Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2018-01-30T09:46:22Z

Valerievandenbempt: /* 16 januari 2017 NM */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast.
Gedoceerd door Prof Thevelein.
Het examen bestaat uit enorm veel vragen en allemaal zijn ze mondeling (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig). Maak tekeningen en schema's.
Examen is in het Nederlands.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017, NM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2018-01-30T09:46:10Z

Valerievandenbempt: /* 16 januari 2017, namiddag */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast.
Gedoceerd door Prof Thevelein.
Het examen bestaat uit enorm veel vragen en allemaal zijn ze mondeling (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig). Maak tekeningen en schema's.
Examen is in het Nederlands.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017 NM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2018-01-29T16:31:42Z

Valerievandenbempt: /* 29 januari 2018 */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==
===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2018-01-29T16:25:23Z

Valerievandenbempt: /* 19 januari 2018 */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==
===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#EGF en welk effect van redox hierop

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2018-01-29T16:25:04Z

Valerievandenbempt: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==
===19 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#EGF en welk effect heeft het op redox

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Bio-inorganic Chemistry

2018-01-29T15:55:27Z

Valerievandenbempt: /* Examenvragen */

[[Categorie: Machemie]]
[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met een taak die op 8 van de 20 punten staat. Men mag in het nederlands of engels antwoorden. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm

==Examenvragen==
===29 jan 2018===
#cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states
#Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal
#electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?
#Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?

===25 jan2018===
#Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)
#Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)
##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip).
##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway
##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)
#bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)
#De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)

===25 jan 2018 VM===
#3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking
#P450
##Waarom 450
##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH
##Intermediar VI aanvullen
#Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit
#2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader

===12 jan 2018===
# (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.
## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)
## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.
## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?
## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?
# (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.
#* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin & de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.
# (3p) Alkaline en purple acid phosphatase
## Fill in missing metals, reaction products and transition states
## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
#* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?

===01 sep 2017 ===
# (3p)
#* How are copper sites classified?
#* Which technique is used to study them, what results do you get from it?
#* Why does this technique not work for type III?
# (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?
#* Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.
#* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?
#* Why are both state in high spin?
# (3p)
#* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.
#* Where and why would Hg(II) bind?

===30 jan 2017 ===
#
#* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.
#* Most common metals for this method and why
#
#* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase
#* which reaction is catalysed by this enzym
#* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co
# -> 2 Mossbauer spectra gegeven
#* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie
#* Which parameters can be derivate from the spectra
#* Which of the 2 has the most symmetry and explain why
#
#* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits
#* Most important difference between the 2 subunits

===26 jan 2017===
# What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals?
# Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved?
# P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating?
# Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)

Molecular Interactions between Fungi and their Hosts

2018-01-27T12:03:00Z

Valerievandenbempt: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Interactions between fungi and their hosts

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm

== Examenvragen ==
=== 21 januari 2018 voormiddag===
#Explain all types of Mycorrhiza
#Explain toxin types and give 1 example of both
#Fully explain SA signalling
#Simmilarities and differences of Histoplasma and Coccidioides
#A new gene in Candida glabrata has been found in gene expression that plays a large roll in biofilms. How would you research this?
#Candida albicans recognition at endothelial cells and immunity

===31 januari 2017 voormiddag===
#histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection?
#Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds?
#How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?
#What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.
#What is an appressorium? Explain its function.
#Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?

===30 januari 2017 voormiddag===
#The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?
#Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?
#What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?
#Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.
#Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?

Model Organisms in Biological Research

2018-01-27T12:01:52Z

Valerievandenbempt: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Model Organisms in biological research

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm

== Examenvragen ==
[['''2017-2018 January''']]

Wich primates are used as model organism and for which applications?

Explain Tetrad analysis and the application.

Explain Pronucleus injection in mice and the application.

Explain foward genetics in ''C. elegans''.

Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2018-01-27T11:59:02Z

Valerievandenbempt: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==
===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Molecular and Developmental Animal Physiology

2018-01-25T15:17:06Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular and Develop - mental Animal Physiology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G55AE.htm

== Examenvragen ==
===23/06/2017 NM===
#Briefly explain
##imaginal disc
##polyphenism
##gynandromorph
#Canonical Wnt pathway and it's role in early amphibian development.
#Role of Hox genes in metazoans
#Sex determination in mammals
#Explain: Morpholinos and micro array.

===23/06/2016 NM===
#Explain
##barr body
##hypoblast
##nieuwkoopcenter
#BMP signaling + example
#DV drosophila
#Compare limb development (tetrapoda) abd limb regeneration (amphibia)
#Explain techniques:
##reproductive cloning
##morfolines (extra question: why use morfolinos and not for example RNAi)

===17/06/2016 NM===
#Briefly explain
##Trophoblast
##Parasegments
##Micropyle
#Hedgehog signaling pathway + example in development
#DV axis in amphibians
#Sex differentiation in Drosophilas
#Briefly explain following technique
##In situ hybridisation
##RNA interference

===25/06/2015 NM===
#Explain:
##Embryonic Shield
##Hypoblast
##Polyfenisme
#Wnt singaling + voorbeeld
#Sex differentiatie bij drosophila
#Hox genen clusters bij metazoa uitleggen en vertellen waarom het belangrijk is in evolutie. Bijvraag: hoe zit dat bij vliegen?
#Technieken:
##conditionele knock-outs
##enhancer trapping

===25/06/2015 VM===
#Explain:
##Barr body
##Histoblast
##Nieuwkoop center
#Hedgehoc signalling pathway + voorbeeld
#Dorso-ventrale ontwikkeling in de vlieg (early development)
#vergelijking limp development met regeneratie bij amfibieën
#technieken:
##reproductive cloning
##Morpholinos

===19/06/2015===
#Explain:
##apoptosis
##miRNA
##micropyle
#What role(s) does DNA methylation have on development? Illustrate with an example.
#Explain 'dosage compensation' in worms, flies and humans.
#Explain the anterior-posterior establishing in Drosophila.
#Explain:
##Transgenic mice
##microarray

===22/06/12===
#Begrippen
##micropyle
##hypoblast
##trophoblast
#Notch signalling pathway
#Sexdeterminatie bij Drosophila
#Metamorfose bij amfibieën
#Techieken:
##microarray
##gel mobility shift assay

===1 juli 2011 VM===
#Explain:
##Barr body
##Epiboly
##Nieuwkoop center
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe digit formation in tetrapods
#Describe the Hedgehog pathway and give an example
#Explain:
##In situ hybridization
##Morpholino oligomers

===24 juni 2011===
#leg kort uit:
##apoptose
##epiblast
##imaginal disc
#BMP signalling pathway + vb uit ontwikkeling
#Hox gene cluster in metazoa bespreken + rol in de evolutie en ontwikkeling uitleggen
#Sex determinatie bij de vlieg
#Volgende technieken uitleggen:
##RNAi
##reproductieve kloning

===juni 2010===
#Briefly explain:
##embryonic shield
##morfogenetic field
#P-granules
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe proves of digit formation in tetrapods
#Briefly explain the principle of following technical apllications
##Conditional Knock-out
##Enhancer trapping

===19 juni 2010===
#leg kort uit:
##epiboly
##microRNA
#mid-blastula transition
#invloed van omgevingsfactoren op ontwikkeling: leg uit een geef een voorbeeld
#vergelijk de specificatie en patterning van de dorso-ventrale as in fliegen en kikkers
#bespreek sex determination in drosophila melanogaster
#leg volgende technieken uit:
##transgene knock-out muizen
##morpholino oligomeren

Neurobiology

2018-01-25T15:15:51Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Neurobiology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G53AE.htm

== Examenvragen ==
===1 September 2017===
#Bespreek horizontale localisatie van geluid. Hoe 360° 'beeld' vormen van van geluid? Geef enkele oplossingen.
#Artikel: woord uitleggen - motivatie geven en wat je geleerd hebt uit het artikel - in 5 punten (elk max. 2 regels) de highlights van je artikel noteren

===9 juni 2017===
#Wat zijn de 'waar' en 'wat' pathway van het visueel systeem? Bestaat er bij het auditief systeem een gelijkaardige opdeling?
#Voor de paper:
## zij kiest een woord dat je moet uitleggen.
##Waarom heb je deze paper gekozen en wat heb je hieruit geleerd?
##Geef de 5 belangrijkste bevindingen uit deze paper kort weer aan de hand van max 2 regels.

===20 juni 2016===
Je loopt en je moet een steen ontwijken, hoe doe je dit succesvol?

===17 juni 2016 VM===
#Tekening van het cerebellum (dezelfde als in de link als hier beneden). Welke structuren herken je? Wat is hun functie? Ook de details bespreken (tekening van handen, voeten en lippen op het cerebellum) en speculeren over wat deze zouden kunnen betekenen. Zelf figuren maken en pathways tekenen en dan bespreken.

===13 juni 2016 VM===
#Een patient meld zich aan en na de eerste onderzoeken blijkt hij blind te zijn in het linker hemiveld. Wat kan hier de oorzaak van zijn. Wat zou er mis kunnen zijn en hoe ga je dit testen? Gebruik tekeningen en schema's om de neurobiologische werking aan te tonen.

===6 juni 2016 NM===
#Tekening van het cerebellum (dezelfde als in de link als hier beneden).
##Welke structuren herken je?
##Wat is hun functie?
##Ook de details bespreken (tekening van handen, voeten en lippen op het cerebellum) en speculeren over wat deze zouden kunnen betekenen.
##Zelf figuren maken en pathways tekenen en dan bespreken.

===6 juni 2016 VM===
Bij visuele verwerking is er sprake van een "waar" en een "wat" pathway. Leg uit. Zou er sprake kunnen zijn van deze pathways bij auditieve verwerking? Geef argumenten voor en tegen.

===3 juni 2016===
Je loopt op een paadje en je moet een steen ontwijken. Hoe doe je dit succesvol?

===22 juni 2015===
Je rijdt met de fiets op een paadje en je moet een steen ontwijken. Hoe doe je dit succesvol? (ook zoveel mogelijk tekeningen/schema's geven)

===19 juni 2015===
Na enkele testen bemerk je dat een patient blind is aan zijn linker hemiveld. Geef de ziektebleeden aan wat dit kan liggen en geef ook extra testen om dit te bewijzen. Verduidelijk met tekeningen. (antwoord kort: lesie ACHTER optisch chiasma in de R optic tract, probleem in de RECHTER LGN, probleem in de V1, probleem met de dorsale en ventrale stromen (wat en waar pathways=> MT,MST,IT..) omdat de patient misschien wel functioneel ziet maar niet begrijpt wat hij ziet, probleem in de PPA=> Neglect syndroom. Hoe testen? probe in de hersenen is te invasief, beter fMRI doen + Neglect syndroom: tekeningetje laten maken)

===6 juni 2015 (nm)===
Zelfde als hieronder (23 juni 2014)

===23 juni 2014 (nm)===
Bij visuele verwerking is er sprake van een "waar" en een "wat" pathway. Leg uit. Zou er sprake kunnen zijn van deze pathways bij auditieve verwerking? Geef argumenten voor en tegen.

===6 juni 2014 (nm)===
De volgende tekening was gegeven (zie link) zonder enige uitleg. Ze vroeg welke structuren je herkende, of je enkele details kon verduidelijken, er een legende bijschrijven en je antwoord staven met tekeningen. (Het was blijkbaar het cerebellum en het mee redeneren was het belangrijkst, ook al kende je het antwoord totaal niet.)

http://www.nature.com/nrn/journal/v5/n3/fig_tab/nrn1347_F5.html

===24 juni 2013 (vm)===
Welke invloed denk je dat topsport kan hebben op de hersenen?

===10 juni 2013 (vm)===
--> zie 11 juni 2012

===11 juni 2012 (nm)===
Wat zou een oorzaak kunnen zijn van het ziektebeeld waar de patiënt snelle en ongewilde, maar gecoördineerde bewegingen maakt van de ledematen, hoofd en romp? Geef zoveel mogelijk tekeningen/schema's om uw antwoord te staven. Kan je een voorbeeld geven?

===11 juni 2012 (vm)===
Figuurke van in 1943 en een tweede van 1944 van een (bovenaanzicht? van een) cerebellum waarop een omgekeerd manneke staat en op het tweede datzelfde manneke, maar 'onderaan' links en rechts een embryo.

(de vraag die hieronder staat is wat ze ongeveer vroeg, maar niet helemaal correct)

Wat betekent deze figuur volgens u? Wa is de functionele achtergrond? Geef alle functie-anatomie links die hier iets mee te maken hebben en bespreek in detail. (het had te maken met proprioceptie (en geheugensporen)==> laatste slides met figuurkes uit hoofdstuk 24 of 25). Zijn er meerdere kopies/gelijkaardige lagen/...? Wat zijn de voordelen, wat zijn de nadelen?

===24 juni VM===
Je fietst in het bos en plots moet je een grote steen ontwijken. Bespreek waarom je dit met succes kan doen. Welke neuronale circuits zijn hierbij betrokken?
27 juni 2011 (vm)Edit
Een fMRI werd toegepast op 3 patiënten na het toepassen van een visuele stimulus. De metingen werden gedaan in de contralaterale hemisfeer.
Patiënt 1: V1 actief, IT actief, PPA niet actief
Patiënt 2: V1 actief, IT actief, PPA actief
Patiënt 3: V1 niet actief, IT niet actief, PPA niet actief
Bespreek mogelijke ziektebeelden. Wat weet je van de betrokken hersenregio's? Kun je met deze gegevens iets zeggen over de eigenschappen van de stimulus? Vond de stimulus links of rechts plaats?

===16 juni 2011===
De thalamus is het schakelstation voor sensorische informatie op weg naar de cortex. Juist of onjuist, bespreek en staaf je antwoord met voorbeelden/schema's.
24 juni 2009Edit
Blindheid: 1 visueel hemifield en unilateraal neglect syndroom. Hoe kun je bepalen wat je patiënt heeft? Beschrijf beide fenomenen?
En beschrijf alle betrokken hersenpathways in detail.

