Moleculaire Biologie

Vakinformatie

Vak gedoceerd door Prof. J.Robben sinds september 2009, vroeger gedoceerd door Prof. M. De Ley. Mondeling examen. Sinds 2013 3 grote vragen en de vierde vraag is kort enkele woordjes of een tekening bespreken.

Examenvragen

15 januari 2018 VM

1. Wat is alternatieve splicing? Hoe werkt het en wat is de functie ervan. Geef een concreet voorbeeld. (Mondeling)
2. Leg op moleculair niveau translatie-elongatie cyclus uit bij prokaryoten. (Schriftelijk)
3. Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?(Schriftelijk)
4. Begrippen: DNA-footprinting, figuur zink vinger, polysoom, Holliday junctie (Mondeling)

6 september 2017 NM

1. Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
2. Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie.
3. Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
4. Begrippen: figuur Zn-vinger, polysoom, Shine-Dalgarno box, klem lader (clamp loader)

28 augustus 2017 VM

1. Structuur, biosynthese en functie van cap bij mRNA van eukaroyten. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van prokaroyten?
2. Welke methode(n) worden gebruikt voor het bepalen van de relatieve hoeveelheid van specifiek mRNA? Leg de werkwijzen uit.
3. Wat is homologe recombinatie? Welke moleculaire processen vinden plaats en welke eiwitten zijn betrokken?
4. Begrippen: Leu-zipper, nucleosoom, startcodon met kozak sequentie, dubbelstrengbreuk

30 januari 2017 VM

1. Bespreek alternatieve splicing. Hoe werkt het en geef een concreet voorbeeld.
2. Tabel van codons. Leg uit: dit wijzigt nooit maar toch is er sprake van evolutie.
3. Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
4. Begrippen: DNA footprint, resolvase, Zink finger (op de tekening staan 3 zink fingers), polysoom

23 januari 2017 VM

1. Bespreek aan de hand van een figuur het trombonemodel van DNA-replicatie. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-replicatie komen in dit model naar voor.
2. Bespreek de structuur, functie en regulatie van de prokaryote sigma-factor(en).
3. Op welke experimentele manier kun je de transcriptiestart met een gegeven promotor bepalen.
4. Begrippen:
   • enhancer
   • cDNA kloning
   • figuur van heatshock gen
   • RecBCD-reactieweg

20 januari 2017

1. transcriptie terminatie bij pro en eukaryoten uitleggen
2. bespreek mRNA Cap-structuur bij eukaryoten (biosynthese, structuur, functie) en vergelijk met prokaryoten
3. welke moleculaire processen helpen bij de start van translatie bij eukaryoten. (start van matuur mRNA)
4. begrippen
   • enhancer
   • yeast two hybrid method
   • tRNA mimicry
   • herschikking van immunoglobinegenen

19 januari 2017 NM

1. Hoe wordt het ara operon gereguleerd?
2. Hoe beinvloeden histonen de genexpressie?
3. Wat heeft immunoglobuline met transpositie te maken?
4. begrippen
   • Sanger sequencing
   • zinkvinger (afbeelding)
   • polysoom
   • beta-klemlader

16 januari 2017 NM

1. Scanningscomplex van translatie initiatie bij eukaryoten
2. Methoden om binding van eiwitten aan DNA te bestuderen
3. recA welke functies en werking
4. begrippen
   • sanger sequencing
   • tekening zink vingers
   • U2 snRNP
   • stopcodonsuppressie

16 januari 2017 VM

1. telomeren
2. transcriptie bij eukaryoten
3. intron/extron splicing
4. begrippen
   • cDNA
   • enhancer
   • tekening RNA mimicry
   • recombinatie bij hemoglobine

16 aug 2016 NM

1. Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?
2. Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)
3. Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
4. Woordjes:
   • Sanger methode
   • Tekening Zinkvinger
   • histonacetyltransferase HAT
   • DNA-mismatch repair

