Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

Vakinformatie

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

Examenvragen

23/01/2018 VM

Robben:

1. Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en verschuivingen(?) onderzoeken in kanker.
   • Wat is je sequencing strategy?
   • Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
   • Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
2. Woordjes:
   • Endogenous Retrovirus
   • Affrimex Genechip
   • nCounter technology

Landuyt:

1. Je hebt twee peak lijsten gegeven. Eentje van een onderzoekslabo dat kanker bestudeerd en eentje dat neurodegeneratieve ziekten onderzoekt.

(De eerste lijst kon je zelf uitrekenen en dan BLAST voor proteïnen, de andere moest je in Mascot plaatsen.)

1. • welke lijst is gel-based en welke gelfree?
   • Geef een samenvatting van de twee proteïnen.
   • Welke lijst behoort tot welk labo?

1. Mojitos worden gebruikt als middel voor een betere vertering.
   • Als je weet dat munt hiervoor verantwoordelijk is, hoe zou je de medicinale metabolieten dan opzuiveren als je weet dat rum en limoen hiervoor zorgen (rum bevat ethanol dus op polariteit zuiveren en limoen heeft lage PH dus met lage PH zuiveren)
   • als je MS een nauwkeurigheid van 2 ppm heeft wat is dan de isotopisch gewicht van het meest dominante metaboliet van de munt
   • BONUS als munt een illegale component was, welke metaboliett zou je dan zoeken in het bloed?

16/01/2018 (NM)

Robben

1. Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
2. woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,

1. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
2. van welk proteine is dit peptiede
3. als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
4. wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
   • wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
   • waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
   • over welke drug gaat het hier in dit geval
   • Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

16/01/2018 (VM)

Robben

1. RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
2. woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method

Landuyt

1. MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
2. massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
3. Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

10/06/2014

prof. Robben (gesloten boek)

1. Wat doet RNA-seq?
2. Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
3. Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)

prof. Landuyt (open boek/open pc)

1. Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
2. Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
3. Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
4. Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
5. Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

Johan Robben

1. In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
2. Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
3. Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
4. Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
5. Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
6. Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
7. Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
8. Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
9. De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
10. Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
11. Leg volgende begrippen kort uit:
    • whole shotgun sequencing
    • paired end ditags
    • gene ontology
    • scale free network

Bart Landuyt

1. Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
2. Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
3. Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

Baggerman

1. Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
2. Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
3. Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
4. Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
5. Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

Filip Roland

1. chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
2. Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
3. Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden