GIP

Vakinformatie

Verplicht vak bij biochemie en keuzevak bij chemie. Het examen telt voor 50% mee. Het practicum wordt door verschillende assistenten begeleid, maar Prof. Gielens is de coordinator. Hij neemt ook het modeling gedeelte van het examen af.

Examenvragen

23 mei 2018

1. Geef de belangrijkste kenmerken van het pGLO plasmide (adhv tekening) + hoe weten we dat de transformatie van competente E.coli cellen met dit plasmide gelukt is? + bespreek de rol van het ara operon bij de expressie van GFPuv + oefening: absorbantiedata gegeven, bepaal DNA/RNA verhouding en concentratie nucleïnezuren (ga uit dat er geen proteïnen in het mengsel aanwezig zijn)
2. Wat is de molariteit van borax en HCl bij een boraxbuffer met pH=pKa-1 en I=0.1M? + Gaat de pH van deze borax buffer wijzigen bij toevoegen van KSCN onder constante temperatuur?
3. Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme.
4. Tekening van plasmidegel gegeven, zonder benamingen bij, vul aan op de stippellijntjes (welke laan is getransformeerd, welk bandje is wat, welk is de positieve en de negatieve pool,...)
5. Enzymkinetiek: grafiek gegeven + hele hoop data, bepaal specifieke enzyme activiteit en Kcat (dus zoals bij trypsine, maar dan zonder tussenstappen)
6. Meerkeuze met giscorrectie
   • waarvoor dient BSA bij bepaalde proef
   • welk alcohol wordt gebruikt bij de precipitatie van DNA
   • welk enzyme wordt gebruikt bij een standaard PCR reactie
   • welk 4bp stukje gaat het meest waarschijnlijke een herkenningsplek zijn voor restrictie-enzymes
   • wat is géén goede eigenschap voor een primer
   • geef het meest negatieve tetrapeptide (adhv drielettercode aminozuren)
   • wat gaat er wijzigen bij een Lineweaver Burke grafiek indien een competitieve inhibitor toegevoegd wordt?
   • welke uitspraak klopt niet voor een michaelis menten grafiek?
   • welk component van de STET buffer zorgt voor dodelijke wateropname bij bacteriën?
   • proteïne is stabiel bij pH 5.5, welk bufferkoppel kies je?

24 mei 2017

1. Bespreek het pUC19 plasmide (blue-white screening) + oefening met DNA/RNA verhouding
2. Tris-HCl buffer berekenen, invloed temperatuur en verdunning
3. Opzuivering GFPuv vertrekkende van bacterieel cellysaat
4. Oefening enzymekinetiek: berekenen van specifieke enzyme activiteit en molaire activiteit
5. Er is een SDS PAGE van eiwit x met enkel SDS uitgevoerd. Hierbij zagen we 3 bandjes (160kDa, 100 kDa en 40 kDa). Daarna is er met hetzelfde eiwit x SDS PAGE uitgevoerd met SDS en DTT. Hierbij zagen we ook 3 bandjes (100 kDa, 80 kDa, 40 kDa). Verklaar wat er gebeurt is en uit hoeveel subeenheden eiwit x bestaat
6. 3 methoden om proteïnen te laten neerslaan + de zachtste methode van de 3 aanduiden
7. Multiple choice
   • hoe DNA neerslaan
   • waarvoor dient BSA
   • proteine in pH 5.5, welke buffer kies je
   • iets over Michaelis-Menten
   • iets over Lineweaver-burk
   • STET (water onttrekking)
   • Primers (welke is geen goede eigenschap)
   • Restrictie-enzymen (welk fragment wordt het best herkend)
   • welk proteine is het meest negatief bij ph=7

18 mei 2016

1. Bespreek het pGLO plasmide (tekening gegeven), identificatie van transformanten
2. Opzuiveren van GFP vertrekkende van bacterieel cellysaat
3. Maak een buffer met borax, HCl en NaOH met I=0,1M en pH = Pka'-1. Invloed KSCN
4. Absorbantie bij 260 en 280 van nucleotidenmengsel gegeven, DNA/RNA-verhouding berekenen, concentraties berekenen
5. oef met zeer veel gegevens om de specifieke activiteit en de moleculaire activiteit te berekenen.
6. Er is een SDS PAGE van eiwit x met enkel SDS uitgevoerd. Hierbij zagen we 3 bandjes (160kDa, 100 kDa en 40 kDa). Daarna is er met hetzelfde eiwit x SDS PAGE uitgevoerd met SDS en DTT. Hierbij zagen we ook 3 bandjes (100 kDa, 80 kDa, 40 kDa). Verklaar wat er gebeurt is en uit hoeveel subeenheden eiwit x bestaat.
7. 3 proeven waarbij SDS gebruikt is
8. Multiple choice, thema's:
   • STET (welk component zorgt voor water onttrekking)
   • Restrictie-enzymen ( welk fragment wordt het makkelijkst herkend)
   • Primers ( eigenschappen goede primers)
   • Welk proteïne is het meest negatief bij pH 7
   • LB grafiek en MM
   • Welk alcohol werkt gebruikt voor DNA precipatie?
   • ...

21 mei 2015

1. Geef de functie van SDS in drie verschillende proeven waarin het gebruikt werd
2. bespreek het pGLO-plasmide (tekening gegeven), identificatie van transformanten
3. Opzuivering van GFP: welke stappen zijn er gebeurd en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme.
4. Molaire en specifieke activiteit van een proteine berekenen obv absorbantiedata, analoog aan de oefening met trypsine maar je krijgt dus geen tussenstapjes
5. Absorbantie bij 260 en 280 van nucleotidenmengsel gegeven, DNA/RNA-verhouding berekenen, concentraties berekenen
6. Borax-HCl-buffer berekenen, invloed van KSCN
7. Bandjes op een plasmidegel benoemen
8. Een aantal multiple choice vraagjes met giscorrectie: thema's:
   • aminozuren (lading obv drielettercode)
   • MM-kinetica
   • STET-buffer
   • ...

18 mei 2009

1. SDS-PAGE
   • Bespreek de staalbuffer
   • Waarvoor dient het stacking gel
   • Vergelijk deze methode met die van gelchromatografie. Voor- en nadelen (beperkingen)
2. Geef de procedure voor het afzonderen van een plasmide (Rapid boiling method)
3. Berekening Tris/HCl buffer + invloed van verdunning bespreken.
4. Thioldosage: bereken aan de hand van een hoop gegevens het aantal thiolgroepen
5. Gegeven het tripeptide ADY en een stukje esDNA: geef het verband
6. PCR: efficiëntie berekenen.
7. Bereken uit de verhouding van de absorbantie bij 260 en 280 nm de zuiverheid van een nucleïnezuuroplossing + concentratie berekenen
8. Mondeling:
   • Zonale centrifugatie + waarom is er een densiteitsgradiënt nodig
   • Benedictreagens + zetmeel reducerend?
   • Ampicilline + Tetracycline
   • BAPA + hoe activiteit bepalen

17 mei 2010

1. SDS-PAGE
   • Bespreek de staalbuffer
   • Waarvoor dient het stacking gel
   • Vergelijk deze methode met die van gelchromatografie. Voor- en nadelen (beperkingen)
2. Geef de procedure voor het afzonderen van een plasmide (Rapid boiling method)
3. Berekening Tris/HCl buffer + invloed van verdunning bespreken.
4. Thioldosage: bereken aan de hand van een hoop gegevens het aantal thiolgroepen
5. Gegeven het tripeptide ADY en een stukje esDNA: geef het verband
6. PCR: efficiëntie berekenen.
7. Bereken uit de verhouding van de absorbantie bij 260 en 280 nm de zuiverheid van een nucleïnezuuroplossing + concentratie berekenen
8. Bereken welke massa van het gelyofiliseerd betalactoglobuline je moet afwegen om een bepaalde concentratie te bekomen
9. Mondeling:
   • Zonale centrifugatie + waarom is er een densiteitsgradiënt nodig
   • Benedictreagens + zetmeel reducerend?
   • Ampicilline + Tetracycline
   • BAPA + hoe activiteit bepalen

20 mei 2010

1. Bespreek N-terminale AZ sequencing volgens DABITC/PITC-Methode
   • leg daarbij uit: Voordeel DABITC, Waarom koppeling bij pH 9, waarom dubbele koppeling, waarom doorbraak in watervrij midden en teken DABTH-threonine (zowel gehydrateerde als gedehydrateerde vorm)
2. Bespreek het Sanger procede (alle stappen) en vergelijk met Maxam-Gilbert procede voor de DNA sequencing van wt/ob muizen
3. Berekening Borax/NaOH buffer. Bereken de molariteit aan Borax en NaOH als PH=pKa'+1 en I = 0.1M
4. Bepaling activiteit Trypsine. Gegevens: 2.85 mL buffer, 25µL BAPA (100 µmol/mL), 50 µL Trypsine (o.335 g/L). A(405nm) stijgt 0.300 over 5 min. Extinctiecoëfficient bij 450 nm = 9620/M.cm. Mr = 23400
   • Bereken de Specifieke en de Moleculaire enzymactiviteit
   • Welke orde heeft de hydrolysereactie tov de BAPA concentratie? Waarom?
   • Schrijf de hydrolysereactie van BAPA
5. PCR: Uit 0.5 mg plasmide (5162bp) haalt men na 25 cycli 30.5 µg DNA (800bp). Bereken de efficiëntie.
6. Bereken het partieel specifiek volume van een eiwit met volgende gegevens:
   • d(20°C)= 1.00239 1.00456 1.00677 1.00899
   • Bij (respectievelijke) concentraties (mg/mL): 0 10 20 30
7. Eiwitbereiding
   • Hoe kan men beta-lactoglobuline afzonderen uit koemelk? Bespreek.
   • Hoeveel moet je afwegen van een gelyofiliseerd beta-lactoglobulinepreparaat met 18% water om 5 mL oplossing te bereiden met een uiteindelijke concentratie van 0.25mM aan beta-lactoglobuline?
8. Nucleïnezuur oplossing: A(260nm) = 0.512 en A(280nm) = 0.277
   • Bepaal de zuiverheid van het DNA. (verhouding DNA/RNA), veronderstel dat het staal proteïnevrij is.
   • Schat uit de absorbantiewaarde bij 260 nm de totale concentratie aan nucleïnezuren in µg/mL (let op: geen extinctie of absorbantiecoëfficiënt gegeven)
9. Mondeling gedeelte:
   • Stel je hebt weinig eiwit en je wil eiwitconcentratie bepalen. Welke methode gebruik je ? (Biureet/Bradford/UV-spect.) + Bespreek (reagens, ...)
   • Benedictreagens + zetmeel reducerend?
   • Ampicilline + Tetracycline
   • Kd en Kav: bespreek
   • HPLC: Waarom en hoe ontgassen ?</text>