===13 juni 2008===
Beschrijf de effecten van een unilateraal letsel in de visuele cortex. Bespreek of de grootte van de lesie belang heeft. Vergelijk met een unilateraal letsel in het auditief systeem.
Artikel

Plant Development and Metabolic Regulation

2018-01-25T15:13:40Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Plant development and metabolic regulation

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G45AE.htm

== Examenvragen ==

Laboratory Animal Sciences

2018-01-25T15:12:09Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==

Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, BMW, bio-ingenieurs studenten).
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf is mondeling. Je krijgt altijd 5 vragen en dan nog een tweetal bijvragen, tijdens het mondeling, die uit eender welk deel van de cursus kunnen komen.

2018 is schriftelijk.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm

== Examenvragen ==

=== 1 februari 2017 (versie A)===
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===1 februari 2017 (versie B)===
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): Congene stam
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===17 januari 2017===
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*?
#Leg uit F1 hybriden in muizen
#Uitleggen Lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?

===13 januari 2016===
#Leg uit:
#*whittin effect
#*co isogene stam
#*isolator
#*zoonose en voorbeeld
#bespreek gasanesthesie
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?
#effect van stress op gedrag
#de 3R's en telkens 1 voorbeeld

===12 januari 2016===
#Geef definitie proefdier en dierproef
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk?
#Leg uit: congene stam => Bijvraag: hoe geef je de naam weer hiervan (schrijfwijze)
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?
#Extra bijvraag: Geef de 3 R's.

=== 22 jan 2015 (nm)===
# Leg uit
#* Bruce effect
#* Gavage
#* IVC
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?

=== 14 jan 2015 (nm)===
# Definitie proefdier, definitie dierproef
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?
# Bespreek outbred stam.
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.

=== 13 jan 2014 (vm) ===
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?
# Bespreek: hypnotische stoffen
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?

=== 17 jan 2013 (nm) ===
==== reeks 1====

# Bespreek inteeltstam
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?
# Hoe preventief allergieen vermijden?
# Wat is enrichment?
# Geef voorbeelden en stress bij een dier.

Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]

==== reeks 2 ====

# Leg uit:
#*IVC
#*chimeer
#*zoocentrisme
#*...
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.

==== reeks 3 ====

#Leg uit:
#*Bruce effect
#*Isolator
#*Isogene stam
#*Antropocentrisme
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.
#Leg uit: Lokale anaesthesie
#Leg uit: A2-Faciliteit
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.

=== 17 jan 2012 (vm) ===

# Geef de definitie van een "proefdier" en een "dierproef"
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine?
# Bespreek: congene stam
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?

=== 18 jan 2011 ===

# leg uit:
#* Co-isogenic strain
#* Whitten effect
#* Isolator
#* zoÃ¶nose
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?
# Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.

=== 19 jan 2010 ===

# leg uit:
#* de 3R's
#* Whitten effect
#* gaveren
#* zoÃ¶nose
# bespreek lokale anaesthesie
# bespreek F1 hybride
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.

=== 12 jan 2010 ===

# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?
# Bijvraag: 3 R's

Comparative Endocrinology

2018-01-25T15:11:46Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Comparative Endocrinology wordt gedoceerd door Veerle Darras, buiten één les over ''C. elegans'' die gegeven wordt door Liesbet Temmerman. 33% van de punten staan op practica, 67% op het mondeling examen. Op het examen krijg je een inhoudelijke vraag, een vraag waarin je een endocrinologisch probleem moet bespreken, en een paper over een nieuwe functie van een hormoon die je zelf moet mee brengen en bespreken.

Sinds 2017-2018 wordt het vak gedoceerd door Eve Seuntjens.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G49AE.htm

== Examenvragen ==
===24 januari 2018===
#Hormonen die verantwoordelijk zijn voor de Kalium/natrium en waterbalans bij zoogdieren en vergelijk met amfibieën.
#Paper
#Mogelijke endocriene oorzaken van ondergewicht en mogelijke hormoontherapieën

===19 januari 2018===
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren.
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen.
#Paper

=== 15 januari 2018 ===
# Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën
# Paper
# Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.

Het examen is in het engels!

=== 20 januari 2016 ===

Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.

Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?

=== 18 januari 2016 ===

Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën

Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.

=== 11 januari 2016 ===

Bespreek de steroid hormonen die belangrijk zijn voor de vrouwelijke vruchtbaarheid bij zoogdieren. En vergelijk met de steroid hormonen bij insecten.

Welke hormonen zou je toedienen om de prestaties van een marathonloper te verbeteren. Wanneer dien je ze toe en hoe, zijn er bijwerkingen?

=== 11 januari 2016 ===

Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians

You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.

=== 12 januari 2014 ===

Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de amfibieën.

Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk. (ze wou hier vooral weten op welke manier je zou kunnen ingrijpen op de hormonen van ecdysis)

=== 18 januari 2013 ===

Bespreek de hormonen van de hypofyse bij zoogdieren. Zijn er vergelijkbare hormonen te vinden bij insecten?

Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven. (Enkel onderzoeksmethodes geven die bij mensen toepasbaar zijn, dus ELISA wordt al moeilijk)

=== 18 januari 2013 ===

Bespreek alle hormonen die te maken hebben met de ion-waterbalans. Hebben insecten hier ook hormonen voor?

Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven.

=== 16 januari 2012 ===

Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de situatie bij amfibieën.

Door selectie zijn er verschillende strengen van kippen. Ze hebben een verschillende groei. Welke hormonen komen hier aan te pas? Hoe zou je het onderzoeken. (bio-assay, ELISA,...)

=== 17 januari 2011 ===

Leg de functie uit van de hormonen betrokken bij de Calcium homeostase.

Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk.

=== Andere vragen ===

- Geen neotenie in amfibieën? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?

- Bespreek de pancreas.

- Geen normale groei in kip? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?

- Bespreek de rol van glucocorticoïden in mammals en non mammalia vertebraten?

- Discuss the action mechanism and the functions of thyroid hormones in mammals. Compare briefly with thyroid hormone functions in amphibians.

- A rat was born and raised in the animal facility of a university and is suddenly released outside the building in a sand desert. What changes do you expect in the endocrine system and why?

- Bespreek de hormonen die betrokken zijn in het energie metabolisme van zoogdieren. Hebben insecten hormonen die hun energie metabolisme reguleren?

- Door selectie verschillende strengen van kippen. Groeien niet allemaal even goed. Waarom? Hoe onderzoek je waaraan dat ligt?Hoe los je het op?

- Welke rol speelt de pancreas in energie metabolisme? Hebben insecten hormonen voor energie metabolisme?

- Neotenie bij Urodela, mogelijke oorzaken? Hoe zou je dat onderzoeken?

- Geef een overzicht van alle hormonen die betrokken zijn bij de reproductie in vrouwelijke mammalia en bespreek hun functie (negeer geboorte en lactatie). Vergelijk kort met de situatie in Teleostei.

- Terwijl vele mensen lijden aan overgewicht hebben anderen problemen om hun gewicht te behouden. Bij deze laatste kan het probleem een endocriene basis hebben. Welke hormonen zouden volgens jou betrokken kunnen zijn in deze gevallen en bespreek hoe je je hypothese zou testen.

- Biosynthese van cortisol

- Werking van MSH: de epifyse

- Oestrale cyclus van het schaap

- GTP en G-proteïnen

- Gene knockout

- Hypothalamische controle van het groeihormoon

- Het ontstaan en evolutie van de bijnierschors

- Prolactine bij de vogels

Molecular Cell Biology

2018-01-25T15:11:18Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Cell Biology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F75AE.htm

== Examenvragen ==
===11/06/2015 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende ATPases
#Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi's van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)
#Bespreek bloedantigenen
#Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)
#Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)
#Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)

===05/06/2015 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Bespreek de unfolded protein pathway
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)
Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)

===01/09/2014 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt)

====Bijvragen====
#Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)
#Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)
#Bespreek de unfolded proteïns pathway. (KDEL signaal e.d.)
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, => GLUT4 transporteert via gradiënt)
Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer => toevoegen na/k pomp, K-kanaal)

===06/06/2014 NM===
====Hoofdvragen===
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Vergelijk de ATPasen
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein & influenza HA)
#Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)
#Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie.
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)
Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)

===11/06/2012 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën
#Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek de post golgi proteolytische modificatie
#Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.
#Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER
#Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.
#Bespreek de verzuring van het maaglumen.

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Leg transport van proteïnen naar RER uit.
#Structuur cilia + beweging uitleggen.
#ATP-ase pompen bespreken.
#Uitleggen pract. trehalose.
====Bijvragen====
#Basolaterale - apicale sortering
#Post-golgimodificering van proteinen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden
#uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.
#Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?

===27/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Structuur cilia + beweging
#Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.
#Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?
====Bijvragen====
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?
#Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.
#Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?
#Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.

===20/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering
#Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===20/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de structuur en beweging van cilia
#Bespreek import van proteinen in mitochondriën
#Bespreek de verschillende ATPases
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten
====Bijvragen====
#Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit
#Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende klassen ATPasen
#Bespreek de werking van de cilia
#Practicum: Trehalase
====Bijvragen====
#Post-Golgi proteolytische processing
#Aanwijzingen voor cisternale progressie
#Apicale-basolaterale sortering
#Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten
#Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen
===10/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen
#Practicum: cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?

===14/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de structuur van cilia en hun beweging
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek
#Bespreek de bloedantigenen
#Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?

===10 juni 2010===
====Hoofdvragen====
#discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes
#Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)
#cAMP determination in function of the nutrients
====Bijvragen====
#discuss the AB0 system
#how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)
#discuss watertransportproteins
#discuss the dynamic behaviour of microtubulis
#how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica

===8/06/2010===
====Hoofdvragen====
#leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden
#bespreek alle soorten ATP pompen in membranen
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen
====Bijvragen====
#bespreek de post-golgi proteolytische processing
#bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#en nog drie andere...

===7/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op RER
#ATPase pompen bespreken
#Cilia: beweging en structuur
#cAMP - bepaling ifv omgeving
====Bijvragen====
#Post-golgi proteolytische processing
#Apicale - basolaterale sortering
#Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?
#N/C-terminus antilichamen, zie hieronder
#Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op ER
#ATPasen bespreken
#Beweging en structuur cilia
#cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Apicaal basolateraal proteïnen afleveren
#Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)
#ABO bloedgroepen
#Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus
#Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën
#die van die cilia
#Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.
#Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?
====Bijvragen====
#Die van unfolded protein response
#Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Die van symport-gefaciliteerde diffusie
#Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?

===17/062008===
====Hoofdvragen====
#bespreek ciliën en hun beweging
#bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen
#bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan
#practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?
====Bijvragen====
#Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen
#Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.
#bespreek glycosylatie in het ER
#Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===11 juni 2008===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen
#bespreek de verschillende typen ATPase pompen
#practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#bespreek motorproteïnen
#geef de "unfolded protein respons"
#weet ik ni meer
#hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt
een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

Molecular Interactions between Fungi and their Hosts

2018-01-25T15:10:46Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Interactions between fungi and their hosts

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm

== Examenvragen ==
===31 januari 2017 voormiddag===
#histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection?
#Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds?
#How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?
#What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.
#What is an appressorium? Explain its function.
#Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?

===30 januari 2017 voormiddag===
#The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?
#Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?
#What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?
#Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.
#Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2018-01-25T15:10:11Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy

2018-01-25T15:09:37Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy
Boeiend vak, gegeven door Johan Hofkens, Maarten Roeffaers en Jelle Hendrix.
Vak telt ook soort van (niet verplichte) practicumsessies, waarin je kort ingeleid wordt tot diverse microscopische/fluorescentie-technieken.
Mondeling examen dat open boek is, waarbij je alles (inclusief laptop met internet) mag gebruiken.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G59AE.htm

== Examenvragen ==

=== 19 januari 2018===
#
#* Er is een excitatie- en emissiespectrum van verschillende FPs gegeven en je hebt een microscoop met lasers 488, 600zoveel en 1050nm. Welke fluorofoor zou je gebruiken om te meten in C. elegans?
#* Je wilt de interactie tussen eiwit A, gelabeld met je antwoord uit 1.1, en eiwit B meten. Hoe zou je dat doen? Welk fluorofoor zou je hiervoor gebruiken?
#* Kun je tegelijkerwijd ook SHG doen? Zo ja, hoe?
#* Teken de opstelling, leg de onderdelen uit en geef specifiek een detail over het objectief.
#
#* Photoactivatible GFP: Kun je dit gebruiken bij A) Confocal B) PALM C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

=== 18 januari 2016 ===
Hetzelfde examen als 17 januari 2014

=== 15 januari 2016===
Vraag 1: Raman:
#bereken de stokes en anti-stokes van de verschillende fluorescent proteins.
#Welk van de volgende fluorescent proteins kan je gebruiken om TEGELIJK fluorescentie en Raman te bekijken. (Raman is net om geen labelling te moeten doen! Je moet dus werken via anti-stokes en dsRED om tegelijk fluorescentie en Raman te kunnen meten)
#Welke detector en filters zou je gebruiken?

[[Media:Fpintrofigure3.jpg]]

Vraag 2:

Verklaar het volgend mechanisme adhv verschillende technieken gezien in de cursus:
Helicase van hepatitis C bestaat uit 3 delen (groen, blauw en geel). Groen en blauw breken de DNA strand 3 nucleotiden, dan is de spanning tussen gele deel en groen+blauw hoog zodat geel verspring tot aan groene en blauwe deel. Dit start opnieuw. De reactie gebruikt hiervoor ATP.

===21 januari 2014===
#Below you can find the spectral properties of photoactivatable-GFP, a green fluorescent protein that has a dark state (purple absorbance) and a fluorescent state (cyan absorbance and green emission).
Is it possible to use this fluorescent protein for in 1) confocal (2p), 2) PALM (2p) or 3) STED microscopy (2p)? If yes, draw and explain the experimental setup (light source, optics and detectors) and highlight the associated strengths and weaknesses of this type of microscopy to study biological specimens.
You have a laser available in the lab that generates photons with an energy of 20494 cm-1, convert this to a wavelength in nanometres. (2p)[[Bestand:PA-GFP.jpg|418px|thumb|center|PA-GFP]]
#Glut4 is one of the sugar transporter proteins in humans and responsible for the tight regulation of blood glucose concentration. The cartoon below represents part of the complex trafficking pathway of GLUT4, namely an overview of the steps involved in GLUT4 trafficking at the plasma membrane. GSV's interact with a host molecules as they are delivered to the cell periphery and thethered, docked and fused at the plasma membrane. GSV's approach the plasma membrane were they are tethered by actin, the exocyst or TBC1D4, or a combination of these in parallel or in series. The vesicle docks with the plasma membrane as the ternary complex is formed between VAMP2 on the GSV and syntaxin4 and SNAP23 on the plasma membrane. This complex can then facilitate fusion of GSV with the plasma membrane. Devise an experiment that would allow to confirm this sequence of events. (8p)
[[Bestand:GLUT4_pathway.jpg|700px|thumb|center|GLUT4]]

=== 17 januari 2014 ===
# In je labo heb je een commerciÃ«le two-photon microscoop met een 1064 nm laser. Je onderzoekt extracellulaire collageenafzettingen in weefsel van muizen, collageen vertoont SHG. Je wil simultaan ook het cytoskelet en een cytoplasmatisch proteÃ¯ne visualiseren, hiervoor heb je de keuze uit enkele FP's, waarvan de absorbtie- en emissiespectra gegeven zijn.
#* Welke FP's wil je gebruiken en waarom?
#* Beschrijf de set-up die je gaat gebruiken (filters, spiegels, objective lens,...) en waarom.
#* Bereken de energie, in golfgetal, van de fotonen die je laser uitzendt.
# Onderzoek ATP synthase (zie Dynamische Biochemie I), een moleculaire motor die, aangedreven door ATP, protonen transporteert over het celmembraan. Het model van het mechanisme is dat de A-en B-subunits rond eiwit D draaien. Door de symetrie worden stappen van 120Â° gesuggereerd. (het gaat dus over: [http://www.youtube.com/watch?v=PjdPTY1wHdQ] )
#* Bedenk een experiment, gebruik makende van de technieken gezien in de cursus, dat deze hypothese kan bevestigen of verwerpen.

=== 21 januari 2013 ===
# Raman Scattering
#* 2 technieken geven voor het waarnemen van metal nanopartikels (DIC en darkfield)
#* SERS ( je moest adenine en thymine onderscheiden en kreeg hiervoor het ramanspectrum)
#**Bereken de signalen die je bij het spectrum van A en T zult krijgen bij een laser van 488 nm
#**Je kreeg een eenvoudige tekening van een microscoop waarop je dan alle golflengtes, filters en detectoren moest plaatsen en benoemen
#** Welke detector gebruik je hierbij?
# Membraanprocessen visualiseren
#*function (was een Ca2+ kanaal, FRET)
#*Colocolization (FCCS)
#*stoichiometrie (NALMS)
#*diffusion (SPT)
# protein folding
#* De bedoeling was een experiment te ontwerpen op basis van deze cursus waarbij men de dynamica van verkeerd gevouwen proteÃ¯ne kon nagaan maar ook van de juist gevouwen
# Laser Safety
#* welke bril moet je nemen uit de tabel
#* bereken hoeveel power het oog dan bereikt (uit de tabel kreeg je de OD van de bril en je kreeg ook de laser specificaties)
#* Hoeveel fotonen bereiken dan het oog?

=== 20 januari 2012 ===
# Raman scattering
#* Drie golfgetallen en de golflengte van de laser gegeven en dan moet je de golflengte bepalen voor de Stokes en anti-Stokes shift
# Single Particle Tracking
#* je moet een traject tekenen voor een nanopartikel opgenomen van 10 verschillende beelden
#* in detail uitleggen hoe je de analyse doet om er een model aan te correleren
#* de camera frame rate bepalen voor als er twee moleculen passeren waarvan Ã©Ã©n traag (1ÂµmÂ²/s) en Ã©Ã©n snel (10ÂµmÂ²/s)
# Sequencing
#* voor- en nadelen van eerste en tweede generatie vs single molecule
#* is het geschikt voor optical mapping?
#* als je een genoom zou kunnen sequeneren op een volledige dag voor 100â‚¬ zou je daar dan gebruik van maken en waarom?
# Bedenk een experiment om de interactie tussen nanopartikels (20-40 nm) en microtubuli (bij celdeling) te visualiseren (aangezien microtubuli rond 15nm zijn, resolutie microscopy: bv. PALM)
# Energietransfer
#* spectra gegeven van 3 verschillende kleurstoffen en daar de energie transfer van bespreken (FRET, energie hopping, andere buiten FÃ¶rster: Dexter (<1nm) en radiatief)

=== 21 januari 2011 ===

# Waarom mogen er niet te veel fotonen waargenomen worden per excitatiepuls bij Time-correlated single photon couting?
#* ANTW: Stel dat er per puls dat door het staal gaan een paar fotonen geÃ«miteerd worden, dan gaat ge telkens maar de eerste waarnemen (tot een stop leiden) en gaat uw uiteindelijke lifetime korter zijn dan werkelijk het geval is...
#
#* Iets met lasser glasses. Je krijgt gegeven dat je een 2P-experiment doet met een Nd:YAG laser en dan is de vraag welke bril je zou kiezen (4 mogelijkheden gegeven) (ANTW: je gaat na bij welke golflengte de laser werkt en je weet dat je met een hoge intensiteit werkt, dus de OD van de bril moet groot zijn en dan moet je ook een bril voor de geschikte golflengte gebruiken)
#* Vervolgens geven ze dat de laser een puls breedte heeft van 7,5ps, een output van 3W en een frequentie van een aantal MHz. De vraag was dan hoeveel fotonen je per puls krijgt) (ANTW: Ephoton=h*c/Î» (Î» weet je omdat je de laser kent) en dan moet ge uw output delen door uw frequentie om te weten welke output 1 puls heeft en die energie deel je dan door Ephoton)
# Ze labelen een spierproteÃ¯ne van C. elegans met mCherry (genetic labeling).
#* De eerste vraag was met welke microscoop detecteer je of het labelen gelukt is? (ANTW: widefield als je gwn wilt weten of het gelukt is, maar confocal om te zien of het wel in spieren zit)
#* Bedenk een techniek waarbij je geen labels gebruikt (ANTW: 2nd Harmonic generation)
#* Stel een schema op van de set-up waarbij je A en B combineert, zodat je beide simultaan kan meten (ANTW: hier willen ze zien of ge snapt hoe dichroÃ¯c mirror werkt enzo, da ge rekening houdt met de golflengtes en doorlaten en weerkaatsen enzo..)
#* Vervolgens geven ze dat je met raman een proteÃ¯ne waarneemt met een specifiek signaal op 1600cm-1. En ze willen nu weten waar ze het signaal van de laserbeam waarnemen bij SRS als je weet dat de stokes beam op 1064nm is. En geef dan ook waar je het CARS signaal zou waarnemen (ANTW: die 1600 is eigenlijk Î©vibr, en nu weet ge da Ï‰pump= Ï‰stokes+ Î©vibr, hoe dit met die frequenties dan exact in elkaar steekt weet ik nimeer, wnt ik had deze vraag ni juist en ze hebbe da dan zo snel proberen uit te leggenâ€¦ eens ge dan Ï‰pump weet, kunt ge het signaal voor CARS bepalen met 2Ï‰pump-Ï‰stokes)
#* Voordelen van CARS tov spontane Raman (ANTW: vrij letterlijk in cursus :p)
#* Teken weer een schema maar nu met het extra ding van raman
# Is een high NA nodig voor FCS? (ANTW: ja, omdat ge hierdoor beter kunt focussen in 1 vlak, het draagt bij tot een kleiner confocul volume, want minder grote hoogte (Z-as), of toch iets in die aardâ€¦)
# Bespreek met welke technieken je dynamica kan bestuderen en wat is het verschil tussen die technieken (ANTW: FCS, SPT en FRAP kort uitleggen, en het verschil is da ge bij FCS en FRAP een gemiddelde life-time gaat berekenen en bij SPT. Bij FCS kunt ge tov FRAP wel eventueel een onderscheid maken tussen populaties, dit is bij FRAP helemaal niet mogelijk)
#
#* Ge kreeg een figuurtje van een holiday junctie met fluoroforen en er was een evenwicht tussen 2 conformationele toestanden. Dan kwam ge te weten dat CY5 een acceptor is van CY3 en dat CY5.5 en acceptor is van CY5. Er gaat FRET optreden tussen deze fluoroforen en ge moest een schema geven van de Intensiteit tov de tijd met het gegeven da ge eerst 20s conformatie 1 had en dan 20s conformatie 2 om trg 20s conformatie 1 te hebben en dan treed er bleaching op van CY5.5 en na nog eens 10s treed er bleaching op van CY3, maar het moeilijke eraan was dat ge het volgende kreeg: de lifetime van CY3 is 5ns, die van CY5 is 4ns en die van CY5.5 is 7. In conformatie 1 zijn de lifetimes de volgende CY3:1ns, CY5 2ns en C5.5:7ns, in conformatie 2 verandert dan enkel de lifetime van CY3 en deze wordt 3ns. (ANTW: de bedoeling is da ge hier efficienties uitrekent (E=1-(Ï„DA/Ï„D) en zo dus relatieve intensiteiten gaat uitzetten, achteraf gezien wel een simpele oplossing, maar er zijn er maar weinig die dit haddenâ€¦)
#* Krijgt ge hetzelfe resultaat als je CY5 en CY5.5 vervangt door 2 DRONPAs? En krijg je hetzelfde resultaat als je beide vervangt door 2KAEDEs? (ANTW: Doordat je vervangt door 2 keer hetzelfde ga je uiteraard niet hetzelfde zien. DRONPA is photoswitchable en zo kan je FRET combineren met aan en uit zetten van DRONPA, KAEDE is photoconverteble en zo kan je FRET combineren met switchen tss 2 kleuren van KAEDE)
# Hoeveel labels moet een 2Âµm actinefilament bevatten opdat ge het met 10nm zou kunnen waarnemen? (ANTW: 2000nm/10nm=200 ïƒ je hebt minstens het dubbel hiervan nodig (400), wnt je wilt weten wat er zich tussen labels dat op 10nm van elkaar staan afspeelt, dus minstens om de 5nm een label zetten)

=== 1 september 2010 ===

[[Bestand:HIV_replication_cycle.gif|150px|thumb|right|HIV replication cycle]]
# (12 punten) Afbeelding HIV replicatieyclus gegeven. Bedenk experimenten gebaseerd op technieken die we in de cursus gezien hebben (en uiteindelijk ook biochemische technieken) om onderstaande onderzoeksvragen te behandelen. Hoe kan je:
#* docking van het virus visualiseren?
#* bewijzen dat docking al dan niet receptor-gemedieerd is?
#* aantonen of transport van het viraal DNA gebeurt door actief transport of door vrije diffusie?
#* bewijzen dat het viraal DNA door nucleaire poriÃ«n wordt getransporteerd?
#* bewijzen dat het viraal DNA geÃ¯ntegreerd is in het cellulaire DNA?
#* bewijzen dat er nieuwe virale eiwitten worden aangemaakt?
# (4 punten) Is de volgende bewering correct of niet?: "Voor het bestuderen van moleculaire interacties is FCS een betere techniek dan BiFC." Motiveer je antwoord.
# (4 punten) Hoe kan men het contrast in lichtmicroscopie verbeteren?

=== 18 januari 2010 ===

# Hoe kan je DNA sequencen met behulp van raman spectroscopie? Stel een experimentele setup voor.
# Waar moet je op letten bij fluorescentie in vivo? Wat zijn de problemen, hoe kan je die oplossen? Welke technieken zijn geschikt en wat zijn voordelen/nadelen?
# Geef manieren om contrast in optische microscopie te verhogen.
# Signaalpathway gegeven van een G-proteine en adenyl cyclase (in membraan). Hoe kan je de interactie tussen G-proteine en adenyl cyclase onderzoeken? Is dit systeem geschikt voor single molecule? Geef de single molecule time traces.
# Verschil tussen anti-stokes raman (direct meten) en CARS.
# Ontwerp een experiment om de toxiciteit van nanoparticles te onderzoeken. Vaak wordt gesuggereerd dat nanoparticles direct interfereren met de celcyclus. Hoe kan je dat onderzoeken?
# Vraagje over FRAP van membraanproteine. Berekenen van diffusiecoÃ«fficient. (500 nm diameter bleach spot + half recovery op x s gegeven).

=== 15 januari 2010 ===

# Voordelen van single molecule DNA sequencing? Verschil tussen methode met exonuclease en met polymerase? Methode voor single molecule DNA sequencing zonder fluorescentie? (4 ptn)
# Bestuderen van protein folding. Vaststellen van 'rare misfolding' en 'folding'? Kinetica van folding en misfolding? Probability van misfolding? Stel een experiment op met de geziene technieken.) (4 ptn)
# Is het mogelijk om de temperatuur te bepalen met Raman Spectroscopy? (2 ptn)
# Conformatieveranderingen van <1nm bestuderen (3 ptn)
# Technieken om single molecules te bestuderen zonder fluo (2 ptn)
# Bestuderen van de dynamica van actinefilamenten (3 ptn)
# Foto's van fluo-gekleurde cellen: multi-exposure view, intensiteit, lifetime image: wordt elk fluorofoor correct geÃ¯dentificeerd in legende? Hoe werd lifetime image gemaakt? (2 ptn)

=== 30 januari 2009 ===

# Gegeven een figuur van DNA-sequentie-methode. Een proefopstelling daarvoor tekenen, en karakteristieken van de dyes en de optische componenten geven.
# Wat is de PSF. Kan je die veranderen? Hoe?
# Vreemde vraag van halve bladzijde. Kwam er op neer dat ze het zelf nog niet zo goed wisten en dat een E. coli ongeveer de grootte van de focal spot heeft.
# Drie vraagjes van Visser. Bijna letterlijk.
# Nog drie vraagjes van Visser. Al bijna even letterlijk.
# Een polynucleotide (<20nt) is aan de ene kant gemerkt met een dye (MB121 of zo). Er zijn een paar mutaties gemaakt: er werd op bepaalde plaatsen G (dat in de "wt" afwezig was) ingebracht. Resultaat: lifetime vermindert, abs/em niet (rond de 600nm, G zit rond 300nm is gegeven). Wat gebeurt er en hoe kan je het kwantitatief bestuderen?

=== 26 januari 2009 ===

# Welke methode zou je gebruiken om chaperone gemedieerd folding proces te onderzoeken, bespreek kort de theoratische achtergrond. (FRET) Stel 2 mogelijke labelingsstrategieen voor. Kan dit ook bestudeerd worden via elektron transfer, hoe ziet een single molecule trace er dan uit en dergelijke.
# Hoe zou je de volgende processen bestuderen: Ca2+ release in cellen, diffusie in membraan, colocalisatie, stoichiometrie.
# Bespreek de uitspraak 'PALM en STED zijn volledig gebaseerd op hetzelfde principe'
# Hoe kan je achtergrond/autofluorescentie vermijden of bestrijden? Hoe verhoog je contrast in optische microscopie (wees volledig)
# Twee kleinere vraagjes over FRET-FRAP experiment met de androgen receptor
# Drie kleinere vraagjes rond FLIM

=== 18 januari 2008 ===

# (4punten) De eerste vraag ging over een RET waarbij drie fluorophoren in twee conformaties voorkomen en naargelang de conformatie was er tussen twee van de drie RET en dan moest je daar een diagram van tekenen: Fluorescentie intensiteit ifv de tijd. Als extra moest je dan ook nog eens een diagram tekenen als er RET was tussen alle drie. Bij deze vraag moest je telkens rekening houden met de efficientie van transfer.
# (3punten) Een schema dat je moest vervolledigen: je kreeg de technieken FCS, FRAP, FCCS en FRET-FLIM en dan moest je bij alle zeggen of je er dynamics mee kon bestuderen, of je naar moleculaire interacties kon kijken, de conc. range die nodig is voor de techniek en de tijdsschaal waarop gekeken wordt.
# (2punten) Als je met een microscoop met twee kanalen co-localizatie waarneemt, heb je dan interactie tussen beide moleculen?
# (2punten) We hadden in de les twee artikels behandeld van Sunexie (of zoiets)
#* Waarom wordt het proteine onder de lac promotor tot expressie gebracht?
#* Waarom veranker je YFP aan een membraanproteine?
# (3punten) Wat is de Point spread function (PSF) in microscopie. Kun je deze veranderen en zoja, hoe?
# (4punten) Hoe kun je autofluorescentie vermijden/overkomen vanuit het oogpunt van microscopie?
# (2punten) Je hebt een bepaalde dye die aan het 3' uiteinde van een oligonucleotide wordt gehangen. (dan had je een tabelletje met 4 oligonucleotiden en dan de levensduur van de dye) Als er zich een Guanine in de buurt van de dye komt, dan wordt de levensduur van de dye plots veel korter. Het absorptiemaximum van de dye ligt rond 650nm en het absorptieminimum rond 680. Nucleotiden absorberen enkel op golflengtes kleiner dan 330nm.
#* Van welk proces is hier sprake?
#* Welke quantitatieve informatie kun je hieruit afleiden?</text>

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2018-01-25T15:08:52Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast.
Gedoceerd door Prof Thevelein.
Het examen bestaat uit enorm veel vragen en allemaal zijn ze mondeling (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig). Maak tekeningen en schema's.
Examen is in het Nederlands.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017, namiddag===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen

Biomolecular Interactions

2018-01-25T15:08:14Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Biomolecular Interactions

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G77AE.htm

== Examenvragen ==

Chemistry at Nanometer scale

2018-01-25T15:07:27Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Chemistry at Nanometer scale

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/H06A6AE.htm

== Examenvragen ==

Biocatalysis: Science and Technology

2018-01-25T15:06:51Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Advanced Enzymology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0U19AE.htm

== Examenvragen ==

Biomolecular Modelling

2018-01-25T15:06:28Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Biomolecular modelling

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G79AE.htm

== Examenvragen ==

Biophysics of Membranes

2018-01-25T15:06:01Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Biophysics of membranes

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G86AE.htm

== Examenvragen ==

Determination of Biomolecular Structures

2018-01-25T15:05:17Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Determination of Biomolecular Structures

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G83AE.htm

== Examenvragen ==

Bio Ethiek

2018-01-25T15:01:38Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Bio-ethiek

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/E08L5AN.htm

== Examenvragen ==

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2018-01-25T14:53:55Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robbe. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robbe als het mondeling nog niet is afgelegd. Robbe zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robbe maakt elk examen nieuwe vragen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm

==Examenvragen==

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83 1716,82 1605,79 1560,72 1474,75 1473,69 1417,73 1360,61 1303,69 1259,56 1174,64 1172,53 1073,46 1060,6 972,41 947,52 885,38 850,46 788,32 763,43 675,24 662,38 563,32 561,2 476,28 432,16 375,24 318,11 262,15 261,09 175,12 130,05
#** Peak list 2: 4356,00 4435,97 3243,61 3563,47 2709,32 2622,32 2391,03 2550,96 2356,24 2270,15 2165,90 2245,87 2053,89 2133,86 1980,09 2064,11 2008,12 2060,06 1954,96 2114,89 1916,98 1958,99 1996,94 1697,83 1681,90 1578,82 1620,83 1658,79 1522,77 1487,65 1393,63 1596,71 1873,43 1387,60 1326,64 1309,72 1292,60 1132,56 1212,53 1114,53 1101,55 1304,63 1421,42 1066,59 1306,49 1003,54 1045,55 1163,48
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Advanced biochemistry and biotechnology

2018-01-25T14:52:19Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op de Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. Mondeling examen (indien meer dan 10 personen aanwezig, zet hij een timer op 10 minuten). Ook de korte antwoorden kunnen uitgebreid ondervraagd worden tijdens het mondeling. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben.
Alles is mondeling.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm

==Examenvragen==

===22 januari 2018, VM===
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
#Begrippen:
#* Retroreulatie
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)
#* Nonsense-mediated decay
#*Nocturnine

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Physical Chemistry of Biological Systems

2018-01-25T14:51:40Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Sinds academiejaar 2014-2015 enkel nog door Hideaki Mizuno gedoceerd. Examen bestaat uit 2 vragen, schriftelijk voor te bereiden en mondeling te verdedigen.
In academiejaar 2011-2012 tot 2013-2014 werd het vak gedoceerd door Prof. Yves Engelborghs en Prof. Hideaki Mizuno. Daarvoor enkel Prof. Yves Engelborghs. Staat in de basisopleiding.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G71AE.htm

==Examenvragen==

'''15 januari 2018'''

1) Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change.
2) Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.

===11 januari 2016===
1) Bespreek de binding equation, binding partition function en degree of association. Bespreek hierbij de Hill plot en de Scatchard plot. Leg dit ook uit voor multiple binding sites. Hoe is het voor 'echte' situaties? Gebruik O2 en hemoglobine.

2) De kinetica van self assembling van actine uitleggen. Hierbij gebruik maken van Mass Concentration, Number Concentration en Critical Concentration. Wat is treadmilling? Geef grafieken weer.

===12 januari 2015===
# Discuss Treadmilling in the formation of Actin Filaments. In your defense, include and explain the terms 'Mass Concentration', 'Number Concentration' and 'Critical Concentration'
# Discuss Fluorescent Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?

===17 januari 2013===
Mizuno(mondeling)
# Bespreek de analyse self-assembling van myosine aan de hand van druk. Gebruik in je bespreking massaconcentratie, nummerconcentratie en kritische concentratie. Waarom kan 'pressure jump' gebruikt worden voor de analyse van de self-assembly?
# Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient)bij random walk. Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?
Engelborghs (schriftelijk)
# Bespreek de binding van een restrictie-enzyme aan DNA. Hoe beïnvloeden de zoutconcentratie en de lengte van het DNA de kinetica? Geef de gepaste vergelijkingen en grafieken en bespreek.
# Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie de denaturatie van DNA door ureum beschrijven?

===14 januari 2013===
Mizuno(mondeling)
# Bespreek de kinetica van actine polymerisatie. Gebruik de gepaste figuren en formules. Gebruik zeker massaconcentratie, nummerconcentratie en critica concentration
# Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient). Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?
Engelborghs (schriftelijk)
# Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie, ion condensation op DNA kwantitatief bespreken?
# Geef en bespreek 2 manieren om de dissociation rate(stond in vet) constant te bepalen voor een ligand L in een EL complex.
===18 januari 2011===
Enkel 1 en 2 mondeling.
# Bespreek hoe je de diffusieconstantie bepaalt met FCS.
# Hoe hangt de bindingssnelheid van een restrictie-enzyme af van de zoutconcentratie en lengte van DNA.
# Microtubuli-oscillaties bij hoge concentratie microtubuli.
# Linked function concept toepassen op denaturatie van proteïne door ureum.

===29 januari 2010===
Enkel 1 en 2 mondeling.
# Sigmoidale bindingscurve: haal maximum informatie uit grafiek.
# Counter ion condensation: ontwerp een experiment om exact de hoeveelheid counter-ionen te bepalen.
# Microtubulus-oscillaties
# Artikel over Random walk op DNA (rad51). (artikel voor te bereiden voor het examen, ter vervanging van de presentaties).
===12 januari 2009===
# Microtubulus-oscillaties en effect van tubuline-GMPPNP
# welke info haal je uit kinetische studies?
# counter ion condensation
# linked function concept in proteïne stabiliteit

===26 augustus 2008===
# In een oplossing met microtubuli wordt het GTP vervangen door een niet hydrolyseerbaar analoog GMPNPP (of zoiets). Wat gebeurt er?
# Hoe wordt de lengte van de myosine polymeren gereguleerd in vitro (in oplossing dus).
# Hoe kan er experimenteel aangetoond worden dat DNA omgeven worden door tegenionen.
# Een farmaco product bindt met proteïne, tijdens de bindingskineticastudies wordt er een lineare grafiek verkregen, maar het afgesneden stuk op de Y as is echter te klein om concludeerbare resultaten uit af te leiden. Welke informatie ontbreekt? Hoe zou je die wel kunnen bepalen?

===14 januari 2008===
# Proteïnen kunnen ontvouwen worden door het toedienen van ureum. Stel een model op via het 'linked function' concept om de invloed van ureum kwantitatief te beschrijven. (Of zoiets, ...).
# Wat beïnvloed de snelheidsconstante voor de specifieke binding van een restrictieenzyme aan DNA?
# Je hebt een ligand dat een signaal uitzend bij binding. Wanneer je de grafiek van de geobserveerde snelheidsconstante extrapoleert (naar L=0) bekom je een waarde die kleiner is dan de experimentele fout op de meettechniek. Hoe kun je de dissociatie-snelheidsconstante van L bepalen?
# Stel de partitiefunctie op voor één stuk DNA met een gap van 9 en een gap van 11 roosterpunten met een ligand dat bindt op 5 roosterpunten.

Model Organisms in Biological Research

2018-01-25T14:51:12Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2018-01-25T14:50:47Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robbe. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robbe als het mondeling nog niet is afgelegd. Robbe zijn deel is mondeling en gesloten boek.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm

==Examenvragen==

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83 1716,82 1605,79 1560,72 1474,75 1473,69 1417,73 1360,61 1303,69 1259,56 1174,64 1172,53 1073,46 1060,6 972,41 947,52 885,38 850,46 788,32 763,43 675,24 662,38 563,32 561,2 476,28 432,16 375,24 318,11 262,15 261,09 175,12 130,05
#** Peak list 2: 4356,00 4435,97 3243,61 3563,47 2709,32 2622,32 2391,03 2550,96 2356,24 2270,15 2165,90 2245,87 2053,89 2133,86 1980,09 2064,11 2008,12 2060,06 1954,96 2114,89 1916,98 1958,99 1996,94 1697,83 1681,90 1578,82 1620,83 1658,79 1522,77 1487,65 1393,63 1596,71 1873,43 1387,60 1326,64 1309,72 1292,60 1132,56 1212,53 1114,53 1101,55 1304,63 1421,42 1066,59 1306,49 1003,54 1045,55 1163,48
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Bio-inorganic Chemistry

2018-01-25T14:49:07Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Machemie]]
[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met een taak die op 8 van de 20 punten staat. Men mag in het nederlands of engels antwoorden. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm

==Examenvragen==
===25 jan2018===
#Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)
#Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)
##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip).
##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway
##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)
#bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)
#De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)

===25 jan 2018 VM===
#3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking
#P450
##Waarom 450
##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH
##Intermediar VI aanvullen
#Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit
#2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader

===12 jan 2018===
# (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.
## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)
## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.
## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?
## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?
# (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.
#* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin & de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.
# (3p) Alkaline en purple acid phosphatase
## Fill in missing metals, reaction products and transition states
## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
#* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?

===01 sep 2017 ===
# (3p)
#* How are copper sites classified?
#* Which technique is used to study them, what results do you get from it?
#* Why does this technique not work for type III?
# (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?
#* Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.
#* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?
#* Why are both state in high spin?
# (3p)
#* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.
#* Where and why would Hg(II) bind?

