Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Electrochemical Methods in Inorganic Chemistry

2019-01-14T16:35:24Z

Xana.schoubben: /* 14 januari 2019 VM, */

[[Categorie:Machemie]]
==Examenvragen==

===14 januari 2019 VM, verschillende reeksen===
#Bespreking van volgende begrippen (2,5 punten per term):
#*Methods to determine quality of SAM
#*The liquid potential junction and ISEs
#*How resistance effects cell time constant
#*Nickel Deposition
#*Crevice Corrosion
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig (7,5 punten):
#*The I-t plot for spherical diffusion, how concentration changes with time and start point of equation derivation.
#*Kinetic control. What does the Tafel plot mean? Explain the Buttler-Volmer equation, start of equation derivation.
Oral section - E-M read written answers and asked for brief explanation if a key term was missing.

#Bespreking van volgende begrippen:
#*Tin deposition baths and their properties
#*Methods to determine the quality of SAM
#*Solid-based ion selective electrode for FET
#*Pitting corrosion
#*The rotating disc electrode
#Kies 1 van de 2 vragen en bespreek uitvoerig
#*UME's
#*Kinetic control: Explain E-I plot and concentration behaviour for very low and moderately low overpotential (Butler-Volmer and Tafel plot etc.)

===23 januari 2018 VM, verschillende reeksen===
#Bespreking van volgende begrippen:
#*ISE gebaseerd op hydrofobisch membraan
#*electrochemical impedance spectroscopy
#*transport number en transport in de bulk
#*initial stadia of electrodeposition on a foreign substrate
#*electrical double layer
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig:
#*crevice corrosion uitleggen,hoe het ontstaan en wat de gevolgen zijn
#*de I-t plot voor difussion controlled reaction met een planaire elektrode

#Begrippen:
#*Electrodeposition baths Sn and properties
#*Electrotechnique to quantivy stabiliy sams
#*Solid based ion selective electrodes at ftr
#*Pitting corrosion
#*Rotating disk electrode
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig:
#*CvmV of i-t met Ume

===15 januari 2018 VM, verschillende reeksen===
#Bespreking van volgende termen
#*Electroplating baths van Ni deposities
#*Pitting corrosion
#*Rotating Disk Electrode
#*Ion selective electrode bij FETs
#*Electrochemische methode om stabiliteit van SAMs te quantificeren
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig
#*Wat is cyclic voltammetry. Leg procedure uit van meting. Wat is de beperking van deze techniek? Wat verandert er met de scan rate etc.
#*UMEs: hemispherical diffusion. Wat is het startpunt voor de afleiding etc.

#Bespreking van volgende termen:
#*square wave voltammetry
#*mass transport controlled reactions
#*copper deposition in chips
#*double layer en charging current
#*crevice corrosion
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig:
#*UME's uitleggen
#*I-t plot spherical diffusion. startpunt van afleiding uitleggen, hoe evolueert diffusielaag over tijd

#Bespreking van volgende termen:
#*Damascene proces
#*Electrocatalysis
#*Transport number en transport in bulk
#*soorten ISE's
#*duck-shaped curve in reversibele processen
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig:
#*I-t plot bij sferische diffusie
#*Butler volmer en tafel plot bij kinetische controle

===20 januari 2017 VM, verschillende reeksen===
#Bespreking van volgende termen
#*Liquid junction ISE with hydrophobic membrane
#*Electrochemical Impedance Spectroscopy
#*the initial step for electrodeposition
#*Current through bulk and transport number ti
#*Electrical double layer
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig
#*I-t plot for planar diffusion. What is the behaviour of the concentration near the electrode over time? What is the starting point for the Cottrell equation?
#*Crevice corrosion volledig uitleggen

#Bespreking van volgende termen
#*UME, geef voor- en nadelen
#*Chrono-amperometrie
#*Nernst-Planck vergelijking. Waardoor wordt het transport in de bulk gekenmerkt?
#*Evans diagram uitleggen
#*tertiaire current distribution
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig
#*I-t plot for spherical diffusion. What is the behaviour of the concentration near the electrode? What is the starting point for the Cottrell equation?
#*Bespreek de tafel-plot

===15 januari 2014 VM===
#Bespreking van volgende termen
#*Damascene process and influence of additives
#*Tafel plot
#*Types of ion selective electrodes
#*Electrocatalysis
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig
#*E-I plot for spherical diffusion
#*Cyclic Voltammetry

===14 januari 2013 NM, verschillende reeksen===
#Enkele termen kort bespreken (2,5 punten per term)
#*Explain what happens when the energy barrier is shifted. Explain α?
#*Nernst-Planck and explain the transport of current in the bulk.
#*Cell time constant
#*tertiary current density
#*chrono-amperometry of an electrodeposition
#Twee vragen waaruit je er een moet kiezen om uitgebreid te bespreken (7,5 punten)
#*What does the Tafel plot mean? Explain the Buttler-Volmer equation. Where does it come from? (en nog wat dingen)
#*Explain the E-I plot following a potential step under diffusion control for a spherical electrode. What is the behaviour of the concentration near the electrode over time? What is the starting point for the Cottrell equation? Give the current vs time equation and where does it come from?

#Enkele termen kort bespreken (2,5 punten per term)
#*Electrodeposition from ionic liquids
#*Thin layer cell
#*Current decay profile from the relationship of Shoup and Szabo
#*Electrocatalytic reactions
#*Underpotential deposition
#Twee vragen waaruit je er een moet kiezen om uitgebreid te bespreken (7,5 punten)
#*Kinetic control. What does the Tafel plot mean? Explain the Buttler-Volmer equation. Where does it come from?
#*Mass diffusion control. Explain the E-I plot following a potential step under diffusion control for a planar electrode. What is the behaviour of the concentration near the electrode over time? What is the starting point for the Cottrell equation?

#Enkele termen kort bespreken (2,5 punten per term)
#*Liquid junction ISE with hydrophobic membrane
#*Electrochemical Impedance Spectroscopy
#*Additive effect
#*Current through bulk and transport number
#*Electrical double layer
#Twee vragen waaruit je er een moet kiezen om uitgebreid te bespreken (7,5 punten)
#*Waardoor is het begin van een elektrodepositie gekenmerkt? Bespreek de verschillende modes van dit initiële proces. Hoe wordt elektrodepositie herkend in een CV.
#*Bespreek chrono-amperometrisch plot voor een potential step voor een elektrodepositie/nucleatieproces.

Electrochemical Methods in Inorganic Chemistry

2019-01-14T16:33:17Z

Xana.schoubben: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]
==Examenvragen==

===14 januari 2019 VM,===
#Bespreking van volgende begrippen (2,5 punten per term):
#*Methods to determine quality of SAM
#*The liquid potential junction and ISEs
#*How resistance effects cell time constant
#*Nickel Deposition
#*Crevice Corrosion
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig (7,5 punten):
#*The I-t plot for spherical diffusion, how concentration changes with time and start point of equation derivation.
#*Kinetic control. What does the Tafel plot mean? Explain the Buttler-Volmer equation, start of equation derivation.
Oral section - E-M read written answers and asked for brief explanation if a key term was missing.

#Bespreking van volgende begrippen:
#*Tin deposition baths and their properties
#*Methods to determine the quality of SAM
#*Solid-based ion selective electrode for FET
#*Pitting corrosion
#*The rotating disc electrode
#Kies 1 van de 2 vragen en bespreek uitvoerig
#*UME's
#*Kinetic control: Explain E-I plot and concentration behaviour for very low and moderately low overpotential (Butler-Volmer and Tafel plot etc.)

===23 januari 2018 VM, verschillende reeksen===
#Bespreking van volgende begrippen:
#*ISE gebaseerd op hydrofobisch membraan
#*electrochemical impedance spectroscopy
#*transport number en transport in de bulk
#*initial stadia of electrodeposition on a foreign substrate
#*electrical double layer
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig:
#*crevice corrosion uitleggen,hoe het ontstaan en wat de gevolgen zijn
#*de I-t plot voor difussion controlled reaction met een planaire elektrode

#Begrippen:
#*Electrodeposition baths Sn and properties
#*Electrotechnique to quantivy stabiliy sams
#*Solid based ion selective electrodes at ftr
#*Pitting corrosion
#*Rotating disk electrode
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig:
#*CvmV of i-t met Ume

===15 januari 2018 VM, verschillende reeksen===
#Bespreking van volgende termen
#*Electroplating baths van Ni deposities
#*Pitting corrosion
#*Rotating Disk Electrode
#*Ion selective electrode bij FETs
#*Electrochemische methode om stabiliteit van SAMs te quantificeren
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig
#*Wat is cyclic voltammetry. Leg procedure uit van meting. Wat is de beperking van deze techniek? Wat verandert er met de scan rate etc.
#*UMEs: hemispherical diffusion. Wat is het startpunt voor de afleiding etc.

#Bespreking van volgende termen:
#*square wave voltammetry
#*mass transport controlled reactions
#*copper deposition in chips
#*double layer en charging current
#*crevice corrosion
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig:
#*UME's uitleggen
#*I-t plot spherical diffusion. startpunt van afleiding uitleggen, hoe evolueert diffusielaag over tijd

#Bespreking van volgende termen:
#*Damascene proces
#*Electrocatalysis
#*Transport number en transport in bulk
#*soorten ISE's
#*duck-shaped curve in reversibele processen
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig:
#*I-t plot bij sferische diffusie
#*Butler volmer en tafel plot bij kinetische controle

===20 januari 2017 VM, verschillende reeksen===
#Bespreking van volgende termen
#*Liquid junction ISE with hydrophobic membrane
#*Electrochemical Impedance Spectroscopy
#*the initial step for electrodeposition
#*Current through bulk and transport number ti
#*Electrical double layer
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig
#*I-t plot for planar diffusion. What is the behaviour of the concentration near the electrode over time? What is the starting point for the Cottrell equation?
#*Crevice corrosion volledig uitleggen

#Bespreking van volgende termen
#*UME, geef voor- en nadelen
#*Chrono-amperometrie
#*Nernst-Planck vergelijking. Waardoor wordt het transport in de bulk gekenmerkt?
#*Evans diagram uitleggen
#*tertiaire current distribution
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig
#*I-t plot for spherical diffusion. What is the behaviour of the concentration near the electrode? What is the starting point for the Cottrell equation?
#*Bespreek de tafel-plot

===15 januari 2014 VM===
#Bespreking van volgende termen
#*Damascene process and influence of additives
#*Tafel plot
#*Types of ion selective electrodes
#*Electrocatalysis
#Kies 1 van 2 vragen en bespreek uitvoerig
#*E-I plot for spherical diffusion
#*Cyclic Voltammetry

===14 januari 2013 NM, verschillende reeksen===
#Enkele termen kort bespreken (2,5 punten per term)
#*Explain what happens when the energy barrier is shifted. Explain α?
#*Nernst-Planck and explain the transport of current in the bulk.
#*Cell time constant
#*tertiary current density
#*chrono-amperometry of an electrodeposition
#Twee vragen waaruit je er een moet kiezen om uitgebreid te bespreken (7,5 punten)
#*What does the Tafel plot mean? Explain the Buttler-Volmer equation. Where does it come from? (en nog wat dingen)
#*Explain the E-I plot following a potential step under diffusion control for a spherical electrode. What is the behaviour of the concentration near the electrode over time? What is the starting point for the Cottrell equation? Give the current vs time equation and where does it come from?

#Enkele termen kort bespreken (2,5 punten per term)
#*Electrodeposition from ionic liquids
#*Thin layer cell
#*Current decay profile from the relationship of Shoup and Szabo
#*Electrocatalytic reactions
#*Underpotential deposition
#Twee vragen waaruit je er een moet kiezen om uitgebreid te bespreken (7,5 punten)
#*Kinetic control. What does the Tafel plot mean? Explain the Buttler-Volmer equation. Where does it come from?
#*Mass diffusion control. Explain the E-I plot following a potential step under diffusion control for a planar electrode. What is the behaviour of the concentration near the electrode over time? What is the starting point for the Cottrell equation?

#Enkele termen kort bespreken (2,5 punten per term)
#*Liquid junction ISE with hydrophobic membrane
#*Electrochemical Impedance Spectroscopy
#*Additive effect
#*Current through bulk and transport number
#*Electrical double layer
#Twee vragen waaruit je er een moet kiezen om uitgebreid te bespreken (7,5 punten)
#*Waardoor is het begin van een elektrodepositie gekenmerkt? Bespreek de verschillende modes van dit initiële proces. Hoe wordt elektrodepositie herkend in een CV.
#*Bespreek chrono-amperometrisch plot voor een potential step voor een elektrodepositie/nucleatieproces.

Chemistry and Characterisation of Surfaces and Thin Films

2019-01-11T16:10:32Z

Xana.schoubben: /* 11 januari 2019 */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
De lessen thin films wordt gegeven door Prof Stefan De gendt, prof Annelies Delabie en enkele gastsprekers van Imec. In het vak worden verschillende technieken gezien voor het prodeceren en analyseren van geleiders en halfgeleiders. De evaluatie van dit vak staat voor 50% op een paper die geschreven moet worden en een korte presentatie over deze paper die moet gegeven worden tijdens het examen. De andere 50% staat op een openboek examen.

==Examenvragen==
===11 januari 2019 VM===
#A figure is given about the SAM formation mechanism. Discuss every step and explain in detail all the interactions and processes that take place in the different steps.

===12 januari 2018===
#There's a difference between the surface preparation of substrates for ALD and epitaxy. Explain why.

===2017: voorbeeld examenvragen gegeven door de Prof===
#Lesson 1-2
#*How can we construct a biosensor starting from a nanopore transducer element. What are the required steps.
#*By performing an antibody immobilization experiment on both, SPR or QCM, significant different values expressed in ng/cm2 were obtained. What can be a possible reason for this.
#Lesson 3
#*Explain from an electron energy point of view the mechanism of current flow in a galvanic cell.
#*Discuss the pH dependence in water electrolysis and its relation to electrochemical processing.
#Lesson 4
#*If given the choice between XPS and TOFSIMS for an analytical problem, when whould you certainly (not) choose XPS (or TOFSIMS)? Justify your answer.
#*Why is the addition of an in-situ AFM inside a TOFSIMS instrument a very interesting add-on and what would be the limitations?
#Lesson 5
#*Explain the dynamics of the oxidation process 'Deal Grove model). Why is there a dependency on the Si crystal orientation and the type of oxidizing species.
#*Explain why for a cleaning process there is a pH dependency for metal contamination cleaning and for particulate contamination cleaning.
#Lesson 6
#*Can you explain how bottom up approaches can enable further scaling in nano-electronic devices and discuss one example in more detail.
#*Explain the kinetics of SAM formation and why can they follow or deviate from the Langmuir growth law.
#Lesson 7
#*How does the process control of a CVD process change when the temperature increases?
#*Silicon oxide is used as dielectric to isolate Cu metal lines. How can the dielectric constant of the insulator be reduced?
#Lesson 8
#*ALD gives conformal films and growth control at the atomic level. Explain how this results from the ALD growth principle.
#*How has ALD contributed to innovations in CMOS technology.
#*Explain why surface preparation is needed for ALD of high-k-dielectric layers.

Chemistry and Characterisation of Surfaces and Thin Films

2019-01-11T16:09:50Z

Xana.schoubben: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
De lessen thin films wordt gegeven door Prof Stefan De gendt, prof Annelies Delabie en enkele gastsprekers van Imec. In het vak worden verschillende technieken gezien voor het prodeceren en analyseren van geleiders en halfgeleiders. De evaluatie van dit vak staat voor 50% op een paper die geschreven moet worden en een korte presentatie over deze paper die moet gegeven worden tijdens het examen. De andere 50% staat op een openboek examen.

==Examenvragen==
===11 januari 2019===
#A figure is given about the SAM formation mechanism. Discuss every step and explain in detail all the interactions and processes that take place in the different steps.
===12 januari 2018===
#There's a difference between the surface preparation of substrates for ALD and epitaxy. Explain why.

===2017: voorbeeld examenvragen gegeven door de Prof===
#Lesson 1-2
#*How can we construct a biosensor starting from a nanopore transducer element. What are the required steps.
#*By performing an antibody immobilization experiment on both, SPR or QCM, significant different values expressed in ng/cm2 were obtained. What can be a possible reason for this.
#Lesson 3
#*Explain from an electron energy point of view the mechanism of current flow in a galvanic cell.
#*Discuss the pH dependence in water electrolysis and its relation to electrochemical processing.
#Lesson 4
#*If given the choice between XPS and TOFSIMS for an analytical problem, when whould you certainly (not) choose XPS (or TOFSIMS)? Justify your answer.
#*Why is the addition of an in-situ AFM inside a TOFSIMS instrument a very interesting add-on and what would be the limitations?
#Lesson 5
#*Explain the dynamics of the oxidation process 'Deal Grove model). Why is there a dependency on the Si crystal orientation and the type of oxidizing species.
#*Explain why for a cleaning process there is a pH dependency for metal contamination cleaning and for particulate contamination cleaning.
#Lesson 6
#*Can you explain how bottom up approaches can enable further scaling in nano-electronic devices and discuss one example in more detail.
#*Explain the kinetics of SAM formation and why can they follow or deviate from the Langmuir growth law.
#Lesson 7
#*How does the process control of a CVD process change when the temperature increases?
#*Silicon oxide is used as dielectric to isolate Cu metal lines. How can the dielectric constant of the insulator be reduced?
#Lesson 8
#*ALD gives conformal films and growth control at the atomic level. Explain how this results from the ALD growth principle.
#*How has ALD contributed to innovations in CMOS technology.
#*Explain why surface preparation is needed for ALD of high-k-dielectric layers.

Polymer Sciences: from Synthesis to Polymer Material

2018-01-31T13:25:21Z

Xana.schoubben: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
Gedoceerd door Professor Nies en Professor Koeckelberghs. Lessen zijn altijd in het Engels. De verdeling is 2/3 op het deel van Nies en 1/3 op het deel van Koeckelberghs. Bij Nies zijn er ook verplichte assignments tijdens het jaar, die meetellen voor een fractie 4/(12-N) van de punten van zijn deel (met N aantal assignments, doorgaans 2). Nies zijn examen is gesloten boek en er moet maar één vraag bij hem mondeling besproken worden (deze wordt op voorhand aangeduid). Bij Koeckelberghs zijn alle vragen mondeling te bespreken.

==Examenvragen==
===31 januari 2018===
====Prof. Koeckelberghs====
#Anionic versus cationic ring opening polymerization:
#*monomeer
#*intiator
#*general polymerization mechanism
#*termination + transfer
#*ceiling temperature
#Influence of the molecular structure of vinyl monomers on possibility to polymerize. Correlate the molecular structure with:
#*the way monomers can be polymerized
#*rate of polymerization
#*retardation + inhibition
#Influence of conversion on molar mass in step growth polymerization

====Prof. Nies====
#Formula growth rate given (case 3 eq. 1.28)
#*discuss the origin of the exponential facors and the front factor in the given equation.
#*discuss dependence of the growth rate on the size of the crystal at a chosen crystallization temperature. Make a schematic plot of the predicted growth rate versus the crystal size for the chosen crystallization temperature.
#*what are the consequences for the predicted growth rate for crystallization behaviour at a particular crystallization temperature?
#Figure volume relaxation (case 2 figure 27)
#Rubbers
#*Define an ideal rubber
#*Derive expression for deltaG = G(deformed) - G(undeformed)
Expressions for the squared end-to-end distance for FJC and P(R)dR are given
===25 januari 2018===
====Prof. Koeckelberghs====
#ceiling temperature vergelijken bij vinyl polymerization en ring opening polymerization + kleine bijvragen daarover
#controlled radical polymerization (NMP en ATRP)
#living cationic polymerization

====Prof. Nies====
#grafiek spinodal, binodal (die met Berghman's point) toegepast op PDLC, vorming van PDLC uitleggen aan de hand van grafiek
#physical ageing
#avrami plot

===19 januari 2018===
====Prof. Koeckelberghs====
#anionic, cationic en radical vinyl polymerisation vergelijken ivm monomeren, terminatie en mogelijkheid tot controlled/living
#step growth en chain growth vergelijken en hoe ge kunt bepalen wanneer ge wa hebt
#ROMP uitleggen

====Prof. Nies====
#taak bespreken (mondeling)
#Gibs-Thomson-Tammann afleiden voor lamellar crystal, vergelijking voor Gibbs fusie is gegeven
#spinodal en critical condition geven + afleiden helemaal en berekenen wat de critische waarden zijn voor 'chi' en 'fi-2', vergelijking Gibbs gegeven
Huggings formule gegeven (niet in boek) is een uitbreiding van Flory-huggings vergelijking, wanneer zijn die aan elkaar gelijk en wat is de betekenis dan

===15 januari 2018===
====Prof. Koeckelberghs====
#living/controlled polymerization: definitie + uitleggen. Hoe kunt ge dat experimenteel kunt nagaan. Principe uitleggen hoe ge van free radical polymerization naar controlled polymerization gaat.
#De invloed van de moleculaire structuur van vinyl polymeren op polymerisatie en op de polymerisation rate en dan ook nog op inhibitie en retardatie
#bespreek emulsion polymerization

====Prof. Nies====
#Bespreek uw taak: gewoon uw taak uitleggen aan Nies (mondelinge vraag)
#plot van volumeverandering i.f.v. de tijd (case2-figuur 25) gegeven, bespreek ... (physical ageing)
#afleiding voor de Thomson-Tammann smelttemperatuur van een eindig sfeer kristal, met de fusie Gibbs vrij energie van een oneindig groot kristal gegeven

===25 augustus 2017===
====Prof. Koeckelberghs====
#Vergelijk anionische ring opening polymerizatie met kationische ring opening polymerizatie op vlak van
#*monomeer
#*intiator
#*mechanisme
#*terminatie/recombinatie
#*ceiling temperature
#Lewis Mayo en die R ratio's daar in. Welke dingen invloed daar op hebben en hoe + voorbeeld
#Welk invloed heeft de vorderingsgraad op molaire massa in step growth polymerizatie?

====Prof. Nies====
#(mondelinge vraag) bespreek grafiek en waarom dat dit gebeurt (uitleggen op moleculair niveau), grafiek van physical ageing
#Afleiding van hoofdstuk 4 Gibbs vrije energie wanneer een ideaal rubber deformatie ondergaat
#vanalles van UCST en LCST, iets vaags.

===20 januari 2017===
====Prof. Koeckelberghs====
#Anionische, kationische en frp uitleggen obv monomeer, terminatie en hoe ge het levend kunt maken
#Step growth en chain growth
#Ringopening methatese

====Prof. Nies====
Vraag 1:
#Wat is de definitie van een FRC?
#Bij welke condities is de FRC gelijk aan de FJC
#Bereken Lk en Nk voor de limiet van een enorm lange FRC (<R2>frc gegeven)
#Leidt een vergelijking af voor de mean squared end-to-end distance van een ideaal lineair diblock copolymeer bestaande uit Nk1 Kuhn monomeren met lengte lk dat vasthangt via 1 einde aan Nk2 Kuhn monomeren met lengte lk2
Vraag 2:
#Mengsel van PS in methylcyclohexaan (Mw = 355kg/mol)
Bij T=350K bestaat het mengsel uit 1 homogene vloeibare fase. Deze T is 6K boven de flory T. Polymeer volume fractie in de homogene fase is O,2
Bij T=335K: twee vloeibare fases, de polymeer volume fracties van de coexistant fases zijn 0,003 en 0,435
In de compositie range {0,002-0,044} en {0,336-0,435} is de structuur van de initiele fase scheiding kleine druppels in een matrix fase
#*Schets het verloop van delta Gmix ifv de volledige compositierange bij T=333K
#*Duid de points of interest in deze curve aan en leg ze uit.
#*Leg tot he point uit waarom je vraag a zo geschetst hebt
#*Wat zal de morfologie zijn in de initiële fase van scheiding?

===19 Januari 2017===
====Prof. Koekcelberghs====
#Vergelijken ven anionische en kationische ringopeningpolymerisatie op vlak van
#*Initiatie/Initiatoren
#*Terminatie/transfer
#*Mechanisme
#*Mogelijke monomeren
#*Ceiling temperature
#Geef de factoren die een copolymerisatie beïnvloeden
#Geef de invloed van de conversie bij een step-growth polymerisatie

====Prof. Nies====
#Vraag 1: bespreek je taak helemaal (mondeling)
#Vraag 2: Leid het verschil in Gibbs vrije energie voor een vervormd en onvervormd ideaal rubber af. End-to-end distance van een ideaal rubber en de Gaussische distributie zijn gegeven.
#Vraag 3: Gegeven een stelling die zegt dat er een closed-gap miscibility gap plaatsvindt, met een formule voor chi in functie van T. 2 kritische waarden voor de temperatuur zijn gegeven. De vraag is: kan deze stelling kloppen?

===16 januari 2017===
====Prof. Koeckelberghs====
#living/controlled polymerization: definitie + uitleggen. Hoe kunt ge dat experimenteel kunt nagaan. Principe uitleggen hoe ge van free radical polymerization naar controlled polymerization gaat.
#De invloed van de moleculaire structuur van vinyl polymeren op polymerisatie en op de polymerisation rate en dan ook nog op inhibitie en retardatie
#bespreek emulsion polymerization

====Prof. Nies====
#Bespreek uw taak: gewoon uw taak uitleggen aan Nies (mondelinge vraag)
#zie theoretical questions doc case 3 vraag 13, maar alleen de excess Gibbs energy en de chemical potentials waren gegeven
#Vraag 3:
#*thermodynamische uitdrukking voor spinodal en critical conditions afleiden.
#*zie theoretical questions doc case 2 vraag 4 en de uitdrukking voor de Gibbs energy is gegeven
#*de verbeterde Huggins uitdrukking voor de Gibbs energy is gegeven en daarvoor de enthalipsche en entropische bijdragen bepalen.
#*De FH uitdrukking is een speciaal geval van de Huggins uitdrukking: bepaal de conditie van y waarvoor dit geld + geef de fysische betekenis van die conditie

===14 januari 2016===
====Prof. Koeckelberghs====
#Vergelijk chemisch geïnitieerde FRP en ATR op vlak van:
#*Algemeen protocol
#*Snelheidsvergelijkingen
#*Invloed van de moleculaire structuur op de snelheid van polymerisatie
#Leg uit: step growth en chain growth polymerisatie. Hoe kan je experimenteel onderscheid maken tussen beide?
#Leg kort uit: Ziegler-Nattakatalysator

====Prof. Nies====
#Gegeven: Tg in functie van cooling rate. Verklaar de moleculaire oorsprong van dit fenomeen. (oral)
#*Mondelinge bijvraag: wat bepaalt, naast de kinetische energie, ook mee het vrije volume?
#Leid een formule af voor het smeltpunt van een eindig sferisch kristal.
#Vrije energie van mengen volgens Flory-Huggins gegeven:
#*Wat zijn de spinodale en kristische voorwaarden?
#*Geef de betekenis en eenheiden van elke parameter in de vergelijking.
#*Geef een concrete uitdrukking voor de kritische en spinodale voorwaarden afgeleid uit de bovenstaande vergelijking.
#*Geef een concrete uitdrukking voor de kritische phi en chi.
#*Gegeven een uitgebreide variant van de vergelijking van Flory en Huggins. Wat zijn de enthalpische en entropische bijdragen?
#*De oorspronkelijke formule van Flory en Huggins is een bijzonder geval van de bovenstaande vergelijking. Onder welke voorwaarde is dit en waarmee komt dit fysisch overeen?

===11 januari 2016===
====Prof. Koeckelberghs====
#Define living/controlled polymerisation. Hoe neem je dit experimenteel waar? Hoe maak je free radical controlled?
#Wat is de invloed van moleculaire structuur van monomeer op manier vinylpolymerisatie, snelheid en retardation/inhibition?
#Bespreek emulsiepolymerisatie.

====Prof. Nies====
#Case 2, figuur 27 uitleggen (specifiek volume in functie van tijd) (oral)
#Leid Gibbs Thomson uitdrukking af voor smelttemperatuur van sferisch kristal.
#Uitdrukking s^2 en massacentrum gegeven:
#*Leid average radius of gyration af met alles massa's = m.
#*Toon aan dat average radius of gyration = lb^2 (N+1)(N-1)/6N als i=1,2,3,...,N-1.
#*Veranderen de uitdrukking als er interacties zijn tussen de massa's met Lennard Jones interactie potentiaal?

===24 januari 2013===
====Prof. Koeckelberghs====
#Discuss the ceiling temperature and apply it on both the vinyl polymerization and ring opening polymerization. Is the ceiling temperature of a particular monomer dependent on the way it's polymerized?
Is it possible that a particular monomer, of which the ceiling temperature is such that only low-molar mass oligomers can be obtained via a living anionic polymerization at a certain temperature, can be polymerized into high-molar mass polymer using a free radical polymerization at the same temperature? Motivate your anwer.
#Explain the principle of a controlled radical polymerization and apply it on NMP and ATRP.
#Discuss briefly the living cationic vinyl polymerization.
====Prof. Nies====
Zie onderstaande afbeelding.
[
#Assignment 1 (oral)
#The free rotating chain (FRC) consists of N bonding vectors li, i=1,...,N with constant bond length |li| = lb and constant bond angles Ï´ii+1=Ï´, i=1,...,N between the successive bonding vectors. The average quadratic end-to-end distance <RÂ²>, valid for all physically sensible values of N, lb and Ï´, is given by [[Bestand:R-FRC.JPG]]
#*Show that the average quadratic end-to-end distance <RÂ²> of the FRC chain with very small bond angles also can be written in the Kratky-Porod chain form: <RÂ²> = 2lpL-2lpÂ²(1-exp(-L/lp),
with lp=lbL/(1-cosÏ´) the perstistence length and L the contour length.
#Derive from the general thermodynamic equilibrium conditions the melting point of a polymer crystal in equilibrium with a solution of the polymer.
For the polymer solution you can use the Flory-Huggins excess Gibbs-energy of mixing.
[[Bestand:G(mix).JPG]]

The chemical potentials of the components are given by:
[[Bestand:Chempot.JPG]] ]

[[Bestand:240113nies.png]]

===18 januari 2013===
====Prof. Koeckelberghs====
#Compare chemically initiated free radical polymerization and ATRP, for the following aspects:
#*general concept
#*rate of polymerization
#*influence of molecule structure on polymerization rate
#Discuss the differences in mechanism of chain growth and step growth polymerization. How can one investigate which type of polymerization he is dealing with?
#Explain briefly: Ziegler-Natta catalyst
====Prof. Nies====
#Discussion of assignment 1 (oral)

Zie onderstaande afbeelding.

#The expression of average squared end-to-end distance of the Kratky-Porod chain is given: <RÂ²> = 2lpL - 2lpÂ²(1-exp(-L/lp)
#*Derive expressions for the Kuhn segment length and the number of Kuhn segments for this chain.
#*Discuss your results. For instance, did you make any assumptions? Mention them explicitly.
#The excess Gibbs ebergy of mixing in the Flory-Huggins model is given: Î”G/NlkT = Î”g/kT = (Ï†1/s1)lnÏ†1 + (Ï†2/s2)lnÏ†2 + Ï‡Ï†1Ï†2
#*Derive expressions for the spinodal and critical conditions.
#*Derive from these expressions the formulae for the critical composition Ï†2,cr and critical value of Ï‡.
#*What is the relevance of the spinodal for material behaviour?
[[Bestand:180113nies.png]]

===20 januari 2012===
====Professor Nies====
#Gegeven een fase-diagram uit Case II. Wat gebeurt er als er vanuit punt A (dat links van de critical point lag):
#* traag wordt afgekoeld
#* wordt gequenched (1000K/min)
#* Hoe ziet de oplossing er na koelen uit voor beide gevallen
#5 begrippen uitleggen:
#*Thermo-elastische inversie
#*Physical ageing
#*Second order transition
#*Effective pair potential
#*Nucleation & growth
#Leidt de spinodal en critical conditions af en ook de waarden voor Fi(2,crit) en Chi(krit).

====Professor Koeckelberghs====
#Wat is de ceiling temperatuur en correleer dit met vinylpolymerisatie en Ring opening polymerisatie. Is de ceiling temperatuur afhankelijk van hoe we polymeriseren? Stel we polymeriseren via een living anionische polymerisatie. Het monomeer heeft een lage ceiling temperatuur, wat ervoor zorgt dat er geen lange polymeerketens worden gevormd. Kan men dan langere ketens verkrijgen als men bij dezelfde temperatuur via een radicale polymerisatie polymeriseert?
#M1 en M2 worden gecopolymeriseerd. Geef de parameters voor beide monomeren en leg uit waarvan deze afhangen.
# Leg uit: (radicalaire) emulsiepolymerisatie

===21 januari 2011===
====Professor Nies====
# Teken het verloop van de de gibssvrij-energie in functie van volumefractie bij een temperatuur van 300K. Volumefracties = 0,2. Coexistence points en spinodal points gegeven. Ook de verschillende punten aanduiden en kort uitleggen. (deze vraag was mondeling)
# Formule p 50 case 1 gegeven (zonder 4e term)
#* leg de symbolen uit + dimensies + eenheden
#* wat bedoelt men met "volgens de Flory benadering..."
#* leg de twee verschillende termen uit
#* Bereken end-to-end distance in evenwicht bij een flory-solvent
#* Bereken end-to-end distance in evenwicht bij een goed solvent
# Avramiplot+vergelijking gegeven
#*leg de parameters uit
#*hoe kan je volumefractie kristallijne fase meten, leg kort techniek uit.
#*geef een kwalitatieve bespreking van de grafiek
#*wat kan je uit de parameters afleiden

====Professor Koeckelberghs====
# zie vragen vorig jaar

===15 januari 2010===
====Professor Nies====
#Er was de grafiek gegeven met daarop de binodal, spinodal en Tg curve. Met daarop 3 punten aangegeven, telkens in het homogene gebied boven de binodal en boven Tg. Punt A: Links van kritische punt, punt B tussen kritische punt en Berghmans punt en punt C rechts van Berghmanspunt. (Alleen deze vraag mondeling)
#*Wat vindt plaats als je in punt A traag afkoelt?
#*Wat vindt plaats als je in punt A afkoelt met 1000K/min
#*Wat vindt plaats als je in punt B traag afkoelt
#*Wat vindt plaats als je in punt B afkoelt met 1000K/min
#*Wat vindt plaats als je in punt C traag afkoelt?
#*Wat vindt plaats als je in punt C afkoelt met 1000K/min
#Vergelijking van Groeisnelheid bij kristallisatie (U) gegeven: U=Fexp(A)exp(B)exp(C) Zowel F,A,B,C waren gegeven in symbolen(vergelijking onder 7.B case III)
#*Geef waarvoor de symbolen staan en wat hun eenheden zijn.
#*Verklaar waar de Frontfactor (F) en de drie exp's vandaan komen
#*Bespreek temperatuursafhankelijkheid en geef een schets
#Geef de definitie van een ideale Rubber
#* Leid de uitdrukking voor af voor S bij een willekeurige verandering. P(R) gegeven

====Koeckelberghs====
#Vergelijk radicalaire, anionische en kationische vinylpolymerisatie
#*Mogelijke monomere deeltjes (stabiliteit)
#*Terminatie reacties
#*Invloed van verschillende voorkomende deeltjes op sneldheid (hiermee bedoelde hij de associated ion pairs etc)
#*Mogelijke manier om ze 'levend' te maken. (of quasi levend)
#*? dacht dat er nog 1 was
#Je wil een ideaal, perfect blockcopolymeer maken van MMA en MA op anionische wijze. Welk monomeer moet je eerst polymeriseren? Blijft indien je dit met ATRP wil doen de volgorde dezelfde?
#Bespreek kort Ring Opening Metathesis Polymerisatie.

Polymer Sciences: from Synthesis to Polymer Material

2018-01-31T13:13:37Z

Xana.schoubben: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
Gedoceerd door Professor Nies en Professor Koeckelberghs. Lessen zijn altijd in het Engels. De verdeling is 2/3 op het deel van Nies en 1/3 op het deel van Koeckelberghs. Bij Nies zijn er ook verplichte assignments tijdens het jaar, die meetellen voor een fractie 4/(12-N) van de punten van zijn deel (met N aantal assignments, doorgaans 2). Nies zijn examen is gesloten boek en er moet maar één vraag bij hem mondeling besproken worden (deze wordt op voorhand aangeduid). Bij Koeckelberghs zijn alle vragen mondeling te bespreken.

==Examenvragen==
===25 januari 2018===
====Prof. Koeckelberghs====
#ceiling temperature vergelijken bij vinyl polymerization en ring opening polymerization + kleine bijvragen daarover
#controlled radical polymerization (NMP en ATRP)
#living cationic polymerization

====Prof. Nies====
#grafiek spinodal, binodal (die met Berghman's point) toegepast op PDLC, vorming van PDLC uitleggen aan de hand van grafiek
#physical ageing
#avrami plot

===19 januari 2018===
====Prof. Koeckelberghs====
#anionic, cationic en radical vinyl polymerisation vergelijken ivm monomeren, terminatie en mogelijkheid tot controlled/living
#step growth en chain growth vergelijken en hoe ge kunt bepalen wanneer ge wa hebt
#ROMP uitleggen

====Prof. Nies====
#taak bespreken (mondeling)
#Gibs-Thomson-Tammann afleiden voor lamellar crystal, vergelijking voor Gibbs fusie is gegeven
#spinodal en critical condition geven + afleiden helemaal en berekenen wat de critische waarden zijn voor 'chi' en 'fi-2', vergelijking Gibbs gegeven
Huggings formule gegeven (niet in boek) is een uitbreiding van Flory-huggings vergelijking, wanneer zijn die aan elkaar gelijk en wat is de betekenis dan

===15 januari 2018===
====Prof. Koeckelberghs====
#living/controlled polymerization: definitie + uitleggen. Hoe kunt ge dat experimenteel kunt nagaan. Principe uitleggen hoe ge van free radical polymerization naar controlled polymerization gaat.
#De invloed van de moleculaire structuur van vinyl polymeren op polymerisatie en op de polymerisation rate en dan ook nog op inhibitie en retardatie
#bespreek emulsion polymerization

====Prof. Nies====
#Bespreek uw taak: gewoon uw taak uitleggen aan Nies (mondelinge vraag)
#plot van volumeverandering i.f.v. de tijd (case2-figuur 25) gegeven, bespreek ... (physical ageing)
#afleiding voor de Thomson-Tammann smelttemperatuur van een eindig sfeer kristal, met de fusie Gibbs vrij energie van een oneindig groot kristal gegeven

===25 augustus 2017===
====Prof. Koeckelberghs====
#Vergelijk anionische ring opening polymerizatie met kationische ring opening polymerizatie op vlak van
#*monomeer
#*intiator
#*mechanisme
#*terminatie/recombinatie
#*ceiling temperature
#Lewis Mayo en die R ratio's daar in. Welke dingen invloed daar op hebben en hoe + voorbeeld
#Welk invloed heeft de vorderingsgraad op molaire massa in step growth polymerizatie?

====Prof. Nies====
#(mondelinge vraag) bespreek grafiek en waarom dat dit gebeurt (uitleggen op moleculair niveau), grafiek van physical ageing
#Afleiding van hoofdstuk 4 Gibbs vrije energie wanneer een ideaal rubber deformatie ondergaat
#vanalles van UCST en LCST, iets vaags.

===20 januari 2017===
====Prof. Koeckelberghs====
#Anionische, kationische en frp uitleggen obv monomeer, terminatie en hoe ge het levend kunt maken
#Step growth en chain growth
#Ringopening methatese

====Prof. Nies====
Vraag 1:
#Wat is de definitie van een FRC?
#Bij welke condities is de FRC gelijk aan de FJC
#Bereken Lk en Nk voor de limiet van een enorm lange FRC (<R2>frc gegeven)
#Leidt een vergelijking af voor de mean squared end-to-end distance van een ideaal lineair diblock copolymeer bestaande uit Nk1 Kuhn monomeren met lengte lk dat vasthangt via 1 einde aan Nk2 Kuhn monomeren met lengte lk2
Vraag 2:
#Mengsel van PS in methylcyclohexaan (Mw = 355kg/mol)
Bij T=350K bestaat het mengsel uit 1 homogene vloeibare fase. Deze T is 6K boven de flory T. Polymeer volume fractie in de homogene fase is O,2
Bij T=335K: twee vloeibare fases, de polymeer volume fracties van de coexistant fases zijn 0,003 en 0,435
In de compositie range {0,002-0,044} en {0,336-0,435} is de structuur van de initiele fase scheiding kleine druppels in een matrix fase
#*Schets het verloop van delta Gmix ifv de volledige compositierange bij T=333K
#*Duid de points of interest in deze curve aan en leg ze uit.
#*Leg tot he point uit waarom je vraag a zo geschetst hebt
#*Wat zal de morfologie zijn in de initiële fase van scheiding?

===19 Januari 2017===
====Prof. Koekcelberghs====
#Vergelijken ven anionische en kationische ringopeningpolymerisatie op vlak van
#*Initiatie/Initiatoren
#*Terminatie/transfer
#*Mechanisme
#*Mogelijke monomeren
#*Ceiling temperature
#Geef de factoren die een copolymerisatie beïnvloeden
#Geef de invloed van de conversie bij een step-growth polymerisatie

====Prof. Nies====
#Vraag 1: bespreek je taak helemaal (mondeling)
#Vraag 2: Leid het verschil in Gibbs vrije energie voor een vervormd en onvervormd ideaal rubber af. End-to-end distance van een ideaal rubber en de Gaussische distributie zijn gegeven.
#Vraag 3: Gegeven een stelling die zegt dat er een closed-gap miscibility gap plaatsvindt, met een formule voor chi in functie van T. 2 kritische waarden voor de temperatuur zijn gegeven. De vraag is: kan deze stelling kloppen?

===16 januari 2017===
====Prof. Koeckelberghs====
#living/controlled polymerization: definitie + uitleggen. Hoe kunt ge dat experimenteel kunt nagaan. Principe uitleggen hoe ge van free radical polymerization naar controlled polymerization gaat.
#De invloed van de moleculaire structuur van vinyl polymeren op polymerisatie en op de polymerisation rate en dan ook nog op inhibitie en retardatie
#bespreek emulsion polymerization

====Prof. Nies====
#Bespreek uw taak: gewoon uw taak uitleggen aan Nies (mondelinge vraag)
#zie theoretical questions doc case 3 vraag 13, maar alleen de excess Gibbs energy en de chemical potentials waren gegeven
#Vraag 3:
#*thermodynamische uitdrukking voor spinodal en critical conditions afleiden.
#*zie theoretical questions doc case 2 vraag 4 en de uitdrukking voor de Gibbs energy is gegeven
#*de verbeterde Huggins uitdrukking voor de Gibbs energy is gegeven en daarvoor de enthalipsche en entropische bijdragen bepalen.
#*De FH uitdrukking is een speciaal geval van de Huggins uitdrukking: bepaal de conditie van y waarvoor dit geld + geef de fysische betekenis van die conditie

===14 januari 2016===
====Prof. Koeckelberghs====
#Vergelijk chemisch geïnitieerde FRP en ATR op vlak van:
#*Algemeen protocol
#*Snelheidsvergelijkingen
#*Invloed van de moleculaire structuur op de snelheid van polymerisatie
#Leg uit: step growth en chain growth polymerisatie. Hoe kan je experimenteel onderscheid maken tussen beide?
#Leg kort uit: Ziegler-Nattakatalysator

====Prof. Nies====
#Gegeven: Tg in functie van cooling rate. Verklaar de moleculaire oorsprong van dit fenomeen. (oral)
#*Mondelinge bijvraag: wat bepaalt, naast de kinetische energie, ook mee het vrije volume?
#Leid een formule af voor het smeltpunt van een eindig sferisch kristal.
#Vrije energie van mengen volgens Flory-Huggins gegeven:
#*Wat zijn de spinodale en kristische voorwaarden?
#*Geef de betekenis en eenheiden van elke parameter in de vergelijking.
#*Geef een concrete uitdrukking voor de kritische en spinodale voorwaarden afgeleid uit de bovenstaande vergelijking.
#*Geef een concrete uitdrukking voor de kritische phi en chi.
#*Gegeven een uitgebreide variant van de vergelijking van Flory en Huggins. Wat zijn de enthalpische en entropische bijdragen?
#*De oorspronkelijke formule van Flory en Huggins is een bijzonder geval van de bovenstaande vergelijking. Onder welke voorwaarde is dit en waarmee komt dit fysisch overeen?

===11 januari 2016===
====Prof. Koeckelberghs====
#Define living/controlled polymerisation. Hoe neem je dit experimenteel waar? Hoe maak je free radical controlled?
#Wat is de invloed van moleculaire structuur van monomeer op manier vinylpolymerisatie, snelheid en retardation/inhibition?
#Bespreek emulsiepolymerisatie.

====Prof. Nies====
#Case 2, figuur 27 uitleggen (specifiek volume in functie van tijd) (oral)
#Leid Gibbs Thomson uitdrukking af voor smelttemperatuur van sferisch kristal.
#Uitdrukking s^2 en massacentrum gegeven:
#*Leid average radius of gyration af met alles massa's = m.
#*Toon aan dat average radius of gyration = lb^2 (N+1)(N-1)/6N als i=1,2,3,...,N-1.
#*Veranderen de uitdrukking als er interacties zijn tussen de massa's met Lennard Jones interactie potentiaal?

===24 januari 2013===
====Prof. Koeckelberghs====
#Discuss the ceiling temperature and apply it on both the vinyl polymerization and ring opening polymerization. Is the ceiling temperature of a particular monomer dependent on the way it's polymerized?
Is it possible that a particular monomer, of which the ceiling temperature is such that only low-molar mass oligomers can be obtained via a living anionic polymerization at a certain temperature, can be polymerized into high-molar mass polymer using a free radical polymerization at the same temperature? Motivate your anwer.
#Explain the principle of a controlled radical polymerization and apply it on NMP and ATRP.
#Discuss briefly the living cationic vinyl polymerization.
====Prof. Nies====
Zie onderstaande afbeelding.
[
#Assignment 1 (oral)
#The free rotating chain (FRC) consists of N bonding vectors li, i=1,...,N with constant bond length |li| = lb and constant bond angles Ï´ii+1=Ï´, i=1,...,N between the successive bonding vectors. The average quadratic end-to-end distance <RÂ²>, valid for all physically sensible values of N, lb and Ï´, is given by [[Bestand:R-FRC.JPG]]
#*Show that the average quadratic end-to-end distance <RÂ²> of the FRC chain with very small bond angles also can be written in the Kratky-Porod chain form: <RÂ²> = 2lpL-2lpÂ²(1-exp(-L/lp),
with lp=lbL/(1-cosÏ´) the perstistence length and L the contour length.
#Derive from the general thermodynamic equilibrium conditions the melting point of a polymer crystal in equilibrium with a solution of the polymer.
For the polymer solution you can use the Flory-Huggins excess Gibbs-energy of mixing.
[[Bestand:G(mix).JPG]]

The chemical potentials of the components are given by:
[[Bestand:Chempot.JPG]] ]

[[Bestand:240113nies.png]]

===18 januari 2013===
====Prof. Koeckelberghs====
#Compare chemically initiated free radical polymerization and ATRP, for the following aspects:
#*general concept
#*rate of polymerization
#*influence of molecule structure on polymerization rate
#Discuss the differences in mechanism of chain growth and step growth polymerization. How can one investigate which type of polymerization he is dealing with?
#Explain briefly: Ziegler-Natta catalyst
====Prof. Nies====
#Discussion of assignment 1 (oral)

Zie onderstaande afbeelding.

#The expression of average squared end-to-end distance of the Kratky-Porod chain is given: <RÂ²> = 2lpL - 2lpÂ²(1-exp(-L/lp)
#*Derive expressions for the Kuhn segment length and the number of Kuhn segments for this chain.
#*Discuss your results. For instance, did you make any assumptions? Mention them explicitly.
#The excess Gibbs ebergy of mixing in the Flory-Huggins model is given: Î”G/NlkT = Î”g/kT = (Ï†1/s1)lnÏ†1 + (Ï†2/s2)lnÏ†2 + Ï‡Ï†1Ï†2
#*Derive expressions for the spinodal and critical conditions.
#*Derive from these expressions the formulae for the critical composition Ï†2,cr and critical value of Ï‡.
#*What is the relevance of the spinodal for material behaviour?
[[Bestand:180113nies.png]]

===20 januari 2012===
====Professor Nies====
#Gegeven een fase-diagram uit Case II. Wat gebeurt er als er vanuit punt A (dat links van de critical point lag):
#* traag wordt afgekoeld
#* wordt gequenched (1000K/min)
#* Hoe ziet de oplossing er na koelen uit voor beide gevallen
#5 begrippen uitleggen:
#*Thermo-elastische inversie
#*Physical ageing
#*Second order transition
#*Effective pair potential
#*Nucleation & growth
#Leidt de spinodal en critical conditions af en ook de waarden voor Fi(2,crit) en Chi(krit).

====Professor Koeckelberghs====
#Wat is de ceiling temperatuur en correleer dit met vinylpolymerisatie en Ring opening polymerisatie. Is de ceiling temperatuur afhankelijk van hoe we polymeriseren? Stel we polymeriseren via een living anionische polymerisatie. Het monomeer heeft een lage ceiling temperatuur, wat ervoor zorgt dat er geen lange polymeerketens worden gevormd. Kan men dan langere ketens verkrijgen als men bij dezelfde temperatuur via een radicale polymerisatie polymeriseert?
#M1 en M2 worden gecopolymeriseerd. Geef de parameters voor beide monomeren en leg uit waarvan deze afhangen.
# Leg uit: (radicalaire) emulsiepolymerisatie

===21 januari 2011===
====Professor Nies====
# Teken het verloop van de de gibssvrij-energie in functie van volumefractie bij een temperatuur van 300K. Volumefracties = 0,2. Coexistence points en spinodal points gegeven. Ook de verschillende punten aanduiden en kort uitleggen. (deze vraag was mondeling)
# Formule p 50 case 1 gegeven (zonder 4e term)
#* leg de symbolen uit + dimensies + eenheden
#* wat bedoelt men met "volgens de Flory benadering..."
#* leg de twee verschillende termen uit
#* Bereken end-to-end distance in evenwicht bij een flory-solvent
#* Bereken end-to-end distance in evenwicht bij een goed solvent
# Avramiplot+vergelijking gegeven
#*leg de parameters uit
#*hoe kan je volumefractie kristallijne fase meten, leg kort techniek uit.
#*geef een kwalitatieve bespreking van de grafiek
#*wat kan je uit de parameters afleiden

====Professor Koeckelberghs====
# zie vragen vorig jaar

===15 januari 2010===
====Professor Nies====
#Er was de grafiek gegeven met daarop de binodal, spinodal en Tg curve. Met daarop 3 punten aangegeven, telkens in het homogene gebied boven de binodal en boven Tg. Punt A: Links van kritische punt, punt B tussen kritische punt en Berghmans punt en punt C rechts van Berghmanspunt. (Alleen deze vraag mondeling)
#*Wat vindt plaats als je in punt A traag afkoelt?
#*Wat vindt plaats als je in punt A afkoelt met 1000K/min
#*Wat vindt plaats als je in punt B traag afkoelt
#*Wat vindt plaats als je in punt B afkoelt met 1000K/min
#*Wat vindt plaats als je in punt C traag afkoelt?
#*Wat vindt plaats als je in punt C afkoelt met 1000K/min
#Vergelijking van Groeisnelheid bij kristallisatie (U) gegeven: U=Fexp(A)exp(B)exp(C) Zowel F,A,B,C waren gegeven in symbolen(vergelijking onder 7.B case III)
#*Geef waarvoor de symbolen staan en wat hun eenheden zijn.
#*Verklaar waar de Frontfactor (F) en de drie exp's vandaan komen
#*Bespreek temperatuursafhankelijkheid en geef een schets
#Geef de definitie van een ideale Rubber
#* Leid de uitdrukking voor af voor S bij een willekeurige verandering. P(R) gegeven

====Koeckelberghs====
#Vergelijk radicalaire, anionische en kationische vinylpolymerisatie
#*Mogelijke monomere deeltjes (stabiliteit)
#*Terminatie reacties
#*Invloed van verschillende voorkomende deeltjes op sneldheid (hiermee bedoelde hij de associated ion pairs etc)
#*Mogelijke manier om ze 'levend' te maken. (of quasi levend)
#*? dacht dat er nog 1 was
#Je wil een ideaal, perfect blockcopolymeer maken van MMA en MA op anionische wijze. Welk monomeer moet je eerst polymeriseren? Blijft indien je dit met ATRP wil doen de volgorde dezelfde?
#Bespreek kort Ring Opening Metathesis Polymerisatie.

Instrumentele Analytische Chemie

2018-01-15T17:29:07Z

Xana.schoubben: /* De Gendt */

[[Categorie:Machemie]]

[[Categorie:Master Chemie]]

[[Categorie:Master Chemie]]
==Examenvragen==

===15 jaunuari 2017 VM===
====De Gendt====
#Gegeven: ligging van een aantal pieken van een TXRF spectrum en tabellen met emissie- en absorptielijnen van de verschillende elementen.
#*Leg uit welke pieken van waar afkomstig zijn
#*Hoeveel energie heb je nodig om de anode te exciteren?
#*Verklaar vanwaar de pieken afkomstig zijn
#Interferenties ICPMS
#Verklaar waarom de brekingsindex kleiner is dan 1
#Quadrupool massafilter uitleggen
#CI uitleggen: met behulp van methaan de 3 stappen uitleggen

====De Smedt====
#Leg de vier stappen van GFAAS uit
#Leg het verschil uit tussen atomaire en moleculaire absorptie
#Bespreek de chemische en instrumentele afwijkingen van de wet van Lambert-Beer
#Leg het begrip "specificiteit" uit en leg de link met massaspectrometrie en chromatografie met UV-detectie
#Bespreek de fluorimeter
#wat is de functie van de ion-surpressor? (leg ook werking uit)
#PMT uitleggen

===16 januari 2017===
====De Gendt====
#Verschil tussen accuratie en precisie uitleggen
#Leg de cryopomp uit
#Leg de interferenties en oplossingen hiervoor uit bij ICP-MS
#Bespreek de relatie tussen resolutie en transmissie, leg ook de relatie tussen kinetische energie en resolutie uit (in MS)
#Leg EI volledig uit, vergelijk met CI
#Leg TXRF volledig uit, verklaar ook de brekings index met formule (waarom dat n<1)
#4 mondeling vragen trekken

====Carl====
#Alle optische interferenties in Vlam AAS bespreken
#Bespreek 1 van de 2 volgende (Da zijn die artikels op toledo die ge denkt niet te moeten kennen :'( )
(a) Ruthenium uit pillen met GF AAS
(b) Arsenium uit dino skelet met ICP AAS

===16 januari 2016===
====De Gendt====
#Destillatie uitleggen en 2 componenten uit de cursus geven
#Gevoeligheid en DL en het verband geven
#Escape piek en Som piek uitleggen
#Waarom is de brekingsindex bij TXRF altijd kleiner dan 1 (formule geven)
#MALDI TOF
#Quadrupool met het diagram en stabiliteitscurve (a en q parameters)

====Carl====
#AAS vlam en GFAAS helemaal uitleggen
#TGA en DSC uitleggen

===13 januari 2015===
====De Gendt====
#Geef de definitie van detectielimiet en gevoeligheid. Geef ook hun verband grafisch weer.
#Leg met behulp van methaan de 3 stappen uit van chemische ionisatie. Kan THF geïoniseerd worden met NH3 als ionisatiegas? (protonaffiniteiten gegeven)
#Gegeven: ligging van een aantal pieken van een TXRF spectrum en tabellen met emissie- en absorptielijnen van de verschillende elementen. Benoem de pieken en geef uitleg bij de pieken die niet van het staal komen.
#Een analist lost met HF/HNO3 een aluminosilicaat op en wil met ICP-MS het Fe-gehalte bepalen aan de hand van de meest voorkomende isotoop.
#*Waarom gebruikt de analist HF? Welke voorzorgen moet hij nemen?
#*Welke isobare interferentie kan optreden?
#*Welke resolutie is vereist om de piek van de interferent af te scheiden?
#*Geef 3 manieren om de interferentie te overkomen.
#Mondeling: gegeven een afbeelding van de a vs q voor een quadrupole mass analyzer. Leg aan de hand van het werkingsprincipe van deze mass analyzer de figuur uit, bespreek hoe de massascheiding gebeurt en hoe we de resolutie kunnen verhogen.
#Willekeurige mondelinge bijvragen willekeurig te trekken (Wat wordt beïnvloed door de spanning en stroom van een X-stralenbron? Welke dragers kunnen we gebruiken als we Si willen bepalen met TXRF? Welke ionisatiebron voor MS heeft de grootste spreiding wat betreft kinetische energie en wat kunnen we hieraan doen?)

====Carl====
#(mondeling)
#*Circuit tekenen voor een systeem waar een monochromator sinusoidaal wordt gevariëerd om de signaal/achtergrondverhouding van een atomaire lijn te bepalen. Een bepaalde sinusoidale spanning komt overeen met de bewegende monochromator. De temperatuur wordt steeds verhoogd, het circuit moet hieruit bepalen bij welke temperatuur de signaal/achtergrondverhouding de grootste is en deze verhouding opslaan met een peak detector. De ingangsspanningen zijn de wisselspanning en die van de detector
#*Wat zijn de oorzaken van de temperatuursafhankelijke achtergrond en signaalintensiteit in een AES-experiment?
#(deze of 3 op te lossen) Geef voor een AAS-vlam experiment de oorzaken van spectrale interferentie en 3 manieren om deze op te lossen, waarbij je de opstelling moet tekenen voor elke methode.
#(deze of 2 op te lossen) Leg de werking uit van de volgende technieken en geef de belangijkste onderdelen:
#*AAS grafietoven
#*AAS hydridegeneratie

===12 januari 2015===
====De Gendt====
#*Geef de definitie van detectielimiet en gevoeligheid. Geef ook hun verband grafisch weer.
#*Beschrijf chemische ionisatie en electron impact ionisatie. Geef het verschil tussen deze technieken.
#*Bij massaspectrometrie kan men een electron impact ionisatie beter combineren met een magnetic sector/electrostatic sector massafilter dan met een TOF massafilter. Leg uit waarom en beschrijf ook de werking van beide massafilters kort.
#*Zoek de typische energiewaarden van de Ka en Kb lijnen op van Cr. Is een X-stralen bron van Zn met zijn typische Ka en Kb lijnen in staat deze X-stralen van Cr te genereren? Verklaar en geef alle nodige energiën.
#*Bij een ICPMS ontstaat er bij de 75As interferentie van 40Ar 35Cl. Bereken de nodige resolutie om deze pieken te onderscheiden. Geef ook (algemeen) 3 methoden om interferentie bij ICPMS te vermijden.
#*(MONDELING) Leg het werkingsprincipe van TXRF uit. Hierbij hoef je geen ingewikkelde formules te gebruiken.
#*(MONDELING) Hij heeft 18 vragen, daar moest je er 4 uit trekken.
#*Bij wafer mapping wordt de contaminatie volledig opgelost. Wat geeft de grootste contaminatie: 1 groot deeltje of veel kleine deeltjes
#*Wat geeft de gevoeligste vacuumdetectie: een capacitance manometer of een pirani gauge. Leg kort de werking van een capacitance manometer uit.
#*Wat is het beste voor organische moleculen: electron impact ionisatie of chemische ionisatie
#*Stel ik wilt Si in een staal onderzoeken met TXRF, welk substraat gebruik ik dan best?

====Carl====
#(MONDELING)Vraag 1(a): Teken alle componenten van een thermische gravimetrische techniek. Geef ook een korte beschrijving van de componenten. Elektronische componenten hoeven niet besproken te worden.
#*(i) Wat is een typische gevoeligheid? (M.a.w.: wat is het maximum massa dat je hiermee kunt meten?)
#*(ii) Wat zijn de gevoelige delen bij deze opstelling, waar kunnen er fouten en onzekerheden optreden?
#*(iii) Wat zijn de verschillende kalibratiemethoden?
#*(iv) Geef een voorbeeld van een meting en zijn interpretatie
#(MONDELING)Vraag 1(b): Gegeven is een elektronisch circuit. Bereken (algemeen, geen waarden) enkele voltages op bepaalde punten in dit circuit en het uiteindelijke uitgangsvoltage.
#Vraag 2 en vraag 3: kies één van deze vragen en los op. De andere hoef je dan niet op te lossen.
#*Vraag 3(a): Een onderzoeker wil 1 klein staal onderzoeken met behulp van een absorbantietechniek. Teken een mogelijke opstelling.
#*Vraag 3(b): Geef duidelijk weer waar het staal is voor en tijdens de meting, bespreek de plaatsing van de lichtbron en enkele eigenschappen van de lichtbron, geef duidelijk de gekozen absorbantietechniek en bespreek deze, bespreek hoe je de golflengtedispersie doet en bespreek de detectietechniek.Hier hoeven geen kalibratietechnieken, interferenties, background etc besproken te worden.

===15 januari 2013===
====De Gendt====
#Wat is het verschil tussen precisie en accuratesse?
#Hogere gevoeligheid geeft lagere detectielimiet. Leg uit en geef een figuur.
#Waarom is bij een golflengte-dispersieve TXRF de gevoeligheid van de detector van ondergeschikt belang t.o.v. de energie dispersieve technieken?
#Waterige oplossingen worden best bij zure pH in glazen flessen bewaard. Verklaar.
#Is het mogelijk om Kα en Kβ lijn te bekomen met een Zn K-lijn? Geef alle energieën en genoeg uitleg (de energieën op te zoeken in tabel).
#Bij een ICPMS-meting van een As/HCl/H2O in Ar als draaggas ontstaat er interferentie.
#*Wat is die interferentie?
#*Wat moet de resolutie zijn om de pieken te onderscheiden? (je krijgt een PSE)
#*Geef tenminste 2 manieren om die interferentie te verwijderen.
#Mondeling: Figuur van stabiliteitscurves. Eerst uitleggen voor welke techniek deze gebruikt worden (quadrupool massafilter), hoe de algemene werking is en hoe men de resolutie kan verbeteren. En nog een tweetal bijvragen, niet per se over de vraag zelf.

====Carl====
#Gegeven een hele uitleg over een atomaire emissie bij 295,5 nm en het gebrek ervan bij 265,5 nm, het spectrum voor emissie en een variatie in signaalintensiteit met temperatuur.
#*Teken een elektronisch circuit met operationele versterkers die de outputspanning Vout geeft die overeenkomstig is met grootste atomaire subovergangen. Nog gegeven: als λ=295 dan Vsin>=4,8V; wanneer Vsin=<0,2V en ertussenin voor golflengtes tussen 295,5 en 296,5 nm.
#*"ALs u het moeilijk vindt om een circuit te trekken, probeer dan de verschillende stappen die nodig zijn te beschrijven"
#*Geef de redenen waarom zowel de intensiteit van atomaire overgangen als de intensiteit van de achtergrond in een AES-experiment kan veranderen met temperatuur.
#Leg uit in detail de techniek van differentiële thermische analyse en toon grafisch de verschillende soorten signalen (en hun interpretatie) die vaak worden waargenomen tijden een analytische procedure. Beschrijf de kalibratiemethoden in verband met deze techniek.

===14 januari 2013===
====De Gendt====
Enkel laatste vraag mondeling te bespreken
#Bij TXRF is het belangrijk dat het substraat een kleiner brekingsindex kleiner is dan 1. Hoe kan een materiaal een brekingsindex hebben die kleiner is dan 1?
#Leg het verband uit tussen gevoeligheid en DL (geef een figuur voor gevoeligheid).
#Verklaar waarom bij quadrupool MS verhoogde resolutie gepaard gaat met verlaagde gevoeligheid.
#Waarom is CI te verkiezen boven EI bij MS van organische moleculen (geen set-up tekenen, wel duidelijk ionisatie mechanisme bespreken)
#Welke spectrale interferentie mag men verwachten bij de detectie van Fe? Bereken de resulutie (tabel met isotoopmassas gegeven)
#...
#tabel van Zr en Hf die worden bestraald met W en Mo lampen (TXRF). Vul de tabel in en leg wat uit waarom bepaalde elementen bij bepaalde lampen worden waargenomen. (Mondeling, daarna nog enkele korte vraagjes in de trant van de juist of fout vragen hieronder vermeld.

====Carl====
#Gekke vraag waarbij je veel moet rekenen en je best in tabelletjes werkt ;). Het kwam er op neer om aan de hand van gegeven Einsteincoëfficiënten en energie en ontaarding van bepaalde overgangen te berekenen welke overgangen de grootste intensiteit hebben.
#Beschrijf 1 van volgende technieken (voorbereiding staal, beschrijving van handelingen, interferenties, detectielimiet)
#*Bepaling As met hydridegeneratie AAS
#*Bepaling Ru met grafietoven AAS

===17 januari 2012===
====De Gendt====
Alles ook mondeling bespreken.
#Leg uit: EI en CI en geef de verschilpunten.
#5 correct of fout vragen + uitleg
#*Wat geeft de grootste contaminatie: een deeltje van 100µm grootte of 1000 deeltjes van 1 µm grootte. (dichtheid was gegeven) en moest het grootte deeltje zijn
#*Bij Quadrupool MS leidt verhoogde resolutie tot verlaging van gevoeligheid
#*Iets over de escape piek
#*Zuren worden best in een glazen fles bij zure pH bewaard
#Bereken de gevoeligheid die een massaspectrometer nodig heeft om 2 pieken, die van het staal en een interferentie (massa's waren gegeven) te berekenen. Geef ook enkele technieken om de interferentie tegen te gaan.
#Tabel van Zr en Hf die worden bestraald met W en Mo lampen (TXRF). Vul de tabel in en leg wat uit waarom bepaalde elementen bij bepaalde lampen worden waargenomen.

====Carl====
#a) Geef een eenvoudig circuit voor een absorbantie meter. b) Breidt dit uit zodat er minder ruis is.
#Beschrijf 1 van volgende technieken (voorbereiding staal, beschrijving van handelingen, interferenties, detectielimiet,...)
#*Bepaling As met hydridegeneratie AAS
#*Bepaling Ru met grafietoven AAS
#*Bepaling Se met hydridegeneratie AAS

===11 januari 2010===
====De Gendt====
2 vragen mondeling (vraag 1 en 3), de andere 2 vragen enkel schriftelijk.
#8 correct of fout vragen met uitleg (max 1 voor juist, 0 voor niet ingevuld en -0,5 voor fout)(8 punten)
#*EI geniet bij MS van organische moleculen de voorkeur op CI wegens de grotere Energie overdracht (of zoiets)
#*Bij Quadrupool MS leidt verhoogde resolutie tot verlaging van gevoeligheid
#*Wat geeft de grootste contaminatie: een deeltje van 100µm grootte of 1000 deeltjes van 1 µm grootte. (dichtheid was gegeven) en moest het grootste deeltje zijn
#*Men kan via ICPMS zeker zijn dat de piek bij 56Fe enkel van deze is, opgemeten in waterige matrix. (je krijgt lijst met isotopen van alle elementen)
#*Bij XRF zorgt enkel x-stralen voor excitatie
#*Zuren met hoog kookpunt kunnen door Isothermale (Suambient) boiling worden gezuiverd
#*Samples worden best in glazen flessen bij neutrale pH gehouden.
#*Is er bij een pomp in het vicous flow regime een hoog verschil in druk tussen de kamer en de inlaat?
#Leg het principe van een quadrupool MS uit. (Geen vgl's, gewoon principe) (4 punten)
#Spectrum van TXRF, bepalen van welk element elke piek komt en ook de oorsprong. (Sum peak etc) (periodiek systeem met spectrale overgangen gegeven + energieën gegeven) (5 punten)
#Welke interferenties treden op bij ICPMS en hoe kan je ze vermijden? (3 punten)

====Carl====
Beide vragen besproken op het mondelinge examen
#Rare oefening, vanalles berekenen maar vooral weten wat hoogste I geeft bij overgangen
#Interferenties bij AAS vlam en oven. Welke en leg uit hoe je ze kan verhelpen.

Moleculaire Biologie

2017-09-06T15:40:33Z

Xana.schoubben: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door Prof. J.Robben sinds september 2009, vroeger gedoceerd door Prof. M. De Ley. Mondeling examen. Sinds 2013 3 grote vragen en de vierde vraag is kort enkele woordjes of een tekening bespreken.

==Examenvragen==

===6 september 2017 NM===
#Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
#Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: figuur Zn-vinger, polysoom, Shine-Dalgarno box, klem lader (clamp loader)

===28 augustus 2017 VM===
#Structuur, biosynthese en functie van cap bij mRNA van eukaroyten. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van prokaroyten?
#Welke methode(n) worden gebruikt voor het bepalen van de relatieve hoeveelheid van specifiek mRNA? Leg de werkwijzen uit.
#Wat is homologe recombinatie? Welke moleculaire processen vinden plaats en welke eiwitten zijn betrokken?
#Begrippen: Leu-zipper, nucleosoom, startcodon met kozak sequentie, dubbelstrengbreuk

===30 januari 2017 VM===
#Bespreek alternatieve splicing. Hoe werkt het en geef een concreet voorbeeld.
#Tabel van codons. Leg uit: dit wijzigt nooit maar toch is er sprake van evolutie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: DNA footprint, resolvase, Zink finger (op de tekening staan 3 zink fingers), polysoom

===23 januari 2017 VM===
#Bespreek aan de hand van een figuur het trombonemodel van DNA-replicatie. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-replicatie komen in dit model naar voor.
#Bespreek de structuur, functie en regulatie van de prokaryote sigma-factor(en).
#Op welke experimentele manier kun je de transcriptiestart met een gegeven promotor bepalen.
#Begrippen:
#*enhancer
#*cDNA kloning
#*figuur van heatshock gen
#*RecBCD-reactieweg

===20 januari 2017===
#transcriptie terminatie bij pro en eukaryoten uitleggen
#bespreek mRNA Cap-structuur bij eukaryoten (biosynthese, structuur, functie) en vergelijk met prokaryoten
#welke moleculaire processen helpen bij de start van translatie bij eukaryoten. (start van matuur mRNA)
#begrippen
#*enhancer
#*yeast two hybrid method
#*tRNA mimicry
#*herschikking van immunoglobinegenen

=== 19 januari 2017 NM===
#Hoe wordt het ara operon gereguleerd?
#Hoe beinvloeden histonen de genexpressie?
#Wat heeft immunoglobuline met transpositie te maken?
#begrippen
#*Sanger sequencing
#*zinkvinger (afbeelding)
#*polysoom
#*beta-klemlader

=== 16 januari 2017 NM===
#Scanningscomplex van translatie initiatie bij eukaryoten
#Methoden om binding van eiwitten aan DNA te bestuderen
#recA welke functies en werking
#begrippen
#*sanger sequencing
#*tekening zink vingers
#*U2 snRNP
#*stopcodonsuppressie

===16 januari 2017 VM===
#telomeren
#transcriptie bij eukaryoten
#intron/extron splicing
#begrippen
#*cDNA
#*enhancer
#*tekening RNA mimicry
#*recombinatie bij hemoglobine

===16 aug 2016 NM===
#Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?
#Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)
#Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
#Woordjes:
#*Sanger methode
#*Tekening Zinkvinger
#*histonacetyltransferase HAT
#*DNA-mismatch repair

===27 januari 2016===
#Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie
#Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten
#Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.
#Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA

===25 januari 2016===
#trp en attenuatie
#chromatinestructuur
#translatie initiatie eukaryoten + regulatie
#Woordjes:
#*foto footprinting
#*cap mRNA
#*base-excinsieherstel
#*retrotransposons

===18 januari 2016 VM===
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.
#Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.
#Woordjes:
#*Sanger-sequencing
#*Foto van antiterminatie â€“ terminatie
#*Nucleosoom
#*DNA-mismatch repair

===15 januari 2016 NM===
#Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;
#Kleine vraagjes:
#*Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.
#*Leu-zipper
#*Peptidyltransferase
#*Retrotransposons

===14 januari 2016 NM===
#Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.
#Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen.
#BacteriÃ«le transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.
#Woordjes:
#*Northern blotting
#*wobble base paring
#*u6
#*en zo die haarspeld van heatshok

===13 januari 2016===
#Terminatie van transcriptie bij prokaryoten
#Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II
#Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen
#Woordjes:
#*S1 mapping
#*RNA-DNA hybride met intron
#*eIF2 alfa
#*Holliday junctie

===26 januari 2015===
#5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna
#catabolic activator protein structuur en functie
#wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op
#tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination

===14 januari 2015===
#verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten
#alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven
#genconversie uitleggen aan de hand van een figuur
#woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning

===12 januari 2015 (NM)===
#Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen
#Splicing
#RecBCD
#begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e

===12 januari 2015 (VM)===
#transcriptie-initiatie
#translate-elongatie
#transposons bacterie
#woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie

===16 jan 2015===
#Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?
#Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.
#Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?
#Kleine vragen:
#*Afbeelding van een Zn-Vinger
#*Wat is een replisoom?
#*Wat is stopcodon supressie.
#*Bespreek de beta klemlader.

===3 september 2014===
# Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
# Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).
#* Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?
# Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
# Termen:
#* Northern Blotting
#* topoisomerase
#* alternatieve splicing
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===28 Augustus 2014===
# Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?
# Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.
#* Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)
# Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?
# Termen:
#* DNA footprinting
#* telomerase
#* Rollende cirkel replicatie
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===27 januari 2014 (voormiddag)===
# hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)
# waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?
# translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen
# woordjes:
#*antiterminatie
#*ticketing hypothese ofzoiets
#*BER
#*van die eiwitten iets met die herschikkingen

===17 jan 2014 (namiddag)===
#bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten
#bespreek de translatie elongatie cyclus
#bespreek RNA splicing
#woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie

===16 jan 2014 (namiddag)===
# Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteÃ¯ne (CAP)
# Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie
# Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?
# Leg uit:
#* nucleaire receptoren
#* polyadenylatiesignalen
#* stopcodonsuppressors
#* bacteriÃ«le transposons

=== 15 jan 2014 (voormiddag) ===
# Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.
# Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.
# De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Epitoop tagging
#* Type II introns
#* Kozak sequentie
#* Holliday-verbinding

===13 jan 2014 (namiddag) ===
# Transcriptie initiatie bij prokaryoten
# Splicing
# Leg uit:
#*A-DNA
#*Southern blotting
#*HAT
#*eIF4E
# Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)

===13 jan 2014 (voormiddag)===
# bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen
# mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot
# wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe
# leg uit:
#*rho
#*zinkvinger
#*peptidyltransferase
#*splicingsignalen

=== 28 jan 2013(voormiddag) ===

# Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.
# Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* cDNA kloning
#* Figuur van polyadenyleringscomplex
#* Heat shock response
#* Rolling circle replicatie

=== 16 jan 2012(voormiddag) ===

# Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.
# Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Zinkvinger
#* Ribozyme
#* Tekening van tRNA-mimicry
#* Telomerase

=== 24 jan 2011 (voormiddag) ===

idem 18 januari 2010

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beÃ¯nvloeden
# Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit.
#* Leg uit
#* hoe doet men dit experimenteel
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte
#* lariat
#* eIF2 alfa
#* wobble
#* tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)

=== 17 jan 2011 (voormiddag) ===

# Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoÃ«nzym)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten
# Verklaar:
#* Lysogenie
#* Histon H1
#* RT-PCR
#* Fig. 21.34 (onderste deel alleen)

=== 29 jan 2010 (voormiddag) ===

# Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.
# Fig 21.18
# Bespreek kort:
#* C-waardeparadox
#* Kozak-sequentie
#* Epitope tagging
#* EF-Tu

=== 19 jan 2010 ===

# Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.
# Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?
# Bespreek kort:
#* Riboswitch
#* TATA
#* Zinkvinger
#* Figuur met vorming thÃ¨ta-structuur

=== 18 jan 2010 ===
# Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.
# Bespreek fig. 14.27
# bespreek kort:
#* Ribosoombindingsplaats
#* Moleculaire mimicrie
#* RACE
#* beta-clamp

=== 11 jan 2010 ===
# Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.
# bespreek kort:
#* lysogenie
#* H1 histonen
#* RT-PCR
#* Fig 21.34

=== 19 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.
# RNA-editing
# fig 4.11
Kaartjes:
# Zink-vinger
# Nick-translatie

=== 16 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.
# Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.
# fig. 14.1
Kaartjes:
# Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.
# Plaatsgerichte mutagenese.

=== 15 jan 2009 (De Ley)===
# DNA:
#* Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).
#* Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.
# Bespreek de eukaryotische polymerases.
# Figuur van pBR322 bespreken.
Kaartjes:
# Zink-vinger
# fig 9.7

=== 25 jan 2008 (De Ley)===
# Plaats gerichte mutagenese.
# Trp operon.
# Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)
# Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.
# Foto van RNA editing.
Kaartjes:
# Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.
# Verschil tussen DNase en DMS footprinting.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)
# Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)
# figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)
Kaartjes:
# Merodiploid: constitutieve operator.
# ProteÃ¯ne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).

=== 17 jan 2008 (De Ley)===
# Expressievectoren.
# Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).
# fig 9.14 (vierde editie)
Kaartjes:
# Epitope tagging
# fig 13.10

=== 14 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek het trp operon.
# Bespreek site-directed mutagenesis.
# vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.
Kaartjes:
# Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.
# De C-waarde paradox.

=== 26 jan 2007 (De Ley)===
# Prokaryoot RNApolymerase en sigma.
# Figuur van RNAlooping.
# S1mapping en primer extension.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Transcriptieterminatie bij prokaryoten.
# RNAediting.
# Figuur van pBluescript.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Reassociatie kinetica.
# Alles over chromatine en H1.
# Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).
Kaartjes:
# Bespreek de sigmacyclus.
# DNA transcriptie.

=== 24 jan 2007 (De Ley)===
# Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.
# Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.
# Foto van R-looping experiment.
Kaartjes:
# Plaque hybridisatie.
# Dnase(1)-hypergevoeligheid.

=== 16 jan 2007 (De Ley)===
# Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteÃ¯nen en hun zuivering).
# Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).
# Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.
Kaartjes:
# Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.
# Figuur 9.18a pag 259 bespreken.

Dynamics of Chemical and Biochemical Systems

2017-08-24T10:17:19Z

Xana.schoubben: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
Vak op 6 stp gedoceerd door Koen Clays. De helft van de examenpunten staat op een presentatie die gaat over statistical thermodynamics. De andere helft is een gesloten-boek, mondeling examen over de cursus, bevattende hoofdstukken over (1) stabiliteit, (2) fluctuaties, (3) diffusie, (4) Langevin, (5) relaxatie, (6) evolutie. Het laatste hoofdstuk werd de laatste 2 jaar weggelaten. De cursus die men krijgt bij de CuDi bevat eveneens delen van Guido Maes (die het vak enkele jaren geleden even overnam) met extra uitleg, die GEEN leerstof zijn voor het examen. Deze zijn gekarakteriseerd door een kleiner lettertype met kleinere interlinie. In het begin van het semester zijn er 2 introlessen over statistische thermodynamica, die theoretisch gezien leerstof zijn. Desalniettemin heeft hij hiervan nog nooit een vraag gesteld op het examen. Op het mondeling kan er wel nog een kleine vraag komen over een belangrijk concept of idee van je eigen presentatie (niet van de presentaties van de anderen). Dit is echter niet zeker, want vaak vergeet hij die extra vraag te stellen.

==Examenvragen==
===24 augustus 2017 - voormiddag===
# Prove that the stability condition in terms of increase in entropy can be related to a minimun in "energy". Relate this to the presence of fluctuations around this minimun. Extra question during oral: You have 2 graphs from the course text and he asks which one is more fundamental: G or S?
# What's the relation between the Fick's law of diffusion and the Langevin equation for the diffusion coëfficiënt in terms of temperature and friction? Extra question during oral: What is Rh (hydrodynamic radius)?
# Give a simple graphic example of the relation between statistical thermodyamics, the partition function and the chemical equilibrium constant. Give an example of products and reagents for which your simple example is valid. (this is about the first 2 lessons at the start of the semester)
===9 juni 2017 - namiddag===
# Describe the nature and relevance of fluctuations given that it can derived from the Master Equation of Fluctuation Theory that: [[Bestand:P(dV,dT)_term_of_Master_Eequation_of_fluctuation_theory.PNG|400px|center|alternatieve tekst]]
# Prove that for stability conditions in terms of entropy can be related to a minimum in "energy". Relate this to the presence of fluctuations around this minimum.
# Prove that linearization is necessary for obtaining the right formulae for relaxation for a reaction A + B <=> C and not for A <=> B. Give the formulae for the relaxation times for both reactions. What is minimally necessary for a good relaxation experiment and what are the optimal conditions?

===9 juni 2017 - voormiddag===
# Describe the nature and relevance of fluctuations given that it can derived from the Master Equation of Fluctuation Theory that: [[Bestand:P(dV,dT)_term_of_Master_Eequation_of_fluctuation_theory.PNG|400px|center|alternatieve tekst]]
# Derive the Stokes-Einstein relation starting from the Langevin equation.
# Relaxation:
## How can one perturbate an equilibrium?
## Which assumptions does one have to make deriving the relaxation formulae?
## Derive relaxation formulae for the reactions A + B <=> C + D and A <=> B.
## What is minimally necessary for a good relaxation experiment?

===Oude examenvragen===
# Beschrijf fluctuaties.
# Leid formules af voor de amplitude van een relaxatiesignaal met faseverschuiving.
# Leid Langevin vergelijking af.

Dynamics of Chemical and Biochemical Systems

2017-08-24T10:16:49Z

Xana.schoubben: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
Vak op 6 stp gedoceerd door Koen Clays. De helft van de examenpunten staat op een presentatie die gaat over statistical thermodynamics. De andere helft is een gesloten-boek, mondeling examen over de cursus, bevattende hoofdstukken over (1) stabiliteit, (2) fluctuaties, (3) diffusie, (4) Langevin, (5) relaxatie, (6) evolutie. Het laatste hoofdstuk werd de laatste 2 jaar weggelaten. De cursus die men krijgt bij de CuDi bevat eveneens delen van Guido Maes (die het vak enkele jaren geleden even overnam) met extra uitleg, die GEEN leerstof zijn voor het examen. Deze zijn gekarakteriseerd door een kleiner lettertype met kleinere interlinie. In het begin van het semester zijn er 2 introlessen over statistische thermodynamica, die theoretisch gezien leerstof zijn. Desalniettemin heeft hij hiervan nog nooit een vraag gesteld op het examen. Op het mondeling kan er wel nog een kleine vraag komen over een belangrijk concept of idee van je eigen presentatie (niet van de presentaties van de anderen). Dit is echter niet zeker, want vaak vergeet hij die extra vraag te stellen.

==Examenvragen==
===24 augustus 2017 - voormiddag===
# Prove that the stability condition in terms of increase in entropy can be related to a minimun in "energy". Relate this to the presence of fluctuations around this minimun.
Extra question during oral: You have 2 graphs from the course text and he asks which one is more fundamental: G or S?
# What's the relation between the Fick's law of diffusion and the Langevin equation for the diffusion coëfficiënt in terms of temperature and friction?
Extra question during oral: What is Rh (hydrodynamic radius)?
# Give a simple graphic example of the relation between statistical thermodyamics, the partition function and the chemical equilibrium constant. Give an example of products and reagents for which your simple example is valid.
(this is about the first 2 lessons at the start of the semester)
===9 juni 2017 - namiddag===
# Describe the nature and relevance of fluctuations given that it can derived from the Master Equation of Fluctuation Theory that: [[Bestand:P(dV,dT)_term_of_Master_Eequation_of_fluctuation_theory.PNG|400px|center|alternatieve tekst]]
# Prove that for stability conditions in terms of entropy can be related to a minimum in "energy". Relate this to the presence of fluctuations around this minimum.
# Prove that linearization is necessary for obtaining the right formulae for relaxation for a reaction A + B <=> C and not for A <=> B. Give the formulae for the relaxation times for both reactions. What is minimally necessary for a good relaxation experiment and what are the optimal conditions?

===9 juni 2017 - voormiddag===
# Describe the nature and relevance of fluctuations given that it can derived from the Master Equation of Fluctuation Theory that: [[Bestand:P(dV,dT)_term_of_Master_Eequation_of_fluctuation_theory.PNG|400px|center|alternatieve tekst]]
# Derive the Stokes-Einstein relation starting from the Langevin equation.
# Relaxation:
## How can one perturbate an equilibrium?
## Which assumptions does one have to make deriving the relaxation formulae?
## Derive relaxation formulae for the reactions A + B <=> C + D and A <=> B.
## What is minimally necessary for a good relaxation experiment?

===Oude examenvragen===
# Beschrijf fluctuaties.
# Leid formules af voor de amplitude van een relaxatiesignaal met faseverschuiving.
# Leid Langevin vergelijking af.

Dynamics of Chemical and Biochemical Systems

2017-08-24T10:16:01Z

Xana.schoubben: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
Vak op 6 stp gedoceerd door Koen Clays. De helft van de examenpunten staat op een presentatie die gaat over statistical thermodynamics. De andere helft is een gesloten-boek, mondeling examen over de cursus, bevattende hoofdstukken over (1) stabiliteit, (2) fluctuaties, (3) diffusie, (4) Langevin, (5) relaxatie, (6) evolutie. Het laatste hoofdstuk werd de laatste 2 jaar weggelaten. De cursus die men krijgt bij de CuDi bevat eveneens delen van Guido Maes (die het vak enkele jaren geleden even overnam) met extra uitleg, die GEEN leerstof zijn voor het examen. Deze zijn gekarakteriseerd door een kleiner lettertype met kleinere interlinie. In het begin van het semester zijn er 2 introlessen over statistische thermodynamica, die theoretisch gezien leerstof zijn. Desalniettemin heeft hij hiervan nog nooit een vraag gesteld op het examen. Op het mondeling kan er wel nog een kleine vraag komen over een belangrijk concept of idee van je eigen presentatie (niet van de presentaties van de anderen). Dit is echter niet zeker, want vaak vergeet hij die extra vraag te stellen.

==Examenvragen==
===24 augustus 2017 - voormiddag===
# Prove that the stability condition in terms of increase in entropy can be related to a minimun in "energy". Relate this to the presence of fluctuations around this minimun.
Extra question during oral: You have 2 graphs from the course text and he asks which one is more fundamental: G or S?
# What's the relation between the Fick's law of diffusion and the Langevin equation for the diffusion coëfficiënt in terms of temperature and friction?
Extra question during oral: What is Rh (hydrodynamic radius)?
# Give a simple graphic example of the relation between statistical thermodyamics, the partition function and the chemical equilibrium constant. Give an example of products and reagents for which your simple example is valid.
(this is about the first 2 lessons at the start of the semester)
===9 juni 2017 - namiddag===
# Describe the nature and relevance of fluctuations given that it can derived from the Master Equation of Fluctuation Theory that: [[Bestand:P(dV,dT)_term_of_Master_Eequation_of_fluctuation_theory.PNG|400px|center|alternatieve tekst]]
# Prove that for stability conditions in terms of entropy can be related to a minimum in "energy". Relate this to the presence of fluctuations around this minimum.
# Prove that linearization is necessary for obtaining the right formulae for relaxation for a reaction A + B <=> C and not for A <=> B. Give the formulae for the relaxation times for both reactions. What is minimally necessary for a good relaxation experiment and what are the optimal conditions?

===9 juni 2017 - voormiddag===
# Describe the nature and relevance of fluctuations given that it can derived from the Master Equation of Fluctuation Theory that: [[Bestand:P(dV,dT)_term_of_Master_Eequation_of_fluctuation_theory.PNG|400px|center|alternatieve tekst]]
# Derive the Stokes-Einstein relation starting from the Langevin equation.
# Relaxation:
## How can one perturbate an equilibrium?
## Which assumptions does one have to make deriving the relaxation formulae?
## Derive relaxation formulae for the reactions A + B <=> C + D and A <=> B.
## What is minimally necessary for a good relaxation experiment?

