Gentechnologie

Examenvragen

25 januari 2017 VM

1. Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
2. Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.
3. Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.
4. Kort omschrijven
   • DNA shuffeling
   • CAPture techniek werking
   • Principe van TOPO-gemedieerde klonering
5. oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)
6. Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...

januari 2016

1. Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
2. Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)
3. Strategie voor het opstellen van een cosmidebank
4. Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist
5. Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek

Volckaert:

1. Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)
2. De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben
3. Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt
4. structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze

20 januari 2015

1. Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.
2. Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.
3. Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.
4. Kleine vraagjes:
   1. Belang van humanisering bij Philia pastoris
   2. Definieer de CAPture techniek
   3. Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
5. Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een ‘Strep’-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)

Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5’ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.

21 januari 2014

1. Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte)
2. Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)
   1. Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)
3. Korte vraagjes: Lavigne
   1. Bespreek CAPture techniek
   2. Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering

22 januari 2013

1. Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (>30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon & Clarke.
2. Technieken: Okayama & Berg SAGE
3. Kleine vragen (Lavigne):
   1. Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in "directed evolution"?
   2. Bespreek en schets het PET-expressie systeem.
   3. Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
4. Situeer ???, ??? en ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was één van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.

6 augustus 2012

 #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...)

1. twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)
2. kleine vraagjes:
   1. Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker)
   2. Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?)
   3. Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beïnvloedt Tm niet + uitleggen waarom.
   4. synthesevraag: biotine-merking bij nucleïnezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)

23 Jan 2012 NM

1. Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli
2. Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist
3. Kleine vragen:
   1. Co-transformatie bij dieren
   2. Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture
   3. Hot-start PCR Chromosome jumping

31 Jan 2011 NM

1. Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren.
2. Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten.
3. Bijvragen:
   1. Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank
   2. Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen:
   3. Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren
   4. Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden?
4. Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE

17 Jan 2011 VM

1. Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...)
2. Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?
3. Bijvragen:
   1. Okayama & Berg
   2. cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties
4. Kleine vragen
   1. IPTG sacB
   2. Carbon & Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank)
   3. Guanidiniumzouten
5. Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE

17 Jan 2011 VM

1. Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren
2. Bijvragen:
   1. fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen
3. Kleine vragen
   1. 'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie
   2. URA3 Modeling: pyrosequencing
   3. Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL

23 aug 2010 VM

1. pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking
2. Kleine vragen:
   1. nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen
   2. PNA Modeling: methode van Okyama en Berg
   3. biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL

26 jan 2010 VM

1. Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn.
2. Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit.
3. Bijvragen:
   1. Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar?
   2. Leg de pSC101 ori uit.
4. Kleine vragen:
   1. Oclusion body's: wat, wanneer, nut?
   2. CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie?
   3. Universele splicing van ssDNA met fokI.
   4. Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode.
   5. EtBr en SYBR.
   6. Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese.
   7. Biotine merking.
   8. ZOO blot.

===25 jan 2010 NM=== 

1. Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.)
2. Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese.
3. Bijvragen:
   1. Welke vectoren voor klonering in gist?
   2. Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden.
4. Kleine vragen:
   1. Nested PCR uitleggen.
   2. T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen.
   3. Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen.
   4. Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen?
   5. Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank?
5. Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL
6. Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie

25 jan 2010 VM

1. Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.
2. Bijvragen:
   1. Fosforamidiet synthesecyclus
   2. Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie?
   3. Schets hun gebruik.
3. Kleine vragen:
   1. Lamba ZAP vector
   2. Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli.
   3. Aantal kloons in een genoombank.
   4. Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem
   5. Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein

14 jan 2010

1. Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik
2. Bijvragen:
   1. cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman.
   2. Detailleer elke reactiestap.
   3. Wat is chromosome walking en hoe werkt het.
3. Kleine vragen:
   1. Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden.
   2. Exonuclease III
   3. Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank.
   4. Inverse PCR Mondeling: pMal
   5. LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector
   6. Pyrosequencing

===30 jan 2009=== 

1. fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen
2. Bijvragen:
   1. okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III
3. Kleine vragen :
   1. IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur
4. Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap

30 jan 2009

1. Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem
2. Bijvragen
   1. Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese
3. Kleine vragen
   1. Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur
4. Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture

27 jan 2009 

1. replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieën ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen
2. Bijvragen:
   1. cDNA klonering (Gubler & Hoffman, Okayama & Berg)
   2. chromosoom walking
3. Kleine vragen:
   1. inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor)
   2. capping in fosforamidiet, wat en waarom
   3. hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III
4. Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing

24 jan 2008

1. Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden
2. Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie'
3. Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden
4. Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese
5. Kleine vragen
   1. Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?
   2. Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?
   3. Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR
   4. Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?
6. Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme

23 jan 2008

1. Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar.
2. Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen?
3. Middelgrote vragen:
   1. Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost?
   2. Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode
4. Kleine vragen:
   1. Wat is IPTG: structuur, gebruik
   2. Wat is de par locus
   3. Wat is PNA: structuur
   4. Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme?
5. Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein

14 jan 2008

1. Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen?
2. Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?)
3. Bijvragen:
   1. Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?
   2. Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure.
   3. Wat zijn de voor- en nadelen?
4. Bij-bijvragen:
   1. Hoe is sacB een positief selectiekenmerk?
   2. Waarvoor staat spi selectie?
   3. Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen?
5. Mondeling: RDA Pyrosequencing inteïne verwerking inverse PCR cap selectie

31 jan 2007

1. alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken.
2. Middelgrote vragen:
   1. pyrosequencing
   2. cassettemutagenese
3. Kleine vragen:
   1. verschil southern en western blotting
   2. ethidiumbromide, structuur, problemen,
   3. gebruik Spi selectie inverse PCR
   4. wat is shearing
4. Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg

23 jan 2007

1. bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322
2. welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren
3. Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar

19 jan 2007

1. Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.
2. Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren.
3. Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda.
4. SV40 vectoren.
5. Kleine vragen:
   1. Genotype van een E.Coli stam opdat deze geïnfecteerd kan worden door M13.
   2. Bespreek incompatibiliteit van plasmiden.
6. Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie<