https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=XanderJanssens 2026-07-28T12:49:19Z Gebruikersbijdragen MediaWiki 1.43.0 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Cell_Biology&diff=2123 2020-06-11T14:30:12Z

<p>XanderJanssens: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> <br /> == Vakinformatie ==<br /> Molecular Cell Biology<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F75AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> === 11/06/2020 12h Corona editie (=3h) ===<br /> ==== Hoofdvragen====<br /> # Bespreek de synthese van oplosbare en membraanproteïnen op het RER.<br /> # Bespreek de verschillende ATPases.<br /> # Bespreek hoe vesikels worden gevormd, hoe proteïnen naar de vesikel gebracht worden en hoe de fusie gebeurt.<br /> ==== Bijvragen====<br /> # Hoe zou je testen welk ion getransporteerd wordt bij het ontdekken van een potentieel gen voor een ionkanaal. <br /> # Wat zijn porines en wat zijn de gevolgen van hun aanwezigheid.<br /> # Waarom weten we dat glucosetransporters selectief naar de apicale en basolaterale zijdes van intestinale epitheelcellen gesorteerd worden. En bespreek wat de gevolgen zouden zijn moest dit niet het geval zijn geweest.<br /> <br /> === 05/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===<br /> ==== Hoofdvragen====<br /> # Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.<br /> # Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden.<br /> # Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden.<br /> ==== Bijvragen====<br /> # Bespreek transport over de vacuolaire tonoplast.<br /> # Bespreek transport van water in de darmen en de mogelijke implicaties voor het behandelen van diarree.<br /> # Hoewel insuline nog stabiel is bij temperaturen boven 50°C, wordt de secretie ervan in cellijnen van de pancreas al sterk verminderd wanneer de cellen op 40°C gekweekt worden. Geef enkele mogelijke verklaringen.<br /> === 13/06/2019 VM===<br /> ==== Hoofdvragen====<br /> # Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.<br /> # Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen<br /> # Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden<br /> # Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract<br /> ==== Bijvragen====<br /> # Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?<br /> # Watertransportproteïnen<br /> # Hoe kan je in VITRO golgi transport tussen goli nagaan?<br /> # Basolaterale-apicale sortering<br /> # Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.<br /> <br /> === 7/06/2019 ===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> # Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> # Bespreek de verschillende ATPases<br /> # Hoe worden vesikels gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan<br /> # Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract<br /> <br /> ====Bijvragen====<br /> # Selectiviteit van ion channels<br /> # Bewijzen van cisternale pogressie (=maturatie)<br /> # Unfolded protein response<br /> # Je bent een onderzoeker en je wil een abnormaal hoge hoeveelheid membraanproteïnen in de organellen van de secretorische pathway bekomen. Hoe doe je dit.<br /> # Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?<br /> <br /> === 14/06/2018 NM===<br /> ==== Hoofdvragen====<br /> # Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.<br /> # Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van enkele voorbeelden. <br /> # Bespreek ATPase pompen.<br /> # Hoe kan men glucosetransport volgen? <br /> ====Bijvragen====<br /> # Bespreek bloed antigen.<br /> # Hoe wordt de maag verzuurd?<br /> # Hoe kan men de laterale diffusiessnelheid berekenen?<br /> # Hoe zou men experimenteel kunnen nagaan of een molecule via symport of via gefaciliteerde diffusie wordt opgenomen? (Door ervoor te zorgen dat er een gradiënt is zodat symport niet werkt. Als er dan toch opname is, zal dit via gefaciliteerde diffusie zijn).<br /> # Een onderzoeker brengt in gistcellen een gen tot expressie dat codeert voor een cellulase met de bedoeling om met de gistcellen cellulose af te breken. In het medium vindt hij echter geen ceullulase activiteit. Bespreek mogelijke oorzaken. (Alle stappen in de secretory pathway bekijken en beschrijven wat er mis kan gaan). <br /> <br /> ===14/06/2018 VM ===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek synthese van oplosbare en membraan proteïnen op het RER<br /> #Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen<br /> #Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden<br /> #Bepalen trehalase activiteit in functie van de omgeving<br /> ====Bijvragen====<br /> #Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?<br /> #Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?<br /> #Bespreek de rol van anion-transporter in erythrocyten bij de uitwisseling van CO2 en O2<br /> #Hoe komt water van de darm binnen in de cellen en hoe kunnen patiënten met diarree behandeld worden?<br /> #Zijn gistmutanten die geen invertase productie vertonen thermosensitief? Bespreek de verschillende mogelijkheden.<br /> <br /> ===08/06/2018 NM ===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek import van proteinen in mitochondrien <br /> #bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden<br /> #bespreek glycosylatie en de functie (geef voorbeelden)<br /> #Practicum: glucose import<br /> ====Bijvragen====<br /> #bespreek verzuring van het maaglumen<br /> #bespreek unfolded protein response<br /> #bespreek post golgi proteolytic cleavage <br /> #hoe kan je lateraal transport van lipiden in de membraan nagaan? (FRAP. bijvraag: waarom is er een 50% recovery en geen 100%? --&gt; associatie met membranaire proteinen en het cytoskelet)<br /> #Transporteren aquaporines enkel selectief water of worden er meerdere kleine moleculen mee getransporteerd? Hoe kan je dat met experimenten uit de cursus aantonen. (experiment met transgene kikker oocyeten)<br /> <br /> ===08/06/2018 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #bespreek de verschillende ATPases<br /> #Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan<br /> #Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek transportproteïnen in vacuole van de tonoplast<br /> #Watertransportkanalen<br /> #Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden en hoe werkt het precies<br /> #een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? De antilichamen worden toegevoegd na celextractie, SDS-PAGE en western blot. (De mutatie ligt in genen die inwerken op processen die plaatsvinden tussen het vertalen van het mRNA en het binnendringen van het proteïnen in het ER.)<br /> <br /> ===11/06/2015 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek de verschillende ATPases<br /> #Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)<br /> #Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi's van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)<br /> #Bespreek bloedantigenen<br /> #Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)<br /> #Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)<br /> #Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)<br /> <br /> ===05/06/2015 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden<br /> #Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract? <br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek de unfolded protein pathway<br /> #Bespreek: watertransportproteïnen<br /> #Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)<br /> Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)<br /> <br /> ===01/09/2014 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.<br /> #Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.<br /> #Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.<br /> #Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt) <br /> <br /> ====Bijvragen====<br /> #Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)<br /> #Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)<br /> #Bespreek de unfolded proteïns pathway.<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, =&gt; GLUT4 transporteert via gradiënt)<br /> Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer =&gt; toevoegen na/k pomp, K-kanaal)<br /> <br /> ===06/06/2014 NM===<br /> ====Hoofdvragen===<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Vergelijk de ATPasen<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden<br /> #Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen <br /> ====Bijvragen====<br /> #Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein &amp; influenza HA)<br /> #Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)<br /> #Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie. <br /> #een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)<br /> Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)<br /> <br /> ===11/06/2012 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen<br /> #Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën<br /> #Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen<br /> #Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek de post golgi proteolytische modificatie<br /> #Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.<br /> #Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER<br /> #Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.<br /> #Bespreek de verzuring van het maaglumen.<br /> <br /> ===10/06/2011 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Leg transport van proteïnen naar RER uit.<br /> #Structuur cilia + beweging uitleggen.<br /> #ATP-ase pompen bespreken.<br /> #Uitleggen pract. trehalose.<br /> ====Bijvragen====<br /> #Basolaterale - apicale sortering<br /> #Post-golgimodificering van proteinen<br /> #wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden<br /> #uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.<br /> #Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?<br /> <br /> ===27/06/2011 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Structuur cilia + beweging<br /> #Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?<br /> #Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.<br /> #Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?<br /> #Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?<br /> #Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.<br /> #Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?<br /> #Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.<br /> <br /> ===20/06/2011 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden<br /> #Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen<br /> #Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten<br /> ====Bijvragen====<br /> #Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?<br /> #Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering<br /> #Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?<br /> #Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan<br /> <br /> ===20/06/2011 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de structuur en beweging van cilia<br /> #Bespreek import van proteinen in mitochondriën<br /> #Bespreek de verschillende ATPases<br /> #Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten<br /> ====Bijvragen====<br /> #Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten<br /> #Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #Bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit<br /> #Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?<br /> <br /> ===10/06/2011 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek de verschillende klassen ATPasen<br /> #Bespreek de werking van de cilia<br /> #Practicum: Trehalase<br /> ====Bijvragen====<br /> #Post-Golgi proteolytische processing<br /> #Aanwijzingen voor cisternale progressie<br /> #Apicale-basolaterale sortering<br /> #Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten<br /> #Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen<br /> ===10/06/2011 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden<br /> #Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen<br /> #Practicum: cAMP bepaling<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen<br /> #Bespreek: watertransportproteïnen<br /> #Bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?<br /> In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?<br /> <br /> ===14/06/2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden<br /> #Bespreek de structuur van cilia en hun beweging<br /> #Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #Bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek<br /> #Bespreek de bloedantigenen<br /> #Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?<br /> <br /> ===10 juni 2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes<br /> #Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)<br /> #cAMP determination in function of the nutrients<br /> ====Bijvragen====<br /> #discuss the AB0 system<br /> #how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)<br /> #discuss watertransportproteins<br /> #discuss the dynamic behaviour of microtubulis<br /> #how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica<br /> <br /> ===8/06/2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden<br /> #bespreek alle soorten ATP pompen in membranen<br /> #Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden<br /> #bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen<br /> ====Bijvragen====<br /> #bespreek de post-golgi proteolytische processing<br /> #bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen <br /> #en nog drie andere...<br /> <br /> ===7/06/2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Synthese proteïnen op RER<br /> #ATPase pompen bespreken<br /> #Cilia: beweging en structuur<br /> #cAMP - bepaling ifv omgeving<br /> ====Bijvragen====<br /> #Post-golgi proteolytische processing<br /> #Apicale - basolaterale sortering<br /> #Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?<br /> #N/C-terminus antilichamen, zie hieronder<br /> #Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder<br /> <br /> ===9/06/2009===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Synthese proteïnen op ER<br /> #ATPasen bespreken<br /> #Beweging en structuur cilia<br /> #cAMP bepaling<br /> ====Bijvragen====<br /> #Apicaal basolateraal proteïnen afleveren<br /> #Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)<br /> #ABO bloedgroepen<br /> #Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus<br /> #Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?<br /> <br /> ===9/06/2009===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën<br /> #die van die cilia<br /> #Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.<br /> #Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Die van unfolded protein response<br /> #Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?<br /> #Die van symport-gefaciliteerde diffusie<br /> #Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?<br /> <br /> ===17/062008===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek ciliën en hun beweging<br /> #bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen<br /> #bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan<br /> #practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen<br /> #Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.<br /> #bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.<br /> #Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan<br /> <br /> ===11 juni 2008===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen<br /> #bespreek de verschillende typen ATPase pompen<br /> #practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving<br /> ====Bijvragen====<br /> #bespreek motorproteïnen<br /> #geef de &quot;unfolded protein respons&quot;<br /> #weet ik ni meer<br /> #hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt<br /> een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Interactions_between_Fungi_and_their_Hosts&diff=2083 2020-01-29T13:45:42Z

<p>XanderJanssens: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> <br /> == Vakinformatie ==<br /> Molecular Interactions between fungi and their hosts<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> === 29 januari 2020 VM===<br /> #Explain how extracellular pH regulates morphogenesis in ''Candida albicans''.<br /> #Discuss the origin and role of elicitors.<br /> #Discuss the biosynthesis and role of phytoalexins.<br /> #Explain the initial response of human epithelial cells upon encountering hyphal ''Candida albicans'' cells. What happens afterwards in immunocompetent people?<br /> #In a recent screen, the lab has isolated a transcription factor in ''Candida glabrata'' that is overexpressed when cultured on RPMI medium at an atmospheric pressure of 5% CO2, and is not overexpressed when cells are grown in air. How are you going to investigate its potential role in virulence? What techniques and assays will you use and which steps do you do first?<br /> <br /> === 28 januari 2020 VM===<br /> In general, take into account the molecules, proteins and genes involved when studying.<br /> #Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model<br /> #PR- PR5- Osmotin. Explain<br /> #Types of drugs against fungi. Mechanisms to fight back<br /> #ALS- ALS3. Explanation. All included<br /> #A new genx has been overexpressed in C.glabrata when culturing over oral epithelial cells. What is the next step? What can you learn from this if you want to develop a new antifungal drug?<br /> <br /> === 20 januari 2020 VM===<br /> #White-opaque switching in C. albicans <br /> #Elicitors: role and origin <br /> #Morphogenesis C. albicans: role CO2 and farnesol<br /> #Fluconazole: mechanism en resistance<br /> #RNA sequencing to understand plant-pathogenic interactions. They identified a transcript in M. grisea, highly upregulated 30min after M. grisea sporulation on the plant. What experiments to investigate the upregulated gene in M. grisea after the interaction with a rice plant.<br /> <br /> ===17 januari 2020 NM===<br /> #Explain appressorium<br /> #Explain SA + give the most important signal transduction pathways<br /> #How can fungi avoid the human immune defense?<br /> #Give the biology + virulence factors of cryptococcus neoformans<br /> #During gene expression analysis of Candida glabrata, a gene was upregulated with low pH. How would you investigate if this gene is involved in virulence, adhesion or biofilm formation? Imagine this is your thesis topic, which type of experiments and which techniques would you use? <br /> ===17 januari 2020 VM===<br /> #Where is PAL important, which reaction does in catalyse? <br /> #A. fumigatus is an important human pathogen. What are its virulence factors? Why are healthy people not infected? What is important in basic azole resistance of the pathogen in the environment? (2nd part of the question: agriculture sprays their plants with azoles to prevent fungal infections on their crops. This will in turn cause resistance in the fungi present)<br /> #What are the differences and similarities between ascomycetes and basidiomycetes? What are important plant and human fungal pathogens in both phyla?<br /> #What are Paldoxins and how does it work?<br /> #You used an deletion collection and found a strain with TF X deleted. In vitro it does not produce a biofilm. What is the first thing you do, how will you find its function? Can it be a target for a antifungal drug? what are the criteria for this? What experiments would you still do and what screen will you set up to test for an antifungal drug?<br /> <br /> === 30 januari 2019 VM ===<br /> # Explain opaque-white phenotypic switch in C. Albicans and its relevance in virulence. <br /> #* Bijvraag: de rol van white cellen in biofilm<br /> # Elicitor uitleggen origin and role in plant defence (hij vroeg ook of een compatible interaction een incompatible reaction kan worden --&gt; dus het zigzag model van clostridium tomato als vb)<br /> # PR5 osmotin: How discoverd and role (explain everything)<br /> # Fluconasole working and resistance mechanisms against it (leg alles uit incl. alles van azolen)<br /> #* Bijvraag: Hoe komt het dat fluconasole resistentie vaak voorkomt in ziekenhuizen (antw: biofilm vorming)<br /> # Er is een nieuw gen in C.glabrata ontdekt dat sterk tot expressie komt in anaerobe omstandigheden. How investigating if it plays a role in virulence and what it targets are.<br /> <br /> === 21 januari 2019 ===<br /> #Explain the role of SA in plant defense. Which signalling pathways are important?<br /> #Explain which classes of toxins exist and give an example of which class. Which type of fungi uses this. (He also asked why specific toxins are specific)<br /> #Discuss different ways of fungal immune evasion of the human immune system. Which pathogen uses which strategy?<br /> #Cryptococcus neoformans: biology and virulence factors<br /> #Gene for adhesion in C. glabrata is discovered, how would you investigate its importance in adhesion, virulence, biofilms etc. Which techniques would you use. (He also asked how I would isolate compounds to treat it)<br /> <br /> === 18 januari 2019 ===<br /> # wat is PAL, functie, welke reactie katalyseert het, waarbij is het van belang? welke pathways betrokken? <br /> # wat is een appresorium en betrokken pathways<br /> # ALS zijn belangrijk, wat zijn het? waarin is ALS3 belangrijk? is het een goede target voor antifungale drugs? <br /> # aspergillus fumigatus virulence factors, wat ligt aan basis van resistentie in de natuur tegen azolen? <br /> # TF gevonden die in overexpressie zorgt voor geen vorming van filamenten in C albicans. Hoe zou je verder onderzoeken wat de moleculaire basis is, is het een goede drug target? Hoe design je een screen om een drug te vinden?<br /> <br /> === 31 januari 2018 voormiddag===<br /> #An essential, volatile oil derivative illustrates an antifungal activity in vitro. How would you try to reveal the mode of action of this compound? And how would you validate your results in vitro?<br /> #Explain Aspergillus fumigatus and what happens if this fungus is recognized by the host immune system<br /> #Explain ALS3 and its functions for Candida albicans. Would this compound be an interesting antifungal drug target? How would you investigate this? What research is still necessary?<br /> # Explain the most important signal transduction pathways that occur when a plant succesfully manages to recognize a pathogen.<br /> # Explain Fusicoccin and victorin, what are the differences. Explain their mode of action.<br /> # What are symbiotic interactions? Explain in detail the most important symbiotic interactions.<br /> <br /> === 29 januari 2018 voormiddag===<br /> #Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model<br /> #What is Victorine? How is its function investigated?<br /> #Explain different types of Mycorrhiza + how they exchange nutrients<br /> #Describe the molecular mechanism of morphogenesis in C. albicans<br /> #What are the major classes of antifungal drugs? Describe mechanism of action and resistance<br /> #Explain the virulence factors of Aspergillus fumigatus? Why are healthy people not infected by A. fumigatus? How would you investigate whether a protein is important in virulence or not? How would you search for a drug against this a protein (if it is involved in virulence)?<br /> <br /> === 21 januari 2018 voormiddag===<br /> #Explain all types of Mycorrhiza<br /> #Explain toxin types and give 1 example of both<br /> #Fully explain SA signalling<br /> #Simmilarities and differences of Histoplasma and Coccidioides<br /> #A new gene in Candida glabrata has been found in gene expression that plays a large roll in biofilms. How would you research this?<br /> #Candida albicans recognition at endothelial cells and immunity<br /> <br /> ===31 januari 2017 voormiddag===<br /> #histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection? <br /> #Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds? <br /> #How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?<br /> #What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.<br /> #What is an appressorium? Explain its function.<br /> #Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?<br /> <br /> ===30 januari 2017 voormiddag===<br /> #The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?<br /> #Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?<br /> #What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?<br /> #Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.<br /> #Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Interactions_between_Fungi_and_their_Hosts&diff=2048 2020-01-27T18:50:44Z

<p>XanderJanssens: /* 21 januari 2019 */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> <br /> == Vakinformatie ==<br /> Molecular Interactions between fungi and their hosts<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> === 20 januari 2020 VM===<br /> #White-opaque switching in C. albicans <br /> #Elicitors: role and origin <br /> #Morphogenesis C. albicans: role CO2 and farnesol<br /> #Fluconazole: mechanism en resistance<br /> #RNA sequencing to understand plant-pathogenic interactions. They identified a transcript in M. grisea, highly upregulated 30min after M. grisea sporulation on the plant. What experiments to investigate the upregulated gene in M. grisea after the interaction with a rice plant.<br /> <br /> ===17 januari 2020 NM===<br /> #Explain appressorium<br /> #Explain SA + give the most important signal transduction pathways<br /> #How can fungi avoid the human immune defense?<br /> #Give the biology + virulence factors of cryptococcus neoformans<br /> #During gene expression analysis of Candida glabrata, a gene was upregulated with low pH. How would you investigate if this gene is involved in virulence, adhesion or biofilm formation? Imagine this is your thesis topic, which type of experiments and which techniques would you use? <br /> ===17 januari 2020 VM===<br /> #Where is PAL important, which reaction does in catalyse? <br /> #A. fumigatus is an important human pathogen. What are its virulence factors? Why are healthy people not infected? What is important in basic azole resistance of the pathogen in the environment? (2nd part of the question: agriculture sprays their plants with azoles to prevent fungal infections on their crops. This will in turn cause resistance in the fungi present)<br /> #What are the differences and similarities between ascomycetes and basidiomycetes? What are important plant and human fungal pathogens in both phyla?<br /> #What are Paldoxins and how does it work?<br /> #You used an deletion collection and found a strain with TF X deleted. In vitro it does not produce a biofilm. What is the first thing you do, how will you find its function? Can it be a target for a antifungal drug? what are the criteria for this? What experiments would you still do and what screen will you set up to test for an antifungal drug?<br /> <br /> === 30 januari 2019 VM ===<br /> # Explain opaque-white phenotypic switch in C. Albicans and its relevance in virulence. <br /> #* Bijvraag: de rol van white cellen in biofilm<br /> # Elicitor uitleggen origin and role in plant defence (hij vroeg ook of een compatible interaction een incompatible reaction kan worden --&gt; dus het zigzag model van clostridium tomato als vb)<br /> # PR5 osmotin: How discoverd and role (explain everything)<br /> # Fluconasole working and resistance mechanisms against it (leg alles uit incl. alles van azolen)<br /> #* Bijvraag: Hoe komt het dat fluconasole resistentie vaak voorkomt in ziekenhuizen (antw: biofilm vorming)<br /> # Er is een nieuw gen in C.glabrata ontdekt dat sterk tot expressie komt in anaerobe omstandigheden. How investigating if it plays a role in virulence and what it targets are.<br /> <br /> === 21 januari 2019 ===<br /> #Explain the role of SA in plant defense. Which signalling pathways are important?<br /> #Explain which classes of toxins exist and give an example of which class. Which type of fungi uses this. (He also asked why specific toxins are specific)<br /> #Discuss different ways of fungal immune evasion of the human immune system. Which pathogen uses which strategy?<br /> #Cryptococcus neoformans: biology and virulence factors<br /> #Gene for adhesion in C. glabrata is discovered, how would you investigate its importance in adhesion, virulence, biofilms etc. Which techniques would you use. (He also asked how I would isolate compounds to treat it)<br /> <br /> === 18 januari 2019 ===<br /> # wat is PAL, functie, welke reactie katalyseert het, waarbij is het van belang? welke pathways betrokken? <br /> # wat is een appresorium en betrokken pathways<br /> # ALS zijn belangrijk, wat zijn het? waarin is ALS3 belangrijk? is het een goede target voor antifungale drugs? <br /> # aspergillus fumigatus virulence factors, wat ligt aan basis van resistentie in de natuur tegen azolen? <br /> # TF gevonden die in overexpressie zorgt voor geen vorming van filamenten in C albicans. Hoe zou je verder onderzoeken wat de moleculaire basis is, is het een goede drug target? Hoe design je een screen om een drug te vinden?<br /> <br /> === 31 januari 2018 voormiddag===<br /> #An essential, volatile oil derivative illustrates an antifungal activity in vitro. How would you try to reveal the mode of action of this compound? And how would you validate your results in vitro?<br /> #Explain Aspergillus fumigatus and what happens if this fungus is recognized by the host immune system<br /> #Explain ALS3 and its functions for Candida albicans. Would this compound be an interesting antifungal drug target? How would you investigate this? What research is still necessary?<br /> # Explain the most important signal transduction pathways that occur when a plant succesfully manages to recognize a pathogen.<br /> # Explain Fusicoccin and victorin, what are the differences. Explain their mode of action.<br /> # What are symbiotic interactions? Explain in detail the most important symbiotic interactions.<br /> <br /> === 29 januari 2018 voormiddag===<br /> #Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model<br /> #What is Victorine? How is its function investigated?<br /> #Explain different types of Mycorrhiza + how they exchange nutrients<br /> #Describe the molecular mechanism of morphogenesis in C. albicans<br /> #What are the major classes of antifungal drugs? Describe mechanism of action and resistance<br /> #Explain the virulence factors of Aspergillus fumigatus? Why are healthy people not infected by A. fumigatus? How would you investigate whether a protein is important in virulence or not? How would you search for a drug against this a protein (if it is involved in virulence)?<br /> <br /> === 21 januari 2018 voormiddag===<br /> #Explain all types of Mycorrhiza<br /> #Explain toxin types and give 1 example of both<br /> #Fully explain SA signalling<br /> #Simmilarities and differences of Histoplasma and Coccidioides<br /> #A new gene in Candida glabrata has been found in gene expression that plays a large roll in biofilms. How would you research this?<br /> #Candida albicans recognition at endothelial cells and immunity<br /> <br /> ===31 januari 2017 voormiddag===<br /> #histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection? <br /> #Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds? <br /> #How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?<br /> #What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.<br /> #What is an appressorium? Explain its function.<br /> #Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?<br /> <br /> ===30 januari 2017 voormiddag===<br /> #The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?<br /> #Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?<br /> #What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?<br /> #Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.<br /> #Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Interactions_between_Fungi_and_their_Hosts&diff=2040 2020-01-26T19:08:15Z

<p>XanderJanssens: Versie 2039 van Sid (overleg) ongedaan gemaakt</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> <br /> == Vakinformatie ==<br /> Molecular Interactions between fungi and their hosts<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> === 20 januari 2020 VM===<br /> #White-opaque switching in C. albicans <br /> #Elicitors: role and origin <br /> #Morphogenesis C. albicans: role CO2 and farnesol<br /> #Fluconazole: mechanism en resistance<br /> #RNA sequencing to understand plant-pathogenic interactions. They identified a transcript in M. grisea, highly upregulated 30min after M. grisea sporulation on the plant. What experiments to investigate the upregulated gene in M. grisea after the interaction with a rice plant.<br /> <br /> ===17 januari 2020 NM===<br /> #Explain appressorium<br /> #Explain SA + give the most important signal transduction pathways<br /> #How can fungi avoid the human immune defense?<br /> #Give the biology + virulence factors of cryptococcus neoformans<br /> #During gene expression analysis of Candida glabrata, a gene was upregulated with low pH. How would you investigate if this gene is involved in virulence, adhesion or biofilm formation? Imagine this is your thesis topic, which type of experiments and which techniques would you use? <br /> ===17 januari 2020 VM===<br /> #Where is PAL important, which reaction does in catalyse? <br /> #A. fumigatus is an important human pathogen. What are its virulence factors? Why are healthy people not infected? What is important in basic azole resistance of the pathogen in the environment? (2nd part of the question: agriculture sprays their plants with azoles to prevent fungal infections on their crops. This will in turn cause resistance in the fungi present)<br /> #What are the differences and similarities between ascomycetes and basidiomycetes? What are important plant and human fungal pathogens in both phyla?<br /> #What are Paldoxins and how does it work?<br /> #You used an deletion collection and found a strain with TF X deleted. In vitro it does not produce a biofilm. What is the first thing you do, how will you find its function? Can it be a target for a antifungal drug? what are the criteria for this? What experiments would you still do and what screen will you set up to test for an antifungal drug?<br /> <br /> === 30 januari 2019 VM ===<br /> # Explain opaque-white phenotypic switch in C. Albicans and its relevance in virulence. <br /> #* Bijvraag: de rol van white cellen in biofilm<br /> # Elicitor uitleggen origin and role in plant defence (hij vroeg ook of een compatible interaction een incompatible reaction kan worden --&gt; dus het zigzag model van clostridium tomato als vb)<br /> # PR5 osmotin: How discoverd and role (explain everything)<br /> # Fluconasole working and resistance mechanisms against it (leg alles uit incl. alles van azolen)<br /> #* Bijvraag: Hoe komt het dat fluconasole resistentie vaak voorkomt in ziekenhuizen (antw: biofilm vorming)<br /> # Er is een nieuw gen in C.glabrata ontdekt dat sterk tot expressie komt in anaerobe omstandigheden. How investigating if it plays a role in virulence and what it targets are.<br /> <br /> === 21 januari 2019 ===<br /> #Explain the role of SA in plant defense. Which signalling pathways are important?<br /> #Explain which classes of toxins exist and give an example of which class. Which type of fungi uses this. (He also asked why specific toxins are specific)<br /> #Discuss different ways of fungal immune evasion of the human immune system. Which pathogen uses which strategy?<br /> #Cryptococcus neoformans: biology and virulence factors<br /> #Gene for adhesion in C. glabrata (!) is discovered, how would you investigate its importance in adhesion, virulence, biofimls etc. Which techniques would you use. (He also asked how I would isolate compounds to treat it - via GUS!)<br /> <br /> === 18 januari 2019 ===<br /> # wat is PAL, functie, welke reactie katalyseert het, waarbij is het van belang? welke pathways betrokken? <br /> # wat is een appresorium en betrokken pathways<br /> # ALS zijn belangrijk, wat zijn het? waarin is ALS3 belangrijk? is het een goede target voor antifungale drugs? <br /> # aspergillus fumigatus virulence factors, wat ligt aan basis van resistentie in de natuur tegen azolen? <br /> # TF gevonden die in overexpressie zorgt voor geen vorming van filamenten in C albicans. Hoe zou je verder onderzoeken wat de moleculaire basis is, is het een goede drug target? Hoe design je een screen om een drug te vinden?<br /> <br /> === 31 januari 2018 voormiddag===<br /> #An essential, volatile oil derivative illustrates an antifungal activity in vitro. How would you try to reveal the mode of action of this compound? And how would you validate your results in vitro?<br /> #Explain Aspergillus fumigatus and what happens if this fungus is recognized by the host immune system<br /> #Explain ALS3 and its functions for Candida albicans. Would this compound be an interesting antifungal drug target? How would you investigate this? What research is still necessary?<br /> # Explain the most important signal transduction pathways that occur when a plant succesfully manages to recognize a pathogen.<br /> # Explain Fusicoccin and victorin, what are the differences. Explain their mode of action.<br /> # What are symbiotic interactions? Explain in detail the most important symbiotic interactions.<br /> <br /> === 29 januari 2018 voormiddag===<br /> #Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model<br /> #What is Victorine? How is its function investigated?<br /> #Explain different types of Mycorrhiza + how they exchange nutrients<br /> #Describe the molecular mechanism of morphogenesis in C. albicans<br /> #What are the major classes of antifungal drugs? Describe mechanism of action and resistance<br /> #Explain the virulence factors of Aspergillus fumigatus? Why are healthy people not infected by A. fumigatus? How would you investigate whether a protein is important in virulence or not? How would you search for a drug against this a protein (if it is involved in virulence)?<br /> <br /> === 21 januari 2018 voormiddag===<br /> #Explain all types of Mycorrhiza<br /> #Explain toxin types and give 1 example of both<br /> #Fully explain SA signalling<br /> #Simmilarities and differences of Histoplasma and Coccidioides<br /> #A new gene in Candida glabrata has been found in gene expression that plays a large roll in biofilms. How would you research this?<br /> #Candida albicans recognition at endothelial cells and immunity<br /> <br /> ===31 januari 2017 voormiddag===<br /> #histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection? <br /> #Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds? <br /> #How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?<br /> #What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.<br /> #What is an appressorium? Explain its function.<br /> #Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?<br /> <br /> ===30 januari 2017 voormiddag===<br /> #The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?<br /> #Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?<br /> #What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?<br /> #Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.<br /> #Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Mechanisms_of_Signal_Transduction_and_Cell_Regulation&diff=1994 2020-01-22T14:11:23Z

<p>XanderJanssens: /* 22 January 2020 VM */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie ==<br /> Vak uit de master B&amp;amp;B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.<br /> Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.<br /> Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.<br /> <br /> EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> ===22 January 2020 VM ===<br /> # Winderickx : Apoptosis, intrinsic, extrinsic pathway<br /> # Mizuno (oral): Paper about kinases<br /> # Vanden Broeck: Lipid derived signalling molecules, synthesis, function, transduction<br /> <br /> ===21 januari 2020 VM ===<br /> # Winderickx (oral): Summarize the findings of the paper and place this in context of the mechanisms underlying programmed cell death. Prepare for a discussion on this topic. ''FSH1 overexpression triggers apoptosis in S.cerevisiae:'' [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31363875]<br /> # Mizuno<br /> ## Explain the structures of the EF-hand motif and the C2 domain. Include an explanation on how these motifs interact with Ca2+.<br /> ## Give a few examples of signaling molecules that have one of these motifs and explain how these molecules transduce signals.<br /> # Vanden Broeck: Explain how you would perform a '''ligand binding assay''' for a 7TM/GPCR type of receptor. Specify the different practical steps. Compare this kind of assay with one example of a cell based '''functional receptor assay''' and discuss the possible advantages and disadvantages of each type of assay.<br /> '''<br /> ===16 januari 2020 NM===<br /> # VDB (mondeling): paper over insuline receptor <br /> # JW: kleurenblindheid (rood-groen) + verschillende gene arrays maar toch zelfde fenotype? <br /> # MH: Wat is NO? Hoe gemaakt (oxidatie arginine)? Rol als second messenger? Bespreek nNOS, eNOS en iNOS en zijn regulaties<br /> <br /> ===15 januari 2020 VM===<br /> # Mizuno (mondeling): artikel over SOCE (store operated Ca2+ entry) Neuronal SOCE: myth or reality? (Lu B, Fivaz M, 2016) <br /> ## Explain general mechanism of SOCE, including EF hand, STIM1, Orai1 (3 min talk)<br /> ## Explain the paper: difficulties with neuronal cells and how to overcome these problems<br /> # Winderickx: Regulation and function of adenylate cyclase. Give a signaling pathway involving regulation of adenylate cyclase (Ca2+ and calmodulin regulation)<br /> # VDB: Give the three categories of neurochemicals and explain briefly their structural characteristics. Explain in detail the processes in/near the neurochemical synapse. <br /> <br /> ===24 januari 2019 VM ===<br /> # Mizuno (mondeling): Artikel over Redox signaling: 'Redox signaling during hypoxia in mammalian cells. Review ARTICLE, Smith KA, et al. Redox Biol. 2017 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28595160]<br /> ## Explain ROS production (3min talk)<br /> ## Explain redox signaling in hypoxia (3 min talk)<br /> # Winderickx: Adenylaat cyclase is important for cAMP signaling. How is it regulated? <br /> # Vanden Broeck: Describe endocrine first messengers and all their categories. Explain in detail with biosynthesis, mode of action and working of insuline.<br /> <br /> ===23 januari 2019===<br /> # Mizuno: artikel over SOCE<br /> # Winderickx: Kleurenblindheid <br /> # Vdb: Bespreek de belangrijkste groepen van endocriene en neurochemische 1st messengers.<br /> <br /> ===22 januari 2019===<br /> # mizuno: de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release. Explain SOCE and how is Stim1 involved?<br /> # Winderickx: had een artikel over metacaspases <br /> # Vdb: How to perform a ligand binding assay of GPCR, a functional receptor assay, examples and what are the advantages of each?<br /> <br /> ===17 januari 2019===<br /> # Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose) <br /> # VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen<br /> # Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways<br /> <br /> ===16 januari 2019===<br /> #Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose<br /> #VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)<br /> #Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)<br /> <br /> ===29 januari 2018===<br /> #Winderickx: paper over apoptose<br /> #VDB: insuline<br /> #Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor<br /> <br /> ===26 januari 2018===<br /> #Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt<br /> #Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen <br /> #VDB: paper over GPCR<br /> ===25 januari 2018===<br /> #Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt. <br /> #VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen. <br /> #Mizuno: Paper over ros<br /> <br /> ===23 januari 2018===<br /> #Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...<br /> #Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.<br /> #Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)<br /> <br /> ===18 januari 2018===<br /> #artikel JW over Bax (apoptosis)<br /> #HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken<br /> #JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers<br /> <br /> === 17 januari 2018 ===<br /> # JVB: paper Venus Tyrosine Kinase<br /> # JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.<br /> # HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?<br /> <br /> === 30 januari 2017 ===<br /> #mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema<br /> #Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?<br /> #VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering<br /> <br /> === 27 januari 2017(vm)===<br /> <br /> #JVB: paper &quot;Diverse activation pathways in class A GPCRs converge near the G-protein-coupling region&quot; Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.<br /> #JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.<br /> #HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?<br /> <br /> === 26 januari 2017(vm)===<br /> #Paper Hideaki: <br /> #* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus<br /> #* Contents paper vertellen<br /> #* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.<br /> # JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose. <br /> #JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines. <br /> === 24 januari 2017(vm)===<br /> <br /> #JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype<br /> #HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.<br /> #JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.<br /> <br /> ===18 januari 2017 (nm)===<br /> <br /> #JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband. <br /> #HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.<br /> #JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.<br /> <br /> ===22 januari 2016 (nm)===<br /> #JW: Paper over kleurenblindheid<br /> #JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway<br /> #HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen<br /> <br /> ===14 januari 2016 (nm)===<br /> #JVD: artikel over LGR4<br /> #JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken<br /> #MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten<br /> <br /> ===13 januari 2016 (vm)===<br /> #JVD: Paper over lipid signal s1p<br /> #JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg<br /> #HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen<br /> <br /> ===24 januari 2014 vm===<br /> #paper for Mizuno<br /> #Van den Broek:<br /> ##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell <br /> ## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist<br /> #Winderickx:<br /> ## Give the two apoptosis pathways<br /> ## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis<br /> <br /> ===23 januari 2014 vm===<br /> #paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)<br /> #Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)<br /> #Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)<br /> <br /> ===16 jan 2014 nm ===<br /> #Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction. <br /> #Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.<br /> #Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.<br /> <br /> ===28 jan 2013 nm ===<br /> #Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP <br /> #Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway <br /> #De Ley: artikel over histidine fosforylatie <br /> <br /> === 25 jan 2013 ===<br /> #Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.<br /> #Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]<br /> #De Ley: Calcium: gradiënten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.<br /> <br /> === 20 jan 2012 ===<br /> #Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.<br /> #Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.<br /> #De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!<br /> <br /> === 19 jan 2012 ===<br /> #Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen<br /> #Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining<br /> #JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?<br /> <br /> === 31 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten. <br /> # Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release<br /> # Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]<br /> <br /> ===28 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch. <br /> # Robben: Artikel over tyrosine fosfatases. <br /> # Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.<br /> <br /> === 20 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter<br /> # Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken<br /> # Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie<br /> <br /> === 20 jan 2011 vm ===<br /> <br /> # Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]<br /> # Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen<br /> # Winderickx: regulatie van adenylate cyclase<br /> <br /> === 10 sep 2010 ===<br /> <br /> # artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]<br /> # Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen<br /> # Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)<br /> <br /> === 14 jan 2010 ===<br /> <br /> # artikel van Vandenbroeck<br /> # robben: NO synthase en functioneren daarvan<br /> # RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco<br /> <br /> === 14 jan 2010 ===<br /> <br /> # artikel van robben, <br /> # vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)<br /> # Jorix: regulatie van cAMP<br /> <br /> === 28 jan 2009 ===<br /> # MDL: Artikel NAADP<br /> # JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer<br /> # JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)<br /> <br /> === 22 jan 2009 ===<br /> <br /> # De Ley: NO en NO synthase(n)<br /> # Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS<br /> # VDB: artikel gonadotrope receptor<br /> <br /> === 29 aug 2008 ===<br /> <br /> # Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)<br /> # Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.<br /> # Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.<br /> <br /> === 24 jan 2008 ===<br /> <br /> # MDL: ROS <br /> # JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme <br /> # VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.<br /> <br /> === 23 jan 2008 ===<br /> <br /> # de ley: his fosforylatie <br /> # vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway <br /> # winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus<br /> <br /> === 15 jan 2008 ===<br /> <br /> # de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties <br /> # winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway <br /> # vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila<br /> <br /> === 15 jan 2008 ===<br /> <br /> # De Ley: artikel over phosphohistidines <br /> # Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers. <br /> # Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken. <br /> # Bijvragen : Leg uit: <br /> #* Sos <br /> #* Prohormoon Convertase <br /> #* Phosphoinositide-3-kinase</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Mechanisms_of_Signal_Transduction_and_Cell_Regulation&diff=1979 2020-01-21T15:34:47Z

<p>XanderJanssens: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie ==<br /> Vak uit de master B&amp;amp;B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.<br /> Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.<br /> Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.<br /> <br /> EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> ===21 januari 2020 VM ===<br /> # Winderickx (oral): Summarize the findings of the paper and place this in context of the mechanisms underlying programmed cell death. Prepare for a discussion on this topic. ''FSH1 overexpression triggers apoptosis in S.cerevisiae:'' [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31363875]<br /> # Mizuno<br /> ## Explain the structures of the EF-hand motif and the C2 domain. Include an explanation on how these motifs interact with Ca2+.<br /> ## Give a few examples of signaling molecules that have one of these motifs and explain how these molecules transduce signals.<br /> # Vanden Broeck: Explain how you would perform a '''ligand binding assay''' for a 7TM/GPCR type of receptor. Specify the different practical steps. Compare this kind of assay with one example of a cell based '''functional receptor assay''' and discuss the possible advantages and disadvantages of each type of assay.<br /> '''<br /> ===16 januari 2020 NM===<br /> # VDB (mondeling): paper over insuline receptor <br /> # JW: kleurenblindheid (rood-groen) + verschillende gene arrays maar toch zelfde fenotype? <br /> # MH: Wat is NO? Hoe gemaakt (oxidatie arginine)? Rol als second messenger? Bespreek nNOS, eNOS en iNOS en zijn regulaties<br /> <br /> ===15 januari 2020 VM===<br /> # Mizuno (mondeling): artikel over SOCE (store operated Ca2+ entry) Neuronal SOCE: myth or reality? (Lu B, Fivaz M, 2016) <br /> ## Explain general mechanism of SOCE, including EF hand, STIM1, Orai1 (3 min talk)<br /> ## Explain the paper: difficulties with neuronal cells and how to overcome these problems<br /> # Winderickx: Regulation and function of adenylate cyclase. Give a signaling pathway involving regulation of adenylate cyclase (Ca2+ and calmodulin regulation)<br /> # VDB: Give the three categories of neurochemicals and explain briefly their structural characteristics. Explain in detail the processes in/near the neurochemical synapse. <br /> <br /> ===24 januari 2019 VM ===<br /> # Mizuno (mondeling): Artikel over Redox signaling: 'Redox signaling during hypoxia in mammalian cells. Review ARTICLE, Smith KA, et al. Redox Biol. 2017 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28595160]<br /> ## Explain ROS production (3min talk)<br /> ## Explain redox signaling in hypoxia (3 min talk)<br /> # Winderickx: Adenylaat cyclase is important for cAMP signaling. How is it regulated? <br /> # Vanden Broeck: Describe endocrine first messengers and all their categories. Explain in detail with biosynthesis, mode of action and working of insuline.<br /> <br /> ===23 januari 2019===<br /> # Mizuno: artikel over SOCE<br /> # Winderickx: Kleurenblindheid <br /> # Vdb: Bespreek de belangrijkste groepen van endocriene en neurochemische 1st messengers.<br /> <br /> ===22 januari 2019===<br /> # mizuno: de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release. Explain SOCE and how is Stim1 involved?<br /> # Winderickx: had een artikel over metacaspases <br /> # Vdb: How to perform a ligand binding assay of GPCR, a functional receptor assay, examples and what are the advantages of each?<br /> <br /> ===17 januari 2019===<br /> # Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose) <br /> # VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen<br /> # Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways<br /> <br /> ===16 januari 2019===<br /> #Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose<br /> #VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)<br /> #Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)<br /> <br /> ===29 januari 2018===<br /> #Winderickx: paper over apoptose<br /> #VDB: insuline<br /> #Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor<br /> <br /> ===26 januari 2018===<br /> #Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt<br /> #Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen <br /> #VDB: paper over GPCR<br /> ===25 januari 2018===<br /> #Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt. <br /> #VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen. <br /> #Mizuno: Paper over ros<br /> <br /> ===23 januari 2018===<br /> #Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...<br /> #Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.<br /> #Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)<br /> <br /> ===18 januari 2018===<br /> #artikel JW over Bax (apoptosis)<br /> #HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken<br /> #JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers<br /> <br /> === 17 januari 2018 ===<br /> # JVB: paper Venus Tyrosine Kinase<br /> # JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.<br /> # HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?<br /> <br /> === 30 januari 2017 ===<br /> #mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema<br /> #Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?<br /> #VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering<br /> <br /> === 27 januari 2017(vm)===<br /> <br /> #JVB: paper &quot;Diverse activation pathways in class A GPCRs converge near the G-protein-coupling region&quot; Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.<br /> #JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.<br /> #HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?<br /> <br /> === 26 januari 2017(vm)===<br /> #Paper Hideaki: <br /> #* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus<br /> #* Contents paper vertellen<br /> #* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.<br /> # JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose. <br /> #JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines. <br /> === 24 januari 2017(vm)===<br /> <br /> #JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype<br /> #HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.<br /> #JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.<br /> <br /> ===18 januari 2017 (nm)===<br /> <br /> #JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband. <br /> #HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.<br /> #JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.<br /> <br /> ===22 januari 2016 (nm)===<br /> #JW: Paper over kleurenblindheid<br /> #JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway<br /> #HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen<br /> <br /> ===14 januari 2016 (nm)===<br /> #JVD: artikel over LGR4<br /> #JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken<br /> #MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten<br /> <br /> ===13 januari 2016 (vm)===<br /> #JVD: Paper over lipid signal s1p<br /> #JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg<br /> #HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen<br /> <br /> ===24 januari 2014 vm===<br /> #paper for Mizuno<br /> #Van den Broek:<br /> ##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell <br /> ## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist<br /> #Winderickx:<br /> ## Give the two apoptosis pathways<br /> ## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis<br /> <br /> ===23 januari 2014 vm===<br /> #paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)<br /> #Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)<br /> #Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)<br /> <br /> ===16 jan 2014 nm ===<br /> #Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction. <br /> #Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.<br /> #Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.<br /> <br /> ===28 jan 2013 nm ===<br /> #Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP <br /> #Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway <br /> #De Ley: artikel over histidine fosforylatie <br /> <br /> === 25 jan 2013 ===<br /> #Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.<br /> #Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]<br /> #De Ley: Calcium: gradiënten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.<br /> <br /> === 20 jan 2012 ===<br /> #Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.<br /> #Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.<br /> #De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!<br /> <br /> === 19 jan 2012 ===<br /> #Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen<br /> #Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining<br /> #JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?<br /> <br /> === 31 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten. <br /> # Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release<br /> # Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]<br /> <br /> ===28 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch. <br /> # Robben: Artikel over tyrosine fosfatases. <br /> # Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.<br /> <br /> === 20 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter<br /> # Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken<br /> # Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie<br /> <br /> === 20 jan 2011 vm ===<br /> <br /> # Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]<br /> # Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen<br /> # Winderickx: regulatie van adenylate cyclase<br /> <br /> === 10 sep 2010 ===<br /> <br /> # artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]<br /> # Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen<br /> # Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)<br /> <br /> === 14 jan 2010 ===<br /> <br /> # artikel van Vandenbroeck<br /> # robben: NO synthase en functioneren daarvan<br /> # RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco<br /> <br /> === 14 jan 2010 ===<br /> <br /> # artikel van robben, <br /> # vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)<br /> # Jorix: regulatie van cAMP<br /> <br /> === 28 jan 2009 ===<br /> # MDL: Artikel NAADP<br /> # JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer<br /> # JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)<br /> <br /> === 22 jan 2009 ===<br /> <br /> # De Ley: NO en NO synthase(n)<br /> # Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS<br /> # VDB: artikel gonadotrope receptor<br /> <br /> === 29 aug 2008 ===<br /> <br /> # Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)<br /> # Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.<br /> # Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.<br /> <br /> === 24 jan 2008 ===<br /> <br /> # MDL: ROS <br /> # JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme <br /> # VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.<br /> <br /> === 23 jan 2008 ===<br /> <br /> # de ley: his fosforylatie <br /> # vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway <br /> # winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus<br /> <br /> === 15 jan 2008 ===<br /> <br /> # de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties <br /> # winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway <br /> # vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila<br /> <br /> === 15 jan 2008 ===<br /> <br /> # De Ley: artikel over phosphohistidines <br /> # Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers. <br /> # Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken. <br /> # Bijvragen : Leg uit: <br /> #* Sos <br /> #* Prohormoon Convertase <br /> #* Phosphoinositide-3-kinase</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Mechanisms_of_Signal_Transduction_and_Cell_Regulation&diff=1978 2020-01-21T15:33:23Z

<p>XanderJanssens: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie ==<br /> Vak uit de master B&amp;amp;B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.<br /> Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.<br /> Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.<br /> <br /> EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> ===21 januari 2020 VM ===<br /> # JW (oral): Summarize the findings of the paper and place this in context of the mechanisms underlying programmed cell death. Prepare for a discussion on this topic. ''FSH1 overexpression triggers apoptosis in S.cerevisiae:'' [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31363875]<br /> # HM: <br /> ## Explain the structures of the EF-hand motif and the C2 domain. Include an explanation on how these motifs interact with Ca2+.<br /> ## Give a few examples of signaling molecules that have one of these motifs and explain how these molecules transduce signals.<br /> # JVB: Explain how you would perform a '''ligand binding assay''' for a 7TM/GPCR type of receptor. Specify the different practical steps. Compare this kind of assay with one example of a cell based '''functional receptor assay''' and discuss the possible advantages and disadvantages of each type of assay.<br /> '''<br /> ===16 januari 2020 NM===<br /> # VDB (mondeling): paper over insuline receptor <br /> # JW: kleurenblindheid (rood-groen) + verschillende gene arrays maar toch zelfde fenotype? <br /> # MH: Wat is NO? Hoe gemaakt (oxidatie arginine)? Rol als second messenger? Bespreek nNOS, eNOS en iNOS en zijn regulaties<br /> <br /> ===15 januari 2020 VM===<br /> # Mizuno (mondeling): artikel over SOCE (store operated Ca2+ entry) Neuronal SOCE: myth or reality? (Lu B, Fivaz M, 2016) <br /> ## Explain general mechanism of SOCE, including EF hand, STIM1, Orai1 (3 min talk)<br /> ## Explain the paper: difficulties with neuronal cells and how to overcome these problems<br /> # Winderickx: Regulation and function of adenylate cyclase. Give a signaling pathway involving regulation of adenylate cyclase (Ca2+ and calmodulin regulation)<br /> # VDB: Give the three categories of neurochemicals and explain briefly their structural characteristics. Explain in detail the processes in/near the neurochemical synapse. <br /> <br /> ===24 januari 2019 VM ===<br /> # Mizuno (mondeling): Artikel over Redox signaling: 'Redox signaling during hypoxia in mammalian cells. Review ARTICLE, Smith KA, et al. Redox Biol. 2017 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28595160]<br /> ## Explain ROS production (3min talk)<br /> ## Explain redox signaling in hypoxia (3 min talk)<br /> # Winderickx: Adenylaat cyclase is important for cAMP signaling. How is it regulated? <br /> # Vanden Broeck: Describe endocrine first messengers and all their categories. Explain in detail with biosynthesis, mode of action and working of insuline.<br /> <br /> ===23 januari 2019===<br /> # Mizuno: artikel over SOCE<br /> # Winderickx: Kleurenblindheid <br /> # Vdb: Bespreek de belangrijkste groepen van endocriene en neurochemische 1st messengers.<br /> <br /> ===22 januari 2019===<br /> # mizuno: de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release. Explain SOCE and how is Stim1 involved?<br /> # Winderickx: had een artikel over metacaspases <br /> # Vdb: How to perform a ligand binding assay of GPCR, a functional receptor assay, examples and what are the advantages of each?<br /> <br /> ===17 januari 2019===<br /> # Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose) <br /> # VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen<br /> # Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways<br /> <br /> ===16 januari 2019===<br /> #Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose<br /> #VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)<br /> #Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)<br /> <br /> ===29 januari 2018===<br /> #Winderickx: paper over apoptose<br /> #VDB: insuline<br /> #Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor<br /> <br /> ===26 januari 2018===<br /> #Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt<br /> #Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen <br /> #VDB: paper over GPCR<br /> ===25 januari 2018===<br /> #Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt. <br /> #VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen. <br /> #Mizuno: Paper over ros<br /> <br /> ===23 januari 2018===<br /> #Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...<br /> #Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.<br /> #Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)<br /> <br /> ===18 januari 2018===<br /> #artikel JW over Bax (apoptosis)<br /> #HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken<br /> #JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers<br /> <br /> === 17 januari 2018 ===<br /> # JVB: paper Venus Tyrosine Kinase<br /> # JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.<br /> # HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?<br /> <br /> === 30 januari 2017 ===<br /> #mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema<br /> #Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?<br /> #VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering<br /> <br /> === 27 januari 2017(vm)===<br /> <br /> #JVB: paper &quot;Diverse activation pathways in class A GPCRs converge near the G-protein-coupling region&quot; Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.<br /> #JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.<br /> #HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?<br /> <br /> === 26 januari 2017(vm)===<br /> #Paper Hideaki: <br /> #* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus<br /> #* Contents paper vertellen<br /> #* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.<br /> # JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose. <br /> #JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines. <br /> === 24 januari 2017(vm)===<br /> <br /> #JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype<br /> #HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.<br /> #JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.<br /> <br /> ===18 januari 2017 (nm)===<br /> <br /> #JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband. <br /> #HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.<br /> #JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.<br /> <br /> ===22 januari 2016 (nm)===<br /> #JW: Paper over kleurenblindheid<br /> #JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway<br /> #HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen<br /> <br /> ===14 januari 2016 (nm)===<br /> #JVD: artikel over LGR4<br /> #JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken<br /> #MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten<br /> <br /> ===13 januari 2016 (vm)===<br /> #JVD: Paper over lipid signal s1p<br /> #JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg<br /> #HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen<br /> <br /> ===24 januari 2014 vm===<br /> #paper for Mizuno<br /> #Van den Broek:<br /> ##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell <br /> ## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist<br /> #Winderickx:<br /> ## Give the two apoptosis pathways<br /> ## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis<br /> <br /> ===23 januari 2014 vm===<br /> #paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)<br /> #Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)<br /> #Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)<br /> <br /> ===16 jan 2014 nm ===<br /> #Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction. <br /> #Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.<br /> #Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.<br /> <br /> ===28 jan 2013 nm ===<br /> #Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP <br /> #Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway <br /> #De Ley: artikel over histidine fosforylatie <br /> <br /> === 25 jan 2013 ===<br /> #Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.<br /> #Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]<br /> #De Ley: Calcium: gradiënten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.<br /> <br /> === 20 jan 2012 ===<br /> #Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.<br /> #Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.<br /> #De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!<br /> <br /> === 19 jan 2012 ===<br /> #Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen<br /> #Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining<br /> #JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?<br /> <br /> === 31 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten. <br /> # Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release<br /> # Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]<br /> <br /> ===28 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch. <br /> # Robben: Artikel over tyrosine fosfatases. <br /> # Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.<br /> <br /> === 20 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter<br /> # Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken<br /> # Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie<br /> <br /> === 20 jan 2011 vm ===<br /> <br /> # Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]<br /> # Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen<br /> # Winderickx: regulatie van adenylate cyclase<br /> <br /> === 10 sep 2010 ===<br /> <br /> # artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]<br /> # Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen<br /> # Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)<br /> <br /> === 14 jan 2010 ===<br /> <br /> # artikel van Vandenbroeck<br /> # robben: NO synthase en functioneren daarvan<br /> # RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco<br /> <br /> === 14 jan 2010 ===<br /> <br /> # artikel van robben, <br /> # vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)<br /> # Jorix: regulatie van cAMP<br /> <br /> === 28 jan 2009 ===<br /> # MDL: Artikel NAADP<br /> # JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer<br /> # JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)<br /> <br /> === 22 jan 2009 ===<br /> <br /> # De Ley: NO en NO synthase(n)<br /> # Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS<br /> # VDB: artikel gonadotrope receptor<br /> <br /> === 29 aug 2008 ===<br /> <br /> # Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)<br /> # Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.<br /> # Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.<br /> <br /> === 24 jan 2008 ===<br /> <br /> # MDL: ROS <br /> # JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme <br /> # VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.<br /> <br /> === 23 jan 2008 ===<br /> <br /> # de ley: his fosforylatie <br /> # vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway <br /> # winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus<br /> <br /> === 15 jan 2008 ===<br /> <br /> # de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties <br /> # winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway <br /> # vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila<br /> <br /> === 15 jan 2008 ===<br /> <br /> # De Ley: artikel over phosphohistidines <br /> # Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers. <br /> # Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken. <br /> # Bijvragen : Leg uit: <br /> #* Sos <br /> #* Prohormoon Convertase <br /> #* Phosphoinositide-3-kinase</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=1887 2020-01-15T09:31:37Z

<p>XanderJanssens: /* 14/01/2020 */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===14/01/2020===<br /> Robben:<br /> # Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.<br /> ## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.<br /> ## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. '''Argue your choice.'''<br /> ## Explain the working principles of the chosen platform(s)<br /> # Begrippen<br /> ## Ribosome profiling<br /> ## (Transcriptomics) microarray target labeling<br /> ## Protein-protein interaction maps are scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # Placental Growth Factor is an interesting protein.<br /> ## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)<br /> ## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)<br /> ## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)<br /> ## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)<br /> # Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)<br /> <br /> ===29/01/2019===<br /> Robben:<br /> #je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom<br /> #woordjes: <br /> ##Ribsome profiling<br /> ##Array protein targetting<br /> ##protein-protein interaction map is scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309 <br /> ##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)<br /> ##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)<br /> ##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? <br /> ##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)<br /> #Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p<br /> <br /> ===22/01/2019===<br /> Robben:<br /> #verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?<br /> ##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.<br /> ##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.<br /> #begrippen<br /> ##paired end sequencing<br /> ##nanopore sequencing<br /> ##affimetrix chip<br /> <br /> Landuyt:<br /> #A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05<br /> ##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p<br /> ##What is the identity of the protein? 4p<br /> ##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p<br /> ##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p<br /> #Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p<br /> <br /> ===16/01/2019===<br /> <br /> Deel Robben:<br /> # je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.<br /> # woordjes: <br /> ##SMRT,<br /> ##gene altering,<br /> ##genetic interactomics<br /> #<br /> Deel Landuyt<br /> #Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05<br /> Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK<br /> # welk protein is het? <br /> # wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?<br /> # geef meer info over de werking van het proteïnen<br /> <br /> Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? <br /> # De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?<br /> # Geef meer info over dit component<br /> <br /> ===15 januari 2019===<br /> Robben<br /> #Solexa sequencing en SMRT vergelijken. <br /> #Begrippen: <br /> ##Polyploidie en genomic evolution,<br /> ##Nanostring nCounter technologie<br /> ##Rosetta stone method<br /> <br /> Landuyt<br /> #Proteomics<br /> #* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07<br /> #* Welk proteïne is dit? <br /> #* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? <br /> #* Geef meer info over de werking van het proteïne<br /> <br /> #Metabolomics<br /> #* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. <br /> #* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)<br /> #* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm <br /> #* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?<br /> <br /> ===23/08/2018===<br /> <br /> * proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?<br /> 148.07574<br /> 175.11900 <br /> 219.11285<br /> 322.18741 <br /> 334.13979<br /> 423.23509 <br /> 447.22386<br /> 480.25655 <br /> 504.24532<br /> 593.34062 <br /> 605.29300<br /> 708.36756 <br /> 752.36141<br /> 779.40467 <br /> 908.46252<br /> 926.47309 <br /> #Questions:<br /> #* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2<br /> #* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3<br /> #* Which disease is studied? …/1<br /> #* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3<br /> #*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)<br /> <br /> Metabolomics<br /> accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken<br /> is dit een goede accuraatheid, leg uit?<br /> <br /> ===23/01/2018 NM===<br /> Robben:<br /> # Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. <br /> #* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? <br /> #* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. <br /> #* Woordjes<br /> ## Scaffold sequentie<br /> ## Genetic interactomics<br /> ## PMAGE<br /> Landuyt: <br /> # PROTEOMICS <br /> #* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. <br /> ## Wat ging er verkeerd in het experiment? <br /> ## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? <br /> ## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.<br /> # METABOLOMICS<br /> #* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. <br /> ## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? <br /> ## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?<br /> <br /> ===23/01/2018 VM===<br /> Robben:<br /> #Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. <br /> #* Wat is je sequencing strategy? <br /> #* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). <br /> #* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.<br /> #Woordjes:<br /> #* Endogenous Retrovirus<br /> #* Affrimex Genechip<br /> #*nCounter technology<br /> <br /> Landuyt: <br /> #PROTEOMICS <br /> #* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. <br /> #** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05<br /> #** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;<br /> ## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. <br /> ## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp; tweede lijst in MASCOT steken --&gt; neem taxonomy homo sapience!)<br /> ## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?<br /> #METABOLOMICS<br /> #* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. <br /> ## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. <br /> ## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? <br /> ## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).<br /> #* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> #* Van welk proteine is dit peptiede <br /> #* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> #*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol <br /> <br /> # Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> #* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> #* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> #* Over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> #* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=1885 2020-01-15T08:04:06Z