===30 jan 2017 ===
#
#* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.
#* Most common metals for this method and why
#
#* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase
#* which reaction is catalysed by this enzym
#* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co
# -> 2 Mossbauer spectra gegeven
#* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie
#* Which parameters can be derivate from the spectra
#* Which of the 2 has the most symmetry and explain why
#
#* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits
#* Most important difference between the 2 subunits

===26 jan 2017===
# What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals?
# Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved?
# P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating?
# Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)

Bio-inorganic Chemistry

2018-01-25T14:48:18Z

Valerievandenbempt: /* 25 jan2018 */

[[Categorie: Machemie]]
[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met een taak die op 8 van de 20 punten staat. Men mag in het nederlands of engels antwoorden.

==Examenvragen==
===25 jan2018===
#Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)
#Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)
##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip).
##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway
##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)
#bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)
#De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)

===25 jan 2018 VM===
#3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking
#P450
##Waarom 450
##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH
##Intermediar VI aanvullen
#Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit
#2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader

===12 jan 2018===
# (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.
## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)
## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.
## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?
## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?
# (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.
#* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin & de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.
# (3p) Alkaline en purple acid phosphatase
## Fill in missing metals, reaction products and transition states
## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
#* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?

===01 sep 2017 ===
# (3p)
#* How are copper sites classified?
#* Which technique is used to study them, what results do you get from it?
#* Why does this technique not work for type III?
# (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?
#* Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.
#* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?
#* Why are both state in high spin?
# (3p)
#* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.
#* Where and why would Hg(II) bind?

===30 jan 2017 ===
#
#* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.
#* Most common metals for this method and why
#
#* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase
#* which reaction is catalysed by this enzym
#* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co
# -> 2 Mossbauer spectra gegeven
#* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie
#* Which parameters can be derivate from the spectra
#* Which of the 2 has the most symmetry and explain why
#
#* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits
#* Most important difference between the 2 subunits

===26 jan 2017===
# What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals?
# Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved?
# P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating?
# Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)

Bio-inorganic Chemistry

2018-01-25T14:48:05Z

Valerievandenbempt: /* Examenvragen */

[[Categorie: Machemie]]
[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met een taak die op 8 van de 20 punten staat. Men mag in het nederlands of engels antwoorden.

==Examenvragen==
===25 jan2018===
#Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)
#Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)
##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip). Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway ##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)
#bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)
#De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)

===25 jan 2018 VM===
#3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking
#P450
##Waarom 450
##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH
##Intermediar VI aanvullen
#Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit
#2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader

===12 jan 2018===
# (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.
## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)
## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.
## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?
## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?
# (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.
#* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin & de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.
# (3p) Alkaline en purple acid phosphatase
## Fill in missing metals, reaction products and transition states
## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
#* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?

===01 sep 2017 ===
# (3p)
#* How are copper sites classified?
#* Which technique is used to study them, what results do you get from it?
#* Why does this technique not work for type III?
# (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?
#* Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.
#* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?
#* Why are both state in high spin?
# (3p)
#* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.
#* Where and why would Hg(II) bind?

===30 jan 2017 ===
#
#* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.
#* Most common metals for this method and why
#
#* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase
#* which reaction is catalysed by this enzym
#* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co
# -> 2 Mossbauer spectra gegeven
#* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie
#* Which parameters can be derivate from the spectra
#* Which of the 2 has the most symmetry and explain why
#
#* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits
#* Most important difference between the 2 subunits

===26 jan 2017===
# What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals?
# Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved?
# P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating?
# Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)

Bio-inorganic Chemistry

2018-01-25T14:47:33Z

Valerievandenbempt: /* 25 jan 2018 */

[[Categorie: Machemie]]
[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met een taak die op 8 van de 20 punten staat. Men mag in het nederlands of engels antwoorden.

==Examenvragen==
===25 jan 2018 VM===
#3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking
#P450
##Waarom 450
##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH
##Intermediar VI aanvullen
#Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit
#2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader

===12 jan 2018===
# (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.
## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)
## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.
## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?
## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?
# (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.
#* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin & de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.
# (3p) Alkaline en purple acid phosphatase
## Fill in missing metals, reaction products and transition states
## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
#* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?

===01 sep 2017 ===
# (3p)
#* How are copper sites classified?
#* Which technique is used to study them, what results do you get from it?
#* Why does this technique not work for type III?
# (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?
#* Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.
#* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?
#* Why are both state in high spin?
# (3p)
#* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.
#* Where and why would Hg(II) bind?

===30 jan 2017 ===
#
#* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.
#* Most common metals for this method and why
#
#* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase
#* which reaction is catalysed by this enzym
#* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co
# -> 2 Mossbauer spectra gegeven
#* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie
#* Which parameters can be derivate from the spectra
#* Which of the 2 has the most symmetry and explain why
#
#* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits
#* Most important difference between the 2 subunits

===26 jan 2017===
# What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals?
# Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved?
# P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating?
# Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)

Advanced Biological Data Analysis

2018-01-25T14:46:33Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Advanced Biological Data Analysis

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F87AE.htm

== Examenvragen ==

Advanced Biological Data Analysis

2018-01-25T14:46:26Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Advanced Biological Data Analysis
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F87AE.htm

== Examenvragen ==

Advanced Biological Data Analysis

2018-01-25T14:45:34Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Advanced Biological Data Analysis

== Examenvragen ==

Model Organisms in Biological Research

2018-01-25T14:44:42Z

Valerievandenbempt: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Model Organisms in biological research

== Examenvragen ==
Wich primates are used as model organism and for which applications?

Model Organisms in Biological Research

2018-01-25T14:44:36Z

Valerievandenbempt: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Model Organisms in biological research

# Wich primates are used as model organism and for which applications?

== Examenvragen ==
Wich primates are used as model organism and for which applications?

Bio-inorganic Chemistry

2018-01-25T11:08:36Z

Valerievandenbempt: /* Examenvragen */

[[Categorie: Machemie]]
[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met een taak die op 8 van de 20 punten staat. Men mag in het nederlands of engels antwoorden.

==Examenvragen==
===25 jan 2018===
#3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking
#P450
##Waarom 450
##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH
##Intermediar VI aanvullen
#Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit
#2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader

===12 jan 2018===
# (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.
## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)
## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.
## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?
## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?
# (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.
#* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin & de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.
# (3p) Alkaline en purple acid phosphatase
## Fill in missing metals, reaction products and transition states
## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
#* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?

===01 sep 2017 ===
# (3p)
#* How are copper sites classified?
#* Which technique is used to study them, what results do you get from it?
#* Why does this technique not work for type III?
# (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?
#* Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.
#* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?
#* Why are both state in high spin?
# (3p)
#* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.
#* Where and why would Hg(II) bind?

===30 jan 2017 ===
#
#* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.
#* Most common metals for this method and why
#
#* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase
#* which reaction is catalysed by this enzym
#* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co
# -> 2 Mossbauer spectra gegeven
#* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie
#* Which parameters can be derivate from the spectra
#* Which of the 2 has the most symmetry and explain why
#
#* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits
#* Most important difference between the 2 subunits

===26 jan 2017===
# What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals?
# Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved?
# P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating?
# Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)

Comparative Endocrinology

2018-01-25T09:42:32Z

Valerievandenbempt: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Comparative Endocrinology wordt gedoceerd door Veerle Darras, buiten één les over ''C. elegans'' die gegeven wordt door Liesbet Temmerman. 33% van de punten staan op practica, 67% op het mondeling examen. Op het examen krijg je een inhoudelijke vraag, een vraag waarin je een endocrinologisch probleem moet bespreken, en een paper over een nieuwe functie van een hormoon die je zelf moet mee brengen en bespreken.

Sinds 2017-2018 wordt het vak gedoceerd door Eve Seuntjens.

== Examenvragen ==
===24 januari 2018===
#Hormonen die verantwoordelijk zijn voor de Kalium/natrium en waterbalans bij zoogdieren en vergelijk met amfibieën.
#Paper
#Mogelijke endocriene oorzaken van ondergewicht en mogelijke hormoontherapieën

===19 januari 2018===
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren.
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen.
#Paper

=== 15 januari 2018 ===
# Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën
# Paper
# Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.

Het examen is in het engels!

=== 20 januari 2016 ===

Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.

Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?

=== 18 januari 2016 ===

Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën

Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.

=== 11 januari 2016 ===

Bespreek de steroid hormonen die belangrijk zijn voor de vrouwelijke vruchtbaarheid bij zoogdieren. En vergelijk met de steroid hormonen bij insecten.

Welke hormonen zou je toedienen om de prestaties van een marathonloper te verbeteren. Wanneer dien je ze toe en hoe, zijn er bijwerkingen?

=== 11 januari 2016 ===

Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians

You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.

=== 12 januari 2014 ===

Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de amfibieën.

Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk. (ze wou hier vooral weten op welke manier je zou kunnen ingrijpen op de hormonen van ecdysis)

=== 18 januari 2013 ===

Bespreek de hormonen van de hypofyse bij zoogdieren. Zijn er vergelijkbare hormonen te vinden bij insecten?

Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven. (Enkel onderzoeksmethodes geven die bij mensen toepasbaar zijn, dus ELISA wordt al moeilijk)

=== 18 januari 2013 ===

Bespreek alle hormonen die te maken hebben met de ion-waterbalans. Hebben insecten hier ook hormonen voor?

Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven.

=== 16 januari 2012 ===

Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de situatie bij amfibieën.

Door selectie zijn er verschillende strengen van kippen. Ze hebben een verschillende groei. Welke hormonen komen hier aan te pas? Hoe zou je het onderzoeken. (bio-assay, ELISA,...)

=== 17 januari 2011 ===

Leg de functie uit van de hormonen betrokken bij de Calcium homeostase.

Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk.

=== Andere vragen ===

- Geen neotenie in amfibieën? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?

- Bespreek de pancreas.

- Geen normale groei in kip? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?

- Bespreek de rol van glucocorticoïden in mammals en non mammalia vertebraten?

- Discuss the action mechanism and the functions of thyroid hormones in mammals. Compare briefly with thyroid hormone functions in amphibians.

- A rat was born and raised in the animal facility of a university and is suddenly released outside the building in a sand desert. What changes do you expect in the endocrine system and why?

- Bespreek de hormonen die betrokken zijn in het energie metabolisme van zoogdieren. Hebben insecten hormonen die hun energie metabolisme reguleren?

- Door selectie verschillende strengen van kippen. Groeien niet allemaal even goed. Waarom? Hoe onderzoek je waaraan dat ligt?Hoe los je het op?

- Welke rol speelt de pancreas in energie metabolisme? Hebben insecten hormonen voor energie metabolisme?

- Neotenie bij Urodela, mogelijke oorzaken? Hoe zou je dat onderzoeken?

- Geef een overzicht van alle hormonen die betrokken zijn bij de reproductie in vrouwelijke mammalia en bespreek hun functie (negeer geboorte en lactatie). Vergelijk kort met de situatie in Teleostei.

- Terwijl vele mensen lijden aan overgewicht hebben anderen problemen om hun gewicht te behouden. Bij deze laatste kan het probleem een endocriene basis hebben. Welke hormonen zouden volgens jou betrokken kunnen zijn in deze gevallen en bespreek hoe je je hypothese zou testen.

- Biosynthese van cortisol

- Werking van MSH: de epifyse

- Oestrale cyclus van het schaap

- GTP en G-proteïnen

- Gene knockout

- Hypothalamische controle van het groeihormoon

- Het ontstaan en evolutie van de bijnierschors

- Prolactine bij de vogels

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2018-01-25T09:41:14Z

Valerievandenbempt: /* 25 januari 2018 */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

== Examenvragen ==
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2018-01-25T09:41:03Z

Valerievandenbempt: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

== Examenvragen ==
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt. V
#DB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Milieu-economie

2018-01-24T20:09:56Z

Valerievandenbempt: /* =13 januari 2018 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Ovaere Lotte geeft het vak milieu-economie. Het wordt gevolg door enkele geografen, bio-ingenieurs en biochemisten die minor verbreding volgen. Sinds 2017 is dit gesloten-boek. Grafieken zijn zeer belangrijk. Neem zeker een niet-grafisch rekenmachine mee naar het examen.

==Examenvragen==
===13 januari 2018===
#gegevens gegeven over lozingsreductie en kost voor deze lozing reductie. De overheid verandert de heffing van 0,5€/kg naar 10€/kg. Hoe reageert die bedrijf hierop? (oefeningen staat in hoofdstuk 17 of 18 over toepassingen)
#Cashflow
#zelfde vraag als 24 januari 2017 met zwitsers cosmetica bedrijf (maar nu een Belgisch bedrijf)
#De overheid wilt een subsidie plaatsen op elektrische wagens om dat te promoten. Elke consument krijgt hetzelfde bedrag. Is dit de meest rationeel economische oplossing? welke criteria komen hierbij kijken?

===24 januari 2017 VM===
#Tijdens de middag eten jongeren hun boterhammen op in de kruidtuin in Leuven. Hierbij laten ze echter afval achter. Fervente bewoners stappen naar burgemeester Tobback om het probleem aan te kaarten. De burgemeester zegt dit probleem te bekijken. Hij stapt naar jou, zijn milieu-adviseur. Je onderzoekt op voorhand enkele zaken:
##In 2015 werden de Leuvenaars bevraagt met een enquête over een mogelijke toegangsprijs voor de Kruidtuin. De leuvenaars willen gemiddeld € 2 betalen. Het hoogste bedrag was €10. Indien het park proper zou zijn verhoogt de bereidheid tot betalen naar €15.
##De kruidtuin ontvangt ongeveer 10000 bezoekers per jaar. Wanneer het park proper zou zijn, verwacht men dat het aantal bezoeker verdubbeld.
##Extra security maatregelen om de schooljongeren te beboeten bij het achterlaten van afval zou zo’n 25000 euro per jaar kosten
#*Zou je burgemeester Tobback aanraden om extra security maatregelen te nemen?
#Een Vlaamse KMO wil investeren in een windmolen om zijn energiefactuur te verminderen. De KMO verbruikt zo'n 45000 kWh per jaar maar koopt deze energie voorlopig nog bij een energiebedrijf aan 0,15 EUR/kWh. Een windmolen heeft een vermogen van 5 kWh en gaat 15 jaar mee. De overheid geeft een subsidie aan de groene stroom van de windmolen van 0,12 EUR per kWh. Het is een investering van 250000 EUR. De overheid zou 10% van de totale investering betalen. Een windmolen heeft een jaarlijkse onderhoudskost van 15000 EUR per jaar. Neem een belasting van 40% en een kapitaalkost van 10%.
#*Is het interessant voor de KMO om te investeren in de windmolen?
#De Zwitserse overheid wil zijn hoeveelheid afval verminderen en zal de afvalberg van een Zwitsers cosmeticabedrijf plaffoneren.
##Hoe kan de Zwitserse overheid het best bepalen welke norm het moet opleggen. Grafisch weergeven.
##Indien het Zwitsers cosmeticabedrijf uit 2 deelbedrijven bestaat, hoe zou de overheid de norm bepalen? Grafisch weergeven.
##Wat is het effect van deze norm op de consument? Grafisch weergeven.
#Minister Tommelein wil een belasting op de CO2-uitstoot doorvoeren op bestelwagens. In Vlaanderen rijden veel vervuilende bestelwagens rond. Hij zegt dat het om een budget-neutrale beslissing gaat. Hij ontkent hier dus mee dat het geld zou dienst doen als overheidsinkomst. Tommelein wil het geld gebruiken om groene bestelwagens te promoten.
#*In dit een economische beslissing of puur politiek? Leg uit.

===Augustus 2015===
Zie examen januari 2012

===20 januari 2015===
#De overheid wil als deel van hun milieubeleid bij de auto-producteurs een regel opleggen dat de auto's een gemiddelde uitstoot van 90 g/km CO2 hebben.
##Vind je dit een goede beslissing? (max. 5 lijnen)
##Zo niet, zou wat zou je als beter alternatief aanraden? (max. 5 lijnen)
#Stockholm heeft twee luchthavens, namelijk Arlanda en Bromma, waar bij de laatste alleen kleine vliegtuigen mogen landen. Bromma heeft wel een snelle busverbinding naar de stad.
##De landingen in de luchthaven van Bromma laten alleen kleine vliegtuigen toe en dit zorgt voor extra geluidshinder. De overheid wil de hinder beperken en legt dus een maximaal aantal vluchten per dag vast. Is dit een efficiënt beleid? Zo niet, kan je een beter alternatief voorstellen? (max. 5 lijnen)
##De overheid wil de CO2-uitstoot aan de luchthaven van Arlanda laten dalen door eveneens een maximaal aantal vluchten per dag vast te leggen. Daarbij wil het ook het gebruik van lange-afstandstreinen in Zweden aanmoedigen.Â Is dit een efficiënt beleid? Zo niet, kan je een beter alternatief voorstellen? (max. 5 lijnen)
##De overheid heeft plannen om alle vluchten in Arlanda te laten landen en in Bromma nieuwe woningen te bouwen. Geef een kosten-baten-analyse van deze investering en specifieer hoe je de kosten en baten zal meten. (max. 20 lijnen)
#Een immobiliÃ«nbedrijf voor studentenresidenties wil in een gebouw de elektriciteitsverwarming vervangen door aardgasverwarming. De installatie zou een investering van 1 miljoen euro vergen. Het zal een minderkost van elektriciteit opleveren van 180 000 euro, maar wel een meerkost van aardgas van 100 000 euro. Verder is er een jaarlijkse verzekeringskost van 20 000 euro per jaar. Er kan ook nog gerekend worden op een eenmalige subsidie van 100 000 euro. De belasting bedraagt 33% en er is een kapitaalkost van 6%. Is dit een goede investering voor het bedrijf? (max. 15 lijnen)

===Januari 2014===
#Oefening over bedrijfsinvestering, indien nodig assumpties maken
#Een rivier wordt vervuild in BelgiÃ«, maar veroorzaakt ook schade in Nederland
##Hoe zou je de veroorzaakte schade kunnen waarderen?
##Zal BelgiÃ« een sociaal optimaal beleid voeren? Waarom/wel niet + staaf met grafiek
#Men heeft plannen om een houtzagerij met bijbehorende geluidshinder in een dorp te plaatsen, maar de omwonenden zijn hier fel tegen. De burgemeester vraagt je advies: hoe kan hij nagaan of dit een goede beslissing is?
#Zie examenvraag 1a) en 1b) van januari 2013, c) welke methode is het efficiÃ«ntst (kiezen tussen a of b)?

===Augustus 2013===
= examen januari 2012

===Januari 2013===
#We hebben twee ondernemingen (A en B) die elk 50 ton polluent uitstoten. De marginale kost van emissiereductie is gegeven door MK(a) = 0.5 Z(a) en MK(b) = 0.2 Z(b)Â
waarbij Z de emissiereductie in ton voorstelt. De overheid wil de totale emissies terugdringen tot 40 ton en vraagt je de volgende alternatieven uit te rekenen:
##Geef de kostenfuncties en bereken de totale kostprijs om de totale emissies terug te dringen tot 40 ton door in de exploitatievergunningÂ van elk bedrijf de totale emissie te beperken tot 20 ton.
##Veronderstel dat elk bedrijf voor 20 ton emissierechten krijgt en dat de bedrijven de emissierechten mogen verhandelen. Hoeveel bedraagtÂ dan de kostprijs voor elk van de twee bedrijven?
##Wat is de impact op de nettowinst van bedrijf A wanneer het bedrijf de emissies voor 5 jaar kan terugdringen tot 20 ton per jaar door middel van een eenmalige investering van 100 euro en verder geen emissierechten koopt of verkoopt?
##Welke boete zou de overheid best voorzien bij niet naleving?
##Veronderstel dat de overheid de kosten van de bedrijven niet kent, enkel de initiele emissieniveaus. Welk beleidsinstrument gebruikt de overheid dan best (Beperk je niet tot de instrumenten uit vraag a enÂ b)?
#Veronderstel een eenvoudige wereld met 20 identieke landen. De marginale kostprijs voor emissievermindering van broeikasgassenÂ bedraagt x voor elk land waarbij x de emissievermindering is in miljoenÂ ton. De marginale baat van emissievermindering is constant en bedraagt 1miljoen $ per miljoen ton voor elk land.
##Bereken de totale emissievermindering die we van deze wereld mogen verwachten.
##Veronderstel dat deze 20 landen zich verenigen in 5 gelijkwaardigeÂ regionale blokken van telkens 4 landen waarbij elke regionale groepÂ zich gedraagt als 1 land met nog steeds dezelfde marginaleÂ kostenfunctie x . Hoeveel bedraagt dan de totaleÂ emissievermindering?
#In stad X is er een nieuwe woonbuurt met een centraal plein. Er was altijd alÂ een drankgelegenheid gepland op het centraal plein, maar deze was nog nietÂ toegekend aan een uitbater. Alle 20 huizen en appartementen rond het plein zijnÂ ondertussen verkocht. Deze waren gemiddeld 10% goedkoper dan in de rest vanÂ de buurt omdat er wellicht hinder komt van de drankgelegenheid. In deze streek kosten gelijkaardige huizen ongeveer 400 000 Euro. Er is nu eindelijk eenÂ uitbater gevonden voor de drankgelegenheid en die wil aan de inrichtingÂ beginnen. Ondertussen is er een actiecomitÃ© opgericht van buurtbewoners tegen de drankgelegenheid. Ze vragen dat de stad deze activiteit verbiedt. HetÂ stadsbestuur vraagt je advies: zou ze best de nieuwe drankgelegenheid toestaan of toch maar omzetten in een andere activiteit?

===Januari 2012===
# vraag: De politieke discussie over de inplanting van een nieuwe verbrandingsoven aan
Kampenhout-Sas (aan kanaal Mechelen-Leuven) toont aan dat er nog steeds grote
onenigheid bestaat over de beste wijze om gemengd huishoudelijk afval te verwijderen.
Er is de optie verbranden en er is de optie in de grond bergen in een stortplaats.
Je wordt gevraagd een kostenanalyse te maken van de twee opties.
Dit zijn de gegevens:
Per ton is er een investeringskost (levensduur van 20 jaar, interestvoet van 10%) van 400€
voor de berging in de grond en van 600€ voor de verbrandingsinstallatie.
Er zijn milieukosten verbonden aan de luchtverontreiniging bij verbranding van 5€ per
ton en bij berging in de grond is er een externe kost voor het landschap van 25€ per ton.
Bij berging in de grond wordt het afval hoofdzakelijk aangevoerd per vrachtwagen met
een externe kost van 3€ per ton. Voor de verbrandingsinstallatie in Kampenhout zou het
afval per binnenschip aangevoerd worden, wat 6 € per ton kost aan het milieu. (Alle
milieukosten zijn op jaarbasis)
Welke vorm van afvalverwerking zou je aanbevelen?
#een berekening voor de belasting op afvalÂ
#een vraag over een stelling in een amerikaanse krant: luchtvaartmaatschappijen die naar europa vliegen moeten met verhandelbare emissierechten werken, 80% krijgen ze van de overheid en 20% moeten ze zelf betalen, dit zorgt voor een drukking van de winst. Klopt de titel van dit artikel?Â
#Nog iets met verhandelbare emissierechten zie h18 staat mooi in de cursusÂ
#een vliegmaatschappij overweegt een geluidsscherm te plaatsen, kostenanalyse uitvoeren.

===Januari 2009===
#vraag over lozingen: vervuiler kent men niet enkel de slachtoffers en schade bij deze slachtoffers. Stel dat men de vervuiler toch vindt, welke maatregel raadt je dan aan?Â
En welke oplossing om dat soort problemen in de toekomst te vermijden? En dan nog vraag over iets met overheid en sociaal optimumÂ
#mening over Europees klimaatsplan in 10 regelsÂ
#dan een oefening over emissiereducties bij 2 bedrijven en de Totale kostenfunctie zijn gegeven. Welke belastingsvoet en wat is dan uitstoot van beide bedrijven bij die belasting? Wat als er gelijke emissienorm voor beide bedrijven geldt, bespreek standpunt maatschappij en bedrijven.Â
#een cashflow oefeningÂ
#vraag over invoerheffing op invoer van Belgische mest in Rusland

===Januari 2008===
#Een cashflow. product A is nu afgeschreven maar kan nog 10j meegaan, product B bespaart zoveel verwerkingskosten en zoveel aan waterlozingskosten. Is het best nu te investeren in B of pas binnen 10jÂ
# gegeven: formule van de reductiekosten van een bedrijf. gevraagd: hoeveel VER's moeten uitgedeeld worden voor dezelfde reductie te krijgen.Â
#En dan nog een viertal keer je mening geven over het milieubeleid bij t Ã©Ã©n of t ander probleem, of, gegeven een milieu-probleem, hoe het beste aan te pakken.</

Milieu-economie

2018-01-24T20:09:27Z

Valerievandenbempt: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Ovaere Lotte geeft het vak milieu-economie. Het wordt gevolg door enkele geografen, bio-ingenieurs en biochemisten die minor verbreding volgen. Sinds 2017 is dit gesloten-boek. Grafieken zijn zeer belangrijk. Neem zeker een niet-grafisch rekenmachine mee naar het examen.

==Examenvragen==
===13 januari 2018==
#gegevens gegeven over lozingsreductie en kost voor deze lozing reductie. De overheid verandert de heffing van 0,5€/kg naar 10€/kg. Hoe reageert die bedrijf hierop? (oefeningen staat in hoofdstuk 17 of 18 over toepassingen)
#Cashflow
#zelfde vraag als 24 januari 2017 met zwitsers cosmetica bedrijf (maar nu een Belgisch bedrijf)
#De overheid wilt een subsidie plaatsen op elektrische wagens om dat te promoten. Elke consument krijgt hetzelfde bedrag. Is dit de meest rationeel economische oplossing? welke criteria komen hierbij kijken?

===24 januari 2017 VM===
#Tijdens de middag eten jongeren hun boterhammen op in de kruidtuin in Leuven. Hierbij laten ze echter afval achter. Fervente bewoners stappen naar burgemeester Tobback om het probleem aan te kaarten. De burgemeester zegt dit probleem te bekijken. Hij stapt naar jou, zijn milieu-adviseur. Je onderzoekt op voorhand enkele zaken:
##In 2015 werden de Leuvenaars bevraagt met een enquête over een mogelijke toegangsprijs voor de Kruidtuin. De leuvenaars willen gemiddeld € 2 betalen. Het hoogste bedrag was €10. Indien het park proper zou zijn verhoogt de bereidheid tot betalen naar €15.
##De kruidtuin ontvangt ongeveer 10000 bezoekers per jaar. Wanneer het park proper zou zijn, verwacht men dat het aantal bezoeker verdubbeld.
##Extra security maatregelen om de schooljongeren te beboeten bij het achterlaten van afval zou zo’n 25000 euro per jaar kosten
#*Zou je burgemeester Tobback aanraden om extra security maatregelen te nemen?
#Een Vlaamse KMO wil investeren in een windmolen om zijn energiefactuur te verminderen. De KMO verbruikt zo'n 45000 kWh per jaar maar koopt deze energie voorlopig nog bij een energiebedrijf aan 0,15 EUR/kWh. Een windmolen heeft een vermogen van 5 kWh en gaat 15 jaar mee. De overheid geeft een subsidie aan de groene stroom van de windmolen van 0,12 EUR per kWh. Het is een investering van 250000 EUR. De overheid zou 10% van de totale investering betalen. Een windmolen heeft een jaarlijkse onderhoudskost van 15000 EUR per jaar. Neem een belasting van 40% en een kapitaalkost van 10%.
#*Is het interessant voor de KMO om te investeren in de windmolen?
#De Zwitserse overheid wil zijn hoeveelheid afval verminderen en zal de afvalberg van een Zwitsers cosmeticabedrijf plaffoneren.
##Hoe kan de Zwitserse overheid het best bepalen welke norm het moet opleggen. Grafisch weergeven.
##Indien het Zwitsers cosmeticabedrijf uit 2 deelbedrijven bestaat, hoe zou de overheid de norm bepalen? Grafisch weergeven.
##Wat is het effect van deze norm op de consument? Grafisch weergeven.
#Minister Tommelein wil een belasting op de CO2-uitstoot doorvoeren op bestelwagens. In Vlaanderen rijden veel vervuilende bestelwagens rond. Hij zegt dat het om een budget-neutrale beslissing gaat. Hij ontkent hier dus mee dat het geld zou dienst doen als overheidsinkomst. Tommelein wil het geld gebruiken om groene bestelwagens te promoten.
#*In dit een economische beslissing of puur politiek? Leg uit.

===Augustus 2015===
Zie examen januari 2012

===20 januari 2015===
#De overheid wil als deel van hun milieubeleid bij de auto-producteurs een regel opleggen dat de auto's een gemiddelde uitstoot van 90 g/km CO2 hebben.
##Vind je dit een goede beslissing? (max. 5 lijnen)
##Zo niet, zou wat zou je als beter alternatief aanraden? (max. 5 lijnen)
#Stockholm heeft twee luchthavens, namelijk Arlanda en Bromma, waar bij de laatste alleen kleine vliegtuigen mogen landen. Bromma heeft wel een snelle busverbinding naar de stad.
##De landingen in de luchthaven van Bromma laten alleen kleine vliegtuigen toe en dit zorgt voor extra geluidshinder. De overheid wil de hinder beperken en legt dus een maximaal aantal vluchten per dag vast. Is dit een efficiënt beleid? Zo niet, kan je een beter alternatief voorstellen? (max. 5 lijnen)
##De overheid wil de CO2-uitstoot aan de luchthaven van Arlanda laten dalen door eveneens een maximaal aantal vluchten per dag vast te leggen. Daarbij wil het ook het gebruik van lange-afstandstreinen in Zweden aanmoedigen.Â Is dit een efficiënt beleid? Zo niet, kan je een beter alternatief voorstellen? (max. 5 lijnen)
##De overheid heeft plannen om alle vluchten in Arlanda te laten landen en in Bromma nieuwe woningen te bouwen. Geef een kosten-baten-analyse van deze investering en specifieer hoe je de kosten en baten zal meten. (max. 20 lijnen)
#Een immobiliÃ«nbedrijf voor studentenresidenties wil in een gebouw de elektriciteitsverwarming vervangen door aardgasverwarming. De installatie zou een investering van 1 miljoen euro vergen. Het zal een minderkost van elektriciteit opleveren van 180 000 euro, maar wel een meerkost van aardgas van 100 000 euro. Verder is er een jaarlijkse verzekeringskost van 20 000 euro per jaar. Er kan ook nog gerekend worden op een eenmalige subsidie van 100 000 euro. De belasting bedraagt 33% en er is een kapitaalkost van 6%. Is dit een goede investering voor het bedrijf? (max. 15 lijnen)

===Januari 2014===
#Oefening over bedrijfsinvestering, indien nodig assumpties maken
#Een rivier wordt vervuild in BelgiÃ«, maar veroorzaakt ook schade in Nederland
##Hoe zou je de veroorzaakte schade kunnen waarderen?
##Zal BelgiÃ« een sociaal optimaal beleid voeren? Waarom/wel niet + staaf met grafiek
#Men heeft plannen om een houtzagerij met bijbehorende geluidshinder in een dorp te plaatsen, maar de omwonenden zijn hier fel tegen. De burgemeester vraagt je advies: hoe kan hij nagaan of dit een goede beslissing is?
#Zie examenvraag 1a) en 1b) van januari 2013, c) welke methode is het efficiÃ«ntst (kiezen tussen a of b)?

===Augustus 2013===
= examen januari 2012

===Januari 2013===
#We hebben twee ondernemingen (A en B) die elk 50 ton polluent uitstoten. De marginale kost van emissiereductie is gegeven door MK(a) = 0.5 Z(a) en MK(b) = 0.2 Z(b)Â
waarbij Z de emissiereductie in ton voorstelt. De overheid wil de totale emissies terugdringen tot 40 ton en vraagt je de volgende alternatieven uit te rekenen:
##Geef de kostenfuncties en bereken de totale kostprijs om de totale emissies terug te dringen tot 40 ton door in de exploitatievergunningÂ van elk bedrijf de totale emissie te beperken tot 20 ton.
##Veronderstel dat elk bedrijf voor 20 ton emissierechten krijgt en dat de bedrijven de emissierechten mogen verhandelen. Hoeveel bedraagtÂ dan de kostprijs voor elk van de twee bedrijven?
##Wat is de impact op de nettowinst van bedrijf A wanneer het bedrijf de emissies voor 5 jaar kan terugdringen tot 20 ton per jaar door middel van een eenmalige investering van 100 euro en verder geen emissierechten koopt of verkoopt?
##Welke boete zou de overheid best voorzien bij niet naleving?
##Veronderstel dat de overheid de kosten van de bedrijven niet kent, enkel de initiele emissieniveaus. Welk beleidsinstrument gebruikt de overheid dan best (Beperk je niet tot de instrumenten uit vraag a enÂ b)?
#Veronderstel een eenvoudige wereld met 20 identieke landen. De marginale kostprijs voor emissievermindering van broeikasgassenÂ bedraagt x voor elk land waarbij x de emissievermindering is in miljoenÂ ton. De marginale baat van emissievermindering is constant en bedraagt 1miljoen $ per miljoen ton voor elk land.
##Bereken de totale emissievermindering die we van deze wereld mogen verwachten.
##Veronderstel dat deze 20 landen zich verenigen in 5 gelijkwaardigeÂ regionale blokken van telkens 4 landen waarbij elke regionale groepÂ zich gedraagt als 1 land met nog steeds dezelfde marginaleÂ kostenfunctie x . Hoeveel bedraagt dan de totaleÂ emissievermindering?
#In stad X is er een nieuwe woonbuurt met een centraal plein. Er was altijd alÂ een drankgelegenheid gepland op het centraal plein, maar deze was nog nietÂ toegekend aan een uitbater. Alle 20 huizen en appartementen rond het plein zijnÂ ondertussen verkocht. Deze waren gemiddeld 10% goedkoper dan in de rest vanÂ de buurt omdat er wellicht hinder komt van de drankgelegenheid. In deze streek kosten gelijkaardige huizen ongeveer 400 000 Euro. Er is nu eindelijk eenÂ uitbater gevonden voor de drankgelegenheid en die wil aan de inrichtingÂ beginnen. Ondertussen is er een actiecomitÃ© opgericht van buurtbewoners tegen de drankgelegenheid. Ze vragen dat de stad deze activiteit verbiedt. HetÂ stadsbestuur vraagt je advies: zou ze best de nieuwe drankgelegenheid toestaan of toch maar omzetten in een andere activiteit?

===Januari 2012===
# vraag: De politieke discussie over de inplanting van een nieuwe verbrandingsoven aan
Kampenhout-Sas (aan kanaal Mechelen-Leuven) toont aan dat er nog steeds grote
onenigheid bestaat over de beste wijze om gemengd huishoudelijk afval te verwijderen.
Er is de optie verbranden en er is de optie in de grond bergen in een stortplaats.
Je wordt gevraagd een kostenanalyse te maken van de twee opties.
Dit zijn de gegevens:
Per ton is er een investeringskost (levensduur van 20 jaar, interestvoet van 10%) van 400€
voor de berging in de grond en van 600€ voor de verbrandingsinstallatie.
Er zijn milieukosten verbonden aan de luchtverontreiniging bij verbranding van 5€ per
ton en bij berging in de grond is er een externe kost voor het landschap van 25€ per ton.
Bij berging in de grond wordt het afval hoofdzakelijk aangevoerd per vrachtwagen met
een externe kost van 3€ per ton. Voor de verbrandingsinstallatie in Kampenhout zou het
afval per binnenschip aangevoerd worden, wat 6 € per ton kost aan het milieu. (Alle
milieukosten zijn op jaarbasis)
Welke vorm van afvalverwerking zou je aanbevelen?
#een berekening voor de belasting op afvalÂ
#een vraag over een stelling in een amerikaanse krant: luchtvaartmaatschappijen die naar europa vliegen moeten met verhandelbare emissierechten werken, 80% krijgen ze van de overheid en 20% moeten ze zelf betalen, dit zorgt voor een drukking van de winst. Klopt de titel van dit artikel?Â
#Nog iets met verhandelbare emissierechten zie h18 staat mooi in de cursusÂ
#een vliegmaatschappij overweegt een geluidsscherm te plaatsen, kostenanalyse uitvoeren.

===Januari 2009===
#vraag over lozingen: vervuiler kent men niet enkel de slachtoffers en schade bij deze slachtoffers. Stel dat men de vervuiler toch vindt, welke maatregel raadt je dan aan?Â
En welke oplossing om dat soort problemen in de toekomst te vermijden? En dan nog vraag over iets met overheid en sociaal optimumÂ
#mening over Europees klimaatsplan in 10 regelsÂ
#dan een oefening over emissiereducties bij 2 bedrijven en de Totale kostenfunctie zijn gegeven. Welke belastingsvoet en wat is dan uitstoot van beide bedrijven bij die belasting? Wat als er gelijke emissienorm voor beide bedrijven geldt, bespreek standpunt maatschappij en bedrijven.Â
#een cashflow oefeningÂ
#vraag over invoerheffing op invoer van Belgische mest in Rusland

===Januari 2008===
#Een cashflow. product A is nu afgeschreven maar kan nog 10j meegaan, product B bespaart zoveel verwerkingskosten en zoveel aan waterlozingskosten. Is het best nu te investeren in B of pas binnen 10jÂ
# gegeven: formule van de reductiekosten van een bedrijf. gevraagd: hoeveel VER's moeten uitgedeeld worden voor dezelfde reductie te krijgen.Â
#En dan nog een viertal keer je mening geven over het milieubeleid bij t Ã©Ã©n of t ander probleem, of, gegeven een milieu-probleem, hoe het beste aan te pakken.</

Molecular and Developmental Animal Physiology

2018-01-24T20:04:43Z

Valerievandenbempt: /* 23/06/2017 NM */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular and Develop - mental Animal Physiology

== Examenvragen ==
===23/06/2017 NM===
#Briefly explain
##imaginal disc
##polyphenism
##gynandromorph
#Canonical Wnt pathway and it's role in early amphibian development.
#Role of Hox genes in metazoans
#Sex determination in mammals
#Explain: Morpholinos and micro array.

===23/06/2016 NM===
#Explain
##barr body
##hypoblast
##nieuwkoopcenter
#BMP signaling + example
#DV drosophila
#Compare limb development (tetrapoda) abd limb regeneration (amphibia)
#Explain techniques:
##reproductive cloning
##morfolines (extra question: why use morfolinos and not for example RNAi)

===17/06/2016 NM===
#Briefly explain
##Trophoblast
##Parasegments
##Micropyle
#Hedgehog signaling pathway + example in development
#DV axis in amphibians
#Sex differentiation in Drosophilas
#Briefly explain following technique
##In situ hybridisation
##RNA interference

===25/06/2015 NM===
#Explain:
##Embryonic Shield
##Hypoblast
##Polyfenisme
#Wnt singaling + voorbeeld
#Sex differentiatie bij drosophila
#Hox genen clusters bij metazoa uitleggen en vertellen waarom het belangrijk is in evolutie. Bijvraag: hoe zit dat bij vliegen?
#Technieken:
##conditionele knock-outs
##enhancer trapping

===25/06/2015 VM===
#Explain:
##Barr body
##Histoblast
##Nieuwkoop center
#Hedgehoc signalling pathway + voorbeeld
#Dorso-ventrale ontwikkeling in de vlieg (early development)
#vergelijking limp development met regeneratie bij amfibieën
#technieken:
##reproductive cloning
##Morpholinos

===19/06/2015===
#Explain:
##apoptosis
##miRNA
##micropyle
#What role(s) does DNA methylation have on development? Illustrate with an example.
#Explain 'dosage compensation' in worms, flies and humans.
#Explain the anterior-posterior establishing in Drosophila.
#Explain:
##Transgenic mice
##microarray

===22/06/12===
#Begrippen
##micropyle
##hypoblast
##trophoblast
#Notch signalling pathway
#Sexdeterminatie bij Drosophila
#Metamorfose bij amfibieën
#Techieken:
##microarray
##gel mobility shift assay

===1 juli 2011 VM===
#Explain:
##Barr body
##Epiboly
##Nieuwkoop center
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe digit formation in tetrapods
#Describe the Hedgehog pathway and give an example
#Explain:
##In situ hybridization
##Morpholino oligomers

===24 juni 2011===
#leg kort uit:
##apoptose
##epiblast
##imaginal disc
#BMP signalling pathway + vb uit ontwikkeling
#Hox gene cluster in metazoa bespreken + rol in de evolutie en ontwikkeling uitleggen
#Sex determinatie bij de vlieg
#Volgende technieken uitleggen:
##RNAi
##reproductieve kloning

===juni 2010===
#Briefly explain:
##embryonic shield
##morfogenetic field
#P-granules
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe proves of digit formation in tetrapods
#Briefly explain the principle of following technical apllications
##Conditional Knock-out
##Enhancer trapping

===19 juni 2010===
#leg kort uit:
##epiboly
##microRNA
#mid-blastula transition
#invloed van omgevingsfactoren op ontwikkeling: leg uit een geef een voorbeeld
#vergelijk de specificatie en patterning van de dorso-ventrale as in fliegen en kikkers
#bespreek sex determination in drosophila melanogaster
#leg volgende technieken uit:
##transgene knock-out muizen
##morpholino oligomeren

Molecular and Developmental Animal Physiology

2018-01-24T20:03:53Z

Valerievandenbempt: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular and Develop - mental Animal Physiology

== Examenvragen ==
===23/06/2017 NM===
#Briefly explain: imaginal disc, polyphenism, gynandromorph
#Canonical Wnt pathway and it's role in early amphibian development.
#Role of Hox genes in metazoans
#Sex determination in mammals
#Explain: Morpholinos and micro array.

===23/06/2016 NM===
#Explain
##barr body
##hypoblast
##nieuwkoopcenter
#BMP signaling + example
#DV drosophila
#Compare limb development (tetrapoda) abd limb regeneration (amphibia)
#Explain techniques:
##reproductive cloning
##morfolines (extra question: why use morfolinos and not for example RNAi)

===17/06/2016 NM===
#Briefly explain
##Trophoblast
##Parasegments
##Micropyle
#Hedgehog signaling pathway + example in development
#DV axis in amphibians
#Sex differentiation in Drosophilas
#Briefly explain following technique
##In situ hybridisation
##RNA interference

===25/06/2015 NM===
#Explain:
##Embryonic Shield
##Hypoblast
##Polyfenisme
#Wnt singaling + voorbeeld
#Sex differentiatie bij drosophila
#Hox genen clusters bij metazoa uitleggen en vertellen waarom het belangrijk is in evolutie. Bijvraag: hoe zit dat bij vliegen?
#Technieken:
##conditionele knock-outs
##enhancer trapping

===25/06/2015 VM===
#Explain:
##Barr body
##Histoblast
##Nieuwkoop center
#Hedgehoc signalling pathway + voorbeeld
#Dorso-ventrale ontwikkeling in de vlieg (early development)
#vergelijking limp development met regeneratie bij amfibieën
#technieken:
##reproductive cloning
##Morpholinos

===19/06/2015===
#Explain:
##apoptosis
##miRNA
##micropyle
#What role(s) does DNA methylation have on development? Illustrate with an example.
#Explain 'dosage compensation' in worms, flies and humans.
#Explain the anterior-posterior establishing in Drosophila.
#Explain:
##Transgenic mice
##microarray

===22/06/12===
#Begrippen
##micropyle
##hypoblast
##trophoblast
#Notch signalling pathway
#Sexdeterminatie bij Drosophila
#Metamorfose bij amfibieën
#Techieken:
##microarray
##gel mobility shift assay

===1 juli 2011 VM===
#Explain:
##Barr body
##Epiboly
##Nieuwkoop center
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe digit formation in tetrapods
#Describe the Hedgehog pathway and give an example
#Explain:
##In situ hybridization
##Morpholino oligomers

===24 juni 2011===
#leg kort uit:
##apoptose
##epiblast
##imaginal disc
#BMP signalling pathway + vb uit ontwikkeling
#Hox gene cluster in metazoa bespreken + rol in de evolutie en ontwikkeling uitleggen
#Sex determinatie bij de vlieg
#Volgende technieken uitleggen:
##RNAi
##reproductieve kloning

===juni 2010===
#Briefly explain:
##embryonic shield
##morfogenetic field
#P-granules
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe proves of digit formation in tetrapods
#Briefly explain the principle of following technical apllications
##Conditional Knock-out
##Enhancer trapping

===19 juni 2010===
#leg kort uit:
##epiboly
##microRNA
#mid-blastula transition
#invloed van omgevingsfactoren op ontwikkeling: leg uit een geef een voorbeeld
#vergelijk de specificatie en patterning van de dorso-ventrale as in fliegen en kikkers
#bespreek sex determination in drosophila melanogaster
#leg volgende technieken uit:
##transgene knock-out muizen
##morpholino oligomeren

Molecular Cell Biology

2018-01-24T19:41:37Z

Valerievandenbempt: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Cell Biology

== Examenvragen ==
===11/06/2015 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende ATPases
#Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi's van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)
#Bespreek bloedantigenen
#Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)
#Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)
#Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)

===05/06/2015 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Bespreek de unfolded protein pathway
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)
Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)

===01/09/2014 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt)

====Bijvragen====
#Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)
#Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)
#Bespreek de unfolded proteïns pathway. (KDEL signaal e.d.)
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, => GLUT4 transporteert via gradiënt)
Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer => toevoegen na/k pomp, K-kanaal)

===06/06/2014 NM===
====Hoofdvragen===
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Vergelijk de ATPasen
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein & influenza HA)
#Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)
#Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie.
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)
Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)

===11/06/2012 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën
#Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek de post golgi proteolytische modificatie
#Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.
#Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER
#Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.
#Bespreek de verzuring van het maaglumen.

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Leg transport van proteïnen naar RER uit.
#Structuur cilia + beweging uitleggen.
#ATP-ase pompen bespreken.
#Uitleggen pract. trehalose.
====Bijvragen====
#Basolaterale - apicale sortering
#Post-golgimodificering van proteinen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden
#uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.
#Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?

===27/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Structuur cilia + beweging
#Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.
#Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?
====Bijvragen====
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?
#Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.
#Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?
#Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.

===20/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering
#Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===20/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de structuur en beweging van cilia
#Bespreek import van proteinen in mitochondriën
#Bespreek de verschillende ATPases
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten
====Bijvragen====
#Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit
#Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende klassen ATPasen
#Bespreek de werking van de cilia
#Practicum: Trehalase
====Bijvragen====
#Post-Golgi proteolytische processing
#Aanwijzingen voor cisternale progressie
#Apicale-basolaterale sortering
#Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten
#Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen
===10/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen
#Practicum: cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?

===14/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de structuur van cilia en hun beweging
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek
#Bespreek de bloedantigenen
#Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?

===10 juni 2010===
====Hoofdvragen====
#discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes
#Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)
#cAMP determination in function of the nutrients
====Bijvragen====
#discuss the AB0 system
#how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)
#discuss watertransportproteins
#discuss the dynamic behaviour of microtubulis
#how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica

===8/06/2010===
====Hoofdvragen====
#leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden
#bespreek alle soorten ATP pompen in membranen
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen
====Bijvragen====
#bespreek de post-golgi proteolytische processing
#bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#en nog drie andere...

===7/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op RER
#ATPase pompen bespreken
#Cilia: beweging en structuur
#cAMP - bepaling ifv omgeving
====Bijvragen====
#Post-golgi proteolytische processing
#Apicale - basolaterale sortering
#Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?
#N/C-terminus antilichamen, zie hieronder
#Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op ER
#ATPasen bespreken
#Beweging en structuur cilia
#cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Apicaal basolateraal proteïnen afleveren
#Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)
#ABO bloedgroepen
#Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus
#Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën
#die van die cilia
#Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.
#Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?
====Bijvragen====
#Die van unfolded protein response
#Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Die van symport-gefaciliteerde diffusie
#Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?

===17/062008===
====Hoofdvragen====
#bespreek ciliën en hun beweging
#bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen
#bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan
#practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?
====Bijvragen====
#Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen
#Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.
#bespreek glycosylatie in het ER
#Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===11 juni 2008===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen
#bespreek de verschillende typen ATPase pompen
#practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#bespreek motorproteïnen
#geef de "unfolded protein respons"
#weet ik ni meer
#hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt
een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

Neurobiology

2018-01-24T19:24:05Z

Valerievandenbempt: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Neurobiology

== Examenvragen ==
===1 September 2017===
#Bespreek horizontale localisatie van geluid. Hoe 360° 'beeld' vormen van van geluid? Geef enkele oplossingen.
#Artikel: woord uitleggen - motivatie geven en wat je geleerd hebt uit het artikel - in 5 punten (elk max. 2 regels) de highlights van je artikel noteren

===9 juni 2017===
#Wat zijn de 'waar' en 'wat' pathway van het visueel systeem? Bestaat er bij het auditief systeem een gelijkaardige opdeling?
#Voor de paper:
## zij kiest een woord dat je moet uitleggen.
##Waarom heb je deze paper gekozen en wat heb je hieruit geleerd?
##Geef de 5 belangrijkste bevindingen uit deze paper kort weer aan de hand van max 2 regels.

===20 juni 2016===
Je loopt en je moet een steen ontwijken, hoe doe je dit succesvol?

===17 juni 2016 VM===
#Tekening van het cerebellum (dezelfde als in de link als hier beneden). Welke structuren herken je? Wat is hun functie? Ook de details bespreken (tekening van handen, voeten en lippen op het cerebellum) en speculeren over wat deze zouden kunnen betekenen. Zelf figuren maken en pathways tekenen en dan bespreken.

===13 juni 2016 VM===
#Een patient meld zich aan en na de eerste onderzoeken blijkt hij blind te zijn in het linker hemiveld. Wat kan hier de oorzaak van zijn. Wat zou er mis kunnen zijn en hoe ga je dit testen? Gebruik tekeningen en schema's om de neurobiologische werking aan te tonen.

===6 juni 2016 NM===
#Tekening van het cerebellum (dezelfde als in de link als hier beneden).
##Welke structuren herken je?
##Wat is hun functie?
##Ook de details bespreken (tekening van handen, voeten en lippen op het cerebellum) en speculeren over wat deze zouden kunnen betekenen.
##Zelf figuren maken en pathways tekenen en dan bespreken.

===6 juni 2016 VM===
Bij visuele verwerking is er sprake van een "waar" en een "wat" pathway. Leg uit. Zou er sprake kunnen zijn van deze pathways bij auditieve verwerking? Geef argumenten voor en tegen.

===3 juni 2016===
Je loopt op een paadje en je moet een steen ontwijken. Hoe doe je dit succesvol?

===22 juni 2015===
Je rijdt met de fiets op een paadje en je moet een steen ontwijken. Hoe doe je dit succesvol? (ook zoveel mogelijk tekeningen/schema's geven)

===19 juni 2015===
Na enkele testen bemerk je dat een patient blind is aan zijn linker hemiveld. Geef de ziektebleeden aan wat dit kan liggen en geef ook extra testen om dit te bewijzen. Verduidelijk met tekeningen. (antwoord kort: lesie ACHTER optisch chiasma in de R optic tract, probleem in de RECHTER LGN, probleem in de V1, probleem met de dorsale en ventrale stromen (wat en waar pathways=> MT,MST,IT..) omdat de patient misschien wel functioneel ziet maar niet begrijpt wat hij ziet, probleem in de PPA=> Neglect syndroom. Hoe testen? probe in de hersenen is te invasief, beter fMRI doen + Neglect syndroom: tekeningetje laten maken)

===6 juni 2015 (nm)===
Zelfde als hieronder (23 juni 2014)

===23 juni 2014 (nm)===
Bij visuele verwerking is er sprake van een "waar" en een "wat" pathway. Leg uit. Zou er sprake kunnen zijn van deze pathways bij auditieve verwerking? Geef argumenten voor en tegen.

===6 juni 2014 (nm)===
De volgende tekening was gegeven (zie link) zonder enige uitleg. Ze vroeg welke structuren je herkende, of je enkele details kon verduidelijken, er een legende bijschrijven en je antwoord staven met tekeningen. (Het was blijkbaar het cerebellum en het mee redeneren was het belangrijkst, ook al kende je het antwoord totaal niet.)

http://www.nature.com/nrn/journal/v5/n3/fig_tab/nrn1347_F5.html

===24 juni 2013 (vm)===
Welke invloed denk je dat topsport kan hebben op de hersenen?

===10 juni 2013 (vm)===
--> zie 11 juni 2012

===11 juni 2012 (nm)===
Wat zou een oorzaak kunnen zijn van het ziektebeeld waar de patiënt snelle en ongewilde, maar gecoördineerde bewegingen maakt van de ledematen, hoofd en romp? Geef zoveel mogelijk tekeningen/schema's om uw antwoord te staven. Kan je een voorbeeld geven?

===11 juni 2012 (vm)===
Figuurke van in 1943 en een tweede van 1944 van een (bovenaanzicht? van een) cerebellum waarop een omgekeerd manneke staat en op het tweede datzelfde manneke, maar 'onderaan' links en rechts een embryo.

(de vraag die hieronder staat is wat ze ongeveer vroeg, maar niet helemaal correct)

Wat betekent deze figuur volgens u? Wa is de functionele achtergrond? Geef alle functie-anatomie links die hier iets mee te maken hebben en bespreek in detail. (het had te maken met proprioceptie (en geheugensporen)==> laatste slides met figuurkes uit hoofdstuk 24 of 25). Zijn er meerdere kopies/gelijkaardige lagen/...? Wat zijn de voordelen, wat zijn de nadelen?

===24 juni VM===
Je fietst in het bos en plots moet je een grote steen ontwijken. Bespreek waarom je dit met succes kan doen. Welke neuronale circuits zijn hierbij betrokken?
27 juni 2011 (vm)Edit
Een fMRI werd toegepast op 3 patiënten na het toepassen van een visuele stimulus. De metingen werden gedaan in de contralaterale hemisfeer.
Patiënt 1: V1 actief, IT actief, PPA niet actief
Patiënt 2: V1 actief, IT actief, PPA actief
Patiënt 3: V1 niet actief, IT niet actief, PPA niet actief
Bespreek mogelijke ziektebeelden. Wat weet je van de betrokken hersenregio's? Kun je met deze gegevens iets zeggen over de eigenschappen van de stimulus? Vond de stimulus links of rechts plaats?

===16 juni 2011===
De thalamus is het schakelstation voor sensorische informatie op weg naar de cortex. Juist of onjuist, bespreek en staaf je antwoord met voorbeelden/schema's.
24 juni 2009Edit
Blindheid: 1 visueel hemifield en unilateraal neglect syndroom. Hoe kun je bepalen wat je patiënt heeft? Beschrijf beide fenomenen?
En beschrijf alle betrokken hersenpathways in detail.

===13 juni 2008===
Beschrijf de effecten van een unilateraal letsel in de visuele cortex. Bespreek of de grootte van de lesie belang heeft. Vergelijk met een unilateraal letsel in het auditief systeem.
Artikel