Analytische Biochemie

Examenvragen

mondeling

1. Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

schriftelijk

1. capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese
2. begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller

oefeningen

1. 8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken
2. hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is
3. oef met wet van lambert-beer

27 januari 2017 VM

mondeling

1. ELISE je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)
2. leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening

schriftelijk

1. eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag
   • leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren
   • wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit
2. begrippen
   • vlam ionisatie detectie
   • isocratische elutie
   • brekingsindex detector

oefeningen

1. biureet tabel aanvullen
2. absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm
3. standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit
   • Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3
   • Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00
   • hoe maak ik een 1l buffer?

26 januari 2017

mondeling

1. nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
2. voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.

schriftelijk

1. absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
2. 3 begrippen
   1. activiteitscoëfficiënt
   2. quadrupole mass analyzer
   3. ...

oefening

1. massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

25/01/2017 nm

Mondeling:

- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)

Schriftelijk:

- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is - begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte

Oefening:

- radioactieve oplossing maken - radioactief verval berekenen - borax buffer maken

22 augustus NM

Mondeling

1. je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
   1. leg uit hoe western blotting werkt
   2. hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
   3. hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
   4. je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriën), hoe ga je hiervoor te werk?

Schriftelijk

1. grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
2. retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie

oefening

1. op strategie: 6 proteïnen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

16 augustus 2016 voormiddag

Mondeling

1. Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
2. Hoe ga je te werk om cocaïne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

Schriftelijk

1. Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
2. Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
3. Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
   1. Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
   2. Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

Oefening

1. over buffer maken

29 januari 2016 voormiddag

Mondeling

1. Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteïne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

Schriftelijk

1. ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
2. Begrippen:
   1. Theoretische plaat
   2. Referentie-elektrode
   3. Positron Emissie Tomografie

Oefening

1. 3 proteïnen zijn gegeven
2. uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
3. Chromatogram van kationenwisselaar geven
4. chromatogram van SEC geven,...

28 januari 2016 voormiddag

Mondeling

1. Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

Schriftelijk

1. hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
2. Begrippen
   1. relatieve centrifugaalkracht
   2. osmotische shock
   3. activatiecoëfficiënt

Oefening

1. concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
2. tabel over biureet assay aanvullen
3. curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
4. Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

22 januari 2016 voormiddag

Mondeling

1. Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

Schriftelijk

1. Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
2. Begrippen:
   1. Positieve en negatieve controle
   2. Holle kathode lamp
   3. surface plasmon resonance

Oefening

1. radioactieve oplossing maken
2. radioactief verval
3. na-acetaat-azijnzuur buffer maken

21 januari 2016 namiddag

Mondeling

1. Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.

Schriftelijk

1. een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

schriftelijk

1. definities
   1. extinctiecoëfficiënt
   2. osmotische shock
   3. retentietijd bij chromatografie

oefening

1. massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

20 januari 2016 voormiddag

Mondeling

1. Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

Schriftelijk

1. vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
2. Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
3. Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
4. Schets van opstelling die dit kan meten.
5. begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
   1. surface plasmon resonance
   2. target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

Oefening

2 proteïne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteïne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteïnen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!