Bioinformatica en Modelering

Vakinformatie

Derde bachelor biochemie. Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules.

Examenvragen

11 juni 2019 NM

1. PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken & hoe te construeren (12pt)
   • Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
2. Trekvraag: Anfinsen dogma & Levinthal paradox (5pt)
3. Schrifteijke vraag (6pt)
   • A: Alle kolommen van PDB-file toelichten
   • B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 & chi2)
   • C: waarvoor gebruiken we phi & psi?
4. Juist/fout (9pt)
   • UPGMA & NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.
   • Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
   • Vergeten
5. Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)

11 juni 2019 VM

1. Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)
   • Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
2. Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)
3. Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.
4. Juist/fout (8pt)
   • TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.
   • Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
   • Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.
   • Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.
5. Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)

26 juni 2018 NM

1. Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
   • Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
2. Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)
3. PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
4. Juist/fout (9pt)
   • Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
   • Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
   • Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
5. Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)

19 juni 2018 VM

1. Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
   • Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
2. Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)
3. PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
4. Juist/fout (9pt)
   • Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
   • Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
   • Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
5. Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)
6. Oefeningen USB stick 12
   • Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor
   • Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen
   • Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH>2).
   • Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd.
   • Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?

18 juni 2018 NM

1. Leg PAM uit
   • Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes
2. (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]
3. Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.
4. Juist of fout
   • Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
   • Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit
   • Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W
5. Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).
   • Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.
   • Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?

18 juni 2018 VM

1. Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):
   • Leg het algoritme uit.
   • Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?
   • Bijvragen: "waarom doe je dit" bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: "waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?"
2. (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)
3. Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)
   • Tekening van dot-plot
   • Tekening van contact map
4. Juist of fout (9 pt)
   • Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix
   • De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ
   • De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor
5. Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)
6. Oefeningen (USB-stick 4):
   • Which chromosome of the domestic chicken is the smallest
   • What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?
   • Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH > 2), caspase1
   • What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)
   • A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.

11 Juni 2018

1. Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:
   • Waarom introduceren we m+1 en n+1?
   • Wat is de score van het geheel?
   • Waarom is dit een dynamisch process?
   • Is de score bij meerdere paden dezelfde?
2. (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule.
3. Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.
4. Waar of onwaar?
   • Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken.
   • In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.
   • (vergeten)
5. Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.

28 Juni 2017 (VM)

1. (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
2. (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
   • tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
   • Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
   • Contactmap
3. Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
4. Juist of fout (9 ptn)
   • Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
   • PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
   • Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
5. Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

19 juni 2017 (NM)

1. (mondeling) Bespreek homology modelling
2. (mondeling) Trekvraag:
   • Contact map
3. Ramachandran en rotameerplot.
   1. Teken het tripeptide SYT
   2. Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
   3. Waarvoor worden deze plots gebruikt?
4. Juist of fout:
   • BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
   • TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
   • N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
5. Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

19 juni 2017 (VM)

1. (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
2. (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
   • hamiltoiaan
   • moleculaire klok hypothese
   • Protein Surface Representation
3. C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
   1. Verklaar biochemisch
   2. Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
   3. Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
4. Juist en Fout
   • hoogste bitscore gelijk aan 4
   • met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
   • PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
5. Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

12 juni 2017 (NM)

1. (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
2. (mondeling) Trekkaart
   • Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
   • Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
3. Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
4. Juist of fout:
   • H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
   • Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
   • Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
5. Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

12 juni 2017 (VM)

1. (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
2. (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
   • Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
   • Kaartje 2: een rotameerplot
3. (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
   1. Bespreek alle kolommen
   2. Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
   3. Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
4. (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
   • Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
   • In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
   • Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
5. (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

6 juni 2016 (VM)

1. (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
2. je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
3. Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
4. Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
5. Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
6. Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
7. Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

24 juni 2015

1. Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
2. Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
3. Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
4. Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
5. Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
6. Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
7. Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

6 juni 2014 (nm)

1. (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
2. (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
3. Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
4. Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
5. Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.
6. Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?
7. Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
8. Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

6 juni 2014 (vm)

1. (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
2. Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
3. Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
4. Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
5. Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
6. Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
7. Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

17 juni 2013

1. (mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
2. Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
3. Rotameerconcept + toepassingen
4. Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

12 juni 2013

1. (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
2. (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
3. welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
4. bespreek de elektrostatische term
5. je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

10 juni 2013 (nm)

1. (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
2. Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
3. Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
4. Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

10 juni 2013 (vm)

1. (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
2. Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
3. bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
4. Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

11 juni 2012 (nm)

1. (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
2. Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
3. Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

20 juni 2011 (nm)

1. Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?
2. Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
3. Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
4. Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

10 juni 2011 (vm)

1. Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
2. Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
3. Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
4. Kaartje: arginine, histidine en aspargine

7 juni 2010 (nm)

1. bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
2. bespreek alles van alpha-helix
3. bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
4. kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )

7 juni 2010 (vm)

1. hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?
2. bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
3. energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.

-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline

15 juni 2009

1. hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
2. bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
3. bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?

-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?

15 juni 2009

1. Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
2. Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
3. Kaartje 3 AZ

Schriftelijk:

1. Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
2. Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.

8 juni 2009

1. bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
2. bespreek alles van alpha-helix
3. bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
4. kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )

18 jan 2008

1. Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
2. Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
3. Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.

18 jan 2008

1. Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
2. Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
3. Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?

1 feb 2007

1. Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
2. Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.
3. Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.

1 feb 2007

1. Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
2. Bespreek beta sheet and beta strands
3. van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?

22 jan 2007

1. Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
2. tabellen van pdb bespreken
3. van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?

22 jan 2007

1. Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
2. Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
3. Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?

19 jan 2007

1. Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
2. Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
3. Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>