===Oude examenvragen===
# Beschrijf fluctuaties.
# Leid formules af voor de amplitude van een relaxatiesignaal met faseverschuiving.
# Leid Langevin vergelijking af.

Gevorderde Anorganische Chemie

2017-08-24T10:06:33Z

Xana.schoubben: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
Vervolg op Metalen en katalyse uit de 2e bachelor. Wordt gegeven door professor Binnemans en professor Hendrickx.

==Examenvragen==
===21 augustus 2017===
====Koen Binnemans====
#
#*Welke defecten komen voor?
#*Waarom leiden verbindingen met defecten tot stabielere verbindingen?
#*Wat is het verschil in samenstelling van verbindingen met defecten en niet-stoichiometrische verbindingen?
#*Waarom komen stoichiometrische verbindingen meer voor bij transitiemetalen dan bij de hoofdgroepelementen?
#*Wet van Vagard
#
#*Waarom zijn er meer verbindinge met Xe bekend dan met Ar? Waarom zijn er geen verbindingen van He terug te vinden?
#*Wat wordt gevormd wanneer UV fotolyse van acetyleen wordt uitgevoerd in een Xenon matrix bij een temperatuur van minder dan 10K?
#*Xe is fcc, a, MM en Na gegeven, bepaal de massadichtheid
#Fasediagram van Cu en Ag. Bespreek alle zone's en geef aan welke component aanwezig is en in welke toestand.

====Mark Hendrickx====
#Berekening voor linear H3 molecule via Hückelberekening. Oplossingen van cyclische structuur gegeven. Maak een voorspelling van de werkelijke structuur.
#Via LVT sigma donor, pi donor en pi acceptor uitleggen. Geef voor elk type een voorbeeld van een ligand en geef de volgorde van de spectrochemische reeks.
===31 januari 2017===
====Koen Binnemans====
#Bespreek [Re2Cl8] volledig: structuur en chemische binding
#vraag met berekenen van Na (Avogadro), alles gegeven voor Ni
#Bepalen van kristalstructuur van Fe, straal, massadichtheid en molaire massa gegeven (het was alpha ijzer als antwoord).
#Gegeven: fasediagram van S bespreek volledig (wat is rhombic en monoclinic, wat zijn de lijnstukken, hoeveel tripelpunten,...)

====Mark Hendrickx====
#Bespreek SF6 binnen MOT (MO diagram zelf geven), vergelijk met lewistheorie en VBT. Bepaal de bindingsorde.
#hoofdstuk 3: wat is een toestandsdensiteit? uileggen voor 1D-rooster en 3D-rooster, uitleggen hoe de toestandsdensiteit experimenteel wordt bepaald en uitleggen wat het verschil is tussen een metaal en semi-metaal. wat is chemische potentiaal en ferminiveau, situeer dit voor geleider, half-geleider en isolator. Fermi Dirac en Maxwell Boltzmann gegeven en vergelijken: uitleggen onder welke omstandigheden Maxwell Boltzmann gebruikt mag worden. Iets van Ethaan en disilaan => diamant en vast silicium.

===20 januari 2017===
====Koen Binnemans====
#verschil tussel aluminosilicaten en aluminiumsilicaten
#waarom tekosilicaten aluminosilicaten zijn (buiten kwarts)
#verschil tussen structuur van kwarts en dat van kwartsglas
#wat is kristalglas en waarom is da zo anders dan vensterglas
#Waarom meer Xe verbindingen dan Ar en waarom geen He verbindingen
#Zeggen wa er gevormd wordt wanneer ge UV fotolyse van acetyleen in een Xe matrix op 10K gaat uitvoeren
#Xe is fcc, a , MM en Na gegeven, bepaal massadichthed
#Fasendiagram van Sn en Pb gegeven die gedeeltelijk mengbaar waren met eutectisch punt => leg per zone uit welke fasen er zijn en bespreek

====Mark Hendrickx====
#Beschrijf gedetailleerd hoe de MOT tot stand komt en geef de elektronenintensiteit. (H°ab(1), H°ab(2) en H st gegeven en den golffunctie gegeven)
#Cr(NH3)6 3+ , spectrum gegeven en da van Cr(NH3)5Cl 2+ , samen met TB d3 diagram (wa ge eigenlijk ni echt nodig hebt) , bespreek de pieken grondig.
#Is Cl- een sterkere of zwakkere ligand dan NH3, bespreek grondig

===26 januari 2016===
====Koen Binnemans====
# Fasediagram van gedeeltelijk mengbare vaste fase bespreken.
#
#*Waarom meer verbindingen met Xe dan Ar? En waarom geen van He?
#* Wat wordt er gevormd bij vast Xe en acetyleen?
#* fcc eenheidscel van Xe. lengte eenheidscel gegeven. Wat is massadichtheid?
#*Welke defecten komen voor?
#* Waarom verbindingen met defecten stabiel?
#* Verschil verbindingen met defecten en niet stoichiometrische verbindingen.
#* Waarom meer niet stoichiometrische verbindingen bij transitiemetalen dan de hoofdgroepelementen?
#* Wet van Vegard.

====Mark Hendrickx====
#* Is atoomstraal of ionstraal absoluut gegeven? (motiveer en geef praktisch gevolg)
#* Wordt 4s bij transitiemetalen opgevuld voor 3d omdat deze lager ligt? (motiveer en gebruik de energieuitdrukkingen)
# Tanabe Sugano van d2 configuratie gegeven
#* Groepeer toestanden per configuratie.
#* Wat betekend deltao en B?
#*Een overgang bij 17200 cm-1 en bij 25600 cm-1
#* Welk type overgangen zijn dit.
#* Schat deltao en B
#* B van vrij ion is 860 cm-1, verklaar het verschil.

===29 januari 2013===
====Binnemans====
#
#*Xe kristaliseert in fcc. Gegeven lengte eenheidscel (620 pm) en PSE: bereken massadichtheid Xe
#*Na heeft bcc. Gegeven massadichtheid (970 kg/mÂ³) en PSE (Mr): bereken lengte eenheidscel.
#*Bijvraag: wat voor een soort grootheid is massadichtheid?
# Tweede vraag: Gegeven: Pourbaix-diagramma Mn. Reactie voor de oxidatie van water en de reductie van H+ (1.23V en 0V).
#*Wat zijn de horizontale/verticale/schuine lijnen in dit diagramma?
#*Kan je Mn elektrolyseren uit een waterige oplossing? (afleiden uit schema)
#*Welke deeltjes zijn stabiel in een waterige oplossing als je weet dat
#** 2H+ (g) + 2e- --> H20 =-(0,059V)pH
#** O2(g) + 4H+ + 4e- --> 2H2O = 1,23V - (0,059V)pH
#*Wat gebeurt er als we een waterige oplossing van MnO4- aanzuren?

====Hendrickx====
#Het krijstallijne KCuAlF6 bevat koperionen met een coördinatiegetal van 6. Uit X-stralengegevens voor deze kristalstructuur blijkt dat er per koperion twee soorten koperfluoride-afstanden bestaan: twee fluoriden op 188 pm en 4 fluoriden op 220 pm. Benoem en verklaar in detail deze experimentele vaststelling.
#Bereken de weergegeven samenstelling en energie van de moleculaire orbitalen van het cyclische H3+ (gelijkzijdige driehoek) met een behulp van de Hückelbenadering. Welk is de grondtoestandsconfiguratie? Voor welk type van binding is dit kleinste polyatomisch molecule een prototype? (tip van Hendrickx zelve: het is niet ammoniak) Benoem en bespreek de elektronische structuur van een anorganisch molecule waar dit type van binding aanwezig is.

=== 3 februari 2012 NM===
====Binnemans====
# Eerste vraag:
#*Xe kristaliseert in fcc. Gegeven lengte eenheidscel (620 pm) en PSE: bereken massadichtheid Xe
#*Na heeft bcc. Gegeven massadichtheid (970 kg/mÂ³) en PSE (Mr): bereken lengte eenheidscel.
#*Bijvraag: hoe is Xe gebonden in kristal? En hoe is Na gebonden?
# Tweede vraag: Gegeven: Pourbaix-diagramma Mn. Reactie voor de oxidatie van water en de reductie van H+ (1.23V en 0V).
#*Wat zijn de horizontale/verticale/schuine lijnen in dit diagramma?
#*Kan je Mn elektrolyseren uit een waterige oplossing? (afleiden uit schema)
#*Welke deeltjes zijn stabiel in een waterige oplossing?
#*Wat gebeurt er als we een waterige oplossing van MnO4- aanzuren?
====Hendrickx====
#Eerste vraag:
#*Is de atoom/ionstraal een absoluut gegeven? (Verklaar en motiveer)
#*Wordt bij de transitiemetalen het 4s ingevuld voor het 3d? Motiveer, gebruik in deze context volgende formules voor een configuratie 4sp3dq
#*epsilon4s=omega4s+(p-1)(4s,4s)+q(3d,4s) en epsilon3d=omega3d+(q-1)(3d,3d)+p(3d,4s)
#Tweede vraag: Gegeven: [Co(CN)6]3- heeft een octaëdrische structuur. Het spectrum bevat pieken op 32050, 38460 en 50600 cm^-1 met respectievelijk extinctiecoëfficiënten van 138, 109, meer dan 2000 M-1cm-1.
#*Om welke soort overgangen gaat het hier (in detail + motiveer).
#*Tot welke soort liganden behoort CN-? (leg uit in detail).
#*Wat zijn Deltao en B? Bereken deze voor dit molecule.
#*Ook gegeven: het TS-diagramma van de d8-groep (zie appendixen cursus). (Je moest zelf bedenken welke overgangen het waren en de rechten uit het TS-diagram zelfs extrapoleren om de juiste verhouding te kunnen vinden!)

=== 31 januari 2012===
====Binnemans====
# Eerste vraag
#*Bereken de dichtheid van Indium in een tetragonaal face centered rooster. (dimensies en PSE met Mr gegeven)
#*Afbeelding van een rooster: benoem en tel het aantal atomen per rooster.
# Tweede vraag:
#*Leg het industrieel productieproces van Al metaal uit bauxiet uit.
#*Ellingham diagram gegeven, motiveer of je Al ook kan bekomen door reductie met C of Ca.Indien ja: waarom is dit proces industrieel niet interessant?

====Hendrickx====
# Leg de VBT uit voor energieminima, densiteitsopbouw, enz.
# Welk ligand geeft het sterkste complex: F- of H2O? Leg volledig uit.
=== 3 februari 2012 VM===
====Binnemans====
#Oefening over stochiometrie bij bepaalde vullingen van ccp en hcp met bepaalde verhouding octaedrische en tetraedrische holten.
#Ellingham diagram gegeven. Een paar vragen bij oplossen.
====Hendrickx====
#Bespreek het CO-molecule. Geef het orbitaalschema en het dipoolmoment, schets het foto-elektronspectrum. Wat voor soort ligand is CO en waarom?
#Bewijs de bandenstructuur aan de hand van het vrij-elektronmodel. Gegeven: formule voor e^{kx} en formule voor impuls. Bespreek ook geleiding en toestandsdensiteit in deze context.

=== 31 januari 2012===
====Binnemans====
# Eerste vraag
#*Bereken de dichtheid van Indium in een tetragonaal face centered rooster. (dimensies en PSE met Mr gegeven)
#*Afbeelding van een rooster: benoem en tel het aantal atomen per rooster.
# Tweede vraag:
#*Leg het industrieel productieproces van Al metaal uit bauxiet uit.
#*Ellingham diagram gegeven, motiveer of je Al ook kan bekomen door reductie met C of Ca.Indien ja: waarom is dit proces industrieel niet interessant?

====Hendrickx====
# Leg de VBT uit voor energieminima, densiteitsopbouw, enz.
# Welk ligand geeft het sterkste complex: F- of H2O? Leg volledig uit.

=== 4 februari 2011 VM===
====Binnemans====
#Gegeven: densiteit en molaire massa van natrium en kubische eenheidscel met roosterparameter
#*Bereken aantal natriumatomen in eenheidscel
#*Wat is de eenheidscel?
#*Bereken atoomstraal van natrium
#10 reacties:
#*Oplossen van goud in koningswater
#*Xenon(II)fluoride met equimolaire hoeveelheden water
#*Xenon(II)fluoride met arseen(V)fluoride
#*Kaliumchromaat aanzuren
#*Bereiding van aluminium: hall-hÃ©roult proces
#*Thermische ontbinding van calciumcarbonaat
#*Xenongas met zuurstofgas
#*Oxidatie van osmium
#*Nog 2 redoxreacties

====Hendrickx====
#TS-diagram d2 complex gegeven
#*Bepaal welke toestanden bij welke configuratie behoren.
#*Leg uit ligandveldparameter en B
#*Twee absorptiebanden gegeven: welke transities zijn dit en waarom
#*Wat voor soort ligand is water
#*Bepaal ligandveldparameter en B voor (V(H2O)6)3+
#*Vergelijk deze waarde van B met de waarde van B voor het vrije ion
#
#*Berekening van energie en geef golffunctie van lineair H3+
#*Vergelijk dit met de driehoekige structuur van H3+ en geef de stabielste structuur

===17 januari 2011===
====Binnemans====
#*Massadichtheid van Au berekenen adhv eenheidscel
#*Roosterparameter a van kubisch rooster van Ag berekenen
#*Hieruit het één en ander besluiten, zoals welke legering ze vormen en in welke verhoudingen ze mengbaar zijn.
#Je kreeg volgend Latimer-diagram: O2 --> H2O2 --> H2O met de E0-waarden boven elke pijl.
#*Je moest zeggen of dit in zuur of basisch milieu was en waarom.
#*Je moest het Frost-diagram van dit Latimer-diagram opstellen.
#*Je moest afleiden adhv E0-waarden en Frost-diagram of H2O2 de neiging heeft om te disproportioneren

====Hendrickx====
#*Deze vraag ging over elektronenconfiguratie. Je moest van bepaalde elementen (in mijn geval Pm, Sm, Eu en Gd) en zeggen waarom Gd afweek van de opvulregel. Hetzelfde moest je doen voor La en nog e paar.
#*Dan moest je ook in het algemeen nog iets zeggen over het aufbauprincipe en waarom deze elementen ervan afweken
#*Je moest via een Huckelberekening een eenvouding MO-diagram geven van een heterodiatomisch molecule gegeven en waarom het meest elektronegatieve atoom altijd lager ligt en stabiliserend is en het meest elektropositieve atoom destabiliserend is enzo.
#*Je moest zeggen met welk atoom een CN- ligand bindt aan een transitiemetaal en wat voor een ligand dit was (sigma-donor, pi-acceptor) en waarom dit zo stabiel is enzo.
#Je kreeg het spectrum van Co(NH3)6 3+.
#*Je moest de juiste bezetting van de eg-t2g orbitalen geven enzo.
#*Je moest de grondtoestand bepalen, en zeggen welke overgangen overeen komen met welke pieken op het spectrum en welke toestanden je hieruit kreeg, en waarom de piek bij de korste golflengte (waarvan je alleen de aanloop lag) zoveel intenser was als de 2 andere pieken.
#*Dan moest je met zo'n TS-diagram de Delta-0 waarde berekenen dacht ik voor een bepaald golfgetal en de nefelauxetische reductie vermelden ivm waarom dit verschilde van een gegeven waarde

Bioinformatica en Modelering

2017-06-28T09:43:01Z

Xana.schoubben: /* 28 juni 2017 (VM) */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie. Gedoceerd door Prof. Marc de Maeyer. Examen mondeling, oefeningen vooraf geÃ«valueerd via verslagen.
In totaal 7 examenvragen, waarvan de eerste twee beide op 5 punten staan en de eerste mondeling besproken moet worden. De rest bestaat uit kleinere vragen van elk 2 punten. Je krijgt altijd (bij het mondeling gedeelte) een vraag waarbij je voor 3 aminozuren, de structuur, drieletter- en Ã©Ã©nlettercode moet geven. 30% van de punten staat op de verslagen van de oefenzittingen.

Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit.

==Examenvragen==
=== 28 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout!
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Bioinformatica en Modelering

2017-06-28T09:38:49Z

Xana.schoubben: /* 28 juni 2017 (VM) */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie. Gedoceerd door Prof. Marc de Maeyer. Examen mondeling, oefeningen vooraf geÃ«valueerd via verslagen.
In totaal 7 examenvragen, waarvan de eerste twee beide op 5 punten staan en de eerste mondeling besproken moet worden. De rest bestaat uit kleinere vragen van elk 2 punten. Je krijgt altijd (bij het mondeling gedeelte) een vraag waarbij je voor 3 aminozuren, de structuur, drieletter- en Ã©Ã©nlettercode moet geven. 30% van de punten staat op de verslagen van de oefenzittingen.

Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit.

==Examenvragen==
=== 28 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.:
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout!
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Gevorderde Anorganische Chemie

2017-01-31T15:44:56Z

Xana.schoubben: /* Mark Hendrickx */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
Vervolg op Metalen en katalyse uit de 2e bachelor. Wordt gegeven door professor Binnemans en professor Hendrickx.

==Examenvragen==
===31 januari 2017===
====Koen Binnemans====
#Bespreek [Re2Cl8] volledig: structuur en chemische binding
#vraag met berekenen van Na (Avogadro), alles gegeven voor Ni
#Bepalen van kristalstructuur van Fe, straal, massadichtheid en molaire massa gegeven (het was alpha ijzer als antwoord).
#Gegeven: fasediagram van S bespreek volledig (wat is rhombic en monoclinic, wat zijn de lijnstukken, hoeveel tripelpunten,...)