<p>XanderJanssens: /* 14/01/2020 */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===14/01/2020===<br /> Robben:<br /> # Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.<br /> ## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.<br /> ## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. '''Argue your choice.'''<br /> ## Explain the working principles of the chosen platform(s)<br /> # Begrippen<br /> ## Ribosome profiling<br /> ## (Transcriptomics) microarray target labeling<br /> ## Protein-protein interaction maps are scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # Placental Growth Factor is an interesting protein.<br /> ## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)<br /> ## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (3p)<br /> ## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)<br /> ## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (4p)<br /> # Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)<br /> <br /> ===29/01/2019===<br /> Robben:<br /> #je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom<br /> #woordjes: <br /> ##Ribsome profiling<br /> ##Array protein targetting<br /> ##protein-protein interaction map is scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309 <br /> ##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)<br /> ##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)<br /> ##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? <br /> ##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)<br /> #Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p<br /> <br /> ===22/01/2019===<br /> Robben:<br /> #verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?<br /> ##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.<br /> ##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.<br /> #begrippen<br /> ##paired end sequencing<br /> ##nanopore sequencing<br /> ##affimetrix chip<br /> <br /> Landuyt:<br /> #A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05<br /> ##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p<br /> ##What is the identity of the protein? 4p<br /> ##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p<br /> ##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p<br /> #Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p<br /> <br /> ===16/01/2019===<br /> <br /> Deel Robben:<br /> # je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.<br /> # woordjes: <br /> ##SMRT,<br /> ##gene altering,<br /> ##genetic interactomics<br /> #<br /> Deel Landuyt<br /> #Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05<br /> Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK<br /> # welk protein is het? <br /> # wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?<br /> # geef meer info over de werking van het proteïnen<br /> <br /> Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? <br /> # De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?<br /> # Geef meer info over dit component<br /> <br /> ===15 januari 2019===<br /> Robben<br /> #Solexa sequencing en SMRT vergelijken. <br /> #Begrippen: <br /> ##Polyploidie en genomic evolution,<br /> ##Nanostring nCounter technologie<br /> ##Rosetta stone method<br /> <br /> Landuyt<br /> #Proteomics<br /> #* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07<br /> #* Welk proteïne is dit? <br /> #* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? <br /> #* Geef meer info over de werking van het proteïne<br /> <br /> #Metabolomics<br /> #* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. <br /> #* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)<br /> #* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm <br /> #* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?<br /> <br /> ===23/08/2018===<br /> <br /> * proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?<br /> 148.07574<br /> 175.11900 <br /> 219.11285<br /> 322.18741 <br /> 334.13979<br /> 423.23509 <br /> 447.22386<br /> 480.25655 <br /> 504.24532<br /> 593.34062 <br /> 605.29300<br /> 708.36756 <br /> 752.36141<br /> 779.40467 <br /> 908.46252<br /> 926.47309 <br /> #Questions:<br /> #* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2<br /> #* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3<br /> #* Which disease is studied? …/1<br /> #* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3<br /> #*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)<br /> <br /> Metabolomics<br /> accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken<br /> is dit een goede accuraatheid, leg uit?<br /> <br /> ===23/01/2018 NM===<br /> Robben:<br /> # Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. <br /> #* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? <br /> #* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. <br /> #* Woordjes<br /> ## Scaffold sequentie<br /> ## Genetic interactomics<br /> ## PMAGE<br /> Landuyt: <br /> # PROTEOMICS <br /> #* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. <br /> ## Wat ging er verkeerd in het experiment? <br /> ## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? <br /> ## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.<br /> # METABOLOMICS<br /> #* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. <br /> ## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? <br /> ## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?<br /> <br /> ===23/01/2018 VM===<br /> Robben:<br /> #Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. <br /> #* Wat is je sequencing strategy? <br /> #* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). <br /> #* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.<br /> #Woordjes:<br /> #* Endogenous Retrovirus<br /> #* Affrimex Genechip<br /> #*nCounter technology<br /> <br /> Landuyt: <br /> #PROTEOMICS <br /> #* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. <br /> #** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05<br /> #** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;<br /> ## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. <br /> ## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp; tweede lijst in MASCOT steken --&gt; neem taxonomy homo sapience!)<br /> ## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?<br /> #METABOLOMICS<br /> #* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. <br /> ## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. <br /> ## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? <br /> ## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).<br /> #* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> #* Van welk proteine is dit peptiede <br /> #* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> #*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol <br /> <br /> # Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> #* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> #* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> #* Over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> #* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=1884 2020-01-15T08:03:37Z

<p>XanderJanssens: /* 14/01/2020 */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===14/01/2020===<br /> Robben:<br /> # Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.<br /> ## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.<br /> ## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. [[Argue your choice.]]<br /> ## Explain the working principles of the chosen platform(s)<br /> # Begrippen<br /> ## Ribosome profiling<br /> ## (Transcriptomics) microarray target labeling<br /> ## Protein-protein interaction maps are scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # Placental Growth Factor is an interesting protein.<br /> ## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)<br /> ## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (3p)<br /> ## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)<br /> ## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (4p)<br /> # Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)<br /> <br /> ===29/01/2019===<br /> Robben:<br /> #je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom<br /> #woordjes: <br /> ##Ribsome profiling<br /> ##Array protein targetting<br /> ##protein-protein interaction map is scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309 <br /> ##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)<br /> ##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)<br /> ##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? <br /> ##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)<br /> #Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p<br /> <br /> ===22/01/2019===<br /> Robben:<br /> #verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?<br /> ##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.<br /> ##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.<br /> #begrippen<br /> ##paired end sequencing<br /> ##nanopore sequencing<br /> ##affimetrix chip<br /> <br /> Landuyt:<br /> #A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05<br /> ##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p<br /> ##What is the identity of the protein? 4p<br /> ##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p<br /> ##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p<br /> #Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p<br /> <br /> ===16/01/2019===<br /> <br /> Deel Robben:<br /> # je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.<br /> # woordjes: <br /> ##SMRT,<br /> ##gene altering,<br /> ##genetic interactomics<br /> #<br /> Deel Landuyt<br /> #Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05<br /> Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK<br /> # welk protein is het? <br /> # wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?<br /> # geef meer info over de werking van het proteïnen<br /> <br /> Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? <br /> # De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?<br /> # Geef meer info over dit component<br /> <br /> ===15 januari 2019===<br /> Robben<br /> #Solexa sequencing en SMRT vergelijken. <br /> #Begrippen: <br /> ##Polyploidie en genomic evolution,<br /> ##Nanostring nCounter technologie<br /> ##Rosetta stone method<br /> <br /> Landuyt<br /> #Proteomics<br /> #* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07<br /> #* Welk proteïne is dit? <br /> #* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? <br /> #* Geef meer info over de werking van het proteïne<br /> <br /> #Metabolomics<br /> #* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. <br /> #* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)<br /> #* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm <br /> #* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?<br /> <br /> ===23/08/2018===<br /> <br /> * proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?<br /> 148.07574<br /> 175.11900 <br /> 219.11285<br /> 322.18741 <br /> 334.13979<br /> 423.23509 <br /> 447.22386<br /> 480.25655 <br /> 504.24532<br /> 593.34062 <br /> 605.29300<br /> 708.36756 <br /> 752.36141<br /> 779.40467 <br /> 908.46252<br /> 926.47309 <br /> #Questions:<br /> #* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2<br /> #* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3<br /> #* Which disease is studied? …/1<br /> #* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3<br /> #*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)<br /> <br /> Metabolomics<br /> accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken<br /> is dit een goede accuraatheid, leg uit?<br /> <br /> ===23/01/2018 NM===<br /> Robben:<br /> # Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. <br /> #* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? <br /> #* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. <br /> #* Woordjes<br /> ## Scaffold sequentie<br /> ## Genetic interactomics<br /> ## PMAGE<br /> Landuyt: <br /> # PROTEOMICS <br /> #* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. <br /> ## Wat ging er verkeerd in het experiment? <br /> ## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? <br /> ## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.<br /> # METABOLOMICS<br /> #* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. <br /> ## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? <br /> ## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?<br /> <br /> ===23/01/2018 VM===<br /> Robben:<br /> #Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. <br /> #* Wat is je sequencing strategy? <br /> #* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). <br /> #* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.<br /> #Woordjes:<br /> #* Endogenous Retrovirus<br /> #* Affrimex Genechip<br /> #*nCounter technology<br /> <br /> Landuyt: <br /> #PROTEOMICS <br /> #* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. <br /> #** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05<br /> #** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;<br /> ## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. <br /> ## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp; tweede lijst in MASCOT steken --&gt; neem taxonomy homo sapience!)<br /> ## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?<br /> #METABOLOMICS<br /> #* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. <br /> ## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. <br /> ## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? <br /> ## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).<br /> #* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> #* Van welk proteine is dit peptiede <br /> #* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> #*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol <br /> <br /> # Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> #* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> #* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> #* Over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> #* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=1883 2020-01-15T08:02:14Z

<p>XanderJanssens: /* 14/01/2020 */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===14/01/2020===<br /> Robben:<br /> # Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.<br /> ## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.<br /> ## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. [[Argue your choice.]]<br /> ## Explain the working principles of the chosen platform(s)<br /> # Begrippen<br /> ## Ribosome profiling<br /> ## (Transcriptomics) microarray target labeling<br /> ## Protein-protein interaction maps are scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # Placental Growth Factor is an interesting protein.<br /> ## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)<br /> ## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (3p)<br /> ## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)<br /> ## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (4p)<br /> # Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)<br /> <br /> ===29/01/2019===<br /> Robben:<br /> #je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom<br /> #woordjes: <br /> ##Ribsome profiling<br /> ##Array protein targetting<br /> ##protein-protein interaction map is scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309 <br /> ##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)<br /> ##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)<br /> ##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? <br /> ##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)<br /> #Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p<br /> <br /> ===22/01/2019===<br /> Robben:<br /> #verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?<br /> ##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.<br /> ##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.<br /> #begrippen<br /> ##paired end sequencing<br /> ##nanopore sequencing<br /> ##affimetrix chip<br /> <br /> Landuyt:<br /> #A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05<br /> ##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p<br /> ##What is the identity of the protein? 4p<br /> ##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p<br /> ##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p<br /> #Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p<br /> <br /> ===16/01/2019===<br /> <br /> Deel Robben:<br /> # je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.<br /> # woordjes: <br /> ##SMRT,<br /> ##gene altering,<br /> ##genetic interactomics<br /> #<br /> Deel Landuyt<br /> #Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05<br /> Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK<br /> # welk protein is het? <br /> # wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?<br /> # geef meer info over de werking van het proteïnen<br /> <br /> Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? <br /> # De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?<br /> # Geef meer info over dit component<br /> <br /> ===15 januari 2019===<br /> Robben<br /> #Solexa sequencing en SMRT vergelijken. <br /> #Begrippen: <br /> ##Polyploidie en genomic evolution,<br /> ##Nanostring nCounter technologie<br /> ##Rosetta stone method<br /> <br /> Landuyt<br /> #Proteomics<br /> #* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07<br /> #* Welk proteïne is dit? <br /> #* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? <br /> #* Geef meer info over de werking van het proteïne<br /> <br /> #Metabolomics<br /> #* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. <br /> #* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)<br /> #* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm <br /> #* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?<br /> <br /> ===23/08/2018===<br /> <br /> * proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?<br /> 148.07574<br /> 175.11900 <br /> 219.11285<br /> 322.18741 <br /> 334.13979<br /> 423.23509 <br /> 447.22386<br /> 480.25655 <br /> 504.24532<br /> 593.34062 <br /> 605.29300<br /> 708.36756 <br /> 752.36141<br /> 779.40467 <br /> 908.46252<br /> 926.47309 <br /> #Questions:<br /> #* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2<br /> #* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3<br /> #* Which disease is studied? …/1<br /> #* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3<br /> #*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)<br /> <br /> Metabolomics<br /> accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken<br /> is dit een goede accuraatheid, leg uit?<br /> <br /> ===23/01/2018 NM===<br /> Robben:<br /> # Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. <br /> #* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? <br /> #* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. <br /> #* Woordjes<br /> ## Scaffold sequentie<br /> ## Genetic interactomics<br /> ## PMAGE<br /> Landuyt: <br /> # PROTEOMICS <br /> #* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. <br /> ## Wat ging er verkeerd in het experiment? <br /> ## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? <br /> ## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.<br /> # METABOLOMICS<br /> #* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. <br /> ## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? <br /> ## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?<br /> <br /> ===23/01/2018 VM===<br /> Robben:<br /> #Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. <br /> #* Wat is je sequencing strategy? <br /> #* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). <br /> #* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.<br /> #Woordjes:<br /> #* Endogenous Retrovirus<br /> #* Affrimex Genechip<br /> #*nCounter technology<br /> <br /> Landuyt: <br /> #PROTEOMICS <br /> #* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. <br /> #** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05<br /> #** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;<br /> ## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. <br /> ## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp; tweede lijst in MASCOT steken --&gt; neem taxonomy homo sapience!)<br /> ## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?<br /> #METABOLOMICS<br /> #* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. <br /> ## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. <br /> ## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? <br /> ## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).<br /> #* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> #* Van welk proteine is dit peptiede <br /> #* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> #*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol <br /> <br /> # Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> #* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> #* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> #* Over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> #* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Genetics_and_Biotechnology_of_Microorganisms&diff=1603 2019-01-30T19:53:27Z

<p>XanderJanssens: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie==<br /> Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast. Gedoceerd door Prof. Thevelein.<br /> <br /> Het examen bestaat uit 8 vragen: 4 hoofdvragen en 4 'bijvragen', bereid je dus voor op gigantisch veel schrijven. Wanneer je niets kan antwoorden op één van de hoofdvragen ben je er hoe dan ook niet door. Gegarandeerd één vraag over het practicum. Alle vragen zijn met mondelinge toelichting: hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig. <br /> <br /> Maak tekeningen en schema's. Wees beknopt, maar volledig.<br /> Aan het begin van het examen wordt gevraagd of je Nederlandse of Engelse vragen wilt.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen==<br /> <br /> <br /> ===30 januari 2019===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Effect van nutrienten + regulatie van PKA<br /> #Tools voor genetische modificatie<br /> #Hoe bewijs je dat een residue belangrijk is voor signalisatie en transport?<br /> #Practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen?<br /> #Voor- en nadelen van first en second generation bioethanol production<br /> #...<br /> #Welke mutaties kunnen optreden bij forced adaptive evolution en bespreek de stabiliteit<br /> <br /> ===25 januari 2019, VM===<br /> Hoofdvragen: <br /> #Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen<br /> #Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan. <br /> #Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld<br /> #Bespreek alle stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?<br /> #Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen. <br /> #Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)<br /> #Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je voor alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===14 Januari 2019, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?<br /> # Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.<br /> # Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)<br /> # Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.<br /> # Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.<br /> # Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?<br /> <br /> ===20 Augustus 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?<br /> # Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?<br /> # Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.<br /> # Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===17 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.<br /> # Practicum<br /> # Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld<br /> Bijvragen:<br /> # Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen<br /> # Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?<br /> <br /> ===16 januari 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.<br /> # Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.<br /> # Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> # Practicum<br /> #* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)<br /> Bijvragen:<br /> # Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)<br /> # Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> # Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)<br /> # Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)<br /> <br /> ===16 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> # Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> Bijvragen<br /> # Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.<br /> # Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> # Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)<br /> <br /> ===15 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke mechanismen verhogen cAMP?<br /> # Waarom is Gap1 een aminozuursensor<br /> # Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum<br /> Bijvragen<br /> # Kelch repeat bybass pathway<br /> # SCAM analysis<br /> # Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol<br /> # Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?<br /> <br /> ===18 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.<br /> #Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> #Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren <br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> #Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> #Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?<br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP. <br /> #* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders? <br /> #* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders? <br /> #* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder? <br /> #* D) in geval van 2 verwante ouders. <br /> #* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt? <br /> #* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===16 januari 2017, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?<br /> #Methode om polygene eigenschappen te ontdekken<br /> #Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?<br /> #Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?<br /> #Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===16 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel. <br /> #Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> #Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan. <br /> #Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd. <br /> #Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> #Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt. <br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert<br /> #Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)<br /> #Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===11 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.<br /> #Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.<br /> #Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.<br /> #Practicum uitleggen<br /> <br /> Kleine vragen:<br /> #Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.<br /> #Benaderingen voor het maken van een industriële giststam + voor- en nadelen ervan.<br /> #Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.<br /> #Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> === 28 jan 2015 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist<br /> # Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn<br /> # Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> # Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> # Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriële giststammen?<br /> # Met welke methodologieën hebben we een industriële giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?<br /> # Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===jan 2015===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische modificatie van gist <br /> # cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt <br /> # Pooled Segregant Whole Genome Analysis <br /> # Practicum uitleggen<br /> Bijvragen:<br /> # scam analysis<br /> # hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben<br /> # een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren<br /> # begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)<br /> <br /> === 12 jan 2015 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> Bijvragen:<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken <br /> # Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? <br /> # met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)<br /> <br /> === 13 jan 2014 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> #Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.<br /> #Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.<br /> #Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?<br /> #Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.<br /> #Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> #Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 30 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # ...<br /> <br /> === 14 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> # Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)<br /> # ...<br /> # Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> <br /> === 17 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen. <br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Methoden om industriële giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)? <br /> # Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.<br /> <br /> === 16 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn<br /> # Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven<br /> # Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen<br /> # Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme<br /> # Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen. <br /> # Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> # Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen<br /> # Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden? <br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische manipulatie van gist<br /> # structuur en functie van de cAMP-PKA pathway<br /> # wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway<br /> # de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen<br /> # Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken<br /> # Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.<br /> <br /> === 19 jan 2009 ===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).<br /> # Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.<br /> # Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.<br /> # Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.<br /> # De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.<br /> # Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.<br /> <br /> === 12 jan 2009 nm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # Bespreek de redenen waarom gist is geëvolueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).<br /> # Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)<br /> # Bespreek aminozuursensing door Gap1<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase<br /> # Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.<br /> # Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> # In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?<br /> <br /> === 12 jan 2009 vm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # levenscyclus van gist en implicaties voor genetica<br /> # structuur en functie cAMP-PKA weg<br /> # fosfaatsensing via Pho84 transceptor<br /> <br /> Bijvragen:<br /> <br /> # AMTEM en de uitdagingen van de technologie<br /> # Aquaporines en rol in vriestolerantie<br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen<br /> # Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Genetics_and_Biotechnology_of_Microorganisms&diff=1602 2019-01-30T19:52:08Z

<p>XanderJanssens: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie==<br /> Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast. Gedoceerd door Prof. Thevelein.<br /> <br /> Het examen bestaat uit 8 vragen: 4 hoofdvragen en 4 'bijvragen', bereid je dus voor op gigantisch veel schrijven. Wanneer je niets kan antwoorden op één van de hoofdvragen ben je er hoe dan ook niet door. Alle vragen zijn met mondelinge toelichting (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig). <br /> <br /> Maak tekeningen en schema's. Wees beknopt, maar volledig.<br /> Aan het begin van het examen wordt gevraagd of je Nederlandse of Engelse vragen wilt.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen==<br /> <br /> <br /> ===30 januari 2019===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Effect van nutrienten + regulatie van PKA<br /> #Tools voor genetische modificatie<br /> #Hoe bewijs je dat een residue belangrijk is voor signalisatie en transport?<br /> #Practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen?<br /> #Voor- en nadelen van first en second generation bioethanol production<br /> #...<br /> #Welke mutaties kunnen optreden bij forced adaptive evolution en bespreek de stabiliteit<br /> <br /> ===25 januari 2019, VM===<br /> Hoofdvragen: <br /> #Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen<br /> #Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan. <br /> #Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld<br /> #Bespreek alle stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?<br /> #Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen. <br /> #Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)<br /> #Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je voor alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===14 Januari 2019, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?<br /> # Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.<br /> # Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)<br /> # Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.<br /> # Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.<br /> # Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?<br /> <br /> ===20 Augustus 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?<br /> # Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?<br /> # Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.<br /> # Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===17 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.<br /> # Practicum<br /> # Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld<br /> Bijvragen:<br /> # Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen<br /> # Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?<br /> <br /> ===16 januari 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.<br /> # Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.<br /> # Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> # Practicum<br /> #* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)<br /> Bijvragen:<br /> # Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)<br /> # Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> # Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)<br /> # Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)<br /> <br /> ===16 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> # Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> Bijvragen<br /> # Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.<br /> # Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> # Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)<br /> <br /> ===15 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke mechanismen verhogen cAMP?<br /> # Waarom is Gap1 een aminozuursensor<br /> # Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum<br /> Bijvragen<br /> # Kelch repeat bybass pathway<br /> # SCAM analysis<br /> # Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol<br /> # Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?<br /> <br /> ===18 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.<br /> #Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> #Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren <br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> #Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> #Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?<br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP. <br /> #* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders? <br /> #* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders? <br /> #* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder? <br /> #* D) in geval van 2 verwante ouders. <br /> #* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt? <br /> #* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===16 januari 2017, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?<br /> #Methode om polygene eigenschappen te ontdekken<br /> #Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?<br /> #Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?<br /> #Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===16 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel. <br /> #Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> #Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan. <br /> #Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd. <br /> #Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> #Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt. <br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert<br /> #Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)<br /> #Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===11 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.<br /> #Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.<br /> #Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.<br /> #Practicum uitleggen<br /> <br /> Kleine vragen:<br /> #Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.<br /> #Benaderingen voor het maken van een industriële giststam + voor- en nadelen ervan.<br /> #Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.<br /> #Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> === 28 jan 2015 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist<br /> # Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn<br /> # Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> # Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> # Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriële giststammen?<br /> # Met welke methodologieën hebben we een industriële giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?<br /> # Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===jan 2015===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische modificatie van gist <br /> # cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt <br /> # Pooled Segregant Whole Genome Analysis <br /> # Practicum uitleggen<br /> Bijvragen:<br /> # scam analysis<br /> # hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben<br /> # een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren<br /> # begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)<br /> <br /> === 12 jan 2015 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> Bijvragen:<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken <br /> # Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? <br /> # met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)<br /> <br /> === 13 jan 2014 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> #Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.<br /> #Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.<br /> #Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?<br /> #Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.<br /> #Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> #Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 30 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # ...<br /> <br /> === 14 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> # Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)<br /> # ...<br /> # Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> <br /> === 17 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen. <br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Methoden om industriële giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)? <br /> # Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.<br /> <br /> === 16 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn<br /> # Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven<br /> # Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen<br /> # Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme<br /> # Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen. <br /> # Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> # Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen<br /> # Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden? <br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische manipulatie van gist<br /> # structuur en functie van de cAMP-PKA pathway<br /> # wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway<br /> # de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen<br /> # Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken<br /> # Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.<br /> <br /> === 19 jan 2009 ===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).<br /> # Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.<br /> # Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.<br /> # Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.<br /> # De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.<br /> # Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.<br /> <br /> === 12 jan 2009 nm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # Bespreek de redenen waarom gist is geëvolueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).<br /> # Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)<br /> # Bespreek aminozuursensing door Gap1<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase<br /> # Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.<br /> # Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> # In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?<br /> <br /> === 12 jan 2009 vm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # levenscyclus van gist en implicaties voor genetica<br /> # structuur en functie cAMP-PKA weg<br /> # fosfaatsensing via Pho84 transceptor<br /> <br /> Bijvragen:<br /> <br /> # AMTEM en de uitdagingen van de technologie<br /> # Aquaporines en rol in vriestolerantie<br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen<br /> # Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_biochemistry_and_biotechnology&diff=1543 2019-01-26T14:56:35Z

<p>XanderJanssens: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Verdiepend vervolg op Moleculaire en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. (Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben)<br /> <br /> Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven. <br /> <br /> <br /> &amp;quot;De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf.&amp;quot; <br /> -- Quote Johan Robben, 2014<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> === 25 januari 2019 NM===<br /> <br /> #Leg de regulatie van het trp-operon uit<br /> #Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons<br /> #Begrippen<br /> #* RITS<br /> #* Shutdown decay<br /> #* BMAL<br /> #* uORF<br /> <br /> === 18 januari 2019 NM===<br /> <br /> #3’ UTR bij eukaryoten<br /> #Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi<br /> #Begrippen<br /> #* RNA switch<br /> #* Periodosoom<br /> #* RNA editing<br /> #* CMA<br /> <br /> === 18 januari 2019 VM===<br /> #Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden. <br /> #Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren. <br /> #Begrippen<br /> #* Selenocysteine<br /> #* Nonsense-mediated decay<br /> #* shRNA<br /> #* Proximity-induced autoactivation <br /> <br /> ===22 januari 2018, VM===<br /> #Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?<br /> #Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)<br /> #Begrippen:<br /> #* Retroreulatie<br /> #* Genomische imprinting (+voorbeeld)<br /> #* Nonsense-mediated decay<br /> #*Nocturnine<br /> <br /> ===19 januari 2018, VM===<br /> #Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)<br /> #Begrippen:<br /> #* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)<br /> #* Rip: regulated intramembrane proteolysis<br /> #* RITS<br /> #* foto-entrainment<br /> <br /> ===21 augustus 2017===<br /> #Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten. <br /> #De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover <br /> #Begrippen:<br /> #*Transcriptional gene silencing<br /> #*Peptide mediated protein knockdownn<br /> #*Familial fast sleep syndrome<br /> #*Een vierde begrip<br /> <br /> ===3 februari 2017===<br /> #Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit<br /> #Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie<br /> #Woordjes:<br /> #*Nocturnine<br /> #*uORF<br /> #*Genetic imprinting<br /> #*Chaperone-gemedieerde autofagie<br /> <br /> ===23 januari 2017===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan<br /> #Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> #Bespreek kort <br /> #*Retroregulation<br /> #*Rip: regulated intramembrane proteolyse<br /> #*nonsense mediated decay<br /> #*Periodosoom <br /> <br /> <br /> ===20 januari 2017===<br /> #Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Attenuatie<br /> #*Hairpin silencing<br /> #*Translational recoding<br /> #*Photo-entrainment<br /> <br /> ===29 januari 2016===<br /> #UPR<br /> #Circadische clock in zoogdieren<br /> #Bespreek kort:<br /> #*hairpin silencing<br /> #*argonaut<br /> #*genomic imprinting<br /> #*riboswitch<br /> <br /> ===27 januari 2016===<br /> #Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geïnteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)<br /> #Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*real-time RT-PCR<br /> #*selenocysteïne<br /> #*caspasen<br /> #*RIP.<br /> <br /> ===18 januari 2016===<br /> #Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?<br /> #Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*histonehermodellering<br /> #*shut down decay<br /> #*RNA editing<br /> #*BMAL-CLOCK<br /> <br /> ===15 januari 2016===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)<br /> #Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Chromatine remoddeling<br /> #*Non stop decay<br /> #*Periodosoom<br /> #*Seed sequentie<br /> <br /> ===28 januari 2015===<br /> #Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?<br /> #Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Translationele hercodering<br /> #*Exosoom<br /> #*Looped-primer RT-PCR<br /> <br /> ===september 2014 ===<br /> #Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.<br /> #Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Icterus<br /> #*UPR<br /> #*Nocturine<br /> <br /> ===31 januari 2014 ===<br /> #Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme. <br /> #Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Geelzucht<br /> #*genome imprinting<br /> #*Initiator caspase <br /> #*KiaC<br /> <br /> ===29 januari 2014 ===<br /> # Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten <br /> # Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt <br /> #Bespreek kort: <br /> #*Lesch-Nyhan-syndroom<br /> #*Selenocysteine<br /> #*Calnexin-calreticuline cyclus<br /> #*Clock/BMAL1<br /> <br /> ===20 januari 2014===<br /> #Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie? <br /> #Bespreek &quot;unfolded protein response&quot; (UPR)? <br /> #Leg kort uit<br /> #* Trans-translatie<br /> #*RNA editering <br /> #*shRNA <br /> #*Nocturnine<br /> <br /> === 21 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vóór secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* ALA-synthase<br /> #* transtranslatie<br /> #* Seed sequentie<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 15 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.<br /> # Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)<br /> # Bespreek kort:<br /> #* thymidylaatsynthase<br /> #* RNA editering<br /> #* chaperone gemedieerde autofagie<br /> #* argonaut<br /> <br /> === 3 februari 2012 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort:<br /> #* 5-FOA<br /> #* RNA editering<br /> #* seed sequence<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 17 januari 2012 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* Thymidilaatsynthetase<br /> #* Geelzucht<br /> #* CpG eiland<br /> #* RITS<br /> <br /> === 1 september 2011 ===<br /> # Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?<br /> # Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?<br /> # Bespreek kort: <br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* nonsense mediated decay<br /> #* photo entrainment<br /> #* shRNA<br /> <br /> === 4 februari 2011 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* Shutdown decay (SSD)<br /> #* eIF2<br /> <br /> === 24 januari 2011 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* RNA editing<br /> #* toxine-antitoxine<br /> #* ubiquitineligase E3<br /> <br /> === 18 januari 2011 ===<br /> # Bespreek riboswitches.<br /> # Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* allopurinol<br /> #* uORFs<br /> #* ERAD<br /> #* photo-entrainment<br /> <br /> === 29 januari 2010 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit, en de invloed op transcriptie.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* ERAD<br /> #* initiator caspases<br /> #* myristoylisatie<br /> === 18 januari 2010 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* RISC<br /> #* endosomale lokalisatiesignaal<br /> <br /> ===12 januari 2010===<br /> # Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.<br /> # Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* Nocturnine<br /> #* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)<br /> #* shRNA<br /> #* nuclear localisation signal<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL:<br /> # purinebiosynthese en regulatie<br /> # kaartjes:<br /> #* Adaptor<br /> #* Cascades, waarom?<br /> <br /> JR:<br /> # Controlemechanismen mRNA in eukaryoten<br /> # kaartjes:<br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* RITS<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL: Calcium<br /> JR: N end rule<br /> <br /> ===20 januari 2009===<br /> Deley: <br /> # Afbraak van vetzuren<br /> # Kaartjes:<br /> #* GPCR<br /> #* werking van groeifactoren<br /> Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)<br /> <br /> Nog Kaartjes:<br /> # calnexine/calreticuline cycle<br /> # Argonaut<br /> # SH2 en SH3<br /> # stimulatie van proteïnesynthese door hemine<br /> # Ubiquitine als sorteringssignaal<br /> # Thio-etherankers en thio-esterankers<br /> # shRNA<br /> # riboswitch<br /> # RITS<br /> # ARE (AU-rich element)<br /> # transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)<br /> # cascade, waarom?<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek purineafbraak + storingen<br /> # kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek lysosomale afbraak<br /> # kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie<br /> # kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren<br /> # kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch<br /> <br /> ===30 januari 2008===<br /> # MDL: Pyrimidinebiosynthese<br /> # JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> <br /> MDL:<br /> # Heem oxygenase systeem<br /> # Kaartjes:<br /> #* Amide linked myristoyl anchors<br /> #* Calcium oscillaties<br /> <br /> JR:<br /> <br /> # Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.<br /> # Kaartjes:<br /> #* miRNA<br /> #* Calnexin-Calreticulin cycling<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> Hoofdvragen:<br /> # op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?<br /> # Deoxyribunucleotide synthese en regulatie<br /> <br /> Korte vragen:<br /> # lambda repressor<br /> # mRNA turnover<br /> # cascades<br /> # proteïnesynthese en hemine</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_biochemistry_and_biotechnology&diff=1542 2019-01-26T14:56:16Z

<p>XanderJanssens: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Verdiepend vervolg op Moleculaire en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. (Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben)<br /> <br /> Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stel bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven. <br /> <br /> <br /> &amp;quot;De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf.&amp;quot; <br /> -- Quote Johan Robben, 2014<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> === 25 januari 2019 NM===<br /> <br /> #Leg de regulatie van het trp-operon uit<br /> #Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons<br /> #Begrippen<br /> #* RITS<br /> #* Shutdown decay<br /> #* BMAL<br /> #* uORF<br /> <br /> === 18 januari 2019 NM===<br /> <br /> #3’ UTR bij eukaryoten<br /> #Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi<br /> #Begrippen<br /> #* RNA switch<br /> #* Periodosoom<br /> #* RNA editing<br /> #* CMA<br /> <br /> === 18 januari 2019 VM===<br /> #Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden. <br /> #Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren. <br /> #Begrippen<br /> #* Selenocysteine<br /> #* Nonsense-mediated decay<br /> #* shRNA<br /> #* Proximity-induced autoactivation <br /> <br /> ===22 januari 2018, VM===<br /> #Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?<br /> #Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)<br /> #Begrippen:<br /> #* Retroreulatie<br /> #* Genomische imprinting (+voorbeeld)<br /> #* Nonsense-mediated decay<br /> #*Nocturnine<br /> <br /> ===19 januari 2018, VM===<br /> #Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)<br /> #Begrippen:<br /> #* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)<br /> #* Rip: regulated intramembrane proteolysis<br /> #* RITS<br /> #* foto-entrainment<br /> <br /> ===21 augustus 2017===<br /> #Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten. <br /> #De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover <br /> #Begrippen:<br /> #*Transcriptional gene silencing<br /> #*Peptide mediated protein knockdownn<br /> #*Familial fast sleep syndrome<br /> #*Een vierde begrip<br /> <br /> ===3 februari 2017===<br /> #Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit<br /> #Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie<br /> #Woordjes:<br /> #*Nocturnine<br /> #*uORF<br /> #*Genetic imprinting<br /> #*Chaperone-gemedieerde autofagie<br /> <br /> ===23 januari 2017===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan<br /> #Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> #Bespreek kort <br /> #*Retroregulation<br /> #*Rip: regulated intramembrane proteolyse<br /> #*nonsense mediated decay<br /> #*Periodosoom <br /> <br /> <br /> ===20 januari 2017===<br /> #Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Attenuatie<br /> #*Hairpin silencing<br /> #*Translational recoding<br /> #*Photo-entrainment<br /> <br /> ===29 januari 2016===<br /> #UPR<br /> #Circadische clock in zoogdieren<br /> #Bespreek kort:<br /> #*hairpin silencing<br /> #*argonaut<br /> #*genomic imprinting<br /> #*riboswitch<br /> <br /> ===27 januari 2016===<br /> #Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geïnteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)<br /> #Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*real-time RT-PCR<br /> #*selenocysteïne<br /> #*caspasen<br /> #*RIP.<br /> <br /> ===18 januari 2016===<br /> #Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?<br /> #Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*histonehermodellering<br /> #*shut down decay<br /> #*RNA editing<br /> #*BMAL-CLOCK<br /> <br /> ===15 januari 2016===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)<br /> #Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Chromatine remoddeling<br /> #*Non stop decay<br /> #*Periodosoom<br /> #*Seed sequentie<br /> <br /> ===28 januari 2015===<br /> #Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?<br /> #Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Translationele hercodering<br /> #*Exosoom<br /> #*Looped-primer RT-PCR<br /> <br /> ===september 2014 ===<br /> #Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.<br /> #Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Icterus<br /> #*UPR<br /> #*Nocturine<br /> <br /> ===31 januari 2014 ===<br /> #Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme. <br /> #Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Geelzucht<br /> #*genome imprinting<br /> #*Initiator caspase <br /> #*KiaC<br /> <br /> ===29 januari 2014 ===<br /> # Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten <br /> # Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt <br /> #Bespreek kort: <br /> #*Lesch-Nyhan-syndroom<br /> #*Selenocysteine<br /> #*Calnexin-calreticuline cyclus<br /> #*Clock/BMAL1<br /> <br /> ===20 januari 2014===<br /> #Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie? <br /> #Bespreek &quot;unfolded protein response&quot; (UPR)? <br /> #Leg kort uit<br /> #* Trans-translatie<br /> #*RNA editering <br /> #*shRNA <br /> #*Nocturnine<br /> <br /> === 21 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vóór secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* ALA-synthase<br /> #* transtranslatie<br /> #* Seed sequentie<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 15 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.<br /> # Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)<br /> # Bespreek kort:<br /> #* thymidylaatsynthase<br /> #* RNA editering<br /> #* chaperone gemedieerde autofagie<br /> #* argonaut<br /> <br /> === 3 februari 2012 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort:<br /> #* 5-FOA<br /> #* RNA editering<br /> #* seed sequence<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 17 januari 2012 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* Thymidilaatsynthetase<br /> #* Geelzucht<br /> #* CpG eiland<br /> #* RITS<br /> <br /> === 1 september 2011 ===<br /> # Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?<br /> # Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?<br /> # Bespreek kort: <br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* nonsense mediated decay<br /> #* photo entrainment<br /> #* shRNA<br /> <br /> === 4 februari 2011 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* Shutdown decay (SSD)<br /> #* eIF2<br /> <br /> === 24 januari 2011 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* RNA editing<br /> #* toxine-antitoxine<br /> #* ubiquitineligase E3<br /> <br /> === 18 januari 2011 ===<br /> # Bespreek riboswitches.<br /> # Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* allopurinol<br /> #* uORFs<br /> #* ERAD<br /> #* photo-entrainment<br /> <br /> === 29 januari 2010 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit, en de invloed op transcriptie.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* ERAD<br /> #* initiator caspases<br /> #* myristoylisatie<br /> === 18 januari 2010 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* RISC<br /> #* endosomale lokalisatiesignaal<br /> <br /> ===12 januari 2010===<br /> # Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.<br /> # Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* Nocturnine<br /> #* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)<br /> #* shRNA<br /> #* nuclear localisation signal<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL:<br /> # purinebiosynthese en regulatie<br /> # kaartjes:<br /> #* Adaptor<br /> #* Cascades, waarom?<br /> <br /> JR:<br /> # Controlemechanismen mRNA in eukaryoten<br /> # kaartjes:<br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* RITS<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL: Calcium<br /> JR: N end rule<br /> <br /> ===20 januari 2009===<br /> Deley: <br /> # Afbraak van vetzuren<br /> # Kaartjes:<br /> #* GPCR<br /> #* werking van groeifactoren<br /> Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)<br /> <br /> Nog Kaartjes:<br /> # calnexine/calreticuline cycle<br /> # Argonaut<br /> # SH2 en SH3<br /> # stimulatie van proteïnesynthese door hemine<br /> # Ubiquitine als sorteringssignaal<br /> # Thio-etherankers en thio-esterankers<br /> # shRNA<br /> # riboswitch<br /> # RITS<br /> # ARE (AU-rich element)<br /> # transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)<br /> # cascade, waarom?<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek purineafbraak + storingen<br /> # kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek lysosomale afbraak<br /> # kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie<br /> # kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren<br /> # kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch<br /> <br /> ===30 januari 2008===<br /> # MDL: Pyrimidinebiosynthese<br /> # JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> <br /> MDL:<br /> # Heem oxygenase systeem<br /> # Kaartjes:<br /> #* Amide linked myristoyl anchors<br /> #* Calcium oscillaties<br /> <br /> JR:<br /> <br /> # Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.<br /> # Kaartjes:<br /> #* miRNA<br /> #* Calnexin-Calreticulin cycling<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> Hoofdvragen:<br /> # op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?<br /> # Deoxyribunucleotide synthese en regulatie<br /> <br /> Korte vragen:<br /> # lambda repressor<br /> # mRNA turnover<br /> # cascades<br /> # proteïnesynthese en hemine</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Laboratory_Animal_Sciences&diff=1538 2019-01-26T08:22:39Z

<p>XanderJanssens: /* 25 januari 2019 */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie ==<br /> <br /> Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, BMW, bio-ingenieurs studenten). <br /> Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf is mondeling. Je krijgt altijd 5 vragen en dan nog een tweetal bijvragen, tijdens het mondeling, die uit eender welk deel van de cursus kunnen komen.<br /> <br /> Vragen staan in Nederlands en Engels geschreven.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> === 25 januari 2019 ===<br /> Begrippen:<br /> #isolator<br /> #3 R’s<br /> #zoonose<br /> #lee-boot effect<br /> <br /> Grote vragen<br /> #Consomic strain<br /> #Geef alle mogelijke analgesia en bespreek hun neveneffecten<br /> #Welke infectie oorzaken zijn er? Hoe kan je deze vermijden?<br /> #Effect van stress op behaviour<br /> <br /> === 31 januari 2018 versie A ===<br /> Schriftelijk<br /> #Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? <br /> #Leg uit: premedicatie en sedatie<br /> #Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?<br /> <br /> ===31 januari 2018 versie B===<br /> Schriftelijk<br /> #Leg uit:<br /> #*Whitten effect<br /> #*3 R's<br /> #*isolator<br /> #*Zoonose<br /> #Welke effecten kan stress hebben op gedrag?<br /> #Leg uit (in detail): F1 hybride<br /> #Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?<br /> <br /> ===16 januari 2018===<br /> Schriftelijk<br /> #Leg uit:<br /> #*Harderian gland<br /> #*Orbitapuncture<br /> #*Bruce effect<br /> #*Gavage<br /> #Leg uit in detail: congene stam<br /> #Uitleggen lokale anesthesie<br /> #Uitleggen natuurlijk voeder<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg kort uit.<br /> <br /> === 1 februari 2017 (versie A)===<br /> #Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? <br /> #Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld<br /> #Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?<br /> <br /> <br /> ===1 februari 2017 (versie B)===<br /> #Leg uit:<br /> #*Whitten effect<br /> #*3 R's<br /> #*isolator<br /> #*Zoonose<br /> #Welke effecten kan stress hebben op gedrag?<br /> #Leg uit (in detail): Congene stam<br /> #Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?<br /> <br /> ===17 januari 2017===<br /> #Leg uit:<br /> #*Harderian gland<br /> #*Orbitapuncture<br /> #*Bruce effect<br /> #*?<br /> #Leg uit F1 hybriden in muizen<br /> #Uitleggen Lokale anesthesie<br /> #Uitleggen natuurlijk voeder<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?<br /> <br /> ===13 januari 2016===<br /> #Leg uit:<br /> #*whittin effect<br /> #*co isogene stam<br /> #*isolator<br /> #*zoonose en voorbeeld<br /> #bespreek gasanesthesie<br /> #welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?<br /> #effect van stress op gedrag<br /> #de 3R's en telkens 1 voorbeeld<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> #Geef definitie proefdier en dierproef<br /> #Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk? <br /> #Leg uit: congene stam =&amp;gt; Bijvraag: hoe geef je de naam weer hiervan (schrijfwijze)<br /> #Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?<br /> #Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?<br /> #Extra bijvraag: Geef de 3 R's.<br /> <br /> === 22 jan 2015 (nm)===<br /> # Leg uit<br /> #* Bruce effect<br /> #* Gavage<br /> #* IVC<br /> # Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> # Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.<br /> # Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?<br /> <br /> === 14 jan 2015 (nm)===<br /> # Definitie proefdier, definitie dierproef<br /> # Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?<br /> # Bespreek outbred stam.<br /> # Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?<br /> # Bespreek alpha-adrenergic agonists.<br /> <br /> === 13 jan 2014 (vm) ===<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> # Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?<br /> # Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?<br /> # Welke factoren bepalen de nutriëntenbehoeften behoefte van proefdieren?<br /> # Bespreek: hypnotische stoffen <br /> # Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?<br /> # Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?<br /> <br /> === 17 jan 2013 (nm) ===<br /> ==== reeks 1====<br /> <br /> # Bespreek inteeltstam<br /> # Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?<br /> # Hoe preventief allergieen vermijden?<br /> # Wat is enrichment?<br /> # Geef voorbeelden en stress bij een dier. <br /> <br /> Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]<br /> <br /> ==== reeks 2 ====<br /> <br /> # Leg uit:<br /> #*IVC<br /> #*chimeer<br /> #*zoocentrisme<br /> #*...<br /> #Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.<br /> #Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?<br /> #Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.<br /> <br /> ==== reeks 3 ====<br /> <br /> #Leg uit:<br /> #*Bruce effect<br /> #*Isolator<br /> #*Isogene stam<br /> #*Antropocentrisme<br /> #Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.<br /> #Leg uit: Lokale anaesthesie<br /> #Leg uit: A2-Faciliteit<br /> #Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.<br /> <br /> === 17 jan 2012 (vm) ===<br /> <br /> # Geef de definitie van een &amp;quot;proefdier&amp;quot; en een &amp;quot;dierproef&amp;quot;<br /> # Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine? <br /> # Bespreek: congene stam<br /> # Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?<br /> # Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?<br /> <br /> === 18 jan 2011 ===<br /> <br /> # leg uit: <br /> #* Co-isogenic strain<br /> #* Whitten effect<br /> #* Isolator<br /> #* zoönose<br /> # Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)<br /> # Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)<br /> # Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?<br /> # Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.<br /> <br /> === 19 jan 2010 ===<br /> <br /> # leg uit: <br /> #* de 3R's<br /> #* Whitten effect<br /> #* gaveren<br /> #* zoönose<br /> # bespreek lokale anaesthesie<br /> # bespreek F1 hybride<br /> # Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?<br /> # de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.<br /> <br /> <br /> === 12 jan 2010 ===<br /> <br /> # Factoren die nutriëntenbehoeften bepalen?<br /> # Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?<br /> # Invloed van licht en geluid op proefdieren?<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?<br /> # Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?<br /> # Bijvraag: 3 R's</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Laboratory_Animal_Sciences&diff=1537 2019-01-26T08:22:17Z

<p>XanderJanssens: /* 25 januari 2019 */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie ==<br /> <br /> Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, BMW, bio-ingenieurs studenten). <br /> Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf is mondeling. Je krijgt altijd 5 vragen en dan nog een tweetal bijvragen, tijdens het mondeling, die uit eender welk deel van de cursus kunnen komen.<br /> <br /> Vragen staan in Nederlands en Engels geschreven.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> === 25 januari 2019 ===<br /> Begrippen:<br /> #*isolator<br /> #*3 R’s<br /> #*zoonose<br /> #*lee-boot effect<br /> <br /> Grote vragen<br /> #*Consomic strain<br /> #*Geef alle mogelijke analgesia en bespreek hun neveneffecten<br /> #*Welke infectie oorzaken zijn er? Hoe kan je deze vermijden?<br /> #*Effect van stress op behaviour<br /> <br /> === 31 januari 2018 versie A ===<br /> Schriftelijk<br /> #Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? <br /> #Leg uit: premedicatie en sedatie<br /> #Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?<br /> <br /> ===31 januari 2018 versie B===<br /> Schriftelijk<br /> #Leg uit:<br /> #*Whitten effect<br /> #*3 R's<br /> #*isolator<br /> #*Zoonose<br /> #Welke effecten kan stress hebben op gedrag?<br /> #Leg uit (in detail): F1 hybride<br /> #Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?<br /> <br /> ===16 januari 2018===<br /> Schriftelijk<br /> #Leg uit:<br /> #*Harderian gland<br /> #*Orbitapuncture<br /> #*Bruce effect<br /> #*Gavage<br /> #Leg uit in detail: congene stam<br /> #Uitleggen lokale anesthesie<br /> #Uitleggen natuurlijk voeder<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg kort uit.<br /> <br /> === 1 februari 2017 (versie A)===<br /> #Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? <br /> #Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld<br /> #Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?<br /> <br /> <br /> ===1 februari 2017 (versie B)===<br /> #Leg uit:<br /> #*Whitten effect<br /> #*3 R's<br /> #*isolator<br /> #*Zoonose<br /> #Welke effecten kan stress hebben op gedrag?<br /> #Leg uit (in detail): Congene stam<br /> #Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?<br /> <br /> ===17 januari 2017===<br /> #Leg uit:<br /> #*Harderian gland<br /> #*Orbitapuncture<br /> #*Bruce effect<br /> #*?<br /> #Leg uit F1 hybriden in muizen<br /> #Uitleggen Lokale anesthesie<br /> #Uitleggen natuurlijk voeder<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?<br /> <br /> ===13 januari 2016===<br /> #Leg uit:<br /> #*whittin effect<br /> #*co isogene stam<br /> #*isolator<br /> #*zoonose en voorbeeld<br /> #bespreek gasanesthesie<br /> #welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?<br /> #effect van stress op gedrag<br /> #de 3R's en telkens 1 voorbeeld<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> #Geef definitie proefdier en dierproef<br /> #Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk? <br /> #Leg uit: congene stam =&amp;gt; Bijvraag: hoe geef je de naam weer hiervan (schrijfwijze)<br /> #Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?<br /> #Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?<br /> #Extra bijvraag: Geef de 3 R's.<br /> <br /> === 22 jan 2015 (nm)===<br /> # Leg uit<br /> #* Bruce effect<br /> #* Gavage<br /> #* IVC<br /> # Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> # Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.<br /> # Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?<br /> <br /> === 14 jan 2015 (nm)===<br /> # Definitie proefdier, definitie dierproef<br /> # Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?<br /> # Bespreek outbred stam.<br /> # Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?<br /> # Bespreek alpha-adrenergic agonists.<br /> <br /> === 13 jan 2014 (vm) ===<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> # Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?<br /> # Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?<br /> # Welke factoren bepalen de nutriëntenbehoeften behoefte van proefdieren?<br /> # Bespreek: hypnotische stoffen <br /> # Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?<br /> # Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?<br /> <br /> === 17 jan 2013 (nm) ===<br /> ==== reeks 1====<br /> <br /> # Bespreek inteeltstam<br /> # Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?<br /> # Hoe preventief allergieen vermijden?<br /> # Wat is enrichment?<br /> # Geef voorbeelden en stress bij een dier. <br /> <br /> Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]<br /> <br /> ==== reeks 2 ====<br /> <br /> # Leg uit:<br /> #*IVC<br /> #*chimeer<br /> #*zoocentrisme<br /> #*...<br /> #Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.<br /> #Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?<br /> #Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.<br /> <br /> ==== reeks 3 ====<br /> <br /> #Leg uit:<br /> #*Bruce effect<br /> #*Isolator<br /> #*Isogene stam<br /> #*Antropocentrisme<br /> #Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.<br /> #Leg uit: Lokale anaesthesie<br /> #Leg uit: A2-Faciliteit<br /> #Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.<br /> <br /> === 17 jan 2012 (vm) ===<br /> <br /> # Geef de definitie van een &amp;quot;proefdier&amp;quot; en een &amp;quot;dierproef&amp;quot;<br /> # Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine? <br /> # Bespreek: congene stam<br /> # Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?<br /> # Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?<br /> <br /> === 18 jan 2011 ===<br /> <br /> # leg uit: <br /> #* Co-isogenic strain<br /> #* Whitten effect<br /> #* Isolator<br /> #* zoönose<br /> # Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)<br /> # Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)<br /> # Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?<br /> # Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.<br /> <br /> === 19 jan 2010 ===<br /> <br /> # leg uit: <br /> #* de 3R's<br /> #* Whitten effect<br /> #* gaveren<br /> #* zoönose<br /> # bespreek lokale anaesthesie<br /> # bespreek F1 hybride<br /> # Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?<br /> # de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.<br /> <br /> <br /> === 12 jan 2010 ===<br /> <br /> # Factoren die nutriëntenbehoeften bepalen?<br /> # Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?<br /> # Invloed van licht en geluid op proefdieren?<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?<br /> # Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?<br /> # Bijvraag: 3 R's</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Laboratory_Animal_Sciences&diff=1536 2019-01-26T08:20:50Z

<p>XanderJanssens: /* 25 januari 2019 */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie ==<br /> <br /> Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, BMW, bio-ingenieurs studenten). <br /> Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf is mondeling. Je krijgt altijd 5 vragen en dan nog een tweetal bijvragen, tijdens het mondeling, die uit eender welk deel van de cursus kunnen komen.<br /> <br /> Vragen staan in Nederlands en Engels geschreven.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> === 25 januari 2019 ===<br /> #Begrippen:<br /> #*isolator<br /> #*3 R’s<br /> #*zoonose<br /> #*lee-boot effect<br /> <br /> #Grote vragen<br /> #*Consomic strain<br /> #*Geef alle mogelijke analgesia en bespreek hun neveneffecten<br /> #*Welke infectie oorzaken zijn er? Hoe kan je deze vermijden?<br /> #*Effect van stress op behaviour<br /> <br /> === 31 januari 2018 versie A ===<br /> Schriftelijk<br /> #Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? <br /> #Leg uit: premedicatie en sedatie<br /> #Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?<br /> <br /> ===31 januari 2018 versie B===<br /> Schriftelijk<br /> #Leg uit:<br /> #*Whitten effect<br /> #*3 R's<br /> #*isolator<br /> #*Zoonose<br /> #Welke effecten kan stress hebben op gedrag?<br /> #Leg uit (in detail): F1 hybride<br /> #Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?<br /> <br /> ===16 januari 2018===<br /> Schriftelijk<br /> #Leg uit:<br /> #*Harderian gland<br /> #*Orbitapuncture<br /> #*Bruce effect<br /> #*Gavage<br /> #Leg uit in detail: congene stam<br /> #Uitleggen lokale anesthesie<br /> #Uitleggen natuurlijk voeder<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg kort uit.<br /> <br /> === 1 februari 2017 (versie A)===<br /> #Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? <br /> #Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld<br /> #Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?<br /> <br /> <br /> ===1 februari 2017 (versie B)===<br /> #Leg uit:<br /> #*Whitten effect<br /> #*3 R's<br /> #*isolator<br /> #*Zoonose<br /> #Welke effecten kan stress hebben op gedrag?<br /> #Leg uit (in detail): Congene stam<br /> #Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?<br /> <br /> ===17 januari 2017===<br /> #Leg uit:<br /> #*Harderian gland<br /> #*Orbitapuncture<br /> #*Bruce effect<br /> #*?<br /> #Leg uit F1 hybriden in muizen<br /> #Uitleggen Lokale anesthesie<br /> #Uitleggen natuurlijk voeder<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?<br /> <br /> ===13 januari 2016===<br /> #Leg uit:<br /> #*whittin effect<br /> #*co isogene stam<br /> #*isolator<br /> #*zoonose en voorbeeld<br /> #bespreek gasanesthesie<br /> #welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?<br /> #effect van stress op gedrag<br /> #de 3R's en telkens 1 voorbeeld<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> #Geef definitie proefdier en dierproef<br /> #Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk? <br /> #Leg uit: congene stam =&amp;gt; Bijvraag: hoe geef je de naam weer hiervan (schrijfwijze)<br /> #Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?<br /> #Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?<br /> #Extra bijvraag: Geef de 3 R's.<br /> <br /> === 22 jan 2015 (nm)===<br /> # Leg uit<br /> #* Bruce effect<br /> #* Gavage<br /> #* IVC<br /> # Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> # Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.<br /> # Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?<br /> <br /> === 14 jan 2015 (nm)===<br /> # Definitie proefdier, definitie dierproef<br /> # Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?<br /> # Bespreek outbred stam.<br /> # Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?<br /> # Bespreek alpha-adrenergic agonists.<br /> <br /> === 13 jan 2014 (vm) ===<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> # Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?<br /> # Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?<br /> # Welke factoren bepalen de nutriëntenbehoeften behoefte van proefdieren?<br /> # Bespreek: hypnotische stoffen <br /> # Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?<br /> # Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?<br /> <br /> === 17 jan 2013 (nm) ===<br /> ==== reeks 1====<br /> <br /> # Bespreek inteeltstam<br /> # Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?<br /> # Hoe preventief allergieen vermijden?<br /> # Wat is enrichment?<br /> # Geef voorbeelden en stress bij een dier. <br /> <br /> Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]<br /> <br /> ==== reeks 2 ====<br /> <br /> # Leg uit:<br /> #*IVC<br /> #*chimeer<br /> #*zoocentrisme<br /> #*...<br /> #Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.<br /> #Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?<br /> #Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.<br /> <br /> ==== reeks 3 ====<br /> <br /> #Leg uit:<br /> #*Bruce effect<br /> #*Isolator<br /> #*Isogene stam<br /> #*Antropocentrisme<br /> #Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.<br /> #Leg uit: Lokale anaesthesie<br /> #Leg uit: A2-Faciliteit<br /> #Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.<br /> <br /> === 17 jan 2012 (vm) ===<br /> <br /> # Geef de definitie van een &amp;quot;proefdier&amp;quot; en een &amp;quot;dierproef&amp;quot;<br /> # Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine? <br /> # Bespreek: congene stam<br /> # Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?<br /> # Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?<br /> <br /> === 18 jan 2011 ===<br /> <br /> # leg uit: <br /> #* Co-isogenic strain<br /> #* Whitten effect<br /> #* Isolator<br /> #* zoönose<br /> # Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)<br /> # Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)<br /> # Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?<br /> # Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.<br /> <br /> === 19 jan 2010 ===<br /> <br /> # leg uit: <br /> #* de 3R's<br /> #* Whitten effect<br /> #* gaveren<br /> #* zoönose<br /> # bespreek lokale anaesthesie<br /> # bespreek F1 hybride<br /> # Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?<br /> # de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.<br /> <br /> <br /> === 12 jan 2010 ===<br /> <br /> # Factoren die nutriëntenbehoeften bepalen?<br /> # Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?<br /> # Invloed van licht en geluid op proefdieren?<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?<br /> # Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?<br /> # Bijvraag: 3 R's</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Laboratory_Animal_Sciences&diff=1535 2019-01-26T08:20:39Z

<p>XanderJanssens: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie ==<br /> <br /> Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, BMW, bio-ingenieurs studenten). <br /> Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf is mondeling. Je krijgt altijd 5 vragen en dan nog een tweetal bijvragen, tijdens het mondeling, die uit eender welk deel van de cursus kunnen komen.<br /> <br /> Vragen staan in Nederlands en Engels geschreven.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> === 25 januari 2019 ===<br /> #Begrippen:<br /> #*isolator<br /> #*3 R’s<br /> #*zoonose<br /> #]lee-boot effect<br /> <br /> #Grote vragen<br /> #*Consomic strain<br /> #*Geef alle mogelijke analgesia en bespreek hun neveneffecten<br /> #*Welke infectie oorzaken zijn er? Hoe kan je deze vermijden?<br /> #*Effect van stress op behaviour<br /> <br /> === 31 januari 2018 versie A ===<br /> Schriftelijk<br /> #Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? <br /> #Leg uit: premedicatie en sedatie<br /> #Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?<br /> <br /> ===31 januari 2018 versie B===<br /> Schriftelijk<br /> #Leg uit:<br /> #*Whitten effect<br /> #*3 R's<br /> #*isolator<br /> #*Zoonose<br /> #Welke effecten kan stress hebben op gedrag?<br /> #Leg uit (in detail): F1 hybride<br /> #Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?<br /> <br /> ===16 januari 2018===<br /> Schriftelijk<br /> #Leg uit:<br /> #*Harderian gland<br /> #*Orbitapuncture<br /> #*Bruce effect<br /> #*Gavage<br /> #Leg uit in detail: congene stam<br /> #Uitleggen lokale anesthesie<br /> #Uitleggen natuurlijk voeder<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg kort uit.<br /> <br /> === 1 februari 2017 (versie A)===<br /> #Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? <br /> #Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld<br /> #Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?<br /> <br /> <br /> ===1 februari 2017 (versie B)===<br /> #Leg uit:<br /> #*Whitten effect<br /> #*3 R's<br /> #*isolator<br /> #*Zoonose<br /> #Welke effecten kan stress hebben op gedrag?<br /> #Leg uit (in detail): Congene stam<br /> #Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?<br /> <br /> ===17 januari 2017===<br /> #Leg uit:<br /> #*Harderian gland<br /> #*Orbitapuncture<br /> #*Bruce effect<br /> #*?<br /> #Leg uit F1 hybriden in muizen<br /> #Uitleggen Lokale anesthesie<br /> #Uitleggen natuurlijk voeder<br /> #Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?<br /> <br /> ===13 januari 2016===<br /> #Leg uit:<br /> #*whittin effect<br /> #*co isogene stam<br /> #*isolator<br /> #*zoonose en voorbeeld<br /> #bespreek gasanesthesie<br /> #welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?<br /> #effect van stress op gedrag<br /> #de 3R's en telkens 1 voorbeeld<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> #Geef definitie proefdier en dierproef<br /> #Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk? <br /> #Leg uit: congene stam =&amp;gt; Bijvraag: hoe geef je de naam weer hiervan (schrijfwijze)<br /> #Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?<br /> #Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?<br /> #Extra bijvraag: Geef de 3 R's.<br /> <br /> === 22 jan 2015 (nm)===<br /> # Leg uit<br /> #* Bruce effect<br /> #* Gavage<br /> #* IVC<br /> # Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> # Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.<br /> # Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?<br /> <br /> === 14 jan 2015 (nm)===<br /> # Definitie proefdier, definitie dierproef<br /> # Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?<br /> # Bespreek outbred stam.<br /> # Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?<br /> # Bespreek alpha-adrenergic agonists.<br /> <br /> === 13 jan 2014 (vm) ===<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> # Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?<br /> # Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?<br /> # Welke factoren bepalen de nutriëntenbehoeften behoefte van proefdieren?<br /> # Bespreek: hypnotische stoffen <br /> # Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?<br /> # Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?<br /> <br /> === 17 jan 2013 (nm) ===<br /> ==== reeks 1====<br /> <br /> # Bespreek inteeltstam<br /> # Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?<br /> # Hoe preventief allergieen vermijden?<br /> # Wat is enrichment?<br /> # Geef voorbeelden en stress bij een dier. <br /> <br /> Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]<br /> <br /> ==== reeks 2 ====<br /> <br /> # Leg uit:<br /> #*IVC<br /> #*chimeer<br /> #*zoocentrisme<br /> #*...<br /> #Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen<br /> #Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?<br /> #Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.<br /> #Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?<br /> #Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.<br /> <br /> ==== reeks 3 ====<br /> <br /> #Leg uit:<br /> #*Bruce effect<br /> #*Isolator<br /> #*Isogene stam<br /> #*Antropocentrisme<br /> #Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.<br /> #Leg uit: Lokale anaesthesie<br /> #Leg uit: A2-Faciliteit<br /> #Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.<br /> <br /> === 17 jan 2012 (vm) ===<br /> <br /> # Geef de definitie van een &amp;quot;proefdier&amp;quot; en een &amp;quot;dierproef&amp;quot;<br /> # Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine? <br /> # Bespreek: congene stam<br /> # Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?<br /> # Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?<br /> <br /> === 18 jan 2011 ===<br /> <br /> # leg uit: <br /> #* Co-isogenic strain<br /> #* Whitten effect<br /> #* Isolator<br /> #* zoönose<br /> # Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)<br /> # Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)<br /> # Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?<br /> # Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.<br /> <br /> === 19 jan 2010 ===<br /> <br /> # leg uit: <br /> #* de 3R's<br /> #* Whitten effect<br /> #* gaveren<br /> #* zoönose<br /> # bespreek lokale anaesthesie<br /> # bespreek F1 hybride<br /> # Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?<br /> # de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.<br /> <br /> <br /> === 12 jan 2010 ===<br /> <br /> # Factoren die nutriëntenbehoeften bepalen?<br /> # Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?<br /> # Invloed van licht en geluid op proefdieren?<br /> # Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?<br /> # Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?<br /> # Bijvraag: 3 R's</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_biochemistry_and_biotechnology&diff=1524 2019-01-25T14:25:48Z

<p>XanderJanssens: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Verdiepend vervolg op Moleculaire en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. (Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben)<br /> <br /> Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest wat je antwoorden en stel bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven. <br /> <br /> <br /> &amp;quot;De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf.&amp;quot; <br /> -- Quote Johan Robben, 2014<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> === 18 januari 2019 NM===<br /> <br /> #3’ UTR bij eukaryoten<br /> #Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi<br /> #Begrippen<br /> #* RNA switch<br /> #* Periodosoom<br /> #* RNA editing<br /> #* CMA<br /> <br /> === 18 januari 2019 VM===<br /> #Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden. <br /> #Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren. <br /> #Begrippen<br /> #* Selenocysteine<br /> #* Nonsense-mediated decay<br /> #* shRNA<br /> #* Proximity-induced autoactivation <br /> <br /> ===22 januari 2018, VM===<br /> #Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?<br /> #Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)<br /> #Begrippen:<br /> #* Retroreulatie<br /> #* Genomische imprinting (+voorbeeld)<br /> #* Nonsense-mediated decay<br /> #*Nocturnine<br /> <br /> ===19 januari 2018, VM===<br /> #Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)<br /> #Begrippen:<br /> #* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)<br /> #* Rip: regulated intramembrane proteolysis<br /> #* RITS<br /> #* foto-entrainment<br /> <br /> ===21 augustus 2017===<br /> #Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten. <br /> #De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover <br /> #Begrippen:<br /> #*Transcriptional gene silencing<br /> #*Peptide mediated protein knockdownn<br /> #*Familial fast sleep syndrome<br /> #*Een vierde begrip<br /> <br /> ===3 februari 2017===<br /> #Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit<br /> #Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie<br /> #Woordjes:<br /> #*Nocturnine<br /> #*uORF<br /> #*Genetic imprinting<br /> #*Chaperone-gemedieerde autofagie<br /> <br /> ===23 januari 2017===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan<br /> #Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> #Bespreek kort <br /> #*Retroregulation<br /> #*Rip: regulated intramembrane proteolyse<br /> #*nonsense mediated decay<br /> #*Periodosoom <br /> <br /> <br /> ===20 januari 2017===<br /> #Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Attenuatie<br /> #*Hairpin silencing<br /> #*Translational recoding<br /> #*Photo-entrainment<br /> <br /> ===29 januari 2016===<br /> #UPR<br /> #Circadische clock in zoogdieren<br /> #Bespreek kort:<br /> #*hairpin silencing<br /> #*argonaut<br /> #*genomic imprinting<br /> #*riboswitch<br /> <br /> ===27 januari 2016===<br /> #Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geïnteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)<br /> #Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*real-time RT-PCR<br /> #*selenocysteïne<br /> #*caspasen<br /> #*RIP.<br /> <br /> ===18 januari 2016===<br /> #Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?<br /> #Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*histonehermodellering<br /> #*shut down decay<br /> #*RNA editing<br /> #*BMAL-CLOCK<br /> <br /> ===15 januari 2016===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)<br /> #Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Chromatine remoddeling<br /> #*Non stop decay<br /> #*Periodosoom<br /> #*Seed sequentie<br /> <br /> ===28 januari 2015===<br /> #Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?<br /> #Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Translationele hercodering<br /> #*Exosoom<br /> #*Looped-primer RT-PCR<br /> <br /> ===september 2014 ===<br /> #Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.<br /> #Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Icterus<br /> #*UPR<br /> #*Nocturine<br /> <br /> ===31 januari 2014 ===<br /> #Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme. <br /> #Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Geelzucht<br /> #*genome imprinting<br /> #*Initiator caspase <br /> #*KiaC<br /> <br /> ===29 januari 2014 ===<br /> # Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten <br /> # Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt <br /> #Bespreek kort: <br /> #*Lesch-Nyhan-syndroom<br /> #*Selenocysteine<br /> #*Calnexin-calreticuline cyclus<br /> #*Clock/BMAL1<br /> <br /> ===20 januari 2014===<br /> #Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie? <br /> #Bespreek &quot;unfolded protein response&quot; (UPR)? <br /> #Leg kort uit<br /> #* Trans-translatie<br /> #*RNA editering <br /> #*shRNA <br /> #*Nocturnine<br /> <br /> === 21 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vóór secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* ALA-synthase<br /> #* transtranslatie<br /> #* Seed sequentie<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 15 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.<br /> # Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)<br /> # Bespreek kort:<br /> #* thymidylaatsynthase<br /> #* RNA editering<br /> #* chaperone gemedieerde autofagie<br /> #* argonaut<br /> <br /> === 3 februari 2012 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort:<br /> #* 5-FOA<br /> #* RNA editering<br /> #* seed sequence<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 17 januari 2012 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* Thymidilaatsynthetase<br /> #* Geelzucht<br /> #* CpG eiland<br /> #* RITS<br /> <br /> === 1 september 2011 ===<br /> # Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?<br /> # Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?<br /> # Bespreek kort: <br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* nonsense mediated decay<br /> #* photo entrainment<br /> #* shRNA<br /> <br /> === 4 februari 2011 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* Shutdown decay (SSD)<br /> #* eIF2<br /> <br /> === 24 januari 2011 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* RNA editing<br /> #* toxine-antitoxine<br /> #* ubiquitineligase E3<br /> <br /> === 18 januari 2011 ===<br /> # Bespreek riboswitches.<br /> # Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* allopurinol<br /> #* uORFs<br /> #* ERAD<br /> #* photo-entrainment<br /> <br /> === 29 januari 2010 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit, en de invloed op transcriptie.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* ERAD<br /> #* initiator caspases<br /> #* myristoylisatie<br /> === 18 januari 2010 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* RISC<br /> #* endosomale lokalisatiesignaal<br /> <br /> ===12 januari 2010===<br /> # Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.<br /> # Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* Nocturnine<br /> #* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)<br /> #* shRNA<br /> #* nuclear localisation signal<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL:<br /> # purinebiosynthese en regulatie<br /> # kaartjes:<br /> #* Adaptor<br /> #* Cascades, waarom?<br /> <br /> JR:<br /> # Controlemechanismen mRNA in eukaryoten<br /> # kaartjes:<br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* RITS<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL: Calcium<br /> JR: N end rule<br /> <br /> ===20 januari 2009===<br /> Deley: <br /> # Afbraak van vetzuren<br /> # Kaartjes:<br /> #* GPCR<br /> #* werking van groeifactoren<br /> Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)<br /> <br /> Nog Kaartjes:<br /> # calnexine/calreticuline cycle<br /> # Argonaut<br /> # SH2 en SH3<br /> # stimulatie van proteïnesynthese door hemine<br /> # Ubiquitine als sorteringssignaal<br /> # Thio-etherankers en thio-esterankers<br /> # shRNA<br /> # riboswitch<br /> # RITS<br /> # ARE (AU-rich element)<br /> # transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)<br /> # cascade, waarom?<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek purineafbraak + storingen<br /> # kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek lysosomale afbraak<br /> # kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie<br /> # kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren<br /> # kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch<br /> <br /> ===30 januari 2008===<br /> # MDL: Pyrimidinebiosynthese<br /> # JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> <br /> MDL:<br /> # Heem oxygenase systeem<br /> # Kaartjes:<br /> #* Amide linked myristoyl anchors<br /> #* Calcium oscillaties<br /> <br /> JR:<br /> <br /> # Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.<br /> # Kaartjes:<br /> #* miRNA<br /> #* Calnexin-Calreticulin cycling<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> Hoofdvragen:<br /> # op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?<br /> # Deoxyribunucleotide synthese en regulatie<br /> <br /> Korte vragen:<br /> # lambda repressor<br /> # mRNA turnover<br /> # cascades<br /> # proteïnesynthese en hemine</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_biochemistry_and_biotechnology&diff=1523 2019-01-25T14:24:58Z

<p>XanderJanssens: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Verdiepend vervolg op Moleculaire en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. (Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben)<br /> <br /> Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. Schriftelijk met mondelinge toelichting (eerste vraag en begrippen): hij leest wat je antwoorden en stel bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk (zonder mondelinge toelichting of bijvragen). <br /> <br /> <br /> &amp;quot;De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf.&amp;quot; <br /> -- Quote Johan Robben, 2014<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> === 18 januari 2019 NM===<br /> <br /> #3’ UTR bij eukaryoten<br /> #Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi<br /> #Begrippen<br /> #* RNA switch<br /> #* Periodosoom<br /> #* RNA editing<br /> #* CMA<br /> <br /> === 18 januari 2019 VM===<br /> #Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden. <br /> #Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren. <br /> #Begrippen<br /> #* Selenocysteine<br /> #* Nonsense-mediated decay<br /> #* shRNA<br /> #* Proximity-induced autoactivation <br /> <br /> ===22 januari 2018, VM===<br /> #Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?<br /> #Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)<br /> #Begrippen:<br /> #* Retroreulatie<br /> #* Genomische imprinting (+voorbeeld)<br /> #* Nonsense-mediated decay<br /> #*Nocturnine<br /> <br /> ===19 januari 2018, VM===<br /> #Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)<br /> #Begrippen:<br /> #* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)<br /> #* Rip: regulated intramembrane proteolysis<br /> #* RITS<br /> #* foto-entrainment<br /> <br /> ===21 augustus 2017===<br /> #Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten. <br /> #De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover <br /> #Begrippen:<br /> #*Transcriptional gene silencing<br /> #*Peptide mediated protein knockdownn<br /> #*Familial fast sleep syndrome<br /> #*Een vierde begrip<br /> <br /> ===3 februari 2017===<br /> #Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit<br /> #Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie<br /> #Woordjes:<br /> #*Nocturnine<br /> #*uORF<br /> #*Genetic imprinting<br /> #*Chaperone-gemedieerde autofagie<br /> <br /> ===23 januari 2017===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan<br /> #Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> #Bespreek kort <br /> #*Retroregulation<br /> #*Rip: regulated intramembrane proteolyse<br /> #*nonsense mediated decay<br /> #*Periodosoom <br /> <br /> <br /> ===20 januari 2017===<br /> #Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Attenuatie<br /> #*Hairpin silencing<br /> #*Translational recoding<br /> #*Photo-entrainment<br /> <br /> ===29 januari 2016===<br /> #UPR<br /> #Circadische clock in zoogdieren<br /> #Bespreek kort:<br /> #*hairpin silencing<br /> #*argonaut<br /> #*genomic imprinting<br /> #*riboswitch<br /> <br /> ===27 januari 2016===<br /> #Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geïnteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)<br /> #Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*real-time RT-PCR<br /> #*selenocysteïne<br /> #*caspasen<br /> #*RIP.<br /> <br /> ===18 januari 2016===<br /> #Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?<br /> #Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*histonehermodellering<br /> #*shut down decay<br /> #*RNA editing<br /> #*BMAL-CLOCK<br /> <br /> ===15 januari 2016===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)<br /> #Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Chromatine remoddeling<br /> #*Non stop decay<br /> #*Periodosoom<br /> #*Seed sequentie<br /> <br /> ===28 januari 2015===<br /> #Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?<br /> #Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Translationele hercodering<br /> #*Exosoom<br /> #*Looped-primer RT-PCR<br /> <br /> ===september 2014 ===<br /> #Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.<br /> #Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Icterus<br /> #*UPR<br /> #*Nocturine<br /> <br /> ===31 januari 2014 ===<br /> #Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme. <br /> #Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Geelzucht<br /> #*genome imprinting<br /> #*Initiator caspase <br /> #*KiaC<br /> <br /> ===29 januari 2014 ===<br /> # Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten <br /> # Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt <br /> #Bespreek kort: <br /> #*Lesch-Nyhan-syndroom<br /> #*Selenocysteine<br /> #*Calnexin-calreticuline cyclus<br /> #*Clock/BMAL1<br /> <br /> ===20 januari 2014===<br /> #Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie? <br /> #Bespreek &quot;unfolded protein response&quot; (UPR)? <br /> #Leg kort uit<br /> #* Trans-translatie<br /> #*RNA editering <br /> #*shRNA <br /> #*Nocturnine<br /> <br /> === 21 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vóór secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* ALA-synthase<br /> #* transtranslatie<br /> #* Seed sequentie<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 15 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.<br /> # Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)<br /> # Bespreek kort:<br /> #* thymidylaatsynthase<br /> #* RNA editering<br /> #* chaperone gemedieerde autofagie<br /> #* argonaut<br /> <br /> === 3 februari 2012 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort:<br /> #* 5-FOA<br /> #* RNA editering<br /> #* seed sequence<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 17 januari 2012 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* Thymidilaatsynthetase<br /> #* Geelzucht<br /> #* CpG eiland<br /> #* RITS<br /> <br /> === 1 september 2011 ===<br /> # Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?<br /> # Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?<br /> # Bespreek kort: <br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* nonsense mediated decay<br /> #* photo entrainment<br /> #* shRNA<br /> <br /> === 4 februari 2011 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* Shutdown decay (SSD)<br /> #* eIF2<br /> <br /> === 24 januari 2011 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* RNA editing<br /> #* toxine-antitoxine<br /> #* ubiquitineligase E3<br /> <br /> === 18 januari 2011 ===<br /> # Bespreek riboswitches.<br /> # Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* allopurinol<br /> #* uORFs<br /> #* ERAD<br /> #* photo-entrainment<br /> <br /> === 29 januari 2010 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit, en de invloed op transcriptie.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* ERAD<br /> #* initiator caspases<br /> #* myristoylisatie<br /> === 18 januari 2010 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* RISC<br /> #* endosomale lokalisatiesignaal<br /> <br /> ===12 januari 2010===<br /> # Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.<br /> # Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* Nocturnine<br /> #* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)<br /> #* shRNA<br /> #* nuclear localisation signal<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL:<br /> # purinebiosynthese en regulatie<br /> # kaartjes:<br /> #* Adaptor<br /> #* Cascades, waarom?<br /> <br /> JR:<br /> # Controlemechanismen mRNA in eukaryoten<br /> # kaartjes:<br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* RITS<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL: Calcium<br /> JR: N end rule<br /> <br /> ===20 januari 2009===<br /> Deley: <br /> # Afbraak van vetzuren<br /> # Kaartjes:<br /> #* GPCR<br /> #* werking van groeifactoren<br /> Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)<br /> <br /> Nog Kaartjes:<br /> # calnexine/calreticuline cycle<br /> # Argonaut<br /> # SH2 en SH3<br /> # stimulatie van proteïnesynthese door hemine<br /> # Ubiquitine als sorteringssignaal<br /> # Thio-etherankers en thio-esterankers<br /> # shRNA<br /> # riboswitch<br /> # RITS<br /> # ARE (AU-rich element)<br /> # transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)<br /> # cascade, waarom?<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek purineafbraak + storingen<br /> # kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek lysosomale afbraak<br /> # kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie<br /> # kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren<br /> # kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch<br /> <br /> ===30 januari 2008===<br /> # MDL: Pyrimidinebiosynthese<br /> # JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> <br /> MDL:<br /> # Heem oxygenase systeem<br /> # Kaartjes:<br /> #* Amide linked myristoyl anchors<br /> #* Calcium oscillaties<br /> <br /> JR:<br /> <br /> # Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.<br /> # Kaartjes:<br /> #* miRNA<br /> #* Calnexin-Calreticulin cycling<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> Hoofdvragen:<br /> # op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?<br /> # Deoxyribunucleotide synthese en regulatie<br /> <br /> Korte vragen:<br /> # lambda repressor<br /> # mRNA turnover<br /> # cascades<br /> # proteïnesynthese en hemine</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-inorganic_Chemistry&diff=1522 2019-01-25T14:22:47Z

<p>XanderJanssens: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Machemie]]<br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels, examen afleggen mag zowel in het Engels als het Nederlands. Het is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding: je moet dus je antwoord gaan vertellen/uitleggen, ze leest niet gewoon je blad. Taak staat op 8 van de 20 punten. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper. <br /> <br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===11 jan 2019===<br /> # (3p) Copper proteins <br /> #* How are metal centres in copper proteins classified and based on what is this classification made?<br /> #* What is the main function of Cu(II) and why?<br /> #* What is the most useful method to study Cu centres in biochemistry and what concrete information can be extracted from this technique? Explain why it cannot be used for type III Cu centres.<br /> #* bijvraag : welke techniek nog = UV-vis want hebben een andere kleur.<br /> # (4p) Cytochromes P450 are regarded as oxidizing enzymes, yet they consume one eq. of NADPH for each catalytic cycle.<br /> #* What does the 450 represent? <br /> #* What is the most common reaction catalyzed by P450 and why is NADPH required?<br /> #* Fill in intermediate 6.<br /> #* Fill in the missing shunt from 5b back to intermediate 2 <br /> # (3p) Explain the electron structure of Fe in the oxidized and reduced state in [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish them and why?<br /> # (2p) What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)? How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===29 jan 2018===<br /> #cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states<br /> #Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal<br /> #electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?<br /> #Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?<br /> <br /> ===25 jan2018===<br /> #Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)<br /> #Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)<br /> ##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip). <br /> ##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway<br /> ##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)<br /> #bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)<br /> #De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)<br /> <br /> ===25 jan 2018 VM===<br /> #3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking<br /> #P450 <br /> ##Waarom 450 <br /> ##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH<br /> ##Intermediar VI aanvullen<br /> #Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit<br /> #2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader<br /> <br /> ===12 jan 2018===<br /> # (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.<br /> ## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)<br /> ## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.<br /> ## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?<br /> ## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?<br /> # (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.<br /> #* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin &amp; de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.<br /> # (3p) Alkaline en purple acid phosphatase<br /> ## Fill in missing metals, reaction products and transition states<br /> ## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?<br /> #* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===01 sep 2017 ===<br /> # (3p)<br /> #* How are copper sites classified?<br /> #* Which technique is used to study them, what results do you get from it?<br /> #* Why does this technique not work for type III?<br /> # (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?<br /> #* Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.<br /> #* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?<br /> #* Why are both state in high spin?<br /> # (3p)<br /> #* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.<br /> #* Where and why would Hg(II) bind?<br /> <br /> ===30 jan 2017 ===<br /> #<br /> #* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.<br /> #* Most common metals for this method and why<br /> #<br /> #* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase<br /> #* which reaction is catalysed by this enzym<br /> #* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co<br /> # -&gt; 2 Mossbauer spectra gegeven<br /> #* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie<br /> #* Which parameters can be derivate from the spectra<br /> #* Which of the 2 has the most symmetry and explain why<br /> #<br /> #* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits<br /> #* Most important difference between the 2 subunits<br /> <br /> ===26 jan 2017===<br /> # What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals? <br /> # Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved? <br /> # P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating? <br /> # Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?<br /> <br /> ===10 jan 2017===<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> # (3p)<br /> #* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?<br /> #* How does oxygen Bind to it?<br /> #* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?<br /> # (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?<br /> #* explain how electrons are being transported to cytochrome c.<br /> <br /> ===25 jan 2016===<br /> # &amp;lt;sup&amp;gt;99m&amp;lt;/sup&amp;gt;Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment<br /> # Reaction mechanism of aconitase<br /> # Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden<br /> # Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?<br /> <br /> ===21 jan 2016===<br /> # Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden<br /> # Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)<br /> # Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven<br /> # Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.<br /> <br /> ===22 jan 2015 (nm)===<br /> #How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III<br /> #Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?<br /> #Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?<br /> #Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy<br /> <br /> ===23 jan 2014 (vm)===<br /> #Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)<br /> #Reaction mechanism of aconitase: (6p)<br /> #*fill in the missing reactants and reaction products. <br /> #*Identify the three main reactions in this mechanisms. <br /> #*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180° flip)<br /> #*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?<br /> #Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)<br /> #Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (vm)===<br /> # Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p) <br /> # Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)<br /> # Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)<br /> #* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?<br /> #* What parameters can you derive from these graphs? <br /> #* Which is more symmetric and why?<br /> # What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (nm)===<br /> # properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p) <br /> # Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)<br /> #* Fill in missing metals, reaction products and transition states <br /> #* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions? <br /> # Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)<br /> # What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_biochemistry_and_biotechnology&diff=1521 2019-01-25T14:16:29Z

<p>XanderJanssens: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Verdiepend vervolg op Moleculaire en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. (Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben)<br /> <br /> Schriftelijk met mondelinge toelichting: 2 grote, open vragen en 4 begrippen. Eerste open vraag en de begrippen zijn mondeling toe te lichten, de tweede open vraag is schriftelijk. <br /> <br /> <br /> &amp;quot;De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf.&amp;quot; <br /> -- Quote Johan Robben, 2014<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> === 18 januari 2019 NM===<br /> <br /> #3’ UTR bij eukaryoten<br /> #Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi<br /> #Begrippen<br /> #* RNA switch<br /> #* Periodosoom<br /> #* RNA editing<br /> #* CMA<br /> <br /> === 18 januari 2019 VM===<br /> #Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden. <br /> #Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren. <br /> #Begrippen<br /> #* Selenocysteine<br /> #* Nonsense-mediated decay<br /> #* shRNA<br /> #* Proximity-induced autoactivation <br /> <br /> ===22 januari 2018, VM===<br /> #Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?<br /> #Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)<br /> #Begrippen:<br /> #* Retroreulatie<br /> #* Genomische imprinting (+voorbeeld)<br /> #* Nonsense-mediated decay<br /> #*Nocturnine<br /> <br /> ===19 januari 2018, VM===<br /> #Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)<br /> #Begrippen:<br /> #* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)<br /> #* Rip: regulated intramembrane proteolysis<br /> #* RITS<br /> #* foto-entrainment<br /> <br /> ===21 augustus 2017===<br /> #Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten. <br /> #De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover <br /> #Begrippen:<br /> #*Transcriptional gene silencing<br /> #*Peptide mediated protein knockdownn<br /> #*Familial fast sleep syndrome<br /> #*Een vierde begrip<br /> <br /> ===3 februari 2017===<br /> #Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit<br /> #Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie<br /> #Woordjes:<br /> #*Nocturnine<br /> #*uORF<br /> #*Genetic imprinting<br /> #*Chaperone-gemedieerde autofagie<br /> <br /> ===23 januari 2017===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan<br /> #Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> #Bespreek kort <br /> #*Retroregulation<br /> #*Rip: regulated intramembrane proteolyse<br /> #*nonsense mediated decay<br /> #*Periodosoom <br /> <br /> <br /> ===20 januari 2017===<br /> #Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Attenuatie<br /> #*Hairpin silencing<br /> #*Translational recoding<br /> #*Photo-entrainment<br /> <br /> ===29 januari 2016===<br /> #UPR<br /> #Circadische clock in zoogdieren<br /> #Bespreek kort:<br /> #*hairpin silencing<br /> #*argonaut<br /> #*genomic imprinting<br /> #*riboswitch<br /> <br /> ===27 januari 2016===<br /> #Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geïnteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)<br /> #Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*real-time RT-PCR<br /> #*selenocysteïne<br /> #*caspasen<br /> #*RIP.<br /> <br /> ===18 januari 2016===<br /> #Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?<br /> #Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*histonehermodellering<br /> #*shut down decay<br /> #*RNA editing<br /> #*BMAL-CLOCK<br /> <br /> ===15 januari 2016===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)<br /> #Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Chromatine remoddeling<br /> #*Non stop decay<br /> #*Periodosoom<br /> #*Seed sequentie<br /> <br /> ===28 januari 2015===<br /> #Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?<br /> #Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Translationele hercodering<br /> #*Exosoom<br /> #*Looped-primer RT-PCR<br /> <br /> ===september 2014 ===<br /> #Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.<br /> #Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Icterus<br /> #*UPR<br /> #*Nocturine<br /> <br /> ===31 januari 2014 ===<br /> #Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme. <br /> #Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Geelzucht<br /> #*genome imprinting<br /> #*Initiator caspase <br /> #*KiaC<br /> <br /> ===29 januari 2014 ===<br /> # Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten <br /> # Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt <br /> #Bespreek kort: <br /> #*Lesch-Nyhan-syndroom<br /> #*Selenocysteine<br /> #*Calnexin-calreticuline cyclus<br /> #*Clock/BMAL1<br /> <br /> ===20 januari 2014===<br /> #Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie? <br /> #Bespreek &quot;unfolded protein response&quot; (UPR)? <br /> #Leg kort uit<br /> #* Trans-translatie<br /> #*RNA editering <br /> #*shRNA <br /> #*Nocturnine<br /> <br /> === 21 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vóór secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* ALA-synthase<br /> #* transtranslatie<br /> #* Seed sequentie<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 15 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.<br /> # Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)<br /> # Bespreek kort:<br /> #* thymidylaatsynthase<br /> #* RNA editering<br /> #* chaperone gemedieerde autofagie<br /> #* argonaut<br /> <br /> === 3 februari 2012 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort:<br /> #* 5-FOA<br /> #* RNA editering<br /> #* seed sequence<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 17 januari 2012 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* Thymidilaatsynthetase<br /> #* Geelzucht<br /> #* CpG eiland<br /> #* RITS<br /> <br /> === 1 september 2011 ===<br /> # Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?<br /> # Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?<br /> # Bespreek kort: <br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* nonsense mediated decay<br /> #* photo entrainment<br /> #* shRNA<br /> <br /> === 4 februari 2011 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* Shutdown decay (SSD)<br /> #* eIF2<br /> <br /> === 24 januari 2011 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* RNA editing<br /> #* toxine-antitoxine<br /> #* ubiquitineligase E3<br /> <br /> === 18 januari 2011 ===<br /> # Bespreek riboswitches.<br /> # Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* allopurinol<br /> #* uORFs<br /> #* ERAD<br /> #* photo-entrainment<br /> <br /> === 29 januari 2010 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit, en de invloed op transcriptie.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* ERAD<br /> #* initiator caspases<br /> #* myristoylisatie<br /> === 18 januari 2010 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* RISC<br /> #* endosomale lokalisatiesignaal<br /> <br /> ===12 januari 2010===<br /> # Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.<br /> # Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* Nocturnine<br /> #* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)<br /> #* shRNA<br /> #* nuclear localisation signal<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL:<br /> # purinebiosynthese en regulatie<br /> # kaartjes:<br /> #* Adaptor<br /> #* Cascades, waarom?<br /> <br /> JR:<br /> # Controlemechanismen mRNA in eukaryoten<br /> # kaartjes:<br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* RITS<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL: Calcium<br /> JR: N end rule<br /> <br /> ===20 januari 2009===<br /> Deley: <br /> # Afbraak van vetzuren<br /> # Kaartjes:<br /> #* GPCR<br /> #* werking van groeifactoren<br /> Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)<br /> <br /> Nog Kaartjes:<br /> # calnexine/calreticuline cycle<br /> # Argonaut<br /> # SH2 en SH3<br /> # stimulatie van proteïnesynthese door hemine<br /> # Ubiquitine als sorteringssignaal<br /> # Thio-etherankers en thio-esterankers<br /> # shRNA<br /> # riboswitch<br /> # RITS<br /> # ARE (AU-rich element)<br /> # transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)<br /> # cascade, waarom?<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek purineafbraak + storingen<br /> # kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek lysosomale afbraak<br /> # kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie<br /> # kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren<br /> # kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch<br /> <br /> ===30 januari 2008===<br /> # MDL: Pyrimidinebiosynthese<br /> # JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> <br /> MDL:<br /> # Heem oxygenase systeem<br /> # Kaartjes:<br /> #* Amide linked myristoyl anchors<br /> #* Calcium oscillaties<br /> <br /> JR:<br /> <br /> # Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.<br /> # Kaartjes:<br /> #* miRNA<br /> #* Calnexin-Calreticulin cycling<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> Hoofdvragen:<br /> # op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?<br /> # Deoxyribunucleotide synthese en regulatie<br /> <br /> Korte vragen:<br /> # lambda repressor<br /> # mRNA turnover<br /> # cascades<br /> # proteïnesynthese en hemine</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Genetics_and_Biotechnology_of_Microorganisms&diff=1520 2019-01-25T14:13:40Z

<p>XanderJanssens: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie==<br /> Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast. Gedoceerd door Prof. Thevelein.<br /> <br /> Het examen bestaat uit 8 vragen: 4 hoofdvragen en 4 'bijvragen', bereid je dus voor op gigantisch veel schrijven. Wanneer je niets kan antwoorden op één van de hoofdvragen ben je er hoe dan ook niet door. Alle vragen zijn met mondelinge toelichting (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig). <br /> <br /> Maak tekeningen en schema's. Wees beknopt, maar volledig.<br /> Aan het begin van het examen wordt gevraagd of je Nederlandse of Engelse vragen wilt.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen==<br /> <br /> ===25 januari 2019, VM===<br /> Hoofdvragen: <br /> #Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen<br /> #Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan. <br /> #Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld<br /> #Bespreek alle stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?<br /> #Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen. <br /> #Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)<br /> #Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je voor alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===14 Januari 2019, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?<br /> # Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.<br /> # Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)<br /> # Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.<br /> # Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.<br /> # Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?<br /> <br /> ===20 Augustus 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?<br /> # Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?<br /> # Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.<br /> # Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===17 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.<br /> # Practicum<br /> # Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld<br /> Bijvragen:<br /> # Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen<br /> # Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?<br /> <br /> ===16 januari 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.<br /> # Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.<br /> # Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> # Practicum<br /> #* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)<br /> Bijvragen:<br /> # Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)<br /> # Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> # Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)<br /> # Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)<br /> <br /> ===16 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> # Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> Bijvragen<br /> # Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.<br /> # Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> # Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)<br /> <br /> ===15 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke mechanismen verhogen cAMP?<br /> # Waarom is Gap1 een aminozuursensor<br /> # Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum<br /> Bijvragen<br /> # Kelch repeat bybass pathway<br /> # SCAM analysis<br /> # Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol<br /> # Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?<br /> <br /> ===18 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.<br /> #Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> #Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren <br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> #Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> #Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?<br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP. <br /> #* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders? <br /> #* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders? <br /> #* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder? <br /> #* D) in geval van 2 verwante ouders. <br /> #* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt? <br /> #* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===16 januari 2017, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?<br /> #Methode om polygene eigenschappen te ontdekken<br /> #Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?<br /> #Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?<br /> #Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===16 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel. <br /> #Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> #Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan. <br /> #Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd. <br /> #Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> #Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt. <br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert<br /> #Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)<br /> #Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===11 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.<br /> #Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.<br /> #Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.<br /> #Practicum uitleggen<br /> <br /> Kleine vragen:<br /> #Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.<br /> #Benaderingen voor het maken van een industriële giststam + voor- en nadelen ervan.<br /> #Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.<br /> #Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> === 28 jan 2015 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist<br /> # Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn<br /> # Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> # Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> # Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriële giststammen?<br /> # Met welke methodologieën hebben we een industriële giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?<br /> # Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===jan 2015===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische modificatie van gist <br /> # cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt <br /> # Pooled Segregant Whole Genome Analysis <br /> # Practicum uitleggen<br /> Bijvragen:<br /> # scam analysis<br /> # hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben<br /> # een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren<br /> # begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)<br /> <br /> === 12 jan 2015 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> Bijvragen:<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken <br /> # Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? <br /> # met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)<br /> <br /> === 13 jan 2014 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> #Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.<br /> #Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.<br /> #Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?<br /> #Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.<br /> #Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> #Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 30 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # ...<br /> <br /> === 14 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> # Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)<br /> # ...<br /> # Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> <br /> === 17 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen. <br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Methoden om industriële giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)? <br /> # Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.<br /> <br /> === 16 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn<br /> # Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven<br /> # Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen<br /> # Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme<br /> # Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen. <br /> # Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> # Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen<br /> # Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden? <br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische manipulatie van gist<br /> # structuur en functie van de cAMP-PKA pathway<br /> # wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway<br /> # de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen<br /> # Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken<br /> # Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.<br /> <br /> === 19 jan 2009 ===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).<br /> # Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.<br /> # Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.<br /> # Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.<br /> # De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.<br /> # Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.<br /> <br /> === 12 jan 2009 nm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # Bespreek de redenen waarom gist is geëvolueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).<br /> # Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)<br /> # Bespreek aminozuursensing door Gap1<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase<br /> # Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.<br /> # Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> # In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?<br /> <br /> === 12 jan 2009 vm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # levenscyclus van gist en implicaties voor genetica<br /> # structuur en functie cAMP-PKA weg<br /> # fosfaatsensing via Pho84 transceptor<br /> <br /> Bijvragen:<br /> <br /> # AMTEM en de uitdagingen van de technologie<br /> # Aquaporines en rol in vriestolerantie<br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen<br /> # Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Genetics_and_Biotechnology_of_Microorganisms&diff=1519 2019-01-25T14:12:41Z

<p>XanderJanssens: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie==<br /> Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast.<br /> Gedoceerd door Prof. Thevelein.<br /> Het examen bestaat uit 8 vragen: 4 hoofdvragen en 4 'bijvragen', bereid je dus voor op gigantisch veel schrijven. Wanneer je niets kan antwoorden op één van de hoofdvragen ben je er hoe dan ook niet door. Alle vragen zijn met mondelinge toelichting (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig). <br /> Maak tekeningen en schema's. Wees beknopt, maar volledig.<br /> Aan het begin van het examen wordt gevraagd of je Nederlandse of Engelse vragen wilt.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen==<br /> <br /> ===25 januari 2019, VM===<br /> Hoofdvragen: <br /> #Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen<br /> #Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan. <br /> #Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld<br /> #Bespreek alle stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?<br /> #Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen. <br /> #Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)<br /> #Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je voor alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===14 Januari 2019, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?<br /> # Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.<br /> # Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)<br /> # Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.<br /> # Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.<br /> # Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?<br /> <br /> ===20 Augustus 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?<br /> # Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?<br /> # Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.<br /> # Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===17 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.<br /> # Practicum<br /> # Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld<br /> Bijvragen:<br /> # Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen<br /> # Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?<br /> <br /> ===16 januari 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.<br /> # Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.<br /> # Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> # Practicum<br /> #* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)<br /> Bijvragen:<br /> # Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)<br /> # Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> # Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)<br /> # Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)<br /> <br /> ===16 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> # Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> Bijvragen<br /> # Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.<br /> # Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> # Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)<br /> <br /> ===15 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke mechanismen verhogen cAMP?<br /> # Waarom is Gap1 een aminozuursensor<br /> # Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum<br /> Bijvragen<br /> # Kelch repeat bybass pathway<br /> # SCAM analysis<br /> # Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol<br /> # Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?<br /> <br /> ===18 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.<br /> #Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> #Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren <br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> #Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> #Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?<br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP. <br /> #* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders? <br /> #* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders? <br /> #* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder? <br /> #* D) in geval van 2 verwante ouders. <br /> #* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt? <br /> #* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===16 januari 2017, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?<br /> #Methode om polygene eigenschappen te ontdekken<br /> #Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?<br /> #Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?<br /> #Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===16 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel. <br /> #Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> #Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan. <br /> #Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd. <br /> #Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> #Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt. <br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert<br /> #Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)<br /> #Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===11 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.<br /> #Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.<br /> #Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.<br /> #Practicum uitleggen<br /> <br /> Kleine vragen:<br /> #Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.<br /> #Benaderingen voor het maken van een industriële giststam + voor- en nadelen ervan.<br /> #Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.<br /> #Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> === 28 jan 2015 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist<br /> # Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn<br /> # Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> # Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> # Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriële giststammen?<br /> # Met welke methodologieën hebben we een industriële giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?<br /> # Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===jan 2015===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische modificatie van gist <br /> # cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt <br /> # Pooled Segregant Whole Genome Analysis <br /> # Practicum uitleggen<br /> Bijvragen:<br /> # scam analysis<br /> # hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben<br /> # een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren<br /> # begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)<br /> <br /> === 12 jan 2015 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> Bijvragen:<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken <br /> # Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? <br /> # met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)<br /> <br /> === 13 jan 2014 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> #Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.<br /> #Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.<br /> #Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?<br /> #Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.<br /> #Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> #Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 30 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # ...<br /> <br /> === 14 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> # Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)<br /> # ...<br /> # Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> <br /> === 17 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen. <br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Methoden om industriële giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)? <br /> # Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.<br /> <br /> === 16 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn<br /> # Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven<br /> # Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen<br /> # Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme<br /> # Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen. <br /> # Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> # Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen<br /> # Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden? <br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische manipulatie van gist<br /> # structuur en functie van de cAMP-PKA pathway<br /> # wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway<br /> # de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen<br /> # Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken<br /> # Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.<br /> <br /> === 19 jan 2009 ===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).<br /> # Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.<br /> # Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.<br /> # Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.<br /> # De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.<br /> # Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.<br /> <br /> === 12 jan 2009 nm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # Bespreek de redenen waarom gist is geëvolueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).<br /> # Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)<br /> # Bespreek aminozuursensing door Gap1<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase<br /> # Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.<br /> # Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> # In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?<br /> <br /> === 12 jan 2009 vm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # levenscyclus van gist en implicaties voor genetica<br /> # structuur en functie cAMP-PKA weg<br /> # fosfaatsensing via Pho84 transceptor<br /> <br /> Bijvragen:<br /> <br /> # AMTEM en de uitdagingen van de technologie<br /> # Aquaporines en rol in vriestolerantie<br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen<br /> # Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Genetics_and_Biotechnology_of_Microorganisms&diff=1518 2019-01-25T14:07:50Z

<p>XanderJanssens: /* 25 januari 2019, VM */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie==<br /> Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast.<br /> Gedoceerd door Prof Thevelein.<br /> Het examen bestaat uit enorm veel vragen en allemaal zijn ze mondeling (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig). Maak tekeningen en schema's.<br /> Examen is in het Nederlands.<br /> Bereid je voor op gigantisch veel schrijven.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen==<br /> <br /> ===25 januari 2019, VM===<br /> Hoofdvragen: <br /> #Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen<br /> #Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan. <br /> #Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld<br /> #Bespreek alle stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?<br /> #Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen. <br /> #Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)<br /> #Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je voor alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===14 Januari 2019, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?<br /> # Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.<br /> # Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)<br /> # Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.<br /> # Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.<br /> # Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?<br /> <br /> ===20 Augustus 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?<br /> # Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?<br /> # Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.<br /> # Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===17 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.<br /> # Practicum<br /> # Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld<br /> Bijvragen:<br /> # Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen<br /> # Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?<br /> <br /> ===16 januari 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.<br /> # Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.<br /> # Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> # Practicum<br /> #* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)<br /> Bijvragen:<br /> # Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)<br /> # Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> # Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)<br /> # Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)<br /> <br /> ===16 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> # Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> Bijvragen<br /> # Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.<br /> # Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> # Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)<br /> <br /> ===15 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke mechanismen verhogen cAMP?<br /> # Waarom is Gap1 een aminozuursensor<br /> # Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum<br /> Bijvragen<br /> # Kelch repeat bybass pathway<br /> # SCAM analysis<br /> # Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol<br /> # Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?<br /> <br /> ===18 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.<br /> #Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> #Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren <br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> #Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> #Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?<br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP. <br /> #* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders? <br /> #* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders? <br /> #* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder? <br /> #* D) in geval van 2 verwante ouders. <br /> #* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt? <br /> #* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===16 januari 2017, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?<br /> #Methode om polygene eigenschappen te ontdekken<br /> #Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?<br /> #Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?<br /> #Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===16 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel. <br /> #Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> #Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan. <br /> #Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd. <br /> #Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> #Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt. <br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert<br /> #Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)<br /> #Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===11 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.<br /> #Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.<br /> #Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.<br /> #Practicum uitleggen<br /> <br /> Kleine vragen:<br /> #Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.<br /> #Benaderingen voor het maken van een industriële giststam + voor- en nadelen ervan.<br /> #Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.<br /> #Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> === 28 jan 2015 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist<br /> # Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn<br /> # Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> # Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> # Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriële giststammen?<br /> # Met welke methodologieën hebben we een industriële giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?<br /> # Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===jan 2015===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische modificatie van gist <br /> # cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt <br /> # Pooled Segregant Whole Genome Analysis <br /> # Practicum uitleggen<br /> Bijvragen:<br /> # scam analysis<br /> # hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben<br /> # een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren<br /> # begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)<br /> <br /> === 12 jan 2015 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> Bijvragen:<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken <br /> # Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? <br /> # met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)<br /> <br /> === 13 jan 2014 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> #Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.<br /> #Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.<br /> #Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?<br /> #Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.<br /> #Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> #Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 30 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # ...<br /> <br /> === 14 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> # Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)<br /> # ...<br /> # Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> <br /> === 17 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen. <br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Methoden om industriële giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)? <br /> # Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.<br /> <br /> === 16 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn<br /> # Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven<br /> # Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen<br /> # Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme<br /> # Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen. <br /> # Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> # Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen<br /> # Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden? <br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische manipulatie van gist<br /> # structuur en functie van de cAMP-PKA pathway<br /> # wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway<br /> # de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen<br /> # Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken<br /> # Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.<br /> <br /> === 19 jan 2009 ===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).<br /> # Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.<br /> # Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.<br /> # Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.<br /> # De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.<br /> # Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.<br /> <br /> === 12 jan 2009 nm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # Bespreek de redenen waarom gist is geëvolueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).<br /> # Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)<br /> # Bespreek aminozuursensing door Gap1<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase<br /> # Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.<br /> # Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> # In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?<br /> <br /> === 12 jan 2009 vm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # levenscyclus van gist en implicaties voor genetica<br /> # structuur en functie cAMP-PKA weg<br /> # fosfaatsensing via Pho84 transceptor<br /> <br /> Bijvragen:<br /> <br /> # AMTEM en de uitdagingen van de technologie<br /> # Aquaporines en rol in vriestolerantie<br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen<br /> # Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Genetics_and_Biotechnology_of_Microorganisms&diff=1517 2019-01-25T14:07:14Z

<p>XanderJanssens: /* 25 januari 2019, VM */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie==<br /> Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast.<br /> Gedoceerd door Prof Thevelein.<br /> Het examen bestaat uit enorm veel vragen en allemaal zijn ze mondeling (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig). Maak tekeningen en schema's.<br /> Examen is in het Nederlands.<br /> Bereid je voor op gigantisch veel schrijven.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen==<br /> <br /> ===25 januari 2019, VM===<br /> Hoofdvragen: <br /> #Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen<br /> #Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan. <br /> #Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld<br /> #Bespreek alle stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?<br /> #Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen. <br /> #Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)<br /> #Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je in alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===14 Januari 2019, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?<br /> # Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.<br /> # Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)<br /> # Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.<br /> # Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.<br /> # Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?<br /> <br /> ===20 Augustus 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?<br /> # Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?<br /> # Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.<br /> # Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===17 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.<br /> # Practicum<br /> # Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld<br /> Bijvragen:<br /> # Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen<br /> # Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?<br /> <br /> ===16 januari 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.<br /> # Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.<br /> # Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> # Practicum<br /> #* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)<br /> Bijvragen:<br /> # Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)<br /> # Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> # Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)<br /> # Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)<br /> <br /> ===16 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> # Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> Bijvragen<br /> # Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.<br /> # Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> # Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)<br /> <br /> ===15 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke mechanismen verhogen cAMP?<br /> # Waarom is Gap1 een aminozuursensor<br /> # Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum<br /> Bijvragen<br /> # Kelch repeat bybass pathway<br /> # SCAM analysis<br /> # Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol<br /> # Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?<br /> <br /> ===18 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.<br /> #Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> #Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren <br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> #Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> #Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?<br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP. <br /> #* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders? <br /> #* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders? <br /> #* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder? <br /> #* D) in geval van 2 verwante ouders. <br /> #* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt? <br /> #* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===16 januari 2017, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?<br /> #Methode om polygene eigenschappen te ontdekken<br /> #Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?<br /> #Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?<br /> #Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===16 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel. <br /> #Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> #Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan. <br /> #Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd. <br /> #Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> #Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt. <br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert<br /> #Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)<br /> #Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===11 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.<br /> #Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.<br /> #Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.<br /> #Practicum uitleggen<br /> <br /> Kleine vragen:<br /> #Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.<br /> #Benaderingen voor het maken van een industriële giststam + voor- en nadelen ervan.<br /> #Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.<br /> #Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> === 28 jan 2015 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist<br /> # Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn<br /> # Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> # Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> # Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriële giststammen?<br /> # Met welke methodologieën hebben we een industriële giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?<br /> # Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===jan 2015===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische modificatie van gist <br /> # cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt <br /> # Pooled Segregant Whole Genome Analysis <br /> # Practicum uitleggen<br /> Bijvragen:<br /> # scam analysis<br /> # hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben<br /> # een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren<br /> # begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)<br /> <br /> === 12 jan 2015 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> Bijvragen:<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken <br /> # Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? <br /> # met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)<br /> <br /> === 13 jan 2014 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> #Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.<br /> #Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.<br /> #Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?<br /> #Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.<br /> #Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> #Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 30 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # ...<br /> <br /> === 14 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> # Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)<br /> # ...<br /> # Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> <br /> === 17 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen. <br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Methoden om industriële giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)? <br /> # Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.<br /> <br /> === 16 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn<br /> # Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven<br /> # Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen<br /> # Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme<br /> # Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen. <br /> # Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> # Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen<br /> # Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden? <br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische manipulatie van gist<br /> # structuur en functie van de cAMP-PKA pathway<br /> # wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway<br /> # de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen<br /> # Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken<br /> # Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.<br /> <br /> === 19 jan 2009 ===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).<br /> # Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.<br /> # Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.<br /> # Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.<br /> # De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.<br /> # Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.<br /> <br /> === 12 jan 2009 nm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # Bespreek de redenen waarom gist is geëvolueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).<br /> # Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)<br /> # Bespreek aminozuursensing door Gap1<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase<br /> # Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.<br /> # Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> # In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?<br /> <br /> === 12 jan 2009 vm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # levenscyclus van gist en implicaties voor genetica<br /> # structuur en functie cAMP-PKA weg<br /> # fosfaatsensing via Pho84 transceptor<br /> <br /> Bijvragen:<br /> <br /> # AMTEM en de uitdagingen van de technologie<br /> # Aquaporines en rol in vriestolerantie<br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen<br /> # Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Genetics_and_Biotechnology_of_Microorganisms&diff=1516 2019-01-25T14:06:43Z

<p>XanderJanssens: /* 25 januari 2019, VM */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie==<br /> Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast.<br /> Gedoceerd door Prof Thevelein.<br /> Het examen bestaat uit enorm veel vragen en allemaal zijn ze mondeling (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig). Maak tekeningen en schema's.<br /> Examen is in het Nederlands.<br /> Bereid je voor op gigantisch veel schrijven.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen==<br /> <br /> ===25 januari 2019, VM===<br /> Hoofdvragen: <br /> #Bespreek alle mechanismen die inwerken op cAMP, m.a.w. die cAMP verhogen<br /> #Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan. <br /> #Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld<br /> #Bespreek alle stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?<br /> #Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen. <br /> #Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)<br /> #Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je in alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===14 Januari 2019, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?<br /> # Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.<br /> # Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)<br /> # Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.<br /> # Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.<br /> # Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?<br /> <br /> ===20 Augustus 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?<br /> # Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?<br /> # Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.<br /> # Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===17 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.<br /> # Practicum<br /> # Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld<br /> Bijvragen:<br /> # Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen<br /> # Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?<br /> <br /> ===16 januari 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.<br /> # Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.<br /> # Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> # Practicum<br /> #* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)<br /> Bijvragen:<br /> # Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)<br /> # Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> # Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)<br /> # Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)<br /> <br /> ===16 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> # Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> Bijvragen<br /> # Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.<br /> # Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> # Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)<br /> <br /> ===15 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke mechanismen verhogen cAMP?<br /> # Waarom is Gap1 een aminozuursensor<br /> # Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum<br /> Bijvragen<br /> # Kelch repeat bybass pathway<br /> # SCAM analysis<br /> # Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol<br /> # Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?<br /> <br /> ===18 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.<br /> #Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> #Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren <br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> #Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> #Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?<br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP. <br /> #* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders? <br /> #* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders? <br /> #* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder? <br /> #* D) in geval van 2 verwante ouders. <br /> #* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt? <br /> #* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===16 januari 2017, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?<br /> #Methode om polygene eigenschappen te ontdekken<br /> #Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?<br /> #Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?<br /> #Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===16 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel. <br /> #Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> #Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan. <br /> #Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd. <br /> #Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> #Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt. <br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert<br /> #Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)<br /> #Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===11 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.<br /> #Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.<br /> #Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.<br /> #Practicum uitleggen<br /> <br /> Kleine vragen:<br /> #Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.<br /> #Benaderingen voor het maken van een industriële giststam + voor- en nadelen ervan.<br /> #Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.<br /> #Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> === 28 jan 2015 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist<br /> # Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn<br /> # Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> # Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> # Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriële giststammen?<br /> # Met welke methodologieën hebben we een industriële giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?<br /> # Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===jan 2015===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische modificatie van gist <br /> # cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt <br /> # Pooled Segregant Whole Genome Analysis <br /> # Practicum uitleggen<br /> Bijvragen:<br /> # scam analysis<br /> # hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben<br /> # een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren<br /> # begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)<br /> <br /> === 12 jan 2015 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> Bijvragen:<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken <br /> # Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? <br /> # met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)<br /> <br /> === 13 jan 2014 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> #Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.<br /> #Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.<br /> #Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?<br /> #Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.<br /> #Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> #Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 30 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # ...<br /> <br /> === 14 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> # Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)<br /> # ...<br /> # Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> <br /> === 17 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen. <br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Methoden om industriële giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)? <br /> # Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.<br /> <br /> === 16 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn<br /> # Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven<br /> # Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen<br /> # Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme<br /> # Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen. <br /> # Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> # Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen<br /> # Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden? <br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische manipulatie van gist<br /> # structuur en functie van de cAMP-PKA pathway<br /> # wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway<br /> # de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen<br /> # Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken<br /> # Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.<br /> <br /> === 19 jan 2009 ===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).<br /> # Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.<br /> # Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.<br /> # Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.<br /> # De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.<br /> # Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.<br /> <br /> === 12 jan 2009 nm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # Bespreek de redenen waarom gist is geëvolueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).<br /> # Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)<br /> # Bespreek aminozuursensing door Gap1<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase<br /> # Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.<br /> # Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> # In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?<br /> <br /> === 12 jan 2009 vm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # levenscyclus van gist en implicaties voor genetica<br /> # structuur en functie cAMP-PKA weg<br /> # fosfaatsensing via Pho84 transceptor<br /> <br /> Bijvragen:<br /> <br /> # AMTEM en de uitdagingen van de technologie<br /> # Aquaporines en rol in vriestolerantie<br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen<br /> # Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Genetics_and_Biotechnology_of_Microorganisms&diff=1515 2019-01-25T14:06:05Z

<p>XanderJanssens: /* 25 januari 2019, VM */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie==<br /> Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast.<br /> Gedoceerd door Prof Thevelein.<br /> Het examen bestaat uit enorm veel vragen en allemaal zijn ze mondeling (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig). Maak tekeningen en schema's.<br /> Examen is in het Nederlands.<br /> Bereid je voor op gigantisch veel schrijven.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen==<br /> <br /> ===25 januari 2019, VM===<br /> Hoofdvragen: <br /> #Bespreek alle mechanismen die inwerken op cAMP, m.a.w. die cAMP verhogen<br /> #Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan. <br /> #Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld<br /> #Bespreek alle stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Geef een nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?<br /> #Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen. <br /> #Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)<br /> #Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je in alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===14 Januari 2019, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?<br /> # Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.<br /> # Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)<br /> # Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.<br /> # Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.<br /> # Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?<br /> <br /> ===20 Augustus 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.<br /> # Bespreek al de stappen van het practicum<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?<br /> # Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?<br /> # Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.<br /> # Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> ===17 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.<br /> # Practicum<br /> # Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld<br /> Bijvragen:<br /> # Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen<br /> # Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?<br /> <br /> ===16 januari 2018, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.<br /> # Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.<br /> # Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> # Practicum<br /> #* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)<br /> Bijvragen:<br /> # Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)<br /> # Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> # Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)<br /> # Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)<br /> <br /> ===16 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> # Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> Bijvragen<br /> # Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.<br /> # Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.<br /> # Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> # Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)<br /> <br /> ===15 januari 2018, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Welke mechanismen verhogen cAMP?<br /> # Waarom is Gap1 een aminozuursensor<br /> # Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie<br /> # Practicum<br /> Bijvragen<br /> # Kelch repeat bybass pathway<br /> # SCAM analysis<br /> # Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol<br /> # Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?<br /> <br /> ===18 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.<br /> #Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> #Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren <br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> #Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> #Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?<br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP. <br /> #* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders? <br /> #* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders? <br /> #* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder? <br /> #* D) in geval van 2 verwante ouders. <br /> #* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt? <br /> #* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===16 januari 2017, NM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?<br /> #Methode om polygene eigenschappen te ontdekken<br /> #Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?<br /> #Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?<br /> #Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===16 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel. <br /> #Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> #Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan. <br /> #Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd. <br /> #Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> #Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt. <br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert<br /> #Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)<br /> #Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===11 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.<br /> #Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.<br /> #Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.<br /> #Practicum uitleggen<br /> <br /> Kleine vragen:<br /> #Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.<br /> #Benaderingen voor het maken van een industriële giststam + voor- en nadelen ervan.<br /> #Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.<br /> #Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> === 28 jan 2015 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist<br /> # Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn<br /> # Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> # Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> # Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriële giststammen?<br /> # Met welke methodologieën hebben we een industriële giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?<br /> # Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===jan 2015===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische modificatie van gist <br /> # cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt <br /> # Pooled Segregant Whole Genome Analysis <br /> # Practicum uitleggen<br /> Bijvragen:<br /> # scam analysis<br /> # hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben<br /> # een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren<br /> # begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)<br /> <br /> === 12 jan 2015 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> Bijvragen:<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken <br /> # Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? <br /> # met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)<br /> <br /> === 13 jan 2014 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> #Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.<br /> #Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.<br /> #Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?<br /> #Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.<br /> #Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> #Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 30 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # ...<br /> <br /> === 14 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> # Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)<br /> # ...<br /> # Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> <br /> === 17 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen. <br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Methoden om industriële giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)? <br /> # Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.<br /> <br /> === 16 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn<br /> # Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven<br /> # Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen<br /> # Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme<br /> # Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen. <br /> # Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> # Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen<br /> # Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden? <br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische manipulatie van gist<br /> # structuur en functie van de cAMP-PKA pathway<br /> # wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway<br /> # de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen<br /> # Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken<br /> # Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.<br /> <br /> === 19 jan 2009 ===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).<br /> # Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.<br /> # Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.<br /> # Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.<br /> # De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.<br /> # Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.<br /> <br /> === 12 jan 2009 nm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # Bespreek de redenen waarom gist is geëvolueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).<br /> # Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)<br /> # Bespreek aminozuursensing door Gap1<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase<br /> # Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.<br /> # Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> # In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?<br /> <br /> === 12 jan 2009 vm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # levenscyclus van gist en implicaties voor genetica<br /> # structuur en functie cAMP-PKA weg<br /> # fosfaatsensing via Pho84 transceptor<br /> <br /> Bijvragen:<br /> <br /> # AMTEM en de uitdagingen van de technologie<br /> # Aquaporines en rol in vriestolerantie<br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen<br /> # Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-inorganic_Chemistry&diff=1329 2019-01-11T17:24:44Z

<p>XanderJanssens: /* 11 jan 2019 */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Machemie]]<br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met een taak die op 8 van de 20 punten staat. Men mag in het Nederlands of Engels antwoorden. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper. <br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===11 jan 2019===<br /> # (3p) Copper proteins <br /> #* How are metal centres in copper proteins classified and based on what is this classification made?<br /> #* What is the main function of Cu(II) and why?<br /> #* What is the most useful method to study Cu centres in biochemistry and what concrete information can be extracted from this technique? Explain why it cannot be used for type III Cu centres.<br /> # (4p) Cytochromes P450 are regarded as oxidizing enzymes, yet they consume one eq. of NADPH for each catalytic cycle.<br /> #* What does the 450 represent? <br /> #* What is the most common reaction catalyzed by P450 and why is NADPH required?<br /> #* Fill in intermediate 6.<br /> #* Fill in the missing shunt from 5b back to intermediate 2 <br /> # (3p) Explain the electron structure of Fe in the oxidized and reduced state in [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish them and why?<br /> # (2p) What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)? How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===29 jan 2018===<br /> #cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states<br /> #Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal<br /> #electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?<br /> #Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?<br /> <br /> ===25 jan2018===<br /> #Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)<br /> #Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)<br /> ##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip). <br /> ##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway<br /> ##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)<br /> #bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)<br /> #De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)<br /> <br /> ===25 jan 2018 VM===<br /> #3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking<br /> #P450 <br /> ##Waarom 450 <br /> ##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH<br /> ##Intermediar VI aanvullen<br /> #Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit<br /> #2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader<br /> <br /> ===12 jan 2018===<br /> # (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.<br /> ## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)<br /> ## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.<br /> ## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?<br /> ## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?<br /> # (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.<br /> #* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin &amp; de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.<br /> # (3p) Alkaline en purple acid phosphatase<br /> ## Fill in missing metals, reaction products and transition states<br /> ## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?<br /> #* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===01 sep 2017 ===<br /> # (3p)<br /> #* How are copper sites classified?<br /> #* Which technique is used to study them, what results do you get from it?<br /> #* Why does this technique not work for type III?<br /> # (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?<br /> #* Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.<br /> #* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?<br /> #* Why are both state in high spin?<br /> # (3p)<br /> #* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.<br /> #* Where and why would Hg(II) bind?<br /> <br /> ===30 jan 2017 ===<br /> #<br /> #* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.<br /> #* Most common metals for this method and why<br /> #<br /> #* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase<br /> #* which reaction is catalysed by this enzym<br /> #* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co<br /> # -&gt; 2 Mossbauer spectra gegeven<br /> #* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie<br /> #* Which parameters can be derivate from the spectra<br /> #* Which of the 2 has the most symmetry and explain why<br /> #<br /> #* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits<br /> #* Most important difference between the 2 subunits<br /> <br /> ===26 jan 2017===<br /> # What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals? <br /> # Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved? <br /> # P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating? <br /> # Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?<br /> <br /> ===10 jan 2017===<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> # (3p)<br /> #* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?<br /> #* How does oxygen Bind to it?<br /> #* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?<br /> # (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?<br /> #* explain how electrons are being transported to cytochrome c.<br /> <br /> ===25 jan 2016===<br /> # &amp;lt;sup&amp;gt;99m&amp;lt;/sup&amp;gt;Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment<br /> # Reaction mechanism of aconitase<br /> # Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden<br /> # Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?<br /> <br /> ===21 jan 2016===<br /> # Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden<br /> # Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)<br /> # Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven<br /> # Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.<br /> <br /> ===22 jan 2015 (nm)===<br /> #How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III<br /> #Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?<br /> #Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?<br /> #Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy<br /> <br /> ===23 jan 2014 (vm)===<br /> #Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)<br /> #Reaction mechanism of aconitase: (6p)<br /> #*fill in the missing reactants and reaction products. <br /> #*Identify the three main reactions in this mechanisms. <br /> #*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180° flip)<br /> #*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?<br /> #Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)<br /> #Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (vm)===<br /> # Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p) <br /> # Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)<br /> # Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)<br /> #* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?<br /> #* What parameters can you derive from these graphs? <br /> #* Which is more symmetric and why?<br /> # What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (nm)===<br /> # properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p) <br /> # Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)<br /> #* Fill in missing metals, reaction products and transition states <br /> #* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions? <br /> # Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)<br /> # What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-inorganic_Chemistry&diff=1328 2019-01-11T17:23:11Z

<p>XanderJanssens: /* 11 jan 2019 */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Machemie]]<br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met een taak die op 8 van de 20 punten staat. Men mag in het Nederlands of Engels antwoorden. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper. <br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===11 jan 2019===<br /> # (3p) Copper proteins <br /> ## How are metal centres in copper proteins classified and based on what is this classification made?<br /> ## What is the main function of Cu(II) and why?<br /> ## What is the most useful method to study Cu centres in biochemistry and what concrete information can be extracted from this technique? Explain why it cannot be used for type III Cu centres.<br /> # (4p) Cytochromes P450 are regarded as oxidizing enzymes, yet they consume one eq. of NADPH for each catalytic cycle.<br /> ## What does the 450 represent? <br /> ## What is the most common reaction catalyzed by P450 and why is NADPH required?<br /> ## Fill in intermediate 6.<br /> ## Fill in the missing shunt from 5b back to intermediate 2 <br /> # (3p) [2Fe-2S] cluster<br /> ## Explain the electron structure of Fe in the oxidized and reduced state. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish them and why?<br /> # (2p) What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)? How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===29 jan 2018===<br /> #cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states<br /> #Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal<br /> #electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?<br /> #Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?<br /> <br /> ===25 jan2018===<br /> #Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)<br /> #Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)<br /> ##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip). <br /> ##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway<br /> ##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)<br /> #bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)<br /> #De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)<br /> <br /> ===25 jan 2018 VM===<br /> #3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking<br /> #P450 <br /> ##Waarom 450 <br /> ##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH<br /> ##Intermediar VI aanvullen<br /> #Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit<br /> #2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader<br /> <br /> ===12 jan 2018===<br /> # (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.<br /> ## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)<br /> ## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.<br /> ## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?<br /> ## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?<br /> # (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.<br /> #* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin &amp; de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.<br /> # (3p) Alkaline en purple acid phosphatase<br /> ## Fill in missing metals, reaction products and transition states<br /> ## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?<br /> #* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===01 sep 2017 ===<br /> # (3p)<br /> #* How are copper sites classified?<br /> #* Which technique is used to study them, what results do you get from it?<br /> #* Why does this technique not work for type III?<br /> # (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?<br /> #* Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.<br /> #* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?<br /> #* Why are both state in high spin?<br /> # (3p)<br /> #* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.<br /> #* Where and why would Hg(II) bind?<br /> <br /> ===30 jan 2017 ===<br /> #<br /> #* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.<br /> #* Most common metals for this method and why<br /> #<br /> #* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase<br /> #* which reaction is catalysed by this enzym<br /> #* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co<br /> # -&gt; 2 Mossbauer spectra gegeven<br /> #* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie<br /> #* Which parameters can be derivate from the spectra<br /> #* Which of the 2 has the most symmetry and explain why<br /> #<br /> #* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits<br /> #* Most important difference between the 2 subunits<br /> <br /> ===26 jan 2017===<br /> # What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals? <br /> # Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved? <br /> # P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating? <br /> # Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?<br /> <br /> ===10 jan 2017===<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> # (3p)<br /> #* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?<br /> #* How does oxygen Bind to it?<br /> #* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?<br /> # (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?<br /> #* explain how electrons are being transported to cytochrome c.<br /> <br /> ===25 jan 2016===<br /> # &amp;lt;sup&amp;gt;99m&amp;lt;/sup&amp;gt;Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment<br /> # Reaction mechanism of aconitase<br /> # Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden<br /> # Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?<br /> <br /> ===21 jan 2016===<br /> # Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden<br /> # Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)<br /> # Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven<br /> # Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.<br /> <br /> ===22 jan 2015 (nm)===<br /> #How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III<br /> #Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?<br /> #Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?<br /> #Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy<br /> <br /> ===23 jan 2014 (vm)===<br /> #Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)<br /> #Reaction mechanism of aconitase: (6p)<br /> #*fill in the missing reactants and reaction products. <br /> #*Identify the three main reactions in this mechanisms. <br /> #*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180° flip)<br /> #*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?<br /> #Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)<br /> #Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (vm)===<br /> # Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p) <br /> # Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)<br /> # Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)<br /> #* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?<br /> #* What parameters can you derive from these graphs? <br /> #* Which is more symmetric and why?<br /> # What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (nm)===<br /> # properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p) <br /> # Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)<br /> #* Fill in missing metals, reaction products and transition states <br /> #* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions? <br /> # Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)<br /> # What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-inorganic_Chemistry&diff=1327 2019-01-11T17:22:58Z

<p>XanderJanssens: /* 11 jan 2019 */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Machemie]]<br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met een taak die op 8 van de 20 punten staat. Men mag in het Nederlands of Engels antwoorden. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper. <br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===11 jan 2019===<br /> # (3p) Copper proteins <br /> ## How are metal centres in copper proteins classified and based on what is this classification made?<br /> ## What is the main function of Cu(II) and why?<br /> ## What is the most useful method to study Cu centres in biochemistry and what concrete information can be extracted from this technique? Explain why it cannot be used for type III Cu centres.<br /> # (4p) Cytochromes P450 are regarded as oxidizing enzymes, yet they consume one eq. of NADPH for each catalytic cycle.<br /> ## What does the 450 represent? <br /> ## What is the most common reaction catalyzed by P450 and why is NADPH required?<br /> ## Fill in intermediate 6.<br /> ## Fill in the missing shunt from 5b back to intermediate 2 <br /> # (3p)[2Fe-2S] cluster<br /> ## Explain the electron structure of Fe in the oxidized and reduced state. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish them and why?<br /> # (2p) What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)? How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===29 jan 2018===<br /> #cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states<br /> #Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal<br /> #electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?<br /> #Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?<br /> <br /> ===25 jan2018===<br /> #Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)<br /> #Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)<br /> ##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip). <br /> ##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway<br /> ##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)<br /> #bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)<br /> #De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)<br /> <br /> ===25 jan 2018 VM===<br /> #3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking<br /> #P450 <br /> ##Waarom 450 <br /> ##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH<br /> ##Intermediar VI aanvullen<br /> #Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit<br /> #2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader<br /> <br /> ===12 jan 2018===<br /> # (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.<br /> ## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)<br /> ## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.<br /> ## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?<br /> ## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?<br /> # (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.<br /> #* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin &amp; de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.<br /> # (3p) Alkaline en purple acid phosphatase<br /> ## Fill in missing metals, reaction products and transition states<br /> ## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?<br /> #* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===01 sep 2017 ===<br /> # (3p)<br /> #* How are copper sites classified?<br /> #* Which technique is used to study them, what results do you get from it?<br /> #* Why does this technique not work for type III?<br /> # (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?<br /> #* Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.<br /> #* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?<br /> #* Why are both state in high spin?<br /> # (3p)<br /> #* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.<br /> #* Where and why would Hg(II) bind?<br /> <br /> ===30 jan 2017 ===<br /> #<br /> #* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.<br /> #* Most common metals for this method and why<br /> #<br /> #* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase<br /> #* which reaction is catalysed by this enzym<br /> #* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co<br /> # -&gt; 2 Mossbauer spectra gegeven<br /> #* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie<br /> #* Which parameters can be derivate from the spectra<br /> #* Which of the 2 has the most symmetry and explain why<br /> #<br /> #* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits<br /> #* Most important difference between the 2 subunits<br /> <br /> ===26 jan 2017===<br /> # What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals? <br /> # Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved? <br /> # P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating? <br /> # Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?<br /> <br /> ===10 jan 2017===<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> # (3p)<br /> #* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?<br /> #* How does oxygen Bind to it?<br /> #* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?<br /> # (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?<br /> #* explain how electrons are being transported to cytochrome c.<br /> <br /> ===25 jan 2016===<br /> # &amp;lt;sup&amp;gt;99m&amp;lt;/sup&amp;gt;Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment<br /> # Reaction mechanism of aconitase<br /> # Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden<br /> # Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?<br /> <br /> ===21 jan 2016===<br /> # Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden<br /> # Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)<br /> # Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven<br /> # Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.<br /> <br /> ===22 jan 2015 (nm)===<br /> #How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III<br /> #Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?<br /> #Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?<br /> #Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy<br /> <br /> ===23 jan 2014 (vm)===<br /> #Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)<br /> #Reaction mechanism of aconitase: (6p)<br /> #*fill in the missing reactants and reaction products. <br /> #*Identify the three main reactions in this mechanisms. <br /> #*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180° flip)<br /> #*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?<br /> #Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)<br /> #Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (vm)===<br /> # Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p) <br /> # Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)<br /> # Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)<br /> #* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?<br /> #* What parameters can you derive from these graphs? <br /> #* Which is more symmetric and why?<br /> # What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (nm)===<br /> # properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p) <br /> # Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)<br /> #* Fill in missing metals, reaction products and transition states <br /> #* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions? <br /> # Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)<br /> # What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-inorganic_Chemistry&diff=1321 2019-01-03T18:44:22Z

<p>XanderJanssens: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Machemie]]<br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met een taak die op 8 van de 20 punten staat. Men mag in het Nederlands of Engels antwoorden. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper. <br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===29 jan 2018===<br /> #cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states<br /> #Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal<br /> #electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?<br /> #Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?<br /> <br /> ===25 jan2018===<br /> #Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)<br /> #Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)<br /> ##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip). <br /> ##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway<br /> ##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)<br /> #bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)<br /> #De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)<br /> <br /> ===25 jan 2018 VM===<br /> #3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking<br /> #P450 <br /> ##Waarom 450 <br /> ##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH<br /> ##Intermediar VI aanvullen<br /> #Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit<br /> #2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader<br /> <br /> ===12 jan 2018===<br /> # (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.<br /> ## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)<br /> ## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.<br /> ## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?<br /> ## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?<br /> # (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.<br /> #* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin &amp; de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.<br /> # (3p) Alkaline en purple acid phosphatase<br /> ## Fill in missing metals, reaction products and transition states<br /> ## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?<br /> #* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===01 sep 2017 ===<br /> # (3p)<br /> #* How are copper sites classified?<br /> #* Which technique is used to study them, what results do you get from it?<br /> #* Why does this technique not work for type III?<br /> # (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?<br /> #* Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.<br /> #* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?<br /> #* Why are both state in high spin?<br /> # (3p)<br /> #* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.<br /> #* Where and why would Hg(II) bind?<br /> <br /> ===30 jan 2017 ===<br /> #<br /> #* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.<br /> #* Most common metals for this method and why<br /> #<br /> #* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase<br /> #* which reaction is catalysed by this enzym<br /> #* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co<br /> # -&gt; 2 Mossbauer spectra gegeven<br /> #* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie<br /> #* Which parameters can be derivate from the spectra<br /> #* Which of the 2 has the most symmetry and explain why<br /> #<br /> #* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits<br /> #* Most important difference between the 2 subunits<br /> <br /> ===26 jan 2017===<br /> # What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals? <br /> # Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved? <br /> # P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating? <br /> # Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?<br /> <br /> ===10 jan 2017===<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> # (3p)<br /> #* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?<br /> #* How does oxygen Bind to it?<br /> #* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?<br /> # (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?<br /> #* explain how electrons are being transported to cytochrome c.<br /> <br /> ===25 jan 2016===<br /> # &amp;lt;sup&amp;gt;99m&amp;lt;/sup&amp;gt;Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment<br /> # Reaction mechanism of aconitase<br /> # Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden<br /> # Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?<br /> <br /> ===21 jan 2016===<br /> # Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden<br /> # Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)<br /> # Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven<br /> # Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.<br /> <br /> ===22 jan 2015 (nm)===<br /> #How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III<br /> #Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?<br /> #Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?<br /> #Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy<br /> <br /> ===23 jan 2014 (vm)===<br /> #Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)<br /> #Reaction mechanism of aconitase: (6p)<br /> #*fill in the missing reactants and reaction products. <br /> #*Identify the three main reactions in this mechanisms. <br /> #*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180° flip)<br /> #*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?<br /> #Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)<br /> #Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (vm)===<br /> # Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p) <br /> # Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)<br /> # Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)<br /> #* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?<br /> #* What parameters can you derive from these graphs? <br /> #* Which is more symmetric and why?<br /> # What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (nm)===<br /> # properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p) <br /> # Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)<br /> #* Fill in missing metals, reaction products and transition states <br /> #* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions? <br /> # Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)<br /> # What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&diff=1264 2018-06-26T16:52:50Z

<p>XanderJanssens: /* Hofkens */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Het deel van Vogt is mondeling, Hofkens is schriftelijk. Je moet op beide delen minstens 4/10 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===26 juni 2018===<br /> ===Vogt===<br /> # Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3<br /> # Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur<br /> # Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen<br /> <br /> ===Hofkens===<br /> # Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. <br /> #* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?<br /> #* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? <br /> #* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? <br /> # Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. <br /> #* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.<br /> #* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.<br /> #* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?<br /> # Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC<br /> <br /> ===18 juni 2018===<br /> ====Vogt====<br /> # Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie<br /> # 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. <br /> #*Waarom gebruik je P-NMR hier. <br /> #*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR's en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen<br /> #* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? <br /> #* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking<br /> #* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen<br /> #Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit<br /> #* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR<br /> #* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.<br /> #* Teken een vibratiobele overgang<br /> #* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand<br /> #* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit<br /> <br /> # Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.<br /> Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties<br /> #* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot<br /> #* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.<br /> #* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?<br /> # Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur<br /> #* TRES<br /> #* Foto-elektrisch effect<br /> #* Cotton- effect<br /> #* Extinctie coëfficiënt<br /> <br /> ===6 september 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # oefening met NMR (C9H10O3)<br /> # spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.<br /> # SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.<br /> ====Hofkens====<br /> # (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.<br /> # (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?<br /> # (4pt) Woordjes<br /> #* Foto-elektrisch effect<br /> #* FRET<br /> #* Single Photon Timing<br /> #* Cottoneffect<br /> <br /> === 28 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # oefening spectrum NMR<br /> # COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.<br /> # Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR<br /> ==== Hofkens ====<br /> # Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.<br /> # Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. <br /> # Woordjes:<br /> #* Transitiedipoolmoment<br /> #* Balmerreeks<br /> #* Excitatiespectrum<br /> #* Perrin vergelijking<br /> <br /> ===27 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # H en C spectrum<br /> # NOE<br /> # fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen <br /> ====Hofkens====<br /> # grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?<br /> # anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie<br /> # woordjes: <br /> #* foto-elektrisch effect<br /> #* extinctie coefficient<br /> #* TRES<br /> #* cotton effect<br /> <br /> ===19 juni 2017===<br /> ====Vogt:====<br /> # zeeman effect<br /> # H/C spectrum<br /> # in vivo nmr<br /> ====Hofkens====<br /> # da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.<br /> # oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)<br /> # woordjes: <br /> #* Ro<br /> #* Dynamic quenching<br /> #* fluorescence quantum yield<br /> #* resonance <br /> #* Raman scattering<br /> <br /> ===13 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2<br /> # vraag2 <br /> #* 2 soorten relaxatie, leg uit<br /> #* hoe beinvloeden deze het C-NMR<br /> #* weet ik ook niet meer<br /> # 1D en 2D NMR spectra: <br /> #* verschillen, voor - en nadelen geven. <br /> #* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? <br /> #* hoe ziet men dit? <br /> #* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)<br /> ====Hofkens====<br /> # membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).<br /> # Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4<br /> # 4 termen: <br /> #* anti stokes <br /> #* ramanscattering<br /> #* emissiespectra<br /> #* statische quencher<br /> #* laatste weet ik niet meer<br /> <br /> ===7 juni 2016===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en C-spectrum, structuur afleiden.<br /> # Je krijgt spintoestanden<br /> #* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. <br /> #* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? <br /> #* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? <br /> #* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?<br /> # Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. <br /> #* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? <br /> #* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? <br /> #* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. <br /> #* Verklaar de resultaten. <br /> #* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. <br /> #* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?<br /> # Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.<br /> # Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) <br /> #* foto-effect <br /> #* Balmer-reeks <br /> #* ... <br /> #* transitiedipoolmoment.<br /> <br /> ===23 juni 2015===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en C-spectrum<br /> # Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.<br /> # Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:<br /> #* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.<br /> #* kwalitatief proteine structuur te bepalen.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?<br /> # Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.<br /> # Begrippen: <br /> #* Cotton-effect<br /> #* Inner filter effect<br /> #* R0 <br /> #* Excimeer<br /> <br /> ===15 juni 2015===<br /> ====Vogt====<br /> # H-spectrum+ IR-spectrum<br /> # uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.<br /> # Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)<br /> ====Hofkens====<br /> # twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)<br /> # hoe kan men de transitieconstante berekenen?<br /> # woordjes: <br /> #* limiterende anisotropie<br /> #* cotton effect<br /> #* inner filter effect<br /> #* statische quenching<br /> <br /> ===17 juni 2013===<br /> ====Vogt====<br /> # simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.<br /> # verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren<br /> # welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.<br /> # het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.<br /> # begrippen uitleggen: <br /> #* R0<br /> #* cotton effect<br /> #* inner filter effect<br /> #* excimeer<br /> <br /> ===10 juni 2013===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden<br /> # IR spectroscopie:<br /> #* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?<br /> #* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.<br /> #* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?<br /> #* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?<br /> # Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.<br /> ====Hofkens====<br /> # oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).<br /> #* Verklaar de resultaten.<br /> #* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?<br /> #* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)<br /> # Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)<br /> # Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):<br /> #* circulair dichroïsme<br /> #* magic angle<br /> #* fosforescentie <br /> #* J-aggregaat<br /> <br /> ===30 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)<br /> # Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma's gegeven).<br /> # Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.<br /> ====Hofkens====<br /> # Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).<br /> # Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)<br /> # Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)<br /> #* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven<br /> #* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.<br /> <br /> ===21 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.<br /> # Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.<br /> #* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.<br /> #* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)<br /> #* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.<br /> #* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?<br /> # Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)<br /> # Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)<br /> # Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)<br /> <br /> ===17 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:<br /> #* Waarom is die piek bv een triplet?<br /> #* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?<br /> # Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.<br /> #* bereken de chemische shift bij 60MHz<br /> #* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz<br /> #* bereken de chemische shift bij 500MHz<br /> #* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk<br /> # Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?<br /> ====Hofkens:====<br /> # Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo'n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo'n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)<br /> # Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)<br /> #* Extinctiecoefficient<br /> #* Woodward-Fieser-Scott-regels<br /> #* Lambert-Beer<br /> #* Fluorescentie quenching<br /> # oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.<br /> #* bereken de golflengte<br /> #* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)<br /> <br /> ===15 jun 2010===<br /> ====Tatjana====<br /> # H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:<br /> #* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?<br /> #* Is het IR-spectrum hier nuttig?<br /> # Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma's gegeven).<br /> # Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.<br /> <br /> ===18 jun 2009===<br /> ====Tatjana====<br /> # H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.<br /> # Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).<br /> #* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.<br /> #* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.<br /> # Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?<br /> <br /> ===16 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR<br /> # 3 COSY's gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY's toe en leg uit waarom<br /> # H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))<br /> <br /> ===13 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # H en C spectrum van een molecule<br /> # Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC<br /> # hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling<br /> <br /> ===11 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.<br /> # Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.<br /> # Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P<br /> <br /> ===27 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop<br /> # Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo'n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.<br /> # Toepassing van IR op biomoleculen<br /> <br /> ===23 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Basic oefeningske<br /> # De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.<br /> # Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten<br /> <br /> ===21 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.<br /> # Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken<br /> # Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.<br /> <br /> ===18 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel 'makkelijk&quot;)<br /> # Theorie:<br /> #* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De 'gamma' van H en P was gegeven<br /> # In vivo NMR, bespreek, leg uit,...</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&diff=1259 2018-06-24T11:45:40Z

<p>XanderJanssens: /* Hofkens */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Het deel van Vogt is mondeling, Hofkens is schriftelijk. Je moet op beide delen minstens 4/10 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===18 juni 2018===<br /> ====Vogt====<br /> # Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie<br /> # 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. <br /> #*Waarom gebruik je P-NMR hier. <br /> #*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR's en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen<br /> #* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? <br /> #* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking<br /> #* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen<br /> #Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit<br /> #* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR<br /> #* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.<br /> #* Teken een vibratiobele overgang<br /> #* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand<br /> #* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit<br /> <br /> # Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.<br /> Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties<br /> #* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot<br /> #* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.<br /> #* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?<br /> # Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur<br /> #* TRES<br /> #* Foto-elektrisch effect<br /> #* Cotton- effect<br /> #* Extinctie coëfficiënt<br /> <br /> ===6 september 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # oefening met NMR (C9H10O3)<br /> # spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.<br /> # SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.<br /> ====Hofkens====<br /> # (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.<br /> # (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?<br /> # (4pt) Woordjes<br /> #* Foto-elektrisch effect<br /> #* FRET<br /> #* Single Photon Timing<br /> #* Cottoneffect<br /> <br /> === 28 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # oefening spectrum NMR<br /> # COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.<br /> # Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR<br /> ==== Hofkens ====<br /> # Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.<br /> # Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. <br /> # Woordjes:<br /> #* Transitiedipoolmoment<br /> #* Balmerreeks<br /> #* Excitatiespectrum<br /> #* Perrin vergelijking<br /> <br /> ===27 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # H en C spectrum<br /> # NOE<br /> # fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen <br /> ====Hofkens====<br /> # grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?<br /> # anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie<br /> # woordjes: <br /> #* foto-elektrisch effect<br /> #* extinctie coefficient<br /> #* TRES<br /> #* cotton effect<br /> <br /> ===19 juni 2017===<br /> ====Vogt:====<br /> # zeeman effect<br /> # H/C spectrum<br /> # in vivo nmr<br /> ====Hofkens====<br /> # da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.<br /> # oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)<br /> # woordjes: <br /> #* Ro<br /> #* Dynamic quenching<br /> #* fluorescence quantum yield<br /> #* resonance <br /> #* Raman scattering<br /> <br /> ===13 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2<br /> # vraag2 <br /> #* 2 soorten relaxatie, leg uit<br /> #* hoe beinvloeden deze het C-NMR<br /> #* weet ik ook niet meer<br /> # 1D en 2D NMR spectra: <br /> #* verschillen, voor - en nadelen geven. <br /> #* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? <br /> #* hoe ziet men dit? <br /> #* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)<br /> ====Hofkens====<br /> # membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).<br /> # Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4<br /> # 4 termen: <br /> #* anti stokes <br /> #* ramanscattering<br /> #* emissiespectra<br /> #* statische quencher<br /> #* laatste weet ik niet meer<br /> <br /> ===7 juni 2016===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en C-spectrum, structuur afleiden.<br /> # Je krijgt spintoestanden<br /> #* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. <br /> #* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? <br /> #* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? <br /> #* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?<br /> # Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. <br /> #* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? <br /> #* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? <br /> #* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. <br /> #* Verklaar de resultaten. <br /> #* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. <br /> #* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?<br /> # Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.<br /> # Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) <br /> #* foto-effect <br /> #* Balmer-reeks <br /> #* ... <br /> #* transitiedipoolmoment.<br /> <br /> ===23 juni 2015===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en C-spectrum<br /> # Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.<br /> # Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:<br /> #* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.<br /> #* kwalitatief proteine structuur te bepalen.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?<br /> # Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.<br /> # Begrippen: <br /> #* Cotton-effect<br /> #* Inner filter effect<br /> #* R0 <br /> #* Excimeer<br /> <br /> ===15 juni 2015===<br /> ====Vogt====<br /> # H-spectrum+ IR-spectrum<br /> # uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.<br /> # Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)<br /> ====Hofkens====<br /> # twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)<br /> # hoe kan men de transitieconstante berekenen?<br /> # woordjes: <br /> #* limiterende anisotropie<br /> #* cotton effect<br /> #* inner filter effect<br /> #* statische quenching<br /> <br /> ===17 juni 2013===<br /> ====Vogt====<br /> # simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.<br /> # verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren<br /> # welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.<br /> # het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.<br /> # begrippen uitleggen: <br /> #* R0<br /> #* cotton effect<br /> #* inner filter effect<br /> #* excimeer<br /> <br /> ===10 juni 2013===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden<br /> # IR spectroscopie:<br /> #* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?<br /> #* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.<br /> #* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?<br /> #* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?<br /> # Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.<br /> ====Hofkens====<br /> # oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).<br /> #* Verklaar de resultaten.<br /> #* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?<br /> #* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)<br /> # Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)<br /> # Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):<br /> #* circulair dichroïsme<br /> #* magic angle<br /> #* fosforescentie <br /> #* J-aggregaat<br /> <br /> ===30 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)<br /> # Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma's gegeven).<br /> # Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.<br /> ====Hofkens====<br /> # Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).<br /> # Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)<br /> # Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)<br /> #* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven<br /> #* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.<br /> <br /> ===21 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.<br /> # Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.<br /> #* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.<br /> #* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)<br /> #* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.<br /> #* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?<br /> # Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)<br /> # Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)<br /> # Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)<br /> <br /> ===17 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:<br /> #* Waarom is die piek bv een triplet?<br /> #* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?<br /> # Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.<br /> #* bereken de chemische shift bij 60MHz<br /> #* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz<br /> #* bereken de chemische shift bij 500MHz<br /> #* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk<br /> # Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?<br /> ====Hofkens:====<br /> # Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo'n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo'n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)<br /> # Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)<br /> #* Extinctiecoefficient<br /> #* Woodward-Fieser-Scott-regels<br /> #* Lambert-Beer<br /> #* Fluorescentie quenching<br /> # oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.<br /> #* bereken de golflengte<br /> #* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)<br /> <br /> ===15 jun 2010===<br /> ====Tatjana====<br /> # H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:<br /> #* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?<br /> #* Is het IR-spectrum hier nuttig?<br /> # Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma's gegeven).<br /> # Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.<br /> <br /> ===18 jun 2009===<br /> ====Tatjana====<br /> # H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.<br /> # Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).<br /> #* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.<br /> #* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.<br /> # Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?<br /> <br /> ===16 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR<br /> # 3 COSY's gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY's toe en leg uit waarom<br /> # H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))<br /> <br /> ===13 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # H en C spectrum van een molecule<br /> # Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC<br /> # hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling<br /> <br /> ===11 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.<br /> # Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.<br /> # Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P<br /> <br /> ===27 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop<br /> # Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo'n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.<br /> # Toepassing van IR op biomoleculen<br /> <br /> ===23 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Basic oefeningske<br /> # De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.<br /> # Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten<br /> <br /> ===21 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.<br /> # Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken<br /> # Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.<br /> <br /> ===18 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel 'makkelijk&quot;)<br /> # Theorie:<br /> #* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De 'gamma' van H en P was gegeven<br /> # In vivo NMR, bespreek, leg uit,...</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=1257 2018-06-22T17:59:50Z

<p>XanderJanssens: /* 18 juni 2018 NM */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Oncobiologie&diff=1255 2018-06-22T15:11:44Z

<p>XanderJanssens: /* 22 juni 2018 NM */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Samen met biologie, minor verbreding<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===22 juni 2018 NM===<br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met één regel plaats per voorbeeld)<br /> # 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:<br /> #* BCL2 inactivatie is nodig voor een kankercel<br /> #* Tyrosine kinase kan geactiveerd worden door een deletie van enkele aminozuren<br /> #* Chromosomale translocatie kan een verandering in genexpressie meegeven<br /> #* F notch beïnvloedt de richting van angiogenese<br /> #* Glutamine wordt gebruikt om energie te maken<br /> Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):<br /> # VEGF behandelingen uitleggen (leg 3 therapies uit + wat zijn de gevolgen).<br /> # Hoe gaat een kankercel het immuunsysteem ontwijken?<br /> <br /> ===22 juni 2018 VM===<br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met voorbeeld bedoelt hij hoe je kan zien dat een kankercel aan deze hallmark voldoet (bv. bij apoptose: p53 mutatie of bij deregulering energie metabolisme: aerobe glycolyse))<br /> # 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:<br /> #* Deletion of BAX is beneficial to cancer cells.<br /> #* All cells can become cancer cells.<br /> #* Chromosomal translocation can inactivate genes.<br /> #* Cancer cells can induce apoptosis of immune cells.<br /> #* VEGF assists metastasis.<br /> Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):<br /> # Wat is target cancer therapy en geef hier drie voorbeelden van.<br /> # Wat is genomic instability en wat is de relatie met kankerontwikkeling.<br /> <br /> ===16/06/2016 NM===<br /> Mondeling:<br /> #4 stellingen:<br /> #*De inactivatie van BCL2 is belangrijk voor kankercellen<br /> #*Voor kankerstamcelonderzoek is het essentieel te werken op immunodeficiente muizen<br /> #*Het Wahrung effect geeft aan dat er meer cytokine wordt geproduceerd<br /> #*PARP-inhibitoren kunnen gebruikt worden tegen alle kankers<br /> #Wat zijn de mogelijke therapieën voor het omzeilde immuunsysteem bij kankers?<br /> Schriftelijk:<br /> # Leg angiogenese uit, wat doet kanker hiermee? Wat zijn de mogelijke therapieën?<br /> # Geef de 10 hallmarks + voorbeeld van een mogelijke therapie<br /> <br /> ===16/06/2016 VM===<br /> Mondeling:<br /> #Leg de link tss apoptose en cellen die het imuunsysteem ontwijken.<br /> #J/F vragen + verklaren<br /> #*Tyrosine kinasen zijn belangrijk voor angiogenese<br /> #*CAR-T-cellen zijn belangrijk voor inflammation<br /> #*Kanker wordt veroorzaakt door mutaties in stamcellen<br /> #*Een IDH1 mutatie heeft een effect op het genoom<br /> Schirftelijk:<br /> #Leg genome instability volledig uit.<br /> #Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een kort VB<br /> ===22/06/2015===<br /> #Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een specifiek voorbeeld (heel kort, voorbeeld in 1 zin)<br /> #Wat weet je over het metabolisme van de cel? Leg de link met kanker.<br /> #Leg uit (in max een halve pagina): BAX, VEGF, hoe kunnen kankercellen het aan het immuunsysteem ontsnappen?<br /> ===18/06/2015===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker en illustreer met een kort voorbeeld.<br /> #Leg hallmark angiogenese uit en hoe kan men dit behandelen in kankers.<br /> #woordjes: p53, FASS, exome sequencing, double stranded breaks<br /> <br /> ===05/06/2015===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, en illustreer met een kort voorbeeld<br /> #Leg uit: Tyrosine-kinase en hoe dit meehelpt bij de ontwikkeling van kanker. Geef 2 voorbeelden om tyrosine kinasen te inhiberen<br /> #Deel van de afbeelding van DNA Damage Repair: Leg uit, en hoe kan dit leiden tot de ontwikkeling van kanker<br /> #Verrassingsvraag over een research article op het mondeling zelf: Afbeelding van Collecting Lymphatic Vessels. Leg deze figuur kort uit, hoe hebben we dit besproken in de les, wat heeft het te maken met kankerontwikkeling etc.<br /> ===16/06/2014===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld<br /> #Leg een hallmark volledig uit<br /> #korte bijvraagjes: p53, VEGF, wat is fullgenome secquencing, hoe repareert het dna een dubbelstrengsbreuk (homologe en niet homologe end-repair, weten da als homologie wegvalt der door niet-homologe dus veel mutaties ontstaan), 5e bennek ff kwijt. hij vroeg mij bij p53 en VEGF specifiek wat voor soort eiwitten en voor VEGF wat voor soort receptor (transcriptiefactor van pro-apoptotische genen dus, en een tyrosinekinase receptor)<br /> ===16/06/2014===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld<br /> #Leg een hallmark volledig uit (vb. wat is angiogenese en breng het in verband met kankerontwikkeling)<br /> #Figuur of meer gerichte vraag die je moet uitleggen/beantwoorden<br /> Alle aanwezigen op het examen kregen andere hallmarks en figuren om uit te leggen. Er waren geen twee examens exact hetzelfde.<br /> ===17/06/2013===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer elke hallmark met een voorbeeld<br /> #juist of fout:<br /> #*Door RNA sequencing kan je mutaties in genen en fusiegenen ontdekken<br /> #*In een tumor zijn slechts weinig stamcellen aanwezig<br /> #*nog2<br /> #tekening van metastase gegeven, uitleggen en gevolgen voor de progressie van de tumor uitleggen.<br /> #Geef de oorzaken van kanker. Illustreer met voorbeelden en geef 2 mogelijke therapieën (proliferatie, angiogenese, apoptose, mutatie-repair systeem beschadigen, ...)<br /> #Leg second generation sequencing uit. Hoe kunnen de resultaten gecontroleerd worden?</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Oncobiologie&diff=1254 2018-06-22T15:10:47Z

