Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

Vakinformatie

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

Examenvragen

16/01/2018 (VM)

Robben

1. 1. RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
2. 2. woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method

Landuyt

1. 1. MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
2. 2. massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom

Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

10/06/2014

prof. Robben (gesloten boek)

1. Wat doet RNA-seq?
2. Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
3. Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)

prof. Landuyt (open boek/open pc)

1. Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
2. Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
3. Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
4. Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
5. Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

Johan Robben

1. In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
2. Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
3. Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
4. Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
5. Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
6. Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
7. Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
8. Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
9. De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
10. Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
11. Leg volgende begrippen kort uit:
    • whole shotgun sequencing
    • paired end ditags
    • gene ontology
    • scale free network

Bart Landuyt

1. Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
2. Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
3. Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

Baggerman

1. Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
2. Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
3. Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
4. Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
5. Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

Filip Roland

1. chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
2. Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
3. Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden