Advanced biochemistry and biotechnology

Vakinformatie

Verdiepend vervolg op de Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. Mondeling examen (indien meer dan 10 personen aanwezig, zet hij een timer op 10 minuten). Ook de korte antwoorden kunnen uitgebreid ondervraagd worden tijdens het mondeling. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben. Alles is mondeling.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf." -- Quote Johan Robben, 2014

Examenvragen

22 januari 2018, VM

1. Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
2. Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
   • Retroreulatie
   • Genomische imprinting (+voorbeeld)
   • Nonsense-mediated decay
   • Nocturnine

19 januari 2018, VM

1. Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
2. Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
3. Begrippen:
   • Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
   • Rip: regulated intramembrane proteolysis
   • RITS
   • foto-entrainment

21 augustus 2017

1. Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
2. De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
3. Begrippen:
   • Transcriptional gene silencing
   • Peptide mediated protein knockdownn
   • Familial fast sleep syndrome
   • Een vierde begrip

3 februari 2017

1. Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
2. Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
3. Woordjes:
   • Nocturnine
   • uORF
   • Genetic imprinting
   • Chaperone-gemedieerde autofagie

23 januari 2017

1. Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
2. Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
3. Bespreek kort
   • Retroregulation
   • Rip: regulated intramembrane proteolyse
   • nonsense mediated decay
   • Periodosoom

20 januari 2017

1. Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
2. Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
3. Bespreek kort:
   • Attenuatie
   • Hairpin silencing
   • Translational recoding
   • Photo-entrainment

29 januari 2016

1. UPR
2. Circadische clock in zoogdieren
3. Bespreek kort:
   • hairpin silencing
   • argonaut
   • genomic imprinting
   • riboswitch

27 januari 2016

1. Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geïnteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
2. Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
3. Bespreek kort:
   • real-time RT-PCR
   • selenocysteïne
   • caspasen
   • RIP.

18 januari 2016

1. Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
2. Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
3. Bespreek kort:
   • histonehermodellering
   • shut down decay
   • RNA editing
   • BMAL-CLOCK

15 januari 2016

1. Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
2. Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
3. Bespreek kort:
   • Chromatine remoddeling
   • Non stop decay
   • Periodosoom
   • Seed sequentie

28 januari 2015

1. Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
2. Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
3. Bespreek kort:
   • RIP
   • Translationele hercodering
   • Exosoom
   • Looped-primer RT-PCR

september 2014

1. Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
2. Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
3. Bespreek kort:
   • RIP
   • Icterus
   • UPR
   • Nocturine

31 januari 2014

1. Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
2. Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
3. Bespreek kort:
   • Geelzucht
   • genome imprinting
   • Initiator caspase
   • KiaC

29 januari 2014

1. Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
2. Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
3. Bespreek kort:
   • Lesch-Nyhan-syndroom
   • Selenocysteine
   • Calnexin-calreticuline cyclus
   • Clock/BMAL1

20 januari 2014

1. Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
2. Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
3. Leg kort uit
   • Trans-translatie
   • RNA editering
   • shRNA
   • Nocturnine

21 januari 2013

1. Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
2. Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vóór secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
3. Bespreek kort:
   • ALA-synthase
   • transtranslatie
   • Seed sequentie
   • nocturnine

15 januari 2013

1. Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
2. Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
3. Bespreek kort:
   • thymidylaatsynthase
   • RNA editering
   • chaperone gemedieerde autofagie
   • argonaut

3 februari 2012

1. Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
2. Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
3. Bespreek kort:
   • 5-FOA
   • RNA editering
   • seed sequence
   • nocturnine

17 januari 2012

1. Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
2. Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
3. Bespreek kort:
   • Thymidilaatsynthetase
   • Geelzucht
   • CpG eiland
   • RITS

1 september 2011

1. Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
2. Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
3. Bespreek kort:
   • histonmethyltransferase
   • nonsense mediated decay
   • photo entrainment
   • shRNA

4 februari 2011

1. N-end rule
2. Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
3. Bespreek kort:
   • geelzucht
   • selenocysteïne
   • Shutdown decay (SSD)
   • eIF2

24 januari 2011

1. Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
2. Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit
3. Bespreek kort:
   • OMP
   • RNA editing
   • toxine-antitoxine
   • ubiquitineligase E3

18 januari 2011

1. Bespreek riboswitches.
2. Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
3. Bespreek kort:
   • allopurinol
   • uORFs
   • ERAD
   • photo-entrainment

29 januari 2010

1. Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
2. Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit, en de invloed op transcriptie.
3. Bespreek kort:
   • OMP
   • ERAD
   • initiator caspases
   • myristoylisatie

18 januari 2010

1. N-end rule
2. Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
3. Bespreek kort:
   • geelzucht
   • selenocysteïne
   • RISC
   • endosomale lokalisatiesignaal

12 januari 2010

1. Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
2. Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
3. Bespreek kort:
   • Nocturnine
   • uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
   • shRNA
   • nuclear localisation signal

29 januari 2009

MDL:

1. purinebiosynthese en regulatie
2. kaartjes:
   • Adaptor
   • Cascades, waarom?

JR:

1. Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
2. kaartjes:
   • histonmethyltransferase
   • RITS

29 januari 2009

MDL: Calcium JR: N end rule

20 januari 2009

Deley:

1. Afbraak van vetzuren
2. Kaartjes:
   • GPCR
   • werking van groeifactoren

Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:

1. calnexine/calreticuline cycle
2. Argonaut
3. SH2 en SH3
4. stimulatie van proteïnesynthese door hemine
5. Ubiquitine als sorteringssignaal
6. Thio-etherankers en thio-esterankers
7. shRNA
8. riboswitch
9. RITS
10. ARE (AU-rich element)
11. transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
12. cascade, waarom?

31 januari 2008

MDL:

1. Bespreek purineafbraak + storingen
2. kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:

1. Bespreek lysosomale afbraak
2. kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

31 januari 2008

MDL:

1. Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
2. kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:

1. Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
2. kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

30 januari 2008

1. MDL: Pyrimidinebiosynthese
2. JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

16 januari 2008

MDL:

1. Heem oxygenase systeem
2. Kaartjes:
   • Amide linked myristoyl anchors
   • Calcium oscillaties

JR:

1. Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
2. Kaartjes:
   • miRNA
   • Calnexin-Calreticulin cycling

16 januari 2008

Hoofdvragen:

1. op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
2. Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:

1. lambda repressor
2. mRNA turnover
3. cascades
4. proteïnesynthese en hemine