27 januari 2016

1. Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie
2. Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten
3. Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.
4. Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA

25 januari 2016

1. trp en attenuatie
2. chromatinestructuur
3. translatie initiatie eukaryoten + regulatie
4. Woordjes:
   • foto footprinting
   • cap mRNA
   • base-excinsieherstel
   • retrotransposons

18 januari 2016 VM

1. Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.
2. Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.
3. Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.
4. Woordjes:
   • Sanger-sequencing
   • Foto van antiterminatie – terminatie
   • Nucleosoom
   • DNA-mismatch repair

15 januari 2016 NM

1. Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.
2. Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
3. Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;
4. Kleine vraagjes:
   • Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.
   • Leu-zipper
   • Peptidyltransferase
   • Retrotransposons

14 januari 2016 NM

1. Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.
2. Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen.
3. Bacteriële transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.
4. Woordjes:
   • Northern blotting
   • wobble base paring
   • u6
   • en zo die haarspeld van heatshok

13 januari 2016

1. Terminatie van transcriptie bij prokaryoten
2. Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II
3. Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen
4. Woordjes:
   • S1 mapping
   • RNA-DNA hybride met intron
   • eIF2 alfa
   • Holliday junctie

26 januari 2015

1. 5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna
2. catabolic activator protein structuur en functie
3. wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op
4. tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination

14 januari 2015

1. verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten
2. alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven
3. genconversie uitleggen aan de hand van een figuur
4. woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning

12 januari 2015 (NM)

1. Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen
2. Splicing
3. RecBCD
4. begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e

12 januari 2015 (VM)

1. transcriptie-initiatie
2. translate-elongatie
3. transposons bacterie
4. woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie

16 jan 2015

1. Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?
2. Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.
3. Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?
4. Kleine vragen:
   • Afbeelding van een Zn-Vinger
   • Wat is een replisoom?
   • Wat is stopcodon supressie.
   • Bespreek de beta klemlader.

3 september 2014

1. Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
2. Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).
   • Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?
3. Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
4. Termen:
   • Northern Blotting
   • topoisomerase
   • alternatieve splicing
   • RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

28 Augustus 2014

1. Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?
2. Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.
   • Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)
3. Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?
4. Termen:
   • DNA footprinting
   • telomerase
   • Rollende cirkel replicatie
   • RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

27 januari 2014 (voormiddag)

1. hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)
2. waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?
3. translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen
4. woordjes:
   • antiterminatie
   • ticketing hypothese ofzoiets
   • BER
   • van die eiwitten iets met die herschikkingen

17 jan 2014 (namiddag)

1. bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten
2. bespreek de translatie elongatie cyclus
3. bespreek RNA splicing
4. woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie

16 jan 2014 (namiddag)

1. Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteïne (CAP)
2. Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie
3. Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?
4. Leg uit:
   • nucleaire receptoren
   • polyadenylatiesignalen
   • stopcodonsuppressors
   • bacteriële transposons

15 jan 2014 (voormiddag)

1. Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.
2. Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.
3. De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren
4. Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
   • Epitoop tagging
   • Type II introns
   • Kozak sequentie
   • Holliday-verbinding

13 jan 2014 (namiddag)

1. Transcriptie initiatie bij prokaryoten
2. Splicing
3. Leg uit:
   • A-DNA
   • Southern blotting
   • HAT
   • eIF4E
4. Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)

13 jan 2014 (voormiddag)

1. bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen
2. mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot
3. wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe
4. leg uit:
   • rho
   • zinkvinger
   • peptidyltransferase
   • splicingsignalen

28 jan 2013(voormiddag)

1. Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.
2. Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.
3. Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
   • cDNA kloning
   • Figuur van polyadenyleringscomplex
   • Heat shock response
   • Rolling circle replicatie

16 jan 2012(voormiddag)

1. Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.
2. Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.
3. Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
   • Zinkvinger
   • Ribozyme
   • Tekening van tRNA-mimicry
   • Telomerase

24 jan 2011 (voormiddag)

idem 18 januari 2010

17 jan 2011 (namiddag)

1. Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beïnvloeden
2. Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit.
   • Leg uit
   • hoe doet men dit experimenteel
3. Verklaar binnen de aangegeven ruimte
   • lariat
   • eIF2 alfa
   • wobble
   • tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)

17 jan 2011 (voormiddag)

1. Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoënzym)
2. Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten
3. Verklaar:
   • Lysogenie
   • Histon H1
   • RT-PCR
   • Fig. 21.34 (onderste deel alleen)

29 jan 2010 (voormiddag)

1. Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.
2. Fig 21.18
3. Bespreek kort:
   • C-waardeparadox
   • Kozak-sequentie
   • Epitope tagging
   • EF-Tu

19 jan 2010

1. Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.
2. Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?
3. Bespreek kort:
   • Riboswitch
   • TATA
   • Zinkvinger
   • Figuur met vorming thèta-structuur

18 jan 2010

1. Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.
2. Bespreek fig. 14.27
3. bespreek kort:
   • Ribosoombindingsplaats
   • Moleculaire mimicrie
   • RACE
   • beta-clamp

11 jan 2010

1. Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)
2. Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.
3. bespreek kort:
   • lysogenie
   • H1 histonen
   • RT-PCR
   • Fig 21.34

19 jan 2009 (De Ley)

1. Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.
2. RNA-editing
3. fig 4.11

Kaartjes:

1. Zink-vinger
2. Nick-translatie

16 jan 2009 (De Ley)

1. Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.
2. Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.
3. fig. 14.1

Kaartjes:

1. Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.
2. Plaatsgerichte mutagenese.

15 jan 2009 (De Ley)

1. DNA:
   • Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).
   • Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.
2. Bespreek de eukaryotische polymerases.
3. Figuur van pBR322 bespreken.

Kaartjes:

1. Zink-vinger
2. fig 9.7

25 jan 2008 (De Ley)

1. Plaats gerichte mutagenese.
2. Trp operon.
3. Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.

21 jan 2008 (De Ley)

1. Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)
2. Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.
3. Foto van RNA editing.

Kaartjes:

1. Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.
2. Verschil tussen DNase en DMS footprinting.

21 jan 2008 (De Ley)

1. S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)
2. Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)
3. figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)

Kaartjes:

1. Merodiploid: constitutieve operator.
2. Proteïne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).

17 jan 2008 (De Ley)

1. Expressievectoren.
2. Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).
3. fig 9.14 (vierde editie)

Kaartjes:

1. Epitope tagging
2. fig 13.10

14 jan 2008 (De Ley)

1. Bespreek het trp operon.
2. Bespreek site-directed mutagenesis.
3. vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.

Kaartjes:

1. Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.
2. De C-waarde paradox.

26 jan 2007 (De Ley)

1. Prokaryoot RNApolymerase en sigma.
2. Figuur van RNAlooping.
3. S1mapping en primer extension.

25 jan 2007 (De Ley)

1. Transcriptieterminatie bij prokaryoten.
2. RNAediting.
3. Figuur van pBluescript.

25 jan 2007 (De Ley)

1. Reassociatie kinetica.
2. Alles over chromatine en H1.
3. Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).

Kaartjes:

1. Bespreek de sigmacyclus.
2. DNA transcriptie.

24 jan 2007 (De Ley)

1. Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.
2. Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.
3. Foto van R-looping experiment.

Kaartjes:

1. Plaque hybridisatie.
2. Dnase(1)-hypergevoeligheid.

16 jan 2007 (De Ley)

1. Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteïnen en hun zuivering).
2. Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).
3. Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.

Kaartjes:

1. Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.
2. Figuur 9.18a pag 259 bespreken.