====Mark Hendrickx====
#Bespreek SF6 binnen MOT (MO diagram zelf geven), vergelijk met lewistheorie en VBT. Bepaal de bindingsorde.
#hoofdstuk 3: wat is een toestandsdensiteit? uileggen voor 1D-rooster en 3D-rooster, uitleggen hoe de toestandsdensiteit experimenteel wordt bepaald en uitleggen wat het verschil is tussen een metaal en semi-metaal. wat is chemische potentiaal en ferminiveau, situeer dit voor geleider, half-geleider en isolator. Fermi Dirac en Maxwell Boltzmann gegeven en vergelijken: uitleggen onder welke omstandigheden Maxwell Boltzmann gebruikt mag worden. Iets van Ethaan en disilaan => diamant en vast silicium.

===20 januari 2017===
====Koen Binnemans====
#verschil tussel aluminosilicaten en aluminiumsilicaten
#waarom tekosilicaten aluminosilicaten zijn (buiten kwarts)
#verschil tussen structuur van kwarts en dat van kwartsglas
#wat is kristalglas en waarom is da zo anders dan vensterglas
#Waarom meer Xe verbindingen dan Ar en waarom geen He verbindingen
#Zeggen wa er gevormd wordt wanneer ge UV fotolyse van acetyleen in een Xe matrix op 10K gaat uitvoeren
#Xe is fcc, a , MM en Na gegeven, bepaal massadichthed
#Fasendiagram van Sn en Pb gegeven die gedeeltelijk mengbaar waren met eutectisch punt => leg per zone uit welke fasen er zijn en bespreek

====Mark Hendrickx====
#Beschrijf gedetailleerd hoe de MOT tot stand komt en geef de elektronenintensiteit. (H°ab(1), H°ab(2) en H st gegeven en den golffunctie gegeven)
#Cr(NH3)6 3+ , spectrum gegeven en da van Cr(NH3)5Cl 2+ , samen met TB d3 diagram (wa ge eigenlijk ni echt nodig hebt) , bespreek de pieken grondig.
#Is Cl- een sterkere of zwakkere ligand dan NH3, bespreek grondig

===26 januari 2016===
====Koen Binnemans====
# Fasediagram van gedeeltelijk mengbare vaste fase bespreken.
#
#*Waarom meer verbindingen met Xe dan Ar? En waarom geen van He?
#* Wat wordt er gevormd bij vast Xe en acetyleen?
#* fcc eenheidscel van Xe. lengte eenheidscel gegeven. Wat is massadichtheid?
#*Welke defecten komen voor?
#* Waarom verbindingen met defecten stabiel?
#* Verschil verbindingen met defecten en niet stoichiometrische verbindingen.
#* Waarom meer niet stoichiometrische verbindingen bij transitiemetalen dan de hoofdgroepelementen?
#* Wet van Vegard.

====Mark Hendrickx====
#* Is atoomstraal of ionstraal absoluut gegeven? (motiveer en geef praktisch gevolg)
#* Wordt 4s bij transitiemetalen opgevuld voor 3d omdat deze lager ligt? (motiveer en gebruik de energieuitdrukkingen)
# Tanabe Sugano van d2 configuratie gegeven
#* Groepeer toestanden per configuratie.
#* Wat betekend deltao en B?
#*Een overgang bij 17200 cm-1 en bij 25600 cm-1
#* Welk type overgangen zijn dit.
#* Schat deltao en B
#* B van vrij ion is 860 cm-1, verklaar het verschil.

===29 januari 2013===
====Binnemans====
#
#*Xe kristaliseert in fcc. Gegeven lengte eenheidscel (620 pm) en PSE: bereken massadichtheid Xe
#*Na heeft bcc. Gegeven massadichtheid (970 kg/mÂ³) en PSE (Mr): bereken lengte eenheidscel.
#*Bijvraag: wat voor een soort grootheid is massadichtheid?
# Tweede vraag: Gegeven: Pourbaix-diagramma Mn. Reactie voor de oxidatie van water en de reductie van H+ (1.23V en 0V).
#*Wat zijn de horizontale/verticale/schuine lijnen in dit diagramma?
#*Kan je Mn elektrolyseren uit een waterige oplossing? (afleiden uit schema)
#*Welke deeltjes zijn stabiel in een waterige oplossing als je weet dat
#** 2H+ + 2e- --> H2 E0=-(0,059V)pH
#** O2(g) + 4H+ + 4e- --> 2H2O E0= 1,23V - (0,059V)pH
#*Wat gebeurt er als we een waterige oplossing van MnO4- aanzuren?
====Hendrickx====
#Het krijstallijne KCuAlF6 bevat koperionen met een coÃ¶rdinatiegetal van 6. Uit X-stralengegevens voor deze kristalstructuur blijkt dat er per koperion twee soorten koperfluoride-afstanden bestaa: twee fluoriden op 188 pm en 4 fluoriden op 220 pm. Benoem en verklaar in detail deze experimentele vaststelling.
#Bereken de weergegeven samenstelling en energie van de moleculaire orbitalen van het cyclische H3+ (gelijkzijdige driehoek) met een behulp van de HÃ¼ckelbenadering. Welk is de grondtoestandsconfiguratie? Voor welk type van binding is dit kleinsta polyatomisch molecule een prototype? (tip van Hendrickx zelve: het is niet ammoniak) Benoem en bespreek de elektronische structuur van een anorganisch molecule waar dit type van binding aanwezig is.

=== 3 februari 2012 NM===
====Binnemans====
# Eerste vraag:
#*Xe kristaliseert in fcc. Gegeven lengte eenheidscel (620 pm) en PSE: bereken massadichtheid Xe
#*Na heeft bcc. Gegeven massadichtheid (970 kg/mÂ³) en PSE (Mr): bereken lengte eenheidscel.
#*Bijvraag: hoe is Xe gebonden in kristal? En hoe is Na gebonden?
# Tweede vraag: Gegeven: Pourbaix-diagramma Mn. Reactie voor de oxidatie van water en de reductie van H+ (1.23V en 0V).
#*Wat zijn de horizontale/verticale/schuine lijnen in dit diagramma?
#*Kan je Mn elektrolyseren uit een waterige oplossing? (afleiden uit schema)
#*Welke deeltjes zijn stabiel in een waterige oplossing?
#*Wat gebeurt er als we een waterige oplossing van MnO4- aanzuren?
====Hendrickx====
#Eerste vraag:
#*Is de atoom/ionstraal een absoluut gegeven? (Verklaar en motiveer)
#*Wordt bij de transitiemetalen het 4s ingevuld voor het 3d? Motiveer, gebruik in deze context volgende formules voor een configuratie 4sp3dq
#*epsilon4s=omega4s+(p-1)(4s,4s)+q(3d,4s) en epsilon3d=omega3d+(q-1)(3d,3d)+p(3d,4s)
#Tweede vraag: Gegeven: [Co(CN)6]3- heeft een octaÃ«drische structuur. Het spectrum bevat pieken op 32050, 38460 en 50600 cm^-1 met respectievelijk extinctiecoÃ«fficiÃ«nten van 138, 109, meer dan 2000 M-1cm-1.
#*Om welke soort overgangen gaat het hier (in detail + motiveer).
#*Tot welke soort liganden behoort CN-? (leg uit in detail).
#*Wat zijn Deltao en B? Bereken deze voor dit molecule.
#*Ook gegeven: het TS-diagramma van de d8-groep (zie appendixen cursus). (Je moest zelf bedenken welke overgangen het waren en de rechten uit het TS-diagram zelfs extrapoleren om de juiste verhouding te kunnen vinden!)

=== 31 januari 2012===
====Binnemans====
# Eerste vraag
#*Bereken de dichtheid van Indium in een tetragonaal face centered rooster. (dimensies en PSE met Mr gegeven)
#*Afbeelding van een rooster: benoem en tel het aantal atomen per rooster.
# Tweede vraag:
#*Leg het industrieel productieproces van Al metaal uit bauxiet uit.
#*Ellingham diagram gegeven, motiveer of je Al ook kan bekomen door reductie met C of Ca.Indien ja: waarom is dit proces industrieel niet interessant?

====Hendrickx====
# Leg de VBT uit voor energieminima, densiteitsopbouw, enz.
# Welk ligand geeft het sterkste complex: F- of H2O? Leg volledig uit.
=== 3 februari 2012 VM===
====Binnemans====
#Oefening over stochiometrie bij bepaalde vullingen van ccp en hcp met bepaalde verhouding octaedrische en tetraedrische holten.
#Ellingham diagram gegeven. Een paar vragen bij oplossen.
====Hendrickx====
#Bespreek het CO-molecule. Geef het orbitaalschema en het dipoolmoment, schets het foto-elektronspectrum. Wat voor soort ligand is CO en waarom?
#Bewijs de bandenstructuur aan de hand van het vrij-elektronmodel. Gegeven: formule voor <math>e^{kx}</math> en formule voor impuls.Bespreek ook geleiding en toestandsdensiteit in deze context.
=== 31 januari 2012===
====Binnemans====
# Eerste vraag
#*Bereken de dichtheid van Indium in een tetragonaal face centered rooster. (dimensies en PSE met Mr gegeven)
#*Afbeelding van een rooster: benoem en tel het aantal atomen per rooster.
# Tweede vraag:
#*Leg het industrieel productieproces van Al metaal uit bauxiet uit.
#*Ellingham diagram gegeven, motiveer of je Al ook kan bekomen door reductie met C of Ca.Indien ja: waarom is dit proces industrieel niet interessant?

====Hendrickx====
# Leg de VBT uit voor energieminima, densiteitsopbouw, enz.
# Welk ligand geeft het sterkste complex: F- of H2O? Leg volledig uit.

=== 4 februari 2011 VM===
====Binnemans====
#Gegeven: densiteit en molaire massa van natrium en kubische eenheidscel met roosterparameter
#*Bereken aantal natriumatomen in eenheidscel
#*Wat is de eenheidscel?
#*Bereken atoomstraal van natrium
#10 reacties:
#*Oplossen van goud in koningswater
#*Xenon(II)fluoride met equimolaire hoeveelheden water
#*Xenon(II)fluoride met arseen(V)fluoride
#*Kaliumchromaat aanzuren
#*Bereiding van aluminium: hall-hÃ©roult proces
#*Thermische ontbinding van calciumcarbonaat
#*Xenongas met zuurstofgas
#*Oxidatie van osmium
#*Nog 2 redoxreacties

====Hendrickx====
#TS-diagram d2 complex gegeven
#*Bepaal welke toestanden bij welke configuratie behoren.
#*Leg uit ligandveldparameter en B
#*Twee absorptiebanden gegeven: welke transities zijn dit en waarom
#*Wat voor soort ligand is water
#*Bepaal ligandveldparameter en B voor (V(H2O)6)3+
#*Vergelijk deze waarde van B met de waarde van B voor het vrije ion
#
#*Berekening van energie en geef golffunctie van lineair H3+
#*Vergelijk dit met de driehoekige structuur van H3+ en geef de stabielste structuur

===17 januari 2011===
====Binnemans====
#*Massadichtheid van Au berekenen adhv eenheidscel
#*Roosterparameter a van kubisch rooster van Ag berekenen
#*Hieruit het Ã©Ã©n en ander besluiten, zoals welke legering ze vormen en in welke verhoudingen ze mengbaar zijn.
#Je kreeg volgend Latimer-diagram: O2 --> H2O2 --> H2O met de E0-waarden boven elke pijl.
#*Je moest zeggen of dit in zuur of basisch milieu was en waarom.
#*Je moest het Frost-diagram van dit Latimer-diagram opstellen.
#*Je moest afleiden adhv E0-waarden en Frost-diagram of H2O2 de neiging heeft om te disproportioneren

====Hendrickx====
#*Deze vraag ging over elektronenconfiguratie. Je moest van bepaalde elementen (in mijn geval Pm, Sm, Eu en Gd) en zeggen waarom Gd afweek van de opvulregel. Hetzelfde moest je doen voor La en nog e paar.
#*Dan moest je ook in het algemeen nog iets zeggen over het aufbauprincipe en waarom deze elementen ervan afweken
#*Je moest via een Huckelberekening een eenvouding MO-diagram geven van een heterodiatomisch molecule gegeven en waarom het meest elektronegatieve atoom altijd lager ligt en stabiliserend is en het meest elektropositieve atoom destabiliserend is enzo.
#*Je moest zeggen met welk atoom een CN- ligand bindt aan een transitiemetaal en wat voor een ligand dit was (sigma-donor, pi-acceptor) en waarom dit zo stabiel is enzo.
#Je kreeg het spectrum van Co(NH3)6 3+.
#*Je moest de juiste bezetting van de eg-t2g orbitalen geven enzo.
#*Je moest de grondtoestand bepalen, en zeggen welke overgangen overeen komen met welke pieken op het spectrum en welke toestanden je hieruit kreeg, en waarom de piek bij de korste golflengte (waarvan je alleen de aanloop lag) zoveel intenser was als de 2 andere pieken.
#*Dan moest je met zo'n TS-diagram de Delta-0 waarde berekenen dacht ik voor een bepaald golfgetal en de nefelauxetische reductie vermelden ivm waarom dit verschilde van een gegeven waarde</text>

Gevorderde Anorganische Chemie

2017-01-31T15:41:37Z

Xana.schoubben: /* Koen Binnemans */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
Vervolg op Metalen en katalyse uit de 2e bachelor. Wordt gegeven door professor Binnemans en professor Hendrickx.

==Examenvragen==
===31 januari 2017===
====Koen Binnemans====
#Bespreek [Re2Cl8] volledig: structuur en chemische binding
#vraag met berekenen van Na (Avogadro), alles gegeven voor Ni
#Bepalen van kristalstructuur van Fe, straal, massadichtheid en molaire massa gegeven (het was alpha ijzer als antwoord).
#Gegeven: fasediagram van S bespreek volledig (wat is rhombic en monoclinic, wat zijn de lijnstukken, hoeveel tripelpunten,...)

====Mark Hendrickx====
#Bespreek SF6 binnen MOT (MO diagram zelf geven), vergelijk met lewistheorie en VBT. Bepaal de bindingsorde.
#hoofdstuk 3: wat is een toestandsdensiteit? 1D en 3D, wat is chemische potentiaal en ferminiveau. Fermi Dirac en Maxwell Boltzmann gegeven en vergelijken.Iets van Ethaan en disilaan => diamant en vast silicium.

===20 januari 2017===
====Koen Binnemans====
#verschil tussel aluminosilicaten en aluminiumsilicaten
#waarom tekosilicaten aluminosilicaten zijn (buiten kwarts)
#verschil tussen structuur van kwarts en dat van kwartsglas
#wat is kristalglas en waarom is da zo anders dan vensterglas
#Waarom meer Xe verbindingen dan Ar en waarom geen He verbindingen
#Zeggen wa er gevormd wordt wanneer ge UV fotolyse van acetyleen in een Xe matrix op 10K gaat uitvoeren
#Xe is fcc, a , MM en Na gegeven, bepaal massadichthed
#Fasendiagram van Sn en Pb gegeven die gedeeltelijk mengbaar waren met eutectisch punt => leg per zone uit welke fasen er zijn en bespreek

====Mark Hendrickx====
#Beschrijf gedetailleerd hoe de MOT tot stand komt en geef de elektronenintensiteit. (H°ab(1), H°ab(2) en H st gegeven en den golffunctie gegeven)
#Cr(NH3)6 3+ , spectrum gegeven en da van Cr(NH3)5Cl 2+ , samen met TB d3 diagram (wa ge eigenlijk ni echt nodig hebt) , bespreek de pieken grondig.
#Is Cl- een sterkere of zwakkere ligand dan NH3, bespreek grondig

===26 januari 2016===
====Koen Binnemans====
# Fasediagram van gedeeltelijk mengbare vaste fase bespreken.
#
#*Waarom meer verbindingen met Xe dan Ar? En waarom geen van He?
#* Wat wordt er gevormd bij vast Xe en acetyleen?
#* fcc eenheidscel van Xe. lengte eenheidscel gegeven. Wat is massadichtheid?
#*Welke defecten komen voor?
#* Waarom verbindingen met defecten stabiel?
#* Verschil verbindingen met defecten en niet stoichiometrische verbindingen.
#* Waarom meer niet stoichiometrische verbindingen bij transitiemetalen dan de hoofdgroepelementen?
#* Wet van Vegard.

====Mark Hendrickx====
#* Is atoomstraal of ionstraal absoluut gegeven? (motiveer en geef praktisch gevolg)
#* Wordt 4s bij transitiemetalen opgevuld voor 3d omdat deze lager ligt? (motiveer en gebruik de energieuitdrukkingen)
# Tanabe Sugano van d2 configuratie gegeven
#* Groepeer toestanden per configuratie.
#* Wat betekend deltao en B?
#*Een overgang bij 17200 cm-1 en bij 25600 cm-1
#* Welk type overgangen zijn dit.
#* Schat deltao en B
#* B van vrij ion is 860 cm-1, verklaar het verschil.

===29 januari 2013===
====Binnemans====
#
#*Xe kristaliseert in fcc. Gegeven lengte eenheidscel (620 pm) en PSE: bereken massadichtheid Xe
#*Na heeft bcc. Gegeven massadichtheid (970 kg/mÂ³) en PSE (Mr): bereken lengte eenheidscel.
#*Bijvraag: wat voor een soort grootheid is massadichtheid?
# Tweede vraag: Gegeven: Pourbaix-diagramma Mn. Reactie voor de oxidatie van water en de reductie van H+ (1.23V en 0V).
#*Wat zijn de horizontale/verticale/schuine lijnen in dit diagramma?
#*Kan je Mn elektrolyseren uit een waterige oplossing? (afleiden uit schema)
#*Welke deeltjes zijn stabiel in een waterige oplossing als je weet dat
#** 2H+ + 2e- --> H2 E0=-(0,059V)pH
#** O2(g) + 4H+ + 4e- --> 2H2O E0= 1,23V - (0,059V)pH
#*Wat gebeurt er als we een waterige oplossing van MnO4- aanzuren?
====Hendrickx====
#Het krijstallijne KCuAlF6 bevat koperionen met een coÃ¶rdinatiegetal van 6. Uit X-stralengegevens voor deze kristalstructuur blijkt dat er per koperion twee soorten koperfluoride-afstanden bestaa: twee fluoriden op 188 pm en 4 fluoriden op 220 pm. Benoem en verklaar in detail deze experimentele vaststelling.
#Bereken de weergegeven samenstelling en energie van de moleculaire orbitalen van het cyclische H3+ (gelijkzijdige driehoek) met een behulp van de HÃ¼ckelbenadering. Welk is de grondtoestandsconfiguratie? Voor welk type van binding is dit kleinsta polyatomisch molecule een prototype? (tip van Hendrickx zelve: het is niet ammoniak) Benoem en bespreek de elektronische structuur van een anorganisch molecule waar dit type van binding aanwezig is.

