Dynamische Biochemie

Examenvragen

21 juni 2019 voormiddag

1. Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
2. Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
3. Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
4. Begrippen
   1. tripeptide bij pH8: WEK
   2. jicht (bijvraag: allopurinol)
   3. THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
   4. Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

21 juni 2019 namiddag

1. Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
2. Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
3. Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
4. Begrippen:
   1. tripeptide QFD bij pH5
   2. HMG-CoA reductase
   3. Hill-coëfficiënt
   4. afbeelding ramachandran plot

21 juni 2019 voormiddag

1. Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
2. Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
3. Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
4. Begrippen:
   1. tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
   2. CoA
   3. ribonucleotide reductase
   4. afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

11 juni 2019 namiddag

1. Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
2. Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
3. Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
4. Begrippen:
   1. tripeptide HIS bij pH8
   2. ketonen
   3. anaplerotische reactie
   4. grafiek van Hill equation

11 juni 2019 voormiddag

1. Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
2. Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
3. Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
4. Begrippen:
   1. tripeptide PER bij pH 6
   2. NADPH
   3. aspartaattransaminase
   4. figuur van ATP homeostase

24 augustus 2018 namiddag

1. Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
2. Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
3. Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
4. Begrippen:
   1. tripeptide REK bij pH 6
   2. glucose-6-fosfaatdehydrogenase
   3. transaminatie
   4. afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

22 juni 2018 namiddag

1. Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
2. Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
3. Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
4. Begrippen:
   1. tripeptide WIS bij pH6
   2. carnitine shuttle
   3. 2,3bisfosfaatglyceraat
   4. Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

22 juni 2018 voormiddag

1. Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
2. Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
3. Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
4. Begrippen
   1. tripeptide DHS
   2. alaninetransaminase
   3. anapleurotische reactie
   4. grafiek van hemoglobine

1 september 2017 namiddag

1. Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
2. Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
3. Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
4. Begrippen
   1. tripeptide RIP
   2. kinesine
   3. alfa-oxidatie
   4. grafiek van ATP homeostasis.

28 juni 2017 voormiddag

1. Bespreek de motorproteïnen
2. Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
3. Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
4. Begrippen
   1. tripeptide
   2. grafiek van ATP homeostasis
   3. acetyl-CoA carboxylase
   4. ?

27 juni 2017 voormiddag

1. mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
2. Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
3. Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
4. 4 begrippen:
   1. Tripeptide CRF bij pH 6
   2. carnitineshuttle
   3. de structuur van carbamoyl fosfaat
   4. serine protease

23 juni 2017 namiddag

1. mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
2. cholesterol synthese + regulatie
3. C1 metabolisme bij nucleotiden
4. 4 begrippen
   1. tripeptide KYV bij pH8
   2. actine
   3. citraat-pyruvaat-malaat shuttle
   4. structuur van creatinefosfaat

23 juni 2017

1. Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
2. Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
3. Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
4. 4 begrippen
   1. MGD bij pH 6
   2. HMG-CoA
   3. ATP-homeostase
   4. Afbeelding ribonucleotide reductase

17 juni 2017

1. Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
2. Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
3. N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
4. 4 termen (mondeling)
   1. Tripeptide FYD (bij pH = 7)
   2. ribunocleotidereductase
   3. katalytische efficiëntie
   4. Afbeelding Ramachandran plot

28 augustus 2015

1. Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
2. Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
3. Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
4. kleine vraagjes:
   1. DIK
   2. algemene zuurbase catalase
   3. AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)

23 juni 2015

1. bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
2. wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
3. Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
4. bespreek:
   1. willekeurig tripeptide
   2. pepck
   3. foto met membraamverankerde proteines
   4. transaminatie

19 juni 2015

1. Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
2. Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
3. Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
4. bespreek:
   1. tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
   2. Serine protease
   3. Glycerolfosfaat-shuttle

12 Juni 2015

1. Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
2. Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
3. Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
4. Verklaar:
   1. ATP synthase
   2. Aminozurensequentie DIP bij pH 7
   3. Hill Coëfficiënt

1 september 2014

1. Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
2. Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
3. Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
4. Bespreek:
   1. tripeptide: KAT
   2. Bohr effect
   3. Malonyl-Coa
   4. nucleotide dehydrogenase afbeelding

24 Juni 2014

1. Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
2. Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
3. Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
4. verklaar de volgende termen:
   1. ATP synthase
   2. aminozuursequentie RAT
   3. het enzyme glycogeen fosforylase
   4. Bohr effect

19 augustus 2013

1. Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
2. Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
   1. een lipideanker
   2. Glycogeenfosforylase
   3. Malaat-aspartaat shuttle
   4. Ramachandran plot

21 juni 2013

1. Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
2. Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
3. Geef uitleg:
   1. Hill-coëfficiënt
   2. Dyneine
   3. Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
   4. Carnithine-shuttle

25 juni 2012

1. Bespreek het belang van motorproteïnen bij de spiercontractie.
2. Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
3. Geef uitleg:
   1. Hill-coëfficiënt
   2. Glutamine synthetase
   3. Sfingolipide

25 juni 2011

1. Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
2. Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
3. Bespreek de volgende begrippen:
   1. Tekening van Ramachandronplot
   2. Structuur van PEP
   3. Propionyl-CoA
   4. Glycogeen phosphorylase

27 augustus 2010

1. Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
2. Bespreek volgende begrippen:
   1. glucose-alaninecyclus
   2. structuur
   3. glycogeenfosforylase
   4. Stiksoffixatie

18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)

1. Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
2. Bespreek volgende begrippen:
   1. Carbamoylfosfaat synthase
   2. Structuur van sfingomyeline was gegeven.
   3. Ornithine
   4. HDL
   5. Stiksoffixatie

18 juni 2010 (VM)

1. Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
2. Bespreek volgende begrippen:
   1. Acetyl-Coa-carboxylase
   2. Structuur van methionine is gegeven
   3. Fosfatidinezuur
   4. Alpha-oxidatie
   5. Energielading

23 juni 2009

1. Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
2. Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
3. Leg volgende begrippen uit:
   1. Ornithine-transcarbomylase
   2. Ceramide
   3. carnithine-shuttle

19 juni 2009

1. Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
2. Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
3. Leg de volgende dingen uit:
   1. Pyruvaatcarboxylase
   2. Malonyl-CoA
   3. Ketonlichamen

15 juni 2009

1. Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
2. De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
3. Verklaar de volgende 4 termen:
   1. Propionyl CoA
   2. Vitamine B
   3.  ?
   4. ?

27 juni 2008

1. Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
2. VLDL metabolisme bespreken.
3. Korte vraagjes:
   1. Fosfatidine zuur
   2. Glutamaatdehydrogenase
   3. Nonsens repressie
   4. tructuur van propionyl-S-CoA

26 juni 2008

1. Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
2. Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
3. Korte vraagjes:
   1. Coricyclus
   2. Chilomicronen
   3. Sphingomyeline
   4. Amino-acyl-tRNAsynthase