Physical Chemistry of Biological Systems

Vakinformatie

Sinds academiejaar 2014-2015 enkel nog door Hideaki Mizuno gedoceerd. Examen bestaat uit 2 vragen, schriftelijk voor te bereiden en mondeling te verdedigen. In academiejaar 2011-2012 tot 2013-2014 werd het vak gedoceerd door Prof. Yves Engelborghs en Prof. Hideaki Mizuno. Daarvoor enkel Prof. Yves Engelborghs. Staat in de basisopleiding.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G71AE.htm

Examenvragen

14 januari 2019

1) Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Schatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Schatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven). (Mondeling) 2) Hoe binden proteïnen aan de buitenkant van DNA streng? Is de major of de minor groove hiervoor belangrijker? (schriftelijk)

15 januari 2018

1) Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change. 2) Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.

11 januari 2016

1) Bespreek de binding equation, binding partition function en degree of association. Bespreek hierbij de Hill plot en de Scatchard plot. Leg dit ook uit voor multiple binding sites. Hoe is het voor 'echte' situaties? Gebruik O2 en hemoglobine.

2) De kinetica van self assembling van actine uitleggen. Hierbij gebruik maken van Mass Concentration, Number Concentration en Critical Concentration. Wat is treadmilling? Geef grafieken weer.

12 januari 2015

1. Discuss Treadmilling in the formation of Actin Filaments. In your defense, include and explain the terms 'Mass Concentration', 'Number Concentration' and 'Critical Concentration'
2. Discuss Fluorescent Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?

17 januari 2013

Mizuno(mondeling)

1. Bespreek de analyse self-assembling van myosine aan de hand van druk. Gebruik in je bespreking massaconcentratie, nummerconcentratie en kritische concentratie. Waarom kan 'pressure jump' gebruikt worden voor de analyse van de self-assembly?
2. Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient)bij random walk. Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?

Engelborghs (schriftelijk)

1. Bespreek de binding van een restrictie-enzyme aan DNA. Hoe beïnvloeden de zoutconcentratie en de lengte van het DNA de kinetica? Geef de gepaste vergelijkingen en grafieken en bespreek.
2. Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie de denaturatie van DNA door ureum beschrijven?

14 januari 2013

Mizuno(mondeling)

1. Bespreek de kinetica van actine polymerisatie. Gebruik de gepaste figuren en formules. Gebruik zeker massaconcentratie, nummerconcentratie en critica concentration
2. Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient). Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?

Engelborghs (schriftelijk)

1. Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie, ion condensation op DNA kwantitatief bespreken?
2. Geef en bespreek 2 manieren om de dissociation rate(stond in vet) constant te bepalen voor een ligand L in een EL complex.

18 januari 2011

Enkel 1 en 2 mondeling.

1. Bespreek hoe je de diffusieconstantie bepaalt met FCS.
2. Hoe hangt de bindingssnelheid van een restrictie-enzyme af van de zoutconcentratie en lengte van DNA.
3. Microtubuli-oscillaties bij hoge concentratie microtubuli.
4. Linked function concept toepassen op denaturatie van proteïne door ureum.

29 januari 2010

Enkel 1 en 2 mondeling.

1. Sigmoidale bindingscurve: haal maximum informatie uit grafiek.
2. Counter ion condensation: ontwerp een experiment om exact de hoeveelheid counter-ionen te bepalen.
3. Microtubulus-oscillaties
4. Artikel over Random walk op DNA (rad51). (artikel voor te bereiden voor het examen, ter vervanging van de presentaties).

12 januari 2009

1. Microtubulus-oscillaties en effect van tubuline-GMPPNP
2. welke info haal je uit kinetische studies?
3. counter ion condensation
4. linked function concept in proteïne stabiliteit

26 augustus 2008

1. In een oplossing met microtubuli wordt het GTP vervangen door een niet hydrolyseerbaar analoog GMPNPP (of zoiets). Wat gebeurt er?
2. Hoe wordt de lengte van de myosine polymeren gereguleerd in vitro (in oplossing dus).
3. Hoe kan er experimenteel aangetoond worden dat DNA omgeven worden door tegenionen.
4. Een farmaco product bindt met proteïne, tijdens de bindingskineticastudies wordt er een lineare grafiek verkregen, maar het afgesneden stuk op de Y as is echter te klein om concludeerbare resultaten uit af te leiden. Welke informatie ontbreekt? Hoe zou je die wel kunnen bepalen?

14 januari 2008

1. Proteïnen kunnen ontvouwen worden door het toedienen van ureum. Stel een model op via het 'linked function' concept om de invloed van ureum kwantitatief te beschrijven. (Of zoiets, ...).
2. Wat beïnvloed de snelheidsconstante voor de specifieke binding van een restrictieenzyme aan DNA?
3. Je hebt een ligand dat een signaal uitzend bij binding. Wanneer je de grafiek van de geobserveerde snelheidsconstante extrapoleert (naar L=0) bekom je een waarde die kleiner is dan de experimentele fout op de meettechniek. Hoe kun je de dissociatie-snelheidsconstante van L bepalen?
4. Stel de partitiefunctie op voor één stuk DNA met een gap van 9 en een gap van 11 roosterpunten met een ligand dat bindt op 5 roosterpunten.