Determination of Biomolecular Structures

Vakinformatie

Determination of Biomolecular Structures

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G83AE.htm

Examenvragen

Geen klassiek examen, maar individueel gesprek van 30 minuten met elke prof. Voor elk deel moet je op voorhand een recent research artikel gekozen hebben met uitgebreide beschrijving van material and methods, structuurbepaling, en structure refinement. Het individuele gesprek draait dan rond dit zelfgekozen artikel, dat je enerzijds moet kunnen uitleggen, en waar je anderzijds theoretische vragen en bijvragen over krijgt toegepast op het artikel.

Part of Ismail

1. First asked to give a basic overview of the article and what the reason for structure determination was
2. Experimental part of the paper
   1. Went over the whole process of structure determination from start to finish (purification, crystallization, data collection). Did not go in to much detail.
   2. Asked about amplitude and phase of structure factor (did not ask about the phase problem)
   3. What can we do with the structure factor when we have the phase and amplitude? What 2 maps can we make with this?
   4. How is refinement done? What parameter do we use for this? There are two types, which? What other things do we have to take into account? (geometry)
3. Other general questions
   1. About sample conditions
   2. About construct design
   3. About parameters in validation reports like completeness
   4. ...

Deel Lescrinier

1. Experimentele deel van een NMR artikel bespreken (Moet Solution State NMR zijn, en afbeeldingen van 2D-NMR bevatten)
   1. Geef general scheme van 2D NMR
   2. Chemical shift/J-coupling/NOE zoals in dit artikel, wat is dit? Wat in dit geval?
   3. Gebruikte apparatuur voor NMR metingen kunnen uitleggen de hoe en wat
   4. Experimentele condities verklaren (temperatuur? isotopic enrichment? D2O? ...)
   5. Stel je zou ... toepassen op dit experiment, wat is dan het effect op de data?
   6. ...