Spectroscopie van biomoleculen

Vakinformatie

Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Voght. Het deel van Voght is mondeling, Hofkens is schriftelijk. Je moet op beide delen minstens 3,5/10 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen.

Examenvragen

27 juni 2017

Vogt

1) H en C spectrum

2) NOE

3) fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen

Hofkens

1) grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?

2) anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie

3) woordjes: foto-elektrisch effect, extinctie coefficient, TRES en cotton effect

19 juni 2017

Vogt:

1) zeeman effect

2) H/C spectrum

3) in vitro nmr

Hofkens

1) da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.

2) oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)

3) woordjes: Ro, en nog 3 die ik ben vergeten

13 juni 2017

Vogt

1)H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2

2)a) 2 soorten relaxatie, leg uit b) hoe beinvloeden deze het C-NMR c)weet ik ook niet meer

3)1D en 2D NMR spectra: verschillen, voor - en nadelen geven. Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? hoe ziet men dit? kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)

Hofkens

1) membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).

2) Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4

3) 4 termen: anti stokes ramanscattering, emissiespectra, statische quencher, laatste weet ik niet meer

7 juni 2016

Vogt

1) H- en C-spectrum, structuur afleiden.

2) Je krijgt spintoestanden, geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? Welke factoren beïnvloeden deze indeling? Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?

3) Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. Waarom wordt dit niet veel gebruikt? P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.

Hofkens

1) Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. A) Verklaar de resultaten. B) Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. C) Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?

2) Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.

3) Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) A) foto-effect B) Balmer-reeks C) ... D) transitiedipoolmoment.

Dinsdag 23 juni 2015

Vogt

1) H- en C-spectrum

2) Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.

3) Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om: - kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen. - kwalitatief proteine structuur te bepalen.

Hofkens

1) Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?

2) Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.

3) Begrippen: Cotton-effect/ Inner filter effect/ R0 / Excimeer

Maandag 15 juni 2015

Vogt

1) H-spectrum+ IR-spectrum

2)uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.

3) Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)

Hofkens

1) twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)

2) hoe kan men de transitieconstante berekenen?

3) woordjes: limiterende anisotropie, cotton effect, inner filter effect, statische quenching