geef structuur binnenkant van de aarde chemisch, mineralogisch,..<br /> #lithostratigrafie: waarom gesteentelagen geen goede tijdsbetekenis geven altijd en dat bij biostratigrafie wel kan<br /> #grondwater: bron van chaudfontaine (syncline wordt gegeven + tekenen) + uitleg geotherm en gemiddelde waarde voor korst geven<br /> #wetenschappelijke methode: zeggen wat het is + geologisch vb naar keuze<br /> <br /> ===27 JAN 2014 NM===<br /> #Magnetische ompolingen en platentektoniek<br /> # Hoe seizoenen werken en Milankovic theorie<br /> # Verschil tussen diaklazen en breuken, hoe ze ontstaan en hoe je een diaklaze en een gelaagdheid kunt onderscheiden<br /> # Algemene structuur bladsilicaent, afleiden wat de formule is voor de Si-laag en waarom havenslib behandeld moet worden als chemisch afval<br /> <br /> ===20 JAN 2014 NM===<br /> #kalksteen in de grond: welke maatschappelijke problemen kunnen er zijn?<br /> #*geef alle chemische reacties die mee doen/leg ze uit in het systeem<br /> #*hoe worden druipstenen gevormd?<br /> #diachroon en sedimentaire facies en het verband? (plus schets)<br /> #veldspaten: orthoklaas naar albiet en albiet naar anorthiet, maar ge kunt niet van orthoklaas naar anorthiet: hoe komt dit, en wat heeft vaste oplossing hiermee te maken? wat is arkose?<br /> #roodverschuiving uitleggen, hou oud is de aarde? het heelal? en leg uit hou we ouderdom aarde kunnen meten<br /> <br /> ===17 JAN 2014===<br /> #Wat zijn evaporieten en in welke omstandigheden worden ze gevormd? Welke structuren worden er gevormd? Geef redenen om radioactief afval in evaporieten op te slaan en ook waarom het niet zo een goed idee is ?<br /> #Welke observaties heeft men gedaan om hotspots te onderzoeken? VS heeft een zuur vulkanische, waarom?<br /> #Geef de geologische tijdschaal van fanerozoïcum + ouderdommen. Geef de 3 belangrijkste ijstijdvakken en in welk ijstijdvak heeft Wegener aanwijzingen gevonden voor zijn theorie en welke zijn dat?<br /> #Wat zijn de fundamentele eigenschappen van een begrensde aquifer? Wat zijn de redenen voor problematische concentratie aan opgeloste stoffen?<br /> <br /> ===13 JAN 2014 VM=== <br /> # Verklaar : meteoor, meteoriet, asteroïde, komeet. Wat is het verschil tussen komeet en meteoorgroep? Waarom zijn er geen inslagen op de zeebodem?<br /> # Wegener: wat is zijn theorie en geef zijn bewijzen. In de jaren 50 kwamen er nieuwe technieken om dit nu echt te bewijzen, welke?<br /> # Alles over quaternair. Hoe kunnen we met kalksedimenten het klimaat bepalen? Waarmee moeten we oppassen als we kalkskeletten gebruiken? Welke zijn de grote invloeden op de euraziatische zeespiegel? Waarom krijgen we hier een beter beeld van de klimaten dan met landafzetting?<br /> # Kristallisatie van mineralen uit stollingsgesteenten, wat is het verband met deze kristallisatie en verwering (of erosie?)<br /> # practicum (4p) en ze helpt u als ge hem fout heb (dan krijgt ge nog de helft van de punten). Soms krijgt ge er 2 maar van dezelfde plaats van de excursie en ze stelt een klein theorievraagje. Voorbereiden mag met excursiebundel, nota's, slides en handleiding maar vanaf da je begint uit te leggen mag je niks meer gebruiken.<br /> <br /> ===14 JAN 2014===<br /> #Bauxiet, alles wat je erover weet.<br /> #Hoe fosielen hebben kunnen helpen bij de kartering van de statigrafie.<br /> #MOR van bovenaf tekenen en alle eigenschappen geven van de MOR + laterale beweging in MOR (scheuren ipv breuken).<br /> #Bespreek porositeit van een grondlaag en hoe kan het dat een bron recht omhoog kan spuiten?<br /> #Practicum: stenen!<br /> <br /> ===30 JAN 2012===<br /> #<br /> #* hoe wordt bauxiet gevormd<br /> #*in welk klimaat?<br /> #* uit welke mineralen bestaat het<br /> #<br /> #* duid aan op een tekening hoe je uit paleomagnetische gegevens van fossiel de lokatie kan bepalen<br /> #* wat is polar wandering curve<br /> #<br /> #* hoe kan je met zuurstofisotopen in sedimenten ijstijd aantonen<br /> #* hoe verklaar je het bestaan van ijstijdvak en broeikastijdvak<br /> #<br /> #* toekomst van gas-clathraten als energiedelfstof<br /> #* situeer gas-clathraten in Mc-Kelvey diagram<br /> <br /> ===24 JAN 2012 NM===<br /> # Bespreek hoe de kenmerken van de aarde die noodzakelijk zijn voor het leven speciefiek zijn voor de aarde: atmosfeerdruk en -samenstelling, magneetveld, temperatuur en temperatuursschommelingen<br /> # Vlakken 222, 333 en 003 in een xyz-assenstelsel plaatsen zodanig dat de afgesneden stukken abc van de eenheidscel verschillend zijn.<br /> # Hoe komt het dat zanden zelden isotroop zijn (meestal heterogeen zijn)? Welk soort mineraal is glauconiet? Welke kationen zitten erin?<br /> # Wat is het verschil tussen een actieve en passieve plaatrand? Teken de doorsneden van elk en duidt dieptes en gesteenten aan. Hoe oud zijn de oceanen?<br /> # practicumoefening: concentratieberekening<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 NM===<br /> # bespreek de relatie tussen het ontstaan van de aarde en de dingen die gekoppeld zijn aan leven (atmosfeer, magneetveld...)<br /> # teken een xyz-assenstelsel en zet vlakken uit bv 1,1,1 die gegeven zijn in millerindices<br /> # bespreek een vaste oplossing<br /> # Hoe komt het dat een blauwschist en een hoornfells samen voorkomen, parralel in een gebergte, betrek hierbij subductie enz<br /> # teken in da diagramma van die reserves waar teerzanden zich nu bevinden en waar ze zicht 20 jaar geleden bevonden<br /> # welke voorwaarde zijn er in het verlede nodig geweest om nu olie op een welbepaalde plaats te vinden<br /> # bij het practicum gedeelte een piper diagram invullen<br /> <br /> <br /> ===19 JAN 2012 NM===<br /> # geef aanwijzingen waarom het vroeger kouder is geweest en b) hoe kunt ge met enkele van die aanwijzingen verklaren dat er afwisseling was met broeikastijden en niet gewoon een doorlopend ijstijdvlak<br /> # mineralogie: bespreek waarom plagioklaas gezoneerd en ongezoneerd voorkomt, das met die tabel met verhoudingen<br /> # laat zien hoe je weet naar welke kant het water gaat onder het waterspanningsvlak b) geef verschillende manieren om energie te winnen met grondwater<br /> # de vraag over paleomagnetisme hoe ze daarmee over de oceaanvorming geleerd hebben<br /> <br /> <br /> ===19 JAN 2012 VM===<br /> # Leg uit hoe de Moho-discontinuïteit gevormd wordt bij de vorming van nieuwe oceaanbodem aan de MOR.<br /> # Wat is de asthenosfeer?<br /> # Waarom gaat pyriet makkelijk verweren? Welke verweringsproducten worden gevormd? Welk mineraal gaat men bekomen bij verwering van pyriet in kalkstenen?<br /> # Welke soort plagioklaas zit er in graniet? Welke in gabbro?<br /> # Leg uit hoe men het probleem opgelost heeft dat men aan fossielen enkel relatieve ouderdommen kan koppelen. <br /> # Geef aan dat je begrijpt waarom calibratie met dendrochronologie belangrijk is bij de koolstof 14-dateringsmeththode.<br /> # Geef een samenvatting van de argumenten van de optimisten en de pessimisten over de eindigheid van de olievoorraden. (aka vat de argumenten van de 2 scholen samen)<br /> # Welke geologische processen zijn nodig om anthraciet te kunnen vormen (aka in welk gebied ongeveer vinden we steenkool?)<br /> <br /> <br /> ===15 JAN 2010 VM===<br /> #Hoe heeft het paleomagnetisme geholpen om het huidige model van de M.O.R. op te stellen.<br /> #Is het klimaat in het verleden stabiel of variabel geweest? Geef oorzaken + tijdsgebieden.<br /> #Waar moet men monitoringputten plaatsen in de buurt van stortplaatsen, zodat men polluenten kan ontdekken. Is de diepte van belang?<br /> #Hoe wordt een zandsteen gevormd? Op welke diepte, en invloed van grondwater.<br /> #Vraagje over zelfstudieopdracht: oorsprong van biomerkers en waarom moeten deze verklaard worden?<br /> <br /> <br /> ===15 JAN 2010 NM===<br /> #Hoe kwam de formule van Bragg tot stand? En hoe kan je hier mee bepalen welk mineraal je hebt?<br /> #We steken kubusjes van gelijke grootte (bv. 1 cm³) van kwartsiet en marmer in een cilindrische buis en laten deze ronddraaien, simuleren we dan verwering? welk van de twee gaat het meest verweerd worden?<br /> #Hoe ga je van slib naar een schiefer? leg zo duidelijk mogelijk uit. Vanaf welke diepte heb je een schiefer met schieferige splijting?<br /> #Paleopolen: leg uit hoe je aan de hand van paleopolen continentendrift en platentektoniek kunt verklaren. Maak ook een schets. Zeg ook welke dingen gemeten worden om het paleopool te bepalen en hoe dat dan bepaald wordt.<br /> <br /> <br /> ===14 JAN 2010 VM===<br /> #Vergelijk samenstelling van Aarde, maan, Mercurius, Jupiter, een planeet rond de eerste sterren, de aardkorts en -kern.<br /> #Hoe gedragen gesteenten zich bij verschillende drukregimes? Wat zijn dekbladen? Bij welke tektonische activiteit vind je deze? (+schema)<br /> #Waarom vindt men ook batholieten bij subductie? (schema's, grafiek van verandering smelttemperatuur)<br /> #Hoe heeft paleomagnetisme geholpen bij het begrijpen van systeem van M.O.R.?<br /> <br /> <br /> ===11 JAN 2010===<br /> #Bespreek roodverschuiving in het heelal. Kan dit dienen om een ouderdom te bepalen van het heelal?<br /> #Bespreek de in de les besproken analogie tussen een watertoren en een spanningswaterlaag. Hoe komt het dat er in de afpompingsput maar een klein volume water zal zitten, terwijl de gehel spanningswaterlaag verzadigd is ? Kan er overproductie optreden van een spanningswaterlaag?<br /> #Hoe ga je van slib naar een schiefer? Leg zo duidelijk mogelijk uit. Vanaf welke diepte heb je een schiefer met schieferige splijting?<br /> #Beargumenteer het bestaan van subductiezones<br /> <br /> <br /> ===AUG 2009===<br /> # <br /> #*Bewijs dat een silicium in de tetraederlaag kan verbonden worden met een magnesium in een octaederlaag met zuurstof en hydroxylgroepen ertussen.<br /> #* Waarin verschillen de verschillende kleimineraalspecies? Geef de verschillende met een voorbeeld<br /> # <br /> #* Als we kubusjes van gelijke grootte van marmer en kwartsiet in een cilindrische buis laten afslijten, welke blijft dan het langst over en waarom?<br /> #* Leg uit waarom bij een fyllade een druksplijting dwars op de gelaagdheid kan staan en waarom deze zo perfect is in vergelijking met een schieferige splijting.<br /> # <br /> #* Hoe kan magnetisme zodanig opgeslaan worden in een sedimentsgesteente dat we het 'remanent' mogen noemen?<br /> #* Hoe kunnen we aan de hand van het paleomagnetisme de vroegere positie van een continent bepalen?<br /> # betekent een boringskegel hetzelfde bij een freatische waterlaag en een artesische waterlaag? leg uit.<br /> # Hoe komt het dat er bij de stratigrafie zo vaak gewerkt word met fosielen en paleomagnetisme terwijl de biostratigrafie ons een relatieve tijdschaal geeft, en magnetostratigrafie ons maar twee antwoorden kan geven, normale of tegengestelde polariteit?</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Industri%C3%ABle_en_technische_chemie&diff=3046 2022-09-02T11:40:49Z

<p>Statistiek: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Industri%C3%ABle_en_technische_chemie&diff=3045 2022-09-02T11:34:57Z

<p>Statistiek: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Industri%C3%ABle_en_technische_chemie&diff=3044 2022-09-02T11:34:39Z

<p>Statistiek: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Geologie van Prof. Robert Speijer is een verplicht vak in het eerste semester van het eerste jaar voor chemie en binnen de minor verbreding voor Biochemie.<br /> Examen is mondeling. Er is ook een deeltje examen over het practicum (steentjes). Hiervoor mag je je practicumhandleiding gebruiken.<br /> <br /> ==Examenvragen==</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Industri%C3%ABle_en_technische_chemie&diff=3043 2022-09-02T11:33:22Z

<p>Statistiek: Nieuwe pagina aangemaakt met &#039;Test&#039;</p> <hr /> <div>Test</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Bachelor_Chemie&diff=3042 2022-09-02T11:32:50Z

<p>Statistiek: </p> <hr /> <div>Vakken die gedoceerd worden in de Bachelor Chemie<br /> [[Industriële en technische chemie ]]</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Industri%C3%ABle_en_technische_chemie&diff=3041 2022-09-02T11:32:09Z

<p>Statistiek: De pagina is leeggehaald</p> <hr /> <div></div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Industri%C3%ABle_en_technische_chemie&diff=3040 2022-09-02T11:31:26Z

<p>Statistiek: Nieuwe pagina aangemaakt met &#039;Test&#039;</p> <hr /> <div>Test</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Bachelor_Chemie&diff=3039 2022-09-02T11:31:02Z

<p>Statistiek: </p> <hr /> <div>Vakken die gedoceerd worden in de Bachelor Chemie<br /> [[:Category:Industriële en technische chemie ]]</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Bachelor_Chemie&diff=3038 2022-09-02T11:29:21Z

<p>Statistiek: </p> <hr /> <div>Vakken die gedoceerd worden in de Bachelor Chemie</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Bachelor_Chemie&diff=3037 2022-09-02T11:29:11Z

<p>Statistiek: </p> <hr /> <div>Vakken die gedoceerd worden in de Bachelor Chemie<br /> [[Category:Name]]</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Bachelor_Chemie&diff=3036 2022-09-02T11:28:16Z

<p>Statistiek: </p> <hr /> <div>Vakken die gedoceerd worden in de Bachelor Chemie<br /> Category: * Test</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Bachelor_Chemie&diff=3035 2022-09-02T11:26:41Z

<p>Statistiek: </p> <hr /> <div>Vakken die gedoceerd worden in de Bachelor Chemie</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Bachelor_Chemie&diff=3034 2022-09-02T11:25:37Z

<p>Statistiek: </p> <hr /> <div>Vakken die gedoceerd worden in de Bachelor Chemie<br /> [[Category:Name]]</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Immunological_Biotechnology&diff=2998 2022-08-23T07:32:38Z

<p>Statistiek: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Vak van derde bachelor biochemie. Ook gevolgd door zij die willen van chemie en biologie. Het wordt gegeven door Prof. Liliane Schoofs en is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding. Ze leest je antwoord en stelt dan bijvragen. Door de corona maatregelen is het vak nu volledig schriftelijk, en bestaat uit een combinatie van kleine open vragen met beperkte ruimte (1/3e blad of max 5 lijnen), en meerkeuzevragen.<br /> Er wordt een volledige en verplichte practicum week gehouden, je mag zelf je groepje kiezen (3personen max). Van het practicum wordt ook een schriftelijk examen gehouden, waarbij je enkel vragen krijgt over de proefjes die jij hebt uitgevoerd.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> === 22 augustus 2022 ===<br /> # Figuur: Development of T-cells. Leg uit wat er op cellulair level gebeurd en wat er op level van the human body gebeurd (1 pagina).<br /> # Short questions:<br /> #* HIV attacks helper-T-cells<br /> #* Why are children with disrupt B-cell function vunerable to infection?<br /> #* Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?<br /> #* Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.<br /> # Meerkeuze vragen:<br /> #* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)<br /> #* Met wat interageren T-cellen<br /> #* Wat gebeurd er als alternative mRNA splicing niet werkt?<br /> #* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? <br /> #* Wat veroorzaakt een ziekte zoals Lupus?<br /> # Geef de definities van: Anergy, Digeorge syndrome, IgM, MHC restriction &amp; ITAM<br /> <br /> === 25 januari 2022 ===<br /> # Infection of a bacteria. Explain the immune respons (with schemes) (max 2 pages). <br /> # Figure (11.6): Naive T cell and Effector T cell: Leg uit; Welke cellen zie je, functie van die oppervlakte-moleculen...<br /> # Stellingen<br /> #* True/False: Classical MHC class I molecules are highly polymorphic, as opposed to MHC class Ib, which are oligomorphic + explain your answer<br /> #* True/False: A developing T cell may by chance express both an αβ heterodimer and a γδ heterodimer if all the loci recombine successfully. + explain<br /> #* Which Ig for pathogens and allergies? Omcirkel antwoord: IgA, IgE, IgM, IgD... <br /> #* True/False: innate receptors inherited in genome, adaptive's niet<br /> #* Woordjes matchen met definitie: Anergy, receptor editing, clonal selectie, en nog 1 woordje<br /> # Definities geven: linked recognition, class switch, toll like receptor, nog 2<br /> <br /> === 24 augustus 2020 ===<br /> Het examen was precies hetzelfde als het examen van 2 juli 2020.<br /> <br /> === 2 juli 2020 (inhaalexamen) ===<br /> # True/False en leg uit in max 5 lijnen: HIV valt de T helper cellen aan en daarom hebben patiënten met vergevorderde HIV geen enkel immuunsysteem meer.<br /> # Wat is het verschil tussen cytotoxische T cellen en T helper cellen?<br /> # Bij ... ziekte ontwikkelen de B cellen niet, en als gevolg hebben deze patiënten zeer veel infecties. Waarom? (max 5 lijnen)<br /> # Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?<br /> # Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.<br /> # Figuur: ontwikkeling van een B/T cel, zeggen welke cel het is, en kort per stap uitleggen wat er in de figuur gebeurt zowel op cellulair vlak als op schaal van het lichaam.<br /> # 5 meerkeuzevragen (geen giscorrectie):<br /> #* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)<br /> #* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? (zeer makkelijk)<br /> #* Cytotoxische T cellen kunnen binden aan: MHCI, MHCII, foreign antigens,...<br /> #* (lijst autoimmuunziektes) hebben allemaal gemeenschappelijk dat: (8 ofzo opties, alles aanduiden dat van toepassing was)<br /> #* laatste vergeten<br /> === 24 januari 2020 ===<br /> # Figuur: B cel die geactiveerd wordt door Helper T cel en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)<br /> # Figuur: MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER<br /> # Figuur: gekleurde T cel waarbij je moest zeggen welke delen gekleurd waren (granules en synaps van cytotoxic T cel) en wat de functie is<br /> # 3 afbeeldingen van Ab waarbij je de verschillen moest aanhalen (somatic hypermutation en class switching)<br /> <br /> === 17 januari 2020 ===<br /> # Figuur: differentiatie van naive T-cell naar actieve T-cellen en memory T-cellen<br /> # Figuur Gelelektroforese van Germline DNA en B-cell DNA <br /> # Figuur DJ recombinatie met RAG en Artemis<br /> # True/false vragen (+ 2 multiple choice):<br /> <br /> === 16 januari 2020 ===<br /> # Figuur: Infection and Immunity response can be divided in series of stages (aanvullen, uitleggen)<br /> # Figuur: Experiment met nude en scid muis<br /> # Figuur: T cell receptor alpha and beta chain gene rearrangement.<br /> # True/false vragen (2) (+ 1 multiple choice):<br /> #* een verhaaltje waar je moest zeggen of het: opsonisation, neutralisation, ... was<br /> #* waar en niet waar vragen waren beiden over Tcell Receptor<br /> === 13 januari 2020 ===<br /> # Figuur van extravasation waarbij neutrofiel aankomt op plaats van infectie, slowing down door selectines en uiteindelijk full stop door integrins. Waarna deze in het geïnfecteerde weefsel binnendringt.<br /> # Figuur waarbij je VDJ recombinatie moest uitleggen met elke stap. (vb bijvraag: Waarom heeft de light chain geen D segment)<br /> # Figuur van MHC-restrictie (deze term moet je geven) + uitleggen<br /> # True/false vragen (+ één multiple choice):<br /> #* Eosinophils worden vooral tegen parasieten ingeschakeld<br /> #* Progenitor Myeloids zijn voorgangers van T, B en NK cellen.<br /> #* Lipopolysacchariden zijn proteïnen die worden gesecreteerd.<br /> #* (Heel simpel) Nog iets over VDJ recombinatie waarbij je de zin moest aanvullen (je kon kiezen uit 4 termen), waarbij het ging over de DNA-segmenten, maar was heel makkelijk af te leiden welke term de juiste is.<br /> <br /> === 28 januari 2019 ===<br /> voor en namiddag hadden dezelfde vragen<br /> <br /> # Figuur van B cell die geactiveerd werd door Helper T cell en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)<br /> # Figuur waarbij je moest uitleggen hoe MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER.<br /> # Figuur van een MHC class 1 molcule die een peptide gebonden had, je zag dus de bèta-sheets en het peptide met zijn aminozuren. <br /> # Figuur van B cellen die in het been merg matureren tot plasma en memory cellen. Je moest zeggen dat er VDJ rearrangement komt, selectie van de B cellen o.b.v. self Ag, dit moest ook allemaal geplaatst worden in het lichaam.<br /> <br /> ===18/01/2019 NM===<br /> # Figuur van het maturatie process van T cellen in de thymus. Vraag: In welk orgaan speelt dit zich af en leg uit hoe dit gebeurt.<br /> # Figuur experiment van gel waarop germline DNA was geladen van C en V regio en van B cell DNA van C en V regio. Vraag: wat gebeurt er in dit experiment en wat kan je er uit afleiden (antwoord enkel op voorkant onder foto)<br /> # Figuur van verloop recombinatie DNA tussen D en J regio. Vraag: een aantal koppen waren weggelaten en moesten worden aangevuld en elke stap in 1 zin uitleggen<br /> # MC en juist fout vragen:<br /> #* Wat gebeurt er niet tijdens inflammation? (mogelijke anwtoorden: expressie cytokines, expressie chemokines, innate en adaptive immunity activeren, vernouwen van bloedvaten)<br /> #* Gebruiken NK cellen MHC class I? (mogelijke antwoorden: true or false)<br /> #* Wat gebeurde er niet in de evolutie van adaptieve immuniteit? (een aantal antwoorden die ik niet meer weet)<br /> #* Zorgen adaptieve immuniteitscellen voor specificiteit? (mogelijke antwoorden: true or false) <br /> #* Hematopoietic cellen kunnen nog in elke cel van het lichaam veranderen (mogelijke antwoorden: antwoorden true or false)<br /> <br /> ===17/01/2019 NM===<br /> # Figuur, opname bacterie, alles uitleggen, MF, dendritische cel, lymfe knopen, maturatie, ... Heel het immuunsysteem<br /> # Figuur, muizen SCID en Nude (alles staat op de afbeelding)<br /> # Figuur, Recombinatie T-cel (zelf aanvullen)<br /> # MP choice/ juist fout, 3 vraagjes eerste was over iemand die een ziekte had gekregen door het eten van fruit dat ze ingeblikt had. En dan moest ik zeggen welk mechanisme er het meest op ging reageren... Het ging om toxines dus had neutralisation gepakt, dat was juist. 2e snapte ik niets van, ging over bindingen tussen B- en T- cellen, het was complete nonsens, en dus fout. 3e was over recombinatie<br /> <br /> ===14 januari 2019 NM===<br /> # figuur uitleggen: virale infectie en laden van virale peptiden op MHC moleculen + wat daarna?<br /> # figuur uitleggen: experiment waarin beenmerg wordt getransfereerd naar bestraalde muizen met verschillend MHC genotype <br /> # figuur uitleggen: 3 manieren waarop Igs met rearranged V-region gewijzigd kunnen worden<br /> # 5 (gemakkelijke) korte vraagjes: 4 meerkeuze en 1 juist/fout<br /> <br /> ===23 augustus 2018 VM===<br /> # costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?<br /> # class switching uitleggen: wat, wanneer,...<br /> # NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt<br /> <br /> ===29 januari 2018 VM===<br /> # Belang MHCI bij een niet geïnfecteerde cel<br /> # Activatie van naïve T-cel<br /> # geeft een verandering in de genen van een BCR uniek voor een b-cel<br /> ===18 januari 2018 VM===<br /> # Vergelijk folliculaire dendritische cel met een gewone dendritische cel.<br /> # Leg linked recognition uit en geef een medische toepassing.<br /> # Leg de werking van interferon gamma uit bij T cel differentiatie.<br /> <br /> ===16 januari 2018 VM===<br /> #Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien<br /> #Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.<br /> #Bespreek en verklaar de invloed van meerdere immunizaties bij hetzelfde antigen bij humorale respons<br /> <br /> === 15 januari 2018 ===<br /> #costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?<br /> #class switching uitleggen: wat, wanneer,...<br /> #NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt<br /> <br /> === 25 augustus 2017 VM ===<br /> # Bespreek de immuunrespons tegen extracellulaire parasieten.<br /> # Bespreek activatie van naïve B-cellen<br /> # Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die auto-immuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.<br /> <br /> === 31 januari 2017 ===<br /> #immuunrespons tegen extracellulaire parasieten<br /> #activatie van naïve B-cellen<br /> #3 verdedigingsmechanisme om autoimmuniteit tegen te gaan<br /> <br /> === 30 januari 2017 VM ===<br /> #Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien<br /> #Affinieteitmaturatie van B cellen<br /> #Bespreek de cellen die belangrijk zijn bij negatieve selectie van T cellen<br /> <br /> === 19 januari 2017 VM===<br /> #Immuunrespons endotheel<br /> #Thymus onafhankelijke B cel activatie<br /> #Centrale en perifere tolerantie T cellen a.d.h.v. voorbeeld<br /> <br /> === 17 januari 2017 NM=== <br /> #belang van MHC1 complex en gezonde lichaamscellen <br /> #Iets van bcr en gentransformatie <br /> #Activatie van Tcellen <br /> <br /> === 17 januari 2017 VM===<br /> #Bespreek de rol van IFN-alfa en beta bij een virale infectie <br /> #Bespreek centrale en perifere tolerantie bij B CELLEN<br /> #Bespreek waarom CD8 T cellen meer stimulatie nodig hebben ivm CD4 T cellen <br /> <br /> === 16 januari 2017 NM ===<br /> #Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten (wormen dus)<br /> #Bespreek activatie van naïeve B-cellen<br /> #Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.<br /> <br /> === 25 januari 2016 VM===<br /> # Geef de verschillen tussen folliculaire en normale dendritische cellen<br /> # Wat is linked recognition en geef een medische toepassing<br /> # Welke rol speelt IFN-γ bij de T-cel differentiatie?<br /> <br /> === 12 januari 2016 VM ===<br /> #Bespreek de immuunrespons op extracellulaire parasieten<br /> #Hoe worden naïve B-cellen geactiveerd?<br /> #Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die autoimmuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.<br /> <br /> === 11 januari 2016 NM ===<br /> #Bespreek het belang en mechanisme van activatie van het vasculair endotheel in de immuunrespons<br /> # Hoe kunnen B cellen geactiveerd worden als er geen T cellen aanwezig zijn<br /> # Centrale en perifere tolerantie van T cellen<br /> <br /> ===13 Jan 2015 (VM)===<br /> #Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie<br /> #Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen<br /> #Verklaar waarom CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4<br /> <br /> ===29 Jan 2014 (VM)===<br /> #Bespreek de vasculaire immunorespons van endotheelcellen<br /> #Bespreek thymus independent activation of B-cells<br /> #Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen (ze zegt voorbeeld, maar als je gewoon uitlegt hoe de tolerantie tot stand komt is het goed)<br /> <br /> ===Jan 2014===<br /> #Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie <br /> #Leg aan de hand van 1 voorbeeld de centrale en periferele tolerant van B cellen uit <br /> #Verklaar wrm CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4<br /> ===28 Jan 2014 (VM)===<br /> #Bespreek de expressie van een MHCI op een gezonde lichaamscel<br /> #Bespreek een verandering in de genen van de BCR die de B-cellen uniek maakt<br /> #Bespreek T cel priming.<br /> <br /> ===16 jan 2013 NM===<br /> (cfr 27 aug 2012)<br /> #Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten<br /> #Bespreek activatie van naïeve B-cellen<br /> #Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.<br /> ===27 aug 2012===<br /> #Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten<br /> #Bespreek activatie van naïeve B-cellen<br /> #Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit. <br /> === 27 jan 2012 NM===<br /> # Sommige micro-organismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het micro-organisme?<br /> # Bewijs dat thymus-stromacellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen<br /> # Bespreek hoe Th1-cellen de reactie tegen intracellulaire pathogenen via de macrofagen coördineren.<br /> === 27 jan 2012 VM===<br /> # Macrofagen zijn zowel in het aangeboren als het adaptief immuunsysteem belangrijk. Verklaar<br /> # Bespreek de primaire en secundaire antistof reactie<br /> # Vergelijk NK en CTL cel. Belangrijkste gelijkenissen en verschillen<br /> === 22 aug 2011 NM ===<br /> # Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons. <br /> # Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.<br /> # Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.<br /> <br /> === 28 jan 2011 VM ===<br /> # Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?<br /> # Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing. <br /> # Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?<br /> === 29 jan 2010 NM ===<br /> # Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons. <br /> # Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.<br /> # Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.<br /> === 22 jan 2010 NM ===<br /> # Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?<br /> # Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing. <br /> # Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?<br /> === 12 jan 2009 ===<br /> # Sommige organismen kunnen Fc fragmenten afbreken. waarom zou dit een hogere graad van overlevering opleveren?<br /> # Bewijs dat thymus stroma cellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen<br /> # Bespreek de interactie van Th1 cellen met macrofagen.<br /> === 12 jan 2009 ===<br /> # Bespreek de immunologische respons tegen een bacteriele infectie<br /> # Bespreek activatie van naive B-cel<br /> # 3 manieren om auto-immuniteit te omzeilen<br /> === 29 jan 2008 ===<br /> # Sommige pathogenen bevatten enzymen die die Fc fragmenten kunnen degraderen. Hoe kan dit een grotere overlevingskans opleveren voor dit pathogeen<br /> # Leg het hapteen-carrier effect uit en geef een toepassing<br /> # Hoe wordt een naïeve T-cel geactiveerd.<br /> <br /> === 28 jan 2008 ===<br /> # Activatie naive B cel<br /> # Immuunrespons tegen bacteriële infectie<br /> # 3 vbn. hoe er gezorgd wordt dat er geen autoimmuniteit is<br /> === 24 jan 2008 ===<br /> # Macrofagen hebben een rol in zowel innate als adaptive immunity, leg uit.<br /> # Leg de primaire en de secundaire antistofrespons uit.<br /> # leg gelijkenissen en verschillen uit van NK en CTL cells<br /> === 14 jan 2008 ===<br /> # Bespreek de immuunrespons tegen bacteriële infectie (neen niet tegen intracellulaire, gewoon baceteriën int algemeen)<br /> # Bespreek activatie van naïeve B cel (neen niet T cel, goed lezen en vooral niet beginnen knallen van T cellen omdagu de voorbeeldvraag nog herinnert)<br /> # Bespreek de drie mechanismen die het lichaam beschermt tegen autoimmuniteit (of voorkomt of gebruikt ofzo)<br /> <br /> Practica:<br /> # Teken en leg uit. Kan je ook doen me een antigen me maar 1 epitoop<br /> # Wat leer je erdoor van de pI? Teken.<br /> # Wat is passieve en actieve hemagluttinatie + tekenen. Bewijs dat de interactie reversibel is<br /> # Leg het precipitatiemechanisme uit. Wat doet een PD10 kolom, naam + uitleg<br /> # Welke PAP concentratie verkies je (paar vb getalletjes, je kiest natuurlijk de beste). Verschil passieve en competitieve ELISA<br /> <br /> === 24 jan 2007 ===<br /> # bespreek de naieve Tcel en clonale expansie<br /> # Fc fragment: sommige organismen kunnen het afbreken. Hoe levert dit een hogere overleving op voor het organisme?<br /> # wat is het hapteen carrier-effect en geef toepasssingen.<br /> === 23 jan 2007 ===<br /> # bespreek de rol van macrofagen in aangeboren en adaptief immuunrespons<br /> # vergelijk: Primair vs Secundair immuunrespons<br /> # bespreek de gelijkenissen en verschillen NK - CTL.</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=2917 2022-06-18T11:36:24Z

<p>Statistiek: /* 17 juni 2022 (volledig schriftelijk) */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===<br /> #Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)<br /> #*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?<br /> #*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen<br /> #*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is<br /> #*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.<br /> #*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)<br /> #*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?<br /> #*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen<br /> #*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne<br /> #*Aanduiden welke stelling over blast fout is<br /> #Juist/fout (9 punten)<br /> #*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.<br /> #*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.<br /> #*Een PDB-file bevat geen H-atomen<br /> #Korte open vragen<br /> #*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)<br /> #*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)<br /> #*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)<br /> <br /> ===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen<br /> #Exact hetzelfde als 8 juni 2020<br /> ===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===<br /> #Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)<br /> #Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)<br /> #Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)<br /> #Juist en fout: (9 ptn)<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft. <br /> #*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)<br /> <br /> ===19 juni 2019 NM===<br /> #PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken &amp; hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)<br /> #trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma &amp; levinthal paradox (5 ptn)<br /> #Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)<br /> #juist fout vragen: (9 ptn)<br /> #* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity<br /> #* Slechts één oplossing voor NW en SW<br /> #* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig<br /> #Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)<br /> #oefeningen:<br /> #* Geef kleinste chromosoom<br /> #* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is<br /> #* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter<br /> #* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is<br /> <br /> ===11 juni 2019 NM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren<br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # Schrifteijke vraag (6pt)<br /> #*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten<br /> #*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2)<br /> #*C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? <br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=2910 2022-06-18T07:23:58Z

<p>Statistiek: /* 17 juni 2022 (volledig schriftelijk) */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===<br /> #Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)<br /> #*Hoe ziet de diagonaal van BLOSUM50 er uit t.o.v. BLOSUM65<br /> #*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix<br /> #*Is deze data (info over ATOM, coördinaten...) afkomstig van kristalografie, Cryo-EM of NMR?<br /> #*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)<br /> #*Een paar keer 'Duid het foute antwoord aan'<br /> #Juist/fout (9 punten)<br /> #*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.<br /> #*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.<br /> #*Een PDB-file bevat geen H-atomen<br /> #Korte open vragen<br /> #*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)<br /> #*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)<br /> #*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)<br /> <br /> ===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen<br /> #Exact hetzelfde als 8 juni 2020<br /> ===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===<br /> #Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)<br /> #Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)<br /> #Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)<br /> #Juist en fout: (9 ptn)<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft. <br /> #*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)<br /> <br /> ===19 juni 2019 NM===<br /> #PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken &amp; hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)<br /> #trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma &amp; levinthal paradox (5 ptn)<br /> #Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)<br /> #juist fout vragen: (9 ptn)<br /> #* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity<br /> #* Slechts één oplossing voor NW en SW<br /> #* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig<br /> #Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)<br /> #oefeningen:<br /> #* Geef kleinste chromosoom<br /> #* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is<br /> #* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter<br /> #* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is<br /> <br /> ===11 juni 2019 NM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren<br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # Schrifteijke vraag (6pt)<br /> #*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten<br /> #*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2)<br /> #*C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? <br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&diff=2870 2022-02-22T14:49:48Z

<p>Statistiek: /* 14 januari 2022 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht (niet in 2022, door corona?). Als Lavigne een vraag stelt verwacht hij dat je elk deel van de vraag uitlegt ook al wordt het niet expliciet gevraagd. Bijvoorbeeld; geef de voor- en nadelen van PET en pPIC, dan moet je PET en pPIC volledig uitleggen.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===14 januari 2022===<br /> # Parameters die de betrouwbaarheid van amplificatie door middel van PCR verhogen. Ook de PCR afgeleide technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. (- Wat moet je antwoorden als PCR afgeleide technieken (er moeten nog technieken zijn!)? Gradient PCR, Emulsie PCR, RT PCR met een onderscheid tussen Taqman en de andere techniek, ... - Wat hoort er nog bij? formules voor efficientie, proofreading uitleggen, saturatiecurves, ...)<br /> # Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, ColE1, Zeo, Strep, MBD, factor X). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?<br /> # Definieer alle elementen van BAC en hoe wordt dit gebruikt bij kloonbanken?<br /> # Wat zijn de principes van Exsite en GeneTailor?<br /> # Hoe werkt heat shock bij S. cerevisiae en wat zijn de componenten die hiervoor nodig zijn?<br /> # Paeshuyse: Een sequentie van een nanobody gegeven en je wilt hiervan een fusieproteïne maken dat een His-tag bevat aan het 5' uiteinde. Teken de primers die hiervoor nodig zijn (kozak sequentie gegeven, restrictie-sites gegeven, sequentie voor de his-tag gegeven en de nanobody sequentie gegeven. Hoe zou je dit implementeren in een eukaryoot? Teken de expressievector en expressiecassette. Wat is er nodig voor implementatie in een plant en waarom? Teken de expressievector en de expressiecassette.<br /> <br /> ===6 januari 2021===<br /> # Parameters die uw betrouwbaarheid van PCR amplificatie verlagen, met betrekking tot mutagenese (random &amp; gerichte pcr-methodes)<br /> # Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (HIS4, colE1, bla gen, aox1, MCS) voor wat zou je deze vector gebruiken?<br /> # Hoe maak je een random DNA bank met cosmidevectors?<br /> # definties<br /> #* Alkalische lyse<br /> #* CAPture techniek<br /> #* taqmanprobe real time PCR<br /> #paeshuyse: gelijka andere jaren <br /> <br /> ===28 augustus 2020===<br /> # Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (Geen paginalimiet)<br /> # Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)<br /> #* Leg cosmide vectoren uit en hoe kloonbanken worden gemaakt.<br /> #* CTAB methode<br /> #* Chemische ‘heat shock’ transformatie van S. cerevisiae uitleggen<br /> # Paeshuyse: ongeveer zoals in januari maar met SARS-Co2.<br /> <br /> ===22 januari 2020 ===<br /> # Leg PET en pPIC expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)<br /> # Leg BAC vectoren in detail uit en hoe maak je een kloonbank aan de hand van deze vectoren. Hoe bereken je het minimum aantal klonen die nodig zijn om een representatieve genoombank te hebben met de formule van Carbon en Clarke, welke voorwaarden moeten hiervoor voldaan zijn? (1 pagina + eventueel achterkant)<br /> # Geef de PCR parameters en PCR varianten die de specificiteit van PCR amplificatie verhogen. Leg telkens kort uit. (1 pagina + eventueel achterkant)<br /> # Definities (1/3e pagina voor elk)<br /> #* Leg gatewayclonering uit, werking en principe geven.<br /> #* Transposonmutagenese uitleggen en hoe dit gescreend wordt?<br /> #* Leg uit hoe men gisten chemisch transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.<br /> # paeshuyse: humaan interferon lambda wil je produceren in een eukaryoot systeem. RNA sequentie is gegeven.<br /> #* Welke gebruik je en beargumenteer.<br /> #* Hoe ziet je vector en expressiecassette eruit? Benoem elke component + korte uitleg.<br /> #* Teken primers met gegeven RE sites (Bamh1 &amp; EcoR1) om de CDS in een vector te kloneren. Kozak sequentie ook gegeven.<br /> #* Welke wijzigingen zijn nodig om dit gen in een plantenvector te kloneren? Teken de vector en de expressiecassette.<br /> <br /> ===30 augustus 2019 ===<br /> #Bespreek de factoren van een PCR die de gevoeligheid kunnen verhogen. Ook de PCR afgeleidde technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. <br /> #Bespreek het PET expressie systeem in E. coli, geef ook de voor en nadelen van expressie in deze bacterie.<br /> #(Paashuyse) Je wil Anti-IgE produceren in CHO cellen m.b.v. een eukaryoot expressie systeem (geen gist of schimmel).<br /> #* welk expressie systeem gebruik je? beargumenteer.<br /> #* Teken de vector en verklaar alle factoren die je gebruikt.<br /> #* Wat moet je veranderen aan de CHO cellen om de SV40 ori te kunnen gebruiken? wat is het voordeel van deze ori op replicatie.<br /> #* Als je anti-IgE in planten cellen zou willen produceren, hoe ziet de vector er dan uit? leg alle factoren uit.<br /> #Leg uit:<br /> #* Definieer alles van BAC's<br /> #* Gateway klonering<br /> #* Capture techniek voor full length cDNA klonering<br /> #Oefening: 2 exonen met sequentie waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer. <br /> <br /> ===23 Januari 2019 ===<br /> # Welke parameters hebben een negatieve invloed op PCR in verband met mutagenese (geef hierbij ook PCR-gebaseerde technieken van random/directe mutagenese zoals mismatch priming, error-prone PCR..) <br /> # Vergelijk cosmide en BAC klonering en hoe bepaal je de complexiteit van genoombank (carbon clark)<br /> # (Paashuyse): Klonering van een bepaald eiwit in rat cellen<br /> #* A. Leg expressiesysteem uit<br /> #* B. Teken vector en benoem/verklaar alle factoren die je gebruikt<br /> #* c. Wat moet je veranderen aan de rat cellen om SV40 ori te kunnen gebruiken? en bespreek het effect op de replicatie<br /> #* d. Doe hetzelfde maar dan in een planten cel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten <br /> # Geef uitleg over<br /> #* Taqman probe<br /> #* CTAB methode<br /> #* PET<br /> # Oefening waarbij je een ori moest insereren in DNA, dit moest in frame zitten, de RE sites waren gegeven, bespreek je techniek en teken PCR primers die je hiervoor zou gebruiken<br /> <br /> ===31 Augustus 2018 ===<br /> # Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)<br /> #<br /> #* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)<br /> #* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)<br /> # Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): <br /> #* A. Alkalische Lyse<br /> #* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?<br /> #* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.<br /> # Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)<br /> #* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.<br /> #* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.<br /> <br /> <br /> ===24 januari 2018 ===<br /> # Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)<br /> #<br /> #* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)<br /> #* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon &amp; Clarke. (1 bladzijde)<br /> # Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): <br /> #* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak<br /> #* B. Taqman RT-PCR<br /> #* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor ''E. Coli'' en ''S. cerevesiae''<br /> # Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)<br /> #* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.<br /> #* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.<br /> #* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.<br /> <br /> ===1 september 2017 VM===<br /> # Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.<br /> # Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.<br /> # Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?<br /> # Kort omschrijven <br /> #* Definieer en bespreek CAPture techniek werking<br /> #* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?<br /> #* Bespreek het principe van Gateway klonering.<br /> # Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.) <br /> #* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.<br /> #* Teken de vector enzo.. (?)<br /> <br /> ===25 januari 2017 VM===<br /> # Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid<br /> # Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.<br /> # Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.<br /> # Kort omschrijven<br /> #*DNA shuffeling<br /> #*CAPture techniek werking<br /> #*Principe van TOPO-gemedieerde klonering<br /> #oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)<br /> #Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...<br /> <br /> ===januari 2016===<br /> # Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid<br /> # Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)<br /> #Strategie voor het opstellen van een cosmidebank<br /> # Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist<br /> # Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek<br /> Volckaert: <br /> # Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)<br /> # De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben<br /> # Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt<br /> # structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze<br /> <br /> ===20 januari 2015===<br /> #Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.<br /> #Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.<br /> #Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.<br /> #Kleine vraagjes:<br /> ##Belang van humanisering bij Philia pastoris<br /> ##Definieer de CAPture techniek<br /> ##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?<br /> #Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een ‘Strep’-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)<br /> Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5’ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.<br /> <br /> === 21 januari 2014 ===<br /> #Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte) <br /> #Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)<br /> ##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)<br /> #Korte vraagjes: Lavigne<br /> ##Bespreek CAPture techniek <br /> ##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering <br /> <br /> === 22 januari 2013 ===<br /> #Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (&amp;gt;30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon &amp;amp; Clarke. <br /> #Technieken: Okayama &amp;amp; Berg SAGE <br /> #Kleine vragen (Lavigne): <br /> ##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in &amp;quot;directed evolution&amp;quot;? <br /> ##Bespreek en schets het PET-expressie systeem. <br /> ##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie? <br /> #Situeer ???, ??? en ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was één van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.<br /> <br /> ===6 augustus 2012===<br />  #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...) <br /> #twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)<br /> #kleine vraagjes:<br /> ##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker) <br /> ##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?) <br /> ##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beïnvloedt Tm niet + uitleggen waarom. <br /> ##synthesevraag: biotine-merking bij nucleïnezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)<br /> <br /> ===23 Jan 2012 NM===<br /> #Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli <br /> #Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist <br /> #Kleine vragen:<br /> ##Co-transformatie bij dieren <br /> ##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture <br /> ##Hot-start PCR Chromosome jumping<br /> <br /> ===31 Jan 2011 NM===<br /> #Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren. <br /> #Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten. <br /> #Bijvragen:<br /> ##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank <br /> ##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen: <br /> ##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren <br /> ##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden? <br /> #Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE<br /> <br /> ===17 Jan 2011 VM===<br /> #Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...) <br /> #Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?<br /> #Bijvragen: <br /> ##Okayama &amp;amp; Berg <br /> ##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties <br /> #Kleine vragen<br /> ##IPTG sacB <br /> ##Carbon &amp;amp; Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank) <br /> ##Guanidiniumzouten<br /> #Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE<br /> <br /> ===17 Jan 2011 VM===<br /> #Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren <br /> #Bijvragen: <br /> ##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen <br /> #Kleine vragen<br /> ##'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie <br /> ##URA3 Modeling: pyrosequencing <br /> ##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL<br /> <br /> ===23 aug 2010 VM===<br /> #pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking <br /> #Kleine vragen: <br /> ##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen <br /> ##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg <br /> ##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL<br /> <br /> ===26 jan 2010 VM===<br /> #Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn. <br /> #Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit. <br /> #Bijvragen: <br /> ##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar? <br /> ##Leg de pSC101 ori uit. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Oclusion body's: wat, wanneer, nut? <br /> ##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie? <br /> ##Universele splicing van ssDNA met fokI. <br /> ##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode. <br /> ##EtBr en SYBR. <br /> ##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese. <br /> ##Biotine merking. <br /> ##ZOO blot.<br /> <br /> ===25 jan 2010 VM===<br /> #Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.) <br /> #Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese. <br /> #Bijvragen: <br /> ##Welke vectoren voor klonering in gist? <br /> ##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Nested PCR uitleggen. <br /> ##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen. <br /> ##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen. <br /> ##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen? <br /> ##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank? <br /> #Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL <br /> #Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie<br /> <br /> ===25 jan 2010 VM===<br /> #Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.<br /> #Bijvragen: <br /> ##Fosforamidiet synthesecyclus <br /> ##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie? <br /> ##Schets hun gebruik. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Lamba ZAP vector <br /> ##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli. <br /> ##Aantal kloons in een genoombank. <br /> ##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem <br /> ##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein<br /> <br /> ===14 jan 2010===<br /> #Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik <br /> #Bijvragen: <br /> ##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman. <br /> ##Detailleer elke reactiestap. <br /> ##Wat is chromosome walking en hoe werkt het. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden. <br /> ##Exonuclease III <br /> ##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank. <br /> ##Inverse PCR Mondeling: pMal <br /> ##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector <br /> ##Pyrosequencing<br /> <br /> ===30 jan 2009===<br /> #fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen<br /> #Bijvragen: <br /> ##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III <br /> #Kleine vragen : <br /> ##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur <br /> #Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap<br /> <br /> ===30 jan 2009===<br /> #Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem<br /> #Bijvragen<br /> ##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese<br /> # Kleine vragen<br /> ##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur <br /> #Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture<br /> <br /> ===27 jan 2009 ===<br /> #replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieën ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen <br /> #Bijvragen: <br /> ##cDNA klonering (Gubler &amp;amp; Hoffman, Okayama &amp;amp; Berg) <br /> ##chromosoom walking <br /> #Kleine vragen:<br /> ##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor) <br /> ##capping in fosforamidiet, wat en waarom <br /> ##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III <br /> #Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing<br /> <br /> ===24 jan 2008===<br /> #Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden <br /> #Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie' <br /> #Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden <br /> #Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese <br /> #Kleine vragen<br /> ##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?<br /> ##Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?<br /> ##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR <br /> ##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?<br /> #Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme<br /> <br /> ===23 jan 2008===<br /> #Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar. <br /> #Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen? <br /> #Middelgrote vragen: <br /> ##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost? <br /> ##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Wat is IPTG: structuur, gebruik <br /> ##Wat is de par locus <br /> ##Wat is PNA: structuur <br /> ##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme? <br /> #Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein<br /> <br /> ===14 jan 2008===<br /> #Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen? <br /> #Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?) <br /> #Bijvragen: <br /> ##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?<br /> ##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure. <br /> ##Wat zijn de voor- en nadelen? <br /> #Bij-bijvragen: <br /> ##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk? <br /> ##Waarvoor staat spi selectie? <br /> ##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen? <br /> #Mondeling: RDA Pyrosequencing inteïne verwerking inverse PCR cap selectie<br /> <br /> ===31 jan 2007===<br /> #alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken. <br /> #Middelgrote vragen: <br /> ##pyrosequencing <br /> ##cassettemutagenese <br /> #Kleine vragen: <br /> ##verschil southern en western blotting <br /> ##ethidiumbromide, structuur, problemen, <br /> ##gebruik Spi selectie inverse PCR<br /> ##wat is shearing <br /> #Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg<br /> <br /> ===23 jan 2007===<br /> #bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322 <br /> #welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren <br /> #Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar <br /> <br /> ===19 jan 2007===<br /> #Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.<br /> #Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren. <br /> #Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda. <br /> #SV40 vectoren. <br /> #Kleine vragen:<br /> ##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geïnfecteerd kan worden door M13. <br /> ##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden. <br /> #Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie&lt;</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genetica&diff=2848 2022-02-02T09:24:43Z

<p>Statistiek: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Vak van het eerste semester 2e jaar biochemie en biologie. Ook tweedejaars chemisten en geologen kunnen hier zitten.<br /> Gedoceerd door Prof. Filip Volckaert.<br /> Het examen duurt 4 uur.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===1 februari 2022===<br /> # Morfologische convergetntie is GEEN belangrijke waarneming om evolutie aan te tonen.<br /> # Foto chromosoom kaarten + FISH bespreek EN vul de ontbrekende woorden aan op de foto. Zie hoofdstuk 18<br /> # Vraagstuk: A) Teken een diagram met hoe je denkt dat een enhanceosoom werkt om RNA-P te recruteren voor een promotor van een gen. Komt dit systeem voor bij prokaryoten/eukaryoten of beide? B) Teken het lac operon met lactose en waar glucose afwezig is. Is er transcriptie aanwezig? Komt dit systeem voor bij prokaryoten/eukaryoten of beide?<br /> # Begrippen: Plasmidevectoren, pleiotropie, pluripotent, poly-A staart, polygene overerving.<br /> <br /> ===27 januari 2022===<br /> # Stelling: Een erfelijke genetische aandoening bij muizen kan blijvend hersteld worden door een combinatie van kruisingen en testen met merkers.<br /> # Grafiek uit boek/ppt van verschillende grootte snavelbek van een soort vogels, figuur rechte met grootte snavelbek vogels en nakomelingen. Vul figuur aan en leg uit wat dit is.<br /> # Sussanna haar vader lijdt aan de X-gebonden ziekte DMD. Sussana zelf is niet ziek en huwde met haar partner Jan die ook niet ziek is. Hun zoontje Steven zijn genotype is XXY en hij lijdt aan DMD. Geef schematisch weer en leg uit hoe dit kan.<br /> #Begrippen: Proteomica, Punett diagram, recessief, recombinant DNA en proteasoom<br /> <br /> ===29 januari 2021===<br /> #stelling: &quot;fenotypische variatie komt bij bacteriën enkel voort uit genotypische factoren&quot; <br /> #Foto van evolutie bij het paard<br /> #Driepuntskruising<br /> #Begrippen: DNA-bindingsmotief, DNA dubbel helix, DNA ligase, DNA methylatie en DNA vingerafdruk<br /> <br /> ===22 juni 2020===<br /> # Stelling: &quot;transcriptie activatoreiwitten binden aan bacteriële genpromotoren&quot;<br /> # Foto van 32 en 64 celstadium bij in tunicaat embryo<br /> # Heterozygoot voor 4 genen in testkruising. Welke genen zijn gekoppeld? Wat is het genotype van de heterozygoot? Teken de koppelingskaart. Gegeven verschillende nakomeling in verschillende hoeveelheden.<br /> # Begrippen: autosomaal, conservatieve replicatie, basesubstitutie, barr lichaampje, berkenspanner.<br /> ===30 augustus 2019===<br /> # Stelling: &quot;Het fundamenteel verschil tussen positieve en negatieve controle van een gen is niet zo belangrijk.&quot;<br /> # Foto van drosophila kunstmatige selectie<br /> # Genotypes P, F1, F2 geven bij epistasie?<br /> # Recombinatie frequentie en stamboom voor een 3puntskruising<br /> # Begrippen: Apoptose, codominantie, dihybride kruising, diploïd, faag <br /> <br /> ===17 juni 2019===<br /> # Stelling: &quot;Inversie op chromosoom 3 bij de Drosophila zorgt niet voor een genetische variatie?&quot;<br /> # Foto van Himalaya siamese kat<br /> # Recombinatie frequentie en stamboom voor een 3puntskruising<br /> # Vraagstuk over lac operon en in welke mutanten de genen worden afgeschreven<br /> # Begrippen: Syntenie, Telofase, Telomerase, Tautomer effect, Syndroom van Down <br /> <br /> ===14 juni 2019 NM===<br /> #Stelling: Meiose ligt aan de basis van de variatie in het genoom.<br /> #Foto van pre-mRNA splicing en alternatieve splicing.<br /> #Stamboom: Welke grootouders van een vrouw hebben zeker geen invloed op haar X-chromosomen.<br /> #Er zijn 20000 genen en 85000 proteïnen. Verklaar hoe dit kan en geef een concreet voorbeeld uit de cursus.<br /> #Begrippen: enhancer, SNP, een-kopie gen, epigenetica, epistasie.<br /> ===11 juni 2019 VM===<br /> #Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie.<br /> #Foto van DNA banken<br /> #Oefening: stambomen <br /> #Vraagstuk: productie van Bicoid<br /> #Begrippen: elongatie, duplicatie, eenvoudig herhaald sequenties ...<br /> <br /> ===22 juni 2018 NM===<br /> #Stelling: Met PCR kan het doelDNA 11 keer vermeerderd worden.<br /> #Foto van kloon contig techniek<br /> #Oefening: mRNA uit een sjabloonDNAstreng opschrijven, amide en carboxylterminus aanduiden, overzetten in 3 AZ (ahv tabel) en aangeven of er nonsensemutaties mogelijk waren, zoja waar.<br /> # vraagstuk: Een gen dat codeert voor huids- en haarkleur. Europeanen en aziaten hebben 13 polymorfismen met 10 niet-synoniem. Afrikanen hebben er 5 met geen niet-synoniem. Verklaar de variatie tussen afrikanen en niet afrikanen.<br /> #Begrippen: replicatie, ras, recombinant DNA,...<br /> <br /> ===28 juni 2018 voormiddag===<br /> #Juist of onjuist: Splitsing voegt intronen samen en dit gebeurt enkel bij prokaryoten. (Elk woord uitleggen)<br /> #Figuur van uit het boek mbt embryo's waarvan de staartcellen naar het hoofd worden getransplanteerd en bij de ene figuur de straartcellen gewoon hoofdcellen worden in het hoofd en bij de andere figuur tot staartcellen in het hoofd differentiëren. (Determinatie uitleggen dus)<br /> #Oefening met een stamboom. a) Bepaal de manier van overerving. b) Kruising uitvoeren tussen allemaal neven en nichten van die stamboom<br /> #Oefening op driepuntskruising<br /> #Leg uit in elk max 30 woorden: SCNT, seksuele voortplanting, synaptonemaal complex, startcodon<br /> <br /> ===27 juni 2018 namiddag===<br /> #Stelling: Enkel meiose is verantwoordelijk voor genetische variatie.<br /> #Foto van het laden van tRNA.<br /> #Stamboomanalyse<br /> #Beargumenteer: eigen mening over een stelling geven.<br /> #genomica, genotype...<br /> <br /> ===27 juni 2018 voormiddag===<br /> #Bespreek de (on)waarheid van volgende stelling en bespreek elk element: bij het onderzoeken of 2 bacteriën tot dezelfde soort behoren, is het een goede eerste stap om te kijken naar een stukje DNA met een hoge mutatiesnelheid.<br /> #Afbeelding gegeven van een algemeen operon. Geef uitleg en benoem de aangeduide delen<br /> #Stamboomvraag: onderzoeken hoe de overerving wordt doorgegeven (autosomaal/X-of Y-gebonden; recessief/dominant), genotypes uitzoeken van zo veel mogelijk mensen en nog 1 klein vraagje<br /> #Driepuntskruisingsvraag: Leg de cijfers uit. Bereken de afstand en volgorde.<br /> #5 termen: Homeodomein, Heterochromatine, Helix-draai-helix motief en nog 2 andere<br /> <br /> ===25 JUNI 2018===<br /> #Maternale effectie bij embryonale ontwikkeling en hoe fenotype beïnvloed (met bicoid, nanos, dorsal....)<br /> #Figuur over beklengte vinken ifv vochtigheid (evolutie, overerfbaarheid...)<br /> #oefening genotype bepalen en allel op autosomen/geslachtchromosomen + uitleg<br /> #3 puntkruising<br /> #woordjes: Centraal dogma, buideldier, chromosoom, celdeling en nog 1<br /> <br /> ===19 juni 2018 NM===<br /> #Stelling: pre-mRNA-processing enzymen omvatten excision herstel enzymen.<br /> #Foto van homologe structuren<br /> #Oefening: stamboom gegeven waarbij een genetisch erfelijk tandziekte is. Aan de hand van de stamboom hypothese geven (kenmerk dominant, recesief, geslachtsgebonden) en hiervoor de stamboom in genotypes schrijven.<br /> #Er zijn 2 genen uit een homeo box, met een mutantexperiment onderzoeken welke van de twee de andere reguleert. Gegevens experiment waren gegeven.<br /> #Begrippen: Replisoom, represor, restrictie endonuclease, restrictieplaats, reverse transcriptase.<br /> <br /> ===18 juni 2018 NM===<br /> #Stelling: &quot;STS, sequenced tagged sites, hebben bijgedragen aan het bestuderen van het genoom op microscopisch niveau&quot;<br /> #Geef uitleg bij de figuur: een tekening van DNA. <br /> #Oefening met stamboom van een zeldzame erfelijke ziekte. Is het een X-gebonden recessieve afwijking of een autosomaal gebonden allel dat alleen bij mannen tot uiting komt. Geef het genotype van generatie 5 voor beide gevallen.<br /> #Vage vraag over welke nucleotide substituties niet konden worden waargenomen via elektroforetische studies.<br /> #Begrippen: dominant, domesticatie, DNA-vingerafdruk, doseringscompensatie en DNA-supercoiling<br /> <br /> ===18 juni 2018 VM===<br /> #Stelling: &quot;Evolutie heeft ervoor gezorgd dat organismen structuren hebben die perfect werken, zoals bijvoorbeeld het oog bij vertebraten&quot;<br /> #Tekening over epistasie, afbeelding van kruising witte varianten mais wat witte en paarse F2 oplevert. <br /> #Oefening over overerving waarbij gegeven wordt dat er twee genen coderen voor de oogkleur en dat men twee heterozygote organismen voor beide genen gaat kruisen. Het fenotype dat deze beide organismen hebben is rood. Vervolgens wordt het fenotype van de nakomelingen gegeven en moet je verklaren hoe het kan dat deze fenotypen ontstaan. + verklaren waarom de term 'nieuw fenotype' bij deze nakomelingen gebruikt kan worden <br /> #Oefening over het lac operon waar je een tabel moet aanvullen met +'jes en -'etjes<br /> #Begrippen: chromatine, chromatide, chloroplast (en nog twee dingen die beginnen met ch)<br /> <br /> ===15 juni 2018 NM===<br /> #stelling:'Vrouwelijkheid, groei en gedrag zijn genetische kenmerken bij een bacterie.'<br /> #foto van gelelectroforese<br /> #Kruising met 4 fenotypes en 4 verschillende kruisingen gegeven<br /> #Een kader gegeven met info over aantal basenparen, genen, interons... Vragen over hoeveel interons er gemiddeld per gen waren enzo. Uitleg geven over genen die niet voor een eiwit coderen.<br /> #begrippen: transcriptiebel, transcriptiefactor, torsiespanning, terminatie en totipotent<br /> <br /> ===15 juni 2018 vm===<br /> #stelling:'Is de rol van meiose bij een gist, Neurospora en een plant (Arabidopsis) identiek?<br /> #tekening van een nucleosoom<br /> #vraagstuk: Steven heeft spierziekte van Duchenne (recessieve X-gekoppelde aandoening) en heeft als geslachtschromosomen XXY. Susanne (moeder van Steven) heeft de ziekte niet en haar man ook niet. Vader van Susanna had de ziekte wel. Verklaar waarom Steven beide aandoeningen heeft<br /> #vraagstuk: Een vraagstuk over een stof die RNA-productie blokkeert, maar toch kan een embryo de eerste 6 uur delen. Maar als deze stof na 6 uur wordt weggenomen, kan de gastrulatie niet plaatsvinden. Wat kan je besluiten over de genexpressie?<br /> #begrippen: wederkerige kruising, achterliggende streng, x-stralen diffractie, zink vinger motief en wiebelparing<br /> <br /> ===5 september 2017 vm===<br /> # stelling 'waterstofbruggen tussen nucleotiden hebben invloed op de structuur van DNA'<br /> # tekening over stamboom van het oerpaard tot het huidig paard; leg de tekening uit (evolutie)<br /> # kruising: parentale en F1 generatie gegeven, met frequentie. Welke stelling is juist. (hij wou niet zeggen als er meerdere antwoorden juist waren)<br /> # bespreek 2 methoden voor DNA sequentie bepaling en geef de voor- en nadelen ervan.<br /> # begrippen: polygene overerving, polymerase kettingractie, profase, poly-A-staart<br /> <br /> ===23 juni 2017 nm===<br /> #stelling &quot;de celdelingen bij een embryo duren veel langer dan die bij een volwassen organisme&quot;<br /> #tekening van een haai, tonijn, ichtyosaurus, en dolfijn<br /> #oefening met intermediaire overerving waarbij allelfrequentie gegeven was, en een populatie naar een gebied verplaatst wordt met andere fitnessvoorwaarden -&gt; nieuwe allelfrequentie bepalen<br /> #oefening met 4 (ja vier) puntskruising, bepaal welke genen gekoppeld zijn + genotype van heterozygote ouder + koppelingskaart<br /> #begrippen uitleggen: amniocentese, anafase, aneuploïd, anticodon, apoptose<br /> ===19 juni 2017 vm===<br /> #stelling &quot;koppelingskaarten geven goed de afstand weer&quot; juist/fout<br /> #tekening van DNA-replicatie aanvullen<br /> #oefening dihybride kruising<br /> #uitleg 'chimeren'; denkvraag over toepassing<br /> #begrippen uitleggen: promotor, proteasoom, proteomica, prokaryoot, Punnett-vierkant<br /> === 16 juni 2017 ===<br /> # stelling over meiose en mitose<br /> # tekening van trp operon<br /> # oefening van overkruising, x-gebonden allelen<br /> # hunchback, antennepedia (?) en engrailed bij drosophilia, waar denk je aan en waarin verschillen ze<br /> # operon, openleesraam, pleiotropie, overkruising en gap genes<br /> === juni 2016===<br /> #foto plasmide<br /> #hoeveelheid enkelstrengig en dubbelstrengig DNA bepalen<br /> #weet rest neit meer (pfff zwak)<br /> === juni 2015 ===<br /> # Kan genetische clonering helpen in de veredeling van planten?<br /> # Een foto van een Himalaya kat<br /> # Een hele moeilijke oefening over de afstanden op chromosomen<br /> # Een diploïde cel heeft 16 chromosomen, hoeveel zijn dit er na de metafase van meiose I? En hoeveel na de anafase? Teken de anafase.<br /> # Begrippen waaronder codon, conservatief, replicate,...<br /> === 17 juni 2014 ===<br /> #DNA banken zijn uitermate geschikt om het genoom te onderzoeken<br /> #Tekening verklaren (epistasie : maiskolf die paars kleurde door 2 enzymen)<br /> #Oefening stamboom maken+ chromosomen uitleggen (klinefeltersyndroom)<br /> #Oefening op mitose/meiose<br /> #repressor, regulatorisch eiwit, replicatie, replisoom en restrictie endonulease<br /> <br /> ===16 juni 2014 namiddag===<br /> #Stelling: meiose heeft dezelfde rol in de levencycli van een bacterie, Neurospora en Arabidopsis.<br /> #Tekeningetje van Translatie-initiatie<br /> #Oef over het Lac-operon <br /> #Een origineel peptide en een gemuteerd (1deletie en 1 insertie) Bepaal de base in weg en erbij is, en bepaal de mRNA sequentie van beide.<br /> #Woordjes: domesticatie, ras, homologe structuren, morfogenese<br /> <br /> ===16 juni 2014 voormiddag ===<br /> #stelling: Neaderthalers hebben geen sexueel contact gehad met de moderne mens<br /> #foto van nucleosome die verschuift op dna streng (pg 317)<br /> #oefening over driepuntskruising<br /> #oefening openleesraam zoeken en bijhorende polypeptide<br /> #woordjes: translocatie, tRNA, transciptoom, transcriptieplaats <br /> <br /> === 13 Juni 2013 NM===<br /> # Stelling: Genetische kaarten zijn hetzelfde als fysieke kaarten van het genoom.<br /> # Foto van een 3D-tRNA molecule: bespreek de figuur<br /> # Vraagstuk over recombinante genen en de allelpositie bepalen aan de hand van hoeveel vliegen van een bepaalde recombinant er zijn.<br /> # Vraagstuk over een zeldzame ziekte met stamboom: enkele kansberekeningen etc.<br /> # Woordjes: Deletie, Excisie-reparatie-resynthese, DNA bindingsdomein, Cytokinese<br /> <br /> <br /> === 13 Juni 2013 VM===<br /> #Vergelijken van Meiose II met mitose. Heel goed de nadruk leggen op het verschil in functie <br /> #tryptofaan operon<br /> #Zo een oefeningetje met Lac-operon zoals op de taak<br /> #Nog een oefeningetje op een X-gebonden recessieve ziekte (niet moeilijk) <br /> #wat begrippen verklaren<br /> Prof helpt u goed op weg als ge het niet weet<br /> <br /> === 10 Juni 2013 VM===<br /> # Stelling: Het niet-nucleale genoom is identiek voor planten en dieren.<br /> # Karyogram van iemand met trisomie 21 (syndroom van Down). Bespreek.<br /> # Vraagstuk: a)De kans op een meisje is 0.5, hoe groot is dan de kans dat een gezin van 4 kinderen bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. b) De eigenlijke kans op een meisje is 0.49, hoe groot is nu de kans dat een gezin bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. c) Hoe groot is de kans als het eerste kind een jongen is en de 3 andere meisjes.<br /> # Gegeven: DNA-sequentie en 2 mutaties op deze sequentie. a)Geef de aminozuursequentie gecodeerd door het DNA. b) Benoem de mutaties.<br /> # 5 begrippen:<br /> #* Alternatieve splitsing<br /> #* Barr-lichaampje<br /> #* Aminoacyl-tRNA synthetase<br /> #* Apoptose<br /> #* Basesubstitutie<br /> <br /> ===31 JAN 2012 VM===<br /> # Stelling: TATA-box is een transcriptiefactor die een rol speelt bij de selectie van de juiste startplaats bij eukaryoten bij de transcriptie door RNA polymerase II.<br /> # Cirkelvormig tekeningetje van de celcyclus (zo van G1, G2, S, M maar dan zonder de letters). Bespreek.<br /> # Vraagstuk: kaart+afstanden van genen op het chromosoom bepalen a.h.v tabelletje met de fenotypes van de nakomelingen.<br /> # Bepalen of genen in HWE staan a.h.v chi².<br /> # polyploïd, polyteen chromosoom, segment-polariteit gen, selectie, semisteriliteit, stamboomanalyse, standaardafwijking, stukuitwisseling en subeenheid.<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2011 VM===<br /> # Stelling: Enkel diploïde genetische informatie is overerfbaar.<br /> # Bespreek: figuur 12-10 a en b (afbeelding van de hox-genen bij een muis op de 4 chromosomen en de expressie ervan tijdens de ontwikkeling) <br /> # Oefening over chromosoomtransformaties: je kreeg het oorspronkelijk chromosoom 123.456789 en moest dan de transformaties benoemen en de oorspronkelijke chromosomen in synaps tekenen om te laten zien wat er gebeurd is.<br /> # Moeilijke oefening over een experiment mbt facetogen bij Drosophila ifv de temperatuur(2 genotypes). De genetische variantie en de fenotypische verdeling worden geschat. Je moest bij 4 experimentele situaties 'paren van reactie-normen' tekenen die horen bij de 2 genotypes. Een experimentele vaststelling was bijvoorbeeld: 'wanneer de erfelijkheid verhoogde, verlaagde de genetische variantie' of 'bij het verlagen van de variantie van de temperatuur ging de unimodale verdeling van het fenotype over in een bimodale verdeling' ...<br /> # Begrippen:<br /> #* weifelaar<br /> #* X-chromosoom<br /> #* X-koppeling<br /> #* ...<br /> <br /> <br /> ===21 JAN 2010===<br /> # Stelling: de waterstofbruggen gevormd door nucleotiden hebben geen invloed op de structuur van DNA.<br /> # Afbeelding van het gal-systeem bij gist. (Gal4 bespreken, enhancing, UAR's, beetje eukaryote transcriptie-initiatie,...)<br /> # Oefening van staartlengte bij varkentjes. Eentje heeft een lengte van 6cm, de andere van 30cm, en de nakomeling een van 18cm. Voor de F2-generatie 1/64 met staart van 6cm, en 1/64 met een staart van 30cm, en daartussen worden de lengtes 10,14,18,22,26 waargenomen, met het meeste nakomeling een staart van 18cm. En daar een aantal vragen over, die voortbouwen op &amp;quot;van hoeveel genen hangt de staartlengte af&amp;quot;.<br /> # Een welhaast analoge oefening van 5 soorten tarwe (wit, lichtrood, half rood, half donkerrood, donkerrrood).<br /> # Begrippen:<br /> #* Enhanceosoom<br /> #* Epigenetisch stilleggen of &amp;quot;silencing&amp;quot;<br /> #* Epistasie<br /> #* Epigenetische merker<br /> #* Erfelijkheid in de ruime zin<br /> #* Homeologe chromosomen<br /> #* Homoloog chromosoom<br /> #* Homologie-afhankelijk herstel<br /> #* Homogametisch geslacht<br /> #* en nog 1...<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2010===<br /> # Wat gebeurt er met RNA nadat het is afgeschreven van DNA dankzij RNA polymerase. Is er een verschil tussen pro en eukaryoten. <br /> # foto van menselijk genoom. Beschrijf wat je ziet. <br /> # makkelijk vraagstuk over autosomaal resessieve aandoening <br /> # Ne moeilijke over Hardy-Weinberg. <br /> # Begrippen. <br /> #* heterozygon<br /> #* hetersis<br /> #* Hfr<br /> #* hexaploid<br /> #* polypoide<br /> <br /> <br /> ===19 JAN 2010===<br /> # stelling: Bicoid eiwit heeft een invloed op de paarrolgenen<br /> # fig 11.2<br /> # oefening op allelfrequentie bij een gegeven populatie met fenotypes van bloedgroepen<br /> # chi²-oefening met hypothesetest, p-waarde,...<br /> # woordjes: <br /> #* genconversie<br /> #* topoisomerase<br /> #* inversielussen<br /> #* homozygoot inversie<br /> #* kandidaatgen<br /> #* tetraploïd<br /> #* tetrade<br /> #* nog drie andere...<br /> <br /> <br /> ===18 JAN 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Figuur van het fragiel-X syndroom<br /> # de evolutie van genen gaat aan constante snelheid en houdt geen rekening met de gedegenereerde code.. <br /> Schriftelijk:<br /> # een stamboom<br /> # vraag over H² en h² <br /> # pak definities<br /> <br /> <br /> ===JAN 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Gaat genevolutie met een constante snelheid? (zonder rekening te houden met gedegenereerde codes)<br /> # tekening van fragile X syndroom<br /> Schriftelijk:<br /> # Oefening met een stamboom <br /> # een oefening op erfelijkheid<br /> # hele hoop begrippen waar bijna allemaal gen of genetisch in voor kwamen....<br /> <br /> <br /> ===JAN 2009===<br /> Mondeling:<br /> # Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie<br /> # Figuur bespreken: fig 10-4 in boek<br /> # Juist of fout: de meiose speelt dezelfde rol in de levenscyclus van een bacterie, neurospora en een plant<br /> Schriftelijk:<br /> # Een ziekte, veroorzaakt door een mutatie op het 7de chromosoom vetoont bij de mensen met deze ziekte ernstige botafwijkingen in het gelaat. Beschouw de volgende waarnemingen en trek bij elke een conclusie:<br /> a. 75% van de mannen , cariotype 23 vertoont bij deze afwijking ernstige tekenen van het andere geslacht<br /> b. Vrouwen , heterozygoot voor deze ziekte vertonen geen afwijkingen<br /> c. Het ziektegen vertoont 75% gemeenschappelijkheid met een gend dat ligt op het X chromosoom en bepalend is voor de ontwikkeling van de vrouwelijke geslachtskenmerken.<br /> # Woordjes<br /> <br /> <br /> ===29 JAN 2008===<br /> Mondeling:<br /> # Stelling: operons hebben enkel negatieve regulatie.<br /> # Figuur: 8.4 boek, over transcriptie algemeen<br /> Schriftelijk:<br /> # In 1931 vond Stern twee verschillende translocaties in drosophila. Hij ontdekte vrouwtjes met een extra stuk van het Y-chromosoom op hun X-chromosoom en andere vrouwtjes met een extra stuk chromosoom IV op hun X. Hij bestudeerde twee geslachtsgekoppelde genen: vleeskleurig (vle recessief) en staafvormig (St dominant). We kruisen dihybride staafvormige vrouwtjes met heteromorfe chromosomen (mutante allelen gelegen op X stuk van X-IV) met hemizygote vleeskleurige mannetjes met normale chromosomen. Teken de cytogenetische resultaten en beschrijf de genotypes/fenotypes van de nakomelingen.<br /> # Een fruitvlieg is heterozygoot voor een paracentrische inversie. Na vele pogingen bleek het onmogelijk homozygoten voor de inversie te kweken. Wat is de meest waarschijnlijke verklaring hiervoor?<br /> # Woordjes: A-plaats, cosupressie, dna-transposon, enol, epigenetische overerving, interferentie, klinefeltersyndroom, oncogen, plaque, silencer <br /> <br /> <br /> ===28 JAN 2008===<br /> Mondeling:<br /> # Stelling: Transcriptie en replicatie zijn genetisch gelijkaardige processen.<br /> # Figuur 9-11 uitleggen (figuur over ribosomen).<br /> Schriftelijk:<br /> # Een oefening op recombinanten waarbij je moest zeggen of de genen gekoppeld waren en de kaartafstanden moest weergeven op een kaart. Ook moest je de genotypes van de ouders geven.<br /> # Je kreeg zo'n tabelleke zoals bij lac operon en je moest zelf de + en - aanvullen.<br /> # 10 woordjes: provirus, penetrantie, proto-oncogen, epigenetisch stilgelegd, F-, enzovoort</div>

Statistiek https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemie_Van_Natuurproducten&diff=2617 2021-08-25T14:44:49Z

<p>Statistiek: /* 5 juni 2021 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===17 juni 2021===<br /> #Vormen van humuleen uit farnesylpyrofosfaat<br /> #Met welk biomimetisch reagens (Stetter) kan onderstaande reactie gebeuren + geef het mogelijke reactiemechanisme<br /> #Bespreek mechanisch de antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2<br /> <br /> ===5 juni 2021===<br /> #Welke van de 2 verbindingen vormt 1 enantiomeer? Leg uit waarom. (Beide met enzyme en NADH) Bij pyrodruivenzuur zal slechts één enantiomeer gevormd worden. Bij 2-butanon, beide! Dit komt door de specifieke interacties met het enzyme, en staat zeer goed uitgelegd p.1383 (Clayden) en in de bordnota's les 5bis, p.2<br /> #Gegeven een reactie (hygrine-achtige cyclisatie in een 8 ring zonder methylgroep). Geef het mogelijke reactiemechanisme.Het antwoord op deze vraag is in feite het mechanisme voor de pyrrolidine alkaloïden en staat p.1416 e.v. (Clayden) en bordnota's ples 9, p.1.<br /> #Verklaar de anti-oxidatieve werking van vitamine C<br /> <br /> ===18 juni 2020===<br /> #Welke van de 2 verbindingen vormt 1 enantiomeer? (Beide met enzyme en NADH)<br /> #Hoe zal glutathion met dit molecule reageren? (Michaelacceptor)<br /> #Verklaar de anti-oxidatieve werking van vitamine C<br /> #practicum (door Corona)<br /> ##Geef het mechanisme van het ontschermen van het FMOC gebonden amide met behulp van piperidine <br /> ##Hoe werkt het scheiden met TLC en wat is de invloed van keuze solvent?<br /> ##Structuren: cyclohexanon, borneol, TFA, natriumwaterstofsulfiet<br /> <br /> ===16 juni 2020===<br /> #Met welk biomimetisch reagens (Stetter) kan onderstaande reactie gebeuren + geef het mogelijke reactiemechanisme<br /> #Gegeven een reactie (hygrine-achtige cyclisatie in een 7 ring). Geef het mogelijke reactiemechanisme.<br /> #Leg de anti-oxidatieve werking van vitamine C uit.<br /> #Practica (door corona)<br /> ##Acyleringsmechanisme met broomazijnzuur, methylamine &amp; DIC<br /> ##Teken de Dean-stark opstelling en benoem de belangrijkste onderdelen<br /> ##Teken 4 structuren <br /> <br /> ===10 juni 2020===<br /> #Van A naar B. En hoe wordt A gevormd (A was een polyketide met een ring aan en B was structuur dat bestond uit 2 ringen)<br /> #Oefening van deaminatie met pyridoxaal fosfaat<br /> #Hoe reageert molecule met NAD+ (iets pyruvaat-achtig)<br /> #Practica (door corona op examen)<br /> ##Mechanisme enamine-vorming met morfoline en cyclohexanon<br /> ##stereocentra en stereovormen van CH3-(CH-OH)-(CH-OH)-CH3 geven. Welke zijn enantiomeren/diastereomeren/mesomeren?<br /> ##Structuur van: Chloranil, kaliumpermanganaat, bleekwater, kamfer<br /> <br /> ===5 juni 2020===<br /> #Vormen van humuleen uit farnesylpyrofosfaat<br /> #Oefening van ornithine-achtig az maar dan naar 7-ring<br /> #Leg anti-oxidante werking glutathion uit adhv H2O2<br /> #Practica (door corona op examen)<br /> ##Mechanisme enamine-vorming met morfoline en cyclohexanon<br /> ##Chloraniltest uitleggen met structuren en reacties<br /> ##Structuur van: DMF, DIC, propionylchloride en pyrolidine<br /> <br /> ===26 augustus 2019===<br /> #Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.<br /> #Stel een mogelijk reactiemechanisme op hoe B gemaakt wordt uit A. Hoe wordt A biosynthetisch gevormd? (A was polyketide en leek op de reactie met orsellinic acid maar met fenol groep ipv methylgroep)<br /> #Oxidatie door NAD+ (Zie 21 juni ‘18 NM, vraag 2)<br /> <br /> ===20 juni 2019 VM===<br /> #oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 8-ring ipv 5-ring<br /> #hoe zou je van molecule A naar molecule B gaan + geef een mogelijke biosynthese van molecule A (molecule A was een polyketide met een starter unit)<br /> #2 moleculen gegeven en uitleggen welke van de 2 enantioselectief omgezet wordt door NADH naar een optisch actieve verbinding<br /> <br /> ===18 juni 2019 NM===<br /> #Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat (Let op: hoe dit in de dropbox staat is niet 100% correct, de dubbele binding bovenaan kan direct aanvallen op het C-atoom waaraan OPP gebonden is om de ring te sluiten.)<br /> #Hoe zou glutathione met dit molecule reageren?<br /> #Bespreek de anti-oxidant werking van Vitamine C.<br /> <br /> ===18 juni 2019 VM===<br /> #Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.<br /> #oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> #Bespreek de anti-oxidant werking van Vitamine C<br /> <br /> ===15 juni 2019 VM===<br /> #Polyketide ringsluiting + synthese bioketide<br /> #Pyridoxal fosfaat oefening<br /> #Oxidatie door NAD+<br /> <br /> ===7 juni 2019 NM===<br /> #Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.<br /> #Stel een mogelijk reactiemechanisme op hoe B gemaakt wordt uit A. Hoe wordt A biosynthetisch gevormd? (A was polyketide)<br /> #Bespreek de anti-oxiderende werking van Vitamine C<br /> <br /> ===7 juni 2019 VM===<br /> #Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat<br /> #bespreek anti-oxiderende werking van glutathion adhv H2O2<br /> #oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> <br /> ===4 september 2018 NM===<br /> #Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 8-ring ipv een 5-ring<br /> #Hoe zou glutathione met dit molecule reageren?<br /> #Wat zijn inositolen? + geef de biosynthese<br /> <br /> ===21 juni 2018 NM===<br /> #Stetter-reagens<br /> #NAD+/NADH reductie<br /> #biosynthese inositol<br /> [[Bestand:Knipsel.jpg]]<br /> <br /> ===21 juni 2018 VM===<br /> #vorming 8 ring met pyridoxaal fosfaat<br /> #ringsluiting van polyketide en de synthese van een polyketide geven<br /> #stereospecifieke aanval bij reductie met NADH<br /> <br /> ===19 juni 2018===<br /> #bespreek synthese humuleen<br /> #Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> #bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2<br /> <br /> ===15 juni 2018===<br /> #Geef een mogelijk reactie mechanismen van molecule A naar B. Hoe zou molecule A biosynthetisch gemaakt kunnen worden. (A was een polyketide gemaakt aan de hand van een starter unit uit het deel 'other starter units')<br /> #Deaminatie van tryptofaan. (m.b.v. pyridoxaalfosfaat)<br /> #Oxidatie van een gegeven molecule m.b.v. NAD+.<br /> <br /> ===11 juni 2018 VM===<br /> #Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat)<br /> #Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> #Bespreek antioxiderende werking van vitamine C<br /> <br /> ===21 juni 2017 NM===<br /> #hoe gebeurt volgende reactie (Stetter) + geef reactiemechanisme<br /> #reactievergelijking aanvullen: molecule + NAD+ --&gt; ? (oefening zoals die van appelzuur met NAD+)<br /> #bespreek biosynthese van inositolen en wat zijn inositolen<br /> <br /> ===21 juni 2017 voormiddag===<br /> #bespreek synthese humuleen<br /> #bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2<br /> #oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring<br /> <br /> ===20 juni 2017 namiddag===<br /> # Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat<br /> # een oefening van hoe je een L-aminozuur omzet naar een D-aminozuur (met pyridoxaalfosfaat)<br /> # geef 2 manieren waar we de biosynthese van acetoacetyl CoA gezien hebben (bijvraag: waar hebben we deze reacties gezien)<br /> <br /> ===20 juni 2017 voormiddag===<br /> # oefening van polyketiden<br /> # gegeven structuur omvormen m.b.v. pyridoxaalfosfaat<br /> # oefening zoals die van appelzuur met NAD+ maar met een andere gegeven structuur (COOH groep vervangen door benzeenring, maar dit komt op hetzelfde neer).<br /> <br /> ===16 juni 2017===<br /> # Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat<br /> # Reactie met glutathion (met Michaelacceptor C=C-C=O)<br /> # Antioxidante werking van vitamine C<br /> <br /> ===13 juni 2017===<br /> # Leg de werking van ascorbinezuur uit (vitamine C dus)<br /> # Oefening gebaseerd op de theorie van de synthese uit ornithine en hygrine maar dan met een zesring ipv een vijfring. <br /> # Stetteroefening.<br /> <br /> ===12 juni 2017===<br /> # een oefening &quot;met welk biomemtisch reagens gebeurt deze reactie&quot; da was van 1 ring naar 2 ringen dus me stetter<br /> # tweede oefening was van een aminozuur met een keten me een O in en een NH2 naar een 7ring (leek op ornithine naar hygrine) en da was mbv pyrodoxalfosfaat en ook claisen ester condensatie<br /> # theorie: leg het anti-oxidans van vitamine C uit<br /> <br /> ===12 juni 2015===<br /> #leg de werking van vitamine C uit als antioxidans<br /> #Leg uit hoe humuleen gevormd wordt uit farnesylfosfaat<br /> #Oefening gebaseerd is op de theorie van de synthese uit ornithine maar dan met een zevenring ipv een vijfring.<br /> <br /> ===20 agustus 2013===<br /> #Terpenen: een gegeven molecule naar een nader molecule, geef het reactiemechanisme<br /> #Oxidaite van een gegeven molecule met NAD+<br /> #Geef 2 manieren om aceto-acetyl CoA te maken<br /> <br /> ===19 juni 2013===<br /> #Met welk biomimetrisch reagens kun je volgende reactie uitvoeren? Schrijf een mogelijk reactie mechanisme uit<br /> #Hoe reageert glutathion met onderstaande molecule<br /> #Bespreek de synthese van vitamine C<br /> <br /> ===17 juni 2013===<br /> #In de natuur wordt Caryophylleen gemaakt met behulp van farnesylpyrofosfaat. Werk een mogelijk reactiemechanisme uit tot het bekomen van dit product.(de structuur formule van farnesylpyrofosfaat werd niet gegeven)<br /> #Werk het mechanisme uit en becommentarieer. (Oplossing: met behulp van pyrodoxaal fosfaat)<br /> #Bespreek de antioxidatieve werking van vitamine C<br /> <br /> ===14 juni 2013===<br /> #Hoe glutathion met een bepaald vaag molecule reageert<br /> #2 manieren om acetoacetyl CoA te vormen<br /> #Polyketiden: ge moet weten dat dat via de mechanisme van vetzuursynthese aangemaakt werd en dan moest ge nog mechanisme van dat polyketide naar een ander gegeven molecule schrijven, het was aldolcondensatie.<br /> <br /> ===15 juni 2012 (namiddag)===<br /> #Oefening met stetter reagens. Welk molecule bootst stetter na en voor wat wordt dit in de natuur gebruikt.<br /> #Racematie met pyridoxalfosfaat uitleggen en mechanisme uitschrijven voor gegeven moleculen. Voorwat pyridoxalfosfaat gebruikt wordt in de natuur.<br /> #Mechanisme antioxidans van vitamine C uitleggen. Hoe wordt dit gemaakt.<br /> <br /> ===15 juni 2012 (voormiddag)===<br /> #Structuur van humuleen gegeven. Geef de biosynthese van humuleen, vertrekkende van farnesylfosfaat<br /> #Gegeven: Hoe reageert glutathione met deze verbinding?<br /> #Geef de 2 biosynthesewegen die in de cursus gezien zijn voor acetoacetyl-CoA<br /> <br /> ===20 juni 2011 (namiddag)===<br /> #Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomeer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH van 2-butaton en pyruvaat (+ appelzuur)<br /> #Leg mechanisme van de anti-oxidantie werking uit van vitamine C. Geef ook de biosynthese.<br /> #Geef een mogelijk mechanisme voor volgende reactie HOOC-(C=O)-C-C-C-(C=O)-C=C  (biomimetisch reagens en Et3N)  1,4 cycloheptadion<br /> <br /> ===14 juni 2010===<br /> #Omzetting van histidine naar histamine (histidine zonder CO2) (structuren gegeven)<br /> #Welk biomimetisch reagens zou je gebruiken, en wat zou een mechanisme kunnen zijn? (stetter)<br /> #Leg het mechanisme van de anti-oxidantie werking van vitamine C uit<br /> <br /> ===11 juni 2010===<br /> #Omzetting van L-AZ naar D-AZ mbv pyridoxaalfosfaat<br /> #Vetzuursynthese<br /> #Radicale ortho-para-koppeling<br /> <br /> ===September 2009===<br /> #DOPA en DOPAMINE<br /> #Synthese inositolen<br /> #Stereospecificiteit LADH<br /> <br /> ===12 juni 2009===<br /> #Becommentarieer op mechanistische wijze de volgende reactie (vul de nodige reagentia zelf aan). In welke biosynthese is deze reactie belangrijk?<br /> #Schrijf het mechanisme op van de volgende reactie<br /> #Bespreek de structuur van fosfatidylcholine en geef de biosynthese ervan<br /> <br /> ===4 september 2008===<br /> #De structuren van ornitine en hygrine waren gegeven en je moest heel de reactieweg geven.<br /> #De 4e stap van de purine synthese was gegeven, begin- en eindproduct en hij moest zeggen hoe de reactie verliep<br /> <br /> ===17 juni 2008===<br /> #Bespreek decarboxylatie van phosphadityl serine naar phosphadityl ethanolamine (pyridoxalfosfaat). Ge kreeg de tekening van die molecules, hem vroeg dan de naam, vroeg ook nog achter choline en wat dat doet, hoe ge dat maakt<br /> #Fructose: fisher =&gt; hawordth omzetting<br /> #Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH, van 2-butanon en pyruvaat. Hij vroeg ook nog hoe ge bv appelzuur oxideert met NAD<br /> <br /> ===19 juni 2007===<br /> #Merhylering, waardoor gebeurt het en leg uit (SAM)<br /> #Fructose fisher gegeven, geef haworth<br /> #R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD =&gt; FADH2) leg uit + geef structuur van FAD<br /> <br /> ===12 juni 2006===<br /> #Omzetting van een ketocarbonzuur is AZ, hoe gaat dit in zijn werk in de cel, met welke reagentia, geef structuur + reacties<br /> #Hoe worden verzadigde vetzuren opgebouwd in de natuur?<br /> #Hoe wordt zuurstof in de cel getransporteerd, geef structuur + uitleg<br /> <br /> ===12 juni 2006===<br /> #Decarboxylatie van een aminozuur<br /> #R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD =&gt; FADH2): leg uit + geef structuur van FAD<br /> #Welk molecule zorgt voor spontane membraanvorming: geef structuur en leg uit</div>

Statistiek