Microbiologie

Vakinformatie

Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Mondeling examen. Practicum wordt geëvalueerd via een examen practicumsessie.

Examenvragen

21 augustus 2017 NM

1. bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
2. detoxificatie van zuurstof
3. 8 stelling juist/fout + verklaar
   • gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
   • antibiotica-resistentie is species-specifiek
   • decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
   • hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
   • stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
   • persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
   • geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
   • energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

23 januari 2017 NM

1. bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
2. virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
3. je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
4. vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
5. leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
   • mesofiel-pathogeen
   • antiseptica-desinfectans
   • fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
   • chemoorganotroof-chemolithotroof
   • generatietijd-delingscoefficient
   • sporecortex-bacteriele celwand
   • guilde-gemeenschap
   • commensalisme-amensalisme

23 januari 2017 VM

1. bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
2. afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
3. 8 juist of fout vragen

26 januari 2016

1. Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
2. Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
3. Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
   • halofielen - osmiofielen
   • autotroof - heterotroof
   • bacteriële celwand - sporeprotoplast
   • chemoorganotroof - ...
   • chemoorganofiel - ...
   • chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
   • ...

22 januari 2015

1. Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
2. Detoxificatiemechanismen
3. Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
   • B-lactam werkt alleen op gram +
   • Resistentie is species-specifiek
   • Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
   • Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
   • Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
   • Stikstoffixatie is vooral anoxisch
   • Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
   • en nog een die ik me niet meer herinner.

27 januari 2015

1. verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
2. welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
3. juist/fout vragen

19 januari 2015 (NM)

1. Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
2. Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
3. 8 juist-fout vraagjes
   • Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
   • Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
   • Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
   • Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
   • Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
   • ...

19 januari 2015 (VM)

1. koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
2. Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
3. woordjes uitleggen:
   • exosporium
   • evolutionaire chronometers
   • omgekeerde citroencyclus
   • ...

23 januari 2014

1. Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
2. Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
3. O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

21 januari 214

1. de koolstofcyclus en metabole processen
2. detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
3. combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

20 jan 2014 (namiddag)

1. koolstofcyclus
2. mechanismen van detoxificatie
3. patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

20 januari 2014 voormiddag

1. antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
2. fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
3. virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
4. woordjes
   • hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
   • hydrosoom
   • viroiden
   • endotoxine

31 jan 2012 (voormiddag)

1. Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
2. Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij één passen, hun actiemechanismen uit.
3. Verklaar:
   • Fenol-coëfficiënt methode
   • Virion
   • Rolling-circle replicatie
   • O-anitgen
   • Fermentatiebalans
   • Anamoxosoom
   • Decimale Reductietijd
   • Hopanoïde

26 jan 2011 (voormiddag)

1. Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriën: Een schets geven en vergelijken.
2. Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
3. Een patiënt met een bacteriële infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

25 jan 2011 (voormiddag)

1. Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
2. Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
3. Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

17 jan 2011 (namiddag)

1. Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
2. nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
3. vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriën met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

21 jan 2010

1. Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriën en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriën. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiële context.
2. Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoëfficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
3. Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

11 jan 2010

1. zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
2. bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
3. geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)

27 jan 2009

1. Verklaar:
   • Baltimore classificatie
   • tegument
   • psychrotolerante mesofiel
   • peritrieche flagelaat
2. Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
3. antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van

23 jan 2009

1. C02 fixatie
2. hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
3. Termpjes:
   • aw
   • serine pathway

23 jan 2009

1. Een gistcultuur is geïnfecteerd met cyanobacteriën. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
2. Juist of fout vragen:
   • S-lagen
   • iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
   • phycobilines
   • de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
   • cephalosporine
3. Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.

16 jan 2009

1. 5 woorden verklaren:
   • cephalosporine
   • phycobilisoom
   • hepadnavirussen
   • serine pathway
   • wateractiviteit aw
2. Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
3. Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus

15 jun 2008

1. bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
2. glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
3. wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit

13 jun 2008

1. Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
2. Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
3. wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
4. Termen:
   • amensalisme
   • protocoöperatie
   • S.cerevisiae geïnfecteerd met groen zwavel bacteriën... hoe los je dit op
   • Verschil groenzwavel- en purperbacteriën op vlak van productie reducerend vermogen
   • Antibioticaresistentiemechanismen
   • fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
   • mutualisme
   • syntrofie
   • verschil antiseptica en desinfectantia

13 jun 2008

1. acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
2. voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
3. begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....

10 jun 2008

1. penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
2. wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
3. manieren van C02 fixatie

27 aug 2007

1. Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
2. Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieën
3. Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
4. Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriën. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?

18 jun 2007

1. De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
2. Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
3. Termen:
   • chemostaat
   • glycocalyx
   • micronutrienten
   • macronutrienten
   • hydrogenosoom
   • monomorfisch
   • pleiomorfisch

15 jun 2007

1. Leg de structuur en de werking van de bacteriële flagel uit en bespreek chemotaxis.
2. Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
3. Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

11 jun Z007

1. bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
2. ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
3. stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

11 jun 2007

1. Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
2. Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
3. Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.