Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

Vakinformatie

Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast. Gedoceerd door Prof Thevelein. Het examen bestaat uit enorm veel vragen en allemaal zijn ze mondeling (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig). Examen is in het Nederlands.

Examenvragen

18 januari 2017, VM

Hoofdvragen:

1. Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
2. Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
3. Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
4. Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen

1. Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
2. Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
3. Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
4. Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP. A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders? B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders? C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder? D) in geval van 2 verwante ouders. E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt? F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

16 januari 2017, namiddag

Hoofdvragen:

1. In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
2. Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
3. Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
4. Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen

1. Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
2. Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
3. Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
4. Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

16 januari 2017, VM

Hoofdvragen:

1. Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
2. Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
3. Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
4. Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:

1. Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
2. Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
3. Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
4. Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
   1. wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
   2. in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
   3. dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
   4. in geval van 2 verwante ouders
   5. in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
   6. in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?

Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

12 januari 2016

Hoofdvragen:

1. Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
2. Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
3. Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
4. Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen

1. Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
2. Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
3. Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
4. Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

11 januari 2016

Hoofdvragen:

1. Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
2. Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
3. Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
4. Practicum uitleggen

Kleine vragen:

1. Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
2. Benaderingen voor het maken van een industriële giststam + voor- en nadelen ervan.
3. Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
4. Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

28 jan 2015 nm

Hoofdvragen:

1. Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
2. Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
3. Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
4. Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen:

1. Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
2. Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriële giststammen?
3. Met welke methodologieën hebben we een industriële giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
4. Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
   1. wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
   2. in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
   3. dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
   4. in geval van 2 verwante ouders
   5. in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
   6. in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?

Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

jan 2015

Hoofdvragen:

1. genetische modificatie van gist
2. cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
3. Pooled Segregant Whole Genome Analysis
4. Practicum uitleggen

Bijvragen:

1. scam analysis
2. hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
3. een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
4. begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

12 jan 2015 vm

Hoofdvragen:

1. Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
2. Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
3. Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
4. Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:

1. Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
2. Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
3. Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
4. met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

13 jan 2014 nm

Hoofdvragen:

1. Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
2. Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
3. Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
4. Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:

1. Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
2. Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
3. Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
4. Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

30 jan 2013 nm

Hoofdvragen:

1. Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
2. Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
3. Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
4. Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:

1. Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
2. Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
3. Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
4. ...

14 jan 2013 nm

Hoofdvragen:

1. Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
2. Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
3. Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:

1. Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
2. cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
3. ...
4. Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

17 jan 2012 vm

Hoofdvragen:

1. Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
2. Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
3. Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:

1. Methoden om industriële giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
2. Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
3. Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
4. Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

16 jan 2012 vm

Hoofdvragen:

1. Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
2. Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
3. Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:

1. Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
2. Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
3. Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
4. Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

11 jan 2010

Hoofdvragen:

1. Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
2. Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
3. Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:

1. Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
2. Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
3. Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
4. Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

11 jan 2010

Hoofdvragen:

1. genetische manipulatie van gist
2. structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
3. wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:

1. de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
2. de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
3. Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
4. Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

19 jan 2009

Hoofdvragen:

1. Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
2. Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
3. Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:

1. Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
2. Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
3. De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
4. Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

12 jan 2009 nm

Hoofdvragen:

1. Bespreek de redenen waarom gist is geëvolueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
2. Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
3. Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:

1. Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
2. Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
3. Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
4. In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

12 jan 2009 vm

Hoofdvragen:

1. levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
2. structuur en functie cAMP-PKA weg
3. fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

1. AMTEM en de uitdagingen van de technologie
2. Aquaporines en rol in vriestolerantie
3. Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
4. Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen</text>