=== 3 februari 2012 NM===
====Binnemans====
# Eerste vraag:
#*Xe kristaliseert in fcc. Gegeven lengte eenheidscel (620 pm) en PSE: bereken massadichtheid Xe
#*Na heeft bcc. Gegeven massadichtheid (970 kg/mÂ³) en PSE (Mr): bereken lengte eenheidscel.
#*Bijvraag: hoe is Xe gebonden in kristal? En hoe is Na gebonden?
# Tweede vraag: Gegeven: Pourbaix-diagramma Mn. Reactie voor de oxidatie van water en de reductie van H+ (1.23V en 0V).
#*Wat zijn de horizontale/verticale/schuine lijnen in dit diagramma?
#*Kan je Mn elektrolyseren uit een waterige oplossing? (afleiden uit schema)
#*Welke deeltjes zijn stabiel in een waterige oplossing?
#*Wat gebeurt er als we een waterige oplossing van MnO4- aanzuren?
====Hendrickx====
#Eerste vraag:
#*Is de atoom/ionstraal een absoluut gegeven? (Verklaar en motiveer)
#*Wordt bij de transitiemetalen het 4s ingevuld voor het 3d? Motiveer, gebruik in deze context volgende formules voor een configuratie 4sp3dq
#*epsilon4s=omega4s+(p-1)(4s,4s)+q(3d,4s) en epsilon3d=omega3d+(q-1)(3d,3d)+p(3d,4s)
#Tweede vraag: Gegeven: [Co(CN)6]3- heeft een octaÃ«drische structuur. Het spectrum bevat pieken op 32050, 38460 en 50600 cm^-1 met respectievelijk extinctiecoÃ«fficiÃ«nten van 138, 109, meer dan 2000 M-1cm-1.
#*Om welke soort overgangen gaat het hier (in detail + motiveer).
#*Tot welke soort liganden behoort CN-? (leg uit in detail).
#*Wat zijn Deltao en B? Bereken deze voor dit molecule.
#*Ook gegeven: het TS-diagramma van de d8-groep (zie appendixen cursus). (Je moest zelf bedenken welke overgangen het waren en de rechten uit het TS-diagram zelfs extrapoleren om de juiste verhouding te kunnen vinden!)

=== 31 januari 2012===
====Binnemans====
# Eerste vraag
#*Bereken de dichtheid van Indium in een tetragonaal face centered rooster. (dimensies en PSE met Mr gegeven)
#*Afbeelding van een rooster: benoem en tel het aantal atomen per rooster.
# Tweede vraag:
#*Leg het industrieel productieproces van Al metaal uit bauxiet uit.
#*Ellingham diagram gegeven, motiveer of je Al ook kan bekomen door reductie met C of Ca.Indien ja: waarom is dit proces industrieel niet interessant?

====Hendrickx====
# Leg de VBT uit voor energieminima, densiteitsopbouw, enz.
# Welk ligand geeft het sterkste complex: F- of H2O? Leg volledig uit.
=== 3 februari 2012 VM===
====Binnemans====
#Oefening over stochiometrie bij bepaalde vullingen van ccp en hcp met bepaalde verhouding octaedrische en tetraedrische holten.
#Ellingham diagram gegeven. Een paar vragen bij oplossen.
====Hendrickx====
#Bespreek het CO-molecule. Geef het orbitaalschema en het dipoolmoment, schets het foto-elektronspectrum. Wat voor soort ligand is CO en waarom?
#Bewijs de bandenstructuur aan de hand van het vrij-elektronmodel. Gegeven: formule voor <math>e^{kx}</math> en formule voor impuls.Bespreek ook geleiding en toestandsdensiteit in deze context.
=== 31 januari 2012===
====Binnemans====
# Eerste vraag
#*Bereken de dichtheid van Indium in een tetragonaal face centered rooster. (dimensies en PSE met Mr gegeven)
#*Afbeelding van een rooster: benoem en tel het aantal atomen per rooster.
# Tweede vraag:
#*Leg het industrieel productieproces van Al metaal uit bauxiet uit.
#*Ellingham diagram gegeven, motiveer of je Al ook kan bekomen door reductie met C of Ca.Indien ja: waarom is dit proces industrieel niet interessant?

====Hendrickx====
# Leg de VBT uit voor energieminima, densiteitsopbouw, enz.
# Welk ligand geeft het sterkste complex: F- of H2O? Leg volledig uit.

=== 4 februari 2011 VM===
====Binnemans====
#Gegeven: densiteit en molaire massa van natrium en kubische eenheidscel met roosterparameter
#*Bereken aantal natriumatomen in eenheidscel
#*Wat is de eenheidscel?
#*Bereken atoomstraal van natrium
#10 reacties:
#*Oplossen van goud in koningswater
#*Xenon(II)fluoride met equimolaire hoeveelheden water
#*Xenon(II)fluoride met arseen(V)fluoride
#*Kaliumchromaat aanzuren
#*Bereiding van aluminium: hall-hÃ©roult proces
#*Thermische ontbinding van calciumcarbonaat
#*Xenongas met zuurstofgas
#*Oxidatie van osmium
#*Nog 2 redoxreacties

====Hendrickx====
#TS-diagram d2 complex gegeven
#*Bepaal welke toestanden bij welke configuratie behoren.
#*Leg uit ligandveldparameter en B
#*Twee absorptiebanden gegeven: welke transities zijn dit en waarom
#*Wat voor soort ligand is water
#*Bepaal ligandveldparameter en B voor (V(H2O)6)3+
#*Vergelijk deze waarde van B met de waarde van B voor het vrije ion
#
#*Berekening van energie en geef golffunctie van lineair H3+
#*Vergelijk dit met de driehoekige structuur van H3+ en geef de stabielste structuur

===17 januari 2011===
====Binnemans====
#*Massadichtheid van Au berekenen adhv eenheidscel
#*Roosterparameter a van kubisch rooster van Ag berekenen
#*Hieruit het Ã©Ã©n en ander besluiten, zoals welke legering ze vormen en in welke verhoudingen ze mengbaar zijn.
#Je kreeg volgend Latimer-diagram: O2 --> H2O2 --> H2O met de E0-waarden boven elke pijl.
#*Je moest zeggen of dit in zuur of basisch milieu was en waarom.
#*Je moest het Frost-diagram van dit Latimer-diagram opstellen.
#*Je moest afleiden adhv E0-waarden en Frost-diagram of H2O2 de neiging heeft om te disproportioneren

====Hendrickx====
#*Deze vraag ging over elektronenconfiguratie. Je moest van bepaalde elementen (in mijn geval Pm, Sm, Eu en Gd) en zeggen waarom Gd afweek van de opvulregel. Hetzelfde moest je doen voor La en nog e paar.
#*Dan moest je ook in het algemeen nog iets zeggen over het aufbauprincipe en waarom deze elementen ervan afweken
#*Je moest via een Huckelberekening een eenvouding MO-diagram geven van een heterodiatomisch molecule gegeven en waarom het meest elektronegatieve atoom altijd lager ligt en stabiliserend is en het meest elektropositieve atoom destabiliserend is enzo.
#*Je moest zeggen met welk atoom een CN- ligand bindt aan een transitiemetaal en wat voor een ligand dit was (sigma-donor, pi-acceptor) en waarom dit zo stabiel is enzo.
#Je kreeg het spectrum van Co(NH3)6 3+.
#*Je moest de juiste bezetting van de eg-t2g orbitalen geven enzo.
#*Je moest de grondtoestand bepalen, en zeggen welke overgangen overeen komen met welke pieken op het spectrum en welke toestanden je hieruit kreeg, en waarom de piek bij de korste golflengte (waarvan je alleen de aanloop lag) zoveel intenser was als de 2 andere pieken.
#*Dan moest je met zo'n TS-diagram de Delta-0 waarde berekenen dacht ik voor een bepaald golfgetal en de nefelauxetische reductie vermelden ivm waarom dit verschilde van een gegeven waarde</text>

Moleculaire Biologie

2017-01-23T12:19:17Z

Xana.schoubben: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door Prof. J.Robben sinds september 2009, vroeger gedoceerd door Prof. M. De Ley. Mondeling examen. Sinds 2013 3 grote vragen en de vierde vraag is kort enkele woordjes of een tekening bespreken.

==Examenvragen==
===23 januari 2017 VM===
#Bespreek aan de hand van een figuur het trombonemodel van DNA-replicatie. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-replicatie komen in dit model naar voor.
#Bespreek de structuur, functie en regulatie van de prokaryote sigma-factor(en).
#Op welke experimentele manier kun je de transcriptiestart met een gegeven promotor bepalen.
#Begrippen:
#*enhancer
#*cDNA kloning
#*figuur van heatshock gen
#*RecBCD-reactieweg

===20 januari 2017===
#transcriptie terminatie bij pro en eukaryoten uitleggen
#bespreek mRNA Cap-structuur bij eukaryoten (biosynthese, structuur, functie) en vergelijk met prokaryoten
#welke moleculaire processen helpen bij de start van translatie bij eukaryoten. (start van matuur mRNA)
#begrippen
#*enhancer
#*yeast two hybrid method
#*tRNA mimicry
#*herschikking van immunoglobinegenen

=== 19 januari 2017 NM===
#Hoe wordt het ara operon gereguleerd?
#Hoe beinvloeden histonen de genexpressie?
#Wat heeft immunoglobuline met transpositie te maken?
#begrippen
#*Sanger sequencing
#*zinkvinger (afbeelding)
#*polysoom
#*beta-klemlader

=== 16 januari 2017 NM===
#Scanningscomplex van translatie initiatie bij eukaryoten
#Methoden om binding van eiwitten aan DNA te bestuderen
#recA welke functies en werking
#begrippen
#*sanger sequencing
#*tekening zink vingers
#*U2 snRNP
#*stopcodonsuppressie

===16 januari 2017 VM===
#telomeren
#transcriptie bij eukaryoten
#intron/extron splicing
#begrippen
#*cDNA
#*enhancer
#*tekening RNA mimicry
#*recombinatie bij hemoglobine

===16 aug 2016 NM===
#Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?
#Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)
#Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
#Woordjes:
#*Sanger methode
#*Tekening Zinkvinger
#*histonacetyltransferase HAT
#*DNA-mismatch repair

===27 januari 2016===
#Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie
#Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten
#Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.
#Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA

===25 januari 2016===
#trp en attenuatie
#chromatinestructuur
#translatie initiatie eukaryoten + regulatie
#Woordjes:
#*foto footprinting
#*cap mRNA
#*base-excinsieherstel
#*retrotransposons

===18 januari 2016 VM===
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.
#Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.
#Woordjes:
#*Sanger-sequencing
#*Foto van antiterminatie â€“ terminatie
#*Nucleosoom
#*DNA-mismatch repair

===15 januari 2016 NM===
#Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;
#Kleine vraagjes:
#*Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.
#*Leu-zipper
#*Peptidyltransferase
#*Retrotransposons

===14 januari 2016 NM===
#Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.
#Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen.
#BacteriÃ«le transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.
#Woordjes:
#*Northern blotting
#*wobble base paring
#*u6
#*en zo die haarspeld van heatshok

===13 januari 2016===
#Terminatie van transcriptie bij prokaryoten
#Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II
#Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen
#Woordjes:
#*S1 mapping
#*RNA-DNA hybride met intron
#*eIF2 alfa
#*Holliday junctie

===26 januari 2015===
#5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna
#catabolic activator protein structuur en functie
#wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op
#tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination

===14 januari 2015===
#verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten
#alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven
#genconversie uitleggen aan de hand van een figuur
#woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning

===12 januari 2015 (NM)===
#Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen
#Splicing
#RecBCD
#begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e

===12 januari 2015 (VM)===
#transcriptie-initiatie
#translate-elongatie
#transposons bacterie
#woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie

===16 jan 2015===
#Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?
#Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.
#Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?
#Kleine vragen:
#*Afbeelding van een Zn-Vinger
#*Wat is een replisoom?
#*Wat is stopcodon supressie.
#*Bespreek de beta klemlader.

===3 september 2014===
# Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
# Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).
#* Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?
# Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
# Termen:
#* Northern Blotting
#* topoisomerase
#* alternatieve splicing
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===28 Augustus 2014===
# Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?
# Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.
#* Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)
# Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?
# Termen:
#* DNA footprinting
#* telomerase
#* Rollende cirkel replicatie
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===27 januari 2014 (voormiddag)===
# hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)
# waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?
# translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen
# woordjes:
#*antiterminatie
#*ticketing hypothese ofzoiets
#*BER
#*van die eiwitten iets met die herschikkingen

===17 jan 2014 (namiddag)===
#bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten
#bespreek de translatie elongatie cyclus
#bespreek RNA splicing
#woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie

===16 jan 2014 (namiddag)===
# Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteÃ¯ne (CAP)
# Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie
# Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?
# Leg uit:
#* nucleaire receptoren
#* polyadenylatiesignalen
#* stopcodonsuppressors
#* bacteriÃ«le transposons

=== 15 jan 2014 (voormiddag) ===
# Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.
# Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.
# De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Epitoop tagging
#* Type II introns
#* Kozak sequentie
#* Holliday-verbinding

===13 jan 2014 (namiddag) ===
# Transcriptie initiatie bij prokaryoten
# Splicing
# Leg uit:
#*A-DNA
#*Southern blotting
#*HAT
#*eIF4E
# Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)

===13 jan 2014 (voormiddag)===
# bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen
# mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot
# wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe
# leg uit:
#*rho
#*zinkvinger
#*peptidyltransferase
#*splicingsignalen

=== 28 jan 2013(voormiddag) ===

# Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.
# Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* cDNA kloning
#* Figuur van polyadenyleringscomplex
#* Heat shock response
#* Rolling circle replicatie

=== 16 jan 2012(voormiddag) ===

# Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.
# Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Zinkvinger
#* Ribozyme
#* Tekening van tRNA-mimicry
#* Telomerase

=== 24 jan 2011 (voormiddag) ===

idem 18 januari 2010

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beÃ¯nvloeden
# Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit.
#* Leg uit
#* hoe doet men dit experimenteel
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte
#* lariat
#* eIF2 alfa
#* wobble
#* tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)

=== 17 jan 2011 (voormiddag) ===

# Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoÃ«nzym)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten
# Verklaar:
#* Lysogenie
#* Histon H1
#* RT-PCR
#* Fig. 21.34 (onderste deel alleen)

=== 29 jan 2010 (voormiddag) ===

# Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.
# Fig 21.18
# Bespreek kort:
#* C-waardeparadox
#* Kozak-sequentie
#* Epitope tagging
#* EF-Tu

=== 19 jan 2010 ===

# Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.
# Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?
# Bespreek kort:
#* Riboswitch
#* TATA
#* Zinkvinger
#* Figuur met vorming thÃ¨ta-structuur

=== 18 jan 2010 ===
# Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.
# Bespreek fig. 14.27
# bespreek kort:
#* Ribosoombindingsplaats
#* Moleculaire mimicrie
#* RACE
#* beta-clamp

=== 11 jan 2010 ===
# Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.
# bespreek kort:
#* lysogenie
#* H1 histonen
#* RT-PCR
#* Fig 21.34

=== 19 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.
# RNA-editing
# fig 4.11
Kaartjes:
# Zink-vinger
# Nick-translatie

=== 16 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.
# Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.
# fig. 14.1
Kaartjes:
# Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.
# Plaatsgerichte mutagenese.

=== 15 jan 2009 (De Ley)===
# DNA:
#* Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).
#* Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.
# Bespreek de eukaryotische polymerases.
# Figuur van pBR322 bespreken.
Kaartjes:
# Zink-vinger
# fig 9.7

=== 25 jan 2008 (De Ley)===
# Plaats gerichte mutagenese.
# Trp operon.
# Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)
# Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.
# Foto van RNA editing.
Kaartjes:
# Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.
# Verschil tussen DNase en DMS footprinting.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)
# Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)
# figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)
Kaartjes:
# Merodiploid: constitutieve operator.
# ProteÃ¯ne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).

=== 17 jan 2008 (De Ley)===
# Expressievectoren.
# Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).
# fig 9.14 (vierde editie)
Kaartjes:
# Epitope tagging
# fig 13.10

=== 14 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek het trp operon.
# Bespreek site-directed mutagenesis.
# vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.
Kaartjes:
# Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.
# De C-waarde paradox.

=== 26 jan 2007 (De Ley)===
# Prokaryoot RNApolymerase en sigma.
# Figuur van RNAlooping.
# S1mapping en primer extension.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Transcriptieterminatie bij prokaryoten.
# RNAediting.
# Figuur van pBluescript.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Reassociatie kinetica.
# Alles over chromatine en H1.
# Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).
Kaartjes:
# Bespreek de sigmacyclus.
# DNA transcriptie.

=== 24 jan 2007 (De Ley)===
# Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.
# Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.
# Foto van R-looping experiment.
Kaartjes:
# Plaque hybridisatie.
# Dnase(1)-hypergevoeligheid.

=== 16 jan 2007 (De Ley)===
# Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteÃ¯nen en hun zuivering).
# Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).
# Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.
Kaartjes:
# Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.
# Figuur 9.18a pag 259 bespreken.