<p>XanderJanssens: /* 22 juni 2018 NM */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Samen met biologie, minor verbreding<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===22 juni 2018 NM===<br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark ==&gt; 1 regel plek<br /> # 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:<br /> #* BCL2 inactivatie is nodig voor een kankercel<br /> #* Tyrosine kinase kan geactiveerd worden door een deletie van enkele aminozuren<br /> #* Chromosomale translocatie kan een verandering in genexpressie meegeven<br /> #* F notch beïnvloedt de richting van angiogenese<br /> #* Glutamine wordt gebruikt om energie te maken<br /> Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):<br /> # VEGF behandelingen uitleggen (leg 3 therapies uit + wat zijn de gevolgen).<br /> # Hoe gaat een kankercel het immuunsysteem ontwijken?<br /> <br /> ===22 juni 2018 VM===<br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met voorbeeld bedoelt hij hoe je kan zien dat een kankercel aan deze hallmark voldoet (bv. bij apoptose: p53 mutatie of bij deregulering energie metabolisme: aerobe glycolyse))<br /> # 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:<br /> #* Deletion of BAX is beneficial to cancer cells.<br /> #* All cells can become cancer cells.<br /> #* Chromosomal translocation can inactivate genes.<br /> #* Cancer cells can induce apoptosis of immune cells.<br /> #* VEGF assists metastasis.<br /> Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):<br /> # Wat is target cancer therapy en geef hier drie voorbeelden van.<br /> # Wat is genomic instability en wat is de relatie met kankerontwikkeling.<br /> <br /> ===16/06/2016 NM===<br /> Mondeling:<br /> #4 stellingen:<br /> #*De inactivatie van BCL2 is belangrijk voor kankercellen<br /> #*Voor kankerstamcelonderzoek is het essentieel te werken op immunodeficiente muizen<br /> #*Het Wahrung effect geeft aan dat er meer cytokine wordt geproduceerd<br /> #*PARP-inhibitoren kunnen gebruikt worden tegen alle kankers<br /> #Wat zijn de mogelijke therapieën voor het omzeilde immuunsysteem bij kankers?<br /> Schriftelijk:<br /> # Leg angiogenese uit, wat doet kanker hiermee? Wat zijn de mogelijke therapieën?<br /> # Geef de 10 hallmarks + voorbeeld van een mogelijke therapie<br /> <br /> ===16/06/2016 VM===<br /> Mondeling:<br /> #Leg de link tss apoptose en cellen die het imuunsysteem ontwijken.<br /> #J/F vragen + verklaren<br /> #*Tyrosine kinasen zijn belangrijk voor angiogenese<br /> #*CAR-T-cellen zijn belangrijk voor inflammation<br /> #*Kanker wordt veroorzaakt door mutaties in stamcellen<br /> #*Een IDH1 mutatie heeft een effect op het genoom<br /> Schirftelijk:<br /> #Leg genome instability volledig uit.<br /> #Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een kort VB<br /> ===22/06/2015===<br /> #Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een specifiek voorbeeld (heel kort, voorbeeld in 1 zin)<br /> #Wat weet je over het metabolisme van de cel? Leg de link met kanker.<br /> #Leg uit (in max een halve pagina): BAX, VEGF, hoe kunnen kankercellen het aan het immuunsysteem ontsnappen?<br /> ===18/06/2015===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker en illustreer met een kort voorbeeld.<br /> #Leg hallmark angiogenese uit en hoe kan men dit behandelen in kankers.<br /> #woordjes: p53, FASS, exome sequencing, double stranded breaks<br /> <br /> ===05/06/2015===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, en illustreer met een kort voorbeeld<br /> #Leg uit: Tyrosine-kinase en hoe dit meehelpt bij de ontwikkeling van kanker. Geef 2 voorbeelden om tyrosine kinasen te inhiberen<br /> #Deel van de afbeelding van DNA Damage Repair: Leg uit, en hoe kan dit leiden tot de ontwikkeling van kanker<br /> #Verrassingsvraag over een research article op het mondeling zelf: Afbeelding van Collecting Lymphatic Vessels. Leg deze figuur kort uit, hoe hebben we dit besproken in de les, wat heeft het te maken met kankerontwikkeling etc.<br /> ===16/06/2014===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld<br /> #Leg een hallmark volledig uit<br /> #korte bijvraagjes: p53, VEGF, wat is fullgenome secquencing, hoe repareert het dna een dubbelstrengsbreuk (homologe en niet homologe end-repair, weten da als homologie wegvalt der door niet-homologe dus veel mutaties ontstaan), 5e bennek ff kwijt. hij vroeg mij bij p53 en VEGF specifiek wat voor soort eiwitten en voor VEGF wat voor soort receptor (transcriptiefactor van pro-apoptotische genen dus, en een tyrosinekinase receptor)<br /> ===16/06/2014===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld<br /> #Leg een hallmark volledig uit (vb. wat is angiogenese en breng het in verband met kankerontwikkeling)<br /> #Figuur of meer gerichte vraag die je moet uitleggen/beantwoorden<br /> Alle aanwezigen op het examen kregen andere hallmarks en figuren om uit te leggen. Er waren geen twee examens exact hetzelfde.<br /> ===17/06/2013===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer elke hallmark met een voorbeeld<br /> #juist of fout:<br /> #*Door RNA sequencing kan je mutaties in genen en fusiegenen ontdekken<br /> #*In een tumor zijn slechts weinig stamcellen aanwezig<br /> #*nog2<br /> #tekening van metastase gegeven, uitleggen en gevolgen voor de progressie van de tumor uitleggen.<br /> #Geef de oorzaken van kanker. Illustreer met voorbeelden en geef 2 mogelijke therapieën (proliferatie, angiogenese, apoptose, mutatie-repair systeem beschadigen, ...)<br /> #Leg second generation sequencing uit. Hoe kunnen de resultaten gecontroleerd worden?</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Oncobiologie&diff=1253 2018-06-22T15:08:27Z

<p>XanderJanssens: /* 22 juni 2018 NM */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Samen met biologie, minor verbreding<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===22 juni 2018 NM===<br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark ==&gt; 1 regel plek<br /> # 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:<br /> #* BCL2 inactivatie moet voor een kankercel<br /> #* tyrosine kinase kan geactiveerd worden door deletie van enkele aminozuren<br /> #* chromosomale translocatie kan een verandering in genexpressie meegeven<br /> #* Kan een tyrosine kinase geactiveerd worden door een deletie van een aantal aminozuren?<br /> #*<br /> Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):<br /> # hoe gaat VEGF werking tegegewerkt worden, leg 3 therapies uit + wat zijn de gevolgen.<br /> # hoe gaat een kankercel het immuunsysteem ontwijken<br /> <br /> ===22 juni 2018 VM===<br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met voorbeeld bedoelt hij hoe je kan zien dat een kankercel aan deze hallmark voldoet (bv. bij apoptose: p53 mutatie of bij deregulering energie metabolisme: aerobe glycolyse))<br /> # 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:<br /> #* Deletion of BAX is beneficial to cancer cells.<br /> #* All cells can become cancer cells.<br /> #* Chromosomal translocation can inactivate genes.<br /> #* Cancer cells can induce apoptosis of immune cells.<br /> #* VEGF assists metastasis.<br /> Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):<br /> # Wat is target cancer therapy en geef hier drie voorbeelden van.<br /> # Wat is genomic instability en wat is de relatie met kankerontwikkeling.<br /> <br /> ===16/06/2016 NM===<br /> Mondeling:<br /> #4 stellingen:<br /> #*De inactivatie van BCL2 is belangrijk voor kankercellen<br /> #*Voor kankerstamcelonderzoek is het essentieel te werken op immunodeficiente muizen<br /> #*Het Wahrung effect geeft aan dat er meer cytokine wordt geproduceerd<br /> #*PARP-inhibitoren kunnen gebruikt worden tegen alle kankers<br /> #Wat zijn de mogelijke therapieën voor het omzeilde immuunsysteem bij kankers?<br /> Schriftelijk:<br /> # Leg angiogenese uit, wat doet kanker hiermee? Wat zijn de mogelijke therapieën?<br /> # Geef de 10 hallmarks + voorbeeld van een mogelijke therapie<br /> <br /> ===16/06/2016 VM===<br /> Mondeling:<br /> #Leg de link tss apoptose en cellen die het imuunsysteem ontwijken.<br /> #J/F vragen + verklaren<br /> #*Tyrosine kinasen zijn belangrijk voor angiogenese<br /> #*CAR-T-cellen zijn belangrijk voor inflammation<br /> #*Kanker wordt veroorzaakt door mutaties in stamcellen<br /> #*Een IDH1 mutatie heeft een effect op het genoom<br /> Schirftelijk:<br /> #Leg genome instability volledig uit.<br /> #Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een kort VB<br /> ===22/06/2015===<br /> #Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een specifiek voorbeeld (heel kort, voorbeeld in 1 zin)<br /> #Wat weet je over het metabolisme van de cel? Leg de link met kanker.<br /> #Leg uit (in max een halve pagina): BAX, VEGF, hoe kunnen kankercellen het aan het immuunsysteem ontsnappen?<br /> ===18/06/2015===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker en illustreer met een kort voorbeeld.<br /> #Leg hallmark angiogenese uit en hoe kan men dit behandelen in kankers.<br /> #woordjes: p53, FASS, exome sequencing, double stranded breaks<br /> <br /> ===05/06/2015===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, en illustreer met een kort voorbeeld<br /> #Leg uit: Tyrosine-kinase en hoe dit meehelpt bij de ontwikkeling van kanker. Geef 2 voorbeelden om tyrosine kinasen te inhiberen<br /> #Deel van de afbeelding van DNA Damage Repair: Leg uit, en hoe kan dit leiden tot de ontwikkeling van kanker<br /> #Verrassingsvraag over een research article op het mondeling zelf: Afbeelding van Collecting Lymphatic Vessels. Leg deze figuur kort uit, hoe hebben we dit besproken in de les, wat heeft het te maken met kankerontwikkeling etc.<br /> ===16/06/2014===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld<br /> #Leg een hallmark volledig uit<br /> #korte bijvraagjes: p53, VEGF, wat is fullgenome secquencing, hoe repareert het dna een dubbelstrengsbreuk (homologe en niet homologe end-repair, weten da als homologie wegvalt der door niet-homologe dus veel mutaties ontstaan), 5e bennek ff kwijt. hij vroeg mij bij p53 en VEGF specifiek wat voor soort eiwitten en voor VEGF wat voor soort receptor (transcriptiefactor van pro-apoptotische genen dus, en een tyrosinekinase receptor)<br /> ===16/06/2014===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld<br /> #Leg een hallmark volledig uit (vb. wat is angiogenese en breng het in verband met kankerontwikkeling)<br /> #Figuur of meer gerichte vraag die je moet uitleggen/beantwoorden<br /> Alle aanwezigen op het examen kregen andere hallmarks en figuren om uit te leggen. Er waren geen twee examens exact hetzelfde.<br /> ===17/06/2013===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer elke hallmark met een voorbeeld<br /> #juist of fout:<br /> #*Door RNA sequencing kan je mutaties in genen en fusiegenen ontdekken<br /> #*In een tumor zijn slechts weinig stamcellen aanwezig<br /> #*nog2<br /> #tekening van metastase gegeven, uitleggen en gevolgen voor de progressie van de tumor uitleggen.<br /> #Geef de oorzaken van kanker. Illustreer met voorbeelden en geef 2 mogelijke therapieën (proliferatie, angiogenese, apoptose, mutatie-repair systeem beschadigen, ...)<br /> #Leg second generation sequencing uit. Hoe kunnen de resultaten gecontroleerd worden?</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Oncobiologie&diff=1245 2018-06-22T12:31:52Z

<p>XanderJanssens: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Samen met biologie, minor verbreding<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===22 juni 2018 VM===<br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met voorbeeld bedoelt hij hoe je kan zien dat een kankercel aan deze hallmark voldoet (bv. bij apoptose: p53 mutatie of bij deregulering energie metabolisme: aerobe glycolyse))<br /> # 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:<br /> #* Deletion of BAX is beneficial to cancer cells.<br /> #* All cells can become cancer cells.<br /> #* Chromosomal translocation can inactivate genes.<br /> #* Cancer cells can induce apoptosis of immune cells.<br /> #* VEGF assists metastasis.<br /> Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):<br /> # Wat is target cancer therapy en geef hier drie voorbeelden van.<br /> # Wat is genomic instability en wat is de relatie met kankerontwikkeling.<br /> <br /> ===16/06/2016 NM===<br /> Mondeling:<br /> #4 stellingen:<br /> #*De inactivatie van BCL2 is belangrijk voor kankercellen<br /> #*Voor kankerstamcelonderzoek is het essentieel te werken op immunodeficiente muizen<br /> #*Het Wahrung effect geeft aan dat er meer cytokine wordt geproduceerd<br /> #*PARP-inhibitoren kunnen gebruikt worden tegen alle kankers<br /> #Wat zijn de mogelijke therapieën voor het omzeilde immuunsysteem bij kankers?<br /> Schriftelijk:<br /> # Leg angiogenese uit, wat doet kanker hiermee? Wat zijn de mogelijke therapieën?<br /> # Geef de 10 hallmarks + voorbeeld van een mogelijke therapie<br /> <br /> ===16/06/2016 VM===<br /> Mondeling:<br /> #Leg de link tss apoptose en cellen die het imuunsysteem ontwijken.<br /> #J/F vragen + verklaren<br /> #*Tyrosine kinasen zijn belangrijk voor angiogenese<br /> #*CAR-T-cellen zijn belangrijk voor inflammation<br /> #*Kanker wordt veroorzaakt door mutaties in stamcellen<br /> #*Een IDH1 mutatie heeft een effect op het genoom<br /> Schirftelijk:<br /> #Leg genome instability volledig uit.<br /> #Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een kort VB<br /> ===22/06/2015===<br /> #Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een specifiek voorbeeld (heel kort, voorbeeld in 1 zin)<br /> #Wat weet je over het metabolisme van de cel? Leg de link met kanker.<br /> #Leg uit (in max een halve pagina): BAX, VEGF, hoe kunnen kankercellen het aan het immuunsysteem ontsnappen?<br /> ===18/06/2015===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker en illustreer met een kort voorbeeld.<br /> #Leg hallmark angiogenese uit en hoe kan men dit behandelen in kankers.<br /> #woordjes: p53, FASS, exome sequencing, double stranded breaks<br /> <br /> ===05/06/2015===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, en illustreer met een kort voorbeeld<br /> #Leg uit: Tyrosine-kinase en hoe dit meehelpt bij de ontwikkeling van kanker. Geef 2 voorbeelden om tyrosine kinasen te inhiberen<br /> #Deel van de afbeelding van DNA Damage Repair: Leg uit, en hoe kan dit leiden tot de ontwikkeling van kanker<br /> #Verrassingsvraag over een research article op het mondeling zelf: Afbeelding van Collecting Lymphatic Vessels. Leg deze figuur kort uit, hoe hebben we dit besproken in de les, wat heeft het te maken met kankerontwikkeling etc.<br /> ===16/06/2014===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld<br /> #Leg een hallmark volledig uit<br /> #korte bijvraagjes: p53, VEGF, wat is fullgenome secquencing, hoe repareert het dna een dubbelstrengsbreuk (homologe en niet homologe end-repair, weten da als homologie wegvalt der door niet-homologe dus veel mutaties ontstaan), 5e bennek ff kwijt. hij vroeg mij bij p53 en VEGF specifiek wat voor soort eiwitten en voor VEGF wat voor soort receptor (transcriptiefactor van pro-apoptotische genen dus, en een tyrosinekinase receptor)<br /> ===16/06/2014===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld<br /> #Leg een hallmark volledig uit (vb. wat is angiogenese en breng het in verband met kankerontwikkeling)<br /> #Figuur of meer gerichte vraag die je moet uitleggen/beantwoorden<br /> Alle aanwezigen op het examen kregen andere hallmarks en figuren om uit te leggen. Er waren geen twee examens exact hetzelfde.<br /> ===17/06/2013===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer elke hallmark met een voorbeeld<br /> #juist of fout:<br /> #*Door RNA sequencing kan je mutaties in genen en fusiegenen ontdekken<br /> #*In een tumor zijn slechts weinig stamcellen aanwezig<br /> #*nog2<br /> #tekening van metastase gegeven, uitleggen en gevolgen voor de progressie van de tumor uitleggen.<br /> #Geef de oorzaken van kanker. Illustreer met voorbeelden en geef 2 mogelijke therapieën (proliferatie, angiogenese, apoptose, mutatie-repair systeem beschadigen, ...)<br /> #Leg second generation sequencing uit. Hoe kunnen de resultaten gecontroleerd worden?</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&diff=1223 2018-06-19T14:28:36Z

<p>XanderJanssens: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Het deel van Vogt is mondeling, Hofkens is schriftelijk. Je moet op beide delen minstens 4/10 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===18 juni===<br /> ====Vogt====<br /> # oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie<br /> # 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. <br /> #*Waarom gebruik je P-NMR hier. <br /> #*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR's en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen<br /> #* welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? <br /> #* hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking<br /> #* hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen<br /> #leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit<br /> #* leg uit wat de vereiste zijn van SAR<br /> #* leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> #teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur<br /> #* teken een vibratiobele overgang<br /> #* teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand<br /> #* wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit<br /> <br /> #oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.<br /> Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties<br /> #* bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot<br /> #* in bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.<br /> #* wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?<br /> #woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met woorden<br /> #*TRES<br /> #* foto-elektrisch effect<br /> #* Cotton- effect<br /> #* extinctie coëfficiënt<br /> <br /> ===6 september 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # oefening met NMR (C9H10O3)<br /> # spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.<br /> # SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.<br /> ====Hofkens====<br /> # (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.<br /> # (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?<br /> # (4pt) Woordjes<br /> #* Foto-elektrisch effect<br /> #* FRET<br /> #* Single Photon Timing<br /> #* Cottoneffect<br /> <br /> === 28 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # oefening spectrum NMR<br /> # COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.<br /> # Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR<br /> ==== Hofkens ====<br /> # Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.<br /> # Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. <br /> # Woordjes:<br /> #* Transitiedipoolmoment<br /> #* Balmerreeks<br /> #* Excitatiespectrum<br /> #* Perrin vergelijking<br /> <br /> ===27 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # H en C spectrum<br /> # NOE<br /> # fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen <br /> ====Hofkens====<br /> # grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?<br /> # anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie<br /> # woordjes: <br /> #* foto-elektrisch effect<br /> #* extinctie coefficient<br /> #* TRES<br /> #* cotton effect<br /> <br /> ===19 juni 2017===<br /> ====Vogt:====<br /> # zeeman effect<br /> # H/C spectrum<br /> # in vivo nmr<br /> ====Hofkens====<br /> # da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.<br /> # oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)<br /> # woordjes: <br /> #* Ro<br /> #* Dynamic quenching<br /> #* fluorescence quantum yield<br /> #* resonance <br /> #* Raman scattering<br /> <br /> ===13 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2<br /> # vraag2 <br /> #* 2 soorten relaxatie, leg uit<br /> #* hoe beinvloeden deze het C-NMR<br /> #* weet ik ook niet meer<br /> # 1D en 2D NMR spectra: <br /> #* verschillen, voor - en nadelen geven. <br /> #* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? <br /> #* hoe ziet men dit? <br /> #* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)<br /> ====Hofkens====<br /> # membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).<br /> # Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4<br /> # 4 termen: <br /> #* anti stokes <br /> #* ramanscattering<br /> #* emissiespectra<br /> #* statische quencher<br /> #* laatste weet ik niet meer<br /> <br /> ===7 juni 2016===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en C-spectrum, structuur afleiden.<br /> # Je krijgt spintoestanden<br /> #* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. <br /> #* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? <br /> #* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? <br /> #* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?<br /> # Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. <br /> #* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? <br /> #* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? <br /> #* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. <br /> #* Verklaar de resultaten. <br /> #* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. <br /> #* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?<br /> # Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.<br /> # Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) <br /> #* foto-effect <br /> #* Balmer-reeks <br /> #* ... <br /> #* transitiedipoolmoment.<br /> <br /> ===23 juni 2015===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en C-spectrum<br /> # Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.<br /> # Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:<br /> #* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.<br /> #* kwalitatief proteine structuur te bepalen.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?<br /> # Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.<br /> # Begrippen: <br /> #* Cotton-effect<br /> #* Inner filter effect<br /> #* R0 <br /> #* Excimeer<br /> <br /> ===15 juni 2015===<br /> ====Vogt====<br /> # H-spectrum+ IR-spectrum<br /> # uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.<br /> # Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)<br /> ====Hofkens====<br /> # twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)<br /> # hoe kan men de transitieconstante berekenen?<br /> # woordjes: <br /> #* limiterende anisotropie<br /> #* cotton effect<br /> #* inner filter effect<br /> #* statische quenching<br /> <br /> ===17 juni 2013===<br /> ====Vogt====<br /> # simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.<br /> # verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren<br /> # welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.<br /> # het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.<br /> # begrippen uitleggen: <br /> #* R0<br /> #* cotton effect<br /> #* inner filter effect<br /> #* excimeer<br /> <br /> ===10 juni 2013===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden<br /> # IR spectroscopie:<br /> #* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?<br /> #* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.<br /> #* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?<br /> #* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?<br /> # Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.<br /> ====Hofkens====<br /> # oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).<br /> #* Verklaar de resultaten.<br /> #* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?<br /> #* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)<br /> # Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)<br /> # Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):<br /> #* circulair dichroïsme<br /> #* magic angle<br /> #* fosforescentie <br /> #* J-aggregaat<br /> <br /> ===30 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)<br /> # Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma's gegeven).<br /> # Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.<br /> ====Hofkens====<br /> # Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).<br /> # Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)<br /> # Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)<br /> #* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven<br /> #* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.<br /> <br /> ===21 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.<br /> # Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.<br /> #* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.<br /> #* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)<br /> #* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.<br /> #* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?<br /> # Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)<br /> # Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)<br /> # Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)<br /> <br /> ===17 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:<br /> #* Waarom is die piek bv een triplet?<br /> #* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?<br /> # Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.<br /> #* bereken de chemische shift bij 60MHz<br /> #* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz<br /> #* bereken de chemische shift bij 500MHz<br /> #* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk<br /> # Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?<br /> ====Hofkens:====<br /> # Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo'n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo'n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)<br /> # Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)<br /> #* Extinctiecoefficient<br /> #* Woodward-Fieser-Scott-regels<br /> #* Lambert-Beer<br /> #* Fluorescentie quenching<br /> # oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.<br /> #* bereken de golflengte<br /> #* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)<br /> <br /> ===15 jun 2010===<br /> ====Tatjana====<br /> # H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:<br /> #* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?<br /> #* Is het IR-spectrum hier nuttig?<br /> # Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma's gegeven).<br /> # Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.<br /> <br /> ===18 jun 2009===<br /> ====Tatjana====<br /> # H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.<br /> # Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).<br /> #* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.<br /> #* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.<br /> # Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?<br /> <br /> ===16 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR<br /> # 3 COSY's gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY's toe en leg uit waarom<br /> # H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))<br /> <br /> ===13 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # H en C spectrum van een molecule<br /> # Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC<br /> # hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling<br /> <br /> ===11 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.<br /> # Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.<br /> # Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P<br /> <br /> ===27 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop<br /> # Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo'n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.<br /> # Toepassing van IR op biomoleculen<br /> <br /> ===23 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Basic oefeningske<br /> # De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.<br /> # Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten<br /> <br /> ===21 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.<br /> # Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken<br /> # Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.<br /> <br /> ===18 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel 'makkelijk&quot;)<br /> # Theorie:<br /> #* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De 'gamma' van H en P was gegeven<br /> # In vivo NMR, bespreek, leg uit,...</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=1215 2018-06-19T07:54:31Z

<p>XanderJanssens: /* 18 juni 2018 NM */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvraag: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=1214 2018-06-19T07:54:20Z

<p>XanderJanssens: /* 18 juni 2018 NM */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvraag: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=1208 2018-06-19T07:34:11Z

<p>XanderJanssens: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvraag: wie heeft PAM ontwikkeld?<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken het tripeptide uit.<br /> # Juist of fout<br /> #* Waterstofbruggen moeten altijd vermeld worden bij FF-berekeningen<br /> #* Bomen worden opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek<br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=1207 2018-06-19T07:29:22Z

<p>XanderJanssens: /* 18 juni 2018 VM */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. Gedoceerd door Prof. Marc de Maeyer. Examen mondeling, oefeningen vooraf geëvalueerd via verslagen.<br /> In totaal 7 examenvragen, waarvan de eerste twee beide op 5 punten staan en de eerste mondeling besproken moet worden. De rest bestaat uit kleinere vragen van elk 2 punten. Je krijgt altijd (bij het mondeling gedeelte) een vraag waarbij je voor 3 aminozuren, de structuur, drieletter- en éénlettercode moet geven. 30% van de punten staat op de verslagen van de oefenzittingen.<br /> <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvraag: wie heeft PAM ontwikkeld?<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken het tripeptide uit.<br /> # Juist of fout<br /> #* Waterstofbruggen moeten altijd vermeld worden bij FF-berekeningen<br /> #* Bomen worden opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek<br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=1201 2018-06-18T13:08:35Z

<p>XanderJanssens: /* 18 juni 2018 VM */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. Gedoceerd door Prof. Marc de Maeyer. Examen mondeling, oefeningen vooraf geëvalueerd via verslagen.<br /> In totaal 7 examenvragen, waarvan de eerste twee beide op 5 punten staan en de eerste mondeling besproken moet worden. De rest bestaat uit kleinere vragen van elk 2 punten. Je krijgt altijd (bij het mondeling gedeelte) een vraag waarbij je voor 3 aminozuren, de structuur, drieletter- en éénlettercode moet geven. 30% van de punten staat op de verslagen van de oefenzittingen.<br /> <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=1182 2018-06-18T09:46:29Z

<p>XanderJanssens: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. Gedoceerd door Prof. Marc de Maeyer. Examen mondeling, oefeningen vooraf geëvalueerd via verslagen.<br /> In totaal 7 examenvragen, waarvan de eerste twee beide op 5 punten staan en de eerste mondeling besproken moet worden. De rest bestaat uit kleinere vragen van elk 2 punten. Je krijgt altijd (bij het mondeling gedeelte) een vraag waarbij je voor 3 aminozuren, de structuur, drieletter- en éénlettercode moet geven. 30% van de punten staat op de verslagen van de oefenzittingen.<br /> <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cis en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) substition matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* ...<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=1181 2018-06-18T09:45:55Z

<p>XanderJanssens: /* 18 juni 2018 VM */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. Gedoceerd door Prof. Marc de Maeyer. Examen mondeling, oefeningen vooraf geëvalueerd via verslagen.<br /> In totaal 7 examenvragen, waarvan de eerste twee beide op 5 punten staan en de eerste mondeling besproken moet worden. De rest bestaat uit kleinere vragen van elk 2 punten. Je krijgt altijd (bij het mondeling gedeelte) een vraag waarbij je voor 3 aminozuren, de structuur, drieletter- en éénlettercode moet geven. 30% van de punten staat op de verslagen van de oefenzittingen.<br /> <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cis en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) substition matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* ...<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=1180 2018-06-18T09:35:07Z

<p>XanderJanssens: /* 18 juni 2018 VM */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. Gedoceerd door Prof. Marc de Maeyer. Examen mondeling, oefeningen vooraf geëvalueerd via verslagen.<br /> In totaal 7 examenvragen, waarvan de eerste twee beide op 5 punten staan en de eerste mondeling besproken moet worden. De rest bestaat uit kleinere vragen van elk 2 punten. Je krijgt altijd (bij het mondeling gedeelte) een vraag waarbij je voor 3 aminozuren, de structuur, drieletter- en éénlettercode moet geven. 30% van de punten staat op de verslagen van de oefenzittingen.<br /> <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cis en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) substition matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* ...<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen:<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

XanderJanssens https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=1179 2018-06-18T09:33:07Z

<p>XanderJanssens: /* 18 juni 2018 VM */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. Gedoceerd door Prof. Marc de Maeyer. Examen mondeling, oefeningen vooraf geëvalueerd via verslagen.<br /> In totaal 7 examenvragen, waarvan de eerste twee beide op 5 punten staan en de eerste mondeling besproken moet worden. De rest bestaat uit kleinere vragen van elk 2 punten. Je krijgt altijd (bij het mondeling gedeelte) een vraag waarbij je voor 3 aminozuren, de structuur, drieletter- en éénlettercode moet geven. 30% van de punten staat op de verslagen van de oefenzittingen.<br /> <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cis en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) substition matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* ...<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen:<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

XanderJanssens